GENEVESTIGATOR Enterprise

GENEVESTIGATOR Enterprise
遺
伝
子
発
現
デ
ー
タ
ベ
ー
ス
GENEVESTIGATOR Enterprise は、自社サーバーにインストールして使用する遺伝子発現データベース
の解析システムです。サーバーに全ての遺伝子発現データと解析ツールを搭載しているので、イントラネッ
トの中で全ての解析が完結します。GENEVESTIGATOR Advanced で利用できる公共データベースの遺伝
子発現データに加えて、自社で独自に収集している遺伝子発現データを統合してシームレスに解析できま
す。GENEVESTIGATOR Advanced で利用できる解析ツールに加えて、他社アプリケーションにデータを
出力する API を利用できます。解析ツールは JAVA アプリケーションなので、イントラネットに接続された
マシンの中で JAVA がインストールされた全てのマシンから利用できます。
GENEVESTIGATOR Enterprise の解析ツールは直感的に使うことができるため、研究者が標的遺伝子の探
索などの遺伝子発現解析を行う際に、注目する遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単か
つ正確に行うことができます。
特
長
 セキュリティー
サーバーに全ての遺伝子発現データと解析ツールを搭載
イントラネット内で全ての解析が完結するので解析内容が社外に流出することを防止
 あらゆるマシンで使用可能
解析ツールは JAVA アプリケーションなのでアプリケーションのインストールは不要
ユーザーはイントラネットに接続した全てのマシンから利用可能
クライアントマシンの OS は Windows, MacOS X, Linux に対応
 膨大な遺伝子発現データ
公共データベースの膨大なマイクロアレイや次世代シーケンサーの遺伝子発現データを収載
公共データベースの遺伝子発現データと自社の遺伝子発現データを統合してシームレスに解析
 高速な検索エンジン
数万の遺伝子発現データを同時に解析可能
 使いやすいインターフェース
解析ツールは分子生物学に精通した研究者が設計
 多種多様な解析ツール
解析内容に応じて１５種類の解析ツールから最適なものを利用可能
 マニュアルキュレーション
キュレーターがデータを１つずつキュレーションして必要なアノテーションを追加
 高品質なデータ
低品質なサンプルは除外して高品質な遺伝子発現データのみ収載
 データの正規化
実験ごとあるいは実験間のサンプルを比較できるようにデータを正規化
 データの活用
API を介して他のアプリケーションに制限なくデータを出力可能
 定期的なデータの更新
常に最新の遺伝子発現データを利用可能
概
公共データベース
生データ
キュレーション
念
図
自社サーバー
イントラネット
キュレーション
されたデータ
解析ツール
生データ
キュレーション
されたデータ
検索エンジン
ＡＰＩ
他社アプリケーション
社内データベース
GENEVESTIGATOR Enterprise
GENEVESTIGATOR Enterprise は、自社サーバーにインストールして使用する遺伝子発現データベース
の解析システムです。サーバーに全ての遺伝子発現データと解析ツールを搭載しているので、イントラネッ
トの中で全ての解析が完結します。
NEBION 社では NCBI の Gene Expression Omnibus (GEO)や EBI の ArrayExpress に登録された遺伝子発
現データをキュレーションしています。さらに、自社で独自に収集している遺伝子発現データのキュレーシ
ョンも行います。公共データベースの遺伝子発現データと独自の遺伝子発現データを統合してシームレスに
解析できます。
GENEVESTIGATOR Enterprise の解析ツールや検索エンジンは GENEVESTIGATOR Advanced と共通
です。ユーザーが解析ツールで解析を行うと、自社サーバーに搭載された検索エンジンがキュレーションさ
れたデータから解析結果を抽出します。解析ツールはイントラネット経由で検索エンジンから解析結果を受
け取り画面上に表示します。
GENEVESTIGATOR Enterprise では API を介して遺伝子発現データを他社アプリケーションに出力でき
ます。出力する遺伝子発現データに制限はありません。また、他社アプリケーションから遺伝子の ID を利
用して GENEVESTIGATOR Enterprise の解析ツールにリンクを貼ることができます。
詳
細
情
報
公共データベースの遺伝子発現データのキュレーション
NCBI の GEO や EBI の ArrayExpress といった公共データベースでは、大量の遺伝子発現データを収集し
て広く研究者が利用できるように公開しています。これらの公共データベースでは、一般的に論文の著者で
ある研究者自身や研究室の技術補佐員などが遺伝子発現データを登録しています。遺伝子発現データの登録
の際に登録内容は厳密に管理されていないため、公共データベースの遺伝子発現データの“品質”には大き
なばらつきがあります。特に、次のような問題が頻繁に起こりえます。

サンプル情報の不正確な記述

サンプルの取り違え

１つの実験、あるいは複数の実験でのサンプルの重複

統計的に低品質な遺伝子発現データ

サンプルの並び順やグループ化の不備

患者特性や臨床的指標の欠落
NEBION 社では公共データベースの遺伝子発現データを GENEVESTIGATOR のデータベースに登録する
前にキュレーターがキュレーションしています。キュレーターは、遺伝子発現データに対応する論文や補足
情報、著者である研究者の Web サイトなどを読み、必要なら著書に確認して遺伝子発現データの正確なサ
ンプル情報を調査します。また、NEBION 社ではキュレーションの過程でデータ処理を行います。その結果、
異なる実験に由来する遺伝子発現データ同士を比較できるようになります。
キュレーションは標準業務手順書(SOP)に従って次のような処理を行います。

Bioconductor（注）によるデータの品質の管理

参照遺伝子を使ったマイクロアレイ全体の発現レベルの確認

マイクロアレイの生データを２段階で正規化

実験条件、論文名、著者などのアノテーション情報の付加

公共データベースの生データへのリンク

サンプル情報の語彙の統一

マーカー遺伝子を使った性別情報の確認

biological replicate ごとにサンプルをグループ化

比較条件の設定

同一著者の同一サンプルに由来する複数の実験を１つに統合

遺伝的背景についての詳細情報の検索

オントロジー情報の更新
（注）http://www.bioconductor.org/about/
GENEVESTIGATOR データベースの登録内容
GENEVESTIGATOR のデータベースは、遺伝子の発現データ、サンプル情報、オントロジー情報、遺伝
子型情報など多様な情報を含みます。複数のマイクロアレイ（アフィメトリクス、アジレント、イルミナ）
や次世代シーケンサーで測定した１７の生物種と１７０以上のヒトの疾患の遺伝子発現データが登録され
ています。
下の表は GENEVESTIGATOR のデータベースの概要です。ヒト、マウス、ラット、ブタ、ショウジョウ
バエといった動物、シロイヌナズナやダイズ、イネをはじめとする植物、酵母や大腸菌のキュレーションさ
れた遺伝子発現データが登録されています。実験数とサンプル数は公共データベースに登録された元データ
の実験数やサンプル数に対応しています。条件数、遺伝子型、組織、ガンは各区分で遺伝子発現データが存
在する個々のカテゴリの数を表しています。
２０１４年５月の GENEVESTIGATOR データベース（最新情報は下記 URL 参照）
https://genevestigator.com/gv/doc/biomed/content.jsp
GENEVESTIGATOR Enterprise の更新
GENEVESTIGATOR Enterprise は通常年２回更新されます。更新の際には、新しいソフトウェア、新た
にキュレーションされた遺伝子発現データ、既存の遺伝子発現データのアノテーション情報の更新、新しい
オントロジー情報などが提供されます。
自社で収集している遺伝子発現データのキュレーション
自社で独自に収集している遺伝子発現データのキュレーションも、公共データベースの遺伝子発現データ
のキュレーションと同じ標準業務手順書(SOP)に従って実施されます。キュレーションにかかる費用や期間
は、自社の遺伝子発現データの量や既存のアノテーション情報に依存します。NEBION 社では、提供された
遺伝子発現データに対してキュレーションの仕様、納期、見積を提示します。公共データベース由来の遺伝
子発現データには含まれない生物種やプラットフォームのデータにも対応可能です。
データベースの統合
公共データベースの遺伝子発現データと自社で独自に収集している遺伝子発現データは、キュレーション
の後に統合されて GENEVESTIGATOR Enterprise のサーバーに搭載されます。データの統合は NEBION
社が実施します。２つの遺伝子発現データは同じ SOP を使ってキュレーションやデータ処理を行っている
ため、GENEVESTIGATOR の解析ツール上でシームレスに表示され比較解析できます。
GENEVESTIGATOR の検索エンジン
数万のゲノムワイドな遺伝子発現データ（マイクロアレイまたは次世代シーケンサーのデータ）を解析す
るために NEBION 社は高度な検索エンジンを提供しています。GENEVESTIGATOR は単なるデータベース
を超える解析ツールであり、NEBION 社の検索エンジンを合わせて使うことで数千の実験に由来する遺伝子
発現データを同時に解析できます。ユーザーの検索クエリはメモリ上で高度に並列化された状態で処理され
ます。そのため、どんな複雑な検索クエリでも短時間で解析結果が得られます。NEBION 社の検索エンジン
による高速なデータ処理によりユーザーは様々な解析を思い通りに行うことができます。
GENEVESTIGATOR API
GENEVESTIGATOR Enterprise のユーザーは、解析ツールを使うだけでなく Java API を介して他社ア
プリケーションに全てのデータ（遺伝子発現データ、アノテーション情報、オントロジー情報など）を出力
できます。NEBION 社はユーザーの要望に従ったデータのフラットファイルを出力するための技術資料やラ
イブラリファイルを提供します。
GENEVESTIGATOR のユーザーインターフェース
GENEVESTIGATOR の解析ツールは分子生物学に精通した研究者が設計しており、非常に使いやすいイ
ンターフェースになっています。特定の遺伝子や組織など様々な視点で遺伝子発現データを多角的に解析で
きます。次の４種類の解析ツールを搭載しています。

Condition Search Tools

Gene Search Tools

Similarity Search Tools

Further Tools
Condition Search Tools
解析対象の
生物種を指定
Gene Search Tools
Similarity Search Tools
解析対象の
遺伝子を指定
Further Tools
GENEVESTIGATOR Enterprise のメイン画面
解
析
ツ
ー
ル
Condition Search Tools
Condition Search Tools は、注目する遺伝子あるいは遺伝子群が有意に発現変動している条件を同定する
解析ツールです。Condition Search Tools により組織、ガン、遺伝子型、疾患、化合物、薬剤など様々な条
件において注目する遺伝子あるいは遺伝子群の評価や優先順位付けができます。
解析結果の例
Samples (サンプル)
Anatomy (組織)
Perturbations (摂動)
Neoplasms (ガン)
Development (発生)
Gene Search Tools
Gene Search Tools は、選択した条件で全体あるいは別の条件と比較して有意に発現している遺伝子を同
定する解析ツールです。Gene Search Tools により組織、ガン、遺伝子型、疾患、化合物、薬剤など様々な
条件において標的遺伝子やバイオマーカーを探索できます。
解析結果の例
Diff-Expression (発現変動)
Anatomy (組織)
Neoplasms (ガン)
Development (発生)
Perturbations (摂動)
Similarity Search Tools
Similarity Search Tools は、組織、ガン、疾患、薬剤など様々な条件において発現パターンに基づいて遺
伝子群を分類する解析ツールです。
解析結果の例
階層型クラスタリング
バイクラスタリング
発現パターン (Similar)
発現パターン (Different)
共発現
Further Tools
RefGenes は、指定した遺伝子または遺伝子群を定量 PCR する際に使用する参照遺伝子を探索する解析ツ
ールです。指定した遺伝子または遺伝子群と同程度の発現量で最も発現のばらつきの少ない遺伝子をリスト
アップします。
解析結果の例
定量 PCR の参照遺伝子
動
作
環
境
GENEVESTIGATOR Enterprise を利用するために以下の動作環境が必要になります。
＜サーバー＞
CPU：８コア以上
メモリー：６４ＧＢ以上
ハードディスク：５００ＧＢ以上
KVM
SSL サーバー証明書
＜クライアント＞
インターネットブラウザー
（Microsoft Internet Explorer、Google Chrome、Mozilla Firefox、Apple Safari など）
※JAVA アプレットを有効にする必要があります。
 Java Runtime Environment 1.6.0_10 以降（1.7 推奨）
ラ
イ
セ
ン
ス
GENEVESTIGATOR Enterprise は年間ライセンスの解析システムです。
ライセンス期間は１年です。
会社単位のライセンスです。
※ライセンス契約書の締結が必要です。
※利用者は動作環境を満たすどのマシンからも GENEVESTIGATOR Enterprise を利用できます。
ト
ラ
イ
ア
ル
解析ツールの評価は GENEVESTIGATOR Advanced の無償トライアルを利用できます。
 トライアル期間は３０日です。
 トライアルの際はメールアドレスをログイン ID としてユーザー登録する必要があります。
 トライアル期間終了後は３ヶ月に１回フリーアクセスタイム（３時間）があります。
トライアルをご要望の際は下記よりお申し込みください。
菱化システム Web サイト：http://www.rsi.co.jp/kagaku/
サポートメールアドレス：[email protected]



詳細につきましては、お問い合わせください。
記載の商品名は各社の商標または登録商標です。
本カタログの記載内容は予告なく変更される場合があります。
（2014/6）
NEBION 社日本代理店
株式会社菱化システム科学技術システム事業部
〒131-0045
東京都墨田区押上 1-1-2 東京スカイツリーイーストタワー
TEL: 03-6830-9724
FAX: 03-5610-1161
URL: http://www.rsi.co.jp E-mail: [email protected]

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