close

Enter

Log in using OpenID

Actinopterygian time tree based on the whole mitochondrial genome

embedDownload
Actinopterygian time tree based on the whole mitochondrial genome sequences
Jan. 27. 2015. Jun Inoue
Orders #17–60 (Nelson 2006)
Genus
Chondrostei
Actinopterygii
428(417-448)
Azuma 08
19.Lepisosteiformes
Holostei Azuma 08
339(315-360)
(personal com.)
Actinopteri
381(364-392)
Azuma 08
(personal com.)
17.Polypteriformes Polypteridae ポリプテルス科
Inoue 05
82(66-101)
Polyodontidae ヘラチョウザメ科
18.Acipenseriformes
Acipenseridae チョウザメ科
114(92-144)
Inoue 05
65(47-89)
20.Amiiformes
Hiodontidae ハイオドン科
21.Hiodontiformes
Osteoglossomorpha
Pantodontidae パントドン科
22.Osteoglossiformes
253(228-277)
Inoue 09
アロワナ目
Osteoglossidae
201(176-226)
142(120-165)
162(138-186)
24.Albuliformes ソトイワシ目
Inoue 04
228(199-262)
Inoue 05
Notopteridae ナギナタナマズ科
Elopidae カライワシ科
Megalopidae イセゴイ科
Albulidae ソトイワシ科
Albulidae
Notacanthiformes ソコギス目 Notacanthidae
23.Elopiformes カライワシ目
Inoue 04
Teleostei
324(300-344)
Azuma 08
(personal com.)
Gymnarchidae ギムナーカス科
Mormyridae モルミルス科
Mormyroidea
179(155-204)
Neopterygii
360(339-376)
Azuma 08
Elopomorpha
Lepisosteidae ガーパイク科
33(24-44)
Muraenidae ウツボ科
Congridae アナゴ科
25.Anguilliformes
Ophichthidae ウミヘビ科
ウナギ目
Inoue 01
Inoue 04
Anguillidae ウナギ科
Eurypharyngidae フウセンウナギ科
26.Saccopharyngiformes
Elopocephala
307(282-328)
Azuma 08
(personal com.)
Muraenesocidae ハモ科
Engraulidae カタクチイワシ科
Clupeidae ニシン科
27.Clupeiformes ニシン目
Otomorpha (Otocephala)
244(216-271)
Azuma 08
(personal com.)
Alepocephaliformes セキトリイワシ目
28.Gonorynchiformes ネズミギス目
Ostariophysi
Reedfish
Bichir
Polyodon
Scaphirhynchus
Acipenser
Paddlefish
Shovelnose sturgeon
Sturgeon
Lepisosteus
Atractosteus
Amia
Spotted gar
Alligator gar
Amia
Hiodon
Pantodon
Arapaima
Osteoglossum
Goldeye
ロープフィッシュ
ポリプテルス
ヘラチョウザメ
チョウザメ
ガーパイク
アミア
ハイオドン
Butterflyfish
Arowana
パントドン
アロワナ
Gymnarchus
Gnathonemus
Notopterus
ジムナーカス
モルミルス
ナギナタナマズ
Elops
Megalops
Albula
Pterothrissus
Aldrovandia
Notacanthus
Gymnothorax
Deep-sea spiny eel
Moray eel
Conger
Ophisurus
Conger eel
Snake eel
カライワシ
イセゴイ
ソトイワシ
ギス
トカゲギス
ソコギス
ウツボ
アナゴ
ウミヘビ
Muraenesox
Anguilla
Eurypharynx
Freshwater eel
Engraulis
Sardinops
Anchovy
Sardine
ウナギ
フクロウナギ
カタクチイワシ
マイワシ ( ニシン科 )
Cobitoidea Balitoridae タニノボリ科
29.Cypriniformes コイ目
Nakatani 11
32.Gymnotiformes
248(227-268)
Nakatani 11
Clupeocephala
276(250-301)
Azuma 08
Common name
Erpetoichthys
Polypterus
Cyprinidae コイ科
Azuma 08
139(111-169)
Ctenoluciidae
Characidae
30.Characiformes カラシン目
226(206-245)
Nakatani 11 31.Siluriformes ナマズ目
Pimelodidae ピメロドゥス科
Formosania
Loach
Cyprinus
Danio
Carp
Zebrafish
Boulengerella
Astyanax
Pike-characid
Cave fish
Pimelodus
Long-whiskered catfish
Esox
Coregonus
Salvelinus
Oncorhynchus
Northern pike
Lake whitefish
Salvelinus
Rainbow trout
Plecoglossus
Chauliodus
Sigmops
Ayu
Ateleopus
Jellynose fish
Chlorophthalmus
Harpadon
Greeneye
( タニノボリ科 )
コイ
ゼブラフィッシュ ( コイ科 )
ドウクツギョ ( カラシン科 )
Lepidogalaxiiformes
36.Esociformes カワカマス目 Esocidae
Protacanthopterygii
Ishiguro 03 35.Salmoniformes サケ目
Ishiguro 03
Ishiguro 03
33.Argentiniformes ニギス目
Plecoglossidae アユ科
34.Osmeriformes キュウリウオ目
Stomiatii
Chauliodontidae ホウライエソ科
37.Stomiiformes ワニトカゲギス目
Gonostomatidae ヨコエソ科
Euteleostei
Miya 14
249(223-274)
Azuma 08
38.Ateleopodiformes シャチブリ目 Ateleopodidae シャチブリ科
Chlorophthalmidae
Synodontidae エソ科
39.Aulopiformes ヒメ目
40.Myctophiformes ハダカイワシ目 Myctophidae ハダカイワシ科
Neoteleostei
Miya 14
Regalecidae リュウグウノツカイ科
Lampridae アカマンボウ科
41.Lampriformes アカマンボウ目
Eurypterygii
Miya 14
Paracanthopterygii
Miya 07
Ctenosquamata
Miya 14
Acanthomorpha
191(166-216)
Azuma 08
52.Stephanoberyciformes クジラウオ目
Percomorpha
≈58.Perciformes
Miya M, Nishida M. (2014). The mitogenomic contributions to molecular
phylogenetics and evolution of fishes: A 15-year retrospect. Ichthyological
Research 61:1–43.
–––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––
Azuma 08: Azuma Y, Kumazawa Y, Miya M, Mabuchi K, Nishida M (2008)
Mitogenomic evaluation of the historical biogeography of cichlids toward
reliable dating of teleostean divergences. BMC Evol Biol 8:215.
Inoue 05: Inoue JG, Miya M, Venkatesh B, Nishida M (2005) The
mitochondrial genome of Indonesian coelacanth Latimeria menadoensis
(Sarcopterygii: Coelacanthiformes) and divergence time estimation between
the two coelacanths. Gene 349:227–235
Inoue 09: Inoue JG, Kumazawa Y, Miya M, Nishida M (2009) The historical
biogeography of the freshwater knifefishes using mitogenomic approaches:
a Mesozoic origin of the Asian notopterids (Actinopterygii:
Osteoglossomorpha). Mol Phylogenet Evol 51:486–499
Ishiguro 03: Ishiguro NB, Miya M, Nishida M (2003) Basal euteleostean
relationships: a mitogenomic perspective on the phylogenetic reality of the
‘‘Protacanthopterygii’’ . Mol Phylogenet Evol 27:476–488
Miya 03: Miya M, Takeshima H, Endo H, Ishiguro NB, Inoue JG, Mukai T,
Satoh TP, Yamaguchi M, Kawaguchi A, Mabuchi K, Shirai SM, Nishida M
(2003) Major patterns of higher teleostean phylogenies: a new perspective
based on 100 complete mitochondrial DNA sequences. Mol Phylogenet
Evol 26:121–138
Miya 13: Miya M, Friedman M, Satoh TP, Takeshima H, Sado T, Iwasaki W,
Yamanoue Y, Nakatani M, Mabuchi K, Inoue JG, Poulsen JY, Fukunaga T,
Nishida M (2013) Evolutionary origin of the Scombridae (tunas and
mackerels): members of a Paleogene adaptive radiation with 14 other
pelagic fish families. PLoS ONE 8:e73535.
Nakatani 11: Nakatani M, Miya M, Mabuchi K, Saitoh K, Nishida M (2011)
Evolutionary history of Otophysi (Teleostei), a major clade of the modern
freshwater fishes: Pangaean origin and Mesozoic radiation. BMC Evol Biol
11:177
Poulsen 13: Poulsen JY, Byrkjedal I, Willassen E, Rees D, Takeshima H, Satoh
TP, Shinohara G, Nishida M, Miya M (2013) Mitogenomic sequences and
evidence from unique gene rearrangements corroborate evolutionary
relationships of Myctophiformes (Neoteleostei). BMC Evol Biol 13:111.
Song 14: Song HY, Mabuchi K, Satoh TP, Moore JA, Yamanoue Y, Miya M,
Nishida M (2014) Mitogenomic circumscription of a novel percomorph fish
clade mainly comprising ‘‘Syngnathoidei’’ (Teleostei). Gene 542:146–155
Stm 09: Setiamarga DHE, Miya M, Inoue JG, Ishiguro NB, Mabuchi K, Nishida
M (2009) Divergence time of the two regional medaka populations in Japan
as a new time scale for comparative genomics of vertebrates. Biol Lett
5:81–86
Sturmbauer 10: Sturmbauer C, Salzburger W, Duftner N, Schelly R, &
Koblmuller S (2010) Evolutionary history of the Lake Tanganyika cichlid
tribe Lamprologini (Teleostei: Perciformes) derived from mitochondrial and
nuclear DNA data. Mol. Phylogenet. Evol. 57(1):266-284.
53.Beryciformes
Azuma 08
Miya 14
Acanthopterygii
182(157-206)
Azuma 08
: Broadly accepted node
42.Polymixiiformes ギンメダイ目
43.Percopsiformes サケスズキ目
54.Zeiformes マトウダイ目
Macrouridae ソコダラ科
44.Gadiformes タラ目
Gadidae タラ科
Polymixiidae
Zeidae
Trachichthyidae ヒウチダイ科
Monocentridae マツカサウオ科
Berycidae キンメダイ科
Holocentridae イットウダイ科
Melamphaidae カブトウオ科
Rondeletiidae アンコウイワシ科
45.Ophidiiformes
46. Batrachoidiformes
59.Pleuronectiformes カレイ目 Paralichthyidae ヒラメ科
E
Carangiformes
Carangidae アジ科
Song 14 Miya 03
Arripidea
F
Nomeidae エボシダイ科
Pelagia
Scombriformes
Scombridae サバ科
Miya 13
Apogonidae テンジクダイ科
Kurtiformes
Near 13
Gobiidae ハゼ科
Gobiiformes
C
154 (131-177)
Azuma 08
Serranoidei
Notothenioidei
55.Gasterosteiformes
G
Song 14 57.Scorpaeniformes
カサゴ目
Serranidae ハタ科
Nototheniidae ノトセニア科
Gasterosteidae トゲウオ科
Scorpaenidae フサカサゴ科
Labridae ベラ科
Azuma 08
Chaetodontiformes
Chaetodontidae チョウチョウウオ科
Sparidae タイ科
Azuma 08
Near 13
H
Song 14
47.Lophiiformes アンコウ目
Ogcocephalidae アカグツ科
Tetraodontidae フグ科
70 (55-86)
60.Tetraodontiformes Monacanthidae カワハギ科
Yamanoue 08
Azuma 08
アユ
ホウライエソ
ヨコエソ
シャチブリ
アオメエソ
ミズテング ( エソ科 )
スズキハダカ ( ハダカイワシ科 )
Regalecus
Lampris
Ribbonfish
Opah
Polymixia
Beardfish
Zeus
Caelorinchus
Theragra
Gadus
Hoplostethus
Monocentris
John dory
Beryx
Sargocentron
Poromitra
Rondeletia loricata
Alfonsino
Squirrelfish
Paralichthys
Microstomus
Seriola
Flatfishes
Dover sole
Jack
マトウダイ
ムグラヒゲ ( ソコダラ科 )
タラ
ヒウチダイ
キンメダイ
カブトウオ
アカチョッキクジラウオ
( アンコウイワシ科 )
Katsuwonus
Pterapogon
Tridentiger
ヒラメ
マアジ
クロマグロ
( サバ科 )
タイセイヨウサバ
カツオ
トビハゼ
Dactyloptena
タウナギ
Killifish
Splitfin
Pupfish
Platyfish
Neotropical silverside
ボラ
プラティー
Blue eye
Saury
Flyingfish
Halfbeak
サンマ
トビウオ
Medaka
メダカ
Anemonefish
Tilapia
ティラピア
Epinephelus
Notothenia
Gasterosteus
Helicolenus
Grouper
Atlantic icefish
Stickleback
Scorpion fish
Cheilinus
Pseudolabrus
Halichoeres
Chaetodon
Wrasse
Tetraodon
Tekifugu
Stephanolepis
アカマンボウ
ギンメダイ
Pinecone fish
Katsuwonus
Pagrus
Ogcocephalus
ツノハダカ ( ハダカイワシ科 )
リュウグウノツカイ
Alaska pollack
Cod
Pterapogon
Tridentiger
Song
14
Near 13
ニジマス
Myctophum
Dactylopteridae
D Syngnathiformes ヨウジウオ目
Song 14
Dactyloptena
Synbranchidae タウナギ科
A 56.Synbranchiformes タウナギ目
Monopterus albus
Mugilidae ボラ科
48.Mugiliformes
Mugil
Aplocheilidae
Aplocheiloidei
Aplocheilus
51.Cyprinodontiformes
Goodeidae
B
Xenotoca
カダヤシ目
Cyprinodontidae
Jordanella
Stm 09
Cyprinodontoidei
Poeciliidae カダヤシ科
Xiphophorus
124 (personal com.)
Atherinopsidae
Menidia
(115-138) 49.Atheriniformes
AtherinoMelanotaeniidae
morpha
Melanotaenia
トウゴロウイワシ目
Isonidae ナミノハナ科
136
Iso
(115-159)
Scomberesocidae サンマ科
Cololabis
Azuma 08
Exocoetidae トビウオ科 Exocoetus
ダツ目
Hemiramphidae
Hyporhamphus
Stm
09
50.Beloniformes
O.luzonensis
Oryzias
Northern
118(106-130)
O.latipes (HNI)
Southern
41(33-50)
O.latipes (Hd-rR)
18(13-24)
Abudefduf
Pomacentridae スズメダイ科
Azuma 08
Amphiprion
159 (136-183)
Indo/Sri
Lanka
127
Etroplus
87(69-106)
Azuma 08
Madagascar
Azuma 08 (107-149)
Paretroplus
Etroplinae
Etroplinae
Paratilapia
Madagascar
Ptychochrominae
Ptychochromoides
Cichlidae
Hypselecara
カワスズメ科
South America Cichlasomatinae;Heroini
Astronotinae;Astronotini
Astronotus
96(78-115)
Tylochromini
Tylochromis
Oreochromini
89(72-108) Africa
Oreochromis
Pseudocrenilabrinae
Tropheini
Tropheus
Neolamprologus
Julidochromis
Lamprologini
Sturmbauer 10
Az 08
カワカマス
タイセイヨウサケ
タマカイ ( ハタ科 )
イトヨ
ユメカサゴ
メガネモチノウオ
( ベラ科 )
Butterflyfish
Red seabream
Batfish
タイ
ミドリフグ
Threadsail filefish
トラフグ
カワハギ
Author
Document
Category
Uncategorized
Views
14
File Size
2 582 KB
Tags
1/--pages
Report inappropriate content