PPI解析 遺伝子発現と 遺伝子発現とタンパク質間相互作用 タンパク質間相互作用 (PPI) の統合解析サービス 統合解析サービス 多くのタンパク質は他のタンパク質や生体高分子と相互作用することでその機能を果たすため (構造タンパク質、代謝に関わる 酵素群、シグナル伝達に関わるタンパク質、転写因子等)、タンパク質の機能を解明する上でタンパク質間相互作用 (ProteinProtein Interaction:PPI) 情報は必要不可欠な情報です。近年、大規模実験により、非常に多くのPPIが得られるようになってき ました。本解析は、PPIと遺伝子発現情報を組み合わせた新しいタイプの統合解析です。 高発現 低発現 遺伝子発現情報に 遺伝子発現情報 タンパク 情報 遺伝子発現情報に にタンパク質間相互作用 タンパク質間相互作用 質間相互作用 (PPI) (PPI) 情報を 情報を を加 加える える 遺伝子発現情報に タンパク質間相互作用 情報を ことで、 、 データの の 信頼性、 、 機能解釈等、 、 解析の の 幅 が 広 がります。 ことで データ 信頼性 機能解釈等 解析 がります ことで、 ことで、データの データの信頼性、 信頼性、機能解釈等、 機能解釈等、解析の 解析の幅が広がります。 がります。。 Node Color ■ 解析内容 ・ PPIへの PPIへの遺伝子発現情報 への遺伝子発現情報の 遺伝子発現情報の統合 公共データベースから得られたPPIネットワーク情報にマイクロアレイで得 られた遺伝子発現情報を割り当て、可視化を行います。加えて、各種アノ テーション情報との連結を行います。 ・ 「機能モジュール 機能モジュール」 モジュール」の推定 初めに実験条件によって有意に発現変動する遺伝子 (タンパク質) 群の P-valueを算出します。このP-valueをPPIネットワークに割り当て、分析す ることにより、有意なP-valueを持ちなおかつネットワークが密になった部 分の抽出を行います。こうして得られた遺伝子 (タンパク質) 集団は、互い に共調節を行っているモジュールと考えられ、特定の実験条件によって発 現変動の影響を受けていると考えられます。 この生物学的に有用な「機 能モジュール」の推定を行います。 ▲ PPIへの PPIへの遺伝子発現情報 への遺伝子発現情報の 遺伝子発現情報の統合 Cytoscape (フリー) をダウンロードして、自 由に閲覧可能です。 Functional module A 機能モジュールの推定は、通常ネットワーク全体の遺伝子 (タンパク質) からZ-scoreの指標を元に計算を行いますが、お客様の注目するターゲッ ト遺伝子を出発点に機能モジュールの推定を行うことも可能です。 ターゲット遺伝子の有無、推定するモジュールの個数等についてはご相 談後、決定させて頂きます。 Functional module B ▲ 「機能モジュール 機能モジュール」 モジュール」の推定 ・ Cytoscapeによる Cytoscapeによる解析結果 による解析結果の 解析結果の閲覧 解析には、オープンソースであるCytoscape を使用します。納品物には Cytoscapeのデータファイルが含まれますので、お客様がCytoscapeをダウ ンロードして自由に解析結果を閲覧することが可能です。 お客様側で、Cytoscapeのダウンロード、インストール、各種設定が必要で す。Cytoscapeは非常に多機能な解析ソフトウェアではありますが、弊社で のサポートは解析結果の表示までとなりますので、ご了承ください。 ■ 対応生物種 ・ヒト 24334 PPIs ・酵母 47021 PPIs ・マウス 3228 PPIs ・線虫 5575 PPIs ・シロイヌナズナ 4150 PPIs ・ショウジョウバエ 26206 PPIs など EBI IntActのPPIデータを使用 (2009年6月付のPPIデータ数) 詳細な生物種についてはお問い合わせください。使用可能なプローブに より、すべてのPPIデータを使用できないことがあります。 PPIデータが不足している生物種については良好な解析結果が得られな い場合があります。 p-value corrected p-value 6.64E-07 0.013778019 6.80E-07 0.013778019 1.94E-06 0.03338067 1.94E-06 0.03338067 5.54E-06 0.07146354 Molecular Function GO ACCESSIONGO Term GO:0005515 protein binding GO:0045308 protein binding GO:0005488 binding p-value corrected p-value 9.44E-18 2.43E-12 9.44E-18 2.43E-12 3.49E-08 0.002247987 Cellular Component GO ACCESSIONGO Term p-value corrected p-value GO:0005634 nucleus 8.86E-08 0.004567618 GO:0044424 intracellular part 1.65E-07 0.00620867 GO:0005829 cytosol 3.34E-07 0.010759953 GO:0043229 intracellular organelle 6.88E-07 0.013778019 GO:0043226 organelle 6.95E-07 0.013778019 GO:0005622 intracellular 2.29E-06 0.03690637 GO:0043231 intracellular membrane-bounded organelle 3.27E-06 0.047445368 GO:0043227 membrane-bounded organelle 3.31E-06 0.047445368 ・ GOを を用いた「 いた「機能モジュール 機能モジュール」 モジュール」の機能解析 GO解析により、機能モジュール中に有意に多く含まれるGO Termの検 出を行います。これにより得られたモジュールの生物学的な機能を予 測することが可能となります。 Biological Process GO ACCESSIONGO Term GO:0006915 apoptosis GO:0012501 programmed cell death GO:0008219 cell death GO:0016265 death GO:0008632 apoptotic program ▲ モジュールの モジュールの機能解析 推定されたヒトES細胞の機能モジュール のGO解析結果。 apoptosisに関する機能 を持つと考えられる。 [[納品物] 納品物 納品物] 納品物]] •Cytoscapeデータファイル •Cytoscapeデータファイル •機能モジュールに含まれる遺伝子のリス •機能モジュールに含まれる遺伝子のリス ト、アノテーションおよびGO解析結果 ト、アノテーションおよびGO解析結果 •解析報告書 •解析報告書 【お問い合わせ】 DNAチップ研究所 技術サポートセンター Tel: 045-500-5218 Fax: 045-500-5219 E-mail: [email protected]
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