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COLLOQUE
Programme
flores
microbiennes
d’intérêt
Abstracts
Liste des
participants
dans les Procédés Alimentaires et la Santé
Le 7 octobre 2014, à DIJON
ORGANISÉ PAR :
AVEC LA PARTICIPATION DE :
PROGRAMME
flores microbiennes d’intérêt
dans les Procédés Alimentaires et la Santé
7 octobre 2014, Dijon
Matin
Après-midi
CONSERVATION ET PRÉSERVATION DES SOUCHES AU COURS DES PROCÉDÉS ET
DE L’INGESTION
8h45 – 9h00 ACCUEIL
CONFÉRENCE INTRODUCTIVE : Les flores microbiennes d’intérêt dans les
9h00 – 9h30 procédés alimentaire et la santé
Muriel Thomas (UMR Micalis) & Laurent Beney (UMR PAM)
BIODIVERSITÉ MICROBIENNE ET SÉLECTION DE SOUCHES D’INTÉRÊT
9h30 – 10h30
Chairman : Laurent Rios (Biovitis).
• Sélection de levures œnologiques non Saccharomyces - Hervé Alexandre (UMR
PAM)
• Dynamique d’évolution de la flore microbienne dans les fromages -Christine
Achilleos (INRA Urtal)
• Démarche de sélection d’une souche d’intérêt probiotique - Pascal Molimard
(Merck Consumer Healthcare)
10h30 - 11h00 PAUSE
IDENTIFIER ET CONSERVER LES FONCTIONNALITÉS
Chairman : Patricia Ramos (Senoble)
• Impact des procédés de production sur le maintien des propriétés fonctionnelles
de Lactobacillus
plantarum - Nicolas Desroche (Nexidia)
11h00 – 12h30
• Identification des fonctions bactériennes par une approche de banque génomique Florian Chain (UMR MICALIS)
• Stratégie de génétique inverse sur les lactobacilles : de la fonction aux gènes Jean-François Cavin et Hélène Licandro-Seraut (UMR PAM)
12h30 – 13h30 DÉJEUNER - BUFFET ET ÉCHANGES
Chairman : Pascal Molimard (Merck Consumer Healthcare)
• Le cas problématique des bactéries strictement anaérobies - Cyril Iaconnelli (UMR
PAM)
13h30 – 14h30
• Conservation de la levure et le rôle antioxydant des stérols de la membrane - Sébastien
Dupont
(UMR PAM)
• L’encapsulation de cultures de microorganismes - Yves Waché (UMR PAM / NatEncaps)
MODES D’ACTION DES MICROORGANISMES
Chairman : Nicolas Desroche (Nexidia)
• Effet de bactéries probiotiques sur la perméabilité de la barrière intestinale - Luis
Bermudez (UMR MICALIS)
14h30 – 15h30
• Biofilm et immunomodulation : cas d’un Lactobacillus casei - Jean Guzzo / Aurélie
Rieu (UMR PAM)
• Activité réductrice des microorganismes d’intérêt laitier - Rémy Cachon (UMR PAM)
15h30 – 15h45
CONCLUSION
Catherine Béal (AgroParisTech)
15h45 - 16h00 PAUSE
16h00 – 17h30 SPEED DATING
17h00 COCKTAIL APÉRITIF ET NETWORKING
18h30 CLÔTURE
Les organisateurs
VITAGORA®, pôle de compétitivité tri-régional (Bourgogne,
Franche-Comté et Île-de-France). Vitagora® réunit entreprises
de l’agroalimentaire avec des représentants de a recherche et de
la formation afin de favoriser la croissance par l’innovation pour
attaquer à des marchés alimentaires à haute valeur ajoutée.
Le Groupement d’Intérêt Scientifique (GIS) AGRALE est constitué de trois
partenaires, membres fondateurs : l’INRA, l’Université de Bourgogne,
AgroSup Dijon, qui rassemble l’ensemble des forces de recherche et
formation supérieure du Grand Campus dijonnais dans les domaines
de l’AGRicuture, l’ALimentation et l’Environnement.
www.vitagora.com
www.agrale-dijon.fr
Conférence introductive
L’avenir des flores microbiennes d’intérêt pour les procédés
alimentaires et la santé
M. Thomas (UMR Micalis, Jouy en Josas) et L. Beney (UMR PAM, Agrosup Dijon – Université de Bourgogne, Dijon)
Depuis des millénaires, nous mettons à profit les propriétés des bactéries pour améliorer la
conservation, le goût, l’aspect, la texture des aliments après fermentation. L’utilisation des bactéries,
très ancrée dans nos procédés alimentaires, subit une évolution permanente qui est marquée par la
disparition progressive de l’empirisme au profit de pratiques rationnelles tirées du développement
des connaissances scientifiques. La richesse du programme de la journée démontre le dynamisme
dans le domaine des « flores microbiennes d’intérêt » tant sur le plan des nouvelles connaissances
que sur le plan de leurs répercussions économiques et sociétales. Nous espérons que ce colloque
sera particulièrement favorable à l’innovation, à la créativité et à l’émergence de nombreux projets.
Son format y est en tout cas propice puisqu’il réunit des chercheurs académiques et des industriels
du domaine. Nos unités respectives, Micalis et l’UMR PAM ainsi que l’Unité URTAL sont fortement
mobilisées pour cet évènement et nombre de leurs chercheurs vous montreront le grand potentiel
technique et scientifique qu’elles abritent.
La première des thématiques abordées aujourd’hui concerne l’étude de la biodiversité et
l’identification de nouvelles souches d’intérêt. En effet, l’immense diversité du monde microbien se
révèle à travers l’étude des méta-génomes des aliments fermentés, de notre tractus digestif et de
notre environnement. Dans leur totalité les microorganismes constituent une richesse biologique
et génétique immense et sont le siège de millions d’activités biochimiques pour la plupart
inconnues. Il ne fait aucun doute que certains d’entre eux contribueront un jour à la préservation
de notre santé ou de notre environnement. Pour cela quelques challenges sont à relever, au-delà
de la signature génétique, il s’agit par exemple d’isoler et cultiver ces microorganismes pour en
étudier leurs activités.
Les trois sessions suivantes sont consacrées aux fonctions des flores d’intérêt. Les enjeux principaux
sont d’identifier puis de préserver les fonctionnalités des souches et cela tout au long de la chaine qui
s’étend du fermenteur, dans lequel sont produits les microorganismes, jusqu’à l’aliment et le tractus
digestif. Toutes ces investigations sont essentielles à l’utilisation rationnelle des microorganismes
et au développement de procédés industriels adaptés.
Enfin les derniers exposés concerneront les modes d’action des micro-organismes à la fois dans
le produit mais aussi sur la santé humaine. Les bactéries utilisées dans les procédés alimentaires
sont souvent associées à des valeurs « santé » ce qui confère une plus-value à un produit et
représente un potentiel d’innovation impliquant des acteurs académiques et privés; cependant les
preuves scientifiques sur l’effet bénéfique de leur consommation restent insuffisantes. Les seules
bactéries alimentaires bénéficiant d’une allégation « santé » approuvée par l’EFSA (« European
Food Safety Autority ») sont les bactéries lactiques du yaourt, dont la consommation aide à une
meilleure digestion du lactose. Ce cas d’école, qui reste isolé, montre qu’il y a une grande marge
de progression pour prouver des effets santé de bactéries alimentaires. Dans un contexte, où de
nombreuses études décrivent l’impact des bactéries intestinales commensales ou alimentaires sur
la physiologie et la santé ; les argumentaires des allégations santé devraient pouvoir être étayés
afin de concilier les exigences réglementaires, les attentes et la protection des consommateurs.
Nous remercions le comité d’organisation de ce premier colloque consacré à la « flore microbienne
d’intérêt » ainsi que le pôle Vitagora et le Gis Agrale pour leur implication déterminante. Nous vous
souhaitons un colloque riche d’échanges et de projets.
Biodiversité microbienne et sélection de souches d’intérêt
Sélection de levures œnologiques Non-Saccharomyces
Hervé Alexandre
UMR A 02.102 Laboratoire VALMIS-UMR PAM AgrosupDijon/UB, Institut Universitaire de la Vigne et
du Vin Jules Guyot, Université de Bourgogne
La réalisation de la fermentation alcoolique du jus de raisin a été pendant très longtemps et est
encore dans certains cas conduite par les levures naturellement présentes sur le raisin ou dans le
chai. Dans ces conditions, le terme « levures indigènes » est utilisé. Sous ce terme co-existe une
multitude d’espèces de levures, fermentaires ou non. Toutes les « levures indigènes » ne sont pas
adaptées à la production de vin de qualité même si majoritairement cela se passe bien. En effet,
le départ en fermentation peut être long et n’est pas contrôlé, la vitesse de fermentation peut être
irrégulière et la fermentation peut ne pas aller à son terme. Enfin les risques de déviances existent.
Pour ces raisons, des levures appartenant à l’espèce Saccharomyces cerevisiae ont été isolées et
sélectionnées selon un cahier des charges assez stricte. Peu de production d’acide acétique, de
sulfites, départ en fermentation rapide, tolérance à l’éthanol, tolérance à la température,…. Et bien
d’autres propriétés.
Dans les années 70-80 les premières levures sèches actives (LSA) apparaissent et ont très vite
remporté un vrai succès. Ces LSA ont sans conteste contribué à l’amélioration qualitative des vins,
ces 40 dernières années.
Cependant, parmi les levures indigènes dans lesquelles il y a des Saccharomyces cerevisiae, il y a
également des levures dites « non-Saccharomyces » qui possèdent des propriétés intéressantes
pour la vinification et qui ont fait l’objet de nombreuses études qui ont relancé l’intérêt pour ses
levures.
Ainsi de nouveaux programmes de sélection de levures « Non-Sacchromyces » ont vu le jour avec
pour objectif de réaliser des co-fermentations avec Saccharomyces cerevisiae, afin de mimer ce
qui se passe naturellement, mais de façon plus contrôlée. Ce sont ces différents aspects qui seront
abordés dans cette présentation.
Biodiversité microbienne et sélection de souches d’intérêt
Dynamique d’évolution de la flore microbienne dans les fromages
Christine Achilleos
INRA, UR342 Technologie et Analyses Laitières, F-39800 Poligny, France
Le fromage est un écosystème complexe où cohabitent des bactéries, des levures et des moisissures.
Tout au long de la fabrication et de l’affinage, par une multitude d’activités enzymatiques, elles
interagissent entre elles, et avec leur environnement, les constituants du lait, puis du fromage.
Ainsi, suivant les conditions de leur environnement, à un moment donné du process de fabrication,
certains micro-organismes se multiplient activement alors que d’autres tendent à disparaître. Les
équilibres entre les différents groupes de micro-organismes, la diversité et l’importance relative
des populations sont donc en constante évolution en cours de fabrication et d’affinage. Le
fonctionnement de cet écosystème microbien conduit à l’élaboration des différentes caractéristiques
de la qualité des fromages : sensorielle, sanitaire et santé.
Décrire le fonctionnement de cet écosystème implique de connaitre la diversité microbienne et de
suivre tout au long du process de fabrication la vie dynamique de ces populations microbiennes.
La description des populations microbiennes en termes de diversité et de dynamique est basée sur
des méthodes cultures dépendantes, sur milieux plus ou moins spécifiques, et peut être aujourd’hui
complétée par des méthodes moléculaires directes, cultures indépendantes, basées sur l’analyse
des séquences d’acides nucléiques, signatures des micro-organismes.
L’évolution de Lactobacillus delbrueckii pendant la fabrication fromagère, depuis le lait de cuve
jusqu’en fin d’affinage, a été suivie dans 24 fromages au lait cru, de type pâte pressée cuite. La
quantification de Lb. delbrueckii par une méthode moléculaire, PCR quantitative en temps réel
(qPCR), comparée au dénombrement par culture sur milieu sélectif, a montré la présence de
cellules non cultivables tout au long de la fabrication fromagère, dès l’étape de pressage du
fromage et jusqu’en fin d’affinage. Les écarts observés entre les deux méthodes de quantification,
surestimation par qPCR, expriment différents états physiologiques des cellules selon l’étape de
fabrication considérée.
D’autre part, certains résultats, sous-estimation par qPCR, traduisent des problèmes d’extraction
de l’ADN de cellules cultivables. Ceci est clairement observé pour des échantillons dans le lait de
cuve, à l’étape d’inoculation de Lb. delbrueckii et à 12 h de fabrication, dans le fromage sous presse,
lorsque les cellules de Lb. delbrueckii sont en phase stationnaire de croissance. L’efficacité de la
méthode d’extraction de l’ADN varie selon l’état physiologique des cellules mais également selon
la souche de Lb. delbrueckii impliquée.
Cet exemple montre que la description d’un écosystème microbien est étroitement liée aux
méthodes mises en œuvre pour le mesurer. Les méthodes moléculaires s’affranchissent des cultures
sur milieux sélectifs mais nécessitent l’extraction des acides nucléiques directement de la matrice,
lait et fromage. Les populations microbiennes sont quantifiables sous condition que les cellules
puissent être lysées et leur acide nucléique extrait.
Il n’y a pas d’outil idéal et il est nécessaire de bien connaitre les biais et limites de chaque méthode
pour une interprétation au plus juste. Il est souvent souhaitable de combiner plusieurs méthodes
pour avoir une image finale de la communauté microbienne la plus complète et la plus proche de
la réalité.
Biodiversité microbienne et sélection de souches d’intérêt
Démarche de sélection d’une souche d’intérêt probiotique
Pascal Molimard, PhD
R&D Brand Innovator Bion, Merck Consumer Health
Afin d’être considérée comme probiotique, il est nécessaire de démontrer, au travers d’études in
vitro, précliniques et cliniques, les bénéfices santés d’un microorganisme. La sélection du bon
candidat probiotique nécessite de définir et d’identifier des cribles pertinents et ciblés. Cette
présentation démontre comment nous avons identifié deux souches potentiellement probiotiques
au sein d’une collection de micro-organismes après avoir défini une cascade de cribles adaptés.
Notre objectif était d’identifier des souches ayant potentiellement un bénéfice de prévention
et de traitement des infections des voies respiratoires hautes. Parmi 129 souches candidates, 2
ont démontré des propriétés des propriétés permettant de les considérer comme des souches
potentiellement probiotiques.
Identifier et conserver les fonctionnalités
Impact des procédés de production sur le maintien des propriétés
fonctionnelles d’une souche de Lactobacillus plantarum
Nicolas Desroche1*, Guillaume Lemetais2, Jean Guzzo3, Patrice Arbault1,
Pascal Molimard2 et Patrice Gervais3
Nexidia SAS, 15 Rue de Mayence, 21000 DIJON *[email protected]
2
Merck Medication Familiale, 18 C Boulevard Winston Churchill, 21070 DIJON
3
UMR A « Procédés Alimentaires et Microbiologiques », Université de Bourgogne, 21000 DIJON
1
La sélection de nouvelles souches de bactéries lactiques potentiellement probiotiques est
principalement basée sur des tests in vitro et in vivo réalisés à partir de cultures produites dans
des conditions de laboratoire. Lors de ces tests, les conditions de culture sont éloignées des
conditions de production au niveau industriel. En effet, les souches probiotiques sont produites et
formulées dans des conditions différentes, principalement sous forme lyophilisée. Ces paramètres
de production et de formulation peuvent affecter les propriétés fonctionnelles des souches et avoir
un impact sur les résultats des études cliniques.
Au cours de cette étude, nous avons étudié l’impact des conditions de production et de formulation
sur les propriétés fonctionnelles de la souche de L. plantarum CNRZ 1997. Cette souche avait
démontré des activités immuno-modulatrices in vitro et conduit à une amélioration significative
de la santé de souris infectées avec le virus Influenza en soulageant les symptômes cliniques et en
inhibant de manière significative la prolifération du virus dans les poumons. L’état physiologique
de différentes préparations de cette souche (cultures en milieu de laboratoire, culture industrielle
lyophilisée et formulation sous la forme d’une gélule) a été évalué par des approches moléculaires et
physiologiques et comparé aux caractéristiques de la souche (résistances au stress acide et au stress
biliaires, adhésion à la mucine) et à ses propriétés fonctionnelles (activité immuno-modulatrice).
Nos résultats montrent que le procédé de production, et plus particulièrement le temps de
croissance, influencent les capacités de résistance au stress et d’adhésion à la mucine de la souche
de L. plantarum CNRZ 1997. Des corrélations entre ces caractéristiques et l’expression de gènes
impliqués dans la résistance au stress et dans les mécanismes d’adhésion ont été mises en évidence.
La souche de L. plantarum CNRZ 1997 a également présenté des états physiologiques différents
selon les préparations testées. Cependant, les modifications engendrées par les conditions
industrielles de production et de formulation n’ont pas eu de répercussion sur l’activité immunomodulatrice de cette souche.
Cette étude a permis de démontrer que les conditions de formulations peuvent avoir un impact
sur les propriétés fonctionnelles des souches probiotiques. Il serait nécessaire de prendre en
compte ces paramètres lors de la production et la formulation des produits intégrant des souches
probiotiques.
Mots-clés : probiotique, Lactobacillus plantarum, formulation, état physiologique, activité
immuno-modulatrice
Identifier et conserver les fonctionnalités
Identification des fonctions bactériennes par une approche de
banque génomique
Florian CHAIN
INRA, Commensal and Probiotics-Host Interactions Laboratory, UMR1319 Micalis, Jouy-en-Josas,
France; AgroParisTech, UMR1319 Micalis, Jouy-en-Josas, France
La sélection de souches microbiennes aux fonctionnalités d’intérêt amène inévitablement à poser
la question de leur mode d’action. Identifier le support de la fonction reste encore un objectif qu’il
n’est jamais simple d’atteindre.
L’une des approches possible repose sur la création de banque génomique. Cette méthode
utilise l’ensemble de l’ADN de l’organisme d’intérêt. L’ADN est fragmenté puis cloné dans un hôte
permettant l’expression de gènes ou groupes de gènes. Une banque génomique est ainsi générée
et est théoriquement représentative du génome d’intérêt. La méthode de fragmentation, le choix
de l’hôte, la taille des fragments et d’autres paramètres ont un impact sur la manière d’exploiter
la banque. A titre d’exemple, une fragmentation en petits éléments nécessitera de générer des
banques contenant un nombre de clones accru.
Au cours de cette présentation, un aperçu des différentes banques sera donné ainsi que quelques
exemples de stratégies d’exploitation.
Identifier et conserver les fonctionnalités
Stratégie de génétique inverse sur les lactobacilles : de la fonction
aux gènes
Hélène Licandro-Seraut, Jean-François Cavin
UMR A 02102 PAM, AgroSup Dijon / Université de Bourgogne,
1 Esplanade Erasme, 21000, Dijon, France
La génétique inverse globale (de la fonction au gène) est une stratégie de recherche qui consiste
à créer une banque de mutants saturée d’un microorganisme d’intérêt, le plus souvent par
mutagenèse par transposition, puis à cribler cette banque pour des fonctionnalités d’intérêt
fondamental et/ou pour des applications. Tous les mutants de la banque affectés dans un gène
impliqué dans la fonction/fonctionnalité d’intérêt sont ainsi sélectionnés par leur phénotype
différent de celui de la souche sauvage. Le gène interrompu (inactivé) par l’insertion du transposon
est identifié par séquençage à partir du transposon. Cette stratégie de recherche « ouverte » (sans
« a priori » comme l’est souvent celle basée sur de la bibliographie antérieure) est exhaustive (1).
Elle permet d’identifier les gènes clés impliqués dans la fonctionnalité codant pour des enzymes,
des senseurs des paramètres du milieu, des régulateurs transcriptionnels positifs ou négatifs
de l’expression de fonctions enzymatiques désirables ou indésirables pour le microorganisme
d’intérêt. Ainsi, elle permet de comprendre leur capacité à répondre à des stress environnementaux
physicochimiques, technologiques, et/ou biologiques comme ceux du tube digestif, mais aussi
d’autres écosystèmes alimentaires, ou environnementaux. Des mutants métaboliques d’intérêt
pour les procédés fermentaires peuvent être obtenus, et des fonctions d’intérêt pourront être
stimulées ou dérégulées pour une meilleure efficacité et/ou productivité. En collaboration avec
d’autres collègues, nous avons développé des outils de manipulabilité génétique et de mutagenèse
de Lactobacillus applicables à d’autres genres bactériens (2, 3). Ces outils ont permis l’exploration
de la génétique fonctionnelle de lactobacilles dans des contextes procédés alimentaires et santé
différents, comme la fermentation des olives de table par Lactobacillus pentosus (résistance au
stress saumure et composés phénoliques antimicrobiens) (4) et la colonisation du tractus digestif
par la bactérie commensale Lactobacillus casei (5). A la suite de cette approche, des mutants
GRAS peuvent être réalisés par mutagenèse ciblée, mais aussi des « souches sélectionnées » par
mutagenèse chimique. C’est possible grâce à la validation du système de criblage mis en œuvre
pour la banque de mutants par transposition, et à la connaissance de la faisabilité d’obtention des
mutants recherchés. Cette stratégie de recherche permet de générer des connaissances de base sur
les mécanismes microbiens, et la production de mutants d’intérêt pour les procédés alimentaires et
biotechnologiques.
[1] Tran N.P., Gury J., Dartois V., Nguyen T.K.C., Serault H., Barthelmebs L., Gervais P., Cavin J.F. 2008. Phenolic acid-mediated regulation of the padC
gene, encoding the phenolic acid decarboxylase of Bacillus subtilis. J. Bacteriol., 190:3213-3224.
[2] Licandro-Seraut H, Brinster S, van de Guchte M, Scornec H, Maguin E, Sansonetti P, Cavin JF, Serror P. 2012. Development of an efficient in vivo
system (Pjunc-TpaseIS1223) for random transposon mutagenesis of Lactobacillus casei. Appl. Environ. Microbiol. 78:5417-5423.
[3] Scornec H, Tichit M, Bouchier C, Pedron T, Cavin JF, Sansonetti PJ, Licandro-Seraut H. 2014. Rapid 96-well plates DNA extraction and sequencing
procedures to identify genome-wide transposon insertion sites in a difficult to lyse bacterium: Lactobacillus casei. J Microbiol Methods. 106:78-82.
[4] Perpetuini G, Scornec H, Tofalo R, Serror P, Schirone M, Suzzi G, Corsetti A, Cavin JF, Licandro-Seraut H. 2013. Identification of critical genes for
growth in olive brine by transposon mutagenesis of Lactobacillus pentosus C11. Appl Environ Microbiol. 79:4568-4575.
[5] Licandro-Seraut H, Scornec H, Pedron T, Cavin JF, Sansonetti PJ. 2014. Functional genomics of Lactobacillus casei establishment in the gut. Proc
Natl Acad Sci USA. 111:E3101-3109
Conservation et préservation des souches au cours des
procédés et de l’ingestion
Le cas problématique des bactéries strictement anaérobies
Cyril Iaconnelli1 2, Pascal Molimard3, Patrick Gervais1, Laurent Beney1
UMR – Procédés Alimentaires et Microbiologiques, AgrosupDijon, Université de Bourgogne ;
WELIENCE – SATT GRAND EST ; 3 MERCK MEDICATION FAMILIALE.
1
2
Faecalibacterium prausnitzii est la bactérie la plus abondante du microbiote du tractus digestif de
l’homme adulte sain. Elle représente en effet plus de 5% de la flore bactérienne totale [1]. Elle se
retrouve majoritairement dans le colon et une diminution importante du nombre de cette bactérie
a récemment été suspectée comme étant un facteur majeur du développement de maladies
intestinales chroniques, telle que la maladie de Crohn [2]. Il semble donc pertinent de travailler sur
cette bactérie qui présente un fort potentiel probiotique.
Cependant, Faecalibacterium prausnitzii est une bactérie strictement anaérobie qui appartient
au groupe IV des clostridium (groupe des Clostridium leptum). De plus, F.prausnitzii a été décrite
comme extrêmement sensible à l’oxygène (EOS – Extremely Oxygen Sensitive). En effet, Duncan et
al. (2002) ont observé qu’une exposition supérieure à 2min de la bactérie à l’air était suffisante pour
inhiber sa croissance sur un milieu nutritif gélosé. Par ailleurs, les mêmes auteurs ont montré que
cette bactérie présente des conditions de cultures exigeantes [3]. Ainsi, malgré son fort potentiel
probiotique, les deux paramètres (anaérobie stricte et EOS) qui caractérisent cette bactérie
représentent des freins considérables pour envisager sereinement son exploitation industrielle.
En effet, les probiotiques sont définis comme des micro-organismes vivants qui ingérés en
quantité adéquate engendrent un effet positif sur la santé de l’hôte. Jusqu’à présent, la sélection
de probiotiques était essentiellement basée sur cette effet « santé » mais aussi sur leur aptitude
à produire de la biomasse et se conserver facilement. Les enjeux de ce projet sont de réussir à
adapter et/ou concevoir de nouveaux procédés de production et de stabilisation qui ne sont
aujourd’hui pas maitrisés pour ce type de microorganismes. En effet, les défis industriels à relever
se situent principalement au niveau de la production en anaérobie stricte (sous conditions
gazeuses contrôlées) du probiotique et sur sa stabilisation par le séchage (lit fluidisé, lyophilisation,
atomisation…) qui est connue pour induire des stress, notamment oxydatifs, létaux [4,5].
En partant d’une analyse in-silico, en passant par une manipulation au stade laboratoire, puis
en finissant par production à plus grande échelle, les différents paramètres clés de production,
de stabilisation et de conservation ont été identifiés et optimisés sur la bactérie modèle,
Faecalibacterium praunsitzii. Enfin, les premiers résultats obtenus au cours de ce projet sont
prometteurs, notamment dans le cadre de futurs développements de probiotiques très sensible
à l’oxygène, présents dans le colon ou d’autres niches écologiques à faible teneur en oxygène
(rumen, fond des océans etc.).
[1] Miquel, S., Martin, R., Rossi, O., Bermúdez-Humarán, L. G., Chatel, J. M., Sokol, H., ... & Langella, P. (2013). Faecalibacterium prausnitzii and human
intestinal health. Current opinion in microbiology, 16(3), 255-261.
[2] Sokol, H., Pigneur, B., Watterlot, L., Lakhdari, O., Bermúdez-Humarán, L. G., Gratadoux, J. J., ... & Langella, P. (2008). Faecalibacterium prausnitzii is
an anti-inflammatory commensal bacterium identified by gut microbiota analysis of Crohn disease patients. Proceedings of the National Academy
of Sciences, 105(43), 16731-16736.
[3] Duncan, S. H., Hold, G. L., Harmsen, H. J., Stewart, C. S., & Flint, H. J. (2002). Growth requirements and fermentation products of Fusobacterium
prausnitzii, and a proposal to reclassify it as Faecalibacterium prausnitzii gen. nov., comb. nov. International journal of systematic and evolutionary
microbiology, 52(6), 2141-2146.
[4] Dupont, S., Lemetais, G., Ferreira, T., Cayot, P., Gervais, P., & Beney, L. (2012). Ergosterol biosynthesis: a fungal pathway for life on land?. Evolution,
66(9), 2961-2968.
[5] Dupont, S., Rapoport, A., Gervais, P., & Beney, L. (2014). Survival kit of Saccharomyces cerevisiae for anhydrobiosis. Applied microbiology and
biotechnology, 1-14.
Conservation et préservation des souches au cours des
procédés et de l’ingestion
Compréhension des mécanismes de résistance à la déshydratation
de Saccharomyces cerevisiae : application à la préservation ou la
destruction de levures
Sébastien Dupont, Patrick Gervais, Laurent Beney
UMR Procédés Alimentaires et Microbiologiques, équipe Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques ; AgroSup Dijon / Université de Bourgogne - 1, esplanade Erasme, 21000 Dijon – France ;
[email protected]
La conservation de microorganismes d’intérêt (ferments, probiotiques) sous forme sèche et
revivifiable est très répandue dans l’industrie. Cependant, les procédés de déshydratation
conduisent à des taux de survie variables en fonction du groupe, de l’espèce et de la souche de
microorganismes. La compréhension des mécanismes cellulaires impliqués dans la résistance à la
déshydratation représente donc un enjeu majeur dans le domaine de la stabilisation de cellules
d’intérêt. La levure de boulangerie Saccharomyces cerevisiae est un modèle de choix dans l’étude
de ces mécanismes. En effet, sa persistance dans son habitat naturel (surface des plantes et du sol)
est reliée à sa capacité à résister à des cycles de déshydratation et de réhydratation dépendant des
instabilités climatiques [1, 2]. Cette capacité est également exploitée dans l’industrie où cette levure
est stabilisée sous forme sèche avant son utilisation. L’objet de cette présentation est d’exposer les
principales altérations cellulaires induites par la déshydratation et de mettre en regard les outils
de la levure expliquant sa résistance. Un focus sera réalisé sur la membrane plasmique puisque
cette structure est la principale cible de la déshydratation [3-6]. Des perspectives industrielles
seront finalement proposées sur la base des connaissances délivrées par la levure S. cerevisiae. Ces
perspectives concernent, d’une part, des stratégies de préservation cellulaire dans le cas de la flore
microbienne d’intérêt et, d’autre part, des procédés de destruction de levures non-désirables.
[1] Dupont, S., G. Lemetais, T. Ferreira, P. Cayot, P. Gervais and L. Beney, Ergosterol biosynthesis: a fungal pathway for life on land? Evolution, 2012.
66(9): p. 2961-8.
[2] Dupont, S., A. Rapoport, P. Gervais and L. Beney, Survival kit of Saccharomyces cerevisiae for anhydrobiosis. Applied Microbiology and
Biotechnology, 2014.
[3] Dupont, S., L. Beney, T. Ferreira and P. Gervais, Nature of sterols affects plasma membrane behavior and yeast survival during dehydration. Biochim
Biophys Acta, 2011. 1808(6): p. 1520-8.
[4] Dupont, S., L. Beney, J.F. Ritt, J. Lherminier and P. Gervais, Lateral reorganization of plasma membrane is involved in the yeast resistance to severe
dehydration. Biochim Biophys Acta, 2010. 1798(5): p. 975-85.
[5] Lemetais, G., S. Dupont, L. Beney and P. Gervais, Air-drying kinetics affect yeast membrane organization and survival. Appl Microbiol Biotechnol,
2012. 96(2): p. 471-80.
[6] Simonin, H., L. Beney and P. Gervais, Sequence of occurring damages in yeast plasma membrane during dehydration and rehydration: mechanisms
of cell death. Biochim Biophys Acta, 2007. 1768(6): p. 1600-10.
Conservation et préservation des souches au cours des
procédés et de l’ingestion
Encapsulation de microorganismes en copiant leurs conditions
naturelles de développement
Yves Waché
UMR PAM / NatEncaps
L’encapsulation de microorganismes vivants s’est développée dans les années 1980, en particulier à
la suite des travaux de Charles Diviès [1,2], pour apporter des biocatalyseurs actifs dans des milieux
difficiles et pour augmenter leur densité.
Les cellules étant fragiles, les techniques d’encapsulation doivent être relativement douces. Les
autres propriétés vont dépendre des applications : diamètre inférieur à 100 µm pour éviter la
sensation en bouche des microcapsules à ingérer (eg probiotiques), capsules assez solides pour
supporter les stress mécaniques du réacteur etc. Plusieurs techniques de microencapsulation sont
utilisées comme l’extrusion, l’atomisation, l’emulsification et la coacervation. Les microsphères ou
microcapsules sont ensuite séchées en attendant leur utilisation [3].
Les probiotiques constituent un développement majeur dans l’utilisation actuelle des
microorganismes. En raison de la sensibilité des souches à l’oxygène ou au pH gastrique,
l’encapsulation est également très répandue dans ce domaine [4].
Les sciences microbiologiques se sont développées sur la capacité de faire pousser des souches
individualisées sur des milieux de culture. Dans ces cultures, les cellules poussent en colonies sur
des milieux gélosés ou en cellules libres dans des milieux liquides et elles se trouvent en général
dans des états physiologiques « de croissance ». Ces conditions ne correspondent pas à la majorité
des cultures dans la nature où les cellules sont souvent dans des états physiologiques « de latence »
et qu’en plus, elles sont en présence d’autres souches qui vont avoir un effet positif ou négatif sur
leur développement. Elles vont même souvent produire des matrices protectrices autour d’elles de
type biofilms. Tout ceci influe sur leur survie et sur leurs propriétés métaboliques et probiotiques.
Il est donc intéressant de copier ces conditions que les cellules rencontrent dans la nature pour
améliorer la survie par encapsulation de co-cultures en présence de souches collaboratives ou
induisant des synthèses de composés d’intérêts. On peut même aller plus loin dans la recherche
de conditions naturelles de vie des cellules en utilisant directement des biofilms comme moyens
naturels d’encapsulation. Des résultats récents ont ainsi montré que des cellules dans ces conditions
pouvaient montrer une transformation métabolique et produire de nouvelles molécules [5].
[1] Siess MH, Diviès C. Behaviour of Saccharomyces cerevisiae cells entrapped in a polyacrylamide gel and performing alcoholic fermentation.
Applied Microbiology and Biotechnology. 1981;12:10-15.
[2] Prevost H, Cachon R, Cavin JF, Diviès C. Immobilised micro-organisms and the food industry. Biofutur. 1994;132:42-45.
[3] Rathore, S., Desai, P. M., Liew, C. V., Chan, L. W., & Heng, P. W. S. (2013). Microencapsulation of microbial cells. Journal of Food Engineering, 116(2),
369-381.
[4] Anal, A. K., & Singh, H. (2007). Recent advances in microencapsulation of probiotics for industrial applications and targeted delivery. Trends in
Food Science & Technology, 18(5), 240-251.
[5] Escamilla-García, E., O’Riordan, S., Gomes, N., Aguedo, M., Belo, I., Teixeira, J., Belin, J.-M., & Waché, Y. (2014). An air-lift biofilm reactor for the
production of γ-decalactones by Yarrowia lipolytica. Process Biochemistry, 49(9), 1377-1382.
Modes d’action des microorganismes
Effet de bactéries probiotiques sur la perméabilité de la barrière
intestinale
Luis Bermudez
UMR MICALIS
Une altération dans la fonction de la barrière intestinale a été rapportée dans de nombreuses
maladies et troubles gastro-intestinaux, y compris dans la pathogenèse de maladies émergentes
dans les pays développés tels que l’obésité et le syndrome du côlon irritable (SCI). En outre, il y
a des données qui suggèrent que le microbiote intestinal régule étroitement la fonction de la
barrière intestinale et que les bactéries probiotiques peuvent améliorer l’intégrité de cette barrière.
Ici, nous avons cherché à étudier les effets sur l’intégrité de la barrière intestinale d’une souche
de Lactobacillus rhamnosus CNCM I-3690, une bactérie probiotique candidate connue pour ses
propriétés anti-inflammatoires (1). Des résultats in vitro en utilisant un modèle cellulaire suggèrent
un rôle potentiel de cette souche dans la protection de l’intégrité de la barrière. Nous avons ensuite
testé les effets protecteurs de L. rhamnosus CNCM I-3690 dans un modèle murin d’inflammation à
bas degré qui conduit à une hyper-perméabilité de la barrière intestinale. Nous avons ainsi comparé
les effets de la souche CNCM I-3690 avec ceux de la bactérie commensale Faecalibacterium
prauznitzii A2-165 bien connue pour ces effets protecteurs sur la barrière intestinale dans le même
modèle d’inflammation à bas degré (2). De façon intéressante, l’augmentation de la perméabilité
de la barrière intestinale a été contrebalancée de manière similaire chez les souris traitées avec les
deux souches. Nous avons ensuite analysé la modulation de l’expression de protéines des jonctions
serrées et nous avons trouvé que les deux souches ont tendance à augmenter les niveaux de
protéines : Occludine, E-cadhérine, Claudin-4, ZO-1 et F11R.
En conclusion, la comparaison de L. rhamnosus CNCM I-3690 avec la souche commensale antiinflammatoire F. prausnitzii dans notre modèle d’hyper-perméabilité de la barrière intestinale
confirme le potentiel de cette pour son utilisation dans des pathologies humaines entraînant une
augmentation de la perméabilité intestinale.
[1] Grompone et al., PLoS One. 2012;7(12):e52493.
[2] Martin et al., 2014. Submitted.
Modes d’action des microorganismes
Biofilm et immunomodulation : cas d’un Lactobacillus casei
Nabil Aoudia1, Aurélie Rieu1, Nadhir Yousfi2, Johanna Chluba2, Romain
Briandet3-4, Julien Deschamps3-4, Vicente Monedero5, Gaëtan Jego2, Carmen Garrido2, Jean Guzzo1
UMR A PAM Université de Bourgogne-AgroSup Dijon – équipe Vin, Alimentation, Microbiologie,
Stress, Dijon, France
2
Centre de Recherche INSERM de Dijon – Equipe 2 – Département Mort cellulaire et Cancer, Dijon,
France
3
INRA, UMR1319 Micalis, Jouy-en-Josas, France
4
AgroParisTech, UMR Micalis, Massy, France
5
Laboratorio de Bacterias Lácticas y Probióticos, Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos
(CSIC), Burjassot, Valencia, Spain
1
De récents résultats de recherche sont en faveur de la présence de biofilms bactériens dans
l’intestin des mammifères. Ce mode de croissance en biofilm impacte sur la physiologie des
bactéries et peut générer des effets sur leur fonctionnalité. L’objectif de ce travail est d’étudier les
effets bénéfiques de la culture en biofilm de souches de Lactobacillus spp. sur la modulation de
la réponse immunitaire lors d’une alimentation enrichie en probiotiques. Pour cela, le dialogue
moléculaire entre la bactérie et les cellules de l’hôte a été caractérisé dans un modèle in vitro en
culture cellulaire. Les résultats obtenus ont démontré la capacité de Lactobacillus casei ATCC334
cultivée en biofilm à réduire la production de TNF par des cellules THP-1 en présence de LPS. Une
modulation significativement plus faible a été observée après culture de cette bactérie probiotique
en condition planctonique. Un des principes actifs à l’origine de cette immuno-modulation a été
identifié dans le surnageant du biofilm. Cet effet sur le système immunitaire a été confirmé dans un
modèle animal, le poisson zèbre (zebrafish). La synthèse par la bactérie de la molécule impliquée
dans ce phénomène d’immuno-modulation a été mise en évidence dans l’intestin du poisson.
Modes d’action des microorganismes
Activité réductrice des microorganismes d’intérêt laitier
Rémy Cachon
UMR PAM
Les ferments lactiques sont majoritairement sélectionnés suivant leurs propriétés acidifiantes,
protéolytiques et aromatiques. Un autre paramètre important est leur activité réductrice qui
s’avère comme un nouveau paramètre à prendre en compte pour la maitrise du Eh dans la
fabrication des produits laitiers fermentés. Néanmoins, les mécanismes impliqués dans l’activité
réductrice sont complexes et encore peu étudiés. Cette présentation se focalisera sur l’implication
des groupements thiols exofaciaux et la présence de protéines exposant des groupements thiols
exofaciaux potentiellement impliquées dans l’activité réductrice de la bactérie modèle L. lactis. Les
thiols sont connus pour être de très puissants antioxydants ce qui confèrent à L. lactis un intérêt
supplémentaire à prendre en considération dans l’élaboration des produits laitiers fermentés.
Conclusion
Les flores microbiennes d’intérêt dans les procédés alimentaires
et la santé
Catherine Béal
GIS Agrale
Les flores microbiennes d’intérêt représentent une ressource immense en termes de fonctionnalités,
que celles-ci soient déjà identifiées ou potentielles. Les procédures de sélection et d’identification
de ces microorganismes sont de plus en plus performantes, grâce au développement des outils
de génomique associés à la bioinformatique, permettant ainsi d’accéder à une information plus
riche et plus complète que celle obtenue par les méthodes classiques, de contourner en partie la
lourdeur de ces méthodes, et de travailler en haut débit. Ces méthodes peuvent en outre conduire
à la construction de banques génomiques et permettre des approches de génétique inverse.
La caractérisation qualitative et quantitative des fonctionnalités microbiennes implique, pour
sa part, le développement d’outils très spécifiques. Ces outils sont dédiés aux fonctionnalités
technologiques en lien avec les produits dans lesquels les microorganismes sont utilisés (viabilité,
activité acidifiante, activité réductrice, production d’arômes...), aux fonctionnalités en lien avec
la santé de l’hôte (effets sur le métabolisme, effets anti-infectieux, renforcement des défenses
immunitaires, régulation des réponses immunitaires…, in vitro et in vivo) et aux fonctionnalités
intrinsèques aux microorganismes eux mêmes (performances en fermentation, aptitude à
la stabilisation, aptitude à la conservation, résistance aux stress technologiques et digestifs).
Les outils disponibles à ce jour ont permis d’identifier certains effets des procédés sur des
fonctionnalités technologiques (notamment viabilité, activité acidifiante), mais encore très peu
sur les fonctionnalités en lien avec la santé. En revanche, plusieurs travaux publiés recensent des
effets des procédés sur des caractéristiques cellulaires telles que la modulation de l’expression de
gènes spécifiques et de la synthèse de protéines, ainsi que la modification des caractéristiques
biologiques et physiques des membranes.
L’ensemble des informations disponibles aujourd’hui permet déjà de définir des procédures
rationnelles pour l’obtention et l’élaboration de microorganismes à la fois viables et fonctionnels.
Cependant, les études restent encore fragmentaires, en ce sens que les fonctionnalités autres
que la viabilité sont trop rarement prises en compte dans les travaux sur l’effet des procédés, et
que les études relatives aux fonctionnalités n’intègrent quasiment pas la mise en œuvre réelle
des microorganismes dans les procédés. Dans le futur, il importe donc de considérer, de façon
intégrée, l’impact de toute l’histoire du microorganisme sur l’expression de ses fonctionnalités,
en incluant la production par fermentation, le(s) procédé(s) de stabilisation mis en œuvre avec
les conditions associées, la formulation et les conditions de stockage des cellules stabilisées, les
modalités de remise en culture éventuelle, le(s) procédé(s) d’élaboration et de conservation des
produits associant ces microorganismes (formulation des cellules stabilisées dans un produit, mise
en œuvre dans un produit fermenté, …) et la digestion de ces produits (prenant en compte les
stress digestifs). Dans cet optique, l’établissement de liens entre les deux catégories d’outils cités
plus haut (génomique et fonctionnalités) représente un challenge pour mieux identifier et exploiter
la diversité des fonctionnalités microbiennes.
PARTICIPANTS
Prénom
Patrice
Laure
Maryna
Alexandre
NOM
ARBAULT
AVOSCAN
BARDOT
BASTARD
Eric
Lucie
Yvette
Solange
Rémy
BEUVIER
BORJON
BOUTON
BUCHIN
CACHON
Structure
NEXIDIA
INRA UMR Agroécologie
SYNPA
Institut Universitaire de la
Vigne et du Vin
INRA URTAL
Groupe NUTRISENS
CIGC
INRA
AGROSUP DIJON
Fonction
Président
Directeur
R&D
Chargée de Recherche
Chargée de Recherche
Responsable
de l’UP BioMA
Serge
CASAREGOLA
INRA Centre de ressources DG CIRM LEVURES
Biologiques CIRM
Odile
CHAMBIN
UMR PAM EQUIPE PAPC
Pr Pharmacie Galénique /
Biopharmacie
Jérémie
CREMIERE
ELIDOSE
Attaché commercial
Frédéric
DALLE
CHU Dijon
Professeur
Vanessa
DAVID-VAIZANT UMR PAM EQUIPE VALMIS Chercheur
Isabelle
DELPORTE
ORIGINAL PROCESS
PDG
Marc
DEVIMES
ELIDOSE
Directeur Général
Amandine
DHAISNE
SOREDAB
Ingénieur recherche
Jennifer
DUMONT
UMR PAM
Chercheur
Patrick
DUTARTRE
COHIRO
Président
Anne
ENDRIZZI
WELIENCE
Ingénieur projet
Développement
Agroalimentaire, AgroJean-Philippe FASQUEL
WELIENCE
environnemental et Bio-industriel - Gérant ORIGINALL
Céline
FAUBALDIER
ORIGINAL PROCESS
Annabelle
Stéphane
FERNANDEZ
GAVOYE
Fromageries BEL
ACTALIA
Patrick
Cosette
Cédric
GERVAIS
GRANDVALET
GRANGETEAU
Stéphane
Moez
Carmen
GUYOT
KMICHA
LAPADATESCU
UMR PAM
UMR PAM
Institut Universitaire de la
Vigne et du Vin
UMR PAM
GROUPE SOLACTIS SAS
PROXISDEVELOPPEMENT
Responsable R&D des Productions
Animales
Ingénieur chargé d’études
Professeur, Directeur de l’UMR PAM
Doctorant
Chercheur
Business Development Manager
Industrial, Technical & Scientific
Director
Prénom
Pierre
Hélène
Cédric
Aurélie
Nicolas
NOM
Structure
Fonction
LAPAQUETTE
UMR PAM - Equipe VALMIS
LICANDRO-SERAUT UMR PAM
Docteur en Microbiologie-Biologie
Moléculaire
LONGIN
UMR PAM IUVV
Doctorant
MATEOS
ACTALIA
Chargée de recherche
MATHIEU
Groupe NUTRISENS
R&D
Leila
MEKMENE
INRA
Eric
Nadia
NOTZ
OULAHAL
Tony
Mélanie
POUPLY
RAGON
Laure
Nathalie
RAVEROT
BOURGEOIS
ROLAND
CTFC
Directeur
Laboratoire BiDYMIA
Maître de conférences - HDR
Université Lyon 1
Biovitis SA
Ingénieur Procédés Fermentation
AgroSupDijon - Université
de Bourgogne
ENILBIO
Stéphane
ROLIN
Sandrine
Sebastien
ROUSSEAU
ROUSTEL
UMR PAM
ENILBIO
Mohand
SADOUDI
Raymond
Marc
SAGEAUX
SAUTOUR
Raphaëlle
Renaud
TOURDOTMARÉCHAL
TOUSSAINT
UMR 02 102 PAM /
AGROSUP DIJON
ASSOCIATION IESIEL
Président
CHU Dijon - Université
de Bourgogne - Faculté
Pharmacie
UMR PAM
Chercheur
David
Annabelle
Stéphanie
TROPEL
VERA
WEIDMANN
Chargée de Recherche
Laboratoires STANDA
INRA UMR STLO
Responsable de fabrication,
fromager
Directeur Recherche et
Développement en IAA
LESAFFRE INTERNATIONAL
IN’MANAGEMENT
PHILIBERT SAVOUR
UMR PAM equipe VALMIS
Consultant
Responsable Labo R&D Fermentation
Nota Bene : en raison de contraintes éditoriales, il est possible que les noms des personnes inscrites après
le 19 septembre ne soient pas mentionnés.
À LA RECHERCHE DE COMPÉTENCES ?
Faites appel aux Junior ressources et confiez votre problématique
liées aux « flores microbiennes d’intérêt » à des étudiants !
Les formations
De Bac+2 à Bac+5, il existe de nombreuses formations traitant les aspects de la flore microbienne
d’intérêt. En voici quelques-unes (liste non exhaustive) :
A titre d’exemple, voici quelques problématiques à confier aux étudiants :
•
Détection de microorganisme,
•
Tests anti microbiens sur des produits,
•
Etude microbiologique d’un produit,
•
Conception d’un produit laitier fermenté frais associant des bactéries
lactiques,
•
Mise en œuvre de levains bactériens lactiques,
•
Séchage de bactéries lactiques pro biotiques,
•
Comparaison des écosystèmes microbiens,
•
Criblage de microorganismes d’intérêt,
•
Clonage d’un gène codant pour une enzyme d’intérêt valorisation de co ou sous-produits par fermentations
microbiennes,
•
DUT génie biologique option industries alimentaire et biologiques dispensé par l’Université de Bourgogne ;
•
Licence professionnelle Biotechnologies et Génie des Procédés appliqués aux boissons par l’ISBA et
Université à DOUET ;
•
Clarification des jus de fruits (étude de nouvelle enzyme),
•
Master 2 « AMAQ » Aliments, Microbiologie, Assurance Qualité, parcours Microbiologie Appliquée à l’AgroAlimentaire, l’Agroenvironnement, Sécurité microbiologique dispensé par l’Université de Bourgogne /
AgroSup ;
•
Création d’une collection de levure,
•
Stratégie de production d’antifongiques dans les levains,
•
Amélioration des process fermentaires ,
•
…
•
Master 2 « AMAQ » Aliments, Microbiologie, Assurance Qualité, parcours Contrôle Qualité des aliments et
des matières premières dispensé par l’Université de Bourgogne / AgroSup ;
•
Master 2 procédés fermentaires appliqués à l’agro-alimentaire dispensé par l’Université de Bourgogne à
l’IUVV ;
•
M2 MIB management et innovation en biotechnologies dispensé par l’Université de Bourgogne ;
•
Ingénieur agroalimentaire dominante MIB Microbiologie industrielle microbiologie dispensé par AgroSup
DIJON ;
•
Ingénieur dominante BIOTECH Biologie et biotechnologies pour la santé et les productions microbiennes ou
végétales dispensé par AgroParisTech ;
•
Master 2 Gestion des risques infectieux et sanitaires dispensé à l’Université de Franche-Comté. La formation
aborde l’immunologie, risques infectieux, microbiologie ;
•
Master 2 Analyse des risques sanitaires liés à l’alimentation dispensé à agroparistech (Sécurité des aliments,
évaluation et gestion des risques, biocontaminants, épidémiologie, politiques publiques de sécurité sanitaire
des aliments, communication sur les risques sanitaires alimentaires).
Les biotechnologies au service de la production des flores microbiennes d’intérêts :
•
Master 2 MIB management et innovation en biotechnologies dispensé à l’Université de Bourgogne.
Plus généralement certaines formations abordent les notions de microbiologie sans former de
spécialistes :
•
Des modules de microbiologie sont aussi enseignés dans les cursus d’ingénieurs IAA (2ème année) en tronc
commun ;
•
Licence professionnelle Produits laitiers, management des hommes et des produits par l’ISBA : module de
microbiologie dispensé.
Projets tuteurés spécialité microbiologie
Les étudiants, encadrés par un enseignant chercheur, travaillent de 2 à 6 mois (durée différente selon
les formations) pour répondre à votre problématique. Vous pouvez leur confier différents types de
projets allant d’une étude bibliographique jusqu’à la manipulation.
Stage et alternance
En plus des projets tuteurés menés par des groupes d’étudiants, vous avez l’opportunité de recruter un ou
plusieurs étudiants en stage ou en alternance (contrat de professionnalisation ou d’apprentissage).
Pensez-y, que ce soit pour réaliser des études de marchés, des études bibliographiques, l’analyse d’un brevet,
l’analyse de nouvelles réglementations, pour réaliser un site internet ou des plaquettes documentaires, pour
tester l’intérêt d’un développement avant de vous y lancer pleinement, etc. ! Vous pouvez bénéficier de tout type
de formation et de toute discipline pour servir votre développement.
Formations continues courtes destinées aux salariés d’entreprise (liste non exhaustive)
• ENIL - 4 jours de formation qui auront lieu à Mamirolle du 06 au 10/10/14 : laboratoire : initiation à la
microbiologie alimentaire et au laboratoire (base de la microbio, applications pratiques dont microscopie,
dénombrement sur milieux liquides et solides) pour les agents de laboratoires.
• Wellience - formation de 2 jours, les 19 et 20 novembre 2014 : Procédés - Production d’enzymes et de
microorganismes d’intérêt par Fermentation en Milieu Solide - intérêts technologiques et économiques.
•
AgroParisTech - formation de 2 jours, les 13 et 14 novembre 2014 à Paris : Les micro-organismes des
aliments - risques et bénéfices pour la santé humaine.
Contact
Pour en savoir plus ou pour bénéficier des Juniors Ressources, contacter Oriane GERMAIN, Chargée de Mission
Compétences et Innovations. E-mail : [email protected].
Tél : +33 (0)3 80 78 98 00. Mobile : +33 (0)6 26 44 15 72
flores
microbiennes
d’intérêt
dans les Procédés Alimentaires et la Santé
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