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3_SDTMの基礎

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SDTMの基礎
2014年12月4日
製薬協 データサイエンス部会
タスクフォース2 サブチーム1
参考資料
•SDTM (Version 1.4)
•SDTM Implementation Guide (Version 3.2)
•CDASH (Version 1.1)
•SAS SDTMサンプルデータ
http://support.sas.com/publishing/bbu/zip/64409.zip
2
目次
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
SDTMの概要
基本構造
General Observation Classes
Special-Purpose Domains
Trial Design
Relationships
SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点
3
目次
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
SDTMの概要
基本構造
General Observation Classes
Special-Purpose Domains
Trial Design
Relationships
SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点
4
SDTMとは
• 当局申請時に提出する臨床試験データセットの標準モデル
( Study Data Tabulation Model )
• SDTMは紙CRF、EDCや臨床検査データ・ECG等の電子転送
データと、少しの加工(派生)変数が含まれる。
• SDTMに格納するべきデータはSDTMガイダンス文書に従うも
のとし、依頼者の判断で変数を追加してはいけない。
• 欠測値は欠測のままとし、データを補完してはいけない。
CRF
DB
EDC
Lab・ECG
データセット(SDTM)
5
SDTM関連ドキュメント
• 2つのドキュメントにより構成されている
①SDTM(モデルガイダンス)
②SDTM Implementation Guide(実装ガイド) *「SDTM IG」と呼ばれる
6
SDTM IG の構成
• 各ドメインの標準を説明した実装ガイド
• SDTM標準の臨床試験データセットの構成、構造、および
フォーマットを導くためのもの
Section
Theme
1
Introduction
2
Fundamentals of the SDTM
3
Submitting Data in Standard Format
4
Assumptions For Domain Models
5
Models for Special-Purpose Domains
6
Domain Models Based on the General Observation Classes
7
Trial Design Datasets
8
Representing Relationships and Data
7
目次
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
SDTMの概要
基本構造
General Observation Classes
Special-Purpose Domains
Trial Design
Relationships
SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点
8
クラスとドメイン
Interventions
Findings
Special Purpose
CM: Concomitant Medications
DA:Drug Accountability
CO:Comments
EX: Exposure
DD: Death Details
DM:Demographics
EC: Exposure as Collected
EG: Electrocardiogram
SE:Subject Elements
PR: Procedures
IE:
Inclusion/Exclusion Criteria Not Met
SV:Subject Visits
SU: Substance Use
IS:
The Immunogenicity Specimen Assessments
LB: Laboratory Test Results
Events
AE: Adverse Events
CE:Clinical Events
DS: Disposition
DV:Deviations
HO: Healthcare Encounters
MH: Medical History
Relationships
MB・MS:Microbiology MI: Microscopic Findings
SUPPQUAL
MO Morphology
RELREC
PC・PP:Pharmacokinetics
PE: Physical Exam
Trial Design
QS: Questionnaires
TE:Trial Elements
RP: Reproductive System Findings
TA:Trial Arms
SC:Subject Characteristics
TV:Trial Visits
SS: Subect Status
TX:Trial Sets(X)
TU・TR・TS: Oncology Domains
TI:Trial Inclusion/Exclusion
VS: Vital Signs
TS:Trial Summary
9
クラスとドメイン
Interventions
Findings
Special Purpose
CM: Concomitant Medications
DA:Drug Accountability
CO:Comments
EX: Exposure
DD: Death Details
DM:Demographics
EC: Exposure as Collected
EG: Electrocardiogram
SE:Subject Elements
PR: Procedures
IE:
Inclusion/Exclusion Criteria Not Met
SV:Subject Visits
SU: Substance Use
IS:
The Immunogenicity Specimen Assessments
LB: Laboratory Test Results
General Observation
Classes
MB・MS:
Events
Microbiology MI: Microscopic Findings
AE: Adverse Events
CE:Clinical Events
DS: Disposition
DV:Deviations
HO: Healthcare Encounters
MH: Medical History
MO Morphology
Relationships
Special-Purpose
SUPPQUAL
Domains
RELREC
PC・PP:Pharmacokinetics
PE: Physical Exam
Trial Design
QS: Questionnaires
TE:Trial Elements
RP: Reproductive System Findings
TA:Trial Arms
SC:Subject Characteristics
TV:Trial Visits
SS: Subect Status
TX:Trial Sets(X)
TU・TR・TS: Oncology Domains
TI:Trial Inclusion/Exclusion
VS: Vital Signs
TS:Trial Summary
10
SDTM IG 各ドメインの変数の定義
• SDTM IGでは各データセットで使用される変数の定義(メタデータ)について
説明している。
• メタデータは「Define-XML」というデータモデルガイダンスとして当局に提出
する。
• 主なメタデータ属性は以下の通り。
11
SDTM IG 各ドメインの変数の定義
• SDTM IGでは各データセットで使用される変数の定義(メタデータ)について
説明している。
• メタデータは「Define-XML」というデータモデルガイダンスとして当局に提出
する。
• 主なメタデータ属性は以下の通り。
変数名
8文字まで
変数ラベル
40文字まで
文字 or 数字
役割
・識別子
・トピック
・修飾子
・タイミング
・ルール
その変数が必須か否かの定義
・Required(Req):必須、Null非許容
・Expected(Exp):必須、Null許容
・Permissible(Per):任意
値や変数の表示形式
12
Controlled Terminology (CT)
• すべてのCDISC データモデルに対応した用語体系
• NCI EVS によって管理され,CDISC による新しい標準,プロセ
ス,手順の開発に応じて3ヶ月毎に更新されている.
(http://www.cancer.gov/cancertopics/cancerlibrary/terminologyresources/cdisc)
13
Controlled Terminology (CT)
• すべてのCDISC データモデルに対応した用語体系
• NCI EVS によって管理され,CDISC による新しい標準,プロセ
ス,手順の開発に応じて3ヶ月毎に更新されている.
(http://www.cancer.gov/cancertopics/cancerlibrary/terminologyresources/cdisc)
14
Controlled Terminology (CT)
• すべてのCDISC データモデルに対応した用語体系
• NCI EVS によって管理され,CDISC による新しい標準,プロセ
ス,手順の開発に応じて3ヶ月毎に更新されている.
(http://www.cancer.gov/cancertopics/cancerlibrary/terminologyresources/cdisc)
15
Controlled Terminology (CT)
• SDTM IGにて各変数毎に用いるべきCTが規定されている。
• 使用したCTはメタデータの一部として記録する。
16
Controlled Terminology (CT)
• SDTM IGにて各変数毎に用いるべきCTが規定されている。
• 使用したCTはメタデータの一部として記録する。
外部コードリストの名称
依頼者独自のCT、またはCDISCのCT
チームが今後開発するであろうCT。
17
SDTM 一般的な変数:識別子
18
SDTM 一般的な変数:識別子
__SEQは代理キーで、全てのGeneral Observation
ClassesのデータセットにおいてSTUDYID、USUBJID、
DOMAIN、__SEQの4個のキーでレコードをユニーク
に識別するために作られた。
19
SDTM 一般的な変数:トピック
• その中オブザーベーションの主役となる変数
• クラスによりトピックの接尾辞が決まっている。
Class
Intervention Class
(介入オブザーベーションクラス)
Event Class
(事象オブザーベーションクラス)
Findings Class
(観察/検査オブザーベーションクラス)
Demographics
(被験者背景ドメイン)
Comments
(コメントドメイン)
Topic
Example
--TRT
CMTRT(併用薬名) EXTRT(治験薬名)
--TERM
AETERM(有害事象名) MHTERM(既往合併症
名)
-TESTC
D
LBTESTCD(臨床検査名) VSTESTCD(バイタル
検査名)
SUBJID
被験者ID
COVAL
コメント本文
20
SDTM 一般的な変数:トピック
• その中オブザーベーションの主役となる変数
• クラスによりトピックの接尾辞が決まっている。
Class
Intervention Class
(介入オブザーベーションクラス)
Event Class
(事象オブザーベーションクラス)
Findings Class
(観察/検査オブザーベーションクラス)
Demographics
(被験者背景ドメイン)
Comments
(コメントドメイン)
--にはドメインコードに基づく
Example
2文字が接頭語として入る。
Topic
--TRT
CMTRT(併用薬名) EXTRT(治験薬名)
--TERM
AETERM(有害事象名) MHTERM(既往合併症
名)
-TESTC
D
LBTESTCD(臨床検査名) VSTESTCD(バイタル
検査名)
SUBJID
被験者ID
COVAL
コメント本文
21
SDTM 一般的な変数:修飾子
• レコードの特徴や結果を示す変数
• 目的に応じて5つのサブクラスに分類される
サブクラス
変数の例
目的
Grouping Qualifiers
(グループ化修飾子)
__CAT
__SCAT
同一ドメイン内のオブザーベーションを
グループ化する。
Result Qualifiers
(結果修飾子)
__ORRES
__STRESC
トピック変数に関連する結果を示す。
Synonym Qualifiers
(同義語修飾子)
__TRT/__TERM
⇒__MODIFY、__DECOD
オブザーベーションで特定の変数に代
替名を指定する。
Record Qualifiers
(レコード修飾子)
AE ⇒REASND、AESLIFE
DM ⇒AGE、SEX、RACE
レコード全体への追加属性を定義する。
Variable Qualifiers
(変数修飾子)
__ORRES ⇒__ORRESSU、
特定の変数をさらに変更もしくは説明
__ORNRHI、__ORNRLO
する。
__DOSE ⇒__DOSU
22
SDTM 一般的な変数:修飾子
• レコードの特徴や結果を示す変数
• 目的に応じて5つのサブクラスに分類される
サブクラス
変数の例
LBORRESの場合、オリジナル単位
目的
の臨床検査結果を入力する。
例: 120、 <1、 POS
同一ドメイン内のオブザーベーションを
グループ化する。
Grouping Qualifiers
(グループ化修飾子)
__CAT
__SCAT
Result Qualifiers
(結果修飾子)
__ORRES
__STRESC
トピック変数に関連する結果を示す。
Synonym Qualifiers
(同義語修飾子)
__TRT/__TERM
⇒__MODIFY、__DECOD
オブザーベーションで特定の変数に代
替名を指定する。
Record Qualifiers
(レコード修飾子)
AE ⇒REASND、AESLIFE
DM ⇒AGE、SEX、RACE
レコード全体への追加属性を定義する。
Variable Qualifiers
(変数修飾子)
__ORRES ⇒__ORRESSU、
特定の変数をさらに変更もしくは説明
__ORNRHI、__ORNRLO
する。
__DOSE ⇒__DOSU
23
SDTM 一般的な変数:タイミング
24
SDTM 一般的な変数:タイミング
ISO8601の例:
× Dec 15, 2003, 13:14:17 PM
○ 2003-12-15T13:14:17
25
SDTM変数の分類
その変数が必須であるか、任意であるかを定義する。
Core
略語
説明
Required
(必須)
Req
データセットに必ず含まれ、ヌル値のレコードは許容
されない。
Expected
(要望)
Exp
データセットに必ず含まれる。データが収集されな
かった場合はヌル値を許容する。
※Nullの場合は、define.xmlにコメントすべき
Permissible
(オプション)
Perm
該当するデータが収集・導出された場合にドメインに
作成される。変数の値が全てヌル値であった場合、
依頼者の判断でその変数を作成するかを決めること
ができる。データが収集されている場合は、必ず変数を作
成する。
26
オブザーベーションと変数の構成
General Observation Classes
Events
Adverse Events
識別子
トピック
修飾子
変数の順番も標準の一部である
修飾子
タイミング
27
目次
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
SDTMの概要
基本構造
General Observation Classes
Special-Purpose Domains
Trial Design
Relationships
SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点
28
General Observation Classes
Interventions
Findings
CM: Concomitant Medications
DA:Drug Accountability
EX: Exposure
DD: Death Details
EC: Exposure as Collected
EG: Electrocardiogram
PR: Procedures
IE:
Inclusion/Exclusion Criteria Not Met
SU: Substance Use
IS:
The Immunogenicity Specimen Assessments
LB: Laboratory Test Results
Events
AE: Adverse Events
CE:Clinical Events
DS: Disposition
DV:Deviations
HO: Healthcare Encounters
MH: Medical History
MB・MS:Microbiology MI: Microscopic Findings
MO Morphology
PC・PP:Pharmacokinetics
PE: Physical Exam
QS: Questionnaires
RP: Reproductive System Findings
SC:Subject Characteristics
SS: Subect Status
TU・TR・TS: Oncology Domains
VS: Vital Signs
Special Purpose
•
Interventions、
CO:Comments
Events、Findings
DM:Demographics
の3つの一般クラ
SE:Subject
Elements
スから成り、試験
SV:Subject
Visits
期間中に集められ
Relationships
た情報のほとんど
が入力される。
SUPPQUAL
RELREC
• 共通の識別子、タ
Trial Design
イミング変数を有
TE:Trial Elements
する。変数名には
TA:Trial
Arms
ドメインコードに基
TV:Trial
Visits
づく2文字が接頭
TX:Trial
Sets(X)
TI:Trial
Inclusion/Exclusion
語として入る。
TS:Trial Summary
29
General Observation Classes
Identifier
• STUDYID / 試験
識別子
• DOMAIN / ドメイ
ン略語
• USUBJID / 被験
者識別子(全申請
試験)
• __SEQ / シーケ
ンス番号
Topic
【Interventionsクラス】
• __TRT / 治療名
【Eventsクラス】
• __TERM / 報告用語
【Findingsクラス】
• __TESTCD / 測定、検
査または試験の省略名
Qualifier
Timing
•Topicに応じ
たQualifier
• VISITNUM / ビジット番号
• VISIT / ビジット名
• VISITDY / 計画されたビジットのスタディ・デイ
• TAETORD / 計画されたARM中のElement順
• EPOCH / Epoch
• __DTC / 取得日時
• __STDTC / 開始日時
• __ENDTC / 終了日時
• __DY / スタディ・デイ
• __STDY / 開始スタディ・デイ
• ENDY / 終了スタディ・デイ
• DUR / 持続時間
• TPT / 計画された時点名
• __TPTNUM / 計画された時点番号
• __ELTM / 参照時点からの計画された経過時
間
• __TPTREF / 参照時点
• __RFTDTC / 参照時点の日時
• __STRF / 参照期間からの相対開始時
• __ENRF / 参照期間からの相対終了時
• __EVLINT / 評価間隔
• __STRTPT / 参照時点からの相対開始時
• __STTPT / 参照時点開始日時
• __ENRTPT / 参照時点からの相対終了時
30
General Observation Classes
Identifier
• STUDYID / 試験
識別子
• DOMAIN / ドメイ
ン略語
• USUBJID / 被験
者識別子(全申請
試験)
• __SEQ / シーケ
ンス番号
これら4個の識
別子は必須
Topic
【Interventionsクラス】
• __TRT / 治療名
Qualifier
Timing
• VISITNUM / ビジット番号
• VISIT / ビジット名
• VISITDY / 計画されたビジットのスタディ・デイ
• TAETORD / 計画されたARM中のElement順
• EPOCH / Epoch
CM/EX/SU
• __DTC / 取得日時
• __STDTC / 開始日時
IGで制限され • __ENDTC / 終了日時
れている一部 • __DY / スタディ・デイ
【Eventsクラス】
の変数以外は、• __STDY / 開始スタディ・デイ
• __TERM / 報告用語
• ENDY / 終了スタディ・デイ
General
Observation • DUR / 持続時間
AE/DS/MH/
Classesのどの • TPT / 計画された時点名
DV/CE
ドメインでも追 • __TPTNUM / 計画された時点番号
• __ELTM / 参照時点からの計画された経過時
加可能
間
• __TPTREF / 参照時点
【Findingsクラス】
• __RFTDTC / 参照時点の日時
• __TESTCD / 測定、検
• __STRF / 参照期間からの相対開始時
査または試験の省略名
• __ENRF / 参照期間からの相対終了時
• __EVLINT / 評価間隔
• __STRTPT / 参照時点からの相対開始時
EG/IE/LB/PE/QS/SC/V
• __STTPT / 参照時点開始日時
S/DA/TU/TR/DR/MB/
• __ENRTPT / 参照時点からの相対終了時
MS/PC/PP/FA
•Topicに応じ
たQualifier
31
目次
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
SDTMの概要
基本構造
General Observation Classes
Special-Purpose Domains
Trial Design
Relationships
SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点
32
Demographics
Interventions
Findings
Special Purpose
CM: Concomitant Medications
DA:Drug Accountability
CO:Comments
EX: Exposure
DD: Death Details
DM:Demographics
EC: Exposure as Collected
EG: Electrocardiogram
SE:Subject Elements
PR: Procedures
IE:
SV:Subject Visits
Inclusion/Exclusion Criteria Not Met
• 被験者の基本的な特性について説明
IS:
するドメイン。
LB: Laboratory Test Results
SU: Substance Use
The Immunogenicity Specimen Assessments
MB・MS:
Events
MO Morphology
AE:
Adverse
Events
• 規定された構造で標準化されたオブ
PC・PP:Pharmacokinetics
CE:Clinical Events
ザーベーションのセットが含まれなけ
PE: Physical Exam
DS: Disposition
QS: Questionnaires
ればならない。
DV:Deviations
Microbiology MI: Microscopic Findings
HO: Healthcare Encounters
MH: Medical History
Relationships
SUPPQUAL
RELREC
Trial Design
TE:Trial Elements
RP: Reproductive System Findings
TA:Trial Arms
SC:Subject Characteristics
TV:Trial Visits
SS: Subect Status
TX:Trial Sets(X)
TU・TR・TS: Oncology Domains
TI:Trial Inclusion/Exclusion
VS: Vital Signs
TS:Trial Summary
33
Demographics
Identifier
• STUDYID / 試験識別子
• DOMAIN / ドメイン略語
• USUBJID / 被験者識別
子(全申請試験)
Topic
• SUBJID / 被験
者識別子(試験
内)
赤:Req 橙:Exp 黒:Perm
Qualifier
• RFSTDTC / 被験者の参照開始日時
• RFENDTC / 被験者の参照終了日時
• RFXSTDTC / 初回試験の治療開始日
時
• RFXENDTC / 初回試験の治療終了日
時
• RFICDTC / 同意取得日
• RFPENDTC / 治験終了日
• DTHDTC / 死亡日
• DTHFL / 被験者死亡フラグ
• SITEID / 施設識別子
• INVID / 治験責任医師等識別子
•INVNAM / 治験責任医師等名
• BRTHDTC / 生年月日
• AGE / 年齢
• AGEU / 年齢単位
• SEX / 性別
• RACE / 人種
• ETHNIC / 民族
• ARMCD / 計画されたARMコード
• ARM / 計画されたARMの記述
• ACTARMCD / 実際のARMコード
• ACTARM / 実際のARMの記述
• COUNTRY / 国
Timing
• DMDTC
/Demographicの 取
得日時
• DMDY / 取得のス
タディ・デイ
34
Demographics
Identifier
• STUDYID / 試験識別子
• DOMAIN / ドメイン略語
• USUBJID / 被験者識別
子(全申請試験)
Topic
• SUBJID / 被験
者識別子(試験
内)
赤:Req 橙:Exp 黒:Perm
Qualifier
Timing
• DMDTC
• RFSTDTC / 被験者の参照開始日時
/Demographicの 取
• RFENDTC / 被験者の参照終了日時
得日時
• RFXSTDTC / 初回試験の治療開始日
参照開始日=投与開始日と
• DMDY / 取得のス
時
なることが多い。
タディ・デイ
• RFXENDTC / 初回試験の治療終了日
参照終了日=被験者の試
時
験終了が決定した日、最終
• RFICDTC / 同意取得日
治験薬投与日など。
• RFPENDTC / 治験終了日
• DTHDTC / 死亡日
• DTHFL / 被験者死亡フラグ
• SITEID / 施設識別子
【ACTARM】
• INVID / 治験責任医師等識別子
割付せず:NOT ASSIGNED
•INVNAM / 治験責任医師等名
スクリーニング不適格:SCREEN FAILURE
• BRTHDTC / 生年月日
• AGE / 年齢
投与せず:NOT TREATED
• AGEU / 年齢単位
• SEX / 性別
• RACE / 人種
• ETHNIC / 民族
• ARMCD / 計画されたARMコード
• ARM / 計画されたARMの記述
• ACTARMCD / 実際のARMコード
• ACTARM / 実際のARMの記述
• COUNTRY / 国
35
スタディ・デイ変数
スタディ・デイ変数(__DY, __STDY, __ENDY)は被験者
の参照開始日付(RFSTDTC)をDay1として起算した相
対日数で記述する。
__DTC
__STDTC
__ENDTC
RFSTDTC
参照開始日
(投与開始日と
なることが多い)
-1
__DY, __STDY, __ENDY
1
2
イベント発生日
「Day 0」 は存在しない
__DTC >= RFSTDTCの場合: __DY = __DTC – RFSTDTC + 1
__DTC < RFSTDTCの場合: __DY = __DTC – RFSTDTC
36
目次
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
SDTMの概要
基本構造
General Observation Classes
Special-Purpose Domains
Trial Design
Relationships
SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点
37
Trial Design Datasets
Interventions
CM: Concomitant Medications
Findings
DA:Drug Accountability
DD: Death Details
•ICH E3で要求されている全体的
EC: Exposure as Collected
EG: Electrocardiogram
な臨床試験の計画とデザインを
PR: Procedures
IE:
説明するためのもの
IS:
SU: Substance
Use
LB: Laboratory Test Results
•個々の被験者からではなく、プロ
MB・MS:
Events
MO Morphology
トコールから得られる情報に基づ
AE: Adverse Events
PC・PP:Pharmacokinetics
いて作成する
CE:Clinical
Events
PE: Physical Exam
DS: Disposition
QS: Questionnaires
•異なる試験のデザインを比較し
DV:Deviations
RP: Reproductive System Findings
HO: Healthcare
Encounters
たり、計画の治療と実際の治療を
SC:Subject Characteristics
MH: Medical History
比較するのに有用
SS: Subect Status
EX: Exposure
Inclusion/Exclusion Criteria Not Met
Special Purpose
CO:Comments
DM:Demographics
SE:Subject Elements
SV:Subject Visits
The Immunogenicity Specimen Assessments
Microbiology MI: Microscopic Findings
Relationships
SUPPQUAL
RELREC
Trial Design
TE:Trial Elements
TA:Trial Arms
TV:Trial Visits
TX:Trial Sets(X)
TU・TR・TS: Oncology Domains
TI:Trial Inclusion/Exclusion
VS: Vital Signs
TS:Trial Summary
38
Trial Designの概念(TE,TA,TV)
【Trial Epochs】
Screening
Epoch
Run-in
Epoch
Treatment
Epoch
計画された被験者の参加
期間。
Placebo arm
Screen
Run-in
Placebo
【Trial Arms(TA) 】
A arm
Screen
Run-in
Drug A
B arm
Screen
Run-in
Drug B
個々のArmのElementの
名称、順番、Armに含ま
れるための条件などを記
載する。
実際のデータはDMドメイ
ンに保管。
【Trial Visit(TV) 】
個々のArmの計画された
Visitを記載する。
Trial Visits
実際のデータはSVドメイン
に保管。
Screen
Trial Elements
Placebo
Run-in
Drug A
Drug B
試験開始前に作成
【Trial Elements(TE) 】
各Elementの開始と終了
のルールを記載する。
実際のデータはSEドメイ
ンに保管。
39
Trial Designの概念(TI、TS、TD)
 TI(Trial Inclusion/Exclusion Criteria)
選択基準・除外基準を記載
 TS(Trial Summary Information )
試験概要(フェーズ、実施計画書のタイトル、設
計目標)を記載
 TD(Trial Disease Assessments)
有効性の評価の時期を記載
40
目次
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
SDTMの概要
基本構造
General Observation Classes
Special-Purpose Domains
Trial Design
Relationships
SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点
41
Relationships
Interventions
Findings
Special Purpose
CM: Concomitant Medications
DA:Drug Accountability
CO:Comments
EX: Exposure
DD: Death Details
DM:Demographics
EC: Exposure as Collected
EG: Electrocardiogram
SE:Subject Elements
• データセットまたはレコード間の
IE:
IS:
SU: Substance
Use
関係性を示す場合に使用する。
LB: Laboratory Test Results
(非標準変数と親ドメインの関連付
MB・MS:
Events
MO Morphology
け、異なるドメインのレコード間の関
AE: Adverse Events
PC・PP:Pharmacokinetics
連付け等)
CE:Clinical
Events
PE: Physical Exam
PR: Procedures
Inclusion/Exclusion Criteria Not Met
SV:Subject Visits
The Immunogenicity Specimen Assessments
Microbiology MI: Microscopic Findings
DS: Disposition
DV:Deviations
HO: Healthcare Encounters
MH: Medical History
Relationships
SUPPQUAL
RELREC
Trial Design
QS: Questionnaires
TE:Trial Elements
RP: Reproductive System Findings
TA:Trial Arms
SC:Subject Characteristics
TV:Trial Visits
SS: Subect Status
TX:Trial Sets(X)
TU・TR・TS: Oncology Domains
TI:Trial Inclusion/Exclusion
VS: Vital Signs
TS:Trial Summary
42
Related Records(RELREC)
RELRECデータセットは
① 個別のドメインでユニークなレコードを関連付ける
例)特定の有害事象に対する特定の併用薬剤
② 関連するレコードを結びつけるための変数として
RDOMAIN、IDVAR、IDVARVALを使用する。
43
RELRECデータセットの変数
変数名
変数ラベル
説明
STUDYID
Study Identifier
試験におけるユニークな識別子
RDOMAIN
Related Domain
親ドメインを表す2文字の略語
USUBJID
Unique Subject
Identifier
申請の対象となった全ての試験にわたってユニークな被験
者を識別するID
IDVAR
Identifying Variable
親レコードを特定するGeneral Observation Classデータセット
の識別変数の名称。
例) __SEQ、__GRPID
IDVARVAL
Identifying Variable
Value
識別変数の値
RELTYPE
Relationship Type
レコードの階層レベルを識別する。値はONEかMANYのど
ちらかである。データセット間の関係を特定するときのみ必
要。
RELID
Relationship
Identifier
関係を識別するUSUBJID内のユニーク値。同じRELIDを持
つ同じUSUBJIDに対する全てのレコードが「関係する/対応
する」と考えられる。
44
RELRECの例
被験者0001の入院レコード(HOSEQ = 1)は有害事象(AESEQ = 7)
と結びついている。これらのレコードはRELID AEHOSP1によって
関連付けられている。
STUDYID DOMAIN
USUBJID
1999001
HO 1999001-01-0001
1999001
AE
1999001-01-0001
1999001
HO 1999001-01-0001
1999001
AE
1999001-01-0001
IDVAR IDVARVAL RELTYPE RELID
HOSEQ
1
AEHOSP1
AESEQ
7
AEHOSP1
HOSEQ
2
AEHOSP2
AESEQ
11
AEHOSP2
被験者001の入院レコード(HOSEQ = 2)は有害事象(AESEQ = 11)と
結びついている。これらのレコードはRELID AEHOSP2によって関連
付けられている。
45
Supplemental Qualifiers(SUPPQUAL)
•SDTMは親ドメイン(標準)に非標準の変数を追加して
はいけない
•Supplemental Qualifiersでは
①既存のSDTM変数がないデータを扱う。
②標準と非標準のドメインの両方を利用する
•データセットの名前はSUPP—
例)AEのSupplemental QualifiersはSUPPAE
46
SUPPQUALデータセットの変数
変数名
変数ラベル
説明
STUDYID
Study Identifier
試験におけるユニークな識別子
RDOMAIN
Related Domain
Abbreviation
親ドメインを表す2文字の略語
USUBJID
Unique Subject Identifier
親レコードのUSUBJID
IDVAR
Identifying Variable
親レコードを識別する親データセットの中にある識別変数。
例) __SEQ、__GRPID
IDVARVAL
Identifying Variable
Value
親レコードの識別変数の値
QNAM
Qualifier Variable Name
修飾子変数の短い名称(8文字以下)。親ドメインからのデータで見る
ドメイン内のカラム名として使われる。多くはスポンサー使用データ
セットの変数名となる。
QLABEL
Qualifier Variable Label
QNAMの長い名称orラベル (40文字未満)。多くはスポンサー使用
データセットの変数ラベルとなる。
QVAL
Data Value
QNAMの結果、回答、値などを示す。
QORIG
Origin
データの期限起源を示す。
例) CRF, ASSIGNED, DERIVED
QEVAL
Evaluator
主観的な(個人かグループの評価者によって判定された)結果にだ
け使用される。
47
SUPPQUALの例
Domain = HO (Events)
HO Events Dataset
STUDYID DOMAIN
1999001 HO
HOSPITALIZATION HOTERM
Was the subject hospitalized during this study ?
■ Yes □ No Not submitted
Hospital Name: General Hospital PROVNM
Adminssion Date: 2001/5/4 HOSTDTC
Discharge Date: 2001/12/4 HOENDTC
Duration of Hospitalization:
1
□ Hours □ Days ■ Weeks HODUR
AE Reported for this Episode ? ■ Yes
□ No AEREPF
Meds Prescribed ?
■ Yes
□ No MEDSFL
Procedures Performed ?
■ Yes
□ No PROCFL
Any Time in Special Unit ?
■ Yes(specify below) □ No SPUNFL
Specialized Unit Tpe ■ ICU
□ ER
□ CARDIAC □REHAB SPUNCD
Visit Related to Study Medical Condition ? ■ Yes □ No RLCNDF
USUBJID
743-0001
HOSEQ
1
HOTERM
Hospitalization
HOSTDTC
2004-01-05
HOENDTC
2004-01-12
HODUR
P1W
SUPPHO Events Dataset
STUDYID DOMAIN
1999001 HO
1999001 HO
1999001 HO
1999001 HO
1999001 HO
1999001 HO
1999001 HO
USUBJID
743-0001
743-0001
743-0001
743-0001
743-0001
743-0001
743-0001
IDVAR IDVARVAL QNAM
QLABEL
HOSEQ
1
AEREPF AE Reported This Episode ?
HOSEQ
1
MEDSFL Meds Prescribed ?
HOSEQ
1
PROCFL Procedures Performed ?
HOSEQ
1
PROVNM Provider Name
HOSEQ
1
SPUNCD Specialized Unit Type
HOSEQ
1
SPUNFL Any Time in Spec. Unit
HOSEQ
1
RLCNDF Related to Study Cond. ?
QVAL
QORIG QEVAL
Y
CRF
Y
CRF
Y
CRF
General Hosp CRF
ICU
CRF
Y
CRF
Y
CRF
48
目次
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
SDTMの概要
基本構造
General Observation Classes
Special-Purpose Domains
Trial Design
Relationships
SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点
49
CRFとRaw Data
STUDYID SCDTC
CDISC01
BRTHDTC SEX
15Oct2003 1Nov1936Female
SEXCD ETHNIC
1Not Hispanic or Latino
※ SAS SDTMサンプルデータ より引用
ETHNICCD RACE RACECD
2White
RACEOTHI
NSUPPDM
1
50
SDTM仕様書(マッピング仕様書)
•
•
SDTMの各項目の導出元、変換式を規定する。
主にSDTM IGとControlled Terminologyを参照して作成する。
51
SDTM仕様書(マッピング仕様書)
•
•
SDTMの各項目の導出元、変換式を規定する。
主にSDTM IGとControlled Terminologyを参照して作成する。
SDTMの変数「BRTHDTC
(Data/Time of Birth)」はDB
のフィールド「BRTHDTC(生
年月日)」を参照する。
RAWデータをSDTM likeのデー
タベースとして構築しておくことで
マッピングの効率が上がる。
SDTMの変数「AGE(Age)」は
「RFSTDTC(被験者の参照開
始日時)」および「BRTHDTC
(生年月日)」より導出する。
52
SDTMデータセット
STUDYID DOMAIN USUBJID
SUBJID RFSTDTC RFENDTC SITEID BRTHDTC AGE AGEU SEX
CDISC01 DM
CDISC01.100014
100014 2003-10-15 2004-3-29
100 1936-11-1
66YEARS F
CDISC01 DM
CDISC01.200002
200002 2003-10-10 2004-3-28
200 1933-7-22
70YEARS F
CDISC01 DM
CDISC01.200005
200005
200 1937-2-22
66YEARS F
RACE
ETHNIC
ARMCD
ARM
COUNTRY
WHITE
NOT HISPANIC OR LATINO WONDER20 Miracle Drug 20 mg USA
BLACK OR AFRICAN AMERICAN NOT HISPANIC OR LATINO WONDER10 Miracle Drug 10 mg USA
WHITE
NOT HISPANIC OR LATINO SCRNFAIL
Screen Failure
USA
53
SDTMデータセット
SDTMの日付型は国際標準
ISO8601形式(yyyy-mm-dd)を用い
STUDYID DOMAIN USUBJID
SUBJID RFSTDTC RFENDTC SITEID BRTHDTC AGE AGEU
る。
SEX
CDISC01 DM
CDISC01.100014
100014 2003-10-15 2004-3-29
100 1936-11-1
66YEARS F
CDISC01 DM
CDISC01.200002
200002 2003-10-10 2004-3-28
200 1933-7-22
70YEARS F
CDISC01 DM
CDISC01.200005
200005
200 1937-2-22
66YEARS F
RACE
ETHNIC
ARMCD
ARM
COUNTRY
WHITE
NOT HISPANIC OR LATINO WONDER20 Miracle Drug 20 mg USA
BLACK OR AFRICAN AMERICAN NOT HISPANIC OR LATINO WONDER10 Miracle Drug 10 mg USA
WHITE
NOT HISPANIC OR LATINO SCRNFAIL
データは原則英語。
「COUNTRY」など従来
USA
の国内試験では使用し
ない変数が必須とされ
ている。
Screen Failure
54
SDTMへのマッピングまとめ
PMDAに提出
CRF
Define.XML
SDTMデータセット
データセットに対応
するメタデータも併
せて提出する
CDASHが推
奨されている
SDTM仕様書
(マッピング仕様書)
DB
Raw Data
55
Define.XML
•
•
•
Define.XMLはメタデータを集約したXML(Extensible Markup
Language)形式のファイル。
様々なシステム環境で読み取り可能なファイル形式。
SDTM(ADaM)データの内容(変数,構造,内容等)を定義する。
56
Define.XML
Variable Label
Key Type
Len Controlled Terms or Origin Derivation/Comment
gth Format
7
Protocol
2["DM" =
Assigned
"Demographics"]
Define.XMLはメタデータを集約したXML(Extensible Markup
STUDYID Study Identifier
1 text
DOMAIN
Domain
text
Language)形式のファイル。
Abbreviation
<Domain Abbreviation (DM)>
• 様々なシステム環境で読み取り可能なファイル形式。
USUBJID Unique Subject
2 text
14
Derived Concatenation of STUDYID and
• SDTM(ADaM)データの内容(変数,構造,内容等)を定義する。
Identifier
SUBJID
•
SUBJID
Subject Identifier
for the Study
RFSTDTC Subject Reference
Start Date/Time
text
CRF Page 3
6
date
ISO8601
Derived
RFSTDTC = first date/time of
study drug, for safety subject.
Null for screen failures.
RFENDTC Subject Reference
End Date/Time
date
ISO8601
Derived
RFENDTC = termination date,
for safety subjects. Null for
screen failures.
SITEID
text
Study Site
Identifier
BRTHDTC Date/Time of Birth
AGE
Age
date
integer
CRF Page 3
3
ISO8601
2
CRF Page 6
Derived
Age at Subject Reference Start
Date/Time (RFSTDTC BRTHDTC). For the complete
algorithm see the referenced
external document.
Complex Algorithms
(complexalgorithms.pdf)
AGEU
Age Units
text
5
Assigned Defaulted to YEARS
57
Define.XML
Variable Label
Key Type
Len Controlled Terms or Origin Derivation/Comment
gth Format
7
Protocol
2["DM" =
Assigned
"Demographics"]
Define.XMLはメタデータを集約したXML(Extensible Markup
STUDYID Study Identifier
1 text
DOMAIN
Domain
text
Language)形式のファイル。
Abbreviation
<Domain Abbreviation (DM)>
• 様々なシステム環境で読み取り可能なファイル形式。
USUBJID Unique Subject
2 text
14
Derived Concatenation of STUDYID and
• SDTM(ADaM)データの内容(変数,構造,内容等)を定義する。
Identifier
SUBJID
•
SUBJID
Subject Identifier
for the Study
RFSTDTC Subject Reference
Start Date/Time
RFENDTC Subject Reference
End Date/Time
text
CRF Page 3
6
date
ISO8601
Derived
RFSTDTC = first date/time of
study drug, for safety subject.
Null for screen failures.
date
ISO8601
Derived
RFENDTC = termination date,
for safety subjects. Null for
screen failures.
CRF:直接CRFで集めたもの、または事前にCRFに注釈
をつけているもの(VISIT、SITEID等)
SITEID
Study Site
text
3
Identifier
eDT:電子データを臨床検査施設等から受け取ったもの
BRTHDTC Date/Time of Birth
date
ISO8601
AGEDerived:導出値
Age
integer
2
Assigned:個別の判断による値(スポンサーが追加した
判定結果、コーディング結果)
Protocol:プロトコルからの値
Predecessor:他のデータセットの変数をコピーしたもの
AGEU
Age Units
text
5
CRF Page 3
CRF Page 6
Derived
Age at Subject Reference Start
Date/Time (RFSTDTC BRTHDTC). For the complete
algorithm see the referenced
external document.
Complex Algorithms
(complexalgorithms.pdf)
Assigned Defaulted to YEARS
58
CDASHとSDTM
CDASH (Clinical Data Acquisition Standards Harmonization)
•データ収集の標準化を促進する
•収集データと提出用データ(SDTM)との間のトレーサ
ビリティの確保を容易にする
CDASH
DB
SDTM
収集
データ収集の標準
当局
提出
データ提出の標準
59
CDASHとSDTMのトレーサビリティ
SDTM
SDTM Define.XML
Variable Label
Key Type
STUDYID Study Identifier
DOMAIN Domain
Abbreviation
Annotated
CRF
1
USUBJID Unique Subject
Identifier
SUBJID Subject Identifier
for the Study
RFSTDTC Subject Reference
Start Date/Time
2
RFENDTC Subject Reference
End Date/Time
text
text
Len Controlled Terms or Origin Derivation/Comment
gth Format
7
Protocol
2["DM" =
Assigned
"Demographics"]
<Domain Abbreviation (DM)>
text
14
text
6
Derived
Concatenation of STUDYID and
SUBJID
CRF Page 3
date
ISO8601
date
ISO8601
Derived
RFSTDTC = first date/time of
study drug, for safety subject.
Null for screen failures.
Derived
RFENDTC = termination date,
•
CDASHはSDTMと同じドメインを
for safety subjects. Null for
screen failures.
使用している。
•
Define.XMLを介して容易にデー
タのOriginを辿ることが可能。
60
CDASHとSDTMの関係性①
SDTMのドメインごとに
CRFが構成されている
わけではない。
1つのCRFが複数の
SDTMドメインで構成さ
れる場合もある。
61
CDASHとSDTMの関係性②
Visit 1
Laboratory
Test Results
Visit 2
Visit 3
複数のCRFに散在してい
る同じトピックのデータを
SDTMの単一ドメインとし
てまとめる。
LB:Laboratory Test Results
62
CDASHとSDTMの関係性③
STUDYID
SUBJID
SITEID
ECSTDTC
YYYY-MM-DDTHH:MM:SS
Study Drug Administration Infusion
Oxaliplatin
Start Date
DD-MM-YYYY
Start Time
HH:MM:SS
End Date
DD-MM-YYYY
End Time
HH:MM:SS
複数のフィールドで収集
するデータをSDTMに格
納する際にISO8601形式
で連結する。
ECENDTC
YYYY-MM-DDTHH:MM:SS
63
CDASHとSDTMの関係性④
AE:Adverse Events(non-CDASH)
STUDYID
SUBJID
SITEID
Adverse Events
Where there any Adverse Events ?
Start Date
End Date
Action Taken
AEACN
□Y □N
DD-MM-YYYY
DD-MM-YYYY
Treatment stopped
Rescue med given
Subject moved to CCU
□
□
□
AE:Adverse Events(CDASH)
CRFデザインの際には
Controlled Terminologyを
用いることでマッピングが
容易になる。
Action Taken with Study
Treatment AEACN
Other Action Taken
AEACNOTH
Concomitant treatment
given ? AECONTRT
Dose Reduced
Drug Withdrawn
Dose Not Changed
Physical Therapy ordered
Subject moved to home care
Oter, Specify:
□Y □N
□
□
□
□
□
□
64
おわりに
•CDISC対応を円滑に進めるための基礎として、SDTM
ガイダンス文書への理解を深めることが必要不可欠
です。
•次回勉強会ではCustom Domains作成など応用的な
内容を取り扱う予定です。
•その他テーマのご要望がございましたらアンケートに
てご提案下さい。
65
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