前準備 - rc

ImageJ で動画解析
ImageJ とは？
ImageJ (イメージジェイ)とは，アメリカの NIH などが中心に作られた超多機能画像解析ソ
フト．記述言語は Java．以前は NIHImage という名前だった．
Windows, Mac, Linux など様々なプラットフォームに対応．
動画も扱えるが、AviUtil などで、純粋な、AVI ファイルにしておく必要がある場合が多い。
前準備
・AviUtil
ImageJ で開けないファイルは AviUtil（エイブイアイユーティリティ）を使う．研究
室で使っている，AviUtil は
¥¥Butsuri-Ion の¥¥192.168.0.62¥disk¥■物理学研究室共有¥soft にある．
(同じフォルダに Zip ファイルも置いてある)
＊拡張子が AVI でもコーデックなどの違いなど(MP4 のコーデックは駄目らしい・・・)
で ImageJ で開かないことがある
＊AviUtil でも開けない動画ファイルは Freemake ビデオコンバーターなどで，AviUtil
で開くことができる，AVI ファイルに変換した後，さらに，AviUtil で ImageJ で開く
AVI ファイルに変換する．
図：AviUtil のアイコン
図：AviUtil で，動画のフレームサイズの設定が小さすぎると警告が出た場合は，
メニューのファイル→環境設定→システムの変更で変更できる
メニューのファイル→AVI 出力，でファイルの場所と名前を指定し，ImageJ で使える AVI
形式に変換
図：AviUtil 開いた動画を ImageJ で使える AVI 形式（中身は静止画ファイルが大量に連
なっているだけの AVI）に保存しているところ
ImageJ で動画解析
・ImageJ で動画解析
ImageJ で File ＞
Open からファイル選択．AVI ファイルが対応している．対応して
ない場合は，AviUtil や Freemake ビデオコンバーターなどで動画の形式を変換しておく
図：ImageJ のメイン画面．メニューとツールが並んでいる
図：ImageJ で無事動画が開いた
・基準線をひく
参考：http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1145585786
「Line」ツールで直線を引く
→Edit→Selection→Add to Manager→ROI Manager の【Show All】にチェック
→（次の直線を引く→ROI Manager の【Add】をクリック（又はキーボードの【T】
）
）
・計測
ツールで，線を引いたり，面積を求めたり，角度を測ったり・・・できる．
その後，Analyze＞Measure で数値を保存できる（ Ctrl－M でもいい）上の図参考．
Excel 形式に保存
Measure の結果は Excel 形式（正確には xls という拡張子の CSV ファイルらしい・・）
に保存できる
Measuer のダイアログから，File
Excel ファイルになってる
> Save as…
このエラー↓は無視していい（xls という拡張子の CSV ファイルのため，Excel から警告が
出ているだけ・・
「はい」を押して次に進む）
参考
ImageJ まとめ by 松浦
http://dmpl.doshisha.ac.jp/member/matsuura/?dsoftware/graphic/graphicanalisys/Imag
eJ
吉川研 OB 住野さん(2009 年 OB)による ImageJ 解説
ImageJ の使い方
https://sites.google.com/site/ysumino/home_j/education/movie_analysis
ImageJ のダウンロード
公式サイトからの ImageJ のダウンロード
http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html
＊自分の OS のバージョン(Windows32bit, Windows64bit, MacOSX, Linux..)を事前に調べておく．
＊Java の(最低限)実行環境(JRE)がインストールされているか、事前に調べておく．
以上 2 つの条件(OS、Java)によって、最適のものをダウンロードしてする。
(よくわからない場合は、
「bundled with with ～bit Java」というものを入れるのでよいが、場合によって
はすでにインストールされている Java と重複、あるいは、Java の挙動に影響がある可能性がある)
ImageJ とマクロ
ImageJ で何度も同じ作業をするのに苦痛を感じたら、マクロを使おう。
http://wiki.livedoor.jp/imagej
のメニュー一覧から「マクロ」のところに解説がある。
ImageJ まとめ～改造の仕方 by 松浦
http://dmpl.doshisha.ac.jp/member/matsuura/?dsoftware/graphic/graphicanalisys/Imag
eJ#y3dde085
○関連
動画関連
[Win]AviUtil(動画処理、動画変換)
http://dmpl.doshisha.ac.jp/member/matsuura/index.php?dsoftware%2FAviUtil
多機能な動画処理ソフト。
[Win]3GP_Converter(携帯動画変換君)(動画処理、動画変換)?
ffmpeg http://www.ffmpeg.org/ というマルチプラットフォーム・オープンソースのソフト
を GUI 操作するためのアプリ群
[Win]Freemake Video Converter(動画変換)
http://dmpl.doshisha.ac.jp/member/matsuura/index.php?dsoftware%2FFreemakeVideo
Creater
Ellora Assets Corporation の個人所有になっているオンラインプロジェクト。
対応している動画は多いが、オープンソースではない。インストール時いろいろなソフト
が入るので注意。

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