Risultati della Ricerca Protocollo di tipizzazione di lattococchi

Risultati della Ricerca
Titolo
Protocollo di tipizzazione di lattococchi mediante tecnica PFGE
Descrizione estesa del risultato
Il protocollo è stato messo a punto presso la struttura del CRA-FLC di Lodi. Ceppi appartenenti alle
specie Lactococcus lactis sp. cremoris, Lactococcus lactis sp. lactis e Lactococcus lactis sp. lactis
var. diacetylactis sono stati tipizzati mediate tecnica PFGE (Pulse Field Gel Electrophoresis) che ha
previsto la digestione del DNA genomico intero con due endonucleasi a taglio “raro”(NotI e SmaI),
corsa elettroforetica in campo pulsato e analisi bioinformatica dei profili ottenuti tramite software
BioNumerics v6.6. Nell’analisi sono stati inclusi anche i ceppi type per le specie Lc. lactis sp. lactis
(ATCC19435) e Lc. lactis sp. cremoris (ATCC19257). Il DNA genomico intero è stato estratto in
blocchi di agarosio e successivamente digerito con gli enzimi di restrizione SmaI e NotI.
Successivamente il DNA è stato sottoposto a una corsa elettroforetica alle stesse condizioni di corsa
per entrambi gli enzimi di restrizione: 6 V/cm con un pulse time da 1 a 10 sec. e un angolo di 120°
per 22 h totali a 14°C. I gels sono stati poi sottoposti a colorazione e successivamente elaborati
tramite software BioNumerics v6.6. L’analisi dei clusters è stata elaborata con metodo WARD,
coefficiente di similarità DICE, e correlazione cofenetica (indice di consistenza del cluster).
Tutti i ceppi di lattococchi sono stati anche precedentemente sottoposti a PCR specie-specifica per
la
conferma
della
specie
Lc.
lactis
sp.
lactis
o
sp.
cremoris.
La tecnica PFGE, con entrambi gli enzimi di restrizione utilizzati (SmaI e NotI), ha evidenziato un
livello di ripetibilità > 95%. Pertanto, per ceppi che presentano profili PFGE con similarità
superiori a questo livello, si può assumere che possa trattarsi di cloni dello stesso ceppo, ma una
conferma potrà essere ottenuta solo da un confronto del profilo fenotipico (attività metaboliche,
caratteristiche fisiologiche, sensibilità fagica, ecc.) di ceppi con profilo PFGE simile.
L’analisi dei profili PFGE ottenuti con i singoli enzimi conferma innanzitutto l’elevato grado di
biodiversità
dei
ceppi
esaminati.
L’elevata capacità discriminante dell’analisi PFGE non ha comunque portato a una completa
separazione di ceppi appartenenti a subspecie diverse. In particolare, focalizzandosi sulle 3 specie di
appartenenza dei ceppi, nei 5 clusters principali riconoscibili dal dendrogramma, solo un cluster
racchiude ceppi appartenenti alla subspecie “lactis”, mentre negli altri sono presenti ceppi di
entrambe le subspecie. Inoltre non si è registrata una particolare capacità discriminante nei confronti
della varietà “diacetylactis”, essendo questi ceppi distribuiti in cluster diversi.
Il protocollo può servire a laboratori di ricerca per la differenziazione a livello genetico di ceppi di
batteri lattici da utilizzare per lo sviluppo di fermenti selezionati o per la caratterizzazione di ceppi
presenti nella propria ceppoteca. Il risultato è prontamente trasferibile all'utilizzatore finale purchè
abbia conoscenze di biologia molecolare e abbia un laboratorio con le adeguate attrezzature
scientifiche. Per eventuali chiarimenti sul protocollo descritto, contattare il referente della scheda
D.ssa Zago.
Responsabile del risultato
Miriam Zago
Via Antonio Lombardo, 11, 26900 – LODI ()
Tel.: +39-0371-45011
E-mail: [email protected]
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Anno
2014
Classificazione del risultato
Comparto produttivo: Alimenti/bevande dell’industria alimentare (gelati, biscotti, birra, ecc.)
ALIMENTI/BEVANDE DELL'INDUSTRIA ALIMENTARE
Particolari categorie PRODOTTI TIPICI/TRADIZIONALI
di prodotti/comparti Prodotti tipici/tradizionali
produttivi:
Categorie di ambiti di TEMATICHE TECNICHE SU SPECIFICHE FASI DELLE FILIERE
ricerca:
PRODUTTIVE
Qualità dei prodotti
QUALITÀ DEI PRODOTTI IN GENERALE
Parole chiave
tipizzazione genetica, biodiversità microbica, ceppi/colture microbiche
Trasferibilità del risultato
Si, trasferibilità immediata
Natura del risultato
di prodotto
Aree interessate
Aree a clima continentale
Aree a clima mediterraneo
Impatto dal punto di vista tecnico
miglioramento qualità e salubrità dei prodotti
caratterizzazione dei prodotti ai fini della loro tracciabilità
Impatto dal punto di vista socioeconomico
miglioramento qualitativo
Impatto dal punto di vista ambientale
tutela biodiversità
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Presupposti di contesto
impianti/attrezzatura/laboratori specifici
personale specializzato
Soggetti istituzionali da coinvolgere
Consorzi di tutela e valorizzazione
Consorzi di produttori
Laboratori di analisi
Enti di ricerca
Potenziali utilizzatori
Industrie di trasformazione
Consorzi di tutela e valorizzazione
Enti di ricerca
Università
Modalità di diffusione
Partenariati ricerca e competitività
Progetti comuni con consorzi di tutela
Progetti comuni con industrie di trasformazione
Pubblicazioni
Non sono presenti Pubblicazioni collegate al risultato
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Progetto / Ricerca di riferimento
Titolo del progetto
Caratterizzazione di batteri lattici della ceppoteca CSL, studio della lisogenia e analisi di
antibiotico-resistenza su ceppi di interesse industriale - LISOCSL
Coordinatore del progetto
Miriam Zago
Via Antonio Lombardo, 11, 26900 – LODI ()
Tel.: +39-0371-45011
E-mail: [email protected]
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Ente finanziatore
Centro Sperimentale del Latte S.p.A.
Breve descrizione del progetto e dei suoi obiettivi
Caratterizzare ceppi di batteri lattici appartenenti alle specie Lactococcus della ceppoteca di CSL
mediante tecnica molecolare di genotipizzazione e valutazione dello stato di lisogenia tramite
metodica microbiologica e molecolare. Caratterizzare fenotipicamente gli eventuali fagi temperati
presenti tramite profilo di spettro d’ospite e purificazione dei fagi temperati in grado di replicare su
ceppo ospite.
Valutare la sensibilità agli antibiotici di 7-8 ceppi complessivi di batteri lattici determinando la
Minima Concentrazione Inibente (MIC) di 9 antibiotici.
U.O. / Partner coinvolti nella realizzazione del risultato
Non sono presenti Unità operative collegate al risultato
Referenti istituzionali già coinvolti nella ricerca
Non sono presenti Referenti già coinvolti per il risultato
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