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Le 1er microbiote de cloporte : une boite à outils pour l’analyse des interactions symbiotiques ?
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Le 1er microbiote de cloporte : une boite à
outils pour l’analyse des interactions
symbiotiques ?
Les isopodes terrestres ou cloportes représentent le seul groupe de crustacés composé
presqu’exclusivement d’espèces terrestres. La conquête du milieu terrestre remonterait au
Gondwana et les premières traces fossiles avérées datent du Crétacé. Ils représentent donc un
groupe clé dans l’étude de de la sortie des eaux car ils ont développés de nombreuses
adaptations morphologiques, physiologiques et comportementales à la vie terrestre.
On compte actuellement plus de 10 000 espèces présentes sur tous les
continents. Ils sont très abondants dans la faune du sol et participent grandement
à la décomposition de la matière organique et régulent les communautés
microbiennes du sol. Une équipe de chercheurs de l’Université de Poitiers a
effectué pour la 1ère fois un travail d’analyse du microbiote chez une espèce
Armadillidium vulgare que l’on rencontre fréquemment dans les milieux cultivés par
l’homme. Ils montrent une diversité surprenante des communautés bactériennes
symbiotiques hébergés par le cloporte et une influence de l’environnement dans
lequel évoluent ces animaux. Ces résultats ont été publiés dans la revue FEMS
Microbial Ecology parue le 21 mars 2016.
Tout le monde connait les cloportes mais on connait moins leur rôle pourtant
essentiel en tant que bio-indicateurs du fonctionnement de l’écosystème sol. Ces
détritivores omnivores se nourrissent des déchets végétaux, et plus généralement
de matière organique, présents dans la litière. Cette ressource alimentaire bien
qu’abondante est d’assez pauvre qualité et les cloportes consomment également
les films bactériens présents dans cette litière. Le cloporte commun héberge
d’autre part une bactérie symbiotique du genre Wolbachia, très répandue chez les
arthropodes, où elle est qualifiée de parasite du sexe car elle manipule la reproduction des hôtes qui les hébergent. Chez le cloporte
commun de nombreux travaux de l’équipe de Poitiers ont montré que Wolbachia transformait les mâles génétiques en femelles
fonctionnelles. Cette bactérie, transmise de la mère aux descendants via les œufs, est présente dans tous les tissus de l’hôte où elle
atteint parfois des densités très importantes (Dittmer et al. 2014). Est-elle la seule bactérie présente ? Pour répondre à cette question
les chercheurs ont analysé de manière exhaustive les communautés bactériennes présentes dans les différents tissus du cloporte
commun (tissus reproducteurs, tissus digestifs, tissus nerveux, hémolymphe). En parallèle, ils ont également analysé les microbiotes
des fèces des mêmes individus et des échantillons de sol où les animaux ont été trouvés. L’idée était de comparer les communautés
microbiennes endosymbiotiques de celles de l’environnement dans lequel vivent ces animaux.
Armadillidium vulgare ou cloporte
commun dans son milieu naturel (crédit
photo EBI-C. Souty-Grosset)
Page 8
L’identification des bactéries hébergées par le cloporte commun a été faite par barcoding moléculaire à partir d’un gène hautement
conservé, le gène de l’ARN ribosomique 16S (ADNr 16S). Les résultats obtenus montrent une diversité surprenante de bactéries
intracellulaires comparable à celle que l’on peut rencontrer chez les termites appartenant à la même guilde des détritivores de la
faune du sol.
Wolbachia, lorsqu’elle est présente, constitue l’une des bactéries majeures au sein de ce microbiote. Elle n’est toutefois pas toujours
majoritaire et d’autres bactéries très fréquentes sont identifiées comme Hepatincola ou Hepatoplasma. Bien que leur rôle nutritionnel
ait été soupçonné, cette étude démontre que ces symbiotes ne se limitent pas aux seuls tissus digestifs mais colonisent l’ensemble
des tissus du cloporte. Enfin des bactéries pathogènes du genre Rickettsiellasont également détectées chez certains individus alors
qu’ils ne présentent pas de symptômes de maladie. Les communautés bactériennes ainsi révélées offrent donc toute la gamme des
interactions symbiotiques que l’on peut rencontrer, des pathogènes aux mutualistes en passant par les parasites de la reproduction.
L’étude montre enfin que la structure des communautés bactériennes du microbiote, si elle est influencée par la présence de
symbiotes majoritaires tels que Wolbachia, est également fortement dépendante du lieu d’origine des animaux. Le cloporte commun
semble ainsi perméable à son environnement bactérien, probablement du fait de son mode de vie. Ces travaux ouvrent des
perspectives dans la compréhension du rôle des cloportes dans le fonctionnement du sol en particulier dans les agrosystèmes. Les
chercheurs s’intéressent maintenant à la diversité non seulement microbienne mais également virale et fongique du microbiote du
cloporte commun.
Site web du laboratoire :http://ecoevol.labo.univ-poitiers.fr/ [http://ecoevol.labo.univ-poitiers.fr/]
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Dernière mise à jour le 18 avril 2016
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