close

Enter

Log in using OpenID

Bilimler Dergi/i - Pozitif Bilimler Dergisi

embedDownload
POZiTiF
Pozitif Bilimler Dergisi
Sayı: 3 Şubat/2014
Şubat/2014, Sayı 3
Bilimler Dergisi
1
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
İçindekiler
Yönetim Kurulu
Saniye Elvan Öztürk
HABERLER;
Ayşenur Özdemir
1. Cesur Yeni Dünya-Yapay
Rahim…………………………………...…… 3
Fatma Necmiye Kacı
Özlem Özdemir
Yusuf Sürmeli
2. Yaşlı Hücreler Genç Hücreler Gibi
Davranabilir
mi?............................................…. 5
Selçuk Özdemir
Süleyman Can Öztürk
3.sayı
Hasan Özdemir
Miray Ünlü
Yusuf Sürmeli
Özlem Özdemir
DERLEMELER ve YAZILAR;
Kanserden Korunmada
“Vejeteryanlar 1-0 Etoburlar”
mı?……….……………………….…………… 7
Endüstriyel Enzimlerin
Yönlendirilmiş Evrimi………….……… 10
2
Sekonder
Metabolitler………………….….……… 16
Ayşenur Özdemir
Ayın Bilim İnsanı;
KAPAK:
Kanun Kitabının içersinde bulunan İbn
Sina’nın hazırladığı kas sistemini
gösteren çizimdir.
www.pozitifbilimlerdergisi.com
İbn Sina – Bilim ve Düşünce Alanına
Katkıları.………………………………… 21
Bilimsel Yöntemler
……………………………………………… 30
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
Cesur Yeni
Dünya
Yapay rahim
Süper bebek Louise Joy Brown.
25 Temmuz 1978’de Londra’da ilk tüp
bebek Louise Joy Brown dünyaya
geldi. IVF (invitro fertilization)
teknolojisi ile doğan Brown’ın
ardından üreme teknolojisi hızlı
ilerleme gösterdi. Günümüzde IVF
teknolojisi tüm dünyada uygulanan
rutin bir işlem haline gelmiştir.
Üreme teknolojisi alanındaki
çalışmalar ve elde edilen başarılar
genel olarak bir yumurta ile spermden
embriyo oluşturmak üzerineydi. Ancak
bu
alanda
karşılaşılan
önemli
sorunlardan biri de embriyonun
yerleştirileceği rahmin elverişli olup
olmamasıydı.
Pek
çok
kadın,
embriyonun tutunması için uygun
rahme sahip olmadığı için çocuk sahibi
olamamaktaydı. Bu sorunun çözümü
için yapay rahim üretimi gündeme
geldi.
Yapay rahimde canlı büyütülmesi
alanında çalışan bilim adamlarından iki
tanesinin çalışmaları öne çıkmaktadır.
Bunlardan
ilki,
Cornell
Üniversitesinde Profesör Hung-Ching
www.pozitifbilimlerdergisi.com
Liu ‘nin 2001 yılından beri uterusun
iç tabakadaki hücreleri (endometrial
doku) geliştirip yapay rahim yapma
çalışmasıdır. 2003 yılında ise aynı
bilim adamı, endometrial dokuda
fare embriyosunu büyütmeyi başardı
ancak bu fare sadece birkaç gün
yaşayabildi.
İkincisi
ise,
Juntendo
Üniversitesinde Profesör Yoshinori
Kuwabara’nın yapmayı amaçladığı,
amniyotik sıvı benzeri sıvının
bulunduğu plastik tanklarda keçi
fetuslarını büyütme çalışmasıdır.
Dr.
Liu,
yapay
rahmi
oluştururken
yapay
derinin
oluşturulması
için
geliştirilen
teknikleri
benimsemiştir.
Bu
teknikte, Kollajen ve kondroit,
endometrial hücrelerin gelişmesi için
bir matriks oluşturur ve bu matriks
uterus gibi şekil almaktadır. Zamanla
matriks yok olurken geride sadece
endometrial dokuyu bırakır.
3
Fare modelinde Dr. Liu,
embriyoları yapay uterusa yerleştirdi
ve
onların
tutunmalarını
ve
gelişmelerini izledi. 10 gün sonra
embriyoların bir kısmını doğal
rahimlere aktardı. 17 gün sonra ise
tüm embriyoları dışarı çıkararak in
vitro gelişmelerini inceledi ancak bu
embriyolar
tam
gelişmeyi
sağlayamadan öldüler. Daha önce
fareye aktarılan embriyolar ise
normalden daha küçük boyutta ama
sağlıklıydılar.
Bu
çalışmayla
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
endometrium dokusu ile embriyonun
etkileşim
halinde
olduğu
ve
endometriumun embriyo gelişimi için
gerekli faktörleri ürettiği ve destek
olduğu görüldü.
Embriyolar
yapay
rahimlere
yerleştirilir ve bir süre sonra bu tüm
yapı bir dişiye implant edilebilir.
Yapay
rahim
dişinin
kendi
hücrelerinden üretildiği için de organ
reddi sorunu söz konusu olmayacaktır.
Bu amaçla Liu embriyo taşıyan yapay
fare rahimlerini bir fareye aktardı
ancak bu embriyolar anne ve fetusu
birbirine bağlayan kan damarlarının
tamamıyla oluşamamasından dolayı
hayatta kalamadı.
Dr. Liu bu sorunları aşmak için
uğraşırken diğer yandan Dr. Kuwabara
düşük ve prematüre doğum yapan
kadınların
sorununu
çözmeye
çalışıyordu.
Kuwabara
amniyon
kesesini laboratuar ortamda oluşturmak
üzere sodyum klorür, potasyum klorür
ve protein karışımının yer aldığı akrilik
bir tank oluşturdu ve 4 aylık keçi
fetuslarını bu tanka yerleştirerek göbek
kordonunu da bu yapay plasentaya
bağladı. Bu fetusların çok az bir kısmı
3 hafta boyunca hayatta kaldı ki bu
keçiler için zamanında doğmadı ve
hepsi deformasyona uğramış ve akciğer
sorunlarına sahip oldu. Fetusların
içinde bulunduğu tankın hacmi 42
litreydi ve normal bir uterustan daha
büyük hacme sahipti. Bu hacim
fazlalığı fetusların aşırı aktif olmasına
ve çok fazla oksijen almasına neden
www.pozitifbilimlerdergisi.com
olmuştur. Ayrıca fetuslar çok fazla
amniyotik sıvı yuttukları için aşırı
sıvı birikimi gözlenmiştir. Bunları
önlemek amaçlı fetuslar sedatif
ilaçlarla beslenmiştir. Ancak bu
teknikler kullanılarak doğan 1 aylık
keçiler
bu
sedatif
ilaçlardan
etkilenerek kendi başlarına nefes
alamamış ama ayağa kalkamamıştır.
Aşılması gereken daha pek çok
problem olmasına karşın bu alanda
çalışmalar halen devam etmektedir.
Bu çalışmaların pek çok çifte
yardımı olacağı aşikar. Bu teknoloji
prematüre
bebeklerin
hayatta
kalması
ve
kendi
bebeğini
taşıyamayan kadınlar için oldukça
önemlidir.
Ancak
tüm
bu
faydalarının yanında bazı etik
sorunları da beraberinde getirdiği
görülmektedir.
4
Aldous Huxley'in 1932 de
kaleme aldığı futuristik romanı
Cesur Yeni Dünya (Brave New
World) ‘nın gerçekleşmesi artık daha
yakın.
Özlem Özdemir
Erzurum Teknik Üniversitesi
Kaynak:
Colleen Carlston, Artificial Wombs Delivering on Fertile
Promises, makalesinden derlenmiştir.
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
Yaşlı Hücreler
Genç Hücreler
gibi davranabilir mi?
Şekil 1: Yukarıdaki farede Lin28a geni
yeniden aktif hale getirilmiş ve vücut
tüyleri kesilmiştir. Üstteki farede
kontrol grubu olarak kullanılmaktadır.
Bu
iki
fare
karşılaştırıldığında
Lin28a’nın aktif hale getirildiği farede
tüy gelişiminin diğerine göre daha hızlı
olduğu görülmüştür.
Boston Çocuk Hastanesi Kök
Hücre
Programı
bölümü
araştırmacıları, dokuların tamir ve
yenilenme
kapasitelerini
yetişkin
hayvanlarda da tıpkı genç hayvanlarda
olduğu gibi düzenlenebileceği konusu
üzerinde bir çalışma gerçekleştirdiler.
www.pozitifbilimlerdergisi.com
Bu çalışmada, embriyonik kök
hücrelerde aktif olan lin28a genini
yetişkin fare modellerinde yeniden
aktif hale getirerek, saç, kıkırdak,
kemik ve deri gibi çeşitli yumuşak
dokuların
yeniden
geliştiği
gözlemlendi.
Lin28a
hücre
içerisindeki
mitokondri
enerji
metabolizmasını düzenler.
Lin28 ilk olarak kurtçuklarda
keşfedilmiş ve daha sonra tüm
komplex organizmalarda fonksiyonel
olduğu gösterilmiştir. Embriyonik
kök hücrelerde bol miktarda bulunur
ve erken embriyonik dönemde çok
miktarda exprese edilir. RNA’ya
bağlanarak, hangi genlerin protein
haline
dönüşeceğini
düzenler.
Araştırmacılar, lin28’in fonksiyonunu
daha iyi anlamak için Lin28’in
bağlandığı
RNA
moleküllerini
incelediler. Lin28, özellikle Let-7 adlı
hücre
olgunlaşması
ve
yaşlanmasında görevli olan RNA
molekülüne bağlandığı görüldü.
Özellikle Mitokondrideki metabolik
enzimlerin üretilmesini teşvik eder.
Bununla birlikte, lin28 tüm doku
tiplerinde
yenilenmeyi
uyarmamaktadır.
5
[email protected]
Pozitif Bilimler Dergisi
Şubat/2014, Sayı 3
*Shyh-Chang N, Zhu H, Yvanka de
Soysa T, Shinoda G, Seligson
MT, Tsanov KM, Nguyen L, Asara
JM, Cantley LC, Daley GQ, Lin28
enhances tissue repair by
reprogramming cellular metabolism.
CELL, 2013.
*https://www.sciencenews.org’ dan
yararlanılmıştır.
6
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
Kanserden Korunmada
“Vejeteryanlar 1-0
Etoburlar” mı?
yapılan bir çalışmada IGF-I ve
besinlerle alınan proteinin bir
bağlantısı olmadığı ileri sürülmüştür.
Hayvansal & bitkisel proteinlerin
karşılaştırılmaması bu çalışmadaki
sonuçları etkilemiş ve daha sonra
Tam tahıl, sebze ve kuruyemiş
karşılaştırmalı deneylerle aslında
gibi bitkisel gıdalarla beslenen kişilerin
yüksek miktarda et ile beslenenlerin
koroner ater ve felç gibi hastalıklara
vejeteryanlara göre IGF-I hormon
yakalanma riskinin önemli ölçüde
seviyesinin daha fazla olduğu
azaldığı yapılan çalışmalarla
belirlenmiştir [2].
desteklenmiştir. Bitkisel kaynaklı bu
besinler içinde doymamış yağlar,
vitaminler, antioksidan, lif ve bitkisel
proteinlerin koruyucu rolü olabileceği
belirtilmiştir. Özellikle Akdeniz ve Asya
bölgelerindeki bu tür bitkisel diyetler,
daha düşük orandaki kardiyovasküler
hastalıklar, kanser ve ölümler ile doğru
1950’lerde keşfedilen insülin
büyüme faktörleri endokrinoloji,
onkoloji ve gelişimsel biyoloji gibi
alanları etkilemiş ve kanser gibi
hastalıklarda IGF-I’i hedef molekül
7
belirlenerek tedavi olarak
kullanılması amaçlanmıştır [3].
orantılıdır [1]. Ancak nasıl bir bağlantı
olduğu 2009 yılında yapılan bir
çalışmada kanser ile ilişkili IGF-I’in
(insülin büyüme hormonu) moleküler
mekanizması ile açıklanmıştır. Sağlıklı
beslenmek aslında kanserin gelişimine
neden olan ve hayvansal gıdalarda
bulunan IGF-I hormon düzeyinin
düşmesine neden olmaktadır. Fakat
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
IGF sistemi: ligand,reseptör ve
proteinler
Şekil 2. IGF-I’in reseptöre
bağlanması ve hücresel yolakların
aktivasyonu [2]. (modülator IGFBPs)
Şekil 1. IGF-1 molekülünün GH ile
glukoz regülasyonu.
Şekil 1’deki mekanizmada gösterildiği
gibi IGF-1’in vücuttaki konsantrasyonu,
karaciğerdeki üretimi ile büyüme
hormonu (GH) kontrolünde olduğu
düşünülmektedir. Glukoz
transportunda, insülin salınımında
önemli rolü rolü olan IGF-I, bir hücre
reseptörü olan IGF-IR’ye bağlanarak
hücre içi yolakları aktive etmekte ve
hücrenin proliferasyonunda görev
almaktadır [3].
www.pozitifbilimlerdergisi.com
IGF-I ve IGF-II ‘nin IGF-IR’a
bağlanması ile reseptörün tirozin
kinaz kısmı otofosforilasyon yoluyla
indüklenir. Bu işlem insulin reseptör
8
substurat (IRS) fosforlanması ile
devam ederek 2 önemli anayolağı
ras-raf-MAP kinase ve PI3K-PDK1Akt/PKB aktifleştirir. Sonuç olarak
hücre; büyüme , çoğalma, apoptoz
gibi yanıtlar verir. IGF-I mutant
farelerin büyümelerinde sorun
oluştuğu kısırlık, kemik erimesi,
karaciğer ve akciğerde gelişim
problemleri görülmüştür [2].
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
IGF-IR &Tümör Metastazı
IGF-IR sinyali hücrede metastaz, hücre
göçü, invazyon, damarlanma gibi
önemli rollere sahiptir. Dominantnegatif IGF-IR ekspress eden kolon
kanseri hücreleri akciğere enjekte
edildikten sonra metastaz
yapamamıştır. 56 prostat kanseri
vakasında, IGF-I ve IGF-II’nin expresyon
düzeylerinin düşük dereceli tümörlere
göre oldukça yüksek olduğu
bitkisel kaynaklı mı beslenelim
sorusunu akla getirmektedir.
Kompleks olan hücre içinde birçok
mekanizma olduğunu ve bu yazıda
yalnızca bir tek hormon üzerinde
çalışıldığını göz önünde bulundursak,
kansere karşı koruyucu proteinler ve
diğer molekülleri (et içinde bulunan)
barındırmayan bir diyetin de bu
hastalığı tetikleyebileceği
unutulmamalıdır.
Miray Unlu
gösterilmiştir. BRCA-1 mutasyonu
taşıyan meme tümör hücrelerinde IGFIR ekpresyon düzeyleri, bu mutasyonu
taşımayanlara göre de oldukça
yüksektir. Pediatrik bir tümör çeşidi
olan Wilms’ tümörlerinin sağlıklı
böbrek hücrelerine göre IGF-IR mRNA
düzeyi 6 kat daha fazladır [2].
IGF-IR normal gelişiminde oldukça
önemli bir rol üstlenmiştir. Bu
reseptörün overekspres olması bir çok
kanser türünde görülmektedir. Ayrıca
IGF-I hormonun et ile beslenen
bireylerde daha yüksek düzeyde olması
vejeteryanlara göre kanser olma riskini
artırmaktadır. Tüm bunlar, sadece
www.pozitifbilimlerdergisi.com
İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
Kaynaklar
Dr. Greger’ın MAG adlı bloğunundan
yararlanılmıştır (Prevent and Treat
Cancer with a Plant Based Diet)
9
1. Frank B, Hu Am J. Plant-based
foods and prevention of
cardiovascular disease: an overview.
Clin Nutr. 2003;78544S–51S
2. Werner H, Bruchim I. The insulinlike growth factor-I receptor as an
oncogene. Arch Physiol Biochem.
2009;115(2):58-71
3. Clemmons D. Modifying IGF1
activity: an approach to treat
endocrine disorders, atherosclerosis
and cancer. Nature Reviews Drug
Discovery 6. 2007;821-833
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
ENDÜSTRİYEL
ENZİMLERİN
YÖNLENDİRİLMİŞ EVRİMİ
içerir[2]. Yönlendirilmiş evrimin,
birçok endüstriyel enzim üzerine
uygulandığı çalışmalar mevcuttur.
uygulamaların
Bu enzimler, kağıt hamuru ve kağıt
%10’luk bölümünde, fermentasyon ile
endüstrisinde kullanılan ksilenazlar,
üretilen termofilik enzimler kullanılır.
nişasta
Bu enzimlerin kullanım alanları Tablo
amilazlar,
ilaç
1’de gösterilmiştir. Enzimlerin evrilip
kullanılan
lipazlar
geliştirilmesi son 20 yıldır sürüyor ve
üretimi
endüstriyel işlemlerde kullanılmaları
selülazlardır[3].
Endüstrideki
sürekli genişleyen bir şekilde devam
ediyor. 2000 yılındaki verilere göre,
enzim pazarının değeri, yıllık yaklaşık
1.5 milyar dolardır[1].
Tablo 1. Termofilik enzimler ve
uygulama alanları
endüstrisinde
kullanılan
endüstrisinde
ve
için
biyoyakıt
kullanılan
Ksilenazlar,
hemiselülozun
ana parçası olan ksilenin hidrolizini
gerçekleştirir[4]. Kağıt hamuru ve
kağıt endüstrisinde bu enzimlerin
kullanımı
ile,
biyolojik
kağıt
olarak
(biyoağartma)
kimyasal
hamurunun
ağartılması
gerçekleştirilerek,
olarak
kullanılan
kullanımı
10
klor
azaltılmaktadır.
Biyoağartma
için
ksilenazların,
yüksek sıcaklık ve alkali koşullarda
aktif ve kararlı olmaları beklenir.
Enzimlerin de içinde bulunduğu
biyopolimerlere evrimsel yaklaşımların
uygulanması, olası çok fazla sayıda
permütasyonun araştırılması fırsatını
sağlar. Ayrıca, bu olası örnekler, amaca
hizmet eden, istatistiksel olarak anlamlı
olan yapı ve işleve sahip enzimleri de
www.pozitifbilimlerdergisi.com
Wang ve Xia (2008)’nın yaptıkları
çalışmada, alkali koşullarda hem
daha aktif hem de daha kararlı
ksilenaz
enzimi
geliştirmek
amaçlanmıştır. Bu çalışmaya göre,
iki
tur
shuffling)
DNA
karılma
(DNA
yönteminin
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
gerçekleştirilmesi
ile,
ilk
turdan
molekülüne transferini gerçekleştirir
yaklaşık 1000 koloni içerisinden üç
[7].
pozitif klon seçilmiştir ve bu örnekler
enzimlerin
kullanılarak ikinci tur DNA shuffling
oluşu, beklenen özelliklerden bir
yöntemi
tanesidir.
gerçekleştirilmiştir.
İkinci
Nişasta
endüstrisinde
termal
Bu
bu
kararlılığının
amaçla,
Kim
ve
turda yaklaşık 1010 koloni taranmıştır
arkadaşlarının çalışmalarına göre,
ve amaçlanan koşullardaki en aktif ve
dört tur DNA shuffling ve bir tur
kararlı örnek incelendi. Bu çalışma
bölge
sonucunda, en iyi özelliklere sahip olan
yöntemleri
mutant 2TfxA98’dir. Bu mutantın,
çalışma sonucunda, termal kararlılığı
yabanıl
en yüksek mutantın DM olduğu
tipe
(mutasyonsuz
örnek)
saturasyon
mutajenez
uygulanmıştır.
kıyasla, katalitik etkinliği 12 kat daha
bulunmuştur.
fazla olup, alkali pH koşulundaki
kıyaslandığında,
kararlılığı da daha yüksektir. 2TfxA98
bozunma sıcaklığı yaklaşık (Tm)
mutantın, T21A, G25A, V87P, I91T ve
10oC daha fazladır. Enzim dizisi
G217L olmak üzere beş noktada
incelendiğinde,
aminoasit yer değiştirmesi gerçekleştiği
I333V, M375T, A398V, Q411L ve
gözlenmiştir. Bu yer değiştirmelerin üç
P453L
tanesinin (V87P, I91T ve G217L)
aminoasit yer değiştirmesi tespit
enzimin
edilmiştir. Bu değişimlerle, 375.
katalitik
aktif
bölge
Yabanıl
Bu
olmak
DM
tip
mutantının
R26Q,
üzere
ile
S169N,
yedi
tane
dolaylarında olduğu tespit edilmiştir.
noktadaki
V87P’nin ise, hem katalitik aktivitenin
zincirinden
hem de alkali kararlılığının artmasını
ortadan kalkmıştır. Ayrıca, hidrojen
sağlamıştır[5].
bağlarının
termal
arttıracak
şekilde
Maltojenik amilazlar, amilolitik
enzimlerin alt aile üyelerinden olup[6]
nişastayı
hidrolizini
içeren
birçok
katalizler
ve
substratın
hidrolize
edilmiş şekerlerin bir diğer şeker
www.pozitifbilimlerdergisi.com
şekillenmiştir
etkileşimler
aminoasitin
yan
kaynaklanan
boşluk
ve
11
kararlılığı
yeniden
hidrofobik
güçlenmiştir.
Bu
değişimlerin tamamı enzimin termal
kararlılığının
artmasına
katkı
sunmuştur[8].
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
Lipazlar,
çok
yönlü
çalışan
gerçekleştiği görülmüştür. Bunlar,
enzimler olup açilgliserollerin hidrolizi
S149G, S155F, V47G, V55G ve
ve sentezinden sorumludurlar[9]. İlaç
S164G’dir. Bu sonuçlar dikkatli
endüstrisinde,
enzimlerin
incelendiğinde, bu beş amino asit yer
enantiyoseçicilikleri yüksek olanları
değiştirmesinin dört tanesinin en
tercih edilir. Rasemik karışımlarda bu
küçük amino asit olan glisin ile
enzimlere
sonuçlandığı
bu
ihtiyaç
duyulur.
Bunlar
gözlenmiştir[11].
kullanılarak, iki enantiyomerden doğru
Glisinin enzimin konformasyonal
olanının seçilimi gerçekleştirilir. Bunun
yapısını daha elastik hale getirdiği
nedeni ise, ilaç endüstrisinde, bir
daha
enantiyomerin
gösterilmiştir.
olmasından
bu
alanda
etkili
kaynaklanır[10].
Bunu
gerçekleştirmek
için,
enantiyoseçiciliklerinin
gerekir.
Bu
geliştirilmesi
amaçla,
arkadaşları,
tekrarlı
lipazların
Liebeton
turlar
Bu
önceki
çalışmalarda
durumun,
da
enantiyoseçiciliği
arttırdığı düşünülebilir[12].
Selülazlar,
ve
besin
olmayan
halinde
selülozik biyokütleyi parçalayarak
EpPCR (Hataya eğilimli PCR)’ın yanı
biyoyakıt üretiminin bir aşamasını
sıra rasyonel ve yarı rasyonel dizayn
oluşturur[13]. Liu ve arkadaşları,
teknikleri
olan
spesifik
EpPCR yöntemini kullanarak bütün
mutajenez
ve
saturasyon
endüstriyel süreçlerde en önemli
bölge
bölge
mutajenezi teknikleri uygulamışlardır.
engellerden
Mutantların taranması için ise, kiral
kararlılığı
model substrat kullanmışlardır. Bu
hedeflemişlerdir.
çalışmanın sonucunda, yabanıl tipe
sonuçlarına göre, elde edilen en iyi
kıyasla,
lipazın
mutant
yaklaşık
23
katına
Enantiyoseçiciliği
mutant
enantiyoseçiciliği
en
lipazın
asit
www.pozitifbilimlerdergisi.com
yüksek
yapısal
gerçekleştirildiğinde,
amino
çıkarılmıştır.
yer
olan
analizi
toplamda
beş
biri
olan
12
termal
arttırmayı
yabanıl
kıyaslandığında,
Bu
tip
%92
çalışmanın
enzimle
düzeyinde
daha fazla olan bir termal kararlılığa
sahip
olduğunu
gözlemlemişlerdir[14].
değiştirmesi
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
Yönlendirilmiş evrim, enzimlerin
yapı
ve
katalitik
mekanizmaları
Review.
Bioresource
Technology. 89: 17–34.
bilgilerine sahip olmaksızın, istenilen
4. Henrissat, B., and Bairoch,
düzeyde, tekrarlı turları her seferinde
A. 1993. New Families in
bir önceki geliştirilmiş mutant enzim
the
üzerine
Glycosyl Hydrolases based
uygulanarak
potansiyeline
gerçekleştirme
sahiptir.
Binlerce
Classification
on Amino acid Sequence
mutantın taranması, bu yöntemin bir
Similarities.
dezavantajı gibi düşünülse bile, hızlı
293:781–788.
tarama yöntemleri geliştirilerek bu
engelin de aşılması gerçekleştirilir.
of
Biochem
J.
5. Wang, Q., and Xia, T.
2008. Enhancement of the
Yusuf SÜRMELİ
Activity and Alkaline pH
Stability of Thermobifida
İstanbul Teknik Üniversitesi
fusca
Xylanase
Directed
Kaynaklar:
A
by
Evolution.
Biotechnology Letters. 30:
1. McCoy,
M.
2000.
Novozymes Emerges. Chem
Eng News. 19:23-25.
2. Reidhaar-Olson,
Sauer
J.F.,
and
1988.
Cassette
Mutagenesis as a Probe of the
Informational
Content
of
Protein Sequences. Science.
241:53–57.
Developments
Industrially
in
Important
Thermostable Enzymes: A
www.pozitifbilimlerdergisi.com
Robyt,
J.F.
1998.
Transglycosylation
Reactions
of
Bacillus
stearothermophilus
Maltogenic Amylase with a
Carbose
and
Acceptors.
3. Haki, G.D., and Rakshit, S.K.
2003.
6. Park, K.H., Kim, M.J., Lee,
H.S., Han, N.S., Kim, D.,
R.T.
Combinatorial
937-944.
13
Various
Carbohydr.
Res. 313:235-246.
7. Lee, H.S., Auh, J.H., Yoon,
H.G., Kim, M.J., Park,
J.H., Hong, S.S.,
Kang,
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
M.H., Kim, T.J., Moon, T.W.,
Commercial Manufacture
Kim, J.W. and Park, K.H.
and
2002. Cooperative Action of
Optically
Active
L-glucanotransferase
Compounds.
Wiley,
and
Maltogenic amylase for an
Improved
Process
of
Applications
of
Chichester.
11. Liebeton, K., Zonta, A.,
Isomaltooligosaccharide
Schimossek, K., Nardini,
(IMO) Production. J. Agric.
M., Lang, D., Dijkstra,
Food Chem. 50:2812–2817.
B.W., Reetz, M.T., and
8. Kim, Y-W., Choi, J-H., Kim,
Jaeger,
K-E.
2000.
J-W., Park, C., Kim, J-W.,
Directed Evolution of an
Cha, H., Lee, S-B., Oh, B-H.,
Enantioselective
Moon, T-W. and Park, K-H.
Chemistry
2003. Directed Evolution of
7:709-718.
Thermus
&
Lipase.
Biology.
Maltogenic
12. Peters, G.H., and Bywater,
Amylase toward Enhanced
R.P. 1999. Computational
Thermal Resistance. Applied
Analysis
and
Flexibility and Fluctuations
Environmental
Microbiology.
69(8):4866-
4874.
of
in
Chain
Rhizomucor
mieheilipase. Protein Eng.
9. Brockman, H.W., Mornsen,
12:747-754.
W.E., and Tsuijita, T. 1988.
13. Lynd, L.R., Laser, M.S.,
The Biology, Biochemistry
Bransby, D., Dale, B.E.,
and Technology of Lipases. J
Davison, B., Hamilton, R.,
Am Oil Chem Soc. 65:891–
Himmel, M., Keller, M.,
896.
McMillan, J.D., Sheehan,
10. Collins,
A.N.,
Sheldrake,
J., and Wyman, C.E. 2008.
G.N. & Crosby, J. 1997.
How
Chirality
in
Developments
www.pozitifbilimlerdergisi.com
14
Biotech
can
Industry
II:
Transform Biofuels. Nat.
in
the
Biotechnol. 26:169–172.
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
14. Liu, W., Zhang, X-Z., Zhang,
Z., and Zhang, Y.-H.P. 2010.
Engineering of Clostridium
phytofermentans
Endoglucanase
Improved
Cel5A
for
Thermostability.
Applied and Environmental
Microbiology.
76(14):4914-
4917.
15
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
SEKONDER METABOLİTLER
Bitkiler, geleneksel olarak primer ve sekonder metabolitler olarak
sınıflandırılmış çok sayıda organik bileşik sentezler. Primer metabolitler;
fotosentez, solunum, büyüme ve gelişme gibi bitkinin temel fonksiyonları ile
ilişkili olan metabolitlerdir. Fitosteroller, amino asitler, nükleotidler ve organik
asitler primer metabolit sınıfına giren moleküllerdir. Sekonder metabolitler ise
bitkinin temel yaşamsal faaliyetleri ile
doğrudan
ilişkili
olmayan,
ancak
primer metabolitler kadar önemli
olan bileşiklerdir [1].
Biyoreaktif
sekonder
moleküller
metabolitler
özelliklerinden
zamanlardır
dolayı
insanlar
olan
yararlı
uzun
tarafından
kullanılmaktadır. 19. yy da Wilhelm
16
Adam Serturner tarafından afyondan
morfinin izole edilmesiyle sekonder
metabolitlerin kimyasal yapıları incelenmeye başlamıştır.
Son zamanlarda yapılan çalışmalarda primer ve sekonder metabolitler
arasındaki farklılıklar tam olarak ayrılamamaktadır. Bu nedenle araştırmacılar
sekonder metabolitleri bitkilerin yaşamı için gerekli özel metabolitler olarak
nitelendirmektedirler [2].
Bitki sekonder metabolitleri kimyasal içerikleri bakımından çok çeşitlidir.
Sekonder metabolitlerin biyosentezi glikoliziz ve şimirik asit yolağı gibi basit bir
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
yolaktan başlamaktadır. Bu yüzden sekonder metabolitlerin çeşitliliği büyük
ölçüde hücre tipine, gelişim aşamasına ve çevresel etkenlere bağlıdır.
Kimyasal yapıları dikkate alınırsa sekonder metabolitler nitrojen içeren
moleküller ve nitrojen içermeyen moleküller olarak iki büyük gruba ayrılır.
Nitrojen içeren moleküller alkaloidlerdir ve çoğunlukla triptofan, tirozin,
fenilalanin ve lizin gibi aminoasitlerden türevlenirler. Alkaloidler, bitkileri
radyasyondan, bitkisel ve mikrobiyal saldırılardan korurlar. Ayrıca birçok
alkaloid türü farmakolojik değere sahiptir.
Nitrojen içermeyen moleküller de terpenoidler ve fenolikler olarak ikiye
ayrılır. Terpenoidler 5-karbon öncülü, isopentil difosfat ve dimetilolil difosfattan
kökenlenirler. Genellikle sitozolde sentezlenenler mevolonote yolağında,
kloroplasta sentezlenenler ise çeşitli biyolojik fonksiyonlarda görev alırlar.
Giberellin gibi bazı terpenler hormon olarak görev yapar. Limonene ve mentol
gibi terpenler ise bitki zararlılarına karşı savunmada görevlidir.
Fenolikler, hidroksil gruplu aromatik bileşiklerdir. Fenoliklerin sentezi
17
şimirik asit yolağına ve malonik asit yolağına bağlıdır. Flavonoidler ve ligninler
bu grubun en önemli üyeleridir. Flavonoidler bitkilere pigmentasyon sağlarken
aynı zamanda radyasyona karşı da korur. İnsan sağlığı için de çok yararlı
moleküllerdir [3].
Sekonder Metabolitlerin Rolleri
Sekonder metabolitler türe veya cinse özel olarak üretilirler ve primer
metabolizmada rol oynamazlar. Bununla birlikte bitkilerin hayatta kalmasını
sağlayıp çevre ile etkileşimini düzenlerler. Genel olarak sekonder metabolitlerin
bitkiler üzerinde koruyucu ve bakteri, virüs ve mantarlara karşı savunma da
rolleri bulunur. Özellikle böceklere karşı üretilen sekonder metabolitler, insan
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
ve böcek sinir sisteminin benzerliği sebebiyle insan beyin fonksiyonları
açısından da farmakolojik değere sahiptir. Sekonder metabolitler ayrıca bitkiler
arasındaki ilişkileri de düzenler. Özellikle belirli bir bölgede yarışmacı olan
bitkiler arasındaki ilişkileri düzenleyerek evrimsel sürece etki eder. Ayrıca
tozlaştırma sürecinde böceklerin bitkiye çekilmesine yardımcı olur.
Sekonder Metabolitlerin Biyosentezinin Düzenlenmesi
18
Şekil 1: Bitkide primer ve sekonder metabolitlerin üretimi ve ilişkileri [5].
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
Nitrojen içeren düşük molekül ağırlıklı alkaloidler, sekonder metabolit
olarak bitkilerin %20’sinde bulunur. Yaklaşık 12000 kadar alkaloid çeşidi uyarıcı,
narkotik etkili ve zehir olarak kullanılmasının yanında farmakolojik olarak da
çeşitli ilaçların bileşeni olarak karşımıza çıkmaktadır. Çoğu alkaloidin bitkideki
biyolojik sentezi özel yolaklarla gerçekleşir.
Örneğin, Nikotin bir çeşit alkaloiddir. Nikotin biyosentezi tütün köklerinde
meydana gelir ve daha sonra yaprak dokusuna taşınır. Nikotin biyosentezi JA
tarafından uyarılır. Tütünün NIC2 lokusu AP2-ERF transkripsiyon faktörlerini
içerir ve bu transkripsiyon faktörleri nikotin biyosentezine ait tüm genlerin
anlatımlarına etki ederler [3].
19
Şekil 2: Kafein ve Nikotinin moleküler yapısı. Bu iki bileşik alkaloidlere örnektir.
Kafein bir pürin alkaloiddir. Patojen ve herbivorlara karşı savunmada bitkiler
için çok önemlidir. Nikotin ise bir pirimidin alkaloiddir. Memeliler için oldukça
toksik bir bileşiktir [4].
Fenolik moleküller bitkide renk, tat ve koku oluşumunu sağlayan sekonder
metabolit tipidir. Bitkilerde fenolik moleküllerin çok büyük bir kısmını
flavanoidler oluşturmaktadır. Bu moleküllerin biyosentezi de fenilalanin
aminoasidi ve antosiyanin, tanin, izoflavone gibi moleküllerin son ürünlerinden
başlamaktadır. Flavonoidlerin çoğu bitki türlerinde ortaktır. Antosiyanin R2R3
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
MYB transkripsiyon faktörleri, AN2, and bHLH faktör ve AN1 bir çok bitki
türünde korunmuş olarak bulunan antosiyanin yolağının pozitif transkripsiyon
regülatörleridir. AN2’nin fazla eksprese olması, yapraklarda AN1 transkriptinin
aşırı birkimine neden olur. Arabidopsis’te antosiyaninin bölgesel birikimi ve
çiçeklenme süreci mikroRNA156’nın hedeflediği squamosa promotör bağlayan
protein-9 (SPL9) ile kontrol edilir. Bu anahtar rol oynayan protein miRNA156 ile
represe edilir. Bu da antosiyanin yolağına ait genleri uyarılmasına yol açar [3].
50000’den fazla terpen çeşidi tanımlanmıştır. Biyosentez yolağına ait
enzimler tanımlanmasına rağmen biyosentez regülasyonuna ait transkripsiyon
faktörlerine ait bilgiler oldukça sınırlıdır.
Ayşenur ÖZDEMİR
Erzurum Teknik Üniversitesi
Kaynaklar
[1] A. Crozier, M. N. Clifford, H. Ashihara, Plant Secondary Metabolites, 2006.
20
[2] J. S. Dickschot, Biosyntesis and functions of secondary metabolites, 2011.
[3] B. Patra, C. Schluttenhofer, Y. Wu, S. Pattanaik, L. Yuan, Transcriptional
regulation of secondary metabolite biosynthesis in plants, 2013.
[4] D. O. Kennedy, E. L. Wightman, Herbal Extracts and Phytochemicals: Plant
Secondary Metabolites and the Enhancement of Human Brain Function, 2011.
[5] D. Oskay, M. Oskay, Bitki Sekonder Metabolitlerinin Biyoteknolojik Önemi,
2009.
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
İbn Sina – Bilim ve Düşünce Alanına
Katkıları
Her çağın problemlerini anlayıp onlara çözüm yolları bulan
birçok düşünür vardır.
İbn Sina ise, eski çağların problemlerini
inceleyen, yaşadığı dönemin sıkıntılarını anlayabilen ve zengin
birikimlerinden faydalanarak gelecekte doğabilecek olan sıkıntılara
21
çözüm yolları öneren ender Türk filozoflarından biridir.
İslam filozoflarından İbni Sina’nın
düşünce alanına katkılarını ve yeni
www.pozitifbilimlerdergisi.com
açılımlar
konusundaki
görüş
ve
düşüncelerini sizlerle paylaşmaktan
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
büyük bir mutluluk duyduğumu
gerekliliğini
akıcı
özellikle belirtmek isterim.
açıklamaya çalışır.
bir
yöntemle
İbni Sina, (370- 428H. 980- 1037M.)
İbn Sina bütün eserlerinde
orta çağda yaşamış, çağına ve çağlar
düşünen insanı her şeyin üstünde
ötesine
gören etkin bir hümanizmden yola
damgasını
vurmuş,
tıp,
felsefe ve bilim tarihinin örnek
çıkarak,
simalarından biridir. Daha genel bir
yetilere uygun olarak başka bir
deyimle çağındaki bütün pozitif ve
dünyada en büyük mutluluk için
sosyal ilimler ile ilgilenerek en ileri
kendini hazırlar. O olgu yargılarıyla
uçlara erişmiş ve saygın eserler
(doğru-yanlış) değer yargılarını (iyi-
vermiştir. O devrinde ve daha önceki
kötü)
devirlerde yetişmiş olan düşünürlerin
felsefenin ve bilimin alanına, değer
eserlerini ele alırken Aristo’nun
yargılarını
uyguladığı metodu takip ederek önce
bırakmak gerektiğini ve de her
belirli bir konuda ortaya konmuş
ikisi arasında köprü işlevini de
olan düşünceleri açıklar, saygıyla
metafiziğin sağladığını anlatmaya
söz eder, gerektiğinde de cesaretle
çalışır.
eleştirir, sonrada kendi görüşünü
eserlerine bütüncül baktığımızda bir
açıklar. Böylece o, İslam bilim ve
tabip, felsefe tarihçisi ve bilim
düşünce tarihinde ilk felsefe ve
tarihçisi olduğu görülür.
ilimler
ansiklopedisini
getirmiştir.
eserlerini
Ayrıca
kendi
meydana
İbn
Sina
dönemindeki
bilimler sınıflamasına uygun olarak
kaleme alır. Bilimler sınıflamasına
göre yazdığı bütün eserlerinde dinin
fert ve toplumun mutluluğu için
Olgu
ayırır.
da
Bu
yargılarını
dinin
açıdan
alanına
filozofun
22
İbn Sina hem âlim ve hem
filozof olarak ilmi ve felsefi eserleri
vardır.
Onun
felsefi
ve
ilmî
eserlerinin her zaman incelenmesine
ihtiyaç vardır. Günümüzde de var
olan birçok problemi eserlerinde
görebiliriz. Dolayısıyla İbn Sina’nın
yazılı
www.pozitifbilimlerdergisi.com
ruhu inceler ve insani
külliyatı
çok
hacimlidir.
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
Eserleri daha önceki filozoflarca
noktalarına
yazılmış
geçirenlerin
olanlardan
daha
kadar
gözden
yorumlarını
aşarak
kapsamlıdır. Üslûbu pürüzsüzdür.
Aristoteles
Düşünülüp ele alınması gereken
çabasıyla bütün kültürlerarası felsefi
problemlerde
düşünüşün yönünü belirlemiştir. Bu
onun
çok
dikkatli
felsefesine
olduğu görülür. Bu nedenle İslam
sebepledir
felsefe tarihi içinde hem Doğu’da
felsefî eğitim ve öğretim yapılabilir
hem de Batı’da ismi en çok bilinen
duruma gelmiştir.
tabip, bilim adamı ve filozof İbn
Sina’dır [1].
ki,
İslam
yönelme
dünyasında
İbn Sina’nın ilmi ve felsefi
çalışmaları, bütün ilimler için en
Şimdi İbn Sina felsefesinin üç
temel
eseri
açıklamada
görmektedir. Ayrıca İbn Sina, doğa
bulunmak istiyoruz. Onun en büyük
ve matematik ilimlerinden sonra
en geniş ve de en temel eseri
metafiziğin öğrenilmesi gerekli bir
“Kitabü’ş-Şifa” dır. Denilebilir ki
ilim olarak saymıştır. Bu durumu,
Tıbbın dışında bütün ilimleri bu
doğa ve matematik ilimlerinden
eserinde
sonra gelmesi bağlamında ele alır ve
ana
Doğa
hakkında
toplamıştır.
bilimlerine,
Metafizik’e
toplumunun
Mantıktan
Matematikten
kadar,
sosyal
ve
İslam
bilimsel
bu
kaynak
ilimler
olarak,
öğrenildikten
kabul
sonra
metafiziğe geçilebileceğine dikkat
çeker.
Metafiziği
diğer
ilimler
sorunlarını en sistemli bir yöntemle
ilişkisi bakımından dikkate alarak
dile getirmiştir. Bu eser, felsefi
bütün ilimler arası ortak sorunları
düşünme yönteminin gelişmesini ve
tespit ve düzeltme göreviyle bir
yayılmasını
etmekle
anlamda üst ve kuşatıcı ilim olarak
kalmamış, bununla birlikte İslam
görür. İbn Sina, metafiziğin bütün
düşüncesine getirdiği yeni boyutlarla
ilimler
ve özellikle Helenistik dönemdeki
olduğuna dikkat çeker.
bir
konuyu
temin
ele
www.pozitifbilimlerdergisi.com
alıp
en
23
için
amaç
hükmünde
ince
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
İbn Sina’nın bu en büyük
yolları göstermek olarak tanımlar.
felsefi eserinin iyi anlaşılabilmesi
Ona göre mantık, her hangi bir dile
için
temel
ve o dilin kuruluşuna bağlı değildir.
bölümleri hakkında bilgilendirmenin
Dilin mantıkçıyı ilgilendiren kısmı
faydalı olacağı düşüncesindeyim. Bu
lafız ve mana ilişkisidir. Onun pek
nedenle mantık bilimi, fizik bilimi,
çok eserinde olduğu gibi, mantık
matematik
bölümündeki
gerekli
gördüğüm
bilimi
ve
metafizik
ilminin mahiyeti açmak ta yarar
sorunların
vardır kanısındayım.
tercihlerinde,
ayırıcı
özelliği
bağlamına
yönelik
özellikle
sorunların
ve
vardığı
incelenmesinde
MANTIK
sonuçlarda görülmektedir.
İbn Sina’ya göre mantığın
“âlet” ve “kânun” olarak nitelemesi
onun kendi başına bir bilim, öteki
ilimler için bir yöntem oluşunu dile
getirmek içindir. Mantıktan istenen
insanı
şaşırmaktan
kurallara
ilişkin
bulunmasıdır.
insana,
Bu
koruyacak
bir
aracın
mantık
aracı;
kazanılmış
kazanılacak
bilgilerden
bilgilere
işlemlerini,
geçme
bu
bilgilerin
özelliklerini, bu geçiş işlemlerini
düzgün veya düzgün olmayarak
meydana
sınıflarını
getiren
ve
yapılarının
bunların
İbn
takım
www.pozitifbilimlerdergisi.com
insanı
yanılmalardan
korur.
Düşünme eyleminin sağlıklı olması
için mantık, ilkeler ve kurallar
koyabilir.
Zihinde bulunan ve
24
bilinen bilgilerden yola çıkarak,
bilinmeyenleri
sağlar.
kavrama
Bu
özelliği
düşünmenin
genel
sistemleştiren
bu
imkânı
ile
mantık
kurallarını
kurallar
arası
gerekli bağlantıyı ve birliği kuran bir
bilimdir.
FİZİK
öğreten bir ilimdir. Bir başka yerde,
yargıyı ve gerçek kavramı veren
mantık
gerçeklere ulaştırmaz, sadece bir
sayısını
mantığın amacı doğruluğu kesin olan
Sina,
İbn Sina fizik değişmenin,
metafizik ise değişmeyenin bilgisini
verir.
Değişmenin
sebebi
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
değişmedir.
İbn
Sina’nın
fizik
sorunu
doğa
bilimcisinin
değil,
ilminde mineraloji ve meteoroloji
metafizikçinin
inceleyeceği
sorunları önemli bir yer tutar. Fizik
durumdur.
Fakat
ilminin
başkalaşma
mahiyetlerinin gerçekliğini ortaya
açısından
koyma ve ön doğru belirleme ise
konusu,
içerisinde
hareketli
bulunması
ve
durağan
olması
yönünden cisimlerdir. Yine onda
incelenen sürekli gereken arazlardır.
Buna göre doğanın konuları ondan
meydana çıkan etkiler, hareketler ve
yapılardır. İbn Sina “her cismin bir
doğası, maddesi, sureti ve arazları
vardır.
oluşan
Onun doğası, zatından
hareketliliğinin
başkalaşmasının
ve
kendisinden
meydana çıktığı güçtür. Durağanlığı
da bunun gibidir. Cismin sureti, onu
ne ise o yapan mahiyetidir. Maddesi
ise
mahiyeti
taşıyan
anlamdır.
Arazlar ise maddesi ile birlikte sureti
tasavvur
olunduğu
ve
türselliği
ortaya çıktığı zaman onun için
gerekli olan ve ya ona dışarıdan arız
olan durumlardır.” [1] 1
ve
suretin
birleşmesinden meydana gelen her
şey için nedenler vardır. Bu nedenler
İbn Sina , Kıtabu’ş Şifa . (fizik ) 6. makale. Blm:
52
1
www.pozitifbilimlerdergisi.com
onların
doğa bilimcisinin görevidir.
Doğal cisim için dört öznel
neden vardır. Bir maddi neden,
ikincisi
etkin
neden,
üçüncüsü
biçimsel neden, dördüncüsü ereksel
bir neden vardır. Etkin neden;
maddedeki
tüm
kuvveler
fiile
çıkışların sebebi olan ilkedir. Bu
hareketin ilkesi ya hazırlayıcı ya da
tamamlayıcıdır. Etkin neden bir
yönden ereksel nedenin sebebidir.
Ereksel nedende bir yönden ekin
nedenin
sebebidir.
Çünkü
25
etkin
neden, ereksel neden için eylemde
bulunur; aksi
bulunmazdı.
durumda
eylemde
Dolayısıyla
ereksel
neden, etkin nedeni, etkin olmaya
hareket ettirmiş olur.
Bu
Madde
bir
nedenle;
yapıyorsun?”
“niçin
spor
Denildiği zaman
cevap olarak “sağlık için” denilir.
Ve bu da cevap olur. Spor sağlığın
etkin nedenidir. Sağlık ise sporun
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
ereksel nedenidir.
METAFİZİK
Ereksel varlık,
etkin olanın etkin oluşunun nedeni
hem
de
onun
neden
oluşunun
nedenidir
İbn Sina, metafiziği Aristo
gibi “varlık olması bakımından
varlık” bilimi diye tanımlamıştır. On
MATEMATİK
da metafiziğin merkezi “varlık”
Matematik, varlıkta maddeden
ayrılmayan ama yansıtma sırasında
ayrılması mümkün olan durumların
ilmidir. Başka bir ifadeyle bu ilmin
konusu, maddeden soyut niceliktir
problemidir.
O
düşüncemizin
halde
Varlık
temelidir.
Zihin
dünyamızda var olan varlık doğan ve
ölen
şeylerin
simgesidir.
Onları
tanımlayabiliriz.
ya da nicelikli şeydir. Matematikte
Zorunlu varlık ise, var oluşunu
niceliğe nicelik olması bakımından
başka bir şeyden değil, kendisinden
ilişen haller incelenir ve bu ilmin
alan varlıktır.
tanımlarında madde türü ve hareket
varlıkta hem de tanımda maddeden
gücü
Matematiksel
ayrık şeyleri inceler. Yani metafizik
nesnelerin
fiziksel ve matematiksel varlığın ve
kullanılmaz.
kavramlar
reel
soyutlanması
sonucunda
ortaya
iki
varlıkla
Metafizik ilmi hem
ilişkili
şeylerin
ilk
çakar. İbn Sina sayıların nesnel
sebeplerin, sebeplerinin,
realitede gerçek bir var oluşa sahip
ve ilkelerinin ilkesinin –ki o Yüce
olmadıkları kanısındadır. Sayıların
Tanrı’dır- incelediği ilimdir. Bu
soyutlanmış birer kavram olduklarını
bağlamda
söyler.
Matematik
biliminin
metafiziğin konusu olması mümkün
oluşturucu
öğeleri
geometri,
değildir. Çünkü her ilmin konusu
aritmetik, astronomi ve müziktir. Bu
varlığı o ilimde kabul edilmiş bir şey
alanlardaki konular Kitabu’ş- Şifa’
değildir ve bu ilim ancak onun
da
hallerini
daha
ayrıntılı
açıklanmıştır.
de
bir
şekilde
Allah’ın
inceler.
26
sebebinin
varlığının
Yoksa
Yüce
Tanrı’nın varlığının bu ilimde bir
konu gibi kabul edilmiş olması
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
mümkün değildir. Aksine Tanrının
varlığı
metafiziğin
İbn Sina tıbbı bir bilim olarak
sorunudur.
tanımlamakta teorik ve pratik tıbbın
Tanrının varlığı da ancak bu ilimde
birliğine dikkat çekmiştir. Ona göre
incelenebilir.
ilim
her hekimin hem teorik bilgilerle
kesinlikle maddeden ayrık şeyleri
hem de pratik deneyimlere ihtiyacı
incelediği anlaşılır. [2] 2
vardır.
Çünkü
bu
İbn Sina
Bu
anlayış
hastalık
olmak
belirtilerinin ayrıntılı ve sistematik
bakımından varlığın ilmi” diye
olarak açıklanışında ve bir hastalığın
isimlendirmiştir.
nedenini
Metafiziği,
“varlık
İbn Sina Tıbbın Kanunu’nu tıp
öğrencilere hitap eden bir ders kitabı
yazmıştır.
Eserini
hekim
olmak isteyenlerce bilinmesi sürekli
gereken
şeylerin
asgarisi
diye
tanımlamıştır. Tıbbın Kanunun Grek
– Arap tıp bilgilerinin tespitinin son
ve doruk noktasının oluşturmaktadır.
İbn
Sina’nın
bu
kitabı
kesin
mantıksal ve sistematik yapısı, açıkseçik
dili
belirtilerinin
ve
her
bir
kapsamlı,
hastalık
mümkün
olduğunca çok yönlü betimlenişi
tedavi
için
çabalarında
yansımaktadır.
TIP
olarak
tanıma
yararlı
yöntemlerle
Tıp alanındaki çalışmalarda
İbn Sina tarafından elde edilen yeni
sonuçların aktarılışı, kitabın dizgi ve
düzeninde ön plana çıkmaktadır.
Ancak o belirli sorunlarda kendi
bilgi ve bulgularını açıklamış ve
kendinden öncekilerin görüşlerine
eleştiriler yöneltmiştir. Onun tıp
Kanunu’nu
adlı
eseri
eğitiminin standart ders kitabı olarak
kendisini
büyük
ölçüde
Kanun beş kitaptan meydana
ve gelişimi bildirir.
bilimsel
bölüme
(fen)
(taalüm),
özete
(icmal),
www.pozitifbilimlerdergisi.com
kabul
ettirmiştir.
gelmektedir.
İbn Sina, metafizik I, (5), (9), çev., Ekrem
Demirli, Ömer Türker, İstanbul , 2004
İslam
ülkelerinde ve Batı ülkelerinde tıp
ilaçların açıklanışı nedeniyle uyanışı
2
27
Bunlardan
(fasl), ya da yazıya
her
,
biri
derse
ayrıma
(makale)
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
ayrılmıştır.
Bu
bölümleme,
konuların, Kanunu’nu Tıbbın haklı
olarak üne kavuşturan ayrımlı ve
sistematik
bir
şekilde
işlenişini
olabilir kılmıştır.
kozmetik konusundaki düşüncelerini
açıklar.
Beşinci kitap, birleşik ilaçları
tanıtır.
Eczacı
ağırlıklarının
Birinci kitap, genel konuları
listesini
bulaşabileceğini
sorunlarını çocuk tıbbı ile tedavi
bulunmuştur.
ilkelerinin açıklamasını içerir.
suyunun
öğretisi,
alfabesine
yer
alır
göre
basit ilaçlar
ilaçlar
İbrani
düzenlenerek
kullanış alanlarıyla etkileri belirtir.
Üçüncü kitap, özgül patoloji
ve tedavi konuları 22 ders halinde
ele
alınır.
Hastalıkların
ve
verir.
Hastalıkların hava ve su vasıtasıyla
ele alır, tıp biliminin tanımlanışı,
İkinci kitap,
ölçülerinin
öngörüsünde
Bu
nedenle
temizliği,
içme
hastalıkların
tedavisinde ikamet edilecek yerlerin
seçimi, sağlıklı bir hayat sürmek için
yiyeceklerin
seçimi
hakkında
önerilerde bulunmuştur.
28
betimlenişiyle başlar bedenin bütün
uç
notalarıyla
birlikte
açıklar.
Hastalıkların betimlenişinden önce
bu hastalığa yakalanan organların
anatomisi hakkında bilgi verir.
Dördüncü kitap, bütün bedeni
saran
hastalıklara
ayırmıştır.
Depresyon belirtileri, urlar, ödemler,
yaralar,
çıbanlar,
kanamalar,
çıkıklar, kırıklar, zehirlenmeler ve
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
İbn Sina’nın İslam düşüncesinde ve Türk kültür ve düşünce sisteminde
oynadığı roller bütün detaylarıyla incelenip çağın anlama ve algılama biçimine
göre yeniden anlam bilim yöntemiyle kodlanarak şimdiki ve gelecek kuşaklara
sunulmalıdır.
Günümüz anlayış ve imkânlarına göre yeniden okunması
gereklidir. O tam ve gerçek manası ile bir filozoftur. O’nun bir tabip olması,
tarihi bir olgu olarak düşünebildiği halde, metafizikçi (ilahiyatçı) bir filozof
olması ve günümüzün felsefi akımlarından olan “varlıkçı” bir filozof olarak
çağdaşlığını korumakta olduğunu düşünüyorum.
İbn sina tartıştığı ve geliştirdiği felsefi görüşleri ayrıntılı bir şekilde ele
almıştır. Çalışmasındaki temel özelliği, geçmiş felsefi görüşlerin derleme ve
eleştiri İbn Sina’nın külliyatının bir ölçüde göz ardı edilmesi, İslam
dünyasındaki felsefi düşüncenin gelişimi ve sorunları üzerindeki araştırmalarda
her zaman göz önünde tutulması gereken bir olgudur. İlk uluslar arası ibn Sina
kongresi Atatürk tarafından düzenlenmiş ve bu kongrenin bildirileri Türk Tarih
Kurumu’nun VII. Serisinin I no’lu eseri olarak yayınlanmıştır. Bu araştırmalar
çeşitli nedenlerle kurumsallaşamamıştır. Çeşitli akademik araştırmalara konu
olmakla birlikte eserlerinin Türkçe’ye çevrilmesi felsefi mirasın sağlıklı bir
29
zemine oturmasına doğup gelişmesine katkı sağlamasını diliyorum.
Hasan Özdemir
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
Kaynaklar
[1] İbn Sina , Kıtabu’ş Şifa . (fizik ) 6. makale. Blm: 52
[2]1İbn Sina, metafizik I, (5), (9), çev., Ekrem Demirli, Ömer Türker, İstanbul , 2004
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
BİLİMSEL YÖNTEMLER
cDNA Sentezi
cDNA (Complemetary DNA) mRNA’dan sentezlenen DNA kopyasıdır. Doğal
olarak retrovirüslerde sentezlenen Revers transkriptaz enzimi (RNA’ya bağımlı
DNA polimeraz enzimi ) ve bu polimeraz için başlama noktası olarak (primer)
mRNA’nın 3’ucuna komplementer (tamamlayıcı) oligonükleotid Timin (Oligo dT)
kullanılır.
30
Şekil 1: Geleneksel cDNA sentezi 1. Oligo dT primerler ve revers transkriptaz
enzimi kullanılarak cDNA: mRNA hibrit molekülü oluşturulur [1].
İzole edilen total RNA karışımı
içerisinde bulunan mRNA’lar ana
kalıp olarak kullanılır ve cDNA:mRNA
hibrit molekülü oluşturulur. cDNA
www.pozitifbilimlerdergisi.com
manipülasyonlardan önce çift zincirli
hale geçirilmelidir. Bu yüzden DNA
polimeraz I enzimi (Klenow enzimi)
kullanılır.
bu
enzimin
5’-3’
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
ekzonükleaz aktivitesi yoktur. Bu
şekilde yeni sentezlenen DNA
zincirinin degredasyonu engellenmiş
olur. Bu polimerazın çalışabilmesi
için mRNA:cDNA hibrit molekülünün
birbirlerinden ayrılması gerekir. Bu
işlem sıcaklık arttırılması veya alkali
ortamda muamele edilme ile
gerçekleştirilir. Sonuçta tek zincirli
cDNA oluşur. (Şekil 2) Oluşan bu ss
cDNA kendi üzerinde katlanarak bir
primer oluşturur ve bu primer
kullanılarak yeni zincir sentezlenir.
Zincirin birleşik olan ucu bir nükleaz
yardımıyla kesilir.
31
Şekil 2: Geleneksel cDNA sentezi 2.
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
cDNA sentezi için başka bir
stratejide RNAse H kullanımıdır. Bu
enzim RNA: DNA hibritini tanır ve
RNA’yı spresifik olmayan birçok
noktadan keser. Bu kesilen parçalar
dışında kalan kısımlar polimeraz için
primer rolü oynar ve yeni DNA
zinciri
sentezlenir.
Kullanılan
Polimerazın
5’-3’
ekzonükleaz
aktivitesi
RNA
parçalarının
çıkarılmasında
kullanılır.
Yeni
sentezlenen parçalar birbirlerine T4
DNA ligaz enzimi ile bağlanır.(Şekil 3)
cDNA, klonlama çalışmaları için
oldukça
önemlidir.
Ökaryotik
genlerinde bulunan intronlar mRNA
üretimi sırasında çıkarılmaktadır. Bu
mRNA’lardan
sentezlenen
cDNA’larda
da
bu
intronlar
bulunmaz. Bu bakımdan bir genin
vektöre klonlanması çalışmalarında
öncelikle cDNA sentezlenir.
çalışma buz üzerinde yapılmalıdır.
Kalıp olarak çok iyi ve temiz izole
edilmiş RNA’ya ihtiyaç vardır. Primer
olarak
mRNA’nın
3’
ucuna
tamamlayıcı oligo dT’ler gereklidir.
Reaksiyonda kullanılacak olan su
kesinlikle RNAse içermemelidir. Bu
nedenle
RNAse
inhibitörü
kullanılmalıdır. dNTP karışımları ve
Revers transkriptaz enzimi de
reaksiyon için gerekli olan diğer
materyallerdendir.
cDNA sentezi temelde PCR
mantığı ile çalışır.
Protokol
1. zincir sentezi
1. *Kalıp RNA 4 µl (10ng - 5 µg)
*Random primerler (0.5 µg/ µl)
ya da
32
gen spesifik primer(2 pmole/ µl)
*1 µl RNase free water 4 µl
Karıştırılır ve spin yapılır.
Materyaller ve İzolasyon Koşulları
cDNA
sentezi,
klonlama
çalışmalarında günümüzde oldukça
yaygın olan ticari kitler sayesinde
yapılmaktadır.
cDNA sentezi çok hassas
çalışma ortamı gerektirir. Tüm
www.pozitifbilimlerdergisi.com
2. 70 ̊ de 5 dakika inkübe edilir.
3. Süre sonunda hemen buza alınır.
A. Fermentase
4. *5x Reaction Buffer 4 µl
*Ribolock™ (20 U/ µl)* 1 µl
*10 mM dNTP mix 2 µl
*BSA (20 µg/ µl) 1 µl
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
*RevertAid™ RT (200 U/ µl) 1 µl
*RNase free water 2 µl
B. Promega
*5x Reaction Buffer 4 µl
*RNasin™ (40 U/ µl)* 0.5 µl
*MgCl2 (25mM) 2.5 µl
*10 mM dNTP mix 2 µl
*BSA (20 µg/ µl) 1 µl
*ImProm-II™ RT (200 U/ µl) 1 µl
C. İnvitrogen
*5x Reaction Buffer 4 µl
*10 mM dNTP mix 2 µl
*0.1 M DTT* 1 µl
*RNaseOUT™ (40 U/ µl)* 1 µl
*BSA (20 µg/ µl) 1 µl
*RNase free water 1 µl
*SuperScript™ III RT (200 units/μl)*
1 µl
Maddeleri başlangıç karışımına
eklenir.
5. 25 ̊ de 5 dakika inkübe edilir.
(rastgele primerler için) ardından 60
dakika 42 ̊ de inkübe edilir.
Sonrasında 70 ̊ 15 dakika muamele
edilir.
2. Zincir sentezi
1. * DNA Polymerase I reaction
buffer 1 µl
* DNA Polymerase I 0.75 µl
*RNase H, E.coli 0.2 µl
*DDW 3.05 µl
*Template cDNA 5 µl
Maddeleri karıştırılır.
2. 15 ̊ de 2 saat inkübe edilir.
3. Deaktivasyon için 75 ̊ de 10
dakika inkübe edilir.
33
4. Oluşan karışım fenol kloroform
ile çöktürülür[2] .
Not: cDNA sentezi için kullanılan
mantık yukarıda anlatılmıştır. Her
kitin kendine özgü protokolü
bulunmaktadır.
Ayşenur ÖZDEMİR
Erzurum Teknik Üniversitesi
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
Kaynaklar
[1] http://dwb4.unl.edu/
[2] Roey Angel - Max-Planck-Institute for Terrestrial Microbiology protokollerinden çevrilmiştir.
34
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Şubat/2014, Sayı 3
Pozitif Bilimler Dergisi
Sizlerde Dergimize yapmış olduğunuz Derleme ve
çalışmalarınızı gönderebilirsiniz…
…
35
Pozitif Bilimler DERGİSİ
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
www.pozitifbilimlerdergisi.com
[email protected]
Author
Document
Category
Uncategorized
Views
2
File Size
1 984 KB
Tags
1/--pages
Report inappropriate content