PubMed - 名古屋大学

PubMed
2016年度
大学院基盤医科学実習
「文献検索」
名古屋大学附属図書館医学部分館
1
概要
1. PubMedとは
2. 検索の基本操作
3. 結果の保存、絞り込み検索
4. やや高度な検索テクニック
5. その他、知っていると便利な機能
 参考文献
2
1．PubMedとは
http://pubmed.gov
http://pubmed.gov/?otool=ijpnagoulib


アメリカ国立医学図書館（NLM）がインター
ネット上で無料で公開しているMEDLINE
NLM内の国立バイオテクノロジー情報セン
ター（NCBI）が作成しているEntrezという統合
型分子生物学データベースの一部
3
PubMedの概要



採録対象誌: 約5,700誌
データ数: 約2,400万件
収録範囲: 1946－現在
1966－現在: MEDLINE
 1946－1965: OLDMEDLINE
それ以前はIndexCat（1880-1961）
http://indexcat.nlm.nih.gov/

4
初期画面
検索ボックス
(Search Box)
PubMedの
マニュアル
ツールなど
へのリンク
PubMed以外の
NLMの各種DBなど
5
2．検索の基本操作
1．Search Box にキーワードを入力して、
Searchボタンをクリック
↓
2．検索結果の表示
↓
3．検索結果の印刷、保存、など
または、電子ジャーナルで利用
6
キーワードの入力


大文字・小文字のどちらでも可
複数のキーワードをスペースをはさんで入力
すると概念間のＡＮＤ検索
lung cancer drug therapy
= lung cancer AND drug therapy
熟語を明示する場合 “lung cancer”

ストップワード（a, the, in, of, …）は不要
7
MeSH


（Medical Subject Headings）
MeSH: MEDLINEのシソーラス（用語集）

1文献につき10ー15程度付与

Major Topic（文献の中心テーマ）に
*
Subheadings: MeSHと組み合わせて利用す
る共通項目
例：analysis、diagnosis、therapy、nursing
8
MeSHの効果 1：同義語の整理
文献上の表現
Cancer
Tumor
Neoplasm


MeSH
データベースでの
キーワード
Neoplasms
データベースにデータを格納する際に、文献のテー
マにふさわしいMeSH語を付与
MeSH語を使って検索することにより、言葉の表現
の違いによる検索漏れを防ぐ
9
MeSHの効果 2：関連語の組織化
Thoracic Neoplasms
Respiratory Tract Neoplasms
Lung Neoplasms
上位
Carcinoma, Bronchogenic
Carcinoma, Non-Small-Cell Lung …


下位
上位語→下位語の階層構造
言葉の上位・下位概念を整理することにより、
的確な検索ができる
10
自動マッピング



入力した語を適切なMeSH語、熟語、雑誌名、
著者名に変換して検索
どのように変換されたかは、検索結果の表示
画面右下の「Search details」で確認できる
MeSH語での検索は下位語も含む
（explosion）
11
著者名・雑誌名からの検索

著者名からの検索
姓スペース名のイニシャル o’brien jm
（2002年以降出版のものはフルネームも可）

雑誌名からの検索
フルタイトル: journal of clinical oncology
 略誌名: j clin oncol
 ISSN: 0732-183X
N.B.: ハイフンは省略しないこと
cf. Journal Database

12
演算子・前方一致・フィールド限定

演算子



AND OR NOT （大文字）
前方一致（truncation）
*

語の末尾に

自動マッピングはされなくなるので注意

後方一致，中間一致はありません
フィールドの限定


キーワードの後に [フィールドタグ]
著者 [au] 雑誌名 [ta] 論文名 [ti] 言語 [la] など
13
一覧表示（Summary形式）
結果の保存，
送信
表示形式
著者名
表示件数
表示順
文献タイトル
クリックすると
詳細なデータ
および抄録を
表示
雑誌名、発行年月日、巻号、ページ、
文献タイプ・言語
14
詳細表示（Abstract形式）
表示形式
雑誌名、発行年月日、巻号、ページ
利用できる電子ジャーナルへのリンク
NULink （名大本文情報案内）
電子ジャーナルや冊子体が名古屋
大学にあるかどうかを探す。
レコードの状態
MESHの表示
15
詳細表示の形式

Summary 形式




通常はこの形式
書誌情報のみ
Abstract 形式

文献の抄録、著者の所属、関連文献へのリンク

「+」をクリックすると、publication types、MeSH termsを表示できる
MEDLINE 形式



全データをタグ付きで表示
EndNoteなど、文献管理ソフトへのデータの取り込み
MeSH語の末尾に * が付いているのは、 Major Topic
heading （その文献の中心テーマ）
16
レコードの状態
順番
状態表示
状
態
１
[PubMed – as supplied by
Publisher]
出版社から提供されたばかり
のレコード。
２
[PubMed – in process]
データ整備作業中のレコード。
書誌事項の確認、索引づけ
(MESH語の付与)等が行われ
る。
３
[PubMed – indexed for
MEDLINE]
MEDLINEデータとして登録さ
れたレコード。
他
[PubMed]
MEDLINEデータとして登録さ
れないレコード。
17
3．結果の保存、絞り込み検索



検索結果の保存など（Send to）
Clipboard : クリップボードに張り付け,参照,編集
絞り込み検索 : 条件設定による絞りこみ
18
検索結果の保存など

検索結果の保存（Send to）





File: text形式で表示
Collections : 結果をMy NCBIに保存
Clipboard : クリップボードに一時保存
E-mail : 電子メールで送信（html形式も可）
電子ジャーナルの利用

出版社のアイコン、もしくは
から
N.B.: ※ Orderは米国の利用者用なので使わない
19
Clipboard


最大500件まで登録
Clipbord内にデータがあるとき，画面右上に表示
検索結果表示画面上部に，緑色ﾁｪｯｸﾎﾞｯｸｽで表示
Clipboard: □ items
必要なら My NCBI に保存可能
 保存データの表示は，「 □ items 」をクリック
 削除は，クリップボードに張り付けたレコードを
表示して，「Remove from clipboard」「Remove all items 」を
クリック

20
絞り込み検索
（その１）
画面左側のサイドバーに表示されている項目で絞り込み項目を指定する。
「Show additional filters」で絞り込み項目の表示を変更できる。
必ず表示(非表示に変更できない) ：
Article types:文献の種類
Publication dates : 出版年


以下は表示/非表示の指定が変更できる









Text availability: Full Text, Free Full Text, Abstracts
PubMed Commons：コメント
Species : 人間／動物
Languages : 言語
Sex : 性別
Subjects: 主題
Journal categories: (主要誌/歯科/看護)
Ages：年齢
Search Fields ：検索対象フィールド
21
絞り込み検索
Side Bar
（その２）
Side barの
Show…をクリックし
てウィンドウを開く
絞り込んでいる状態
22
例題 1






ethics of liver transplantation に関する
文献を探す。
詳しい検索式を確認し(Search details) で自
動マッピングの結果を確認。
検索結果をreview論文のみに絞り込む。
検索結果を1ページに表示。
最初の2件を選択してクリップボードに入れる。
クリップボードの内容を MEDLINE 形式で表
示。
23
４．やや高度な検索テクニック
Advanced Search Builder


Builder：ヒット件数、Indexを参照しながら検
索
History：検索履歴を使って検索
MeSH Database

MeSHを階層表示させて検索
24
Advanced Search Builder
（１） Builder （その１）
ヒット件数を確認して絞り込みながら検索する

キーワードを入力し、検索対象のフィールドを選択し
（検索ボックスに検索式を自動表示）、
 「Search」ボタンをクリック  検索結果の表示
 Add to historyをクリック
Historyに、 #検索結果
番号、検索式、検索結果件数を表示
文献を表示するには、検索結果件数をクリック
「Edit」で検索式を自由に編集可（Builderが消える）

Builderへのキーワード入力ではコピー&ペースト不可です




25
Advanced Search Builder
（１） Builder （その２）
Index を確認しながら検索する



フィールドを選択しキーワードを入力
Show Index listで検索語一覧を表示
一覧から選択し（複数の語を選択するときは
CTRL+クリック）、
「Search」ボタンをクリック  検索結果の表示
 Add to historyをクリック  Historyに表示
!!注意!!：Search BuilderでMeSHのインデックスを一覧する
ときは自動マッピングはきかない！

26
Advanced Search Builder
（2） History
検索履歴の参照、以前の検索結果の再利用
Historyの「#番号」または「Add」をクリック 
Builderと検索ボックスに検索式を自動表示
 それを繰り返して検索式を作ったら「Search」ボタンで検
索
 検索結果集合の演算 #2 OR #4
Clipboard内の文献は #0
 検索履歴のクリア : 「Clear history」
 検索後8時間で自動削除
 必要なら My NCBI に保存可能

27
例題 2
(A)ヒトのCircadian rhythmとcortisolまたは
melatoninの関係に関する文献を
1回の検索でさがす。
 (B) Heart surgeryに関する文献を検索し，
検索語のマッピングを確認する。(Search
Detailsを使う）
 Advances Searchで，(A)の検索結果と(B)の
検索結果のＡＮＤ(論理積)を求める。

28
例題 3



Builderで検索式を生成，サイドバーで絞り込み
female genital diseases in
adolescents について、
health education の methods と trends
に関する文献を探す。
検索結果を2002年以降に英語で書かれた文
献に絞り込む。
29
MeSH Database

該当するMeSH語とリンクを表示


PubMedリンク : 文献表示
MeSH語をクリック




Subheadingsの選択
Restrict to MeSH Major Topic
Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy
MeSHの階層表示から選択
（１）「All links from this record」の「PubMed」をｸﾘｯｸして検索 (詳細表示画面)
（２）画面右の「Add to search builder」ﾎﾞｯｸｽ (Advanced Search機能)
・「Add to search builder」ﾎﾞﾀﾝと演算子のﾌﾟﾙﾀﾞｳﾝﾒﾆｭｰ →
「PubMed search builder」ﾎﾞｯｸｽへMeSH語を送って，検索式組立
・検索式ができたら，「Search PubMed」ﾎﾞﾀﾝで検索実行
30
例題 4



MeSH Database を使う。
prenatal exposure to influenza が原因の
schizophrenia に関する文献を探す。
schizophrenia と influenza は、その文献の
メインテーマであること。
31
５．その他、知っていると便利な機能

Journal Database : 雑誌名から検索
Single Citation Matcher：文献の書誌事

Clinical Queries : 臨床研究の方法論な

項（著者，論題，誌名，巻号年頁）の確認
どで検索

My NCBI : 検索式の保存、アラート機能、
フィルターの設定
32
Journal
referenced in NCBI
Database
雑誌名、略誌名、ISSNなどから検索
 雑誌の情報と関連情報を表示
Related information

PubMed
その雑誌のPubMed収録文献を表示
 Single Citation Matcher
Single Citation Matcher に雑誌名を埋め込んで
表示

33
Single Citation Matcher

特定の論文の書誌事項の確認など



引用文献の確認に便利
書誌事項のうち、わかっているものから検索
雑誌名、出版年、巻、号、開始ページ、著者名（第１
著者への限定可）、論題中の語から検索可
 例: Date: 2008, Volume: 26, First page: 124
で検索すると4件ヒット
34
例題 5
（Single Citation Matcherを使う。）
 New England Journal of Medicine の
November 2000 に掲載された、 hip
protector に関する論文を探す。
 A. M. Adelman が第一著者の論文を探す。
 PLoS Pathogens の Vol. 5, No. 4 に掲載さ
れた全論文の文献情報を求める。
35
Clinical Queries


EBM文献の検索
Clinical Study Categories



Systematic Reviews


etiology（病因） diagnosis（診断）
therapy（治療） prognosis（予後）
clinical prediction guides （臨床予測指針）
narrow, specific（ノイズ小） broad, sensitive（網羅的）
複数の臨床試験を総合評価した文献の検索
Medical Genetics

遺伝医学に関連した文献の検索
36
My NCBI

ユーザー登録（無料）により利用可能




検索式の保存、再利用
検索結果を定期的にメール送信（アラート機能）
検索結果の保存（History、Clipboardから）
検索画面のカスタマイズ
参照:「図解PubMedの使い方」（日本医学図書館協会）
37
参考文献

PubMed Tutorials
PubMed Tutorial → Review Exercisesで、今回の
例題（除:例題3）を復習することができます

図解PubMedの使い方.
岩下愛, 山下ユミ共著 ; 阿部信一, 奥出麻里監修.
第6版. 東京 : 日本医学図書館協会 , 2013.11.
[請求記号 490.7||Zu バーコード: 11852063]
38

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