Atıl YÜKSEL

İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi,
Tıbbi Genetik ABD ve Perinatoloji BD
Sunan: Prof. Dr. Atıl YÜKSEL
Metafaz
450
Prometafaz(HRBT)
500
600
bant/haploid set
700
~ 500 bant çözünürlükte
~ 1 bant 6 milyon nükleotid
(~6 Mb ve 10’larca gen)
~500 bant düzeyinde “Karyotipleme”
•Tek test
tüm genom/kromozomlar
•Tüm sayısal anomaliler
•> 6 Mb lık yapısal anomaliler (dengeli ve dengesiz)
• Klinik yönlendirme varsa bilinen mikrodelesyon sendromları
(~ 3-5Mb)
•Mozaisizm tanınabilir
Dezavantajları;
• Hücre kültürü gerektirir
• Otomatizasyonu zordur
• Tanı subjektiftir ve bu nedenle deneyim önemlidir
• Prenatal tanıda klinik yönlendirme olmadığından ilave test
olanağı sınırlıdır.
ı
Yenidoğanda KROMOZOM ANOMALİ oranı 1:156
Dengeli yapısal anomali oranı %0.4
Williams s. del(7)(q11.23)
İnsan Genetik Varyasyonlarının Sınıflandırılması
Nükleotid Substitüsyonları (SNPs)
Tüm varyasyonların
% 90’ı
Tekrar dizileri
İnsersiyon/delesyon varyantları
Blok substitüsyonlar
İnversiyon varyantları
Kopya sayısı varyantları (CNVs)
Tüm varyasyonların %
10’u
(yapısal varyantlar)
Single nucleotide
polimorfizm (SNPs) ;
Genomda  300 bp de bir nükleotid polimorfiktir. Halen 12 milyon SNP
tanımlanmıştır.
Genelde iki formda olur (A ya da G; C yada T gibi).
Kopya sayısı varyantları
(CNVs);
Referans genomla kıyaslandığında, farklı sayıda bulunan, boyutu 1 kb veya daha fazla olan
DNA segmentlerine Kopya Sayısı Varyasyonu (CNV) denir. Genomda, delesyon ve
duplikasyon biçiminde gözlenen polimorfik yapılardır.



Patojenik olarak tanımlanmış değişimler
Zararsız (benign) olarak tanımlanmış
değişimler
Klinik anlamı henüz kesin olarak bilinmeyen
(Variants of uncertain significance -VOUS)
değişimler
Olgu
Cy5
Kontrol
Cy3



Targeted: Subtelomerik ve perisentromerik bölgelerle, bilinen delesyon ve
duplikasyonlar
Subtelomerik ve perisentromerik bölgeler güçlendirildi, “targeted” bölgelerin dışına
ek proplar ilave edildi.
Tüm genomu kapsar.


Array çözünülürlüğü 15.000-4.200.000 prop
arasında değişmektedir.
Tanısal gücü maksimize eden ve VOUS olasılığını
minimize eden optimum filtre kullanılmalıdır (400
kb)
2.1 kb da bir prob
1100 USD
5.3 kb da bir prob
910 USD
13 kb da bir prob
500 USD
41 kb da bir prob)
350 USD


Normal karyotipli MKA/MR olgularında a-CGH
katkısı: ~%10-17
Postnatal etkilenmiş bireylerde;
 de novo dengeli yeniden düzenlenmelerdeki
katkısı: ~%40
 Kırık noktalarından bağımsız bölgelerde genomik
dengesizlik: ~%20
Ultrasonografi ile saptanan fetal
anomalilerde geleneksel karyotipleme
ile anormal sonuç elde etme sıklığı %8%35 arasında değişir (Faas et al., 2010;
Kleeman et al., 2009; Valduga et al., 2010).
PRENATAL ARRAY UYGULAMALARI
2013
VOUS: Unclear


135 yayından sekizi metaanalize alındı.
a-CGH ile ek kromozom anomalisi (patojenik ve yüksek
olasılıkla patojenikler )
Tüm endikasyon gruplarında: %3.6
 Konjenital anomalilerde: %5.2
 Henüz yapısal anomalilerin alt gruplarında sonuç vermek
mümkün değil (Altı çalışmada kardiyak anomaliler (n=88),
artmış NT-NIHF olguları (n=82) ve MSS anomalileri (n=60) ön
planda)
 Soft “marker” ları özellikle değerlendiren çalışma yok. Sadece
Tyreman ve ark. ları “multiple soft markers” lı olguların
kapsandığını belirtiyorlar.

Karyotipi “Normal” prenatal olgularda array sonuçları;
Schaffer LG, et al, 2012;Prenat Diagn, 32, 979-985
Endikasyon
Toplam olgu
Array-normal
Array-patolojik
Array-şüpheli
2781
2462 (%88.5)
184 (%6.6)
135 (%4.9)
77
72 (93.5)
2 (%2.6)
3 (%3.9)
77
68 (%88.3)
4 (%5.2)
5 (%6.5)
487
461 (%94.7)
15 (%3.1)
11 (%2.3)
346
337 (%97.4)
1 (%0.3)
8 (%2.3)
Psikolojik
95
94 (%98.9)
0
1 (%1.1)
Diğer/?
13
12 (%92.3)
1 (%7.7)
0
3876
3506 (%90.5)
207 (%5.3)
163 (%4.2)
USG’de anomali
USG’de marker
Pozitif I-II trim. TT
Aile öyküsü
İleri Anne Yaşı
Toplam (canlı
fetuslar)
Schaffer LG, et al, 2012;Prenat Diagn, 32, 1-10
USG bulgusu
toplam
Array-normal
Array-patolojik
Array-şüpheli
Çoklu sistem
anomalileri
579
492 (%85)
58 (%10)
29 (%5)
Çoklu sistem +
yapısal olmayan
anomaliler
229
196 (85.6)
19 (%8.3)
14 (%6.1)
Tek sistem
anomalileri
1519
1370 (%90.2)
81 (%5.3)
68 (%4.5)
Tek sistem + yapısal
olmayan anomaliler
254
220 (%86.6)
18(%7.1)
16 (%6.3)
İzole
poli/oligohidramnios
9
6 (%66.7)
1 (%11.1)
2 (%22.2)
İzole IUGG
76
74 (%97.4)
2(%2.6)
0
Tek marker
59
55 (%93.2)
2(%3.4)
2(%3.4)
Çoklu marker
18
17 (%94.4)
0
1(%5.6)
2858
2534 (%88.7)
186 (%6.5)
138 (%4.8)
Toplam
İzole ya da MKA bulgusu olarak en çok array-patolojik anomaliler: HPE (%10.6), posterior
fossa an. (%14.6), iskelet (%10.7), VSD (%10.6), HLHS (%16.2), yarık dudak/damak (%10.3)
Wapner R, ISCA (International Standarts for Cytogenomic Arrays)
2012 Mikroarray Çalışma Sonuçları;
4391 olgudan 51 olguda array sonuçsuz, başarı %98,8
4282 nonmozaik karyotip ve 58 mozaik karyotip
Kromozom n
Array
tanıyabilir
Array
tanıyamaz
Anöploidiler
(tri 21,18,13,X,Y ve 45,X)
374
374
0
Diğer anomaliler
82
24
58 (%1.4)
Dengeli yapısal
40
0
40
Dengesiz yapısal
22
22
0
3
2
Anomaliler
Marker kromozom
Triploidi
17
0
1
heterokromatin
17
(7 si SNP array ile
tanınabilirdi
Fetal ultrasonografide bir ya da birden fazla majör anomali,
kromozom analizi normal olgularda microarray ile saptanan
ilave anomali oranı %3.11 (10/322)
ULTRASON
AÇIKLAMA
KAPSADIĞI GENLER
CCA, serebellar hipoplazi
16p13p12.3 de 2 MB
duplikasyon
NOMO1,MPV17L, NDE1,
MYH11,ABCC6, XYLT1
Holoprozensefali,
mikrosefali
7q 36 (ter) 11 MB
delesyon, 9p24.3p21.3 de
19 MB duplikasyon
SHH , VLDLR, GLIS3
Subaraknoid mesafede
9q34.3 de 2 MB delesyon
genişleme, polihidramniyos
EHMT1 Kleefstra
Sendromu
Serebellar hipoplazi ,
rocker bottom ayak, TR,
TUA, NT:6,8
TOPLAM 293 GEN.
(CTNND2, PTPRO, LTBR,
ETV6, PEX5)
5p15.33p15.2 de 12 Mb
delesyon 12p13.3p12.3 de
17 Mb duplikasyon
ULTRASON
AÇIKLAMA
KAPSADIĞI GENLER
Bilateral ventrikülomegali,
Polihidroamniyos, NT:5,6
9q33.2q33.3 de 1,6 MB
delesyon
LHX2,RAPGAP1, GPR21,
PDCL, ZBTB6
İUGR, Hİ, hiperekojen
böbrek, duplikasyon kisti ?
17q12 de 1.5 Mb delesyon
HNF1beta, LHX1,ACACA
Septalı kistik higroma
9q31.3q33.1 de 7 Mb
delesyon
68 GEN (MUSK)
Mikropenis?,
ventrikülomegali,
pelvikaliektazi + (KAH’lı
çocuk öyküsü
1p36.33p36.22 de 9 Mb
1p36 mikrodelesyon
delesyon ve 16p11.3 de 1,5 sendromu (DVL1)
Mb duplikasyon
Skafosefali + fasiyal
dismorfizm
16p13p12.3 de 1,5 Mb
delesyon mat
MPV17L, NDE1, MYH11,
ABCC6, XYLT1
Bilateral mikroftalmi,
hipotelorizm
3q26.33 bandında 346 Kb
lık delesyon
Mikroftalmi ile ilişkili
SOX2 genini kapsayan
delesyon





Dengeli yeniden düzenlenmeleri (translokasyon,
inversiyon, insersiyon) gösteremez.
Düşük oranlı mozaisizmleri gösteremez.
Marker kromozomlar her zaman açıklanamaz.
(Sentromerik bölgelerde prob yoktur.)
Triploidilerin tanısı koyulamaz.
Delesyon ya da duplikasyonun parental bir taşıyıcılık
ürünü olup olmadığı ancak parental karyotipleme
ile mümkündür.



Tıbbi özgeçmiş ve aile ağacı alınmalıdır.
Testin amacı, avantajları ve sınırlılıkları
anlatılmalıdır.
Testin olası sonuçları ve bu sonuçların bir
bölümünün (VOUS grubu) net olmayabileceği
açıklanmalıdır.
de novo ya da kalıtılan VOUS grubu sonuçların yanısıra,
 İleri yıllarda bulgu verebilecek bazı sağlık sorunları ile ilgili
talep edilmeyen sonuçların karşımızı çıkabileceği
açıklanmalıdır.


Parental kan örnekleri prenatal örnekle birlikte
alınması önerilmektedir.
ACOG (2009; Obstet and Gynecol, 114:5,1161-1163)
SIGU çalışma grubu (2012;Ultrasound Obstet Gynecol, 39:384-388)
1) Konvensiyonel karyotipin yerini almaması gerektiği,
2) Tüm gebeliklerde genel tarama için değil seçilmiş gebeliklerde özel tanı amacıyla
kullanılması gerektiğini,
3) Prenatal tanıda özel endikasyonlarda;
i)
izole veya multiple USG anomalisi saptanan gebelikler
ii) karyotip analizinde dengeli bile görünse de novo yapısal kromozom anomalilerinde
iii) marker kromozomların karakterizasyonunda tamamlayıcı ikinci bir test olarak
kullanılmasını önermektedir
4) “Hedefe yönelik array” testi öncesinde ve sonrasında verilecek danışmalarla, anne
babalar a-CGH in tüm patolojileri yakalayamayabileceği ve a-CGH sonuçlarının
yorumunun zor olabileceği konusunda bilgilendirilmeli
5) Array faydalı bir test olmakla birlikte, ilave çalışmalar (parental testler,
konfirmasyonlar) gerekebilir ve maliyet artar




Tek ya da multipl konjenital anomalili fetuslarda
geleneksel kromozom analizinin normal sonuçlanması
durumunda a-CGH analizi önerilmelidir.
Artmış NT grubunda (>3.5mm) geleneksel kromozom
analizinin normal sonuçlanması durumunda a-CGH
analizi önerilmelidir.
Fetusta geleneksel kromozom analizi ile dengeli yapısal
yeniden düzenlemeler elde edildiğinde, a-CGH analizi
önerilmelidir.
Ailelere a-CGH analizi ilgili ön danışma verilmelidir.
Bilge
Ebru
Seher
Birsen
Array selfie

Download Report