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140312_HiSeq X_Preliminary Product Information

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Preliminary Product Information Sheet: Sequencing
HiSeq X ™ Ten
集団規模のヒト全ゲノムシーケンスを可能にする 1000ドルゲノムと超ハイスループットシステム
HiSeq X Ten の特長
図 1:HiSeq X Ten
• 世界初の 1000 ドルゲノム
30x ヒトゲノムシーケンスの 1000ドルの壁を打ち破る
最初のシステムで、集団規模のプロジェクトにおける比類
ないコスト効率性を実現
• 集団規模のゲノムシーケンスを目的にデザイン
全ゲノムシーケンスをこれまでにない規模で可能にする
最高の日あたりスループットで数万ゲノムを解析
• 実績のあるパフォーマンス
イルミナの高精度 SBS(1 塩基合成)ケミストリーで
業界をリードするデータクオリティ;世界で最も広く
使われているテクノロジーで信頼性のある結果
HiSeq X Ten は 10 台の HiSeq X システムから構成されており、年間数
万サンプルをゲノムあたり 1000ドルで達成する唯一のハイスループット
はじめに
絶え間ない革新を通して、イルミナテクノロジーはついにヒトゲ
ノムシーケンスの壁を打ち破りました。データスループットを毎
年 2 倍以上の驚異的速度で増大し、ヒトゲノムシーケンスのコス
トを飛躍的に削減したイルミナのテクノロジーは、これまで世界
で初めての 30x カバレッジでのヒトゲノム、癌ゲノム、および
1 日 1 ゲノム解析 1-3 を可能にすることで、ゲノム研究の展望を
革新的に大きく変えました。そして今、10 台の HiSeq X システ
ムから構成される HiSeq X Ten がさらなる節目をもたらしまし
た。世界初の 1000ドルゲノムを達成し、1 つのラボで高カバレッ
ジと高品質の全ゲノム解析を数万サンプルの規模で行うスルー
プットをもたらします。この超ハイスループットと比類ないゲノム
あたりのコスト低下により、HiSeq X Ten は集団規模のヒトゲノ
ムシーケンスを現実のものとします(図1)。
システムです。
図 2:HiSeq X Ten は年間数万サンプルの
ゲノム解析を可能に
HiSeq X
HiSeq X Ten
週
32
>320
月
>150
>1500
年
>1800
>18000
世界初の 1000 ドルゲノム
HiSeq X Ten は、30x カバレッジで解析するヒトゲノムシーケン
スの 1000ドルの壁を打ち破った世界で初めてのプラットフォーム
です。大規模にシーケンスを活用することで、HiSeq X Ten は
システム償却費、シーケンス消耗品、DNA 抽出、サンプル調製、
そして典型的なハイスループットゲノムラボにおける人件費(予
測)* を含めて 1000ドルゲノムを可能にしました。
* 償却期間および人件費は機関の会計基準およびリソースによって異なります。
集団規模のゲノムシーケンスを目的にデザイン
大規模な集団規模のヒト全ゲノムシーケンスのためにデザインお
よび最適化された HiSeq X システムは、1 台のシステムで最大 1.8
テラベース(Tb)のデータを 3 日以内に産出します。これは 1 日
あたり 600Gb に相当し、10 台のシステムを並列で操作すること
により HiSEq X Ten は驚異的なスループットを実現し、年間数万
サンプルのシーケンス能力を可能にします(図2)。比類ないス
ループットと高品質なイルミナ SBS(1 塩基合成)データにより、
10 台のシステムを同時に稼働させることで、HiSeq X Ten は卓越したス
ループットをもたらし、年間数万サンプルのシーケンス能力をもたらします。
HiSeq X Ten は以前では考えられなかった能力でヒトゲノム解析
を達成し、数万サンプルのヒト全ゲノムデータを比較することが
できます。この規模でヒトゲノムを探索することにより、癌や複
雑な疾患の研究を次のレベルへと導きます。
実績のあるパフォーマンス
HiSeq X Ten は、世界で最も広く使われている次世代シーケン
サーテクノロジーである実績のあるイルミナの SBS ケミストリー
を活用しています。このケミストリーは、業界をリードするクオリ
ティをもたらし、研究者に結果の信頼性を提供します。 HiSeq X
Ten は強力な基盤で開発されており、超ハイスループットを産出
するために複数の最新の機能を有しています。パターン化された
Preliminary Product Information Sheet: Sequencing
フローセルは、固定された位置に数十億にもわたるナノウェルが
存在します。これにより最適なスペースが保たれ、またクラスター
形成において定義されたフィーチャーサイズは超高密度をもたら
します。新しいクラスターケミストリーは、同時並行シーディン
グと増幅により、各ウェルに対して高い占有率と単一クローン性
を達成します。最新の光学系と迅速な SBS ケミストリーを使うこ
とで、HiSeq X はこれまでにない速度でフローセルを処理し、
1 台あたり 1 日 600Gb ものデータを産出します。この統合的な
改良により、HiSeq X Ten は現在市場にあるどのシーケンサー
よりも卓越して優れたパフォーマンスを実現します。
まとめ
HiSeq X Ten は、ヒトゲノムシーケンスの経済を新しい形に
変え、ヒトゲノムの理解を飛躍的に前進させる革新的な研究を
実施しようとする明確なビジョンをもった研究者、研究施設、
そして国家のための基礎を築きます。 世界で真の集団規模の
ヒトゲノムシー ケンスプロジェクトが 始まろうとして いる今、
HiSeq X Ten は真の手に届くヒトゲノム解析を世界で初めて大規
模な形で実現します。数万サンプルのゲノム解析能力を提供する
ことで、HiSeq X Ten はゲノム解析の屈曲の時代にもたらします。
ヒトゲノム多様性の包括的なカタログ化を導き、集団ベースの
リファレンスを構築し、最大限の探索を推し進め、ヒト生物学と
遺伝疾患の詳細な理解を加速化します。我々は、シーケンスを
次のレベルへと引き上げました。そして研究者は今、ヒトの健康
およびゲノム科学のビジョンを現実化することができるようになっ
たのです。
表 1:HiSeq X Ten 予定パフォーマンス項目 *
フローセル 2 枚
データ/ラン
フローセル 1 枚
1.6-1.8Tb
800-900Gb
∼ 60 億
∼ 30 億
パスフィルターのリード数†
リード長
2 x 150
ランタイム
∼ 3 日間
クオリティ
2 x 150bp で 75% 以上の塩基が
Q30 を超える
* 仕様はイルミナ PhiX コントロールライブラリーをサポートするクラス
ター密度(1,255-1,412K クラスター /mm2)を基にしています。サポー
トされるサンプル調製キットは、TruSeq Nano DNA HT Kit の 350bp
インサートサイズおよび HiSeq X HD 試薬です。 HiSeq X はヒト全ゲノ
ムシーケンスのためにデザインおよび最適化されており、他のアプリ
ケーションや生物種はサポートされていません。
†
シングルリード
図 3:イルミナシーケンステクノロジーはヒト全ゲノム
シーケンスにおいてムーアの法則を超える
$100,000,000
$10,000,000
$1,000,000
$100,000
$10,000
サポート、ウェビナー、トレーニングについてはこちらのリンクを
ご活用ください。
support.illumina.com/training.ilmn
イルミナのテクノロジーを用いた論文リストはこちらから確認でき
ます。
www.illumina.com/science/publications.ilmn
参考文献
1. Bentley DR, Balasubramanian S, Swerdlow HP, Smith GP, Milton J, et al.
(2008) Accurate whole human genome sequencing using reversible
terminator chemistry. Nature 456: 53–59.
2. Ley TJ, Mardis ER, Ding L, Fulton B, McLellan MD, et al. (2008) DNA
sequencing of a cytogenetically normal acute myeloid leukemia genome.
Nature 456(7218): 66–72.
3. Saunders CJ, Miller NA, Soden SE, Dinwiddie DL, Noll A, et al. (2012) Rapid
whole-genome sequencing for genetic disease diagnosis in neonatal
intensive care units. Sci Transl Med 4(154): 154ra135.
4. Wetterstrand KA. DNA Sequencing Costs: Data from the NHGRI Genome
Sequencing Program (GSP). Accessed 02, January 2014, www.genome.
gov/sequencingcosts.
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www.illuminakk.co.jp/systems/hiseq-x-sequencing-system.ilmn
ゲノムあたりのコスト
ムーアの法則
$100
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HiSeq X Ten の詳細については下記をご覧ください。
$1,000
Se
詳細はこちらから
イルミナのシーケンステクノロジーは、コンピューターハードウェア業界
の長期的な傾向を描写するムーアの法則(紫線:2 年ごとにコンピュー
ターパワーが倍増するという法則)を超えたスピードで開発されていま
す 4。 HiSeq X Ten はこの傾向を劇的に続けており、30x ヒトゲノムで
1000ドルの壁を打ち破る世界で初めてのプラットフォームです。
Preliminary Product Information Sheet: Sequencing
HiSeq X システム仕様 *
イルミナコミュニティに参加しよう
イルミナシステムをラボに導入することで、世界に広が
る 6 万人以上のイルミナテクノロジー研究者コミュニティ
に参加することができます。イルミナでは年間を通して
イベントを開催しており、アイディアを共有したり研究者
同士を紹介する機会を提供しています。ユーザーフォー
ラムやサイエンティフィックシンポジウムは、新しい研究
手法や画期的な研究を議論する場としてお使いいただけ
ます。
イルミナコミュニティを支えるのは、専任のサービスサ
ポートチームで、世界に 300 名以上います(75% 以上
は学士以上の学位を取得)。サポートは NextSeq 500
システムをお届けしたところから始まり、システムの据付
け、設定、トレーニングを行います。メールでのお問い
合わせは日本語では平日午前9時から午後 5 時まで、英
語であれば 24 時間受け付けており、研究者が実験に
フォーカスできる場を提供します。
研究者のニーズが変わるにつれて、新しいシステムを導
入したり、新しい手法を試したりすることが多々あること
でしょう。イルミナではこれらのニーズを支えるための
サポートとトレーニングを提供します。詳細については、
ぜひお問い合わせください。
装置の構成
コンピューターとタッチスクリーン画面
据付けおよびアクセサリー
データ取得および解析ソフトウェア
装置コントロールコンピューター
ベースユニット:2× Intel Xeon E5-2697V2 64 BIT 2.7GHz CPU
30MB Cache
メモリー:128GB RAM
ハードドライブ:8 × 1.0TB SATA 7200RPM3.5”Constellation
ES.3(2 RAID 0 ドライブ、6 RAID 5 ドライブ)
半導体ドライブ:5 × 400GB(5 RAID 0 drives)
オペレーションシステム:Microsoft Windows 7 Professional
注意:コンピューターの仕様は定期的に更新されます。最新の構成については
お問い合わせください。
動作環境
温度:20℃ ± 2℃
湿度:20-80%、結露なきこと
高度:2000m(6500ft)以下
空気質:汚染度評価 II
換気:最大 4000BTU /時
屋内で使用のこと
レーザー
532nm、660nm、650nm(バーコードリーダー)
寸法
幅 × 奥行き × 高さ:118.6cm × 76.0cm × 94.0cm
重量:225.9kg
木箱重量:316.6kg
所要電源
100–240V AC 50/60Hz、20A、1500W
地域特異的な無停電電源装置をご提供
製品安全性および準拠
CE マークおよび ETL リスト装置
* 仕様は個々の HiSeq X システムについて表記しています。
HiSeq X システムおよびアクセサリー
システムおよびアクセサリー
カタログ番号 *
HiSeq X System*
SY-412-1001
cBot Clonal Amplification System
SY-301-2002
HiSeq X HD Reagent Kit(300 Cycles)
FC-501-1001
* カタログ番号は個々のシステムについての表記です。 HiSeq X Ten
設備の一部としてご提供しており、1 台ごとの販売はありません。
Preliminary Product Information Sheet: Sequencing
イルミナ株式会社
〒108 - 0014
東京都港区芝 5 - 36 -7 三田ベルジュビル 22 階
Tel ( 03 ) 4578 -2800 Fax ( 03 ) 4578 -2810
www.illuminakk.co.jp
本製品の使用目的は研究に限定されます。
© 2014 Illumina, Inc. All rights reserved.
Illumina, cBot, HiSeq, Nextera, Solexa, TruSeq, the pumpkin orange color, and the Genetic Energy
streaming bases design are trademarks or registered trademarks of Illumina, Inc.
その他の会社名や商品名は、各社の商標または登録商標です。予告なしに仕様を変更する場合があります。
Pub. No. 770-2013-J044 20MAR2014
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