close

Вход

Log in using OpenID

Bakteri ve Mantarların MALDI TOF ile Tanımlanması Tanıl Kocagöz

embedDownload
Bakteri ve Mantarların MALDI TOF ile Tanımlanması
Tanıl Kocagöz
Mikroorganizmaların Tanımlanmasında Spektroskopik Yöntemler
Çağrı Ergin
Nükleik Asit Temelli Mikroorganizma Tanımlama Yöntemleri
Barış Otlu
Prof. Dr. TANIL KOCAGÖZ
MALDI TOF
 Matrix Assisted Laser Desorption Ionization
 Time Of Flight
 Matriks: örneğin karıştırıldığı, molekülleri iyonize eden
kimyasal
 Lazer: Morötesi (Ultraviyole)
 Dezorpsiyon: Moleküllerin lazer ışını ile ısıtılıp
buharlaştırılarak yüzeyden ayrılması (havalanması)
 İyonizasyon: Moleküllerin matriks kimyasalından
proton alarak yüklü hale gelmesi
 Time of Flight: Örneklerin yüzeyden saptayıcıya kadar
uçtuğu sırada geçen süre.
Matriks
 Zayıf asit çözeltisidir. Kolayca
proton (H+) verir.
 Lazer ışınını tutup ortamın
ısınmasını da bu maddenin
sağladığı düşünülmektedir.
 Ortamın ısınması
molekküllerin buharlaşması
ve yüzeyden ayrılmasını
sağlar
 Matriks maddesi hidrojen
iyonlarını (H+) hücrelerden
gelen moleküllere aktararak
onların (+) yüklü hale
gelmesini sağlar
Lazer ile Dezorpsiyon ve İyonizasyon
 İyonizasyon morötesi ışınlar ile
sağlanıyor
 Diğer iyonizasyon yöntemleri
DNA, protein gibi
biyopolimerleri
parçalayabildiğinden MALDI
yumuşak bir iyonizasyon
yöntemi olarak değerlendiriliyor
 Moleküllerin bütünlüğünün
korunması incelemenin
güvenilirliği açısından çok
önemli
Uçuş Süresi
 İyonize olup havalanan moleküller aygıtın tüpü içerisindeki yüksek
elektrik gerilimi nedeni ile bulundukları yüzeyden algılayıcıya doğru
hızlandırılırlar.
 İncelenen moleküllerin ağırlığı ne kadar az ise hızlanma o kadar fazla,
algılayıcıya ulaşma süresi o kadar kısa olur.
 Moleküllerin uçuş sırasında hava molekülleri ile çarpışmasını ortadan
kaldırmak için incelemenin yapıldığı tüpün içindeki hava boşaltılarak
vakum oluşturulur.
Reflektron
MALDI TOF KULLANIM ALANLARI
 Biyokimya; organik kimya; polimer kimyası; mirobiyoloji
Bakteri ve Mantar Türlerinin
Belirlenmesinde MALDI TOF
 Van Veen ve ark. 2010 yılında yoğun bir mikrobiyoloji
laboratuvarında yaptıkları çalışmada hem bakterilerin
hem de mayaların türlerini büyük bir doğruluk oranı ile
saptayabilmişlerdir. MALDI TOF un doğru saptama
oranı (%92), klasik biyokimyasal testlerin doğru
saptama oranından (%83).
 Bakterilerin önceden yıkama ve parçalama işlemi
uygulanmadan doğrudan MALDI TOF plağına
yüklenebileceğini doğrulayan birçok çalışma
yayınlanmıştır.
 Justesen ve ark. anaerop bakterilerin MALDI TOF ile
tür saptanması üzerine yaptıkları çalışmada bu
yöntemin alışılmış tür saptama yöntemlerinden daha
doğru sonuçlar vermesine karşın doğru tür saptama
düzeyi %67,2’de kalmıştır.
 Bir bakteri türünden tanımlanan MALDI TOF
biçemleri, değerlendirme programlarına ne kadar çok
tanıtılırsa, bu bakteri türünün doğru tanımlanma
oranı o ölçüde artmaktadır.
 Mikobakteriler ve dermatofitler için standardizasyon
çalışmaları devam etmektedir. Mikobakteriler için de
MALDI TOF biçemleri konusunda bilgi bankasının
zenginleştirilmesi gerekmektedir.
MALDI TOF ile
Hızlı Antibiyotik Duyarlılık Testi
 Mikroorganizmaların türünün saptanması yanında
MALDI TOF ile hızlı antibiyotik duyarlılık testlerinin
yapılması da kuramsal olarak olanaklı görünmektedir.
Bir süre antibiyotiksiz ve antibiyotikli besiyerinde
bekletilen bakterinin MALDI TOF biçemleri
karşılaştırılarak aralarında farklılık olup olmadığı
belirlenebilir. Biçemlerin farklılığı bakterinin
antibiyotiğe duyarlı olduğunu gösterirken benzerliği
dirençli olduğunu gösterebilir.
Kaynaklar
 Wikipedia: Matrix-assisted laser desorption/ionization: http://en.wikipedia.org/wiki/Matrixassisted_laser_desorption/ionization
 Seng P, Drancourt M, Gouriet F, La Scola B, Fournier PE, Rolain JM, Raoult D. Ongoing
Revolution in Bacteriology: Routine Identification of Bacteria by Matrix-Assisted Laser
Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry. Clin. Inf. Dis. 2009, 49:543-551
 Van Veen, SQ, Claas ECJ, Kuijper EJ. High-Throughput Identification of Bacteria and Yeast by
Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry in
Conventional Medical Microbiology Laboratories. J. Clin. Microbiol. 2010, 48:900-907
 Highly Efficient Classification and Identification of Human Pathogenic Bacteria by MALDITOF MS. Hsieh SY, Tseng CL, Lee YS, Kuo AJ, Sun CF, Lin YH, Chen JK. Molecular & Cellular
Proteomics. 2007, 7.2:449-456
 Justesen US, Holm A, Knudsen E, Andersen LB, Jensen TG,1 Kemp M, Skov MN, Gahrn-Hansen
B, Møller JK. Species Identification of Clinical 1 Isolates of Anaerobic Bacteria: a Comparison of
Two Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry Systems. J.
Clin. Microbiol. 2011, 10 (doi:10.1128/JCM.05788-11)
 El Khe´chine A, Couderc C, Flaudrops F, Raoult D, Drancourt M. Matrix-Assisted Laser
Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry Identification of Mycobacteria in
Routine Clinical Practice. PLOS, 2011, (6)9:e24720
 Theel ES, Hall L, Mandrekar J, Wengenack NL. Dermatophyte Identification Using MatrixAssisted Laser Desorption Ionization - Time of Flight Mass Spectrometry. J. Clin. Microbiol.
2011, 9 (doi:10.1128/JCM.01280-11)
Author
Документ
Category
Без категории
Views
9
File Size
493 Кб
Tags
1/--pages
Пожаловаться на содержимое документа