CV - Bahcesehir University – Biomedical Engineering

ÖZGEÇMĐŞ VE ESERLER LĐSTESĐ
ÖZGEÇMĐŞ
Adı Soyadı: Gökmen Altay
Doğum Tarihi: 20 Kasım 1978
Öğrenim Durumu: Doktora
Derece
Lisans
Y. Lisans
Doktora
Bölüm/Program
Elektrik Elektronik
Mühendisliği
Telekomünikasyon ve
Bilgisayar Ağ
Mühendisliği
Elektrik Elektronik
Mühendisliği
Üniversite
Karadeniz Teknik Üniversitesi
Yıl
1999
London South Bank University,
Đngiltere
2001
Đstanbul Üniversitesi
2006
Yüksek Lisans Tez Başlığı (özeti ekte) ve Tez Danışman(lar)ı : Investigation of
Product Codes and Enhancing Augmented Product Codes, Dr. Jim Pervez
Doktora Tezi/S.Yeterlik Çalışması/Tıpta Uzmanlık Tezi Başlığı (özeti ekte) ve
Danışman(lar)ı : Đteratif Ayrıştırılabilir Blok Kodlar, Prof.Dr. Osman Nuri Uçan
Görevler:
Görev
Unvanı
Yazılım Müh
Ar.Gör.
Öğr.Gör.
Yar.Doç.
PostDoktora
araştırmacı
PostDoktora
araştırmacı
PostDoktora
araştırmacı
Yar.Doç.
Doçent
Görev Yeri
Yıl
Bromcom Computers, Londra, Đngiltere
2001-2002
Bahçeşehir Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi
Bahçeşehir Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi
Bahçeşehir Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi
Stanford University, Elektrik Mühendisliği, ABD
2002-2004
2004-2006
2006-2008
2007-2008
Queen's University Belfast,
Center for Cancer Research and Cell Biology, Đngiltere (UK)
2009 – 2010
University of Cambridge, Onkoloji Bolumu,
2010 - 2012
Cambridge Research Institue, Ingiltere
Bahçeşehir Üniversitesi, Biyomedikal Mühendisliği
Bahçeşehir Üniversitesi, Biyomedikal Mühendisliği
2012-2013
2013 -
Yönetilen Yüksek Lisans Tezleri :
Mohammed Abdulgani Taha, c3net algorithm using dynemic bayesian network,
Computer Engineering, Bahçeşehir Üniversitesi. Başlangıç:22.2.2012/Bitiş:25.4.2013
Yönetilen Doktora Tezleri/Sanatta Yeterlik Çalışmaları :
Zeyneb Kurt, Association estimation algorithms for gene network inference, Bilgisayar
Mühendisliği, YTÜ (Prof.Dr. Nizamettin Aydın ile beraber). Başlangıç: Nisan 2012
/Bitiş: Aralık 2013
Projelerde Yaptığı Görevler :
Prostat ve göğüs kanseri verilerinin biyoenformatik metodlarla analizi/butunlestirilmesi ile
hastalikla iliskili ilac-hedef gen/proteinlerin veya biyomarkerlarin tespiti. University of
Cambridge, Cancer Research UK project, Proje Araştırmacısı, 2010-2012.
Kanser tedavisi bağlamında genler arası ilişki ağını belirleyecek algoritmaların
geliştirilmesi, Queen's University Belfast project, Proje Araştırmacısı, 2009-2010.
Askeri savaş alanı haberleşme altyapısını ilerletecek kuram ve algoritmaların
geliştirilmesi, Stanford University Army project, Proje Araştırmacısı, 2007-2008.
Đdari Görevler :
Bölüm Başkan Yrd.
Bahçeşehir Üniversitesi Elek-Elektronik Müh. Bölümü
2008-2008
Son iki yılda verdiği lisans ve lisansüstü düzeydeki dersler (Açılmışsa, yaz
döneminde verilen dersler de tabloya ilave edilecektir):
Akademik
Yıl
Dönem
Yaz
20112012
2012-2013
Đlkbahar
Güz
Yaz
2011-2012
Đlkbahar
2011-2012
Güz
Dersin Adı
Haftalık Saati
Teorik Uygulama
Öğrenci
Sayısı
Microprocessors
3
2
7
Computational Biology
Microprocessors
Yükesk Lisans (YL) bitirme
tezi
Capstone project I (Lisans
bitirme projesi)
3
3
0
2
2
1
7
6
1
0
1
3
Applied Computational
Biology (YL)
Applied Computational
Biology (Doktora, Đstanbul
Teknik Ü., Bilişim Enstitüsü)
Microprocessors
YL bitirme tezi
Capstone project I
Digital Design
3
0
4
3
0
1
3
0
0
3
2
1
1
2
43
1
4
7
Int.Elek.Elektronics Eng
3
2
Special Topics II:
3
0
Bioinformatics (YL)
YL bitirme tezi
0
1
Post-doktora calışması (Cambridge University, UK)
36
4
1
ESERLER
A. Uluslararası hakemli dergilerde yayımlanan makaleler :
A19. Z. Kurt, N. Aydın, G. ALTAY, "A Comprehensive Comparison of Association
Estimators for Gene Network Inference Algorithms", Bioinformatics, 2014, doi:
10.1093/bioinformatics/btu182.
A18. G. ALTAY, Z. Kurt, M. Dehmer, F. Emmert Streib, "Netmes: Assessing gene
network inference algorithms by ensemble network-based measures", Evolutionary
Bioinformatics, 2014:10 1-9.
A17. G. ALTAY, “Empirically determining the sample size for large-scale gene network
inference algorithms", IET Systems Biology, 6(2), p.35-63, 2012. Atıf Sayısı:6
A16. G. ALTAY, “Broadcast Multicast Capacity of Network Coding for Random Wireless
Networks”, IET Communications, 4(12), 2010.
A15. G. ALTAY, N. Altay, D. Neal, Global assessment of network inference algorithms
based on available literature of gene/protein interactions, Turk J Biol, 37:547-555, 2013.
A14. Emmert-Streib F, Glazko GV, ALTAY G and de Matos Simoes R, "Statistical
inference and reverse engineering of gene regulatory networks from observational
expression data", Frontiers in Genetics 3:8., 2012. Atıf Sayısı:27.
A13. G. ALTAY, M. Asim, F. Markowetz, D.E. Neal, “Differential C3NET reveals disease
networks of direct physical interactions”, BMC Bioinformatics, 12(296), 2011. Atıf
Sayısı:14.
A12. G. ALTAY, F. Emmert-Streib, ''Structural influence of gene networks on their
inference: analysis of C3NET'', Biology Direct, 6(31), 2011. (Highly Accessed) Atıf
Sayısı:29.
A11. G. ALTAY, F. Emmert-Streib, “Inferring the conservative causal core of gene
regulatory networks”, BMC Systems Biology, 4(132), 2010. (Highly Accessed, it was
4th most accessed paper in a year with 4128 accesses during its first year.) Atıf Sayısı:
54.
A10. G. ALTAY, F. Emmert-Streib, “Revealing differences in gene network inference
algorithms on the network-level by ensemble methods”, Bioinformatics, 26(14), 17381744, 2010. Atıf Sayısı: 51.
A9. F. Emmert-Streib, G. ALTAY, “Local network-based measures to assess the
inferability of different regulatory networks”, IET Systems Biology, 4(4), 277-288, 2010.
Atıf Sayısı:18.
A8. H. Cam, V. Ozduran, G. ALTAY, O. N. Ucan, "Cooperative communications with
multilevel/AES-SD4-CPFSK in wireless sensor networks", Annals of Telecommunications,
2010.
A7. C.O. Sakar, G. Demir, O. Kursun, H. Ozdemir, G. ALTAY, S. Yalcin “Feature selection
for the prediction of tropospheric ozone concentration using a wrapper method”,
Intelligent Automation and Soft Computing, pp. 403-413, 2011.
A6. A. Sezgin, G. ALTAY and A. Paulraj. “Generalized partial feedback based Orthogonal
Space-Time Block Coding”, IEEE Trans. on Wireless Communication, vol.8, no.6, p.27712775, 2009. Atıf Sayısı:8.
A5. G. ALTAY, “Performance of Systematic Distance-4 Binary Linear Block Codes with
Continuous Phase Frequency Shift Keying over MIMO Systems,” Wireless Personal
Communications, vol.44, No.4, p.403-413, March 2008. Atıf Sayısı:2.
A4. Demir, G., ALTAY, G., Sakar, O., Albayrak, S., Yalcin, S., "Prediction and evaluation
of tropospheric ozone concentration in Istanbul using artificial neural network modeling
according to time parameter", Journal of Scientific & Industrial Research, vol.67, No. 9,
p.674-679 September 2008. Atıf Sayısı:11.
A3. Ozdemir, H., Demir, G., ALTAY, G., Albayrak, S. and Bayat, C., "Prediction of
tropospheric ozone concentration in Istanbul by employing artificial neural network",
Environmental Engineering Science, vol.25, no:9, 2008. Atıf Sayısı:9.
A2. G. ALTAY, O. N., Ucan, “Heuristic Construction of High-Rate Linear Block Codes”,
International Journal of Electronics and Communications (AEU: Archiv fuer Elektronik und
Uebertragungstechnik), 60 (2006) 663-666. Atıf Sayısı:5.
A1. G. ALTAY, O. N. Ucan, H. F. Ugurdag, “Geometric Augmented Product Codes", IEE
Proc. Communications, vol.153, No.5, p. 591-596, October 2006.
(Atıflar Google Scholar dan 8Mayıs 2014 tarihinde alınmıştır; yukarıdaki dergi
makalelerinin toplam 228 atıfı vardır. Web of Science ta ise bunun yaklaşık yarısı kadar
atıf vardır.)
B. Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceedings)
basılan bildiriler :
B13. Impacts of the Different Spline Orders on the B-spline Association Estimator,
Zeyneb Kurt, Nizamettin Aydin, Gökmen Altay, 13th IEEE International Conference on
BioInformatics and BioEngineering (BIBE) 2013, November 10-13, Chania, Greece
B12. Invited Speaker: Gökmen ALTAY “Genome-wide gene network inference and
assessing the performance via the literature”, Int. Conf. on Applied Informatics for Health
and Life Sciences, Istanbul, Turkey, 9-11 Sep. 2013.
B11. Zeyneb Kurt, Nizamettin Aydın, Gökmen ALTAY, "Influence of the Copula Transform
on the Association Estimators for Gene Network Inference", Int. Conf. on Applied
Informatics for Health and Life Sciences, Istanbul, Turkey, 9-11 Sep. 2013.
B10. Altay, G., Ucan, O. N., Altay, N., “Full-Information Rate Distance-4 Block Codes”,
the Third International Symposium on Wireless Communications Systems (ISWCS'06),
Valencia, Spain, 5-8 September 2006.
B9. Altay, G., Ucan, O. N., Altay, N., Yalcin, S., “On the Trellis Structures of Geometric
Augmented Product Codes”, 1st Conference on Adaptive Hardware and Systems (AHS2006), Istanbul, Turkey, 15-18 June 2006.
B8. Altay, G., Ucan, O. N. “Iterative Decoding Performance of Geometric Augmented
Product Codes Over AWGN Channel” International Conference on Electrical & Electronics
Engineering, (ELECO), Bursa, Turkey, December 2005.
B7. Altay, G., Ucan, O. N., “Maximum A Posteriori Decoding of Geometric Product
Codes”, Trends in the Development of Machinery and Associated Technology (TMT 2005),
Antalya, Turkey, 26-30 September, 2005.
B6. Altay, G., Yalcin, S., “Belief Propagation Decoding of Some Decomposable Linear
Block Codes”, International Conference on Recent Advances in Space Technologies
(RAST), Istanbul, Turkey, July 2005.
B5. Altay, G., Aygölü, Ü., “New Decomposable Step Product Codes”, SCI 2003 ( 7th
World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics), Florida, USA, July,
2003.
B4. Altay, G., Ucan, O. N., Altay, S., “Trellis of (9,4,4) Decomposable Code of the
|a1+x+z|a2+x+z|a1+a2+x+z| Construction”, International Twelfth Turkish Symposium
on Artificial Intelligence and Neural Networks (TAINN), Çanakkale, Turkey, July 2003.
B3. Altay, G., Yalcin, S., Ucan, O. N., “Trellis Decoding of Some Decomposable Codes”,
International Conference on Recent Advances in Space Technologies, (RAST), Istanbul,
Turkey, November 2003.
B2. Altay, G., Ucan, O. N., “Construction and Minimal Trellis for (32,16, 8) Decomposable
Code”, International Conference on Electrical & Electronics Engineering, (ELECO), Bursa,
Turkey, December 2003.
B1. Altay, G., Ucan, O. N., “BER Performances of Some Distance-8 Decomposable Linear
Block Codes”, International Conference on Signal Processing (ICSP), Çanakkale, Turkey,
Sept. 2003.
D. Ulusal hakemli dergilerde yayımlanan makaleler :
D1. Altay, G., “Geometric Construction Codes of Hamming Distance-8”, Journal of
Electrical and Electronics Engineering (JEEE), Istanbul University, Volume: 8, Number: 2,
Page: 665-669, 2008
D2. Ucan, O. N., Acarer, T., Karacuha, E., Osman, O., Altay, G., Yalcin, S., “Performance
Of The Systematic Distance-4 Codes Over Fading Channels”, Journal of Electrical and
Electronics Engineering (JEEE), Istanbul University, Volume: 8, Number: 2, Page: 665669, 2008.
D3. Altay, G., Ucan, O. N., “Iterative Decoding of Geometric Augmented Product Codes”,
Journal of Electrical and Electronics Engineering, Istanbul University, Vol. 5, No. 2,
p.1379-1381, 2005.
D4. Altay, G., “Decomposable SEC-DED codes of Enhanced Augmented Product Code
Construction”, Journal of Electrical and Electronics Engineering, Istanbul University, Vol.
3, Number: 2, p. 973-976, August 2003.
E. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitaplarında basılan bildiriler:
E1. Altay, G., Ucan, O. N., “EAPCC Blok Kodları Đçin Genel Kafes Yapısı Tasarımı”, IEEE
SĐU’05 Kurultayı, Kayseri, Türkiye, Mayıs 2005.

Download Report