Title 全ゲノム配列による比較から見たマレーシア・クアラル ンプール周辺に在住するマレー人のmtDNAの系統評価 Author(s) 丸山, 澄; 野平, 千鶴; 佐々木, 継泰; 石川, 昴; 水口, 清 Journal URL DNA多型, (16): 303-307 http://hdl.handle.net/10130/2048 Right Posted at the Institutional Resources for Unique Collection and Academic Archives at Tokyo Dental College, Available from http://ir.tdc.ac.jp/ P22. 全ゲノム配列による比較から見たマレーシア・クアラルンプール周辺に在 住するマレー人の mtDNA の系統評価 東京歯科大学法歯学講座 丸山 澄、 野平 千鶴、 佐々木継泰、 石川 昴、 水口 清 Dept. of General Dental Practice and Oral Maxillofacial Imaging, Faculty of Dentistry, University of Malaya Phrabhakaran Nambiar １．はじめに 我々は第 14 回学会において、クアラルンプール周辺のマレー人の mtDNA の系 統の分岐が多種類存在する可能性についての報告 1) を行った。今回は試料を追 加した上で、選択した 32 の試料について全ゲノム配列を決定した。その結果か らマレー人の系統を確立すると共に、マレー人おける mtDNA 多型の系統の再評 価をした。 ２．材料と方法 試料 DNA は血縁関係のない、マレーシア・クアラルンプール周辺に在住する 116 人のマレー人から得た抜去歯または抜歯時に用いた血痕から抽出した DNA を用 いた。Control 領域については 16024~579 の全塩基配列を決定し、32 例について は全ゲノム配列を決定した。増幅および塩基配列決定に際しては全ゲノムにわ たり作製された 40 個の Primer を適宜使用した。Control 領域の比較で、文献を 含めて同じ系統が 2 例以上存在すると思われたものについては、仮のハプログ ループ名を付けた。日本人を含む東アジア集団 2-12)、東南アジア集団 13-18)、イン ド 19-22)などの論文 23)及び Mitomap24)のデータと比較を行い、マレー人における mtDNA の系統樹を作成し評価を行った。 ３．結果及び考察 116 人検体のうち、M 系統は 60 例、N 系統は 56 例であった。（図１）多検体 認められたのは、M 系統では M7c1c, E, M21a および M*であり、N 系統では B4b1, B4c1b2b, B4c2, B5a, F1a, F1a1a, R9b であった。 M7b1 は東アジアでは日本・韓国には認められず、中国人では認められるが、 マレー人は中国のものとは異なる分岐を形成していた。M7b1a は 9bp-deletion を示すところから新しい系統名をつけたが、B 系統で認められる deletion とは欠 損パターンが異なっていた。M7c3 はマレー人では非常に高頻度に認められるが、 中国人ではごく稀に認められ、日本・韓国人には認められず、マレー人では中 国人とは異なる独自の分岐を示した。E 系統の E1a, E1b は台湾原住民、シンガ ポール、インドネシアの島、フィリピンなどに認められるが、マレー人では 10.3% を占めており偏った分布を示していた。また仮に E1e と名付けた新しい分岐も 認められた。M21, M22 はマレー系の系統と考えられ、M21a はタイにも認めら れるが、台湾原住民には認められていない。M21a は Macaulay ら 25)のマレー原 住民と同じ系統に属し、M21b, M22 は既報のものとは異なる新しい枝を作って いた。 Control 領域の特徴が異なる 20 例の M*のうち、文献を含め 2 人以上認められ た新しい系統を、仮に M48~53 と名付けた。また全ゲノム配列を決定した１例の M54 も、独自の系統と考えられた。その他の M*の試料についても、control 領域 の配列から既報の系統に類似せず、頻度の低い異なる系統が存在するものか、 または分化の程度の高い既報の系統である可能性が考えられる。M*はいずれも 東アジアに認められていないユニークな系統で、変異の多さから見てもいずれ も非常に古い系統であることを示唆している。 N 系統はユーラシアに広く拡がる B と F 系統が大部分を占め、それぞれ 22.4%、 14.7%を占めていた。N9a1 は日本人、中国人にも認められるが、coding 領域に 別の変異が存在し異なる分岐を形成していた。B4a 系統はポリネシアに広く広が る系統であり、B4a1a と B4a1c は同じ control 領域の配列を有し、区別できない が、coding 領域の変異で区別される。B4c1b2b, B4c2b はいずれもインドシナ半 島に認められる系統であるが、マレー人に高頻度に出現している。これらの B4 系統はいずれも coding 領域に 2~3 箇所の過剰な変異部位を有し、マレー人に独 特な分岐を形成していると考えられる。B5 系統は東アジアに広く分布する系統 であるが、マレー人の系統は過剰な変異部位が認められ独特な分岐を形成して いた。F1 系統は東アジアに common な系統で、ほとんどが F1a, F1a1a であった。 F1a1 は日本→韓国→中国と頻度が高くなる。F1a1a は日本人、韓国人では認め られず中国、台湾人にわずかに認められ、マレー人の F1a1a も検査範囲内で特 有な変異を有し、東アジアと異なる分岐を形成していた。全ゲノムを決定した ものは F1a3 であったが、既報の F1a3 とは大きく異なる特徴を示した。N21, N22 はマレーに特有な系統で、いずれも非常に古い系統と考えられている。R22, R*, N*は現在のところ、いずれもマレー人を対象とした検査のみで見出されている。 R8 は唯一インドに認められる系統と共有していた。今回１例に L2a が認められ た。これはアフリカの系統の女系が偶然混ざったものか、マレー半島にまで広 がっていたものかは現在のところ明らかでないが、African American25)に認めら れた L2a と比較し 21 ヶ所新しい変異部位を有しているところから、独自の分岐 を形成してきたものである可能性が高い。 マレー人に認められた系統は偏りがあるが、その他の低頻度の系統も含める と系統の種類は多く認められた。全ゲノム配列の情報を含めた比較により、今 回のマレー人の集団の mtDNA は、M*, M21, M22, R22, N21, N22 系統のように マレー人に特有で非常に古いユニークな系統と、東アジアと共有する系統から 成り立っているが、マレー独特の分岐を形成している系統が存在していると考 えられる。古い系統は現在までの報告 26)ではマレー半島に特徴的で、最終氷河 期にアフリカからインドの海岸沿いを通り、ユーラシアに広がり早期にマレー に到着したと考えられている系統に相当すると思われる。また東アジアと共有 する系統は、いずれもマレー特有の分岐を形成しており、土着民とインドシナ 経由で広がってきた東アジア系との混血がマレー独特の系統を作り上げてきた ことを示唆していた。以上の如く、マレー人の系統は、ユーラシアにおけるヒ トの移動に関する非常に重要な位置を占めているものと考えられた。 文 献 １）水口 清, 丸山 澄, 野平 千鶴, 他: マレーシア・クアラルンプール周辺 に在住するマレー人のミトコンドリア DNA 多型解析. 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Department of Forensic Odontology, Tokyo Dental College, Department of General Dental Practice and Oral Maxillofacial Imaging, Faculty of Dentistry, University of Malaya. 図１ マレー人における mtDNA 多型の系統分化 各系統の決定に必要な変異 部位と人数を示した。73, 263, 1438, 2706, 3106, 4798, 7028, 8860, 11719, 12705, 14766, 15326 の変異は共通しているため省略。○で示した数字は見出された例数 を示す。全配列を決定した系統は□で示す。太線はマレー独自の変異による新し い分岐を示す。 １－A：M 系統 １－B：M の新しい系統および M*系統 １－C：N 系統の系統分類 L3 A 489, 8701, 9450, 10389, 10400, 10873, 14783, 15043, 15301 M 4833 5178A D 709 235 1719 D6 3677 3704 ① 3816 6314A 152 7572 3206 11017 8473 11260 14979 11797 16129 14078 14551 16192 D4a 16220 16274 3010 8414T 14668 D4 11125 D4e 3316 9536 94 5964 14470 15924 D* 5466 16249 D4a3 ① 12892 13834 14979 15481 ① 8985 12556 15781 D4a3b D4e1a ① ① 710 4639 6071 6776 9316 16290 16304 16129 14569 16144 16148 M12’G 16244 M21 4170 16265T 709 16311 5580 4833 15924 16343 12030 5108 12372 16362 M22 16093 Q 14272 16129 15010 ① ① 159 G 16234 6120 M21ab 16290 9647 16256 16263 13135 16271 5601 16381 13563 318 M22a M21a 463 ③ 1625 709 709 ① 7600 1719 3796 4502 11436 9377 6267C 11764 11548 9575 10202 14037 12358 14200 11287 14174 15244 13278 11611 15930 16261 16482 M21b 16309 16227 M21a 11482 ① ① M12 ① 4491 16362 4715 7196A 8584 15487T 16298 M9 E 750 3027 3705 10834 13254 13626 14577 M7b’c 146 150 4048 4850 4164 5442 3552A 5351 11665 9545 5460 12091 11914 6680 13263 7684 14318 7853 M7c 16327 12406 ① 8413 16297 11208 3606 14684 C ① 16129 15236 E1c ① E1 16291③ 16261 E1a E1a ① M7 M8 249d CZ 7598 16390 6531 ⑤ 4248 7148 12510 4631 15530A 6055 6620 G2a1d 8706 8711C 16093 ① 6455 9824 E1b 152 ① 2218 3027 4248 9192 E1b ① M7c3 199 ⑦ 630 3391 4071 5442 8413 12811 16192 9bp 199 M7c3a deletion 332 ① M7b1a 374 8110 ② 13488 14302 16189 M7b1 ① B 146 204 750 207 3106CRS 466 5054 750 6120 3106CRS 7775 4688 8080A 5054 8167 6032 9090 6293 10268 6620 10993 6962 12007 7226 12651 7642 15908 8297 16311 12948 16519 13802 15663 M48 16129 16153 ② 16172 16263 16526 M49 ② 151 185 1846 2361 5250 6680 7444 8454 8718 11138 11406 12687 12756 15458 16189 16271 16311 16519 M50 ① 152 225 249d 316 3200 3222 3714 4386 4772 7433 8853 9127 9482 9512 10274 10679 11208 11210 11914 12354 14110 14974 15691 16129 16209 16272 16519 M51 ② 146 2263A 16224 151 2352 16311 16093 3106CRS 16318 16209 3396 M* 16224 3399 ① 16278 3501C 16311 3533 16319 5655 M53 6902 9602 ② 10586 10685 11476 11670 12950 14034 15299 16093 16148 M52 16172 16184 ① 16223 16243 16278 16519 150 199 204 3483 4047 4071 4164 5351 5460 6455 6680 7684 7853 9824 12811 13812 16086 16297 M54 ① 204 482 16126 16519 M* ① 150 151 16129 16269 16271 M* ① 131 207 146 150 150 16274 199 575 514 16327 204 16217 16086 16390 16189 16519 16519 16148 16259 M* M* M* M* 16278 ① ① 16319 ① ① 16399 16526 152 499 16243 16262 16278 16319 M* ① 16189 16256 16291 16304 16497 16519 16526 M* ① C L2 L3 N 5417 N9 150 5231 12358 12372 16257A 16261 N9a ① 16129 12705CRS R 8392 10398 14178 14693 16126 16223 16231 Y 482 16261 5147 7859 14914 9123 15244 5465 16311 Y2 B4a 16189 9bp deletion B 16217 B4 827 15535 1119 15346 ② 16304 709 8584 9950 10398 16140 3970 13928C R9 249d 143 6362 183 10310 16288 16309 6962 16390 9053 R9ｂ 10609 ③ 12406 12882 13759 16129 B5 499 B4c 210 B5b 4820 3537 13590 3497 5108 15235 ① 16311 14088 16266A 14209 N9a1 2511 ① B4b 709 16147 ① 745 10238 16184A B5a 2756 3106 3146 16235 3486 ③ 4291 16136 150 B4a1 8718 3540 B5a3 B4b1 16140 4086 9287 146 709 6479 6960 16172 ① 16274 ③ 6719 7664 N9a1 12239 12561 15746 11317 ① 152 F1a 146 B4c2 354012904 9548 8705 3571 4086 16162 9554 B4a1c B4c1b2b③ 11465 14022 9944 16261 16247 ① 13748 ⑦ B5a1c 15565 B4a1a1 195 16284 ① 8772 8149 16311 1199 ① 15172 16108 16390 4209 16335 4632 F1a1a F1a3 16181 4965 B4c1b2b ⑦ ⑦ 8572 3504 B4a1a 12630 4232 ① 11134 ① F1a1a 11536 12880 ① 15320 4386 12007 16111 F1a1a ① 373 2755 542 3384 5510 1897 5911 6290 16249 8646 7280 16288 9449 7843 9716 8584 13215 10577 149 13782 13539 593 13862 622 14000A 772 14078 195 14727 1459 709 14783 1480 1515 6890 15147 9548 4491 16292 5772 11050 16497 13145 6770 ① 10316 13416 10609 16311 R* 10877 16519 13145 R8 15539 16293 ① 16301 16390 R22 ① 214 3456 4769 8705955411176 11719 13731 14097 1628416390- F1a3 ① 150 942 7158 9254 11365 16168 16249 926 150 4093 195 337d 5186T 4048 12106 6752 12372 8701 13194 8725 13708 10581 16168 13437 16189 14560 16224 16193 16242 16223 16399 16291 N* 335 1503 3310 3388 4616 5130 16248 ① 6524 16242 7723 16344 12705 13819 N21b 13980 15049 ② 16271 16278 16295 N22b ① 143 146 152 182 189 195 769 1018 2416 2789 3594 4104 5196 6045 6055 6293 6544 7175 7256 7521 7771 8206 9221 9530 9773 10115 10398 10873 11386 11719 11797 11914 11944 12007 12612 12693 12846 13395 13590 13650 13731 13803 13934 14566 15784 16209 16278 16294 16301 16354 16390 L2a ①
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