TogoDocClient ユーザーズガイド
TogoDocClient ユーザーズガイド
i
TogoDocClient ユーザーズガイド
目次
1. TogoDocClient について ................................................................................................... 1
1.1. 動作環境 ...................................................................................................................... 2
2. ソフトウェアの導入 .......................................................................................................... 3
2.1. ソフトウェアの導入手順 ............................................................................................ 3
2.2. ソフトウェアの起動手順 ............................................................................................ 3
2.2.1. ソフトウェアの起動手順 (Windows) ................................................................... 3
2.2.2. ソフトウェアの起動手順 (Mac OS X) ................................................................. 3
2.3. 拡張機能の追加手順 .................................................................................................... 3
2.4. ソフトウェアの更新 .................................................................................................... 3
2.5. 拡張機能の削除手順 .................................................................................................... 4
2.6. ソフトウェアの削除手順 ............................................................................................ 4
3. 基本的な機能 ..................................................................................................................... 5
3.1. インターフェイス ....................................................................................................... 5
3.1.1. Article Explorer .................................................................................................... 5
3.1.2. 文献タブ ............................................................................................................... 5
3.1.3. Article Search ....................................................................................................... 6
3.1.4. Tag Explorer ......................................................................................................... 6
3.1.5. メニューバー ........................................................................................................ 6
3.1.6. ツールバー ............................................................................................................ 6
3.1.7. ステータスバー ..................................................................................................... 6
3.2. 文献フォルダの登録 .................................................................................................... 6
3.2.1. 文献の追加 ............................................................................................................ 8
3.3. TogoDoc 連携機能 ....................................................................................................... 9
3.3.1. OpenID の取得 ...................................................................................................... 9
3.3.2. ログイン ............................................................................................................... 9
3.3.3. TogoDoc からのお知らせ .................................................................................... 10
3.3.4. TogoDoc との情報の同期 .................................................................................... 11
3.3.5. 推薦文献の取得 ................................................................................................... 11
3.3.6. TogoDoc のウェブサイトを開く .......................................................................... 11
3.4. 書誌情報の取得 ......................................................................................................... 11
3.5. 書誌情報の表示 ......................................................................................................... 12
3.6. 文献へのタグ付け ..................................................................................................... 13
3.7. 文献ファイルの一括名前変更 ................................................................................... 14
ii
TogoDocClient ユーザーズガイド
3.8. 文献を外部フォルダへコピー ................................................................................... 15
3.9. 文献の検索 ................................................................................................................ 16
3.9.1. 条件検索 ............................................................................................................. 16
3.9.2. 関連検索 ............................................................................................................. 17
3.10. リストビュー ........................................................................................................... 18
4. チュートリアル ............................................................................................................... 19
4.1. インストールとアンインストール ............................................................................ 19
4.2. ソフトウェアを更新する .......................................................................................... 19
4.3. Eclipse RCP の基本的な操作 .................................................................................... 19
4.3.1. ペインの境界を変更する .................................................................................... 19
4.3.2. ペインを最小化する ........................................................................................... 20
4.3.3. ペインを最大化する ........................................................................................... 20
4.3.4. ペインを移動する ............................................................................................... 20
4.3.5. タブを並び替える ............................................................................................... 22
4.3.6. 文献タブと同期する、または同期を解除する .................................................... 22
4.4. 文献フォルダを登録する .......................................................................................... 22
4.5. 書誌情報を取得する .................................................................................................. 23
4.6. 文献の解析に失敗した場合 ....................................................................................... 24
4.6.1. 手動解析 ............................................................................................................. 24
4.6.2. ソフトウェアを更新する .................................................................................... 26
4.7. 文献を追加する ......................................................................................................... 26
4.8. 文献をチェック済にする .......................................................................................... 26
4.9. 文献にタグを付ける .................................................................................................. 28
4.10. 文献ファイルを操作する ......................................................................................... 29
4.11. 文献ファイルの名前を一括変更する ....................................................................... 30
4.12. 文献を外部フォルダへコピーする .......................................................................... 33
4.13. OpenID を取得する ................................................................................................. 33
4.14. TogoDoc にログインする ......................................................................................... 33
4.14.1. ログイン ............................................................................................................ 33
4.14.2. TogoDoc のログイン設定を行う ........................................................................ 33
4.14.3. OpenID 発行元にサインインする ..................................................................... 34
4.14.4. TogoDoc の要求を許可する ............................................................................... 36
4.15. 推薦文献を取得する ................................................................................................ 36
4.16. TogoDoc の情報をクリアする .................................................................................. 37
4.17. TogoDoc からログアウトする .................................................................................. 37
4.18. 論文を検索する ....................................................................................................... 37
iii
TogoDocClient ユーザーズガイド
4.18.1. ローカル検索 .................................................................................................... 37
4.18.2. PubMed 検索 ..................................................................................................... 39
4.18.3. 新着表示 ............................................................................................................ 40
4.19. 関連する文献を取得する ......................................................................................... 41
4.20. 書誌情報の閲覧 ....................................................................................................... 41
4.20.1. 題名 ................................................................................................................... 42
4.20.2. 著者一覧 ............................................................................................................ 42
4.20.3. 出典 ................................................................................................................... 42
4.20.4. 文献 ID .............................................................................................................. 43
4.20.5. 書誌情報の取得ボタン ...................................................................................... 43
4.20.6. チェック済 ........................................................................................................ 44
4.20.7. 概要 ................................................................................................................... 44
4.20.8. タグ ................................................................................................................... 44
4.20.9. ノート ............................................................................................................... 44
4.20.10. 評価 ................................................................................................................. 45
4.20.11. 検索 ................................................................................................................. 45
4.21. 統計情報を表示する ................................................................................................ 45
4.21.1. 執筆者ランキング ............................................................................................. 45
4.21.2. 用語ランキング ................................................................................................. 46
4.22. 選んだ文献をじっくり見る ..................................................................................... 47
4.23. 発生した問題を確認する ......................................................................................... 48
5. 各種設定 .......................................................................................................................... 49
5.1. 確認ダイアログの設定 .............................................................................................. 50
5.2. TogoDoc 通信設定 ..................................................................................................... 51
5.3. PDF 解析の設定 ........................................................................................................ 52
5.4. ネットワークの設定 .................................................................................................. 54
5.5. チェック済文献の設定 .............................................................................................. 54
iv
TogoDocClient ユーザーズガイド
1. TogoDocClient について
生命科学分野においては，学術論文やオンライン研究リソース(データベース・解析
ツール・ウェブアプリケーション等)が猛烈な勢いでインターネット上に蓄積され続けて
いる．生命をシステムとして理解するためには，これらの様々なリソースを横断的に効
率よく利用する必要がある．一方，それら膨大な学術論文・研究リソースを用いて研究
を推進して行く立場にある研究者は忙しく，自らの研究に資する学術論文・研究リソー
スを効率よく取得することにしばしば困難を感じている．そこで，データベースセンター
等において各研究者の興味の対象を文献 ID セットなどの形で把握し，膨大な学術論文・
研究リソースの中から各研究者の興味に合わせて推薦を行うサービスを提供することが，
生命をシステムとして理解するための基盤となり，ひいては我が国ならびに世界におけ
るライフサイエンス研究を一層推進する上で有効だと考えられる．
TogoDocClient は，研究者にとって使いやすい PDF 文献管理ソフトウェアであると同
時に，それら PDF 文献の ID セットを随時データベースセンター等に送信することで，
上記プロセスの中核を担うソフトウェアである．さらに，蓄積された文献 ID セットを元
に計算された推薦文献群を上記データベースセンター等から取得・表示するほか，米国
NCBI などの文献データベースへの検索クエリ作成の補助，文献データベースからダウン
ロードした文献データの表示，各種文献データの統計データの解析・表示などの研究者
にとって有用な機能を備えた，生命科学研究者がローカル・サーバ上に存在する論文デー
タを扱う上での基本ソフトウェアとなることを目的としたソフトウェアである．
1
TogoDocClient ユーザーズガイド
1.1. 動作環境
サポート OS
Windows XP (Service Pack 3)
Windows Vista (Service Pack 2)
Windows 7
Mac OS X 10.5 Leopard
Mac OS X 10.6 Snow Leopard
プロセッサー
Intel x86 32bit (Pentium 4 以降）
Java Runtime Environment
Java Runtime Environment 5.0 または
Java Runtime Environment 6.0
メモリー
最小 256MB
推奨 512MB 以上
ディスク容量
文献なしの状態で 50MB
0.3MB / 文献数（参考値）
画面解像度
XGA (1024 x 768) 以上
対応文献ファイル
PDF ファイル (英語)
2
TogoDocClient ユーザーズガイド
2. ソフトウェアの導入
2.1. ソフトウェアの導入手順
このソフトウェアの配布アーカイブをダウンロードし、ZIP 書庫として展開します。
展開先は問いません。
2.2. ソフトウェアの起動手順
2.2.1. ソフトウェアの起動手順 (Windows)
(2.1)で展開したフォルダに含まれる TogoDocClient.exe をダブルクリックします。
2.2.2. ソフトウェアの起動手順 (Mac OS X)
(2.1)で展開したフォルダに含まれる TogoDocClient.app をダブルクリックします。
2.3. 拡張機能の追加手順
拡張機能を追加する手順は 2 種類あります。ひとつはソフトウェアの更新 (2.4)をす
ることで、もうひとつは手動による追加です。
手動で追加するには、TogoDocClient を停止した状態で、ソフトウェアの導入手順
(2.1)で展開したフォルダに含まれる plugins フォルダの下に、TogoDocClient のプラグイ
ンファイルを配置します。次回起動時より該当のプラグインの持つ機能を
TogoDocClient に取り込んで利用することができます。
2.4. ソフトウェアの更新
TogoDocClient にはソフトウェアの自動更新機能があります。TogoDocClient 起動時に
ダウンロードサーバに接続し、最新版の有無を調べます。現在のバージョンより新しい
バージョンを見つけた場合、または新しい拡張機能を見つけた場合、更新するかどうか
3
TogoDocClient ユーザーズガイド
を尋ねる確認ダイアログが表示されます。
自動バージョンアップは、メニューバーの「ヘルプ > 自動更新を有効にする」で有
効または無効を切り替えられます。
TogoDocClient を手動でバージョンアップするには、TogoDocClient を起動し、メ
ニューバーの「ヘルプ > ソフトウェアの更新…」を選択します。必要なソフトウェアお
よびプラグインを選択し、ウィザードの流れに沿って進めて行くことで最新版に更新さ
れます。
2.5. 拡張機能の削除手順
TogoDocClient を 停 止 し た 状 態 で 、 拡 張 機 能 の 追 加 手 順 (2.3) に よ っ て 追 加 し た
TogoDocClient のプラグインファイルを除去します。次回起動時より、該当のプラグイ
ンの持つ機能が TogoDocClient から削除された状態で実行されます。
2.6. ソフトウェアの削除手順
TogoDocClient を停止した状態で、ソフトウェアの導入手順(2.1)で展開したフォルダ
を削除します。
4
TogoDocClient ユーザーズガイド
3. 基本的な機能
3.1. インターフェイス
TogoDocClient は以下のインターフェイスで構成されています。
図 1 TogoDocClient の イ ン タ ー フ ェ イ ス
3.1.1. Article Explorer
画面左部に表示されている領域で、お使いのコンピュータにダウンロード済の文献
PDF ファイルを階層表示します。
3.1.2. 文献タブ
画面中央に表示されている領域で、Article Explorer または Tag Explorer、Article
5
TogoDocClient ユーザーズガイド
Search で選択された文献の情報を表示します。
3.1.3. Article Search
画面下部に表示されている領域で、文献の検索結果、TogoDoc の推薦文献などを表示
します。
3.1.4. Tag Explorer
画面左下に表示されている領域で、文献に対して付与したタグ、およびタグの付いた
文献の一覧を表示します。また、タグの新規作成や削除、文献にタグを付与すること、
付与したタグを削除することができます。
3.1.5. メニューバー
ウィンドウや画面の上部に表示されるメニューで、各機能をカテゴリーごとに表示し
ます。
3.1.6. ツールバー
メニューバーの下表示されるバーで、に各種機能のショートカットアイコンを表示し
ます。
3.1.7. ステータスバー
ウィンドウの下部に表示される領域で、処理の進捗状態、TogoDoc からのお知らせ、
内部で発生したエラー情報などを表示します。
3.2. 文献フォルダの登録
TogoDocClient を使用する場合、まず文献 PDF ファイルを保存しているフォルダを登
録します。TogoDocClient は、文献フォルダとして設定されたパスの下にあるフォルダ
や PDF ファイルのみを管理します。
文献フォルダが 1 つも登録されていない場合、Article Explorer には薄くメッセージが
表示されています。メッセージ中のアイコンをクリックするか、この領域に文献フォル
6
TogoDocClient ユーザーズガイド
ダをドラッグアンドドロップして文献フォルダを登録してください。
図 2 文 献 フ ォ ル ダ が 登 録 さ れ て い な い Article Explorer
文献フォルダは複数登録することも可能です。文献フォルダを追加したい場合は、メ
ニューバーの「ファイル > 文献フォルダを新しく登録」を選択するか、Article Explorer
でフォルダもファイルも選択していない状態で右クリックし、コンテキストメニューか
ら「文献フォルダを新しく登録」を選択します。
7
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 3 Article Explorer に 文 献 フ ォ ル ダ が 登 録 さ れ た 状 態
3.2.1. 文献の追加
文献フォルダまたはそのサブフォルダを選択した状態でコンテキストメニューを表示
し、「選択されたフォルダへ外部から PDF ファイルをコピー」を実行すると、PDF ファ
イル選択ダイアログが表示されます。PDF ファイルを選択して"開く"ボタンを押すと、
そのファイルを最初に選択した文献フォルダまたはサブフォルダの下へコピーします。
または、登録されている文献フォルダにコンピュータから直接 PDF ファイルを配置し、
メニューバーから「ファイル > 文献フォルダを再スキャン」を選択することで、配置
した PDF ファイルが TogoDocClient から見えるようになります。
8
TogoDocClient ユーザーズガイド
3.3. TogoDoc 連携機能
TogoDoc (http://docman.dbcls.jp/pubmed_recom) は、あなたがどのような論文に
興味があるかを TogoDoc が解析し、研究の参考になりそうな文献を推薦するサービスで
す。TogoDocClient は TogoDoc と連携して、文献の推薦や強力な書誌情報の分析など、
様々な機能をシームレスに提供しています。
3.3.1. OpenID の取得
TogoDoc には OpenID を使用してログインします。OpenID をお持ちでない場合には、
次の方法で取得してください。
メニューバーの「TogoDoc > DBCLS (ライフサイエンス統合データベースセンター)
Open ID の取得」を選ぶと、インターネットブラウザーで DBCLS の OpenID 発行サイト
に接続し、そこでは OpenID を新規に取得できます。詳しくは DBCLS のヘルプページ
(http://openid.dbcls.jp/help.html) をご覧ください。
3.3.2. ログイン
Open ID を使用して TogoDoc にログインします。TogoDoc にログインすることで、推
薦文献を取得などの機能が使えるようになります。
ログインをするには、メニューバーの「TogoDoc > ログイン」を選択するか、ツール
バーの「ログイン」アイコンをクリックします。ここで、初めて TogoDoc にログインす
る場合には下記のような設定画面が表示されます。
9
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 4 TogoDoc の ロ グ イ ン 設 定
DBCLS から発行された OpenID を利用する場合、「Client に OpenID への自動ログイン
を許可する」にチェックを入れ、パスワードを入力して「OK」をクリックすると、自動
的に TogoDoc にログインできます。
OpenID への自動ログインを許可しない場合、または自動ログインで TogoDoc サービ
スによる OpenID の利用が許可されていない場合は、OpenID の認証ダイアログが表示さ
れますので、TogoDoc のサービスが OpenID を利用することを許可する必要があります。
OpenID のサービス要求元が「https://docman.dbcls.jp/pubmed_recom」となっている
ことを確認した上で、認証を許可してください。OpenID による認証が行われたのを確認
したのち、「OK」をクリックしダイアログを閉じます。
3.3.3. TogoDoc からのお知らせ
TogoDoc にログインすると、ステータスバーに「TogoDoc からのお知らせがあります」
と表示される場合があります。この表示をクリックすると、TogoDoc のメンテナンス情
報や、アップデート情報など、有益な情報が表示されます。
10
TogoDocClient ユーザーズガイド
3.3.4. TogoDoc との情報の同期
TogoDoc にログインした際に、TogoDoc 上に新しい、タグ・チェック済文献・ノー
ト情報が存在すれば、同期することで TogoDoc 上の最新情報を取得できます。
情報の保存は、ログアウト時やアプリケーション終了時に、自動で行われます。
3.3.5. 推薦文献の取得
TogoDoc のサービスを利用し、お手持ちの PDF ファイルの情報を元に類似の研究や関
心事項などを扱った論文を推定して、その情報を提示します。
推薦文献を取得するには、メニューバーの「TogoDoc > 推薦文献の取得」を選択する
か、ツールバーの「推薦文献の取得」アイコンをクリックします。
日付を入力するダイアログが表示されますので、いつ以降の論文を取得対象にするか
入力します。ただし、あまりに最近以降を取得対象にすると文献が登録されていないた
め、エラーとなって処理が行えません。
取得した推薦文献は、Article Search に推薦順に表示されます。
3.3.6. TogoDoc のウェブサイトを開く
メニューバーの「TogoDoc > TogoDoc のウェブサイトを開く」を選ぶと、ブラウザー
で TogoDoc のウェブサイトに接続します。ログインには OpenID が必要です。
3.4. 書誌情報の取得
TogoDocClient はお手持ちの PDF ファイルに文献の書誌情報を結びつけて管理します。
書誌情報は、PDF ファイルの内容を解析して自動的にデータベースから取得します。
TogoDocClient に追加された PDF ファイルは、初期状態では「未解析の文献」として
登録されます。これらは TogoDoc にログインした際に自動的に解析が行われ、サムネイ
ルや書誌情報が抽出されます。または、PDF ファイルやフォルダを選択した状態で、コ
ンテキストメニューの「書誌情報を取得 > PDF ファイルを解析して書誌情報を取得」を
選択することでも、解析が行われます。
11
TogoDocClient ユーザーズガイド
解析状態により、文献は「未解析の文献」「解析済みの文献」「解析に失敗した文献」
の 3 種類の状態に分けられます。これらは Article Explorer 上のアイコンの種類で区別
できるほか、Article Explorer 上部のボタンで文献の状態ごとに表示を絞り込むことがで
きます。
図 5 文 献 の 状 態 ご と の ア イ コ ン (左 か ら 解 析 済 み 、 未 解 析 、 解 析 失 敗 )
図 6 文 献 の 状 態 ご と に Article Explorer で の 表 示 を 絞 り 込 む
解析に成功した文献を表示/非表示にする
未解析の文献を表示/非表示にする
解析に失敗した文献を表示/非表示にする
非表示にするファイル/フォルダ名を指定する。(ワイルドカード指定可)
3.5. 書誌情報の表示
Article Explorer で PDF ファイルを選択すると、文献タブ上に当該文献の書誌情報 (著
者名・発表誌・文献 ID・PDF ファイルの冒頭テキスト・PDF ファイル 1 ページ目のサム
ネイル等)が表示されます。
TogoDocClient は文献 PDF ファイルを解析して DOI または PubMed ID を抽出し、それ
らを元にその文献の書誌情報を取得します。取得した書誌情報は、対応する PDF ファイ
ルに紐付いた形でコンピュータに保存されます。
解析で書誌情報を特定できなかった場合、TogoDocClient は簡易的な情報を作成しま
す。正しい書誌情報を入力するか、DOI や PubMed ID などの情報を指定して書誌情報を
取得することも可能です。これらは、文献タブ上の「書誌情報の取得」ボタンをクリッ
クし、書誌情報を取得、または編集する方法を指定します。
12
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 7 書誌情報が表示された文献タブ
3.6. 文献へのタグ付け
文献を独自に分類する、文献にマーキングするなどの目的で、文献にタグを付けるこ
とができます。ひとつの文献に複数のタグを付けることができ、また複数の文献に同じ
タグを付けることもできます。
図 8 タグで分類された文献
13
TogoDocClient ユーザーズガイド
タグの編集は、Tag Explorer で行います。Tag Explorer は Article Explorer に似た表示
で、タグをフォルダのように扱えます。作成したタグに対し、Article Explorer から文献
をドラッグアンドドロップすると、その文献にタグ付けしたことになり、Tag Explorer
の該当タグの下にその文献が表示されます。
Tag Explorer ではタグの作成、タグの削除、文献へのタグ付け、文献からタグの削除
を行えます。タグを作成する場合は、Tag Explorer の右上に配置された"新規タグの作成
"ボタンを押すと新しいタグを作成することができます。
また、タグのコンテキストメニューを利用すれば、タグに関する様々な操作を行うこ
とができます。
図 9 タグのコンテキストメニュー
3.7. 文献ファイルの一括名前変更
メニューバーの「ファイル > すべての PDF ファイルの名前を変更 (パターン指定)」
を指定すると、お手持ちの PDF ファイルの名前を一括して変更します。変更には名前の
パターンを利用し、書誌情報の様々な項目 (論文タイトル、第一著者、発行年、ジャー
ナル名など) を組み合わせて名前を指定できます。
14
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 10 文 献 フ ァ イ ル 名 の パ タ ー ン 入 力
なお、便利な名前パターンがあらかじめ登録されていますので、
「変更後の名前パター
ン」のドロップダウンから選択してください。独自のパターンを利用したい場合には、
パターンを直接記述することも可能です。
また、「自動リネームの設定を変更する」を選択して、今後追加される PDF ファイル
の名前を自動的に変更するようにも設定できます。
3.8. 文献を外部フォルダへコピー
Article Explorer でフォルダおよび文献ファイルを選択し、コンテキストメニューから
「選択された PDF ファイルを外部にコピー」を実行することで、文献フォルダの構造の
15
TogoDocClient ユーザーズガイド
まま、コンピュータ上の任意の場所へコピーできます。
Tag Explorer でも同様に文献を外部フォルダへコピーできます。このとき、タグをフォ
ルダとして扱い、コピー先にはタグのラベルと同じ名前のフォルダを作成します。
いずれの操作においても、出力先のフォルダを選択し、「OK」ボタンを押すことで、
選択されたフォルダおよびファイルをご利用のコンピュータ上にコピーすることができ
ます。
3.9. 文献の検索
TogoDocClient には、お手持ちの PDF ファイルの中から条件にあうものを抽出したり、
PubMed の検索サービスを利用して条件に合う書誌情報を取得したりする機能が搭載さ
れています。また、ある文献に関連する文献を検索する機能などもあります。
3.9.1. 条件検索
条件に合う文献を検索する機能は、お手持ちの PDF ファイルの中から抽出するローカ
ル検索と、PubMed の検索サービスと連携した PubMed 検索があります。
メニューバーの「検索」から「ローカル検索」または「PubMed 検索」を選択するか、
ツールバーのアイコンをクリックすると、検索条件指定ダイアログが表示されます。こ
こに探したい文献の情報を入力して、「検索」ボタンをクリックしてください。
16
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 11 検 索 条 件 の 入 力
3.9.2. 関連検索
選択した文献やタグに関連する文献を探すには、関連検索の機能を利用します。元と
なる文献、フォルダ、タグなどを選択し、コンテキストメニューから「関連文献の検索」
を選択してください。このとき、検索対象を Client (お手持ちの PDF ファイルから検索)、
MedLine (MedLine データベースから検索)、TogoDoc (TogoDoc サービスから検索)のい
17
TogoDocClient ユーザーズガイド
ずれかから選択できます。
ただし、TogoDoc にログインしていない場合には「関連文献の検索 (TogoDoc)」は利
用できません。あらかじめ TogoDoc にログインした状態で行ってください。
3.10. リストビュー
リストビューは、選択した PDF ファイルのみをフィルタリングして閲覧する機能です。
プレイリストを表示するには、ツールバーの「リストビューで開く」アイコンをクリッ
クします。
図 12 「 リ ス ト ビ ュ ー で 開 く 」 ア イ コ ン
画面左に選択した文献の一覧が表示されます。
図 13 リ ス ト ビ ュ ー の 表 示
18
TogoDocClient ユーザーズガイド
4. チュートリアル
ここでは TogoDocClient の導入から一通りの操作手順を紹介します。
4.1. インストールとアンインストール
TogoDocClient を使用するには、配布アーカイブ (tdc-x.x.x.yyyy.zip) を適当なフォル
ダに解凍します。アンインストールする際は当該フォルダを削除してください。
4.2. ソフトウェアを更新する
ソフトウェアを実行してみましょう。先ほど解凍したフォルダの TogoDocClient.exe
(Mac OS X 版では TogoDocClient.app) をクリックします。
TogoDocClient は起動時にインターネットに接続し、TogoDocClient の最新バージョン
がリリースされていないかチェックします (１日１回)。自動アップデート設定は、メ
ニューバーの「ヘルプ > 自動更新を有効にする」で行います。
また、手動でアップデートすることもできます。メニューバーの「ヘルプ > ソフト
ウェアの更新...」を選択すると更新サーバに接続し、TogoDocClient の最新バージョン
がリリースされていないかチェックします。
4.3. Eclipse RCP の基本的な操作
TogoDocClient は Eclipse Rich Client Platform (RCP)をベースに作られたソフトウェア
です。ペイン (Pane:ソフトウェア内にある、ひとまとまりの機能を持った小ウィンドウ)
の最大化や最小化などの基本的な操作は Eclipse RCP の仕様に準じます。ここでは
Eclipse RCP の基本的な操作を説明します。
4.3.1. ペインの境界を変更する
ペインの境界をドラッグアンドドロップすると、そのペインの大きさを変更できます。
19
TogoDocClient ユーザーズガイド
4.3.2. ペインを最小化する
ペインを最小化するには、ペイン右上部にある最小化アイコンを
クリックします。最小化されたペインは、画面の外枠にツールバー
のように表示されます。復元アイコンをクリックすると、元のサイ
最小化ボタン
ズに復元されます。
最小化された状態で機能アイコンをクリックすると、最小化され
たペインがツールボックスとして表示されます。機能アイコンを再
度クリックするとツールボックスが非表示になります。
最小化されたペイン
4.3.3. ペインを最大化する
ペインを最大化するには、ペイン右上部にある最大化アイコンをクリックするか、ペ
イントのタイトルバーをダブルクリックします。
4.3.4. ペインを移動する
ペインのタイトルバー部分をドラッグすると、ペインを移動できます。ペインの移動
先は黒い枠線のゴーストで表示されますので、移動先でドロップしてください。
20
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 14 ペ イ ン の レ イ ア ウ ト を 変 更 す る
このとき、すでに存在するペインの上に移動させようとすると、対象のペインに黒い
枠線のゴーストが表示されます。この状態でドロップすると、現在ドラッグ中のペイン
を、枠線で示された領域に重ね合わせて配置し、それぞれをタブで切り替えることがで
きるようになります。
図 15 ビ ュ ー を 別 の ペ イ ン に 移 動 す る
タブバーの上にドロップすることで、任意のタブ位置に配置することも可能です。タ
21
TogoDocClient ユーザーズガイド
ブバー以外の場所にドロップした場合、タブバーの末尾にされます
4.3.5. タブを並び替える
ペインに複数のタブがある場合、タイトルバーをドラッグすることで、任意のタブ順
に並び替えることが可能です。移動したい位置にタイトルバーをドラッグします。枠線
の位置にタブが移動します。
4.3.6. 文献タブと同期する、または同期を解除する
「文献タブと同期」のアイコンが On になった状態では、Article Explorer、Article
Search、Tag Explorer で選択中の文献の情報が、文献タブ上のタブに同期して表示され
ます。
図 16 文 献 タ ブ と 同 期 す る
「文献タブと同期」が Off になった状態では、文献を選択しただけでは文献タブに同
期表示されません。文献をダブルクリック（または Enter キー押下）すると、当該文献
の情報を表示する新しいタブが文献タブに追加されます。
4.4. 文献フォルダを登録する
TogoDocClient を初めて使用する場合、まず TogoDocClient で取り扱いたい PDF ファ
イルを格納しているフォルダを登録します。TogoDocClient はこのフォルダ下を探索し、
見つかった PDF ファイルを Article Explorer 上に表示します。文献のフォルダは任意の
箇所を複数登録することが可能です。
文献フォルダを登録するには、メニューバーの「ファイル > 文献フォルダを新しく
登録」を選択するか、Article Explorer でフォルダもファイルも選択していない状態で右
クリックし、コンテキストメニューから「文献フォルダを新しく選択」を選択します。
フォルダを選択するダイアログで文献フォルダを指定すると、次に以下のようなダイ
アログが表示されます。ここでは TogoDocClient で管理するフォルダを分類するための
22
TogoDocClient ユーザーズガイド
名前を付けます。この名前は TogoDocClient の内でのみ有効であり、ご利用のコンピュー
タには影響しません。
図 17 文 献 フ ォ ル ダ の 名 前 を 入 力 す る ダ イ ア ロ グ
※ ド ラ イ ブ ル ー ト や TogoDocClient が イ ン ス ト ー ル さ れ た フ ォ ル ダ を 取 り 込 む こ と
は で き ま せ ん 。 登録が終わると、文献フォルダとして設定したフォルダ以下にあるすべての PDF ファ
イルが、画面左部の Article Explorer に表示されます。
4.5. 書誌情報を取得する
TogoDocClient はお手持ちの PDF ファイルに文献の書誌情報を結びつけて管理します。
書誌情報は、PDF ファイルの内容を解析して自動的にデータベースから取得します。
TogoDocClient に追加された PDF ファイルは、初期状態では「未解析の文献」として
登録されます。これらは TogoDoc にログインした際に自動的に解析が行われ、サムネイ
ルや書誌情報が抽出されます。または、フォルダや PDF ファイルを選択した状態で、コ
ンテキストメニューから「書誌情報の取得 > PDF ファイルを解析して書誌情報を取得」
を選択することでも、同様に PDF ファイルの解析が行われます。
これらは、次の順番で行われます。
1.
PDF ファイルのサムネイルを作成し、全文を抽出します。(TogoDocClient が全文
を抽出できない PDF ファイルの場合、ここで終了します)
2.
抽出した全文から DOI を探します。(DOI を見つけられない場合はここで終了しま
す)
3.
見つけた DOI を元に PubMed に PubMed ID を問い合わせます。(PubMed に接続で
きない場合、および PubMed でこの DOI に該当する PubMed ID を取得できなかっ
23
TogoDocClient ユーザーズガイド
た場合はここで終了します)
4.
取得した PubMed ID を元に PubMed 上の文献情報を取得します。(PubMed から文
献情報を取得できない場合はここで終了します)
5.
取得した PubMed の文献情報を PDF ファイルに関連付けし、解析成功とします。
PDF ファイルの解析結果は、TogoDocClient に保存されます。ソフトウェア外で PDF
ファイルが追加されたり、フォルダ構成が変更されたりした場合は、メニューバーの
「ファイル >文献フォルダを再スキャン」を選択するか、ツールバー上の同名のアイコ
ンをクリックすることで、それらのファイルが TogoDocClient 上に反映されます。
4.6. 文献の解析に失敗した場合
TogoDocClient が PDF ファイルの解析を行った結果、何らかの理由で解析に失敗した
PDF ファイルは、Article Explorer 上では下記のようなアイコンで表示します。
解析に失敗した場合、以下の処理を行うことで改善することがあります。
4.6.1. 手動解析
解析に失敗した文献は、文献タブで書誌情報を表示した際に「書誌情報の取得」ボタ
ンが表示されます。
24
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 18 文 献 タ ブ に 「 書 誌 情 報 の 取 得 」 ボ タ ン が 表 示 さ れ て い る 状 態
このボタンをクリックするとさらにメニューが表示され、以下の中から書誌情報の取
得方法を選択できます。
l
PDF ファイルを解析して書誌情報を取得
l
DOI を指定して書誌情報を取得
l
PubMed ID を指定して書誌情報を取得
l
書誌情報を直接入力
l
書誌情報の消去
その文献の DOI や PubMed ID が判明している場合には、「DOI を指定して書誌情報を
取得」や「PubMed ID を指定して書誌情報を取得」などを選択して、それらの情報を入
力してやることで書誌情報を取得できる場合があります。
書誌情報を取得できなかった理由がインターネットに接続していなかったなどである
場合には、ネットワークの設定 (5.4)などを変更した上で、
「PDF ファイルを解析して書
誌情報を取得」などを選択します。このとき、TogoDoc に接続していると、より精度の
高い解析が行われます。
なお、書誌情報が PubMed 上に存在しない文献に関しては、自動的に書誌情報を取得
することはできません。この場合には「書誌情報を直接入力」を選択して、適切な情報
25
TogoDocClient ユーザーズガイド
を入力してください。
4.6.2. ソフトウェアを更新する
ソフトウェアの更新を行うと、ライブラリが更新されるなどして PDF ファイルの解析
機能が改善される場合があります。ソフトウェア更新の後、解析に失敗した PDF ファイ
ルを上記 4.6.1 の手順で解析してください。
4.7. 文献を追加する
文献フォルダ、またはそのサブフォルダを選択した状態でコンテキストメニューを表
示し、
「選択されたフォルダへ外部から PDF ファイルをコピー」を実行すると、PDF ファ
イル選択ダイアログが表示されます。PDF ファイルを選択して「開く」ボタンを押すと、
最初に選択した文献フォルダ（またはサブフォルダ）の下にそのファイルをコピーしま
す。
TogoDocClient の外部で文献フォルダに PDF ファイルを追加した場合、メニューバー
から「ファイル >文献フォルダを再スキャン」を選択することで、追加した PDF ファイ
ルを TogoDocClient 上に表示させられます。
4.8. 文献をチェック済にする
4.7 の方法で PDF ファイルを追加した場合、それらのファイルは下図のように、ファ
イル名の先頭に * (アスタリスク記号)が付与された状態で Article Explorer 上に表示さ
れます。
26
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 19 追 加 し た PDF フ ァ イ ル の 表 示
これらは、
「未チェックの文献」という意味で、あなたがまだこれらの文献をチェック
していないことを表しています。文献をチェック済みにするには、それらのファイルを
選択した状態でコンテキストメニューを表示し、
「文献をチェック済にする」を選択して
ください。
または、未チェックの文献を文献タブで開き、
「チェック済」という項目にチェックを
入れることもできます。逆に未チェック状態に戻したいときには、このチェックを外し
てください。
27
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 20 未 チ ェ ッ ク の 文 献
4.9. 文献にタグを付ける
文献を独自に分類する、文献にマーキングするなどの目的で、文献にタグを付けるこ
とができます。ひとつの文献に複数のタグを付けることができ、また複数の文献に同じ
タグを付けることができます。
図 21 文 献 の タ グ
タグの編集は、Tag Explorer で行います。Tag Explorer は Article Explorer に似た表示
で、タグをフォルダのように扱えます。作成したタグに対し、Article Explorer から文献
をドラッグアンドドロップすると、その文献にタグ付けしたことになり、Tag Explorer
の該当タグの下にその文献が表示されます。
Tag Explorer ではタグの作成、タグの削除、文献へのタグ付け、文献からタグの削除
を行えます。タグを作成する場合は、Tag Explorer の右上に配置された"新規タグの作成
"ボタンを押すと新しいタグを作成することができます。
28
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 22 新 し い タ グ の 作 成
また、コンテキストメニューからは、タグに関する様々な操作を行うことができます。
図 23 Tag Explorer の コ ン テ キ ス ト メ ニ ュ ー
文献タブのタグ表示部でも同じ操作をできますが、その文献タブで表示している文献
だけが編集対象となります。
4.10. 文献ファイルを操作する
Article Explorer では、フォルダおよび文献ファイルに対して以下の操作ができます。
文献フォルダの登録(4.4)
文献フォルダを TogoDoc の管理から外す
サブフォルダの新規作成
サブフォルダおよび文献ファイルの移動
29
TogoDocClient ユーザーズガイド
コンテキストメニューの「移動」
ほかのフォルダへのドラッグアンドドロップ
サブフォルダおよび文献ファイルをゴミ箱に捨てる
コンテキストメニューの「ゴミ箱へ移動」
ゴミ箱へのドラッグアンドドロップ
ゴミ箱にあるサブフォルダおよび文献ファイルを元の位置に戻す
ゴミ箱をクリックして表示されるゴミ箱ダイアログでコンテキストメニューから「元
の位置に復元」を実行
ゴミ箱ダイアログからドラッグアンドドロップ
ゴミ箱にあるサブフォルダおよび文献ファイルを削除(ファイル・フォルダは実際に削
除されます)
ゴミ箱をクリックして表示されるゴミ箱ダイアログで「完全に削除」ボタンをクリッ
ク
フォルダおよび文献ファイルの名前変更
名前を変更したいフォルダおよびファイルを選択し、コンテキストメニューから「名
前の変更 (マニュアル)」を実行
文献フォルダの名前を変更した場合、TogoDocClient 上での表示名が変更されるだけ
で、コンピュータ上のフォルダ名は変更されません
文献ファイルの一括名前変更
名称を変更した文献ファイルおよび文献ファイルを含むフォルダを選択し、コンテキ
ストメニューから「名前の変更 (パターン指定)」を実行
4.11. 文献ファイルの名前を一括変更する
メニューバーの「ファイル > すべての PDF ファイルの名前を変更 (パターン指定)」
を指定すると、お手持ちの PDF ファイルの名前を一括して変換します。変換には名前の
パターンを利用し、書誌情報の様々な項目 (論文タイトル、第一著者、発行年、ジャー
ナル名など) を組み合わせて名前を変更できます。
30
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 24 文 献 フ ァ イ ル 名 の パ タ ー ン 入 力
なお、便利な名前パターンがあらかじめ登録されていますので、
「変更後の名前パター
ン」のドロップダウンから選択してください。独自のパターンを利用したい場合には、
パターンを直接記述することも可能です。
現在利用可能な名前パターンの項目は以下のとおりです。また、それぞれの変数には
短縮名 ($t など) も用意されています。
変数名
説明
${title}
論文タイトル
${title-underscore}
論文タイトル(スペースを下線に変更)
${title-skipspaces}
論文タイトル(スペースを省略)
${year}
出版年
31
TogoDocClient ユーザーズガイド
変数名
説明
${first-author}
第一著者
${first-author-underscore}
第一著者(スペースを下線に変更)
${first-author-skipspaces}
第一著者(スペースを省略)
${first-author-givenname}
第一著者(ファミリーネーム以外)
${first-author-givenname-initial}
第一著者(ファミリーネーム以外,イニシャルのみ)
${first-author-givenname-underscore}
第一著者(ファミリーネーム以外,スペースを下線に変
更)
${first-author-givenname-skipspaces}
第一著者(ファミリーネーム以外,スペースを省略)
${first-author-familyname}
第一著者(ファミリーネームのみ)
${first-author-familyname-initial}
第一著者(ファミリーネームのみ,イニシャルのみ)
${last-author}
最終著者
${last-author-underscore}
最終著者(スペースを下線に変更)
${last-author-skipspaces}
最終著者(スペースを省略)
${last-author-givenname}
最終著者(ファミリーネーム以外)
${last-author-givenname-initial}
最終著者(ファミリーネーム以外,イニシャルのみ)
${last-author-givenname-underscore}
最終著者(ファミリーネーム以外,スペースを下線に変
更)
${last-author-givenname-skipspaces}
最終著者(ファミリーネーム以外,スペースを省略)
${last-author-familyname}
最終著者(ファミリーネームのみ)
${last-author-familyname-initial}
最終著者(ファミリーネームのみ,イニシャルのみ)
${journal}
ジャーナル名
${journal-underscore}
ジャーナル名(スペースを下線に変更)
${journal-skipspaces}
ジャーナル名(スペースを省略)
${volume}
掲載号(Volume)
${issue}
掲載巻(Issue)
${page-start}
ページ番号(開始ページ)
${page-range}
ページ番号(フル)
${pubmed-id}
NCBI PubMed ID
${current-name}
現在のファイル名
${dollar}
文字 '$'
また、「自動リネームの設定を変更する」を選択して、今後追加される PDF ファイル
の名前を自動的に変更するようにも設定できます。
32
TogoDocClient ユーザーズガイド
4.12. 文献を外部フォルダへコピーする
Article Explorer でフォルダおよび文献ファイルを選択し、右クリックメニューから
「選択された PDF ファイルを外部へコピー」を実行することで、文献フォルダの内容を
好きな場所にコピーできます。
Tag Explorer でも同様に文献を外部フォルダへコピーできます。このとき、タグをフォ
ルダとして扱い、コピー先にはタグのラベルと同じ名前のフォルダを作成します。
どちらの場合も、出力先のフォルダを選択し、OK ボタンを押すことで、選択されたフォ
ルダおよびファイルをご利用のコンピュータ上にコピーすることができます。
4.13. OpenID を取得する
TogoDoc との連携機能を使用するためには OpenID が必要です。OpenID をお持ちでな
い場合、DBCLS のウェブサイトで取得することが可能です。
メニューバーの「TogoDoc > DBCLS (ライフサイエンス統合データベースセンター)
Open ID の取得」を選ぶと、インターネットブラウザーで DBCLS の OpenID 発行サイト
に接続し、そこでは OpenID を新規に取得できます。詳しくは DBCLS のヘルプページ
(http://openid.dbcls.jp/help.html) をご覧ください。
4.14. TogoDoc にログインする
OpenID を使用して TogoDoc にログインします。TogoDoc にログインすることで、推
薦文献一覧の取得など、様々な機能を使用できるようになります。
4.14.1. ログイン
ログインをするにはメニューバーの「TogoDoc > ログイン」を選択するか、ツールバー
の「ログイン」アイコンをクリックします。
4.14.2. TogoDoc のログイン設定を行う
初めて TogoDoc にログインする場合や、メニューバーの「TogoDoc > TogoDoc 通信設
33
TogoDocClient ユーザーズガイド
定」を選んだ場合には、次のように OpenID などを入力するダイアログが表示されます。
図 25 TogoDoc の ロ グ イ ン 設 定
TogoDoc へのログインに DBCLS から発行された OpenID を利用する場合、OpenID の認
証を自動的に行うこともできます。
「Client に OpenID への自動ログインを許可する」に
チェックを付けた上で、サインインパスワードを指定してください。
ただし、自動ログインを行うには、対象の OpenID が TogoDoc サービスを常に許可す
る設定となっている必要があります。そうなっていない場合には、OpenID 発行元にサイ
ンインする (4.14.3)と同様のダイアログが表示されますので、手動で OpenID 発行元に
サインインした上で、TogoDoc サービスに対して「常に許可」を選択してください。次
回以降のログインでは、この手順を省略できます。
なお、
「起動時に自動ログインを行う」にチェックを入れると、TogoDocClient が起動
した直後に TogoDoc へのログインを行います。
TogoDoc の通信設定については、詳しくは 5.2 を参照してください。
4.14.3. OpenID 発行元にサインインする
4.14.2 で自動ログインの設定を行っていない場合、OpenID の発行元に対して認証情
34
TogoDocClient ユーザーズガイド
報を取得しに行きます。
ブラウザダイアログに発行元サイトが表示されますのでサインインをしてください。
(画面は DBCLS のログイン画面です。発行元によって画面およびログイン方法は異なり
ます。)
なお、ブラウザーが正しく表示されない場合、メニューバーから「TogoDoc > TogoDoc
の通信設定」で「OpenID のログインに組み込みのブラウザーを利用する」のチェックを
外したのちに再度ログインしてみてください。
※ こ の サ イ ン イ ン は 基 本 的 に 省 略 す る こ と が で き ま せ ん 。
※ た だ し 、DBCLS の OpenID に 限 り 自 動 ロ グ イ ン 機 能 を 利 用 し て 、サ イ ン イ ン を 自
動化することが可能です。
図 26 OpenID 発 行 元 の 画 面
35
TogoDocClient ユーザーズガイド
4.14.4. TogoDoc の要求を許可する
認証の要求元が「https://docman.dbcls.jp/pubmed_recom」となっていることを確
認した上で、必要に応じて「今回だけ許可」または「常に許可」をクリックします。
「常
に許可」を選ぶと、以後この確認画面は表示されなくなります。(上記は DBCLS の OpenID
サービスを利用する場合の手順です。ほかのサービスを利用する場合は、適宜接続を認
める旨の設定を行ってください。）
図 27 TogoDoc の 要 求 を 許 可 す る 画 面
OpenID での認証が行われたのを確認したのち、
「OK」をクリックしダイアログを閉じ
ます。これで TogoDoc へのログインは完了です。
4.15. 推薦文献を取得する
推薦文献の取得機能は、お手持ちの文献情報を元に、類似の研究や関心事項などを扱っ
た論文を推定して提示します。この機能は TogoDoc にログインしていないとご利用にな
36
TogoDocClient ユーザーズガイド
れません。
メニューバーの「TogoDoc > 推薦文献の取得」を選択するか、ツールバーの「推薦文
献の取得」アイコンをクリックします。
なお、推薦文献の取得を行う際に、TogoDocClient に登録した文献の情報が TogoDoc
に送信され、TogoDoc はこれらの情報を元に文献を推薦します。推薦された文献は、
Article Search 上に、推薦度が高い順に並べられて表示されます。
4.16. TogoDoc の情報をクリアする
同じ OpenID で複数の TogoDocClient から TogoDoc を利用する場合、すべての
TogoDocClient の文献情報が統合されて TogoDoc 上で管理されます。この TogoDoc 上の
文献情報を一度削除して、現在の TogoDocClient で管理している文献情報だけを取り扱
いたい場合、メニューバーから「TogoDoc > TogoDoc に保存された文献リストのクリア」
を選択します。
一時的にすべての文献リストをクリアしますが、次に推薦文献の取得を行う際や、
TogoDoc からログアウトする際に、現在の TogoDocClient 上の文献情報が送信されます。
4.17. TogoDoc からログアウトする
TogoDoc からログアウトするには、メニューバーの「TogoDoc > ログアウト」を選択
するか、ツールバーの「ログアウト」アイコンをクリックします。
ログアウト時には、TogoDoc に現在のタグなどの情報が送信されます。これらの情報
は、次回 TogoDoc から推薦文献を取得する際に活用します。
4.18. 論文を検索する
単語や著者名などを元に論文を検索します。お手持ちの PDF ファイルを検索するロー
カル検索と、PubMed から検索する PubMed 検索があります。
4.18.1. ローカル検索
条件を指定し、お手持ちの PDF ファイルの中から該当するものを抽出します。
37
TogoDocClient ユーザーズガイド
メニューバーから「検索 > ローカル検索」を選ぶか、ツールバーの「ローカル検索」
アイコンをクリックします。
論文の検索条件を入力し、Search ボタンをクリックします。検索条件コンボボックス
には、過去の検索ワードの履歴が表示されます。検索時に画面右下の「最後の検索条件
を記憶する」というチェックボックスをチェックしておくと、次回検索時に前回の検索
条件が表示されます。
図 28 ロ ー カ ル 検 索 の 条 件 入 力
※単語の検索に際しては、一般的な文章で頻繁に使われる単語(代名詞や冠詞・前
置 詞 ・ be 動 詞 ・ 助 動 詞 な ど )は 無 視 さ れ ま す 。 なお、ジャーナル名は自動補完を利用して入力できます。補完候補は現在所持してい
る文献のジャーナル名や、過去に入力したジャーナル名などが対象になります。自動補
完を行うには、ジャーナル名の 1 文字目を入力するか、コントロールキーを押しながら
スペースキーを押してください (Mac OS X ではこのキーの組み合わせを Spotlight が優
先的に利用しています。その場合、コントロールキーとシフトキーを押しながらスペー
38
TogoDocClient ユーザーズガイド
スキーを押します)。
検索結果は Article Search に表示されます。
図 29 ロ ー カ ル 検 索 の 結 果
検索条件がキーワードのみの場合、メニューバーの「Keyword Search」にキーワード
を入力し、Enter キーを押下することでローカル検索が行われます。
図 30 キ ー ワ ー ド 検 索
4.18.2. PubMed 検索
条件を指定し、PubMed 上にある論文の中から該当するものを抽出します。
メニューバーから「検索 > PubMed 検索」を選ぶか、ツールバーの「PubMed 検索」
アイコンをクリックします。
論文の検索条件を入力し、「検索」ボタンをクリックします。ローカル検索と同様に、
ここでもジャーナル名の自動補完機能を利用可能です。
39
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 31 PubMed 検 索 の 条 件 入 力
検索結果は Article Search に表示されます。このリストは PubMed 上でのスコアが高
い順に整列されます。
図 32 PubMed 検 索 の 結 果
4.18.3. 新着表示
ダウンロード済みの文献 PDF ファイルを新着順に表示します。
40
TogoDocClient ユーザーズガイド
メニューバーから「検索 > 最近追加された文献」を選ぶと、Article Search 上に文献
のリストが表示されます。これらは、PDF ファイルが TogoDocClient に最近追加された
順に整列されています。
図 33 新 着 表 示 の 結 果
4.19. 関連する文献を取得する
選択した文献やタグに関連する文献を探すには、関連検索の機能を利用します。元と
なる文献や、タグなどを選択し、コンテキストメニューから「関連文献の検索」を選択
してください。このとき、検索対象を Client (お手持ちの PDF ファイルから検索)、MedLine
(MedLine データベースから検索)、TogoDoc (TogoDoc サービスから検索)のいずれかか
ら選択できます。
ただし、TogoDoc にログインしていない場合、「関連文献の検索 (TogoDoc)」は利用
できません。あらかじめ TogoDoc にログインした状態で行ってください。
4.20. 書誌情報の閲覧
Article Explorer または Article Search で選択した文献の情報を文献タブに表示します。
ダウンロード済みの文献 PDF ファイルについては、情報を編集することが可能です。な
お、文献情報は TogoDocClient で管理しますので、変更しても元のファイルやインター
ネット上の情報には影響を及ぼしません。
41
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 34 文 献 タ ブ
4.20.1. 題名
その文献ファイルのタイトルです。編集することが可能です。初期値は論文名です。
文献タブおよび Article Search にはこの件名が表示されます。(Article Explorer にはファ
イル名が表示されます。）
4.20.2. 著者一覧
その論文の執筆者の一覧です。
4.20.3. 出典
その論文が掲載された雑誌・参照番号および発表時期です。
42
TogoDocClient ユーザーズガイド
4.20.4. 文献 ID
その論文のデジタルオブジェクト識別子 (Digital Object Identifier, DOI)、および
PubMed ID を表示します。
クリックすると出典の当該論文の出典サイト (DOI)、および PubMed の当該ページ
(PubMed ID) にジャンプします。
4.20.5. 書誌情報の取得ボタン
表示している文献に応じて、以下 3 種類のボタンのうちいずれかが表示されます。
4.20.5.1. 書誌情報の取得
未解析の文献、または解析失敗の文献の場合に表示されます。「手動解析」(4.6.1)の
項を参照してください。
4.20.5.2. 書誌情報の修正
解析済みの文献の場合に表示されます。書誌情報の取得ボタンと同様の機能を提供し
ます。
4.20.5.3. PDF ファイルの割り当て
PubMed 検索結果の文献、および TogoDoc から取得した推薦文献のなど、PDF ファイ
ルが手元に無い文献の書誌情報に対して表示されます。現在表示している書誌情報を、
解析に失敗した PDF ファイルに割り当てます。現在表示している文献情報の DOI および
PubMed ID を指定して 4.6.1「手動解析」を行った場合と同じ動作をします。
「PDF ファイルの割り当て」ボタンをクリックすると、以下のようなダイアログが表
示されます。ダイアログには、現在表示している文献情報と類似度の高い順に、解析失
敗の文献 PDF ファイルが表示されます。
43
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 35 PDF フ ァ イ ル の 割 り 当 て
4.20.6. チェック済
この論文をあなたがチェックしたかどうかを切り替えることができます。未チェック
の文献は Article Explorer 上でマークが付けられ、優先して並び変えられます。
4.20.7. 概要
論文の要約です。PDF ファイルの冒頭を表示する場合と、PubMed から取得した要約
情報を表示する場合があります。
4.20.8. タグ
その論文のキーワードを示すタグを付けることができます。ここで付けたタグは、Tag
Explorer で閲覧できます。
この項目は、PDF ファイルを所持していない文献では表示されません。
4.20.9. ノート
その論文にメモを残すことができます。右上の「編集」をクリックして編集してくだ
さい。編集が終わったら「終了」をクリックしたのち、メニューバーの「ファイル > 文
44
TogoDocClient ユーザーズガイド
献タブを保存」で TogoDocClient 上に保存できます。
この項目は、PDF ファイルを所持していない文献では表示されません。
4.20.10. 評価
その論文の有用度を採点します。この情報は TogoDoc に送信され、推薦文献の情報な
どに利用される場合があります。
4.20.11. 検索
選択中の論文と類似した内容の文献を検索します。ダウンロード済みの文献 PDF ファ
イルから検索する機能「類似文献の検索 (Client)」、PubMed の文献検索サービスを使用
する機能「類似文献の検索 (PubMed)」、「類似文献の検索 (TogoDoc)」の 3 種類が提供
されています。それぞれの機能は 4.19「関連する文献を取得する」で紹介するものと同
じです。
検索結果は Article Search に表示されます。
4.21. 統計情報を表示する
お手持ちの PDF ファイルの統計を、順位付けして表示します。統計情報は、同一の PDF
ファイルが複数登録されている場合、PDF ファイルの数だけカウントされますのでご注
意ください。
4.21.1. 執筆者ランキング
お手持ちの文献 PDF ファイルに登場する執筆者の延べカウントを順位表示します。
執筆者ランキングを表示するには、メニューバーの「統計情報 > 著者」を選択しま
す。お手持ちの文献 PDF ファイルを複数選択してから、メニューバーの「統計情報 > 著
者」を選択することにより、選択されている文献 PDF ファイルに絞った統計が取得でき
ます。
45
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 36 執 筆 者 ラ ン キ ン グ
4.21.2. 用語ランキング
ある単語がお手持ちの文献 PDF ファイルに登場する回数 (Term Frequency, TF) と、
その単語の稀度 (Inverse Document Frequency, IDF) の積で順位付けします。
用語ランキングを表示するには、メニューバーの「統計情報 > 用語」を選択します。
論文に頻出する単語であっても、それが一般的によく使用される単語であるなら順位が
低くなります。逆にあまり登場しない単語でも、特異的な単語である場合、順位は高く
なります。
お手持ちの文献 PDF ファイルを複数選択してから、メニューバーの「統計情報 > 用
語」を選択することにより、選択されている文献 PDF ファイルに絞った統計が取得でき
ます。
46
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 37 用 語 ラ ン キ ン グ
※ 統 計 は 、文 献 フ ォ ル ダ 下 の す べ て の 文 献 を 対 象 と し ま す 。内 容 の 同 じ フ ァ イ ル が
複 数 あ る 場 合 、 そ れ ぞ れ を 別 の も の と し て 集 計 し ま す 。 4.22. 選んだ文献をじっくり見る
リストビューは、選択した PDF ファイルのみをフィルタリングして閲覧する機能です。
プレイリストを表示するには、ツールバーの「リストビューで開く」アイコンをクリッ
クします。
画面左に選択した文献の一覧が表示されます。
47
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 38 リ ス ト ビ ュ ー
4.23. 発生した問題を確認する
TogoDocClient を利用していると、稀にステータスバーに「~件の問題」と表示される
ことがあります。これは TogoDoc との通信に失敗したり、正しい書誌情報を取得できな
かったりした場合に、それらを通知しています。
図 39 発 生 し た 問 題 の 件 数
48
TogoDocClient ユーザーズガイド
このように表示された場合、その部分をクリックすると問題の内容をリストで表示し
ます。また、リストの項目をダブルクリックすると、その問題だけを詳しく表示します。
図 40 問 題 の 一 覧
問題の一覧は、
「ログを消去する」をクリックするか、TogoDocClient を再起動するま
で表示され続けます。
5. 各種設定
TogoDocClient は、Windows ならばメニューバーの「ウィンドウ > 設定…」、Mac OS X
ならばメニューバーの「TogoDocClient > 環境設定…」から設定を変更できます。これ
らのメニュー項目を選択すると、統合の設定画面が表示されます。
49
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 41 統 合 の 設 定 画 面
5.1. 確認ダイアログの設定
設定画面の左部から「確認ダイアログの設定」を選択すると、確認ダイアログの表示
抑制に関する設定項目が表示されます。いくつかの確認ダイアログは、
「以後確認しない」
にチェックを入れることで表示されなくなりますが、これらを再度表示するようにする
には、この画面から設定してください。
50
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 42 確 認 ダ イ ア ロ グ の 設 定
5.2. TogoDoc 通信設定
設定画面の左部から「TogoDoc 通信設定」を選択すると、TogoDoc のログインに利用
する OpenID などを指定する画面が表示されます。
51
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 43 TogoDoc 通 信 設 定
OpenID の項目にはログインに利用する OpenID の URL を指定してください。ここに
DBCLS から発行された OpenID を指定した場合、自動ログインの設定が行えるようにな
ります。
「Client に OpenID への自動ログインを許可する」にチェックを入れ、パスワー
ドを指定すると、TogoDoc へのログイン時に OpenID のサインイン画面を表示せずに、
自動的に TogoDoc へのログインを行います。また、「起動時に自動ログインを行う」に
チェックを入れると、TogoDocClient の起動時に自動的に TogoDoc にログインするよう
になります。
「その他の設定」の項目は通常変更する必要はありません。「OpenID のログインに組
み込みのブラウザーを利用する」のチェックを外した場合、OpenID の画面がコンピュー
タの既定のブラウザーを利用して表示されます。また、
「TogoDoc URL」は別のサーバで
稼動する TogoDoc サービスを利用するための設定で、通常は変更しないでください。
5.3. PDF 解析の設定
設定画面の左部から「PDF 解析の設定」を選択すると、PDF ファイルの解析に利用す
る動作を変更できます。
52
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 44 PDF 解 析 の 設 定
「NCBI への最小問い合わせ間隔」は、PubMed ID を元に書誌情報を PubMed から取得
しますが、その際に利用する待機時間を変更します。NCBI はあまりに頻繁なリクエスト
が来た場合にそれを正しく処理しない場合がありますので、通常はこの項目を変更する
必要はありません。
「ファイル名から PubMed ID を推測する」は、PDF ファイルを「(PubMed ID).pdf」の
形式で管理している場合に、ファイル名の一部を PubMed ID と仮定して書誌情報を取得
します。この項目を有効にした場合、6 桁以上の数値からなる PDF ファイルの名前は、
すべて PubMed ID であると推測してしまうため、誤った書誌情報を PDF ファイルに割り
当ててしまう場合もあります。PDF ファイルの名前を PubMed ID で管理している場合に
のみ、この項目を有効にしてください。
53
TogoDocClient ユーザーズガイド
5.4. ネットワークの設定
設定画面の左部から「ネットワークの設定」を選択すると、TogoDocClient がインター
ネットに接続する際のプロキシの設定を変更できます。
図 45 ネ ッ ト ワ ー ク の 設 定
プロキシの設定については、ネットワーク管理者に問い合わせてください。
5.5. チェック済文献の設定
設定画面の左部から「チェック済文献の設定」を選択すると、追加された文献のチェッ
ク状態を変更することができます。
54
TogoDocClient ユーザーズガイド
図 46 チ ェ ッ ク 済 み 文 献 の 設 定
既定では、文献フォルダを登録時にそこに含まれる PDF ファイルはチェック済みとし、
それ以外で追加された文献は未チェックとしています。
55
© Copyright 2024 Paperzz
