Table S1 The proteins identified by MASCOT 2.1 from 5457 peptide matches
above homology or identity threshold, and ratios in CHAD-/- (KO) versus wild
type (WT) mice. Proteins identified by only one peptide were excluded. Proteins that
changed > 50 % are underlined
Acc. No.
P62259
P63101
P63325
P62264
P62270
Q9CZX8
P60867
Q9CPR4
P20029
P68134
P60710
Q60604
Q61282
P09242
P07758
P22599
Q00896
Q00897
Q00898
P29699
P17182
P21570
P97429
P48036
P14824
Q00623
P08226
Q03265
P56480
P21550
P28653
P34821
Protein name
14-3-3 protein epsilon
14-3-3 protein zeta/delta
40S ribosomal protein S10
40S ribosomal protein S14
40S ribosomal protein S18
40S ribosomal protein S19
40S ribosomal protein S20
60S ribosomal protein L17
78 kDa glucose-regulated protein
Actin, alpha skeletal muscle
Actin, cytoplasmic 1
Adseverin
Aggrecan core protein
Alkaline phosphatase, tissuenonspecific isozyme
Alpha-1-antitrypsin 1-1
Alpha-1-antitrypsin 1-2
Alpha-1-antitrypsin 1-3
Alpha-1-antitrypsin 1-4
Alpha-1-antitrypsin 1-5
Alpha-2-HS-glycoprotein
Alpha-enolase
Angiogenin
Annexin A4
Annexin A5
Annexin A6
Apolipoprotein A-I
Apolipoprotein E
ATP synthase subunit alpha,
mitochondrial
ATP synthase subunit beta,
mitochondrial
Beta-enolase
Biglycan
Bone morphogenetic protein 8A
Female
KO vs
WT
0,68
0,66
0,97
0,96
0,99
0,87
0,90
1,03
0,94
1,01
1,01
0,64
1,00
Male Female Female
KO vs vs Male vs Male
WT
KO
WT
0,33
1,72
0,83
0,32
1,84
0,90
0,73
0,88
0,66
0,57
1,21
0,72
0,71
0,97
0,70
0,69
1,04
0,83
0,66
0,84
0,61
0,58
1,06
0,59
0,69
1,23
0,90
0,62
1,74
1,07
0,60
1,79
1,07
0,52
1,33
1,08
0,82
1,07
0,88
0,93
0,37
0,39
0,38
0,38
0,38
0,82
0,83
1,13
0,82
0,77
0,84
1,20
0,36
0,79
0,25
0,27
0,25
0,27
0,28
0,46
0,67
1,03
0,77
0,53
0,72
0,62
0,35
1,02
1,41
1,37
1,41
1,35
1,27
0,79
1,19
1,02
1,09
1,35
1,16
1,14
1,33
0,86
0,95
0,94
0,95
0,96
0,94
0,44
0,97
0,93
1,02
0,93
0,99
0,59
1,31
1,03
0,81
1,06
0,83
0,87
0,99
1,16
0,81
0,77
0,85
1,11
0,59
1,14
1,19
0,89
1,25
0,99
1,02
0,85
0,90
P62204
O35887
P16015
Q66K08
P51942
Q9R0G6
O55226
Q9Z1F6
Q06890
Q8BH61
Q8R2G6
P11087
P28481
P08121
Q05722
Q04857
Q05306
Q61245
Q60847
Q01149
Q07643
Q3U962
Q02788
Q64739
P33435
Q04447
P07310
O88200
Q9EPW4
Q9WUQ5
P21460
O35215
P28654
P06802
P10126
P70186
P63073
Q8BGY2
Calmodulin
Calumenin
Carbonic anhydrase 3
Cartilage intermediate layer
protein 1
Cartilage matrix protein
Cartilage oligomeric matrix
protein
Chondroadherin
Chondromodulin-1
Clusterin
Coagulation factor XIII A chain
Coiled-coil domain-containing
protein 80
Collagen alpha-1(I) chain
Collagen alpha-1(II) chain
Collagen alpha-1(III) chain
Collagen alpha-1(IX) chain
Collagen alpha-1(VI) chain
Collagen alpha-1(X) chain
Collagen alpha-1(XI) chain
Collagen alpha-1(XII) chain
Collagen alpha-2(I) chain
Collagen alpha-2(IX) chain
Collagen alpha-2(V) chain
Collagen alpha-2(VI) chain
Collagen alpha-2(XI) chain
Collagenase 3
Creatine kinase B-type
Creatine kinase M-type
C-type lectin domain family 11
member A
C-type lectin domain family 3
member A
C-X-C motif chemokine 14
Cystatin-C
D-dopachrome decarboxylase
Decorin
Ectonucleotide
pyrophosphatase/phosphodieste
rase family member 1
Elongation factor 1-alpha 1
Epiphycan
Eukaryotic translation initiation
factor 4E
Eukaryotic translation initiation
0,82
0,88
1,34
1,07
0,86
1,14
1,17
1,03
1,63
1,53
1,00
1,38
1,75
0,62
1,18
0,54
1,13
1,22
0,76
1,05
0,99
0,05
0,97
0,90
0,70
0,89
0,02
0,49
0,91
0,60
1,01
2,10
1,52
1,01
1,09
0,91
0,90
0,76
1,02
0,93
1,13
1,15
1,16
1,00
1,18
1,01
1,05
1,01
1,35
1,07
0,96
1,23
1,07
1,06
1,13
0,96
0,92
1,02
1,13
1,27
1,28
1,04
0,86
0,94
1,24
1,13
0,97
0,98
1,49
0,82
1,26
0,88
1,13
1,20
1,03
0,66
0,81
0,71
1,07
1,05
0,91
0,73
1,19
0,65
0,93
0,75
1,12
0,76
0,95
0,99
0,97
0,94
0,64
0,88
0,90
0,95
0,89
0,81
0,90
1,00
0,59
0,94
0,90
0,86
0,91
0,73
1,17
1,27
0,59
0,71
1,10
1,32
1,34
0,96
0,82
1,00
1,00
1,02
1,19
0,64
0,80
1,05
1,01
0,59
0,93
1,00
0,92
0,76
0,74
0,72
0,81
0,96
0,91
0,78
0,84
0,70
0,65
0,90
1,29
1,01
0,93
0,99
0,84
1,00
0,90
0,68
0,66
0,41
1,25
1,29
0,92
0,77
P09528
P29391
P50608
P11276
P05064
P16110
P13020
P46412
P10649
P16858
P63017
P01942
P02088
Q91X72
Q99020
Q8BG05
Q9Z130
O88569
P10922
P43275
P15864
P43277
P43274
P43276
Q8BFU2
P27661
P10853
P10854
P68433
P62806
Q9QUP5
Q9D819
Q6P9L6
P21956
P48678
P06151
P51885
factor 5A-2
Ferritin heavy chain
Ferritin light chain 1
Fibromodulin
Fibronectin
Fructose-bisphosphate aldolase
A
Galectin-3
Gelsolin
Glutathione peroxidase 3
Glutathione S-transferase Mu 1
Glyceraldehyde-3-phosphate
dehydrogenase
Heat shock cognate 71 kDa
protein
Hemoglobin subunit alpha
Hemoglobin subunit beta-1
Hemopexin
Heterogeneous nuclear
ribonucleoprotein A/B
Heterogeneous nuclear
ribonucleoprotein A3
Heterogeneous nuclear
ribonucleoprotein D-like
Heterogeneous nuclear
ribonucleoproteins A2/B1
Histone H1.0
Histone H1.1
Histone H1.2
Histone H1.3
Histone H1.4
Histone H1.5
Histone H2A type 3
Histone H2A.x
Histone H2B type 1-F/J/L
Histone H2B type 1-M
Histone H3.1
Histone H4
Hyaluronan and proteoglycan
link protein 1
Inorganic pyrophosphatase
Kinesin-like protein KIF15
Lactadherin
Lamin-A/C
L-lactate dehydrogenase A chain
Lumican
0,91
1,05
1,01
1,85
0,80
0,97
1,05
1,61
1,13
1,05
0,86
0,97
1,02
0,97
0,90
0,84
0,69
0,83
0,57
0,62
0,78
0,82
0,78
0,54
0,62
0,68
0,90
1,06
1,26
1,60
1,17
1,06
0,99
1,19
1,61
0,97
0,79
0,66
1,15
0,95
1,00
0,69
0,62
1,25
0,72
0,55
0,41
0,70
1,18
0,92
1,12
0,73
0,85
0,74
0,74
0,41
0,75
0,72
0,76
0,73
0,79
0,61
0,79
0,67
0,74
0,75
0,78
0,79
0,81
0,85
0,99
0,98
0,99
0,99
1,02
0,96
0,96
0,98
0,98
1,09
1,22
0,73
0,86
0,85
0,87
0,88
0,88
0,88
0,86
0,87
0,83
0,83
0,73
0,96
0,80
0,98
0,97
0,96
0,95
0,95
0,93
0,92
0,91
0,97
0,97
1,07
1,23
0,73
0,99
0,83
0,86
0,84
0,84
0,79
0,82
0,82
0,82
0,82
0,72
0,97
0,88
0,64
1,15
1,32
1,01
0,51
0,98
0,85
0,58
0,95
1,26
0,85
0,35
0,92
0,99
0,90
1,15
0,97
1,14
1,42
0,98
0,95
0,71
0,95
0,92
0,96
0,99
0,92
Q924C6
P14152
O35701
P19788
Q62000
Q6PCP5
P26041
O70624
P04247
P05977
P97457
Q5SX40
Q5SX39
P13542
O88322
Q02819
P81117
Q8R480
Q01768
O35103
P17742
P24369
Q05793
P35700
P99029
O08709
P70296
P09411
Q9DBJ1
P22777
Q9JK53
Q60715
Q60716
P09103
P27773
Q922R8
P31725
LysylOxidase homolog 4
Malate dehydrogenase,
cytoplasmic
Matrilin-3
Matrix Gla protein
Mimecan
Mitochondrial fission factor
Moesin
Myocilin
Myoglobin
Myosin light chain 1, skeletal
muscle isoform
Myosin regulatory light chain 2,
skeletal muscle isoform
Myosin-1
Myosin-4
Myosin-8
Nidogen-2
Nucleobindin-1
Nucleobindin-2
Nucleoporin NUP85
Nucleoside diphosphate kinase
B
Osteomodulin
Peptidyl-prolyl cis-trans
isomerase A
Peptidyl-prolyl cis-trans
isomerase B
Perlecan
Peroxiredoxin-1
Peroxiredoxin-5, mitochondrial
Peroxiredoxin-6
Phosphatidylethanolaminebinding protein 1
Phosphoglycerate kinase 1
Phosphoglycerate mutase 1
Plasminogen activator inhibitor 1
Prolargin
Prolyl 4-hydroxylase subunit
alpha-1
Prolyl 4-hydroxylase subunit
alpha-2
Protein disulfide-isomerase
Protein disulfide-isomerase A3
Protein disulfide-isomerase A6
Protein S100-A9
1,00
0,90
1,09
0,99
0,77
0,88
1,07
0,80
1,04
0,86
0,78
1,00
0,53
1,04
0,99
0,89
0,80
0,61
0,56
1,15
1,27
0,94
1,23
0,83
1,04
1,24
0,94
1,16
0,87
1,11
1,15
0,94
0,81
0,88
0,68
1,33
0,90
1,29
1,04
1,49
0,95
1,00
0,94
1,03
0,97
0,90
0,85
0,77
1,35
1,19
1,19
1,23
0,88
0,68
0,76
0,63
1,06
1,16
1,11
1,12
0,93
1,06
1,02
1,20
1,51
1,38
1,41
1,34
0,84
0,79
0,91
0,99
0,85
0,77
0,59
1,02
1,24
0,80
0,84
1,06
0,95
0,74
1,11
0,86
0,92
0,93
0,68
0,73
0,81
0,80
0,82
0,51
0,82
0,71
1,03
1,00
1,24
0,77
1,21
0,89
0,88
0,94
0,87
1,02
0,65
0,75
0,78
0,90
1,10
0,67
0,65
0,56
0,58
1,17
1,05
1,14
1,30
1,45
0,94
1,08
0,98
0,93
0,93
1,00
0,84
0,70
1,11
0,92
0,76
0,72
0,78
0,64
1,02
0,61
0,58
0,70
0,61
0,21
1,23
1,34
1,11
1,10
1,08
0,99
1,09
1,01
1,06
0,22
Q9JM99
P52480
P26043
Q05186
Q8BH97
Q00724
Q99PT1
Q9JJH1
P07759
Q921I1
P19324
P07724
Q9CYR0
P62320
P07214
Q8CD91
P08228
Q8R054
O08599
P80315
Q91W90
P35441
Q9Z1T2
P40142
P63028
P17751
P58771
P58774
P13412
Q9QZ47
Q7TMM9
P62991
P20152
Q8VHI5
Proteoglycan 4
Pyruvate kinase isozymes
M1/M2
Radixin
Reticulocalbin-1
Reticulocalbin-3
Retinol-binding protein 4
Rho GDP-dissociation inhibitor 1
Ribonuclease 4
Serine protease inhibitor A3K
Serotransferrin
Serpin H1
Serum albumin
Single-stranded DNA-binding
protein, mitochondrial
Small nuclear ribonucleoprotein
Sm D3
SPARC
SPARC-related modular calciumbinding protein 2
Superoxide dismutase [Cu-Zn]
Sushi repeat-containing protein
SRPX2
Syntaxin-binding protein 1
T-complex protein 1 subunit
delta
Thioredoxin domain-containing
protein 5
Thrombospondin-1
Thrombospondin-4
Transketolase
Translationally-controlled tumor
protein
Triosephosphate isomerase
Tropomyosin alpha-1 chain
Tropomyosin beta chain
Troponin I, fast skeletal muscle
Troponin T, fast skeletal muscle
Tubulin beta-2A chain
Ubiquitin
Vimentin
Vitrin
1,16
0,96
1,03
0,86
0,72
0,85
0,76
1,00
0,92
0,82
1,30
0,94
1,00
0,84
1,29
0,62
0,60
0,74
0,73
0,65
0,75
0,92
0,70
0,76
0,62
0,81
1,09
1,22
1,00
1,27
1,30
1,09
1,02
0,47
1,04
1,12
1,13
0,94
0,87
0,97
0,92
0,91
1,01
0,72
0,35
0,79
0,83
0,71
0,58
0,57
1,25
1,19
0,89
1,03
0,58
0,93
0,96
0,79
0,63
0,71
1,08
0,92
1,19
0,86
0,84
0,98
0,92
0,91
0,94
0,92
0,97
0,78
0,84
1,05
0,87
0,89
0,43
0,42
1,27
1,23
0,74
0,69
1,09
1,12
0,59
0,74
0,87
0,74
1,05
1,01
1,17
1,26
0,91
1,08
0,93
0,84
0,99
0,80
1,09
1,18
1,04
0,90
0,89
0,91
0,77
0,75
0,77
0,66
1,57
1,79
1,61
1,74
0,31
0,86
0,73
1,18
1,02
1,13
1,21
1,29
1,10
0,98
1,64
0,96
0,95
0,84
0,80
0,93
1,73
1,91
1,71
1,93
0,58
0,90
0,90
1,32