Figure S4 A Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes G11 G10 G09 G08 G06 G05 G03 F12 F11 F10 F08 F04 F02 E12 E11 E10 E09 E06 E05 D12 D10 D09 D08 D07 D06 D05 C12 C11 C09 C07 C04 C03 C02 B10 B09 B08 B06 B04 B03 B02 B01 A12 A11 A10 A09 A06 A05 A03 A01 H01 G07 F05 rs10491434_BSP.CpG_29 G02 F03 E08 E07 B05 D11 C06 C01 B11 B07 A07 A08 A04 Allele alt alt Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes G11 G10 G09 G08 G06 G05 G03 F12 F11 F10 F08 F04 F02 E12 E11 E10 E09 E06 E05 D12 D10 D09 D08 D07 D06 D05 C12 C11 C09 C07 C04 C03 C02 B10 B09 B08 B06 B04 B03 B02 B01 A12 A11 A10 A09 A06 A05 A03 A01 G07 F05 rs10491434_BSP.CpG_38 G02 F03 E08 E07 B05 D11 C06 C01 B11 B07 A07 A08 A04 Allele alt alt ref % methylated 100 75 50 25 0 H01 −log10(pvalue) 3 G07 2 G02 1 F03 0 E08 E07 D11 C06 C01 B11 B07 A08 A04 ref ref H01 Homozygotes (Reference Allele) Heterozygote ASM Probability Homozygotes (Reference Allele) % methylated 100 75 50 25 0 H01 G07 2 G02 1 F03 0 E08 E07 D11 C06 C01 B11 B07 A08 A04 ref −log10(pvalue) 3 Figure S4 (continued) B Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes G10 H01 G11 G09 G12 G05 rs2021716_BSP.CpG_111 G08 F11 F10 G06 F02 F12 E12 F08 E08 E09 E07 E06 C07 B11 B10 D02 B04 C12 B09 B03 B09 B07 B02 B07 B01 Homozygotes (Alternate Allele) rs2021716_BSP.CpG_225 Heterozygotes H01 G10 G09 F10 F02 F12 E12 F08 E08 F05 E04 0 H01 G12 G08 G07 G06 G02 F12 F08 F05 E11 D08 E10 D06 E09 D05 E07 C11 E07 E06 C09 E06 E05 C07 E05 C03 D11 C02 D09 B11 D02 B10 C12 B04 C12 B09 B03 B09 B07 B02 B07 B06 B01 B06 A12 A11 A11 A07 A10 A10 A06 A09 A09 A04 A08 alt 25 D12 D02 Allele 50 F03 D09 B05 75 G03 D11 B08 % methylated 100 G05 E09 C01 Homozygotes (Reference Allele) G12 E10 C04 ref ref E11 C06 A08 A01 G02 D07 A09 A04 G06 D10 A10 A06 G07 F04 A11 A07 G08 A08 A01 alt ref 0.00 B06 A12 alt 0.25 D09 C12 alt 0.50 D11 C02 A08 0.75 E05 C03 A09 1.00 F05 C09 A10 F11 F08 C11 A11 G11 F12 E06 B06 Allele G02 E07 D02 B05 G06 D05 D09 B08 G07 −log10(pvalue) 1.25 E10 D06 D11 C01 G08 E09 E05 C04 H01 G12 E11 D08 E10 C06 0 D12 E11 D07 25 E04 F05 D10 50 F03 G02 % methylated 100 75 G03 G07 F04 Homozygotes (Reference Allele) Heterozygote ASM Probability ref −log10(pvalue) 1.25 1.00 0.75 0.50 0.25 0.00 Figure S4 (continued) C Genotype Associated CpG Methylation rs2564921_BSP.CpG_311 Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes G12 H02 G03 G11 F10 G09 F03 F04 D11 E12 D06 E10 D05 E09 D02 B09 A12 B03 C11 C09 C06 C01 C02 B09 B10 B03 B02 A07 A09 A04 A03 alt Homozygotes (Alternate Allele) H02 G03 G11 F10 G09 % methylated 100 G07 G02 F03 Homozygotes (Reference Allele) G10 G05 F05 A01 H01 G08 F08 A04 ref ref Heterozygotes G12 A05 A08 A01 alt A07 B01 A05 A06 G01 E11 G06 F12 E06 F11 E04 F04 D11 E12 D06 E10 75 50 G05 25 G01 0 C11 B07 C09 B06 C06 E08 E05 D09 C07 D07 C11 C03 C09 C06 C01 C02 B05 C02 B09 B09 B04 B03 B10 B03 A12 B02 B02 A11 A07 A09 A04 A03 A01 alt H02 G03 G11 F10 G09 % methylated 100 75 G07 G02 F03 Homozygotes (Reference Allele) G10 G05 F05 A01 H01 G08 F08 A04 ref ref Heterozygotes G12 A05 A08 alt Homozygotes (Alternate Allele) A07 B01 A05 A06 G01 E11 G06 F12 E06 F11 E04 F04 D11 E12 D06 E10 C11 B07 C09 B06 C06 D07 C11 C03 C09 C06 C01 C02 B09 B10 B03 A12 B03 B02 B02 A11 A07 A09 A07 B01 A05 A05 A06 A04 A03 A01 alt F11 F12 E05 B09 B04 G01 0 D09 C07 C02 B05 25 G02 E08 D07 B08 G05 D10 D09 B11 50 E09 D10 C04 G08 E10 D08 E05 C12 G09 E12 E07 E08 D02 H02 G11 F04 F02 E09 D05 0.0 D10 D07 B08 F11 0.5 E09 D08 D09 B11 F12 1.0 E10 D10 C04 G02 1.5 E12 E07 E05 C12 G08 −log10(pvalue) F04 E08 D02 H02 G11 G09 F02 E09 D05 0.0 E05 B02 A11 F11 0.5 D07 C06 B04 F12 D09 C03 C09 C02 G01 1.0 E08 C07 C11 B05 G02 1.5 D10 D07 B08 G05 E09 D08 D09 B11 G08 E10 D10 C04 G09 −log10(pvalue) E12 E07 E05 C12 H02 G11 F04 F02 E08 B06 rs2564921_BSP.CpG_329 0 F11 E04 B07 rs2564921_BSP.CpG_347 G06 F12 E06 Allele 25 G01 E11 Allele 50 G07 G02 % methylated 100 75 G10 G05 F05 Allele H01 G08 F08 Homozygotes (Reference Allele) Heterozygote ASM Probability A04 A08 alt ref A01 ref −log10(pvalue) 1.5 1.0 0.5 0.0 Figure S4 (continued) Genotype Associated CpG Methylation rs2564921_BSP.CpG_350 Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes G12 H02 G03 G11 F10 G09 G06 F12 E06 F11 E04 F04 D11 E12 D06 E10 0 C04 B07 C09 B06 C06 C11 C09 C06 C01 C02 B09 B10 B03 B02 A07 A06 A04 A03 A01 alt H02 G03 G11 F10 G09 F08 G08 A05 A04 A08 A01 ref ref Heterozygotes G12 A07 B01 alt Homozygotes (Alternate Allele) Homozygotes (Reference Allele) % methylated 100 H01 75 G10 G05 G07 G02 G01 G06 F12 E06 F04 D11 E12 D06 E10 D05 E09 C11 B07 C09 B06 C06 B05 C02 E05 D07 C11 C03 C09 C06 C01 C02 B09 B03 B10 B02 B02 A11 A07 A09 A07 B01 A05 A05 A06 A04 A03 A01 alt F11 D09 C07 B03 A12 F12 E08 B09 B04 G01 D10 D07 B08 25 G02 E09 D08 D09 B11 G05 E10 D10 C04 G08 E12 E07 E05 C12 G09 F04 F02 E08 D02 H02 G11 50 0 F11 E04 0.0 D07 C03 B02 A05 0.5 E05 C07 B03 A09 1.0 E09 B09 E11 F11 1.5 E08 C02 F03 F12 D09 C11 F05 G01 D09 D07 A11 G02 D10 B08 A12 G05 D10 B11 B04 G08 −log10(pvalue) E10 D08 E05 C12 G09 E12 E07 E08 D02 H02 G11 F04 F02 E09 D05 B05 rs2564921_BSP.CpG_457 25 G01 E11 Allele 50 G07 G02 F03 % methylated 100 75 G10 G05 F05 Allele H01 G08 F08 Homozygotes (Reference Allele) Heterozygote ASM Probability A04 A08 alt ref A01 ref −log10(pvalue) 1.5 1.0 0.5 0.0 Figure S4 (continued) D Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes H01 G11 G10 G06 G05 G02 F08 F05 F03 F02 E12 E11 E10 E09 E08 E07 E05 E04 D11 D08 D07 D06 D05 D02 C11 C09 C07 C04 C03 C01 B11 B10 B09 B08 B07 B05 B04 B03 A12 A11 A10 A09 A08 A07 A03 G09 rs2762051_BSP.CpG_101 F11 G08 G03 E06 F10 F04 D12 D10 D09 C12 C06 C02 B06 B01 B02 A06 A04 A05 A01 Allele alt alt Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes rs2762051_BSP.CpG_144 G03 F10 E06 F04 D12 D10 D09 C12 C06 C02 B06 B01 B02 A06 A04 A05 A01 Allele alt alt ref G09 −log10(pvalue) G08 7.5 50 G03 5.0 25 F10 2.5 75 0 F04 D12 D09 C12 C02 B06 B02 A06 A04 A01 Homozygotes (Reference Allele) % methylated 100 H01 G11 G10 G06 G05 G02 F08 F05 F03 F02 E12 E11 E10 E09 E08 E07 E05 E04 D11 D08 D07 D06 D05 D02 C11 C09 C07 C04 C03 C01 B11 B10 B09 B08 B07 B05 B04 B03 A12 A11 A10 A09 A08 A07 A03 G08 % methylated 100 ref ref G09 F11 Homozygotes (Reference Allele) Heterozygote ASM Probability G09 7.5 50 G03 5.0 25 F10 2.5 75 0 F04 D12 D09 C12 C02 B06 B02 A06 A04 A01 ref −log10(pvalue) G08 Supplemental Figure 9 (continued) E Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes H01 H02 G12 G07 G08 G11 G05 G03 rs3738154_BSP.CpG_27 F12 G09 F10 G06 F08 E11 F11 E08 F05 E05 F02 D10 C04 C01 A11 A08 alt Heterozygotes H01 rs3738154_BSP.CpG_73 G06 F08 E11 F11 E08 E07 D10 D09 D06 C12 C04 C01 B11 B09 B06 B02 A12 A11 A09 A08 alt H01 rs3738154_BSP.CpG_118 F08 E07 D09 D06 C12 C07 C01 B11 B09 B06 B03 A11 A09 A08 A08 A03 A01 ref Homozygotes (Reference Allele) % methylated 100 A01 ref G08 G05 50 F12 25 F08 G01 F10 E11 E08 E07 E05 D12 E06 D10 E04 D06 D09 C12 C11 C07 C04 C03 D02 C01 C06 B09 B11 B06 B05 B03 B02 B01 B04 A12 A06 A09 A11 A08 A03 A04 alt H01 G12 75 0 A05 A03 alt A09 A11 B07 B01 A12 Allele A12 A06 B10 B02 A07 B01 C02 B05 A10 B02 B04 D05 C03 B08 B03 D07 C04 C09 B05 D11 C11 E09 B06 F03 D10 E10 B09 B11 F04 E05 D12 F02 C01 F11 E08 E12 C03 C06 G06 E11 F05 C04 G09 F10 G02 C07 G10 F12 0.0 C11 H02 G01 0.3 C12 G11 G05 0.6 D09 D02 Heterozygotes G08 G03 D06 ref G12 E07 D10 A04 A01 E08 0.9 D12 A05 A03 E11 E04 B07 B01 F10 E06 B10 B03 G01 −log10(pvalue) E05 C02 B05 G07 25 F08 D05 C03 Homozygotes (Alternate Allele) F12 D07 C07 alt G05 D11 C11 G08 50 F03 D12 H01 G12 75 0 F04 E05 Allele % methylated 100 G09 F10 A07 Homozygotes (Reference Allele) G10 F12 A10 A01 H02 G01 B08 A03 G11 G05 C09 A09 ref ref G08 E09 A12 A04 G12 E10 B01 A05 Homozygotes (Alternate Allele) E12 B02 A06 alt F02 B03 B04 A01 F05 B05 A11 A03 G02 B06 A12 A08 G03 B09 B07 B01 G07 B11 B10 A09 Allele C03 C02 B02 A07 C11 C06 B03 0.0 D06 C07 B05 0.3 D09 D02 B06 0.6 D10 D05 B09 0.9 E05 C04 B11 A10 E07 −log10(pvalue) D12 C12 C01 B08 E08 C07 C03 C09 E11 D07 C11 E09 F10 D11 C12 E10 G01 F08 E04 D06 G05 25 E06 D09 E12 G08 50 F03 D12 H01 G12 F12 0 F04 E07 % methylated 100 75 G10 G01 G02 Homozygotes (Reference Allele) Heterozygote ASM Probability A01 ref −log10(pvalue) 0.9 0.6 0.3 0.0 Figure S4 (continued) Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes H01 G07 H02 G12 G11 G08 G05 G03 G01 rs3738154_BSP.CpG_136 F12 F10 G02 E11 E05 D10 C12 C11 C07 C04 C03 C01 B11 B06 C09 B08 B02 B01 A12 A10 A11 A08 A07 Allele alt alt Homozygotes (Alternate Allele) G01 rs3738154_BSP.CpG_195 F12 F10 G02 E11 E07 E05 F02 C12 C11 C07 C04 B11 B05 A09 A08 A03 A01 ref Homozygotes (Reference Allele) % methylated 100 H01 G12 G08 G10 75 G05 G09 50 F12 25 F08 0 G01 F10 E11 E08 E07 E05 D12 D10 D09 D06 D11 C12 D07 C07 C11 C04 C03 C01 B11 B09 B06 B05 B03 B07 B02 A12 B04 A12 A11 A06 B02 B01 A09 B01 A11 A09 A08 A05 A08 A03 A03 A04 A01 alt A11 B10 B03 Allele A12 B01 C02 B06 A07 B02 C06 B09 A10 B03 B04 D02 C01 B08 B05 B07 D05 C03 C09 B06 E04 D06 E09 B09 E06 D09 alt ref 0.0 B11 F03 D10 E10 C01 F04 D12 0.3 C03 F11 E08 E12 C04 G06 F08 F05 C07 D02 H02 G05 G03 E07 0.6 C11 G11 G08 E08 D05 Heterozygotes G12 E11 C12 ref H01 G07 F08 0.9 D06 A04` A01 F10 D07 A05 A03 F12 D09 A06 A09 G01 D11 B10 B03 G05 −log10(pvalue) D10 C02 B05 G08 D12 C06 B09 H01 G12 E05 E04 D06 E09 0 E06 D09 E10 25 F03 D12 F02 50 F04 E07 E12 75 G09 F11 E08 % methylated 100 G10 G06 F08 F05 Homozygotes (Reference Allele) Heterozygote ASM Probability A01 ref −log10(pvalue) 0.9 0.6 0.3 0.0 Figure S4 (continued) F Genotype Associated CpG Methylation rs6569648_BSP.CpG_141 Homozygotes (Alternate Allele) G12 G10 G08 G07 G03 G02 G01 F12 F10 F08 F05 E12 E11 E10 E09 E07 E05 E04 D10 D09 D07 D06 D05 C12 C09 C03 C01 B11 B10 B09 B07 B06 B04 B02 B01 A12 A11 A10 A09 A07 A06 A04 A03 A01 Allele Heterozygotes Homozygotes (Reference Allele) H02 H01 % methylated 100 G06 F04 G05 F11 E08 2.0 1.5 G09 25 1.0 G06 G05 0.5 0 F11 E08 E06 E06 D12 D12 D11 D11 D08 D08 C11 C11 C07 C07 C06 C06 C04 C04 B05 C02 C02 B08 B08 B03 B03 A08 A08 A05 A05 alt ref ref −log10(pv G11 50 G09 H02 H01 75 G11 alt Heterozygote ASM Probability 0.0 Figure S4 (continued) G Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) G11 G06 rs713875_BSP.CpG_27 F11 F02 E12 E07 D09 D05 C11 C06 C01 B09 B08 A11 A04 Allele Heterozygotes H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 alt G06 rs713875_BSP.CpG_39 F11 F02 E12 E07 D09 D05 C11 C06 C01 B09 B08 A11 A04 rs713875_BSP.CpG_41 F11 F02 E12 E07 D09 D05 C11 C06 C01 B09 B08 A11 A04 Allele alt 50 25 0 E04 D11 D10 C09 C07 B07 B02 B01 A03 % methylated 100 F05 75 50 E10 25 E09 0 E08 E04 D11 D10 C09 C07 B07 B02 B01 A03 H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 −log10(pvalue) 1.00 H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 −log10(pvalue) 1.00 0.75 0.50 0.25 0.00 0.75 0.50 0.25 0.00 ref ref Heterozygotes Homozygotes (Reference Allele) % methylated 100 H02 F05 75 E10 50 E09 25 0 E08 E04 D11 D10 C09 C07 B07 B02 B01 A03 ref −log10(pvalue) 1.00 Homozygotes (Reference Allele) H02 alt H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 ref ref H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 G06 75 E08 alt Homozygotes (Alternate Allele) G11 F05 Heterozygotes alt % methylated 100 E10 E09 H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 G11 Allele H02 alt Homozygotes (Alternate Allele) Homozygotes (Reference Allele) Heterozygote ASM Probability ref 0.75 0.50 0.25 0.00 Supplemental Figure 9 (continued) Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) G11 G06 rs713875_BSP.CpG_51 F11 F02 E12 E07 D09 D05 C11 C06 C01 B09 B08 A11 A04 Allele Heterozygotes H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 alt G06 rs713875_BSP.CpG_57 F11 F02 E12 E07 D09 D05 C11 C06 C01 B09 B08 A11 A04 rs713875_BSP.CpG_435 F11 F02 E12 E07 D09 D05 C11 C06 C01 B09 B08 A11 A04 Allele alt 50 E09 25 0 E04 D10 C09 C07 B07 B02 B01 A03 % methylated 100 F05 75 E10 50 25 E09 0 E08 E04 D11 D10 C09 C07 B07 B02 B01 A03 0.75 0.50 0.25 0.00 H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 −log10(pvalue) 1.00 0.75 0.50 0.25 0.00 ref ref Heterozygotes Homozygotes (Reference Allele) % methylated 100 H02 F05 75 E10 50 E09 25 0 E08 E04 D11 D10 C09 C07 B07 B02 B01 A03 ref −log10(pvalue) 1.00 Homozygotes (Reference Allele) H02 alt H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 ref ref H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 G06 75 D11 alt Homozygotes (Alternate Allele) G11 F05 Heterozygotes alt % methylated 100 E10 E08 H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 G11 Allele H02 alt Homozygotes (Alternate Allele) Homozygotes (Reference Allele) Heterozygote ASM Probability ref H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 −log10(pvalue) 1.00 0.75 0.50 0.25 0.00 Figure S4 (continued) Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 G11 G06 rs713875_BSP.CpG_510 F11 F02 E12 E07 D09 D05 C11 C06 C01 B09 B08 A11 A04 Allele Heterozygotes alt Homozygotes (Reference Allele) H02 50 25 E09 0 E08 E04 D11 D10 C09 C07 B07 B02 B01 A03 ref % methylated 100 75 F05 E10 alt Heterozygote ASM Probability ref H01 G12 G10 G09 G08 G07 G05 G03 G02 F12 F10 F08 F04 F03 E11 E06 E05 D12 D08 D07 D06 D02 C12 C04 C03 C02 B11 B10 B06 B05 B04 B03 A12 A10 A09 A08 A07 A06 A05 A01 −log10(pvalue) 1.00 0.75 0.50 0.25 0.00 Supplemental Figure 9 (continued) H Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) G12 Heterozygotes H02 F10 G11 F08 G09 G06 rs884488_BSP.CpG_61 F03 F11 E09 D09 C06 D02 D08 C11 C07 C04 C01 C02 B07 B11 B05 alt Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes rs884488_BSP.CpG_225 F11 rs884488_BSP.CpG_365 E12 E10 D11 D08 D02 D08 C11 C07 C11 C04 C01 C04 B07 C02 B05 B11 B02 B09 B04 A09 B03 A06 B01 A05 A12 A04 A08 A03 A07 A01 ref ref Heterozygotes Homozygotes (Reference Allele) G10 H02 F10 G11 % methylated 100 G09 75 G08 50 G07 F04 G06 F03 25 G01 E12 0 F12 E10 F11 E09 G10 F10 F08 F05 F04 0.00 E10 D07 E05 D11 D06 D11 D08 D02 D08 C11 C07 C11 C04 C01 C04 C02 B07 C02 B11 B11 B02 B09 B09 A11 B04 B04 A09 B03 B03 A06 B01 B01 A05 A12 A12 A04 A08 A08 A03 A07 A07 A01 alt ref ref 0.50 0.25 E05 B05 0.75 E12 E06 E08 −log10(pvalue) 1.00 F03 E09 E11 E06 0.00 E05 A11 alt 0.25 E06 D06 F05 alt F03 E09 E11 F08 Allele 0.50 F04 D11 Homozygotes (Alternate Allele) B06 0.75 F05 E08 alt −log10(pvalue) 1.00 F08 D07 A07 B10 F10 E05 A08 C06 G10 E06 A12 D09 0 F12 B01 D10 25 G01 B03 E07 50 G06 B04 G03 75 G07 B09 G05 % methylated 100 G08 B11 G12 Homozygotes (Reference Allele) G09 C02 Allele A07 G11 E09 B06 A08 H02 E10 B10 A12 ref ref E12 C06 B01 A01 F03 D09 B03 A03 F04 D10 B04 A04 F05 E07 B09 A05 F08 0.00 B11 A06 F10 0.25 C02 A09 G10 0.50 C04 A11 alt 0.75 C11 B02 A07 −log10(pvalue) 1.00 E10 E05 A08 G03 E12 D08 B01 G05 F03 D11 B03 G12 F04 D06 A12 Allele F05 D07 B04 B06 F08 D11 B09 B10 F10 E06 E08 E05 G10 E09 E11 E06 D10 0 F12 E10 E07 25 G01 E12 G03 50 G07 F04 % methylated 100 75 G08 F05 G05 Homozygotes (Reference Allele) G10 Heterozygote ASM Probability Figure S4 (continued) I Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) G01 G12 G07 G05 G02 F03 F11 50 E10 F05 G06 E05 E11 D11 E08 F04 E07 E12 E06 D07 C12 B05 C07 B06 C04 B04 A10 B02 A08 A04 alt alt Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes F03 G10 G02 G09 C11 B07 C09 Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes F05 G06 E05 E11 F02 E08 F04 E07 E12 E06 A04 A03 A01 % methylated 100 75 50 25 0 D07 C12 C09 B08 A09 B02 A08 E06 D07 D05 D02 C09 C07 C04 B10 B09 B08 B02 A04 A06 A03 A05 alt ref F02 E11 D09 A11 A01 F05 C11 B04 A03 F10 C12 C04 A04 F11 B07 B06 B09 G02 B11 C07 B10 G05 E07 C01 D02 G07 D12 C02 D05 H01 G11 E08 D08 D09 alt B02 E09 C11 Allele B08 G03 D12 A07 B09 G09 E10 A10 B10 G10 G08 B01 C09 Homozygotes (Reference Allele) F10 B03 C11 H02 F11 B05 C12 G12 G02 C06 D02 ref ref G05 D06 D05 A05 H01 0.0 D07 A06 G07 2.5 E06 A08 G11 5.0 D09 A09 alt 7.5 E07 C04 alt 10.0 D12 A11 A01 −log10(pvalue) E08 C07 A03 D10 F02 E11 B04 A04 D11 F05 B10 B02 F03 F10 C04 B08 F08 F11 G02 B06 B09 G01 50 C01 B11 G07 G05 C02 C12 H01 G11 75 D08 C07 Allele % methylated 100 E09 D02 A07 A01 E12 D05 A10 A03 F04 D07 B01 A04 0 D09 B03 B02 G03 E06 B05 B08 F02 E07 C06 B09 25 D12 D06 B10 G06 E08 D10 C04 F05 E11 D11 C07 G08 F10 E05 C09 Homozygotes (Reference Allele) G05 F11 E10 C11 G12 G07 F08 0.0 C12 H02 G11 2.5 ref ref H01 G01 F02 E11 5.0 D02 A05 A01 F05 7.5 D05 A06 A03 A07 Allele B08 A09 F10 10.0 D07 A11 B09 B01 F11 E06 B07 C09 G02 D09 B11 C11 G05 −log10(pvalue) E07 C01 D02 G07 D12 C02 D05 C06 H01 G11 E08 D08 D09 D06 0 E09 D12 D10 25 G03 B10 rs943049A_BSP.CpG_148 75 G09 G08 F02 % methylated 100 G10 F10 B03 rs943049A_BSP.CpG_190 Homozygotes (Reference Allele) H02 G11 F08 rs943049A_BSP.CpG_139 Heterozygotes H01 Heterozygote ASM Probability A01 ref −log10(pvalue) 10.0 7.5 5.0 2.5 0.0 Supplemental Figure 9 (continued) Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) H01 G01 G12 G07 G05 E10 F10 G08 F05 G06 F02 G03 E11 E05 E08 E07 D11 E06 D07 D06 C06 C12 B05 B03 B04 Allele B08 A09 B02 A08 A04 alt Homozygotes (Alternate Allele) F10 F05 G06 E08 F04 E07 E12 E06 D07 C12 % methylated 100 75 50 25 0 H01 G11 G07 G05 G02 F11 F10 F05 F02 E11 E08 E07 E06 D12 D09 D07 D05 D02 C12 C11 C09 B06 C07 C04 B04 C04 B10 A11 B09 B08 A09 B02 A08 A04 B09 B08 B02 A04 A06 A03 A03 A01 A05 A01 alt A01 C07 B10 Allele A03 B07 C09 A07 A04 B11 C11 A10 B02 C01 D02 B01 B08 C02 D05 B03 B09 D08 D09 B05 B10 E09 D12 C06 C04 G03 E11 D06 C07 Homozygotes (Reference Allele) G08 F02 D10 C09 G09 F11 D11 C11 G10 G02 E05 C12 H02 G05 E10 D02 G12 G07 F03 rs943049A_BSP.CpG_72 Heterozygotes G11 F08 D05 ref ref H01 G01 D07 A05 A01 alt D09 A06 A03 A07 E06 D12 A11 B09 A10 E12 E07 C04 B10 B01 E08 B06 alt ref 5.0 0.0 E11 F04 C07 7.5 2.5 B07 C09 F11 10.0 0 B11 C11 G02 −log10(pvalue) F02 C01 D02 G05 F05 C02 D05 G07 F10 D08 D09 H01 G11 25 E09 D12 D10 50 G09 F11 % methylated 100 75 G10 G02 F03 Homozygotes (Reference Allele) H02 G11 F08 rs943049A_BSP.CpG_350 Heterozygotes Heterozygote ASM Probability ref −log10(pvalue) 10.0 7.5 5.0 2.5 0.0 Figure S4 (continued) J Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes G11 G09 G08 H02 G07 rs9366927_BSP.CpG_101 G05 G03 H01 G02 G01 F11 50 G02 25 0 D09 D07 C09 C06 C07 C04 C07 C04 B09 C03 C03 C02 C02 C01 C01 B07 B10 B10 B06 B06 B02 B02 B05 B01 A12 B01 A12 B04 A11 A11 A07 A07 A06 alt Heterozygotes Homozygotes (Reference Allele) % methylated 100 G09 G08 G07 G05 H01 A05 ref ref G11 H02 A06 B03 A05 Homozygotes (Alternate Allele) G06 75 E11 50 E10 25 G03 G02 G01 G10 F12 F11 F10 F05 F08 0 D12 F04 F03 E12 E05 B06 C04 C03 C01 B10 B06 B05 B02 B02 B01 B01 A12 A12 B04 A11 A11 A07 A07 A06 A06 B03 A05 A05 alt Heterozygotes % methylated 100 G07 G05 75 G06 G03 G02 E11 G01 rs9366927_BSP.CpG_25 Homozygotes (Reference Allele) G09 G08 F12 F11 E10 F10 F04 D12 F03 E04 C04 F04 C07 C04 C03 C02 C01 B07 B10 B10 B06 B06 B02 B02 B05 B01 A12 B01 A12 B04 A11 A11 A07 A07 A06 A06 B03 A05 alt F08 C09 C02 C01 Allele F10 D07 B09 C03 A03 F11 D09 C06 C07 A08 F12 C12 C09 A09 25 G01 D10 C11 C12 B08 G02 E04 D08 D07 D02 G03 E05 D09 D05 G05 E06 E05 D10 alt ref 4 2 0 A05 ref −log10(pvalue) 6 G07 F02 D11 E06 D06 G08 F03 F02 E12 G11 50 0 F08 F05 −log10(pvalue) 6 ref ref G11 G10 F04 C07 B07 B10 H01 F08 C02 C01 H02 F10 C09 C02 Homozygotes (Alternate Allele) F11 E04 B09 C03 alt F12 D07 C06 C07 C04 Allele G01 C12 C09 A03 G02 D09 C12 A08 G03 D10 C11 D07 A09 G05 E05 D08 E04 D09 B08 G07 E06 D10 D02 G08 F02 D11 E06 D05 G11 F03 F02 D06 0 F04 C12 C09 alt 2 D09 C12 Allele F08 D10 C11 D07 A03 F10 E04 D08 D10 A08 F11 E05 E04 A09 F12 4 E06 E05 D02 G01 F02 D11 E06 D05 G03 −log10(pvalue) 6 F03 F02 E12 D06 G07 75 D12 F03 G08 E11 F08 F04 G11 G05 E10 F10 F05 % methylated 100 G06 F12 G10 B08 rs9366927_BSP.CpG_238 Homozygotes (Reference Allele) Heterozygote ASM Probability 4 2 0 Supplemental Figure 9 (continued) Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes G11 G09 G08 H02 G07 G05 rs9366927_BSP.CpG_37 G06 G03 H01 G02 G01 F11 F10 F04 50 E10 25 0 D12 F03 F02 E12 D09 C03 C02 C01 B10 B06 B06 B02 B02 B05 B01 A12 B01 A12 B04 A11 A11 A07 A07 A06 A06 B03 A05 alt A05 ref ref Heterozygotes G11 Homozygotes (Reference Allele) % methylated 100 G09 G08 G07 G05 G03 G02 G01 G06 75 E11 50 F12 G10 F11 25 E10 F10 0 F08 F05 F04 D12 F03 E04 C04 C03 C01 B07 B10 B10 B06 B06 B02 B02 B05 B01 A12 B01 A12 B04 A11 A11 A07 A07 A06 A06 B03 A05 alt A05 ref ref Heterozygotes G11 Homozygotes (Reference Allele) % methylated 100 G09 G08 G07 G05 75 G06 G03 H01 G02 50 E11 G01 F12 G10 F11 25 E10 F10 0 F08 F05 F04 D12 F03 E04 F10 F08 F04 C09 C07 C04 B09 C03 C03 C02 C02 C01 C01 B07 B10 B10 B06 B06 B02 B02 B05 B01 A12 B01 A12 B04 A11 A11 A07 A07 A06 A06 B03 A05 alt F11 D07 C06 C07 C04 Allele F12 C12 C09 A03 G01 D09 C12 A08 G02 D10 C11 D07 A09 G03 E04 D08 D09 B08 G05 E05 D10 D02 G07 E06 E05 D05 G08 F02 D11 E06 D06 G11 F03 F02 E12 0 F04 C02 C01 H02 F08 2 C07 C02 Homozygotes (Alternate Allele) F10 C09 B09 C03 alt F11 4 D07 C06 C07 C04 Allele F12 C12 C09 A03 G01 D09 C12 A08 G02 D10 C11 D07 A09 G03 −log10(pvalue) 6 E04 D08 D09 B08 G05 E05 D10 D02 G07 E06 E05 D05 G08 F02 D11 E06 D06 G11 F03 F02 E12 0 F04 C04 B07 B10 H01 F08 C07 C02 H02 F10 C09 B09 C03 Homozygotes (Alternate Allele) 2 F11 D07 C06 C07 alt F12 4 C12 C09 C04 Allele G01 D09 C12 A03 G02 D10 C11 D07 A08 G03 −log10(pvalue) 6 E04 D08 D10 A09 G05 E05 E04 D02 G07 E06 E05 D05 G08 F02 D11 E06 D06 G11 F03 C01 rs9366927_BSP.CpG_49 75 F08 F05 % methylated 100 E11 F12 G10 B08 rs9366927_BSP.CpG_58 Homozygotes (Reference Allele) Heterozygote ASM Probability alt ref A05 ref −log10(pvalue) 6 4 2 0 Figure S4 (continued) Genotype Associated CpG Methylation Homozygotes (Alternate Allele) Heterozygotes G11 G09 G08 H02 G07 G05 G03 H01 rs9366927_BSP.CpG_60 Homozygotes (Reference Allele) G02 G01 F11 F04 G05 G02 25 0 E04 D07 C12 C09 C04 C07 C04 B09 C03 C03 C02 C02 C01 C01 B07 B10 B10 B06 B06 B02 B02 B05 B01 A12 B01 A12 B04 A11 A11 A07 A07 A03 A06 alt A06 B03 A05 Allele C09 C06 C07 A08 F04 D09 C12 A09 F08 D10 C11 D07 B08 F10 E04 D08 D09 alt ref A05 ref −log10(pvalue) 6 4 2 F11 E05 D10 D02 F12 E06 E05 D05 G01 F02 D11 E06 D06 G03 F03 F02 E12 G07 50 D12 F03 G08 75 F08 F05 G11 E11 E10 F10 % methylated 100 G06 F12 G10 Heterozygote ASM Probability 0
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