Supplementary Figure 1.
ATG-CCC-CGC-GCG-CAC-CTG-GTG-GAG-CCG-CCG-TGC-CAG-GCC-ACC-GCG-AAG-CTG-GAG-CTG-GTC-TGC-ATC-CTC-TGG
M---P---R---A---H---L---V---E---P---P---C---Q---A---T---A---K---L---E---L---V---C---I---L---W
GGC-TTC-GAG-GCC-GGC-CAG-GCC-GGG-GCC-ACC-TGG-CTG-CTC-AAC-GGG-GAG-GAG-AAA-GGC-CTG-GAG-GCG-CAG-GTG
G---F---E---A---G---Q---A---G---A---T---W---L---L---N---G---E---E---K---G---L---E---A---Q---V
TCC-CTC-AGC-ACG-GGC-AAG-GAC-GAC-GGC-TTG-CCC-GCC-AGC-TAC-AGC-CGG-CTG-GAG-GTC-AGC-CGC-CAG-AGC-TGG
S---L---S---T---G---K---D---D---G---L---P---A---S---Y---S---R---L---E---V---S---R---Q---S---W
GAC-AGC-GGG-GAC-GTC-TAC-ACC-TGC-AAG-GTG-ACC-TAC-TCG-GAC-AGG-GGC-GGC-AGC-GTG-GAG-ATG-TAC-AAC-ACC
D---S---G---D---V---Y---T---C---K---V---T---Y---S---D---R---G---G---S---V---E---M---Y---N---T
AGC-AAG-TGC-CAA-Ggtgagaggccggccggcccaaaatgggagctgagggcttgcacgggggcaaggatgcaacggacagatggacggag
S---K---C---Q---A
ggatggacgtggtggctggggacacggggggatggatggacccatgcatgcatgaaggacatgatgaatggatgcctgggaggatggacggcctcg
tgcatggacaatggacgtgatggatggatgtgtgggaggatgatggacccctgcatgcatgaaggacatgatggatggatgcctgggaggatgatg
gactcaagcatgcatgatggacatgatggatggatgcctggcaggatggatggactcatgcatgcatgatggacgtgatggatggatgtctgggag
gatggatggcctcatgcatgcatgaaggtcatgatgaatggatgcctgggaggatggatggcctcgtgcatggacaatggacgtgatggatggatg
tgtgggaggatgatggacccctgcatgcatggtggacatgatggatggatgtctgggaggatggatggcctcatgcatgcatgaaggtcatgatga
atggatgcctgggaggatggatggcctcgtgcatggacaatggacgtgatggatggatgtgtgggaggatgatggacccctgcatgcatgaaggac
atgatggatggatgcctgggaggatgatggactcaagcatgcatgatggacatgatggatggatgcctggcaggatggatggactcatgcatgcat
gatggacgtgatggatggatgtctgggaggatggatggcctcgtgcatggacaatgaacgtgatggatgaacgtctgggaggatggatggcctcgt
1
gcatggacaatgaacgtgatggaggaacgtctgggaggatggatggactcatgcatgcatgatggacgtgatggatgaatgtctgggaggatggat
ggactcatgcatgcatgatggacatgatggatggatgtgtgggaggatgatggacccctgcatgcatgaaggacatgatggatggatgcctgggag
gatgatggcctcacgcacggacgtgatgaaggtcgagggggcaacgccaaccagccctgcgccccctccctcccccctcgctgcccccctcgccct
tgcagCC-TGC-CTC-AGC-AGC-TCG-CTG-ACG-CCC-CGA-GTC-TAC-GTG-AGC-CAG-CCG-TCC-TAC-GAC-GAC-CTG-CTC GCC
--------C---L---S---S---S---L---T---P---R---V---Y---V---S---Q---P---S---Y---D---D---L---L---A
GGG-AAA-GCT-GCG-GCC-ACC-TGC-CTG-CTG-CTG-GGC-TGG-CAC-TTG-CAA-GGC-GCG-AAG-CTC-TTC-TGG-CAA-GCG-AGC
G---K---A---A---A---T---C---L---L---L---G---W---H---L---Q---G---A---K---L---F---W---Q---A---S
GAG-AGC-CGC-GGG-CCG-GAG-AGG-C
E---S---R---G---P---E---R
Figure S1. The identified two putative CH exons in Scaffold-807. The deduced amino-acid residues are shown under the nucleotide
sequences. Lowercase represent the intron sequence between two exons. In the scaffold, the first exon lacks some sequences at its 5’ portion,
while the second exon lacks some sequences at its 3’ portion. The accession number of Scaffold 807 is NW_009271630 in the NCBI GenBank
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/).
2
Supplementary Figure 2.
ATG-GGC-CCT-CGG-CTC-CCC-GGC-TTC-GTG-CTC-CTC-CTC-CTC-CTC-CTC-GCC-GCC-CTG-CCA-GGG-CTG-CGG-GCG-GCC
M---G---P---R---L---P---G---F---V---L---L---L---L---L---L---A---A---L---P---G---L---R---A---A--GTG-CAG-CTG-GTC-GAG-TCC-GGA-GGG-GGC-CTC-CAG-CAG-CCC-GGC-GGG-AGC-CTC-CGC-CTC-TCC-TGC-AAG-GCC-ACC
V---Q---L---V---E---S---G---G---G---L---Q---Q---P---G---G---S---L---R---L---S---C---K---A---T--GGC-TTC-ACC-TTC-AGC-AGC-TTC-TAC-ATG-CAA-TGG-GTC-CGG-CAA-GCG-CCC-GGG-AAG-GGG-CTC-GAG-TTC-GTT-GCA
G---F---T---F---S---S---F---Y---M---Q---W---V---R---Q---A---P---G---K---G---L---E---F---V---A--CAG-ATT-AAC-AGC-GAT-GGT-AGC-AGC-ACA-GGC-TAC-GCA-TCT-TCG-GTG-CGA-GGG-CGC-TTC-ACC-ATC-TCC-AGG-GAC
Q---I---N---S---D---G---S---S---T---G---Y---A---S---S---V---R---G---R---F---T---I---S---R---D--AAC-GGC-CAG-AGC-ACG-CTC-TAC-CTG-CAG-ATG-AGC-AGC-CTC-AAG-GCC-GAA-GAC-ACC-GCC-ACC-TAC-TAC-TGC-TCG
N---G---Q---S---T---L---Y---L---Q---M---S---S---L---K---A---E---D---T---A---T---Y---Y---C---S--AAA-GAT-TGT-GGT-GGT-CAT-GCT-ACT-GGT-GGG-GCT-TGT-ATC-GAC-GCC-TGG-GGC-CGG-GGC-ACC-TCC-GTC-ACC-GTC
K---D---C---G---G---H---A---T---G---G---A---C---I---D---A---W---G---R---G---T---S---V---T---V--TCC-TCA-GCG-CCG-GTG-CAA-GCT-CCG-ACC-GTC-TAC-GCC-ATC-GCG-CCG-TGC-TGC-AAC-GCC-AGC-GGC-CAG-AGC-GAC
S---S---A---P---V---Q---A---P---T---V---Y---A---I---A---P---C---C---N---A---S---G---Q---S---D--GTG-GGC-GGC-GCG-GCG-CTC-ACG-TTC-CCC-GCG-GTG-CAG-GAT-CCG-GGC-ACC-AAG-TGG-TTC-ACC-AGC-AGC-AGC-CAG
S---A---V---L---A---C---L---V---T---G---Y---V---P---A---D---I---S---V---R---W---T---P---E---E---
3
AGC-GCC-GTC-CTG-GCC-TGC-CTG-GTG-ACC-GGC-TAC-GTC-CCG-GCG-GAC-ATC-AGC-GTG-CGG-TGG-ACG-CCG-GAG-GAG
V---G---G---A---A---L---T---F---P---A---V---Q---D---P---G---T---K---W---F---T---S---S---S---Q--CTG-GTC-GTG-CCG-GGG-GAG-GCG-CGC-CGG-AGC-CGC-CGG-GCG-CTG-CAA-TGC-CAC-GTG-TGG-CAC-AAA-GCG-TCC-CAA
L---V---V---P---G---E---A---R---R---S---R---R---A---L---Q---C---H---V---W---H---K---A---S---Q--GTC-ACC-ATG-TCC-AAG-GAC-TTC-CCG-CCG-GAC-GCA-TGC-AAG-GGG-GCA-CGG-TGG-ATG-CCC-CGC-GCG-CAC-CTG-GTG
V---T---M---S---K---D---F---P---P---D---A---C---K---G---A---R---W---M---P---R---A---H---L---V--GAG-CCG-CCG-TGC-CAG-GCC-ACC-GCG-AAG-CTG-GAG-CTG-GTC-TGC-ATC-CTC-TGG-GGC-TTC-GAG-GCC-GGC-CAG-GCC
E---P---P---C---Q---A---T---A---K---L---E---L---V---C---I---L---W---G---F---E---A---G---Q---A--GGG-GCC-ACC-TGG-CTG-CTC-AAC-GGG-GAG-GAG-AAA-GGC-CTG-GAG-GCG-CAG-GTG-TCC-CTC-AGC-ACG-GGC-AAG-GAC
G---A---T---W---L---L---N---G---E---E---K---G---L---E---A---Q---V---S---L---S---T---G---K---D--GGC-TTG-TCC-AGC-AGC-TAC-AGC-CGG-CTG-GAG-GTC-AGC-CGC-CAG-AGC-TGG-GAC-AGC-GGG-GAC-GTC-TAC-ACC-TGC
G---L---S---S---S---Y---S---R---L---E---V---S---R---Q---S---W---D---S---G---D---V---Y---T---C--AAG-GTG-ACC-TAC-TCG-GAC-AGG-GGC-GGC-AGC-GTG-GAG-ATG-TAC-AAC-ACC-AGC-AAG-TGC-CAA-GCC-TGC-CTC-AGC
K---V---T---Y---S---D---R---G---G---S---V---E---M---Y---N---T---S---K---C---Q---A---C---L---S--AGC-TCG-CTG-ACG-CCC-CGA-GTC-CAC-GTG-AGC-CAG-CCG-TCC-TAC-GAC-GAC-CTG-CTC-GCC-GGG-AAA-GCT-GCG-GCC
S---S---L---T---P---R---V---H---V---S---Q---P---S---Y---D---D---L---L---A---G---K---A---A---A--ACC-TGC-CTG-CTG-CTG-GGC-TGG-CAC-TTG-CAA-GGC-GCG-AAG-CTC-TCC-TGG-CAA-GCG-AGT-GAG-AGC-CGC-GAG-CCG
4
T---C---L---L---L---G---W---H---L---Q---G---A---K---L---S---W---Q---A---S---E---S---R---E---P--GAG-AGG-CCG-GCG-GCG-ACC-GTC-ACC-CCG-CAC-GCC-AAC-GGC-ACT-GAG-AGC-CTG-CTG-GCC-ACC-TAC-CCC-GTG-TCC
E---R---P---A---A---T---V---T---P---H---A---N---G---T---E---S---L---L---A---T---Y---P---V---S--CTG-GAG-CAG-TGG-AAA-GCC-GGC-CTG-AAG-CTC-CTC-TGC-ACA-GCC-ACG-GTC-CCC-TGC-TAC-AGC-AAC-ATC-TCC-GAG
L---E---Q---W---K---A---G---L---K---L---L---C---T---A---T---V---P---C---Y---S---N---I---S---E--GAG-CTC-GCG-GTG-GGC-CCG-ACA-CCG-GGC-CCG-AGG-ACG-GCG-CCG-TCG-CTG-AGC-CTC-TCC-CGC-GCC-TCT-CGC-CAG
E---L---A---V---G---P---T---P---G---P---R---T---A---P---S---L---S---L---S---R---A---S---R---Q--GAC-GCG-GCG-GGG-AGC-GGG-CGC-CCG-GCG-CTG-CTG-CTC-TGC-GAG-GCC-CGC-GGC-TTC-GCC-CCG-CGG-GGC-ATC-AGC
D---A---A---G---S---G---R---P---A---L---L---L---C---E---A---R---G---F---A---P---R---G---I---S--GTC-CGG-TGG-GAG-AAG-GAC-GGC-GCC-GAG-CAG-TCC-CGC-GCC-CGC-TAC-GAG-AAC-GGC-CCC-GTG-GCC-GGC-GAG-GGC
V---R---W---E---K---D---G---A---E---Q---S---R---A---R---Y---E---N---G---P---V---A---G---E---G--TCC-TTC-TCC-ACC-CAC-AGC-CTC-CTC-CGG-CTG-GGC-AGC-GAG-GAG-GAG-GAG-GAG-GAG-GCC-AAT-TAC-ACC-TGC-GTC
S---F---S---T---H---S---L---L---R---L---G---S---E---E---E---E---E---E---A---N---Y---T---C---V--GTG-CAT-CAC-CCG-GCC-TCG-GAC-GGG-CCC-ATG-CAC-ATC-GCG-AGC-CGC-GCC-GGC-CGC-CGG-CAC-CTG-GAC-GTC-TCC
V---H---H---P---A---S---D---G---P---M---H---I---A---S---R---A---G---R---R---H---L---D---V---S--GTC-TTC-CAC-GCT-CCC-GGC-GGC-GCC-GGC-GAG-GAG-CTC-GTC-TGC-TCG-GCC-GCC-GGC-TTC-TAC-CCG-CCG-GAT-ATC
V---F---H---A---P---G---G---A---G---E---E---L---V---C---S---A---A---G---F---Y---P---P---D---I--GAA-ATG-CGA-TGG-GCG-GCC-GGC-GAC-CGG-CGG-CTG-GAC-TGC-ACC-AGC-GAG-CGG-GCG-GCG-CTG-CCT-GAC-GGC-ACC
5
E---M---R---W---A---A---G---D---R---R---L---D---C---T---S---E---R---A---A---L---P---D---G---T--TTC-CAG-CAG-CGC-TGC-ACG-GCC-ACG-GTG-GGC-GCC-GAG-GAG-TGG-CGG-GCC-GGC-GGC-GCC-TAC-ACC-TGC-ACG-GTG
F---Q---Q---R---C---T---A---T---V---G---A---E---E---W---R---A---G---G---A---Y---T---C---T---V--ACC-CAC-GGG-CAG-AAG-GAG-CAG-GAG-AAG-TCG-CTC-GCC-CAC-CCC-GGT-TGC-CAG-AAG-TCG-CTG-CTG-TCC-GCT-TCC
T---H---G---Q---K---E---Q---E---K---S---L---A---H---P---G---C---Q---K---S---L---L---S---A---S--TCC-GTG-CAG-CCG-CCG-CCT-TTC-CGG-GAG-CTC-TTC-CTG-CGC-GGG-GAG-GCC-AAC-CTG-ACG-TGC-AGC-ACG-CCG-CTG
S---V---Q---P---P---P---F---R---E---L---F---L---R---G---E---A---N---L---T---C---S---T---P---L--AGC-AAC-GCC-AGC-CTG-AGC-TGG-CTG-GTG-CGA-GGG-CAG-TCG-GCG-GCG-GCC-GGG-GCG-GTG-CGG-ACG-CGG-CGG-GCC
S---N---A---S---L---S---W---L---V---R---G---Q---S---A---A---A---G---A---V---R---T---R---R---A--GCC-GGC-GGC-GCC-GGG-CCG-CGC-AGC-TGG-CTG-CGC-GTC-AGC-CTG-CGC-GAG-TGG-AAC-GAC-ACC-GCC-AGC-TTC-ACC
A---G---G---A---G---P---R---S---W---L---R---V---S---L---R---E---W---N---D---T---A---S---F---T--CGC-CAG-GTC-AGG-AGC-GGC-TCC-GAG-GAG-ATG-CGG-CAG-GAC-CTC-GGC-CAG-AGG-ACG-GGT-CCC-TTG-AAG-CCG-CCG
R---Q---V---R---S---G---S---E---E---M---R---Q---D---L---G---Q---R---T---G---P---L---K---P---P--AGC-GCG-CGC-CTG-CTG-CCG-TCG-GCG-GCC-GGC-GGC-GGC-GAC-TTC-GCC-CTC-TTC-TGC-ATC-GTG-GAG-GGT-TTC-TAC
S---A---R---L---L---P---S---A---A---G---G---G---D---F---A---L---F---C---I---V---E---G---F---Y--CCG-CCG-GAG-ATC-GCC-GTG-TGG-TGG-CAG-CGG-GGC-GGC-GGC-GAG-GGG-CCG-GCC-GGG-GAG-GTC-GGC-GCC-CCG-CGC
P---P---E---I---A---V---W---W---Q---R---G---G---G---E---G---P---A---G---E---V---G---A---P---R--TGC-GGC-CAC-GAG-GCC-CGG-CGT-TGC-TCC-GTC-GTC-GGC-AAG-CTG-GAC-GTG-GCC-CGG-GGC-GAG-TGG-GCC-GAG-GGC
6
C---G---H---E---A---R---R---C---S---V---V---G---K---L---D---V---A---R---G---E---W---A---E---G--GCC-CGG-TAC-GGC-TGC-CTC-GCC-GCC-CAC-ATC-TCC-TCC-GCC-GAG-ATT-GCG-GGA-GGG-ACG-CTC-GAC-GCC-GAC-CCC
A---R---Y---G---C---L---A---A---H---I---S---S---A---E---I---A---G---G---T---L---D---A---D---P--TGG-GGC-TGC-GCC-GCC-GCC-CAG-CCG-GTG-CCC-TGC-GGG-CTG-TGG-GCC-TAC-GGC-GAC-GCC-GCC-GAG-CCG-GAG-GAG
W---G---C---A---A---A---Q---P---V---P---C---G---L---W---A---Y---G---D---A---A---E---P---E---E--GAG-GAG-GAG-GAA-GGC-GCC-GCC-TGG-ACC-ACC-TGC-TCC-ACC-TTC-GCC-ATG-CTC-TTC-CTC-GAC-CTG-CTC-TTC-CAC
E---E---E---E---G---A---A---W---T---T---C---S---T---F---A---M---L---F---L---D---L---L---F---H--AGC-GGC-ATC-GTC-ACC-TTC-CTC-AAG-GTG-AAA-TAA-cgcccccagcgccgcccgtgcaccccggactgctgcaagcacgatgcaaaaa
S---G---I---V---T---F---L---K---V---K---.
aagagggggggggaaaaagaaaaaagattgaaaaaccaaaaaaaaaa
Figure S2. The ostrich IgD cDNA and deduced amino-acid sequences (VDJ-C1-C2- C3- C4- C5- C6- C7-TM). The  gene
accession number in the NCBI GenBank is KM510515.
7
Supplementary Figure 3.
8
9
10
Figure S3. Sequence alignment of IgD identified in different birds. Identical amino acid residues are indicated as dots, and dashes are used to
adjust the sequence alignment. To search for the  sequences in different bird species, the full amino-acid sequence of the ostrich IgD heavy
chain constant region was used as a query sequence in BLAST searches against the genome sequences of different birds. The hit sequences with
high scores were further used as templates in BLAST searches against the NCBI databases to validate whether they showed the highest sequence
identities to IgD sequence.
11