Supplementary Table 2 - Estimated parameter values and confidence intervals. Binding coefficient
parameters have units of mM, except for Kpyr in PDH, which has units of mM4. Equilibrium constants (Keq) are
dimensionless, except for ALDO, which has units of mM. Values for kcat have units such that fluxes have units
of mmol/gDW/h. Units for kcat may differ between full and simplified models. PTS
PGI
PFK
FBA
TPI
GAPDH
PGK
PGM
Parameter
kcat
Ka1
Ka2
Ka3
Kg6p
kcat
Keq
Kg6p
Kf6p
Kf6p,6pg,inh
Kg6p,6pg,inh
kcat
Katp,s
Kadp,c
Kf6p,s
Kpep
Kadp,b
Kamp,b
Kadp,a
Kamp,a
L
kcat
Keq
Kfdp
Kgap
Kblf
Kdhap
Kgah,inh
kcat
Keq
Kdhap
Kgap
kcat
Keq
Kgap
K13dpg
Knad
Knadh
kcat
Keq
Kadp
Katp
K13dpg
K3pg
kcat
Keq
K3pg
Full Model
95%
Value
Confidence
18
∞
0.00001
∞
0.0022
∞
0.012
∞
0.35
∞
1000000
∞
0.411
∞
0.432
∞
3000
∞
5.26
∞
0.00001
∞
1000000
∞
62367
∞
1000000
∞
0.00001
∞
1000000
∞
1000000
∞
1000000
∞
2200
∞
0.00001
∞
4000000
∞
4.5
±2.8
0.18
±0.26
0.0065
±0.0067
0.00001
∞
0.52
∞
0.00001
∞
1000000
∞
1000000
∞
0.114
∞
0.00001
∞
14
∞
1000000
∞
1.6
∞
0.00001
∞
20000
∞
0.030
∞
0.00001
∞
56
∞
5500
∞
0.26
∞
1000000
∞
0.0032
∞
1.4
∞
1000000
±2300
0.5358
±0.0017
640000
∞
Simplified Model
95%
Value
Confidence
20.7
±9.1
40.2
1.23
±9.5
±0.29
26
±35
3.965
0.18
0.0074
±0.010
±0.17
±0.0036
10000
0.11400
±14000
±0.00031
10000
1.21
±4100
±0.14
54.3
5512.1
±2.9
±1.2
9995
0.53570
±40
±0.00063
ENO
PYK
PDH
PPC
RPI
RPE
GND
G6PDH
TKT1
TKT2
TALA
K2pg
kcat
Keq
K2pg
Kpep
kcat
Kpep
L
Katp
Kfdp
Kamp
Kadp
kcat
Kpyr
kcat
Kfdp
Kpep
kcat
Keq
kcat
Keq
kcat
K6pg
Knadp
Knadph,inh
Katp,inh
kcat
Kg6p
Knadph,g6p,inh
Knadp
Knadph,nadp,inh
kcat
Keq
kcat
Keq
kcat
Keq
1000000
1000000
19.18
1300
460000
37
0.00001
1000
0.086
12
29
0.00001
18.76
0.0015
2.1091
2.4
0.0972
102
2.8
94
4.0
1000000
224.93
6.1
1.5
2.4
760000
31
1.8
3.4
1.8
15.1
1.9
5.1
3.5
12000
0.37
∞
∞
∞
∞
∞
±23
∞
∞
∞
∞
∞
∞
∞
∞
±0.0067
±1.5
±0.0013
±146
±3.0
±53
±2.3
∞
±0.47
∞
∞
∞
∞
±8185
±23508
±26739
±7428
±7.9
±2.8
∞
±9.0
∞
±0.58
1.59
19.2
±0.02
±0.25
40
±49
10.4
0.000020
2.15
2.5
0.10
549.46
1.40000
10000
0.4900
18.5
0.021
±4.6
±0.000029
±1.80
±6.5
±0.16
±0.69
±0.00019
±13000
±0.0044
±10.8
±0.012
859.6
±1.1
10000
1.99
10000
3.500
10000
0.3675
±7800
±0.012
±5800
±0.013
±2300
±0.0021