次世代シーケンサー向けライブラリー調製キット RNA 編 RNA シーケンスにより、細胞内の RNA を網羅的に定量解析が可能で、トランスクリプトームの全体像の情報の取得や選択的スプライシング、融合遺伝子の検出も可能です。イルミナでは、さまざまな用途にあった RNA ライブラリー調製キットを提供しています。 TruSeq RNA サンプル調製キット RNA サンプル調製キットに加え、mRNA、miRNA、トータル RNA それぞれの解析用のキットを提供しています。 No ストランド情報に興味がある TruSeq RNA Sample Prep Kit v2 Yes ncRNAにも No FFPEサンプルを興味がある No 使用したい Yes Yes 細胞質だけでなくミトコンドリアの rRNAも除去したい TruSeq RNA Access Library Prep Kit No Yes TruSeq Stranded Total RNA Ribo-Zero H/M/R Yes 血液サンプルを使用したい No Yes 植物に興味がある TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit TruSeq Stranded Total RNA Ribo-Zero Gold TruSeq Stranded Total RNA Ribo-Zero Globin TruSeq Stranded Total RNA Ribo-Zero Plant Yes Small RNAに興味がある TruSeq Small RNA Sample Prep Kit Yes キット TruSeq RNA Sample Prep v2 TruSeq Stranded mRNA サンプル数 48 48 96 TruSeq RNA Access 48 TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero H/M/R 48 TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Gold 48 96 96 カタログ番号 RS-122-2001 RS-122-2002 RS-122-2101 RS-122-2102 RS-122-2103 RS-301-2001 RS-301-2002 RS-122-2201 RS-122-2202 RS-122-2203 RS-122-2301 RS-122-2302 RS-122-2303 インデックス数 RNA インプット量推奨リード数 24 100ng 50M 100ng 50M 10-20ng 50M 100ng 100M 100ng 100M 1µg 50M 24 96 24 24 96 24 96 RS-200-0012 TruSeq Small RNA 24 RS-200-0024 RS-200-0036 RS-200-0048 48 TruSeq Stranded mRNA、 TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero サンプル調製キットストランド特異的手法により、どちらの DNA 鎖から RNA が転写されたか同定が可能です。まず RNA テンプレートから 1st strand cDNA を合成します。 2nd strand cDNA 合成の時点で dTTP の代わりに dUTP を使うことで、T の代わりに U が取り込まれます。 PCR の際に、dUTP 配列を鋳型に増幅できないため、dUTP をもたない 1st strand cDNA のみを鋳型として増幅が行われ、一方向からの断片のみが合成されます。ストランド特異的手法 RNA 1st Strand cDNAの合成 2nd Strand cDNA合成の際に dUTP を使用 1st Strand cDNA 2nd Strand cDNA アダプター付加 DNAの増幅 dUTPを使った2nd Strand cDNAから増幅はされず、1st Strand cDNA側からのみ増幅 TruSeq Stranded mRNA サンプル調製キットでは、poly-A によりトータル RNA から mRNA を選択的に回収することにより、発現している遺伝子を定量的に測定することが可能です。一方で、TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero サンプル調製キットは Ribo-Zero によりリボソーム RNA（rRNA）を除去した後、cDNA を合成するので、コード領域および非コード領域の RNA における新規転写産物の検出が可能です。 Ribo- Zero による rRNA 除去は、ビオチン化したキャプチャープローブを用いて特定の生物種の rRNA に結合することでキャプチャーと精製を効率よく行います。 TruSeq Stranded Total RNA サンプル調製キットには、ヒト、マウス、ラットの細胞質 rRNA を対象としたもの、細胞質およびミトコンドリア rRNA を対象としたものからお選びいただけます。さらには、血液サンプルに適した Globin キットや植物におけるトランスクリプトーム解析が可能な Plant キットも扱っています。 Ribo-Zero による rRNA の除去 Total RNA B rRNA 除去液の付加 B B B B B B 除去ビーズの付加ビーズと結合した rRNA の除去 B B 2 B B B B TruSeq RNA Access ライブラリー調製キット TruSeq RNA Access ライブラリー調製キットでは、cDNA 合成後アダプターを付加して PCR を行います。その後、ヒトコーディング領域（37Mb）にビオチン化したランダムプローブをハイブリダイズして、ストレプトアビジンビーズでキャプチャーを行い、最後に PCR 反応を再度行うので、分解した FFPE サンプルでも効率よく解析を行うことができます。 RNA Access アッセイワークフローストレプトアビジンビーズ A.stranded RNA-Seq ライブラリーのプールビオチプロープ C. ストレプトアビジンビーズを用いてキャプチャー B. ターゲット領域にビオチン化プロープをハイブリダイズ D. ビーズから溶出 TruSeq Small RNA サンプル調製キット miRNA のような Small RNA は、発生、分化、腫瘍進展、神経発生、ウィルス防御などといったさまざまな調節機能で重要な、5’末端にアダプターを役割を果たしており、その機能が注目されています。 Small RNA キットは、ライゲース反応により 3’ 付加した後、逆転写 PCR で cDNA を合成します。 Small RNA アッセイワークフロー RNA 5’アダプター RNA 3’アダプター A. RNA末端にアダプターをライゲーション B. 逆転写反応インデックス C. PCR増幅 3 TruSeq ターゲット RNA パネル疾患特異的な遺伝子をターゲットとしたバリデーション済みの 10 種類の固定化パネルです。わずか 50ng のトータル RNA からスタートする各パネルは、48 サンプルと 96 サンプルの 2 種類のキットがあり、別途インデックスキットをご購入いただくことで、最大 384 サンプルを同時に解析できます。 MiSeq 1 ランあたりのサンプル数 * パネル遺伝子数（1000x カバレッジの場合）神経（Neuro）パネルシトクローム P450 （P450） 77 325 ヘッジホッグシグナル伝達（Hedgehog） 76 329 細胞周期（Cell Cycle） 63 384 Wnt パスウェイ（Wnt）心臓毒性（Cardiotox） 93 269 アポトーシス（Apoptosis） 100 250 幹細胞（Stem Cell） MiSeq 1 ランあたりのサンプル数 * 遺伝子数（1000x カバレッジの場合） 28 384 P53 パスウェイ（P53） 52 384 NfκB パスウェイ（NFκB） 105 238 76 329 177 214 *MiSeq v3 キットをご利用の場合 TruSeq ターゲット RNA アッセイワークフロートータルRNA cDNA ハイブリダイゼーション伸長・ライゲーション反応 PCR増幅シーケンス用ライブラリー精製したトータル RNA から cDNA が逆転写されます。アダプター配列のついたカスタムオリゴヌクレオチドプローブがターゲット領域の上流と下流にハイブリダイズし、伸長・ライゲーション反応を行い、その後 PCR 増幅によりシーケンス可能なライブラリーが構築されます。 TruSeq ターゲット RNA カスタムパネル遺伝子、エクソン、ジャンクション領域、非ジャンクション領域、cSNP、融合遺伝子よりターゲット遺伝子を選択可能で、最大 1000 遺伝子を同時に解析できます。固定化パネルにターゲットを追加したり、既存のカスタムパネルへの追加搭載も可能です。パネルの設計には無料のウェブツール Design Studio をご利用いただけます。イルミナ株式会社代理店〒108 - 0014 東京都港区芝 5 - 36 -7 三田ベルジュビル 22 階 Tel ( 03 ) 4578 -2800 Fax ( 03 ) 4578 -2810 www.illuminakk.co.jp 本製品の使用目的は研究に限定されます。 © 2014 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, IlluminaDx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cBot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco, GAIIx, Genetic Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, Infinium, iSelect, MiSeq, Nextera, NuPCR, SeqMonitor, Solexa, TruSeq, TruSight, VeraCode, the pumpkin orange color, and the Genetic Energy streaming bases design are trademarks or registered trademarks of Illumina, Inc. その他の会社名や商品名は、各社の商標または登録商標です。予告なしに仕様を変更する場合があります。 Pub. No. RNA ライブラリー調製 04SEP2014