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CURRICULUM VITAE ET STUDIORUM

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Dichiarazione redatta ai sensi degli artt. 46 e 47 D.P.R. 28.12.2000, N. 445
La sottoscritta Giulia Menconi
codice fiscale MNCGLI76B68L833M
nata a Viareggio (LU) il 28/02/1976, sesso femminile
attualmente residente a PISA (PI) in Via XXIV Maggio 6A, C.A.P. 56123
telefono 3282253144, e-mail: [email protected]
consapevole che le dichiarazioni mendaci sono punite ai sensi del codice penale e
delle leggi speciali in materia
dichiara che il seguente documento corrisponde al proprio
CURRICULUM VITAE ET STUDIORUM
DATI PERSONALI
• Luogo e data di nascita: Viareggio (LU), 28/02/1976
• Cittadinanza:
italiana
• Telefono:
+39 3282253144
• E-mail:
[email protected]
FORMAZIONE e TITOLI
Marzo-Maggio 2014
Innovative Practices for Engaging STEM Teaching
corso di 8 settimane nel framework European Schoolnet Academy
Gennaio-Marzo 2014
Corso di Formazione e Aggiornamento (15 ore)
Lingua, matematica e scienze. Anche le discipline scientifiche parlano l’italiano
Progetto dell’Accademia della Crusca
e del Liceo Scientifico A.M. Enriques Agnoletti (Sesto Fiorentino),
e con la partecipazione del CAFRE (Centro di Aggiornamento,
Formazione e Ricerca Educativa) dell’Universit`a di Pisa
2013
Ammessa al Master (biennale) di II livello
Professione formatore in didattica della Matematica
presso Universit`a di Pisa a partire dall’A.A. 2012/2013
2013
Diploma Teaching Knowledge Test:Content and Language Integrated Learning
Cambridge University Certificate.
Band 3: breadth and depth of knowledge of TKT:CLIL content areas
2012
Idoneit`
a nella valutazione comparativa
per incarichi di collaborazione presso l’INVALSI (sel. 8/2012, punti 24.5)
2011
• Attestato di riconoscimento della Fondazione ”Marisa Bellisario”
Motivazione: Per l’eccellente e brillante professionalit`
a e competenza
profuse nel campo della ricerca, dell’innovazione e dello sviluppo
• Candidata al Premio Marisa Bellisario 2011 ”Donne: innovazione e
capitale umano”, categoria Giovani Ricercatrici e Talenti
dell’Innovazione
01/11/2008-31/10/2011
Vincitrice (prima classificata) di una borsa post-doc dell’Istituto
Nazionale di Alta Matematica e Compagnia di San Paolo sul tema
“Theoretical modelling of spatiotemporal genome dynamics through
the study of mobile elements in yeast” da svolgersi presso la sede
INDAM presso il Dipartimento di Matematica
dell’Universit`a “Sapienza” di Roma.
01/09/2007-31/08/2008
Vincitrice di un assegno di ricerca dell’Istituto Nazionale di
Alta Matematica sul tema “Entropie e distanze di similarit`
a”
da svolgersi presso il Dipartimento di Matematica Applicata
dell’Universit`a di Pisa.
01/10/2005-31/05/2007
Vincitrice di un assegno di ricerca del Dipartimento di
Matematica, Universit`a di Bologna sul tema
“Fisica matematica dei sistemi complessi”
06/01/2004-06/02/2004
Post-doc fellow presso l’Universit´e Pierre et Marie Curie,
Paris, France (Lab. Analyse Numerique), supervisor:
prof. H. Berestycki(Ecole des Hautes Etudes en Sciences
Sociales), facente parte del Research Training Network
“Fronts-Singularities” (RTN contract: HPRN-CT-2002-00274,
coordinator prof. Haim Brezis).
15/09/2003
Conseguimento del titolo di Dottore di ricerca
in Scienza dei sistemi complessi
presso l’Universit`a di Pisa in collaborazione con il C.I.S.S.C.
Centro Interdisciplinare per lo Studio dei Sistemi Complessi.
Tesi dal titolo: “Nonlinear dynamics and Information
with applications to biological and physical systems”
difesa il 15 settembre 2003.
Commissione: H. Berestycki (Ecole des Hautes Etudes
en Sciences Sociales, Paris), L. Sacerdote (Universit`a di Torino,
Dipartimento di Matematica), M. Iannelli (Universit`a di Trento,
Dipartimento di Matematica).
Advisors: Prof. Vieri Benci (Universit`a di Pisa, Dipartimento
di Matematica Applicata) e prof. Marcello Buiatti
(Universit`a di Firenze, Dipartimento di Biologia Animale
e Genetica).
01/10/2001-30/09/2005
Vincitrice di un assegno di ricerca del Dipartimento di
Matematica Applicata, Universit`a di Pisa sul tema
“Applicazioni di tecniche di Dinamica Nonlineare
allo Studio Statistico del DNA”
10/09/2001-05/10/2001
Visiting student at Center for Nonlinear Science
(Texas Woman’s University) and Physics Department
(University of North Texas), Denton, Texas, USA
01/02/2001
Abilitazione all’insegnamento nella scuola secondaria
per la classe di concorso 047/A - MATEMATICA,
conseguita tramite superamento del concorso ordinario
DDG 31/3/1999 con punteggio 78.10.
01/01/2000-31/12/2002
Frequenza del corso di Dottorato di ricerca
in Scienza dei sistemi complessi
presso l’Universit`a di Pisa
29/04/1999
Laurea in Matematica (indirizzo applicativo)
conseguita presso l’Universit`a degli Studi di Pisa (A.A. 1997-98)
con votazione 109/110.
Tesi svolta presso il Dipartimento di Matematica e
l’Istituto di Fisiologia e Biochimica
dell’Universit`a di Pisa ed in collaborazione con
l’Istituto di Neurofisiologia del CNR di Pisa,
dal titolo: ”Verso un modello matematico del danno
ossidativo nei fotorecettori retinici”.
Relatori: Prof. Paolo Acquistapace, Prof. Giovanni Prodi.
1994
Maturit`
a classica presso il Liceo Ginnasio
“Galileo Galilei” di Pisa con votazione 60/60 e
con pubblicazione della prova scritta di Italiano
da parte del Provveditorato agli Studi di Pisa.
ULTERIORI ESPERIENZE PROFESSIONALI
15/11/2013
Beneficiaria di permessi per Diritto allo Studio (anno 2014)
Prot.n.AOODRTO/3737/C27h (6/12/2013) USR Toscana-Pisa
15/11/2013
Corso di formazione ed aggiornamento professionale
LA MATEMATICA NEL MONDO CONTEMPORANEO
Progetto Accademia dei Lincei MIUR
I Lincei per una nuova didattica nella scuola: una rete nazionale
Scuola Normale Superiore, Pisa
7-10-16/05/2013
Incarico come osservatore esterno INVALSI di primo e secondo livello
per prove nella II e V primaria e II secondaria di secondo grado
prestazione di lavoro autonomo occasionale sel 3/2013
19/04/2013-02/05/2013
eTwinning Learning Lab - 17h online training
Moving to Math2.0
Programma LLP-Comenius, European Commission
18-28/03/2013
eTwinning Learning Lab - 25h online training
Teachers & Pupils in the eTwinning Classroom
Cross-Cultural Analysis, Creativity & Revolution in Education
Programma LLP-Comenius, European Commission
5/03/2013
Seminario online di base eTwinning - 5 marzo 2013
Programma LLP-Comenius, European Commission
12/07/2007-31/08/2007
Contratto di Prestazione occasionale presso il
Dipartimento di Matematica Applicata dell’Universit`a di Pisa
su “Sviluppo di software per l’analisi e la gestione di database
di serie temporali, la clusterizzazione di sequenze,
la visualizzazione grafica dei risultati e
relativi manuali di istruzioni”.
01/09/2004-oggi
Docente di ruolo sulla cattedra di Matematica (classe A047)
presso l’I.T.A. “C. Cattaneo”, Cecina (LI).
` E COMPETENZE
CAPACITA
• alta capacit`
a di relazione con scienziati e professionisti di campi diversi
• visione globale dei problemi e adattamento delle strategie di risoluzione
• definizione e rispetto delle priorit`
a
• capacit`
a organizzative e di suddivisione e gestione dei ruoli
• attitudine all’attivit`
a divulgativa e didattica
• plasticit`
a nell’apprendimento, anche di materie non matematiche
• esperienza di gestione fondi di ricerca, valutazione utilizzo proficuo delle risorse
• primo contatto e poi partecipante attivo a collaborazioni conto terzi Universit`a/impresa (A. Manzoni & C. SpA, Milano)
LINGUE STRANIERE
• Italiano: madrelingua
• Inglese: Diploma della Cambridge University: Certificate of Proficiency in
English (2003). Comprensione: C2; scritto: C2; parlato: C2.
• Francese. Comprensione: C1; scritto: C1; parlato: C1.
INTERESSI DI RICERCA
(A) Genomica computazionale: siti fragili e dinamica del genoma mobile
(B) Identificazione di motivi e analisi linguistica su genomi completi
(C) Teoria algoritmica dell’informazione e Compressione Dati
(D) Compressione, analisi funzionale e filogenetica in genomi completi
(E) Biostatistica e Analisi di serie temporali: segnali biologici, biomedici
(F) Entropia ed Informazione in sistemi dinamici caotici e debolmente caotici
(G) Reti booleane e automi cellulari
(H) Metriche di similiarit`
a tra stringhe e sorgenti d’Informazione
COLLABORAZIONI (ultimi 5 anni)
• Dipartimento di Informatica, Universit`a di Pisa: linee A,B,C,H.
• Dipartimento di Biologia, Universit`a di Pisa: linee A,B,E.
• Institute of Research on Cancer and Aging, Nice, France: linea D.
• Molecular genetics and Cytogenetics Unit, Gaslini Institute, Genova, Italia:
linee A, B.
• Istituto di Biofisica, CNR: linea A,B,D,E.
PUBBLICAZIONI
Articoli su riviste con referee e in peer-reviewed conferences
1. Menconi G., Battaglia G., Grossi R., Pisanti N., Marangoni R., ”Mobilomics
in Saccharomyces Cerevisiae strains”, BMC Bioinformatics, 14,1:102 (2013)
2. Menconi G., Battaglia G., Grossi R., Pisanti N., Marangoni R., A taste of
yeast mobilomics, in Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Vilamoura Algarve, Portugal,
1-4 February 2012, DOI: 10.5220/0003702302710274, pages 271-274 (2012)
3. Menconi G., Puliti A., Sbrana I., Conti V., Marangoni R., ”A top-down
linguistic approach to the analysis of genomic sequences: The metabotropic
Glutamate receptors 1 and 5 in Human and in Mouse as a case study”,
Journal of Theoretical Biology, 270 (2011), pp. 134-142
4. Menconi G., Battaglia G., Pisanti N., Grossi R., Marangoni R., ”Inferring
mobilome elements in S. cerevisiae strains”, International Conference on
Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Roma 26-29 Jan 2011,
SciTePress, ISBN: 978-989-8425-36-2,pp. 131-136 (2011)
5. Calcagnile LM, Galatolo S., Menconi G., ”Non-sequential recursive pair substitutions and numerical entropy estimates in dynamical systems”, Journal
of Nonlinear Science , 20, Issue 6, page 723 (2010).
6. Franciosi M., Menconi G., ”Multidimensional analysis on advertising market”, Far East Journal of Applied Mathematics , 47, 1, 35-49 (2010)
7. Farinelli C., Menconi G., ”Entropy and Parsing for ergodic sources”, Applied
Mathematical and Computational Sciences, 2,1, 1-16 (2010)
8. Degli Esposti M., Farinelli C., Menconi G., ”Sequence distance via parsing
complexity: heartbeat signals“, Chaos, Solitons and Fractals, 39, 991-999
(2009).
9. Menconi G., Benci V., Buiatti M., “Data compression and genomes: a two
dimensional life domain map”, J. Theoret. Biol., Volume 253, Issue 2, 21
July 2008, Pages 281-288 (2008).
10. Contucci P., Gallo I., Menconi G., “Phase transitions in social sciences: twopopulations mean field theory”, Int. Jou. Mod. Phys. B, Vol. 22, N. 14,
1-14 (2008)
11. Menconi G., Marangoni R., ”A compression-based approach for coding sequences identification I. Prokaryotic genomes”, Journal of Computational
Biology , 13,8 (2006).
12. Bonanno C., Menconi G., Benci V., Cerrai P., “Computable Information
Content and Boolean networks dynamics”, Complex Systems, 16, 2, 155174 (2006).
13. Benci V., Menconi G., “Some remarks on the definition of Boltzmann, Shannon and Kolmogorov entropy”, Milan Journal of Mathematics , 73, 187–209
(2005).
14. Menconi G., “Sublinear growth of information in DNA sequences”,
Bulletin of Mathematical Biology, 67, 4, 737–759 (2005).
15. Benci V., Bonanno C., Galatolo S., Menconi G., Virgilio M., “Dynamical
systems and computable information”, Discrete and Continuous Dynamical
Systems - B, 4, 4, 935–960 (2004).
16. Bellazzini J., Menconi G., Ignaccolo M., Buresti G., Grigolini P., “Vortex
Dynamics in evolutive flows: a weakly chaotic phenomenon”, Physical Review E, 68: 026126 (2003).
17. Allegrini P., Benci V., Grigolini P., Hamilton P., Ignaccolo M., Menconi G.,
Palatella L., Raffaelli G., Scafetta N., Virgilio M., Yang J., “Compression
and Diffusion: A Joint Approach to Detect Complexity”, Chaos, Solitons &
Fractals, 15,3 , 517–535 (2003).
18. Bonanno C., Menconi G., “Computational Information for the logistic map
at the chaos threshold”, Discrete and Continuous Dynamical Systems - B,
2, 3, 415–431 (2002).
19. Bonanno C., Galatolo S., Menconi G., “Information of sequences and applications”, Physica A, 305, 1-2: 196-199 (2002).
20. Argenti F., Benci V., Cerrai P., Cordelli A., Galatolo S., Menconi G., “Information and Dynamical Systems: a concrete measurement on sporadic
dynamics”, Chaos, Solitons & Fractals, 13, 3, 461-469 (2002).
Atti e abstract di convegni, pubblicazioni interne, divulgative e preprint
21. Grossi R., Menconi G., Pisanti N., Sagot M.F., ”Structured motifs: don’t
mind the gap!”, extended abstract, SPIRE 2011 Workshop on the Algorithmic Analysis of Biological Data.
22. Menconi G., Sbrana I., ”Genome-wide DNA conformational flexibility in
yeast”, poster, BITS 2011.
23. MenconiG., Battaglia G., Pisanti N., Grossi R., Marangoni R., ”Mobilome
inference in yeast genomes”,poster, BITS 2010
24. Menconi G., Puliti A., Sbrana I., Conti V., Marangoni R. ”What a topdown linguistic analysis can tell about genomic sequences: the Glutamate
metabotropic receptors 1 and 5 in Human and in Mouse as a case study”,
technical report Dip. Informatica, Univ. Pisa TR-09-14 (2009)
25. Menconi G., Felicioli C., Marangoni R., ”About LTR recurrence in yeast
strains”, technical report Dip. Informatica, Univ. Pisa TR-09-15 (2009)
26. Vieri Benci, Claudio Bonanno, Stefano Galatolo, Giulia Menconi, Federico
Ponchio, Orbit Complexity and Entropy: A Computational Approach, Plurimondi, 6 (2008).
27. Calcagnile L.M., Galatolo S.,Menconi G., Non-sequential recursive pair substitutions and numerical entropy estimates in symbolic dynamical systems,
submitted, preprint arXiv:0809.1342v1
28. Franciosi M., Menconi G., Multi-dimensional sparse time series: feature
extraction, arXiv:0803.0405.
29. Farinelli C., Menconi G., “Entropy and Parsing for ergodic sources”, Quaderni del Dipartimento di Matematica Applicata, Universit`a di Pisa, 1 (2008),
submitted.
30. Menconi G., Bellazzini J., Bonanno C., Franciosi M.,“Information Content
towards a neonatal disease severity score system”, Mathematical Modeling
of Biological Systems, Volume I. A. Deutsch, L. Brusch, H. Byrne, G. de
Vries and H.-P. Herzel (eds). Birkhauser, Boston, 313-320 (2007)
31. Menconi G., Conti V., Puliti A., Marangoni R., Exploring the properties of
a eukaryotic gene by using a complexity-based algorithm, abstract e poster,
RECOMB 2006, Research in Computational Molecular Biology, (2006)
32. Menconi G., Dionisi F., Marangoni R., Extraction of recurrent motifs in
synthetic genomic sequences via dictionary-based compression, abstract e
poster, BITS 2006, Bioinformatics in Italy (2006)
33. Benci V., Buiatti M., Menconi G., Information and Phylogenesis on complete
genomes, Quaderni del Centro Interdisciplinare per lo Studio dei Sistemi
Complessi, Universit`
a di Pisa, 1 (2005).
34. Menconi G., Marangoni R., “A compression-based approach for coding sequences identification in prokaryotic genomes”, abstract, The Bioinformatics
Italian Society Annual Meeting (2005).
35. Menconi G., “Information Content towards a neonatal disease severity score
system”, abstract, The European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, (2005).
36. Menconi G., Marangoni R., “A compression-based approach for coding sequences identification. Application to prokaryotic genomes”, abstract, European conference on Computational Biology (2005).
37. Benci V., Menconi G., “Computable Information Content and a simple application to the study of DNA”, in “Nonlinear equations: Methods, Models
and Applications”, Progress in Nonlinear Differential Equations and their
applications, vol. 54, 19–21, Birkhauser Verlag, (2003).
38. Menconi G., “A compression algorithm as a complexity measure on DNA sequences”, in Determinism, Holism and Complexity, p.221, Atti dell’omonimo
convegno tenutosi ad Arcidosso (GR), 2-8 Settembre 2001, Vieri Benci et al.
editors, Kluwer Academic/Plenum Publishers, NY (2003).
39. Fronzoni L., Galeotti L., Menconi G., “Measure of Diffusion Entropy of weak
turbulence in sample of nematic liquid chrystal”,in Determinism, Holism and
Complexity, p.87, Atti dell’omonimo convegno tenutosi ad Arcidosso (GR),
2-8 Settembre 2001, Vieri Benci et al. editors, Kluwer Academic/Plenum
Publishers, NY (2003).
40. Menconi G., ”Nonlinear Dynamics and Information with applications to biological and physical systems”, tesi di dottorato, Universit`a di Pisa (2003).
41. Menconi G.,“Universal features of one parameter families of maps on the
interval”, appendice a Stefano Marmi, “Dynamical Systems: An Introduction”, Scuola Normale Superiore, 2002
http://www.math.sns.it/degiorgi/dynsys/gruppo/biblio.html
Lavori in preparazione o sottomessi per la pubblicazione
42. Menconi G., Bedini A., Barale R., Sbrana I., DNA Conformational Flexibility on S. cerevisiae: a genome-wide analysis reveals association of yeast
flexibility peaks with polyadenylation signals, submitted.
43. Menconi G., Bedini A., Sbrana I., DNA Conformational Flexibility and human fragile sites.
44. Menconi G., Bedini A., Sbrana I., DATAFLEX: multispecies genome-wide
dataset of DNA conformational flexibility.
SEMINARI e COMUNICAZIONI SCIENTIFICHE
• Seconda giornata Toscana di Bioinformatica e Systems Biology, Firenze,
17-18 Ottobre 2013, talk: Mobilomics in yeast.
• Giornate Toscane di Bioinformatica, 29 Marzo 2012, Dip. Informatica,
Univ. Pisa, talk: ”Analisi computazionale della flessibilit`a nel DNA”
• Talk: ”Ty or not Ty? A trip into mobilomics ”, su invito del team di
Gianni Liti, 22 Marzo 2012, Institute of Research on Cancer and Aging,
Univ. Nice Sophia Antipolis, France
• SPIRE 2011-WAABD Workshop on the Algorithmic Analysis of Biological
Data (Pisa, October 21, 2011) talk: Structured motifs: don’t mind the
gap!
• European Genomics Meeting-2011, CNR Area Tor Vergata, Rome, Italy,
October 10-11, 2011, invited talk: A Top-down strategy to unravel
genomic features: a case study on human and mouse genes
• Bioinformatics Italian Society workshop, Pisa, 20-22 Giugno 2011, selected abstract (poster): Genome-wide DNA conformational flexibility in
yeast
• INDAM, 7 Giugno 2010, talk:Un salto nel lievito! La Matematica non `e
una pizza
• Complexity in Life and Socio-Economic Sciences, Bologna, 21-22 Maggio
2010, talk su: Mobile DNA and flexibility: rearrangements in yeast
genomes
• Seminari di Fisica Matematica del Dipartimento di Matematica, Universit`a di Bologna, Marzo 2010, talk su: ”(un)Masking mobile DNA in
domestic and wild yeasts”
• Workshop Biophys 09 - Biology and beyond, September 7 - 9, 2009 Arcidosso (GR), Italy, talk: ”A priori linguistic analysis of genomic sequences: the Glutamate metabotropic receptors 1 and 5 in Human and in
Mouse as a case study”.
• Bioinformatics Italian Society workshop, Genova, 18-20 Marzo 2009, poster presentation: “A linguistic approach towards the functional characterization of intragenic non-exon sequences”.
• Seminario sul tema ”Experimental approaches to transposon yeast dynamics”, Dipartimento di Informatica, Universit`a di Pisa, 3 febbraio 2009.
• Workshop AUSED La Matematica per l’industria (case-study e idee per il
mondo del business), Milano, 22 febbraio 2007, invited speaker su Caos
e quantit`a d’informazione - Matematica e Medicina.
• Seminario sul tema:”Distanze tra sequenze e tra sorgenti: entropia relativa
e parsing” , Dipartimento di Matematica Applicata, Universit`a di Pisa,
27 Febbraio 2006.
• Workshop Caos, Complessit`
a e Informazione III, Bologna, 20-21
Marzo 2006, intervento su Distanze tra sequenze ed applicazioni a sequenze biologiche.
• Ciclo di seminari “Propriet`a statistiche di sistemi dinamici e Informazione”, intervento su Sistemi dinamici e Informazione computabile, Dipartimento di Matematica Applicata, Universit`a di Pisa, 10-11 Gennaio
2005.
• Seminario sul tema ”Automi cellulari per flussi di traffico veicolare”, Dipartimento di Matematica, Universit`a di Bologna, 27 gennaio 2005.
• The Bioinformatics Italian Society Annual Meeting 2005, 17-19
Marzo 2005, Milano, presentazione del poster “A compression-based
approach for coding sequences identification in prokaryotic genomes“.
• Seminario sul tema ”Complessit`a di un sistema: partizioni, vocabolari
ottimali ed entropia di Boltzmann-Shannon”, Dipartimento di Matematica, Universit`a di Bologna, 7 Luglio 2005.
• The European Conference on Mathematical and Theoretical Biology - ECMTB05, Dresden, Germany, 18-22 July 2005. Poster presentation: “Information Content towards a neonatal disease severity
score system”.
• European conference on Computational Biology, Madrid, Spain,
Sept 28-Oct 1, 2005, presentazione del poster “A compression-based
approach for coding sequences identification. Application to prokaryotic
genomes”.
• School in Nonlinear Analysis and Calculus of Variations, Dipartimento di Matematica dell’Universi`a di Pisa e Scuola Normale Superiore, 22 ottobre 2005. Seminario dal titolo “Entropies, partitions and
optimal dictionaries”.
• In seno al Seminaire math´
ematiques discret`
es et sciences sociales,
C.A.M.S., E.H.E.S.S. Paris, presentazione di un seminario dal titolo
“Information of finite and infinite symbol sequences: from dynamical
systems to DNA sequences”, 2 febbraio 2004.
• Seminario presso il Dipartimento di Informatica dell’Universit`a di
Pisa dal titolo “”CASToRe: un algoritmo di compressione e le sue
applicazioni a sequenze large-scale di DNA genomico”, 1 marzo 2004.
• Workshop Nonlinear Dynamics and noise in biological systems,
Universit`a di Torino, 19-21 Aprile 2004, seminario dal titolo “Sublinearity of Information content in DNA sequences”.
• In seno al Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Micro´
electronique de Montpellier (LIRMM), Unit´e Mixte de Recherche
de l’Universit´e Montpellier II et du Centre National de la Recherche
Scientifique (CNRS), d´epartement Sciences et Technologies de l’Information et de la Communication, Montpellier, France, “Information
content and the complexity of DNA sequences”, invited talk, 26 aprile
2004.
• Workshop Caos, Complessit`
a e Informazione II, Bologna, 10-12 maggio 2004; seminario “Information Content in DNA sequences: from
nonlinearity to phylogeny”.
• Workshop Reti Geniche e Complessit`
a, Domus Galilaeana, Pisa, 25
Novembre 2004, seminario su “Informazione e dinamica su reti”.
• Research period on Interacting Particles and Computational Biology, Centro di ricerca matematica ”Ennio De Giorgi”, Scuola Normale Superiore di Pisa, January 10 - March 10, 2003, seminario dal titolo ”Computable Information Content: the Kolmogorov-Sinai entropy
down to earth” .
• In seno ai Seminari di Analisi Nonlineare del dipartimento di Matematica,
Universit`a di Pisa: “Entropia ed informazione nei sistemi dinamici”,
25 marzo 2003.
• Partecipazione al Workshop The Science of Complexity: Chimera or
reality? tenutosi ad Arcidosso (GR), 2-5 settembre 2003, con presentazione di un seminario dal titolo ”Compression algorithms and DNA
sequences”.
• ECMTB2002 workshop on Mathematical Modelling and Computing in Biology and Medicine organizzato dalla European Society
of Mathematical and Theoretical Biology (ESMTB), Milano, 2-6 luglio
2002. Talk dal titolo “Computable complexity and repetitive sequences
in complete genomes”, field: Bioinformatics and Computational Biology.
• Workshop Aspects of Complexity and its Applications organizzato da The Center for Statistical Mechanics and Complexity (SMC)
e dall’Istituto Nazionale per la Fisica della Materia (INFM), Universit`a di Roma “La Sapienza”, 23-25 settembre 2002. Presentazione del
poster “Dynamical systems and Information” e di un invited talk dal
titolo “Weakly chaotic genetic sequences”.
• Incontro in seno al progetto Forum of Theoretical Physics - Istituto
Nazionale di Fisica della Materia svoltosi presso il dipartimento di
Fisica dell’Universit`a di Firenze il 2 Aprile 2001, con presentazione di
un seminario dal titolo “L’informazione nel caso della dinamica sporadica e della transizione al caos”.
• International School and Workshop on “Non Extensive Thermodynamics and physical applications” tenutosi a Villasimius (Cagliari) dal 23 al 30 Maggio 2001, con presentazione di un poster dal
titolo “Information of finite and infinite sequences and applications to
dynamical systems”.
• Partecipazione al Workshop Determinism, Holism and Complexity
tenutosi ad Arcidosso (GR), 3-8 settembre 2001, con presentazione di
un seminario dal titolo “DNA analysis via Statistical and Information
Theoretical methods”.
PARTECIPAZIONE A SCUOLE e CONVEGNI
• SPIRE—Symposium on String Processing and Information Retrieval,
Pisa, 17-21 October 2011
• The Bioinformatics Italian Society Annual Meeting 2011, Pisa, 20-22 Giugno 2011
• DNA knots, Centro di Ricerca Matematica ”E. De Giorgi”, Scuola Normale Superiore, Pisa, 15-16 Giugno 2011
• Next Generation Sequencing Workshop 2011, presso EMBL-EBI (European Bioinformatics Institute), Hinxton, Cambridge, UK, 4-6 Aprile
2011
• The NGS Day: the first UNIMORE workshop on Next Generation Sequencing, Modena, 22 Febbraio 2011
• MathCell 2010, CNR, Roma,14-15 December 2010.
• Yeast: an evergreen model system. Sapienza, Universit`a di Roma, 22-25
settembre 2010.
• In Vino Veritas: from yeast ecological genomics to systems biology, Universit`a di Firenze, 8 luglio 2010.
• The EBI Bioinformatics Roadshow, Firenze, 8-10 aprile 2010
• Mathematical Models in Life Science: Theory and Simulation, Roma,
November 9-11, 2009
• Sixth International Meeting on computational intelligence methods for
bioinformatics and biostatistics, 15-17 October 2009 - Genova (Italy)
• Giornata INDAM 2009, Torino, 5 Giugno 2009
• Meccanica, conference in honor of Sandro Graffi on his 65th birthday,
Bologna, August 2-30, 2008
• Miniworkshop How can Mathematics contribute to social sciences?, Dipartimento di Matematica, Universit`a di Bologna, 2 Marzo
2006.
• Dynamics and Fluctuations in Extended Systems, Institut Henri
Poincar´e, Paris, France, 18-22 Aprile 2005.
• School in Nonlinear Analysis and Calculus of Variations, dedicated to Giovanni Prodi for his 80th birthday, Dipartimento di Matematica, Universit`a di Pisa e Scuola Normale Superiore, 17-22 ottobre
2005.
• R´
eunion Alphy - Alignement et Phylog´
enie, organizzata dal CNRS e
dalla Universit`a di Marseille Luminy, 15-16 gennaio 2004, Lyon, France.
• Inhomogeneous Random Systems - Interacting particle systems:
new trends with applications to biology and economics, 28
gennaio 2004, Institut Henri Poincar´e, Paris, France.
• SPIRE Symposium on String Processing and Information Retrieval, Padova, 5-8 ottobre 2004.
• Research period on Probability and Statistical Mechanics in Information Science, Centro di ricerca matematica ”Ennio De Giorgi”,
Scuola Normale Superiore di Pisa, May 20 - July 20, 2003.
• Symbolic Dynamics and Ergodic Theory, Third workshop of the
Warwick Dynamics Symposium 2002-2003, 7-18 luglio 2003.
• Course on Random Dynamical Systems, prof. H. Crauel, Torino
6-10 Ottobre 2003.
• Miniscuola intensiva di Biologia Molecolare, organizzata dal Centro
Interdipartimentale per lo Studio di Dinamiche Complesse (Universit`a
di Firenze) e il Laboratorio di Biofotonica (Istituto Nazionale di Ottica
Applicata), tenutasi a Firenze dal 12 al 14 febbraio 2002.
• Special Research Trimester on Dynamical Systems, organizzato
dal Centro di Ricerca Matematica Ennio De Giorgi presso la Scuola
Normale Superiore di Pisa, 1 Febbraio - 30 Aprile 2002.
• Summer School on Numerical Treatment of Dynamical Systems
organizzata dal Dipartimento di Scienze Matematiche, Universit`a di
Trieste, docenti prof. L. Dieci e prof. T.R. Humphries, Dobbiaco (BZ),
17-21 giugno 2002.
• School and Conference on Spatiotemporal Chaos organizzata da
ICTP - The Abdus Salam International Centre for Theoretical Physics,
Trieste, 8-19 luglio 2002.
• Workshop on General Theory of Information Transfer and Combinatorics, organizzato dal Center for Interdisciplinary Research, Universitat Bielefeld, 4-9 Novembre 2002.
• Summer School on Dynamical Systems organizzata dal C.I.M.E. e
svoltasi dal 19 al 26 Giugno 2000 a Cetraro (Cosenza).
• Corso di Biomatematica su “Dynamics of physiologically structured populations” tenuto dal prof. O. Diekmann presso il dipartimento di
Matematica dell’Universit`a di Trento dal 22 al 26 Gennaio 2001.
• Convegno Metodi e modelli matematici nello studio dei fenomeni
biologici, facente parte del progetto strategico CNR omonimo, svoltosi
a Levico (TN) dal 10 al 12 Maggio 1999 ed organizzato dal C.I.R.M.Trento.
ESPERIENZE ALL’ESTERO
• 6 gennaio - 5 febbraio 2004: chercheur postdoctoral presso il Centre
´
d’Analyse et de Math´
ematique Sociales - C.A.M.S., Ecole
des
´
Hautes Etudes en Sciences Sociales - E.H.E.S.S., Paris, France. Supervisor: prof. H. Berestycki.
• 10 settembre - 5 ottobre 2001: Visiting student presso il Center for Nonlinear Science della Texas Woman’s University e presso il Physics
Department della University of North Texas, Denton, Texas, USA.
DIDATTICA
• A.A.2012/2013: Titolarit`a del corso di Matematica (recupero test d’ingresso)
presso la Facolt`a di Agraria, Universit`a di Pisa (professore a contratto).
• A.A.2011/2012: Titolarit`a del corso di Matematica (recupero test d’ingresso)
presso la Facolt`a di Agraria, Universit`a di Pisa (professore a contratto).
• Collaborazione didattica con il prof. Marco Forti per il corso di Geometria
e Algebra lineare (CdL Ing. Biomedica, Univ. Pisa) A.A.2007/2008.
• Commissario esterno di Matematica e Fisica per l’esame di stato 2006/2007
presso il Liceo Scientifico “F. Buonarroti” in Pisa, indirizzo tradizionale
ed indirizzo autonomia scientifica.
• In seno al PhD programme in Complexity in post-genomic Biology, Universit`a di Torino, lezione dal titolo “Information Content,
complexity and words in complete genomes”, 23 febbraio 2004.
• Titolarit`a di un precorso di Matematica presso la facolt`a di Ingegneria
per l’A.A. 2004/2005.
• Collaborazione didattica con la prof. Anna Maria Micheletti per il corso di
Analisi matematica II (cdl in Ingegneria Aerospaziale), A.A. 2004/2005.
• In seno alle giornate su “ Caos, Complessit`a e Informazione: il caso delle
sequenze genetiche”, per il Corso di Modelli Non Lineari II per il Master di II livello in Matematica per le Applicazioni, Dipartimento di Matematica, Universit`a di Bologna, 4-5 giugno 2003, seminario dal titolo “Analisi dell’Informazione nelle sequenze di DNA tramite
algoritmi di compressione”.
• Collaborazione didattica con la prof. Anna Maria Micheletti per il corso di
Analisi matematica II (cdl in Ingegneria Aerospaziale), A.A. 2003/2004.
• Collaborazione didattica con il prof. Paolo Acquistapace per il precorso di
Matematica presso la facolt`a di Scienze M.F.N. (cdl in Fisica e Scienze
dell’Informazione) per l’A.A. 2002/2003 (dal 16 al 26 settembre 2002).
• Titolarit`a del precorso di Matematica presso la facolt`a di Ingegneria (cdl
in Ing. Elettronica) per l’A.A. 2002/2003 (dal 30 settembre al 5 ottobre
2002).
• Collaborazione didattica con il prof. Tullio Franzoni per il corso di Geometria (cdl in Ingegneria Aerospaziale), A.A. 2002/2003.
TESI DI LAUREA SEGUITE COME RELATORE
Roberto Trani - tesi di Laurea in Informatica, A.A. 2010-2011: ”MaREx:
Maximal Repetitions Extraction”.
Marco Morelli - tesi di Laurea in Ingegneria Gestionale, Universit`a di Pisa,
A.A. 2010-2011: ”Teoria dei grafi nella gestione delle emergenze”.
Vincenzo Formica - tesi di Laurea in Ingegneria Gestionale, Universit`a di
Pisa, A.A. 2009-2010: ”Analisi simbolica del mercato pubblicitario”.
Giacomo Biagini - tesi di Laurea in Ingegneria Gestionale, Universit`a di
Pisa, A.A.2008-2009: “Metodi di statistica multivariata per la segmentazione del mercato”.
Lucio Calcagnile - tesi di Laurea Specialistica in Matematica, Universit`a di
Pisa, A.A.2006-2007: ”Entropia di Kolmogorov-Sinai: dinamica simbolica e sostituzioni di Grassberger”.
Irene Caivano - tesi di Laurea in Ingegneria Gestionale, Universit`a di Pisa,
A.A.2006-2007:”La complessit`a del mercato pubblicitario”
Nicola De Maio - tesi di Laurea in Matematica, Universit`a di Pisa, A.A.20062007: “Entropia relativa tra sorgenti d’informazione: il metodo di Merhav e Ziv”.
Francesca Gatti - tesi di Laurea in Matematica, Universit`a di Pisa, A.A.20042005: Entropia e compressione dati: un’applicazione alle serie temporali cardiache.
ESPERIENZE ORGANIZZATIVE PER WORKSHOP E PROGETTI
• Member of Local Organising Committee, International workshop della
Bioinformatics Italian Society, Pisa 2011
• Member of Program Committee, workshop DEXA’11/BIOKDD’11, Toulouse, France, August 29 - September 2, 2011
• Member of Program Committee, workshop DEXA’10/BIOKDD’10, Bilbao, Spain, 30 August - 3 September 2010 (event cancelled)
• Progetto giovani GNFM 2008: Similarit`a tra sequenze: entropia,
partizioni e vocabolari (coordinatore: Giulia Menconi)
• Workshop BioINF 2008: teoria dell’informazione in genomica e proteomica, Dipartimento di Matematica Applicata, Universit`a di Pisa, 16-17
Giugno 2008.
• Workshop Caos, Complessit`a e Informazione III, Accademia delle Scienze
di Bologna, 20-21 Marzo 2006.
• Ciclo di seminari sul tema ”Propriet`a statistiche dei sistemi dinamici
e informazione”, Dipartimento di Matematica Applicata “U. Dini”,
Universit`a di Pisa, 10-11 Gennaio 2005.
• Workshop L’analisi del genoma e gli strumenti della Fisica, tenutosi il 25
Gennaio 2002 presso la Domus Galilaeana, Pisa.
ESPERIENZE EDITORIALI
• Review Editor per Frontiers in Fractal Physiology (dal 2010); referee
per Bulletin of Mathematical Biology dal 2002, Theoretical Computer
Science dal 2003 e per Entropy dal 2009; reviewer per Mathematical
Reviews dal 2005
• Reviewer per RECOMB 2011, WABI 2011, SWAT 2010
AFFILIAZIONI
• Bioinformatics Italian Society: dal 2008
• Istituto di Alta Matematica ”Francesco Severi”: dal 2008 membro del
G.N.F.M. (Gruppo Nazionale di Fisica Matematica) sezione Meccanica dei
sistemi discreti. Dal 2002 al 2007, membro del G.N.A.M.P.A. (Gruppo Nazionale per l’Analisi Matematica, la Probabilit`a e le loro Applicazioni) per
la sezione Equazioni differenziali e sistemi dinamici.
PARTECIPAZIONE A PROGETTI DI RICERCA FINANZIATI negli ultimi 5 anni
• PRIN2008 (coordinatore E. Caglioti)
• Progetto giovani GNFM 2009: Sequenze, sorgenti e fonti: sistemi dinamici per le
misure di similarit`
a (coordinatore: Giampaolo Cristadoro)
• Progetto strategico di Ateneo 2007, Alma Mater Studiorum Universit`
a di
Bologna: Metodi entropici e distanze di similarit`
a (coordinatore: prof. M. Degli
Esposti).
• Progetto strategico di Ateneo 2005-2006, Alma Mater Studiorum Universit`
a di Bologna: Modelli matematici di transizione di fase per sistemi complessi
(coordinatore:
PARTECIPAZIONE A PROGETTI E-TWINNING
Math in Everyday Life - attivo dal 3/10/2012
public page: http://new-twinspace.etwinning.net/web/p87314
Mathematics and statistics in our life - MAST - attivo dal 22/10/2012
public page: http://new-twinspace.etwinning.net/web/p89797
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