ChemBioDraw 13.0 ユーザーズ ガイド
ChemBioDraw 13.0
目次
新機能
vi
第 1 章: はじめに
1
このマニュアルについて
第 2 章: 操作の開始
4
ChemBioDraw ユーザー インターフェイス
4
ツールバー
5
ドキュメント
6
第 3 章: 基本的な描画テクニック
12
結合
12
原子
16
タイトル
18
環の描画
27
鎖
29
オブジェクト
30
構造式の整形
48
構造式のチェック
49
化学警告
50
第 4 章: BioDraw
52
BioDraw テンプレート
52
カスタマイズ可能オブジェクト
55
第 5 章: 生体高分子の描画
目次
1
61
生体高分子エディタ
62
保護基
63
シーケンスの貼り付け
64
シーケンスの展開
66
ラベルの簡略化
66
シーケンスの残基の変更
66
i
ChemBioDraw 13.0
残基と側鎖の統合
67
ハイブリッド生体高分子
70
IUPAC コード
71
ジスルフィド架橋
75
ラクタム架橋
76
第 6 章: チュートリアル
78
チュートリアル 1: 構造式の描画
78
チュートリアル 2: 環の描画
79
チュートリアル 3: フィッシャー投影図
81
チュートリアル 4: 遠近感のある描画
85
チュートリアル 5: ニューマン投影図
89
チュートリアル 6: 立体化学構造
91
チュートリアル 7: テンプレート
94
第 7 章: 高度な描画テクニック
96
オブジェクトの色付け
96
ラベル
97
結合点
100
原子の番号付け
102
構造式の 3 次元表示
103
マス フラグメント
104
反応の描画
105
化学量グリッド
111
テンプレート
114
ニックネームの定義
116
ChemScript
118
第 8 章: Struct=Name
120
Struct>Name
120
Name>Struct
124
第 9 章: 化学機能
126
目次
ii
ChemBioDraw 13.0
構造式解析
126
ChemBioFinder ホットリンク
127
立体化学構造
127
化学的注釈
131
化学的物性
134
3D 表示
142
TLC
144
ChemNMR
149
第 10 章: ChemDraw/Excel
ChemDraw/Excel のセットアップ
156
表のインポート
156
ヒット リストのインポート
157
表のエクスポート
157
テーブルの同期
158
構造式の追加
159
検索
161
R-基分析
162
構造式
162
ChemDraw/Excel の関数
165
化学的物性
178
プリファレンス
186
CombiChem
187
ChemBioFinder/Office
194
第 11 章: クエリ構造式
目次
156
196
検索の制限
196
総称ラベル
196
原子属性
199
結合属性
207
元素リスト
210
iii
ChemBioDraw 13.0
ポリマー
211
リンク ノード
215
代替基
216
無指定代替基
222
一般構造式の展開
223
原子対原子のマッピング
225
立体化学記号
228
3D 属性
229
エクスポート時の互換性
230
第 12 章: 情報の共有
234
クリップボード
234
オブジェクトの転送
236
オブジェクトの埋め込み
237
エクスポート
237
インポート
238
異なるプラットフォームへの転送
242
第 13 章: オプションと設定
243
プリファレンスの設定
243
ツールバーのカスタマイズ
246
ドキュメント設定およびオブジェクト設定
247
ホットキーのカスタマイズ
257
色の使用
259
ドキュメント設定
262
第 14 章: ページ レイアウト
目次
268
描画領域
268
ドキュメント タイプ
268
印刷
270
ページ設定の保存
271
35 mm スライドの境界ガイド
271
iv
ChemBioDraw 13.0
描画の確認
272
表
273
第 15 章: 化学的解釈
データベースの表記法
277
277
第 16 章: 特性計算
290
第 17 章: ショートカットとホットキー
293
原子キー
293
結合ホットキー
294
機能ホットキー
295
ショートカット
296
ニックネーム
299
第 18 章: PerkinElmer Informatics Web サイト
301
オンライン登録
301
ユーザーズ ガイド
301
テクニカル サポート
301
監 修 ：富 士 通 株 式 会 社 テクニカルコンピューティング・ソリューション事 業 本 部 ＨＰＣアプリケー
ション統 括 部 有 田 正 博 、萩 原 稔 、久 保 木 俊 彦 、石 田 伸 子 、鶴 岡 麻 美 子 、丸 山 絵 理
本 マニュアルの査 読 に関 しては、富 士 通 株 式 会 社 テクニカルコンピューティング・ソリューション事
業 本 部 の協 力 を得 ております。富 士 通 は、日 本 においてパーキンエルマー社 インフォマティクス
事 業 部 の製 品 の販 売 、サポート を行 っております。
目次
v
ChemBioDraw 13.0
新機能
ChemBioDraw は、化 学 的 概 念 および生 物 学 的 概 念 を対 象 とする優 れた描 画 作 成 ツールとして、長 年 、好 評 を得 て
きました。ChemBioDraw 13.0 では、さまざまな改 良 や新 機 能 が導 入 されています。以 下 に簡 単 に説 明 します。これら
を含 む各 機 能 の詳 細 については、PDF ガイド の該 当 する箇 所 やオンライン ヘルプを参 照 してください。どちらのド キュメ
ント の内 容 も同 一 で、異 なるのは形 式 のみです。
生 体 高 分 子 ビルダーの機 能 強 化 。 ChemBioDraw 13.0 では、生 体 高 分 子 を作 成 および表 示 する方 法 が大 きく改 良
されました。
1 文 字 および複 数 文 字 表 記 アミノ酸 - 対 応 する IUPAC コード を入 力 するか生 体 高 分 子 ツールバーを使 用 して、1
文 字 のアミノ酸 やヌクレオチド を作 成 することができます。生 体 高 分 子 エディタを使 用 すると、残 基 名 を入 力 して 3 文
字 または標 準 的 でないアミノ酸 を作 成 できます。
Toggle Amino Acid Style AA1<->AA3 コマンド により、アミノ酸 の表 現 形 式 を 1 文 字 から複 数 文 字 (またはその逆 )
に切 り替 えることができます。詳 細 については、61 ページの 「生 体 高 分 子 の描 画 」 を参 照 してください。
L 型 および D 型 アミノ酸 - 関 連 する IUPAC コード を入 力 して、標 準 的 な L 型 または D 型 アミノ酸 を作 成 できます。
L 型 と D 型 アミノ酸 の切 り替 え - Toggle Amino Acid Stereo L<->D コマンド により、アミノ酸 の立 体 化 学 構 造 を L
から D (またはその逆 ) に切 り替 えることができます。
保 護 基 - 付 加 的 な NH 基 または OH 基 (Arg、Aad) を含 むアミノ酸 に Trt や Fmoc などの保 護 基 を追 加 することが
2
できます。保 護 された残 基 も展 開 したり、簡 略 化 したりできます。詳 細 については、63 ページの 「保 護 基 」 を参 照 し
てください。
環 状 ペプチド と分 岐 ペプチド - ChemBioDraw 13.0 では、環 状 ペプチド は、プチド 配 列 で末 端 残 基 を結 合 することに
より作 成 できます。ループ状 の結 合 は、ペプチド が環 状 であることを示 します。分 岐 ペプチド は、シーケンス ビルダーお
よび結 合 ツールを使 用 して作 成 できます。詳 細 については、73 ページの 「環 状 ペプチド 、交 差 結 合 ペプチド 、分 岐
ペプチド 」 を参 照 してください。
新機能
vi
ChemBioDraw 13.0
ラクタム架 橋 - アミノ酸 およびカルボキシル酸 脱 離 基 を持 つ残 基 (例 : Lys-Asp、Lys-Glu) の間 にラクタム架 橋 を生 成
することができます。詳 細 については、76 ページの 「ラクタム架 橋 」 を参 照 してください。
シーケンスの統 合 - 末 端 残 基 を結 合 することにより、複 数 のシーケンスを 1 つのシーケンスに統 合 できます。
ハイブリッド 生 体 高 分 子 - 生 体 高 分 子 ツールバーを使 用 して、ペプチド 、ヌクレオチド 、およびリンカ残 基 を含 むハイブ
リッド (「キメラ」とも呼 ばれる) 生 体 高 分 子 を作 成 できます。詳 細 については、70 ページの 「ハイブリッド 生 体 高 分 子 」
を参 照 してください。
シーケンスの貼 り付 け - シーケンスは、FASTA 形 式 で貼 り付 けることができます。また、生 体 高 分 子 を記 述 するテキス
ト 文 字 と有 効 な区 切 り文 字 (スペース、タブ、ダッシュ) を一 連 の 1 文 字 残 基 または複 数 文 字 残 基 としてコピーし、
シーケンスとして貼 り付 けることができます。テキスト 文 字 列 は、ChemBioDraw 上 で、またはそれ以 外 でも生 成 できま
す。64 ページの 「シーケンスの貼 り付 け」 を参 照 してください。
展 開 された残 基 の表 示 - 展 開 された残 基 は、直 線 モード または折 れ曲 がりモード で表 示 できます。
ラベルの展 開 と簡 略 化 - シーケンス全 体 やシーケンスの一 部 を展 開 できます。シーケンスは、展 開 後 に自 動 的 に整
形 されます。
シーケンスを簡 略 化 したとき、Clean Up Biopolymer コマンド によりシーケンスを整 形 し、残 基 を整 列 したり、折 り返
したりして、シーケンスを再 配 置 することができます。
残 基 の番 号 付 け - 上 記 のいずれの残 基 でも残 基 番 号 を表 示 できます。詳 細 については、70 ページの 「残 基 の番
号 付 け」 を参 照 してください。
終 端 および結 合 の非 表 示 /表 示 - 基 になる化 学 構 造 には影 響 せずに結 合 および終 端 を非 表 示 にできます。
ニックネームの機 能 強 化 。 ChemBioDraw 13.0 では、標 準 的 でないアミノ酸 、標 準 的 でないヌクレオチド 、リンカなど多
くの新 しい残 基 がニックネーム ライブラリに追 加 されました。ニックネームの定 義 は、これまでよりも一 層 簡 単 で柔 軟 になり
ました。ニックネームの詳 細 については、116 ページの 「ニックネームの定 義 」 を参 照 してください。
Struct>Name の機 能 強 化 。 ChemBioDraw 13.0 の Struct>Name が強 化 され、多 くのホモポリマー、コポリマー、代 替
ポリマー、および括 弧 属 性 として指 定 された化 学 量 (分 数 化 学 量 を含 む) をサポート します。詳 細 については、120 ペー
ジの 「Struct>Name 」 を参 照 してください。
電 子 の押 し出 し。 ChemBioDraw 13.0 では、電 子 の移 動 を表 すために電 子 の押 し出 しツールが導 入 されました。詳
細 については、110 ページの 「電 子 の押 し出 しおよびラジカルの押 し出 し」 を参 照 してください。
ゲル電 気 泳 動 ツール。 ゲル電 気 泳 動 では、ゲル マト リクスに適 用 される電 場 を使 用 して、分 子 を分 離 します。ChemBioDraw 13.0 のゲル電 気 泳 動 ツールは、TLC ツールとよく似 た動 作 で、重 さや距 離 に基 づいてバンド を簡 単 に描 画 お
よびマークできます。詳 細 については、144 ページの 「TLC」 を参 照 してください。
TLC プレート の機 能 強 化 。 ChemBioDraw 13.0 では、レーン間 でスポット をコピーおよびド ラッグできます。詳 細 について
は、144 ページの 「TLC」 を参 照 してください。
新機能
vii
ChemBioDraw 13.0
ポリマー ビーズの機 能 強 化 。 ポリマー ビーズのサイズを変 更 できます。ポリマー ビーズおよびその他 の結 合 点 の詳 細 につ
いては、100 ページの 「結 合 点 」 を参 照 してください。
新 規 ツールバー。 ChemBioDraw 13.0 には、Structure、Curves、Windows、Biopolymer などの新 しいツールバーが導
入 されました。これらのツールバーには、View メニューからアクセスできます。
元 素 ごとの色 分 け。 原 子 記 号 に関 連 付 けられた色 を使 用 して、原 子 ラベルを色 分 けできるようになりました。
詳 細 については、259 ページの 「元 素 ごとの色 分 け」 を参 照 してください。
新 しい特 性 の予 測 。 ChemBioDraw では、Molecular Networks の新 計 算 を統 合 して、pKa、LogS、および LogP を予
測 します。134 ページの 「ChemBioDraw での特 性 予 測 」 を参 照 してください。
JPEG/JPG ファイルのエクスポート 。 ChemBioDraw 13.0 では、JPEG 形 式 のファイルをエクスポート できます。
Dropbox の統 合 。 ChemBioDraw 13.0 には、Dropbox の有 効 なアカウント を持 っているユーザーに向 けて Dropbox
サービスのインターフェイスが用 意 されています。リモート の Dropbox フォルダとローカル マシンの間 でファイルのアップロード
とダウンロード ができます。詳 細 については、8 ページの 「Dropbox インターフェイス」 を参 照 してください。
新機能
viii
ChemBioDraw 13.0
はじめに
ChemBioDraw 13.0 は、科 学 者 や科 学 を学 ぶ学 生 、さらに科 学 関 連 の著 作 活 動 を行 う方 を対 象 として設 計 された、
強 力 でありながら使 いやすいツールであり、生 物 学 および化 学 の描 画 に利 用 できます。ChemBioDraw 13.0 では、独
自 の描 画 を自 由 に作 成 できるだけでなく、ライブラリとして用 意 されている描 画 をテンプレート として使 用 することもできま
す。
このマニュアルについて
このマニュアルでは、ChemBioDraw 13.0 のすべての機 能 と使 用 方 法 について説 明 します。このマニュアルで説 明 してい
る操 作 の中 には、他 のソフト ウェアと組 み合 わせて実 行 する必 要 があるものもあります。たとえば、ChemDraw/Excel に
関 する説 明 では、Microsoft Excel を併 用 した作 業 が必 要 になるため、このマニュアルではその操 作 についても説 明 して
います。Excel のオンライン ヘルプやユーザーズ ガイド も併 せて参 照 してください。
このガイド の表記規則
このガイド では、ChemBioDraw 13.0 の習 得 を容 易 にするため、以 下 の基 本 表 記 規 則 を使 用 します。
操作手順
操 作 手 順 は、メニュー階 層 や画 面 を移 動 する方 法 の説 明 を目 的 とします。メニュー項 目 は太 字 で示 します。たとえ
ば、新 しい描 画 テンプレート を開 く操 作 は、次 のように表 記 されています。
1. File、Open Templates、Amino Acids の順 に選 択 します。
これは、まず File メニューを選 択 し、(File メニュー内 の) Open Templates を選 択 して、さらに (Open Templates サブメ
ニュー内 の) Amino Acids を選 択 するという意 味 です。
注、ヒント 、注意
このマニュアルでは、以 下 のような各 種 の情 報 にも表 記 規 則 があります。
注 : この書 式 は重 要 な情 報 を強 調 するために使 用 します。
ヒント: 知 っておくと役 に立 つ特 定 の補 足 的 な情 報 を提 供 するために使 用 します。
注 意 : これは、注 意 を怠 るとデータ損 失 などの重 大 な問 題 につながるおそれのある重 要 な情 報 を示 します。
その他の情報
ChemBioDraw 13.0 の操 作 方 法 を習 得 するには、以 下 の関 連 資 料 が役 に立 ちます。
オンライン ヘルプ
ChemBioDraw 13.0 で、F1 キーを押 すか、Help、Contents の順 に選 択 すると、オンライン ヘルプを参 照 できます。
ツール ヒント
ツール ヒント は、ツールの名 前 または短 い説 明 です。ツール ヒント を表 示 するには、マウス ポインタをツールに重 ねます。
ツール ヒント の長 い説 明 はステータス バーに表 示 されます。
第 1 章: はじめに
1 / 303
ChemBioDraw 13.0
ステータス バー
ChemBioDraw 13.0 ウィンド ウの左 下 隅 を見 ると、役 に立 つ情 報 を表 示 しています。次 の図 を参 照 してください。
図 1.1: A) ステータス バーに表 示 された線 結 合 に関 する情 報
シリアル番号とテクニカル サポート
シリアル番 号 および登 録 コード の入 手 方 法 の詳 細 については、オンラインのサービス Web サイト を参 照 してください。
登 録 ユーザーの方 々 は、インターネット や弊 社 テクニカル サポート 部 を通 じてテクニカル サポート を受 けることができます。
テクニカル サポート 部 にご連 絡 いただく際 には、ChemBioOffice アプリケーションのシリアル番 号 の提 示 が必 要 です。弊
社 のテクニカル
サポート Web ページには、FAQ (よく寄 せられる質 問 ) への回 答 、およびその他 の情 報 が掲 載 されています。
弊 社 の ChemBioDraw のテクニカル サポート にアクセスするには、Online メニューの Browse CambridgeSoft Technical Support をクリックします。
解 決 方 法 が Web サイト で得 られなかった場 合 は、テクニカル サポート にご連 絡 いただく前 に、次 の手 順 に従 ってくださ
い。
1. ソフト ウェアのシステム要 件 を確 認 してください。
2. 3 ページの 「ト ラブルシューティング」 を読 み、そこに記 載 されている解 決 手 段 を実 行 してください。
3. 上 記 のいずれの方 法 でも問 題 が解 決 できない場 合 は、テクニカル サポート に連 絡 してください。
当 社 にご連 絡 いただく前 に、問 題 が再 発 するかどうか確 認 してください。問 題 が再 現 できる場 合 は、手 順 を正 確 に
記 録 してください。
表 示 されたエラー メッセージの内 容 を正 確 に記 録 してください。
最 後 に、問 題 の解 決 を試 みた際 の手 順 を記 録 してください。
さらに、ChemOffice では次 の形 式 で情 報 を提 供 しています。
ChemBioDraw 13.0 オンライン ヘルプ
PerkinElmer Informatics Web サイト
PerkinElmer Informatics Services
第 1 章: はじめに
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ChemBioDraw 13.0
ト ラブルシューティング
ここでは、弊 社 デスクト ップ アプリケーションの総 合 的 なパフォーマンスを改 善 する手 順 や、CS ソフト ウェア製 品 のご使 用
中 にコンピューターがクラッシュした場 合 に従 う手 順 について説 明 します。
パフォーマンス
ChemBioOffice デスクト ップ アプリケーションを使 用 する際 は、次 のような方 法 でコンピュータの処 理 速 度 を最 適 化 でき
ます。
[システム] コント ロール パネルの [パフォーマンス] タブで、より多 くのプロセッサ時 間 をこのアプリケーションに割 り当 てま
す。
物 理 RAM を増 設 します。物 理 RAM の容 量 が大 きいほど、ChemBioOffice デスクト ップ アプリケーションが仮 想 メモ
リを使 用 するためにハード ディスクにアクセスする回 数 が減 ります。
仮 想 メモリ (VM) を増 やします。仮 想 メモリはハード ディスクの空 き領 域 を RAM として割 り当 てることで、RAM を拡 張
します。ただし、アプリケーションとハード ディスクの間 のスワップは、物 理 RAM のスワップと比 べると遅 くなります。
アプリケーションとド ライバ
ほとんどの複 雑 なソフト ウェア アプリケーションで起 こりうる事 態 ですが、ChemBioDraw からの応 答 がなくなることがありま
す。ソフト ウェアとド ライバの問 題 を解 決 するために、以 下 の手 順 を試 してください。
1. Windows を再 起 動 し、問 題 が再 発 するかどうか確 認 します。問 題 が再 発 する場 合 は、次 の手 順 に進 んでくださ
い。
2. ビデオ ド ライバ、プリンタ ド ライバ、スクリーン セーバー、ウィルス保 護 ソフト ウェアの衝 突 が起 きている可 能 性 がありま
す。当 社 へのご連 絡 が必 要 な場 合 は、ご使 用 のド ライバのタイプやバージョンなどを確 認 してください。
ビデオ ド ライバ関 連 の問 題 : ChemBioOffice デスクト ップ アプリケーションの表 示 に問 題 がある場 合 は、コント ロール パ
ネルの [画 面 ] (または [システム]) で VGA ビデオ ド ライバに切 り替 えて、問 題 が再 発 するかどうかチェックしてください。
ド ライバを変 更 して改 善 が見 られる場 合 は、元 のド ライバを更 新 する必 要 があると思 われます。ド ライバのメーカーに
連 絡 して最 新 のド ライバを入 手 してください。問 題 が解 決 しない場 合 は、元 のド ライバに関 する詳 しい情 報 と問 題
の内 容 を当 社 までご連 絡 ください。
プリンタ ド ライバ関 連 の問 題 : 別 のプリンタ ド ライバを使 って再 テスト してください。ド ライバを変 更 して改 善 が見 られる
場 合 は、元 のド ライバを更 新 する必 要 があると思 われます。ド ライバのメーカーに連 絡 して最 新 のド ライバを入 手 して
ください。問 題 が解 決 しない場 合 は、元 のド ライバに関 する詳 しい情 報 と問 題 の内 容 を当 社 までご連 絡 ください。
3. ソフト ウェアを再 インスト ールしてみてください。ソフト ウェアを再 インスト ールする前 に、ソフト ウェアをアンインスト ールし
て、スクリーン セーバーおよびウィルス保 護 ソフト ウェアも含 むすべてのバックグラウンド アプリケーションを無 効 にします。
詳 細 なアンインスト ール手 順 については、テクニカル サポート Web ページを参 照 してください。
4. 上 記 の処 置 を行 っても問 題 が解 決 しない場 合 は、オンライン連 絡 フォームにト ラブルの詳 しい内 容 をご記 入 の上 、
テクニカル サポート 部 までご連 絡 ください。
第 1 章: はじめに
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ChemBioDraw 13.0
操 作 の開 始
このセクションでは、ユーザー インターフェイスについて説 明 します。
ChemBioDraw ユーザー インターフェイス
ユーザー インターフェイスには、使 用 頻 度 の高 いツールバー、メイン メニュー、およびド キュメント ステータス バーが既 定 値
で表 示 されます。ユーザー インターフェイスの外 観 は以 下 のとおりです。
a. メニュー バー
b. BioDraw ツールバー
c. 表 示 倍 率 コント ロール
d. ド キュメント ウィンド ウ
e. メイン ツールバー
f. ステータス バー
ChemBioDraw Ultra Windows 版 ユーザー インターフェイス
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioDraw 13.0
ツールバー
ChemBioDraw 13.0 には、Structure、Curves、Windows、Biopolymer などの新 しいツールバーが導 入 されました。ツー
ルバーの表 示 /非 表 示 を切 り替 えるには、View メニューの各 ツールバーの名 前 をクリックします。ツールバーが表 示 されて
いるときは、そのツールバー名 の横 にチェック マークが付 きます。ツールバーの右 上 端 にある 'X' アイコンをクリックして、ツー
ルバーを非 表 示 にすることもできます。
メイン ツールバー
メイン ツールバーには、構 造 式 を描 画 するときによく使 用 されるツールがあります。ここには、選 択 ツールと結 合 ツールが
あります。メイン ツールバーからは、他 のツールバーを開 くこともできます。View メニューの Show Main Toolbar をクリック
します。
ツールバーの切り離し
メイン ツールバーには、自 身 に関 連 付 けられた他 のツールバーを持 つツールがあります。このようなツールは、右 下 隅 の
小 さな黒 い三 角 形 で示 されます。たとえば、次 の図 を見 てみましょう。
これらの下 位 ツールバーは "切 り離 し" て、画 面 の任 意 の位 置 に置 くことができます。
ツールバーを切 り離 すには、次 の操 作 を行 ってください。
1. メイン ツールバーでツールの右 下 隅 の矢 印 をクリックします。
2. マウス ボタンを押 した状 態 でタイト ル バーをポイント し、マウス ボタンを離 します。
注 : ツールバーが表 示 されない場 合 、そのツールバーがすでに開 いているか、画 面 で固 定 表 示 または浮 動 表 示 され
ている可 能 性 があります。
固定表示と浮動表示
標 準 のツールバーはすべて、固 定 表 示 と浮 動 表 示 を切 り替 えられます。ツールバーを固 定 表 示 にすると、描 画 ウィンド
ウに結 合 した状 態 で固 定 されます。浮 動 表 示 ツールバーはド キュメント ウィンド ウの前 面 に表 示 され、任 意 の場 所 に
移 動 できます。ツールバーをダブルクリックすると、そのツールバーが直 前 、既 定 値 、または固 定 の位 置 に復 元 されます。
ツールバーを固 定 表 示 するには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
ツールバーをクリックし、描 画 ウィンド ウの外 側 のいずれかの縁 に向 かってド ラッグします。
ツールバーを右 クリックして、Dock Toolbar をクリックします。
ツールバーを浮 動 表 示 するには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
固 定 表 示 されているツールバーをダブルクリックします。
固 定 表 示 されているツールバーをクリックし、描 画 ウィンド ウの内 側 に向 かってド ラッグします。
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioDraw 13.0
ツールバーを右 クリックして、Float Toolbar をクリックします。
BioDraw ツールバー
BioDraw ツールバーには、生 物 学 および生 化 学 の要 素 を描 画 に追 加 できる描 画 ツールがあります。詳 細 について
は、52 ページの 「BioDraw」 を参 照 してください。
ド キュメント
ド キュメント は、構 造 式 の作 成 および編 集 に使 用 される作 業 領 域 です。ド キュメント は複 数 ページまたは単 一 ページで
構 成 されます。
ド キュメント の作成
新 しいド キュメント は既 定 値 の設 定 を使 用 して作 成 するか、設 定 をカスタマイズしたスタイル シート を使 用 して作 成 し
ます。ド キュメント を作 成 するには、File メニューの New Document をクリックします。
スタイルの使用
別 のスタイル シート またはステーショナリ パッド を使 用 して新 しいド キュメント を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってくださ
い。
1. File メニューの Open Style Sheets をクリックします。
2. スタイルシート を一 覧 から選 択 します。
ChemBioDraw 13.0 の ChemDraw Items フォルダには、あらかじめ定 義 されたスタイル シート が格 納 されています。たと
えば、ACS Document 1996 は、米 国 化 学 学 会 誌 (ACS) の 2 段 組 書 式 で通 常 用 いられる、結 合 長 、結 合 幅 、字 間
や行 間 、フォント などが設 定 されたド キュメント が作 成 できるようにあらかじめ構 成 されています。
このようなド キュメント の設 定 内 容 のリスト については、262 ページの 「ド キュメント 設 定 」 を参 照 してください。
ド キュメント を開く
ド キュメント を開 くには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
File メニューの Open をクリックします。Open ダイアログ ボックスでファイル名 とファイルの場 所 を選 択 し、Open をク
リックします。
File メニューの、一 番 下 のリスト からド キュメント を選 びます。
開いているド キュメント の選択
Window メニューには、現 在 開 いているすべてのド キュメント およびテンプレート のリスト が表 示 されます。このリスト で選 択
したド キュメント がアクティブ ウィンド ウになります。
ド キュメント の注釈付け
注 釈 を利 用 してテキスト 情 報 を付 記 しておくと、データベース検 索 のときド キュメント を識 別 するのに役 立 ちます。注 釈
はキーワード と関 連 するデータ値 で分 類 されます。既 定 値 で数 種 類 のキーワード (Name、Description、Type、Other
Info) が用 意 されています。ユーザーが独 自 のキーワード を追 加 することもできます。
ド キュメント に注 釈 を付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioDraw 13.0
1. File メニューの Document Annotations をクリックします。Annotate ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. キーワード リスト からキーワード を選 択 するか、独 自 のキーワード を追 加 します。キーワード を追 加 するには、次 の操
作 を行 ってください。
a. キーワード リスト から Add New Annotation を選 択 します。Add New Annotation ダイアログ ボックスが表 示 されま
す。
b. New Keyword テキスト ボックスにキーワード を入 力 します。
c. New Content テキスト ボックスにド キュメント に付 記 する注 釈 の内 容 を入 力 して、Add をクリックします。
3. OK をクリックします。
キーワード の削除
キーワード を削 除 すると、そのキーワード の注 釈 も削 除 されます。
1. Annotate ダイアログ ボックスで、キーワード リスト からキーワード を選 択 します。
2. Delete Keyword をクリックします。確 認 を求 めるプロンプト が表 示 されたら Yes をクリックします。
3. OK をクリックします。
変更の破棄
前 回 保 存 したファイルの内 容 に戻 るには、File メニューの Revert をクリックします。
取り消し、やり直し、および繰り返し
ChemBioDraw 13.0 では、操 作 が記 録 されます。前 回 の操 作 の取 り消 し、やり直 し、または繰 り返 しを行 うには、Edit
メニューをクリックし、実 行 する操 作 に応 じて適 切 なオプションを選 択 します。記 録 が可 能 な操 作 の数 は、利 用 可 能 な
メモリ (RAM と仮 想 メモリ) の容 量 によってのみ制 限 されます。
注 : ChemBioDraw 13.0 では、ド キュメントを最 後 に保 存 してから行 った操 作 のみが記 録 されます。
ド キュメント の保存
1. File メニューの Save をクリックします。
2. ファイルの保 存 先 のフォルダを選 択 します。
3. Save As テキスト ボックスにファイル名 を入 力 します。
4. ファイル形 式 を選 択 します。
5. Save をクリックします。
注 : ChemBioDraw 13.0 では、既 定 値 で CDX ファイル形 式 が使 用 されます。他 のファイル形 式 でも描 画 を保 存 で
きますが、構 造 式 に関 連 する化 学 データが全 体 として保 存 されないことがあります。たとえば、ChemBioDraw の描
画 を .eps ファイル形 式 で保 存 すると、構 造 式 の画 像 だけが保 存 され、原 子 と結 合 の関 係 の化 学 的 意 味 について
のデータは保 存 されません。
ChemBioDraw を使 用 すると、保 存 するド キュメント にコメント または説 明 を追 加 できます。ド キュメント のコメント を有 効
または無 効 にするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。Preferences ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Open/Save タブをクリックします。
3. Prompt for Comment チェック ボックスをクリックします。
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioDraw 13.0
ド キュメント のコメント を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Save をクリックします。Set Document Comment ウィンド ウが開 きます。
2. 説 明 を入 力 して OK をクリックします。
自動保存
ChemBioDraw 13.0 では、開 いているド キュメント を、定 期 的 に保 存 するように設 定 できます。
1. File メニューの Preferences をクリックします。Preferences ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Open/Save タブをクリックします。
3. Autosave Every チェック ボックスをオンにし、設 定 する時 間 (分 単 位 ) を入 力 します。
時 間 は、ド キュメント に最 初 の変 更 を加 えた後 から始 まります。
既定値のファイル形式
1. File メニューの Preferences をクリックします。Preferences ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Open/Save タブをクリックします。
3. Saving Files セクションの Use Default File Format チェック ボックスをオンにして、一 覧 から形 式 を選 択 します。
Dropbox インターフェイス
ChemBioDraw 13.0 には、Dropbox サービスのインターフェイスが用 意 されています。Dropbox サービスは、ChemBioDraw 13.0 インターフェイスからアクセスすると、ファイル用 のクラウド リポジト リとして機 能 します。Dropbox サービスを使
用 するために必 要 なものは次 のとおりです。
有 効 な Dropbox アカウント を所 有 していること、および
ChemBioDraw 13.0 がインスト ールされていること。
Dropbox プラグインは、Web サイト https://www.dropbox.com/ からダウンロード できます。
描 画 を現 在 の ChemBioDraw ド キュメント ウィンド ウから自 分 のリモート の Dropbox フォルダの場 所 にアップロード できま
す。これらのファイルは、必 要 になったら後 でダウンロード できます。
Dropbox へのサインイン
Dropbox に ChemBioDraw 13.0 から初 めてアクセスするときは、Dropbox フォルダと ChemBioDraw の連 携 を認 証 する
必 要 があります。そのためには、次 の操 作 を行 ってください。
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioDraw 13.0
1. File、Cloud、Dropbox、Sign In の順 に選 択 します。Enter Dropbox User Name ダイアログ ボックスが表 示 されま
す。
2. Dropbox のユーザー名 を入 力 し、OK をクリックします。Authorization Confirmation ダイアログ ボックスが表 示 されま
す。
3. OK をクリックします。Cloud Linking Confirmation ウィンド ウが表 示 されます。
4. Dropbox アカウント の電 子 メール アド レスおよびパスワード を入 力 します。Sign in をクリックします。
5. Allow をクリックします。Cloud Linking Confirmation ウィンド ウに成 功 メッセージが表 示 されます。
6. Done をクリックします。
注 : Dropbox に ChemBioDraw 13.0 から初 めてアクセスするときは、Dropbox フォルダと ChemBioDraw の連 携 を認
証 する必 要 があります。ただし、Enter Dropbox User Name ダイアログ ボックスで Force re-authorization of this
application チェックボックスをオンにすることで、Dropbox フォルダと ChemBioDraw の連 携 を再 認 証 するように選 択
できます。
以 降 のサインインでは、次 の操 作 を行 ってください。
1. File、Cloud、Dropbox、Sign In の順 に選 択 します。Enter Dropbox User Name ダイアログ ボックスが表 示 されま
す。
2. Dropbox アカウント の電 子 メール アド レスおよびパスワード を入 力 します。
3. OK をクリックします。ChemBioDraw 13.0 では、Upload、Download、および Sign out のオプションが有 効 になります。
ファイルのアップロード
ChemBioDraw 13.0 の現 在 の ChemBio3D ド キュメント ウィンド ウで描 画 を自 分 のリモート の Dropbox フォルダにアップ
ロード できます。
ファイルをアップロード するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File、Cloud、Dropbox、Upload As の順 に選 択 します。Cloud Upload ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. ファイルの名 前 を指 定 します。
3. 描 画 をアップロード するファイル形 式 を選 択 します。
4. OK をクリックします。Cloud-Select the destination folder ダイアログ ボックスが表 示 されます。
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioDraw 13.0
5. ファイルを保 存 するフォルダの場 所 を選 択 します。新 しいフォルダを作 成 するには、フォルダ リスト の列 内 でダブルク
リックするか、Create new folder リンクをダブルクリックします。新 しいフォルダの名 前 を指 定 し、OK をクリックします。
6. (オプション) ファイル名 を変 更 する場 合 は、ダイアログ ボックスの下 部 にある File name テキスト ボックスに新 しいファイ
ル名 を入 力 します。
7. (オプション) アップロード 処 理 が完 了 するまでの時 間 制 限 を指 定 します。それには、Time out limit テキスト ボックスに
秒 数 で値 を指 定 します。時 間 制 限 は、最 短 5 秒 から最 長 120 秒 までの任 意 の値 を指 定 できます。
8. Upload をクリックします。
ファイルのダウンロード
リモート の Dropbox フォルダからローカル マシンへファイルをダウンロード できます。ダウンロード が終 了 すると、ChemBioDraw 13.0 ド キュメント ウィンド ウに描 画 が自 動 的 に表 示 されます。任 意 の場 所 にファイルを保 存 できます。
ファイルをダウンロード するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File、Cloud、Dropbox、Download の順 に選 択 します。cloud-select the destination folder ダイアログ ボックスが表
示 されます。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
ダウンロード するファイルをダブルクリックします。
ダウンロード するファイルを指 定 して、Download をクリックします。
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioDraw 13.0
注 : ダウンロード 処 理 が完 了 するまでの時 間 制 限 を指 定 できます。それには、Time out limit テキスト ボックスに秒 数
で値 を指 定 します。時 間 制 限 は、最 短 5 秒 から最 長 120 秒 までの任 意 の値 を指 定 できます。
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioDraw 13.0
基 本 的 な描 画 テクニック
ChemBioDraw 13.0 には、基 本 的 な化 学 構 造 から複 雑 な反 応 まで、ありとあらゆるものを描 画 するための多 彩 なツー
ルが用 意 されています。この章 では、初 めて化 学 構 造 を作 成 する人 のために基 本 的 なテクニックを紹 介 します。矢 印 や
図 形 を付 加 することで、描 画 した化 学 構 造 や反 応 の見 栄 えをよくする方 法 も説 明 します。描 画 機 能 の詳 細 について
は、52 ページの 「BioDraw」 と 96 ページの 「高 度 な描 画 テクニック」 を参 照 してください。
結合
メイン ツールバーと多 重 結 合 ツールバーに、結 合 を描 画 するための多 数 のツールが用 意 されています。これらのツールの
中 には、特 定 のタイプの結 合 を描 画 するツールのほかに、データベース クエリ用 の構 造 式 を描 画 するツールもあります。
各 種 結 合 タイプの詳 細 については、278 ページの 「結 合 の表 記 法 」 を参 照 してください。
結合の描画
化 学 構 造 の最 初 の結 合 を描 画 するには、メイン ツールバーの線 結 合 ツールを選 択 し、ド キュメント ウィンド ウ内 をク
リックします。最 初 の結 合 に追 加 された別 の結 合 を描 画 するには、最 初 の結 合 のどちらかの端 点 をクリックします。
結 合 は、任 意 の方 向 に描 画 できます。結 合 ツールを使 い、ド キュメント ウィンド ウ内 の既 存 の原 子 または空 白 領 域
をクリックし、そこからカーソルをド ラッグします。カーソルをド ラッグした方 向 に結 合 が描 画 されます。
二重結合
二 重 結 合 は、次 の 4 通 りの方 法 で描 画 できます。
二 重 結 合 ツールで結 合 を描 画 する。
既 存 の単 結 合 に重 ねて単 結 合 を描 画 する。
任 意 の結 合 ツールまたは選 択 ツールを使 い、既 存 の結 合 をポイント して「2」と入 力 する。293 ページの 「ショート カット
とホット キー」 を参 照 してください。
結 合 を右 クリックし、コンテキスト メニューから Double、Plain の順 に選 択 する。
二重立体不特定結合
二 重 立 体 不 特 定 結 合 または交 差 二 重 結 合 は、未 指 定 の二 重 結 合 設 定 または混 合 設 定 を指 定 するために使 用 さ
れます。二 重 立 体 不 特 定 結 合 を描 画 するには、多 重 結 合 ツールバーの二 重 立 体 不 特 定 結 合 ツール
次 の操 作 を行 ってください。
を使 うか、
1. 波 線 結 合 ツールで結 合 を描 画 します。
2. 結 合 の中 央 部 をクリックして二 重 結 合 を作 成 します。
3. もう一 度 クリックして二 重 立 体 不 特 定 結 合 を作 成 します。
三重結合
三 重 結 合 は、次 の 3 通 りの方 法 で描 画 できます。
三 重 結 合 ツールで結 合 を描 画 する。
実 線 、点 線 、または太 線 結 合 ツールを使 い、既 存 の二 重 結 合 の一 方 の端 点 からもう一 方 の端 点 へド ラッグする。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
任 意 の結 合 ツールまたは選 択 ツールを使 い、既 存 の結 合 をポイント して「3」と入 力 する。
四重結合
四 重 結 合 は、次 の 3 通 りの方 法 で描 画 できます。
四 重 結 合 ツールで結 合 を描 画 する。
実 線 、点 線 、または太 線 結 合 ツールを使 い、既 存 の三 重 結 合 の一 方 の端 点 からもう一 方 の端 点 へド ラッグする。
任 意 の結 合 ツールまたは選 択 ツールを使 い、既 存 の結 合 をポイント して「4」と入 力 する。
四 重 結 合 を単 結 合 に変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 結 合 ツールを選 択 します。
2. 既 存 の四 重 結 合 の端 から端 までド ラッグします。
多 重 結 合 の描 画 は、結 合 を右 クリックしてショート カット メニューから結 合 タイプを選 択 する方 法 や、Bond Properties ダ
イアログ ボックスで結 合 タイプを変 更 する方 法 、またはホット キーを使 用 する方 法 でも実 行 できます。 207 ページの 「結
合 属 性 」 を参 照 してください。
注 : 結 合 次 数 を減 らすには、消 しゴム ツールを選 択 して結 合 をクリックします。
配位結合
配 位 結 合 は、結 合 を形 成 する 2 つの原 子 で共 有 される電 子 対 が原 子 の 1 つからのみ供 給 される、特 定 タイプの共
有 結 合 です。電 子 対 を供 給 する原 子 は "供 与 体 " と呼 ばれ、供 給 はしないが電 子 対 を共 有 する原 子 は "受 容 体 " と
呼 ばれます。
配 位 結 合 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 配 位 結 合 ツールを選 択 します。
2. 配 位 結 合 の正 端 から負 端 (矢 先 ) の方 向 にド ラッグします。
配 位 結 合 はド キュメント ウィンド ウで一 定 の方 向 に描 画 されます。配 位 結 合 の向 きを変 更 するには、次 の操 作 を行 っ
てください。
配 位 結 合 ツールを使 用 して、結 合 をクリックします。
ウェッジ結合
ウェッジ結 合 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. いずれかのウェッジ結 合 ツールをクリックします。
2. ウェッジ結 合 の幅 の狭 い端 から幅 の広 い端 の方 向 にド ラッグします。
ウェッジ結 合 はド キュメント ウィンド ウで一 定 の方 向 に描 画 されます。ウェッジ結 合 の向 きを変 更 するには、次 の操 作 を
行 ってください。
ウェッジ結 合 ツールを使 用 して、結 合 をクリックします。
注 : ChemBioDraw 13.0 のハッシュ ウェッジ結 合 は、幅 の狭 い端 が画 面 平 面 上 に位 置 し、幅 の広 い端 が表 示 平 面
の後 方 に位 置 するものとして扱 われます。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
結合の変更
結 合 は次 の操 作 により変 更 できます。
結 合 タイプの変 更
結 合 の配 置 と方 向 の変 更
原 子 の移 動
交 差 する結 合 の前 後 配 置 の変 更
結合タイプの変更
単 結 合 のタイプを別 のタイプに変 更 するには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
結 合 ツールを選 択 し、既 存 の結 合 をクリックします。
右 クリックし、コンテキスト メニューから新 しいタイプを選 びます。
ホット キーを使 用 することもできます。293 ページの 「ショート カット とホット キー」 を参 照 してください。
二重結合の変更
二 重 結 合 を別 のタイプに変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 太 線 結 合 ツール、点 線 結 合 ツール、または線 結 合 ツールを選 択 します。
2. 二 重 結 合 をクリックします。
二 重 結 合 が新 しいタイプの結 合 に変 わります。二 重 結 合 内 の結 合 の 1 つは、常 に線 または点 線 の結 合 になります。
注 : 点 線 結 合 ツールを使 用 して、互 変 異 性 結 合 (線 /点 線 ) を再 びクリックすると、芳 香 族 二 重 結 合 (点 線 /点 線 )
が作 成 されます。
二重結合の配置
二 重 結 合 の配 置 方 法 は、他 の結 合 の上 側 または下 側 に配 置 する方 法 と、他 の結 合 と中 央 揃 えして配 置 する方 法
があります。
上
下
中央揃え
1. 既 存 の二 重 結 合 の作 成 に使 用 した結 合 ツールを選 択 します。
2. 配 置 方 法 を変 更 するには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
二 重 結 合 の中 央 部 をクリックします。
結 合 を右 クリックし、コンテキスト メニューの Bond Position をポイント して、配 置 を選 択 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
原子の移動
構 造 式 内 の原 子 を移 動 するには、選 択 ツールで原 子 をクリックしてド ラッグします。構 造 式 内 の 2 個 の結 合 原 子 を移
動 するには、その間 にある結 合 をクリックしてド ラッグします。個 々 の原 子 を移 動 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 選 択 ツールをクリックします。
2. 移 動 対 象 の原 子 をポイント します。その原 子 の上 に強 調 表 示 ボックスが表 示 されます。
3. Shift キーを押 しながら原 子 をド ラッグします。
環サイズの縮小
環 の原 子 数 を減 らすことができます。たとえば、シクロヘキサンをシクロペンタンに変 換 できます。環 のサイズを縮 小 するに
は、いずれかの操 作 を行 ってください。
選 択 ツールを使 用 し、クリックしてド ラッグします。
結 合 ツールを使 い、原 子 をポイント し、Shift キーを押 しながらド ラッグします。原 子 がもう 1 つの原 子 の上 に重 なった
ら、マウス ボタンを離 します。原 子 間 の結 合 が消 えます。
注 : 選 択 ツールを使 って原 子 を移 動 することもできます。43 ページの 「オブジェクトの移 動 」 を参 照 してください。
結合交差
結 合 が別 の結 合 と交 差 するとき、どちらの結 合 を手 前 に置 くか指 示 できます。結 合 の背 後 にある結 合 は、重 なる部 分
が小 さく切 り取 られるため、どれが最 前 面 にあるかを明 確 に識 別 できます。
1. 前 面 に移 動 するオブジェクト を選 択 します。
2. Object メニューの Bring to Front をクリックします。
選 択 したオブジェクト が他 のオブジェクト の一 番 手 前 に表 示 されます。同 じようにして、Object メニューの Send to Back
をクリックすると、結 合 が他 の結 合 の背 面 に移 動 します。
注 : 原 子 の 3D 座 標 を格 納 するファイル形 式 もあれば、2D 座 標 のみを格 納 する形 式 もあります。3D 座 標 を持 つ
結 合 の場 合 、表 示 される結 合 の交 差 は、常 にそれらの座 標 によって決 まります。Bring To Front と Send To Back を
行 っても効 果 はありません。結 合 および構 造 式 を 3D ビューに変 換 する方 法 の詳 細 については、142 ページの 「3D
表 示 」 を参 照 してください。
結合長と結合角の固定
既 定 値 では、ChemBioDraw は固 定 された結 合 長 と結 合 角 で構 造 式 を描 画 します。これらの長 さおよび角 度 の値
は、特 定 タイプのド キュメント の設 定 で決 定 されます。詳 細 については、262 ページの 「ド キュメント 設 定 」 を参 照 してく
ださい。ただし、固 定 長 および固 定 角 に制 限 されないように動 作 を変 更 できます。
注 : 固 定 長 および固 定 角 の設 定 を一 時 的 に無 効 にするには、Alt キーを押 しながら結 合 をド ラッグします。
固定長結合の描画
固 定 長 に制 限 された結 合 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
1. Object メニューの Fixed Lengths をクリックして Fixed Lengths コマンド の横 にチェック マークを付 けます。
2. 任 意 の結 合 ツールを使 用 して、結 合 を描 画 します。
固定角結合の描画
一 般 に結 合 角 は、既 定 値 の連 鎖 角 度 の 120 度 に設 定 されるか、15 度 単 位 での設 定 に制 限 されています。固 定 角
結 合 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Object メニューの Fixed Angles をクリックして Fixed Angles コマンド の横 にチェック マークを付 けます。
2. 任 意 の結 合 ツールを使 用 して、結 合 を描 画 します。
新 しく描 画 した構 造 式 の結 合 は、標 準 的 な 120 度 の角 度 で表 示 されます。
固定値の変更
既 定 値 では、結 合 長 は .4167 インチ、鎖 状 構 造 における結 合 角 は 120 度 になります。
これらの値 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Document Settings をクリックし、Drawing カテゴリをクリックします。
2. Fixed Length テキスト ボックスに値 を入 力 します。値 は、in、cm、pt、または picas のいずれかの単 位 で指 定 できま
す。
3. Chain Angle テキスト ボックスに値 を入 力 します。
4. OK をクリックします。
描 画 設 定 の詳 細 については、247 ページの 「描 画 設 定 」 を参 照 してください。
原子
既 定 値 では、さまざまな結 合 、環 、鎖 のツールを使 用 して構 造 式 を描 画 すると、単 純 な炭 化 水 素 が作 成 されます。テ
キスト ツールを使 用 して、原 子 に原 子 ラベルを追 加 することができます。また、テキスト ツールを使 用 してド キュメント にテ
キスト のタイト ルを追 加 することもできます。たとえば、原 子 ラベル「OH」をト ルエンの描 画 に追 加 してフェノールを作 成 す
るには、次 の操 作 を行 います。
1. ト ルエンの構 造 式 を描 画 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
2. テキスト ツールでメチル炭 素 をクリックします。テキスト ボックスが表 示 されます。
3. テキスト ボックスに「OH」と入 力 します。
4. テキスト ボックスの外 側 をクリックします。
原 子 ラベルを編 集 するには、テキスト ツールでテキスト ボックス内 をクリックしてから文 字 を入 力 します。
テキスト ボックスに原 子 ラベルを入 力 するか、原 子 の上 にカーソルを移 動 してホット キーを押 すことができます。ホット キー
の詳 細 については、21 ページの 「ホット キー」 および 293 ページの 「ショート カット とホット キー」 を参 照 してください。
周期表
周 期 表 を使 用 して原 子 を構 造 式 に挿 入 します。View メニューの Show Periodic Table Window をクリックします。
記 号 をクリックして原 子 をハイライト し、テキスト ツールをアクティブにします。表 の上 にカーソルを移 動 すると、各 原 子 が
強 調 表 示 されます。
原 子 の追 加 。 周 期 表 で目 的 の元 素 を選 択 し、ド キュメント 内 の空 白 部 分 をクリックします。追 加 された原 子 は、化 学
的 に中 性 の形 態 で表 示 されます。たとえば、炭 素 は CH と表 示 され、水 素 は H と表 示 されます。
4
2
原 子 ラベルの追 加 。 ラベルの付 いていない既 存 の原 子 をクリックします。
酸 化 状 態 の変 更 。 原 子 を表 す記 号 を使 用 して、ド キュメント ウィンド ウ内 で原 子 をクリックします。
別 の原 子 への変 更 。 周 期 表 で別 の原 子 を選 択 し、描 画 内 で変 更 する原 子 をクリックします。
ラベルの編 集 。 テキスト ツールを使 用 して原 子 ラベルを編 集 するには、テキスト を強 調 表 示 して周 期 表 内 の記 号 をク
リックします。強 調 表 示 したテキスト が置 換 されます。
原子ラベル追加の繰り返し
テキスト ツール、結 合 ツール、または環 ツールを使 用 して、同 じ原 子 ラベルを繰 り返 し追 加 することができます。
1. テキスト ツールをクリックします。
2. 1 つの原 子 にラベルを付 けます。
3. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
テキスト ツールで別 の原 子 をダブルクリックする。
結 合 ツール、環 ツール、または非 環 式 鎖 ツールで別 の原 子 をト リプルクリックする。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
ラベルの削除
原 子 ラベルを削 除 するには、次 のいずれかの操 作 を行 います。
消 しゴム ツールを使 用 して原 子 ラベルをクリックします。
選 択 ツール、結 合 ツール、または環 ツールを選 択 した状 態 で、原 子 ラベルをポイント し、スペースバー、Backspace
キー、または Delete キーを押 します。原 子 にラベルが付 けられているときに、スペースバー、Backspace キー、または
Delete キーを押 すとラベルが削 除 されますが、原 子 は削 除 されないことに注 意 してください。原 子 も削 除 する場 合
は、ラベルの付 いていない原 子 でもう一 度 Delete キーを押 します。
タイト ル
テキスト ツールを使 用 して、構 造 式 にタイト ルを追 加 することができます。たとえば、フェノールの構 造 式 に "Phenol" とい
うタイト ルを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フェノールの構 造 式 を描 画 します。
2. テキスト ツールを使 い、図 の下 の方 をクリックして、テキスト ボックスに「Phenol」と入 力 します。
3. テキスト ボックスの外 側 をクリックします。
タイト ルを編 集 するには、テキスト ツールでテキスト ボックス内 をクリックしてから文 字 を入 力 します。詳 細 については、244
ページの 「改 行 およびテキスト ボックスの閉 じ方 」 を参 照 してください。
書式設定
新 規 のタイト ルまたは原 子 ラベルではすべて、フォント 、サイズ、およびスタイルについてタイト ルと原 子 ラベルの既 定 値 の
ド キュメント 設 定 が使 用 されています。この書 式 は以 下 の操 作 により変 更 できます。
現 在 作 成 中 のド キュメント で、以 降 の描 画 に対 するド キュメント 設 定 を変 更 します。
入 力 する前 に Text メニューまたはツールバーから個 々 のタイト ルやラベルに対 して新 たな書 式 を選 択 します。
入 力 した後 、テキスト 選 択 し個 別 のラベルに対 して新 規 の書 式 を適 用 します。
現 在 作 成 中 のド キュメント の新 規 タイト ルおよび原 子 ラベルに対 してテキスト 設 定 をするには、次 の操 作 を行 ってくださ
い。
1. File、Document Settings をクリックします。Document Settings ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Text Captions カテゴリまたは Atom Labels カテゴリを選 択 します。
3. 適 切 なオプションを選 択 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
4. OK をクリックします。これらの設 定 は、現 在 作 業 中 のド キュメント で新 たに作 成 するタイト ルまたは原 子 ラベルのすべ
てに影 響 します。
個 々 のタイト ルや原 子 ラベルに対 して、入 力 する前 にテキスト 書 式 を設 定 することができます。入 力 前 にテキスト 書 式 を
設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テキスト ツールをクリックして、次 にド キュメント ウィンド ウ内 をクリックします。テキスト ボックスが表 示 されます。
2. 以 下 のいずれかの方 法 でテキスト 書 式 を設 定 します。
Text メニューの書 式 オプションをクリックします。
Style ツールバーの Format Options をクリックします。
3. テキスト ボックス内 に、テキスト を入 力 します。
注 : 書 式 の変 更 は現 在 作 成 中 のテキストにのみ適 用 されます。引 き続 いて入 力 するテキストはいずれも、現 在 作
成 中 のド キュメントの既 定 値 のド キュメント設 定 に従 った書 式 設 定 がなされます。
選 択 したテキスト のフォント 、スタイル、およびサイズを指 定 するには、次 のいずれかの操 作 を行 います。
Text メニューからフォント およびサイズを選 択 します。
右 クリックし、コンテキスト メニューからフォント およびサイズを選 びます。
Style ツールバーのド ロップダウン メニューから、フォント およびサイズを選 びます。
テキスト の色付け
タイト ルや原 子 ラベルは、そのテキスト の入 力 前 または入 力 後 に色 を付 けることができます。色 は全 体 に対 しても、ある
いは一 部 に対 しても付 けられます。
タイト ルや原 子 ラベルに色 を付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テキスト ツールを選 択 します。
2. テキスト を配 置 したいド キュメント 内 をクリックします。
3. Color メニューから色 を選 択 します。
4. タイト ルまたは原 子 ラベルを入 力 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
個 々 の文 字 に色 を付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テキスト ツールを用 いて、既 存 のタイト ルまたは原 子 ラベルの一 部 を選 択 します。
2. Color メニューから色 を選 択 します。
複 数 のタイト ルまたは原 子 ラベルに一 度 に色 を付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 選 択 ツールを用 いて、タイト ルまたはラベルを選 択 します。
2. Color メニューから色 を選 択 します。
タイト ルの幅
タイト ルの幅 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テキスト ツールを使 用 してタイト ルをクリックします。タイト ルの右 側 にサイズ変 更 ハンド ルが表 示 されます。
2. サイズ変 更 ハンド ルをド ラッグして、タイト ルの幅 を変 更 します。
フォント について
ChemBioDraw 13.0 では、コンピュータにインスト ールされているフォント が使 用 されます。ChemBioDraw のド キュメント に
特 定 のコンピュータで使 用 できないフォント が含 まれている場 合 は、使 用 できるフォント に置 き換 えられます。
Character Map
浮 動 表 示 される Character Map ウィンド ウは、あらゆるフォント で 256 文 字 の ASCII 文 字 を表 示 します。既 定 値 のフォ
ント は Symbol です。
Character Map を使 用 して、各 種 のフォント スタイルで記 号 をド キュメント に追 加 できます。この表 の表 示 /非 表 示 を切
り替 えるには、View メニューの Show Character Map Window をクリックします。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
Character Map は、テキスト ボックスが編 集 のため開 かれている場 合 にのみアクティブです。テキスト ボックスを開 いた状
態 で Character Map ウィンド ウ上 にマウスを置 き、ウィンド ウ右 上 コーナーの文 字 を拡 大 バージョンで表 示 します。表 で
文 字 をクリックすると、その文 字 がテキスト ボックスに入 力 されます。選 択 したフォント (Character Map ウィンド ウに表 示 さ
れているフォント ) はその文 字 にのみ適 用 されます。テキスト ボックス内 のアクティブなフォント は変 更 されません。
ウィンド ウの上 端 には、最 近 使 用 した 8 文 字 が表 示 されます。1 つの文 字 を複 数 の異 なるフォント で使 用 した場 合 は、
その同 じ文 字 がこのセクションに複 数 回 表 示 されることがあります。戻 るボタンをクリックすると、表 示 されている文 字 を順
番 に選 択 することができます。
ホット キー
ホット キーとは、キーボード 上 のキーの中 で、特 定 の原 子 ラベルにリンクされているキーのことです。ChemBioDraw のホッ
ト キーを使 用 して、原 子 のラベル付 けや原 子 属 性 の適 用 が迅 速 にできます。ChemBioDraw で使 用 されるホット キー
は、ChemDraw Items フォルダの Hotkeys.xml ファイルに含 まれています。ホット キーを追 加 、または変 更 するには、テキ
スト エディタでこのファイルを編 集 します。
ホット キーの使用
ホット キーを使 うと、官 能 基 を化 学 構 造 にワン スト ロークで追 加 できます。たとえば、炭 化 水 素 鎖 の末 端 に tert-ブチル
基 を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 炭 化 水 素 鎖 を描 画 します。
2. 官 能 基 を追 加 する場 所 をポイント します。
3. キーボード の 3 キー (tert-ブチル基 のホット キー) を押 します。構 造 式 に "t-Bu" が追 加 されます。
4. 構 造 式 の "t-Bu" を選 択 し、Structure メニューの Expand Label をクリックします。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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n (窒 素 )、O (酸 素 )、I (ヨウ素 ) の各 ホット キーを使 用 すると、エチルベンゼンをピリジン-2-イル次 亜 ヨウ素 酸 塩 に変 換 でき
ます。
一 度 に複 数 の原 子 にラベルを付 けることもできます。たとえば、ネオペンタン (図 A) をメタンテト ラアミン (図 B) に変 更 でき
ます。
1. ネオペンタンの化 学 構 造 を作 成 します。
2. Shift キーを押 しながらクリックして、すべての末 端 炭 素 を選 択 し、キーボード の n キーを押 します。
注 : ホットキーの一 覧 については、293 ページの 「ショートカットとホットキー」 を参 照 してください。
ニックネーム
構 造 式 に原 子 記 号 を追 加 する最 も簡 単 な方 法 は、テキスト ボックスに記 号 を入 力 することです。しかし、一 度 に 1 つ
ずつ原 子 を入 力 するとは限 りません。ニックネームを使 用 すると、各 原 子 を描 画 しなくても官 能 基 、鎖 などの構 造 的 特
徴 を追 加 できます。
ニックネームとは、部 分 構 造 式 を表 す英 数 字 の略 称 です。ニックネームは、大 きな構 造 式 や、同 じ機 能 を繰 り返 し使
用 する構 造 式 を描 画 する場 合 に便 利 です。
構 造 的 特 徴 にニックネームを割 り当 てることができます。後 で描 画 にニックネームを簡 単 に追 加 できるように、ニックネー
ムにホット キーを割 り当 てることもできます。ニックネームの定 義 の詳 細 については、116 ページの 「ニックネームの定 義 」 を
参 照 してください。
ニックネームの使用
ニックネームを利 用 すると、官 能 基 に省 略 名 を付 け、それを原 子 ラベルやラベルの一 部 として使 うことができます。原 子
にニックネームのラベルを付 けても、展 開 された構 造 式 の化 学 的 意 味 は変 わりません。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
よく使 われる Me、Et、Ph などのニックネームは、ChemDraw Items フォルダに格 納 されています。このリスト にあるニック
ネームの編 集 や削 除 ができます。
ニックネームにはホット キーを割 り当 てることができます。たとえば、ホット キー "4" を押 すと、フェニル基 を示 す "Ph" のラベル
が原 子 に付 けられます。
ニックネームの適用
ニックネームは、入 力 するか、ニックネーム リスト から選 択 します。ニックネームの定 義 の詳 細 については、116 ページの
「ニックネームの定 義 」 を参 照 してください。
ニックネームを利 用 して原 子 にラベルを付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 で、原 子 を結 合 ツールでダブルクリックするか、テキスト ツールでクリックします。原 子 ラベル テキスト ボックスが
表 示 されます。次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
「Et」などのニックネーム ラベルを入 力 します。
File、List nicknames の順 に選 択 します。List Nicknames ダイアログ ボックスが表 示 されます。
必 要 なニックネームを選 択 し、Paste をクリックします。
Done をクリックします。
次 に例 を示 します。
ホット キーを使 用 して原 子 に適 用 するニックネームを選 択 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 原 子 をポイント します。
2. ホット キー "=" (等 号 ) を押 します。ニックネーム リスト が表 示 されます。
3. リスト からニックネームを選 択 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ヒント: ニックネームの先 頭 の文 字 のキーを押 すことによって、リスト内 の目 的 のニックネームに近 い位 置 にすばやく移
動 できます。
4. OK をクリックします。
注 : ニックネームの文 字 列 自 体 には化 学 的 意 味 がないため、自 動 文 字 配 置 の使 用 時 にニックネームを構 造 式 の
左 側 に配 置 しても、向 きが反 転 することはありません。たとえば、ニックネームが定 義 されていなければ、ラベル
"OTHP" は "PHTO" と表 示 されます。一 方 、ニックネーム "THP" は定 義 されているので、ラベルは "THPO" と表 示 さ
れます252 ページの 「テキストの配 置 」 を参 照 してください。
ニックネームの展開
構 造 式 に定 義 済 みのニックネーム、長 い原 子 ラベル、簡 略 化 したラベルがあれば、ChemBioDraw は構 造 式 を元 の展
開 形 式 に戻 すことができます。定 義 済 みのニックネームを含 む構 造 式 を展 開 している間 、ニックネームは展 開 された構
造 式 によって以 下 のように置 き換 えられます。
生 体 高 分 子 の場 合 、ニックネームを展 開 すると、残 基 ラベルが展 開 されたアミノ酸 の下 側 に表 示 されます。例 として、グ
リシン、イソロイシン、ロイシンの 3 つのアミノ酸 の鎖 を操 作 する場 合 を示 します。
アミノ酸 を選 択 するには、以 下 のようにニックネームをダブルクリックします。
原 子 のニックネームを展 開 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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1. 選 択 ツールを選 択 します。
2. 展 開 するラベルを選 択 するか、構 造 式 をダブルクリックします。構 造 式 をダブルクリックすると、構 造 式 内 のラベルがす
べて選 択 されます。
3. Structure、Expand Label の順 に選 択 します。構 造 式 が展 開 された形 式 で再 描 画 されます。
展 開 されたニックネームを簡 略 化 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 生 体 高 分 子 構 造 式 で、展 開 した部 分 を選 択 します。
2. Structure、Contract Label の順 に選 択 します。構 造 式 が簡 略 化 された形 式 で再 描 画 されます。
注: この操作は、生体高分子にのみ適用できます。
注釈
注 釈 は、オブジェクト に関 する簡 単 な説 明 、またはオブジェクト の属 性 に関 するコメント です。注 釈 は、検 索 および閲 覧
時 に、オブジェクト の機 能 やカテゴリを識 別 するのに便 利 です。注 釈 はキーワード で分 類 されます。数 種 類 の既 定 値 の
キーワード (Name、Description、GUID (Globally Unique Identifier) Type、Other Info) が設 定 されています。ユーザーが
独 自 のキーワード を追 加 することもできます。テンプレート ファイル内 の多 くのオブジェクト には、注 釈 が関 連 付 けられてい
て、ファイル内 でオブジェクト を識 別 するのに役 立 ちます。
オブジェクト に注 釈 を付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. オブジェクト を選 択 します。
2. Object メニューの Annotate をクリックします。Annotate ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Keyword リスト で、次 のいずれかの操 作 を行 います。
キーワード を選 択 する。
Add New Keyword を選 択 する。
4. オブジェクト または描 画 に付 記 する注 釈 の内 容 を Content テキスト ボックスに入 力 します。
5. OK をクリックします。
キーワード の削除
キーワード を削 除 すると、そのキーワード に対 応 する注 釈 もすべて削 除 されます。
1. Annotate ダイアログ ボックスで、キーワード リスト からキーワード を選 択 します。
2. Delete Keyword をクリックします。
3. OK をクリックします。
プリファレンスの設定
ChemBioDraw 13.0 を使 用 する際 に、タイト ルやラベルの体 裁 を毎 回 指 定 できます。指 定 した変 更 は、アプリケーション
全 体 で使 用 できます。File メニューの Preferences をクリックし、Building/Display タブをクリックします。そこで、次 のいず
れかのオプションを選 択 します。
Automatic Atom Label Alignment (原 子 ラベルの自 動 配 置 )。 このオプションがオンの場 合 、原 子 ラベルの配 置 は、そ
の原 子 ラベルが付 けられている結 合 の位 置 に従 って調 整 されます。たとえば、水 平 方 向 の結 合 の左 端 に入 力 した
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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"CH " は "H C" に変 更 されます。
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Automatically Rectify Hydrogens in Atom Labels (原 子 ラベルの水 素 の自 動 修 正 )。 この機 能 では、描 画 内 容 を
変 更 するたびに必 要 に応 じて原 子 ラベルの水 素 が自 動 的 に追 加 または削 除 され、標 準 的 な原 子 価 が常 に保 持 され
ます。たとえば、エチレンを作 成 するためにエタンの結 合 次 数 を増 やすと、"CH " が "CH " に変 更 されます。
3
2
既定値の原子ラベル スタイルの設定
原 子 ラベルの既 定 値 の文 字 スタイルを設 定 するには、File メニューの Document Settings をクリックし、Atom Labels
をクリックします。このタブでは、フォント のスタイルやベースラインのスタイルを変 更 したり、末 端 炭 素 や暗 黙 的 な水 素 の
表 示 /非 表 示 を切 り替 えたりすることができます。
ド キュメント の既 定 値 の原 子 ラベル スタイルを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Documents and Settings をクリックします。
2. Atoms Labels タブの Show Labels on Terminal Carbons チェックボックスをオンにします。
3. OK をクリックします。
1 つ以 上 の構 造 式 の既 定 値 の原 子 ラベル スタイルを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. (1 つまたは複 数 の) 構 造 式 を選 択 し、選 択 した構 造 式 を右 クリックします。
2. コンテキスト メニューの Object Settings をクリックします。Object Settings ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Atom Labels タブの Show Labels on Terminal Carbons の横 にあるチェック ボックスをオンにします。
末 端 炭 素 のラベルを追 加 または削 除 するには、その原 子 を右 クリックし、Show Terminal Carbon Labels をオン/オフし
ます。
化学的意味
既 定 値 では、可 能 な限 りタイト ルを化 学 的 意 味 があるものと見 なします。たとえば、分 子 ではなくラベルとして
"CH3OH" などのラベルを作 成 した場 合 でも、それに結 合 を付 加 することができます (適 切 に修 正 されます)。さらに、その
値 は Analysis ウィンド ウに含 められます。誤 った原 子 価 が含 まれるラベルは、赤 いボックスでマークされます。赤 いボックス
を削 除 するには、次 の操 作 のいずれかを実 行 します。
1.選 択 ツールで該 当 するラベルを選 択 します。
2.右 クリックし、コンテキスト メニューの Interpret Chemically オプションをオフにします。
化 学 的 意 味 を有 効 にするには、ラベルを右 クリックし、Interpret Chemically をクリックします。
解析データ
タイト ルには、Analysis ウィンド ウに表 示 される属 性 データを追 加 できます。自 動 更 新 がオンになっている場 合 は、構 造
式 の変 更 時 に値 が更 新 されます。自 動 更 新 の詳 細 については、123 ページの 「自 動 更 新 」 を参 照 してください。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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タイト ルに解 析 データを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を右 クリックし、コンテキスト メニューの Analysis をクリックします。
2. 追 加 する属 性 を選 択 します。
環 の描 画
メイン ツール パレット には、さまざまなサイズとタイプの環 を描 画 できる以 下 のツールが含 まれています。
図 3.1: a) シクロプロパン、b) シクロペンタン、c) シクロヘプタン、d) いす形 シクロヘキサン (1)、e) シクロペンタジエン、f) シク
ロブタン、g) シクロヘキサン、h) シクロオクタン、i) いす形 シクロヘキサン (2)、j) ベンゼン
環 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. メイン ツールバーの環 ツールを選 択 します。
2. ド キュメント 内 をクリックし、カーソルをド ラッグして環 の向 きを決 めます。
既 存 の構 造 式 内 の原 子 または結 合 を環 ツールでクリックすると、環 がその原 子 または結 合 に縮 合 されます。また、ホッ
ト キーを使 用 して環 を縮 合 させることもできます。詳 細 については、294 ページの 「結 合 ホット キー」 を参 照 してください。
環 のサイズを縮 小 することもできます。詳 細 については、15 ページの 「環 サイズの縮 小 」 を参 照 してください。
スピロ結合および結合を挟んだ環の追加
既 定 値 では、環 ツールで環 内 の原 子 をクリックすると、スピロ結 合 が形 成 されます。ただし、Alt キーを押 しながら原 子
をクリックすると、環 が追 加 されます。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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この既 定 の動 作 を変 更 して、スピロ環 ではなく結 合 を挟 んで環 を追 加 するように設 定 することもできます。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. Building/Display タブで、Sprout Rings Instead of Spiro When Clicking チェック ボックスをオンにします。
いす形シクロヘキサン環
いす形 シクロヘキサン環 ツールは、縦 と横 の 2 つの方 向 に描 画 できます。単 にクリックすることによって、いす形 シクロヘキ
サン環 を描 画 すると、いす形 の環 が水 平 方 向 に描 画 されます。
いす形 シクロヘキサン環 の向 きを縦 に変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. いす形 シクロヘキサン環 ツールの 1 つを選 択 します。
2. 構 造 式 をクリックして描 画 する方 向 にド ラッグします。
図 3.2: a) 水 平 方 向 、b) 垂 直 方 向
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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芳香族構造式
非局在化環
いす形 シクロヘキサン環 以 外 の任 意 の環 ツールを使 って、共 鳴 非 局 在 化 環 を描 画 できます。
1. 環 ツールを選 択 します。
2. Ctrl キーを押 しながら、ド キュメント ウィンド ウ内 をド ラッグまたはクリックして環 を描 画 します。
共鳴構造
シクロペンタジエンまたはベンゼンは、複 数 のバージョンで描 画 できます。
シクロペンタジエン環 ツールまたはベンゼン環 ツールの二 重 結 合 は、2 つの形 式 のいずれかで描 画 できます。通 常 、最
初 に描 画 される結 合 は二 重 結 合 です。これが、シクロペンタジエン環 とベンゼン環 ツールのポインタ上 に示 される向 きと
なります。
描 画 するには、シクロペンタジエンまたはベンゼン描 画 ツールでド キュメント ウィンド ウ内 をクリックします。
環 の方 向 を変 更 し、最 初 に描 画 される結 合 を単 結 合 にするには、次 のいずれかの操 作 を実 行 します。
最 初 の単 結 合 の始 点 から終 点 まで Shift キーを押 しながらド ラッグします。
または、ド キュメント ウィンド ウ内 で Shift キーを押 しながらクリックして、固 定 長 の結 合 を描 画 します。
鎖
非 環 式 鎖 ツールまたは鎖 式 ツールのいずれかを使 用 すると、炭 化 水 素 鎖 状 化 合 物 を描 画 できます。非 環 式 鎖 ツール
を使 用 すると、直 線 状 の炭 化 水 素 鎖 状 化 合 物 を描 画 できます。
1. 非 環 式 鎖 ツールを選 択 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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2. ド キュメント ウィンド ウ内 をクリックし、鎖 を描 画 する方 向 にド ラッグします。鎖 の終 端 に表 示 される数 字 は、描 画 した
原 子 の数 を示 します。
連鎖方向の変更
描 画 中 に向 きを変 更 するには、鎖 式 ツールを使 用 するか、選 択 した非 環 式 ツールで Ctrl キーを押 しながら 目 的 の方
向 に鎖 を描 画 します。
注 : 描 画 を終 了 するときは、先 にマウス ボタンを離 してから、Ctrl キーを離 してください。
固定長
固 定 長 と固 定 角 を適 用 すると、一 定 の結 合 長 と結 合 角 で構 造 式 が作 成 できます。固 定 長 は Drawing Settings ダイ
アログ ボックスで設 定 します。固 定 角 は常 に 15 度 の倍 数 になります。
固 定 長 は、Object メニューで Fixed Length コマンド を選 択 すると (チェックボックスがオンになっています)、描 画 する結 合
の長 さを指 定 した長 さに固 定 するのに使 用 します。Clean Up Structure コマンド で修 正 された構 造 式 の望 ましい結 合
長 も調 整 されます。
固 定 長 がオンになっている場 合 は、非 環 式 鎖 状 化 合 物 上 のポインタをド ラッグすると、X 軸 に対 して任 意 の角 度 で描
画 できます。鎖 状 化 合 物 の鎖 の長 さが一 定 であれば、最 初 の結 合 とそれに続 くすべての奇 数 番 号 の原 子 の位 置 は、
ド ラッグする方 向 によって定 まります。マウス ボタンを離 す前 に反 対 方 向 にド ラッグすれば、この位 置 を変 更 できます。
固 定 長 をオフにしている場 合 は、Ctrl + Alt キーを押 しながら連 鎖 の方 向 を反 転 します。向 きを反 転 するには、固 定 角
をオンにする必 要 があります。
固定角
固 定 角 がオンになっている場 合 、非 環 式 鎖 の X 軸 に対 する角 度 は 15 度 の倍 数 に制 限 されます。
構造式への非環式鎖の追加
非 環 式 鎖 を既 存 の構 造 式 に追 加 するには、その構 造 式 の原 子 をクリックします。クリックし、鎖 状 化 合 物 を描 画 する
方 向 にド ラッグします。
鎖の長さの指定
描 画 する前 に鎖 の長 さを正 確 に指 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 非 環 式 鎖 ツールを選 択 します。
2. ド キュメント ウィンド ウ内 の描 画 した原 子 または空 白 部 分 をクリックします。Add Chain ダイアログ ボックスが表 示 され
ます。
3. 鎖 内 の炭 素 原 子 の個 数 を入 力 します。
4. Add をクリックします。
ド キュメント ウィンド ウの任 意 の位 置 に同 じ長 さの鎖 を追 加 するには、Alt キー を押 しながら鎖 の開 始 位 置 をクリックしま
す。
オブジェクト
メイン ツールバーのツールを使 用 して、図 形 をド キュメント に追 加 することができます。パレット は、切 り離 して好 きな場 所
に置 くことができます。回 転 ハンド ルを使 用 してオブジェクト を回 転 させたり、サイズ変 更 ハンド ルまたは変 形 ハンド ルを使
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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用 してオブジェクト のサイズを変 更 したり、変 形 させたりできます。
矢印
矢 印 は、反 応 物 から生 成 物 への変 換 を表 したり、電 子 の流 れを示 したりするのに使 用 できます。矢 印 は、長 さと角 度
のほか、矢 先 の幅 と形 状 をカスタマイズできます。また、矢 印 を中 央 部 からド ラッグして、任 意 の長 さの円 弧 を作 成 する
こともできます。円 弧 を作 成 すると、矢 印 の角 度 が変 更 されます。
なげなわ選 択 ツール、矩 形 選 択 ツール、または矢 印 ツールを選 択 した状 態 で、矢 印 の上 にマウスを移 動 すると、調 整
ハンド ルが表 示 されます。
調 整 ハンド ルをド ラッグすると、矢 印 の長 さ、角 度 、形 状 を変 更 できます。Fixed Angles が選 択 されている場 合 、矢 印
の角 度 の変 更 は、15° の倍 数 の角 度 に制 限 されます。Alt キーを押 しながら、 任 意 の角 度 にド ラッグします。ペン ツール
を使 用 して任 意 のスプラインを描 画 することにより、矢 印 を作 成 し、矢 先 を追 加 することもできます。
矢先
矢 印 の先 端 (矢 先 ) の形 状 は、塗 りつぶし、中 抜 き、線 引 きの 3 種 類 です。形 状 を変 更 にするには、矢 印 を右 クリック
し、コンテキスト メニューから形 状 を選 択 します。
矢 印 A) 塗 りつぶし、B) 中 抜 き、C) 線 引 き
矢印の種類
ChemBioDraw 13.0 には、×印 付 きの矢 印 、長 さの異 なる平 衡 矢 印 、楕 円 弧 など、さまざまな円 弧 や矢 印 が用 意 さ
れています。
円弧矢印
次 の 2 通 りの方 法 で円 弧 矢 印 を作 成 できます。
直 線 矢 印 の円 弧 調 整 ハンド ルをクリックしてド ラッグする。
図 3.3: A) 矢 印 の調 整 ハンド ル
矢 印 パレット から円 弧 矢 印 を選 択 する。
円 弧 矢 印 は、直 線 矢 印 と同 じように簡 単 にカスタマイズできます。使 用 例 を以 下 に示 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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長 さの変 更 を除 き、矢 印 に加 えた変 更 をすべて取 り消 す場 合 は、同 じ矢 印 ツールで矢 印 をクリックします。
変 更 を加 えていない矢 印 や、長 さのみを変 更 した矢 印 をクリックすると、向 きを反 転 することができます。
中抜き矢印
中 抜 き矢 印 は、回 転 させることや、長 さと幅 を変 更 することができます。通 常 の矢 印 と同 様 に、角 度 を変 更 したり、円
弧 矢 印 を作 成 したりすることができます。
矢 印 はコンテキスト メニューで変 更 できます。これらのコンテキスト メニューのコマンド の一 部 は、Curves メニューにもあり
ます。ツールにない矢 印 (太 い点 線 や双 極 子 など) を作 成 するには、コンテキスト メニューを使 用 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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矢印の連結
既 存 の矢 印 のいずれかの端 または中 間 点 に対 し、新 しい矢 印 を連 結 できます。
注 : コンテキスト メニューの "left" (左 ) および "right" (右 ) は、矢 印 の先 端 の向 きに対 する相 対 的 な方 向 を表 します。
たとえば、既 存 の矢 印 の中 間 点 から伸 びる新 しい矢 印 を描 画 するには、次 の操 作 を行 います。
1. 矢 印 パレット で、新 しい矢 印 の種 類 を選 択 します。
2. 既 存 の矢 印 の中 間 点 にカーソルを合 わせ、Shift キーを押 します。調 整 ハンド ルは強 調 表 示 された小 さな四 角 形 に
変 わり、カーソルは "+" 記 号 に変 わります。
3. Shift キーを押 したままド ラッグして、既 存 の矢 印 の中 間 点 から新 しい矢 印 を描 画 します。
また、既 存 の矢 印 同 士 をド ラッグして連 結 することもできます。 以 下 に例 を示 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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また、矢 印 は、なげなわ選 択 ツールや矩 形 選 択 ツールのほか、構 造 式 の 3 次 元 表 示 ツールでも回 転 できます。構 造
式 の 3 次 元 表 示 ツールの詳 細 については、103 ページの 「構 造 式 の 3 次 元 表 示 」 を参 照 してください。これらの方 法
を組 み合 わせると、多 種 多 様 な矢 印 を描 画 できます。
平衡矢印
平 衡 矢 印 の場 合 は、長 さを変 更 すると、両 方 の矢 印 が同 じ比 率 で変 更 され、矢 先 の形 状 を変 更 すると、両 方 の矢
先 が同 じように変 更 されます。
いずれか一 方 の矢 印 の長 さを変 更 するには、Alt キーを押 したままで操 作 します。新 しい調 整 ハンド ルが 2 つ表 示 され
ます。いずれか一 方 の平 衡 矢 印 を調 整 する場 合 、その矢 印 を元 の長 さ以 上 の長 さにすることはできません。
曲線矢印
矢 印 ツールバーに含 まれている矢 印 の多 くは曲 線 状 にすることができます。矢 印 を描 画 に貼 り付 けてから、矢 印 の中 央
にある選 択 点 をクリックしてド ラッグします。
選 択 点 をド ラッグしていくと、円 弧 の角 度 が度 数 で示 されます。
色付き矢印
矢 印 に色 を付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 描 画 ウィンド ウで、色 を付 ける矢 印 を選 択 します。
2. Color メニューから色 を選 択 します。
ブロック矢印の色付け
ブロック矢 印 (単 純 な線 だけで構 成 される矢 印 ではない) の場 合 、Filled、Faded、Shaded といったオプションを使 って、さ
まざまな色 効 果 を適 用 することができます。これらの効 果 を使 用 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 矢 印 パレット からブロック矢 印 を選 択 し、ブロック矢 印 を右 クリックします。
2. Color メニューから色 を選 択 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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3. コンテキスト メニューの Filled、Faded、または Shaded を選 択 します。
描画要素
描 画 要 素 とは、円 や四 角 形 などの図 形 のことです。
描 画 要 素 を構 造 式 とグループ化 するには、Object メニューの Group をクリックします。45 ページの 「オブジェクト のグルー
プ化 」 を参 照 してください。
オブジェクト を移 動 するには、選 択 ツールでオブジェクト を選 択 し、クリックしてド ラッグします。43 ページの 「オブジェクト の
移 動 」 を参 照 してください。
円と楕円
円 または楕 円 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. いずれかの円 ツールまたは楕 円 ツールをクリックします。
2. 円 または楕 円 の中 心 となる位 置 をポイント します。
3. 円 の中 心 から外 側 に向 かってド ラッグします。
サイズ変更と回転
楕 円 や四 角 形 については、長 さと幅 の両 方 を調 整 してサイズと形 状 を変 更 できます。円 について調 整 できるのは半 径
のみです。また、四 角 形 は、隅 にもハンド ルがあり、長 さと幅 を同 じ比 率 で調 整 できます。
図 3.4: A) 四 角 形 の隅 にあるハンド ル
1. 図 形 を対 応 する描 画 ツールまたは選 択 ツールでポイント して調 整 ハンド ルを表 示 します。
2. クリックし、ド ラッグして形 状 を変 更 します。
線
線 は結 合 線 に似 ていますが、扱 いが異 なります。
線 は化 学 的 解 釈 の対 象 になりません。
複 数 の線 が交 差 する場 合 にも実 線 として表 示 されます。結 合 線 の場 合 はそうではありません。
線 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
1. 描 画 要 素 ツールバーで、線 ツールを選 択 します。
2. 描 画 ウィンド ウ内 で、線 を開 始 する位 置 をクリックします。
円弧
実 線 または点 線 の円 弧 を描 画 できます。描 画 できる円 弧 の中 心 角 は 90°、120°、180°、270° です。
円 弧 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
ChemDraw Standard では、円 弧 ツールをポイント してド ラッグし、パレット から角 度 を選 択 します。
その他 の ChemBioDraw 13.0 アプリケーションでは、描 画 要 素 ツールをポイント してド ラッグし、ツール パレット から角
度 を選 択 します。
2. 左 から右 にド ラッグすると凸 型 円 弧 が作 成 され、右 から左 にド ラッグすると凹 型 円 弧 が作 成 されます。
円弧の編集
円 弧 のサイズ変 更 または回 転 を行 うには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 円 弧 ツールで円 弧 をポイント します。両 端 と中 間 点 にド ラッグ ポイント が表 示 されます。
2. 円 弧 のいずれかの端 をド ラッグして長 さを変 更 します。
3. 中 央 点 をド ラッグして曲 がり方 を変 更 します。
4. 選 択 ツールを使 用 して、サイズを変 更 するか、回 転 させます。
Info ウィンド ウを表 示 するには、View メニューの Show Info Window をクリックします。円 弧 の両 端 間 の距 離 および右
回 りの終 端 の X 軸 に対 する角 度 が Info ウィンド ウに表 示 されます。
サイズ変 更 ハンド ルをド ラッグすると、拡 大 率 または縮 小 率 が Info ウィンド ウに表 示 されます。回 転 ハンド ルをド ラッグす
ると、回 転 角 度 が Info ウィンド ウに表 示 されます。Info ウィンド ウの詳 細 については、44 ページの 「Info ウィンド ウ」 を参
照 してください。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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括弧
括 弧 には中 括 弧 { }、大 括 弧 [ ]、および丸 括 弧 ( ) があります。一 般 に、大 括 弧 はポリマーを示 すときに使 用 します。ポ
リマーの詳 細 については、211 ページの 「ポリマー」 を参 照 してください。
単括弧
単 括 弧 は、任 意 の向 きに描 画 できます。括 弧 ツール パレット から単 括 弧 ツールを選 択 します。
1. 括 弧 を開 始 する位 置 をポイント します。
2. 括 弧 の一 方 の端 から他 方 の端 までド ラッグします。
対括弧
対 括 弧 は縦 方 向 のみに配 置 できます。枠 またはボックスで位 置 を定 義 します。
対 括 弧 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 括 弧 ツール パレット から対 括 弧 ツールを選 択 します。
2. 括 弧 の角 となる位 置 をポイント します。
3. ボックスの一 方 の角 から対 角 に、斜 めにド ラッグします。
ダガー
ダガーを描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 括 弧 ツール パレット からダガー ツールを選 択 します。
2. 描 画 ウィンド ウ内 をクリックします。
注 : ダガーのサイズを変 更 するには、ダガーを選 択 して、いずれかのサイズ変 更 ハンド ルをクリックしてド ラッグします。
オブジェクト を囲む
描 画 やグループ化 した構 造 式 は、矩 形 、大 括 弧 、中 括 弧 、または丸 括 弧 で囲 むことができます。
オブジェクト を囲 むには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 取 り囲 む描 画 を選 択 します。
2. Object メニューの Add Frame and select a frame type をクリックします。
ペン ツール
ペン ツールは、曲 線 や図 形 をフリーハンド で描 画 するときに使 います。曲 線 を描 画 するには、次 のいずれかの操 作 を
行 ってください。
メイン ツールバーのペン ツール パレット から曲 線 描 画 ツールを選 択 し、描 画 ウィンド ウでクリックし、カーソルをド ラッグ
します。
View、Other Toolbars、Pen Tools の順 に選 択 します。曲 線 描 画 ツールを選 択 し、描 画 ウィンド ウでクリックして
カーソルをド ラッグします。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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曲線の編集
曲 線 編 集 ツールで選 択 して操 作 することにより、曲 線 を編 集 できます。編 集 する既 存 の曲 線 を選 択 するには、次 の操
作 を行 ってください。
1. メイン ツールバーのペン ツール パレット から曲 線 編 集 ツールを選 択 します。
2. 曲 線 をポイント します。正 しい位 置 をポイント すると、カーソルは "+" から矢 印 に変 わります。
3. クリックして曲 線 を選 択 します。下 図 のように、選 択 した曲 線 に沿 って調 整 ハンド ルが表 示 されます。
"+" 記 号 の付 いた手 のカーソル (
手 のカーソルが表 示 されます。
) が表 示 されます。ただし、曲 線 上 の点 にカーソルを合 わせると、"+" 記 号 が消 え、
曲 線 の形 状 の変 更 。 曲 線 の端 にある正 方 形 のハンド ルを使 用 して曲 線 の長 さを調 節 できます。方 向 線 の終 点 を使
用 して曲 線 の方 向 を変 更 できます。
曲 線 の形 状 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
方 向 線 をド ラッグして目 的 の形 状 を作 成 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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セグメント の追 加 。 曲 線 編 集 ツールで曲 線 を選 択 し、曲 線 編 集 ツールを選 択 した状 態 でド キュメント ウィンド ウ内 をク
リックすると、既 存 の曲 線 にセグメント を追 加 できます。曲 線 の端 にセグメント が追 加 されます。
フリーハンド の図形
閉 じたフリーハンド の図 形 を作 成 するには、曲 線 を描 画 し、Curves メニューの Closed をクリックします。曲 線 の属 性 を
追 加 するには、Curve メニューまたは曲 線 ツールバーの Filled、Faded、または Shaded を選 択 します。曲 線 に矢 先 を
付 けて、任 意 の形 状 の矢 印 を作 成 することもできます。色 を追 加 するには、Color メニューで色 を選 択 します。
図 3.5: さまざまな属 性 のフリーハンド の曲 線 A) 単 純 曲 線 、B) 閉 曲 線 、C) 塗 りつぶし、D) 淡 色 表 示 、E) 影 付 き
オブジェクト の選択
なげなわ選 択 ツールは任 意 の形 の領 域 をフリーハンド で選 択 するために使 用 し、矩 形 選 択 ツールは長 方 形 の領 域 を
選 択 する場 合 に使 用 します。
構 造 式 またはオブジェクト を選 択 すると、それを囲 むように色 付 きのフレームが表 示 されます。フレームには、選 択 範 囲
の回 転 、変 形 、およびサイズ変 更 を行 うためのハンド ルがあります。
なげなわ選択ツール
なげなわ選 択 ツールを使 用 すると、不 規 則 な形 の領 域 をフリーハンド で選 択 できます。
なげなわ選 択 ツールを使 用 してオブジェクト を選 択 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. なげなわ選 択 ツールを選 択 します。
2. ポインタがどのオブジェクト 上 にもない状 態 で、マウス ボタンを押 します。
3. 構 造 式 やその他 のオブジェクト の一 部 分 を囲 むようにド ラッグします。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ド ラッグ中 は、選 択 領 域 を示 す線 が表 示 されます。この領 域 内 に完 全 に含 まれる結 合 や構 造 式 などのオブジェクト の
みが選 択 されます。
矩形選択ツール
矩 形 選 択 ツールを使 用 すると、長 方 形 の範 囲 内 にあるオブジェクト および構 造 式 を選 択 できます。
1. 矩 形 選 択 ツールを選 択 します。
2. クリックし、構 造 式 やその他 のオブジェクト を囲 むように、斜 めにド ラッグします。
ド ラッグ中 は、選 択 領 域 を示 す四 角 形 が表 示 されます。オブジェクト の中 心 、オブジェクト の大 部 分 、またはオブジェクト
全 体 が選 択 枠 の内 部 に入 っている場 合 にのみ、オブジェクト は選 択 されます。
一 方 の選 択 ツールが、もう一 方 の選 択 ツールと同 様 に動 作 するように設 定 するには、Alt キーを押 しながら、いずれか
一 方 のツールをクリックします。
選 択 ツールとその前 に使 用 した描 画 ツールを交 互 に切 り替 えるには、Ctrl + Alt + Tab キーを押 します。
構造式全体の選択
1 つの構 造 式 全 体 を選 択 するには、選 択 ツールで構 造 式 内 の結 合 または原 子 をダブルクリックします。
その化 学 構 造 式 やオブジェクト がグループの一 部 である場 合 は、グループ全 体 が選 択 されます。
クリックによるオブジェクト の選択
1. なげなわ選 択 または矩 形 選 択 ツールを選 択 します。
2. ド キュメント ウィンド ウ内 のオブジェクト をポイント します。
ポイント されたオブジェクト の上 に強 調 表 示 ボックスが表 示 されます。
3. オブジェクト をクリックします。
選 択 したオブジェクト が選 択 枠 内 に表 示 され、カーソルが手 の形 に変 わります。
注 : グループ内 のオブジェクトを個 別 に選 択 することもできます。45 ページの 「オブジェクトのグループ化 」 を参 照 してく
ださい。
複数のオブジェクト の選択
複 数 のオブジェクト を選 択 すると、各 オブジェクト に選 択 ボックスが表 示 されます。
他 のオブジェクト を選 択 対 象 に追 加 するには、Shift キーを押 しながら、追 加 するオブジェクト を選 択 します。
すべてのオブジェクト を選 択 するには、Edit メニューの Select All をクリックします。
すべてのオブジェクト の選択解除
すべてのオブジェクト の選 択 を解 除 するには、次 のいずれかの操 作 を行 います。
選 択 枠 の外 側 の空 白 部 分 をクリックします。
Esc キーを押 します。
他 のツールを選 択 します。
Shift キーを押 さずに、別 のオブジェクト をクリックします。
特定のオブジェクト の選択解除
選 択 された複 数 のオブジェクト のどれか 1 つを選 択 解 除 するには、Shift キーを押 しながら、選 択 ツールでそのオブジェク
ト をクリックします。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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注 : 次 の図 に示 すように、オブジェクトが選 択 枠 に含 まれているように見 えても、選 択 されていないことがあります。中
央 の環 は選 択 されていません。
オブジェクト のサイズ変更
選 択 したオブジェクト のサイズ変 更 ハンド ルをド ラッグするか、またはスケール設 定 で、オブジェクト のサイズを変 更 すること
ができます。
縦 横 比 を保 ったまま選 択 したオブジェクト のサイズを変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. サイズを変 更 するオブジェクト (複 数 ) を選 択 します。サイズ変 更 ハンド ルは、選 択 枠 の右 下 隅 にあります。
2. サイズ変 更 ハンド ルをポイント します。カーソルが、双 方 向 の矢 印 に変 わります。
3. オブジェクト が目 的 のサイズになるまでハンド ルをド ラッグします。
ほとんどの場 合 、オブジェクト のサイズを変 更 してもオブジェクト の縦 横 比 (オブジェクト の幅 に対 する高 さの比 率 ) は変 わ
りません。ただし、化 学 構 造 式 、円 、ボックス、楕 円 などの特 定 のオブジェクト を変 形 することはできます。
水 平 方 向 または垂 直 方 向 にオブジェクト を変 形 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. オブジェクト を選 択 します。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
変 形 する辺 のハンド ルをド ラッグします。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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Shift キーを押 しながら、サイズ変 更 ハンド ルを目 的 の方 向 にド ラッグします。Shift キーを押 しながらサイズ変 更 を
実 行 すると、X 軸 または Y 軸 に沿 ってオブジェクト を変 形 できます。
オブジェクト の回転
1. 回 転 させるオブジェクト を選 択 します。回 転 可 能 なオブジェクト の場 合 は、選 択 枠 の上 辺 の外 側 に回 転 ハンド ルが
表 示 されます。
2. 回 転 ハンド ルを右 回 りまたは左 回 りにド ラッグします。
原 子 ラベルを構 造 式 と一 緒 に回 転 させるには、Ctrl キーを押 しながら、構 造 式 をド ラッグします。
注 : 構 造 式 を回 転 させるときに 1 つの原 子 を選 択 解 除 しておくと、下 の例 のように、構 造 式 はその選 択 解 除 された
原 子 を中 心 に回 転 します。
選 択 したオブジェクト を指 定 した角 度 で回 転 させるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Object メニューの Rotate をクリックします。
回 転 ハンド ルをダブルクリックします。Rotate Objects ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. 回 転 角 の数 値 を入 力 し、右 回 転 の場 合 は degrees CW を、左 回 転 の場 合 は degrees CCW をクリックします。
3. 原 子 ラベル テキスト を回 転 させる場 合 は、Rotate Atom Labels を選 択 します。
4. Rotate をクリックします。オブジェクト は選 択 枠 の中 心 を軸 に回 転 します。
ド キュメント ウィンド ウ内 の任 意 のオブジェクト に対 して同 じ回 転 操 作 を繰 り返 すには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 回 転 を実 行 した直 後 に、回 転 させる他 のオブジェクト を選 択 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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2. Edit メニューの Repeat Rotate をクリックします。
回転中心の移動
既 定 値 で、オブジェクト は中 心 を軸 に回 転 します。しかし、回 転 の中 心 を移 動 すれば、オブジェクト を特 定 の原 子 や
ページ上 のその他 の場 所 を軸 に回 転 させることができます。
回 転 中 心 を移 動 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. オブジェクト を選 択 します。図 のように、回 転 中 心 インジケータ ("+") がオブジェクト の中 心 に表 示 されます。
図 3.6: A) 回 転 中 心
2. Alt キー を押 しながら、インジケータをクリックして別 の場 所 へド ラッグします。図 を参 照 してください。
図 3.7: B) 移 動 した回 転 中 心
3. オブジェクト を回 転 させるには、回 転 ハンド ルをクリックしてド ラッグします。
回 転 中 心 を既 定 値 の位 置 にリセット するには、オブジェクト を選 択 解 除 します。
注 : 原 子 付 近 にド ラッグすると、回 転 中 心 は原 子 の位 置 に合 わせて配 置 されます。
オブジェクト の移動
1. 選 択 ツールで、移 動 するオブジェクト を選 択 します。
2. オブジェクト をクリックし、移 動 先 にド ラッグします。
移 動 の方 向 を水 平 方 向 または垂 直 方 向 のみに制 限 するには、Shift キーを押 しながら、選 択 したオブジェクト をド ラッグ
します。
細 かい幅 での移 動 は、オブジェクト の位 置 揃 えに役 立 ちます。オブジェクト を細 かい幅 で少 しずつ移 動 するには、次 の
操 作 を行 ってください。
1. オブジェクト を選 択 します。
2. 矢 印 キーを押 します。選 択 されたオブジェクト が、矢 印 の方 向 に 1 ポイント 移 動 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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注 : より大 きな幅 でオブジェクトを移 動 するには、Alt キーを押 しながら矢 印 キーを押 します。選 択 されたオブジェクト
が、矢 印 の方 向 に 10 ポイント移 動 します。
オブジェクト のコピー
1. 1 つ以 上 のオブジェクト を選 択 します。
2. Ctrl キーを押 しながらオブジェクト をド ラッグすると、オブジェクト のコピーが作 成 されるので、それを適 当 な場 所 に配 置
します。
コピーを配 置 するとき移 動 の方 向 を垂 直 方 向 または水 平 方 向 のみに制 限 するには、Shift + Ctrl キーを押 しながら移
動 します。
Info ウィンド ウ
このウィンド ウには、ポインタのサイズと位 置 、または選 択 されている項 目 のサイズと位 置 が表 示 されます。このウィンド ウ
の表 示 /非 表 示 を切 り替 えるには、View メニューの Show Info Window をクリックします。
Pointer
X および Y には、マウス ポインタの現 在 位 置 の座 標 が表 示 されます。 dX および dY は、移 動 した選 択 対 象 の X 座 標 と
Y 座 標 の変 化 量 を示 します。
Selection
X および Y には、選 択 対 象 の位 置 が表 示 されます。 W および H は、それぞれ幅 と高 さを表 します。
Other
Angle は、結 合 角 、または選 択 対 象 の回 転 角 度 を表 します。 Dist は、結 合 距 離 、または選 択 対 象 が移 動 した距 離
を表 します。オブジェクト のサイズ変 更 時 には、元 のサイズに対 する現 在 のサイズの比 率 が % に表 示 されます。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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鏡像
X 軸 または Y 軸 に垂 直 な平 面 を軸 にして構 造 式 を反 転 させることができます。構 造 式 をコピーすることで、構 造 式 の
鏡 像 を作 成 して立 体 異 性 体 を作 成 できます。
鏡 像 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 定 義 済 みの立 体 化 学 構 造 式 、たとえばウェッジ結 合 の構 造 式 を描 画 します。
2. Ctrl キーを押 しながら、コピーする構 造 式 をド ラッグします。
3. コピーを選 択 した状 態 で、Object メニューの Flip Horizontal または Flip Vertical をクリックします。オブジェクト ツール
バーの水 平 反 転 ツールまたは垂 直 反 転 ツールを使 用 することもできます。
オブジェクト の削除
選 択 したオブジェクト を削 除 するには、次 のいずれかの操 作 を行 います。
Delete キーを押 します。
Edit メニューの Clear をクリックします。
消 しゴム ツールを使 用 します。
構造式の統合
2 つの構 造 式 を統 合 してその間 で結 合 が共 有 されるようにするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 最 初 の構 造 式 内 で結 合 を選 択 します。
2. Shift キーを押 しながら、2 番 目 の構 造 式 内 で目 的 の結 合 をクリックして選 択 します。
3. Object メニューの Join をクリックします。
2 つの構 造 式 を統 合 してその間 で原 子 が共 有 されるようにするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 統 合 する原 子 同 士 がほぼ向 き合 うように 2 つの化 学 構 造 式 を配 置 します。
2. 統 合 する 2 つの原 子 を選 択 します。
3. Object メニューの Join をクリックします。
注 : 異 なる色 の結 合 や原 子 を統 合 すると、一 番 手 前 のオブジェクトの色 が、統 合 した新 しいオブジェクトの色 になり
ます。ラベルが付 いている 2 つの原 子 を統 合 すると、一 番 手 前 の原 子 ラベルが、作 成 される新 しい原 子 の原 子 ラベ
ルになります。オブジェクトの前 後 の順 番 についての詳 細 は、268 ページの 「ページ レイアウト」 を参 照 してください。
オブジェクト のグループ化
グループとは、単 一 のオブジェクト として振 る舞 うオブジェクト の集 まりです。選 択 ツールで内 部 のオブジェクト をダブルク
リックするだけで、グループ化 されたオブジェクト をすべて選 択 することができます。
グループ化 されたオブジェクト 内 部 のオブジェクト を個 別 に選 択 できないようにするには、 Integral グループを作 成 しま
す。Integral グループでは、その中 のどのオブジェクト を選 択 しても、グループ全 体 が選 択 されます。Integral 以 外 のグルー
プ内 のオブジェクト は、グループの一 部 であっても個 別 に選 択 し、操 作 できます。
グループ化 されたオブジェクト の位 置 や方 向 は変 更 可 能 です。グループ内 の各 オブジェクト では、グループ化 されたオブ
ジェクト を回 転 、整 列 、または間 隔 調 整 しても、それぞれの相 対 位 置 が維 持 されます。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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1 つの化 学 構 造 式 を構 成 する原 子 と結 合 は常 にグループ化 されます。構 造 式 の一 部 と他 のオブジェクト とをグループ化
すると、構 造 式 全 体 がグループ化 されます。グループ化 された構 造 式 に原 子 や結 合 を加 えると、その新 しい原 子 や結
合 もグループの一 部 になります。
オブジェクト をグループ化 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 選 択 ツールを用 いてオブジェクト を選 択 します。
2. Object メニューの Group をクリックします。
グループ内 の個 別 のオブジェクト を選 択 するには、オブジェクト 上 に選 択 ツールを移 動 し、オブジェクト が強 調 表 示 された
ら 1 回 クリックします。
グループ化 されたオブジェクト を選 択 するには、グループ内 のオブジェクト 上 に選 択 ツールを移 動 し、オブジェクト が強 調 表
示 されたらダブルクリックします。
オブジェクト のグループ化の解除
オブジェクト のグループ化 を解 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. グループを選 択 します。
2. Object メニューの Ungroup をクリックするか、グループを右 クリックして Group メニューの Ungroup をクリックします。
個 々 のオブジェクト を選 択 できないグループ (Integral グループ) を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. オブジェクト を選 択 します。
2. Object メニューの Group をクリックします。
3. グループを右 クリックし、Group メニューの Integral をクリックします。
Integral グループを通 常 のグループに戻 すには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Integral グループを選 択 します。
2. グループを右 クリックし、Group メニューの Integral をクリックしてオフにします。
注 : テンプレート ド キュメント内 にある多 くの図 形 と描 画 は Integral グループです。ただし、必 要 に応 じてグループ化 を
解 除 し、編 集 することができます。
オブジェクト の拡大縮小
1 つ以 上 のオブジェクト を拡 大 縮 小 して別 のサイズに変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. オブジェクト を選 択 します。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Object メニューの Scale をクリックします。
サイズ変 更 ハンド ル をダブルクリックします。Scale Objects ダイアログ ボックスが表 示 されます。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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3. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
結 合 のサイズを変 更 し、指 定 の固 定 長 が新 しい中 間 結 合 長 になるようにするには、Scale selected objects so
that median bond is Fixed Length(0.4167 in) オプションを選 択 します。
結 合 長 を新 しく指 定 した固 定 長 に変 更 するには、Scale selected objects so that median bond is オプションを
選 択 して、新 しい中 間 結 合 長 を入 力 します。
オブジェクト のサイズを現 在 のサイズに対 して一 定 の比 率 に変 更 するには、Scale by オプションを選 択 して、比 率
を指 定 します。拡 大 するには 100% より大 きな値 を指 定 し、縮 小 するには 100% より小 さな値 を指 定 します。
4. Scale をクリックします。
オブジェクト の中央配置
オブジェクト (またはオブジェクト のグループ) をページの中 央 に配 置 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. オブジェクト を選 択 します。
2. Object メニューの Center on Page をクリックします。
選 択 枠 の中 心 がページの中 央 になるように、選 択 したオブジェクト が移 動 します。
オブジェクト の整列
複 数 のオブジェクト の中 心 または端 を揃 えて、垂 直 または水 平 に整 列 できます。
注 : オブジェクトは、ページで一 番 上 に表 示 されている選 択 オブジェクトに合 わせて整 列 されます。
2 つ以 上 のオブジェクト を整 列 させるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. オブジェクト を選 択 します。
2. Object メニューの Align をクリックします。
注 : 選 択 ツールを使 用 して構 造 式 や基 の一 部 のみを選 択 すると、選 択 した部 分 のみを使 用 して整 列 が実 行 され
ますが、構 造 式 または基 の全 体 が移 動 します。
オブジェクト の間隔調整
間 隔 調 整 コマンド を用 いて、オブジェクト を水 平 方 向 または垂 直 方 向 に、等 間 隔 に配 置 します。
3 つ以 上 のオブジェクト を均 等 に配 置 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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1. 均 等 に配 置 するオブジェクト を選 択 します。
2. Object メニューの Distribute をクリックし、Vertically または Horizontally を選 択 します。
図 3.8: オブジェクトの間 隔 調 整
各 オブジェクト は等 間 隔 に配 置 されます。選 択 されたオブジェクト の上 下 左 右 の位 置 は変 わりません。
構 造 式 の整 形
Clean Up Structure コマンド は、結 合 長 や結 合 角 を調 整 し、描 画 された分 子 を見 やすくします。矢 印 や芳 香 族 円 環 な
どのグラフィック オブジェクト には影 響 しません。フリーハンド で描 いた構 造 式 を再 描 画 したり、他 のアプリケーションからイ
ンポート した構 造 式 を見 やすくするために使 用 できます。
化 合 物 の中 には、Clean Up Structure コマンド を選 択 したときにページ外 にはみ出 すような構 造 式 が生 成 される場 合
があります。構 造 式 全 体 を表 示 させるためには、構 造 式 のサイズを変 更 するか、印 刷 ページを拡 大 してください。46
ページの 「オブジェクト の拡 大 縮 小 」 、および 270 ページの 「ページ設 定 」 を参 照 してください。
Clean Up Structure 機 能 には以 下 の規 則 が適 用 されます。
結 合 は、ド キュメント 設 定 で指 定 されたターゲット の固 定 長 に設 定 されます。詳 細 については、262 ページの 「ド キュ
メント 設 定 」 を参 照 してください。
環 が再 描 画 されるのは、環 を構 成 するすべての結 合 が選 択 されている場 合 だけです。
多 重 結 合 原 子 ラベル、可 変 結 合 点 、および多 中 心 結 合 は、成 型 できません。
可 能 な限 り多 くの結 合 の角 度 が 15 度 の倍 数 になるように構 造 式 が回 転 します。
Clean Up Structure は、次 のように、ウェッジ結 合 やハッシュ結 合 を正 確 に表 示 するよりも、立 体 化 学 的 な意 味 を優
先 して保 持 します。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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Clean Up Structure 機 能 を使 用 して、次 の操 作 を行 ってください。
1. 整 形 する構 造 式 または構 造 式 の一 部 を選 択 します。
2. Structure メニューの Clean Up Structure をクリックするか、Shift + Ctrl + K キーを押 します。 .
注 : Clean Up Structure コマンド は構 造 式 を繰 り返 し処 理 で再 描 画 します。そのため、このコマンド を何 回 か選 択 し
なければならないことがあります。
反 応 または生 体 高 分 子 も整 形 できます。詳 細 は、108 ページの 「反 応 の整 形 」 、および 66 ページの 「生 体 高 分 子 の
整 形 」 を参 照 してください。
構 造 式 のチェック
Check Structure コマンド で、選 択 した構 造 式 、構 造 式 の一 部 、タイト ル (Formula スタイル) の化 学 属 性 をチェックでき
ます。標 準 原 子 価 、元 素 、定 義 済 みのニックネームなどを用 いて構 造 式 をチェックします。
構 造 式 の中 の選 択 したすべての原 子 価 をチェックするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 化 学 構 造 、化 学 構 造 の一 部 、またはタイト ルを選 択 します。
2. Structure メニューの Check Structure をクリックします。
化 学 構 造 が正 しくない場 合 は、メッセージ ウィンド ウが表 示 されます。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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3. 引 き続 き構 造 式 をチェックする場 合 は、Ignore をクリックします。以 降 のエラーをすべて無 視 する場 合 は、Ignore All
をクリックします。エラーのチェックを停 止 する場 合 は、Stop をクリックします。
コピーした化学構造のチェック
ChemBioDraw で、クリップボード から構 造 式 をコピーする度 に構 造 式 のチェックを実 行 するには、次 の操 作 を行 ってくだ
さい。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. General タブの Check Structure When Copying to Clipboard or Exporting チェック ボックスをオンにします。
この変 更 は、すべてのド キュメント に影 響 します。
化学警告
ChemBioDraw 13.0 では、化 学 構 造 の作 成 中 に、その化 学 的 な構 文 がチェックされます。構 造 式 にエラーが検 出 され
ると、オブジェクト の周 りに赤 い波 線 のボックスが表 示 されます。このボックスは画 面 に表 示 されるだけで印 刷 はされませ
ん。
化学警告の無効化
警 告 は既 定 値 で表 示 されます。化 学 警 告 を無 効 にするには、View メニューの Show Chemical Warnings をクリックし
ます。
特 定 のオブジェクト のエラー チェックを無 効 にするには、そのオブジェクト を右 クリックし、コンテキスト メニューの Display
Warnings の選 択 を解 除 します。
オブジェクト について Display Warnings を無 効 にすると、
赤 いボックスはオブジェクト の周 囲 に表 示 されなくなります。
構 造 式 に問 題 がないかどうかは Check Structure コマンド で確 認 できます (Structure メニューの Check Structure
をクリックします)。
問 題 の内 容 を表 示 するには、次 のいずれかの操 作 を行 います。
マウスで警 告 をポイント して、ツール ヒント に表 示 されるエラーの内 容 を確 認 します。
警 告 を右 クリックし、Explain This Warning を選 びます。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
構 造 式 を選 択 し、Structure メニューの Check Structure をクリックします。
警告オプション
表 示 する化 学 警 告 のタイプを選 択 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. Warnings タブをクリックします。
3. 警 告 のタイプを選 択 し、OK をクリックします。
警 告 のタイプの一 覧 を次 の表 に示 します。
警告
説明
描 画 されたオブジェクト に不 適 切 な原 子 価 または電 荷 が含 まれています。たとえば、同 一
Valence and Charge の元 素 に対 して正 と負 の電 荷 が割 り当 てられている場 合 、複 数 の方 法 で電 荷 が割 り当
Errors
てられている場 合 、またはニックネーム、総 称 ニックネームまたは代 替 基 名 に電 荷 が割 り当
てられている場 合 に表 示 されます。
Unbalanced Parentheses
"開 " 括 弧 に対 する "閉 " 括 弧 が存 在 しません。
無 効 な同 位 体 に対 して生 成 されます。たとえば、元 素 記 号 の前 に上 付 き文 字 の数 字 が
Invalid Isotopes
あるラベルで、その数 字 が認 識 されている同 位 体 に対 応 していない場 合 に、この警 告 が生
成 されます。たとえば、 24CH3 などです。
Isolated Bonds
Atoms Near Other
Bonds
Unspecified Stereo
Chemistry
Ambiguous Stereochemistry
Stereobond between
Chiral Atoms
Linear Atom
ラベルのない単 結 合 が別 の結 合 に結 び付 いていません。
原 子 は結 合 の近 くにありますが、結 合 されていません。
不 斉 中 心 にウェッジ結 合 、ハッシュ結 合 、点 線 結 合 、または太 線 結 合 がありません。
描 画 された構 造 式 から絶 対 立 体 化 学 構 造 が判 別 できない立 体 中 心 です。たとえば、太
線 結 合 によって 4 つの異 なる配 位 子 に連 結 されている炭 素 原 子 には、この警 告 が生 成 さ
れます。
2 個 の立 体 中 心 を結 ぶ立 体 結 合 です。
ラベルが付 いていない原 子 が 180 度 の角 度 を作 る 2 つの同 一 の結 合 に割 り当 てられてい
ます。
第 3 章: 基本的な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
BioDraw
ChemBioDraw 13.0 には、酵 素 や受 容 体 などの代 謝 パスウェイを描 画 するためのさまざまなツールがあります。BioDraw
ツールバーを表 示 するには、View メニューの Show BioDraw Toolbar をクリックします。
描 画 要 素 ツール パレット または矢 印 ツール パレット を使 用 して、円 、楕 円 、矢 印 などの標 準 的 な図 形 を含 めることもで
きます。また、曲 線 ツールを使 用 してカスタム図 形 を作 成 することもできます。
オブジェクト の色 を変 更 したり、線 と塗 りつぶしの属 性 を変 更 したり、回 転 させることもできます。
BioDraw オブジェクト を作 成 するには、ページ上 でオブジェクト を表 示 する場 所 をクリックまたはド ラッグします。クリックした
場 合 は、既 定 値 のサイズと形 状 で作 成 されます。ド ラッグした場 合 は、オブジェクト を拡 大 /縮 小 できるほか、X 軸 または
Y 軸 上 をド ラッグすることで形 を変 えることができます。線 形 のオブジェクト は、ド ラッグした方 向 に引 き延 ばされます。細
胞 膜 およびタンパク質 のツール (DNA およびヘリックス) では、ド ラッグに応 じてサブユニット が追 加 され、サブユニット 数 が
表 示 されます。オブジェクト のグループ化 を解 除 して、不 要 な部 分 を移 動 または削 除 し、オブジェクト の必 要 な部 品 の
みを保 持 できます。そのためには、コンテキスト メニューで Group メニューの Integral をクリックし、Group メニューの
Ungroup を選 択 します。オブジェクト のグループ化 が解 除 され、各 オブジェクト を移 動 できます。
BioDraw テンプレート
BioDraw および ChemBioDraw Ultra には、出 版 物 用 にフルカラーで生 体 系 を描 画 するための各 種 テンプレート が用 意
されています。テンプレート を開 くには、View メニューの Templates をクリックして、必 要 なテンプレート ツールバーを選 択
します。次 に、使 用 可 能 な Biodraw のテンプレート をいくつか示 します。
第 4 章: BioDraw
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ChemBioDraw 13.0
Advanced BioDraw
Anatomy
第 4 章: BioDraw
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ChemBioDraw 13.0
Animals
Bio Instruments
Microorganisms
Organelles
第 4 章: BioDraw
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ChemBioDraw 13.0
詳 細 は、114 ページの 「テンプレート 」 を参 照 してください。
カスタマイズ可 能 オブジェクト
次 の表 に、カスタマイズ可 能 な BioDraw ツールバーの BioDraw オブジェクト を示 します。BioDraw オブジェクト をカスタマイ
ズするときには、選 択 ツールまたは作 成 時 と同 じツールを使 用 する必 要 があります。
ツール
カスタマイズ可 能 なオプション
受容体
幅
G タンパク質 , ガンマ
形状
サブユニット
へリックス タンパク質
高 さ、スト ランド の幅 、円 柱 の幅 、間 隔
DNA
高 さ、スト ランド の幅 、2 番 目 のスト ランド のオフ
セット 、間 隔
細 胞 膜 (線 )
サブユニット のサイズ
(全 体 の長 さは変 わらず、サブユニット の数 はサ
イズに反 比 例 して変 わります)。
細 胞 膜 (円 弧 )
長 さ、円 弧 、サブユニット のサイズ
細胞膜
サブユニット のサイズ
(楕 円 )
ミセル
サブユニット のサイズ
プラスミド マップ
マーカーと領 域 の追 加 /調 整
リボソーム
サイズ変 更 、色
tRNA
サイズ変 更 、色
BioDraw ツールバーの次 のツールは、カスタマイズできません。
イオン チャネル
G タンパク質 (アルファ サブユニット )
イオン チャネル
G タンパク質 (ベータ サブユニット )
免 疫 グロブリン
ゴルジ体
小胞体
ミト コンド リア
雲
サイズ変 更 、色
細胞膜 (線)
1. BioDraw ツールバーから細 胞 膜 (線 ) ツールを選 択 します。
第 4 章: BioDraw
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ChemBioDraw 13.0
2. 目 的 とするサイズで細 胞 膜 (線 ) を描 画 するには、クリックしてからド ラッグします。既 定 値 のサイズで描 画 する場 合
は、クリックのみです。
固 定 角 が適 用 されている場 合 (Object メニューの Fixed Angles をクリック)、細 胞 膜 の向 きを変 更 するときには 15 度
単 位 での変 更 となります。この設 定 を無 視 して操 作 を行 うには、Shift キーを押 しながらド ラッグします。
細 胞 膜 ユニット のサイズを変 更 するには、細 胞 膜 の中 心 部 にある調 節 用 のハンド ルをクリックしてド ラッグします。
ヒント: 細 胞 膜 の長 さを変 更 するには、細 胞 膜 を選 択 して、選 択 ボックスの左 または右 のハンド ルをド ラッグします。
その後 で、選 択 を解 除 して、サブユニットのサイズを再 調 整 できます。
細胞膜 (円弧)
細 胞 膜 (円 弧 ) を作 成 するには、BioDraw ツールバーの細 胞 膜 (円 弧 ) ツールを使 って曲 線 をクリックしてド ラッグします。
ツールには 3 つの調 整 ハンド ルがあります。
始 点 のハンド ルでは、長 さを調 整 できます。
中 央 のハンド ルでは、サブユニット のサイズを調 整 できます。
先 端 のハンド ルでは、円 弧 を調 整 できます。
へリックス タンパク質
ヘリックス タンパク質 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. BioDraw ツールバーからヘリックス タンパク質 ツールを選 択 します。
2. ド キュメント ウィンド ウ内 でド ラッグして描 画 します。クリックすると既 定 値 のサイズで描 画 されます。
固 定 角 が適 用 されている場 合 (Object メニューの Fixed Angles をクリック)、タンパク質 の向 きを変 更 するときには 15 度
単 位 での変 更 となります。この設 定 を無 視 して操 作 を行 うには、Shift キーを押 しながらド ラッグします。
ヘリックス タンパク質 には 4 つの調 整 ハンド ルがあります。高 さ、スト ランド の幅 、円 柱 の幅 、および間 隔 です。
第 4 章: BioDraw
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ChemBioDraw 13.0
図 4.1: ヘリックス タンパク質 の調 整 ハンド ル: A) 高 さの調 整 、B) ストランド の幅 、C) 円 柱 の幅 、D) 円 柱 の間 隔
DNA 分子
DNA 分 子 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. BioDraw ツールバーで DNA ツールを選 択 します。
2. 作 業 領 域 をド ラッグして描 画 します。クリックすると既 定 値 のサイズで描 画 されます。
Object メニューの Fixed Angles オプションが選 択 されている場 合 、DNA の向 きを変 更 するときには、15 度 単 位 での変
更 となります。既 定 値 の動 作 を無 視 するには、Alt キーを押 しながらド ラッグします。
DNA には 4 つの調 整 ハンド ルがあります。高 さ、スト ランド の幅 、2 番 目 のスト ランド のオフセット 、および間 隔 です。
残基の色付け
タンパク質 または DNA スト ランド を描 画 した後 で、色 付 けツール (濃 淡 付 け、影 付 け、塗 りつぶし) を使 用 して個 々 の
残 基 に色 を付 けることができます。
1. 矩 形 選 択 ツールまたはなげなわ選 択 ツールを使 用 して、色 付 けを行 う残 基 を選 択 します。
2. Color メニューで目 的 の色 を選 択 します。
3. Curves メニューで、Filled、Shaded、または Faded を選 択 します。
tRNA
tRNA 分 子 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. BioDraw ツールバーで tRNA ツールを選 択 します。
2. 作 業 領 域 をクリックし、tRNA オブジェクト が目 的 のサイズになるまでド ラッグします。
tRNA 分 子 を描 画 したら、必 要 に応 じて修 正 できます。
リボソーム
リボソームを描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 4 章: BioDraw
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ChemBioDraw 13.0
1. リボソームまたは BioDraw ツールバーのリボソーム ツールをクリックします。
2. 作 業 領 域 をクリックし、リボソーム オブジェクト が目 的 のサイズになるまでド ラッグします。
オブジェクト を描 画 した後 で、外 観 を変 更 できます。
プラスミド マップ
プラスミド マップを描 画 するには、マップで表 す塩 基 対 の数 を入 力 してから、マーカーを追 加 します。簡 易 な pBI プラスミ
ド マップの例 を以 下 に示 します。
プラスミド マップの作成
1. BioDraw ツールバーで、プラスミド マップ ツールを選 択 します。
2. プラスミド マップを描 画 する描 画 ウィンド ウをクリックします。Insert Plasmid Map ダイアログ ボックスが開 きます。
3. ダイアログ ボックスで、マップの塩 基 対 の数 を入 力 し、OK をクリックします。プラスミド マップが描 画 されます。
領域の追加
領 域 は、プラスミド のフラグメント を表 します。マップへは、必 要 に応 じていくつでも領 域 を追 加 できます。追 加 しないこと
もできます。
第 4 章: BioDraw
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ChemBioDraw 13.0
領 域 を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. プラスミド マップを右 クリックし、コンテキスト メニューの Regions を選 択 します。
2. Regions ダイアログ ボックスで、Start および End テキスト ボックスに、フラグメント の塩 基 対 の数 を入 力 します。たとえ
ば、1 ～ 1000 のすべての塩 基 対 を含 むフラグメント の場 合 、テキスト ボックスに「1」および「1000」と入 力 します。
3. フラグメント の Start と End の塩 基 対 の数 を描 画 に表 示 するには、Add Markers At Region Ends を選 択 します。
4. Add をクリックします。
5. 領 域 をさらに追 加 するには、手 順 2 ～ 4 を繰 り返 します。
6. OK をクリックします。
マーカーの追加
プラスミド マップの塩 基 対 にマーカーで注 記 を付 けることができます。たとえば、塩 基 対 またはフラグメント にラベルを付 け
るには、マーカーを追 加 します。
マーカーを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. プラスミド マップを右 クリックし、コンテキスト メニューの Markers を選 択 します。
2. Markers ダイアログ ボックスで、マーカーを追 加 する塩 基 対 の数 を Position テキスト ボックスに入 力 します。
3. Label テキスト ボックスで、マーカーを識 別 するためのテキスト を入 力 します。
4. Add をクリックします。
5. OK をクリックします。
マーカーの移動
マーカー ラベルを移 動 するには、ラベルをクリックしてド ラッグします。ラベルの値 を編 集 することもできます。
領域のサイズ変更
領 域 の矢 印 は、サイズを変 更 して異 なる塩 基 対 を示 すことや、外 側 へ延 長 して強 調 することができます。
1. 選 択 ツールで、領 域 の矢 印 の先 端 にカーソルを移 動 します。矢 印 のサイズ変 更 ハンド ルが表 示 され、カーソルが両
方 向 の矢 印 (
) に変 わります。
2. サイズ変 更 ハンド ルをクリックしてド ラッグし、矢 印 のサイズを調 整 します。
第 4 章: BioDraw
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ChemBioDraw 13.0
矢 印 を延 長 するには、上 の図 のカーソル (
) が示 す中 央 ハンド ルをクリックしてド ラッグします。
描画の向上
プラスミド マップは、他 の描 画 と同 じように操 作 できます。色 や網 かけを追 加 したり、線 の幅 を変 更 したり、テキスト を変
更 することができます。
第 4 章: BioDraw
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ChemBioDraw 13.0
生 体 高 分 子 の描 画
生 体 高 分 子 は、精 密 で明 確 な形 状 と構 造 を有 する複 合 的 な分 子 集 合 体 です。生 体 高 分 子 の明 確 な形 状 と構 造
は、その役 割 を果 たすうえで重 要 な鍵 となります。生 体 高 分 子 は、化 学 ブロックの反 復 で構 成 される鎖 状 の分 子 から
成 り、長 大 な構 造 を持 つことがあります。生 体 高 分 子 は、構 成 される反 復 単 位 によって次 の 3 つのグループに分 類 さ
れます。
糖 分 で構 成 される多 糖 類
アミノ酸 タンパク質
核 酸 (ヌクレオチド )
ChemBioDraw には、生 体 高 分 子 の描 画 やシーケンスの作 成 を容 易 に行 うためのわかりやすいインターフェイスが用 意
されています。生 体 高 分 子 エディタを使 用 することにより、核 酸 やアミノ酸 に割 り当 てられた定 義 済 みのラベルを使 ってポ
リペプチド やヌクレオチド 配 列 を描 画 できます。ラベルの展 開 、簡 略 化 、削 除 といった操 作 により、描 画 を完 成 させること
ができます。
Biopolymer ツールバーを表 示 するには、View、Show Biopolymer Toolbar の順 に選 択 します。Biopolymer ツールバー
が表 示 されます。
Biopolymer ツールバーには次 のオプションがあります。
生 体 高 分 子 エディタ: Gly (G) を除 き、すべての核 酸 およびアミノ酸 が有 効 になります。
アミノ酸 (1 文 字 ラベル): Gly (G) を除 き、すべてのアミノ酸 が有 効 になります。
ベータ アミノ酸 、L 型 アミノ酸 、D 型 アミノ酸 : ベータ、L 型 、および D 型 のアミノ酸 を追 加 できます。
DNA 配 列 : DNA 分 子 の作 成 に使 用 できる核 酸 塩 基 を有 効 にします。
RNA 配 列 : RNA 分 子 の作 成 に使 用 できる核 酸 塩 基 を有 効 にします。
シーケンスを描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Biopolymer ツールバーから次 のいずれかのツールを選 択 します。
AA1 ツール (アミノ酸 (1 文 字 ラベル) ツール)。 各 種 アミノ酸 を表 す 1 文 字 のラベルを使 用 してポリペプチド 鎖 を作 成 し
ます。標 準 アミノ酸 の IUPAC コード を入 力 するか、ツールバーのキーを
押 して、シーケンスを作 成 できます。既 定 値 では、L 型 アミノ酸 が作 成 されます。1 文 字 ラベルのシーケンスは、分 離 が
固 定 されて描 画 されるため、残 基 は隣 接 する行 の残 基 の位 置 と合 わせられます。D 型 アミノ酸 の立 体 化 学 構 造 オプ
第 5 章: 生体高分子の描画
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ChemBioDraw 13.0
ションを使 用 して D 型 アミノ酸 を作 成 できます。D 型 アミノ酸 (1 文 字 ラベル) は、小 文 字 で表 示 されます。D 型 アミノ酸
(3 文 字 ラベル) には「D-」の接 頭 辞 が付 加 されます。
注 : Shift キーを押 すと、切 り替 えられます。したがって、L モード のときに D 型 アミノ酸 を入 力 するには、Shift キーを
押 しながら 1 文 字 ラベルのシーケンスを入 力 します。一 方 、D モード のときに L 型 アミノ酸 を入 力 するには、Shift
キーを押 しながら 1 文 字 ラベルのシーケンスを入 力 します。
注 : 62 ページの 「生 体 高 分 子 エディタ」 を使 用 してアミノ酸 (3 文 字 ラベル) を入 力 し、キーボード またはツールバーか
ら残 基 を入 力 できます。
DNA ツール。 各 種 核 酸 を表 すラベルを使 用 して DNA 鎖 を作 成 します。
RNA ツール。 核 酸 ラベルを使 用 して RNA 鎖 を作 成 します。
1. シーケンスの開 始 位 置 をクリックします。テキスト ボックスが表 示 されます。
2. テキスト ボックスに残 基 の 1 文 字 ラベルを入 力 します。
注 : 残 基 ラベルの一 覧 については、71 ページの 「IUPAC コード 」 を参 照 してください。
3. 残 基 ごとに手 順 2 を繰 り返 します。
4. 鎖 が完 成 したら、Enter キー、または Esc キーを押 します。
シーケンスの作 成 時 に、既 定 値 では現 在 アクティブな残 基 の後 に新 しい残 基 が挿 入 されます。挿 入 位 置 は、オレンジ
色 の山 形 記 号 で示 されます。Residue replacement ボタンを使 用 して、シーケンスを上 書 きしたり、置 き換 えたりできま
す。また、アクティブな残 基 がないときに、残 基 の上 にマウスを動 かした状 態 でホット キーを押 しても原 子 配 列 を置 き換
えることができます。
生 体 高 分 子 エディタ
Biopolymers ツールバーには、生 体 高 分 子 エディタという新 しいツールがあります。
生 体 高 分 子 エディタを使 用 して、IUPAC コード の代 わりに残 基 名 を明 示 的 に指 定 することにより、シーケンスを作 成 で
きます。英 字 を入 力 すると、オート コンプリート 機 能 により、ライブラリ中 の既 知 の残 基 に一 致 する名 前 が提 示 されま
す。たとえば、「a」と入 力 すると、「Ala」という残 基 が提 示 されます。提 案 を受 け入 れる場 合 は、Space または Enter キー
を押 します。Tab キーを押 すと、入 力 位 置 が選 択 したラベルの終 わりに移 動 します。
b アミノ酸 を入 力 するには、bAla などのニックネームを入 力 します。「b」は、b の記 号 に置 き換 えられます。生 体 高 分 子
エディタの b- amino acid ボタンを使 用 して b アミノ酸 を作 成 することもできます。b アミノ酸 は常 に 3 文 字 略 号 で表 示 さ
れます。グリシンにはベータ炭 素 がないため、ベータ バージョンはありません。
第 5 章: 生体高分子の描画
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ChemBioDraw 13.0
D 型 アミノ酸 を入 力 するには、残 基 名 の前 に「d-」を指 定 します。グリシンは非 キラルでもあるため、D バージョンはありま
せん。
注 : D- amino acid ボタンと b - amino acid ボタンを同 時 に使 用 すると、D-b アミノ酸 が生 成 されます。
生 体 高 分 子 エディタの Residue replacement ボタンを使 用 して、原 子 配 列 を上 書 きしたり、置 き換 えたりすることもでき
ます。詳 細 については、68 ページの 「残 基 の置 換 」 を参 照 してください。
アミノ酸の切り替え
Toggle Amino Acid Style AA1<->AA3 オプションにより、アミノ酸 の表 現 形 式 を 1 文 字 から 3 文 字 (またはその逆 ) に
切 り替 えることができます。次 に例 を示 します。
1. シーケンスを選 択 します。
2. Toggle from Amino Acid Style AA1<->AA3 を右 クリックして選 択 します。
アミノ酸 の表 示 は展 開 形 式 、置 換 形 式 、および保 護 形 式 に変 更 することもできます。次 に例 を示 します。
Toggle Amino Acid Stereo L<->D オプションにより、アミノ酸 の立 体 化 学 構 造 を L から D (またはその逆 ) に切 り替 える
ことができます。
アミノ酸 を切 り替 えるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. シーケンスを選 択 します。
2. Toggle Amino Acid Stereo L<->D を右 クリックして選 択 します。
保護基
付 加 的 な NH 基 または OH 基 (Arg、Aad) を含 むアミノ酸 に Trt や Fmoc などの保 護 基 を追 加 することができます。保
2
護 基 は、括 弧 ( ) で囲 んで指 定 します。
保 護 基 を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. シーケンスで、下 記 のように完 全 な残 基 名 の後 に「(」を入 力 します。
2. 保 護 基 の名 前 を入 力 し、名 前 の終 わりに「)」を入 力 します。
保 護 基 の名 前 により、NH 基 または OH 基 を保 護 するかどうかが判 断 されます。接 頭 辞 に O が使 用 されている場 合
2
は、OH 基 を保 護 します。
通 常 の残 基 と同 じように、保 護 された残 基 も展 開 したり、簡 略 化 したりできます。
第 5 章: 生体高分子の描画
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ChemBioDraw 13.0
脱 離 基 が見 つからない場 合 は、「)」を入 力 した後 、ダイアログ ボックスが現 れ、結 合 点 を指 定 するように要 求 されます。
通 常 の残 基 と同 じように、保 護 された残 基 も展 開 したり、簡 略 化 したりできます。
シーケンスの貼 り付 け
シーケンスは、FASTA 形 式 で貼 り付 けることができます。1 文 字 ラベルの IUPAC コード は、FASTA 形 式 で表 されるた
め、これがペプチド 、DNA、RNA のいずれの生 体 高 分 子 配 列 に対 応 するのかを指 定 する必 要 があります。残 基 を表 す
IUPAC 記 号 は、スペースや省 略 を表 す文 字 を除 き、すべて貼 り付 けることができます。
シーケンスを貼 り付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
右 クリックして、Paste Special サブメニューに移 動 します。
第 5 章: 生体高分子の描画
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ChemBioDraw 13.0
次 のいずれかのオプションを選 択 します。
FASTA ペプチド の貼 り付 け
FASTA RNA の貼 り付 け
FASTA DNA の貼 り付 け
残 基 の上 にマウス ポインタを重 ねると、残 基 とシーケンス データの説 明 が表 示 されます。
テキスト 文字列の貼り付け
テキスト 文 字 列 は、有 効 な区 切 り文 字 を使 用 して貼 り付 けることができます。スペース、タブ、およびダッシュが有 効 な
区 切 り文 字 と見 なされます。コピーするテキスト 文 字 列 は、ChemBioDraw 上 で、またはそれ以 外 でも生 成 できます。テ
キスト 文 字 列 には、有 効 な残 基 名 またはニックネーム、さらにオプションとして終 端 が記 述 されていなければなりません。
終 端 が明 示 的 に定 義 されていない場 合 は、既 定 値 の終 端 が割 り当 てられます。
テキスト 文 字 列 を貼 り付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
テキスト 文 字 列 (たとえば、「H-Ala-Gly-Pro-NH2」) をコピーし、空 白 部 分 で右 クリックします。コンテキスト メニューから
Paste Special、Biopolymer の順 に選 択 します。テキスト 文 字 列 がシーケンスとして貼 り付 けられます。
第 5 章: 生体高分子の描画
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ChemBioDraw 13.0
注 : テキスト文 字 列 のラベルは明 示 的 なニックネームに対 応 していなければなりません。
シーケンスの展 開
シーケンスを作 成 した後 で、シーケンス全 体 や特 定 のラベルのみを展 開 できます。
1. なげなわ選 択 ツール、または矩 形 選 択 ツールを使 用 してシーケンス中 のラベルを 1 つ以 上 選 択 します(複 数 のラベル
を選 択 するには、Shift キーを押 しながら選 択 操 作 を行 います)。
2. Structure メニューの Expand Label をクリックします。
残 基 を構 造 式 に展 開 すると、ラベルが構 造 式 の下 側 に表 示 されます。
ラベルの簡 略 化
構 造 式 を簡 略 表 示 して (シーケンス内 の) ラベルに戻 すには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 操 作 対 象 のラベルをダブルクリックして、その構 造 式 を選 択 します。
2. Structure メニューの Contract Label をクリックします。
構 造 式 を簡 略 化 する前 にラベルを編 集 すると、簡 略 化 された構 造 式 に新 しいラベルのテキスト が組 み込 まれます。たと
えば、残 基 を変 更 し、名 前 を Ala から Ala' に変 更 する場 合 を考 えてみます。簡 略 化 すると、シーケンスには Ala' の文
字 列 が組 み込 まれます。
生体高分子の整形
ラベルを簡 略 化 した後 、Clean Up Biopolymer コマンド を使 用 して、シーケンスを整 形 することができます。このコマンド に
より、残 基 を整 列 したり、折 り返 したりして、シーケンスを再 配 置 します。「1 行 あたりの残 基 」の数 や生 体 高 分 子 中 に
ある「ブロックあたりの残 基 」の数 を指 定 するには、生 体 高 分 子 を選 択 して Object、Object Settings、Biopolymer
Display tab の順 に選 択 します。
シーケンスの残 基 の変 更
注 : 描 画 中 の残 基 構 造 式 を変 更 する場 合 は、簡 略 化 ラベルに変 更 が反 映 されるように、新 しいニックネームを定
義 する必 要 があります。
シーケンスの残 基 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. シーケンス中 の残 基 が簡 略 化 されている場 合 は、残 基 を右 クリックして、Expand Label を選 択 します。
2. 目 的 に応 じて残 基 を変 更 します。
3. テキスト ツールを使 用 して、残 基 ラベルの名 前 を新 しい構 造 式 に応 じて変 更 します。以 下 の例 では、「Ser」のラベ
ルがホモセリンに合 わせて「hSer」に変 更 されています。
第 5 章: 生体高分子の描画
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ChemBioDraw 13.0
図 5.1: 展 開 された 2 つのセリン残 基 左 側 の残 基 は、ホモセリンを生 成 するように変 更 されています。
レベルを簡 略 化 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 選 択 ツールを使 用 して、残 基 ラベルを右 クリックし Select Linked Objects を選 択 するか、単 純 に展 開 した残 基 のラ
ベルをダブルクリックすると、関 連 する構 造 式 が選 択 されます。
2. Structure メニューの Contract Label をクリックします。
図 5.2: 簡 略 化 したラベル
簡 略 化 ラベルに変 更 が反 映 されるように、新 しいニックネームを定 義 する必 要 があります。たとえば、残 基 定 義 自 体 に
ヒド ロキシル基 を含 む新 しいニックネームとして「hSer」を定 義 できます。
残 基 と側 鎖 の統 合
残 基 と側 鎖 の統 合 機 能 を使 用 して、展 開 した残 基 を編 集 し、この変 更 内 容 を残 基 定 義 に統 合 することができます。
側 鎖 を統 合 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 残 基 ラベルをダブルクリックして、残 基 を選 択 します。
2. 右 クリックして、コンテキスト メニューから Biopolymer、Merge Sidechains With Residue の順 に選 択 します。側 鎖
全 体 が残 基 と統 合 されます。
第 5 章: 生体高分子の描画
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ChemBioDraw 13.0
残 基 が選 択 され、残 基 ラベルを編 集 できるようになります。
残基の削除
残 基 を削 除 すると、隣 接 するラベルの間 で結 合 が自 動 的 に再 作 成 され、隙 間 が詰 められます。
1. ラベルが展 開 されている場 合 は、その構 造 式 を簡 略 化 してラベルに戻 します。
2. ラベルを選 択 するか、その上 にマウスを移 動 させます。
3. Delete キーを押 します。
残基の置換
Biopolymer ツールバーには、Insertion モード と Replacement モード という 2 つのデータ入 力 モード があります。既 定 値
は、Insertion モード です。Insertion モード では、次 の残 基 を挿 入 する位 置 にオレンジ色 の山 形 記 号 が表 示 されます。
第 5 章: 生体高分子の描画
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ChemBioDraw 13.0
たとえば、下 図 のシーケンスに示 すオレンジ色 の山 形 記 号 は、4 番 目 の Gly 残 基 の後 に次 の残 基 を挿 入 することを表
します。
Biopolymer ツールバーにある Replace current residue ボタンを使 用 して、シーケンス中 の残 基 を置 き換 えることができま
す。Replacement モード では、置 き換 える残 基 がオレンジ色 の四 角 形 で表 示 されます。たとえば、下 図 のシーケンスに
示 すオレンジ色 の四 角 形 は、3 番 目 の「G」残 基 が置 き換 えられることを表 します。
以 下 に、テト ラグリシン シーケンスで残 基 を置 換 する方 法 を示 します。
1. テト ラグリシン シーケンスを描 画 します。
2. Biopolymer ツールバーの生 体 高 分 子 エディタを選 択 します。
3. テト ラグリシン シーケンスで、4 番 目 の「Gly」残 基 をクリックします。オレンジ色 の山 形 記 号 は、次 の残 基 を挿 入 する
位 置 を示 します。
4. Biopolymer ツールバーから Replace current residue モード を選 択 します。「Gly」テキスト が選 択 されます。
5. 「Ala」と入 力 するか、または Ala ボタンをクリックすると、「Gly」が置 換 されます。
残 基 のフォームを変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 上 のテト ラペプチド シーケンスで、2 番 目 の Gly 残 基 をクリックします。
2. L-amino acid と Beta-amino acid を両 方 クリックし、選 択 します。
3. Cys ボタンをクリックして、図 のように「Gly」をベータ Cys に置 き換 えます。
残基の追加
1 つ以 上 の残 基 を既 存 のシーケンスに追 加 できます。
残 基 を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 適 切 な生 体 高 分 子 ツールを選 択 します。
2. 新 しいラベルを追 加 する位 置 に隣 接 したラベルをクリックします。オレンジ色 の山 形 記 号 は挿 入 位 置 を示 します。
3. 追 加 する新 しいラベルを入 力 します。選 択 した既 存 のラベルの右 側 に、新 しいラベルが追 加 されます。
第 5 章: 生体高分子の描画
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ChemBioDraw 13.0
注 : シーケンスの先 頭 に追 加 するには、終 端 の原 子 を選 択 し、アミノ基 (タンパク質 シーケンスの場 合 ) または 3' 基
(DNA/RNA シーケンスの場 合 ) を選 択 します。
残基の番号付け
残 基 の上 に残 基 ID を表 示 できます。
残 基 ID を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 残 基 を選 択 します。
2. 右 クリックして、コンテキスト メニューから Show Residue ID を選 択 します。残 基 の上 に残 基 ID が表 示 されます。
非線形シーケンス (複数行シーケンス)
個 々 のシーケンスで行 とブロックのサイズが定 義 されています。ブロック サイズに達 すると、シーケンスにさらにスペースが追
加 されます。行 のサイズに達 すると、以 降 の残 基 は改 行 して追 加 されます。ただし、行 を選 択 して、ド ラッグすれば、不
規 則 な行 を含 むシーケンスを作 成 できます。シーケンス ツール モード で残 基 を選 択 し、Alt + Enter キーを押 すと、改 行
して残 基 を配 置 できます。以 降 の残 基 は、改 行 して配 置 されます。
シーケンスを入 力 しながら改 行 を追 加 するには、Alt + Enter キーを押 します。これにより、以 降 の残 基 は改 行 して入 力
され、この特 定 のシーケンスに対 する行 のサイズが設 定 されます。
複 数 行 のシーケンスを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. シーケンスを描 画 します。
2. シーケンス ツールを使 用 して、最 初 の行 の末 尾 に配 置 する残 基 (前 記 の例 では「His」) を選 択 します。
3. キーボード の Alt + Enter キーを押 します。
ハイブリッド 生 体 高 分 子
Biopolymer ツールバーでさまざまな生 体 高 分 子 ツールを組 み合 わせることにより、混 合 生 体 高 分 子 またはハイブリッド
生 体 高 分 子 を作 成 できます。したがって、核 酸 をアミノ酸 配 列 に挿 入 したり (またはその逆 )、RNA と DNA を組 み合 わ
せたりできるようになります。
第 5 章: 生体高分子の描画
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ChemBioDraw 13.0
分岐生体高分子
一 般 に残 基 ラベルには 2 つの結 合 点 があります。ただし、結 合 点 を追 加 してシーケンスを分 岐 させることもできます。次
に例 を示 します。
結 合 点 を追 加 するときに、展 開 したラベルに結 合 先 の原 子 を指 定 します。
シーケンスからの結 合 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 分 岐 を作 成 する位 置 のラベルを始 点 として結 合 を描 画 します。Modify Nickname ダイアログ ボックスが開 かれ、選
択 したシーケンス構 造 が表 示 されます。
2. Modify Nickname ダイアログ ボックスで、結 合 点 を追 加 する構 造 内 の原 子 をダブルクリックします。新 しい結 合 点 が
表 示 されます。
3. OK をクリックします。
IUPAC コード
シーケンス内 のヌクレオチド またはアミノ酸 を指 定 する際 は、以 下 の表 のコード を入 力 してください。
IUPAC ヌクレオチ 塩 基
ド コード
A
アデニン
第 5 章: 生体高分子の描画
IUPAC アミノ酸 3
コード
文字略号
アミノ酸
A
アラニン
Ala
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C
シト シン
C
Cys
システイン
G
グアニン
D
Asp
アスパラギン酸
T (または U)
チミン (またはウラシ
E
Glu
グルタミン酸
F
Phe
フェニルアラニン
G
Gly
グリシン
H
His
ヒスチジン
I
Ile
イソロイシン
K
Lys
リシン
L
Leu
ロイシン
M
Met
メチオニン
N
Asn
アスパラギン
P
Pro
プロリン
Q
Gln
グルタミン
R
Arg
アルギニン
ル)
R
A または G [いずれか
のプリン]
Y
C または T [いずれか
のピリミジン]
S
G または C [3 つの強
い水 素 結 合 ]
W
A または T [2 つの弱
い水 素 結 合 ]
K
G または T [塩 基 の
ケト 基 ]
M
A または C [塩 基 の
アミン基 ]
B
C、G または T [A で
はない (B は A の後
の英 字 )]
D
A、G または T [C で
はない]
H
A、C または T [G で
はない]
V
A、C または G [RNA
コンテキスト での U、
または DNA コンテキ
スト での T ではない]
N
任 意 の塩 基 [RNA
コンテキスト の
A/U/G/C、または
DNA コンテキスト の
第 5 章: 生体高分子の描画
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A/T/G/C ではない]
S
Ser
セリン
T
Thr
スレオニン
V
Val
バリン
W
Trp
ト リプト ファン
Y
Tyr
チロシン
次 の表 に、非 特 異 性 アミノ酸 と非 タンパク質 性 アミノ酸 を表 す 3 文 字 略 号 を記 載 します。
IUPAC アミノ酸
コード
3
非 特 異 性 アミノ酸
文字略
号
B
Asx
アスパラギンまたはアスパラギン酸
Z
Glx
グルタミン酸 またはグルタミン
J
Xle
ロイシンまたはイソロイシン
X
Xaa
任 意 のアミノ酸 (ニックネームなし)
IUPAC アミノ酸 コー
ド
3
文字略
号
非 タンパク質 性 アミノ酸
O
Pyl
ピロールリジン
U
Sec
セレノシステイン
Aib
α アミノイソ酪 酸
Abz
2-アミノ安 息 香 酸
Nle
ノルロイシン
環状ペプチド 、交差結合ペプチド 、分岐ペプチド
環 状 ペプチド は、ペプチド 配 列 で末 端 残 基 を結 合 することにより作 成 できます。ループ状 の結 合 は、ペプチド が環 状 で
あることを示 します。次 に環 状 ペプチド の例 を示 します。
第 5 章: 生体高分子の描画
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ChemBioDraw 13.0
インシュリンなどの交 差 結 合 ペプチド は、生 体 高 分 子 ツールと結 合 ツールを使 用 して作 成 できます。
分岐ペプチド
分 岐 ペプチド は、1 つの残 基 に複 数 の脱 離 基 が存 在 する場 合 に形 成 されます。たとえば、Arg には、アミノ基 が 2
つ、Asp にはカルボキシル基 が 2 つそれぞれ含 まれます。これらの基 のいずれか、またはその両 方 で重 合 反 応 が生 じる
可 能 性 があります。このため、重 合 反 応 の間 には、重 合 を単 一 の地 点 だけに限 定 して発 生 させるように、保 護 基 が使
用 されることがあります。
たとえば、ペプチド が Asp 残 基 で分 岐 する例 を考 えてみます。
次 の例 では、残 基 が Arg 残 基 で分 岐 しています。
線 結 合 ツールにより分 岐 ペプチド を作 成 して、1 つ目 の鎖 と 2 つ目 の鎖 にある各 分 岐 残 基 を結 合 します。残 基 に自
動 検 出 の可 能 な脱 離 基 が含 まれている場 合 は、その各 地 点 で分 岐 します。これ以 外 の場 合 は、Modify Nickname
ダイアログが表 示 されます。ここで 3 つ目 の結 合 点 を手 動 で定 義 する必 要 があります。次 に、分 岐 ペプチド を作 成 する
例 を考 えてみます。
1. 次 のような生 体 高 分 子 鎖 を 2 つ描 画 します。
第 5 章: 生体高分子の描画
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ChemBioDraw 13.0
2. 線 結 合 ツールを使 用 して、下 の鎖 の Gly-3 と上 の鎖 の Arg-3 を結 合 します。下 の鎖 の末 端 水 素 が削 除 され、分 岐
ペプチド は次 のようになります。
残 基 に自 動 検 出 の可 能 な脱 離 基 が含 まれていない場 合 は、Modify Nickname ダイアログが表 示 されます。ここで 3 つ
目 の結 合 点 を手 動 で定 義 する必 要 があります。次 の例 を考 えてみます。
1. 次 のような生 体 高 分 子 鎖 を 2 つ描 画 します。
2. 線 結 合 ツールを使 用 して、下 の鎖 の Met-4 と上 の鎖 の Met-5 を結 合 します。これらの残 基 にはいずれも、定 義 され
た脱 離 基 がないため、個 々 の残 基 に対 して Modify Nickname ダイアログが 2 回 表 示 されます。
3. 新 しい結 合 点 を定 義 します。結 果 の構 造 式 は次 のようになります。
ジスルフィド 架 橋
ジスルフィド 架 橋 は、同 じ構 造 式 にある Cys 残 基 の間 、または 2 つの異 なる構 造 式 にある残 基 の間 で作 成 できます。
たとえば、内 分 泌 性 ホルモン インシュリンの例 を考 えてみます。
第 5 章: 生体高分子の描画
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インシュリンは、ジスルフィド 架 橋 で結 合 された A 鎖 と B 鎖 の 2 つの鎖 で構 成 されています。
A鎖
GIVEQCCTSICSLYQLENYCN
B鎖
FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT
これらの鎖 は、Paste Special、FASTA Peptide コマンド を使 用 してテキスト の上 にコピーし、貼 り付 ける方 法 、または
Biopolymer ツールバーを使 用 する方 法 のいずれかにより作 成 することができます。
シーケンス内 のジスルフィド 架 橋 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
単 結 合 ツールを選 択 して、下 図 のように、A 鎖 中 の C(6) 残 基 と C(11) 残 基 の間 で結 合 を描 画 します。
シーケンス間 のジスルフィド 架 橋 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
結 合 ツールを選 択 して、A 鎖 中 の C(7) 残 基 と B 鎖 中 の C(7) 残 基 の間 で結 合 を描 画 します。A 鎖 中 の C(20) と B
鎖 中 の C(19) の間 で結 合 をもう 1 つ描 画 します。
ラクタム架 橋
Lys-Asp 残 基 と Lys-Glu 残 基 の間 にラクタム架 橋 を描 画 できます。残 基 は、側 鎖 の間 のアミド 結 合 により結 合 されま
す。ジスルフィド 結 合 およびラクタム架 橋 を混 在 させることもできます。
ラクタム架 橋 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Lys および Asp か Glu のいずれかを含 むシーケンスを描 画 します。
2. 線 結 合 ツールを使 用 して、Lys ともう 1 つの残 基 の間 で結 合 を描 画 します。次 に例 を示 します。
第 5 章: 生体高分子の描画
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第 5 章: 生体高分子の描画
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チュート リアル
このチュート リアルでは、描 画 の基 本 テクニックを学 びます。各 チュート リアルでは、新 しい描 画 方 法 を紹 介 するか、また
はそれ以 前 のチュート リアルからの別 の手 順 を示 します。そのため、最 初 のチュート リアルから順 序 どおりに 1 つずつ
チュート リアルを進 めていくことをお勧 めします。
チュート リアルで使 われている用 語 に戸 惑 わないように、作 業 を開 始 する前 にもう一 度 1 ページの 「このガイド の表 記 規
則 」 に目 を通 してください。
ChemBioDraw 13.0 では、化 学 構 造 の作 成 中 に、その構 造 が化 学 的 に正 しいかどうかがチェックされます。エラーが検
出 されると、問 題 のオブジェクト の周 りに赤 いボックスが表 示 されます (赤 いボックスは印 刷 されません)。特 定 のオブジェク
ト の赤 いボックスを無 効 にするには、そのオブジェクト を右 クリックし、コンテキスト メニューの Display Warnings の選 択 を
解 除 します。
チュート リアル 1: 構 造 式 の描 画
このチュート リアルでは、構 造 式 を描 画 する方 法 について説 明 します。
結 合 角 と長 さを固 定 するには、Object メニューの Fixed Lengths と Fixed Angles をクリックします。これにより、結 合 長
と結 合 角 が構 造 式 で一 定 になります。
注 : 固 定 長 の長 さは Document Settings ダイアログ ボックスの Drawing タブで設 定 します。固 定 角 は常 に 15 度 の
倍 数 になります。
結 合 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. View メニューの Show Main Toolbar をクリックします。
2. メイン ツールバーの線 結 合 ツールを選 択 します。
3. ド キュメント ウィンド ウ内 をクリックします。結 合 が表 示 されます。
4. 2 番 目 の結 合 を追 加 するには、前 の手 順 で作 成 した結 合 の右 端 をクリックします。
2 つの結 合 が作 る角 度 は 120 度 になります。
注 : 連 鎖 角 の設 定 により、2 つの結 合 間 の角 度 が決 定 されます。連 鎖 角 を変 更 するには、247 ページの 「描 画 設
定 」 を参 照 してください。
5. 第 三 級 炭 素 を作 成 するには、手 順 4 でクリックした結 合 の端 点 をもう一 度 クリックします。
第 6 章: チュート リアル
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ChemBioDraw 13.0
結合次数の変更
二 重 結 合 を作 成 するには、手 順 4 で描 画 した垂 直 方 向 の結 合 に沿 ってクリックしてド ラッグするか、またはその結 合 を
ダブルクリックします。
原子ラベルの追加
1. テキスト ツールを使 用 して、以 下 のように二 重 結 合 の端 点 をクリックします。結 合 の端 の位 置 にテキスト ボックスが表
示 されます。
2. テキスト ボックスに大 文 字 で「O」と入 力 します。
3. Esc キーを押 すか、または別 のツールをクリックしてテキスト ボックスを閉 じます。
タイト ルの追加
分 子 名 を示 すタイト ルを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テキスト ツールを使 用 して、構 造 式 の左 下 の領 域 をクリックします。テキスト ボックスが表 示 されます。
2. テキスト ボックスに「2-propanone」と入 力 します。
3. Esc キーを押 すか、別 のツールをクリックします。
チュート リアル 2: 環 の描 画
このチュート リアルでは、環 を使 用 して構 造 式 を作 成 します。
環 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ベンゼン ツールを使 用 して、Shift キーを押 しながらド キュメント の空 白 領 域 をクリックします。
注: シクロペンタジエン環ツールまたはベンゼン ツールの使用時は、Shift キーを押しながら共鳴構造を変更します。
2. ベンゼン環 の右 下 にある結 合 の中 央 部 をポイント します。
第 6 章: チュート リアル
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3. クリックして、もう 1 つの環 を縮 合 させます。
4. 最 終 的 な構 造 式 では 2 番 目 の環 に二 重 結 合 が 1 つだけあります。この構 造 式 を修 正 するには、2 番 目 の環 の二
重 結 合 の 1 つにマウス ポインタを重 ねて「1」と入 力 します。もう一 方 の二 重 結 合 についても同 じ操 作 を繰 り返 しま
す。
図 6.1: 結 合 次 数 を変 更 するには、「1」と入 力 します。
5. 二 重 結 合 を 2 番 目 の環 に作 成 するには、目 的 の結 合 にマウス ポインタを重 ねて「2」と入 力 するか、その結 合 をク
リックします。
6. 結 合 ツールを使 用 して、下 図 の円 で囲 んだ炭 素 原 子 をクリックします。3 つの結 合 が表 示 されます。
第 6 章: チュート リアル
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ChemBioDraw 13.0
7. 下 図 に示 すように結 合 の 1 つにマウス ポインタを重 ねて「2」と入 力 します。もう一 方 の結 合 についても同 じ操 作 を繰
り返 します。
8. 右 端 の炭 素 原 子 にマウス ポインタを重 ねて文 字 「o」を入 力 し、ケト ン官 能 基 を作 成 します。
9. 左 端 の炭 素 同 士 を結 合 するには、線 結 合 ツールを選 択 し、一 方 の炭 素 をクリックしてもう一 方 の炭 素 までド ラッグ
して結 合 を作 成 します。
これで構 造 式 は完 成 です。
チュート リアル 3: フィッシャー投 影 図
このチュート リアルでは、グルコースのフィッシャー投 影 図 の作 成 方 法 を学 習 します。
第 6 章: チュート リアル
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ChemBioDraw 13.0
図 6.2: フィッシャー投 影 図
最 初 の結 合 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 線 結 合 ツールをクリックします。
2. ド キュメント ウィンド ウ内 をポイント します。下 へド ラッグして 1 番 目 の結 合 を描 画 します。
3. 下 側 の原 子 をポイント し、再 度 下 向 きにド ラッグして、2 番 目 の結 合 を描 画 します。
Show Chemical Warnings が選 択 されているため、赤 い波 線 のボックスが表 示 されます。現 時 点 では、このオプションを
選 択 したままにしておきます。
4. 5 つの結 合 ができるまで手 順 3 を繰 り返 します。
第 6 章: チュート リアル
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図 6.3: 骨 格 構 造 の描 画
注 : 描 画 した結 合 の長 さに添 ってポインタをド ラッグすると、ポインタとして矢 印 と + が交 互 に表 示 されます。矢 印 は
結 合 の中 央 部 をポイントしていることを示 し、+ は原 子 をポイントしていることを示 します。
作 成 した結 合 列 の 2 番 目 の原 子 に水 平 結 合 を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 水 平 結 合 を追 加 するために、1 番 上 の化 学 警 告 ボックスをポイント してクリックします。
結 合 を追 加 すると、赤 い波 線 のボックスの表 示 が消 えます。
2. もう一 度 クリックして、反 対 側 にも水 平 結 合 を追 加 します。
3. 化 学 警 告 ボックスごとに上 記 の手 順 1 と 2 を繰 り返 して、すべての水 平 結 合 を追 加 します。
図 6.4: 骨 格 構 造 に対 する水 平 な結 合 の追 加
最 初 と最 後 の炭 素 原 子 にラベルを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テキスト ツールを選 択 します。
2. 1 番 上 の炭 素 原 子 をクリックしてテキスト ボックスを開 き、「CHO」と入 力 します。
3. 1 番 下 の炭 素 原 子 をクリックし、「CH2OH」と入 力 します。
図 6.5: 原 子 ラベルの追 加
繰 り返 し出 現 する水 素 およびヒド ロキシル基 のラベルを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 次 の図 に A で示 した原 子 をクリックし、「H」と入 力 します。
第 6 章: チュート リアル
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2. B で水 素 の原 子 ラベルが付 いている位 置 の各 原 子 (直 前 の手 順 でラベルを付 けた原 子 を除 く) を順 にダブルクリック
します。
図 6.6: 繰 り返 し出 現 する原 子 ラベルの追 加
ヒント: テキスト ツールで原 子 をダブルクリックすると、前 回 追 加 したラベルと同 じラベルを追 加 できます。
3. まだラベルが付 いていない位 置 のいずれかの原 子 をクリックし、「O」と入 力 します。
4. 残 りの原 子 を順 にダブルクリックして、同 じラベルの追 加 を繰 り返 します。
図 6.7: 描 画 の完 成
描 画 した構 造 式 の基 本 特 性 を表 示 し、情 報 をド キュメント に貼 り付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 選 択 ツールをクリックすると、最 後 に描 画 した構 造 式 が選 択 されます。構 造 式 が選 択 されない場 合 は、構 造 式 をダ
ブルクリックします。
2. View メニューの Show Analysis Window をクリックします。
3. Analysis ウィンド ウで Paste をクリックします。構 造 式 の下 に、タイト ルとして解 析 情 報 が表 示 されます。
第 6 章: チュート リアル
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チュート リアル 4: 遠 近 感 のある描 画
このチュート リアルでは、次 のα-D-グルコースのモデルをハワース投 影 図 として作 成 し、遠 近 感 のある描 画 を作 成 する方
法 を学 習 します。
既 定 値 のスタイルを使 用 して新 しいド キュメント を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
File、Open Style Sheets、New Document の順 に選 択 します。
注 : ChemBioDraw 13.0 では前 回 の描 画 で使 用 したスタイル シートの情 報 が保 持 されているため、チュートリアルを
順 序 どおりに進 めている場 合 は、ド キュメントを開 く際 に、前 のチュートリアルで使 用 した ACS スタイル シートが既 定
値 として選 択 されます。この手 順 によってこの設 定 はリセットされ、New Document が既 定 値 になります。
環 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. シクロヘキサン環 ツールをクリックします。
2. ド キュメント ウィンド ウの空 白 領 域 をクリックします。シクロヘキサン環 が表 示 されます。
環 を回 転 させるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Edit メニューの Select All をクリックします (または Ctrl + A キーを押 します)。
2. Object メニューの Rotate をクリックします (または Ctrl + R キーを押 します)。
3. Rotate Objects ダイアログ ボックスで角 度 として 30 度 を入 力 し、Rotate をクリックします。シクロヘキサン環 が回 転 し
ます。
シクロヘキサンをテト ラヒド ロピランに変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 の外 側 をクリックして選 択 を解 除 します。
2. 次 の図 に示 した原 子 をポイント し、文 字 の o キーを押 します。
水 平 方 向 へサイズを変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 6 章: チュート リアル
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1. Edit メニューの Select All をクリックします (または Ctrl + A キーを押 します)。
2. 選 択 ツールを使 用 して右 側 のハンド ルをクリックし、環 を水 平 方 向 へド ラッグしてサイズを変 更 します。環 のサイズが
およそ 200% になったら、マウス ボタンを離 します。
環 を拡 大 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Edit メニューの Select All をクリックします (または Ctrl + A キーを押 します)。
2. 環 の頂 点 にある調 整 ハンド ルをクリックし、輪 のサイズが 150% になるまでド ラッグします。描 画 とテキスト の設 定 値 を
増 やすかどうかを問 い合 わせるダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. ダイアログ ボックスで No をクリックします。
垂 直 結 合 を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 線 結 合 ツールをクリックします。
2. 下 図 に示 した原 子 をポイント し、上 にド ラッグして結 合 を作 成 します。
3. 同 じ原 子 をポイント し、下 にド ラッグしてもう 1 つの結 合 を作 成 します。
4. この手 順 をさらに 4 回 繰 り返 して、下 図 に示 したように垂 直 結 合 の対 を追 加 します。
OH ラベルを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 6 章: チュート リアル
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チュート リアル 4 で示 した方 法 を使 用 して同 じ結 合 ラベルを繰 り返 し追 加 するか、またはホット キーを使 用 します。ホット
キーを使 用 する場 合 は、ラベルを追 加 する位 置 をポイント して、文 字 の o キーを押 します。ここではテキスト ツールを用
いる方 法 を再 度 使 用 しますが、操 作 の一 部 に前 とは少 し異 なる点 があります。
1. 線 結 合 ツールを選 択 し、下 図 に示 された原 子 をポイント した後 ダブルクリックしてテキスト ボックスを開 きます。
2. 「OH」と入 力 します。
図 6.8: OH ラベルの追 加
3. 下 図 に示 したように次 の原 子 にポインタを移 動 させ、ト リプルクリックして原 子 ラベルを繰 り返 します。
ヒント: 描 画 が小 さすぎてラベルを配 置 できない場 合 は、View メニューの Magnify をクリックして拡 大 します。
CH2OH ラベルを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. C5 の上 側 の原 子 をト リプルクリックします。
2. Enter キーを押 して原 子 ラベルのテキスト ボックスを開 きます。OH の前 に「CH2」と入 力 します。
第 6 章: チュート リアル
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ChemBioDraw 13.0
一 番 手 前 の結 合 のタイプを変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 太 線 結 合 ツールをクリックします。
2. 図 に示 された結 合 をクリックします。
3. 結 合 をポイント すると、カーソルの形 状 が太 線 矢 印 に変 わります。
4. ウェッジ結 合 ツールをクリックします。
5. 太 線 結 合 に隣 接 する 2 つの環 結 合 を順 にクリックします。
個 々 の結 合 の中 央 付 近 を、ウェッジの幅 の広 い端 を向 ける方 向 にややずらしてクリックします。
ヒント: ポインタが中 央 部 から離 れすぎていると、強 調 表 示 ボックスが消 えます。ポインタを配 置 しにくい場 合
は、View メニューの Magnify をクリックします。
注 : ウェッジが間 違 った方 向 を向 いている場 合 は、結 合 を再 度 クリックして向 きを変 更 します。
最 終 的 な構 造 式 は次 のようになります。
第 6 章: チュート リアル
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チュート リアル 5: ニューマン投 影 図
このチュート リアル では、エタンの場 合 を例 に、ニューマン投 影 図 の描 画 方 法 を学 習 します。
エタンを描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 線 結 合 ツールをクリックします。
2. ド キュメント ウィンド ウ内 をクリックし、下 にド ラッグして最 初 の結 合 を作 成 します。
3. 結 合 の下 側 の原 子 をクリックし、2 番 目 の結 合 を追 加 します。
4. 下 側 の原 子 をもう一 度 クリックし、3 番 目 の結 合 を追 加 します。
5. 各 結 合 の末 端 にマウスを移 動 し (クリックはしません)、「H」と入 力 して水 素 原 子 を追 加 します。
構 造 式 を複 製 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 6 章: チュート リアル
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1. 選 択 ツールをクリックします。最 後 に描 画 した構 造 式 が選 択 されます。
2. 複 製 を作 成 するには、Ctrl キーを押 しながら、構 造 式 の選 択 枠 を右 上 方 向 にド ラッグします。
ド ラッグ中 は選 択 枠 が表 示 されません。
コピーした構 造 式 の間 に結 合 を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 線 結 合 ツールをクリックします。
2. 下 側 のフラグメント の第 三 級 炭 素 原 子 をクリックし、他 方 の第 三 級 炭 素 までド ラッグします。
注 : 既 存 の原 子 を結 合 する場 合 、固 定 長 や固 定 角 のコマンド は無 視 されます。
マウス ボタンを離 すと、エタンの構 造 式 が完 成 します。次 に、この構 造 式 のニューマン投 影 図 を作 成 します。
ニューマン投影図の描画
このステップでは、ニューマン投 影 図 特 有 の中 空 円 を描 画 します。
1. 軌 道 ツールをクリックし、開 いた s 軌 道 を選 択 します。
2. 左 側 の中 央 の炭 素 をポイント してクリックし、外 側 へ向 けてド ラッグします。
軌 道 のサイズは、結 合 の場 合 と同 様 に制 限 されます。この制 限 は、Document Settings ダイアログ ボックスの Drawing
タブで、固 定 長 に対 する割 合 として設 定 されています。
注 : 軌 道 と構 造 式 との自 動 的 なグループ化 は行 われません。軌 道 を、描 画 した構 造 式 とグループ化 していっしょに
移 動 できるようにするには、Object メニューの Group をクリックします。
1. 矩 形 選 択 ツールをクリックします。軌 道 が選 択 されます。空 白 部 分 をクリックして、選 択 を解 除 します。
2. 構 造 式 の上 方 から、上 側 のフラグメント を矩 形 で囲 むようにド ラッグして、3 本 の結 合 を選 択 します。構 造 式 の 2 つ
のフラグメント を結 んでいる結 合 は選 択 しないでください。
選 択 範 囲 を回 転 させるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 回 転 ハンド ルをダブルクリックして、Rotate Objects ダイアログ ボックスを開 きます。
2. Angle テキスト ボックスに「180」と入 力 し、Rotate をクリックします。
第 6 章: チュート リアル
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回 転 した結 合 が選 択 されている状 態 のまま、構 造 式 の層 の前 後 配 置 を変 更 して、選 択 部 分 を前 面 に移 動 します。
3. Object メニューの Bring to Front をクリックします (この操 作 を行 っても、表 示 上 の変 化 は現 れません)。
構 造 式 の手 前 側 の部 分 を移 動 して、ニューマン投 影 図 を作 成 します。
1. 選 択 枠 の内 部 をポイント します。選 択 枠 内 ではポインタが手 の形 に変 わります。
2. 選 択 領 域 をド ラッグして、選 択 枠 内 の第 三 級 炭 素 を軌 道 の中 心 に移 動 します。
注 : 化 学 警 告 が有 効 になっている場 合 は、構 造 式 を重 ねた時 点 で赤 い警 告 ボックスが表 示 されます。これは炭 素
原 子 が C-C 結 合 に重 なっているためです。化 学 警 告 をオフにするには、View メニューの Chemical Warnings の選
択 を解 除 します。この種 類 の警 告 を無 効 にするには、Preferences をクリックし、Warnings タブで Atoms Near
Other Bonds を選 択 解 除 します。
3. マウス ボタンを離 して選 択 枠 の外 側 をクリックし、構 造 式 の選 択 を解 除 します。
チュート リアル 6: 立 体 化 学 構 造
このチュート リアルでは、立 体 化 学 マーカーおよび Flip コマンド について学 習 します。
最 初 に、この構 造 式 を描 画 します。
第 6 章: チュート リアル
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ChemBioDraw 13.0
この構 造 式 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 線 結 合 ツールをクリックします。
2. ド キュメント ウィンド ウ内 をクリックし、下 にド ラッグして最 初 の結 合 を作 成 します。
3. 下 側 の原 子 をポイント してクリックし、2 番 目 の結 合 を追 加 します。
4. 同 じ原 子 をポイント したまま、もう一 度 クリックして、3 番 目 の結 合 を追 加 します。
5. 下 図 に示 す原 子 をポイント し、2 度 クリックして結 合 を 2 つ作 成 します。
6. 下 図 に示 す結 合 をポイント して右 クリックし、コンテキスト メニューから Double、Plain の順 に選 択 します。
7. ウェッジ結 合 ツールをクリックし、下 の原 子 をポイント してクリックします。
第 6 章: チュート リアル
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原子ラベルの追加
1. テキスト ツールを選 択 した状 態 で下 図 に示 す原 子 をクリックし、表 示 されるテキスト ボックス内 に「NH2」と入 力 しま
す。
2. テキスト ツールを選 択 した状 態 で下 図 に示 す原 子 をクリックし、表 示 されるテキスト ボックス内 に「O」と入 力 します。
3. テキスト ツールを選 択 した状 態 で下 図 に示 す原 子 をクリックし、表 示 されるテキスト ボックス内 に「OH」と入 力 しま
す。
立体化学マーカーの表示
ここまでで、2 種 類 の異 性 体 を区 別 するための立 体 化 学 マーカー (R) および (S) を表 示 できるようになりました。
マーカーを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. なげなわ選 択 ツールまたは矩 形 選 択 ツールを使 用 して構 造 式 の全 体 を選 択 します。
2. Object メニューの Show Stereochemistry をクリックします。S マーカーが表 示 されます。
第 6 章: チュート リアル
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3. 構 造 式 を選 択 し、Object メニューの Flip Horizontal をクリックします。R マーカーが表 示 されます。
4. 構 造 式 が選 択 されている状 態 で、Object メニューの Rotate 180° Vertical をクリックします。オブジェクト ツールバー
を使 用 して構 造 式 を回 転 することもできます。
ウェッジ結 合 がハッシュ表 示 になり、(R) 立 体 化 学 構 造 は保 存 されます。
チュート リアル 7: テンプレート
ChemBioDraw 13.0 には、あらかじめ描 画 された構 造 式 や画 像 のテンプレート ライブラリが豊 富 に用 意 されています。テ
ンプレート は、新 たに描 画 を開 始 する場 合 と、既 存 の描 画 に変 更 を加 える場 合 のどちらにも使 用 できます。
このチュート リアルでは、フェナント レンのテンプレート を使 用 してペルオキシジベンゼンを作 成 します。テンプレート と最 終
的 な描 画 を以 下 に示 します。
第 6 章: チュート リアル
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フェナント レンのテンプレート を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File、Open Style Sheets、New Document の順 に選 択 します。
2. メイン ツールバーのテンプレート ツールを選 択 します。テンプレート パレット のリスト が表 示 されます。
3. Aromatics パレット で、フェナント レン テンプレート を選 択 します。
4. ド キュメント ウィンド ウ内 をクリックします。フェナント レンが表 示 されます。
ここで、構 造 式 の中 央 環 から 2 本 の結 合 を削 除 して 2 つの酸 素 原 子 を追 加 する必 要 があります。
フェナント レンを修 正 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. メイン ツールバーの消 しゴム ツールを選 択 します。
2. 中 央 環 の下 側 の結 合 をクリックします。
3. 中 央 環 の上 側 の二 重 結 合 をクリックします。これにより、二 重 結 合 が単 結 合 に変 化 します。
4. メイン ツールバーのテキスト ツールを選 択 します。
5. 炭 化 水 素 鎖 (変 更 前 は中 央 環 であった部 分 ) のどちらかの炭 素 原 子 を選 択 します。
6. O キーを押 して、その炭 素 原 子 を酸 素 原 子 に変 更 します。
7. もう 1 つの炭 素 原 子 を選 択 して、同 様 に酸 素 に変 更 します。以 上 で、ペルオキシジベンゼンの描 画 が完 了 しまし
た。
第 6 章: チュート リアル
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ChemBioDraw 13.0
高 度 な描 画 テクニック
高 度 な機 能 は、ユーザーの時 間 を節 約 すること、または基 本 ツールでは簡 単 に行 うことのできない機 能 を実 行 すること
を目 的 としています。たとえば、マウスをクリックして、描 画 を 3D モデルとして表 示 したり、立 体 異 性 体 を作 成 したりでき
ます。その他 の機 能 を使 用 して、次 のことを実 行 できます。
結 合 を原 子 ラベルの文 字 に付 加 する
結 合 点 がはっきり定 義 されていない結 合 を作 成 する
原 子 番 号 を追 加 する
構 造 式 のセクションを簡 略 表 示 または展 開 する
構 造 式 を 3 次 元 で表 示 する
マス フラグメント 、逆 合 成 、合 成 の描 画 を作 成 する
テンプレート を使 用 して描 画 する
テンプレート を作 成 および編 集 する
官 能 基 にニックネームでラベルを付 ける
オブジェクト の色 付 け
オブジェクト を選 択 して色 付 けすることができます。色 を付 けられるのは、化 学 構 造 式 の一 部 または全 体 、ボックス、曲
線 、矢 印 、軌 道 、反 応 機 構 記 号 などです。
オブジェクト に色 を付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. オブジェクト を選 択 します。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
スタイル ツールバーの Color ボタンをクリックし、表 示 されたメニューから色 を選 択 します。
Color メニューから色 を選 択 します。
右 クリックし、コンテキスト メニューから色 を選 びます。
Object メニューの Object Settings をクリックして、Drawing タブで色 を選 択 します。設 定 が完 了 したら、OK をク
リックします。
原子団の色分け
ChemBioDraw での色 付 け方 法 は、原 子 団 と Integral グループとで異 なります。Integral グループを色 付 けする場 合 、そ
のグループ内 のオブジェクト は新 しい色 を取 得 しますが、元 の影 付 けは保 持 されます。通 常 の原 子 団 を色 付 けする場
合 は、新 しい色 が適 用 され、元 の影 付 けは無 視 されます。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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図 7.1: A) 既 定 値 の色 で表 示 されたミトコンド リア構 造 式 、B) 原 子 団 として青 で色 付 けされた構 造 式 、C) Integral グ
ループとして青 で色 付 けされた構 造 式
原 子 団 内 のオブジェクト の元 の色 が同 一 でない場 合 でも、新 しい色 はその原 子 団 内 のすべての構 造 式 に適 用 されま
す。次 の例 を参 照 してください。
図 7.2: A) Integral グループとしてピンクで色 付 けされた構 造 式 、B) 原 子 団 としてピンクで色 付 けされた構 造 式
ラベル
ラベルは、原 子 を表 す以 外 に、ユーザーが定 義 する構 造 式 の領 域 を表 すこともできます。たとえば、分 子 の重 要 でない
領 域 にラベルを割 り当 てて、この部 分 を簡 略 化 することにより、描 画 のサイズを縮 小 することができます。その後 、ラベル
を展 開 して分 子 全 体 を表 示 することができます。
ラベルの作成
簡 略 ラベルを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 簡 略 化 する構 造 式 の範 囲 を選 択 します。
2. Structure メニューの Contract Label をクリックします。Contract Label ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. 簡 略 化 した構 造 式 に対 するラベルを入 力 し、OK をクリックします。
このラベルが、構 造 式 の選 択 部 分 に置 き換 わります。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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注 : 簡 略 化 する構 造 式 の範 囲 にエラーがあれば、エラー ダイアログ ボックスが表 示 されます。その他 のエラーを見 るに
は Ignore をクリックします。エラーをすべて無 視 するには Ignore All をクリックし、簡 略 化 処 理 を終 了 させるには
Stop をクリックします。
ラベルの展開
構 造 式 に定 義 済 みのニックネーム、長 い原 子 ラベル、簡 略 化 したラベルがあれば、ChemBioDraw は構 造 式 を元 の展
開 形 式 に戻 すことができます。
原 子 ラベルを展 開 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 選 択 ツールを選 択 します。
2. 展 開 するラベルを選 択 するか、構 造 式 をダブルクリックします。構 造 式 をダブルクリックすると、構 造 式 内 のラベルがす
べて選 択 されます。
3. Structure メニューの Expand Label をクリックします。構 造 式 ツールバーの Expand Label ツールを使 用 することもで
きます。構 造 式 が展 開 された形 式 で再 描 画 されます。ラベルを展 開 する例 を次 に示 します。
簡略化:
展開:
2 価 のニックネームを含 むラベル、たとえば H-Ala-OH を展 開 する場 合 、結 合 順 序 は、結 合 を作 成 した順 序 に依 存 し
ます。
複数の原子
ラベルは原 子 団 で構 成 することができます。ラベルを展 開 すると、構 造 式 になります。
簡略化:
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
展開:
複数の原子のラベルの追加
1. テキスト ツールを使 用 して、ラベルを付 けたい構 造 式 の中 の原 子 をクリックします。
2. 分 子 式 ("CH2NHCH3" など) を入 力 します。
3. 選 択 ツールを使 用 して、式 を選 択 します。
4. 分 子 式 を右 クリックして、Expand Label を選 択 するか、Structure メニューの Expand Label をクリックします。構 造
式 ツールバーの Expand Label ツールを使 用 することもできます。
図 7.3: ラベルに結 合 を追 加 する
ド ラッグする方 向 により、作 成 される結 合 の方 向 が決 まります。クリックして結 合 を追 加 する場 合 、次 のように、作 成 され
る結 合 が優 先 する方 向 はいくつかあります。
原 子 ラベルの終 端 に結 合 すると、作 成 される結 合 は可 能 な限 り水 平 方 向 になります。
原 子 ラベルの中 央 部 に結 合 すると、作 成 される結 合 は可 能 な限 り垂 直 方 向 になります。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
原 子 ラベルの先 頭 に結 合 すると、可 能 な限 り、Drawing Settings ダイアログ ボックスで設 定 された連 鎖 角 で結 合 を
描 画 します。その角 度 が使 用 できない場 合 は、次 善 の角 度 が用 いられます。
結合点
結 合 点 を使 用 すると、フェロセン ((Cp)2Fe) のようなポリハプト 構 造 式 や簡 略 表 示 による化 合 物 の配 置 異 性 体 を描 画
することができます。手 順 は似 ており、どちらのケースでも構 造 式 の化 学 的 意 味 が保 持 されます。一 般 構 造 式 の展 開
機 能 を使 って、簡 略 複 合 構 造 式 からすべての可 能 な構 造 式 を生 成 することができます。詳 細 については、223 ページ
の 「一 般 構 造 式 の展 開 」 を参 照 してください。
図 7.4: ポリハプト構 造 式 の描 画
多中心結合
構 造 式 に多 中 心 結 合 点 を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 全 体 または構 造 式 の一 部 を選 択 します。
2. Structure メニューの Add Multi-Center Attachment をクリックします。アスタリスクは、多 中 心 ノード を示 します。
多 中 心 結 合 点 への結 合 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 結 合 ツールをクリックします。
2. アスタリスクをポイント した後 、クリックまたはド ラッグして結 合 を作 成 します。
このアスタリスクは、そのフラグメント に結 合 を描 画 すると表 示 されなくなります。ただし、結 合 点 は、結 合 ツールまたは選
択 ツールを使 って表 示 できます。
ヒント: 固 定 長 が有 効 な場 合 は、Alt キーを押 しながら結 合 をド ラッグします。
可変結合点
Add Variable Attachment コマンド を使 用 して、化 学 的 意 味 を保 持 したまま簡 略 表 示 による化 合 物 の配 置 異 性 体 を
描 画 することができます。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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たとえば、下 に示 すようにジブロモベンゼンの 3 つの異 性 体 を明 示 的 に区 別 して描 画 することができます。下 に示 すよう
な可 変 結 合 を使 用 すれば、3 種 類 の異 性 体 をすべて 1 種 類 のペアレント 構 造 式 として表 現 することもできます。
以 下 の簡 略 表
示
図 7.5: ジブロモベンゼンの異 性 体
構 造 式 に可 変 結 合 点 を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 全 体 または構 造 式 の一 部 を選 択 します。
2. Structure メニューの Add Variable Attachment をクリックします。
3. 構 造 式 内 のアスタリスクをポイント し、ド ラッグして、結 合 を描 画 します。
注 : 固 定 長 を無 効 にするか切 り替 えて、結 合 が環 から引 き離 して描 画 されるようにします。
ヒント: 固 定 長 が有 効 な場 合 は、Alt キーを押 しながら結 合 をド ラッグします。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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注 : 結 合 点 から結 合 を描 画 すると、アスタリスクが消 えます。結 合 点 を表 示 するには、結 合 ツールまたは選 択 ツール
のいずれかでカーソルを結 合 点 の上 に置 きます。
原 子 の番 号 付 け
構 造 式 内 の原 子 に連 番 の番 号 または文 字 を追 加 できます。追 加 できるデータは以 下 のとおりです。
数 字 (1、2、3、．．．)
末 尾 が数 字 のテキスト (atom1)
ギリシャ文 字 (アルファ、ベータ、．．．)
文 字 (a、b、c、．．．)
既 定 値 のインジケータは数 字 です。
ヒント: 数 字 ではなくテキストを使 用 するには、原 子 に数 字 を割 り当 ててから、その数 字 を編 集 します。102 ページの
「原 子 番 号 の書 式 設 定 」 を参 照 してください。
原子番号の表示
1. 番 号 を付 ける 1 つまたは複 数 の原 子 を選 択 します。
2. 選 択 した原 子 または構 造 式 をポイント して、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
右 クリックして、コンテキスト メニューで Atom、Show Atom number の順 に選 択 します。
ホット キー「'」(アポスト ロフィ) を押 します。
原 子 番 号 を非 表 示 にするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 目 的 の原 子 または構 造 式 を選 択 します。
2. 右 クリックして、Atom をポイント し、Show Atom Number の選 択 を解 除 します。
注 : 原 子 番 号 インジケータを削 除 するには、消 しゴム ツールを使 用 してインジケータをクリックします。
原子番号の書式設定
原 子 の番 号 のテキスト とスタイルを編 集 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テキスト ツールを選 択 します。
2. 原 子 番 号 を選 択 し、新 しいテキスト を入 力 します。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
注 : 新 しいインジケータを入 力 すると、カウンタが新 しいスタイルにリセットされ、標 準 の方 法 によってそのスタイルで番
号 付 けを続 けることができます。たとえば、テキスト ボックスに「α」と入 力 した後 、別 の原 子 をポイントし、コンテキスト
メニューまたはホットキーを使 用 すると、2 番 目 の原 子 に「β」というラベルが付 きます。別 の構 造 式 に切 り替 えると、カ
ウンタがリセットされます。
3. 原 子 番 号 スタイルを編 集 するには、テキスト ツールで原 子 番 号 を選 択 し、Text メニューまたはテキスト 書 式 設 定
ツールバーを使 用 してスタイルを変 更 します。
原子番号の配置
対 応 する原 子 の周 辺 や、その原 子 から一 定 の距 離 を置 いた位 置 に各 原 子 番 号 を配 置 できます。
原 子 番 号 の位 置 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 移 動 するインジケータを右 クリックし、コンテキスト メニューの Position コマンド をクリックします。Position Indicators ダ
イアログ ボックスが表 示 されます。
2. 適 切 な位 置 オプションをクリックし、値 を入 力 します。
配置
入 力 する値
原 子 または結 合 の中 心 からインジケータの中 心 へ 角 度 または時 刻
(方 向 ) により指 定
原 子 または結 合 の中 心 からインジケータ ベースラ
縦 横 の移 動 距 離
インの左 下 へ
指 定 した座 標 位 置
縦 横 の絶 対 座 標
値
構造式の3 次元表示
構 造 式 の 3 次 元 表 示 ツールを使 用 して、分 子 または分 子 の一 部 を 3 次 元 で回 転 させることができます。
構 造 式 を回 転 させるには、次 の操 作 を行 ってください。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
1. 選 択 ツールまたは構 造 式 の 3 次 元 表 示 ツールで構 造 式 を選 択 します。
2. 構 造 式 の 3 次 元 表 示 ツールで、選 択 した構 造 式 をクリックしてド ラッグします。マークの付 いた枠 の中 にカーソルを置
き、任 意 の方 向 にド ラッグします。
ヒント: X 軸 または Y 軸 のみに回 転 を限 定 するには、Shift キーを押 しながらド ラッグします。
複 合 分 子 の一 部 分 を選 択 して、特 定 の結 合 の周 囲 を回 転 させることもできます。
注 : 構 造 式 の 3 次 元 表 示 を軌 道 に適 用 することはできません。
構 造 式 の 3 次 元 表 示 ツールの効 果 を取 り除 くには、次 の操 作 を行 ってください。
1. なげなわ選 択 ツールまたは矩 形 選 択 ツールで構 造 式 を選 択 します。
2. Object メニューの Flatten をクリックします。
注 : 構 造 式 を平 面 化 すると、構 造 式 の Z 座 標 情 報 が削 除 されますが、外 観 は変 化 しません。
マス フラグメント
マス フラグメント は質 量 分 析 計 の分 子 のフラグメント 化 を模 倣 したものです。マス フラグメント ツールを構 造 式 に適 用 す
る場 合 、結 合 を切 断 し、元 の構 造 式 からフラグメント を作 成 することにより、構 造 式 を切 り離 します。これは予 測 ツール
ではありませんが、どの結 合 を切 断 するかを指 定 する必 要 があります。
構 造 式 をフラグメント 化 するには、マス フラグメント ツールを使 って 1 つまたは複 数 の結 合 上 にマウスをド ラッグします。マ
ウス ボタンを離 すと、結 合 が切 断 されます。
既 定 値 では、マウス ボタンを離 すと描 画 した線 が消 えます。
注 : 曲 線 を描 画 するか、または線 を表 示 したままにするには、Alt キーを押 しながら、描 画 します。
線 が結 合 に交 差 すると、あたかも均 一 に切 断 されたかのように、結 合 のいずれの側 にもフラグメント の式 と質 量 が表 示
されます。単 結 合 は各 フラグメント でモノラジカルとなり、二 重 結 合 は 1 対 のジラジカルとなります。複 数 の結 合 に線 が交
差 している場 合 、線 の各 側 のフラグメント はすべて一 緒 と見 なされます。環 結 合 のみに線 が交 差 している場 合 、1 対 の
式 /質 量 が表 示 されます。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
化 学 式 と質 量 の表 示 を再 配 置 、または削 除 することができます。
合成と逆合成
ChemBioDraw 13.0 には、合 成 反 応 を描 画 できる 2 つのツールが用 意 されています。合 成 ツールは、指 定 した生 成 物
の構 造 式 に基 づいて合 成 反 応 を描 画 します。また、逆 合 成 ツールで反 応 を描 画 すると、左 側 に生 成 物 が表 示 され、
その横 には、反 応 物 を指 す矢 印 が示 されます。これらのツールは、メイン ツール パレット のフラグメンテーション ツール パ
レット 内 にあります。
これらの機 能 を示 すため、以 下 の構 造 式 から始 まる、キノリンの Beyer 法 を使 用 します。
適 切 なツールを使 って、点 線 で示 されているように結 合 の上 をド ラッグすることで、いずれかのタイプの反 応 を作 成 するこ
とができます。たとえば、逆 合 成 ツールを使 用 して、この反 応 を作 成 します。
図 7.6: キノリン逆 合 成
キノリン合 成
反 応 の描 画
反 応 の描 画 方 法 を示 すため、次 の例 を使 用 します。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
矢印の描画
2-プロパノンから始 めて (78 ページの 「チュート リアル 1: 構 造 式 の描 画 」 を参 照 )、反 応 矢 印 を描 画 します。
1. 矢 印 ツールバーで、次 に示 すように、最 初 の行 の左 から 3 番 目 の矢 印 をクリックします。
2. ド キュメント ウィンド ウで、マウスをクリックし、2-プロパノン構 造 式 の右 に水 平 にド ラッグします。矢 印 が表 示 されます。
3. テキスト ツールをクリックします。
4. 矢 印 の上 をクリックします。テキスト ボックスが表 示 されます。
5. 「OH」と入 力 し、Esc キーを押 します。必 要 に応 じて、選 択 ツールを使 ってテキスト ボックスを再 配 置 します。
注 : Show Chemical Warnings がオン (既 定 値 ) の場 合 に、ツールを変 更 したり別 のテキスト ボックスを開 いたりする
と、OH ラベルの周 りに赤 いボックスが表 示 されます。これはエラーを示 すものです。今 のところ、これは無 視 してくださ
い。
Chemical Symbols ツール パレット を使 用 して、電 荷 記 号 を追 加 します。
1. メイン ツール ツールバーの化 学 記 号 ツールをクリックします。
2. マウス ボタンを押 しながら、円 で囲 まれた Circle Minus 記 号 を選 択 します。
3. 次 に、OH ラベルの中 央 をポイント します。カーソルを右 または左 に少 し移 動 して、O を選 択 します。
4. 酸 素 原 子 を選 択 した状 態 で、原 子 の周 りの電 荷 記 号 を希 望 する位 置 にド ラッグします。
化 学 記 号 パレット から追 加 されるオブジェクト は、一 番 近 い構 造 式 に自 動 的 に関 連 付 けられます。なお、負 電 荷 を追
加 すると、赤 い原 子 価 エラー警 告 が消 えます。
生成物の描画
今 度 は 2-プロパノン構 造 式 のコピーを使 って、4-ヒド ロキシル-4-メチル-2-ペンタノンを作 成 することにします。生 成 物 を最
初 から自 分 で作 成 することもできますが、別 の構 造 式 をコピーするほうが簡 単 なこともあります。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
構 造 式 をコピーするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 2-プロパノン構 造 式 とそのタイト ルを選 択 します。
2. Ctrl キーを押 したままで操 作 します。
ポインタの形 状 が中 に + 記 号 のある手 のマークに変 わり、選 択 ツールのコピー モード になったことがわかります。
3. 選 択 枠 を右 にド ラッグし、マウス ボタンを離 します。
注 : コピーの位 置 を元 の構 造 式 の位 置 と整 列 させるには、Shift キーを押 しながらド ラッグします。
コピーした構 造 式 を修 正 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 線 結 合 ツールをクリックします。
2. コピーした構 造 式 の右 端 の結 合 をクリックします (下 図 )。
3. 終 端 の炭 素 原 子 をポイント します。
4. 3 つの結 合 が表 示 されるまで炭 素 原 子 を繰 り返 し (少 し間 をおきながら) クリックします。
注 : クリックの間 隔 が短 すぎると、ダブルクリックと解 釈 されてテキスト ボックスが開 かれるか、またはトリプルクリックと解
釈 されて最 後 に作 成 した原 子 ラベルがコピーされます。
5. 終 端 の炭 素 原 子 をポイント します。
6. 「OH」と入 力 します。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
生 成 物 のタイト ルを置 き換 えます。
1. テキスト ツールでタイト ルを選 択 し、「4-hydroxy-4-methyl-2-pentanone」と入 力 し、Enter キーを押 して 「 1 mole」と入
力 します。
2. テキスト ツールを使 用 して、反 応 物 のタイト ルに「2 Mole」を追 加 します。
反応の整形
反 応 を描 画 した後 、Structure メニューの Clean Up Reaction コマンド を使 用 して反 応 を整 形 できます。Clean Up
reaction コマンド を適 用 すると、反 応 成 分 間 の間 隔 が変 更 され、各 反 応 成 分 は均 等 に配 分 され、必 要 に応 じてプラ
ス記 号 が挿 入 され、矢 印 の長 さが調 整 されます。
反 応 を整 形 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 反 応 を選 択 します。
2. Structure、Clean Up Reaction の順 にクリックします。
ド キュメント に対 して反 応 の幅 が広 すぎる場 合 、反 応 は折 り返 されて複 数 の行 に表 示 されます (下 例 を参 照 )。
図 7.7: Clean Up Reaction コマンド を適 用 する前 の反 応
図 7.8: Clean Up Reaction コマンド を適 用 した後 の反 応
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
注 : Clean Up Reaction は、1 ステップの反 応 でのみ使 用 できます。
注 : Clean Up Reaction コマンド は、直 線 の矢 印 を持 つ反 応 でのみ使 用 できます。曲 線 の矢 印 の場 合 、Clean
Up Reaction コマンド は無 効 です。
反応インタープリタ
反 応 インタープリタは、描 画 された反 応 を解 析 して、反 応 を次 の個 別 の成 分 に分 類 します。
反応機構
反 応 ステップ
反応物
生成物
条件
ファイルを CDX または ML として保 存 して、解 釈 をディスクに保 存 できます。反 応 をデータベースに保 存 する場 合 、この
保 存 データは重 要 になります。
Show Reaction Interpretation を選 択 した状 態 で反 応 物 、生 成 物 、触 媒 、および反 応 の注 釈 の上 にカーソルを置 く
と、反 応 インタープリタによってこれらが色 分 けされます。これは、反 応 が正 しく認 識 されているかどうかを判 断 するのに役
立 ち、ユーザーは反 応 を調 整 して解 釈 を修 正 することができます。
反 応 を解 釈 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. View メニューの Show Reaction Interpretation をクリックします。
2. カーソルを反 応 矢 印 の上 に移 動 します。
反 応 を解 釈 するには、次 のことが必 要 です。
それぞれの反 応 物 と生 成 物 に最 低 1 つの原 子 が含 まれていること。
それぞれの反 応 物 と生 成 物 を 1 つのラベルを使 って記 述 すること。
複 数 の反 応 物 や生 成 物 は “+” 記 号 で連 結 すること。
反 応 条 件 は反 応 矢 印 の左 右 の境 界 内 に完 全 に収 まっていること。
反 応 に曲 線 矢 印 を含 めることはできない。
反 応 は、次 のように色 付 けされます。
反 応 は赤 。
生 成 物 はマゼンタ。
反 応 矢 印 の上 にあるものはすべてシアン。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
反 応 矢 印 の下 にあるものはすべて青 。
電子の押し出しおよびラジカルの押し出し
一 般 に、有 機 反 応 メカニズムを描 画 する際 は、電 子 の押 し出 し矢 印 を使 用 して電 子 の移 動 を表 します。ChemBioDraw 13.0 には、電 子 の移 動 を表 すための電 子 の押 し出 しツールおよびラジカルの押 し出 しツールが用 意 されていま
す。原 子 間 、結 合 間 、軌 道 間 の電 子 の移 動 を描 画 できます。
電 子 対 の移 動 を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フラグメント ツールバーで電 子 の押 し出 しツール
を選 択 します。
2. ソース オブジェクト でマウスをクリックし、ターゲット オブジェクト にド ラッグしてマウスを放 します。電 子 対 の移 動 を示 す両
鈎 矢 印 が表 示 されます (下 図 を参 照 )。
図 7.9: 電 子 の押 し出 しの例
1 つの電 子 の移 動 を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フラグメント ツールバーからラジカルの押 し出 しツールを選 択 します。
2. ソース オブジェクト でマウスをクリックし、ターゲット オブジェクト にド ラッグしてマウスを放 します。1 つの電 子 のみの移 動
を示 す片 鈎 矢 印 が表 示 されます (下 図 を参 照 )。
図 7.10: ラジカルの押 し出 しの例
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
矢 印 を選 択 するか、矢 印 の上 にカーソルを置 いて Delete を押 して、電 子 移 動 矢 印 を削 除 できます。矢 印 ツールまた
は電 子 の押 し出 しツールを使 用 して、電 子 移 動 矢 印 の形 状 を変 更 できます。電 子 の押 し出 し矢 印 またはラジカルの
押 し出 し矢 印 の上 にカーソルを置 くと、矢 印 のほかに、関 連 するオブジェクト が強 調 表 示 されます。
化 学 量 グリッド
化 学 量 グリッド は反 応 の化 学 量 論 データの計 算 に使 用 します。反 応 の描 画 を変 更 すると、それに応 じてグリッド の値 も
更 新 されます。手 間 のかかる計 算 がすべて自 動 的 に行 われるため、かなりの時 間 を節 約 できます。
化 学 量 グリッド を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 反 応 を描 画 するか、反 応 が含 まれているファイルを開 きます。
2. View、Show Reaction Interpretation の順 に選 択 します。Show Reaction Interpretation をオンにする
と、ChemDraw によって反 応 が正 しく解 釈 されるようになります。マウス ポインタを反 応 の上 に移 動 すると、次 のように
なります。
反応物 - 赤
生 成 物 - マゼンタ
反 応 矢 印 の上 下 にあるものすべて - シアンおよび青
3. 反 応 を選 択 し、Structure メニューの Analyze Stoichiometry をクリックします。複 数 のデータ フィールド に既 定 値 が
入 力 されたグリッド が反 応 の下 に表 示 されます。
注 : 反 応 矢 印 の上 側 に触 媒 または条 件 を示 すラベルが表 示 されている場 合 は、グリッド を作 成 する前 に、そのラベ
ルを右 クリックし、コンテキスト メニューの Interpret Chemically を選 択 解 除 してください。
グリッド にデータを入 力 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 等 量 計 算 の基 準 化 合 物 を設 定 します。既 定 値 の設 定 が妥 当 でない場 合 は、Limiting? 行 に表 示 されている No
を右 クリックし、コンテキスト メニューの Set Limiting をクリックします。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
2. テキスト ツールを選 択 し、データを入 力 する場 所 をクリックします。必 要 に応 じて、すべての反 応 の値 を入 力 します。
既 定 値 以 外 の単 位 を使 用 する場 合 は、値 とともに単 位 も入 力 します。スペースは不 要 です。
値
コメント
Limiting?
等 量 計 算 の基 準 化 合 物 として設 定 されている反 応 物 。等 量 計 算 の基 準 化 合 物 として指 定
できる反 応 物 は 1 つだけです。
Sample Mass
反 応 物 の質 量 。既 定 値 の単 位 : g
%Weight
反 応 物 の純 度 。既 定 値 は 100% です。
Volume
既 定 値 の単 位 : ml。モル濃 度 または密 度 も入 力 する必 要 があります。
Molarity
既 定 値 の単 位 : M
Density
既 定 値 の単 位 : g/ml
最 小 限 の情 報 を入 力 すると、その時 点 で値 が計 算 されます。
新 しい値 を入 力 、入 力 内 容 を編 集 、または反 応 を変 更 すると、自 動 的 に値 が再 計 算 されます。入 力 内 容 を編 集 す
るには、編 集 する箇 所 をクリックし、新 しい値 を入 力 します。たとえば、次 の表 で考 えてみましょう。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
表 の中 の、反 応 物 の Reactant Moles フィールド の値 を 30.00 mol に編 集 すると、表 の他 の部 分 が更 新 されます。
注 : 入 力 値 は太 字 で表 示 され、計 算 値 は通 常 のフォントで表 示 されます。
グリッド の行 や列 の表 示 /非 表 示 を選 択 できます。行 を隠 すには、行 を右 クリックし、コンテキスト メニューから Hide Row
を選 択 します。
列 を隠 すには、列 を右 クリックし、コンテキスト メニューから Hide Column を選 択 します。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
非 表 示 の行 または列 を表 示 するには、コンテキスト メニューから Show All を選 択 します。テキスト の色 を変 更 するには、
コンテキスト メニューから Color を選 択 します。
テンプレート
ChemBioDraw 13.0 には、テンプレート のライブラリが用 意 されています。テンプレート は新 しい描 画 の出 発 点 としても、
また既 存 の描 画 に追 加 するためにも使 用 できます。パレット は、一 連 のテンプレート です。
ユーザーが定 義 できるテンプレート は原 子 や結 合 に限 りません。テンプレート は、タイト ル、色 、ボックス、円 弧 、軌 道 、矢
印 、反 応 機 構 記 号 、曲 線 なども含 むことができます。他 のアプリケーションの画 像 をテンプレート 表 示 枠 に貼 り付 けるこ
ともできます。PerkinElmer Informatics Web サイト からテンプレート をダウンロード して使 用 することもできます。使 用 可 能
なテンプレート およびユーザーがダウンロード 可 能 なテンプレート の詳 細 については、★ ChemBioDraw template files★
および ★ BioDraw templates★ を参 照 してください。
テンプレート を開 くには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
メイン ツールバーのテンプレート ツールを選 択 します。
View メニューの Templates をクリックして、リスト からテンプレート ツールバーを選 択 します。
テンプレート を使 用 して描 画 に追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テンプレート ツールバーから必 要 なテンプレート を選 択 します。
2. ド キュメント ウィンド ウで、テンプレート が必 要 な向 きになるまでマウスをクリックしてド ラッグします。
ヒント: テンプレートのサイズを変 更 するには、テンプレートを描 画 しているときに Alt キーを押 します。
テンプレート は、既 存 の描 画 に構 造 的 特 徴 を追 加 するときにも使 用 できます。そのためには、次 の操 作 を行 ってくださ
い。
1. テンプレート ツールバーから必 要 なテンプレート を選 択 します。
2. 既 存 の描 画 に含 まれている結 合 をクリックして、テンプレート 構 造 式 を追 加 します。
テンプレート のカスタマイズ
テンプレート パレット を修 正 したり、独 自 のパレット を作 成 したりすることができます。パレット を作 成 する場 合 は、ド キュメ
ント ウィンド ウの上 に一 群 の空 のテンプレート 表 示 枠 が表 示 されます。パレット を保 存 すると、そのパレット には描 画 した
テンプレート が含 まれます。こうして作 成 したパレット は、テンプレート ツールのパレット リスト から選 択 できます。ド ロップさ
れるド キュメント 内 の個 別 のエンティティとして扱 われるように、テンプレート をグループとして保 存 することも、Integral グ
ループとして保 存 することさえもできます。
テンプレート パレット を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File、Open Templates、New Templates の順 に選 択 します。
2. テンプレート 表 示 枠 をクリックします。
3. ド キュメント ウィンド ウで新 しい構 造 式 を描 画 します。
4. 別 のテンプレート 表 示 枠 をクリックし、新 しい構 造 式 を描 画 します。
5. 希 望 するテンプレート をすべて描 画 したら、File メニューの Save をクリックします。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
注 : パレットを ChemDraw Items フォルダに保 存 すると、メイン ツールバーに表 示 されるようになります。
6. 任 意 の描 画 で、メイン ツールバーのテンプレート ツールを選 択 して、保 存 したパレット を使 用 します。
テンプレート の修正
1. File メニューの Open Templates をクリックし、パレット を選 択 します。
2. テンプレート を修 正 するには、そのテンプレート のテンプレート 表 示 枠 内 をクリックし、ド キュメント ウィンド ウで修 正 しま
す。パレット で、テンプレート 表 示 枠 をクリックします。ド キュメント ウィンド ウにテンプレート が表 示 されます。
3. ド キュメント ウィンド ウでテンプレート を編 集 します。
4. テンプレート を保 存 します。
パレット でパレット の行 または列 を追 加 または削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. パレット で、行 または列 のセルをクリックします。
2. Edit メニューの適 切 なオプションを選 択 します。
テンプレート の追加
テンプレート を追 加 するには、空 のテンプレート 表 示 枠 をクリックし、ド キュメント ウィンド ウでテンプレート を描 画 しま
す。File メニューの Save をクリックします。
テンプレート の注釈付け
1. File メニューの Open Templates をクリックし、パレット を選 択 します。
2. テンプレート 表 示 枠 内 の空 白 部 分 を右 クリックし、Annotate を選 択 します。Annotate ダイアログ ボックスが表 示 され
ます。
3. Content テキスト ボックスで、テンプレート の新 しい名 前 を指 定 します。
4. OK をクリックします。
5. Save をクリックします。注 釈 は、注 釈 付 きのテンプレート をポイント したときに、ツールヒント として表 示 されます。
テンプレート の削除
1. 削 除 するテンプレート のテンプレート 表 示 枠 を選 択 します。
2. ド キュメント ウィンド ウで描 画 全 体 を選 択 します。
3. Edit メニューの Clear をクリックします。
4. File メニューの Save をクリックします。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
テンプレート の向きの変更
作 成 するテンプレート を使 いやすくするには、使 用 頻 度 の高 い結 合 を修 正 できるようにテンプレート 構 造 式 の向 きを変
更 します。
テンプレート 表示枠のサイズ変更
テンプレート 表 示 枠 内 のテンプレート 表 示 枠 のサイズを変 更 するには、テンプレート 表 示 枠 の右 下 隅 をド ラッグします。
必 要 であれば、クリックしてからサイズ変 更 ハンド ルをド ラッグします。
ニックネームの定 義
ニックネームとは、部 分 構 造 式 を表 す英 数 字 の略 称 です。 1.ニックネームは、大 きな構 造 式 や、同 じ機 能 を繰 り返 し使
用 する構 造 式 を描 画 する場 合 に便 利 です。簡 略 ラベルはニックネームに似 ていますが、使 用 しているそのド キュメント で
のみ有 効 です。
ChemBioDraw 13.0 には、一 般 的 な官 能 基 とモノマーのニックネームのライブラリがあります。たとえば、タンパク質 の構 造
式 をよく描 画 するのであれば、描 画 の中 でアミノ酸 のニックネームを使 用 するほうが、それぞれのアミノ酸 を描 画 するよりも
便 利 でしょう。
ニックネームが表 す部 分 構 造 式 は、1 つまたは複 数 の結 合 点 を使 用 して残 りの構 造 式 に結 合 します。ただし、結 合 点
は単 結 合 でなければなりません。2 つ以 上 の結 合 点 を持 つ部 分 構 造 式 の場 合 は、結 合 点 の番 号 付 けによって、構
造 式 の他 の部 分 が結 合 される順 序 が決 まります。たとえば、H-Leu-OH という構 造 式 を展 開 すると、水 素 がロイシンの
最 初 の結 合 点 に結 合 し、ヒド ロキシル基 が 2 番 目 の結 合 点 に結 合 します。
詳 細 については、22 ページの 「ニックネームの使 用 」 を参 照 してください。
ここでは b-アラニン構 造 式 を使 用 して、新 しいニックネームを定 義 する方 法 を示 します。
1. b-アラニン構 造 式 を描 画 します。
2. NH2 基 への結 合 を描 画 します。
3. OH 基 でラベルを削 除 します。
4. 結 合 点 ツールを使 用 して、結 合 を N 末 端 に追 加 します。
5. 結 合 を C 末 端 に追 加 します。
1部分構造式は、描画した構造式の任意の部分です。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
6. 構 造 式 を選 択 して、Structure、Define Nickname の順 にクリックします。
7. ニックネーム用 の短 い名 前 を入 力 します。
ヒント: 元 素 と重 複 しないように、3 文 字 以 上 の名 前 を指 定 します。
8. OK をクリックします。
注 : 結 合 点 の順 序 は、結 合 点 を構 造 式 に追 加 した順 序 によって決 まります。
単 一 ラジカルを含 む構 造 式 からニックネームを定 義 することもできます。結 合 点 は、ラジカルの部 位 で追 加 されます。
ChemBioDraw 12.0 と同 様 に、構 造 式 から部 分 構 造 式 を取 り出 してニックネームを定 義 することもできます。
ニックネームと原子ラベル
元 素 名 と同 じニックネームを使 うと、その元 素 がニックネームによって置 き換 えられるというメッセージが表 示 されます。たと
えば、アセチル基 のニックネームとして Ac を使 用 すると、元 素 であるアクチニウムが置 き換 えられてしまいます。ま
た、Check Structure コマンド は、ラベルをアクチニウムではなくアセチル基 として認 識 します。
ニックネーム リスト には、次 のようなニックネームと元 素 名 の重 複 があります。
記号
ニックネーム
元素
Ac
アセチル
アクチニウム
Am
アミル
アメリシウム
Np
パラ-ニト ロフェニル
ネプツニウム
Pr
プロピル
プレセオジミウム
注 : Periodic Table ダイアログを使 用 して原 子 を構 造 式 に挿 入 する場 合 、元 素 は可 能 な限 り入 れられます。Periodic Table から Ac を選 択 して原 子 をクリックすると、アセチルではなくアクチニウムが配 置 されます。
ニックネームが元 素 名 を置 き換 えてしまわないように、ニックネームを削 除 するには、File メニューの List Nicknames をク
リックし、そのニックネームの定 義 を削 除 します。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
ニックネームの削除
ニックネーム ライブラリからニックネームを削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの List Nicknames をクリックします。
2. ニックネームを選 択 し、Delete をクリックします。
ニックネームのト ラブルシューティング
Define Nicknames コマンド が無 効 になっている場 合 は、次 の項 目 をチェックしてください。
結 合 点 がない。
3 つ以 上 の結 合 点 が定 義 されている。
結 合 点 が単 結 合 ではない。
次 の図 a では、官 能 基 全 体 が選 択 されています。結 合 点 を指 示 する原 子 がないため、ニックネームを定 義 することがで
きません。スルホンアミド 基 を未 選 択 の結 合 に付 加 すると、ニックネームを定 義 できます。
図 b では、ニックネームの 1 つの原 子 に複 数 の結 合 点 があります。
誤り
正 しい
a
b
ChemScript
ChemScript は、化 学 情 報 処 理 の Software Development Kit (SDK) です。PerkinElmer Informatics 製 品 で広 く使 用
されているプログラミング アルゴリズムが含 まれます。ソフト ウェア コード 作 成 の十 分 な知 識 をお持 ちであれ
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
ば、ChemScript を適 用 して ChemBioOffice アプリケーションで使 用 する独 自 のスクリプト を作 成 できます。
ChemBioDraw Ultra には、自 由 に使 用 できるサンプル スクリプト のライブラリも用 意 されています。File メニューの ChemScripts をクリックして、オプションを選 択 します。
現 行 の描 画 に対 してスクリプト を実 行 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Run ChemScript をクリックします。
2. Open ダイアログ ボックスで、スクリプト を選 択 し、Open をクリックします。
3. (オプション) スクリプト を再 度 実 行 するには、File メニューの Re-run Previously Selected ChemScript をクリックしま
す。
ChemScript との統合
注 : ChemScript は、プログラミングの経 験 を持 つユーザーを対 象 とした高 度 な機 能 です。
ChemScript を使 用 すると、カスタム機 能 を ChemBioDraw に追 加 できます。カスタム スクリプト はアプリケーションから起
動 でき、スクリプト の結 果 は新 しい ChemBioDraw ド キュメント に返 されます。スクリプト は、PYTHON または .NET を使
用 して作 成 する必 要 があります。カスタム スクリプト は次 の目 的 で使 用 できます。
ChemScript を使 用 したカスタム描 画 ルールを適 用 する。
ChemBioDraw から外 部 アプリケーションを起 動 する。
ChemBioDraw からワークフローを自 動 化 する。
スクリプト の入 力 データは、ChemDraw で現 在 アクティブなド キュメント からの CDXML データで構 成 されます。ド キュメン
ト の一 部 を選 択 した場 合 、ド キュメント で選 択 した部 分 のみがスクリプト の入 力 として使 用 されます。
スクリプト は化 学 構 造 式 や反 応 に適 用 できます。
使 いやすくするために、スクリプト は Scripts ディレクト リに配 置 することができます。Scripts ディレクト リは、ChemDraw 項
目 ディレクト リと同 一 ディレクト リ内 にあります。
スクリプト を起 動 するには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
File メニューの ChemScripts をクリックして、Scripts ディレクト リからスクリプト を選 択 します。
File メニューの Run ChemScript をクリックして、Scripts ディレクト リ以 外 のディレクト リからスクリプト を選 択 します。
File メニューの ChemScripts から ChemDraw で使 用 可 能 なサンプル スクリプト も使 用 できます。次 に例 を 1 つ示 しま
す。
1. ド キュメント ウィンド ウで少 なくとも 3 つの構 造 式 を描 画 します。
2. File、ChemScripts、Layout Molecules in a Circle の順 に選 択 します。円 の中 に配 置 した構 造 式 が新 しいド キュ
メント ウィンド ウに表 示 されます。
第 7 章: 高度な描画テクニック
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ChemBioDraw 13.0
Struct=Name
ChemBioDraw 13.0 には、構 造 式 と化 学 名 を生 成 するための 2 つの機 能 (Name>Struct および Struct>Name) が含 ま
れています。この 2 つの機 能 は、まとめて Struct=Name と呼 ばれます。
Struct>Name では、立 体 化 学 構 造 における Cahn-Ingold-Prelog (CIP) の順 位 則 を使 用 して、化 学 構 造 式 の名 称 を
生 成 することができます。このオプションを使 用 すると、描 画 した構 造 式 の名 前 を生 成 できます。
Name>Struct により、化 学 名 を対 応 する化 学 構 造 式 に変 換 できます。化 学 者 が使 っている化 学 名 を解 釈 できるよう
に設 計 されています。つまり、公 式 な IUPAC (国 際 純 正 応 用 化 学 連 合 )、IUBMB (国 際 生 化 学 分 子 生 物 学 連 合 )
および CAS などの法 則 や勧 告 の他 に、略 語 やスラングも認 識 します。
Struct>Name
Struct>Name により、多 種 多 様 な化 学 構 造 式 を解 釈 できます。つまり、構 造 式 を描 画 し、Struct>Name によってその
構 造 式 に名 前 を付 けることができます。また、その構 造 式 を修 正 すると、Struct=Name によって名 前 が更 新 されます。
Struct>Name の使用
構 造 式 の名 前 を生 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. Structure メニューの Convert Structure to Name をクリックします。構 造 式 の下 に名 前 が表 示 されます。
サポート される構造式
Struct>Name で解 釈 される学 名 のタイプには以 下 のものがあります。
立体化学構造
環と鎖の主要な原子団
カルボン酸
S、Se、および、Te 酸
ペルオキシ酸
S、Se、および、Te エステル
酸 アミド 派 生 物
S、Se、および、Te 酸 ハロゲン
炭酸
S、Se、および、Te アミド
硝酸
硫 化 物 とカルコゲン類 似 物
酸 ハロゲン化 物
スルホキシド とカルコゲン類 似 物
カルボンエステル
ヘテロ原 子 酸 (P、B、A など)
塩
ヘテロ原 子 エステル
無水物
酸 ハロゲン化 ヘテロ原 子
ヒド ラジド
アルデヒド とカルコゲン類 似 物
イミド
ケト ンとカルコゲン類 似 物
アミド
アルコールとカルコゲン類 似 物
ヒド ラジン
過酸化水素
ニト リル
過酸化物
アミド とイミド
第 8 章: Struct=Name
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ChemBioDraw 13.0
非環構造式
官 能 基 の分 離 と命 名
分 子 の基 本 鎖 の識 別
部 分 構 造 式 の識 別 と作 成
接 頭 辞 によってのみ引 用 される原 子 団 の命 名 法
ヘテロ非 環 式 化 合 物
置 換 基 の命 名
ロカント
名 前 生 成 (アルファベット 順 、句 読 法 など)
環構造式
Struct>Name では、次 のタイプの環 構 造 式 がサポート されます。
炭素単環構造式
ヘテロ単 環 構 造 式
融解多環構造式:
単純命名融解多環構造式
多環縮合環
二 構 造 複 合 環 の縮 合 環
三 以 上 構 造 複 合 環 の縮 合 環
架橋単環構造式
スピロ環 構 造
以 下 に、これらの環 構 造 の一 部 の定 義 を示 します。
環集合
環 集 合 には、単 結 合 または二 重 結 合 で結 合 されている 2 つ以 上 の同 一 の環 式 系 があります。環 集 合 を構 成 する複
数 の環 式 系 は、単 環 、縮 合 系 、脂 環 式 von Baeyer 系 、スピロ系 、フェイン系 、フラレンのいずれかです。
第 8 章: Struct=Name
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ChemBioDraw 13.0
図 8.1: 環 集 合 構 造 式 の例 : 1,1':2',1''-テルフェニル
縮合環系
Struct>Name では、次 のような 2 つ以 上 の環 を持 つ縮 合 環 系 がサポート されています。
図 8.2: 縮 合 環 系 の例 : シクロペンタ [ij] ペンタレノ [2,1,6-cde] アズレン
架橋縮合環系
ChemBioDraw 13.0 では、均 一 の (同 一 元 素 の原 子 のみから成 る) 単 純 非 環 式 (鎖 状 ) 独 立 橋 と縮 合 環 系 が 2 つの
(2 価 および多 価 の) 結 合 点 で結 合 されている架 橋 縮 合 環 系 がサポート されています。次 に例 を示 します。
図 8.3: 架 橋 縮 合 環 系 の例 : 9,10-エピジオキシアントラセン
ポリマー
ポリマーの構 造 式 を SMILES で表 すことはできません。ただし、Struct>Name は多 くのホモポリマー、コポリマー、代 替 ポ
リマーをサポート しています。次 に例 を示 します。
図 8.4: 硫 酸 (1:1) を持 つポリエチレンイミン化 合 物
第 8 章: Struct=Name
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ChemBioDraw 13.0
その他の化合物
リンおよびヒ素 化 合 物
Si、Ge、Sn、および、Pb 化 合 物
ホウ素 化 合 物
有機金属化合物
Struct>Name は、正 規 の CIP 立 体 化 学 構 造 記 述 子 を使 用 して命 名 します。
Struct>Name は、分 数 化 学 量 を含 め、括 弧 属 性 として指 定 された化 学 量 を直 接 サポート します。また、0.5 ("ヘミ") お
よび 1.5 ("セスキ") の化 学 量 を処 理 する方 法 も改 善 されています。次 に例 を示 します。
図 8.5: 2-(アミノオキシ) 酢 酸 ヘミ塩 酸 塩
Struct>Name は、化 学 名 の生 成 時 には IUPAC ルールに厳 密 に従 います。ただし、指 定 された水 素 を処 理 する際
は、CAS の命 名 規 則 の推 奨 事 項 に準 拠 します。たとえば、1,3-ジオキソール内 の 2 つの酸 素 原 子 間 の炭 素 原 子 は、
隣 接 する 2 つの原 子 (酸 素 原 子 ) に空 き原 子 価 がないため、二 重 結 合 を形 成 できません。この構 造 式 に推 奨 される
IUPAC (PIN) 名 は 2H-1,3-ジオキソールで、Struct>Name により 1,3-ジオキソールという名 前 が生 成 されます。Struct>Name により生 成 された名 前 は、この点 で CAS の命 名 規 則 の推 奨 事 項 に準 拠 しています。
サポート されない構造式
この機 能 には、一 部 の構 造 式 の解 釈 に若 干 の制 限 があります。こうした構 造 式 としては次 のものがあります。
スルホンとカルコゲン類 似 物
同 位 体 修 飾 された化 合 物
ラジカル、イオン、ラジカルイオン
自動更新
化 学 名 や化 学 分 析 などの化 学 的 物 性 をタイト ルで使 用 することができます。タイト ルの内 容 は、構 造 式 を変 更 すると
自 動 的 に更 新 されます。化 学 的 物 性 をタイト ルに追 加 する方 法 の詳 細 については、26 ページの 「解 析 データ」 を参
照 してください。
自 動 更 新 機 能 を切 り替 えるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. タイト ルをポイント します。
2. 右 クリックし、Auto-update を選 択 します。コマンド をオンにすると、コマンド の横 にチェック マークが付 きます。繰 り返
しクリックすると、コマンド のオン/オフが切 り替 わります。
自 動 更 新 機 能 がオン (既 定 値 ) になっていると、構 造 式 を変 更 するたびにラベルが更 新 されます。
第 8 章: Struct=Name
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ChemBioDraw 13.0
注 : 大 きな構 造 式 の場 合 、新 しいラベルが数 秒 間 表 示 されないことがあります。その間 も、引 き続 き構 造 式 の変 更
を行 うことができます。
Name>Struct
化 学 名 から構 造 式 を入 力 して、Name>Struct により構 造 式 を描 画 します。
一 部 の商 品 名 は使 用 できますが、Name>Struct は商 品 名 や一 般 名 称 を解 釈 できるようには設 計 されていません。こ
れらの構 造 式 を知 るには、ChemBioFinder.com などの化 学 データベースの方 が適 しています。
注 : アミノ酸 の形 式 を入 力 するときは、"アルファ" や "ベータ" などの語 を使 用 します。たとえば "アルファ アラニン" や "
ベータ アラニン" は、有 効 な Name>Struct 化 学 名 です。
注 : また Name>Struct では多 くのド イツ語 名 も解 釈 することができます。
名称から構造式への変換
名 称 を入 力 して構 造 式 に変 換 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Structure メニューの Convert Name to Structure をクリックします。
Insert Structure ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. 名 称 (たとえば、2-ブロモ安 息 香 酸 ) を入 力 するか、Ctrl + V キーを押 してクリップボード からコピーした名 前 を貼 り付
けます。
ヒント: また、Ctrl + V キーにより名 前 を貼 り付 けることもできます。 .
3. 名 称 が構 造 式 の下 に表 示 されるようにしたい場 合 は、Paste name below structure を選 択 します。
4. OK をクリックします。
クリップボード にコピーした名前の変換
クリップボード にコピーした名 前 を構 造 式 として貼 り付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ド キュメント ウィンド ウ内 をクリックします。
2. Edit、Paste Special、Name as Structure の順 に選 択 します。ド キュメント に構 造 式 が表 示 されます。
タイト ルの変換
タイト ルを構 造 式 に変 換 することができます。
1. タイト ルを選 択 します。
2. Structure メニューの Convert Name to Structure をクリックします。
サポート される構造式
Struct>Name では、以 下 の構 造 式 クラスの化 合 物 を命 名 することができます。
環 と鎖 の主 要 な原 子 団
酸 ハロゲン化 物
第 8 章: Struct=Name
酸 アミド 派 生 物
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ChemBioDraw 13.0
アルコールとカルコゲン類 似 物
アルデヒド とカルコゲン類 似 物
アミド
アミド とイミド
カルボン酸
カルボンエステル
酸 ハロゲン化 ヘテロ原 子
ヘテロ原 子 酸 (P、B、A など)
ヘテロ原 子 エステル
ヒド ラジド
ヒド ラジン
過酸化水素
ケト ンとカルコゲン類 似 物
無水物
炭酸
イミド
硝酸
ペルオキシ酸
塩
硫 化 物 とカルコゲン類 似 物
スルホキシド とカルコゲン類 似 物
過酸化物
S、Se、および、Te アミド
S、Se、および、Te 酸 ハロゲン
S、Se、および、Te 酸
S、Se、および、Te エステル
ニト リル
環構造式
架橋単環構造式
炭素単環構造式
単純命名融解多環構造式
その他 の化 合 物
ホウ素 化 合 物
有機金属化合物
ヘテロ単 環 構 造 式
二環式縮合環
二 構 造 複 合 環 の縮 合 環
Si、Ge、Sn、および、Pb 化 合 物
リンおよびヒ素 化 合 物
Name>Struct でほとんどの有 機 化 学 物 質 および無 機 化 学 物 質 の標 準 名 称 が認 識 されます。ただし、タイプによって
はサポート されないものもあります。
配位化合物
ポリボラン
ポリマー
フラレンやポルフィリン/ポルフィンなど、一 部 の高 度 な架 橋 環 系
次 のような立 体 化 学 構 造 指 定 子 : +、-、+/-、+-、 D、 l、 dl、endo、exo、syn、anti、r、t、c
第 8 章: Struct=Name
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ChemBioDraw 13.0
化学機能
構造式解析
Analysis ウィンド ウに、ド キュメント 全 体 、構 造 式 、または構 造 式 の一 部 の、化 学 式 、厳 密 な質 量 、分 子 量 、m/z、お
よび元 素 解 析 を表 示 できます。
ド キュメント ウィンド ウで選 択 したオブジェクト の値 が表 示 されます。ド キュメント で構 造 式 を選 択 していない場 合 は、ド
キュメント 全 体 の値 が表 示 されます。
このウィンド ウは、ド キュメント 内 で描 画 している間 、表 示 しておくことが可 能 です。描 画 状 況 に応 じて、最 新 の値 が表
示 されます。次 に例 を示 します。
Decimals 設 定 は Exact Mass、Molecular Weight、および m/z に対 してのみ適 用 されます。Analysis ウィンド ウに表 示
される値 を次 に示 します。
Formula。 分 子 式 は、分 子 の各 元 素 の原 子 数 、電 荷 、ラジカル、同 位 体 を正 確 に表 示 します。
Exact Mass。 構 造 式 の正 確 な分 子 量 。各 原 子 の原 子 量 は、その元 素 で最 も一 般 的 な同 位 体 に基 づいています。
Mol. Wt.。 構 造 式 の平 均 分 子 量 。原 子 量 は、その元 素 の全 同 位 体 の天 然 存 在 量 に基 づいています。
m/z。 質 量 /電 荷 。最 も一 般 的 な同 位 体 の質 量 と、同 位 体 の存 在 量 のグラフが表 示 されます。
分 子 量 には、各 元 素 の同 位 体 とそれらの天 然 存 在 量 が考 慮 されます。存 在 量 の多 い同 位 体 が複 数 ある場 合 は、
複 数 の分 子 量 が計 算 されます。存 在 量 の低 い組 み合 わせ (同 位 体 の存 在 量 が低 いか、中 位 の存 在 量 の寄 与 率 を
多 く含 んでいる) は考 慮 されません。
Elem. Anal.。 構 造 式 に含 まれる各 元 素 の重 さの割 合 です。
Analysis ウィンド ウを表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 全 体 または構 造 式 の一 部 を選 択 します。何 も選 択 しない場 合 、Analysis ウィンド ウには、構 造 式 全 体 の
値 が表 示 されます。
2. View、Show Analysis Window をクリックします。Analysis ウィンド ウに、選 択 した描 画 部 分 の値 、何 も選 択 しな
かった場 合 は描 画 全 体 の値 が表 示 されます。
3. (オプション) Paste を選 択 して、解 析 情 報 を描 画 に追 加 します。情 報 が編 集 可 能 なタイト ルとして表 示 されます。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
図 9.1: 構 造 式 解 析
構 造 式 を編 集 すると、編 集 結 果 に応 じてタイト ルの情 報 が更 新 されます。この情 報 の表 示 /非 表 示 を切 り替 えるに
は、次 の操 作 を行 ってください。
1. 任 意 のツールでタイト ルを右 クリックします。
2. Analysis をポイント し、表 示 /非 表 示 を切 り替 える項 目 をクリックして選 択 または選 択 解 除 します。
ChemBioFinder ホット リンク
PerkinElmer Informatics は化 合 物 とその特 性 に関 する膨 大 なデータベースを保 持 しています。ChemBioDraw 13.0 に
は、以 下 のような、データベースへのインターネット 接 続 機 能 があります。
PerkinElmer Informatics ChemIndex などのデータ リソースへのリンク
ChemSpider データベースへのリンク
名 前 と別 名
CAS 登 録 番 号 や ChemACX ID などの識 別 名
ホット リンク情 報 もデータ自 体 も頻 繁 に更 新 されています。
ホット リンクでは、ド キュメント ウィンド ウに構 造 式 に関 する情 報 が表 示 されます。
ChemBioFinder ホット リンクを開 くには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. View メニューの Show ChemBioFinder HotLink Window をクリックします。
注 : ChemSpider データベースにアクセスするには、ChemBioFinder Hotlink ウィンド ウの Properties テーブルで InchiKey または Std InchiKey の値 をクリックします。
立体化学構造
ChemBioDraw 13.0 では、Cahn-Ingold-Prelog (CIP) の順 位 則 に従 って絶 対 立 体 化 学 構 造 が計 算 されます。詳 細 に
ついては、285 ページの 「Cahn-Ingold-Prelog」 を参 照 してください。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
四 面 体 および二 重 結 合 の立 体 化 学 構 造 のみサポート しており、また非 ラセミ立 体 化 学 構 造 しか解 釈 できません。芳
香 族 結 合 の立 体 化 学 構 造 インジケータは表 示 されません。
ChemBioDraw では、以 下 のような表 記 を使 用 します。
(R), (S)
標準四面体立体化学構造。
(r), (s)
他 の立 体 化 学 中 心 が決 定 する四 面 体 立 体 化 学 構 造 。次 に例 を示 します。 cis-デカリンおよび myo-イノシト ール。
(E), (Z)
標準二重結合立体化学構造。
立体化学構造インジケータ
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. 右 クリックし、Object Settings を選 択 します。
3. Drawing タブの Atom Indicators および Bond Indicators の下 にある Show Stereochemistry を選 択 します。
この例 のように、立 体 中 心 にはマークが付 けられます。
描 画 を変 更 すると、立 体 構 造 インジケータが更 新 されます。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
インジケータの非表示
1. 非 表 示 にするインジケータを選 択 します。
2. 右 クリックしてメニューの Hide Indicator を選 択 します。
インジケータの書式設定
フォント のスタイルを変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. インジケータを選 択 します。
2. 右 クリックし、コンテキスト メニューから Style を選 びます。
かっこを立 体 化 学 構 造 インジケータに適 用 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. Preferences ダイアログ ボックスの Building/Display タブで Include Parentheses When Showing Stereochemistry を選 択 します。
インジケータの削除
インジケータを削 除 するには、消 しゴム ツールを使 用 してインジケータをクリックします。
インジケータの配置
クエリ インジケータを配 置 するには、ド ラッグするか、新 しい場 所 の数 値 を入 力 します。
正 確 な位 置 を指 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. インジケータを選 択 します。
2. 右 クリックし、メニューの Position をクリックします。Position Indicator ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. 適 切 なオプションをクリックし、次 の表 を参 考 にして値 を入 力 します。
配置
指 定 する値
原 子 または結 合 の中 心 からイ 角 度 (度 数 )
ンジケータの中 心 へ
または
時 計 (時 間 )
原 子 または結 合 の中 心 からイ 縦 横 の移 動 距 離
ンジケータ ベースラインの左 下
へ
指 定 した座 標 位 置
縦 横 の絶 対 座 標 値
相対立体化学構造
分 子 内 の立 体 中 心 の原 子 団 の関 係 を指 定 できます。
この表 記 法 では、立 体 化 学 構 造 の特 性 および個 々 の立 体 中 心 (分 子 全 体 ではない) を記 述 できます。そのため、少
数 の (あるいは 1 つの) 構 造 式 を使 って、いくつもの鏡 像 体 の特 性 を記 述 できます。この表 記 法 による記 述 列 を以 下 に
示 します。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
構 造 式 に立 体 化 学 表 記 法 を追 加 するには、Structure メニューの Enhanced Stereochemistry をクリックします。
この表 記 法 の有 効 性 が顕 著 に現 れるのは、複 雑 な鏡 像 体 を描 画 する場 合 です。たとえば、β-シペルメト リンは 2 つの
鏡 像 体 対 から成 る 4 種 類 の立 体 異 性 体 の混 合 物 です。しかし、これを描 画 するのに必 要 な構 造 式 は 1 つだけです。
図 9.2: β-シペルメトリン
2 つの立 体 中 心 に &1 記 号 が表 示 されているのは、これらが固 定 相 対 立 体 配 置 の関 係 にあるためです。一 方 が (R)
のとき、他 方 は (S) でなければなりません。結 果 として、これらは原 子 団 を形 成 しているのです。3 番 目 の立 体 中 心 は
独 立 に変 化 するので、&2 記 号 が付 きます。各 原 子 団 には 1 から順 に自 動 的 に番 号 が割 り当 てられます。β-シペルメ
ト リンの立 体 異 性 体 をすべて表 示 するには、File、Open Samples、b-Cypermethrin の順 に選 択 します。
原 子 団 の立 体 化 学 構 造 を示 すには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Shift キーを押 しながらクリックして、原 子 団 のすべての原 子 を選 択 します。
2. Structure メニューの Enhanced Stereochemistry をクリックし、立 体 化 学 構 造 マーカーを選 択 します。
インジケータの表 示 と非 表 示 については、129 ページの 「相 対 立 体 化 学 構 造 」 を参 照 してください。
この強 化 された立 体 化 学 構 造 表 記 法 は、次 のいずれの形 式 でも保 存 できます。(CDX、CDXML、MOL V3000、RXN
V3000、SKC、TGF)
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
SKC または TGF 形 式 で保 存 すると、インジケータは対 応 するデータ SGroup に変 換 されます。そのようなデータ SGroup
が含 まれている SKC または TGF 形 式 のファイルを開 くと、真 の Enhanced Stereochemistry 値 に変 換 されます。
化学的注釈
ChemBioDraw 13.0 では、以 下 のツールおよびツール パレット を使 用 して、ド キュメント に化 学 的 注 釈 を追 加 することが
できます。
Orbital ツール パレット 。 軌 道 を描 画 します。
Chemical Symbols ツール パレット 。 電 荷 、ラジカル、その他 の記 号 を描 画 します。
軌道ツール
軌 道 は、ノード が最 初 に表 示 されるように描 画 します。描 画 した軌 道 の背 景 色 、影 付 け、および純 色 は、Color メ
ニューを使 用 して変 更 できます。
描 画 中 に、Info ウィンド ウを表 示 させると、軌 道 の長 さと X 軸 に対 する角 度 が表 示 されます。軌 道 の長 さと角 度 を制 限
するには、Object メニューの Fixed Lengths または Fixed Angles をクリックします。
注 : 軌 道 は近 接 する構 造 式 の一 部 ではないため、結 合 、原 子 または原 子 ラベルを選 択 ツールでダブル クリックして
も選 択 されません。軌 道 を構 造 式 とグループ化 するには、Object メニューの Group をクリックします。45 ページの 「オ
ブジェクトのグループ化 」 を参 照 してください。
s-軌道
下 図 に s-軌 道 を示 します。
s-軌 道 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 軌 道 ツールの上 で、マウス ボタンを押 したままド ラッグして、パレット から s-軌道 ツールを選 択 します。
2. 描 画 内 で、軌 道 の中 心 になる原 子 をクリックします。
シグマ軌道
下 図 にシグマ軌 道 を示 します。
σ-軌 道 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 軌 道 ツールの上 で、マウス ボタンを押 したままド ラッグして、パレット から σ-軌 道 ツールを選 択 します。
2. 描 画 内 で、軌 道 の中 心 になる原 子 をクリックします。
シングル ローブ軌道
シングル ローブ軌 道 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 軌 道 ツールの上 で、マウス ボタンを押 したままド ラッグして、パレット からシングル ローブ軌 道 ツールを選 択 します。
2. 軌 道 の狭 い方 の端 を結 合 する原 子 をクリックします。
p-軌道
下 図 に p-軌 道 を示 します。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
p-軌 道 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 軌 道 ツールの上 で、マウス ボタンを押 したままド ラッグして、パレット から p-軌道 ツールを選 択 します。
2. 軌 道 のノード を結 合 する原 子 をクリックします。
混成軌道
下 図 に混 成 軌 道 を示 します。
混 成 軌 道 ('sp3') を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 軌 道 ツールの上 で、マウス ボタンを押 したままド ラッグして、パレット から混成軌道 ツールを選 択 します。
2. 軌 道 のノード を結 合 する原 子 をクリックします。
d-軌道
下 図 に d-軌 道 を示 します。
d-軌 道 ('dxy') を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 軌 道 ツールの上 で、マウス ボタンを押 したままド ラッグして、パレット から d-軌 道 ツールを選 択 します。
2. 軌 道 のノード を結 合 する原 子 をクリックします。
dz 軌 道 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
2-
1. 軌 道 ツールの上 で、マウス ボタンを押 したままド ラッグして、パレット から dz2-軌 道 ツールを選 択 します。
2. 軌 道 の節 を結 合 する原 子 をポイント します。
化学記号
付 加 されている化 学 記 号 (H-ド ット と H-ダッシュ以 外 ) は、関 連 付 けられている原 子 から任 意 の距 離 に移 動 できます。
使 用 可 能 な化 学 記 号 は次 のとおりです。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
図 9.3: 化 学 記 号 : A) 円 で囲 まれたプラス、B) プラス、C) ラジカル カチオン、D) 非 共 有 電 子 対 、E) H-ド ット、F) 結 合
点 、G) ポリマー ビーズ結 合 点 、H) 結 合 点 、I) 結 合 点 、J) H-ダッシュ、K) ラジカル、L) ラジカル アニオン、M) マイナス、N)
円 で囲 まれたマイナス
どの原 子 にも付 加 されていない記 号 は、任 意 の位 置 に配 置 してサイズを変 更 することができます。
H-ド ット と H-ダッシュ
Z 軸 に沿 って描 画 平 面 から手 前 に向 かう水 素 を表 すには、H-ド ット 記 号 を使 用 します。
Z 軸 に沿 って描 画 平 面 から奥 に向 かう水 素 を表 すには、H-ダッシュ記 号 を使 用 します。H–ド ット および H–ダッシュを挿
入 するには、原 子 をクリックします。
非共有電子対/ジラジカル
ルイス構 造 式 を描 画 する際 に多 用 される非 共 有 電 子 対 を表 すには、非 共 有 電 子 対 記 号 を使 用 します。
1. 化 学 記 号 ツールの上 で、マウス ボタンを押 したままド ラッグして、パレット から非 共 有 電 子 対 を選 択 します。
2. 非 共 有 電 子 対 を描 く原 子 をクリックし、非 共 有 電 子 対 を配 置 する場 所 にド ラッグします。非 共 有 電 子 対 は原 子 か
ら一 定 の距 離 を保 って配 置 されます。
ラジカル
単 一 の非 結 合 電 子 を表 すには、ラジカル記 号 を使 用 します。
1. 化 学 記 号 ツールの上 で、マウス ボタンを押 したままド ラッグして、パレット からラジカルを選 択 します。
2. ラジカル記 号 を描 く原 子 をクリックし、ラジカル記 号 を配 置 する場 所 にド ラッグします。
注 : 非 共 有 電 子 対 記 号 は、ラベルなしの炭 素 原 子 の横 に配 置 されると、ジラジカルとして解 釈 されます。
ラジカル カチオンとラジカル アニオン
荷 電 したラジカルを表 すには、荷 電 ラジカル記 号 を使 用 します。
1. 化 学 記 号 ツールの上 で、マウス ボタンを押 したままド ラッグして、パレット から記 号 を選 択 します。
2. 記 号 を描 く原 子 をクリックし、記 号 を配 置 する場 所 にド ラッグします。
ラジカル カチオン記 号 またはラジカル アニオン記 号 を水 平 方 向 に追 加 するには、原 子 をクリックします。
電荷記号
電 荷 を描 画 して、それを構 造 式 に関 連 付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 化 学 記 号 ツールの上 で、マウス ボタンを押 したままド ラッグして、パレット から電 荷 記 号 を選 択 します。
2. 電 荷 を対 応 させる原 子 をクリックしてド ラッグします。
電 荷 記 号 の追 加 に合 わせて、水 素 の数 が適 切 に増 減 されます。
結合点
結 合 点 を示 すことは、ポリマー結 合 コンビナト リアル合 成 、タンパク質 化 学 、およびその他 の場 合 に役 立 ちます。Chemical Symbols ツールバーには、化 学 的 意 味 を維 持 しながら結 合 点 を表 示 する結 合 点 描 画 ツールがあります。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
ビーズ ツールは、レジンとの結 合 を示 すために用 意 されているものです。これらのツールは、いずれもクエリで可 変 結 合 を
示 すために使 用 できますが (100 ページの 「結 合 点 」 を参 照 )、順 位 番 号 を示 すのはダイヤモンド ツールだけです。この
ツールを使 用 して構 造 式 にダイヤモンド 記 号 を追 加 していくと、追 加 した各 点 に連 番 が割 り当 てられます。
注 : また、矩 形 選 択 ツールを使 用 して選 択 し、サイズ変 更 ハンド ルをド ラッグしても、ポリマー ビーズをサイズ変 更 で
きます。
記号の回転
ラジカル アニオン記 号 、ラジカル カチオン記 号 、および非 共 有 電 子 対 記 号 は、最 初 に描 画 を開 始 した端 点 を中 心 に
回 転 させることができます。たとえば、ラジカル カチオン記 号 は、電 荷 を中 心 として回 転 し、サイズ変 更 されます。回 転
操 作 中 には、記 号 の一 端 の X 軸 に対 する角 度 が Info ウィンド ウに表 示 されます。
化 学 記 号 を回 転 させるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 化 学 記 号 を選 択 します。
2. 化 学 記 号 の回 転 ハンド ルをド ラッグします。42 ページの 「オブジェクト の回 転 」 を参 照 してください。
化学的物性
化 学 的 物 性 の予 測 は、ChemBioOffice 13.0 アプリケーションがサポート する重 要 な機 能 です。さまざまな手 法 の値 を
計 算 できます。たとえば、位 相 記 述 子 (例 : Wiener 指 数 、Balaban 指 数 )、熱 力 学 的 記 述 子 (例 : 溶 解 度 、融 点 、沸
点 )、分 配 係 数 (例 : CLogP)、化 学 物 質 の 3 次 元 形 状 および体 積 に関 する特 性 (例 : コノリー表 面 積 および容 積 ) な
どがあります。ある構 造 式 に対 して総 数 で 100 を超 す化 学 的 物 性 を計 算 できます。
特 定 のアプリケーションで使 用 可 能 な特 性 のリスト については、次 の各 リンクをクリックしてください。特 定 のアプリケーショ
ンで使 用 可 能 な特 性 の詳 細 については、それぞれのオンライン ヘルプまたは PerkinElmer Informatics Web サイト を参
照 してください。
134 ページの 「ChemBioDraw での特 性 予 測 」
139 ページの 「ChemBio3D での特 性 予 測 」
138 ページの 「ChemDraw/Excel での特 性 予 測 」
141 ページの 「ChemBioFinder の特 性 」
ChemBioDraw での特性予測
最 大 100 個 までの原 子 から成 る化 学 構 造 式 の物 理 的 、熱 力 学 的 な特 性 の予 測 値 を入 力 できます。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
特 性 は、選 択 した構 造 式 に対 して最 も信 頼 できる方 法 で計 算 されます。計 算 ではなく文 献 に記 載 されている数 値 に
基 づいた Log P および CMR の値 も、レポート ファイルに追 加 されます。レポート はテキスト ファイルとして作 成 され、ここ
に記 載 される情 報 は、Word ド キュメント のように、切 り取 って別 のド キュメント に貼 り付 けることができます。
計 算 される特 性 すべての一 覧 を以 下 に示 します。
B
H
P
Boiling Point (沸 点 )
Heat of Formation (生 成 熱 )
pKa
Henry’s Law Constant (ヘンリーの法 則 の
C
定数)
Critical Pressure (臨 界 圧 力 )
L
Critical Temperature (臨 界 温 度 )
LogP
Critical Volume (臨 界 容 積 )
LogS
CLogP/CMR
M
G
Melting Point (融 点 )
Gibbs Free Energy (ギブスの自 由 エネルギー)
MR
T
tPSA
Molecular Networks について
* 化 合 物 の酸 解 離 定 数 、水 溶 解 度 、およびオクタノール/水 の分 配 係 数 を予 測 するための MOSES.pKa、MOSES.logS、および MOSES.logP は、Molecular Networks のケモインフォマティクス プラット フォーム MOSES に基 づ
く計 算 モジュールです。MOSES は、Molecular Networks GmbH (ド イツ、エルランゲン) が開 発 、保 守 、所 有 していま
す。詳 細 については、www.molecular-networks.com/moses を参 照 してください。All rights reserved.Molecular Networks GmbH, Erlangen, Germany (www.molecular-networks.com)
制限
次 の原 子 タイプおよび混 成 状 態 のみがパラメータ化 されます。
C
C
3
sp
N
3
sp
N
N
S
2
sp
2
sp
O 3
sp
sp
3
sp
F
第 9 章: 化学機能
S
2
sp
Cl
C
N
aromatic
amide
C
N
O 2
sp
P
S
S
sulfoxide
Br
sp
aromatic
3
sp
sulfone
I
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ChemBioDraw 13.0
Boiling Point (沸点)
沸 点 は絶 対 温 度 で表 示 します。
溶 液 は、純 溶 媒 よりわずかに高 い温 度 で沸 騰 します。沸 点 の変 化 は次 の数 式 で算 出 します。
Kb はモル沸 点 定 数 です。m は、重 量 モル濃 度 で表 される溶 質 の濃 度 です。∆Tb は温 度 変 化 です。
Critical Pressure (臨界圧力)
バールで表 示 します。臨 界 温 度 で気 体 を液 化 するために必 要 な最 小 圧 力 です。
Critical Temperature (臨界温度)
絶 対 温 度 で表 示 します。気 体 の場 合 に、どんなに圧 力 を加 えても液 化 できなくなる最 低 温 度 です。
Critical Volume (臨界容積)
cm3/mol で表 示 します。臨 界 温 度 および臨 界 圧 力 において 1 モルの物 質 によって占 有 される体 積 です。
CLogP/CMR
CLogP は n-オクタノール/水 分 解 係 数 (log Pow) の計 算 に使 用 します。計 算 ではなく文 献 に記 載 されている数 値 に基
づいた LogP 値 がレポート ファイルに記 載 されます。
CMR はモル屈 折 度 の計 算 に使 用 します。計 算 ではなく文 献 に記 載 されている数 値 に基 づいた MR 値 がレポート ファ
イルに記 載 されます。
注 : CLogP と CMR の値 が表 示 されるのは、ChemBioDraw Ultra および ChemDraw Ultra の場 合 のみです。
Gibbs Free Energy (ギブスの自由エネルギー)
ギブスの自 由 エネルギーは次 のように定 義 されます。
以 下 と同 じです。
各 項 の意 味 は次 のとおりです。
U は内 部 エネルギーです (SI 単 位 : ジュール)。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
p は圧 力 です (SI 単 位 : パスカル)。
V は体 積 です (SI 単 位 : m3)。
T は温 度 です (SI 単 位 : ケルビン)。
S はエント ロピーです (SI 単 位 : ジュール毎 ケルビン)。
H はエンタルピーです (SI 単 位 : ジュール)。
注 : H と S は、標 準 温 度 および圧 力 で見 られる熱 力 学 的 な値 です。
Heat of Formation (生成熱)
KJ/mole で表 示 します。生 成 熱 は、定 圧 で構 成 分 子 から 1 モルの物 質 が生 成 される際 のエンタルピーの増 加 量 です。
Henry’s Law Constant (ヘンリーの法則の定数)
単 位 なしの値 です。ヘンリーの法 則 の定 数 は次 のように表 現 できます。
"p" は、溶 液 の上 にある気 体 の溶 質 の分 圧 です。"c" は、溶 質 の濃 度 です。"kH,pc" は、濃 度 で除 算 した圧 力 の次 元
を伴 う定 数 です。ヘンリーの法 則 の定 数 と呼 ばれる定 数 は、溶 質 、溶 媒 、温 度 に依 存 します。
LogP
分 配 係 数 は、2 つの溶 液 間 のイオン化 していない化 合 物 の濃 度 の比 です。イオン性 溶 質 の分 配 係 数 を測 定 する場
合 は、化 合 物 の優 勢 型 がイオン化 されないように水 相 の pH が調 整 されます。溶 媒 内 のイオン化 していない溶 質 の濃
度 の比 の対 数 は、LogP と呼 ばれます。
通 常 、選 択 する溶 媒 の 1 つは水 です。もう一 方 は疎 水 性 のもの (オクタノールなど) です。
LogP の計 算 式 は次 のとおりです。
LogS
LogS は、物 質 の溶 解 度 を決 定 します。mol/L 単 位 で測 定 されます。
化 合 物 の水 溶 解 度 は、その化 合 物 の吸 収 特 性 と分 布 特 性 に大 きく影 響 すると言 われています。
注 : LogS 計 算 は、Windows 版 の ChemBioDraw 13.0 でのみ使 用 できます。
Melting Point (融点)
標 準 大 気 圧 で固 体 が液 体 になる温 度 です。融 点 では、固 相 と液 相 が平 衡 状 態 で存 在 します。融 点 の計 算 式 は次
のとおりです。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
"T" は融 点 の温 度 です。"∆S" は融 解 エント ロピーの変 化 です。"∆H" は融 解 エンタルピーの変 化 です。
MR
モル屈 折 度 は、Crippen の微 細 化 法 、および Viswanadhan の微 細 化 法 により推 定 されます。レポート ファイルでは、
選 択 した物 質 について追 加 の経 験 的 LogP データが表 示 されます。
pKa
pKa は、酸 解 離 定 数 K の負 の対 数 です。化 合 物 またはイオンが溶 液 中 で解 離 する傾 向 を表 します。次 の数 式 で算
a
出 します。
レポート ファイルでは選 択 した物 質 について経 験 的 pKa データが表 示 されます。
注 : pKa 計 算 は、Windows 版 の ChemBioDraw 13.0 でのみ使 用 できます。
tPSA
フラグメント の寄 与 率 に基 づいた PSA の計 算 です。
ChemDraw/Excel での特性予測
ChemDraw/Excel の特 性 機 能 を使 用 して、特 定 の構 造 式 に対 するさまざまな特 性 の値 を表 示 することができます。最
適 な方 法 を使 用 して、各 特 性 が計 算 されます。ChemDraw/Excel で使 用 できる特 性 の一 覧 を以 下 に示 します。各
特 性 の詳 細 については、ChemDraw/Excel オンライン ヘルプを参 照 するか、PerkinElmer Informatics Web サイト をご
覧 ください。
使 用 できる特 性 には次 のものがあります。
B
F
Melting Point (融 点 )
Shape Attribute (形 状
属性)
Balaban Index (Balaban 指 数 )
Formal Charge (形 式 電
荷)
Molar Refractivity (モル屈 折
度)
Shape Coefficient (形
状係数)
Boiling Point (沸 点 )
Freezing Point (凝 固 点 )
Molecular Formula (分 子 式 )
Sum Of Degrees (次
数合計)
C
G
Molecular Weight (分 子 量 )
Sum of Valence
Degrees (原 子 価 合
計)
Cluster Count (クラスタ数 )
Gibbs Free Energy (ギブス
N
の自 由 エネルギー)
第 9 章: 化学機能
T
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ChemBioDraw 13.0
Critical Pressure (臨 界 圧 力 )
H
Number of rotatable bonds
(回 転 可 能 結 合 数 )
Total Connectivity (結
合合計)
Critical Temperature (臨 界 温
度)
Heat of Formation (生 成
熱)
O
Topological Diameter
(位 相 直 径 )
Critical Volume (臨 界 容 積 )
Henry’s Law Constant (ヘ
Ovality (卵 形 度 )
ンリーの法 則 の定 数 )
Topological Index (位
相指数)
Connolly Accessible Area (コノ
リー接 触 面 )
I
Total Valence Connectivity (原 子 価 結 合
合計)
Connolly Molecular Surface
Area (コノリー分 子 表 面 積 )
Principal Moments of Inertia
Ideal Gas Thermal Capac(X, Y, Z) (主 慣 性 モーメント
ity (理 想 気 体 熱 容 量 )
(X、Y、Z))
Connolly Solvent Accessible
Surface Area (コノリー溶 媒 接
触表面)
L
P
V
Polar Surface Area (極 性 表
面積)
Vapor Pressure (蒸 気
圧)
Connolly Solvent-Excluded VolLogP
ume (コノリー溶 媒 排 斥 容 積 )
R
W
E
M
Radius (半 径 )
Water Solubility (水 溶
性)
Exact Mass (厳 密 な質 量 )
Mass (質 量 )
S
Wiener Index (Wiener
指数)
ChemBio3D での特性予測
ChemBio3D により、特 性 の構 築 、解 析 、および計 算 をきわめて簡 単 に実 行 することができます。質 量 や分 子 式 を計
算 するための構 造 式 の解 析 、さまざまな物 理 特 性 の予 測 に加 え、分 子 ト ポロジの計 算 を行 うこともできます。ChemBio3D で使 用 できる特 性 の一 覧 を以 下 に示 します。各 特 性 の詳 細 については、ChemBio3D オンライン ヘルプを参 照
するか、PerkinElmer Informatics Web サイト をご覧 ください。
Mol Weight (モル重 量 )
B
G
Balaban Index (Balaban 指 数 )
Gibbs Free Energy (ギブス
Molecular Mass (分 子 量 )
の自 由 エネルギー)
Boiling Point (沸 点 )
H
C
Harmonic Zero Point
Molecular Topological Index
Energy (調 和 ゼロ ポイント
(分 子 位 相 指 数 )
エネルギー)
第 9 章: 化学機能
Molecular Surfaces (分 子 表
面)
Spin Density (スピン密
度)
Sum Of Degrees (次
数合計)
Sum of Valence
Degrees (原 子 価 合
計)
T
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ChemBioDraw 13.0
Heat Capacity (熱 容 量 )
Molecular Volume (分 子 体
積)
Thermodynamic
Energy (熱 力 学 的 エネ
ルギー)
Heat of Formation (生 成
熱)
Mulliken Charges (Mulliken
電荷)
Topological Diameter
(位 相 直 径 )
Cluster Count (クラスタ数 )
Henry’s Law Constant (ヘ Mulliken Populations (Mulンリーの法 則 の定 数 )
liken 電 子 密 度 )
Total Connectivity (結
合合計)
Connolly Accessible Area (コノ
リー接 触 面 )
Hyper Polarizability (超 分
m/z
極率)
Total Energy (エネル
ギー総 量 )
Connolly Molecular Area (コノ
リー分 子 面 )
Hyperfine Coupling Constants (超 微 細 結 合 定
数)
N
Total Valence Connectivity (原 子 価 結 合
合計)
Num Rotatable Bonds (回 転
可能結合数)
V
C
C
P
v
Connolly Solvent Excluded VolI
ume (コノリー溶 媒 排 斥 容 積 )
Critical Pressure (臨 界 圧 力 )
Ideal Gas Thermal CapacO
ity (理 想 気 体 熱 容 量 )
Vapor Pressure (蒸 気
圧)
Critical Temperature (臨 界 温
度)
Internal Energy (内 部 エネ
Ovality (卵 形 度 )
ルギー)
W
Critical Volume (臨 界 容 積 )
Ionization Potential (イオン
P
化 ポテンシャル)
Water Solubility (水 溶
性)
D
K
Partition Coefficient (分 配 係 Wiener Index (Wiener
数)
指数)
Dipole (双 極 子 )
Kinetic Energy (運 動 エネ
ルギー)
pKa
Z
E
L
Polar Surface Area (極 性 表
面積)
Zero-Point Energy (ゼ
ロ ポイント エネルギー)
Electron Density (電 子 密 度 )
LogP
Polarizability (分 極 率 )
Electrostatic Potential (静 電 的
LogS
ポテンシャル)
Potential Energy (ポテンシャ
ル エネルギー)
Elemental Analysis (元 素 解
析)
Lowdin Charges (Lowdin
電荷)
Principal Moment (主 モーメン
ト)
Enthalpy (エンタルピー)
Lowdin Populations (LowR
din 電 子 密 度 )
Entropy (エント ロピー)
M
Radius (半 径 )
Exact Mass (厳 密 な質 量 )
Mass (質 量 )
RMS Force (RMS 力 )
F
Melting Point (融 点 )
S
Formal Charge (形 式 電 荷 )
Mol Formula (分 子 式 )
SCF Energy (SCF エネル
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
ギー)
Frequencies (周 波 数 )
Mol Formula HTML (分 子
Shape Attribute (形 状 属 性 )
式 HTML)
Mol Refractivity (モル屈 折 Shape Coefficient (形 状 係
度)
数)
ChemBioFinder の特性
下 に示 す特 性 は、ChemBioOffice 2012 の ChemBioFinder Ultra で計 算 できます。これらの特 性 の詳 細 および計 算 方
法 については、ChemBioFinder オンライン ヘルプを参 照 してください。
B
H
P
Balaban Index (Balaban 指 数 )
Heat of Formation (生 成 熱 )
Partition Coefficient (分 配 係 数 )
Boiling Point (沸 点 )
C
Chemical Name (化 学 名 )
Henry’s Law Constant (ヘンリーの法 則 の定
数)
I
Ideal Gas Thermal Capacity (理 想 気 体 熱
容量)
pKa
Polar Surface Area (極 性 表 面 積 )
Principal Moment (主 モーメント )
Cluster Count (クラスタ数 )
L
R
Critical Pressure (臨 界 圧 力 )
LogP
Radius (半 径 )
Critical Temperature (臨 界 温 度 )
LogS
S
Critical Volume (臨 界 容 積 )
M
Shape Attribute (形 状 属 性 )
Connolly Accessible Area (コノリー接 触 面 )
Mass (質 量 )
Shape Coefficient (形 状 係 数 )
Connolly Molecular Area (コノリー分 子 面 )
Melting Point (融 点 )
Sum of Degrees (次 数 合 計 )
Mol Formula (分 子 式 )
Sum of Valence Degrees (原 子 価 合 計 )
E
Mol Formula HTML (分 子 式 HTML)
T
Elemental Analysis (元 素 解 析 )
Mol Refractivity (モル屈 折 度 )
Topological Diameter (位 相 直 径 )
Exact Mass (厳 密 な質 量 )
Mol Weight (モル重 量 )
Total Connectivity (結 合 合 計 )
Connolly Solvent Excluded Volume (コノリー溶 媒 排
斥容積)
F
Molecular Topological Index (分 子 位 相 指
数)
Total Valence Connectivity (原 子 価 結 合 合 計 )
Formal Charge (形 式 電 荷 )
m/z
V
G
N
Vapor Pressure (蒸 気 圧 )
Gibbs Free Energy (ギブスの自 由 エネルギー)
Num Rotatable Bonds (回 転 可 能 結 合 数 ) W
O
Water Solubility (水 溶 性 )
Ovality (卵 形 度 )
Wiener Index (Wiener 指 数 )
化学的物性の表示
1. 特 性 を表 示 する対 象 の構 造 式 を選 択 します。
2. View メニューの Show Chemical Properties Window をクリックします。Chemical Properties ウィンド ウが表 示 され
ます。
3. ド キュメント に基 本 特 性 を貼 り付 けるには、Paste をクリックします。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
4. レポート を作 成 し、他 の微 細 化 法 の結 果 を表 示 するには、Report をクリックします。
3D 表 示
描 画 を作 成 しているときに、3 次 元 で表 示 したいことがあります。ChemBioDraw には、3 次 元 表 示 を実 行 できる機 能
が 2 つあります。
注 : 構 造 式 を 3 次 元 でプレビューするためには、コンピュータに ChemBio3D をインストールする必 要 があります。
3D モデル
3D モデルを使 って、構 造 式 の 3D バージョンを描 画 に貼 り付 けます。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. Edit メニューの Get 3D Model をクリックします。3D 構 造 式 がド キュメント ウィンド ウに表 示 されます。
ChemBio3D でモデルを表 示 するには、モデルをダブルクリックします。
注 : この方 法 で挿 入 された 3D オブジェクトをプラットフォーム間 で転 送 することはできません。詳 細 については、240
ページの 「ファイル形 式 」 を参 照 してください。
注 : また、"Copy as CDX" を使 用 して ChemBio3D からモデルをコピーして ChemBioDraw に貼 り付 けることもできま
す。3D 座 標 を持 つ ChemDraw 構 造 式 が生 成 され、構 造 式 の 3 次 元 表 示 ツールを使 用 して、3D でこの構 造 式
を回 転 させることができます。
ChemBio3D のプレビュー オプション
プレビュー ウィンド ウに、選 択 した構 造 式 (何 も選 択 されていない場 合 はすべての構 造 式 ) が 3D で表 示 されま
す。ChemBio 3D のプレビューは、化 学 構 造 式 に対 してのみ機 能 します。表 示 するには、View メニューの Show ChemBio3D Hotlink Window をクリックします。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
プレビュー ウィンド ウを開 いた状 態 で、ド キュメント ウィンド ウまたはプレビュー ウィンド ウのいずれかで、構 造 式 の表 示 方
法 を変 更 することができます。
ド キュメント ウィンド ウの場合
プレビュー ウィンド ウを開 いた状 態 でも、ド キュメント ウィンド ウで描 画 の表 示 方 法 を変 更 できます。プレビュー ウィンド ウ
は、変 更 内 容 を反 映 するように更 新 されます。
ChemBio3D のプレビューの場合
プレビュー ウィンド ウには、構 造 式 の表 示 オプションが複 数 用 意 されています。
図 9.4: A) Launch ChemBio3D、B) Display Mode、C) Select、D) Translate、E) Rotate、F) Zoom、G) Spin、H) Rock
第 9 章: 化学機能
143 / 303
ChemBioDraw 13.0
Launch Chem 3D。 構 造 式 は、ChemBio3D では編 集 可 能 なモデルとして表 示 されます。
Display Mode。 モデルの表 示 オプションとして、ワイヤ フレーム、スティック、ボール & スティック、シリンダ結 合 、空 間 充
填 のどれかを選 択 します。
Select。 構 造 式 または構 造 式 の一 部 を選 択 します。
Translate。 構 造 式 を移 動 します。
Rotate。 構 造 式 を 3 次 元 で回 転 させます (画 像 は ChemBio3D のプレビューでのみ回 転 します)。
Zoom。 構 造 式 の見 かけのサイズを拡 大 または縮 小 します。
Spin。 構 造 式 を水 平 に一 方 向 に回 転 させます。
Rock。 構 造 式 を水 平 に行 ったり来 たりする形 で回 転 させます。
ド キュメント ウィンド ウに戻る
ChemBio3D のプレビューを終 了 するには、プレビュー ウィンド ウを閉 じます。
3D モデルを編 集 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 3D 構 造 式 をダブルクリックします。ChemBio3D が開 きます。
2. 構 造 式 を編 集 して、ChemBio3D を閉 じます。
編 集 した構 造 式 が ChemBioDraw のド キュメント ウィンド ウに表 示 されます。
TLC
TLC ツール を使 用 すると、薄 層 クロマト グラフィー プレート を描 くことができます。このツールでは、原 線 、溶 媒 フロント 、お
よび単 数 または複 数 のレーンを持 つ矩 形 プレート を作 成 できます。レーンには、異 なる Rf、サイズ、形 、または色 のス
ポット を入 れることができます。
TLC プレート を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. クロマト グラフィー ツールバーで TLC ツールを選 択 します。
2. 元 の点 から任 意 の方 向 にド ラッグします。プレート の幅 によって、レーンの数 が決 まります。
以 下 の方 法 で、プレート に変 更 を加 えることができます。
目的
操作
プレート の高 さまたは幅 を変 更 する。
縁 または角 をド ラッグします。
原 点 または溶 媒 フロント を移 動 する。
原 点 または溶 媒 フロント ラインをクリックおよびド ラッグし
ます。
原 点 、溶 媒 フロント 、枠 、またはサイド ティックを表
示 または非 表 示 にする。
プレート を右 クリックし、適 切 な操 作 を選 択 します。
スキャンしたプレート 上 に TLC プレート をオーバーレイする
には、Transparent オプションを使 用 します。
レーン順 を変 更 する。
原 点 ティックを新 しい位 置 にド ラッグします。
レーンを追 加 、削 除 、またはコピーする。
1. カーソルを削 除 またはコピーするレーンの上 (または追
第 9 章: 化学機能
144 / 303
ChemBioDraw 13.0
目的
操作
加 するレーンの間 ) に配 置 します。
2. プレート を右 クリック します。
3. 該 当 する操 作 を選 択 します。
4. (オプション) レーンを削 除 するには、消 しゴム ツール
でクリックします。
スポット を移 動 する。
スポット をド ラッグします。ド ラッグすると Rf が表 示 されま
す。
スポット を複 製 する。
スポット を別 のレーンに Ctrl + ド ラッグします。
スポット を削 除 する。
消 しゴム ツールでスポット をクリックします。レーンのスポッ
ト をすべて消 すと、レーンが削 除 されます。
スポット の Rf を表 示 または設 定 する。カスタム スポッ 1. スポット を右 クリック します。
ト を追 加 する。
2. TLC スポット をポイント して、適 切 な操 作 を行 いま
す。
すべてのスポット の Rf を表 示 するには、プレート で右 ク
リック し、TLC Spots サブメニューから Show Rf を選 択 し
ます。
スポット のスタイルまたは色 を変 更 する。
1. スポット を右 クリック します。
2. スタイルまたは色 を選 択 します。
すべてのスタイルをオフのままにすると、中 空 のスポット が
作 成 されます。すべてのスポット のスタイルを変 更 するに
は、プレート を右 クリック し、TLC Spots サブメニューから
スタイルを選 択 します。
スポット を拡 大 する、または塗 る。
スポット を Shift + ド ラッグします。カーソルをスポット 上 に
配 置 して Shift キーを押 すと、カーソルを置 いた位 置 に
応 じて、カーソルが以 下 の 3 つのいずれかの形 になりま
す。
十 字 矢 印 カーソル (スポット を拡 大 する)。
横 矢 印 カーソル (スポット の幅 を拡 大 する)。
縦 矢 印 カーソル (スポット の長 さを拡 大 するか、三 日
月 を作 成 する)。
第 9 章: 化学機能
145 / 303
ChemBioDraw 13.0
Rf 表示
スポット を右 クリックして Show Rf を選 択 すると、そのスポット の保 持 値 が示 されます。既 定 値 では、値 として小 数 点 2
桁 までの Rf が表 示 されます。
タグの移動
タグを選 択 ツールでクリックしてド ラッグするか、またはタグを右 クリック し、 Position を選 択 します。次 に、 Position Indi-
cators ボックス内 の値 を編 集 します。
Rf 値の編集
テキスト ツールでタグを選 択 し、その値 を編 集 します。
Rf を変 更 すると、スポット は示 された新 しい位 置 に移 動 します。
Rf を別 の精 度 に編 集 すると、その精 度 が保 持 されます。
スポット のサイズ変更
Shift キーを押 しながらスポット の縁 をポイント すると、スポット のサイズを変 更 することができます。スポット の左 側 または右
側 をド ラッグすると、スポット の幅 のみが調 整 されます。上 からド ラッグすると、スポット の高 さが調 整 されます。下 からド ラッ
グすると、スポット の末 尾 が調 整 されます。他 の 4 つの角 のいずれからド ラッグしても、3 つの値 はすべて拡 大 または縮 小
されます。
カスタム スポット
一 般 的 なスポット 図 形 は、TLC ツールを使 って作 成 します。他 のタイプ (塗 りつぶしなど) のスポット は、カスタム スポット と
して再 作 成 します。Set Custom Spot コマンド を使 うと、スポット 用 のグラフィック ファイルを挿 入 できます。通 常 、これらの
ファイルは、TLC プレート をスキャンし、スポット をスポット 図 形 ライブラリに保 存 することにより作 成 されます。
ゲル電気泳動ツール
ゲル電 気 泳 動 ツールは、クロマト グラフィー ツールバーにあり、TLC ツールとよく似 た機 能 を備 えています。このツールは、1
つ以 上 のバンド が含 まれる複 数 のレーンを持 つプレート で構 成 されています。バンド は、サイズを変 更 したり、レーンに
沿 って移 動 させたりすることができます。たとえば、次 の図 を見 てみましょう。
プレート では、次 の操 作 を行 うことができます。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
オプション
動作
Show scale.
プレート の右 側 にスケール バーが表 示 されます。既 定 値 では、表
示 単 位 は kDa です。単 位 は、Log (質 量 )、質 量 、または距 離 に
変 更 できます ("Units" サブメニューから選 択 )。Log (質 量 ) と質 量
では、最 上 部 に最 高 値 が表 示 されます。距 離 では、最 下 部 に最
高 値 "1" が表 示 されます。
Show Lane
各 レーンにラベルが表 示 されます。ラベルの名 前 を変 更 したり、任
Labels.
意 の角 度 に回 転 させたりすることができます。いずれかのラベルを
回 転 させると、他 のラベルも同 じ角 度 で回 転 します。
Set Range...
ダイアログ ボックスが表 示 され、新 しい範 囲 を入 力 するように求 め
られます。このダイアログ ボックスに入 力 する理 論 値 の単 位 は常 に
"kDa" です。範 囲 の既 定 値 は 10 ～ 1,000,000 (質 量 )、1 ～ 6
(Log)、0 ～ 1 (距 離 ) です。範 囲 を変 更 すると、範 囲 外 となったバ
ンド は非 表 示 になります。
Add Bands...
ダイアログ ボックスが表 示 され、選 択 したレーンに作 成 される新 し
いバンド の質 量 を入 力 するように求 められます。区 切 り文 字 にはス
ペースを使 用 します。入 力 できるのは数 字 だけです。また、次 の方
法 でバンド を追 加 することもできます。 Alt キーを押 しながら、プ
レート のレーンの上 にカーソルを移 動 します。カーソルが "+" に変
わったら、プレート をクリックすると、新 しいバンド が配 置 されます。
Add Lane
新 しいレーンが追 加 されます。
Duplicate Lane
レーンの複 製 が追 加 されます。また、Ctrl キーを押 しながら、選 択
したレーンをド ラッグしても、レーンが複 製 されます。
Delete Lane
レーンが削 除 されます。
特 定 レーンのすべての項 目 を同 時 に変 更 することができます。そのためには、レーンの上 にカーソルを移 動 し、必 要 なコ
ンテキスト メニュー オプションを選 択 します。たとえば、レーンのすべての項 目 を特 定 の色 やスタイルで表 示 することができ
ます。
第 9 章: 化学機能
147 / 303
ChemBioDraw 13.0
バンド に対 しては次 の操 作 を行 うことができます。
オプション
動作
Show size.
バンド の上 に現 在 の値 が表 示 されます。値 はバンド の上 部
に常 に表 示 され、バンド と結 合 されています。バンド を別 の場
所 にド ラッグすると、バンド とテキスト をつなぐ線 が表 示 されま
す。
Alt キーを押 すと、マーカー ラベルを移 動 できます。
Set Size.
ダイアログ ボックスが表 示 され、バンド の新 しい質 量 (サイズ)
を入 力 するように求 められます。バンド は、この新 しい値 に
従 って自 動 的 に移 動 します。範 囲 外 となり非 表 示 になった
バンド を配 置 することができます。
Style
選 択 したバンド のスタイルを指 定 します。指 定 できるスタイル
オプションは、塗 りつぶし、塗 りつぶしなし、太 点 線 、二 重 塗
りつぶしの 4 つです。スタイルは組 み合 わせることもできます。
Set Custom Band
ダイアログ ボックスが表 示 され、選 択 したバンド に表 示 するグ
ラフィック ファイルを指 定 するように求 められます。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
オプション
動作
Duplicate Band
バンド を複 製 するには、バンド を選 択 し、Ctrl キーを押 しなが
らド ラッグします。
Remove Custom
Band
選 択 したバンド のカスタム バンド 設 定 が削 除 され、既 定 値 の
スタイルでバンド が表 示 されるようになります。
Delete Band
レーンからバンド が削 除 されます。また、バンド の上 にカーソル
を移 動 し、Delete キーを押 してレーンのバンド を削 除 すること
もできます。
注: レーンは空になってもかまいません。
ChemNMR
ChemNMR を使 用 すると、選 択 した分 子 の陽 子 と炭 素 -13 の化 学 シフト を推 算 し、表 示 できます。
ChemBioDraw と同 様 に、ChemBio3D を使 用 して NMR を予 測 することもできます。ChemBio3D には、NMR を予 測
する計 算 化 学 パッケージ用 のインターフェイスがいくつか用 意 されています。パッケージによっては IR スペクト ルやその他 の
スペクト ルを予 測 するものがあります。NMR 予 測 に対 応 した ChemBio3D パッケージの詳 細 と使 用 できるパラメータにつ
いては、『Chem & Bio 3D ユーザーズ ガイド 』を参 照 してください。
ChemNMR のパラメータ
Preferences ダイアログの ChemNMR オプションを使 用 して、ChemNMR のパラメータ値 を設 定 します。
溶媒
ChemNMR では、溶 媒 をユーザーが定 義 することはできません。ただし、カスタムのシフト 補 正 データを新 規 に追 加 する
場 合 を除 きます。既 定 値 の ChemNMR データベースのスペクト ルに対 しては、ほとんどの場 合 重 水 素 化 クロロホルムが
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
使 用 されますが、データベースでは無 溶 媒 を前 提 としています。ChemBioDraw 13.0 では、Preferences ダイアログで、
溶 媒 として重 水 素 化 クロロホルムまたは重 水 素 化 ジメチルスルホキシド のいずれかを設 定 できます。溶 媒 に依 存 するス
ペクト ル シフト は通 常 、"rough" の予 測 値 として示 されます。
分光器の周波数
陽 子 NMR を予 測 するとき、ChemNMR では分 光 器 の既 定 値 の周 波 数 として 300 MHz を使 用 します。既 定 値 の周
波 数 を変 更 するには、Preferences ダイアログで別 の周 波 数 を設 定 するか、Alt キーを押 しながら Predict 1H-NMR
Shifts を選 択 して、周 波 数 を MHz 単 位 で入 力 し、スペクト ルを実 行 します。新 しい周 波 数 は、いったん ChemBioDraw を終 了 した場 合 でも、この値 をリセット するまで適 用 されます。分 光 器 の周 波 数 パラメータは、陽 子 NMR にの
み適 用 されます。
詳 細 については、下 記 を参 照 してください。
150 ページの 「NMR シフト 」 (ChemDraw での NMR 予 測 の実 行 方 法 )
151 ページの 「スペクト ルへの構 造 式 の割 り当 て」 (ピークへの原 子 の再 リンク)
151 ページの 「スペクト ル割 り当 ての表 示 」 (原 子 に関 連 付 けられたピーク)
151 ページの 「スペクト ル割 り当 ての解 除 」 (原 子 とピークの関 連 付 け解 除 )
152 ページの 「カスタムのシフト 補 正 データ」 (新 しいスペクト ル情 報 の追 加 )
155 ページの 「ChemNMR 制 限 」 (元 素 と標 準 偏 差 )
155 ページの 「NMR 参 照 文 献 」 (引 用 した文 献 )
NMR シフト
ChemNMR は、加 算 性 の原 則 が適 用 可 能 なすべての水 素 および炭 素 原 子 について化 学 シフト を推 算 します。階 層
式 リスト に従 って、分 子 の主 要 な部 分 構 造 が最 初 に判 定 されます。部 分 構 造 から、推 定 されたシフト の基 礎 となる値
を得 ることができます。たとえばベンゼンは、ト リニト ロト ルエンの主 要 な部 分 構 造 です。
部 分 構 造 がデータにない環 構 造 をしていると、ChemNMR は埋 め込 まれている環 を用 いて、その基 礎 シフト を概 算 し、
必 要 な場 合 は環 構 造 を非 環 式 部 分 構 造 に分 解 します。
ChemNMR は、分 子 の残 りの部 分 を部 分 構 造 の置 換 基 とみなします。各 置 換 基 は、結 合 している部 分 構 造 の基 礎
シフト に対 して、追 加 または差 し引 きされます。加 算 性 の原 則 によって各 置 換 基 の漸 増 率 が判 定 されます。置 換 基 の
漸 増 率 が判 定 できない場 合 、ChemNMR は、同 じ近 傍 の原 子 を持 つより小 さな構 造 単 位 で埋 め込 まれている置 換
基 を使 用 します。あるいは、置 換 基 の影 響 が同 じ程 度 と仮 定 して、対 応 する部 分 構 造 と同 じ置 換 基 または対 応 する
部 分 構 造 に埋 め込 まれている置 換 基 の漸 増 率 を適 用 します。
ChemNMR は、適 用 した推 算 過 程 の詳 細 な手 順 を表 示 します。名 称 、化 合 物 の種 類 (ほとんどの場 合 )、リニア コー
ド の形 態 における置 換 基 などで、部 分 構 造 を表 示 します。
また、エチレン (シス/ト ランス) とシクロヘキサン (エクアト リアル/アキシャル) のモデルも用 意 しています。
1H
または 13C NMR 情 報 を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. Structure メニューの Predict 1H-NMR Shifts または Predict 13C-NMR Shifts をクリックします。
ChemNMR は、推 定 されたシフト で分 子 を再 描 画 し、新 しいウィンド ウに情 報 と線 スペクト ルを表 示 します。
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ChemBioDraw 13.0
NMR 周波数の変更
ChemDraw で陽 子 NMR 予 測 を行 う際 の NMR の既 定 値 の周 波 数 である 300 Mhz は変 更 することができます。
周 波 数 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. Alt キーを押 しながら、Structure メニューから Predict 1H-NMR Shifts を選 択 します。Set Frequency ダイアログ
ボックスが表 示 されます。
3. 新 しい周 波 数 を指 定 して、OK をクリックします。
4. Structure メニューの Predict 1H-NMR Shifts をクリックします。予 測 された NMR スペクト ルが表 示 されます。
注 : Preferences ダイアログの ChemNMR タブで NMR 周 波 数 を設 定 することもできます。
周 波 数 の変 更 は出 力 NMR スペクト ルには示 されませんが、変 更 した周 波 数 値 は、ChemDraw の終 了 後 も設 定 され
たままになります。したがって、以 降 の NMR 予 測 で混 乱 が生 じないように、周 波 数 は 300 MHz に戻 しておくことをお勧
めします。
スペクト ルへの構造式の割り当て
ChemBioDraw Ultra では、スペクト ルに構 造 式 を割 り当 てることができます。構 造 式 が割 り当 てられているスペクト ルで
は、特 定 のピークにポインタを合 わせると、そのピークに関 連 付 けられている構 造 式 が表 示 されます。
1. スペクト ル ファイルを開 きます。
2. スペクト ルに割 り当 てる構 造 式 (複 数 も可 ) を描 画 します。
3. 構 造 式 内 の特 定 の原 子 および結 合 を選 択 します。
4. 構 造 式 を割 り当 てるピーク (複 数 も可 ) を、Shift キーを押 しながらクリックします。
選 択 したオブジェクト を囲 む選 択 枠 が表 示 されます。
5. Structure メニューの Make Spectrum-Structure Assignment をクリックします。
構 造 式 内 の選 択 された原 子 と結 合 が、選 択 されたスペクト ルのピークに関 連 付 けられます。
スペクト ル割り当ての表示
1. なげなわ選 択 ツールまたは矩 形 選 択 ツールをクリックします。
2. ピークの上 にポインタを置 きます。割 り当 てられた原 子 または結 合 が強 調 表 示 されます。
スペクト ル割り当ての解除
構 造 式 へのスペクト ルの割 り当 てを解 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
1. なげなわ選 択 ツールまたは矩 形 選 択 ツールをクリックします。
2. 割 り当 てを解 除 するオブジェクト を選 択 します。
3. Structure メニューの Clear Spectrum-Structure をクリックします。
カスタムのシフト 補正データ
陽 子 予 測 のための独 自 のシフト 補 正 データを追 加 して、ChemNMR アルゴリズムで使 用 される既 存 のデータを補 うこと
ができます。補 正 データを使 用 するには、SDfile 形 式 でデータを作 成 し、そのファイルを使 用 して ChemBioDraw
ChemNMR データベースを更 新 します。
ACD Labs ソフト ウェアや Mnova Lite などのサード パーティ製 ツールを使 用 して予 測 結 果 を強 化 することにより、分 析 プ
ロセスをサポート することができます。Mnova Lite では、Mnova NMR でスペクト ルを割 り当 て、割 り当 て内 容 を SD ファイ
ルに保 存 することができます。これを ChemNMR データベースに追 加 します。追 加 するデータが増 えるほど、予 測 が正 確
になります(手 順 については、アプリケーションのユーザーズ マニュアルを参 照 してください)。
NMR データ形式
SDF ファイルに追 加 する補 正 データは、次 の形 式 で記 述 する必 要 があります。
> <SHIFT>
<atom_id>,<shift_value>,<ignored>
次 に例 を示 します。
> <SHIFT1>
2,9.61,0.0
> <SHIFT2>
3,8.92,0.0
各 分 子 の補 正 データは、その分 子 の構 造 式 データの直 後 に記 述 する必 要 があります。たとえば、SDF ファイルにベンゼ
ンが含 まれている場 合 は、ベンゼンの構 造 式 データの直 後 にその NMR データを記 述 する必 要 があります。
ChemNMR データベースの更新
補 足 データを含 む SDF ファイルの作 成 が完 了 したら、次 の手 順 に従 って ChemNMR データベースを更 新 します。
1. ChemBioDraw を終 了 します。
2. ChemBioDraw ChemNMR ディレクト リの場 所 を確 認 します。既 定 値 では、このディレクト リは次 の場 所 になります。
C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\ CambridgeSoft\ChemOffice2012\ ChemDraw\ChemNMR
3. DOS プロンプト を開 きます。
Windows XP では、スタート メニューのファイル名 を指 定 して実 行 をクリックし、ファイル名 を指 定 して実 行 ウィンド ウ
に「cmd」と入 力 して、OK をクリックします。
Windows Vista では、スタート ボタンをクリックし、検 索 の開 始 フィールド に「cmd」と入 力 して、Enter キーを押 しま
す。
4. DOS プロンプト で、手 順 2 で確 認 した ChemNMR ディレクト リに移 動 します。
5. 次 のコマンド を入 力 します。
MakeChemNMRUserDB.exe <input file> <resource directory> <output directory>
各 項 の意 味 は次 のとおりです。
<input file> には、補 正 データが含 まれている SDF ファイルのファイル名 を完 全 パスで指 定 します。
<resource directory> および <output directory> には、ChemNMR ディレクト リへの完 全 パスを指 定 します。
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
6. ChemBioDraw を再 起 動 します。
既定値の NMR データの復元
独 自 のデータの使 用 を中 止 して、ChemBioDraw を元 の設 定 に戻 すには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ChemBioDraw を終 了 します。
2. ChemNMR ディレクト リの場 所 を確 認 します。
3. Ushiftdb5H1.txt と Usimilvecx.h1 の各 ファイルを削 除 します。
4. ChemBioDraw を再 起 動 します。
補足データ例
以 下 に、2 つの構 造 式 の補 足 NMR データを含 む SDF ファイルの例 を示 します。補 足 データは構 造 式 データの後 に記
述 されています (わかりやすいように、補 足 データの部 分 は背 景 をグレーにしてあります)。
ACD/Labs07190711112D
14 14 0 0 0 0 0 0 0 0 15 V2000
5.7578 -1.9992 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5.7578 -3.3267 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.6062 -1.3275 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.6062 -3.9825 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.4547 -1.9992 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.4547 -3.3267 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.9094 -1.3275 0.0000 N 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.0609 -1.9992 0.0000 O 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.9094 -0.0000 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.3031 -1.3275 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.3031 -0.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.1516 -1.9992 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.1516 -3.3267 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.0000 -1.3275 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1210000
1320000
1710000
2420000
3510000
4610000
5620000
5 10 1 0 0 0 0
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ChemBioDraw 13.0
7810000
7920000
10 11 1 0 0 0 0
10 12 1 0 0 0 0
12 13 2 0 0 0 0
12 14 1 0 0 0 0
M ZZC 1 5
M ZZC 2 6
M ZZC 3 4
M ZZC 4 1
M ZZC 5 3
M ZZC 6 2
M CHG 2 7 1 8 -1
M ZZC 7 9
M ZZC 8 13
M ZZC 9 10
M ZZC 10 7
M ZZC 11 8
M ZZC 12 11
M ZZC 13 12
M END
> <ID>
1
> <solvent>d6-DMSO> <SHIFT1>2,9.61,0.0> <SHIFT2>3,8.92,0.0> <SHIFT3>6,9.01,0.0>
<SHIFT4>10,3.11,0.0> <SHIFT5>11,1.16,0.0> <SHIFTS>5$$$$ TH> <solvent>d6-DMSO>
<SHIFT1>2,9.6,0.0> <SHIFT2>3,8.91,0.0> <SHIFT3>6,9.11,0.0> <SHIFT4>10,2.75,0.0>
<SHIFT5>11,1.17,0.0> <SHIFT6>12,2.41,0.0> <SHIFTS>6$$$$
ACD/Labs07190711112D 15 15 0 0 0 0 0 0 0 0 16 V2000 7.1683 -1.9521 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 7.1683 -3.2484 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6.0438 -1.2962 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6.0438
-3.8887 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4.9194 -1.9521 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4.9194 -3.2484
0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8.2927 -1.2962 0.0000 N 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9.4171 -1.9521 0.0000
O 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8.2927 -0.0000 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.7950 -1.2962 0.0000 C 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 3.7950 -0.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.2489 -2.1708 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 1.1401 -1.5149 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0000 -2.1552 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.1401 -0.2186 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 1 0 0 0 0 1 3 2 0 0 0 0 1 7 1 0 0 0 0 2 4 2 0 0 0 0 3 5 1
0 0 0 0 4 6 1 0 0 0 0 5 6 2 0 0 0 0 5 10 1 0 0 0 0 7 8 1 0 0 0 0 7 9 2 0 0 0 0 10 11 1 0 0 0 0 10 12 1 0 0 0 0
12 13 1 0 0 0 0 13 14 2 0 0 0 0 13 15 1 0 0 0 0M ZZC 1 5M ZZC 2 6M ZZC 3 4M ZZC 4 1M ZZC 5 3M
ZZC 6 2M CHG 2 7 1 8 -1M ZZC 7 9M ZZC 8 14M ZZC 9 10M ZZC 10 7M ZZC 11 8M ZZC 12 11M
ZZC 13 12M ZZC 14 13M END> <ID>2
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
> <solvent>d6-DMSO> <SHIFT1>2,9.6,0.0> <SHIFT2>3,8.91,0.0> <SHIFT3>6,9.11,0.0>
<SHIFT4>10,2.75,0.0> <SHIFT5>11,1.17,0.0> <SHIFT6>12,2.41,0.0> <SHIFTS>6$$$$
ChemNMR 制限
このプログラムは次 の元 素 および同 位 体 を扱 うことができます。
H、D、He、Li、Be、B、C、N、O、F、Ne、Na、Mg、Al、Si、P、S、Cl、Ar、K、Ca、Sc、Ti、V、Cr、Mn、Fe、Co、Ni、
Cu、Zn、Ga、Ge、As、Se、Br、Kr、Rb、Sr、Y、Zr、Nb、Mo、Tc、Ru、Rh、Pd、Ag、Cd、In、Sn、Sb、Te、I、
Xe、Cs、Ba、La、Ce、Pr、Nd、Pm、Sm、Eu、Gd、Tb、Dy、Ho、Er、Tm、Yb、Lu、Hf、Ta、W、Re、Os、Ir、Pt、
Au、Hg、Tl、Pb、Bi、Po、At、Rn、Fr、Ra、Ac、Th、Pa、U、Nep、Pu、Am、Cm、Bk、Cf、Es、Fm、Md、No、Lr。
官 能 基 は自 動 的 に展 開 されます。
NMR の場 合 、標 準 偏 差 を 0.2 -0.3 ppm として、全 CHx-基 の約 90% のシフト を推 定 します。極 性 溶 媒 を使 用 する
と、この偏 差 が大 幅 に増 大 することがあります。また、複 素 環 の炭 素 以 外 の原 子 に結 合 している水 素 原 子 について
1H
は、溶 媒 、濃 度 、不 純 物 、立 体 効 果 などによって大 きく影 響 を受 けるため推 定 を行 いません。
13 C
NMR の場 合 は、平 均 偏 差 -0.29 ppm、標 準 偏 差 2.8 ppm で、95% 以 上 のシフト を推 定 します。
NMR 参照文献
ChemBioDraw 13.0 の NMR データは、以 下 の文 献 の情 報 に基 づいています。
Fürst, A.; Pretsch, E. Anal. Chim. Acta 1990, 229, 17.
Pretsch, E.; Fürst, A.; Badertscher M.; Bürgin, R.; Munk, M. E. J. Chem. Inf. Comp. Sci. 1992, 32, 291-295.
Bürgin Schaller, R.; Pretsch, E. Anal. Chim. Acta 1994, 290, 295.
Bürgin Schaller, R.; Arnold, C.; Pretsch, E. Anal. Chim. Acta 1995, 312, 95-105
Bürgin Schaller, R.; Munk, M. E.; Pretsch, E. J. Chem. Inf. Comput. Sci.1996, 36, 239-243
第 9 章: 化学機能
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ChemBioDraw 13.0
ChemDraw/Excel
ChemDraw/Excel は、MicrosoftExcel for Windows のアド インです。ChemBioDraw 13.0 または ChemBioFinder データ
ベース内 の化 学 構 造 式 や他 のデータを Excel ワークシート に追 加 できます。その後 、数 多 くの構 造 特 性 を計 算 した
り、SDfile の検 索 結 果 を調 べることができます。ChemFinder と同 じ検 索 機 能 があります。
アド インをインスト ールすると、Excel メニューに ChemOffice メニューが追 加 され、ツールバーが表 示 されます。
ChemDraw/Excel のセット アップ
ChemDraw または ChemBioDraw をインスト ールすると、ChemDraw/Excel もインスト ールされます。ChemDraw/Excel
アド インにより、メニューとツールバーが Excel 2003 に追 加 され、新 しいタブが Excel 2007 および 2010 リボン インターフェ
イスに追 加 されます。
ChemDraw/Excel アド インが無 効 な場 合 に有 効 にするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Options、Add-ins の順 に選 択 します。
2. Excel アド インを選 択 して、Go をクリックします。
3. OK をクリックします。
サード パーティ製 品 によってプログラムでレジスト リの値 が変 更 され、ChemDraw/Excel アド インが無 効 になっていることも
あります。この場 合 、HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Office\Excel\Addins\ChemDrawExcelAddIn13.ExcelAddIn and HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Office\Excel\Addins\ChemDrawExcelAddIn13.ExcelAddIn (32 ビット Microsoft
Office が実 行 されている 64 ビット システムの場 合 ) で "LoadBehavior" の値 をリセット して、アド インを有 効 にすることがで
きます。"LoadBehavior" の値 を 3 から 0 にリセット して、Excel を再 起 動 します。
ChemDraw/Excel を使 用 するには、ChemOffice ワークシート を開 きます。ChemOffice13 の New ChemOffice Worksheet をクリックします。ワークシート がアクティブになると、タイト ル バーに ChemDraw/Excel と表 示 されます。Microsoft
Excel 2010 を使 用 している場 合 は ChemOffice13 に移 動 して、開 かれたインターフェイスから New worksheet アイコ
ンをクリックします。
標 準 の Excel ワークシート を ChemDraw/Excel ワークシート に変 換 するには、ChemOffice13 メニューの Convert
Worksheet をクリックします。Excel タイト ル バーに "ChemDraw for Excel" と表 示 されます。Microsoft Excel 2010 を使
用 している場 合 は ChemOffice13 に移 動 して、開 かれたインターフェイスから Convert worksheet アイコンをクリックし
ます。
古 いバージョンの ChemDraw/Excel ワークブックの場 合 、最 新 のアド インと互 換 性 がないことがあります。そのため、アップ
グレード しなければならないことがあります。アップグレード するには、ChemOffice13 メニューの Upgrade Workbook
をクリックします。Microsoft Excel 2010 を使 用 している場 合 は ChemOffice13 に移 動 して、開 かれたインターフェイスか
ら Upgrade worksheet アイコンをクリックします。
表 のインポート
ChemDraw/Excel では、次 のデータをインポート できます。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
MDL SDFile。 ファイル内 のすべてのレコード をインポート します。既 定 値 では、化 学 式 が構 造 式 の名 前 になります。た
だし、名 前 は Name Molecule コマンド で変 更 できます。MDL SDFile は、ChemBioDraw Ultra 13.0 と ChemDraw Pro
13.0 でのみサポート されています。
ChemBioFinder 13.0 データベース (CFW、CFX)。 メイン フォーム内 に保 存 されているすべてのフィールド をインポート し
ます。
注 : CFW ファイルを Excel にインポートする場 合 は、ファイルを保 存 する際 に "allow CAL/OLE Automation access"
セキュリティ設 定 をオンにしてください。詳 細 については、『ChemBioFinder ユーザーズ ガイド 』の「セキュリティ オプショ
ンの設 定 」を参 照 してください。
注 : ChemFinder XML ファイルとして保 存 された構 造 式 は、アド インを使 用 して Excel にインポートできます。
表 をインポート する際 、構 造 式 データは構 造 式 の描 画 に変 換 されて 1 列 目 に、その他 のフィールド は別 の列 にインポー
ト されます。
表 をインポート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Excel で、インポート を開 始 するセルを選 択 します。インポート の左 上 隅 がこのセルになります。下 方 向 および右 側 の
列 に向 かってデータが埋 められます。
2. ChemOffice13、Import/Export、Import Table の順 に選 択 します。Import Table ダイアログ ボックスが表 示 されま
す。
3. インポート するファイル名 を入 力 または選 択 し、Open をクリックします。すべての記 録 がワークシート に追 加 されます。
注 : progress ダイアログ ボックスに、インポート処 理 の進 行 状 況 が表 示 されます。実 行 中 のインポートは、Cancel
をクリックしていつでもキャンセルできます。Cancel をクリックすると、インポートされたレコード を保 持 するか、インポート
をキャンセルするか、あるいはインポートを続 行 するかを指 定 するよう求 めるプロンプトが表 示 されます。
注 : 新 しい ChemOffice ワークシートに対 してのみ表 をインポートできます。
ヒット リスト のインポート
ChemBioFinder でレコード を検 索 し、Import ChemFinder List コマンド を使 用 して、ヒット リスト の構 造 式 をデータととも
に Excel にインポート できます。
ヒット リスト をインポート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ChemOffice13、Import/Export、Import ChemFinder List の順 に選 択 します。
2. ChemBioFinder を起 動 するかどうかを確 認 するプロンプト が表 示 されたら、Yes をクリックします。
3. メッセージ ボックスの Yes をクリックしてヒット リスト をインポート します。レコード が Excel にインポート されます。
表 のエクスポート
ステータス バーには、MDL SDFile 形 式 に表 をエクスポート できる /Excel が表 示 されます。エクスポート する範 囲 の 1 列
目 の一 番 上 のセルには、「Structure」と入 力 されている必 要 があります。1 列 目 以 外 の列 にある構 造 式 は無 視 されま
す。
データをエクスポート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 「Structure」セルも含 め、エクスポート するセルを選 択 します。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
注: Structure テーブルから選択した行や列をエクスポートできます。セルが連続して選択されていることを確認します。次の例
を参照してください。
2. ChemOffice13、Import/Export、Export Table の順 に選 択 します。
3. Save Table To ダイアログ ボックスにファイル名 を入 力 し、Save をクリックします。ステータス バーに進 捗 状 況 が表 示
されます。
テーブルの同 期
ワークシート のテーブルを ChemBioFinder データベース (たとえば .CFX ファイル) と同 期 できます。ChemDraw/テーブルと
ChemBioFinder テーブルを同 期 すると、Excel テーブル内 にはない ChemBioFinder テーブル内 のフィールド (およびその
中 のデータ) が Excel テーブルに追 加 されます。
注 : Excel で加 えた変 更 は、ChemBioFinder のテーブルには影 響 しません。
テーブルを同 期 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テーブルを選 択 します。
2. ChemOffice13、Sync Table with ChemFinder DB の順 に選 択 します。
3. ChemBioFinder テーブルを選 択 し、Open をクリックします。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
4. ワークシート の行 とデータベース レコード を一 致 させるのに使 用 するフィールド を選 択 し、OK をクリックします。
5. 更 新 するフィールド を選 択 します。複 数 のフィールド を選 択 するには、Ctrl キーを押 しながら各 フィールド をクリックしま
す。New というマークのあるフィールド を選 択 すると、列 がワークシート に追 加 されます。
6. OK をクリックします。
構 造 式 の追 加
ChemBioDraw 13.0 がサポート しているすべてのファイル形 式 から、ワークシート に化 学 構 造 式 を追 加 することができま
す。ChemDraw/Excel は、Name Molecule コマンド で変 更 可 能 な構 造 式 名 として、化 学 式 を割 り当 てます。
新 しい構 造 式 をセルに挿 入 するには、セルをダブルクリックするのが最 も簡 単 です。
1. ChemOffice ワークシート を作 成 します。
2. セルをダブルクリックします。ChemDraw/Excel に、セルへの構 造 式 の追 加 を確 認 するダイアログが表 示 されます。
3. YES をクリックします。ChemBioDraw 13.0 が開 きます。
4. 構 造 式 を描 画 したら、File、Close の順 に選 択 するか Ctrl + W キーを押 して、ChemDraw/Excel に戻 ります。ワーク
シート に構 造 式 が表 示 されます。
注 : ワークシート上 の構 造 式 (または構 造 式 が含 まれるセル) をダブルクリックすると、ChemBioDraw で構 造 式 を編
集 できるようになります。
ファイルからの構造式の追加
1. Excel で、構 造 式 の追 加 先 のセルを選 択 します。
2. ChemOffice13、Molecule、Load の順 に選 択 します。Choose Molecule to Load ダイアログ ボックスが表 示 されま
す。
3. 構 造 式 のファイル名 を入 力 または選 択 し、Open をクリックします。
サポート されている形 式 は、次 のとおりです。
ChemBioDraw (*.cdx)
MDL Rxn (*.rxn)
ChemBioDraw XML (*.cdxml)
MDL Graphic (*.tgf)
ChemDraw 3.5 (*.chm)
Connection Table (*.ct)
ChemBio3D XML (*.c3xml)
MSI Molfile (*.msm)
MDL Molfile (*.mol)
SMD 4.2 (*.smd)
MDL Sketch (*.skc)
SMILES 文字列
SMILES 文 字 列 をセルに挿 入 し、構 造 式 に変 換 することができます。
1. SMILES 文 字 列 をセルに入 力 または貼 り付 けます。
2. 変 換 するセルを選 択 します。
3. ChemOffice13、Convert、SMILES to Molecule の順 に選 択 します。また、コンテキスト メニューのコマンド を使 用
して SMILES を分 子 に変 換 することもできます。セルに有 効 な SMILES 文 字 列 が含 まれていない場 合 は、変 換 で
きない SMILES 文 字 列 の数 を示 す警 告 が表 示 されます。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
Inchi 文字列
Inchi 文 字 列 をセルに挿 入 し、構 造 式 に変 換 することができます。
1. Inchi 文 字 列 をセルに入 力 または貼 り付 けます。
2. 変 換 するセルを選 択 します。
3. ChemOffice13、Convert、Inchi to Molecule の順 に選 択 します。セルに有 効 な Inchi 文 字 列 が含 まれていない
場 合 は、エラー メッセージが表 示 されます。
名称による構造式の追加
化 学 名 をセルに入 力 または貼 り付 けて、構 造 式 に変 換 できます。
1. 名 称 をセルに入 力 します。
2. 変 換 するセルを選 択 します。
ヒント: Excel の計 算 式 から生 成 された名 称 も変 換 できます。
3. ChemOffice13、Convert、Name To Molecule の順 に選 択 します。Name=Struct 対 応 の名 称 を含 むセルには、
その名 前 に対 応 する構 造 式 が追 加 され、セルにその構 造 式 の名 前 が付 けられます。
構造式の保存
化 学 構 造 式 を別 のファイルに保 存 することができます。
1. ワークシート で、構 造 式 を含 むセルを選 択 します。
2. ChemOffice13、Molecule、Save の順 に選 択 します。Save To File ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. 既 存 のファイルを選 択 するか、新 しいファイル名 を入 力 して Save をクリックします。
サポート されている形 式 は、次 のとおりです。
ChemBioDraw (*.cdx)
Connection Table (*.ct)
ChemBioDraw XML (*.cdxml)
MSI Molfile (*.msm)
ChemDraw 3.5 (*.chm)
SMD 4.2 (*.smd)
ChemBio3D XML (*.c3xml)
Metafile (*.wmf)
MDL Molfile (*.mol)
GIF (*.gif)
MDL Sketch (*.skc)
TIFF (*.tif)
MDL Rxn (*.rxn)
PNG (*.png)
MDL Graphic (*.tgf)
Bitmap (*.bmp)
PostScript (*.eps)
Undo/Redo
Undo 機 能 を使 用 して、最 後 に実 行 した操 作 を取 り消 すことができます。Redo 機 能 を使 用 すれば、Undo 機 能 で取 り
消 した操 作 を簡 単 に ChemOffice スプレッド シート に再 適 用 できます。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
検索
構 造 式 を検 索 するには、検 索 条 件 と検 索 機 能 を指 定 します。ChemDraw/Excel には、基 本 的 な検 索 機 能 が 3 つあ
ります。
標準検索
類似構造検索
R-基 分 析
データベースを開く
検 索 を開 始 する前 に構 造 式 データベースを開 く必 要 があります。
1. Excel で、ChemOffice13 メニューの New ChemOffice Worksheet をクリックします。
2. ChemOffice13 メニューから Import/Export を選 択 し、Import Table または Import ChemFinder list をクリックし
て、インポート するファイルを選 択 します。
標準検索
標 準 検 索 では、検 索 ダイアログ ボックスで指 定 した条 件 に一 致 する完 全 構 造 式 または部 分 構 造 式 を見 つけることが
できます。
1. Structure ラベルを含 むセルを選 択 します。
2. ChemOffice13、Search、Normal の順 に選 択 します。ChemDraw for Excel ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Search タブをクリックします。
4. 空 白 のウィンド ウ内 をクリックし、検 索 したい構 造 式 を描 画 します。
5. ダイアログ ボックスの最 下 部 にある Normal タブをクリックします。
6. Search Type として、Full Structure か Sub Structure を選 択 します。
7. Filter Type として、ヒット を含 めるか除 外 するかを選 択 します。
8. 分 子 式 クエリを入 力 します。
9. Search をクリックします。このヒット リスト は Match という列 に表 示 されます。検 索 基 準 に一 致 する項 目 には、TRUE
のラベルが付 いています。
類似構造検索
類 似 構 造 検 索 では、選 択 した構 造 式 に対 応 する機 能 を持 つ構 造 式 を見 つけることができます。類 似 構 造 検 索 の詳
細 については、『ChemFinder ユーザーズ ガイド 』を参 照 してください。
類 似 を検 索 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Structure ラベルを含 むセルを選 択 します。
2. ChemOffice13、Search、Similarity の順 に選 択 します。ChemDraw for Excel ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Search タブをクリックします。
4. 空 白 のウィンド ウ内 をクリックし、検 索 したい構 造 式 を描 画 します。
5. Similarity タブをクリックします。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
6. Search Type として、Full Structure か Sub Structure を選 択 します。
7. Sort Results 順 を選 択 します。
8. Similarity Percent 値 を選 択 します。
9. Search をクリックします。このヒット リスト は Similarity という列 に表 示 されます。検 索 基 準 に一 致 する項 目 に
は、TRUE のラベルが付 いています。
R-基 分 析
R-基 分 析 では、クエリ データベースの中 から、指 定 したテンプレート 構 造 式 を含 むすべての分 子 が返 ります。たとえば、
構 造 式 にト ルエンを含 むすべての分 子 を見 つけたいとします (データベースに含 まれている p-クレゾールや o-キシレンな
ど)。その場 合 、ト ルエンをテンプレート として描 画 するだけで、ト ルエンの構 造 式 を少 なくとも 1 つ含 む分 子 がすべて返 さ
れます。
例 として、o-、m-、p-クレゾール、およびブロモベンゼンという 4 つの分 子 で構 成 される小 さなデータベースを考 えてみましょ
う。そして、このデータベースに対 して R-基 分 析 を実 行 して、構 造 式 にト ルエンを含 むすべての分 子 を検 索 するとしま
す。この結 果 には、次 の 3 つの主 要 部 分 が含 まれます。
ト ルエンのテンプレート を含 む分 子 のリスト 。この例 では、結 果 には o-、m-、および p-クレゾールが含 まれます。ブロモベ
ンゼンは、ト ルエンのテンプレート を含 まないので、除 外 されます。
データベースで見 つかった R-基 の結 合 のすべてのバリエーションを含 むト ルエンのテンプレート 。この例 では、結 合 が官
能 基 で表 されます。これらは、解 析 結 果 で見 つかった R-基 の場 所 です。すなわち、o-、m-、および p-クレゾールのヒド
ロキシル基 です。
各 検 索 結 果 について、それぞれの Rn の位 置 で見 つかった官 能 基 。返 された分 子 について、当 該 の行 を参 照 し
て、各 R-基 の位 置 の官 能 基 を参 照 します。この例 では、検 索 結 果 が R1、R2、および R3 の水 素 およびヒド ロキシ
ル基 で構 成 されます。
構造式
ChemDraw/Excel では、構 造 式 の名 前 を変 更 したり、クリップボード を使 用 して構 造 式 の切 り取 り、コピー、貼 り付 けを
行 ったりすることができます。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
構造式の名前変更
Excel は、一 定 の文 字 を化 学 式 として認 識 します。システムが化 学 構 造 式 の名 前 を Excel の計 算 式 として解 釈 しな
いように、構 造 式 名 を変 更 することができます。
構 造 式 の名 前 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. ChemOffice13、Molecule、Name の順 に選 択 します。複 数 のセルが選 択 されている場 合 は、
ChemOffice13、Molecule、Name All Selected の順 に選 択 します。Name Molecule ダイアログ ボックスが表 示 さ
れます。
注: Clear をクリックすると、構造式名が削除されます。Use Default をオンにすると、構造式名が既定値の名前 (化学式など)
に置き換えられます。
3. 名 前 を入 力 し、OK をクリックします。
クリップボード の使用
クリップボード を使 用 して、構 造 式 の切 り取 り、コピーおよび貼 り付 けを行 うことができます。ChemDraw/Excel 13.0 の
Copy As コマンド を使 用 すれば、構 造 式 を InChI 文 字 列 、InChIkey 文 字 列 、または SMILES 文 字 列 としてコピーで
きます。
構 造 式 をセルから切 り取 るには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. ChemOffice13、Molecule、Cut の順 に選 択 します。構 造 式 がクリップボード に配 置 されます。Paste をクリックする
と、構 造 式 がセルから移 動 し、指 定 されたセルに貼 り付 けられます。
構 造 式 をセルからコピーするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. ChemOffice13、Molecule、Copy の順 に選 択 します。
構 造 式 はセルに残 り、コピーがクリップボード に配 置 されます。
構 造 式 を InChI、InChIkey、または SMILES としてコピーするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. ChemOffice13、Molecule、Copy As の順 に選 択 し、次 のオプションのいずれかを選 択 します。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
InChI
InChIKey
SMILES
構 造 式 はセルに残 り、指 定 した文 字 列 形 式 のコピーがクリップボード に配 置 されます。
構 造 式 をセルに貼 り付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を貼 り付 けるセルを選 択 します。
2. ChemOffice13、Molecule、Paste の順 に選 択 します。構 造 式 がクリップボード から貼 り付 けられます。
構造式の表示
スプレッド シート の構 造 式 の表 示 /非 表 示 を切 り替 えることができます。全 体 の内 容 が表 示 されるようにセルのサイズを
調 整 することもできます。
構 造 式 の表 示 /非 表 示 を切 り替 えるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. ChemOffice13 メニューの Structure を選 択 し、Show または Hide をクリックします。
構造式の整列
構 造 式 がセルに対 して大 きすぎたり、セルに適 切 に配 置 されないことがあります。
構 造 式 を整 列 させるには、構 造 式 が入 っているセルを選 択 し、ChemOffice13、Structure、Align の順 に選 択 しま
す。セルが調 整 され、内 容 が表 示 されます。
構造式のサイズ変更
1. サイズ変 更 する構 造 式 のセルを選 択 します。
2. ChemOffice13、Structure、Resize の順 に選 択 します。選 択 した構 造 式 の上 にサイズ変 更 ハンド ルが表 示 されま
す。
3. サイズ変 更 ハンド ルをクリックしてド ラッグし、構 造 式 のサイズを変 更 します。構 造 式 に加 えた変 更 は、比 例 して他 の
構 造 式 に反 映 されます。
4. サイズ変 更 を終 了 するには、セルをクリックして構 造 式 の選 択 を解 除 します。
既 定 値 では、構 造 式 が 1 か所 に集 まらないように、構 造 式 のサイズ変 更 プロパティが "Move and Resize with cells"
に設 定 されています。
サイズ変 更 プロパティを変 更 する、または構 造 式 の重 なりを許 可 する (Excel 2007) には、次 の操 作 を行 ってください。
1. サイズ変 更 する構 造 式 のセルを選 択 します。
2. ChemOffice13、Structure、Resize の順 に選 択 します。選 択 した構 造 式 の上 にサイズ変 更 ハンド ルが表 示 されま
す。
3. 右 クリックして、コンテキスト メニューの Size and Properties をクリックします。
4. Properties タブをクリックします。
5. Don't move or size with cells をオンにします。
6. Close をクリックします。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
ChemDraw/Excel の関 数
ChemDraw/Excel には、ChemDraw/Excel ワークシート 内 の構 造 式 の化 学 的 物 性 を返 す関 数 ライブラリが用 意 され
ています。
ChemDraw/Excel 関 数 をワークシート に挿 入 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ターゲット セルを選 択 します。
2. ChemOffice13 の ChemBioDraw Functions (Excel 2010 の場 合 は Options、ChemBioDraw Functions) をク
リックします。ChemDraw for Excel ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Functions タブで使 用 可 能 なリスト から挿 入 する関 数 をダブルクリックします。Functions Argument ダイアログ ボックス
が表 示 されます。
4. 構 造 式 を選 択 します。
5. OK をクリックします。
最 適 な方 法 を使 用 して、各 特 性 が計 算 されます。セル リファレンス引 数 が有 効 な構 造 式 セルを指 していない場 合 、
セルに #N/A が表 示 されます。
以 下 に ChemDraw/Excel のすべての関 数 を説 明 します。
化学名
化 学 構 造 式 の体 系 名 を表 示 します。立 体 化 学 構 造 の Cahn-Ingold-Prelog (CIP) 則 にも対 応 しています。
関数
CFW_CHEMICAL_NAME(セル参 照 )
例
セル内 : =CFW_CHEMICAL_NAME(A2)
結 果 : 1-(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)propan-2-one
注 : PerkinElmer Informatics 製 品 のパッケージおよびレベルによって、構 造 式 から名 前 への変 換 を無 制 限 に行 える
ものと、一 定 の制 限 が設 定 されているものとがあります。
化学組成
セル参 照 のみを指 定 して呼 び出 すと、構 造 式 のすべての元 素 の元 素 量 割 合 を表 示 します。セル参 照 と原 子 記 号 を
指 定 して呼 び出 すと、構 造 式 の特 定 の元 素 の重 量 比 を表 示 します。
関数
CHEM_COMPOSITION(セル参照)
CHEM_COMPOSITION(セル参 照 , 原 子 記 号 )
例
セル内 : =CHEM_COMPOSITION(A2)
結 果 : C,82.72;H,8.10;O,9.18
セル内 : =CHEM_COMPOSITION(A2, "C")
結 果 : 0.827188133
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
化学式
セル内 の構 造 式 の化 学 式 を表 示 します。
関数
CHEM_FORMULA(セル参 照 )
CHEMPROPSTD_MOL_FORMULA(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEM_FORMULA(A2)
結 果 : C12H14O
セル内 : =CHEMPROPSTD_MOL_FORMULA(A2)
結 果 : C12H14O
分子量
構 造 式 の平 均 分 子 量 を表 示 します。原 子 量 は、その元 素 すべての同 位 体 の加 重 平 均 で決 められます。
単位
原子質量単位
関数
CHEM_MOLWEIGHT(セル参 照 )
CHEMPROPSTD_MOL_WEIGHT(セル参 照 )
CHEMPROPSTD_MASS(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEM_MOLWEIGHT(A2)
結 果 : 174.23896
セル内 : =CHEMPROPSTD_MOL_WEIGHT(A2)
結 果 : 174.238960
セル内 : =CHEMPROPSTD_MASS(A2)
結 果 : 174.238960
厳 密 な質 量
分 子 の正 確 な分 子 量 を表 示 します。各 原 子 の原 子 量 は、その元 素 で最 も一 般 的 な同 位 体 に基 づいて決 められま
す。
単位
g/mole
関数
CHEMPROPSTD_EXACT_MASS(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPSTD_EXACT_MASS(A2)
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
結 果 : 174.104465
原子数
セル参 照 のみを指 定 して呼 び出 すと、構 造 式 の原 子 の総 数 を表 示 します。セル参 照 と原 子 記 号 を指 定 して呼 び出
すと、構 造 式 の特 定 の元 素 の原 子 数 を表 示 します。
関数
CHEM_NUM_ATOMS(セル参 照 )
CHEM_NUM_ATOMS(セル参 照 , 原 子 記 号 )
例
セル内 : =CHEM_NUM_ATOMS(A2)
結 果 : 27
セル内 : =CHEM_NUM_ATOMS(A2, "C")
結 果 : 12
水 素 結 合 受 容 体 の数
ト ポロジに基 づき、水 素 結 合 受 容 体 の数 を表 示 します。
関数
CHEM_NUM_HBACCEPTORS(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEM_NUM_HBACCEPTORS(A2)
結果: 1
水 素 結 合 供 与 体 の数
ト ポロジに基 づき、水 素 結 合 供 与 体 の数 を表 示 します。
関数
CHEM_NUM_HBDONORS(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEM_NUM_HBDONORS(A2)
結果: 0
SMILES 文 字 列
構 造 式 の SMILES 文 字 列 を表 示 します。
関数
CHEM_SMILES(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEM_SMILES(A2)
結 果 : O=C(C)CC(C1)Cc2c1cccc2
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
形式電荷
分 子 の正 味 電 荷 を表 示 します。
関数
CHEMPROPSTD_FORMAL_CHARGE(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPSTD_FORMAL_CHARGE(A2)
結 果 : -1
セルに構 造 式 があるか
セルに ChemOffice/Excel 構 造 式 または反 応 式 がある場 合 は TRUE、そうでない場 合 は FALSE を返 します。
関数
ISSTRUCTURE(セル参 照 )
例
セル内 : =ISSTRUCTURE(A2)
結 果 : False
セルに反 応 式 があるか
セルに反 応 式 がある場 合 は TRUE を返 します。
関数
ISREACTION(セル参 照 )
例
セル内 : =ISREACTION(A2)
結 果 : True
沸点
1 気 圧 における分 子 の沸 点 です。
単位
ケルビン
関数
CHEMPROPPRO_BOILING_POINT(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPPRO_BOILING_POINT(A2)
結 果 : 540.059
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
融 点 /凝 固 点
1 気 圧 における化 学 構 造 の融 点 /凝 固 点 です。
単位
ケルビン
関数
CHEMPROPPRO_MELTING_POINT(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPPRO_MELTING_POINT(A2)
結 果 : 331.31
蒸気圧
摂 氏 25 度 における蒸 気 圧 です。
単位
Pa
関数
CHEMPROPPRO_VAPOR_PRESSURE(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPPRO_VAPOR_PRESSURE(A2)
結 果 : 47.57999897
臨界圧力
臨 界 温 度 で化 学 構 造 を液 化 するために必 要 な最 小 圧 力 です。
単位
bar
関数
CHEMPROPPRO_CRITICAL_PRESSURE(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPPRO_CRITICAL_PRESSURE(A2)
結 果 : 49.804
臨界温度
化 学 構 造 が気 体 の場 合 に、どんなに圧 力 を加 えても液 化 できなくなる最 低 温 度 です。
単位
ケルビン
関数
CHEMPROPPRO_CRITICAL_TEMPERATURE(セル参 照 )
第 10 章: ChemDraw/Excel
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例
セル内 : =CHEMPROPPRO_CRITICAL_TEMPERATURE(A2)
結 果 : 615.351
臨界容積
化 合 物 が、その臨 界 温 度 および臨 界 圧 力 のときに占 める容 積 です。
単位
cm3/mole
関数
CHEMPROPPRO_CRITICAL_VOLUME(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPPRO_CRITICAL_VOLUME(A2)
結 果 : 562.5
ギブスの自 由 エネルギー
化 学 構 造 の 298.15 K および 1 気 圧 における、ギブズの自 由 エネルギーです。
単位
kJ/mole
関数
CHEMPROPPRO_GIBBS_FREE_ENERGY(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPPRO_GIBBS_FREE_ENERGY(A2)
結 果 : 84.77
生成熱
298.15 K、1 気 圧 における化 学 構 造 の生 成 熱 です。
単位
kcals/mole
関数
CHEMPROPPRO_HEAT_OF_FORMATION(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPPRO_HEAT_OF_FORMATION(A2)
結 果 : -105.73
理想気体熱容量
理 想 気 体 化 合 物 の 298.15 K における定 圧 (1 気 圧 ) モル熱 容 量 です。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
単位
J/[mole K]
関数
CHEMPROPPRO_IDEAL_GAS_THERMAL_CAPACITY(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPPRO_IDEAL_GAS_THERMAL_CAPACITY(A2)
結 果 : 201.036
LogP
n-オクタノール/水 分 解 係 数 の対 数 です。
関数
CHEMPROPPRO_LOGP(セル参 照 )
CLOGP_DRIVER_PARTITION_COEFFICIENT(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPPRO_LOGP(A2)
結 果 : 2.233
セル内 : =CLOGP_DRIVER_PARTITION_COEFFICIENT(A2)
結 果 : 2.243
モル屈 折 度
モル屈 折 度 指 数 です。
単位
cm3/mole
関数
CHEMPROPPRO_MOL_REFRACTIVITY(セル参 照 )
CLOGP_DRIVER_MOL_REFRACTIVITY(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPPRO_MOL_REFRACTIVITY(A2)
結 果 : 53.305
セル内 : =CLOGP_DRIVER_MOL_REFRACTIVITY(A2)
結 果 : 5.3297
水溶性
化 学 構 造 の摂 氏 25 度 における水 溶 性 の予 測 です。
単位
mg/L
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
関数
CHEMPROPPRO_WATER_SOLUBILITY(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPPRO_WATER_SOLUBILITY(A2)
結果: 0
コノリー溶 媒 接 触 表 面
(溶 媒 を表 す) プローブ球 が分 子 モデルをなぞる際 の、球 の中 心 の軌 跡 です。
単位
Å2
関数
CHEMPROPSTD_CONNOLLY_ACCESSIBLE_AREA(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPSTD_CONNOLLY_ACCESSIBLE_AREA(A2)
結 果 : 428.557
注 : 計 算 で使 われる既 定 値 のプローブ半 径 は 1.4 オングストロームです。
コノリー分 子 表 面 積
(溶 媒 を表 す) プローブ球 が分 子 モデルをなぞる際 にできる接 触 面 です。
単位
Å2
関数
CHEMPROPSTD_CONNOLLY_MOLECULAR_AREA(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPSTD_CONNOLLY_MOLECULAR_AREA(A2)
結 果 : 212.294
注 : 計 算 で使 われる既 定 値 のプローブ半 径 は 1.4 オングストロームです。
注 : 表 面 積 は、Michael Connolly の分 子 表 面 積 および体 積 計 算 プログラムを使 って計 算 します (M. L. Connolly.
The Molecular Surface Package. J. Mol. Graphics 1993, 11)。
コノリー溶 媒 排 斥 容 積
接 触 分 子 表 面 の範 囲 内 に含 まれる体 積 です。
単位
Å3
関数
CHEMPROPSTD_CONNOLLY_SOLVENT_EXCLUDED_VOLUME(セル参 照 )
第 10 章: ChemDraw/Excel
172 / 303
ChemBioDraw 13.0
例
セル内 : =CHEMPROPSTD_CONNOLLY_SOLVENT_EXCLUDED_VOLUME(A2)
結 果 : 170.277
注 : 体 積 は、Michael Connolly の分 子 表 面 積 および体 積 計 算 プログラムを使 って計 算 します (M. L. Connolly. The
Molecular Surface Package. J. Mol. Graphics 1993, 11)。
卵形度
分 子 表 面 積 の最 小 表 面 積 に対 する比 率 です。最 小 表 面 積 は、分 子 の溶 媒 排 斥 容 積 に等 しい容 積 を持 つ球 の表
面 積 です。Connolly Molecular Surface Area および Solvent-Excluded Volume 特 性 から計 算 されます。
関数
CHEMPROPSTD_OVALITY(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPSTD_OVALITY(A2)
結 果 : 1.428947
主 慣 性 モーメント (X, Y, Z)
直 交 座 標 軸 を分 子 の主 座 標 軸 としたときの慣 性 モーメント です。
単位
g/mole Å 2
関数
CHEMPROPSTD_PRINCIPAL_MOMENT(セル参 照 )
例
セル内 : =CHEMPROPSTD_PRINCIPAL_MOMENT(A2)
結 果 : 249.546 1409.279 1658.824
Balaban 指 数
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_BALABAN_INDEX(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_BALABAN_INDEX(A2)
結 果 : 29909
クラスタ数
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_CLUSTER_COUNT(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_CLUSTER_COUNT(A2)
第 10 章: ChemDraw/Excel
173 / 303
ChemBioDraw 13.0
結 果 : 13
位相指数
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_MOLECULAR_TOPOLOGICAL_INDEX(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_MOLECULAR_TOPOLOGICAL_INDEX(A2)
結 果 : 1998
回転可能結合数
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_NUM_ROTATABLE_BONDS(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_NUM_ROTATABLE_BONDS(A2)
結果: 2
極性表面積
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_POLAR_SURFACE_AREA(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_POLAR_SURFACE_AREA(A2)
結 果 : 17.07
半径
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_RADIUS(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_RADIUS(A2)
結果: 4
形状属性
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_SHAPE_ATTRIBUTE(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_SHAPE_ATTRIBUTE(A2)
結 果 : 11.076923
第 10 章: ChemDraw/Excel
174 / 303
ChemBioDraw 13.0
形状係数
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_SHAPE_COEFFICIENT(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_SHAPE_COEFFICIENT(A2)
結果: 0
次数合計
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_SUM_OF_DEGREES(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_SUM_OF_DEGREES(A2)
結 果 : 28
原子価合計
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_SUM_OF_VALENCE_DEGREES(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_SUM_OF_VALENCE_DEGREES(A2)
結 果 : 40
位相直径
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_TOPOLOGICAL_DIAMETER(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_TOPOLOGICAL_DIAMETER(A2)
結果: 7
結合合計
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_TOTAL_CONNECTIVITY(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_TOTAL_CONNECTIVITY(A2)
結 果 : 0.009821
第 10 章: ChemDraw/Excel
175 / 303
ChemBioDraw 13.0
原子価結合合計
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_TOTAL_VALENCE_CONNECTIVITY(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_TOTAL_VALENCE_CONNECTIVITY(A2)
結 果 : 0.001157
Wiener 指 数
関数
MOLECULAR_TOPOLOGY_WIENER_INDEX(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_TOPOLOGY_WIENER_INDEX(A2)
結 果 : 249
MOLECULAR_NETWORKS_LOGP
分 配 係 数 は、2 つの溶 液 間 のイオン化 していない化 合 物 の濃 度 の比 です。溶 媒 内 のイオン化 していない溶 質 の濃 度
の比 の対 数 は、LogP と呼 ばれます。
関数
MOLECULAR_NETWORKS_LOGP(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_NETWORKS_LOGP(A4)
結 果 : 3.019
MOLECULAR_NETWORKS_LOGS
MOLECULAR_NETWORKS_LogS は、物 質 の溶 解 度 を決 定 します。mol/l 単 位 で測 定 されます。
関数
MOLECULAR_NETWORKS_LOGS(セル参 照 )
例
セル内 : =MOLECULAR_NETWORKS_LOGS(A4)
結 果 : -2.029
MOLECULAR_NETWORKS_PKa
MOLECULAR_NETWORKS_PKa は、酸 解 離 定 数 Ka の負 の対 数 です。化 合 物 またはイオンが溶 液 中 で解 離 する
傾 向 を表 します。
関数
MOLECULAR_NETWORKS_PKa(セル参 照 )
第 10 章: ChemDraw/Excel
176 / 303
ChemBioDraw 13.0
例
セル内 : =MOLECULAR_NETWORKS_PKa(A4)
結 果 : 14.834000
薬品性の予測
ChemDraw/Excel 関 数 を使 用 すると、構 造 式 の薬 品 性 を判 断 する計 算 を作 成 できます。Lipinski の Rule of
Five、Ghose、および Congreve の Rule of Three の値 を計 算 できます。
1. Lipinski の Rule of Five
2. Ghose Modifications
3. Congreve の Rule-of-Three
Lipinski の Rule of Five
Lipinski の法 則 は、5 つの条 件 を使 用 して物 質 が薬 品 性 を持 つかどうかを判 断 します。物 質 には次 の条 件 が必 要 で
す。
水素結合供与体が5 以下。
水 素 結 合 受 容 体 が 10 以 下 。
分 子 量 が 500 ダルト ン未 満 。
LogP が 5 未 満 。
上 記 4 つのルールのうち違 反 が 2 つ未 満 である。
物 質 が Lipinski の法 則 の要 件 を満 たすかどうかを判 断 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 以 下 の関 数 について、それぞれの値 を計 算 します。
CHEM.NUM.HBDONORS()
CHEM.NUM.HBACCEPTORS()
CHEM.MOLWEIGHT()
CHEMPROPPRO.LOGP()
2. 関 数 によって返 される値 が Lipinski の法 則 の条 件 を満 たすことを確 認 します。たとえば、CHEM.MOLWEIGHT() が
500 より小 さい値 を返 す場 合 、Lipinski の 3 番 目 の条 件 を満 たします。
3. 満 たす条 件 の数 を計 算 します。違 反 の数 が 2 つ未 満 の場 合 、Lipinski の法 則 を満 たしています。
Ghose Modifications
Ghose Modifications は、次 の条 件 を使 用 します。
原 子 数 が 20 ～ 70。
モル屈 折 度 が 40 ～ 130。
分 子 量 が 160 ～ 480 ダルト ン。
LogP が -0.4 ～ +5.6。
上 記 4 つのルールのうち違 反 が 2 つ未 満 である。
物 質 が Ghose Modifications の要 件 を満 たすかどうかを判 断 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 10 章: ChemDraw/Excel
177 / 303
ChemBioDraw 13.0
1. 以 下 の関 数 について、それぞれの値 を計 算 します。
CHEM.NUM.ATOMS()
CHEMPROPPRO.MOL.REFRACTIVITY()
CHEM.MOLWEIGHT()
CHEMPROPPRO.LOGP()
2. 関 数 によって返 される値 が Ghose Modifications の条 件 を満 たすことを確 認 します。たとえば、ある構 造 式 に対 して
関 数 CHEMPROPPRO.LOGP() から返 される値 が -0.4 ～ +5.6 の範 囲 内 にある場 合 、Ghose Modifications の 4
番 目 の条 件 を満 たします。
3. 満 たす条 件 の数 を計 算 します。違 反 の数 が 2 つ未 満 の場 合 、Ghose Modifications の要 件 を満 たしています。
Congreve の Rule-of-Three
Congreve の Rule-of-Three は、次 の条 件 を使 用 します。
水素結合供与体が3 以下。
水素結合受容体が3 以下。
分 子 量 が 300 ダルト ン未 満 。
LogP が 3 未 満 。
上 記 4 つのルールのうち違 反 が 2 つ未 満 である。
物 質 が Congreve の Rule-of-Three の要 件 を満 たすかどうかを判 断 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 以 下 の関 数 について、それぞれの値 を計 算 します。
CHEM.NUM.HBDONORS()
CHEM.NUM.HBACCEPTORS()
CHEM.MOLWEIGHT()
CHEMPROPPRO.LOGP()
2. 関 数 によって返 される値 が Congreve の Rule-of-Three の条 件 を満 たすことを確 認 します。たとえば、構 造 式 に対 し
て関 数 CHEMPROPPRO.LOGP() から返 される値 が 3 より小 さい場 合 、Congreve の Rule-of-Three の 4 番 目 の条
件 を満 たします。
3. 満 たす条 件 の数 を計 算 します。違 反 の数 が 2 つ未 満 の場 合 、Congreve の Rule-of-Three の要 件 を満 たしていま
す。
化学的物性
化 学 的 物 性 の予 測 は、ChemBioOffice 13.0 アプリケーションがサポート する重 要 な機 能 です。さまざまな手 法 の値 を
計 算 できます。たとえば、位 相 記 述 子 (例 : Wiener 指 数 、Balaban 指 数 )、熱 力 学 的 記 述 子 (例 : 溶 解 度 、融 点 、沸
点 )、分 配 係 数 (例 : CLogP)、化 学 物 質 の 3 次 元 形 状 および体 積 に関 する特 性 (例 : コノリー表 面 積 および容 積 ) な
どがあります。ある構 造 式 に対 して総 数 で 100 を超 す化 学 的 物 性 を計 算 できます。
特 定 のアプリケーションで使 用 可 能 な特 性 のリスト については、次 の各 リンクをクリックしてください。特 定 のアプリケーショ
ンで使 用 可 能 な特 性 の詳 細 については、それぞれのオンライン ヘルプまたは PerkinElmer Informatics Web サイト を参
照 してください。
179 ページの 「ChemDraw/Excel での特 性 予 測 」
第 10 章: ChemDraw/Excel
178 / 303
ChemBioDraw 13.0
134 ページの 「ChemBioDraw での特 性 予 測 」
139 ページの 「ChemBio3D での特 性 予 測 」
ChemDraw/Excel での特性予測
ChemDraw/Excel には、特 定 の構 造 式 の特 性 を報 告 するためのさまざまな関 数 が用 意 されています。最 適 な方 法 を
使 用 して、各 特 性 が計 算 されます。
特 定 の構 造 式 の特 性 を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 のセルを選 択 します。
2. セルを右 クリックし、コンテキスト メニューから Structure、Properties を選 択 します。さまざまな特 性 と値 を示 す Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
特 性 には次 のものがあります。
MOLECULAR_NETWORKS_
B
F
Balaban Index (Balaban 指 数 )
Formal Charge (形 式 電 荷 )
Boiling Point (沸 点 )
Freezing Point (凝 固 点 )
MOLECULAR_NETWORKS_PKa
C
G
Molecular Formula (分 子 式 )
Cluster Count (クラスタ数 )
Connolly Accessible Area (コノリー接 触
面)
Connolly Molecular Surface Area (コノ
リー分 子 表 面 積 )
Gibbs Free Energy (ギブスの自
由 エネルギー)
H
Heat of Formation (生 成 熱 )
Connolly Solvent Accessible Surface
Henry’s Law Constant (ヘンリー
Area (コノリー溶 媒 接 触 表 面 )
の法 則 の定 数 )
Connolly Solvent Excluded Volume (コ
ノリー溶 媒 排 斥 容 積 )
Critical Pressure (臨 界 圧 力 )
I
Ideal Gas Thermal Capacity (理
想気体熱容量)
LOGP
MOLECULAR_NETWORKS_
LOGS
Molecular Weight (分 子 量 )
S
Shape Attribute (形 状 属 性 )
Shape Coefficient (形 状 係
数)
Sum Of Degrees (次 数 合
計)
Sum of Valence Degrees
(原 子 価 合 計 )
N
T
Num Rotatable Bonds (回 転 可 能
Topological Diameter (位 相
結合数)
直径)
O
Ovality (卵 形 度 )
Total Connectivity (結 合 合
計)
Total Valence Connectivity
(原 子 価 結 合 合 計 )
P
V
Polar Surface Area (極 性 表 面 積 )
Vapor Pressure (蒸 気 圧 )
Critical Temperature (臨 界 温 度 )
M
Critical Volume (臨 界 容 積 )
Mass (質 量 )
E
Melting Point (融 点 )
R
Water Solubility (水 溶 性 )
Exact Mass (厳 密 な質 量 )
Molar Refractivity (モル屈 折 度 )
Radius (半 径 )
Wiener Index (Wiener 指 数 )
第 10 章: ChemDraw/Excel
Principal Moment Of Inertia (主 慣
性 モーメント )
W
179 / 303
ChemBioDraw 13.0
Molecular Networks について
* 化 合 物 の酸 解 離 定 数 、水 溶 性 、およびオクタノール/水 の分 配 係 数 を予 測 するための MOSES.pKa、MOSES.logS、および MOSES.logP は、Molecular Networks のケモインフォマティクス プラット フォーム MOSES に基 づ
く計 算 モジュールです。MOSES は、Molecular Networks GmbH (ド イツ、エルランゲン) が開 発 、保 守 、所 有 していま
す。詳 細 については、www.molecular-networks.com/moses を参 照 してください。All rights reserved.Molecular Networks GmbH, Erlangen, Germany (www.molecular-networks.com)
Balaban Index (Balaban 指数)
各 項 の意 味 は次 のとおりです。
q は分 子 グラフのエッジの数 です。
m= (q-n+1) は分 子 グラフのサイクロマティック数 です。
n は分 子 グラフの原 子 数 です。
Si は、分 子 の位 相 距 離 マト リックスの i 番 目 の行 (または列 ) にある全 エント リの合 計 です。距 離 マト リックスには、す
べての原 子 ペア間 の最 短 パスが格 納 されます。
Boiling Point (沸点)
沸 点 は絶 対 温 度 で表 示 します。
溶 液 は、純 溶 媒 よりわずかに高 い温 度 で沸 騰 します。沸 点 の変 化 は次 の数 式 で算 出 します。
Kb はモル沸 点 定 数 です。m は、重 量 モル濃 度 で表 される溶 質 の濃 度 です。∆Tb は温 度 変 化 です。
Cluster Count (クラスタ数)
距 離 マト リックスの特 定 の長 さのパス数 です。
Connolly Accessible Area (コノリー接触面)
(溶 媒 を表 す) プローブ球 が分 子 モデルをなぞる際 の、球 の中 心 の軌 跡 です。
Connolly Molecular Surface Area (コノリー分子表面積 )
(溶 媒 を表 す) プローブ球 が分 子 モデルをなぞる際 にできる接 触 面 です。単 位 はオングスト ローム2 です。
Connolly Solvent Accessible Surface Area (コノリー溶媒接触表面)
(溶 媒 を表 す) プローブ球 が分 子 モデルをなぞる際 の、球 の中 心 の軌 跡 です。単 位 はオングスト ローム2 です。
第 10 章: ChemDraw/Excel
180 / 303
ChemBioDraw 13.0
Connolly Solvent Excluded Volume (コノリー溶媒排斥容積)
溶 媒 接 触 分 子 表 面 で囲 まれた領 域 の容 積 です。
Critical Pressure (臨界圧力)
バールで表 示 します。臨 界 温 度 で気 体 を液 化 するために必 要 な最 小 圧 力 です。
Critical Temperature (臨界温度)
絶 対 温 度 で表 示 します。気 体 の場 合 に、どんなに圧 力 を加 えても液 化 できなくなる最 低 温 度 です。
Critical Volume (臨界容積)
cm3/mol で表 示 します。臨 界 温 度 および臨 界 圧 力 において 1 モルの物 質 によって占 有 される体 積 です。
Exact Mass (厳密な質量)
分 子 の個 々 の同 位 体 の質 量 の合 計 です。たとえば、2 個 の水 素 -1 (1H) と 1 個 の酸 素 -16 (16O) が含 まれる水 の厳 密
な質 量 は 1.0078 + 1.0078 + 15.9994 = 18.0106 です。2 個 の水 素 -2 (重 水 素 つまり 2H) と 1 個 の酸 素 -16 (16O) が含
まれる重 水 の厳 密 な質 量 は 2.014 + 2.014 + 15.9994 = 20.027 です。
Formal Charge (形式電荷)
化 学 結 合 の電 子 が、相 対 的 な陰 性 に関 係 なく原 子 間 で等 しく共 有 されるという前 提 のもとに、分 子 内 の原 子 に割 り
当 てられる電 荷 です。
分 子 内 の原 子 の形 式 電 荷 は次 の数 式 で算 出 できます。
FC = V - N - B/2
"V" は、分 離 している原 子 (基 底 状 態 の原 子 ) の価 電 子 数 です。"N" は、分 子 内 のこの原 子 における非 結 合 電 子 の
数 です。"B" は、分 子 内 の他 の原 子 と共 有 結 合 で共 有 される電 子 の総 数 です。
Freezing Point (凝固点)
1 気 圧 における化 学 構 造 の凝 固 点 です。単 位 はケルビンです。
Gibbs Free Energy (ギブスの自由エネルギー)
KJ/mole で表 示 します。ギブスの自 由 エネルギーは次 のように定 義 されます。
以 下 と同 じです。
各 項 の意 味 は次 のとおりです。
第 10 章: ChemDraw/Excel
181 / 303
ChemBioDraw 13.0
U は内 部 エネルギーです (SI 単 位 : ジュール)。
p は圧 力 です (SI 単 位 : パスカル)。
V は体 積 です (SI 単 位 : m3)。
T は温 度 です (SI 単 位 : ケルビン)。
S はエント ロピーです (SI 単 位 : ジュール毎 ケルビン)。
H はエンタルピーです (SI 単 位 : ジュール)。
注 : H と S は、標 準 温 度 および圧 力 で見 られる熱 力 学 的 な値 です。
Heat of Formation (生成熱)
KJ/mole で表 示 します。生 成 熱 は、定 圧 で構 成 分 子 から 1 モルの物 質 が生 成 される際 のエンタルピーの増 加 量 です。
Henry’s Law Constant (ヘンリーの法則の定数)
単 位 なしの値 です。ヘンリーの法 則 の定 数 は次 のように表 現 できます。
"p" は、溶 液 の上 にある気 体 の溶 質 の分 圧 です。"c" は、溶 質 の濃 度 です。"kH,pc" は、濃 度 で除 算 した圧 力 の次 元
を伴 う定 数 です。ヘンリーの法 則 の定 数 と呼 ばれる定 数 は、溶 質 、溶 媒 、温 度 に依 存 します。
Ideal Gas Thermal Capacity (理想気体熱容量)
理 想 気 体 の定 容 での熱 容 量 は次 のとおりです。
各 項 の意 味 は次 のとおりです。
cV は温 度 に依 存 する定 数 です。
U は内 部 エネルギーです。
T は絶 対 温 度 です。
V は体 積 です。
n は気 体 の物 質 量 です。
R は気 体 定 数 です (SI 単 位 で 8.314 J·K−1mol-1)。
N は気 体 粒 子 の数 です。
kB はボルツマン定 数 です (SI 単 位 で 1.381×10−23J·K−1)。
理 想 気 体 の定 圧 での熱 容 量 は次 のとおりです。
第 10 章: ChemDraw/Excel
182 / 303
ChemBioDraw 13.0
"H" は気 体 のエンタルピーです。算 出 方 法 : H = U + pV
MOLECULAR_NETWORKS_LOGP
分 配 係 数 は、2 つの溶 液 間 のイオン化 していない化 合 物 の濃 度 の比 です。イオン性 溶 質 の分 配 係 数 を測 定 する場
合 は、化 合 物 の優 勢 型 がイオン化 されないように水 相 の pH が調 整 されます。溶 媒 内 のイオン化 していない溶 質 の濃
度 の比 の対 数 は、LogP と呼 ばれます。
通 常 、選 択 する溶 媒 の 1 つは水 です。もう一 方 は疎 水 性 のもの (オクタノールなど) です。
MOLECULAR_NETWORKS_LOGS
MOLECULAR_NETWORKS_LogS は、物 質 の溶 解 度 を決 定 します。mol/l 単 位 で測 定 されます。化 合 物 の水 溶 解
度 は、その化 合 物 の吸 収 特 性 と分 布 特 性 に大 きく影 響 すると言 われています。
MOLECULAR_NETWORKS_PKa
MOLECULAR_NETWORKS_PKa は、酸 解 離 定 数 Ka の負 の対 数 です。化 合 物 またはイオンが溶 液 中 で解 離 する
傾 向 を表 します。
Mass (質量)
統 一 原 子 質 量 単 位 u (12C の原 子 1 個 の質 量 の 1/12 に等 しい) を基 準 とした、物 質 の分 子 1 個 の質 量 です。分 子
量 とも呼 ばれます。
Melting Point (融点)
標 準 大 気 圧 で固 体 が液 体 になる温 度 です。融 点 では、固 相 と液 相 が平 衡 状 態 で存 在 します。融 点 の計 算 式 は次
のとおりです。
"T" は融 点 の温 度 です。"∆S" は融 解 エント ロピーの変 化 です。"∆H" は融 解 エンタルピーの変 化 です。
Molar Refractivity (モル屈折度)
1 モルの物 質 の総 分 極 率 の測 定 値 です。温 度 、屈 折 度 指 数 、圧 力 に依 存 します。
モル屈 折 度 "A" は次 の式 で表 されます。
"NA" はアボガド ロ定 数 です。α は平 均 分 極 率 です。
第 10 章: ChemDraw/Excel
183 / 303
ChemBioDraw 13.0
Molecular Formula (分子式)
化 合 物 の分 子 式 です。
Molecular Weight (分子量)
分 子 内 のすべての原 子 の原 子 量 の合 計 です。
Num Rotatable Bonds (回転可能結合数)
分 子 内 の回 転 可 能 結 合 の数 です。回 転 可 能 結 合 は、単 結 合 として描 画 される非 環 式 結 合 として定 義 され (アミド
C-N 結 合 、O=C--N が回 転 可 能 です)、端 の原 子 は、少 なくとも 1 つの非 水 素 置 換 基 を持 ちます。この位 相 パラメータ
は分 子 柔 軟 性 の測 定 値 です。水 素 または末 端 原 子 、アミド の単 結 合 、スルホンアミド に結 び付 いている単 結 合 、2 つ
のヒンダード 芳 香 族 環 (少 なくとも 3 つのオルト 置 換 基 を持 つ) を結 び付 ける単 結 合 、および不 飽 和 結 合 は、回 転 不
能 と見 なされます。
Ovality (卵形度)
分 子 の形 状 が球 (一 方 の究 極 の形 状 ) または葉 巻 形 (他 方 の究 極 の形 状 ) にどれだけ近 づいているかを表 します。卵
形 度 は、面 積 に対 する体 積 の比 で表 されます。
ここで、"A" は面 積 、"V" は体 積 、"O" は卵 形 度 です。
ヘリウム原 子 の卵 形 度 は 1.0 です。HC
H (三 重 結 合 12) は約 1.7 です。
24
Polar Surface Area (極性表面積)
極 性 表 面 積 (PSA) は、すべての極 性 原 子 における表 面 積 の合 計 として定 義 されます。
Principal Moment Of Inertia (主慣性モーメント )
分 子 の主 座 標 軸 に関 する主 慣 性 モーメント を表 します。次 の数 式 を使 用 して、質 量 の中 心 を通 る一 連 の直 線 の慣
性 モーメント が計 算 されます。
距 離 は、質 量 の中 心 の両 側 の I の平 方 根 の逆 数 に比 例 する各 線 に従 って確 立 されます。これらの距 離 の軌 跡 に
よって楕 円 体 表 面 が形 成 されます。主 モーメント は、楕 円 体 の主 座 標 軸 に関 連 付 けられます。
3 つのモーメント がすべて等 しい場 合 、分 子 は対 称 コマであると見 なされます。どのモーメント も等 しくない場 合 、分 子
は非 対 称 コマであると見 なされます。
第 10 章: ChemDraw/Excel
184 / 303
ChemBioDraw 13.0
Radius (半径)
原 子 の離 心 率 は距 離 マト リックスの行 (または列 ) 内 の最 大 値 で、その分 子 が中 心 から離 れている率 を表 します。
直 径 (D) は、全 原 子 の直 径 の最 大 値 で、最 も遠 い原 子 によって計 算 されます。例 : メタンの直 径 = 0、エタンの直 径 =
1、プロパンの直 径 = 2、n-ブタンの直 径 = 3
半 径 (R) は、半 径 の最 小 値 で、最 も中 心 にいる原 子 によって計 算 されます。例 : メタンの半 径 = 0、エタンの半 径 = 1、
プロパンの半 径 = 1、n-ブタンの半 径 = 2
Shape Attribute (形状属性)
形 状 属 性 (kappa) は、分 子 の分 岐 を測 定 し、特 定 の次 数 において可 能 な最 小 値 と最 大 値 の間 になるように調 節 さ
れます。1 次 形 状 属 性 は 1 結 合 パスの数 をカウント します。2 次 属 性 は、2 結 合 パスの数 をカウント します。次 数 は 3 つ
(1 ～ 3) まで使 用 可 能 です。
Shape Coefficient (形状係数)
形 状 係 数 I は、次 の式 によって計 算 されます。
直 径 (D) は、全 原 子 の直 径 の最 大 値 で、最 も遠 い原 子 によって計 算 されます。半 径 (R) は、半 径 の最 小 値 で、最 も
中 心 にいる原 子 によって計 算 されます。
D の値 の例 : メタン = 0、エタン = 1、プロパン = 2、n-ブタン = 3
R の値 の例 : 半 径 : メタン = 0、エタン = 1、プロパン = 1、n-ブタン = 2
Sum Of Degrees (次数合計)
全 原 子 の次 数 の合 計 です。原 子 の次 数 とは、結 合 している非 水 素 原 子 の数 のことです。
Sum of Valence Degrees (原子価合計)
全 原 子 の原 子 価 の合 計 です。水 素 を含 んだ隣 接 結 合 次 数 の合 計 が原 子 価 になります。
Topological Diameter (位相直径)
分 子 の最 大 寸 法 です。
Total Connectivity (結合合計)
全 ヘテロ原 子 の結 合 です。
Total Valence Connectivity (原子価結合合計)
全 ヘテロ原 子 の原 子 価 結 合 です。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
Vapor Pressure (蒸気圧)
固 相 または液 相 と平 衡 状 態 にある蒸 気 によって加 えられる圧 力 です。蒸 気 圧 により、気 相 中 の溶 媒 分 子 の濃 度 が
測 定 されます。
蒸 気 圧 は、ラウールの法 則 を使 用 して計 算 できます。蒸 気 圧 の計 算 式 は次 のとおりです。
Water Solubility (水溶性)
特 定 の温 度 および圧 力 下 で、平 衡 状 態 で水 に溶 解 できる物 質 の最 大 量 です。水 溶 性 の単 位 は mg/L です。
Wiener Index (Wiener 指数)
分 岐 を測 定 します。次 のように定 義 されています。
プリファレンス
ChemDraw/Excel は、実 施 する作 業 の方 法 に応 じてカスタマイズすることができます。
ChemDraw/Excel をカスタマイズするには、ChemOffice、Preferences の順 に選 択 し、下 記 のいずれかのオプションを
選 択 します。
Double-click To Add a molecule - セルをダブルクリックすると、ChemDraw が起 動 されます。
Ask Before Adding Molecule - 分 子 を追 加 するセルをダブルクリックすると、確 認 のメッセージが表 示 されます。
Align Structure - 構 造 式 をどのようにセルに割 り当 てるかを指 定 します。列 幅 、行 の高 、またはその両 方 を縮 小 でき
ます。
Import Table - テーブルを上 書 きするか、既 存 のテーブルにレコード を追 加 するかを指 定 します。
Ask if the Record Import count Exceeds - インポート しているテーブルに、指 定 されたカウント 数 を超 えるレコード が
含 まれていると、プロンプト が表 示 されます。
Ask Before Clearing Cells - Delete キーまたは Backspace キーを押 して ChemOffice ワークシート のセルの内 容 を
削 除 しようとすると、プロンプト が表 示 されます。
Automatically generate structures while importing a table - "Import Table" コマンド を使 用 してテーブルをイン
ポート している間 に、個 々 のレコード について構 造 式 画 像 を生 成 する場 合 は、このオプションを選 択 します。このオプ
ションを無 効 にすると、インポート プロセスが高 速 化 されます。インポート されるのは構 造 式 とテーブルのデータのみで
す。画 像 は生 成 されません。構 造 式 のセルを選 択 し、Show Picture を使 用 すると、画 像 が表 示 されます。
Search Results - 既 定 値 では、検 索 を実 行 したのと同 じワークシート に検 索 結 果 が表 示 されます。"Display in a
new worksheet" オプションにより、"SearchResults X" (X は 1、2、3 など) という名 前 の新 しいワークシート が作 成 さ
れ、元 のワークシート を変 更 せずに、この新 しいシート に検 索 結 果 が表 示 されます。
Default Style Sheet - "Import Table"、"Load Molecule"、または分 子 の追 加 コマンド を使 用 して構 造 式 を追 加 する
ときに必 ず適 用 されるスタイル シート を指 定 します。特 定 の分 子 を適 用 するには、ChemOffice13、Molecule、Style
の順 に選 択 します。既 定 値 のスタイル シート は、"New Document.cds" です。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
CombiChem
CombiChem を使 用 すると、構 造 的 に関 連 性 のある分 子 による仮 想 コンビナト リアル ライブラリを作 成 できます。その
後 、さまざまな特 性 についてライブラリをスクリーニングして、合 成 する化 合 物 を決 定 できます。
CombiChem は Microsoft Excel のプラグインであり、ChemDraw/Excel に同 梱 されています。Excel の操 作 に慣 れてい
れば、CombiChem が使 いやすいことがわかるでしょう。ただし、ヘルプが必 要 な場 合 は、Excel のユーザーズ ガイド を参
照 してください。
操作の開始
ChemBioFinder または ChemBioOffice をインスト ールすると、CombiChem アド インもインスト ールされます。CombiChem を使 用 するには、Microsoft Excel 2003 以 降 が必 要 です。
CombiChem の問題の解決
CombiChem では、Excel ワークシート 形 式 のヘルプがあります。ChemOffice13 メニューから CombiChem、Help の順
に選 択 します。
既 定 値 で、作 成 する各 ワークシート にも操 作 方 法 を示 す簡 単 な指 示 が記 載 されます。指 示 が見 つからない場 合 は、
次 の操 作 を行 ってください。
1. ChemOffice13 メニューから CombiChem、Preferences の順 に選 択 します。
2. Add Instructions to Every Sheet を選 択 します。
3. OK をクリックします。
作 成 した新 しいワークシート に指 示 が表 示 されます。
コンビナト リアル ライブラリの作成
コンビナト リアル ライブラリを作 成 するには、最 初 に一 般 的 な反 応 が必 要 です。この反 応 は、化 合 物 を合 成 するために
研 究 室 で使 用 する実 際 の反 応 に似 ています。一 般 的 な反 応 には、実 際 の反 応 における反 応 物 や生 成 物 を表 す 1
つ以 上 のクエリ構 造 式 が含 まれます。一 般 的 な反 応 の例 を次 に示 します。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
反 応 物 のクエリ構 造 式 と一 致 する化 合 物 を化 学 データベースで検 索 するには、一 般 的 な反 応 を使 用 します。一 致 す
るすべての化 合 物 が見 つかると、CombiChem はクエリで見 つかった化 合 物 から反 応 のリスト を生 成 します。
作 成 する一 般 的 な反 応 は、次 の条 件 を満 たす必 要 があります。
反 応 物 のすべての一 般 的 な原 子 は、R-基 で表 される必 要 があります。
溶 媒 、触 媒 、およびその他 実 際 のエレメント は一 般 的 な反 応 に含 めません。
複 数 ステップの一 般 的 な反 応 はサポート されます。
一般的な反応の入力
一 般 的 な反 応 を入 力 するには、最 初 に反 応 ワークシート を作 成 する必 要 があります。
ChemOffice13 メニューから CombiChem、New Reaction の順 に選 択 します。「Reactions」という名 前 の新 しい
ワークシート がワークブックに表 示 されます。
次 に、一 般 的 な反 応 をインポート するか ChemBioDraw で描 画 して、反 応 ワークシート に追 加 します。
反 応 をインポート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 「Reaction - Double-click to edit」というテキスト が含 まれるセルにカーソルを置 きます。
2. ChemOffice ツールバーで Load Molecule アイコンをクリックするか、ChemOffice13 メニューの Molecule サブメ
ニューから Load を選 択 します。
3. 一 般 的 な反 応 が含 まれるファイルを参 照 して Open をクリックします。Reactions ワークシート に反 応 が表 示 されま
す。
ChemBioDraw で反 応 を描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 「Reaction - Double-click to edit」というテキスト が含 まれるセルをダブルクリックします。
2. 新 しい分 子 を追 加 するかどうかを求 められたら Yes をクリックします。ChemBioDraw が起 動 します。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
3. ChemBioDraw で、一 般 的 な反 応 を描 画 します。
4. ChemBioDraw で File メニューの Exit をクリックします。Excel に戻 り、反 応 がワークシート に表 示 されます。
ヒント: 反 応 の表 示 /非 表 示 を切 り替 えるには、Show Picture または Hide Picture アイコンをクリックします。
注 : 反 応 テンプレートに複 数 の反 応 を追 加 しないでください。
反応物ワークシート の作成
一 般 的 な反 応 には、最 低 1 つの一 般 的 な反 応 物 (1 つ以 上 の R-基 結 合 を持 つ反 応 物 ) が含 まれます。Excel に一
般 的 な反 応 を入 力 したら、一 般 的 な反 応 物 ごとにワークシート を作 成 します。CombiChem では反 応 物 ワークシート を
使 用 して、合 成 で使 用 できる構 造 式 をデータベースで検 索 します。複 数 ステップの反 応 では、CombiChem によって最
初 のステップで反 応 物 が検 索 されますが、中 間 反 応 物 は無 視 されます。
反 応 物 ワークシート を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Reactions ワークシート タブを選 択 します。
2. ChemOffice13 メニューで CombiChem、Reactants、Make Reactant Worksheets の順 に選 択 します。一 般 的
な反 応 物 ごとに新 しいワークシート が追 加 されます。
CombiChem は一 般 的 な反 応 物 ごとにワークシート を作 成 します (通 常 、入 力 した反 応 ごとに 1 つまたは 2 つの反 応
物 ワークシート )。
反応物検索
反 応 物 ワークシート は、作 成 された時 点 では空 です。各 ワークシート にデータベースからの構 造 式 のデータを設 定 するに
は、データベースを SD ファイルとしてインポート するか、または ChemBioFinder を使 用 してレコード を検 索 します。
SD ファイル内 の反 応 物 を検 索 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Reactant ワークシート タブを選 択 します。
2. ChemOffice13 メニューで CombiChem、Reactants、Search for Reactants の順 に選 択 します。ダイアログ ボック
スが表 示 されます。
3. Search Directly を選 択 して、検 索 する SD ファイルをインポート します。
注: SD ファイルの拡張子は .sdf です。
4. Database フィールド にファイル パスを入 力 するか、Browse をクリックしてファイルの場 所 を指 定 します。
5. OK をクリックします。一 般 的 な反 応 と一 致 するファイル内 のレコード が返 されます。
ChemBioFinder を使 用 して反 応 物 を検 索 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ChemOffice13 メニューで CombiChem、Reactants、Search for Reactants の順 に選 択 します。
2. ダイアログ ボックスで、Search in ChemFinder を選 択 します。
3. Database フィールド で、ChemBioFinder データベースの検 索 に使 用 する ChemBioFinder フォームへのパスを入 力 し
ます。
注: ChemBioFinder フォーム ファイルの拡張子は .cfx または .cfw です。
4. OK をクリックします。ChemBioFinder が起 動 します。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
ChemBioFinder が起 動 すると、入 力 したフォームを使 用 して対 応 するデータベースで一 般 的 な反 応 物 と一 致 するレ
コード が検 索 されます。検 索 結 果 は ChemBioFinder で参 照 してから Excel の反 応 物 ワークシート にインポート する
ことができます。
ヒント: 検 索 結 果 からレコード を除 外 するには、ChemBioFinder でそのレコード に移 動 し、ChemBioFinder のメイン メ
ニュー、Record、Omit from List の順 に選 択 します。
5. Excel で、ChemOffice13、CombiChem、Reactants、Import ChemBioFinder Hitlist の順 に選 択 します。
また、クエリ構 造 式 をコピーして ChemBioFinder に貼 り付 け、検 索 を実 行 することもできます。
1. Excel で、一 般 的 な反 応 物 を含 むセルを選 択 します。
2. ChemOffice ツールバーの Copy Molecule アイコン をクリックします。
3. ChemBioFinder で、検 索 するデータベースを開 きます。
4. 一 般 的 な反 応 物 構 造 式 をクエリ フォームに張 り付 け、検 索 を実 行 します。
5. Excel の反 応 物 ワークシート で、ChemOffice13、CombiChem、Reactants、Import ChemBioFinder Hitlist の順
に選 択 して、検 索 結 果 をインポート します。検 索 結 果 が反 応 物 ワークシート に表 示 されます。
ヒント: Show Picture/Hide Picture コマンド を使 って、列 を表 示 したり、非 表 示 にしたりできます。
反応物ワークシート の再作成
いつでも一 般 的 な反 応 を編 集 できます。ただし、その場 合 は反 応 物 ワークシート を削 除 して再 作 成 する必 要 がありま
す。
反 応 物 ワークシート を再 作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Reactant ワークシート タブを右 クリックし、Delete を選 択 します。
2. メッセージが表 示 されたら、ワークシート を削 除 することを確 認 します。
3. ChemOffice13 メニューで CombiChem、Reactants、Make Reactant Worksheets の順 に選 択 します。
4. ChemOffice13 メニューで CombiChem、Reactants、Search for Reactants の順 に選 択 します。(詳 細 について
は、189 ページの 「反 応 物 検 索 」 を参 照 してください。)
すでに反 応 物 ワークシート が含 まれるワークブックに新 しい反 応 物 ワークシート を作 成 するときは、既 存 のワークシート を
削 除 するかどうかを尋 ねられます。メッセージが表 示 されたら、次 のいずれかのオプションを選 択 します。
Yes をクリックして、既 存 のワークシート を置 換 します。既 存 のワークシート は永 久 的 に削 除 されます。
No をクリックします。新 しいワークシート は作 成 されず、現 在 のワークシート が保 持 されます。
既 存 のワークシート を保 持 するには、File の Save As を選 択 し、ワークブックを保 存 します。その後 、上 記 の手 順 に
従 って反 応 物 ワークシート を再 作 成 します。既 存 の各 ワークシート を削 除 するメッセージが表 示 されたら、Yes をクリック
します。新 しい反 応 物 ワークシート が作 成 され、これまでのワークブックは保 存 済 みファイルとして利 用 できるようになりま
す。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
実験の作成
実 験 とは、反 応 物 の検 索 結 果 が一 般 的 な反 応 に適 用 されるときに作 成 される生 成 物 構 造 式 のライブラリです。
ワークブックごとに複 数 の実 験 を作 成 または列 挙 できます。
たとえば、インポート したすべての反 応 物 を使 って、すべての反 応 物 の可 能 な組 み合 わせを含 めた実 験 セット を列 挙 で
きます。これらの生 成 物 に関 する特 性 を計 算 した後 、これらの生 成 物 の内 10% が研 究 所 で合 成 してみる価 値 がある
と判 断 したとします。その場 合 、計 算 に基 づいて期 待 のできる生 成 物 だけを含 む実 験 を作 成 できます。
反 応 物 リスト の「Use (Y/N)」列 は、リスト の関 連 反 応 物 が実 験 で使 用 されるのか (「Y」) 使 用 されないのか (「N」) を表
します。既 定 値 では Y が表 示 されます。
注 : Structure 列 および Use (Y/N) 列 のみが必 要 です。その他 の列 は、含 めることはできますが、CombiChem で無
視 されます。削 除 してもかまいません。
新 しい実 験 セット を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 各 反 応 物 リスト で、使 用 する反 応 物 の「Use(Y/N)」列 に「Y」と入 力 して選 択 します。使 用 しない反 応 物 には、「N」
と入 力 します。
注: セルに「n」または「N」を入力しないと、既定値の「Y」になります。
2. ChemOffice13、CombiChem、Experiments、New の順 に選 択 するか、またはフローティング実 験 フォームを使 用
します (Combi Options、Experiment、New の順 に選 択 )。選 択 された反 応 物 の数 で実 験 セット を作 成 するか尋
ねるダイアログ ボックスが表 示 されます。
注 : 生 成 物 ライブラリの列 挙 には、特 に多 数 の反 応 物 がある場 合 や遅 いプロセッサを使 用 している場 合 などには、
長 時 間 を要 する可 能 性 があります。
CombiChem/Excel によって、列 挙 の内 容 が ChemFinder データベース ファイルに保 存 されます。
3. メッセージが表 示 されたら、実 験 ファイルを保 存 します。
注: 列挙が終了すると、CombiChem/Excel がデータをワークシートにインポートします。
実験ワークシート
実 験 セット が作 成 されると、いくつかのシート がワークブックに追 加 されます。
実 験 セット で使 用 される反 応 物 のリスト を含 みます。各 反 応 物 に対 して 1 つの Experiment Reactant シート がありま
す。シート の名 前 は Experimentn-Reactantm です (n は、特 定 の実 験 を指 定 し (複 数 作 成 している場 合 )、 m は実 験
の反 応 物 )。
反 応 物 ワークシート で「Y」とマークした反 応 物 に基 づき、実 験 の一 般 的 な反 応 および列 挙 された生 成 物 を含 みます。
既 定 値 では生 成 物 のみがリスト されます。列 挙 された反 応 をすべてリスト するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ChemOffice13 メニューから CombiChem、Preferences の順 に選 択 します。
2. Combi Preferences ダイアログ ボックスで、Show Full Reaction for each product を選 択 します。
3. 反 応 物 ワークシート を選 択 します。
4. ChemOffice13 メニューから CombiChem、Experiments、New の順 に選 択 します。新 しい実 験 が追 加 され、反
応 全 体 が生 成 物 ワークシート に表 示 されます。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
注: 新しい実験が作成されるときは常に、既存の実験ワークシートは保持されます。削除するには、各実験タブを右クリックして
Delete を選択するか、または実験フローティング フォームを使用します (Combi Options、Experiment、Delete の順に選
択)。
Combi Options、Experiment、Toggle の順 に選 択 して、ワークブック内 のすべての実 験 ワークシート を非 表 示 /非 表
示 解 除 することができます。
プレート の設定
実 験 を作 成 したら、生 成 物 を生 成 物 ウェルに、実 験 の反 応 物 を反 応 物 ブロック プレート にそれぞれ割 り当 てることがで
きます。これは合 成 ロボット を使 用 して実 験 を行 う場 合 に便 利 です。50 行 と 50 列 までのプレート を設 定 できます。
割 り当 てを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Experiment Reactant または Experiment Product ワークシート を開 きます。
2. ChemOffice13 メニューから CombiChem、Plates、Configure Plates の順 に選 択 します。
Configure Plates ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Configuration of: ド ロップダウン リスト で、Product Plates または Reactant Block Plates を選 択 します。
4. プレート に割 り当 てる行 数 および列 数 を入 力 します。
番 号 が付 いているボタンは選 択 したプレート のウェルを表 しています。
5. コント ロールとして使 用 するウェル、合 成 された化 合 物 として使 用 するウェル、または空 のままにするウェルを指 定 しま
す。ウェルをクリックして、その指 定 を変 更 します。
6. 終 了 したら、Apply をクリックします。
プレート の割り当て
次 の手 順 は、プレート をそれぞれの反 応 物 および生 成 物 に割 り当 てることです。
反 応 物 または生 成 物 をプレート に割 り当 てるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Experiment-Reactant ワークシート を選 択 します。
2. ChemOffice13 メニューから CombiChem、Plates、Assign to Wells の順 に選 択 します。
3. 生 成 物 ワークシート を選 択 します。
4. ChemOffice13 メニューから CombiChem、Plates、Assign to Wells の順 に選 択 します。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
反 応 物 または生 成 物 のワークシート には、Well Plate、Well Row、Well Column の 3 つの列 が追 加 されています。
特 定 のプレート の割 り当 てを変 更 するには、ワークシート で値 を編 集 します。
すべてのプレート ウェルの割 り当 てを削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 割 り当 てを削 除 するワークシート を選 択 します。
2. ChemOffice13 メニューから CombiChem、Plates、Remove well assignments の順 に選 択 します。
プレート の閲覧
ウェルに反 応 物 または生 成 物 を割 り当 てると、各 ウェルに割 り当 てた内 容 を閲 覧 できます。
1. 反 応 物 または生 成 物 のワークシート を選 択 します。
2. ChemOffice13 メニューから CombiChem、Plates、Browse Plates の順 に選 択 します。Plate Browser ダイアログ
ボックスが表 示 されます。
3. Plate スクロール リスト で、表 示 するプレート 番 号 を選 択 するか入 力 します。
4. ダイアログ ボックスで、表 示 するウェルを選 択 します。選 択 したウェルに割 り当 てられている反 応 物 または生 成 物 まで
ワークシート をスクロールします。
関連構造式の表示
実 験 を列 挙 すると、どの反 応 物 が生 成 物 になったか、または一 定 の反 応 物 からどの生 成 物 が生 じたかを参 照 できま
す。
関 連 構 造 式 を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
1. Experiment Reactant または Experiment Product シート の行 を 1 つ選 択 します。
2. ChemOffice13 メニューから CombiChem、Highlight Related Records の順 に選 択 します。
Experiment Reactant および Experiment Product シート 上 の関 連 レコード の色 が強 調 して表 示 されます。
3. (オプション) すべての行 から強 調 表 示 を取 り除 くには、ChemOffice13、CombiChem、Highlight、Unhighlight All
の順 に選 択 します。
プリファレンスの設定
CombiChem では、特 定 の情 報 を各 ワークシート で表 示 する方 法 や可 否 を選 択 できる複 数 のオプションを用 意 していま
す。ChemOffice13 メニューから CombiChem、Preferences の順 に選 択 し、これらのオプションから選 択 します。
既 定 値 で、各 CombiChem ワークシート の行 1 には指 示 が含 まれます。このオプションの選 択 /選 択 解 除 を切 り替 える
と、作 成 する新 しいシート ごとに表 示 /削 除 を切 り替 えることができます。
既 定 値 では、反 応 矢 印 および生 成 物 が各 実 験 ワークシート に表 示 されます。このオプションを選 択 すると、新 しい各 実
験 ワークシート に反 応 全 体 を表 示 します。
プレート の行 と列 を割 り当 てます。Left to Right を選 択 すると、ウェル番 号 を行 ごとに割 り当 てます (1-1、1-2、1-3 な
ど)。Top to Bottom を選 択 すると、ウェル番 号 を列 ごとに割 り当 てます (1-1、2-1、3-1 など)。
数 字 またはアルファベット によるラベルをプレート の列 に割 り当 てます。
数 字 またはアルファベット によるラベルをプレート の行 に割 り当 てます。
ChemBioFinder/Office
CombiChem と ChemBioFinder for Office を組 み合 わせることにより、組 み合 わせ実 験 のライブラリを生 成 できます。これ
らのライブラリは、ChemBioFinder/Office で読 み取 ることができるあらゆるタイプのファイルで描 かれ、.mst 形 式 のデータ
ベースとして格 納 されます。
CombiChem の一 般 的 な反 応 を ChemBioFinder for Office に入 力 するには、次 の 2 つの方 法 があります。
ChemBioDraw または ChemDraw ActiveX コント ロールで一 般 的 な反 応 を作 成
一 般 的 な反 応 の ChemBioFinder データベースを作 成
一般的な反応の作成
ChemBioDraw または ChemDraw ActiveX コント ロールで一 般 的 な反 応 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ChemBioFinder for Office を開 きます。
2. Edit メニューの Edit Structure をクリックします。Preferences の設 定 によって、ChemBioDraw が起 動 するか、ChemBioDraw 13.0 ActiveX コント ロールがアクティブになります。
3. 一 般 的 な反 応 を描 画 します。一 般 的 な構 造 式 の詳 細 については、『ChemBioDraw ユーザーズ ガイド 』を参 照 し
てください。
一般的な反応のデータベースの作成
ChemBioFinder for Office で一 般 的 な反 応 のデータベースを作 成 できます。ChemBioFinder for Office で .cfw ファイル
を開 き、閲 覧 できます。
1. 構 造 式 ウィンド ウに一 般 的 な反 応 を入 力 したら、Search、Enumerate の順 に選 択 します。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
構 造 式 ウィンド ウに入 力 したとおりの反 応 が、Combi Enumerator ウィンド ウに表 示 されます。
2. (オプション) 反 応 に別 のステップを追 加 したい場 合 は、Add Step をクリックし、ウィンド ウ内 の反 応 をダブルクリックして
ChemBioDraw 13.0 で編 集 します。または、入 力 したままの反 応 を使 用 します。
3. Analysis タブをクリックします。反 応 ステップの分 析 が反 応 表 示 の下 に表 示 され、反 応 の一 般 的 な反 応 物 ごとに新
しいタブが追 加 されます。
4. 一 般 的 な反 応 物 のタブをクリックします。
5. Browse ボタンを使 って、ChemBioFinder または SDFile データベースを選 択 するか、その他 の化 学 構 造 式 のソース
(ChemBioDraw 13.0 ファイルのコレクションなど) を選 択 します。
6. Search をクリックします。データベース ファイル内 で反 応 物 と一 致 するすべての構 造 式 が返 されます。
ヒット リスト の編集
先 に進 む前 に、ヒット リスト から不 要 なレコード を削 除 できます。
1. Edit Hitlist をクリックします。ヒット リスト が ChemBioFinder で開 きます。
2. ChemBioFinder で不 要 なレコード を選 択 し、Record、Omit from List の順 に選 択 します。その他 の不 要 なレコード
について、それぞれこの手 順 を繰 り返 します。
3. ChemBioFinder for Office で、Enumeration タブをクリックします。Browse をクリックし、結 果 を格 納 するデータベース
を選 択 します。
4. Go をクリックします。
5. Save をクリックします。結 果 はデータベースに格 納 されます。
注: データベース ファイルを作成するには、ファイル名を入力します。
6. 操 作 が完 了 したら、OK をクリックして Combi Enumerator を終 了 し、ChemBioFinder/Office に戻 ります。
結 果 を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ChemBioFinder を起 動 します。
2. File、Import、Structures の順 にクリックします。
3. Data Import ダイアログ ボックスからデータベースを選 択 します。
ChemDraw for Excel
列 挙 された実 験 で複 数 の関 数 を実 行 できます。たとえば、ChemDraw/Excel の特 性 計 算 法 を使 用 して、実 験 の生
成 物 の特 性 を計 算 できます。詳 細 については、『ChemBioDraw ユーザーズ ガイド 』または ChemDraw for Excel のオン
ライン ヘルプを参 照 してください。
第 10 章: ChemDraw/Excel
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ChemBioDraw 13.0
クエリ構 造 式
クエリとは、簡 単 に言 うとデータベースに格 納 されている情 報 を検 索 するということです。Web ブラウザを使 ってインターネッ
ト を検 索 したことがある場 合 は、簡 単 なクエリを実 行 していたことになります。
クエリ構 造 式 は、化 学 データベースの検 索 に使 うパラメータです (クエリが有 効 になるようにデータベースに構 造 式 が含 ま
れていることが必 要 です)。クエリ構 造 式 に結 合 属 性 と原 子 属 性 を含 めて、検 索 結 果 のリスト を絞 ったり広 げたりするこ
ともできます。次 に、2 つのクエリ構 造 式 の例 を示 します。
図 11.1: 2 つの構 造 式 クエリの例 A) 結 果 には、"R" によって指 定 された位 置 に結 合 した任 意 の原 子 が含 まれる。B)
結 果 には、"S/D" で指 定 された位 置 にある単 結 合 または二 重 結 合 のいずれかが含 まれる。
クエリを実 行 するには、まず ChemBioDraw でクエリ構 造 式 を描 画 します。次 に、ChemBioFinder 13.0 などのデータベー
ス アプリケーションにその構 造 式 を入 力 します。アプリケーションにより、指 定 した 1 つまたは複 数 のデータベースが検 索 さ
れ、クエリの結 果 が返 されます。
検 索 の制 限
返 される検 索 結 果 は、複 数 の要 因 によって決 まります。希 望 どおりの結 果 を取 得 するには、まず、描 画 する構 造 式 に
よって、実 行 するクエリを正 確 に表 現 することが必 要 です。たとえば、クエリ構 造 式 で、芳 香 族 構 造 式 のどの炭 素 原 子
も環 の一 部 にならないことを要 求 した場 合 は、使 用 したクエリ システムに応 じて、結 果 が返 されないか、エラーが返 され
る可 能 性 があります。
使 用 する検 索 アプリケーションがクエリに影 響 することもあります。アプリケーションがクエリ構 造 式 またはデータベース内 の
構 造 式 を正 確 に解 釈 しない場 合 は、不 正 確 な結 果 を受 け取 る可 能 性 があります。
総 称 ラベル
総 称 ラベルは、不 特 定 の結 合 を表 します。任 意 の原 子 、官 能 基 、構 造 的 特 徴 のいずれにもなることができます。クエリ
を実 行 すると、使 用 した総 称 ラベルのタイプと、クエリ構 造 式 でのその位 置 に基 づいて、構 造 式 のクエリが行 われます。
検 索 結 果 には、クエリ構 造 式 と一 致 するレコード が返 されます。
たとえば、次 のクエリ構 造 式 では、文 字 "Q" を使 って、指 定 した位 置 に水 素 原 子 でも炭 素 原 子 でもない原 子 が存 在
しなければならないことを示 しています。
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
他 の総 称 ラベルを使 用 して、その他 のクエリ条 件 タイプを示 すことができます。Chem & Bio Office 13.0 がサポート する総
称 ラベルは次 のとおりです (すべて、化 学 的 に意 味 のあるものとして認 識 されます)。
A:水 素 以 外 を表 します。
M:金 属 を表 します。
Q:水 素 でも炭 素 でもない原 子 を表 します。
X:任 意 のハロゲン化 合 物 を表 します。
R:制 限 なし、つまり任 意 の種 類 の 1 個 以 上 の結 合 された原 子 を表 します。
構 造 式 に総 称 ラベルを追 加 するには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
原 子 をダブルクリックしてテキスト ボックスを開 き、ニックネームを入 力 します。
原 子 を右 クリックして、コンテキスト メニューの Insert Generic Label をポイント し、サブメニューで挿 入 するラベルをク
リックします。
総称ニックネームのホット キー
他 のニックネームと同 じように、総 称 ニックネームにもホット キーを割 り当 てることができます。ニックネームにホット キーを割 り
当 てる方 法 の詳 細 については、257 ページの 「ホット キーのカスタマイズ」 を参 照 してください。
総称ニックネームの定義
化 学 的 に意 味 を持 つものとして認 識 される総 称 ニックネームは、ChemDraw Items フォルダ内 の Generic Nicknames
ファイルに一 覧 表 示 されています。
総 称 ニックネーム ファイルを編 集 するには、Generic Nicknames ファイルをテキスト エディタで開 き、必 要 な変 更 を加 えま
す。ファイル内 の例 を参 考 にして、正 しい形 式 になるようにしてください。
注 : 総 称 ニックネームが付 けられた構 造 式 をチェックすると、構 造 式 に可 変 の置 換 基 が含 まれているために、メッセー
ジが表 示 されます。このメッセージを無 視 すると、総 称 ニックネームは無 視 され、総 称 ニックネームを含 んでいる原 子 ラ
ベルが選 択 されなかったものとして、化 学 式 や質 量 などが報 告 されます。
Reaxys
Reaxys は、合 成 化 学 者 と医 化 学 者 向 けに設 計 された化 学 分 野 の Web ベース検 索 エンジンです。Reaxys データ
ベースには、化 学 的 物 性 、構 造 式 、反 応 、および実 験 データが収 録 されています。ChemDraw と ChemDraw for
Reaxys® を併 用 すれば、クエリ構 造 式 を描 画 して Reaxys データベースで検 索 することができます。
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
注 : Windows 版 の場 合 は、お使 いのシステムに Reaxys Structure Editor プラグインと ChemDraw バージョン 11 また
は 12 プラグインをインストールする必 要 があります。
Reaxys は、A、M、Q、X、R だけでなく、これら以 外 の一 般 的 な原 子 もいくつか認 識 します。
構 造 式 に Reaxys 総 称 ラベルを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
原 子 を右 クリックし、コンテキスト メニューを Insert Generic Label、Reaxys の順 にポイント して、挿 入 するサブメ
ニューのラベルをクリックします。
次 の表 に、ラベルとその意 味 を示 します。
ラベル
意味
AH
任 意 または H
MH
金 属 または H
QH
任 意 、炭 素 または H 以 外
XH
ハロゲンまたは H
G
未指定
GH
未 指 定 または H
G*
未 指 定 、閉 環 を許 可
GH*
未 指 定 、閉 環 を許 可 または H
ACY
非環式
ACH
非 環 式 または H
ABC
カルバ環 式
ABH
カルバ環 式 または H
AYL
アルキニル
AYH
アルキニルまたは H
ALK
アルキル
ALH
アルキルまたは H
AEL
アルケニル
AEH
アルケニルまたは H
AHC
ヘテロ非 環 式
AHH
ヘテロ非 環 式 または H
AOX
アルコキシ
AOH
アルコキシまたは H
第 11 章: クエリ構造式
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ラベル
意味
CYC
環式
CYH
環 式 または H
CBC
炭素環式
CBH
炭 素 環 式 または H
ARY
アリル
ARH
アリルまたは H
CAL
シクロアルキル
CAH
シクロアルキルまたは H
CEL
シクロアルケニル
CEH
シクロアルケニルまたは H
CHC
複素環式
CHH
複 素 環 式 または H
HAR
ヘテロアリール
HAH
ヘテロアリールまたは H
CXX
炭 素 なし
CXH
炭 素 なしまたは H
原子属性
原 子 属 性 によって、原 子 の部 位 で有 効 な構 造 的 特 徴 が決 まります。たとえば、炭 素 原 子 が環 の一 部 であること、少
なくとも 2 つの結 合 を持 つこと、結 合 を持 たないこと、特 定 の同 位 体 であることなどを指 定 できます。
原子属性の割り当て
構 造 式 内 の選 択 された原 子 に属 性 を割 り当 てるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 1 個 以 上 の原 子 を選 択 します。
2. Atom Properties ダイアログ ボックスを開 くには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
右 クリックして、Atom Properties をクリックします。
Structure メニューの Atom Properties をクリックします。
ホット キー「/」を押 します。
3. Atom Properties ダイアログ ボックスで、選 択 した原 子 と関 連 付 ける属 性 を選 びます。
4. OK をクリックします。
第 11 章: クエリ構造式
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クエリ インジケータ
以 下 のように、クエリ インジケータに、構 造 式 に割 り当 てた原 子 属 性 が表 示 されます。複 数 の属 性 が割 り当 てられてい
る場 合 、それぞれの原 子 の横 に属 性 のインジケータが表 示 されます。
図 11.2: この構 造 式 は、割 り当 てることのできる有 効 な原 子 属 性 を複 数 示 している。
各 インジケータは以 下 のとおりです。
* — 置 換 基 : Free Sites (フリー サイト の数 が続 きます)
U — 置 換 基 : Up to (置 換 基 の最 大 数 が続 きます)
X — 置 換 基 : Exactly (置 換 基 の数 が続 きます)
H — 暗 黙 的 な水 素 。203 ページの 「暗 黙 的 な水 素 」 を参 照 してください。
R — 環 結 合 の数
S — 不飽和結合
C — 反応変化
T — 反応立体
L — 変換
(なし)— 異 常 原 子 価
原子または結合のインジケータの表示
置 換 基 クエリ属 性 を除 き、文 字 によって、対 応 する属 性 が適 用 されていることはわかりますが、属 性 の値 はわかりませ
ん。
クエリ属 性 の設 定 値 を確 認 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 原 子 を選 択 します。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
原 子 を選 択 して右 クリックし、原 子 をポイント し、適 切 な属 性 をポイント します。
Structure メニューの Properties をクリックし、Atom Properties タブで設 定 を確 認 します。
原 子 または結 合 にクエリ インジケータを表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 原 子 または結 合 を右 クリックします。
2. コンテキスト メニューの Show Query Indicator をクリックします。
構造式のインジケータの表示
構 造 式 のクエリ インジケータを表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. 右 クリックして、コンテキスト メニューの Atom または Bond の Show Query Indicator をクリックします。
クエリ インジケータの配置
クエリ インジケータを配 置 するには、ド ラッグするか、新 しい場 所 の数 値 を入 力 します。
1. インジケータを右 クリックして、Position をクリックします。Position Indicator ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. 適 切 な Position オプションをクリックして、値 を入 力 します。
配置
入 力 する値
原 子 または結 合 の中 心 からインジ 角 度 (度 数 ) または時 計 (時 間 )
ケータの中 心 へ
原 子 または結 合 の中 心 からインジ 縦 横 の移 動 距 離
ケータ ベースラインの左 下 へ
指 定 した座 標 位 置
縦 横 の絶 対 座 標 値
クエリ インジケータの非表示
インジケータを非 表 示 にするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. インジケータを右 クリックします。
2. コンテキスト メニューの Hide Indicator をクリックします。
原子属性の削除
1 つの原 子 からすべての属 性 を削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 原 子 を選 択 します。
2. Structure メニューの Atom Properties をクリックします。
3. Use Defaults をクリックします。
1 つの原 子 から特 定 の属 性 を削 除 するには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
原 子 を右 クリックします。コンテキスト メニューの Atom Properties をクリックし、削 除 する属 性 を選 択 します。
Structure メニューの Atom Properties をクリックして、 削 除 する原 子 属 性 をクリックします。
クエリ インジケータを表 示 した状 態 で、消 しゴム ツールを使 用 してクエリ インジケータをクリックします。
原子属性のオプション
次 に、原 子 に割 り当 てることのできる属 性 について説 明 します。
置換基
置 換 基 は、任 意 の結 合 次 数 の結 合 によって接 続 された、水 素 原 子 以 外 の原 子 として定 義 されます。Substituents
属 性 で、選 択 した原 子 に結 合 できる置 換 基 の数 が指 定 されます。
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
たとえば、下 図 では、カルボニル炭 素 (B) は、置 換 基 数 が 2 となり、アルファ炭 素 (A) およびアルデヒド 酸 素 と結 び付 い
ています (水 素 原 子 はカウント されません)。アルデヒド 酸 素 には置 換 基 が 1 つしかありません。
置 換 基 数 に関 わる原 子 属 性 を使 用 して、対 象 となる構 造 式 内 の原 子 の結 合 数 を指 定 できます。これには、クエリ構
造 式 内 に既 に描 画 されている結 合 も含 まれます。
置 換 基 のオプションは以 下 のとおりです。
Unspecified。 これが既 定 値 です。ターゲット データベースによって検 索 内 容 が決 まります。データベースの中 には、選
択 した原 子 について、すべての置 換 基 と結 び付 く化 合 物 を検 索 するものや、描 画 した置 換 基 と結 び付 く化 合 物 のみを
検 索 するもの (DARC など) があります。
Free Sites。 指 定 された置 換 基 数 に描 画 した結 合 の数 を加 えた数 までの範 囲 の置 換 基 が選 択 中 の原 子 に含 まれ
る化 合 物 を検 索 します。この値 が 0 の時 は、描 画 通 りの置 換 基 数 を検 索 します。また、クエリ ツールバーの Free Sites
記 号 を使 ってフリー サイト を適 用 することもできます。フリー サイト や不 完 全 な置 換 では、原 子 に含 めることができる置
換 基 の最 大 数 を定 義 します。不 完 全 なカウント で使 用 する数 字 には、クエリ構 造 式 で表 す置 換 基 を含 める必 要 があ
りますが、フリー サイト のカウント ではその必 要 はありません。
Up to。 選 択 した原 子 が、指 定 された数 までの数 の置 換 基 を持 っているような化 合 物 を検 索 します。
Exactly。 選 択 した原 子 が、最 大 15 個 までの範 囲 で、指 定 されたのと同 じ数 の置 換 基 を持 っているような化 合 物 を
検 索 します。
注 : コンテキスト メニューの Substituents オプションを使 用 して、最 大 「4」までの置 換 基 数 を指 定 できます。最 大
「15」までの置 換 基 数 を指 定 するには、コンテキスト メニューから Atom Properties オプションをクリックします。フリー
サイト ツールを選 択 した状 態 でクリックすると置 換 基 数 が最 大 「9」まで増 え、Alt キーを押 しながらクリックすると置 換
基 数 が減 ります。
次 に例 を示 します。
クエリ
検索結果
検索対象外
Free Sites
第 11 章: クエリ構造式
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クエリ
検索結果
検索対象外
Up to
Exactly
暗黙的な水素
暗 黙 的 な水 素 とは、水 素 原 子 またはその結 合 が含 まれているけれども表 示 されない水 素 原 子 のことです。明 示 的 な
水 素 およびその結 合 は表 示 されます。
図 11.3: A) 暗 黙 的 な水 素 の例 、B) 明 示 的 な水 素 の例
Implicit Hydrogens 属 性 は、選 択 した原 子 に暗 黙 的 な水 素 原 子 が付 加 できるかどうかを指 定 します。暗 黙 的 な水
素 原 子 が禁 止 されている場 合 、その原 子 の全 原 子 価 は非 水 素 原 子 との結 合 で満 たされていなければなりません。
Allowed。 既 定 値 です。 選 択 中 の原 子 に水 素 が結 びついているかどうかを考 慮 せずに化 合 物 を検 索 します。
Not allowed。 選 択 中 の原 子 に追 加 の水 素 が結 びついていない化 合 物 を検 索 します。
環結合の数
Ring Bond Count は、どんなサイズの環 でも、その一 部 になっている原 子 に付 加 されている結 合 の数 を指 定 します。単
純 な場 合 、この数 は原 子 が存 在 できる環 の最 大 数 になります。
Any。 既 定 値 です。選 択 した原 子 が、どのようなタイプの環 にでも属 することができる化 合 物 およびどのような環 にも属
さない化 合 物 を検 索 します。
第 11 章: クエリ構造式
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No ring bonds。 選 択 中 の原 子 が非 環 式 になっている化 合 物 を検 索 します。
As drawn。 選 択 した原 子 が、描 画 されたのと同 じタイプと数 の環 に存 在 する化 合 物 を検 索 します。
Simple ring。 選 択 した原 子 が、1 つの環 のみに属 する化 合 物 を検 索 します (原 子 には 2 つの環 結 合 があります)。
Fusion。 選 択 した原 子 が、環 の縮 合 部 分 に存 在 する化 合 物 を検 索 します (原 子 には 3 つの環 結 合 があります)。
Spiro or higher。 選 択 中 の原 子 がスピロ結 合 以 上 の結 合 に属 する化 合 物 を検 索 します (原 子 には 4 つ以 上 の環 結
合 があります)。
不飽和結合
Unsaturation 属 性 は、選 択 した原 子 に多 重 結 合 が結 び付 いているかどうかを指 定 します。
Unspecified。 既 定 値 です。 原 子 に多 重 結 合 が結 び付 いているかどうかを考 慮 せずに化 合 物 を検 索 します。
Must be absent。 選 択 中 の原 子 に多 重 結 合 が結 び付 いていない化 合 物 を検 索 します。
Must be present。 選 択 した原 子 に少 なくとも 1 つの多 重 結 合 (二 重 結 合 、三 重 結 合 または芳 香 族 結 合 ) が結 び
付 いている化 合 物 を検 索 します。
反応による変化
Reaction Change 属 性 は、選 択 した原 子 に、反 応 後 に変 化 が起 きるかどうかを指 定 します。この属 性 は、化 学 反 応
を含 むデータベースを検 索 する場 合 にのみ意 味 を持 ちます。ChemBioFinder では、生 成 物 の原 子 のみがチェックされま
す。反 応 物 に関 して立 体 指 定 は無 視 されます。
May be anything。 既 定 値 です。選 択 した原 子 に反 応 後 に何 らかの変 化 が起 きるかどうかに関 わりなくすべての化 合
物 を検 索 します。
Must be as specified。 Atom Properties ダイアログ ボックスの反 応 中 心 属 性 で指 定 された通 りに、選 択 した原 子 にお
いて変 化 する反 応 すべてを検 索 します。
反応立体
Reaction Stereo 属 性 は、選 択 した原 子 が反 応 の立 体 中 心 かどうかを指 定 します。この属 性 は、化 学 反 応 を含 む
データベースを検 索 する場 合 にのみ意 味 を持 ちます。
図 11.4: 反 応 立 体 インジケータ (円 で囲 まれている部 分 )
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
Any。 既 定 値 です。 選 択 した原 子 の立 体 化 学 構 造 に関 わらず、すべての化 合 物 を検 索 します。
Inversion。 反 応 後 、選 択 中 の原 子 が反 転 した立 体 構 造 を持 つ化 合 物 を検 索 します。
Retention。 反 応 後 、選 択 中 の原 子 の立 体 構 造 が変 化 しない化 合 物 を検 索 します。
フリー サイト
フリー サイト を使 用 すると、結 果 に含 めることができる置 換 基 の最 大 数 を指 定 できます。ただし、結 果 内 の結 合 は、表
示 方 法 もクエリ構 造 式 とまったく同 じであることが必 要 です。ChemDraw では、フリー サイト に以 下 のような表 記 法 を使
用 します。
*0 (0 フリー サイト )
*1 (1 フリー サイト )
*2 (2 フリー サイト )
*3-*15 (3 ～ 15 フリー サイト )
たとえば、以 下 のようなクエリ構 造 式 を使 用 して、結 合 パターンを維 持 したままビニル炭 素 原 子 で 2 つの置 換 基 を検
索 するとします。この場 合 、クエリ構 造 式 は次 のようになります。
結 果 には以 下 のようなものがあります。
図 11.1: (E)-3-(4-アミノフェニル)アクリル酸
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
図 11.2: 4-(シクロヘキシリデンメチル)アニリン
図 11.3: (E)-3-(4-アミノフェニル)-2-フェニルアクリル酸
フリー サイト 数 を増 やすには、次 の操 作 を行 ってください。
1. クエリ ツールを表 示 するには、View、Other Toolbars、Query Tools の順 に選 択 するか、メイン ツール パレット のクエ
リ ツール アイコンをクリックします。
2. クエリ ツール パレット で フリー サイト ツールをクリックします。
3. フリー サイト を適 用 する原 子 をクリックします。
4. フリー サイト の数 を増 やすには、原 子 をクリックし続 けます。
フリー サイト の数 を減 らすには、Alt キーを押 しながら原 子 をクリックします。
フリー サイト の数 は、Atom Properties ダイアログ ボックスやショート カット メニューを使 用 して変 更 することもできます。199
ページの 「原 子 属 性 」 を参 照 してください。
変換
Translation 属 性 は、構 造 式 クエリと一 致 するため、また Markush DARC クエリでデータベースにヒット するために何 が必
要 であるかを指 定 します。
Equal。 既 定 値 です。 特 定 の条 件 同 士 または一 般 的 な条 件 同 士 を一 致 させます。
Broad。 特 定 のクエリ原 子 をデータベース内 の対 応 するスーパー原 子 に変 換 します。
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
Narrow。 クエリのスーパー原 子 を、データベース内 の対 応 する特 定 の原 子 または基 に変 換 します。
Any。 一 般 条 件 または特 定 条 件 をどのような条 件 にでも変 換 します。
詳 細 については、『Markush DARC ユーザーズ マニュアル』を参 照 してください。
同位体の存在量
Isotopic Abundance 属 性 は、任 意 の場 所 で核 種 を指 定 すると、モノ重 ベンゼンとヘキサ重 ベンゼンなど異 なる同 位 体
化 合 物 の違 いを区 別 することができます。
注 : Isotopic Abundance 属 性 は、ChemBioDraw Ultra 13.0、ChemDraw Ultra 13.0、および ChemDraw Pro 13.0
でのみ使 用 可 能 です。
Unspecified。 既 定 値
Any。 ChemFinder では既 定 値 と同 じです。既 定 値 が異 なる他 のシステムとの互 換 性 を実 現 するために用 意 されてい
ます。
Natural。 同 位 体 で置 き換 わっていない核 種 を示 します。
Enriched。 同 位 体 で置 換 された核 種 と同 位 体 で置 き換 わっていない核 種 の混 合 を示 します。
Deficient。 核 種 存 在 量 が自 然 比 以 下 であることを意 味 する減 損 ラベルを示 します。
Nonnatural。 同 位 体 置 換 された核 種 を示 します。基 本 的 に化 合 物 の分 子 はいずれも、表 示 された核 種 しか持 って
いません。
異常原子価
Abnormal Valence 属 性 は、選 択 した原 子 が正 常 数 以 外 の原 子 価 を持 てるかどうかを指 定 します。各 元 素 の "正 常
な" 原 子 価 は、ChemBioDraw 13.0 Items フォルダの Isotopes Table ファイルに定 義 されています。
注 : Abnormal Valence 原 子 属 性 にインジケータは表 示 されません。
Not allowed。 既 定 値 です。 選 択 した原 子 が正 常 な原 子 価 のみを持 つ化 合 物 を検 索 します。Check Structure
When Copying to Clipboard or Exporting がオンになっている場 合 は、原 子 価 の異 常 を警 告 するエラー
メッセージが表 示 されます。
Allowed。 特 定 の原 子 価 が描 画 されている化 合 物 を検 索 します。
注 : Abnormal Valence が Allowed に設 定 されている場 合 は、Check Structure コマンド を実 行 しても、選 択 した原
子 の原 子 価 が無 効 であることを知 らせる Invalid Valence メッセージは無 視 されます。
結合属性
割 り当 てる各 属 性 の結 合 の横 にインジケータが表 示 されます。
結合属性の割り当て
結 合 属 性 を定 義 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 内 の 1 つまたは複 数 の結 合 を選 択 します。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
右 クリックして、コンテキスト メニューの Bond をポイント し、目 的 の属 性 をポイント し、必 要 なオプションを選 択 しま
す。
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
Structure メニューの Bond Properties をクリックします。Bond Properties タブで、ド ロップダウン リスト から必 要 な
属 性 を選 択 し、OK をクリックします。
結 合 をポイント してホット キー "/" を押 します。Bond Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Bond Properties ダイアログ ボックスで、選 択 した原 子 に関 連 付 ける属 性 を選 択 します。OK をクリックします。
詳 細 については、200 ページの 「クエリ インジケータ」 を参 照 してください。
次 のインジケータが用 意 されています。
インジケータ
結 合 クエリ属 性
Any
209 ページの 「結 合 タイプ」 : すべての結 合 タイプ
S/D
209 ページの 「結 合 タイプ」 : 単 結 合 または二 重 結
合 が可 能 。
D/A
209 ページの 「結 合 タイプ」 : 二 重 結 合 または各 芳
香 族 結 合 が可 能 。
S/A
209 ページの 「結 合 タイプ」 : 単 結 合 または各 芳 香
族 結 合 が可 能 。
Rng
209 ページの 「ト ポロジ」 : 結 合 は環 の一 部 である。
Chn
209 ページの 「ト ポロジ」 : 結 合 は変 更 の一 部 であ
り、環 の一 部 ではない。
R/C
209 ページの 「ト ポロジ」 : 結 合 は環 または鎖 の一 部
である可 能 性 あり。
Rxn
209 ページの 「反 応 の中 心 」 :結 合 は反 応 中 心 の一
部 である。
結合属性の表示
Reaction Center クエリ属 性 の記 述 子 は、属 性 が適 用 されていることを示 しますが、属 性 の値 は示 しません。
クエリ結 合 属 性 の設 定 値 を確 認 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 結 合 を選 択 します。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
右 クリックして、Bond Properties をポイント し、属 性 を選 択 します。
Structure メニューの Bond Properties をクリックします。
結合属性の削除
1 つ以 上 の結 合 からクエリ属 性 をすべて削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 結 合 を選 択 します。
2. Structure メニューの Bond Properties をクリックします。
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
3. Use Defaults をクリックします。
特 定 の結 合 の属 性 を削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 結 合 を選 択 します。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
右 クリックし、該 当 する属 性 をポイント し、削 除 する属 性 をクリックします。
Structure メニューの Bond Properties をクリックし、削 除 する結 合 属 性 をクリックします。
結合属性のオプション
次 に、結 合 に割 り当 てることのできる属 性 について説 明 します。
結合タイプ
この属 性 は、選 択 した結 合 の結 合 タイプを指 定 します。既 定 値 の結 合 タイプは、描 画 した現 在 の結 合 タイプ (単 結
合 、二 重 結 合 など) になります。
Single (all) および Dative。 選 択 中 の結 合 に対 して選 択 した結 合 タイプを持 つ化 合 物 を検 索 します。
Double または Double Bold。 選 択 した結 合 が二 重 結 合 になっている化 合 物 を検 索 します。
Double Either。 選 択 した結 合 が二 重 結 合 で、 シスまたはトランスの立 体 化 学 構 造 を持 つ化 合 物 を検 索 します。
Aromatic。 選 択 した結 合 が芳 香 族 結 合 になっている化 合 物 を検 索 します。
Tautomeric。 選 択 した結 合 が互 変 異 性 を持 つ化 合 物 を検 索 します。
Triple。 選 択 した結 合 が三 重 結 合 になっている化 合 物 を検 索 します。
Quadruple。 選 択 した結 合 が四 重 結 合 になっている化 合 物 を検 索 します。
Any。 選 択 した結 合 のタイプに関 わらず化 合 物 を検 索 します。
S/D。 選 択 した結 合 が単 結 合 または二 重 結 合 になっている化 合 物 を検 索 します。
D/A。 選 択 した結 合 が二 重 結 合 か芳 香 族 結 合 になっている化 合 物 を検 索 します。
S/A。 選 択 した結 合 が単 結 合 か芳 香 族 結 合 になっている化 合 物 を検 索 します。
注 : ファイル形 式 によっては、保 存 できない結 合 タイプもあります。保 存 できない結 合 タイプの場 合 は、最 も近 い結
合 タイプに変 換 されて保 存 されます。
ト ポロジ
Topology 属 性 は、選 択 した結 合 の環 の形 状 を指 定 します。
Unspecified。 既 定 値 です。 ト ポロジを考 慮 せずに化 合 物 を検 索 します。
Ring。 選 択 した結 合 が環 の一 部 になっている化 合 物 を検 索 します。
Chain。 選 択 した結 合 が鎖 状 化 合 物 の一 部 になっている (しかし、環 の一 部 ではない) 化 合 物 を検 索 します。
Ring or Chain。 選 択 した結 合 が環 または鎖 の一 部 になっている化 合 物 を検 索 します。
反応の中心
Reaction Center 属 性 は、選 択 した結 合 がどのように反 応 の影 響 を受 けるかを指 定 します。この属 性 は、化 学 反 応 を
含 むデータベースを検 索 する場 合 にのみ意 味 を持 ちます。
Unspecified。 既 定 値 です。 選 択 した結 合 が反 応 に影 響 されるかどうかに関 わらず、化 合 物 を検 索 します。
Center。 選 択 した結 合 が反 応 に影 響 されても変 化 のタイプが指 定 されていない化 合 物 を検 索 します。
第 11 章: クエリ構造式
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Make/Break。 選 択 した結 合 が反 応 過 程 で破 壊 または形 成 される化 合 物 を検 索 します。
Change。 選 択 した結 合 の次 数 が、反 応 過 程 で変 化 する化 合 物 を検 索 します。
Make & Change。 選 択 した結 合 が、反 応 過 程 で形 成 、破 壊 、または結 合 次 数 が変 化 する化 合 物 を検 索 します。
Not Center。 選 択 した結 合 が反 応 中 心 に属 さない化 合 物 を検 索 します。
Not Modified。 選 択 した結 合 が反 応 中 心 に属 するか、属 さないかに関 わらず、その結 合 次 数 が変 化 しない化 合 物 を
検 索 します。
Unmapped。 すべての化 合 物 を検 索 します。
元 素 リスト
元 素 リスト は、指 定 された場 所 で許 可 される原 子 のリスト です。たとえば、次 のクエリ構 造 式 では、ブロモベンゼン、ヨー
ド ベンゼン、クロロベンゼンを戻 すことができます。以 下 は元 素 リスト の例 です。
図 11.4: 原 子 ラベルとして使 用 する元 素 リスト
リスト に指 定 する元 素 は、カンマで区 切 る必 要 があります。各 カンマとかっこの後 のスペースは省 略 できます。
注 : 元 素 リストには元 素 記 号 のみに加 え、D (重 水 素 ) および T (三 重 水 素 ) が含 まれる場 合 があります。
元 素 リスト を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 原 子 ラベル テキスト ボックスを開 きます。
2. 「[」を入 力 した後 、元 素 リスト をカンマで区 切 って入 力 し (「Cl, Br, I」)、「]」を入 力 します。
3. テキスト ボックスを閉 じます。
次 の条 件 に一 致 する化 合 物 を検 索 するクエリ構 造 式 の例 を以 下 の図 に示 します。
第 11 章: クエリ構造式
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(A) は、原 子 が水 素 以 外 の任 意 の原 子 と一 致 しなければならないことを示 します。結 合 の近 くに表 示 されるインジケー
タ (B) は、その結 合 が単 結 合 または二 重 結 合 (S/D) でなければならないことを示 します。元 素 リスト (C) は、これらの元
素 の 1 つが対 象 となる構 造 式 と一 致 していなければならないということを指 定 しています。
否定元素リスト
否 定 元 素 リスト は、リスト に含 まれている元 素 が、検 索 結 果 では許 されないことを指 定 します。否 定 元 素 リスト では、
必 ずカンマで元 素 を区 切 る必 要 があります。各 カンマとかっこの後 のスペースは省 略 できます。
NOT という語 は、すべて大 文 字 で表 記 し、その後 ろに必 ずスペースを入 れます。NOT の代 わりに、マイナス符 号 を使 用
することもできます。
次 に例 を示 します。
図 11.5: 否 定 元 素 リスト
注 : 否 定 元 素 リストには元 素 記 号 のみに加 え、D (重 水 素 ) および T (三 重 水 素 ) が含 まれる場 合 があります。
否 定 元 素 リスト を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 原 子 ラベル テキスト ボックスを開 きます。
2. 「[」を入 力 した後 、NOT とスペースを入 力 して、元 素 リスト をカンマで区 切 って入 力 し (「Cl, Br, I」)、その後 に「]」を入
力 します。
ポリマー
ポリマーを指 定 するには、大 括 弧 、中 括 弧 、および丸 括 弧 で、繰 り返 される構 造 式 または構 造 式 の一 部 を囲 みます。
大 括 弧 属 性 で、繰 り返 し単 位 の意 味 と向 きを指 定 できます。
次 に例 を示 します。
構 造 式 を括 弧 で囲 むには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 括 弧 ツールバーを表 示 するには、View、Other Toolbars、Bracket の順 に選 択 します。
2. 括 弧 ツールバーで、対 括 弧 ツールの 1 つを選 択 します。
3. 括 弧 を描 画 するには、括 弧 で囲 む構 造 式 の周 囲 をクリックしてド ラッグします。
これにより、成 分 の順 番 、複 数 グループの反 復 数 、単 一 繰 り返 し単 位 ラベルに既 定 値 が与 えられます。
第 11 章: クエリ構造式
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括弧属性の設定
括 弧 属 性 を設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 括 弧 を選 択 します。
2. Structure メニューの Bracket Properties をクリックします。Bracket Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
Flip Type オプションは、はしご状 のポリマーの場 合 のみ表 示 されます。216 ページの 「Flip Type」 を参 照 してください。
以 下 に挙 げる括 弧 タイプに対 しては、括 弧 の右 下 に表 示 されるテキスト をカスタマイズできます。
Component (c#) ― Component Order には負 でない整 数 を指 定 します。指 定 した整 数 は "c" の後 に (またはゼロを指
定 した場 合 には "c" のみが) 表 示 されます。
Multiple Group (#) ― Repeat Count には正 の整 数 を指 定 します。
SRU (n) ― SRU ラベルには任 意 のテキスト を指 定 できます。
上 記 の Bracket Usage タイプでは、テキスト ツールを使 用 してド キュメント 内 でテキスト を編 集 することもできます。その
他 の Bracket Usage タイプで表 示 されるテキスト は編 集 できません。
括弧の使用方法
ポリマーは、構 造 式 ベースまたはソースベースのどちらかで表 現 します。使 用 する括 弧 のタイプは、表 現 方 法 によって決
まります。
構造式ベースのポリマー
構 造 式 ベースの表 現 では、構 造 式 の一 部 のみが括 弧 で囲 まれます。また、1 つ以 上 の結 合 がそれぞれの括 弧 と交 差
します。交 差 する結 合 同 士 は一 致 し、ポリマーの構 造 式 がより明 確 になります。
構 造 式 ベースのポリマーは、構 造 式 の一 部 を SRU (n) タイプの括 弧 で囲 って表 します。IUPAC (国 際 純 正 および応 用
化 学 連 合 ) では、未 知 のサイズの構 造 式 ベースの表 現 を示 す記 号 として下 付 きの "n" を推 奨 していますが、これはテキ
スト ツールで編 集 できます。
ポリマー (塩 化 ビニル) の構 造 式 ベースの表 現 は、以 下 の通 りです。
Bracket Usage タイプの "Crosslink (xl)"、"Graft (grf)"、および "Modification (mod)" を使 用 して、構 造 式 ベースの表 現
で繰 り返 し単 位 のタイプを表 すこともできます。
ソースベースのポリマー
ソースベースのポリマー表 現 では、個 別 の化 学 物 質 を括 弧 で囲 みます。重 合 形 式 はその内 容 から明 らかであるか、ま
たは未 知 です。ソースベースの表 現 は、出 発 物 質 はわかっているが反 応 生 成 物 の正 確 な構 造 式 はわかっていない処
理 を表 す際 に便 利 です。
ソースベースの表 現 は、"Monomer (mon)" 括 弧 で構 造 式 を囲 んで作 成 します。
第 11 章: クエリ構造式
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ポリマー (塩 化 ビニル) のソースベースの表 現 を以 下 に示 します。
個 々 の成 分 が繰 り返 さない、または他 の成 分 と交 互 になっていることがわかっている、コポリマーの成 分 には "Mer (mer)"
括 弧 を使 用 できます。次 に例 を示 します。
コポリマーは、繰 り返 し単 位 が複 数 ある物 質 を表 します。一 般 的 には、"Component (co)" の括 弧 タイプを使 用 できま
す。また、"Copolymer, alternating (alt)"、"Copolymer, random (ran)"、および "Copolymer, block (blk)" を使 用 して、異
なる種 類 のコポリマーをソースベースで表 現 できます。
括 弧 タイプ "Mixture, unordered (mix)" は、存 在 する可 能 性 があるが、必 ずしもその存 在 量 が判 明 していない物 質 の
集 まりを表 すのに使 用 できます。括 弧 タイプ "Component (c)" は、次 のように個 々 の混 合 要 素 を示 します。
図 11.6: 混 合 物 を示 すために使 われる括 弧
括 弧 タイプ "Mixture, ordered (f)" は主 に製 造 プロセスを表 すために使 用 され、成 分 の順 番 が重 要 となっています。Unordered Mixtures 同 様 、順 番 付 けられた混 合 物 の個 々 の元 素 は "Component (c)" タイプの括 弧 で囲 みます。ただ
第 11 章: クエリ構造式
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し、Ordered Mixtures の成 分 にはその順 番 を表 す番 号 が付 けられなければなりません。番 号 は、ラベルの "c" をテキスト
ツールで編 集 して追 加 します ("c1"、"c2" など)。
複数のモデル
括 弧 タイプ "Multiple Group (#)" は、括 弧 で囲 まれた項 目 が判 明 している回 数 繰 り返 すことを表 します。Multiple Group
タイプの括 弧 では、構 造 式 全 体 、または構 造 式 の一 部 を囲 むことができます。いくつかの例 を以 下 に示 します。
図 11.7: 複 数 のグループを示 す括 弧
Multiple Group タイプの括 弧 は、特 定 の繰 り返 し回 数 を表 すため、括 弧 で囲 んだ構 造 式 に対 する分 子 量 (および関
連 データ) を Analysis ウィンド ウに表 示 することができます。
繰り返しパターン
単 純 な線 状 のポリマーでは、繰 り返 し単 位 はその先 端 と末 尾 または先 端 同 士 で結 合 します (またはそれらを組 み合 わ
せた繰 り返 しパターンか未 知 の繰 り返 しパターン)。この繰 り返 し方 法 も属 性 として括 弧 に割 り当 てることができます。
Head-to-Tail タイプは、既 定 値 の繰 り返 しパターンです。
第 11 章: クエリ構造式
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図 11.8: 先 端 と末 尾 が結 合 された繰 り返 しパターン。A と B は、表 示 されているポリマーを表 す。C は A と B の混 合 物
である。
Bracket Usage ラベルの削除
Bracket Usage ラベルを削 除 するには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
ラベルの上 にマウス ポインタを重 ねて Delete キーを押 します。
消 しゴム ツールを使 用 してラベルを削 除 します。
注 : Bracket Usage タイプを "Unspecified" に設 定 すると、現 在 の Bracket Usage の割 り当 てがすべて削 除 されま
す。
リンク ノード
リンク ノード を使 用 してある原 子 が何 度 か繰 り返 し可 能 であることを示 すことにより、可 変 長 の環 または鎖 状 化 合 物 を
指 定 できます。
リンク ノード には、接 続 している結 合 が 2 つ必 要 です。原 子 ラベルは次 の規 則 に従 って作 成 します。
総 称 名 または 1 つの元 素 記 号 から成 っていなければなりません。
ラベルの最 後 の部 分 は、「数 字 -数 字 」の書 式 とし、下 付 きの文 字 で記 載 します。
大 括 弧 [ ] の代 わりに丸 括 弧 ( ) または中 括 弧 { } を使 用 できます。
注: ChemBioFinder でリンク ノード についてサポートされる括弧は大括弧 [] だけです。ChemBioFinder ではリンク ノード につ
いて丸括弧 ( ) や中括弧 { } を使用することはできません。
使 用 しなくても内 容 が明 確 な場 合 (例 : O1-3)、括 弧 は省 略 できます。
リンク ノード を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 原 子 ラベル テキスト ボックスを開 きます。
2. リンク ノード を次 の書 式 で入 力 します。
[CH2]3-7
第 11 章: クエリ構造式
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Flip Type
はしご状 のポリマー (両 側 に接 続 する結 合 が 2 つずつあるポリマー) では、結 合 の順 番 が定 義 されていないことがありま
す。これを定 義 するには、Flip Type 属 性 を割 り当 てます。この属 性 は、2 つの交 差 結 合 を含 む括 弧 にのみ適 用 されま
す。
No Flip は最 も一 般 的 なため、特 別 な注 記 は表 示 されません。次 の図 は、はしこ状 のポリマーの Flip Type を示 してい
ます。
代替基
可 変 の官 能 基 または部 分 構 造 式 を含 む検 索 クエリを作 成 できます。共 通 の部 分 構 造 式 を持 つ構 造 式 に対 しては、
ペアレント 構 造 式 を利 用 して単 一 のクエリを出 すことで複 数 のクエリに代 えることができます。ペアレント 構 造 式 には、定
義 可 能 な代 替 基 リスト への結 合 点 を持 たせることができます。
第 11 章: クエリ構造式
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代替基の定義
各 置 換 基 がクエリで使 用 されている、置 換 基 のセット を表 す代 替 基 の定 義 (R、G など) を作 成 できます。
代 替 基 を定 義 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. View、Other Toolbars、Query Tools の順 に選 択 し、クエリ ツールバーを開 きます。
2. 代 替 基 クエリ ツールをクリックし、ド ラッグしながら、代 替 基 を描 画 できる大 きさの領 域 を作 成 します。
3. Alternative Group Title ボックスにタイト ル (R1 など) を入 力 し、Alternative Group ボックスに部 分 構 造 式 フラグメント を
描 画 します。
ヒント: 代 替 基 リストを囲 むボックスを後 から描 画 することもできます。
図 11.9: 代 替 基 を定 義 する
結 合 点 を定 義 して、代 替 基 ラベルでフラグメント がペアレント 構 造 式 に結 合 する位 置 を指 定 します。
1. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
化 学 記 号 パレット のダイヤモンド 形 の結 合 点 ツールを選 択 し (View、Other Toolbars、Chemical Symbols の順 に
選 択 し)、結 合 点 を配 置 したい部 分 構 造 式 フラグメント をクリックします。
結 合 点 を配 置 したい部 分 構 造 式 フラグメント をポイント し、ホット キー . (ピリオド ) を押 します。
結 合 点 記 号 が表 示 されます。
2. すべてのフラグメント に対 して繰 り返 します。
第 11 章: クエリ構造式
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図 11.10: 結 合 点 を追 加 する。結 合 点 記 号 は窒 素 原 子 に付 加 されている。
代 替 基 を含 む構 造 式 を作 成 すると、ラベルの横 に結 合 点 記 号 が表 示 されます。結 合 点 番 号 は定 義 済 みの代 替 基
の番 号 と一 致 しています。
図 11.11: R-基 テーブルを持 つ構 造 式
結 合 点 記 号 に表 示 される番 号 は、結 合 点 順 位 です。218 ページの 「複 数 の結 合 点 」 の例 を参 照 してください。
複数の結合点
次 のように、複 数 の結 合 点 を含 む R-基 を使 用 することができます。
このタイプの R-基 では、テーブルで結 合 点 の順 序 を示 すことが必 要 です。構 造 式 フラグメント 上 に明 確 に定 義 した複
数 の結 合 点 を指 定 すると、特 定 の物 質 を検 索 できます。配 座 が似 ている構 造 式 を検 索 する場 合 に便 利 です。
たとえば、次 の図 A の化 合 物 の検 索 は必 要 ですが、図 B の化 合 物 の検 索 は不 要 とします。
第 11 章: クエリ構造式
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図 11.12: 複 数 の結 合 点
この場 合 、結 合 点 の順 序 を指 定 することにより、不 要 な化 合 物 を検 索 対 象 から除 外 できます。
結 合 点 の順 序 を指 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 下 図 の構 造 式 を描 画 します。
2. 「R1」というラベルを付 けて代 替 基 ボックスを作 成 します。
3. 構 造 式 フラグメント を描 画 して、結 合 点 にラベルを付 けます。
代 替 基 の定 義 が完 了 すると、ペアレント 化 合 物 に結 合 点 記 号 が表 示 されます。
第 11 章: クエリ構造式
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図 11.13: 複 数 の結 合 点 を持 つ R-基
結 合 点 に番 号 を付 けることで、メチル基 とアミン基 が隣 接 しなければならないことを指 定 します。これで検 索 対 象 外 の
配 座 体 は除 外 されます。
結合点の番号付け
結 合 点 に番 号 を付 けることで、構 造 式 フラグメント をどのようにペアレント 構 造 式 に結 合 するかを指 定 することができま
す。
結 合 点 の順 序 を設 定 するには、結 合 点 ツールを使 って、番 号 付 けをしたい順 序 で結 合 の端 をクリックします。
結 合 点 の順 序 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
結 合 点 ツールで結 合 点 をクリックします。
結合順位インジケータの非表示
必 要 であれば、結 合 順 位 インジケータを非 表 示 にすることもできます。たとえば、出 版 物 に使 用 される描 画 では、結 合
順 位 が自 明 で、結 合 順 位 インジケータが必 要 ないことがあります。
結 合 順 位 インジケータを非 表 示 にし、結 合 点 から番 号 を削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. Preferences ダイアログ ボックスで、Building/Display をクリックします。
3. Show Attachment Rank Indicators をオフにします。
この変 更 は、すべてのド キュメント に影 響 します。
次 の図 に、結 合 順 位 インジケータを非 表 示 にした代 替 基 の定 義 とペアレント 構 造 式 を示 します。
第 11 章: クエリ構造式
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図 11.14: 非 表 示 の結 合 インジケータ
R-基反応のクエリ
反 応 も検 索 および保 存 することが可 能 です。反 応 では、単 一 または複 数 の化 合 物 (反 応 物 ) が他 の化 合 物 (生 成
物 ) に変 換 されます。個 々 の反 応 物 (または生 成 物 ) の間 はプラス記 号 (+) で区 切 ります。反 応 物 と生 成 物 の間 は矢
印 (→ ) で区 切 ります。
R-基 を含 む化 学 反 応 を検 索 することもできます。R-基 を含 む化 学 反 応 の例 を次 に示 します。
反応物検索
反 応 物 検 索 は、ある出 発 原 料 から生 成 可 能 な物 質 を調 べたいときに便 利 です。反 応 物 のクエリは、通 常 の反 応 検
索 とよく似 ています。ただし、矢 印 の右 側 を空 白 にしておく点 が異 なります。たとえば、次 のようなクエリを例 にとります。
図 11.15: R-基 反 応 物 のクエリの例
上 のクエリで見 つかる可 能 性 のある結 果 を次 に示 します。
第 11 章: クエリ構造式
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生成物検索
生 成 物 検 索 は、特 定 の生 成 物 に注 目 し、その生 成 物 を得 るための方 法 を調 べたいときに便 利 です。生 成 物 のクエリ
は、通 常 の反 応 検 索 とよく似 ています。ただし、矢 印 の左 側 を空 白 にしておく点 が異 なります。たとえば、次 のようなク
エリを例 にとります。
図 11.16: R-基 生 成 物 のクエリの例
無指定代替基
無 指 定 代 替 基 は、元 素 リスト と代 替 基 を組 み合 わせたものです。元 素 リスト が単 体 元 素 で構 成 されるのに対 し、無
指 定 代 替 基 には、ニックネームや総 称 ニックネームなどの文 字 形 式 で表 現 可 能 なすべての構 造 式 を含 むことができま
す。無 指 定 代 替 基 は、通 常 の代 替 基 のショート カット 表 記 であるため、"R1" などの名 前 を指 定 する必 要 がありませ
ん。
無 指 定 代 替 基 を使 用 すると、検 索 クエリを簡 潔 に定 義 できます。原 子 位 置 に部 分 構 造 式 リスト のラベルを付 けること
により、検 索 対 象 の構 造 式 からリスト に指 定 した部 分 構 造 式 の 1 つと一 致 する部 分 構 造 式 を検 索 できます。無 指 定
代 替 基 の表 記 も名 称 ごとにカンマで区 切 らなければなりません。カンマの後 のスペースや括 弧 は省 略 できます。無 指 定
代 替 基 の例 を以 下 に示 します。
図 11.17: 無 指 定 代 替 基
無 指 定 代 替 基 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 原 子 ラベル テキスト ボックスを開 きます。
第 11 章: クエリ構造式
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2. 「[」を入 力 した後 、元 素 、フラグメント 、ニックネームまたは総 称 ニックネームのリスト をカンマで区 切 って入 力 し、「]」を
入 力 します。
一 般 構 造 式 の展 開
Expand Generic Structure ツールを使 って、簡 略 複 合 構 造 式 から複 数 の構 造 式 を生 成 することができます。このツール
では、生 成 できる構 造 式 は 500 個 に制 限 されています。組 み合 わせ構 造 式 の大 規 模 な展 開 については、CombiChem for Excel を使 用 してください。
使 用 できる簡 略 化 組 み合 わせ定 義 は次 の 4 つです。
定義
例
代替基と
R-表
無指定代替基
元素
リスト
可変
結合点
第 11 章: クエリ構造式
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定義
例
定 義 は複 数 の完 全 分 子 に展 開 することができます。選 択 した定 義 の中 に複 数 の座 位 が存 在 する場 合 は、展 開 構 造
式 にすべての置 換 基 の並 びが含 まれます。展 開 構 造 式 は新 規 ド キュメント 内 に生 成 されます。
一 般 構 造 式 を展 開 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 展 開 する 1 つまたは複 数 の一 般 構 造 式 を選 択 します。
注 : 代 替 基 /R-表 については、代 替 基 ラベルと表 が選 択 されている必 要 があります。ラベルが選 択 されていて、テーブ
ルが選 択 されていない場 合 、そのラベルは展 開 で修 正 されず、生 成 されたすべての構 造 式 にラベルとして表 示 され
ます。
2. Structure メニューの Expand Generic Structure をクリックします。
構 造 式 は新 規 ド キュメント 内 に作 成 されます。
R-ロジック クエリ
一 般 構 造 式 と一 群 の R-基 ができたら、それらを使 用 して構 造 式 データベースに対 してクエリを実 行 することができます。
これを R-ロジック クエリと呼 びます。
R-ロジック クエリを実 行 すると、R-基 の組 み合 わせと一 般 構 造 式 を持 つ構 造 式 が検 索 されます。これらの組 み合 わせ
は、定 義 したブール式 に基 づきます。R-ロジック検 索 を準 備 するには、Structure メニューの R-Logic Query をクリックし
て、R-Logic Query ダイアログ ボックスを開 きます。
クエリを定 義 するには、構 造 式 の R-基 を 1 つまたは複 数 選 択 し、その出 現 回 数 も選 択 します。最 初 の R-基 条 件 が
満 たされた場 合 に (すぐに結 果 を返 さずに) 次 の R-基 も検 索 するかどうかを指 定 することもできます。たとえば、次 のクエ
リ構 造 式 を考 えてください。
第 11 章: クエリ構造式
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この構 造 式 は、どちらの R 部 位 もフッ素 原 子 または塩 素 原 子 で構 成 されていなければならないこと、 および R 部 位
1
2
は臭 素 原 子 またはヨウ素 原 子 のいずれかでなければならないことを示 します。
両 方 の R 位 置 に F 原 子 または Cl 原 子 があって、R 位 置 に Br 原 子 または I 原 子 があるすべての構 造 式 をデータ
1
2
ベースから検 索 するとします。この場 合 、次 の操 作 を行 ってください。
1. Structure メニューの R-Logic Query をクリックします。
2. R-Group ド ロップダウン リスト から R を選 択 します。
1
3. Occurrence range としては 2 を選 択 します。これは R 基 のインスタンスが 2 つ出 現 してから結 果 を返 すように指 定 す
1
るものです。
4. If R(i) としては R を選 択 します。これは R 位 置 が Br または I から成 っていなければならないことを指 定 するもので
2
2
す。
5. Add をクリックします。
6. OK をクリックします。
Rest H
可 能 な R-基 位 置 が 2 つあって、1 つしか満 たされていない場 合 に、もう 1 つが水 素 でない限 り肯 定 的 な結 果 が返 され
ないように指 定 するには、R-Logic Query ダイアログ ボックスで Rest H を選 択 します。
原 子 対 原 子 のマッピング
反 応 データベースを検 索 するために、異 なる構 造 式 の原 子 間 に対 応 関 係 を作 成 できます。マッピングされる反 応 として
は、1 ステップの反 応 と複 数 ステップの反 応 があります。原 子 対 原 子 のマッピングを含 む描 画 は、データベースに追 加 した
り検 索 で使 用 したりすることができます。
原 子 マッピングの割 り当 て方 には、以 下 の 2 つの方 法 があります。
自 動 マッピング (Structure メニューの Map Reaction Atoms をクリックします)。
手 動 マッピング。メイン ツール パレット の原 子 対 原 子 反 応 マッピング ツールを使 用 します。
いずれの方 法 を使 用 しても、ChemBioDraw によって反 応 物 と生 成 物 の反 応 中 心 が割 り当 てられます。
第 11 章: クエリ構造式
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反 応 マッピングを作 成 した後 、原 子 対 原 子 反 応 マッピング ツールを使 用 して 1 つの構 造 式 の原 子 をポイント すると、他
の構 造 式 中 のマップ済 みの原 子 を強 調 表 示 することができます。
表示と印刷
反 応 マッピング記 号 を画 面 や印 刷 物 に表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. Preferences ダイアログ ボックスの Building/Display タブをクリックします。
3. Always Display and Print Reaction Mapping をクリックします。
4. OK をクリックします。
Always Display and Print Atom Mapping の選 択 を解 除 すると、原 子 対 原 子 反 応 マッピング ツールを選 択 したときだ
け記 号 が表 示 されるようになります。記 号 は印 刷 されません。
自動マッピング
反 応 マップを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 反 応 を選 択 します。
ヒント: 選 択 ツールで矢 印 をダブルクリックして、反 応 を選 択 します。
2. Structure メニューの Map Reaction Atoms をクリックします。
反 応 物 と生 成 物 中 の結 合 で、反 応 によって変 化 したものの横 には、「Rxn」という記 号 が表 示 されます。Reaction
Center 結 合 属 性 についての詳 細 は、207 ページの 「結 合 属 性 」 を参 照 してください。
図 11.18: 自 動 反 応 マッピング
手動マッピング
原 子 対 原 子 マッピングを手 動 で行 う必 要 がある場 合 は、原 子 対 原 子 反 応 マッピング ツールを使 用 します。手 動 マッピ
ングが必 要 になるのは、複 雑 な反 応 で自 動 マッピングを実 行 したところ結 果 が誤 っていたときです。そのような場 合 に
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
は、反 応 マッピングを手 動 で調 整 することができます。
次 の図 は、原 子 対 原 子 反 応 マッピング ツールで初 期 マッピングを修 正 する様 子 を示 しています。
図 11.19: 自 動 マッピングの修 正
原 子 対 原 子 反 応 マッピング ツールを使 用 して反 応 の手 動 マッピングを実 行 する場 合 は、対 象 となる原 子 以 外 の原 子
の自 動 再 マッピングを抑 制 することができます。
自 動 再 マッピングを抑 制 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. General タブで、Automatic Reaction Mapping の選 択 を解 除 します。
3. OK をクリックします。
自 動 マッピングの結 果 を調 整 するために原 子 対 原 子 反 応 マッピング ツールを使 用 するには、次 の操 作 を行 ってくださ
い。
1. クエリ ツールバーの原 子 対 原 子 反 応 マッピング ツールをクリックします。
2. マップを作 成 する反 応 物 中 の原 子 をポイント します。たとえば、次 の描 画 では、エーテルの酸 素 の隣 りにある非 環 式
炭 素 をポイント します。
3. 反 応 物 の原 子 を、対 応 する生 成 物 の原 子 までド ラッグします。
残 りの原 子 のマッピングは、手 動 マッピングに基 づいてマッピングされます。
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
図 11.20: 最 終 的 なマッピング
反 応 内 の別 の原 子 のマッピングを設 定 したり変 更 したりすることができます。
反応マッピングの取り消し
反 応 マッピングを取 り消 すには、次 の操 作 を行 ってください。
1. マッピングを取 り消 す構 造 式 を選 択 します。
2. Structure メニューの Clear Reaction Map をクリックします。
原 子 対 原 子 反 応 マッピング ツールを使 用 して、任 意 の原 子 をクリックし ChemDraw ウィンド ウの空 白 部 分 にド ラッグす
ると、その原 子 のマッピングが取 り消 されます。
反応マッピング情報のエクスポート
反 応 マッピングと反 応 中 心 に関 する情 報 は、*.cdx ファイル形 式 で保 存 されます。ChemBioDraw 13.0 でファイルを開
き、ChemBioFinder などの原 子 マッピングを読 み取 る他 のアプリケーションにそのファイルを転 送 することができます。クリッ
プボード を利 用 して、マップ済 みの反 応 を上 記 のアプリケーションにコピーすることもできます。
立体化学記号
立 体 化 学 を示 すフラグは 3 種 類 あります。
ラセミ。 ラセミ混 合 物
絶 対 。 既 知 の立 体 配 置 の純 粋 鏡 像 体
相 対 的 。 未 知 の立 体 配 置 の純 粋 鏡 像 体
立 体 化 学 フラグのフォント とサイズは、ド キュメント の既 定 値 の原 子 ラベル サイズによって決 まります。
立 体 化 学 フラグを描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
1. クエリ ツールを表 示 するには、View、Other Toolbars、Query Tools の順 に選 択 するか、メイン ツール パレット のク
エリ ツール アイコンをクリックします。
2. クエリ ツール パレット で、使 用 するフラグのツールをクリックします。
3. フラグを割 り当 てる構 造 式 の横 をクリックします。
3D 属 性
3D クエリは、たとえば、可 能 性 のあるレセプタ配 位 子 における、原 子 と結 合 間 の 3D 関 係 を探 す場 合 の薬 理 的 検 索
で便 利 です。3D クエリを作 成 するには、幾 何 学 的 構 造 (ラインや面 など) と制 限 (範 囲 として指 定 ) をクエリ システムに
追 加 します。たとえば、2 つの原 子 が 4 ～ 5 Å 離 れている必 要 があること、または 2 つの平 面 が 80 ～ 100 度 離 れてい
る必 要 があることを指 定 できます。
構 造 式 に 3 次 元 属 性 を割 り当 てるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 または部 分 構 造 式 を選 択 します。
注: 3 次元属性によっては順序を指定する必要があるため、Shift キーを押しながらクリックして、必要な順序で選択します。
2. Structure メニューの Add 3D Property をクリックし、下 記 の表 からオプションを選 択 します。
注: 下記の表で、ポイントは、原子、質量中心、または結合点を指します。ラインはラインまたは法線を指します。
Angle。 3 つの結 合 点 間 の角 度 制 限 を定 義 します (順 序 )。範 囲 として示 されます。
Dihedral。 4 つのポイント (順 序 )、2 本 のライン、または 2 面 間 の 2 面 (ねじれ) 角 制 限 を定 義 します。範 囲 として示 さ
れます。
Distance。 2 つのポイント 、1 つのポイント と 1 本 のライン、または 1 つのポイント と 1 面 の間 の距 離 制 限 を定 義 します。
オングスト ローム単 位 で範 囲 として示 されます。
Line。 選 択 した結 合 点 に最 適 なラインを定 義 します。
Plane。 選 択 したポイント 、またはポイント とラインについて、最 適 な面 を定 義 します。
Exclusion Sphere。 結 合 点 周 囲 の排 他 球 を定 義 します。複 数 の結 合 点 を選 択 した場 合 、排 他 球 は最 初 に選 択
した結 合 点 の周 囲 に定 義 され、後 続 の結 合 点 はクエリが評 価 されるとその排 他 球 内 に位 置 します。オングスト ローム
単 位 で 0 から始 まる範 囲 として示 されます。
Normal。 結 合 点 の方 向 に定 義 された面 から正 常 を定 義 します。
Point。 最 初 の結 合 点 から 2 番 目 の結 合 点 の方 向 (順 序 ) に、または正 常 の方 向 に、指 定 された距 離 で配 置 された
結 合 点 を定 義 します。
Centroid。 選 択 したすべての他 の結 合 点 の平 均 位 置 に配 置 された結 合 点 を定 義 します。
制 限 値 はいずれもテキスト ツールで編 集 することができます。排 他 球 のみが変 更 を表 示 します。
結 合 点 を作 成 すると、ダイアログ ボックスが表 示 されます。最 初 に選 択 された結 合 点 から計 算 された結 合 点 までの距
離 を指 定 します。距 離 はオングスト ロームの絶 対 値 として、または選 択 された結 合 点 間 の距 離 のパーセント として指 定
できます。負 の値 は、最 初 の結 合 点 と 2 番 目 の結 合 点 の間 に計 算 された結 合 点 があるのではなく、計 算 された結 合
点 は 2 番 目 の結 合 点 からの距 離 が最 初 の結 合 点 より長 いことを示 します。
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
幾 何 学 的 構 造 と制 限 オブジェクト は、構 造 式 を変 更 すると更 新 されます。独 立 して移 動 させることはできませ
ん。CDX、MOL、SKC、および TGF ファイルと併 用 することができます (リード ライト 完 全 互 換 性 )。他 の形 式 とは互 換 性
がありません。ただし、TIFF などの印 刷 限 定 形 式 で保 存 することができます。
エクスポート 時 の互 換 性
クエリ属 性 は化 学 データベースでのみ有 効 なため、構 造 式 を ChemBioDraw 13.0 から検 索 システムに移 さなければなり
ません。残 念 ながら、ファイル形 式 によっては使 用 できないクエリ属 性 や、化 学 データベースによっては使 用 できないファ
イル形 式 もあります。サポート されるファイル形 式 については、ご使 用 のデータベースのマニュアルを参 照 してください。
次 の表 は、ChemBioDraw 13.0 が、SKC、TGF、クリップボード のファイル形 式 に書 き出 すクエリ属 性 の一 覧 です。CDX
形 式 では、すべてのクエリ属 性 が保 持 されます。
.
エクスポート するクエリ属 性 ISIS™
Mol
Rxn
X
X
X
Free Sites
b
b
b
Up to
a
a
a
Exactly
Xc
Xc
Xc
Not allowed
X
X
X
Allowed
X
X
X
Any
X
X
X
No ring bonds
X
X
X
As drawn
X
X
X
Simple ring
X
X
X
Fusion
X
X
X
Spiro or higher
X
X
X
X
X
X
Atom Properties
Substituents
Unspecified
Implicit Hydrogens
Ring Bond Count
Unsaturation
Unspecified
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
エクスポート するクエリ属 性 ISIS™
Mol
Rxn
X
X
Must be absent
Must be present
X
Reaction Change
May be anything
X
X
Must be as specified
X
X
Any
X
X
Inversion
X
X
Retention
X
X
Reaction Stereo
Translation
Equal
Broad
Any
Narrow
Abnormal Valence
Not Allowed
X
X
X
Allowed
X
X
X
Single
X
X
X
Dashed
X
d
X
Hashed
d
d
d
Wedged Hashed
X
X
X
Bold
X
e
e
Wedged
X
X
X
Bond Properties
Bond Type
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
エクスポート するクエリ属 性 ISIS™
Mol
Rxn
Wavy
X
X
X
Hollow Wedged
e
e
e
Dative
f
f
f
Double
Xg
X
X
Double Either
X
X
X
Double Bold
h
h
h
Aromatic
X
X
X
Tautomeric
i
i
i
Triple
X
X
X
Quadruple
l
l
l
Any
X
X
X
S/D
X
X
X
D/A
X
X
X
S/A
X
X
X
Unspecified
X
X
X
Ring
X
X
X
Chain
X
X
X
Topology
Reaction Center
Unspecified
X
X
Center
X
X
Make/Break
X
X
Change
X
X
Make&Change
X
X
Not Center
X
X
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
エクスポート するクエリ属 性 ISIS™
Mol
Rxn
その他 のクエリ属 性
総 称 ニックネーム
Xj
Xj
Xj
元 素 リスト
Xko
Xko
Xko
否 定 元 素 リスト
Xk
Xk
Xk
代替基
X
Xm
無指定代替基
n
n
リンク ノード
p
p
p
括弧属性
X
X
X
原 子 対 原 子 マッピング
X
X
可変結合位置
3D クエリ属 性
a — 適 正 な代 替 基 数 に変 換 されます。
b — フリー サイト 数 がゼロのときは「描 画 されたままの置 換 基 」と解 釈 され、その他 すべてのフリー サイト 値 は、現 在 の総
原 子 価 とフリー サイト 値 に等 しい置 換 基 として記 述 されます。
c — 5 よりも多 い置 換 基 数 は "6 以 上 " と解 釈 されます。
d — ハッシュ ウェッジ結 合 に変 換 されます。
e — ウェッジ結 合 に変 換 されます。
f — 単 結 合 に変 換 され、配 位 結 合 の基 底 原 子 には正 電 荷 、配 位 結 合 の先 端 の原 子 には負 電 荷 が適 用 されます。
g — ISIS™ は、無 指 定 のシス/ト ランス立 体 化 学 構 造 と解 釈 されます。
h — 二 重 結 合 に変 換 されます。
i — 芳 香 族 に変 換 されます。
j — M、X、Q、A のみ。その他 はエイリアスとして記 述 されます。
k — 最 初 の 5 つの元 素 以 外 は削 除 されます。
l — 単 結 合 に変 換 されます。
m — RG ファイルが自 動 的 に作 成 されます。
n — 無 指 定 でない代 替 基 に変 換 されます。
o — 5 より多 い元 素 のリスト は、代 替 基 に変 換 されます。
p — 繰 り返 し範 囲 の最 低 数 は常 に 1 として処 理 されます。
第 11 章: クエリ構造式
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ChemBioDraw 13.0
情 報 の共 有
コンテンツを転 送 するのに一 般 的 に使 用 されるシステム コマンド の多 くは、ChemBioDraw でも使 用 できます。
コピーと貼 り付 け
コンテンツ ファイルのインポート とエクスポート
クリップボード を使 用 すると、コピーしているオブジェクト を編 集 することができます。
クリップボード
クリップボード を使 用 すると、同 一 のコンピュータ上 またはネット ワーク上 で動 作 しているアプリケーション間 で、アクティブ ド
キュメント ウィンド ウ内 の一 部 またはすべての情 報 を転 送 できます。標 準 のコピー アンド ペースト 機 能 またはカット アンド
ペースト 機 能 を使 用 して、これらの機 能 をサポート するアプリケーションに情 報 を転 送 します。情 報 は描 画 オブジェクト と
して転 送 されます。ChemBioDraw 13.0 で編 集 するには、オブジェクト をダブルクリックします。
また、Copy As 機 能 を使 用 して、選 択 した構 造 式 を SMILES 文 字 列 、SLN 文 字 列 、InChI™ 文 字 列 に変 換 できま
す。
クリップボード にコピーした構 造 式 を別 の ChemBioDraw 13.0 ド キュメント に貼 り付 ける場 合 、貼 り付 けられる情 報 は新
しいド キュメント の設 定 に基 づいて拡 大 または縮 小 されます。詳 細 については、236 ページの 「自 動 スケーリング」 を参
照 してください。
テキスト 表記法
テキスト 表 記 法 を使 用 すると、 1 1 行 の文 字 列 を、その文 字 列 が表 す構 造 式 に展 開 することができます。多 くのソフト
ウェアで、化 学 構 造 式 データの入 力 と保 存 に SMILES 文 字 列 が使 われています。
ある反 応 を選 択 し、Copy As SMILES コマンド を実 行 すると、SMIRKS 文 字 列 がクリップボード にコピーされます。SMIRKS 文 字 列 がクリップボード にある時 に、Paste Special SMILES コマンド を使 うと、ド キュメント に反 応 が貼 り付 けら
れます。
SMILES 文字列の作成
構 造 式 の SMILES 文 字 列 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. Edit、Copy As、SMILES の順 に選 択 します。
SMILES 文 字 列 がクリップボード に転 送 されます。
SMILES 文 字 列 を表 示 するには、ド キュメント ウィンド ウに文 字 列 を貼 り付 けます。
SMILES 文 字 列 をクリップボード にコピーすると、SMILES 文 字 列 を解 釈 できる別 のアプリケーションに SMILES 文 字 列
を転 送 することができます。
ChemBioDraw 13.0 からクリップボード に複 数 の構 造 式 をコピーすると、SMILES 文 字 列 はピリオド で区 切 られてコピーさ
れます。
1SMILES 文字列は、分子の構造式を表す 1 行の文字列です。SMIRKS 文字列は、化学反応をテキストで記述したもので
す。
第 12 章: 情報の共有
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ChemBioDraw 13.0
SMILES 表 記 では、小 文 字 による芳 香 族 構 造 式 を表 すための代 替 表 記 が使 用 できます。ChemBioDraw 13.0 で
は、明 示 的 な芳 香 族 結 合 を持 つすべての構 造 式 に対 して、このタイプの SMILES 文 字 列 が作 成 されます。
SMILES 文字列の貼り付け
SMILES 文 字 列 を構 造 式 として貼 り付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ソース ファイルの SMILES 文 字 列 を選 択 し、Ctrl + C キーを押 します。
2. ChemBioDraw 13.0 で、Edit、Paste Special、SMILES の順 に選 択 します。
SLN 文字列の作成
構 造 式 を SLN 文 字 列 の形 式 でクリップボード にコピーすれば、他 のアプリケーションにエクスポート できます。
構 造 式 を SLN 文 字 列 としてコピーするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. Edit、Copy As、SLN の順 に選 択 します。
構 造 式 が SLN 文 字 列 としてクリップボード にコピーされます。
InChI™ 文字列の作成
ChemBioDraw 13.0 は、IUPAC International Chemical Identifier (InChI™) をサポート しています。
l.
構 造 式 を InChI™ 文 字 列 として他 のド キュメント にコピーするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. Edit、Copy As、InChI の順 に選 択 します。
コピーできるのは、正 規 の InChI™ 構 造 式 だけです。InChI プロト コルでサポート されていない構 造 式 をコピーしようとする
と、サポート 外 の構 造 式 であることを示 す警 告 が表 示 されます。
InChIKey 文字列の作成
ChemBioDraw 13.0 は、InChI 1.02 で利 用 可 能 な Standard InchIKey をサポート しています。InChIKey 文 字 列 は、InChI 文 字 列 の簡 約 デジタル表 現 です。InChiKey 文 字 列 はすべて同 じ長 さですが、InChI 文 字 列 は同 じ長 さではあり
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ChemBioDraw 13.0
ません。この標 準 により、Web 検 索 やデータベースのインデックス化 で InChIKey 文 字 列 を活 用 することができます。
構 造 式 を InChIKey 文 字 列 として他 のド キュメント にコピーするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. Edit、Copy As、InChIKey の順 に選 択 します。
InChI™ と InChIKey の詳 細 については、www.iupac.org/inchi/ を参 照 してください。
スクラップ ファイルとクリッピング ファイル
スクラップ ファイルを使 用 すると、ChemBioDraw 13.0 でファイルを保 存 した後 で、描 画 の一 部 を他 のアプリケーションにコ
ピーすることができます。
スクラップ ファイルやクリッピング ファイルを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ド キュメント 内 のオブジェクト を選 択 します。
2. 選 択 した内 容 をド キュメント ウィンド ウからデスクト ップまでド ラッグします。ファイルがデスクト ップに表 示 されます。
ファイルの内 容 を表 示 するには、そのアイコンをダブルクリックします。ファイルの内 容 をド キュメント で使 用 するには、その
ファイルをド ラッグし、ド ラッグ アンド ド ロップ対 応 アプリケーションの開 いているウィンド ウにド ロップします。
オブジェクト の転 送
このセクションでは、クリップボード またはド ラッグ アンド ド ロップを使 用 してオブジェクト を 1 つのド キュメント から別 のド キュメ
ント に転 送 する際 の、ChemBioDraw 13.0 のいくつかの機 能 の動 作 について説 明 します。
自 動 スケーリング。 転 送 するオブジェクト は、転 送 先 ド キュメント の設 定 に合 わせて拡 大 または縮 小 されます。
結 合 。 構 造 式 を別 のド キュメント にコピーまたは移 動 すると、新 しいド キュメント の固 定 長 の値 が構 造 式 に適 用 されま
すが、縮 尺 率 は維 持 されます。
たとえば、ソース ド キュメント で固 定 長 が 1.0 cm に設 定 されているとします。ベンゼン環 のサイズを 200% に変 更 すると、
結 合 長 は 2.0 cm になります。転 送 先 ド キュメント で、固 定 長 が 1.7 cm に設 定 してある場 合 、このベンゼン環 を転 送
先 ド キュメント に貼 り付 けると、結 合 は 200 % に拡 大 され、最 終 的 な結 合 長 は 3.4 cm になります
原 子 ラベル。 原 子 ラベルも、前 項 で説 明 した結 合 と同 様 に拡 大 または縮 小 されます。たとえば、ソース ド キュメント で
原 子 ラベルのフォント サイズが 16 ポイント に設 定 されているとします。ソース ド キュメント 内 の 1 つまたは 2 つの原 子 ラベ
ルのサイズを 8 ポイント に変 更 すると、その倍 率 は 8:16、すなわち 0.5 になります。転 送 先 ド キュメント の原 子 ラベルの
フォント サイズは 14 ポイント に設 定 されているとします。転 送 先 ド キュメント に原 子 ラベルを貼 り付 けると、フォント サイズ
は倍 率 0.5 で縮 小 され、原 子 ラベルの最 終 的 なフォント サイズは 7 ポイント になります。
タイト ル。 ChemBioDraw 13.0 では、タイト ルにも自 動 スケーリングが利 用 できます。ソース ド キュメント 中 の固 定 長 に対
する転 送 先 ド キュメント の固 定 長 の比 率 にタイト ルのフォント サイズを乗 じたサイズになるように常 に自 動 調 節 されま
す。タイト ルのフォント サイズは任 意 で、Settings ダイアログ ボックスの設 定 とは無 関 係 です。このため、貼 り付 けられる
結 合 に対 するタイト ルの比 率 は必 ず一 定 に保 たれます。
たとえば、ソース ド キュメント の固 定 長 が 1.0 cm、転 送 先 ド キュメント の固 定 長 が 2.0 cm、貼 り付 けるタイト ルが 12 ポイ
ント の場 合 、自 動 スケーリングが行 われた後 のタイト ルのサイズは (2.0 cm/1.0 cm) x 12 ポイント = 24 ポイント になりま
す。
第 12 章: 情報の共有
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ChemBioDraw 13.0
非 結 合 オブジェクト と色 。 ド キュメント 設 定 はすべてのオブジェクト に影 響 するわけではありません。矢 印 やボックスのよう
なオブジェクト は、ソース ド キュメント での結 合 に対 する比 率 が維 持 されるように拡 大 または縮 小 されます。
前 景 色 と背 景 色 の場 合 を除 き、選 択 対 象 に使 用 されている色 が転 送 先 ド キュメント のカラー パレット にない場 合 、貼
り付 け後 、その色 が転 送 先 のカラー パレット に追 加 されます (20 色 まで)。転 送 先 ド キュメント では、背 景 色 は変 化 せ
ず、前 景 色 で色 が付 けられたすべてのオブジェクト の色 は転 送 先 ド キュメント の前 景 色 に変 更 されます。
空 のド キュメント への貼 り付 け。 ChemBioDraw 13.0 の描 画 を異 なる設 定 の空 のド キュメント に貼 り付 ける場 合 に
は、Change Settings ダイアログ ボックスが表 示 されます。
ソース ド キュメント の設 定 に合 わせて転 送 先 ド キュメント の設 定 を変 更 するには、Change Settings をクリックします。
転 送 先 のさまざまなド キュメント の設 定 が、すべてソース ド キュメント の設 定 に合 わせて変 更 されます。また、転 送 先 ド
キュメント のカラー パレット のすべての色 が、ソース ド キュメント の設 定 に合 わせて変 更 されます。
ソース ド キュメント のオブジェクト を転 送 先 ド キュメント の設 定 値 に合 わせて拡 大 または縮 小 するには、Don't Change
Settings をクリックします。
前 述 した比 率 で、オブジェクト のサイズが、ソース ド キュメント の設 定 から転 送 先 ド キュメント の設 定 に合 わせて変 更 さ
れます。
注 : ソース ド キュメントが ChemDraw バージョン 3.0 より前 のもので作 成 されている場 合 は、ダイアログ ボックスには
"Unknown" というド キュメント名 が表 示 されます。
オブジェクト の埋 め込 み
ChemBioDraw 13.0 は Windows で Object Linking and Embedding (OLE) プロト コルをサポート します。これにより、他 の
タイプのド キュメント に貼 り付 けられた構 造 式 を編 集 することができます。ChemBioDraw 13.0 は OLE サーバーとして機
能 します。OLE サーバーで作 成 したオブジェクト は、コピーして他 の OLE クライアント アプリケーションに貼 り付 けることが
できます。
ChemBioDraw 13.0 から、OLE をサポート する別 のタイプのド キュメント に描 画 を転 送 した場 合 は、新 しいアプリケーショ
ン内 でその描 画 を開 いて編 集 できます。
たとえば、バージョン 2003 以 上 の Microsoft Word ド キュメント に挿 入 された描 画 を編 集 するには、次 のいずれかの操 作
を実 行 します。
Word で描 画 を選 択 し、Edit メニューの CS ChemDraw Drawing Object をクリックします。
描 画 をダブルクリックします。
Word のツールとメニューに代 わって、ChemBioDraw 13.0 のツールとメニューが表 示 されます。ツールを使 用 して描 画 を
編 集 します。
変 更 が完 了 したら、Word ド キュメント 内 の別 の部 分 をクリックします。Word のツールとメニューが元 通 りに表 示 されま
す。
エクスポート
ChemBioDraw 13.0 の描 画 は、さまざまなファイル形 式 にエクスポート して、他 のアプリケーションで開 くことができます。逆
も同 様 で、ChemBioDraw 13.0 はさまざまなファイル形 式 を認 識 し、他 のアプリケーションからド キュメント を開 くことができ
ます。
第 12 章: 情報の共有
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ChemBioDraw 13.0
ファイルをエクスポート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Save As をクリックします。
2. Save As ダイアログ ボックスで、次 の操 作 を実 行 します。
a. ファイルの名 前 と保 存 場 所 を入 力 します。Go To ChemDraw Items をクリックして、ChemDraw Items フォルダを
検 索 します。
b. ファイル形 式 を選 択 します。
c. OK をクリックします。
ファイル形 式 によっては、ニックネームまたは構 造 式 フラグメント を含 む原 子 ラベルが使 用 できない場 合 があります。このよ
うな形 式 でファイルを保 存 すると、ChemBioDraw 13.0 はすべての原 子 ラベルを展 開 し、展 開 した形 式 でファイルを保
存 します。
次 の形 式 はニックネームや構 造 式 フラグメント をサポート していません。
Connection Table
MSI MolFile
SMD
注 : ChemBioDraw 13.0 の製 品 の種 類 により、一 覧 に示 した形 式 の一 部 がサポートされていない場 合 があります。
形 式 により、異 なるオプションで保 存 することができます。保 存 オプションがない形 式 の場 合 は、Options がグレー表 示 に
なります。次 のテキスト ベース形 式 は、Text Options を使 用 することができます。
ChemDraw XML
CML
Connection Table
ISIS/TGF
ISIS/Reactions
MDL MolFile
Accelrys MolFile
SMD
他 の形 式 のオプションは形 式 の説 明 に記 載 されています。
インポート
グラフィックまたはド キュメント を他 のアプリケーションから ChemBioDraw 13.0 にインポート することができます。
オブジェクト
挿 入 されるオブジェクト は OLE ファイルであり、オブジェクト のサイズ変 更 および回 転 を実 行 できますが、反 転 させることは
できません。オブジェクト は、描 画 ウィンド ウ内 からネイティブ アプリケーションで編 集 することもできます。
ファイル
挿 入 したファイルは描 画 の一 部 となります。編 集 できるのは、ChemBioDraw 13.0 形 式 の場 合 に限 られます。
ファイルを挿 入 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 12 章: 情報の共有
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ChemBioDraw 13.0
1. Edit メニューの Insert File をクリックします。
2. Open ダイアログ ボックスのド ロップダウン リスト からファイル形 式 を選 択 します。
3. ファイルを選 んで Open をクリックします。選 択 したファイルが描 画 に埋 め込 まれます。
オブジェクト を挿 入 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Edit メニューの Insert Object をクリックします。
2. Insert Object ダイアログ ボックスで、Create from File をクリックします。
3. オブジェクト ファイルを参 照 し、OK をクリックします。
注 : ChemBioDraw 13.0 がサポートしていないファイル形 式 (TXT など) を選 択 すると、エラー メッセージが表 示 されま
す。
オブジェクト を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Edit メニューの Insert Object をクリックします。
2. Create New をクリックします。
3. Object Type を選 択 します。
4. OK をクリックします。
ISIS™ 互換性
ChemBioDraw Ultra 13.0 と ChemDraw Pro 13.0 では、R-ロジックおよび脱 離 基 を含 む ISIS/Sketch がサポート されて
います。
添付データ
フィールド 名 を使 用 することで、原 子 や結 合 などのオブジェクト にテキスト を添 付 することができます。この機 能 は、MDL
形 式 の "データ SGroup" と互 換 性 があります。フィールド 名 が指 定 され、 かつ原 子 と結 合 の集 合 または 1 対 のかっこに
添 付 されている場 合 、MDL 形 式 で保 存 するときには、データ SGroup に変 換 されます。
フィールド 名 が原 子 と結 合 の集 合 と、1 対 のかっこの両 方 に添 付 されている場 合 には、2 つの異 なるデータ SGroup に
変 換 されます。
オブジェクト にデータを添 付 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. オブジェクト を選 択 します。
2. Object メニューの Attach Data をクリックします。
Attach Data ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. フィールド 名 を入 力 して OK をクリックします。
4. オブジェクト の下 のテキスト ボックスにデータを入 力 します。
注 : ChemBioDraw 13.0 でフィールド 名 を編 集 することはできません。ChemBioDraw 13.0 では任 意 の長 さのフィール
ド 名 が認 められていますが、MDL 形 式 には独 自 の制 限 があります。また、ChemBioDraw 13.0 では、任 意 のオブ
ジェクトにデータを添 付 できます。MDL 形 式 で保 存 する場 合 、当 該 オブジェクトが前 述 の条 件 を満 たしていないと
データは失 われます。
第 12 章: 情報の共有
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ChemBioDraw 13.0
添付データの変更
添 付 データを選 択 しているときに表 示 されるコンテキスト メニューには、2 つのコマンド が追 加 されています。
Select Linked Objects では、そのデータに対 応 するすべてのオブジェクト が含 まれるように選 択 が変 更 されます。
Position では、対 応 する構 造 式 との相 対 位 置 でデータを配 置 できます。
注 : MDL 形 式 で保 存 すると位 置 情 報 は失 われます。
グラフィック エクスポート ボーダーの詳細設定
描 画 のエクスポート 時 にボーダーのサイズを指 定 することができます。この詳 細 設 定 は、すべてのグラフィックス形 式 の出
力 に影 響 を与 えます。WMF、PICT、EPS、TIFF、GIF、BMP、および PNG などの形 式 を含 みます。クリップボード にコ
ピーした場 合 とファイルに保 存 した場 合 のどちらにも、この設 定 が適 用 されます。既 定 値 は 2 ポイント (0.278 イン
チ、0.071 センチ) です。
ファイル形式
ChemBioDraw 13.0 で使 用 できるファイル形 式 は次 のとおりです。
形式
ウィンド ウ
ChemDraw (CDX)
○
ChemDraw XML (CDXML)
○
ChemDraw (CHM)
○
ChemDraw Style Sheets (CDS)
○
Connection Table (CT)
○
Chemical Markup Language (CML)
○
Bitmap (BMP)
○
TIFF file (TIF)
○
Graphic Image Format (GIF)
○
ISIS (SKC、TGF、RXN)
○
JCAMP (JDX、DX)
○
JPEG (JPG、JPEG)
○
MDL SDfile (SDF)
○
MDL MolFile (MOL)
○
MSI ChemNote (MSM)
○
第 12 章: 情報の共有
240 / 303
ChemBioDraw 13.0
形式
ウィンド ウ
PNG Image (PNG)
○
Standard Molecular Data 4.2 (SMD)
○
Galactic Spectra (SPC)
○
Windows Metafile
○
(WMF)
Enhanced Metafile (EMF)
○
ChemDraw Templates (CTP)
○
ChemDraw Templates Style sheets (CTS) ○
PDF
×
MDL Molfile V3000
○
Reaction Molfile V3000 (RXN)
○
PICT
PICT Scaled 4x
×
Encapsulated PostScript
○
Scalable Vector Graphics
○
ChemBioDraw 13.0 では、次 に示 すファイル形 式 のインポート とエクスポート がサポート されています。これらのファイル形
式 でエクスポート するには、Save As... オプションを使 用 します。ChemBioDraw 13.0 製 品 によっては、一 部 の形 式 がサ
ポート されていません。238 ページの 「インポート 」 も参 照 してください。
形式
イン
ポート
エクス
ポート
ChemDraw (CDX)
○
○
ChemDraw XML (CDXML)
○
○
ChemDraw 3.5 (CHM)
○
○
ChemDraw 2.0 and ChemDraw 2.1 (CHM)
○
×
ChemDraw Template (CTP)
○
○
ChemDraw Template Style Sheet (CTS)
○
○
第 12 章: 情報の共有
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ChemBioDraw 13.0
形式
イン
ポート
エクス
ポート
ChemDraw Style Sheets (CDS)
○
○
Connection Table (CT)
○
○
Chemical Markup Language (CML)
○
○
Bitmap (BMP)
○
○
PostScript (EPS)
×
○
Graphic Image Format (GIF)
○
○
ISIS (SKC、TGF、RXN)
○
○
JCAMP (JDX、DX)
○
×
JPEG (JPG、JPEG)
○
○
MDL MolFile (MOL)
○
○
MDL RGFile (MOL)
○
○
MDL V3000 MolFile (MOL)
○
○
MSI ChemNote (MSM)
○
○
Portable Network Graphics (PNG)
○
○
Standard Molecular Data (SMD)
○
○
Structure Data file (SDF)
○
○
Galactic Spectra (SPC)
○
×
Windows Metafile
○
○
Scalable Vector Graphics (SVG)
×
○
Portable Document Format (PDF)
○
○
Tagged Image File (TIF、TIFF)
○
○
(EMF、WMF)
異 なるプラット フォームへの転 送
cdx ファイルは Macintosh 版 と Windows 版 の両 方 の ChemBioDraw で開 くことができます。プラット フォーム間 でファイル
を転 送 する場 合 、フォント は転 送 されません。転 送 されたド キュメント で用 いているフォント が転 送 先 のプラット フォームに
ない場 合 には、ChemBioDraw では転 送 先 のプラット フォームにあるフォント に置 き換 えられます。
第 12 章: 情報の共有
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ChemBioDraw 13.0
オプションと設 定
ChemBioDraw 13.0 は、Preferences および Document Settings ダイアログ ボックスの各 種 オプションの設 定 により、作
業 上 の必 要 性 や操 作 方 法 の好 みに合 わせてカスタマイズできます。
Preferences では、開 いているド キュメント すべてに適 用 される特 定 のオプションの既 定 値 の動 作 を変 更 することができま
す。ド キュメント 設 定 で指 定 した変 更 は、ド キュメント 内 にのみ適 用 可 能 で、アプリケーション全 体 には適 用 できませ
ん。オブジェクト 設 定 で指 定 した変 更 は、選 択 したオブジェクト に固 有 です。
プリファレンスの設 定
Preferences の設 定 は、作 業 対 象 のド キュメント の種 類 に関 係 なく、ChemBioDraw 13.0 の動 作 に反 映 されます。
1. Preferences ダイアログ ボックスを開 くには、File メニューの Preferences をクリックします。
2. 既 定 値 の設 定 を復 元 するには、Use Defaults をクリックします。
テーマ オプション
テーマは、ChemBioDraw GUI の外 観 を定 義 したものです (機 能 には影 響 を与 えません)。ChemBioDraw 13.0 では、
既 定 値 で ChemDraw テーマが表 示 されます。ChemDraw Large テーマでは、アイコンが大 きく表 示 されるため読 みやすく
なりますが、画 面 上 のアイコンの表 示 スペースが広 がることになります。I/Draw などの他 のテーマも使 用 可 能 です。
テーマを変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックし、General タブをクリックします。
2. Theme ド ロップダウン リスト から、適 用 するテーマを選 択 します。
3. OK をクリックします。
I/Draw
I/Draw テーマを適 用 すると、メイン ツールバーの外 観 が変 更 されます。ただし、このツールバーが変 更 されること以 外 に、
次 の 2 つの便 利 な機 能 を有 効 にすることもできます。
結 合 を挟 んだ環 (スピロ結 合 に代 えて使 用 可 能 になる)
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
既 定 値 のスタイル シート が I/Draw Styles.cds に変 更 される
I/Draw モード をアクティブにするには、File、Preferences、I/Draw Mode の順 にクリックします。
ド キュメント の既定値のディレクト リ
ファイルを開 く操 作 の実 行 時 に、既 定 値 のファイル ディレクト リを設 定 できます。
1. File メニューの Preferences をクリックします。Preferences ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Directories タブをクリックします。
3. Use Documents Location チェック ボックスをオンにし、使 用 する保 存 場 所 を入 力 するか、参 照 から保 存 場 所 を指
定 します。
既定値の保存ファイル形式
既 定 値 のファイル形 式 を Open ダイアログ ボックスで設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。Preferences ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Open/Save タブをクリックします。
3. Opening Files セクションの Use Default File Format をクリックし、一 覧 からファイル形 式 を選 択 します。
既定値のツールの設定
ド キュメント を開 いたときに選 択 されるツールを指 定 できます。
1. File メニューの Preferences をクリックします。Preferences ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Open/Save タブをクリックします。
3. Opening Files でツールを選 択 します。
改行およびテキスト ボックスの閉じ方
タイト ルのテキスト ボックスで新 しい行 を作 成 するには、Enter キーまたは Return キーを押 します。原 子 ラベルに新 しい
行 を作 成 するには、Alt + Enter キーを押 します。テキスト ボックスを閉 じるには、テキスト ボックスの外 側 をクリックするか、
別 のツールをクリックします。
既 定 値 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. Building/Display タブをクリックし、適 切 なオプションを選 択 して次 の既 定 値 を変 更 します。
原 子 ラベル テキスト - Alt + Enter を使 用 して原 子 ラベルに新 しい行 を作 成
タイト ル テキスト - Alt + Enter を使 用 して新 しい行 を作 成
3. OK をクリックします。
強調表示ボックスの許容範囲
許 容 範 囲 では、強 調 表 示 ボックスのサイズと、強 調 表 示 ボックスを表 示 するために必 要 なカーソル/オブジェクト 間 の距
離 を設 定 します。許 容 範 囲 の既 定 値 の設 定 は 5 ピクセルです。この設 定 では、ポインタの位 置 が結 合 オブジェクト の
一 番 近 い点 から 5 ピクセル以 内 の範 囲 にあれば、結 合 上 に強 調 表 示 ボックスが表 示 されます。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
許 容 範 囲 を設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. General タブで、許 容 範 囲 の値 を選 択 または入 力 します。この変 更 は、すべてのド キュメント に影 響 します。
ChemDraw Items フォルダ
このフォルダには、詳 細 設 定 ファイル、ホット キー ファイル、ニックネーム ファイル、同 位 体 ファイル、スクリプト 、および総 称
ニックネーム ファイルが格 納 されています。また、テンプレート ド キュメント とテンプレート ステーショナリ パッド も、このフォル
ダに含 まれています。フォルダは複 数 保 存 することが可 能 なため、ニックネームや標 準 テンプレート などの個 人 ファイルを
企 業 内 で管 理 する際 に便 利 です。
ChemDraw Items フォルダの場 所 は、オペレーティング システムによって異 なります。ChemOffice 2012 の使 用 時 は、この
フォルダは次 の場 所 にあります。
Windows XP
C:\Documents and Settings\All Users\ApplicationData\CambridgeSoft\
ChemOffice2012\ChemDraw\
Windows Vista
C:\Program Data\CambridgeSoft\ChemOffice2012\ChemDraw
ChemDraw Items フォルダのパスを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。Preferences ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Directories タブをクリックします。
3. Add New をクリックし、場 所 を選 択 して、OK をクリックします。新 しいパスが一 覧 に追 加 されます。
4. 検 索 の順 番 を並 べ替 えるには、Move Up ボタンおよび Move Down ボタンをクリックします。
5. パスを削 除 するには、Remove をクリックします。追 加 したすべてのパスを削 除 するには、Default Paths をクリックしま
す。
既定値のスタイル
ChemBioDraw 13.0 では、既 定 値 のスタイルはスタイル シート として保 存 されます。ChemBioDraw 13.0 の起 動 時 に
は、前 回 使 用 したスタイル シート が既 定 値 で開 きます。既 定 値 とは別 のファイルを選 択 すると、そのファイルが既 定 値 に
なります。
別 のファイルを選 択 しても既 定 値 のスタイルが変 更 されないように設 定 することもできます。それには、次 の操 作 を行 って
ください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. Open/Save タブをクリックし、Browse をクリックして、既 定 値 として設 定 するスタイル シート を指 定 します。
3. Opening Any Style Sheet Changes Default をオフにします。
4. OK をクリックします。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
既 定 値 のスタイルを確 認 するには、File メニューをクリックします。New メニューの項 目 にスタイル シート の名 前 が表 示 さ
れます。
カスタマイズしたスタイルの保存
作 成 される新 しいド キュメント はいずれも、スタイル シート ファイルを使 用 してド キュメント 設 定 を行 います。これらのファイ
ルには、あらかじめ定 義 されたオブジェクト を含 めることも可 能 です。新 しいド キュメント を作 成 する際 には、実 際 にはスタ
イル シート の無 題 のコピーを作 成 することになります。このコピーに変 更 を加 えても、その変 更 の影 響 が元 のファイルに及
ぶことはありません。
これらのド キュメント を CDS ファイルとして保 存 すると、カスタマイズした設 定 が格 納 されたスタイル シート を作 成 すること
ができます。CDS ファイルを ChemDraw Items フォルダに保 存 すると、そのファイルは (File メニュー下 の) Open Templates メニューに表 示 されます。
ド キュメント 設 定 をスタイル シート として保 存 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Save As をクリックします。Save As ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. ファイルに名 前 を付 け、タイプ (OS X:形 式 ) を CD Style Sheet (cds) に変 更 します。
3. このファイルを ChemDraw items フォルダに保 存 するには、Go To ChemDraw Items をクリックします。
4. Save をクリックします。
ツールバーのカスタマイズ
ツールバーの外 観 と配 置 は 1 組 の XML ファイルで定 義 されます。XML ファイルの編 集 に習 熟 しているユーザーは、実
際 の作 業 で使 いやすいようにツールバーに変 更 を加 えることができます。ボタンの削 除 、名 前 変 更 、サイズ変 更 、ボタン
アイコンの変 更 、または別 のツールバーへの移 動 を実 現 できます。ツールバーを作 成 または削 除 することもできます。
ツールバー スキーマ
Toolbars.xsd ファイルには、すべてのツールバーのスキーマ定 義 が記 述 されています。このスキーマ定 義 には、ツール
バー、ポップアップ テキスト 、およびステータス バー テキスト の定 義 が含 まれています (具 体 的 な設 定 内 容 は含 まれていま
せん)。
ツールバー XML ファイル
C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\CambridgeSoft\ChemOffice2012\ChemDraw\GUI\Common\XML\Toolbars にある Toolbars ディレクト リには、各 種 ツール
バーの xml ファイルが格 納 されているサブディレクト リが含 まれています。実 際 に格 納 されている xml ファイルは、それらの
ファイルが使 用 されているスキンの種 類 によって異 なります。ツールバーのカスタマイズは、ほとんどの場 合 、このディレクト
リの xml ファイルを編 集 することによって行 います。XML ファイルを起 動 すると、XML ファイルは自 らをオンラインで保 存 さ
れている Toolbars.xsd ファイルと比 較 検 証 します。
XML ファイルの編集
任 意 の xml またはテキスト エディタを使 用 してファイルを編 集 できます。ファイルの保 存 後 には、ChemBioDraw をいった
ん終 了 して再 起 動 する必 要 があります。再 起 動 によって、設 定 の変 更 が有 効 になります。
編 集 する前 に、すべての XML ファイルのバックアップを作 成 してください。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
注 : アイコンとして使 用 できる画 像 ファイルは、png 形 式 のファイルのみです。
ド キュメント 設 定 およびオブジェクト 設 定
ド キュメント 設 定 およびオブジェクト 設 定 を、現 在 のド キュメント に適 用 できます。ド キュメント 設 定 で指 定 した変 更 は、
ド キュメント 内 にのみ適 用 可 能 で、アプリケーション全 体 には適 用 できません。オブジェクト 設 定 で指 定 した変 更 は、選
択 したオブジェクト に固 有 です。
設 定 には、以 下 のものが含 まれます。
描 画 設 定 。 結 合 の描 画 に使 用 する固 定 長 などの描 画 関 連 オプションを設 定 します。
タイト ルとラベルのテキスト 設 定 。 原 子 ラベルとタイト ルで使 用 するフォント などのテキスト 関 連 オプションを設 定 します。
色 設 定 。 オブジェクト やド キュメント の背 景 で使 用 できる色 を設 定 します。
印 刷 /ページ設 定 。 使 用 するページ サイズやフッターに表 示 されるテキスト などのオプションを設 定 します。
ド キュメント の設 定 は、次 の方 法 で行 います。
Document Settings ダイアログ ボックスを用 いて、そのド キュメント 全 体 に対 する設 定 をカスタマイズします。
現 在 編 集 中 のド キュメント 全 体 に対 する設 定 を、既 存 のド キュメント から適 用 します。
現 在 編 集 中 のド キュメント の選 択 したオブジェクト に対 する設 定 を、既 存 のド キュメント から適 用 します。
描画設定
描 画 設 定 は、結 合 やその他 のオブジェクト の描 画 方 法 に影 響 を与 えます。描 画 設 定 は、以 下 の方 法 により、ド キュメ
ント 全 体 に対 して、あるいは特 定 のオブジェクト に対 して指 定 することができます。
ド キュメント 全 体 の設 定 を行 うには、File メニューの Document Settings をクリックし、Drawing カテゴリを選 択 しま
す。
オブジェクト に対 する設 定 には、Object Settings ダイアログ ボックスを使 用 します。
描 画 設 定 での変 更 は、アクティブなド キュメント ウィンド ウに対 してのみ反 映 されます。描 画 設 定 は、スタイル シート に
保 存 できます。
現 在 のド キュメント に他 のド キュメント の設 定 を適 用 するには、File メニューの Apply Document Settings from サブメ
ニューを使 用 します。
Drawing カテゴリでは、さまざまなオプションを選 択 できます。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
Fixed Length。 結 合 を指 定 の長 さで常 に描 画 します。Clean Up Structure コマンド を使 用 するときの望 ましい結 合 長
も調 整 されます。15 ページの 「固 定 長 結 合 の描 画 」 と 100 ページの 「結 合 点 」 を参 照 してください。
Bond Spacing。 二 重 結 合 または三 重 結 合 の線 の間 隔 を設 定 します。この間 隔 は次 のいずれかに設 定 します。
結 合 長 に対 する割 合 (1 ～ 100%)。結 合 が固 定 長 ではない場 合 にこの設 定 を使 用 すると、間 隔 を長 さに比 例 させ
ることができます。
ド キュメント に指 定 した単 位 から選 択 する絶 対 値 。
Bold Width。 太 線 結 合 とウェッジ結 合 の描 画 に使 用 する線 の幅 を設 定 します。太 線 幅 の設 定 値 は線 幅 の設 定 値 よ
りも大 きくする必 要 があります。ウェッジの端 は太 線 幅 の 1.5 倍 になります。
Line Width。 描 画 中 のすべての結 合 、線 、矢 先 の幅 を設 定 します。
Margin Width。 つながっている結 合 の一 部 を消 去 してしまうすべての原 子 ラベルの周 囲 の間 隔 を変 更 します。結 合
交 差 内 の手 前 の結 合 の周 囲 の白 い空 白 も、マージン幅 で決 定 されます。15 ページの 「結 合 交 差 」 を参 照 してくださ
い。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
Hash Spacing。 ハッシュ ウェッジ結 合 、ハッシュ結 合 、点 線 結 合 、点 線 矢 印 や点 線 曲 線 の描 画 に用 いるハッシュの
間 隔 を設 定 します。
Chain Angle。 非 環 式 鎖 ツールで作 成 する結 合 角 や Clean Up Structure コマンド で最 適 化 する結 合 角 (1° ～ 179°)
を設 定 します。29 ページの 「鎖 」 と 100 ページの 「結 合 点 」 を参 照 してください。
Units。 Object Settings ダイアログ ボックスで使 用 する単 位 を、センチメート ル、インチ、ポイント 、またはパイカで設 定 し
ます。
Atom and Bond Indicators。 どのインジケータを表 示 するかを設 定 します。102 ページの 「原 子 の番 号 付 け」 を参 照 し
てください。
ド キュメント の設定
1. File メニューの Document Settings をクリックします。
2. Drawing カテゴリをクリックし、設 定 を指 定 します。
3. OK をクリックします。
末端炭素のラベル
ChemBioDraw 13.0 では、既 定 値 では末 端 炭 素 は表 示 されません。表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Document Settings をクリックします。
2. Atom Labels カテゴリを選 択 します。
3. Show Labels On Terminal Carbons を選 択 します。下 図 を参 照 してください。
オブジェクト の設定
選 択 したオブジェクト に対 して描 画 設 定 を指 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
1. オブジェクト を選 択 します。
2. Object メニューの Object Settings をクリックします。
3. 設 定 を指 定 した後 、OK をクリックします。選 択 した設 定 は、選 択 したオブジェクト に対 してのみ適 用 されます。
Analysis および Chemical Properties
これらの基 本 構 造 属 性 データは、描 画 内 に貼 り付 けることができます。必 要 に応 じて、これらの属 性 の名 前 を変 更 す
ることもできます。たとえば、ページ上 の領 域 を節 約 する目 的 で、"Molecular Weight" という名 前 を "MW" に変 更 したい
場 合 などです。この設 定 の変 更 は、描 画 内 に貼 り付 けられる属 性 の名 前 のみに適 用 されます。Analysis ダイアログ
ボックスおよび Chemical Properties ダイアログ ボックスに表 示 される名 前 は、設 定 変 更 の影 響 を受 けません。
属 性 の表 示 名 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Document Settings をクリックします。
2. Property Labels カテゴリをクリックします。次 の図 を参 照 してください。
3. Analysis ウィンド ウで、名 前 を変 更 する対 象 の属 性 を選 択 します。
4. Edit Label をクリックし、Edit Label テキスト ボックスに新 しい名 前 を入 力 します。OK をクリックします。
5. 新 しい名 前 を入 力 し、OK をクリックします。
6. 他 の属 性 についても、必 要 に応 じて手 順 4 を実 行 します。
7. OK をクリックします。
タイト ルの書式設定
テキスト 設 定 は、現 在 作 成 中 のド キュメント のタイト ルおよび原 子 ラベルの描 画 方 法 および書 式 設 定 に影 響 します。
書 式 設 定 オプションには以 下 が含 まれます。
フォント (フォント タイプ)
サイズ (フォント サイズ)
スタイル (フォント とベースラインのスタイル)
行間隔
配置
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
フォント パラメータの設定
Document Settings ダイアログ ボックスでテキスト 形 式 を変 更 すると、現 在 作 成 中 のド キュメント のみに反 映 されます。
個 々 のオブジェクト に対 する設 定 の変 更 は、Object Settings ダイアログ ボックス、Text メニュー、またはスタイル ツール
バーを使 用 して行 うこともできます。
タイト ルおよび原 子 ラベル用 のド キュメント のテキスト 設 定 を編 集 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Document Settings をクリックします。
2. Document Settings ダイアログ ボックスで、Text Captions または Atom Labels をクリックします。
3. 必 要 に応 じて設 定 を変 更 します。オプションについては、次 のセクションで説 明 します。
4. OK をクリックします。書 式 設 定 は現 在 作 成 中 のド キュメント に適 用 されます。
ベースラインのスタイルの設定
ベースラインには次 のスタイルを指 定 できます。
Normal。 通 常 のテキスト に使 用 します。
Superscript。 テキスト サイズが約 25% 縮 小 され、ベースラインが上 がります。
Subscript。 テキスト サイズが約 25% 縮 小 され、ベースラインが下 がります。
Formula。 一 般 的 な化 学 式 が正 しく表 示 されるように書 式 設 定 します。数 字 は下 付 き文 字 になります。ただし、大 文
字 は手 動 で指 定 する必 要 があります。
また、1 つのタイト ルの複 数 の部 分 にそれぞれ異 なるスタイルを適 用 することもできます。
スタイル インジケータ
ド キュメント ウィンド ウ内 の任 意 のテキスト を選 択 し、Text メニューの Style をクリックすると、そのテキスト に適 用 されてい
るスタイルを確 認 することができます。チェック マークは、選 択 したすべてのテキスト にそのスタイルが適 用 されていることを
示 します。ハイフンは、選 択 したテキスト の一 部 にそのスタイルが適 用 されていることを示 します。
行間隔の指定
次 の種 類 の行 間 隔 を指 定 できます。
Automatic。 タイト ル中 で高 さが最 大 の文 字 にテキスト 全 体 の行 間 隔 を合 わせます。行 間 隔 の既 定 値 です。
Variable。 各 行 の最 も背 の高 い文 字 および最 も低 いデセンダ (ベースラインより下 に伸 びる部 分 ) に合 わせて、行 ごとに
間 隔 を設 定 します。
Fixed。 指 定 した一 定 の行 間 隔 をテキスト 全 体 で使 用 します。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
テキスト の配置
タイト ルや原 子 ラベルは、必 要 に応 じてテキスト を揃 えるように配 置 することができます。利 用 できるオプションは、配 置 す
るのがタイト ルか原 子 ラベルかによって異 なります。設 定 の適 用 は、Object Settings ダイアログ ボックスで行 います。
Object Settings ダイアログ ボックスを開 くには、次 の操 作 を行 ってください。
1. タイト ルまたは原 子 ラベルを選 択 します。
2. Object メニューの Object Settings をクリックします。Object Settings ダイアログ ボックスが表 示 されます。
タイト ル
タイト ルの整 列 および行 間 隔 は Object Settings ダイアログ ボックスの Text Captions タブで指 定 します。1 つのタイト ル
内 のテキスト は、すべて同 じ文 字 配 置 と行 間 隔 になります。
文 字 配 置 には 4 通 りあります。
Flush Left。 タイト ルのテキスト を左 に揃 えます。
Centered。 タイト ルのテキスト を中 央 に揃 えます。
Flush Right。 タイト ルのテキスト を右 に揃 えます。
Justified。 タイト ルのテキスト の両 端 を揃 えます。
原子ラベル
Centered (中 央 揃 え配 置 )、Flush Left (左 揃 え配 置 )、Flush Right (右 揃 え配 置 )、Stacked Above (積 み重 ね配
置 )、または Automatic (自 動 配 置 ) の文 字 配 置 を適 切 に使 用 すると、結 合 や他 の原 子 ラベルに重 なることなく、化 学
構 造 式 の中 の原 子 と官 能 基 を指 定 するラベルを作 成 できます。
注 : Stacked Above (積 み重 ね配 置 ) の文 字 配 置 を使 用 する場 合 、Alt + Enter キーを使 用 して文 字 列 を上 から下
に入 力 し、新 しい行 に進 みます。ラベルを入 力 した後 に文 字 配 置 を変 更 すると、警 告 が表 示 されることがあります。
以 下 は原 子 ラベルの文 字 配 置 の例 です。
第 13 章: オプションと設定
252 / 303
ChemBioDraw 13.0
図 13.1: 原 子 ラベルの文 字 配 置 A) 積 み重 ね配 置 、B) 中 央 揃 え配 置 、C) 左 揃 え配 置 、D) 右 揃 え配 置
自動文字配置
原 子 ラベルの自 動 文 字 配 置 を指 定 すると、ChemBioDraw 13.0 では、ラベルが複 数 の文 字 列 に分 割 されます。文 字
列 は、大 文 字 の後 ろに数 字 または小 文 字 が続 く形 式 になっています。最 初 の文 字 列 が原 子 に結 び付 けられ、残 りの
ラベルは、化 学 構 造 式 のその他 の部 分 に重 ならないように配 置 されます。
たとえば、N-メチルピペリジンを作 成 するには、シクロヘキサン内 の原 子 に「NCH3」のラベルを付 けます。このラベルには
「N」、「C」および「H3」の 3 つの文 字 列 が含 まれます。C3 にラベルを付 けると、文 字 列 は左 から右 に配 置 されます。これ
は原 子 の左 側 に結 合 があるためです。
一 方 、C5 にラベルを付 けると、結 合 が原 子 の右 側 にあるので、文 字 列 は右 から左 に表 示 されます。
ニックネームを定 義 することにより、多 原 子 ラベル全 体 を 1 つの文 字 列 として扱 うことが可 能 です。こうしておけば、構 造
式 の左 側 にラベルを付 けたときに、ラベルが反 転 することはありません。
たとえば、「CH3」というニックネームを定 義 して、C5 にラベルとニックネーム「NCH3」を組 み合 わせて付 けると、最 終 的 なラ
ベルの配 置 は、「H3CN」ではなく、CH3N」となります。この場 合 はニックネーム「CH3」が文 字 列 です。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
C1 にラベルを付 けると、原 子 の下 に結 合 があるため、2 番 目 と 3 番 目 の文 字 列 は最 初 の文 字 列 の上 に配 置 されま
す。
C4 にラベルを付 けると、2 番 目 と 3 番 目 の文 字 列 は最 初 の文 字 列 の下 に配 置 されます。
既定値の書式の変更
新 規 のタイト ルまたは原 子 ラベルではすべて、フォント 、フォント サイズ、およびスタイルについてタイト ルと原 子 ラベルの既
定 値 のド キュメント 設 定 が使 用 されています。
この書 式 は以 下 の操 作 により変 更 できます。
現 在 作 成 中 のド キュメント で、以 降 の描 画 に対 するド キュメント 設 定 を変 更 します。
入 力 する前 に Text メニューまたはツールバーから個 々 のタイト ルやラベルに対 して新 たな書 式 を選 択 します。
入 力 した後 、テキスト 選 択 し個 別 のラベルに対 して新 規 の書 式 を適 用 します。
新規テキスト のテキスト 設定
現 在 作 成 中 のド キュメント の新 規 タイト ルおよび原 子 ラベルに対 してテキスト 設 定 をするには、次 の操 作 を行 ってくださ
い。
1. File メニューの Document Settings をクリックします。
2. Document Settings ダイアログ ボックスで、Text Captions または Atom Labels をクリックします。
3. 適 切 なオプションを選 択 します。
4. OK をクリックします。
これらの設 定 は、現 在 作 業 中 のド キュメント で新 たに作 成 するタイト ルまたは原 子 ラベルのすべてに影 響 します。同 じ
設 定 を他 の新 規 ド キュメント でも使 用 する場 合 は、スタイル シート に保 存 します。詳 細 については、247 ページの 「ド
キュメント 設 定 およびオブジェクト 設 定 」 を参 照 してください。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
タイト ルまたはラベルの書式設定
個 々 のタイト ルや原 子 ラベルに対 して、入 力 する前 にテキスト 書 式 を設 定 することができます。書 式 の変 更 は現 在 作
成 中 のテキスト にのみ適 用 されます。
入 力 前 にテキスト 書 式 を設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テキスト ツールを選 択 し、ド キュメント ウィンド ウ内 をクリックします。テキスト ボックスが表 示 されます。
2. テキスト 書 式 を設 定 するには、次 のいずれかの操 作 を行 います。
Text、Font、Style または Size の順 に選 択 します。
スタイル ツールバーを使 用 して書 式 オプションを設 定 します。
3. テキスト ボックス内 に、テキスト を入 力 します。
この書 式 は入 力 したテキスト に対 して適 用 されます。引 き続 き入 力 するテキスト では、既 定 値 のド キュメント 設 定 が使
用 されます。
テキスト の間隔の変更
選 択 したタイト ルや原 子 ラベルに対 するテキスト 設 定 を変 更 することができます。実 施 する設 定 を、選 択 したテキスト に
対 して適 用 するのか、引 き続 き入 力 するテキスト のすべてに対 して適 用 するのか選 択 することができます。
選 択 したタイト ルや原 子 ラベルに対 するテキスト 設 定 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 選 択 ツールを使 用 して、変 更 するテキスト を選 択 します。
2. Text メニューの適 切 なオプションを設 定 します。
タイト ルの一 部 分 を変 更 するには、変 更 対 象 にする部 分 をテキスト ツールで選 択 します。
選 択 したテキスト のフォント およびサイズを指 定 するには、次 のいずれかの操 作 を行 います。
Text メニューからフォント およびサイズを選 択 します。
右 クリックし、コンテキスト メニューからフォント およびサイズを選 びます。
スタイル ツールバーのド ロップダウン リスト から、フォント およびフォント サイズを選 択 します。
生体高分子の設定
次 のように、ド キュメント 全 体 または特 定 のシーケンスでのシーケンスと残 基 の表 示 方 法 を指 定 することができます。
ド キュメント 全 体 の設 定 を行 うには、File メニューの Document Settings をクリックし、Biopolymer Display タブをク
リックします。
オブジェクト に対 する設 定 には、Object Settings ダイアログ ボックスを使 用 します。
Biopolymer Display タブで、次 のいずれかのオプションを選 択 します。
Residues per line。 シーケンスの各 行 に表 示 される残 基 の数 を指 定 します。
Residue per block。 シーケンスの各 ブロックに表 示 される残 基 の数 を指 定 します。
Amino-acid Termini。 シーケンスの終 端 として NH2/COOH または H/OH を設 定 します。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
注 : 終 端 が NH2/COOH スタイルで表 示 される場 合 、その下 にある原 子 は実 際 には H と OH です。ラベルは、N 末
端 または C 末 端 が存 在 するかどうかを示 すことを目 的 としています。混 乱 を招 いたり不 明 瞭 になったりする可 能 性
があるため、この表 示 の使 用 はお勧 めしません。この表 示 は、他 の製 品 との互 換 性 を確 保 するためだけに提 供 され
ています。
文字列余白の指定
一 部 の結 合 点 が隠 れるように原 子 ラベルの周 りの空 白 領 域 を調 整 できます。
空 白 領 域 を調 整 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Document Settings をクリックします。Document Settings ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Drawing タブをクリックします。
3. 新 しい Margin Width の値 を入 力 します。
4. OK をクリックします。
この文 字 列 余 白 は、現 在 のド キュメント で以 降 の描 画 のすべてに適 用 されます。
他のド キュメント の設定を適用
他 のド キュメント に含 まれているド キュメント 設 定 をアクティブ ウィンド ウに適 用 するには、File メニューの Apply Document Settings from をポイント し、設 定 適 用 元 のド キュメント を選 択 します。
アクティブなド キュメント ウィンド ウの設 定 が、選 んだスタイルシート の設 定 に変 更 されます。
注 : 設 定 は、現 在 のド キュメントのみに適 用 されます。ド キュメントを開 いたときに常 に適 用 される既 定 値 の設 定 に
するには、File メニューの Open Style Sheets をクリックします。
メニューの一 覧 にないド キュメント やスタイルから設 定 を適 用 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File、Apply Document Settings from、Other の順 にクリックします。Select document ダイアログ ボックスが表 示 さ
れます。
2. 適 切 なフォルダを開 いて、ド キュメント またはスタイル シート を選 択 します。
3. Open をクリックします。
オブジェクト 設定の適用
別 のド キュメント の設 定 を、現 在 編 集 中 のド キュメント の選 択 したオブジェクト に適 用 することができます。選 択 した設 定
は、選 択 したオブジェクト に対 して、あるいは現 在 編 集 中 のド キュメント の新 規 オブジェクト すべてに対 しても適 用 できま
す。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
オブジェクト 設 定 を適 用 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. オブジェクト を選 択 します。
2. Object メニューの Apply Object Settings from をポイント し、設 定 適 用 元 のド キュメント を選 択 します。ダイアログ
ボックスが表 示 されます。
3. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
選 択 したオブジェクト のみに設 定 を適 用 する場 合 は、No をクリックします。
選 択 したオブジェクト だけでなく、これから描 画 する任 意 の新 規 オブジェクト にも設 定 を適 用 する場 合 は、Yes をク
リックします。
ホット キーのカスタマイズ
XML の知 識 があれば、ChemBioDraw のホット キーを編 集 したり独 自 のホット キーを作 成 できます。
ホット キーをカスタマイズするには、テキスト エディタで hotkeys.xml ファイルを開 きます。既 定 値 では、このファイルは次 の
フォルダに入 っています。
C:\Documents and Settings\ All Users\Application Data\ CambridgeSoft\ChemOffice2012\ ChemDraw\ChemDraw
Items
ファイル内 のホット キーは、オブジェクト タイプ別 に整 理 されています。
“原 子 ”:原 子 を変 更 するホット キー
“結 合 ”:結 合 を変 更 するホット キー
"AA1":アミノ酸 (1 文 字 ラベル) のラベルを設 定 するホット キー
"DNA":DNA 配 列 のラベルを設 定 するホット キー
"RNA":RNA 配 列 のラベルを設 定 するホット キー
“総 称 ”:ツールを選 択 してダイアログ ボックスを開 くホット キー
各 ホット キーは、次 の形 式 でエンコード されています。
<Hotkey key="{key}" command="
{command}" value="{value}" description="
{description}”/>
key
キーは、コマンド を呼 び出 すキーボード のキーです。その機 能 が異 なるオブジェクト タイプに定 義 されている限 り、異 なる
機 能 に同 じキーを割 り当 てることができます。たとえば、"b" は Atom オブジェクト タイプでは原 子 をホウ素 に変 更
し、Bond オブジェクト タイプでは結 合 を太 線 に変 更 し、Generic オブジェクト タイプではベンゼン ツールに割 り当 てること
ができます。固 定 化 されたホット キー (ファンクション キー、Enter、Space、BackSpace、および矢 印 キー) 以 外 は、いかな
るキーも使 用 できます。
注 : ホットキーでは大 文 字 と小 文 字 が区 別 されます。たとえば、ホットキー "S" と "s" を 1 つのオブジェクト タイプ内 の
異 なる機 能 に定 義 できます。
また、ファイルで同 じオブジェクト タイプに同 じキーが複 数 回 使 用 されている場 合 は、ファイルの末 尾 に一 番 近 いキーが
優 先 されます。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
command
コマンド は、事 前 に定 義 されたいずれかのコマンド 名 です。使 用 可 能 なコマンド はすべて、hotkeys.xml ファイルで説 明
されています。
注 : コマンド リストに追 加 することはできません。
value
これは、コマンド に関 連 付 けられているパラメータ値 です。たとえば、コマンド が LABELTEXT の場 合 、値 は表 示 されるラ
ベルです。コマンド が BONDDISPLAY の場 合 、値 は結 合 表 示 タイプに対 応 します。
特 定 のツールに切 り替 わるホット キーを作 成 するには、コマンド に TOOLMODE を選 択 し、値 に次 のいずれかのコマンド
名 を使 用 します。
LASSO
TLCPLATE
MARQUEE
BENZENE
3DTRACKBALL
CYCLOPENTADIENE
MASSFRAG
CYCLOHEXANECHAIR2
ERASER
CYCLOHEXANECHAIR1
TEXT
CYCLOOCTANE
SOLIDBOND
CYCLOHEPTANE
MULTIBOND
CYCLOHEXANE
DASHEDBOND
CYCLOPENTANE
PEN
CYCLOBUTANE
HASHEDBOND
CYCLOPROPANE
ARROW
TEMPLATE
HASHEDWEDGEDBOND
SNAKINGCHAIN
ORBITAL
ACYCLICCHAIN
BOLDBOND
QUERY
DRAWINGELEMENTS
TABLE
WEDGEDBOND
ARC
BRACKET
WAVYBOND
HOLLOWWEDGEDBOND
CHEMICALSYMBOLS
注 : 使 用 できる機 能 は、お持 ちの ChemBioDraw 13.0 のレベルによって異 なります。
description
ツール説 明 では、各 ホット キーの機 能 を説 明 します。
hotkeys.xml ファイルの編集
ChemBioDraw のホット キーを編 集 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テキスト エディタで hotkeys.xml ファイルを開 きます。
2. hotkeys.xml ファイルで、該 当 するホット キー リスト に移 動 します。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
3. 適 切 な形 式 および値 を使 用 して新 しいホット キー エント リを追 加 するか、リスト 内 の既 存 のホット キーを編 集 します。
4. hotkeys.xml ファイルを保 存 します。
5. ChemBioDraw 13.0 を終 了 して再 起 動 します。
注 意 : hotkeys.xml ファイルを編 集 する際 には注 意 が必 要 です。形 式 の設 定 が不 適 切 な場 合 、ファイルを読 み取
ることができず、ChemBioDraw の一 部 の機 能 が正 しく動 作 しなくなる可 能 性 があるためです。変 更 を加 える前 に、
ファイルのオリジナル版 をバックアップしてください。
色 の使 用
ChemBioDraw では、描 画 した化 学 式 のフルカラー プレゼンテーションを作 成 して、モニタでの表 示 、カラー プリンタでの
印 刷 、およびフィルム プリンタによる 35 mm スライド の作 成 に使 用 することができます。
ほぼすべてのコンピュータは最 大 1600 万 色 を表 示 できますが、色 数 はモニタの機 種 やグラフィックス カード の種 類 によっ
て制 限 されることがあります。
色を指定できる描画要素
ChemBioDraw 13.0 では、背 景 色 、前 景 色 、および個 々 のオブジェクト および元 素 の色 を変 更 できます。
背 景 色 。 ド キュメント ウィンド ウの色 。既 定 値 では、背 景 は白 です。
前 景 色 。 描 画 するオブジェクト の色 。既 定 値 では、前 景 は黒 です。
個 々 のオブジェクト 。。 オブジェクト に個 別 に色 を割 り当 てると、他 のオブジェクト から目 立 たせることができます。
個 々 の元 素 。。 構 造 式 の特 定 の原 子 または元 素 に色 を割 り当 てることができます。
背 景 色 および前 景 色 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Document Settings をクリックし、Colors タブを選 択 します。
2. 背 景 色 と前 景 色 を選 択 します。
3. OK をクリックします。
元素ごとの色分け
原 子 記 号 に関 連 付 けられた色 を使 用 して、原 子 ラベルを色 分 けできるようになりました。周 期 表 内 の元 素 に色 を割 り
当 てできます。描 画 で特 定 の元 素 を使 用 するときに、その要 素 は周 期 表 で割 り当 てたのと同 じ色 で常 に表 示 されま
す。
周 期 表 で元 素 に別 の色 を割 り当 てるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. View、Show Periodic Table Window の順 に選 択 します。周 期 表 が表 示 されます。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
2. 元 素 をダブルクリックします。カラー パレット が表 示 されます。
3. 色 を選 択 し、OK をクリックします。
注 : 変 更 した色 は、ChemBioDraw を終 了 するときに保 存 されます。
構 造 式 に色 を適 用 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 を選 択 します。
2. Color、By Element の順 に選 択 します。
注 : 原 子 の色 は動 的 に設 定 されないため、ラベルを変 更 しても色 は再 設 定 されません。
カラー パレット
カラー パレット を使 用 して、アクティブ ウィンド ウ内 のド キュメント のオブジェクト やテキスト に色 を指 定 できます。パレット は、
各 ド キュメント とスタイル シート に保 存 されます。スタイル シート を使 用 すると、同 じ配 色 を使 って複 数 のド キュメント を作
成 できます。
色のカスタマイズ
カラー パレット に対 して行 った変 更 は、現 在 作 業 中 のド キュメント にのみ影 響 を与 えます。保 存 できる色 数 は、最 大 20
色 です。詳 細 については、247 ページの 「ド キュメント 設 定 およびオブジェクト 設 定 」 を参 照 してください。
注 : 複 数 の色 がついているオブジェクトまたはグループを選 択 すると、Color メニューの各 色 の横 にチェック マークが表
示 されます。このチェック マークは、変 更 を行 うと複 数 の色 に影 響 が及 ぶことを警 告 するためのものです。
現 在 のド キュメント のカラー パレット を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
1. File メニューの Document Settings をクリックします。Document Settings ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Colors タブをクリックします。
3. 変 更 する色 (背 景 または前 景 ) をクリックし、Other を選 択 します。Color ダイアログ ボックスが表 示 されます。
4. Basic Colors または Custom Colors セクションで新 しい色 をクリックします。
5. OK をクリックします。色 は新 しい色 に変 更 され、Color メニューに追 加 されます。
独 自 の色 を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
図 13.2: カスタム カラーの設 定 。A) Color refiner ボックス、B) Luminosity ボックス
6. Color Refiner ボックス内 の 1 色 をクリックして、色 相 と彩 度 を設 定 します。
クリックすると、ポインタがクロスヘアに変 わります。他 の場 所 にド ラッグして色 相 や彩 度 を変 更 することができます。
7. Luminosity ボックス内 をクリックして、色 の明 度 を設 定 します。
8. ボックス内 の数 値 を入 力 変 更 して、色 相 、彩 度 、明 度 および RGB 成 分 を変 更 することもできます。
9. Add to Custom Colors をクリックします。
10.OK をクリックします。
テンプレート と色
テンプレート ポップアップ パレット のテンプレート で用 いられている背 景 色 および前 景 色 は、そのテンプレート をド キュメント
ウィンド ウ内 で描 画 する際 には使 用 されません。ただし、テンプレート のその他 の色 は、ド キュメント のカラー パレット に追
加 されます (まだ追 加 されていない場 合 )。詳 細 については、236 ページの 「自 動 スケーリング」 を参 照 してください。
カラー パレット 設定の保存
カラー パレット は、スタイル シート に保 存 できます。カラー パレット は、ページ セット アップ設 定 、テキスト 設 定 、描 画 設 定
など、他 のド キュメント 設 定 とともに保 存 されます。
第 13 章: オプションと設定
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ChemBioDraw 13.0
背景色の印刷
背 景 色 の印 刷 の有 無 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. General タブの Print Background Color を選 択 または選 択 解 除 します。
3. OK をクリックします。
ド キュメント 設 定
ChemBioDraw 13.0 には、科 学 関 係 の有 力 な出 版 物 でよく使 われているド キュメント 設 定 に基 づいたド キュメント 設 定
ライブラリが含 まれています。たとえば、機 関 誌 などの定 期 刊 行 物 の中 には、投 稿 記 事 を一 定 のマージンやフォント や
ページ サイズに従 ってフォーマット しなければならないものもあります。ご自 分 のド キュメント を特 定 の定 期 刊 行 物 に投 稿
する予 定 なら、ChemBioDraw 13.0 で、その定 期 刊 行 物 用 のスタイル シート を開 いてください。独 自 のスタイル シート を
作 成 することもできます。
注 : ド キュメント設 定 に加 えた変 更 は、現 在 のド キュメントにのみ反 映 され、アプリケーション全 体 では利 用 できませ
ん。
独 自 のスタイル シート を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 新 しいド キュメント を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
2. Page Setup、Drawing、Text Settings、Color Palette の各 ダイアログ ボックスに設 定 値 を入 力 します。
3. File メニューの Save As をクリックします。
4. Save As ダイアログ ボックスで次 の操 作 を行 います。
a. ChemBioDraw 13.0 のスタイル シート ファイル形 式 を選 択 します。
b. ド キュメント 名 を入 力 します。
c. テンプレート を ChemDraw Items フォルダに保 存 します。
5. OK をクリックします。
ACS Document 1996
固 定 長 :14.4 pt
太 線 幅 :2 pt
線 幅 :0.6 pt
マージン幅 :1.6 pt
ハッシュ スペーシング:2.5 pt
鎖 角 (度 ):120
結 合 幅 (長 さの %):18
原 子 ラベル フォント :
原 子 ラベル サイズ:10 pt
タイト ル フォント :
タイト ル サイズ:10 pt
第 13 章: オプションと設定
262 / 303
ChemBioDraw 13.0
描 画 エリア (幅 x 高 さ):540 pt x 720 pt
ページ サイズ:US Letter
縮 小 率 (%):100
Adv.Synth Catal.
固 定 長 :17 pt
太 線 幅 :2 pt
線 幅 :1 pt
マージン幅 :1.6 pt
ハッシュ スペーシング:2.5 pt
鎖 角 (度 ):120
結 合 幅 (長 さの %):18
原 子 ラベル フォント :
原 子 ラベル サイズ:10 pt
タイト ル フォント :
タイト ル サイズ:12 pt
描 画 エリア (幅 x 高 さ):540 pt x 720 pt
ページ サイズ:US Letter
縮 小 率 (%):100
J.Chin.Chem.Soc.
固 定 長 :18 pt
太 線 幅 :2.5 pt
線 幅 :1 pt
マージン幅 :2 pt
ハッシュ スペーシング:2.5 pt
鎖 角 (度 ):120
結 合 幅 (長 さの %):20
原 子 ラベル フォント :
原 子 ラベル サイズ:12 pt
タイト ル フォント :
タイト ル サイズ:12 pt
描 画 エリア (幅 x 高 さ):693 pt x 918 pt
ページ サイズ:US Letter
縮 小 率 (%):80
J. Mol.Mod.(1 列)
固 定 長 :14.4 pt
太 線 幅 :2 pt
線 幅 :0.6 pt
マージン幅 :1.6 pt
第 13 章: オプションと設定
263 / 303
ChemBioDraw 13.0
ハッシュ スペーシング:2.5 pt
鎖 角 (度 ):120
結 合 幅 (長 さの %):18
原 子 ラベル フォント :Times New Roman
原 子 ラベル サイズ:10 pt
タイト ル フォント :Times New Roman
タイト ル サイズ:10 pt
描 画 エリア (幅 x 高 さ):8.5 cm x 25.4 cm (1 列 ); 17 cm
x 25.4 cm (2 列 )
ページ サイズ:US Letter
縮 小 率 (%):100
新規ド キュメント
固 定 長 :30 pt
太 線 幅 :2 pt
線 幅 :1 pt
マージン幅 :2 pt
ハッシュ スペーシング:2.7 pt
鎖 角 (度 ):120
結 合 幅 (長 さの %):12
原 子 ラベル フォント :
原 子 ラベル サイズ:10 pt
タイト ル フォント :
タイト ル サイズ:12 pt
描 画 エリア (幅 x 高 さ):7.5 in x 10 in
ページ サイズ:US Letter または A4 (選 択 による)
縮 小 率 (%):100
新規スライド
固 定 長 :30 pt
太 線 幅 :4 pt
線 幅 :1.6 pt
マージン幅 :2 pt
ハッシュ スペーシング:2.7 pt
鎖 角 (度 ):120
結 合 幅 (長 さの %):15
原 子 ラベル フォント :
原 子 ラベル サイズ:12 pt
タイト ル フォント :
第 13 章: オプションと設定
264 / 303
ChemBioDraw 13.0
タイト ル サイズ:16 pt
描 画 エリア (幅 x 高 さ):7.5 in x 10 in
ページ サイズ:US Letter
縮 小 率 (%):100
Phytomedicine
固 定 長 :20 pt
太 線 幅 :1.33 pt
線 幅 :1 pt
マージン幅 :1.25 pt
ハッシュ スペーシング:3 pt
鎖 角 (度 ):120
結 合 幅 (長 さの %):8
原 子 ラベル フォント :
原 子 ラベル サイズ:12 pt
タイト ル フォント :
タイト ル サイズ:12 pt
描 画 エリア (幅 x 高 さ):540 pt x 720 pt
ページ サイズ:US Letter
縮 小 率 (%):100
RSC
固 定 長 :0.43 cm
太 線 幅 :0.056 cm
線 幅 :0.016 cm
マージン幅 :0.044 cm
ハッシュ スペーシング:0.062 cm
鎖 角 (度 ):120
結 合 幅 (長 さの %):20
原 子 ラベル フォント :
原 子 ラベル サイズ:9 pt
タイト ル フォント :
タイト ル サイズ:9 pt
描 画 エリア (幅 x 高 さ):8.9 cm x 25.4 cm (1 列 ); 19 cm
x 27.7 cm
ページ サイズ:US Letter
縮 小 率 (%):100
Science of Synthesis
第 13 章: オプションと設定
265 / 303
ChemBioDraw 13.0
固 定 長 :17 pt
太 線 幅 :2 pt
線 幅 :0.8 pt
マージン幅 :2.25 pt
ハッシュ スペーシング:2.5 pt
鎖 角 (度 ):120
結 合 幅 (長 さの %):18
原 子 ラベル フォント :
原 子 ラベル サイズ:10 pt
タイト ル フォント :
タイト ル サイズ:10 pt
描 画 エリア (幅 x 高 さ):19.79 cm x 27.15 cm
ページ サイズ:A4
縮 小 率 (%):100
Synthesis、Synlett
固 定 長 :17 pt
太 線 幅 :2 pt
線 幅 :0.8 pt
マージン幅 :1.3 pt
ハッシュ スペーシング:2.5 pt
鎖 角 (度 ):120
結 合 幅 (長 さの %):18
原 子 ラベル フォント :
原 子 ラベル サイズ:10 pt
タイト ル フォント :
タイト ル サイズ:10 pt
描 画 エリア (幅 x 高 さ):12 cm x 26.7 cm
ページ サイズ:A4
縮 小 率 (%):100
Verlag Helvetica Chimica Acta
固 定 長 :17 pt
太 線 幅 :2.9 pt
線 幅 :0.54 pt
マージン幅 :2 pt
ハッシュ スペーシング:2 pt
鎖 角 (度 ):120
結 合 幅 (長 さの %):14
第 13 章: オプションと設定
266 / 303
ChemBioDraw 13.0
原 子 ラベル フォント :
原 子 ラベル サイズ:10 pt
タイト ル フォント :
タイト ル サイズ:12 pt
描 画 エリア (幅 x 高 さ):368 x 720 pts
ページ サイズ:US Letter
縮 小 率 (%):100
Wiley Document
固 定 長 :17 pt
太 線 幅 : 2.6 pt
線 幅 : 0.75 pt
マージン幅 :2 pt
ハッシュ スペーシング:2.6 pt
鎖 角 (度 ):120
結 合 幅 (長 さの %):18
原 子 ラベル フォント :
原 子 ラベル サイズ:12 pt
タイト ル フォント :
タイト ル サイズ:12 pt
描 画 エリア (幅 x 高 さ):19.79 x 27.15 センチ
ページ サイズ:A4
縮 小 率 (%):100
第 13 章: オプションと設定
267 / 303
ChemBioDraw 13.0
ページ レイアウト
オブジェクト の配 置 、ページ サイズ、向 きなどの要 素 は、ド キュメント の表 示 品 質 に影 響 を与 えます。
描画領域
ド キュメント ウィンド ウのサイズが、ページの描 画 領 域 と同 じでないことがあります。ド キュメント ウィンド ウに、描 画 領 域 の
一 部 しか表 示 されないことがあります。
このオプションでは、画 面 の描 画 領 域 を設 定 することができます。
Document Settings および Page Setup では、ページ、マージン、ヘッダー、フッター、およびド キュメント のタイプとサイズ
を変 更 できます。
View メニュー オプション: 実 寸 表 示 、全 体 表 示 、拡 大 、縮 小
表 示 倍 率 コント ロール:拡 大 と縮 小
ド ラッグして描 画 領 域 を拡 大 します。
ド キュメント タイプ
ド キュメント はページまたはポスターとして設 定 できます。
ページ。 1 枚 以 上 のシート で構 成 される単 一 のド キュメント で、各 シート が用 紙 1 枚 に印 刷 されます。
ポスター。 1 ページの大 きなド キュメント で、必 要 に合 わせて用 紙 何 枚 にも分 割 して印 刷 できます。
ページ ド キュメント 設定
1 ページ以 上 のド キュメント を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Document Settings をクリックします。Document Settings ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Layout タブで Pages を選 択 します。
3. Document Size でページ数 を指 定 します。ページ設 定 によってページのサイズが決 まります。詳 細 については、270
ページの 「ページ設 定 」 を参 照 してください。
4. Margin 設 定 を入 力 します。マージンの単 位 は Preferences ダイアログ ボックスで設 定 します。用 紙 サイズからマージ
ンを差 し引 いた寸 法 が描 画 領 域 になります。
5. 269 ページの 「ヘッダーとフッター」 で説 明 されている方 法 でヘッダーとフッターを作 成 します。
6. OK をクリックします。指 定 した設 定 で新 しいド キュメント が開 きます。
ポスター ド キュメント 設定
単 一 の大 きな描 画 領 域 を作 成 すればポスターを作 成 することができます。この描 画 は必 要 に合 わせて何 ページにでも
分 割 して印 刷 することができます。ド キュメント のサイズと各 ページ間 の重 なり幅 を指 定 すれば、ChemBioDraw 13.0 が
自 動 的 に必 要 ページ数 とマージン幅 を算 出 します。分 割 印 刷 したページを貼 り合 せてポスターに組 むためのガイド とし
て、各 ページの重 なり設 定 を示 す位 置 合 わせマークを設 定 することができます。
ポスターを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Document Settings をクリックします。
2. Layout タブで、Poster をクリックします。
第 14 章: ページ レイアウト
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ChemBioDraw 13.0
3. Height、Width、およびPage Overlap に値 を入 力 します。
4. 位 置 合 わせマークを印 刷 (Print Registration Marks) するかどうかを選 択 します。
5. ヘッダーとフッターを作 成 します。
6. OK をクリックします。
ヘッダーとフッター
ポスターでは、ド キュメント 全 体 でヘッダーとフッターは 1 つしか表 示 されません。
ヘッダーとフッターを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Document Settings をクリックします。
2. Header/Footer カテゴリをクリックします。
3. ヘッダーまたはフッターを表 示 する位 置 を、ページ端 からの距 離 で入 力 します。
4. ヘッダーとフッターに表 示 するテキスト を入 力 します。
5. その他 の情 報 を表 示 するには、以 下 の文 字 をテキスト ボックスに入 力 します。
ファイル名 &f
ページ番 号 &p
印 刷 日 &d
印 刷 時 刻 &t
6. 次 に示 す適 切 な文 字 を入 力 して、テキスト を水 平 方 向 に配 置 します。
中 央 揃 え &c
右 揃 え &r
左 揃 え (既 定 値 ) &l
次 に例 を示 します。
図 14.1: A) ファイル名 を中 央 揃 えでヘッダーに表 示 する変 数 、B) ページ番 号 を右 揃 えでフッターに表 示 する変 数
第 14 章: ページ レイアウト
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ChemBioDraw 13.0
図 14.2: A) ファイル名 はヘッダーに中 央 揃 えで表 示 、B) ページ番 号 はフッターに右 揃 えで表 示
ページ設定
ページを設 定 するには、File メニューの Page Setup をクリックします。次 のオプションが表 示 されます。
Paper。 ド キュメント を印 刷 する用 紙 のサイズ、およびプリンタ ト レイを選 択 します。
Orientation。 Portrait または Landscape を選 択 します。
Margins。 既 定 値 では、マージンは 0.5 インチに設 定 されます。
Printer。 クリックすると、プリンタの選 択 とオプションの設 定 を実 行 できます。プリンタの選 択 は、次 に示 すように、Print
Options ダイアログ ボックスでも実 行 できます。
印刷
ChemBioDraw 13.0 は、標 準 的 なシステム コマンド を用 いてド キュメント を印 刷 します。選 択 できるオプションは、ご使 用
のプリンタによって異 なります。詳 細 については、ご使 用 のプリンタのマニュアルを参 照 してください。
一 般 的 に、ド キュメント を印 刷 するには、次 の操 作 を行 います。
1. File メニューの Page Setup をクリックします。
2. 使 用 中 のプリンタに合 わせて必 要 な項 目 を選 択 し、OK をクリックします。
3. File メニューの Print をクリックします。
4. Print ダイアログ ボックスで必 要 な項 目 を選 択 し、OK をクリックします。
エクスプローラからド キュメント を印 刷 するには、次 の操 作 を行 ってください。
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ChemBioDraw 13.0
1. 印 刷 するド キュメント を選 択 します。
2. File メニューの Print をクリックします。ChemBioDraw 13.0 が起 動 し、Print ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Print ダイアログ ボックスで必 要 な項 目 を選 択 し、OK をクリックします。
印刷オプション
Select Printer。 このウィンド ウには、コンピュータに接 続 されている全 プリンタの一 覧 が表 示 されます。通 常 使 うプリンタ
を使 用 することも、他 のプリンタを選 択 することもできます。
Print to File。 ド キュメント は、プリンタ設 定 を含 む .prn ファイルとして保 存 されます。このファイルを使 用 して、後 からド
キュメント をプリンタに送 信 できます。
Find Printer。 クリックすると、Select Printer ウィンド ウに表 示 されていないプリンタを関 連 付 けることができます。
Page Range。 印 刷 するページを選 択 します。ド キュメント の一 部 を印 刷 する場 合 は、対 象 の部 分 を選 択 し、Print
Options ダイアログ ボックスの Selection を選 択 します。
Number of copies。 既 定 値 では、印 刷 部 数 は 1 部 です。
拡大縮小
プリンタの中 には、さまざまな比 率 (25 ～ 400%) で描 画 を縮 小 または拡 大 できるものがあります。このオプションを設 定
すると、ド キュメント ウィンド ウ内 のすべてのオブジェクト とテキスト が拡 大 縮 小 されます。用 紙 サイズ、マージン、および印
刷 の向 きに合 わせてサイズが変 わります。
拡 大 /縮 小 のオプションを使 用 すれば、画 像 のサイズを保 ったまま、描 画 領 域 のサイズを変 更 できます。ド キュメント 設
定 で選 択 したプリンタと実 際 に使 用 するプリンタが異 なる場 合 、実 際 に使 用 するプリンタの要 求 するマージン幅 の方 が
大 きいと、描 画 がド キュメント ウィンド ウの縁 で欠 ける場 合 があります。その場 合 には、縮 小 オプションで、描 画 のサイズ
を縮 小 すれば、ド キュメント ウィンド ウに収 まるように変 更 できます。
ページ設 定 の保 存
スタイル シート にページ設 定 を保 存 することができます。この設 定 の他 に、テキスト 設 定 、描 画 設 定 、およびカラー パレッ
ト も保 存 されます。
35 mm スライド の境 界 ガイド
ド キュメント のハード コピーまたはスクリーン キャプチャから 35 mm のスライド を作 成 する場 合 、35 mm スライド の形 式 であ
る 2:3 の比 率 に合 った 7 インチ x 10.5 インチの枠 を画 面 に表 示 させることができます。これらのガイド は印 刷 されません。
この境 界 線 を表 示 するには、ページの描 画 領 域 は 7 x 10.5 インチ以 上 必 要 です。
35 mm スライド 境 界 線 を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. Building/Display タブを選 択 します。
3. Show 35mm Slide Boundary Guides チェック ボックスをオンにします。
4. OK をクリックします。
第 14 章: ページ レイアウト
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ChemBioDraw 13.0
Page Setup ダイアログ ボックスで選 択 した方 向 に、2 本 の 35 mm スライド 境 界 ガイド が表 示 されます。このガイド はすべ
てのド キュメント で表 示 されるようになります。
描 画 の確 認
拡大率
拡 大 すると、描 画 の見 た目 上 の大 きさが変 更 されますが、実 際 のサイズは変 更 されません。ド ロップダウン リスト で値 を
選 択 するか、または 1 ～ 999% の範 囲 の独 自 の値 を入 力 します。
拡大
1. 描 画 を拡 大 するときに表 示 範 囲 に残 すオブジェクト を選 択 します。
注 : オブジェクトを選 択 しない場 合 、最 後 に描 画 したオブジェクトが拡 大 表 示 の中 心 になります。
2. 次 のオプションを選 択 します。
オブジェクト の表 示 を拡 大 するには、View、Magnify の順 に選 択 します。
オブジェクト の表 示 を縮 小 するには、View、Reduce の順 に選 択 します。
ド キュメント を実 寸 表 示 に戻 すには、View、Actual の順 に選 択 します。
ド キュメント 全 体 を表 示 するには、View、Show Document の順 に選 択 します。
表 示 倍 率 を特 定 の倍 率 に設 定 するには、標 準 ツールバーでパーセント 値 を選 択 するか入 力 します (Other は 1 ～
999 % の範 囲 で入 力 します)。
ルーラ
ルーラを使 用 して、基 準 点 から一 定 の距 離 にオブジェクト を配 置 したり、およそのサイズのオブジェクト を作 成 できます。
ルーラの単 位 を設 定 するには、File メニューの Preferences をクリックし、General タブをクリックします。
ルーラの表示
ルーラのオンとオフを切 り替 えるには、View メニューの Show Rulers をクリックします。
ポインタを移 動 すると、 各 ルーラ上 にガイド が表 示 され、ポインタの位 置 を示 します。
第 14 章: ページ レイアウト
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ChemBioDraw 13.0
図 14.1: ルーラによる位 置 表 示 :A) カーソル B) カーソルの垂 直 位 置 と水 平 位 置 を示 すルーラ ガイド
オブジェクト を選 択 すると、各 ルーラに 2 つのガイド が表 示 されます。この 2 組 のガイド は、選 択 されているオブジェクト の
高 さと幅 を示 します。
注 : ルーラには、ド キュメント設 定 で選 択 された単 位 が使 用 されます。
クロスヘア
クロスヘアは、オブジェクト を配 置 するのに役 立 ちます。
クロスヘアのオンとオフを切 り替 えるには、View メニューの Show Crosshair をクリックします。
クロスヘアでは、オブジェクト を簡 単 に整 列 できるように、直 交 軸 上 の目 盛 りを延 長 したグリッド 線 が表 示 されます。
クロスヘアとルーラを同 時 に表 示 すると、クロスヘア軸 上 の目 盛 りの単 位 がわかります。
クロスヘアの移動
1. クロスヘアの軸 が交 差 する位 置 にカーソルを置 きます。
カーソルをクロスヘアの中 心 付 近 に置 くと、カーソルの形 状 が矢 印 に変 わります。
2. クロスヘアをクリックしてド ラッグします。
クロスヘアの移 動 方 向 を X 軸 方 向 または Y 軸 方 向 に制 限 するには、Shift キーを押 しながら クロスヘアをド ラッグしま
す。
オブジェクト の配置
クロスヘアを使 用 して 2 つ以 上 のオブジェクト を整 列 させるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. クロスヘアの各 軸 を移 動 して、オブジェクト に整 列 させます。
2. オブジェクト を選 択 し、クロスヘア軸 またはグリッド 線 に整 列 する位 置 までド ラッグします。
3. 2 番 目 のオブジェクト を選 択 します。
4. 2 番 目 のオブジェクト を、クロスヘア軸 またはグリッド 線 までド ラッグし、最 初 のオブジェクト に整 列 させます。
また、矢 印 キーを使 用 できるキーボード では、選 択 したオブジェクト を矢 印 キーで少 しずつ移 動 してクロスヘアと整 列 させ
ることもできます。1 ポイント 移 動 するには、オブジェクト を選 択 し、矢 印 キーを押 します。10 pt 単 位 で移 動 するには、Alt
キーを押 しながら矢 印 キーを押 します。
表
表 を追 加 した後 、罫 線 や色 を調 整 して、目 的 の外 観 にすることができます。
表の作成
表 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. メイン ツール ツールバーの表 ツールを選 択 します。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
ド キュメント ウィンド ウ内 でクリックしてド ラッグし、表 を作 成 します。表 には、行 と列 が 2 つずつ含 まれます。
第 14 章: ページ レイアウト
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ChemBioDraw 13.0
ド キュメント ウィンド ウ内 をクリックします。Insert Table ダイアログ ボックスで行 数 と列 数 を入 力 し、OK をクリックします。
ド キュメント ウィンド ウに表 が表 示 されます。
表のサイズ変更
行 または列 のサイズを変 更 するには、表 ツールで罫 線 をクリックし、ド ラッグします。
注 : 表 内 のすべての行 と列 のサイズを均 等 に変 更 するには、表 の上 および左 の罫 線 をクリックし、ド ラッグします。
罫線のカスタマイズ
表 の罫 線 をカスタマイズするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 選 択 した表 ツールで、罫 線 を右 クリック します。
2. コンテキスト メニューの Borders をクリックします。Table Borders ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Setting で、罫 線 の設 定 を選 択 します。
4. Style で、適 用 する罫 線 のスタイル、色 、および幅 を選 択 します。
5. カスタム罫 線 の場 合 は、表 の図 で必 要 な罫 線 を選 択 します。
6. OK をクリックします。
表 ツールには、セルの内 容 を整 列 するためのコマンド があります。セルへの適 合 や、セルの追 加 、削 除 、およびクリアなど
です。通 常 、表 を変 更 するには、右 または下 の罫 線 を操 作 します。行 または列 を変 更 するには、右 または上 の罫 線 を
操 作 します。
セルのサイズをその中 身 に合 わせて変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 罫 線 上 で右 クリックします。
2. Size To Fit Contents を選 択 します。セルのサイズが中 身 に合 わせて変 更 されます。
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ChemBioDraw 13.0
表 の行 または列 を追 加 または削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 行 または列 を追 加 または削 除 する場 所 の上 または左 の罫 線 をポイント します。罫 線 が次 のように表 示 されます。
2. 罫 線 を右 クリックし、コンテキスト メニューから適 切 なオプションを選 択 します。
列 または行 内 のすべてのオブジェクト を整 列 するには、表 ツールで上 または左 の罫 線 をポイント し、右 クリックします。次
に、コンテキスト メニューの Align コマンド をポイント し、目 的 の整 列 を選 択 します。
セルの中 身 が移 動 し、セルに対 して固 定 された位 置 に整 列 します。既 定 値 は整 列 設 定 なしです。
表 に含 まれるすべてのオブジェクト を整 列 するには、下 または右 の罫 線 をポイント し、右 クリックします。次 に、Align をポ
イント し、目 的 の整 列 を選 択 します。
テキスト ツールの使用
ChemBioDraw 13.0 では、テキスト ツールと Tab キーを使 用 して、テキスト の表 を作 成 できます。
最 初 の行 を作 成 し表 の列 を設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テキスト ツールを使 用 して、ド キュメント ウィンド ウ内 の表 を開 始 する位 置 をクリックします。
2. タイト ルを入 力 します。
3. Tab キーを押 します。2 番 目 のタイト ルのテキスト ボックスが表 示 されます。
4. 2 番 目 のタイト ルを入 力 します。2 番 目 の列 が、20 ポイント 右 に表 示 されます。
5. 3 番 目 の列 を作 成 するには、もう一 度 Tab キーを押 します。以 降 、同 様 にします。
注 : 各 列 に設 定 するスタイル、フォントおよびサイズは、後 に続 くすべての行 に適 用 されます。
タイト ルの編 集 時 に列 間 隔 を 1 ポイント ずつ変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 14 章: ページ レイアウト
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ChemBioDraw 13.0
1. タイト ルを選 択 します。
2. 矢 印 キーを使 用 してタイト ルを移 動 します。
オブジェクト の移 動 の詳 細 については、43 ページの 「オブジェクト の移 動 」 を参 照 してください。
3. 前 と同 じ間 隔 でさらにもう 1 列 追 加 するには、テキスト ツールを選 択 して Tab キーを押 します。3 番 目 のタイト ルのテ
キスト ボックスが表 示 されます。
新しい行の作成
最 初 の行 と同 じに配 列 された新 しい行 を始 めるには、行 の末 尾 で Tab キーを 2 回 押 します。
1 行 目 の最 初 のタイト ルの下 に、ちょうど 20 ポイント の位 置 に配 置 されたタイト ル テキスト ボックスが表 示 されます。
表 を作 成 する際 に行 間 隔 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 行 のすべてのタイト ルを選 択 します。
2. 矢 印 キーを使 用 してタイト ルを移 動 します。
オブジェクト の移 動 の詳 細 については、43 ページの 「オブジェクト の移 動 」 を参 照 してください。
行または列の間隔の調整
1. 選 択 ツールで行 または列 のすべてのタイト ルを選 択 します。
2. Shift キーを押 しながらタイト ルをド ラッグします。
移 動 は X 軸 または Y 軸 方 向 に制 限 されるため、行 または列 の整 列 は維 持 されます。
新しい行の挿入
行 を挿 入 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 選 択 ツールを選 択 し、タイト ルの行 を選 択 します。
2. 選 択 した行 を Shift + ド ラッグします。
3. Shift キーにより Y 軸 方 向 の動 きが制 限 され、列 の配 置 が保 たれます。
4. すぐ上 の行 または作 成 したスペースの下 にある最 初 のタイト ルを選 択 します。
5. Ctrl + Shift + ド ラッグ でタイト ルをコピーし、作 成 した空 のスペースに配 置 します。
6. コピーしたタイト ルを配 置 することで、挿 入 される行 の位 置 が決 まります。
挿 入 した行 にタイト ル テキスト を入 力 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テキスト ツールをクリックして、挿 入 した行 の最 初 のタイト ルを選 択 します。
2. 新 しいテキスト を入 力 します。
3. Tab キーを押 して、挿 入 した行 の 2 番 目 のタイト ルに移 動 します。以 降 、同 様 にします。
第 14 章: ページ レイアウト
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ChemBioDraw 13.0
化学的解釈
ChemBioDraw 13.0 は、描 画 作 業 中 に、線 、文 字 、その他 の記 号 を化 学 的 に意 味 のあるオブジェクト に変 換 します。
これはバックグラウンド で行 われますが、この化 学 情 報 を表 示 させることも可 能 です。また、ChemBioDraw 13.0 で使 用
できる表 記 法 の一 部 のみをサポート するファイル形 式 にエクスポート する際 には、この化 学 情 報 が使 用 されます。
このセクションでは、描 画 が ChemBioDraw 13.0 でどのように解 釈 されるかについて説 明 します。
データベースの表 記 法
ほとんどのデータベースでは、化 学 的 に正 しい構 造 式 を描 画 するだけでなく、データベースが理 解 できるように描 画 しな
ければなりません。たとえば、フェロセンについて考 えてみましょう。主 要 なデータベースでは、この物 質 は少 なくとも 4 種
類 の方 法 で表 現 されます。
図 15.1: フェロセンの表 現
第 15 章: 化学的解釈
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ChemBioDraw 13.0
あるデータベースの検 索 で見 つけることができても、他 のデータベースの検 索 では見 つけられないこともあります。疑 問 が
ある場 合 は、データベースで使 用 される表 記 法 をマニュアルで確 認 してください。
結合の表記法
次 の表 は、ChemBioDraw 13.0 が認 識 できる化 学 表 記 です。
結合
説明
任 意 の立 体 化 学 構 造 の単 結 合 。
最 初 に描 画 した原 子 から 2 番 目 に描 画 した原 子 への向 きが、印 刷 物 であれば、紙 の下 に入
り込 んでいく方 向 の下 方 立 体 化 学 構 造 の単 結 合 。
最 初 に描 画 した原 子 から 2 番 目 に描 画 した原 子 への向 きが、印 刷 物 であれば、紙 の上 に浮
き上 がってくる方 向 の上 方 立 体 化 学 構 造 の単 結 合 。
"上 向 き" と "下 向 き" の立 体 化 学 構 造 が未 知 の割 合 で混 ざっている単 結 合 。
配 位 結 合 。ピリジン窒 素 酸 化 物 における N-O 結 合 などの極 性 結 合 を表 すために多 く使 用 さ
れる。
描 画 通 りのシスとト ランス立 体 化 学 構 造 を持 つ二 重 結 合 。
未 知 のシスとト ランス立 体 化 学 構 造 を持 つ二 重 結 合 。
互 変 異 性 の規 則 に基 づき、単 結 合 または二 重 結 合 になった互 変 異 性 結 合 。
非 局 在 化 共 鳴 系 の一 部 になった芳 香 族 結 合 。
三重結合。
四重結合。
ウェッジ結 合 と中 空 ウェッジ結 合 、上 向 きに広 がっているウェッジ形 の立 体 化 学 構 造 を検 索 しま
す。
第 15 章: 化学的解釈
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ChemBioDraw 13.0
閉 じた円 環 の近 くにある単 結 合 は芳 香 族 結 合 として認 識 されます。
原子ラベル
単 純 な原 子 ラベルの場 合 は、次 のいずれかを含 むことがあります。
単 一 の元 素
1 個 の元 素 といくつかの水 素 原 子
ニックネーム
括 弧 内 で繰 り返 す単 位
上 記 の任 意 の組 み合 わせ
ChemBioDraw 13.0 は原 子 ラベルを左 から右 に向 かって順 に解 析 し、原 子 価 の標 準 的 な規 則 を適 用 して原 子 間 の
結 合 を決 定 します。ただし、化 合 物 の左 側 にある自 動 配 置 が設 定 された原 子 ラベルは例 外 です。このタイプの原 子 ラ
ベルは、逆 方 向 に (OCH3 ではなく H3CO のように) 表 示 され、解 析 も右 から左 に向 かって行 われます。各 原 子 の標 準
的 な原 子 価 は、Isotopes Table の中 で定 義 されています。
定 義 上 、"単 純 な" 原 子 ラベルでは、結 合 はすべて最 初 または最 後 の文 字 に付 けられます。多 重 結 合 原 子 ラベルで
は、複 数 の文 字 に結 合 が付 けられるか、または原 子 ラベルの中 央 の 1 文 字 にすべての結 合 が付 けられます。多 重 結
第 15 章: 化学的解釈
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ChemBioDraw 13.0
合 原 子 ラベルは、常 に最 初 から最 後 まで解 析 されますが、原 子 ラベルに自 動 配 置 スタイルを設 定 し、それを元 の構 造
式 の左 側 に配 置 した場 合 、右 から解 析 が始 まります。
左 から右 に解 析 される多 重 結 合 ラベル
右 から左 に解 析 される多 重 結 合 ラベル
反 復 基 の「開 」括 弧 に結 び付 いている結 合 は、基 の先 頭 に
結 び付 いているかのように処 理 されます。
「閉 」括 弧 または反 復 基 の反 復 数 に結 び付 いている結 合
は、基 の末 尾 に結 び付 いているかのように処 理 されます。
単 一 ラベル内 の複 数 のフラグメント は、次 の方 法 で指 定 することができます。
原 子 価 の標 準 的 な規 則 を用 いて暗 黙 的 に指 定 します。
スペース、ピリオド (上 付 きでも下 付 きでもない)、ブレット (黒 点 )、ま
たはそれらの組 み合 わせを用 いて明 示 的 に指 定 します。
フラグメント の先 頭 にある上 付 きでも下 付 きでもない整 数 は、化
学 量 論 乗 数 と認 識 され、該 当 する数 のフラグメント が明 示 的 に描
画 されたかのように処 理 されます。
第 15 章: 化学的解釈
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化学的に意味のあるテキスト
MeOH や H2O などの化 学 式 は、原 子 と結 合 で構 成 される構 造 式 を描 画 するよりも多 くの場 合 簡 単 です。ChemBioDraw 13.0 は、 明 確 な 構 造 式 であれば解 釈 します。たとえば、CH3COCH2CH3 はメチル エチル ケト ンと解 釈
し、MeOH はメタノールと解 釈 します。C6H6 と表 記 されている場 合 は、ベンゼンかもしれませんし、他 の異 性 体 かもしれ
ません。一 般 的 には、実 験 式 (C2H6 や H2SO4) は認 識 されませんが、構 造 式 (CH3CH3 や HOSO2OH) は認 識 されま
す。
実 験 構 造 の質 量 や元 素 解 析 は可 能 ですが、それには Expand Label コマンド を使 用 できません。実 験 構 造 は明 確 な
構 造 式 を必 要 とする別 のアプリケーションに変 換 されると、破 棄 されてしまいます。
化 学 的 に意 味 のあるテキスト は、完 全 な化 学 式 スタイルまたは、同 位 体 や電 荷 を示 す上 付 き文 字 スタイルでなけれ
ばなりません。また、テキスト ブロックが大 きすぎる場 合 、ChemBioDraw 13.0 は、テキスト ブロックに埋 め込 まれている化
学 式 を認 識 できません。
結 合 を描 画 し、原 子 ラベルを追 加 した後 で、その結 合 を削 除 する
と、フォント 、サイズおよびスタイルが他 の原 子 ラベルに一 致 する、化
学 的 に意 味 のあるテキスト ブロックになります。
テキスト ツールでタイト ルを作 成 した後 で、そのタイト ルを化 学 式 スタ
イルに設 定 すると、フォント 、サイズおよびスタイルが他 のタイト ルに一
致 する、化 学 的 に意 味 のあるテキスト ブロックになります。
電荷
電 荷 は、原 子 ラベルの一 部 として、または化 学 記 号 ツールバーから選 択 された適 切 な記 号 を用 いて作 成 できます。電
荷 は常 に原 子 ラベル内 の特 定 の元 素 に割 り当 てられ、その元 素 の受 け入 れ可 能 原 子 価 は、同 数 の電 子 を持 つ類
似 中 性 元 素 の受 け入 れ可 能 原 子 価 になります。
.
元 素 の後 に続 く電 荷 が、その元 素 に割 り当 てられます。
元 素 の後 に続 いていない電 荷 は、次 の元 素 に割 り当 てられます。
一 価 元 素 の後 に続 く、反 復 数 が示 された電 荷 は、その元 素 の前 の元 素
に割 り当 てられます。
第 15 章: 化学的解釈
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ChemBioDraw 13.0
他 の反 復 単 位 の後 に続 く電 荷 は、その単 位 間 で分 配 されます。
電 荷 は上 付 き文 字 で記 述 することもできます。
複 数 の電 荷 も適 切 に認 識 されます。
電 荷 と反 復 数 の両 方 を上 付 き文 字 で記 述 すれば、電 荷 に反 復 数 を付 け
られます。
化 学 記 号 ツールを使 用 して配 置 した "浮 遊 " 電 荷 は、一 番 近 くにある原
子 に割 り当 てられます。固 定 長 として設 定 された距 離 内 に原 子 が存 在 し
ない場 合 、その電 荷 は無 視 され、どの原 子 にも割 り当 てられません。
非 局 在 化 系 内 に配 置 した "浮 遊 " 電 荷 は、Analyze Structure 機 能 により
認 識 されますが、すべての電 荷 が特 定 の原 子 に関 連 づけられている必 要
がある形 式 で保 存 されると、破 棄 されてしまいます。
同位体と元素
既 定 値 では、 完 全 な元 素 表 に記 載 されている同 位 体 はすべて認 識 されます。このデータは CRC Press, Inc が作 成
したもので、同 位 体 は、Isotopes Table ファイルに定 義 されています。テキスト エディタを使 用 してこのファイルを編 集 し、
新 しい同 位 体 を追 加 することもできます。
元 素 記 号 の前 の上 付 き数 字 は同 位 体 原 子 量 を示 します。
第 15 章: 化学的解釈
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ChemBioDraw 13.0
通 常 の元 素 を配 置 できる場 所 ならどこにでも同 位 体 を配 置 できます。
重 水 素 と三 重 水 素 は 1 文 字 の記 号 で表 せます。
ラジカル
ラジカルは、化 学 記 号 パレット の該 当 する記 号 で表 示 されます。ラジカルも、電 荷 と同 様 に最 も近 い原 子 に割 り当 てら
れます。ラジカルは、電 荷 と同 じ効 果 を持 ち、常 に 1 個 の自 由 な原 子 価 を占 有 します。実 際 の表 示 は、次 の 2 つの例
のようになります。
注 : 非 共 有 電 子 対 記 号 は、ラベルなしの炭 素 原 子 の横 に配 置 されると、ジラジカルとして解 釈 されます。
H-ド ット と H-ダッシュ
化 学 記 号 パレット にある H-ド ット と H-ダッシュ記 号 は、水 素 原 子 の立 体 化 学 構 造 を表 示 します。これらの記 号 は、次
のような縮 合 系 で最 もよく見 られます。
錯体
電 子 対 を持 つ化 合 物 は、電 子 が不 足 したルイス酸 と結 合 するルイス塩 基 として作 用 します。同 様 の作 用 は、非 共 有
電 子 対 と金 属 との間 にも見 られます。
このような相 互 作 用 を最 適 な方 法 で表 現 するには、電 子 対 の電 子 供 与 体 から電 子 受 容 体 に伸 びる配 位 結 合 を使
用 します。配 位 結 合 の代 わりに単 純 な結 合 を使 用 すると、原 子 価 エラーが発 生 します。配 位 結 合 を使 用 すれば、より
正 確 に電 子 供 給 を表 現 できます。
錯 体 は、結 合 を用 いずに明 示 的 な非 共 有 電 子 対 でも表 現 できます。
第 15 章: 化学的解釈
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ChemBioDraw 13.0
単 純 な結 合 で錯 体 を表 現 するには、Atom Properties ダイアログ ボックスで、Abnormal Valence を Allowed に設 定 し
ます。
多中心結合
多 中 心 結 合 が意 味 を持 つのは、Structure メニューの Add Multi-Center Attachment コマンド を使 用 して作 成 したと
きのみです。多 中 心 結 合 で、化 学 計 算 中 に無 視 されるダミー原 子 が作 成 されますが、熟 練 した化 学 者 にとっては意
味 のある図 を作 成 できます。以 下 に、いくつかの例 を示 します。
η3 または π-アリル錯 体
フェロセン、π-アリル錯 体
Cp2TiCl2、もう 1 つの π-アリル錯 体
η-C5H5Mn(CO)
第 15 章: 化学的解釈
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ChemBioDraw 13.0
Cahn-Ingold-Prelog
Cahn-Ingold-Prelog (CIP) の順 位 則 に従 って、四 面 体 原 子 構 造 と二 重 結 合 について絶 対 立 体 化 学 構 造 を計 算 しま
す。
CIP の順 位 則 は、複 数 の配 位 子 をそれぞれの優 先 順 に並 べ、空 間 中 に並 べられた配 位 子 の方 向 に基 づいて記 述
子 を決 定 するというものです。
配 位 子 は、立 体 中 心 に添 付 されているエンティティです。たとえば、四 面 体 炭 素 は 4 つの置 換 基 のそれぞれに対 応 す
る配 位 子 を持 っています。四 面 体 炭 素 が環 に中 にある場 合 でも、4 つの配 位 子 を持 ちます。2 つは環 の外 側 、3 つ目
は環 に沿 って右 回 り、4 つ目 は環 に沿 って左 回 りになります。
配 位 子 の優 先 順 位 を決 定 するために用 いる 5 つの規 則 を以 下 に簡 単 に述 べます。詳 細 については参 考 文 献 を参 照
してください。
規 則 1。 原 子 の番 号 の高 い原 子 が低 い原 子 に優 先
規 則 2。 質 量 数 の大 きい原 子 が小 さい原 子 に優 先
規 則 3。 シスがトランスに優 先
規 則 4。 可 能 性 の高 い記 述 子 が可 能 性 の低 い記 述 子 に優 先
規 則 5。 R が S に優 先
ChemBioDraw 13.0 は、立 体 中 心 から離 れている原 子 15 個 まで、違 いをチェックします。
立体化学構造インジケータ
配 位 子 の順 位 が決 定 すると、次 の表 に示 した規 則 に従 ってインジケータが割 り当 てられます。
立体中心
インジケータ
二重結合
各 対 の最 高 位 の配 位 子 が結 合 と同 じ側 にあれば Z、そうでなければ E を用 います。
四面体原子
最 下 位 の配 位 子 が中 心 原 子 の背 後 に配 座 されている場 合 で、
他 の 3 つの配 位 子 が降 順 に右 回 りに配 座 されていれば R を用 います。
他 の 3 つの配 位 子 が降 順 に左 回 りに配 座 されていれば S を用 います。
擬 似 不 斉 原 子 については、r または s を用 います。
立体化学フラグ
特 定 の立 体 中 心 のキラリティは、該 当 するウェッジ結 合 、ハッシュ結 合 、または単 純 な結 合 で表 現 できますが、すべての
立 体 中 心 間 の関 係 を考 えれば、分 子 全 体 の相 対 的 な立 体 化 学 構 造 を表 記 する方 が便 利 な場 合 があります。立
体 化 学 フラグは、一 番 近 くにある構 造 式 に適 用 されます。固 定 長 の値 によって指 定 された距 離 内 に構 造 式 が存 在 し
ない場 合 は、どの構 造 式 にも立 体 化 学 フラグは割 り当 てられません。
第 15 章: 化学的解釈
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ChemBioDraw 13.0
図 15.2: Absolute フラグは、描 画 したままの正 確 な立 体 異 性 体 を表 します。
図 15.3: Relative フラグは、描 画 したままの正 確 な立 体 異 性 体 またはその鏡 像 体 を表 します。
第 15 章: 化学的解釈
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ChemBioDraw 13.0
図 15.4: Racemic フラグは、描 画 したままの正 確 な立 体 異 性 体 がその鏡 像 体 と混 在 していることを表 します。
ポリマー表現
ポリマーは、繰 り返 し出 現 する構 造 や構 造 フラグメント を括 弧 で囲 むことによって表 されます。括 弧 属 性 で、繰 り返 し単
位 の意 味 と向 きを指 定 できます。括 弧 属 性 の詳 細 については、212 ページの 「括 弧 属 性 の設 定 」 を参 照 してくださ
い。
注 : ポリマー描 画 機 能 は、ChemBioDraw Ultra 13.0 および ChemDraw Pro 13.0 でのみ使 用 可 能 です。
References (参考資料)
『Graphic Representations (Chemical Formulae) of Macromolecules (Recommendations 1994)』Pure Appl.
Chem.、66、2469-2482 (1994)。
『Source-Based Nomenclature for Copolymers (Recommendations 1985)』Pure Appl. Chem.、57、1427-1440 (1985)。
次 のサイト からも入 手 可 能 。http://www.iupac.org/publications/books/pbook/PurpleBook-C7.pdf
『Basic Definitions of Terms Relating to Polymers (1974)』Pure Appl. Chem.、40、479-491 (1974)。次 のサイト からも入
手 可 能 。http://www.iupac.org/reports/1996/6812jenkins/index.html
IUPAC 発 行 の、ポリマー科 学 および技 術 分 野 における文 献 および報 告 書 の著 者 ガイド も参 照 してください。
解析メッセージ
構 造 式 を完 全 に解 析 できない場 合 には、次 の 2 種 類 の一 般 的 なメッセージが表 示 されます。
最 終 的 な解 析 には影 響 しないような問 題 を報 告 するステータス メッセージ
最 終 的 な解 析 に影 響 するようなクリティカルなメッセージ
メッセージ
説明
There are too many bonds to this
4 つ以 上 の満 たされた原 子 価 を持 つ、ラベルの付 いていない原 子 に対 して
unlabeled Carbon.
表 示 されます。満 たされた原 子 価 は、結 合 次 数 、電 荷 、ラジカルおよびフ
第 15 章: 化学的解釈
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ChemBioDraw 13.0
メッセージ
説明
リー サイト の合 計 などです。各 芳 香 族 結 合 は 1.5 として計 算 されますが、そ
の原 子 への唯 一 の結 合 でない場 合 は切 り捨 てられます。電 荷 には正 また
は負 の符 号 が付 けられ、配 位 結 合 による暗 示 的 な電 荷 も含 まれます。Substituents クエリ属 性 では、Free Sites、Up to、Exactly が同 様 に扱 われま
す。したがって、2 つの明 示 的 な結 合 と「Substituents: Up To 3」または「Substituents: Exactly 3」または「Substituents: Free Sites 1」の属 性 値 を持 つ原
子 は、3 つの原 子 価 が満 たされていることになります。
An atom in this label has an invalid 結 合 を付 加 する場 所 が見 つからないか、または原 子 に付 加 する結 合 が見
valence.
つからない場 合 に表 示 されます。各 元 素 の有 効 原 子 価 は Isotopes Table
ファイルに一 覧 表 示 されています。
ChemDraw can't interpret this
元 素 、ニックネーム、総 称 ニックネームまたは代 替 基 名 として識 別 できないテ
label.
キスト が見 つかった場 合 に表 示 されます。
Parentheses don't match.
「開 」括 弧 に対 する「閉 」括 弧 が存 在 しない場 合 に表 示 されます。
This label has conflicting or unas-
同 一 の元 素 に対 して正 と負 の電 荷 が割 り当 てられている場 合 、複 数 の方
signable charges.
法 で電 荷 が割 り当 てられている場 合 、またはニックネーム、総 称 ニックネーム
または代 替 基 名 に電 荷 が割 り当 てられている場 合 に表 示 されます。
Formula cannot be computed for
総 称 ニックネーム、元 素 リスト または代 替 基 を含 むすべてのラベルに対 して
queries.
表 示 されます。これは単 なるステータス メッセージで、問 題 のあるラベルが選
択 されなかったものとして解 析 が続 行 します。
Text not in Formula style won't be
原 子 ラベルまたは代 替 基 名 ではなく、化 学 式 、下 付 き文 字 または上 付 き
interpreted.
文 字 スタイル以 外 のテキスト が含 まれている最 初 のタイト ルに対 して表 示 さ
れます。これは単 なるステータス メッセージで、選 択 対 象 になっているタイト ル
の数 に関 係 なく、一 度 だけ表 示 されます。
This named alternative group con-
代 替 基 ボックス内 にあり、結 合 点 が欠 けているすべての構 造 式 に表 示 され
tains no attachment point.
ます。これは単 なるステータス メッセージです。
This named alternative group con-
代 替 基 内 ボックス内 の構 造 式 の結 合 点 の数 が異 なる場 合 、その代 替 基
tains fragments with inconsistent
ボックスに対 して表 示 されます。代 替 基 ボックス内 のすべての構 造 式 は互 換
valences.
的 に使 用 されるので、これらの構 造 式 には同 数 の結 合 点 が含 まれている必
要 があります。これは単 なるステータス メッセージです。
This named alternative group con-
空 の代 替 基 ボックスに表 示 されます。これは単 なるステータス メッセージで
tains no fragment.
す。
Part of a molecule is outside of the 代 替 基 ボックスの枠 が構 造 式 の一 部 と交 差 する場 合 に表 示 されます。これ
第 15 章: 化学的解釈
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ChemBioDraw 13.0
メッセージ
説明
alternative group definition.
は単 なるステータス メッセージです。
This isolated bond is probably not
ラベルのない単 結 合 が別 の結 合 に結 び付 いていない場 合 に表 示 されるス
intended to have chemical sig-
テータス メッセージです。すべての結 合 は通 常 、C2H6と化 学 的 に解 釈 される
nificance.
ため、描 画 のラインとしてのみ使 用 している場 合 、予 期 せぬ結 果 を産 み出
す可 能 性 があります。これは単 なるステータス メッセージです。
The atom is very close to another
原 子 が別 の原 子 や結 合 にほとんど接 しているにも関 わらず、結 合 していな
atom or bond.
い場 合 に表 示 されます。実 際 には結 合 を意 図 したものである場 合 、構 造
式 の解 析 結 果 は間 違 ったものとなります。これは単 なるステータス メッセージ
です。
The stereocenter has no ster-
ウェッジ結 合 、ハッシュ結 合 、点 線 結 合 、または太 線 結 合 のない不 斉 中 心
eobonds specified.
に対 して表 示 されます。これは単 なるステータス メッセージで、Show Stereochemistry がオンになっていて、構 造 式 内 に他 に少 なくとも 1 つはウェッジ
結 合 、ハッシュ結 合 、点 線 結 合 、または太 線 結 合 がある場 合 にのみ表 示 さ
れます。
There is a valence and charge error (中 間 に円 のある) 非 局 在 化 系 として描 画 された奇 数 員 の環 で、対 応 する
somewhere in this aromatic sys-
電 荷 が付 随 していない場 合 に表 示 されます。たとえば、シクロペンタジエンを
tem.
非 局 在 化 して表 した場 合 には、負 の電 荷 または多 中 心 の結 合 のどちらか
が含 まれていなければなりません。
The stereocenter has conflicting or 描 画 された構 造 式 から絶 対 立 体 化 学 構 造 が判 別 できない立 体 中 心 (四
ambiguous stereobonds specified. 面 体 原 子 、非 対 称 二 重 結 合 など) に対 して表 示 されます。たとえば、太 線
結 合 によって 4 つの異 なる配 位 子 に連 結 されている炭 素 原 子 には、このメッ
セージが表 示 されます。このメッセージが表 示 されるのは、Show Stereochemistry がオンになっている場 合 のみです。
This label has an unrecognized iso- 元 素 記 号 の前 に上 付 き文 字 の数 字 があるラベルで、その数 字 が認 識 され
topic mass.
ている同 位 体 に対 応 していない場 合 に表 示 されます。たとえば、 24CH3 な
どです。
第 15 章: 化学的解釈
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ChemBioDraw 13.0
特性計算
最 大 200 個 までの重 原 子 で構 成 されている構 造 式 について、選 択 した物 理 的 、熱 力 学 的 特 性 の予 測 値 を算 出 す
ることができます。このセクションでは、これらの値 の算 出 方 法 を説 明 します。
LogP
LogP 値 の予 測 には 3 つの微 細 化 法 が使 用 されます。
第 1 の方 法 は、最 小 二 乗 分 析 法 で 830 の分 子 について、94 の原 子 寄 与 率 を評 価 した結 果 に基 づいています。こ
の方 法 は、標 準 偏 差 0.47 LogP 単 位 の精 度 があり、水 素 、酸 素 、窒 素 、硫 黄 、ハロゲンを含 んだ分 子 を扱 うこと
ができます。
第 2 の方 法 は、1 つ目 の方 法 の延 長 ですが、最 小 二 乗 分 析 法 で 893 の分 子 について、120 の原 子 寄 与 率 を評
価 した結 果 に基 づいています。1 つ目 の方 法 で可 能 な原 子 に加 え、燐 およびセレン原 子 を持 つ分 子 も扱 えるように
なりました。この方 法 は、標 準 偏 差 0.50 LogP 単 位 の精 度 で動 作 します。
第 3 の方 法 は、最 小 二 乗 分 析 法 で 1868 の分 子 について、222 の原 子 寄 与 率 を評 価 した結 果 に基 づいていま
す。この方 法 では、標 準 偏 差 0.43 LogP 単 位 で LogP を計 算 し、水 素 、酸 素 、窒 素 、硫 黄 、ハロゲン、燐 原 子 を
持 った分 子 を扱 うことができます。この方 法 は標 準 偏 差 0.83 LogP 単 位 で、内 部 に水 素 結 合 のある分 子 に適 用 さ
れます。
ヘンリーの法則
ヘンリーの法 則 の定 数 を予 測 するためには、次 の 2 つの方 法 を使 用 します。
1 つは、結 合 寄 与 率 法 に基 づいた方 法 です。この方 法 では、59 の結 合 寄 与 率 値 と 15 の補 正 ファクターを使 いま
す。寄 与 率 は、345 の化 学 薬 品 のデータ グループを用 い、最 小 二 乗 法 で算 出 してあります。この方 法 は平 均 誤 差
0.30 単 位 、標 準 偏 差 0.45 単 位 で推 定 し、炭 素 、水 素 、酸 素 、窒 素 、硫 黄 、燐 、ハロゲンを含 んだ分 子 を扱 うこ
とができます。
2 つ目 の方 法 は、直 線 回 帰 法 で得 た方 程 式 を用 いて、ヘンリーの法 則 の定 数 を推 定 します。多 官 能 基 化 合 物 は
この研 究 の対 象 から外 されました。離 れた極 性 基 間 の相 互 作 用 がある化 合 物 に、この方 法 を使 うことはできませ
ん。
モル屈折度
モル屈 折 値 を推 定 するためには、次 の 2 つの微 細 化 法 を用 います。
1 つ目 の方 法 には、拘 束 付 き最 小 二 乗 法 を用 いて、504 種 類 の分 子 から算 出 評 価 した 93 の原 子 寄 与 率 があり
ます。この方 法 は、標 準 偏 差 1.27 cm3/mol で行 い、水 素 、酸 素 、窒 素 、硫 黄 、ハロゲンを持 つ分 子 を扱 うことがで
きます。
第 2 の方 法 には、1 つ目 の方 法 の延 長 で、拘 束 付 き最 小 二 乗 解 析 法 を使 って 538 種 類 の分 子 から算 出 評 価 し
た 120 種 類 の原 子 寄 与 率 があります。1 つ目 の方 法 で可 能 な原 子 に加 え、燐 およびセレン原 子 を持 つ分 子 も扱
えるようになりました。この方 法 は、0.77 cm3/mol の標 準 偏 差 でも使 えます。
pKa、CLogP、CMR
Medicinal Chemistry Project と BioByte 社 が開 発 したフラグメント ベースの方 法 で、LogP およびモル屈 折 度 を計 算 する
ための特 定 のアルゴリズムです。詳 細 については、http://www.biobyte.com/blqsar/index.html を参 照 してください。
第 16 章: 特性計算
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ChemBioDraw 13.0
LogP と CLogP はオクタノール/水 分 解 係 数 を推 定 しますが、異 なる方 法 を使 用 します。
CLogP と CMR は、Chemical Properties ウィンド ウの一 部 として計 算 されます。ただし、LogP データには、次 のように他
にもいくつかのソースが存 在 します。
LogP 予測に対する ChemBioDraw report ウィンド ウ
Chemical Properties ウィンド ウには、LogP の平 均 値 と MR の平 均 値 が表 示 されます。"Report" ボタンをクリックすると、
適 用 可 能 な各 推 定 方 法 の元 の値 を確 認 できます。推 定 方 法 は Crippen の微 細 化 法 、Viswanadhan の微 細 化 法 、
および Broto の微 細 化 法 です。
LogP 実験的データに対する ChemBioDraw report ウィンド ウ
選 択 した物 質 の Chemical Properties ウィンド ウの "Report" ボタンには、"Data from database" セクションが含 まれてい
ます。このセクションには、指 定 した pH レベルでの分 配 係 数 の測 定 値 と pKa 値 、およびソースの引 用 が含 まれます。
ChemBioDraw ChemBioFinder ホット リンク ウィンド ウ
使 用 可 能 ないくつかのデータベースには、次 のような LogP および pKa 情 報 が含 まれています。
The Merck Index には、選 択 した化 合 物 の経 験 的 pK データが含 まれています。
ChemSpider (InChI リンクからアクセス) は、LogP と LogD のいくつかのバリエーションを予 測 します。
ChemINDEX (Physical Properties セクション、Environment Science Center データベース) には、pKa と LogP の実 験
的 データが含 まれています。
ChemDraw/Excel
Excel の ChemDraw アド イン モジュールは次 のものを予 測 します。
LogP (関 数 CHEMPROPPRO_LOGP)
CLogP (関 数 CLOGP_DRIVER_PARTITION_COEFFICIENT)
MR (関 数 CHEMPROPPRO_MOL_REFRACTIVITY)
CMR (関 数 CLOGP_DRIVER_MOL_REFRACTIVITY)
ChemBioFinder/ChemBioViz
Property Populator は次 のものを予 測 します。
LogP (サーバー ChemPropPro、特 性 LogP)
CLogP (サーバー CLogP ド ライバ、特 性 Partition_Coefficient)
MR (サーバー ChemPropPro、特 性 モル屈 折 度 )
CMR (サーバー CLogP ド ライバ、特 性 モル屈 折 度 )
ChemBio3D
Property Picker は次 のものを予 測 します。
LogP (ChemPropPro LogP)
CLogP (CLogP ド ライバ分 配 係 数 )
MR (ChemPropPro モル屈 折 度 )
CMR (CLogP ド ライバ モル屈 折 度 )
第 16 章: 特性計算
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ChemBioDraw 13.0
ChemBio3D MOPAC インターフェイス
酸 素 に結 合 される最 も酸 性 度 の高 い水 素 原 子 の pKa を計 算 します。詳 細 については、http://www.openmopac.net/pKa_table.html を参 照 してください。
詳 細 については、165 ページの 「ChemDraw/Excel の関 数 」 、290 ページの 「LogP」 、290 ページの 「特 性 計 算 」 、290
ページの 「pKa、CLogP、CMR」 を参 照 してください。
TPSA (ト ポロジカル極性表面積)
分 子 の PSA (測 定 単 位 は平 方 オングスト ローム) は、体 内 の薬 学 的 移 動 特 性 を予 測 するために利 用 できます。従
来 、この特 性 は、時 間 のかかる 3D 技 術 を使 用 して計 算 されていました。しかし、最 近 の論 文 では、この特 性 を非 常
に正 確 かつ迅 速 に予 測 する方 法 が発 表 されています。ChemBioDraw 13.0 では、そのような革 新 的 なアルゴリズムの 1
つが実 装 されています。
その他の特性
標準沸点と標準融点
次 の 2 つの方 法 を使 用 して、絶 対 温 度 で推 定 されます。
Joback の微 細 化 法 。
Stein 修 正 の Joback 微 細 化 法 。すべての沸 点 は 1 atm の圧 力 下 で推 定 されます。
さまざまな特性
生 成 熱 、ギブスの自 由 エネルギー、理 想 気 体 熱 容 量 、凝 固 点 、臨 界 温 度 、臨 界 圧 力 、臨 界 容 積 は、Joback の微
細 化 法 を用 いて推 定 されます。
第 16 章: 特性計算
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ChemBioDraw 13.0
ショート カット とホット キー
ホット キーは、原 子 ラベル、結 合 タイプ、および機 能 のためのホット キーに分 類 されています (電 荷 の追 加 や結 合 の表 示
などができます。ショート カット は、コマンド が配 置 されているメニューごとにまとめて示 してあります)。
注 : ホットキーとニックネームは、ユーザーが変 更 することができます。このセクションの各 表 に示 したホットキーやニック
ネームは、既 定 値 で設 定 されているものです。
原 子 キー
キーボード を使 用 して描 画 に原 子 を挿 入 するには、原 子 キーを使 用 します。たとえば、原 子 にマウス ポインタを合 わせ
てキーボード の 3 キーを押 すと、tert-ブチル基 が追 加 されます。
原 子 ラベル
キー
A
a
F
f
Ph
P または 4
Ac
A または 5
H
h
Q*
q
Br
b
I
i
R
r
n-Bu
1
K
k
S
s
s-Bu
2
Me
m
Si
S
t-Bu
3
N
n
第 17 章: ショート カット とホット キー
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ChemBioDraw 13.0
原 子 ラベル
キー
TMS
t
C
c
Na
N
X
x
Cl
C または l
O
o
COOCH3
E
D
d
OTs
T
CH2OH
6
Et
e
P
p
B
B
結 合 ホット キー
結 合 を変 更 するには、結 合 にマウス ポインタを合 わせて、次 のいずれかのキーを押 します。
機能
キー
単 結 合 に変 更
1
点 線 結 合 に変 更
d
二 重 結 合 に変 更
2
波 線 結 合 に変 更
y
三 重 結 合 に変 更
3
二 重 結 合 を左 へ移 動
l
四 重 結 合 に変 更
4
二 重 結 合 を中 央 へ移 動
c
第 17 章: ショート カット とホット キー
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ChemBioDraw 13.0
機能
キー
太 線 結 合 に変 更
b
二 重 結 合 を右 へ移 動
r
ウェッジ結 合 に変 更
w
結 合 を手 前 に移 動
f
ハッシュ結 合 に変 更
H
結 合 属 性 テキスト ボックスを表 示
/ (スラッシュ) ま
たは ?
ハッシュ ウェッジ結 合 に変 更
h
5 員 環 の縮 合
5
6 員 環 の縮 合
6
7 員 環 の縮 合
7
8 員 環 の縮 合
8
いす形 シクロヘキサンを 2 つの方 向 で作 成
9 または 0
機 能 ホット キー
機能
キー
結 合 点 を追 加
.(ピリオド )
原 子 の番 号 を追 加
' (アポスト ロフィ)
負 電 荷 を追 加
-
正 電 荷 を追 加
+
1 本 の結 合 を派 生
0
2 本 の結 合 を派 生
9
3 本 の結 合 を派 生
8
Atom Properties ダイアログ ボック
/ (スラッシュ) または ?
スを表 示
Choose Nickname ダイアログ
第 17 章: ショート カット とホット キー
= (等 記 号 )
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ChemBioDraw 13.0
機能
キー
ボックスを表 示
原 子 ラベル テキスト ボックスを開 く <Enter>
原 子 ラベルの取 り消 し
<Backspace>、<Delete> また
は <Space>
ショート カット
以 下 に、一 般 的 によく使 用 される操 作 のショート カット キーの一 覧 を示 します。
File
コマンド
キーの組 み合 わせ
新 規 ド キュメント の作 成
Ctrl + N
ド キュメント を開 く
Ctrl + O
ド キュメント を保 存
Ctrl + S
ド キュメント に名 前 を付 けて Shift + Ctrl + S
保存
ド キュメント の印 刷
Ctrl + P
ページ設 定
Shift + Ctrl + P
ド キュメント を閉 じる
Ctrl + W
ChemBioDraw の終 了
Alt + F4
Edit
コマンド
キーの組 み合 わせ
切 り取 り
Ctrl + X
コピー
Ctrl + C
貼 り付 け
Ctrl + V
すべて選 択
Ctrl + A
取 り消 し
Ctrl + Z
やり直 し
Shift + Ctrl + Z
第 17 章: ショート カット とホット キー
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ChemBioDraw 13.0
コマンド
キーの組 み合 わせ
前 のコマンド を繰 り返 す Ctrl + Y
消去
Delete
View
コマンド
キーの組 み合 わせ
実寸表示
F5
縮小
F8
拡大
F7
ウィンド ウに合 わせる
F6
ルーラの切 り替 え
F11
クロスヘアの切 り替 え
Ctrl + H
Object
コマンド
キーの組 み合 わせ
固 定 長 の切 り替 え
Ctrl + L
固 定 角 の切 り替 え
Ctrl + E
複 数 オブジェクト の選 択
Shift + クリック (なげなわ選 択 、矩 形 選
択 、または構 造 式 3 次 元 表 示 ツールを使
用)
選 択 したオブジェクト のグループ化 Ctrl + G
オブジェクト のグループ化 の解 除
Shift + Ctrl + G
選 択 したオブジェクト の結 合
Ctrl + J
手 前 に移 動
F2
奥 に移 動
F3
左右反転
Shift + Ctrl + H
上下反転
Shift + Ctrl + V
左 右 180° 回 転
Alt + Shift + Ctrl + H
第 17 章: ショート カット とホット キー
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ChemBioDraw 13.0
コマンド
キーの組 み合 わせ
上 下 180° 回 転
Alt + Shift + Ctrl + V
回 転 (Rotate Objects ダイアログ
Ctrl + R
ボックスを表 示 )
サイズ変 更 (Scale Objects ダイア Ctrl + K
ログ ボックスを表 示 )
Structure
コマンド
キーの組 み合 わせ
構 造 式 の整 形
Shift + Ctrl + K
化 学 名 を構 造 式 に変 換
Shift + Ctrl + N
構 造 式 を化 学 名 に変 換
Alt + Ctrl + N
Text
コマンド
キーの組 み合 わせ
左揃え
Shift + Ctrl + L
中央
Shift + Ctrl + C
右揃え
Shift + Ctrl + R
均等揃え
Shift + Ctrl + J
自動文字配置
Shift + Ctrl + M
標準
Ctrl + T
太字
Ctrl + B
斜体
Ctrl + I
下線
Ctrl + U
分子式
Ctrl + F
選 択 した文 字 または次 に入 力 する
F9 (ラベル内 )
文 字 を下 付 きにする
選 択 した文 字 または次 に入 力 する
第 17 章: ショート カット とホット キー
F10 (ラベル内 )
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ChemBioDraw 13.0
コマンド
キーの組 み合 わせ
文 字 を上 付 きにする
度 記 号 (°) を追 加
Alt + 248 (ラベル内 )
Drawing
コマンド
キーの組 み合 わせ
選 択 したオブジェクト のコ
Ctrl + ド ラッグ
ピー
選 択 したオブジェクト のコ
Shift + Ctrl + ド ラッグ
ピー
(X 軸 および Y 軸 方 向 に制
限)
変 形 (X 軸 または Y 軸 方
Shift + ド ラッグ (サイズ変 更 ハンド ルを使 用 )
向 のサイズ変 更 に制 限 )
なげなわ選 択 ツールとその
Ctrl + Alt + Tab
前 に使 用 した描 画 ツールの
切 り替 え
連 鎖 方 向 を変 更
Ctrl + ド ラッグ (アルカン鎖 ツールを使 用 )
二 重 結 合 の方 向 を変 更
Shift + クリック
(飽 和 二 重 結 合 環 ツールを使 用 )
共 鳴 非 局 在 化 環 を作 成
Ctrl + クリック (いす形 シクロヘキサン環 ツール以 外 の環
ツールを使 用 )
曲 線 セグメント を削 除
Alt + Shift + クリック (ペン ツールを使 用 )
ニックネーム
Ac-Me
Ac
Bz
c-C7H13
cyclopropyl
DPIPS
i-C4H9
Ad
BOM
c-C8H15
Cys
DPTBS
i-C5H11
Ala
Bs
c-Hx
Dan
DTBMS
i-Pr
第 17 章: ショート カット とホット キー
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ChemBioDraw 13.0
Ac-Me
Alloc
Bt
C10H20
DEAE
DTBS
Ile
Allyl
Btm
C10H21
DEIPS
Et
Im
Am
Bu
Cbz
DMIPS
Fmoc
Leu
Arg
Bzh
cHx
DMPM
Gln
Lys
Asn
Bzl
CoA
DMPS
Glu
m-C6H4
Asp
BzOM
Cy
DMTr
Gly
m-Phenylene
Benzoyl
c-C3H5
cyclobutyl
DNP
His
m-Tolyl
Benzyl
c-C4H7
cycloheptyl
Dnp
i-Am
MDIPS
Bn
c-C5H9
cyclooctyl
Dns
i-Bu
MDPS
Boc
c-C6H11
cyclopentyl
DNS
i-C3H7
Me
MEM-Xyl
MEM
n-Pr
Phenyl
s-Butyl
TBDMS
Thr
Mes
N3
Pht
s-C4H9
TBDPS
TIPDS
Met
neo-Am
Piv
s-C5H11
TBMPS
TIPS
MMTr
neo-C5H11
PMB
SEM
TBS
TMS
MOM
Np
PMBM
Ser
TDS
Tos
MPM
o-C6H4
PNB
SES
Tf
trans-Cinnamyl
Ms
o-Phenylene
Poc
t-Am
Tfa
Troc
MTM
o-Tolyl
PPi
t-BOC
TFA
Trp
n-Am
p-C6H4
Pr
t-Boc
Thexyl
Trt
n-Bu
p-Phenylene
Pro
t-Bu
THF
Ts
n-C3H7
p-Tolyl
Pv
t-Butyl
Thf
Tyr
n-C4H9
Ph
s-Am
t-C4H9
THP
Val
n-C5H11
Phe
s-Bu
t-C5H11
Thp
Xyl
第 17 章: ショート カット とホット キー
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ChemBioDraw 13.0
PerkinElmer Informatics Web サイト
PerkinElmer Informatics Web サイト は、有 益 な情 報 を得 られる貴 重 な情 報 源 です。このサイト では次 のことができま
す。
ソフト ウェアの登 録
名 前 または ACX 番 号 による化 学 情 報 の検 索 や、ワークシート への構 造 式 の挿 入
テクニカル サポート の利 用 と、マニュアルやソフト ウェアなどのダウンロード
ChemBioDraw では、Online メニューの適 切 なオプションを選 択 することにより、このサイト に直 接 アクセスすることができ
ます。
オンライン登 録
ChemBioOffice アプリケーションをアクティブにするには、PerkinElmer Informatics Web サイト でアプリケーションを登 録
し、登 録 コード を入 手 します。必 要 な情 報 を登 録 フォームに入 力 して送 信 すると、登 録 コード が電 子 メールで通 知 され
ます (この登 録 方 法 はサイト ライセンスには適 用 されません)。
シリアル番 号 が無 効 な場 合 やインターネット に接 続 できない場 合 は、PerkinElmer Informatics のサポート 窓 口 を通 じて
登 録 コード を取 得 する必 要 があります。
ChemBioOffice 2012 アプリケーションは、登 録 作 業 が完 了 するまでの間 も使 用 できます (ただし回 数 に制 限 がありま
す)。使 用 回 数 が制 限 に達 した場 合 は、ソフト ウェアの登 録 が完 了 するまで使 用 できなくなります。
このサイト では、ソフト ウェアの登 録 だけでなく、参 考 資 料 の請 求 や、ChemBioFinder.com、ChemACX.com の制 限 付
き無 償 アクセス登 録 および電 子 メール版 ChemBioNews の購 読 登 録 を行 うこともできます。これらのオンライン登 録 を
行 うには、Online メニューの Register Online をクリックします。ユーザー登 録 の Web ページがブラウザに表 示 されます。
ユーザーズ ガイド
Online メニューを使 用 すると、現 在 および過 去 のマニュアルを見 つけることもできます。マニュアルのページにアクセスするに
は、Online メニューの Browse CambridgeSoft Documentation をクリックします。
Desktop Manuals Web ページが表 示 されます。ド ロップダウン リスト からマニュアルを選 択 できます。
注 : PerkinElmer Informatics のユーザー アカウントをお持 ちでない場 合 は、ユーザー アカウントの登 録 ページに進 み
ます。
テクニカル サポート
Online メニューの Browse CambridgeSoft Technical Support をクリックすると、テクニカル サポート Web ページが開 き
ます。このページでは、PerkinElmer Informatics Knowledge Base、製 品 ダウンロード 、Q&A、FAQ、マニュアルなどの
Desktop Support リソースが提 供 されています。
1. Online メニューの Browse CambridgeSoft Technical Support をクリックします。テクニカル サポート Web ページが
開 きます。
2. Desktop Support をクリックします。
第 18 章: PerkinElmer Informatics Web サイト
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ChemBioDraw 13.0
ACX.com の登録サプライヤー
ChemACX (Available Chemicals Exchange) は市 販 されている化 学 製 品 のデータベースを提 供 します。データベースに
は、研 究 および工 業 化 学 薬 品 販 売 業 者 のカタログが格 納 されています。
ChemACX.com に接 続 して、描 画 した化 合 物 を実 際 に扱 っている販 売 業 者 のレコード を検 索 するには、次 の操 作 を
行 ってください。
1. ChemBioDraw 13.0 内 で、描 画 した構 造 式 を選 択 します。
2. Online メニューの Find Suppliers on ChemACX.com をクリックします。
ChemACX.Com のページが開 き、選 択 された構 造 式 の情 報 が表 示 されます。
ChemACX Web サイト の使 用 の詳 細 については、ChemOffice Enterprise Workgroup & Databases のマニュアルを参
照 してください。
ACX 構造式と ACX 番号
ChemBioDraw 13.0 は ACX を検 索 して関 連 する構 造 式 および番 号 を表 示 します。これらの情 報 をド キュメント に保 存
することもできます。
ACX 構造式
ACX 構 造 式 は、ACX 番 号 または名 前 のいずれかを使 用 して検 索 できます。
ACX 番 号 を指 定 して構 造 式 を検 索 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Online メニューの Find Structure from ACX Number をクリックします。
Find Structure from ACX number ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. ACX 登 録 番 号 を入 力 します。
3. OK をクリックします。ド キュメント に構 造 式 が表 示 されます。
名 前 を指 定 して構 造 式 を検 索 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Online メニューの Find Structure from Name at ChemACX.com をクリックします。
2. ダイアログ ボックスに化 学 名 または商 品 名 を入 力 します。
3. OK をクリックします。ド キュメント に構 造 式 が表 示 されます。
ACX 番号
1. ある構 造 式 の ACX 番 号 を検 索 するには、次 の操 作 を行 ってください。
2. 構 造 式 を選 択 します。
3. Online メニューの Find ACX Numbers from Structure をクリックします。
Find ACX Numbers from Structure ダイアログ ボックスに ACX 番 号 が表 示 されます。
ChemBio3D ActiveX コント ロール
ChemBio3D ActiveX コント ロール ページでは、Web ページにコント ロールを組 み込 みたいと考 えている管 理 者 (Web 開
発 者 )、およびエンド ユーザー向 けに ChemBio3D プラグインと ActiveX のド キュメント を提 供 しています。
第 18 章: PerkinElmer Informatics Web サイト
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ChemBioDraw 13.0
SciStore.com
SciStore では、生 命 科 学 用 デスクト ップ ソフト ウェア、エンタープライズ ソリューション、化 学 データベース、およびバイオ
テクノロジー業 界 、製 薬 業 界 、化 学 業 界 向 けのコンサルティング サービスが提 供 されています。SciStore のアド レスは
www.scistore.com です。
PerkinElmer Informatics
PerkinEmer Informatics のホーム ページを開 くには、Online メニューの Browse CambridgeSoft.com をクリックしま
す。PerkinElmer Informatics の Web サイト で、新 製 品 情 報 をチェックしてください。PerkinElmer Informatics のホーム
ページから、ChemNews.Com や他 のページにもアクセスできます。
ChemOffice SDK の使用
ChemOffice Software Developer's Kit (SDK) を使 用 すると、アプリケーションをカスタマイズできます。
ChemOffice SDK ページを表 示 するには、Online メニューの Browse ChemOffice SDK をクリックします。
ChemOffice SDK ページでは、Application Programming Interfaces (API) のマニュアル、サンプル コード 、およびその他
のリソースが提 供 されています。
第 18 章: PerkinElmer Informatics Web サイト
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暗号化通信プロトコル「SSLバージョン3.0」脆弱性への対応について

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Windows 10 の予約確認及びキャンセル方法

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