Molecular Typing of Salmonella enterica
Serovars using Two PFGE Systems
Geraldine Doran
Martin Cormican
Interim Salmonella Reference Laboratory
Ireland
Molecular Typing of S.enterica Serovars
using two PFGE Systems
Serovars
S. Kedougou
S. Bredeney
Systems
Pharmacia Gene Navigator
Bio-Rad CHEF Mapper (PulseNet)
S. Kedougou Results
Pharmacia:
4 Subtypes
CHEF Mapper:
7 Subtypes
Molecular Typing of S.enterica Serovars
using two PFGE Systems
Comparison of 2 Systems
Time
Pharmacia
CHEF Mapper
Reproducibility
Both reproducible
Result Quality
CHEF MapperEasier to intrepret
Standardised
6 Days
4 Days (3)
PFGE of S. Kedougou using
Pharmacia
λ
kb
339
291
242
194
145
97.0
48.5
A1 A1 A2
λ
A3 A3 A3 A4
λ
? A4 A4
A1
λ
PFGE of S. Kedougou using
CHEF Mapper
λ
kb
339
291
242
194
145
97
48
A1
A6
A2
λ
A3
A3
A5
A4
λ
A5
A5
A7
A1
λ
PFGE of S. Kedougou
CHEF Mapper
kb
339
242
145
97
48
Λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ A4 A4 A4 A1 λ
Pharmacia
λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ A4 A4 A4 A1 λ
S Kedougou Pharmacia Reproducibility
Run 1
λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ
kb
339
291
242
194
145
97
48
Run 2
? A4 A4 A1 λ
λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ A4 A4 A4 A1 λ
PFGE of S. Bredeney
CHEF Mapper
λ A A2 A3 λ
kb
291
242
194
145
97
48
B C
D
E
λ F G
Pharmacia
λ
A
A2 A3
B
C
D
E
F
G
λ
Dendogram of S. Kedougou using
Bionumerics Software
Conclusions
CHEF Mapper
Quicker
Easier to Intrepret
More Reproducible
Standardised (PulseNet)