2014年9月1日～9月12日（土日除く） バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム（次世代シークエンサ）速習コース
実施日
9月1日
実施時間
大項目
項目番号および項目
習得技術
レベル
形式
10:40-12:00
1-1. OS、ハード構成
コンピューターの基本の理解
初級
講義
中村保一(DDBJ)
13:15-14:45
1-2. ネットワーク基礎
インターネット、セキュリティの基本の理解
初級
講義
中村保一(DDBJ)
初級
実習
15:00-16:30
16:45-18:15
10:30-12:00
9月2日
13:15-14:45
10:30-12:00
中級
仲里猛留(DBCLS)
服部恵美(アメリエフ)
服部恵美(アメリエフ)
1-4. スクリプト言語
実習
服部恵美(アメリエフ)
服部恵美(アメリエフ)
15:00-16:30
服部恵美(アメリエフ)
16:45-18:15
服部恵美(アメリエフ)
坊農秀雅(DBCLS)
2-1. 配列解析基礎
配列、ゲノムデータ記述のフォーマット、アラインメント(DP)、
データベース検索(BLAST、BLAT)等の基礎的な配列比較解析の原理と実習
初級
実習
2-2. バイオ系データベース概論
基本的な各種バイオ系データベースの理解、統合DBの利用法
初級
実習
10:30-12:00
3-1. R基礎1
R言語の基礎（インストールから利用まで）
初級
実習
門田幸二(東京大学)
13:15-14:45
3-2. R基礎2
ファイルの読み込み、行列演算の基本
初級
実習
門田幸二(東京大学)
3-3. R各種パッケージ
Rの各種パッケージのインストール法と代表的なパッケージの利用法
中級
実習
3-4. R bioconductor I
Bioconductorの利用法
中級
実習
3-5. R bioconductor II
FASTAandFASTQ形式ファイルの読み込み
ファイル形式の変換（FASTQ->FASTA)、クオリティチェック、
リード配列長分布、フィルタリングやトリミング、GC含量計算など
中級
実習
13:15-14:45
15:00-16:30
2. 配列インフォマティクス
15:00-16:30
3. データ解析基礎
13:15-14:45
15:00-16:30
16:45-18:15
坊農秀雅(DBCLS)
小野浩雅(DBCLS)
小野浩雅(DBCLS)
門田幸二(東京大学)
門田幸二(東京大学)
門田幸二(東京大学)
門田幸二(東京大学)
門田幸二(東京大学)
門田幸二(東京大学)
10:30-12:00
4-1. 次世代シークエンサ基礎I
原理の理解
初級
講義
倉田哲也(NAIST)
13:15-14:45
4-2. 次世代シークエンサ基礎II
応用分野とそのための計測技術の理解
(RNA-seq、ChIP-seq、がんゲノム、個人ゲノム、環境ゲノム、Hi-C)
初級
講義
倉田哲也(NAIST)
4-3. 次世代シークエンサ実習I
ファイル形式、可視化、quality check、マッピング、アセンブル
初級
実習
4-4. 次世代シークエンサ実習II
代表的なパイプラインについての実習：ChIP-seq、及び統合解析
初級
実習
6-1. 分子生命科学概論
複製、転写、翻訳、代謝、シグナル伝達などの基礎知識
6-2. オミクス概論
ゲノム以外のオミクスデータの基礎知識
初級
講義
河岡慎平(ATR)
6-3. 遺伝/進化概論
ゲノムデータを扱う上での遺伝学、進化学の基礎知識
5-1. ゲノム情報倫理概論
ゲノム情報を扱う上で、プライバシー保護などの必要な倫理的問題、法的問題の国内外の状況を
理解し、ゲノム情報を適切に利用できるようにする。匿名化、暗号化、情報セキュリティ概要
初級
講義
箕輪真理(NBDC)
川嶋実苗(NBDC)
15:00-16:30
4. 次世代シークエンサ
16:45-18:15
10:30-12:00
13:15-14:45
15:00-16:30
16:45-18:15
6. 分子生命科学
5. ゲノム関連の倫理・法律
10:30-12:00
9月12日
中級
服部恵美(アメリエフ)
10:30-12:00
9月11日
Perl
シェルスクリプト
13:15-14:45
16:45-18:15
9月10日
仲里猛留(DBCLS)
15:00-16:30
16:45-18:15
9月9日
仲里猛留(DBCLS)
服部恵美(アメリエフ)
10:30-12:00
9月8日
仲里猛留(DBCLS)
13:15-14:45
10:30-12:00
9月5日
実習
1. コンピュータリテラシーと
サーバー設計
16:45-18:15
9月4日
仲里猛留(DBCLS)
仲里猛留(DBCLS)
UNIXの基礎の理解
Linux導入
15:00-16:30
16:45-18:15
9月3日
1-3. UNIX I
担当講師（敬称略）
13:15-14:45
15:00-16:30
16:45-18:15
4-4. 次世代シークエンサ実習II
初級
代表的なパイプラインについての実習：RNA-seq
山口昌雄(アメリエフ)
河岡慎平(ATR)
河岡慎平(ATR)
山口昌雄(アメリエフ)
代表的なパイプラインについての実習：多型解析(IGV)
4. 次世代シークエンサ
山口昌雄(アメリエフ)
実習
山口昌雄(アメリエフ)
山口昌雄(アメリエフ)
山口昌雄(アメリエフ)
主催： NBDC（バイオサイエンスデータベースセンター）、 東京大学アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット
共催：　HPCI戦略プログラム分野1「予測する生命科学・医療および創薬基盤」人材養成プログラム（産総研 ゲノム情報研究センター）, 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）, 日本DNAデータバンク（DDBJ）
2014年9月1日～9月12日（土日除く） バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム（次世代シークエンサ）速習コース
参考図書一覧
実施日
大項目
推薦図書
担当講師
バイオインフォマティクス 第2版 -ゲノム配列から機能解析へ岡崎康司、坊農秀雅 監訳 メディカルサイエンスインターナショナル
9月5日
2. 配列インフォマティクス
ISBN
ISBN:4-89592-426-2
坊農秀雅(DBCLS)
原著 Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis 2nd edition
by David W. Mount, Cold Spring Harbor Laboratory Press
9月8-9日
9月10日
3. データ解析基礎
門田幸二(東京大学)
シリーズ Useful R 第7巻 トランスクリプトーム解析
門田幸二著（金明哲 編）　共立出版, 2014.
ISBN:978-4-320-12370-0
4. 次世代シークエンサ
－
次世代シークエンス解析スタンダード
二階堂　愛／編 羊土社, 2014
ISBN 978-4-7581-0191-2
次世代シークエンサー: 目的別アドバンストメソッド（細胞工学：別冊）
鈴木穣、菅野純夫 監修　学研メディカル秀潤社, 2012.
ISBN_10：4-7809-0855-8
ISBN_13：978-4-7809-0855-8
4-1. 次世代シークエンサ基
礎I
倉田哲也(NAIST)
4-2. 次世代シークエンサ基
礎IＩ
5. ゲノム関連の倫理・法律
箕輪真理(NBDC)
川嶋実苗(NBDC)
9月11日
（1）ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針
（2）ヘルシンキ宣言 人間を対象とする医学研究の倫理的原則
和文
英文
（3）個人情報の保護に関する法律
（4）アメリカのHIPAA法
（Health Insurance Portability and Accountability Act；医療保険の相互運用性と説明責任に関する法律）
プライバシールール
セキュリティルール
（5）アメリカのHITECH法（Health Information Technology for Economic and Clinical Health）
6. 分子生命科学
河岡慎平(ATR)
エピジェネティクス -新しい生命像をえがく仲野 徹著　岩波新書, 2014.
ISBN978-4-00-431484-4 C0245
主催： NBDC（バイオサイエンスデータベースセンター）、 東京大学アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット
共催：　HPCI戦略プログラム分野1「予測する生命科学・医療および創薬基盤」人材養成プログラム（産総研 ゲノム情報研究センター）, 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）, 日本DNAデータバンク（DDBJ）