S1A
ClustalW
208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248
27
39
55
99
17
83
84
97
100
84
99
54
54
100
99
<HV1J3>
HV1J3
<HV1OY>
HV1OY
<HV1B1>
HV1B1
<HV1C4>
HV1C4
<HV1A2>
HV1A2
<HV1RH>
HV1RH
<HV1ND>
HV1EL
<HV1EL>
HV1ND
<HV1Z84>
HV1Z84
<HV1MA>
HV1MA
<HV1ZH>
HV1ZH
SI<SIVCZ>
VCZ
<HV2NZ>
HV2CA
<HV2CA>
HV2NZ
<HV2G1>
HV2D1
<HV2D1>
HV2BE
<HV2BE>
HV2G1
<HV2D2>
HV2D2
AL F YKHD
ALFYKLD
AFFYKLD
ALFYKLD
AL FRNLD
ALFYKLD
ALFYKLD
ALFYRLD
ALFYRLD
ATFYNLD
SLFYRLD
SLFYVED
E AWY S K D
E TWY S S D
E TWY S K D
D AWY S R D
D TWY L E D
D TWY S E D
V
V
I
V
V
V
I
I
V
L
I
V
V
V
V
V
V
L
VP I NNSTKDN I KN
LP I D - - - - - - - - I P I DN - - - - - - - EP I DDNKNT - - - VP I DNAST T - - - V P I EKGN I S PKNN
VP I DNNN - - - - - VP I DNDS - - - - - VP I DDDNSANT S VQ I DDSD - - - - - V P I GGN S S N - - - VNLGNEN - - - - - VCDN - - - NT SS - VCDNS T DQT T N - VCE SNN T KDG - - VCDK T NG - - - - - VCDNT T - - - - - - ECNNTR - - - KY - -
T
-
S
-
- - DNSTRYRL I SCNT
- - KNDTKFRL I HCNT
- - - DT T SYT L T SCNT
- - TNNTKYRL I NCNT
- - TNYTNYRL I HCNR
NNT SYGNY T L I HCNS
- RTNSTNYRL I NCDT
- STNSTNYRL I NCNT
- NTNYTNYRL I NCNT
- - - - NSSYRL I NCNT
- - GDS SKYRL I NCNT
- - - - - NT YR I I NCNT
- - - - QS KCYMNHCN T
- - - - E T T CYMNHCN T
- - - - KNRCYMNHCN T
- - - - TG T CYMRHCN T
- - - - AG T CYMRHCN T
- - - - T SRCY I RTCNT
S
S
S
S
S
S
S
S
S
S
S
T
S
S
S
S
S
T
V
T
V
V
V
V
T
A
A
V
A
A
V
V
V
V
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
S1B
MAFFT
204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244
HV1J3
<HV1J3>
23
47
42
100
21
63
97
93
100
75
63
97
99
100
54
HV1B1
<HV1B1>
HV1A2
<HV1A2>
HV1RH
<HV1RH>
HV1C4
<HV1C4>
HV1OY
<HV1OY>
HV1ND
<HV1ND>
HV1EL
<HV1EL>
HV1Z84
<HV1Z84>
HV1MA
<HV1MA>
HV1ZH
<HV1ZH>
SIVCZ
<SIVCZ>
HV2NZ
<HV2NZ>
HV2CA
<HV2CA>
HV2G1
<HV2G1>
HV2D1
<HV2D1>
HV2BE
<HV2BE>
HV2D2
<HV2D2>
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
S
S
E
E
E
D
D
D
L FY
F FY
L FR
L FY
L FY
L FY
L FY
L FY
L FY
T FY
L FY
L FY
AWY
TWY
TWY
AWY
TWY
TWY
K
K
N
K
K
K
K
R
R
N
R
V
S
S
S
S
L
S
H
L
L
L
L
L
L
L
L
L
L
E
K
S
K
R
E
E
D
D
D
D
D
D
D
D
D
D
D
D
D
D
D
D
D
D
V
I
V
V
V
V
I
I
V
L
I
V
V
V
V
V
V
L
VP I NNSTKDN
I P I DN - - - - VP I DNAST T V P I EKGN I S P
EP I DDNKNT LP I D - - - - - VP I DNNNR - VP I DNDSS - VP I DDDNSAN
VQ I DD - - - - V P I GGN S S N VNLGNENN - VCDNNT - - - VCDNS T DQT VCESNNTK - VCDKTN - - - VCDNT T - - - ECNNTR - - - -
I
K
T
-
K
N
S
-
NDNST
- - DT T
- TNYT
NTSNN
- TNNT
- KNDT
- TNST
- TNST
NTNYT
- SDNS
- GDSS
- - - - - SSQS
- TNET
- DGKN
- - GTG
- - - AG
- KYTS
T
-
S
-
- - RY
- - SY
- - NY
YGNY
- - KY
- - KF
- - NY
- - NY
- - NY
- - SY
- - KY
- - TY
- - KC
- - TC
- - RC
- - TC
- - TC
- - RC
RL I
T L T
RL I
T L I
RL I
RL I
RL I
RL I
RL I
RL I
RL I
R I I
YMN
YMN
YMN
YMR
YMR
Y I R
S
S
H
H
N
H
N
N
N
N
N
N
H
H
H
H
H
T
CN
CN
CN
CN
CN
CN
CD
CN
CN
CN
CN
CN
CN
CN
CN
CN
CN
CN
T
T
R
S
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
S
S
S
S
S
S
S
S
S
S
S
T
S
S
S
S
S
T
V
V
V
V
V
T
T
A
A
V
A
A
V
V
V
V
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
S1C
MUSSLE
234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274
HV1J3
<HV1J3>
HV1B1
<HV1B1>
HV1C4
<HV1C4>
HV1A2
<HV1A2>
HV1OY
<HV1OY>
HV1RH
<HV1RH>
HV1EL
<HV1ND>
HV1ND
<HV1EL>
HV1Z84
<HV1Z84>
HV1MA
<HV1MA>
HV1ZH
<HV1ZH>
SIVCZ
<SIVCZ>
HV2CA
<HV2NZ>
HV2NZ
<HV2CA>
HV2D1
<HV2G1>
HV2G1
<HV2D1>
HV2BE
<HV2BE>
HV2D2
<HV2D2>
AL F YKHD
AFFYKLD
ALFYKLD
AL FRNLD
ALFYKLD
ALFYKLD
ALFYKLD
ALFYRLD
ALFYRLD
ATFYNLD
SLFYRLD
SLFYVED
E AWY S K D
E TWY S S D
E TWY S K D
D AWY S R D
D TWY L E D
D TWY S E D
V
I
V
V
V
V
I
I
V
L
I
V
V
V
V
V
V
L
VP I NNST
I P I D - - EP I D - - VP I D - - LP I D - - V P I EKGN
VP I D - - VP I D - - VP I DDDN
VQ I D - - VP I G - - VNLG - - VCDN - - VCDN - - VCES - - VCDK - - VCDN - - ECNN - - -
I
-
S
-
P
-
- KDN I KNDNSTRYRL I SCNT
- - - - - - - NDT T SYT L T SCNT
- - DNKNT TNNTKYRL I NCNT
- - NAST T TNYTNYRL I HCNR
- - - - - - - KNDTKFRL I HCNT
KNNT SNNT SYGNY T L I HCNS
- - - NNNRTNSTNYRL I NCDT
- - - NDSSTNSTNYRL I NCNT
- SANT SNTNY TNYRL I NCNT
- - - - - - DSDNSSYRL I NCNT
- - GNS SNGDS SKYR L I NCN T
- - - - - - - NENNT YR I I NCNT
- - - - - N T S SQSKCYMNHCN T
- - S T DQT T NE T T CYMNHCN T
- - - NN T KDGKNRCYMNHCN T
- - - - - - T NGTGT CYMRHCN T
- - - - - - - T T AGT CYMRHCN T
- - - - - TRKYT SRCY I RTCNT
S
S
S
S
S
S
S
S
S
S
S
T
S
S
S
S
S
T
V
V
V
V
T
V
T
A
A
V
A
A
V
V
V
V
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
S1D
T-coffee
226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266
HV1J3
<HV1J3>
HV1B1
<HV1B1>
HV1C4
<HV1C4>
HV1A2
<HV1A2>
HV1OY
<HV1OY>
HV1RH
<HV1RH>
HV1EL
<HV1ND>
HV1ND
<HV1EL>
HV1Z84
<HV1Z84>
HV1MA
<HV1MA>
HV1ZH
<HV1ZH>
SIVCZ
<SIVCZ>
HV2CA
<HV2NZ>
HV2NZ
<HV2CA>
HV2D1
<HV2G1>
HV2G1
<HV2D1>
HV2BE
<HV2BE>
HV2D2
<HV2D2>
AL F YKHD
AFFYKLD
ALFYKLD
AL FRNLD
ALFYKLD
ALFYKLD
ALFYKLD
ALFYRLD
ALFYRLD
ATFYNLD
SLFYRLD
SLFYVED
E AWY S K D
E TWY S S D
E TWY S K D
D AWY S R D
D TWY L E D
D TWY S E D
V
I
V
V
V
V
I
I
V
L
I
V
V
V
V
V
V
L
VP I NNSTKDN I KNDNST
I P I DN - - - - - - - - - DT T
EP I DDNKNT - - - - TNNT
VP I DNAST T - - - - TNYT
L P I D - - - - - - - - - KNDT
V P I EKGN I S PKNN T SNN
VP I DNNNR - - - - - TNST
VP I DNDSS - - - - - TNST
VP I DDDNSANT SNTNY T
VQ I DD - - - - - - - - SDNS
V P I GGN S S N - - - - GD S S
VNLGNENN - - - - - - - - VCDNNT - - - - - - - SSQS
VCDNS T DQT - - - - T NE T
VCE SNN T K - - - - - DGKN
VCDKTN - - - - - - - - GTG
V CDN T T - - - - - - - - - AG
ECNNTR - - - - - - - KYTS
T
-
S
-
- - RYRL I SCNT
- - SYT L T SCNT
- - KYRL I NCNT
- - NYRL I HCNR
- - KFRL I HCNT
YGNY T L I HCNS
- - NYRL I NCDT
- - NYRL I NCNT
- - NYRL I NCNT
- - SYRL I NCNT
- - KYRL I NCNT
- - T YR I I NCNT
- - KCYMNHCN T
- - T CYMNHCN T
- - RCYMNHCN T
- - T CYMRHCN T
- - T CYMRHCN T
- - RCY I RTCNT
S
S
S
S
S
S
S
S
S
S
S
T
S
S
S
S
S
T
V
V
V
V
T
V
T
A
A
V
A
A
V
V
V
V
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
S1E
PRANK
287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350
HV1J3
<HV1J3>
HV1B1
<HV1B1>
HV1C4
<HV1C4>
HV1A2
<HV1A2>
HV1OY
<HV1OY>
HV1RH
<HV1RH>
HV1EL
<HV1ND>
HV1ND
<HV1EL>
HV1Z84
<HV1Z84>
HV1MA
<HV1MA>
HV1ZH
<HV1ZH>
SIVCZ
<SIVCZ>
HV2CA
<HV2NZ>
HV2NZ
<HV2CA>
HV2D1
<HV2G1>
HV2G1
<HV2D1>
HV2BE
<HV2BE>
HV2D2
<HV2D2>
AL F YKHDV V P
AF F YKLD I I P
AL F YKLDVEP
AL F RN L DV V P
AL F YKLDV L P
AL F YKLDVVP
AL F YKLD I VP
AL F YRLD I VP
AL F YRLDVVP
AT F YNLDL VQ
S L F YRLD I VP
S L F YVEDVV E AWY S K D V V E T WY S S D V V E T WY S K D V V D AWY S R D V V D T WY L E D V V D T WY S E D L E -
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
-
NNS T KDN
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
I
-
KND - - - - - - - - - - NS T - - - - DN - - - - - - - - - - D T T - - - - DD - - - - - NKN T T NN T - - - - DNAS T T T - - - - - NY T - - - - DK - - - - - - - - - - ND T - - - - E KGN I S P KNN T S NN T - - - - DN - NNR - - - - - T NS T - - - - DN - DS S - - - - - T NS T - - - - DD - DNS AN T SN T N Y T - - - - DDSDNS - - - - - S - - - - - - - - - - - - GGN S S N GD S S - - - - - - - - - - - N L GN E NN T - - - - - - - - - - - - CD - - NN T - - - - - - - - - - - - CD - - N S T - DQ T
- - - - - - - - - CE - - SNN - - - - - - - - - - - - CD - - K T NG - - - - - - - - - - - CD - - N T T - - - - - - - - - - - - CN - - N T R - - - -
-
- - - - - - - - - - - - RYR L I SCN T S V
- - - - - - - - - - - - S Y T L T SCN T S V
- - - - - - - - - - - - KYR L I NCN T S V
- - - - - - - - - - - - NYR L I HCNRS V
- - - - - - - - - - - - K F R L I HCN T S T
- - - - - - - - - S YGN Y T L I HCN S S V
- - - - - - - - - - - - NYR L I NCD T S T
- - - - - - - - - - - - NYR L I NCN T SA
- - - - - - - - - - - - NYR L I NCN T SA
- - - - - - - - - - - - - YR L I NCN T S V
- - - - - - - - - - - - KYR L I NCN T SA
- - - - - - - - - - - - - YR I I NCN T T A
S - - - - S Q S K - - - - C Y MN H C N T S V
T - - - - N E T T - - - - C Y MN H C N T S V
T K D G K N - - R - - - - C Y MN H C N T S V
T - - - - G - - T - - - - C Y MR H C N T S V
A - - - - G - - T - - - - C Y MR H C N T S I
K - - - - Y T SR - - - - CY I R T CN T T I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
S1F
DNA+PRO
245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290
HV1J3
HV1J3
HV1B1
HV1B1
HV1C4
HV1C4
HV1A2
HV1A2
HV1OY
HV1OY
HV1RH
HV1RH
HV1ND
HV1EL
HV1EL
HV1ND
HV1Z84
HV1Z84
HV1MA
HV1MA
HV1ZH
HV1ZH
SIVCZ
SIVCZ
HV2NZ
HV2CA
HV2CA
HV2NZ
HV2G1
HV2D1
HV2D1
HV2G1
HV2BE
HV2BE
HV2D2
HV2D2
AL F YKHD - VVP I NNS TKDN I KNDNS T - - - - - R - - - YRL I SCNT SV
AF F YKLD - I I P I - - - - - DN - - D - - T T SY - - T - - - - - - L T SCNT SV
AL F YKLD - VEP I - - - - - DD - - NKNT TNN - - TK - - - YRL I NCNT SV
AL FRNLD - VVP I - - - - - DN - - AS T T TNY - - TN - - - YRL I HCNRSV
AL F YKLD - V L P I - - - - - DK - - ND - T - - - - - - K - - - FRL I HCNT S T
A L F Y K L D - V V P I E - - KGN I S P KNN T S NN - - T S YGN Y T L I HCN S S V
AL F YKLD - I VP I - - - - - DN - - - NNR - - - - - TNS TNYRL I NCDT S T
AL F YRLD - I VP I - - - - - DN - - - DSS - - - - - TNS TNYRL I NCNT SA
A L F YR L D - V V P I - - - - - DD - - - DNS AN T SN T NY T NYR L I NCN T S A
AT F YNLD - L VQ I - - - - - DDS - - DNS - - - - - - - - - SYRL I NCNT SV
S L F Y R L D - I V P I GGN - - - S S NGD S S K - - - - - - - - - Y R L I N C N T S A
S L F Y V - E D V V N L GN - - - - E N - - - N T - - - - - - - - - - Y R I I NCN T T A
E AWY S K D - V V - - - - - - C D - - - - N N T S S - - Q S K - - C YM - N H C N T S V
E TWY S S D - V V - - - - - - CDN S T - DQ T T N - - E T T - - C YM - NHCN T S V
E TWY S KD - V V - - - - - - C E S - - - NN T K - - - DGKNRC YM - NHCN T S V
D AWY S R D - V V - - - - - - C D - - - - - K T NG - T G - T - - C YM - R H C N T S V
D T WY L E D - V V - - - - - - CD - - - - - N T T - - - AG T - - C YM - RHCN T S I
D TWY S ED - L E - - - - - - C - - - - - NN T RK - Y T SR - - CY I - R T CN T T I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
I
S2A ClustalW
ENV
HV1W1
S2B MAFFT
HV1W1
HV1RH
HV1C4
HV1A2
HV1B1
HV1OY
HV1RH
HV1C4
HV1A2
HV1J3
HV1OY
HV1B1
HV1J3
HV1BN
HV1BN
HV1ZH
HV1ND
HV1ND
HV1EL
HV1EL
HV1Z84
HV1Z84
HV1MA
HV1MA
HV1ZH
SIVCZ
SIVCZ
HV2BE
HV2BE
HV2D1
HV2D1
HV2G1
HV2G1
HV2NZ
HV2NZ
HV2CA
HV2CA
SIVM1
HV2D2
HV2D2
SIVM1
SIVG1
SIVG1
SIVV1
SIVV1
SIVGB
SIVGB
S2D T-coffee
S2E PRANK
HV1W1
HV1W1
HV1J3
HV1C4
HV1B1
HV1B1
HV1BN
HV1RH
HV1C4
HV1A2
HV1RH
HV1J3
HV1A2
HV1OY
HV1OY
HV1BN
HV1ND
HV1EL
HV1Z84
HV1MA
HV1ZH
SIVCZ
HV2BE
HV2D1
HV1ND
HV1EL
HV1Z84
HV1MA
HV1ZH
SIVCZ
HV2D1
HV2G1
S2C MUSSLE
HV1W1
HV1C4
HV1B1
HV1A2
HV1RH
HV1BN
HV1J3
HV1OY
HV1ND
HV1EL
HV1Z84
HV1MA
HV1ZH
SIVCZ
HV2BE
HV2D1
HV2G1
HV2NZ
HV2CA
HV2D2
SIVM1
SIVG1
SIVV1
SIVGB
S2F DNA+PRO
HV1BN
HV1J3
HV1B1
HV1C4
HV1W1
HV1A2
HV1OY
HV1RH
HV1ND
HV1EL
HV1Z84
HV1MA
HV1ZH
SIVCZ
HV2NZ
HV2CA
HV2BE
HV2G1
HV2BE
HV2NZ
HV2NZ
HV2CA
HV2CA
HV2D2
SIVM1
HV2D2
SIVM1
HV2D2
SIVM1
SIVG1
SIVG1
SIVV1
SIVV1
SIVV1
SIVG1
SIVGB
SIVGB
SIVGB
HV2G1
HV2D1
S3A
env
Protein only
S3B
DNA+PRO
env
MN
gag
MN
JRFL
JRFL
BRU
BRU
AD8
AD8
WEAU
RF
RF
WEAU
ETH2220
ETH2220
92BR025
92BR025
IN21068
IN21068
96BW05
96BW05
92UG037
92UG037
Q23
Q23
IBNG
IBNG
DJ264
DJ264
DJ263
DJ263
PVMY
PVMY
MN
BRU
gag
MN
JRFL
JRFL
BRU
AD8
AD8
WEAU
RF
RF
WEAU
ETH2220
ETH2220
92BR025
92BR025
IN21068
IN21068
96BW05
96BW05
92UG037
92UG037
Q23
Q23
IBNG
IBNG
DJ264
DJ264
DJ263
DJ263
PVMY
PVMY