DDBJ Sequence Read Archive

第26回DDBJing 講習会 in 三島
『DDBJ Sequence Read Archive(DRA), DDBJ BioProject の紹介』
第26回 DDBJing 講習会 in 三島 (2013.1.24)
DDBJ Sequence Read Archive
DDBJ BioProject
の紹介
国立遺伝学研究所
国
遺伝学研究所
生命情報・DDBJ研究センター
日本DNAデータバンク
児玉悠一
1
DDBJ Sequence Read Archive
次世代 (以降) シークエンサ
から出力される
1次データのための公共データベース
2
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『DDBJ Sequence Read Archive(DRA), DDBJ BioProject の紹介』
国際協力
Sequence Read Archive
DRA 2008 年～
データ形式は３極で同一
形式は共同で策定
登録はどこか１極でOK
公開データは共有される
SRA
ERA
2007 年～
2008 年～
3
次世代データの流れ
解析パイプライン
定量データ
１次データ
プロジェクトデータ
アノテーションされた塩基配列データ
4
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登録対象
配列のみのデータ
454 (R
(Roche)
h )
Solexa (Illumina)
@SRR001654.1 9460:7:1:830:763 length=36
GTCAATATTAATCATACCAATATACTCAAAAAATAA
+SRR001654.1 9460:7:1:830:763 length=36
I+-&*4)%+5'#%/)&$%$#%"#&%'%"$%#%%!""
@SRR001654.2 9460:7:1:402:781 length=36
GGTCTAAAAAGCAAAATTCAGTCTTCAAAATAATTC
+SRR001654.2 9460:7:1:402:781 length=36
II+(%$+%'&+*-0+/*("%&+"*&"(*$""#%%&$
@SRR001654.3 9460:7:1:433:775 length=36
GTGCTTTTTTTTTTCCAGGAAGTTGTCTCCTCTATC
+SRR001654.3 9460:7:1:433:775 length=36
II3DI>IIIIIIIB7.,&%&'&)."+%,$"&$&"%#
画像データ
1次データ
fastq データ
ベースコール
Q
Quality
スポット座標
塩基配列 + Quality Value
ランデータ
SOLiD (ABI) etc
メタデータ (データに関する情報：実験手法、解析方法 etc)
5
登録に必要なデータ
ランの結果
“メタデータ
メタデータ”” + “ランデータ
ランデータ””
どんな実験？
どんな研究？
どんなサンプル？
6
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メタデータ
６個の
オブジェクト
実体は
XML ファイル
フイル
ランデータは
Run の下に
アクセッション番号は
それぞれのオブジェクトに
対して発行されます
7
メタデータ in XML
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<EXPERIMENT_SET xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
<EXPERIMENT alias="2010007891" expected_number_runs="8" expected_number_spots="547063"
expected_number_reads="547063" accession="SRX000017">
<TITLE>454 sequencing of Roseburia faecis M72/1 genomic fragment library</TITLE>
<STUDY_REF
S
accession="SRP000011"
S
refname="2005892953"/>
f
/
<DESIGN>
<DESIGN_DESCRIPTION>454 Sequencing of Roseburia faecis M72/1 Whole Genome Shotgun
Library</DESIGN_DESCRIPTION>
<SAMPLE_DESCRIPTOR accession="SRS000011" refname="Roseburia faecis M72/1"/>
<LIBRARY_DESCRIPTOR>
<LIBRARY_NAME>2010007891</LIBRARY_NAME>
<LIBRARY_STRATEGY>WGS</LIBRARY_STRATEGY>
<LIBRARY_SOURCE>GENOMIC</LIBRARY_SOURCE>
<LIBRARY_SELECTION>RANDOM</LIBRARY_SELECTION>
<LIBRARY_LAYOUT>
<SINGLE/>
</LIBRARY_LAYOUT>
</LIBRARY_DESCRIPTOR>
<SPOT_DESCRIPTOR>
<SPOT_DECODE_SPEC>
<NUMBER_OF_READS_PER_SPOT>2</NUMBER_OF_READS_PER_SPOT>
<READ_SPEC>
<READ_INDEX>0</READ_INDEX>
8
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オブジェクトでデータを表現
例) 培養細胞: 薬剤処理 0, 12, 24 h 後の転写プロファイル解析
Submission
Study
Sample
Experiment (24 h)
Experiment (12 h)
Experiment (0h)
Run
Run
Run
登録後オブジェクトを追加できます
24 h
12 h
0h
9
データ登録
登録マニュアルに従い、まずは
登録アカウントを申請してください
登録受付システム
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/submission.shtml
メタデータ
ウェブ上で作成
登録者
ランデータ
ファイルを転送
ファイル受付サーバ
10
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登録アカウント
アカウントをウェブ上で取得、
ログインします
新規登録 (drauser-0004)
の詳細画面に移動します
新規登録を作成
11
登録詳細画面
メタデータ作成ツール
を起動します
12
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メタデータの作成
オブジェクト
に対応したタブ
XML を意識することなく、
を意識することなく
情報を入力していくだけで
メタデータを作成できます
ポップアップ説明
入力支援
13
メタデータの投稿
テンプレートや
過去の登録内容を
利用できます
チェックが通ったメタデータを投稿します
入力内容をチェックします。
エラーメッセージが表示された場合は
内容を修正します
14
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ランデータの転送
機種
454
Illumina
SOLiD
ファイル
sff
qseq
csfasta + QV.qual
詳細はウェブサイトをご覧ください
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/documentation.shtml
登録に対応するディレクトリ
drauser/submission/drauser-0004
にファイルを転送
ランデータ
ファイル
ファイル受付サーバ
15
ランデータのチェック
表示されるエラーメッセージに従い
メタデータの修正やランデータファイルの
再転送をしてください
ランデータファイルの情報
ランデータファイル
のチェックを開始
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アクセッション番号発行
アクセッション番号
メタデータとランデータが揃い
status が data_validated になった後、査定を開始します。
不備がなければアクセッション番号を発行します。
※不備がある場合は Submission.Contact に記入された
メールアドレス宛に問い合わせます
※Contact にはできるだけ複数の連絡先を指定してください
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データの更新
メタデータの更新
例) pubmed id の追加
公開予定日の変更
※４年後まで指定でき、延長可能です
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データの公開
指定された公開予定日になるとデータが自動的に公開されます。
公開されたデータは EBI/NCBI SRA にミラーされます
生物名 etc での絞り込み
検索結果リスト
ダウンロード
詳細
19
BioProject
定量データ
次世代シークエンサの登場で
次世代シ
クエンサの登場で
生産性が飛躍的に向上！
１次データ
↓
１つのプロジェクト/ラボからのデータが
複数のデータベースに登録されるように
プロジェクトデータ
↓
アノテーションされた塩基配列データ
これらをつなぐ ID がない！
↓
BioProject
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データをグループ化
複数のデータベースに存在するデータをグループ化
大きなプロジェクトは２階層で表現
例) ゲノム支援プロジェクト
動物ゲノム
植物ゲノム
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プロジェクトの登録
プロジェクトを登録するケース




ゲノム配列の登録 (必須)
複数のデータベースにまたがって登録する
複数のデ
タベスにまたがって登録する
複数のプロジェクトメンバーからの登録
登録するデータ量が多い
登録アカウントから
プロジクトのゴル
プロジェクトのゴール、
研究費、対象生物、デー
タの種類 etc を登録
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連絡先
DDBJ Sequence Read Archive
htt //t
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra
ddbj i
j /d
[email protected]
DDBJ BioProject
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/bioproject
[email protected]
23

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