Dr. Melike BAKIR *1989 - GeneChip Prototipi (Affymetrix ) *1994 – GeneChip (Affymetrix) *1994 - cDNA array (Standford Üniversitesi) *1994 - Scanner (Affymetrix) *1996 – Array *1997 – S.cerevisiae *Hücrede hangi gen hangi seviyede aktif *Gen ekspresyon profillerinin karşılaştırılması *Deneme koşullarında hangi genin ifadesi artmış hangisi azalmış *Hangi genler daha fazla rol almış *Yeni genlerin, gen yolaklarının keşfi vb. Deneme Deseninin Oluşturulması ve Örneklerin Toplanması RNA izolasyonu ve Kontrolü İşaretleme Örneklerin Yüklenmesi Hibridizasyon ve Yıkama Tarama Analiz Biotin - işaretli cRNA transcripti B + Poly (A) RNA Or Total RNA IVT cDNA Biotin-UTP Biotin-CTP B B B B B Fragment heat, Mg2+ B Hybridizasyon B B B B B Yıkama & Boyama Tarama Biotin - işaretli cRNA fragmentleri Slide-Based Array Dual label Cy3, Cy5 GeneChip Array Biotin streptavidin Hybridize Prob Hücresi GeneChip Prob Array Tek zincirli işaretli RNA * * * * * Oligonükleotit prob 24µm Spesifik bir oligonükleotit probun milyon 1.28cm >200,000 farklı komplementer prob Hibridize Prob Array Görüntüsü (12-20/gene) probe pair Mismatch probe cells Cy3 Referans mRNA izolasyonu cDNA sentezi hibridizasyon cRNA’nın işaretlen mesi Cy3>Cy5 Cy5>Cy3 Test Cy5 Cy3=Cy5 -Deneme Deseni Akciğer tümörü-Karaciğer tümörü-Böbrek tümörü Kuraklık stresi vs Tuz stresi vb. -Görüntü Analizi-raw data -Normalizasyon ve Dataların filtrelenmesi Fold change: p value :Type I error (a, “p-value”)—false positives Type II error (b)—false negatives p<0.05 “ROC” (receiver-operator characteristic) curve False Discovery Rate (FDR, or q-value): q=0.05 -Dataların İşlenmesi (PCO, Venn, Cluster, vb.) PCO analizi Venn Şeması 780 Böbrek Tümörü 87 51 20 Akciğer Tümörü 568 42 Karaciğer Tümörü 350 Cluster Analizi Cholesterol Biosynthesis Cell Cycle Immediate Early Response Signaling and Angiogenesis Wound Healing and Tissue Remodeling 1- Verilerin elde edildiği örneğe ait RNA ile 2- Aynı koşullarda yeniden deneme oluşturulması ve RNA izolasyonu Metot : Northern Blots, qPCR vb. *Ekspresyon array *Protein mikroarray *Resequencing array *CGH arraylar (Comparative Genomic Hybridzation) *SNP array *Antibody array *Exon array (Alternative Splice Variant Detection) *Doku array *Tilling array
© Copyright 2024 Paperzz
