PowerFT ver. 3.3 操作マニュアル 2014 年 1 月 7 日版 目次 1. 解析の準備 ......................................................................................................................... 1 1.1 このソフトウェアについて.......................................................................................... 1 1.2 インストール................................................................................................................ 1 1.3 データの準備................................................................................................................ 2 1.4 起動 .............................................................................................................................. 3 2. メインメニューと主な機能 ............................................................................................... 4 2.1 File メニュー ................................................................................................................ 4 2.1.1 Open Home Directory ........................................................................................... 4 2.1.2 Exit ........................................................................................................................ 4 2.1.3 Recently Opened Directory .................................................................................. 4 2.2 Analysis メニュー ........................................................................................................ 4 2.2.1 MS Correction by IS ............................................................................................. 4 2.2.2 MSMS Preparation ............................................................................................... 4 2.2.3 Peak Detection ...................................................................................................... 5 2.2.4 Peak Selection ....................................................................................................... 5 2.2.5 Peak Characterization.......................................................................................... 5 2.2.6 Peak Assignment .................................................................................................. 5 2.3 Setting メニュー .......................................................................................................... 5 2.3.1 Ionization Modes................................................................................................... 5 2.3.2 Adduct Ions ........................................................................................................... 6 2.4 Tool メニュー ................................................................................................................ 7 2.4.1 Crop Data .............................................................................................................. 8 2.4.2 View Chromat. ...................................................................................................... 8 2.4.3 Ion Distribution .................................................................................................... 9 2.4.4 MF Searcher........................................................................................................ 10 2.4.5 Centroidization ................................................................................................... 13 2.4.6 UV Viewer ........................................................................................................... 13 2.4.7 Formula Calculator ............................................................................................ 14 2.4.8 Simple MS/MS Analyzer .................................................................................... 15 2.4.9 MS/MS Dif. Counter ........................................................................................... 17 2.5 Help ............................................................................................................................ 17 2.5.1 Host Setting ........................................................................................................ 17 2.5.2 About PowerFT ................................................................................................... 17 i 3. 解析機能........................................................................................................................... 19 3.1 MS Correction by IS .................................................................................................. 19 3.2 MSMS Preparation ................................................................................................... 20 3.2.1 File メニュー........................................................................................................ 20 3.2.2 Setting メニュー .................................................................................................. 21 3.2.3 Run メニュー ....................................................................................................... 21 3.3 Peak Detection........................................................................................................... 21 3.3.1 File メニュー........................................................................................................ 22 3.3.2 Analysis メニュー ................................................................................................ 23 3.3.3 Settings メニュー ................................................................................................ 26 3.3.4 ピーク取得のためのパラメーターおよびアルゴリムズの解説 .......................... 28 3.3.5 Window メニュー ................................................................................................ 31 3.4 Peak Selection ........................................................................................................... 32 3.4.1 File メニュー....................................................................................................... 32 3.4.2 Window メニュー ................................................................................................ 35 3.5 Peak Characterization .............................................................................................. 37 3.5.1 File メニュー....................................................................................................... 38 3.5.2 Analysis メニュー ................................................................................................ 38 3.5.3 Setting メニュー .................................................................................................. 39 3.5.4 Window メニュー ................................................................................................ 39 3.6 Peak Assignment ....................................................................................................... 41 3.6.1 File メニュー........................................................................................................ 42 3.6.2 Analysis メニュー ................................................................................................ 43 3.6.3 Setting メニュー .................................................................................................. 46 3.6.4 Window メニュー ................................................................................................ 47 3.6.5 出力ファイルについて ........................................................................................ 54 3.7 ピークへのアノテーション情報の付加 ..................................................................... 55 3.7.1 Peak Group Info - 詳細情報の閲覧と編集....................................................... 58 3.7.2 マニュアルによるアノテーション編集 ............................................................... 60 3.7.3 Evidences - エビデンス情報の付加 .................................................................... 60 3.7.4 Compound の登録................................................................................................ 62 3.7.5 UV 情報の付加 ..................................................................................................... 67 4 その他の情報 .................................................................................................................... 69 4.1 お問い合わせ .............................................................................................................. 69 4.2 マニュアル作成について ........................................................................................... 69 5 引用文献............................................................................................................................ 69 ii 1. 解析の準備 本章では PowerFT を用いた解析のための、初期設定や各種ツールの使用方法を説明します。 1.1 このソフトウェアについて PowerFT は、精密質量分析装置である LC-FT-ICR-MS の分析結果を解析する目的で作られました。 MSGet というプログラムでテキストファイル化したデータファイルを用いて、化合物のピークを抽出し、そ れらに様々なアノテーションを付ける作業を半自動で行うことができます。また、個々のピークに対して 詳細なアノテーションの修正作業を行うこともできます（下図）。さらに、PowerFT で処理したデータを複 数まとめて PowerMatch というソフトウェアでピークのアライメント処理を行い、サンプル間の比較解析を 行 う こ と も で き ま す 。 PowerFT は LC-Orbitrap-MS の デ ー タ に も 対 応 し て い る ほ か 、 LC-IT-MS 、 UPLC-TOF-MS、UPLC-Q-TOF-MS などの分析結果に適用することも可能です。 本ソフトウェアは Java ランタイム環境（バージョン 1.6 以上）がセットアップされた Windows XP、Windows Vista（32 bit / 64bit）、Windows7（32 bit / 64bit）で動作確認が行われています。 PowerFT は、PowerGet というソフトウェアのモジュールとして配布されています。以前 PowerGet は PowerSuite という名称でしたが、ソフトウェアの公開に当たって改名されました。 1.2 インストール Java6 をインストールします。 PowerGet をインストールします。 PowerGet の圧縮ファイルを解凍すると、次のファイル群ができます。 1 config フォルダ アイソトープの比率データなど、PowerFT で共通に使われる基本情報を保 存するためのフォルダです。このフォルダは PowerMatch と共用になってお り、PowerMatch でしか使われないファイルも存在しています。 doc フォルダ マニュアルが入っています。 lib フォルダ 起動に必要な外部プログラムが入っています。 log フォルダ エラーなどのログファイルが入っています。 PowerGet.jar PowerGet プログラム本体 PowerGetRun.bat ダブルクリックすると、PowerGet が起動します。 1.3 データの準備 適当なフォルダに、MSGet（http://www.kazusa.or.jp/komics/software/MSGet）で取得した Full MS ファイ ルと、MS/MS ファイルを保存してください。以降、このフォルダ（上図の場合、AFolder という名前のフォ ルダ）を、ホームディレクトリと呼びます。ホームディレクトリ名は解析終了後に（作業中でなければいつ でも）変更してかまいません。ホームディレクトリにはこの分析結果ファイルに対する複数の解析結果を 2 格納することができます。また、ホームディレクトリ単位でパソコン内外のどこに移動しても、ホームディレ クトリを選ぶことで解析結果を閲覧、修正できます。 1.4 起動 PowerGet をインストール後、配布ファイ ルに含まれる PowerGetRun.bat をダブルクリックすると、 PowerGet が起動して、下記のプログラム選択画面が表示されます。 プログラム選択画面 PowerFT ボタンをクリックすると PowerFT モジュールが起動し、以下の PowerFT のメイン画面が表示さ れます。 PowerFT メイン画面 3 2. メインメニューと主な機能 ここでは、PowerFT のメインメニューに沿って、主な機能を概説します。 PowerFT モジュールを起動すると、以下のメイン画面が表示されます。File、Analysis、Setting、Tool、 Help の 5 つのメニューがあります。 PowerFT メイン画面 2.1 File メニュー 2.1.1 Open Home Directory 解析したいデータが存在するホームディレクトリを、新たに開きます。 2.1.2 Exit PowerFT を終了します。 2.1.3 Recently Opened Directory 最近開いたホームディレクトリを選択できます。 2.2 Analysis メニュー PowerFT では以下 6 つ（最低でも 4 つ）のメインの解析ステップがあります。以下の項目については 2 章 で詳しく解説します。 2.2.1 MS Correction by IS 内部標準（IS）による m/z 補正を行います。IS がない、または IT-MS、Orbitrap-MS、UPLC-TOF/Q-MS のデータの場合は、行いません。出力ファイルは Peak Assignment で使用します。 2.2.2 MSMS Preparation Full MS ファイルと MS/MS ファイルの親イオンとの対応関係のリストを作成します。必ず内標補正してい ないファイルを使用してください。MS/MS ファイルがない場合は行いません。出力ファイルは Peak Assignment で使用します。 4 2.2.3 Peak Detection 新たに開発したピーク形状を評価するアルゴリズムを用いて、ピークを検出します。1 イオン／1 スキャン でのピーク形成が行われます。必ず内標補正していないファイルを使用してください。 2.2.4 Peak Selection ピークの形状や強度をもとに、有効ピークを選別します。 2.2.5 Peak Characterization 溶出時間が近くピーク形状が似ているピークを探し、デコンボリューションを行います。 13C アイソトープ 群の作成、付加体ピークの推定、多価体ピークの推定、ゴーストピークの推定などを行います。 2.2.6 Peak Assignment 精密質量の算出、13C/12C 比の算出を行い、組成式演算およびデータベース検索を行います。それらの データを参照しながら、マニュアルでのピークのアノテーション作業を行います。 2.3 Setting メニュー ピークを同定するためのイオン化モード、付加体イオンやアイソトープピークを検出するための m/z 差分 の設定を行います。config フォルダ内の ionizationMode.ini、adductIon.ini が対応する設定ファイルにな ります。デフォルトでこのファイルが現在の解析ディレクトリにコピーされます。 2.3.1 Ionization Modes Ionization Mode 設定画面 5 ピークを同定する際に、そのイオン化モードについて考慮するためのイオン種の種類の設定を行います。 ここでは、検出された m/z に対して、検索する m/z がどのように算出されるかを定義します。例えば[M + H]+であれば、検出された m/z よりも H が一つ少なく、e（電子）が一つ多いものとして定義します。上の図 では[M + NH4]+の例を示しています。このデータの修正を行った場合は必ず Save ボタンを押してくださ い。またこの設定を用いて Adduct Ions の設定を行う前に、PowerFT を再起動してください。 2.3.2 Adduct Ions 付加体イオンやアイソトープのピークを検出するための、m/z 差分の設定を行います。検出したい m/z の 差分を、適当な名前をつけて保存します。13C は、同位体グループを検出する際に必ず用いられるので、 削除ができないようになっています。差分を検出する際に、そのイオン強度や m/z の大小で、親（Base） となるイオンと、子（Target）となるイオンが一意に決まる条件を設定します。そして、Base と Target それぞ れで、そのイオン化モードを設定します。イオン化モードは Ionization Modes で設定されたものしか選ぶ ことができません。新たなイオン化モードが必要な場合は、Ionization Mode Settings ボタンをクリックして、 新たなイオン化モードの設定を行って下さい。このデータの修正を行った場合は必ず Save ボタンを押し てください。またこの設定を用いてアノテーションを行う前に、PowerFT を再起動してください。 6 Adduct Ion 設定画面 [注意]： ・Base と Target のイオン化モードの設定で、As Default（Peak Assignment で設定するデフォルトのイオン 化モード）と Never Search は設定ができますが、Never Search の設定は意味を持たず、Never Search に 設定されていても、必ずデフォルトのイオン化モードで検索が行われるようになっています。 ・これらの設定ファイルは、各解析において個別の編集が可能ですが、トッ プメニューまたは Peak Characterization で設定した後は、変更を加えないでください。 2.4 Tool メニュー 分析ファイルの前処理工程やちょっとした計算に使うための各種ツールがリストされています。 7 2.4.1 Crop Data バックグラウンドノイズの除去を行います。Ion Distribution で閾値が決定したら、Crop Data ボタンを押す と、Data Crop 画面が表示されるので、ファイルを開いて Ion intensity cutoff 欄に閾値を入れて、Save As で新しいファイルとしてセーブします。このときに、必ず対応する MS/MS データの方も同じリテンションタ イム（足きり値は別々でよいです）でクロップしてください。まったくクロップしなくてもかまいません。デー タファイルが大きすぎて PowerFT が最後まで処理できない場合は、クロップ処理を行ってデータサイズ を小さくすることで処理が進む場合があります。その場合は、MS/MS のファイルも同じ条件でクロップし てください。 Data Crop 画面 2.4.2 View Chromat. 2D マスクロマトグラムを表示するための View Mass Chromatogram Window が開きます。Open ボタンで ファイルを選ぶことで、MS、MS/MS の 2D マスクロマトグラムを見ることができます。横軸が retention time （RT）で、縦軸が m/z の値です。任意の領域をマウスで選択することで、拡大表示することができます。 マウスの左ボタンのクリックでもズームインし、右ボタンのクリックでズームアウトします。７つのズーム機能 ボタン（左から、全体表示、縦軸ズームイン、縦軸ズームアウト、縦軸全体表示、横軸ズームイン、横軸 ズームアウト、横軸全体表示）の脇に、現在のマウスカーソルの座標と、クリックした場所のスキャン番号 が表示されています。下の段の RT min、RT max、m/z Min、m/z Max に値を入れて Show ボタンを押し て、指定した領域を拡大表示することもできます。Color Str.の値を変えることで、イオン強度の強弱を加 味して表示するイオンを調整することもできます。また、New ボタンをクリックすることで、複数の２Ｄマス クロマトグラムを比較して見ることもできます。 ※横の長い直線に見えるものは、内部標準、またはなんらかのノイズと思われます。縦方向の長い直線 のノイズが発生する場合もあります。２Ｄマスクロマトグラムをもとにして、クロップする領域を決定すること もできます。 8 View Mass Chromatogram 画面 View Mass Chromatogram ズームイン時 2.4.3 Ion Distribution バックグラウンドノイズを除去するための閾値を決定します。Ion Distribution ボタンを押してしばらくする と下図のようなイオンのシグナル強度の分布が表示されます。横軸がシグナルの強度の log 値、縦軸が 頻度です。画面下部に出ている値が足きり推奨値（median+2SD）で、図中では赤線で示されています。 この値を四捨五入して整数にした値を、mass シグナルの足切り値とします。 9 IonDistribution 解析結果 2.4.4 MF Searcher MF Searcher 画面 MF (Molecular Formula) Searcher は、イオン化モードを考慮して精密 mass 値でデータベース検索（分 子式推定も含む）を行います。現在、7 つのデータベース（exactMassDB、KEGG、PubChem、KOMICS、 KNApSAcK、Flavonoid Viewer および LipidMAPS）が検索に使用でき、チェックボックスで選択して検 索することができます。検索するさいに、許容する mass 値のふれ幅（margin）を設定できます。margin の デフォルトは 1 ppm です。margin を増やすとそれだけ検索時間が増えます。データベースを選択して Search ボタンを押すと、検索が実行され、検索結果が表示されます。MF 欄に分子式を入力すると、そ の分子式の化合物のみが検索されます。また、MF Generator ボタンを押すと、分子式生成と検索が両 方行われます。DB 列にデータベース名のあるセルを選択して Link ボタンを押すと、データベースのペ ージがインターネットブラウザ上で表示されます。 10 検索時はオリジナルサイトではなく、コピーして精密 mass 値の計算方法をそろえた計算結果を蓄積した 別のサーバーに検索しに行きます（そのため、最新のデータ更新を反映していない場合があります）。 DB Update Info ボタンをクリックすると、現在のデータベースのバージョンが表示されます。各データベ ースの詳細は以下を参照してください。 1) exactMassDB：元素数の条件などをもとにした可能な分子式のリスト 2) KEGG：http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind?compound 京都大学、金久研の天然化合物のデータベース、LIGAND です。 3) PubChem：http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ PubChem では IUPAC 名しか自動取得できないため、一般名は WEB でアクセスして調べる必要があ ります。 4) KomicMarket：http://webs2.kazusa.or.jp/komicmarket/ サンプルから検出された代謝産物のアノテーション情報を集積するデータベースです。 5) KNApSAcK：http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/ 奈良先端科学技術大学院大学、金谷研の天然化合物のデータベース。現在 5 万件以上の化合物情 報およびその化合物が報告された生物種名、関連文献情報が取得できます。 6) Flavonoid Viewer：http://www.metabolome.jp/software/FlavonoidViewer/ 東 京 大 学 、 有 田 研 の フ ラ ボ ノ イ ド 化 合 物 の デ ー タ ベ ー ス 。 FlavonoidWiki （http://metabolomics.jp/wiki/Category:FL）とは ID が異なるものがあるので注意してください。 7) LipidMAPS：http://www.lipidmaps.org/ アメリカの脂質化合物のデータベース。 DB Update Info の画面 ・ Filter Option ボ タ ン を ク リ ッ ク す る と 、 検 索 条 件 を 設 定 す る フ ィ ル タ ー オ プ シ ョ ン が 開 き ま す 。 exactMassDB 検索時の C、N、S、P の数の各元素の上限・下限が設定が設定できます。また、Common Settings では任意の元素を入力し、その上限下限も設定できます。例えば Cl を含む化合物などを選び 出すことが可能です。さらに、FlavonoidViewer への検索結果について、アグリコンのみを表示させるか 否かを設定できます。 11 ・MFG settings ボタンを押すと、分子式推定に採用する元素の種類や最小値、最大値を選ぶことができ ます。設定したら一度 Save ボタンを押してください（実体は config¥mfsearcher¥_settingsMFgenerate.txt）。 設定変更後 search ボタンを押すと、再度データベース検索を行います。 Filter Option の設定画面 MFG setting の設定画面 ・KomicMarket への検索を行った場合、データテーブルの中で該当行をクリックすると、下部に MS/MS ボタンが出現します。ボタンをクリックすると、KomicMarket 上に MS/MS データがある場合は、下図のよ うなグラフに MS/MS パターンが表示されます。フラグメントのテーブルは、パネル右下の「>」ボタンを押 すことで、表示・非表示を切り替えられます。 12 MS/MS データ表示画面 2.4.5 Centroidization まだ実装していないので何も起こりません。 2.4.6 UV Viewer PDA のデータがある場合、その表示をします。データを表示後、File -> Convert to a Light File をクリッ クしてファイルを選択後、Convert ボタンを押すと、ファイルサイズが半分程度の PDA.txt ファイルが生成 します（次回以降はこのファイルを開くと素早く表示することができます）。上段の図で見たい溶出時間 の部分を右クリックするとオレンジの縦線が表示されて、その部分の UV スペクトルが下段の図に表示さ れます。そこで copy to Clipboard ボタンを押すと、波長と強度のペアのテキストファイル情報がコピーさ れます。それを後述するピークのアノテーションのときに UV データとしてピークと関連付けることができ ます。 UV Viewer 画面 13 データ変換指示画面と終了確認画面 Set BackGround の 1pt、2pt ボタンを押した状態で上段の図でバックグラウンドと思われる場所で左クリッ クすると、BG1、BG2 とバックグラウンドのポイントを指定できます。clear ボタンを押すと、バックグラウンド の指定が解除されます。バックグラウンドを指定すると、以下のような表示になります。 2.4.7 Formula Calculator 組成式の精密質量を計算します。イオン化モードを選んでイオン化した精密質量も同時に計算できま す。 14 2.4.8 Simple MS/MS Analyzer 精密質量の算出 MS/MS フラグメントパターンのテキストファイルをコピー＆ペーストし、MS/MS View ボ タンをクリックすることで、フラグメントパターンの図を表示することができます。また、イオン化モードも選 択できます。親イオンを入力すると、親イオンが緑の点線で表示されます。右上の[<]ボタンをクリックす ると、フラグメントの m/z の値、強度、親イオンとの差分 m/z 値（delta）および、可能性のあるニュートラル ロスの原因（Label）を表形式で表示します。フラグメントパターンの図はマウスのドラッグでズームイン（拡 大表示）でき、マウスの右クリックでズームアウトします。Fix X をチェックすると、Ｘ軸が固定されます。 Relative Int をチェックすると最大値が 1000 の相対値で、チェックをはずすと絶対値でＹ軸を表示しま す。 Simple MS/MS Analyzer メイン画面 MS/MS データ表示画面および拡大図 15 フラグメントパターンの表の下の Label Setting ボタンをクリックすると、相対強度および最大フラグメント 数の閾値でフィルターしたフラグメントを MS/MS Fragments 画面に表示します。また、MassBank ボタン をクリックすると、MassBank 検索用のテキスト形式データ（コピー＆ペーストして使用してください）が表 示されます。Show NL Table ボタンをクリックすると、MS/MS フラグメントを解釈するためのニュートラルロ スの設定画面が表示されます。デフォルトで代表的なものがいくつか登録されていますが、必要に応じ て編集してください。適用したくないものは、Valid チェックボックスをオフにしてください。 MS/MS Fragments 画面および MassBank 検索用テキスト画面 MS/MS フラグメントを解釈するためのニュートラルロスの設定画面 16 2.4.9 MS/MS Dif. Counter 開発中の機能です。MSMS.txt を用いて小数点以下１桁でまるめた親イオンとの差 mass（m/z）の頻度 分布を計算できます。MSMS.txt ファイルを選択して Calc ボタンをクリックすると計算がはじまり、出力フ ァイル名を入力することでセーブできます。デフォルトではフラグメント強度が最大値の 5％以上で、かつ 上位 10 フラグメントのみが計算対象になっています。頻度分布の結果から、統計的によく見られるニュ ートラルロスを判断できます。 ※データ保存ダイアログボックス（上右図）では、「開く」ボタンが「セーブ」ボタンとなってしまっています。 既存のファイルを選択すると上書きされてしまいますので、ご注意ください。 2.5 Help 2.5.1 Host Setting 通常はデフォルトのままで変更しません。データベース検索を行うためのホストサーバーの設定を行い ます。一部の研究機関で、インターネット接続がうまく行かない場合の対処として設けた設定です。設定 内容は config¥util¥hosts.txt に書き出されます。 2.5.2 About PowerFT バージョン情報が表示されます。 17 18 3. 解析機能 ピーク抽出からピークの推定（アノテーション）に至るまでの主な解析流れに沿って、PowerFT の各機能 の詳細を解説します。 3.1 MS Correction by IS Correct m/z ウィンドウ 内部標準（IS）による m/z 補正を行います。精密 mass は 1ppm 程度の精度がありますが、内部標準で 補正することでさらに１桁程度、精度を向上することができます。Select Mode で ESI pos /neg、APCI pos、 APPI pos の内部標準セットを選択し、さらに、補正で用いる IS にチェックをつけます。この状態で Load File ボタンを押すと Scan No.欄に数字が入ります。Scan No.の数字を選ぶと、それぞれの Scan ごとの補 正結果を見ることができます。青い丸が内部標準を示します。m/z のずれがある場合、下の欄に補正後 のずれ幅が表示されます（縦軸の値はずれ幅の 1000 倍）。IS が適切に検出されていることが確認でき たら、Correct All ボタンを押すと、全スキャンについて IS の補正がおこなわれます。計算が修了すると、 19 ターミナル画面で Correct All done のメッセージが出ます。この処理を行うとホームディレクトリに、 ISC_*.txt ファイルが出力されます。 ※Complement undetected ISs with their FWs（FW＝Formula Weight）欄にチェックを入れておくと、その スキャンで IS らしきものが検出されない場合に、その IS が理論値で検出されたものとして補正します。 全部の IS が検出されない場合は、補正前データと変わらないデータがそのスキャンについて出力され ます。 注意： ・IS を入れることで IS 標品由来の不純物のピークが増え、サンプルに由来する本来の化合物ピークの 検出精度が下がることがあります。 ・IS イオンがほとんど検出できない場合は、IS 補正をしない方が精度がよい場合もあります。 ・分解能の高くない MS を使用している場合は、IS 自体の検出精度が低いため、IS 補正をすると、補正 前よりも質量精度が下がることがあります。 ・溶出化合物のピーク強度が非常に大きく検出される溶出時間領域では、IS の検出強度が相対的に弱 くなり、誤ったイオンが IS として認識される可能性があります。この場合、IS 補正をすると、補正前よりも 質量精度が下がる場合があります。 3.2 MSMS Preparation MS/MS View 画面 3.2.1 File メニュー Full MS ファイルと MS/MS ファイルの親イオンとの対応関係のリストを作成します。File->Select MS2 File と File->Select Full MS File でそれぞれのファイルを選んでください。 20 3.2.2 Setting メニュー 将来、_ms2FragmentSettings.txt を用いたフラグメントの関係を検索する機能を実装する予定です。 3.2.3 Run メニュー Run->Start Processing Now をクリックすると処理が行われ、ホームディレクトリに MSMS.txt が作成されま す。その後、各 retention time ごとの MS/MS のフラグメントパターンを見ることができるようになります。 現在のところ、MS3 以上には対応していません。表示パネルは左クリックしたままドラッグ、または左クリ ックでズームイン、右クリックでズームアウト、Full ボタンで全体表示します（親イオンよりも大きなフラグメ ントイオンも表示されます）。Now ボタンを押すと、そのスキャンでたたいた親イオン（緑の線）に標的して その周辺領域を表示します。親イオン由来のフラグメントと思われるもので右下の T 検定（Conf.Int.欄で 閾値を変更することができます）で有意だったものは赤い線、有意でなかったものは青い線（ノイズと判 断されたイオン）で表示されます。Full Ms 欄をチェックすると、Full マスのイオン（灰色の線）が重ね合わ せて表示されます。Candidate of Auto Fragmentation 欄をチェックすると、Full MS と MS/MS の両方で出 ている（Auto Fragmentation 候補）フラグメントが緑の四角でマークアップされます。 [注意点] ・必ず内標補正していないファイルを選んでください（内標補正後のファイルを選ぶと計算値がおかしく なります）。 ・Setting->Search Setting はまだ実装されていません。 3.3 Peak Detection Peak Detection では全てのスキャンのシグナルからバックグラウンドを引いたものをイオングループとして 抽出し、その後に個々の（クロマトグラムとしての）ピークを抽出します。デコンボリューション（共溶出した ピークのグループ化）はまだ行われません。Peak Detection を選ぶと以下の画面が表示されます。 21 3.3.1 File メニュー 3.3.1.1 New Analysis... 新しい解析をスタートする場合に、まずこれを選びます。上記のような画面が出てくるので、Analysis Name に適当な名前をいれ、解析する（IS 補正をする前の）Full MS ファイルを選び、OK を押してくださ い。ホームディレクトリに「Analysis」フォルダが作成され、その中に、入力した Analysis Name のフォルダ が作成されます。以降、このフォルダを「解析フォルダ」と呼びます。解析データは、すべて解析フォル ダに保存されます。パラメーターなどを変えて処理するために、1 つの「Analysis」フォルダ内に複数の解 析フォルダを作成できます。Analysis Name は解析終了後に変更しても問題ありません。 3.3.1.2 Open Analysis... すでに作成した解析フォルダを開きます。現在存在している解析フォルダがコンボボックスに表示されま すので、その中の一つを選択してください。 22 3.3.2 Analysis メニュー 3.3.2.1 Do Ion Grouping Setting メニューの Settings for Ion Grouping で設定した条件で、イオンのグルーピング（近くにあるイオン 同士をひとつのピーク候補としてまとめる処理）を行います。グループ数が収束するまで自動的に計算 を繰り返します。グルーピングが終了すると、データがファイルに書き出されます（03_*、04_*のファイル が出力されます）。 3.3.2.2 Open Grouped Ions Data 23 ファイルに書き出されたグルーピング情報を読み込みます。読み込みが完了すると、検出されたイオン グループが画面上に表示されます。Ion Groups の中の行をクリックすると、Ion Groups というウインドウが 開き、グルーピングされたイオンの状況が表示されます。また、Peaks テーブルには、そのイオングルー プの中で検出されたピーク（1 イオン/1 スキャンのピーク、以降、「Real Peak」と呼びます）が表示されてい ます。行をクリックすると、ピークの状況の詳細が、Real Peak ウィンドウに表示されます。ピーク検出の条 件等は、Setting メニューの Settings for Peak Detection で行います。Settings for Peak Detection で設定し た内容は、次に Ion Groups テーブルの行をクリックした時から有効になります。ピーク検出アルゴリズム の詳細に関しては後述します。ここでの Peak Intensity はスムージングする前の面積値です。 Ion Groups の画面（全体図） Ion Groups の画面（拡大図） Ion Groups の画面（処理前半） 24 Ion Groups の画面（処理後半） Ion Groups の画面（範囲選択） Ion Groups の画面（選択範囲拡大図） Ion Groups の画面の拡大図で、チェックボックスと画面上の点や線との対応は以下です：Raw Chr（赤 線）、Smoothed（青線）、Base Check（黄線 2 本とその間の部分青線）、Base Line（ピンク線 3 本）、Peak Region（青■○）、Well Peaks（ピークトップが緑■、ピークの谷が赤■○）、Label（Rt の値）。Well Peaks となったピークが、Real Peak となります。Real Peak ウインドウで Pick this ボタンを押すと、そのピークが Peak Detection ウインドウの Picked Peaks 欄にリストされます。Picked Peaks 欄のリストを選んで上段の Picked Peaks の赤Ｘボタンをクリックすると、そのピークがリストから削除されます。Ion Groups の画面では 右クリックドラッグで領域を選ぶと Pick this ボタンが押せるようになり、クリックすると Picked Regions 欄に その領域がリスト化されます。上段の Picked Regions 赤Ｘボタンをクリックすると、その領域がリストから削 除されます。上段の Picked Peaks および Picked Regions 欄でセーブボタンを押すと、次回読み込んだと きにこのときに保存した Picked Regions と Picked Peaks が同時に読み込まれます。 25 Real Peak の画面 [注意]： ここで選別された領域やピークの情報をセーブして次の処理で読み込む部分はまだ実装されていない ので、ピーク検出のパラメーター調整のために選択したピークや領域を簡便に比較閲覧するための一 時的なリストとして使用してください。 3.3.2.3 Detect And Output All Peaks Settings for Peak Detection で設定したパラメーターに従い、すべてのイオングループを対象にしてピー クの検出を行い、ファイルに出力します（出力ファイル：10_realPeaks.txt）。 3.3.3 Settings メニュー 3.3.3.1 Settings for Ion Grouping 26 イオンのグループ化を行うための設定をします。Analysis -> Do Ion Grouping を行うと、イオンのグルー ピングとグループのマージを連続して行います。最低イオン強度の閾値 Ignore Ions intensities の処理は、 Crop 処理か MSGet の段階で処理したほうが全体の処理速度が向上します（意味的には同じ処理になり ます）。 3.3.3.2 Settings for peak detection Settings for peak detection 画面 ピーク検出のためのパラメーターを設定します。Settings for peak detection 画面の（D）と（N）は現在は 使われていないパラメーターで、次期バージョンからは表示されなくなる予定です。 27 3.3.4 ピーク取得のためのパラメーターおよびアルゴリムズの解説 １）クロマトグラムのスムージング 設定したポイント数での移動平均、または Savitzky-Golya 法によるスムージングが選択できます（F）。移 動平均のほうがピーク数が少なめに、Savitzky-Golya 法のほうがピーク数が多めに検出される傾向があ ります。スムージングを繰り返す回数も設定出来ます（K）。移動平均を用いる場合、ポイント数の上限 （G）および下限（Q）を設定できます。検出されたクロマトグラムにおけるスキャンポイント数の半数（α） が、設定した上限（G）よりも少ない場合には、自動的にスキャンポイント数の半数（α）でスムージングさ れます。下限（Q）はスキャンポイント数の半数（α）の下限を表しています。Savitzky-Golay 法の場合も 同様に、左右のデータポイントにおけるスキャン数の上限（H, I）および下限（R, S）を設定できます。処 理対象のクロマトグラムにおける最大強度を基準とし、その半値以上の強度をもつスキャンポイント数 （α）が、設定した上限値（H, I）よりも小さい場合は、自動的にその数（α）でスムージングされます。下 限（R, S）はαの下限を表しています。 ２）一次（初期）有効ピークの判定 スムージングしたデータから、設定したポイント数（B）での移動平均および標準偏差（SD）を計算し、こ れを一次（初期）バックグラウンドとします。さらに、設定したポイント数（L）での傾きを最小二乗法で算出 します。傾きが正から負に変わったポイントをピークトップとし、負から正に変わったポイントを、ピークの 谷とします。 移動平均よりも明らかに飛び出たピークトップ部分を検出します。この際、飛び出し判定は、そのスキャ ンポイントにおける移動平均＋SD×factor（C）で行います。SD は、移動平均の算出に用いたポイント数 での SD と、イオングループ全体での SD のうち、大きい方が採用されます。明らかに飛び出したピーク 以外の部分を使って、スムージングしたクロマトの平均的な傾きとその SD を算出します。算出した傾き の平均と SD から、ピークの立ち上がりと見なす閾値を決定します。閾値は、平均＋SD×factor（O）で す。 ピークの立ち上がりと終了を判定します。立ち上がりは、傾きが正に転じたポイントとピークトップ（負に転 じるポイント）の間に、上記閾値以上を示す傾きが、設定したスキャン数（M）以上出現した場合に認識さ れます。逆にピークの終了は、ピークトップと、傾きが正に転じるポイントの間に、負の閾値が設定数 （M）以上連続した場合に認識されます。ピークの立ち上がりと終了がともに検出できたピークを、一次 （初期）有効ピークとします。 ３）不分離ピークの評価と、三次（正味の）有効ピークとバックグラウンドの決定。 28 一次（初期）有効ピーク以外の部分を用いて、二次バックグラウンドを算出します。これは、２）で算出し た一次（初期）バックグラウンドの中で、一次（初期）有効ピークのある部分を、ピークの開始と終了を結 ぶ直線に置き換えたものです。この二次バックグラウンドを用いて、設定したポイント数（B）で移動平均 と SD を計算します。SD は、移動平均の算出に用いたポイント数での SD と、イオングループ全体での SD のうち、大きい方が採用されます。 全ピーク候補のうち、二次バックグラウンドより有意に飛び出ているピークを見つけます。飛び出し判定 は、ピークトップがバックグラウンド＋SD×factor（E）以上かどうかで行われます。十分に飛び出したピー クで、不分離ピークの処理をおこないます。すなわち、ピークの立ち上がりもしくは終了が検出されなく ても、その直後または直前に十分に飛び出したピークがある場合は、その隣接ピークのショルダーピー クとみなし、隣接ピークの一部として扱います。これを二次有効ピークセットとします。 二次有効ピークセットを用いて、再度バックグラウンドを算出します。すなわち、有効ピークセット以外の 部分で、上記同様のバックグラウンドを算出します。これを三次（正味の）バックグラウンドとします。三次 （正味の）バックグラウンドから十分飛び出したかどうかを、再度判定します。判定方法は、上記同様で す。十分飛び出したピークを用い、不分離ピークの処理を行います。そして、ピークの開始、終了を含 むピークセットを、三次（正味の）有効ピークセットとします。 最後に、三次（正味の）ピークセットに含まれるスキャンポイント数が設定数に満たない場合（P）は、有効 ピークセットから除外します。 （C）、（E）、（O）を上げるとピーク数が減ります。（J）は 2 か 4 です。（M）の最小値は 1 です。 3.3.4.1 1 イオン/1 スキャンのピークの検出について 上記までで検出されたピークセットには、1 スキャン中に複数のイオンが含まれる場合があります。そこで、 1 スキャン中に 1 イオンだけ含まれるようなピーク（Real Peak）を選別します。Real Peak の検出は、現在の ところプログラム中に書き込まれた設定値で自動的に処理されるため、ユーザーが設定する項目はあり ません。以下、そのアルゴリズムを解説します。 ・1 スキャンの中で一番強度の強いイオンを選択します。最強強度のイオン群の中で、ギャップで分断さ れないグループを探し、その中で一番強いイオンのあるグループを、以下の処理で評価してゆきます。 ギャップ数は、2 ギャップまで許す設定になっています。 ・採用されたグループ中の各イオンが、その他のグループに属する可能性があるかどうかを評価します。 各イオンについて、現在のグループの m/z 平均値よりも近い m/z に、他のグループのイオンが存在し、 29 それがピーク最小構成数以上存在する場合は、そのイオンは他のピークに属するものとみなして除外し ます。 ・生き残ったイオンを含むグループ中で、生じたギャップ中に、最強強度ではないが m/z の近いイオンが 存在するかどうかを評価し、存在すればグループに加えます。また、グループの両端も同様に評価しま す。グループに加えるかどうかは、信頼区間 99%で合格するかどうかで判定しています。 ・再度、グループがギャップで分断されないかどうかを判定し、分断される場合は、一番強度の強いイオ ンが含まれるグループを採用します。このように取得されたグループを、Real Peak とします。 ・次に、Real Peak の平均 m/z をもとに、最初に入力したイオン群を、より m/z の小さいイオンサブセット、 より m/z の大きいイオンサブセットに分断します。そして、それぞれのサブセットで、最強強度のイオンを つないでグループを作り、上記同様の Real Peak の検出を行います。 上記の過程を繰り返し行い、新たな Real Peak が取得できなくなった時点で処理は終了します。 3.3.4.2 ピーク形状の評価について 全ての Real Peak について、ピークの取捨選択のための指標となる「ピーク形状の良さ」を示すパラメー ターである相関係数と p-value を取得します。この処理過程も、現在のところプログラム中でパラメーター が固定されています。以下、アルゴリズムを解説します。（）内は、Real Peak ウィンドウでの図形を示して います。 取得した Real Peak（青線、赤のシンボル）の両端に、m/z の近いイオンが存在するかどうかを調べます。 95%信頼区間に入る隣接イオンが存在した場合、そのイオンか、Real Peak の端のイオンのどちらか小さ い方を、ピーク端のバックグラウンドとします。そのような隣接イオンが見つからない場合は、バックグラウ ンドは 0 とします。ピーク両側のバックグラウンドを結ぶ直線を、正味のベースラインとします（緑の破線）。 評価されたベースラインを差し引き、正味の intensity を出します。（黒線）この際、ベースライン以下にな るものは、0 に置換されます。正味の intensity をもとに、Savitzky-Golay 法でスムージングします。（黄色 線、青のシンボル）この際、Savitzky-Golay のパラメーターは、以下のように設定されます。すなわち、一 番強度の強いイオンの半値以上のイオン数が、Savitzky-Golay の左右それぞれのイオン数として設定さ れ、その最小値は 2 です。また、フィッティングする関数の次数は 4 次とします。これは、Savitzky-Golay を 4 次で行う際の最適なポイント数が、ピーク幅であるという報告をもとに、このような設定にしました。 SG スムージングをしたものを、スプライン補間します。（ピンクのシンボル）これにより、計算されたスプラ イン関数から、正確なピークトップ、ピーク左右の正確な半値ポイントを算出します。ピンクのシンボルで 示される部分は、半値幅を示しています。ピーク強度は、この半値幅に含まれる、正味の intensity を台 形則で積分したものを採用しています。ピークトップ、半値幅をもとに、これにフィットする正規分布を描 きます（青線、青のシンボル）Real Peak の全領域を用いて、フィットさせた正規分布と正味の intensity と 30 の間での相関を計算します。相関は、ピアソン相関とコサイン相関を算出していますが、以降の解析で 参照しているのはピアソン相関とその p-value（Peaks テーブルで表示されている 0～－20 の値）です。 3.3.5 Window メニュー 3.3.5.1 Open Ion Groups Ion Groups の画面を表示します。 3.3.5.2 Open Real Peaks Viewer Real Peak の画面を表示します。 31 3.4 Peak Selection Peak Selection では、ピーク形状のパラメーターやピーク強度などの情報をもとに、以降の解析に用いる ピークを選別します。 3.4.1 File メニュー 3.4.1.1 Open Analysis メイン画面 解析名を指定して開くと、メイン画面が表示され、左下に全ピーク数が表示されます。メイン画面の表中 で、Selection の部分をチェックしたものが、有効ピークとなります。任意の行をクリックすると、Peak View ウインドウが表示されます。その後は上下キーで行を移動させて、左右キーで選択列を移動させること ができます。Selection 列が選択されているときにスペースキーを押すと、チェックボックスのオン、オフを 変えることができます。ピークの有効・無効の設定は、File メニューの Save Analysis を行わないと破棄さ れます。Undo 機能はなく、また詳細なチェックには時間がかかるため、こまめに Save するようにしてくだ さい。また、以下のボタンの機能を Filter 機能と組み合わせて使うことで、選択処理を効率化することが できます。 ・Select All 表に表示されていないピークも含め、全部を有効ピークにする。 ・Reset All表に表示されていないピークも含め、全部を無効ピークとする。 32 ・Select This Filter 処理後、現在表示されているピークを有効ピークにする。 ・Reset This Filter 処理後、現在表示されているピークを無効ピークにする。 ・Draw 有効・無効の状態を 2D View パネルに反映させる。 ノイズ様ピークはできるだけ除くほうが望ましいですが、13C ピーク群の形成や付加体バリエーションの評 価などには、小さなピークも残しておいた方がよい場合があります。ノイズピークは一般的には低い Intensity、低い Correlation、高い p-value の値になると思われますが、必ずしもある値が低いから必ずノ イズであるわけではないため、あるパラメータで一括して全てを除くことは難しいです。また、解析の目的 によってもノイズピークをどこまで除きたいかも変わってきます。解析の目的、処理にかけられる時間など に応じて適宜修正しながら行ってください。 以下にピーク形状とその特性値のリストを掲載するので参考にしてください。ピーク強度も相関も p-value もよい例、ピーク強度は低いが相関も p-value もよい例、ピーク強度も相関も p-value も悪い例を示します。 ピーク強度が高いものは p-value が低くなる傾向がありますが、ピーク強度が低くても相関がよい場合も あります。 有効ピーク (Int=61776, Cor=0.99, p=-20) 有効ピーク (Int=4682, Cor=0.988, p=-20) 33 有効ピーク？ (Int=83, Cor=0.989, p=-4) ノイズピーク (Int=0, Cor=-2, p=0) ノイズピーク (Int=2332, Cor=0.528) 34 ノイズピーク？ (Int=1987, Cor=0.083) [注意点] ・Correlation が計算できない場合、値が「-2」になります。Intensity < 0.01 は「0」と表示されます。その場 合、Correlation=-2、p-value=0 になります。 3.4.1.2 Save Analysis ピークに対してつけた有効・無効の設定を、ファイルに保存します（10_realPeaks.txt を上書き保存しま す）。 3.4.2 Window メニュー 3.4.2.1 2D View 二次元マスクロ図を表示します。有効にしたピークだけを表示することができるので、現在のピーク選択 状況がわかります。ズーム機能で拡大していくと、アイソトープの関係やイオンの分布なども見ることがで きます（上図参照）。チェックボックスと点や線との関係は以下です：All Ions（赤）、Peak Ions（青■）、 Peak Width（黄緑線）、PeakTop（青□）。 2D View の図 35 2D View の図（拡大図 1） 2D View の図（拡大図２） 2D View の図（拡大図３） 3.4.2.2 Peak View 取得された Real Peak の様子を図示する機能です。 36 3.4.2.3 Peak Filter 表に表示するピークを、絞り込むことが可能です。値を入れて Set ボタンをクリックすると、メイン画面のリ ストの数が減ります。ノイズを一律な閾値でカットするのは難しいですが、複数の値を組み合わせたりし て検討してみてください。ShowAll ボタンをクリックすると全てのピークがテーブルに表示されます。 3.5 Peak Characterization Peak Characterization では、Peak Selection で設定した有効ピークを用いて、溶出時間が近くて形状の 似たものをグルーピングします（デコンボリューション）。そして、その中で ピングや、付加体イオンバリエーションの判定などを行います。 37 13 C 同位体グループのグルー メイン画面 3.5.1 File メニュー Analysis を開くと、左下に全ピーク数が表示されます。 3.5.2 Analysis メニュー 3.5.2.1 Deconvolution Deconvolution Setting で設定した条件で、デコンボリューションを行います。計算が終わると左にある Deconv. Groups にリストが表示され、グループを選ぶと右側の欄に選択されたデコンボリューショングル ープの情報が表示されます。デコンボリューショングループに含まれる 13 C 同位体グループが、上段に 表示され、その中の行をクリックすると、下段に同位体グループを形成するピークメンバーが表示されま す。中段は、このデコンボリューショングループで検出された 2 つのピーク間の m/z 差分の関係です。こ の画面の selection の列はまだ機能しません。（出力ファイル：11_ionizationMode.ini、11_adductIon.ini と ionizationMode.ini、adductIon.ini） 3.5.2.2 Characterize All and output Adduct Ion Setting で設定した m/z 差分をもとに、13C 同位体グループの形成と、そのグループ間の関係 を、デコンボリューションしたグループ内で検出し、ファイルに出力します（出力ファイル：4 つの 11_*）。 38 3.5.3 Setting メニュー 3.5.3.1 Deconvolution Setting パラメータ設定画面 溶出時間のマージンと、ピークの形状が一致しているかどうかの判定条件を設定します。空欄の場合は その条件を無視します。判定条件は、 1) ピークトップ周辺の 2×σ（=半値幅）が重なるかどうかを t 検定した場合の p-value。 2) ピークトップ周辺の 2×σ（=半値幅）のコサイン相関の相関係数の下限。 3) 2)を行ったときの p-value。 設定後に、Analysis から「Deconvolution」を行ってください。 3.5.3.2 Adduct Ion Setting 2.3.2 Adduct Ions の項（p.6）を参照してください。 3.5.4 Window メニュー 3.5.4.1 2D View ピークを二次元マスクロ図で表示します。デコンボリューションされたピーク群は、緑色の線で結ばれま す。青色の線で結ばれたものは、現在閲覧しているグループです。ズーム機能で拡大していくと、アイソ トープイオンの関係やイオンの分布なども見ることができます（下図参照）。チェックボックスと点や線との 関係は以下です：All Ions（赤線）、Peak Ions（青■）、Peak Width（黄緑線）、Peak Top（青□）。 39 2D Peak View 2D Peak View（拡大図 1） 3.5.4.2 Group peaks View デコンボリューションされたピークグループを示します。上の画面は、RT と intensity を示したもの、下の 画面は、m/z と intensity を示したものです。図中、灰色の点線は Peak Selection で無効ピークに設定し たものを示し、水色の点線は、現在閲覧しているデコンボリューショングループ以外の有効ピーク（Valid Peaks、他のデコンボリューショングループに含まれているピーク）を示しています。近くのピークとの分離 の様子を見ることができます。 グループ化されたピーク 40 シングルピーク 3.5.4.3 Peak Info Analysis で Characterize All and Output を行った後に、検出ピークの統計値を表示します。Base と Target の関係がわかりにくいですが、参考程度に見てください。Single というのは、13C 同位体グループになら なかった単独ピークについてカウントしたものです。 3.6 Peak Assignment Peak Assignment では、精密質量の計算、13C/12C 比の計算を行い、これまでで検出したイオン化モード をもとに、組成式の推定、DB に対する検索を行って、ピークのアノテーションを行います。データベース 検索や各種ツールなどを用いてマニュアルでの修正作業が行えます。 41 Peak Assignment メイン画面 メイン画面の表にはピークの ID、プロパティ、クオリティー、データベースとのヒット、有効ピークかどうか のチェック欄などが存在します。初期画面の Fragment 列の値「possible」は、Deconv ID が同じピークが 複数ある場合に、その全ての欄に記載されています（Deconv ID が同じでも異なる化合物の場合があり ます）。このテーブルでアノテーションのチェックを行いながら、無効ピークの設定（Valid をオフにする）、 アノテーションの確定（上書きをしない設定、Locked をオンにする）、KOMICS に登録するピークの選 抜（to KOMICS をオンにする）を行います。KOMICS には ID は登録されますが、Deconv ID は登録さ れません。 3.6.1 File メニュー 3.6.1.1 Open Analysis 解析ディレクトリを開くと Peak Assignment ウインドウが開きます。 3.6.1.2 Save Data 編集した内容を保存します。12_peakGroups.txt、12_peakData.txt にピークグループとピークのアノテー ション結果、データベース検索結果が出力されます。このファイルを Script などで加工することで解析パ イプラインへ繋げることができます。 3.6.1.3 Output Reports... 現在は無効です。今後、選んだピークだけレポートを出力するようにしたいと思っています。 42 3.6.1.4 Save As Old PowerMatch format... 旧バージョンの PowerMatch 用の AnnotationJM.txt を出力します。この場合、p-value の値は出力されま せん。 3.6.2 Analysis メニュー 以下６つのステップを順に処理してください。PC が不安定なときなどは、各処理毎にセーブをして次に 進むと安全です。各処理で早めにクリックや選択をしてしまって出力ファイルが実際にはできていない （または途中までしか処理できていない）場合に、後の処理が途中で止まることがあります。その場合は 少し前の処理に戻って再処理を行うとうまくいく場合があります。 3.6.2.1 Attach Corrected Mass 内標補正したデータを選択し、補正した m/z 値を読み込みます。一度読み込めば、以降は毎回行う必 要はありません。 3.6.2.2 Attach MS/MS data MSMS.txt ファイルを選択し、MS/MS データを親イオンと対応付けします。ここでは、13C 同位体グルー プ中で、一番 m/z の小さいピーク（Base Peak）についてだけ、MS/MS 情報が付加されます。Base Peak のピークトップに一番近い MS/MS データが、そのピークを代表する MS/MS データとして採用されます。 43 3.6.2.3 Calc. All Exact Mass Window->Exact Mass Calc.ウインドウが開いている状態で、その設定条件で、全ピークについての精密 質量が再計算されます。この処理で IS 補正された m/z の値が適用されます。個々のピークに対してさら に補正を行いたい場合は、Exact Mass Calc ウインドウで補正を行ってください。 3.6.2.4 Calc. All 13C/12C ratio Window->13C/12C ratio Calc.ウィンドウが開いている状態で、その設定条件で全 Base ピークについて の 13C/12C 比が計算されます。 3.6.2.5 Predict Ionization Mode デフォルトのイオン化モード（Setting->Default Ionization Mode）を考慮して、評価されたイオン化モード の Adduct Ions の解釈を行い、矛盾がなければ代表的なイオン化モードを設定します。解釈に矛盾が生 じた場合は、未設定のまま空欄になります。この処理後に、m/z Actual Predicted 列に補正された m/z の 値が表示されます。同じイオンが複数付加している場合（e.g. [CH3COONa]n）にイオン化モードを同定 できない問題があります。この場合は後で個別にマニュアルで同定して、ラベルなどで記載してくださ い。 3.6.2.6 All DB Search 検 索 を 実 行 す る 前 に 、 Window->MF Searcher で 検 索 す る デ ー タ ベ ー ス を 選 択 し て く だ さ い 。 Window->MF Searcher ウィンドウが開いている状態で、All DB Search を実行すると、Checked にチェック がついている全ピークに対して設定されたイオン化モードで、組成式推定およびデータベース検索を行 います。ピーク情報にはその結果が valid な結果としてピーク情報に付加されます。複数のイオン化モ ードの可能性がある場合には、それぞれ検索された結果が保存されます。そして、検索結果に含まれる 組成式の種類に応じてアノテーショングレードを判別し、以下のようにグレード B～D のいずれかを自動 的に割り振ります。 ・ グレード B： 組成式が一つに絞ら れた場合 。Name（ B） の欄にはその組成式が登録されます。 Annotation Type は Elemental Composition です。 ・グレード C：複数の組成式が検索された場合。Name 欄には何も書かれません。Annotation Type は Elemental Composition です。 ・グレード D：組成式が一つも得られなかった（検索結果なしの）場合。Name 欄には Unknown Peak が表 示され、Annotation Type は Unknown です。 All DB Search が終了したら、必ず先にセーブをしてから（場合によっては Peak Assignment 画面をいっ たん閉じて、再び開いてから）ピークの詳細などを閲覧してください（そうしないとフリーズしてしまうことが あります）。また、セーブ後にピークの詳細画面が表示できない場合は、PowerFT を再起動してください。 All DB Search が終了しても進行バーウインドウが 99％で止まって閉じない場合がありますが、Finished 44 と表示されていれば検索は終了しているので、セーブをしてから PowerFT を再起動して検索結果を閲 覧、修正してください。 MSMS 情報が付加されたメイン画面 補正 m/z やデータベース検索結果を含む最終メイン画面 45 3.6.3 Setting メニュー 3.6.3.1 Other Files 内標補正したファイルと MSMS ファイルの場所を保存します。内標補正したファイルは、ISC_、MSMS 対応付けファイルは、MSMS_の接頭辞で始まる必要があります。 3.6.3.2 Default Ionization Mode デフォルトのイオン化モードを設定します。この設定は、現在ログに残らないので、必要時には毎回設 定してください。デフォルトは Actual ですが、positive 測定データでは[Actual+H]+、negative 測定データ では[Actual-H]-を選択してください。ただし Actual のほうがよい化合物もあります。 3.6.3.3 Search and Filter メイン画面の表をフィルタリングするための設定画面です。メイン画面中の Filter ボタンを押しても OK で す。表示する範囲を指定したり、Valid なもののみ表示したりすることができます。 3.6.3.4 Mark Records そのピークを採用するかどうかや、ピークをアノテーションしてゆく際に便利な目印をつけるための設定 です。メイン画面中の Marker ボタンを押しても OK です。マーク付けは、現在フィルターされているピー ク全部に行うか、現在選択状態にある行だけについて行うかを選択できます（複数行を選んで一括設定 することができます）。ここで Locked に設定されたピークは、データベース検索などの際にデータが上書 きされなくなります。 46 3.6.3.5 Table Columns メイン画面で表示する項目を選択できます。 3.6.4 Window メニュー 3.6.4.1 Exact Mass Calc. 精密質量を算出するための設定です。Exact Mass Calc.ウインドウが開いている状態で、ピークテーブ ルからピークを選択すると、ベースピークに含まれるイオンの m/z 値（横軸）と強度（縦軸）が表示されま す。赤は内標補正後、青は補正前のデータを示しています。○で囲まれたイオンは、精密質量の計算 に用いられたイオンを示しています。Auto Recalc.がチェックされていると、ピークテーブルからピークを 選択した際に、自動的に再計算が行われ、その結果をパネルに表示します。チェックが外されている場 合は、すでに計算された結果をパネル上に表示します。ぶれの大きいイオンを除外するため、次のよう なアルゴリズムで、値のそろったイオンを取得しています。 47 ・イオン群の中で平均より一番離れたイオンをひとつ選ぶ。 ・そのイオンが、それ以外のイオン群における t 分布の信頼範囲（設定値）に収まらない場合、そのイオ ンを除外する。 ・残ったイオン群でこれを繰り返し、除外されるイオンがないか、あるいは設定した最小イオン数になった 場合に、残ったイオンの平均値で精密質量を計算する。 マニュアルによるイオン選択 Detected m/z か Corrected m/z かを選んで（ピークによっては IS 補正しない値のほうがよい場合もあるた め）、計算に使いたいイオンを右ボタンでドラッグして選択すると、そこで選択されたイオンによって精密 質量が再計算されます。Recalc ボタンを押すと、Detected と Corrected の両方の欄に値が入ります。Save to Peak ボタンを押すと、マニュアル補正した値が反映されます。 画面の拡大縮小 グラフ上をマウスの左ボタンでドラッグすると、その部分が拡大されます。また、右ボタンクリックで縮小し ます。Show All ボタンでデフォルトに戻ります。 計算結果のピークへの保存 Analysis 中の Calc. All Exact Mass を行うと、パネル上で設定した値に基づき複数ピークについて精密 質量の計算が一括して行われ、ピーク情報へ保存されます。ここで処理対象となるピークとは、Locked がチェックされておらず、かつ Check をつけたピークです。 また、一つのピークが選択されている状態で、Save to Peak ボタンを押すと、そのピークについて、現在 の計算結果がピークに保存されます。 注意） 条件によっては、パネル上での Min Ion Num と Conf. Interval の値がともにゼロになることがあります。そ のような場合は、再度全自動計算を行ってください。 48 3.6.4.2 13C/12C ratio Calc. 13 C/12C 比を算出するための設定を行います。赤は Base Peak（12C）。青は 13C1 の同位体ピークを示して おり、縦棒は、それぞれのスキャンにおける 13C/12C 比です。精密質量の算出と同様に、そろった値だけ で計算できるようになっています。 3.6.4.3 MF Searcher 2.4.4 MF Searcher の項（p.10）を参照してください。 3.6.4.4 Peak Group Details 現在閲覧しているピークについての詳細情報を表示します。PowerGet ver.3 では、アノテーションの情 報付加部分が強化され、アノテーションのグレードや、アノテーションした際のエビデンス情報を細かく 設定、記載できるようになりました。これにより、KomicMarket へのデータアップロードを円滑に行うことが 可能となりました。Peak Group Details は Peak Group Info、Related Peaks、Evidence の３つのタブから構 成されています。Peak Group Details タブでは、一覧表では見にくい精密質量などの情報の他、アノテ ーション情報、データベース検索結果などが表示されています。また、マニュアル操作で UV 吸収デー タを付加することもできます。Related Peaks タブでは、デコンボリューションの結果判定された、13C 同位 体ピークや、イオン化モードの違うピークなど、現在選択されているピークに関連するピークが表示され ます。右上のウィンドウには、まだ機能を実装していません。Evidence タブでは、文献情報や MF Searcher では自動検索できないデータベースを参照した結果など、マニュアルによるピークの判別を行 った際にその情報を書き込むことができます。どのタブにおいても、変更を加えた場合は、必ず Update ボタンを押して確定してください。使い方の詳細は後述します。 49 Peak Group Info タブ Related Peaks タブ 50 Evidence タブ 3.6.4.5 2D View 現在選択しているピーク周辺を 2D View で見ることができます。赤い○で囲まれたものが、現在選択し ている 13 C 同位体ピークの各ピークを示しています。ズーム機能で拡大していくと、アイソトープの関係 やイオンの分布なども見ることができます（下図参照）。チェックボックスと点や線との関係は以下です： All Ions（赤線）、Peak Ions（青■）、Peak Width（黄緑横線）、Peak Top（黄緑■）、Peak Groups（黄緑縦 線）、Selected Peaks（赤丸）。メイン画面でピークを選択すると、拡大図 3 のように選択ピーク領域を拡大 表示します。 2D Peak View 51 2D Peak View（拡大図 1） 2D Peak View（拡大図 2） 2D Peak View（拡大図 3） 3.6.4.6 Peak View 現在選択している 13 C 同位体グループと、溶出時間が近いピーク（同じデコンボリューショングループの もの）を表示します。上段は溶出時間が横軸で、下段は m/z が横軸です。下段の図中でマウスでクリック ＆横向きにドラッグすることで、その距離に応じた m/z の値が中央のバーの真ん中に表示されます。ズ ーム機能と組み合わせることで、周辺のピークとの距離をもとに、イオン化モードを推定することができま す。 52 3.6.4.7 MS/MS View MS/MS データがあるピークについて、その MS/MS 情報を表示します。四角（□）は MS/MS がたたかれ たイオンを、赤い四角（■）は、代表の MS/MS として採用されたイオンを示しています。また、下段には、 代表 MS/MS のスペクトルを示しています。Show Text ボタンを押すと、MS/MS フラグメントが数値で取得 出来ます（この画面で値をコピーして、メモ帳や Excel などにペーストできます）。この MS/MS Fragments 画面のボタンは、まだ機能しません。 代表 MS/MS のスペクトル 数値での表現 ・データの修正作業を行っているときに、Peak Assignment 画面のピークを選択しても MS/MS View にピ ークの絵が表示されない場合があります。その場合は全体表示ボタンをクリックすることで上の図は表示 させることができます。しかし下の図の表示と、ShowText ボタンでのテキスト情報の表示はできないよう です。 53 3.6.5 出力ファイルについて 12_peakGroups.txt、12_peakData.txt を Script で加工し て MassBase MST format に変換したり、 Annotation 行の 1 行目だけ抜き出したしたりといったことができます。以下に出力ファイル概略を記載し ます。仕様の詳細についてはお問い合わせください。 [Baseline Func] * ベースラインを出すための一次関数のパラメーターを返します。 * 要素数 2 の配列が返されます。 * [0] 1 次の係数（傾き）、[1] 0 次の係数（切片） [SavitzkyGolay] * Savitzky-Golay スムージングを行った際に自動算出されたパラメーターを返します。 * 要素数 1 の配列で、Savitzky-Golay の右側と左側のデータ数を保持しています。 * 標準では、ベースライン補正されたイオンの最大値の半値以上をもつイオン数の 1/4 が設定され、最 小値は 2 です。Savitzky-Golay スムージングでは、4 次関数でのフィッティングが行われることを想定して います。 [SplineSplitNum] * スプライン補正した後、描画用のデータを作成した際の、区間の分割数を返します。 * 標準では 10 です。 [PeakTops] * ピークトップおよび半値幅の左右のデータを返します。 * この際返されるのは、ベースライン補正後に Savitzky-Golay 補正をした後に、スプライン補間されたカ ーブから算出された正確な RT と intensity です。 * 以下の要素を持つ 2×3 要素の 2 次元配列です。 * [0][0] ピークトップの RT, [0][1] ピークトップの intensity * [1][0] 半値幅左端の RT, [1][1] 半値幅左端の intensity * [2][0] 半値幅右側の RT, [2][1] 半値幅右端の intensity [GaussianParams] * ベースライン補正されたデータにフィットするように計算された正規分布の平均値と標準偏差を返しま す。 * 要素数 3 の配列です。 54 * [0] 平均値（μ min）, [1] 標準偏差（σ）, [2] 補正係数 ※補正係数は、ピークの強度と正規分布の高さを補正するための係数です。 * 平均値に補正係数を掛けることで、ピークトップの強度を得ることができます。 [Correlation] * ベースライン補正されたデータと正規分布との相関を返します。 * 2 次元×2 要素の配列を返します。 * [0][0] Pearson 相関係数, [0][1] Pearson 相関の p-value * [1][0] コサイン相関係数, [1][1] コサイン相関の p-value * 相関係数が計算できない場合には、NaN が入ります。 ※多次元配列は基本的に、[0][0], [0][1], [1][0], [1][1]のような順番でファイルの方に書き出されていま す。 3.7 ピークへのアノテーション情報の付加 Peak Assignment では各ピークに対して Details of Peak Group 画面で詳細なアノテーションをつけてゆく こ と が で き ま す 。 ア ノ テ ーシ ョ ン を 付 加し た ピ ー ク デー タ は 、 ピ ー ク ア ノ テ ー ショ ン デ ー タ ベ ー ス KomicMarket に直接登録することが可能です（この機能を使うには、KomicMarket の管理者権限が別 途必要です）。 Details of Peak Group 画面は、Peak Assignment -> Window -> Peak Group Details から開くことができま す。 ※PowerGet に含まれる PowerMatch モジュールの Alignment Table からも、Details of Peak Group 画面 を開くことができ、各サンプルのピークや、アラインメントした結果に対して、アノテーションをつけてゆくこ とができます。基本操作は同一です。 PowerMatch の場合、Alignment Table -> Window -> Peak Details から呼び出すことができます。 Details of Peak Group の画面は３つのタブに分かれています。 Peak Group Info - ピーク詳細情報のタブ 一覧表では確認しづらい精密質量などの詳細情報の他、アノテーション情報、データベース検索結果 などが表示されています。 55 Peak Group Info タブ Related Peaks - 関連ピーク情報タブ デコンボリューションの結果判定された、13C 同位体ピークや、イオン化モードの違うピークなど、現在選 択されているピークに関連するピークが表示されています。 ※右上のウィンドウには、まだ機能を実装していません。 Related Peaks タブ Evidence - エビデンス情報タブ 文献情報や MF Searcher では自動検索できないデータベースを参照した結果など、マニュアルによるピ ークの判別を行った際にその情報を書き込むことができます。 56 Evidence タブ 57 3.7.1 Peak Group Info - 詳細情報の閲覧と編集 A C B D E F G H J I A: UV 吸収データを付加するためのウィンドウが開きます。 B: アノテーションの名前を入力する欄です。 C: KomicMarket にアップロードするかどうかを指定します。 D: 特定の化合物であると判断された場合、KomicMarket に登録されている化合物を指定します。 KomicMarket 上での化合物 ID を直接入力、あるいはプルダウンから選択できます。 E: 組成式が一つに決まった場合、その組成式と理論精密質量が表示されます。 F: Annotation Type は、どのようなものとしてアノテーションされたかを指定します。 ・A Compound: 特定の化合物であると判断できた。 ・Compound Group: ケルセチンの配糖体、フラボノイド、糖、アミノ酸である、など、ある化合物群であ ることが判断できた。 ・Elemental Composition: 組成式の推定だけできた（複数の組成式が推定された場合も）。 ・Unknown: 判断できなかった。 58 G: Evidence Code は、Iijima ら(2008)で導入された基準であり、推定された組成式の種類や、標準物質 との比較、MS/MS、UV、文献情報などから、アノテーションの信頼性を A～C のグレードに分類したもの です。PowerGet ではこれに加え、組成式が推定出来なかった場合をグレード D としています。グレード B と C は、MS/MS、UV、文献情報の有無から、B-1～B-8、C-1～C-8 の細かい指定も可能です。（全 20 段階） H: アノテーションに対するフリーのコメントを書き込むことが出来ます。ここに書かれたテキストは、 KomicMarket 上にそのまま反映されます。解析途中のメモなど、公開に適さない情報は、画面上部の Memo 欄に記入してください。 I: このピークに対するデータベース検索結果が表示されています。Valid のチェックを入れたものだけが、 アノテーションの判断基準に加味されたものとして扱われ、KomicMarket へ登録されます。 J: MF Searcher のウィンドウが開いており、そこに検索された結果がある場合、検索結果を現在の結果 に加えます。 K: J とは異なり、加えるのではなく入れ替えます。従って、これまで検索されていた結果は捨てられます のでご注意ください。 Update ボタンを押すことで、変更した結果が初めてピークに反映されます。押し忘れると判断結果が捨 てられてしまうので、ご注意ください。 3.7.1.1 アノテーションの自動判別 Analysis -> All DB Search 機能を使うと、Checked にチェックがついている全ピークに対して、MF Searcher での検索が行われ、ピーク情報にはその結果が上書きされます。PowerGet では、MF Searcher で検索された各結果は全て valid な結果としてピーク情報に付加されます。そして、検索結果に含まれ る組成式の種類に応じてアノテーショングレードを判別し、以下のように B～D のいずれかを自動的に 割り振ります。 ・組成式が一つに絞られた場合は、グレードは B となり、Name（B）の欄にはその組成式が登録されます。 また、Annotation Type は Elemental Composition となります。 ・複数の組成式が検索された場合は、グレードは C となり、Name 欄には何も書かれません。Annotation Type は Elemental Composition となります。 ・組成式が一つも得られなかった（検索結果なしの）場合には、グレードは D となり、Name 欄には Unknown Peak が表示され、Annotation Type は Unknown となります。 59 3.7.2 マニュアルによるアノテーション編集 標品データとの比較、MS/MS の解読、UV データの判断、文献調査などから、より確からしい化合物の 推定を行えた場合、以下のようにしてその情報を付加することが出来ます。 3.7.2.1 Evidence Code を A にする Evidence Code を A にするためには、組成式候補が一つになっている必要があります。また、組成式以 外の適切なアノテーション名の入力、Compound ID の指定、Annotation Type を A Compound にする必 要があります。アノテーション名は Compound ID の名前と同一のものにしてください。 ※Compound ID が、プルダウンの一覧に存在しない場合は、新たに化合物情報を KomicMarket に登 録する必要があります（後述。登録には KomicMarket の管理者権限がひつようです）。 3.7.2.2 Evidence Code B および C の枝番を指定する 得た情報に応じて、B-1～-8、C-1～-8 を指定することが出来ます。 3.7.2.3 アノテーション名を変更する アノテーショングレードが D 以外であれば、アノテーション名は自由に変更することができます。 3.7.2.4 他のエビデンス情報を付加する 以下に解説するエビデンス情報タブで付加することができます。 アノテーションの編集を行った際は、必ず Update ボタンを押して確定してください。Update ボタンを押さ ないと、変更した結果が反映されません。 また、All DB Search などで、マニュアル編集したデータに変更がかからないよう、確定したピークには Locked のチェックを入れることを強くおすすめします。 3.7.3 Evidences - エビデンス情報の付加 エビデンス情報タブでは、自動データベース検索やピーク自体から判別できる以外のアノテーションの 根拠について、情報を付加することが出来ます。 60 B A C D E F G H I J K A: 組成式一覧 エビデンス情報は、組成式と対応づけて付加することになります。組成式一覧には、DB 検索で valid を つけた組成式が表示されています。組成式をクリックすると、Formula (B)の欄にその組成式が自動的に 表示されます。 B: 組成式入力欄 エビデンス情報を対応づける組成式を入力します。組成式一覧(A)に存在しない組成式でも入力するこ とができ、ここで入力した組成式は、組成式の種類をカウントするときに加味されます。 ※フリーの入力が可能ですが、必ず C のボタンを押して、正しくフォーマットされた組成式に直してくださ い。 C: 組成式フォーマットボタン 入力されたデータをフォーマットし、B のテキスト入力欄に反映します。 61 D: Evidence Type 選択欄 マニュアルでチェックしたか、自動検索できる DB 以外の DB で検索したか、その他であるかを選択しま す。 E: Refered Data Type 選択欄 D と一部重複する情報ですが、判断材料にした情報ソースを選択する欄です。 ※アノテーショングレード A のものは、KomicMarket にアップロードされる際に、自動的に Another Analysis が選択されたものと判断されます。このため、ここで改めて Another Analysis のエビデンス情報 を付加する必要はありません。 F: Title 入力欄 E の情報ソースの中から、「この化合物である」と判断した化合物名や、データベースの場合はその ID な ど、化合物を特定するための情報を入力します。 G: Reference Details 入力欄 文献情報であれば、その文献、データベースであればその URL など、第三者がトレース可能な情報ソ ースの詳細情報を入力します。 H: Compare Type 入力欄 どのように引用情報と比較したか、その種類を選択します。Automatic, Software Assisted, Manual の中 から選択出来ます。 I: Compare Method 入力欄 比較の方法の詳細を描き込みます。 J: Add ボタンを押すことで、入力した情報を確定し、ピーク情報に付加します。確定された情報は、K の 一覧に表示されます。また、K の内容をアップデートしたり（Update ボタン）、削除したりします（Del ボタ ン）。入力欄の内容をリセットしたい場合は、Clear ボタンを押します。 ※ただし、ピーク詳細情報タブの Update ボタンを押さないと、データが失われてしまうので気をつけてく ださい。 K: エビデンス情報一覧 これまでに付加された個々のエビデンス情報を一覧表示します。行を選択すると、そのデータが上部 の入力欄に反映されます。この状態で入力内容を変更し、J の Update ボタンを押すと、変更が確定され ます。一覧から削除したい場合は J の Del ボタンを押します。 3.7.4 Compound の登録 アノテーションを付加する際に、グレード A として登録したい化合物が KomicMarket の化合物一覧に存 在し ない場合は、新 たに化 合物を登録する必要が あり ます。 PowerGet で は、PowerFT の Peak Assgnment 画面、および PowerMatch の Alignment Table 画面に、KOMICS メニューが追加されました。 ※KOMICS は KomicMarket の旧名称です。 62 PowerFT - Peak Assignment での KOMICS メニュー KOMICS メニューから、Edit Compound を選択すると、下図のように KomicMarket へログインする画面が 出てきますので、あらかじめ取得しておいたユーザー名とパスワードでログインしてください。 ログインが成功すると、下記の様なウィンドウが現れます。 A C B E F G J M P 63 D H I K L N O Q A: 化合物のキーワードサーチ 化合物名あるいは Synonym（別名）に入力キーワードのあるエントリーを探し、該当するものを B の一覧 に表示します。 ESC ボタンを押すとクリアされ、全件表示されます。 B: 化合物一覧 登録されている化合物の一覧です。クリックすることで、その内容が右側の各欄に表示されます。この一 覧に表示されている ID が、KomicMarket 内での化合物 ID になります。Peak (Group) Details のアノテ ーション編集画面では、この ID を使ってください。 C: 登録操作ボタン 現在入力されている情報をもとに、新規登録（Add）、アップデート（Update）、削除（Delete）を行います。 New ボタンを押すと、入力欄が初期化されます。 ※現在選択されている化合物の編集許可範囲、およびユーザーの権限などによって、これらのボタン は無効（押せない状態）になっている場合があります。 D: 化合物名入力欄 E: 組成式入力欄 F: 組成式のフォーマット確認および精密質量の計算ボタン ボタンを押すと、入力された組成式を適切にフォーマットして E 欄に書き出し、G 欄には理論精密質量を 書き出します。 G: 精密質量入力欄 手入力可能ですが、出来る限り F のボタンで自動計算させてください。 H: コメント入力欄 この化合物に対するコメントを入力可能です。 I: 化合物カテゴリー選択 この化合物が属するカテゴリーを選択します。何も選択されていなくても、登録する上では問題ありませ んが、できるだけ情報を付加してください。 Select ボタンを押すと、下図のようなウィンドウが表示されます。表の中のチェックボタンを押すと、そのカ テゴリーが選択されます（複数選択可）。 64 ※現在、Search 機能は実装されていません。 ※新たなカテゴリーを追加したい場合は、KomicMarket 管理者までお問い合わせください。 J: データ所有者設定欄 化合物情報のデータ責任者です。通常は変更できない状態になっています。 K: データ公開グループ設定欄 L の設定で化合物情報の公開範囲を限定した場合に、公開を許可するグループを設定します。デフォ ルトでは、そのユーザーが所属するグループが入力されています。Select ボタンを押して現れるウィンド ウで、許可するグループを変更できます。 L: アクセス許可設定 データ所有者（Owner）、グループ（Groups）、および第三者（Othres）に対して、データの閲覧（Read）、 変更（Write）を許可するかどうかを設定します。Select ボタンを押すと、下図のようなウィンドウが現れま す。 65 チェックボックスをチェックすると、その操作を許可するように設定されます。 上図の例では、所有者の他、K で設定したグループに所属するメンバーが、データの閲覧および変更 可能ですが、第三者はデータを閲覧したり変更したりすることができません。 ※所有者は常に閲覧・変更権限を持つようにしてあります。 ※「111100」は、設定の二進数表現です。先頭から二桁ずつに区切って、所有者、グループ、第三者を 示しており、二桁のうちの最初の一桁は閲覧権限を、次の桁は変更権限を示しています。1 は許可、0 は不許可を表します。 ※テストで登録を行う場合は、第三者が閲覧できないように、「111100」とし、公開してよいデータの場合 は、「111110」とすることを推奨します。また、グループのメンバーにも内容を変更されたくない場合は、 「111000」、「111010」などとします。 M: キュレーター選択 入力したデータを精査した人を選択します。通常は所有者と同一名を推奨します。 N: キュレーターコメント入力欄 この入力内容についてコメントがある場合は、書き込むことが出来ます。 O: Synonym 入力欄 化合物の別名を登録することが出来ます。改行で区切って、複数登録できます。 P: 化合物 ID 一覧 この化合物に相当するものが、他の DB に存在している場合、Q のボタンを使って、それらを登録するこ とができます。登録された ID の一覧がここに表示されます。 Q: 化合物 ID 登録 ボタンで追加登録、P の一覧から選んだ ID について または ボタンで削除、 ボタンで変更ができます。 ボタンを押すと、以下のようなウィンドウが現れるので、Database 名を選択し、ID を入力して OK を押してください。 66 プルダウンに現れないデータベースを追加したい場合は、KomicMarket 管理者までお問い合わせくだ さい。 3.7.5 UV 情報の付加 マニュアル操作により、ピークに対して UV 吸収情報を付加することが出来ます。 ピーク詳細情報で、Set UV のボタンを押すと、以下の左図の画面が現れます。 左側のテキスト入力欄に、Xcalibur や UV viewer などで取得できる UV 吸収波長のデータをペーストし、 Preview ボタンを押すと、以下の右図のようなスペクトルが表示されます。 67 テキスト入力欄に貼り付けることができるのは、波長（nm）と強度（intensity）の数値がタブで区切られた データです。それ以外の形式となっている行は無視されます。Xcalibur でクリップボードにコピーしたデ ータには、保持時間などのヘッダー情報がついていますが、それらは無視されるので、そのまま貼り付 けることが出来ます。 SetData ボタンを押すと、このピークに UV 情報が関連づけられます。 ※他の情報と異なり、UV データは、詳細情報ウィンドウで Update ボタンを押さなくてもピークに関連づ けられます。 68 4 その他の情報 4.1 お問い合わせ PowerGet に関するお問い合わせは、以下のアドレスに電子メールでお送りください。 櫻井望 [email protected] かずさ DNA 研究所 産業基盤開発研究部 4.2 マニュアル作成について 本マニュアルの作成は、かずさ DNA 研究所の以下の方々により行われました。 （敬称略、50 音順） 荒武、岡崎孝映、解良康太、櫻井望、佐藤大、柴田大輔、鈴木秀幸、須田邦裕、永島良樹、宗藤玲子 5 引用文献 Iijima Y, Nakamura Y, Ogata Y, Tanaka K, Sakurai N, Suda K, Suzuki T, Suzuki H, Okazaki K, Kitayama M, Kanaya S, Aoki K and Shibata D (2008). Metabolite annotations based on the integration of mass spectral information. Plant J 54(5): 949-62. (PMID: 18266924) 以上 69
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