BMR データ解析オプションバイオマトリックス研究所 (BMR) は、アフィメトリクス・ジャパンの公認サービスプロバイダ、アジレント・テクノロジー社の認定サービスプロバイダとして、DNA マイクロアレイ実験のスペシャリストがお客様に高品質で再現性や信頼性の高い、最高水準のデータをお届けしております。遺伝子発現解析用の DNA マイクロアレイ受託解析サービスには、世界で広く使われている GeneSpring (Agilent Technologies 社 ) の最新版を利用してデータ解析を行い、Excel 形式の解析データや解析図をお届けするデータ解析サポートにオプションで解析項目を追加することができます。キーワード検索・カスタムリスト作成・ご希望の Excel 形式リストを作成いたします ( 3 倍以上発現変動 , コントロールに対して 4 条件で発現変動など ) ・各比較において任意のキーワードを持つ遺伝子群の発現変動結果を抽出いたします・ Venn diagram から複数の条件に該当する遺伝子リストを作成いたします・任意の遺伝子リストに対する GO 解析を行い、Excel 形式リストを作成いたします ( ヒト、マウス、ラット限定 ) Profile plot, Heat map, Venn diagram の作成・任意のサンプル、および任意のリストの profile plot を作成いたします・任意のサンプル、および任意のリストからなる Heat map を作成いたします・任意のリストの組み合わせによる Venn diagram を作成いたします・いずれの図もプレゼンテーション等でご使用できる形式でご提供いたします有意差検定による遺伝子絞り込み・ replicate 実験のある 2 条件の比較において t-test を実施し、p-value < 0.05 の Excel 形式リストを作成いたします・ 3 条件以上の比較には ANOVA (analysis of variance, 分散分析 ) を実施し、p-value < 0.05 の Excel 形式リストを作成いたします・ t-test や ANOVA の結果に任意の Fold change 値を組み合わせた絞り込みも可能ですクラスタリング解析・ hierarchical clustering を任意の遺伝子リスト (1,000 遺伝子以下 ) に対して実施いたします・ご要望に応じて樹状図の任意の遺伝子群のリストを作成可能です・ご希望の計算方法があるお客様や、k-means、または SOM を希望されるお客様は別途ご相談ください解析条件や比較の組み合わせ、カスタムリストの作成の内容をお申し込み時に 1 回ご指定できるコース、3 回 ( 初回＋2 回 ) ご指定できるコース、半年間に何度でもご指定できるコースの 3 通りからお選びいただけます。オプション費用はこのコースに加えて、比較数や解析内容によっても変わります。詳細は担当営業までお問い合わせください。実際の解析例は裏面をご覧ください株式会社バイオマトリックス研究所 URL: http://www.biomatrix.co.jp E-mail: [email protected] DMO-1409 BMR データ解析オプション解析例過食や肥満が観察される Leptin-receptor gene (Lepr) に変異のある糖尿病モデルマウス 3 個体と正常マウス 3 個体から膵臓を摘出してホルマリン固定後にパラフィンで包埋したサンプルについて、RNA の抽出と NuGEN™ 社試薬を用いた cDNA 合成を行い、Aﬀymetrix® 社 GeneChip® を用いた発現プロファイルの比較解析を行った。キーワード検索・カスタムリスト作成 Heat map, Venn diagram の作成 BIOBASE に登録されている２型糖尿病のヒトの 597 のバイオマーカーと同一の Gene Symbol を持つ GeneChip® Mouse Genome 430 2.0 Array のプローブを検索し、1,074 のプローブリストを抽出 ↓ 正常マウスの 3 個体でいずれも Present を示したプローブ、または糖尿病マウスの 3 個体でいずれも Present を示したプローブの合計 21,321 をベン図より抽出し、さらに 1,074 の糖尿病バイオマーカーに該当する 557 プローブのリストを作成糖尿病バイオマーカープローブのリストから、正常マウスに比べて糖尿病マウスで 2 倍以上の発現変動を示したリストを作成 ↓ 変動の大きい上位 15 遺伝子をリストアップ lapp (islet amyloid polypeptide) は 2 型糖尿病のランゲルハンス島に沈着しているアミロイドの主要構成成分 Igf1 (insulin-like growth factor 1）は糖尿病の発症に関与 Lpl (lipoprotein lipase) は糖尿病で異常値を示す Probe Set ID normal diabetes ratio Symbol Gene Title 1437323_a_at 42 953 17.11 Iapp islet amyloid polypeptide 1423509_a_at 135 1997 9.78 Iapp islet amyloid polypeptide 糖尿病バイオマーカーのプローブの発現分布を MVA plot により確認 1415904_at 243 1188 4.13 Lpl lipoprotein lipase 1437401_at 47 217 3.99 Igf1 insulin-like growth factor 1 1418849_x_at 19 64 3.53 Aqp7 1431056_a_at 79 312 3.30 Lpl (X 軸 : 補正後の発現レベル ( 正常 + 糖尿病 ) / 2 , Y 軸 : 発現比 ( 糖尿病 / 正常 ) ) ( 薄紫 21,321 プローブ、濃紫 557 プローブ ) 1449254_at 49 170 3.29 Spp1 secreted phosphoprotein 1 1457670_s_at 99 386 3.08 Lmna lamin A 1437279_x_at 18 61 3.06 Sdc1 1419519_at 29 77 2.98 Igf1 1415964_at 442 2122 2.86 Scd1 1428471_at 59 205 2.86 Sorbs1 sorbin and SH3 domain containing 1 1423062_at 57 141 2.52 Igfbp3 insulin-like growth factor binding protein 3 1425809_at 71 254 2.52 Fabp4 fatty acid binding protein 4, adipocyte 1422651_at 31 146 2.48 Adipoq adiponectin, C1Q and collagen domain containing ヒトの糖尿病バイオマーカーが糖尿病モデルマウスの膵臓で高発現していることが示された有意差検定による遺伝子絞り込み Biological replicate である糖尿病モデルマウス３サンプル、および正常マウス３サンプルについて全プローブに対して statistical analysis を実施 ↓ 糖尿病と正常の発現差を検定する t-test を行い、p-value < 0.05 の条件で Volcano plot ( 縦軸 : p-value (-log10), 横軸 : fold change (log2) ) を作成 ↓ 糖尿病マウスで有意に２倍以上発現が上昇した 154 遺伝子、0.5 倍以下に発現が減少した 256 遺伝子を抽出 aquaporin 7 lipoprotein lipase syndecan 1 insulin-like growth factor 1 stearoyl-Coenzyme A desaturase 1 クラスタリング解析キーワード検索と絞り込みにより作成された糖尿病バイオマーカーのリストに対して k-means clustering を、有意差検定と Fold change により絞り込みを行ったリストに対して hierarchical clustering を実施 ( 本試験は 2 条件比較のため、clustering を行うことの意味合いは薄い ) 一部拡大糖尿病バイオマーカーと同じクラスターに分類される遺伝子は新規のマーカー候補の可能性・本資料に表示されているイメージと実際の納品データのイメージは異なる場合がございます・データ解析サポートサービスにおいてデータ比較や抽出は弊社で行いますが、最終的な生物学的意味付け ( マイニング ) はお客様にて行っていただく必要がございますのでご了承ください DMB-1308