microRNA研究用試薬

microRNA研究用試薬
(2015年3月改訂版)
microRNA解析に最適なLNA™技術
microRNAは、鎖長が 19∼25 塩基と短鎖であること、GC 含有量にばらつき
(5∼95%)
があること、さらにファミリー間の配列保存性が高
いことから、従来の DNAプローブでは信頼性の高い検出を行うことが困難でした。特に DNAプローブを用いたマイクロアレイ解析では、GC
含有量が低い多くの microRNAを検出することができませんでした。
Exiqon 社の LNA™(Locked Nucleic Acid)技術はこれらの問題に革新的なソリューションを提供します。RNA 誘導体であるLNA ™は、
非常に高い配列特異性と結合親和性を示し、LNA ™を含むオリゴヌクレオチドを用いることで1 塩基レベルのミスマッチも検出が可能になり
ます。また、プローブ中に LNA ™を1 塩基用いるごとに Tm 値が 2∼8℃上昇するため、LNA ™を利用した最適化により、microRNA のような
短鎖のターゲットに対しても均一なTm 値を持つマイクロアレイプローブや PCRプライマーセットを作製することができます。
Exiqon 社はこの LNA™技術を用いて、microRNA 解析のためのマイクロアレイ、定量 PCR パネル、
ハイブリダイゼーションプローブ、
インヒビター、Mimicなどの製品を提供しています。
98%のmiRNAが
GC率50%以下
66%のmiRNAが
GC率50%以下
30%のmiRNAが
GC率50%以下
98%のmiRNAが
GC率50%以下
66%のmiRNAが
GC率50%以下
30%のmiRNAが
GC率50%以下
LNA TM修飾プローブとDNAプローブの比較
Exiqon社miRCURY LNA microRNA ArrayおよびA社のDNAベースアレイに、同じ660種類の合成miRNAをハイブリダイゼーションした際のシグナル強度(log2
signal/100 amol target)
を示した。4 log2以下のシグナルは検出限界以下であり、8 log2以上のシグナルは良好に検出ができる。
は約半数のプローブがmiRNAに対するプローブとしての信頼性が低いが、LNA修飾プローブ
(左図■)
は信頼性の高いmicroRNA検出が可能であ
DNAプローブ
(右図■)
る。なお、miRNAのGC含有量とDNAプローブによるばらつきには相関性が見られた。
LNA™ とは?
Locked Nucleic Acid
(LNA™)
とは、
リボース
環の2 位の酸素原子と4 位の炭素原子が
メチレンを介して架橋(オレンジ色)
された
RNAアナログの一種です。LNA™を含むオリゴ
ヌクレオチドは、相補的なDNAやRNAに
対する熱安定性が上昇し、極めて高い結合
親和性と配列特異性を示します。
また、
プローブ中にLNA™を用いると、1塩基
につき2∼8℃ Tm値が上昇するため、
LNA™
を用いた最適化により、microRNAのような
短鎖ターゲットに対して、均一なTm値の
プローブを作製することができます。
DNAオリゴヌクレオチドの一部をLNA™に置換し、
LNA™含有量
を調節することで、高いTm値を保ったままプローブ鎖長を短く
することが可能です。
LNA™の利点
優れた配列特異性
Tm値のノーマライズが可能
非常に高感度
1
Exiqon社 microRNA研究用試薬
・1塩基レベルのミスマッチを検出可能
・microRNAに存在するファミリー間の識別が可能
・GC含有率にかかわらず再現性の高いmircoRNA検出が可能
・体液やFFPEサンプルなどからのmicroRNA解析が可能
・微量RNAサンプルからの解析が可能
製品紹介
エキソソーム単離キット
サンプル調製
miRCURY™ Exosome Isolation Kit . . . . . . . . . . . . . . . .
3ページ
RNA抽出キット
miRCURY™ RNA Isolation Kit
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4ページ
マイクロアレイ解析
発現解析
miRCURY LNA™ microRNA Array . . . . . . . . . . . . . . . . .
Hi-Power Labeling Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5ページ
6ページ
定量PCR解析
miRCURY LNA™ Universal RT microRNA PCR System
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7ページ
ノザンブロッティング/
ハイブリダイゼーション
miRCURY LNA™ microRNA Detection Probe
局在解析
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11ページ
miRCURY LNA™ microRNA ISH Optimization Kit (FFPE)
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12ページ
インヒビター
機能解析
miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor . . . . . . . . . . . .
miRCURY LNA™ microRNA Target Site Blocker
13ページ
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15ページ
Mimic
miRCURY LNA™ microRNA Mimic
LNATM技術
関連製品
解析受託
サービス
. . . . . . . . . . . . . . . 16ページ
mRNAや長鎖非翻訳RNAの機能解析に
LNA™ longRNA GapmeR
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17ページ
マイクロアレイ解析受託 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
定量PCR解析受託 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
裏表紙
裏表紙
Exiqon社が提供するマイクロアレイ、定量PCRパネルには、LNA™技術が用いられたLNA™-enhanced Probe/Primerが
搭載されており、極めて高い特異性、検出感度、再現性を実現しています。
www.exiqon.com
LNAはExiqon社のトレードマークです。
タカラバイオは国内唯一のExiqon社認定サービスプロバイダーです。
Exiqon社 microRNA研究用試薬
2
エキソソーム単離キット
miRCURY™ Exosome Isolation Kit
●面倒な超遠心分離が不要
サンプルを遠心し、死細胞や沈殿物を除去
●サンプルと混合して遠心するだけの簡便操作(約2時間)
●サンプル別に2種類のキットをご用意
約
回収した上清に沈殿バッファーを混合
●エキソソーム単離後にRNAを抽出し、miRNA発現解析などに利用可能
時間
2
4℃で 60 分間インキュベーション
エキソソームは、細胞から分泌される直径 20∼120 nm の膜状粒子です。血液や唾液、尿、
脳脊髄液など広範な生体液中に存在し、タンパク質や mRNA、microRNAなどが含まれてい
ます。本製品は、様々な生体液サンプルから効率良くエキソソームを単離するためのキットで、
簡単な操作により約 2 時間でエキソソームを調製できます。
A)血清からの回収
20
Pellet
Supernatant
15
10
5
1 ml当たりの粒子数
(×1010)
1 ml当たりの粒子数
(×108)
図1. 操作フロー
B)細胞培養上清からの回収
20
サンプルを遠心し、上清を除いたペレットを
RNA 抽出やエキソソーム解析に利用
0
Pellet
Supernatant
15
10
5
0
0
200
400
600
800
0
200
粒子サイズ
(nm)
400
600
800
図 2. エキソソームの回収例
A)miRCURY Exosome Isolation Kit - Serum and
Plasmaを使用
B)miRCURY Exosome Isolation Kit - Cells,
Urine and CSFを使用
回収したエキソソームの沈殿と遠心時に除去した上清を
ナノ粒子解析装置 NanoSightで測定した結果、A、B
どちらも非常に高い回収率が示された。
粒子サイズ
(nm)
180
検出されたmicroRNAの種類の数
160
140
120
100
図 3. 尿サンプルから調製したエキソソームのmicroRNA 検出例
80
60
40
20
0
尿検体200 µl
尿検体200 µl
直接RNAを抽出
尿検体1.5 ml
尿検体10 ml
エキソソーム単離後にRNAを抽出
miRCURY Exosome Isolation Kit - Cells, Urine and CSFを用いて健常人の尿 200 µl、
1.5 ml、10 mlからそれぞれエキソソームを調製し、miRCURY RNA Isolation Kit - Cell &
Plantを用いてRNA 抽出を行った。対照として、健常人の尿 200 µlからmiRCURY RNA
Isolation Kitを用いて直接 RNA 抽出を行った。
それぞれ抽出したRNAをサンプルとして、Exiqon 社の Human miRNome PCR パネルを用い
てmicroRNA qPCR 解析を行った。
健常人の尿中 microRNAの存在量は限られているが、miRCURY Exosome Isolation Kitを
用いることで、多量の尿サンプルを濃縮してRNA 抽出に用いることができ、より高度な解析
結果を得ることができた。
サンプルの種類と推奨キット
対象サンプル
エキソソーム単離キット
血清、血漿
miRCURY™ Exosome Isolation Kit
- Serum and Plasma
(製品コード 300101)
miRCURY™ RNA Isolation Kit
- Biofluids
(製品コード 300112)
細胞培養液、尿、CSF(脳髄液)、
その他体液サンプル
miRCURY™ Exosome Isolation Kit
- Cells, Urine and CSF
(製品コード 300102)
miRCURY™ RNA Isolation Kit
- Cell and Plant
(製品コード 300110)
製 品 名
miRCURY™ Exosome Isolation Kit - Serum and Plasma
製品内容:Precipitation Buffer A
(10 ml)
、Resuspension Buffer
(10 ml)
、
Thrombin(200 U)、Thrombin Buffer
(500 µl)
miRCURY™ Exosome Isolation Kit - Cells, Urine and CSF
製品内容:Precipitation Buffer B
(25 ml×2)
、Resuspension Buffer
(10 ml)
3
RNA 抽出キット
Exiqon社 microRNA研究用試薬
容 量
製品コード
価格(税別)
10 ml
(サンプルが500 µlの場合、約50回)
300101
¥46,000
50 ml
(サンプルが1 mlの場合、約120回)
300102
¥46,000
RNA抽出キット
miRCURY™ RNA Isolation Kit
●高純度、高収量のtotal RNA抽出キット
●miRCURY™シリーズによるmicroRNA解析のためのRNA抽出に最適
●有機溶剤を用いないスピンカラムタイプのRNA抽出キット
●血清、血漿サンプル用の抽出キット
(- Biofluids)
もラインナップ
miRCURY™ RNA Isolation Kit - Cell & Plant
動物培養細胞、小さい組織、血液、細菌、酵母、カビ類、植物からtotal RNAを精製する
キットです。また、Lysis Additive(製品コード 300121)
との組み合わせにより、脳、脂肪組
織など脂質の多いサンプルからの total RNA 精製も可能です。
図 4. さまざまな組織サンプルからtotal RNA 抽出が
可能
miRCURY™ RNA Isolation Kit - Tissue
5 種類のマウス組織から本キットを用いて total RNAを抽
出した。繊維質の多い筋組織など一般的に抽出が難しい
とされるサンプルからも高純度な total RNAを抽出可能
である。
動物組織からtotal RNAを精製するキットです。筋肉のような繊維質の多い組織から効率的
にタンパク質を除くために、Proteinase Kを添付しています。
(図 4)
miRCURY™ RNA Isolation Kit - Biofluids
使用キット: miRCURY RNA Isolation Kit - Tissue
血清、血漿や他の生体液からsmall RNAを精製するために最適化されたキットです。特殊な
レジンを使用したスピンカラムタイプのキットであり、フェノールやクロロホルムを使用しません。
本製品は、1,000 塩基以下の mRNA、tRNA、microRNA、small interfering RNA
(siRNA)全てを精製することができます。
(図 6)
miRCURY™ RNA Isolation Kit - FFPE
90
38
80
36
70
Exiqon
60
Competitor A
50
Competitor B
40
Competitor C
30
Average Cq
Number of microRNAs detected
ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)
サンプルからtotal RNAを精製するためのキットです。
スピンカラムを利用した簡便で迅速な方法により、1 時間以内に効率よくtotal RNAを精製
できます。
(図 5)
34
Breast
Colon
28
Lung
図 5.他社キットとの比較
No carrier
30
26
20
Carrier
32
hsa-miR-451 hsa-miR-191 hsa-miR-423-5p hsa-miR-103
図 6. キャリアーRNA の添加による再現性の向上
本キットと他社製の 3 キットを使用して、胸部、大腸、肺の FFPE 切片(1 cm 2 、
10 µm 厚、3 枚)
からtotal RNAを精製し、total RNA 中の microRNA 数を
(Exiqon 社比較データ)
検出、比較した。
同じ血漿サンプルからMS2 carrier RNA の有(青色)/無(灰色)
で 4 回 の R N A 精 製 操 作を 行 った 。得られた R N A を 用 い 、
miRCURY LNA Universal RT microRNA PCR Systemを使
用してリアルタイム PCRを行った。エラーバーは 4 回の qPCR 解析
の標準偏差を示す。
使用キット: miRCURY RNA Isolation Kit - FFPE
使用キット: miRCURY RNA Isolation Kit - Biofluids
サンプルの種類と推奨キット
推奨キット
RNA fraction
容 量
製品コード
価格(税別)
動物培養細胞、全血、植物、真菌類、
細菌類
サンプルの種類
miRCURY™ RNA Isolation Kit - Cell and Plant
total RNA
50回
300110
¥55,000
動物組織
miRCURY™ RNA Isolation Kit - Tissue
total RNA
50回
300111
¥62,000
血清、血漿、尿、脳脊髄液、
その他の体液
(※)
miRCURY™ RNA Isolation Kit - Biofluids
small RNA
10回
300113
¥16,000
50回
300112
¥65,000
FFPEサンプル
miRCURY™ RNA Isolation Kit - FFPE
total RNA
50回
300115
¥64,000
脂肪組織からのtotal RNA抽出時に
使用する添加物
Lysis Additive
−
5 ml
300121
¥14,000
※体液サンプルからのsmall RNA抽出の際には、MS2キャリアーなどの併用を推奨します。
Exiqon社 microRNA研究用試薬
4
マイクロアレイ解析
miRCURY LNA™ microRNA Array
●バリデーション済みのLNA™-enhancedプローブを使用
●高い再現性(相関係数0.99)
と広いダイナミックレンジ
(∼5桁)
●miRBase ver.19.0に登録されたmicroRNAに対応
●わずか1塩基のミスマッチを識別可能
表1. miRBase 19.0 登録のmicroRNAカバー率
●1色法または2色法から選択
Exiqon 社のマイクロアレイには、LNA™によりTm 値が均一化され、かつバリデーション済みの
プローブが搭載されており、高感度で非常に再現性の高い網羅的な発現解析が可能です。
第 7 世代のアレイには、約 3,100 種類のプローブが搭載されており、ヒト、マウス、ラットに対
するmiRNA およびこれらの生物種に関連するウイルスの miRNAがカバーされています。
生物種
miRBase v.19.0
登録数
Exiqon社の
アレイカバー率
Human
2,042
94%
Mouse
1,281
90%
723
95%
Rat
LNA™によりTm値が正規化されているためターゲットの捕捉率が飛躍的に向上
98%のmiRNAが
GC率50%以下
66%のmiRNAが
GC率50%以下
30%のmiRNAが
GC率50%以下
98%のmiRNAが
GC率50%以下
66%のmiRNAが
GC率50%以下
30%のmiRNAが
GC率50%以下
図 7. LNA™修飾プローブまたはDNAプローブを用いたマイクロアレイのシグナル強度の比較
Exiqon 社 miRCURY LNA microRNA Array および A 社 DNA ベースアレイに、同じ660 種類の合成 miRNAをハイブリダイズした際のシグナル強度(log2 signal/100 amol
target)
を示した。4 log2 以下のシグナルは検出限界以下であり、8 log2 以上のシグナルは良好に検出ができる。
は約半数のプローブが miRNA に対するプローブとしての信頼性が低いが、LNA 修飾プローブ(左図■)
は信頼性の高い microRNA 検出が可能である。
DNAプローブ(右図■)
(Exiqon 社比較データ)
また、miRNA の GC 含有量とDNAプローブによるばらつきには相関性が見られた。
Tm値が正規化されたLNATMプローブ
微量RNAからも解析が可能
DNA:Tm値幅=30
350
LNA:Tm値幅=10
60
300
50
250
40
200
30
150
20
100
10
50
0
50
55
60
65
(Tm)
70
75
80
Number of LNA Capture Probes
Number of DNA capture probes
70
図 8. DNAプローブとLNA™プローブの比較
miRCURY LNA™ microRNA Array,
7th gen - hsa, mmu & rno
miRCURY LNA™ Array, Washing Buffer Kit
miRCURY LNA™ Array, 2X Hybridisation Buffer
miRCURY LNA™ Array, 20X Salt Buffer
miRCURY LNA™ Array, 10% Detergent Solution
T/N 1,000 ng vs. T/N 100 ng
R2 = 0.935
T/N 1,000 ng vs. T/N 30 ng
R2 = 0.910
0
ヒトmicroRNAに対する一般的なDNAプローブ
(灰色)
は、Tm 値に30℃以上の幅が
あり平均 Tm 値は64℃
(SD 値 :5℃)
であった。一方、LNAプローブ
(赤色)
はTm 値の
幅がわずか10℃であり、Tm 値の平均は71.5℃である
(SD 値 :1.62℃)
。
製 品 名
T/N 1,000 ng vs. T/N 300 ng
R2 = 0.984
図 9. total RNAの使用量による比較
食道がん組織
(T)
およびその近隣の正常組織
(N)
からtotal RNAを調製し、さまざまな
量のtotal RNAを用いてマイクロアレイ解析を行った。1,000 ngのtotal RNAを使用
した結果をそれぞれ300 ng、100 ng、30 ng の total RNAを使用した場合と比較し
たところ、いずれも高い相関性を示した。
容 量
製品コード
価格(税別)
3 slides
208500
¥176,000
6 slides
208501
¥352,000
24 slides
208502
¥1,380,000
1 Kit
208021
¥40,000
5 ml
208022
¥55,000
125 ml
208023
¥32,000
15 ml
208024
¥32,000
概 要
3/6/24 microRNA microarray slides, hyb &
wash buffers and spike-in miRNA
Salt buffer 125 ml, Detergent solution 15 ml
▶Exiqon社マイクロアレイを用いた解析受託サービスを承ります。詳細は弊社ウェブカタログをご確認ください。
5
Exiqon社 microRNA研究用試薬
マイクロアレイ解析
Hi-Power Labeling Kit
●2ステップで簡単にRNAラベリング − small RNAの濃縮不要
●シグナル強度が高く、少量のサンプルからラベリングが可能
●偏りの少ない均一なラベリング処理で高い再現性と信頼性を実現
●各種マイクロアレイスキャナーに対応
miRCURY LNA ™ microRNA Hi-Power Labeling Kit は、動物、植物、ウイルスなど様々な
サンプルから得られた total RNAを用いて、microRNA 解析のために簡便かつ迅速にラベリング
を行うキットです。total RNA に含まれるmicroRNAを均一にラベリングすることができます。
本キットは高い感度と特異性を持つ miRCURY LNA ™ microRNA Array での解析のために
最適化されており、ラベリング RNA は microRNA の濃縮やその他の操作を加えることなく、直接
ハイブリダイゼーションに使用することができます。
図 10. 均一なラべリング
miRCURY LNA microRNAラベリングキットを用い
れば、さまざまな配列を持つ microRNA に対して
均一なラベリングが可能である。
製 品 名
容 量
製品コード
microRNA Hi-Power Labeling Kit, Hy5
24回
208033
miRCURY LNA™ microRNA Hi-Power Labeling Kit, Hy3
24回
208034
24回
208035
miRCURY
miRCURY
LNA™
LNA™
microRNA Hi-Power Labeling Kit, Hy3/Hy5
miRSearch のご案内
価格(税別)
¥308,000
www.exiqon.com/mirsearch
Exiqon 社ではmiRNA に関する独自のデータベースを公開しています。miRBase や各論文報告を元に構築されたデータベースで、miRNA の名称
や Accession ID、キーワードなどから以下のような情報を確認することができます。
・miRNA の、miRBase バージョンごとの名称の変更の履歴
・miRNA の、Targetと考えられるgene 情報(プログラムによる予測や Reference による)
・miRNA の、関連疾患とReference へのリンク
・miRNA の、検出報告のあるsample 名とその Reference へのリンク
・関連するExiqon 製品へのリンク
(miRSearchはHuman、Mouse、Rat に対応しています。)
使用例
⑤
②ではHuman、Mouse、Ratを選択する
ことができます。
④でログイン状態にすると、検索結果をレ
ポートにまとめることができます。
ログインにはアカウントの作成が必要で
す。新規で作成する場合には⑤の Sign
In ページ中の Registerをクリックし登録を
行ってください。
④
①
②
検索結果画面
①
④
⑤
検索を行う場合は、
①の検索ボックスにmiRNA 名称などを入力
②で生物種を選択
③の検索ボタンをクリックしてください。
②
③
③
検索対象の miRNA について、①LNA
primer set、②Detection probe、③
Inhibitor 製品を確認することができます。
④ m i R B a s e h i s t o r y では 、過 去 の
miRBaseにおける検索対象 miRNAの名称
変更の履歴などを確認することができます。
⑤Target genesでは、標的遺伝子と考
えられている遺伝子を確認することができ
ます。タブを展開するとReference へのリ
ンクが設けられています。
その他については実際に miRSearch
ページをご確認ください。
※miRSearchのデータベース内容は正確性を期するように努めておりますが、検索結果の情報についてはご自身でReference 等をご確認ください。
Exiqon社 microRNA研究用試薬
6
miRNA定量PCR解析
miRCURY LNA™ Universal RT microRNA PCR System
●高感度
➡
わずか 40 ng の total RNAからプロファイリング解析が可能
Step1: polyA tailの付加と1st-strand cDNA 合成
●極めて高い特異性
➡ Forward、ReverseともLNA ™ 最適化済みの特異的プライマー
を採用。1 塩基レベルのミスマッチを識別可能
●簡便な操作性
➡ 1 回の cDNA 合成で作製したテンプレートから複数ターゲッ
トの
miRNA 定量 PCRが可能
●SYBR® Green 法を採用
●柔軟なプラットフォーム
➡
➡
Step2: miRNA 特異的 LNAプライマーを用いるqPCR
融解曲線分析による検証が可能
カスタム PCR パネルの作製が可能
極めて高い感度と特異性
PCR にはmiRNA 特異的なForward および Reverseプライマーを使用しています。
いずれもLNA ™により最適化されているため1 塩基レベルのミスマッチも識別でき、単一の miRNAであれば 1 pg の total RNAから定量解析が可能です。
また、極めて高感度であるため、血清/血漿サンプルからcDNA 合成反応を行う際にもcDNA の増幅反応は不要です。
表 2. let-7 miRNA Familyの識別が可能
45
40
hsa-miR-145
(C)
hsa-miR-21
(C)
hsa-let-7e
(C)
Cycle number
35
Let-7 Familyに含まれる8 つの miRNAを合成し、それぞれを
特異的なLNA miRNA PCR primer setを用いて検出した。
全ての反応において、極めて高い特異性を持つことがわかる。
hsa-miR-145*
(C)
hsa-miR-126
(H)
hsa-miR-499-5p
(H)
30
let-7a let-7b let-7c let-7d let-7e let-7f let-7g let-7i
25
let-7a 100% 0.0% 5.2% 0.0% 0.0% 0.1% 5.1% 0.0%
図 11. 1 pg の total RNAを用いた定量
解析
20
15
Human colon
(C)
またはhuman heart
(H)
由来
の total RNAをそれぞれ段階希釈し、100 ng、
10 ng、1 ng、100 pg、10 pg、1 pg の total
RNAから6 種類の miRNAについて定量解析を
行った。
いずれの場合も相関係数は0.99 以上であった。
10
5
0
1 pg
10 pg 100 pg 1 ng
10 ng 100 ng
Total RNA input in RT reaction
let-7b 0.0% 100% 0.5% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%
let-7c 1.2% 0.0% 100% 0.0% 0.0% 0.0% 0.1% 0.0%
let-7d 0.0% 0.0% 0.0% 100% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%
let-7e 0.4% 0.0% 0.1% 0.3% 100% 0.0% 0.0% 0.0%
let-7f 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 100% 0.0% 0.0%
let-7g 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 100% 0.0%
let-7i 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 100%
優れた操作性、高い再現性
1 回の cDNA 合成反応で作製したテンプレートを複数の miRNA 定量 PCR に用いることができるため、操作が簡便で手技による実験のバラつきを最小限に
抑えることができます。
B)
40
Raw Cq values from Lab B
Raw Cq values RT2
A)
35
30
R2= 0.99
25
20
15
15
20
25
30
35
Raw Cq values RT1
40
40
図 12. 再現性の検討
35
30
R2= 0.97
A)異なる測定日間の再現性
25
Cq 値 35 以下の全てのmicroRNAのCq 値は、測定日が異なって
も高い相関性を示した
(全 297データポイント)
。
20
15
15
サンプル:ヒト心臓、ヒト肝臓由来 total RNA
(同一サンプルを使用して比較)
測定: microRNA Ready-to-Use PCR, Human panelでの
miRNA 発現プロファイリングを実施
B)2カ所の異なるラボ、異なるオペレーターでの再現性
20
25
30
35
Raw Cq values from Lab A
40
Cq 値 35 以下の全ての microRNA の平均 Cq 値(逆転写反応 3
回分の平均)
は、異なるラボ間でも高い相関性を示した
(全 297
データポイント)
。
4タイプの定量PCR製品から選択可能(製品リストは10ページをご確認ください)
Ⅰ
miRNome panel
プロファイリング解析に
(P8)
Human panel: 約750種類のバリデーション済みヒトmiRNA検出プライマーを搭載
Mouse & Rat panel: 約750種類のバリデーション済みマウス&ラットmiRNA検出プライマーを搭載
Cancer Focus microRNA PCR Panel(Human)
:
がん遺伝子や腫瘍抑制因子に関連する84種類のmiRNAのバリデーション済み検出プライマーを搭載
Ⅱ
Focus panel
特定のサンプルの
プロファイリング解析に
(P8)
Serum / Plasma Focus microRNA PCR Panel(Human)
:
血清や血漿に存在する179種類のmiRNAのバリデーション済み検出プライマーを搭載
Toxicology Focus microRNA PCR Panel(Human, Rat, Monkey, Dog)
:
毒性学に関連する87種類のmiRNAのバリデーション済み検出プライマーを搭載
(Exosome Focus panelおよびStem Cell Focus panelは、Pick-&-Mix カスタムPCR panelから選択できます)
Ⅲ
Ⅳ
Pick-&-Mix panel
カスタム設計パネル
(P9)
Individual assay
単一miRNAの解析に
搭載するmicroRNA検出プライマーの種類とプレートレイアウトをカスタマイズして、研究目的に最適なプラットフォームを作成
することができます。96 wellまたは384 wellを選択、8プレートからご注文いただけます。
Individual microRNA LNA PCR primer set: 目的のmiRNAプライマーセットを単品で注文可能。約20,000種類の設
計済みプライマーセットから選択できます。
(約1,400種類についてはバリデーション済み)
⇒ タカラバイオウェブサイトのLNA PCR Primer Set検索サイトが便利です。
Custom microRNA LNA PCR primer set: miRBase未登録のmiRNAなどに対するプライマーをカスタム合成
7
Exiqon社 microRNA研究用試薬
Ⅰ miRNome panel:ヒトまたはマウス& ラット(網羅的プロファイリング用)
Exiqon 社の設計済み、反応性確認済みの各 microRNA LNA ™ PCR Primer Setを、384 well
plate の各ウェルに 1 反応分ずつ分注して凍結乾燥したReady-to-Use の定量 PCR 用パネル製品で
す。各プライマーは最 適な位 置に L N A ™ が 含まれ、特 異 性が 極めて高いため、配 列が 類 似した
microRNAや前駆体 microRNAと区別して目的 microRNAだけを検出、定量できます。
LNA™の利用により非常に高い検出感度が得られ、わずか40 ng の total RNAから、ヒト、あるいはマウ
ス&ラットの網羅的なmicroRNAプロファイリングが可能です。RNA や cDNAは増幅を行う必要がなく、
Universal cDNA Synthesis Kit IIで逆転写したcDNAとExiLENT SYBR ® Green master mixを混
合するだけで定量 PCRを開始でき、逆転写反応開始から約 3 時間で結果を得ることができます
(右図)。
Panel I のみ、またはPanel I とII がセットになった製品が用意されています。Panel I には発現量が多
い、疾 患で特 異 的に発 現する、論 文に引用されることが多いなど、優 先 順 位が高いと考えらえる
microRNA の検出プライマーセットが搭載されており、Panel II には、Panel I に入っていないが重要度
が高いと考えられるプライマーセットが搭載されています。
microRNA Ready-toUse PCR
Human panel
Mouse&Rat panel
panel no.
1検体あたりの
標的miRNA数
I and II
752
I のみ
372
I and II
752
I のみ
372
Plate
枚数
Plate type
容 量
各4枚
384
4枚
各4枚
384
図13. Universal RT microRNA PCR System
の解析フロー
4検体分
4検体分
4枚
各パネルにはコントロールとして、プレート間の補正用キャリブレーター
(3ウェル)
とRNA Spike-in( Universal cDNA
Synthesis Kitに含まれている)検出用プライマーも含まれています。各パネルに搭載されているプライマーセットのリストは
Exiqon 社 Webサイトからダウンロードすることができます。
1回のcDNA合成で作製したテンプレートを複数の
miRNA定量PCR反応に用いることができる。定量
PCRはSYBR Green法により行う。Exiqon社のqPCR
解析ソフトウェアGenEx softwareを用いれば、統計解
析や論文に使用可能なプロットや図表作成を簡単に行
うことができる。
Ⅱ Focus panel(特定サンプルのプロファイリグ用)
Serum / Plasma Focus microRNA PCR Panel : Exiqon 社が持つ多くの情報と文献
データをもとに選択された血清、血漿中の microRNA179 種類を検出するプライマーを搭載しています。
Cancer Focus microRNA PCR Panel : 腫瘍形成やがん診断に重要と考えられている84
種類の microRNA の検出用プライマーを搭載しています。これらの microRNAは、文献データや数千の
FFPE サンプルを保有するバイオバンクの情報をもとに選択されており、27 種類のがんのマーカーとして
利用できると考えられます。
Toxicology Focus microRNA PCR Panel :ヒト、ラット、イヌ、サルの血漿、血清、尿、
脳脊髄液などの生体液サンプル中で、器官損傷に関連して変動するmicroRNAを対象とした定量 PCR
パネルです。毒性学関連の研究に用いることができます。
Focus microRNA PCR Panel
Serum / Plasma Focus panel
Cancer Focus panel
1検体あたりの
標的miRNA数
生物種
179
Human
84
Toxicology Focus panel
87
Stem Cell Focus panel ※
Urine Exosome Focus panel ※
CSF Exosome Focus panel ※
85
87
Human, Rat,
Monkey, Dog
Plate
type
Plate
枚数
96
8枚
384
2枚
Human
血清・血漿などの体液中のmicroRNA
プロファイリングガイド
生体液サンプルからのmicroRNA定量PCR発現解析
に関する日本語ガイドラインを公開しています。詳しくは
弊社ウェブサイトをご覧ください。
4検体分
96
4枚
4検体分
384
2枚
8検体分
96
4枚
4検体分
384
2枚
8検体分
8枚∼
8検体分∼
or
32検体分∼
96
or
384
87
容量または
発注単位
各 Focus panelに搭載されたプライマーセット情報はExiqon 社 Webサイトからダウンロードすることができます。
網羅性を重視する場合には、miRNomeパネルの使用を推奨します。
※ Pick-&-Mix panelとしてのみ注文可能。詳細はウェブページをご確認ください。
関連製品
microRNA QC PCR パネル
本製品は、定量 PCRに使用するRNAサンプルの品質
を検定するためのQCパネルです。実際の解析に使用す
る前にRNA の品質を確認することで、サンプル中のヌク
レアーゼ、PCR 阻害物質の存在や血液由来サンプル
の溶血の有無などをチェックすることができ、定量 PCR
に適したサンプルのみを解析に使用することができます。
96 well、384 well の異なるプレートフォーマットを用い
た複数の製品が用意されており、リアルタイム PCR 装
置の機種に応じた製品を選択することができます。
1
2
3
4
5
6
7
8
9 10 11 12
A
B
96 well plateの場合は、1 枚当たりに
8サンプル分搭載されています。
(384 well pateは32 検体 / 枚あたり)
C
腎臓で見られる
バイオマーカー
D
E
F
G
miR-103
脳脊髄液で見られる
バイオマーカー
RNA 抽出のコントロール
H
miR-191
miR-451
miR-23a
UniSp6
UniSp2
血清/血漿での溶血マーカー
ほとんどの組織で見られるバイオマーカー
UniSp4
UniSp5
cel-miR
-39-3p
miR-30c
miR-124
UniSp3
cDNA 合成のモニター
PCR 効率コントロール
Exiqon社 microRNA研究用試薬
8
Ⅲ カスタムmiRNA定量PCRパネル(Pick-&-Mix panel)
高感度、高特異性の miRCURY LNA ™ PCR Primer Setを利用したカスタム設計の miRNA 定量 PCR パネルです。96ウェル、384ウェルプレートフォー
マットを選択でき
(各社リアルタイムPCR 装置に適合するプレートタイプを選択可能)、搭載プライマーの選択も自由です。研究対象の microRNA のみに絞っ
た検出プライマーセットを搭載できるため、マイクロアレイや miRNome PCR パネルスクリーニングなどの結果の検証実験に最適です。
パネルのデザインは、Exiqon 社 Webサイトの Pick-&-Mix Configuratorを用いて簡単に行うことができます。用意された数種類のプレデザインレイアウトが利
用でき、これらのプレデザインをもとにしてプライマー配置を自由に変更することも可能です。
同一レイアウトのパネルを8プレートから注文でき、8プレート以上をご希望の場合は4プレートずつ追加注文が可能です。
パネルの各ウェルには10 µl反応系
1回分のプライマーセットが乾燥状態
で含まれており、cDNAとExiLENT
SYBR Green master mixを加える
だけで反応を開始できます。
図 14. Pick-&-Mix panel レイアウト例(左:384 well plate、右:96 well plate)
CPウェル
(●)
:RNA Spike-inを検出するための LNA Control Primer Setを分注。デフォルトではUniSp6 LNA Control Primer Setが配置されており、cDNA 合成
反応のモニタリングに使用する。 IPC(Inter Plate Calibrator)
ウェル
(●)
:cDNAと検出用 primer setが分注されており、qPCR 反応のモニタリングやプレート間補正に使用する。
Pick-&-Mix panelのご注文方法
(詳細はタカラバイオウェブサイトの日本語ガイドをご参照ください)
Step 1
www.exiqon.com/
pick-and-mixにアクセスし、
「Configure your plates」
を
クリック
Step 2
Step 3
Exiqon 社のWebサイトで
プレートのデザインを行い
ます。
・well 数を選択
・qPCR 装置を選択
・生物種とプレートレイ
アウトを選択
プレートに任意の名称を
付けて、プレートデザイン
を設定します。
Step 4
Finalize plate
Get Quote をクリック。
Exiqon 社よりお見積りに関す
る確認メールが届きますのでご
確認ください(この時点でまだ
注文は確定していません)。
Step 5
弊社よりお見積りに関するご連
絡を差し上げます。
製品番号、製品名、Reference
#と数量の情報を合わせてご利
用の販売店へご注文ください。
関連製品: 初めてmicroRNA PCRを行う方にお勧めです!
LNATM microRNA PCR Starter Kit
本製品は、Exiqon 社のcDNA 合成試薬(Universal cDNA Synthesis Kit II)、定量 PCR master mix(ExiLENT SYBR® Green master mix)
およ
び Spike-in RNAとコントロールプライマーセット、さらに標的 miRNA 検出用プライマーセット2 点がセットになったmiRNA qPCRスターターキットです。
cDNA 合成、qPCRを行うための試薬が添付されており、設計済みの LNA ™プライマーセットリスト
(約 180 種類)
から2 点の miRNA 検出用プライマー
セットを選択することができます。
本製品はトライアル用製品のため、ご注文は1 研究グループ 1 回限りとさせていただきます。ご了承ください。
構 成 品
cDNA合成試薬(20回分)
定量PCR master mix(100回分)
Spike-in RNAと検出用primer set
備 考
cDNA Enzyme 10 × concentrated, cDNA buffer 5 × concentrated
ExiLENT SYBR Green master mix, 2 × concentrated 500 µl
UniSp6 Spike-in RNA
(凍結乾燥)
12 fmol
UniSp6 control primer set
(FW、RVのmixture)
500 µl
(UniSp6 Spike-in RNAはcDNA合成のモニタリングに使用)
コントロールprimer set
hsa-miR-103a-3p primer set
(FW、RVのmixture、凍結乾燥)
200反応分
(一般的に検出されるmiRNA。mouseおよびratにも使用可能)
標的miRNA検出用primer set
LNA PCR primer set
(FW、RVのmixture、凍結乾燥)
2点 各200反応分
(リストから2点を選択。詳細は弊社ウェブサイトのご注文方法をご確認ください)
RNase-free water
RNase-free water 1.25 ml
【文献情報】
Exqion 社の LNA 技術を用いたPCRプラットフォームは、非常に優れた感度、特異性、正確性、再現性を備えており、2014 年
にNature Methodsから発表された各社 miRNA 発現解析プラットフォームの性能比較を行った論文でもその性能の高さが示唆
されています。論文では、Exiqon 社の定量 PCRシステムが最も特異性が高く、NGSを用いたmiRNA 発現比較解析結果と最も
相関が高い結果であったと報告されています。
Evaluation of quantitative miRNA expression platforms in the microRNA quality control(miRQC)study.
Mestdagh P,
. 2014 Aug; 11
(8):809-815. PMID: 24973947
この論文では、Array、qPCR、NGSなど9 社 12 種類のプラットフォームで、miRNA 発現解析の再現性、正確性、感度、特異
性などを比較して報告しています。
(※この論文はタカラバイオの研究成果ではありせん。)
9
Exiqon社 microRNA研究用試薬
<miRNA 定量 PCR 解析関連 製品一覧>
容 量
製品コード
価格(税別)
1 Kit
2.5 ml
20 ml
203301
203403
203421
¥71,000
¥83,000
¥294,000
1st-strand cDNA 合成キット
203615
203616
203617
203618
203713
203714
203715
203716
¥250,000
¥250,000
¥211,000
¥211,000
¥250,000
¥250,000
¥211,000
¥211,000
752 種類のヒトmiRNA に対応。panel I および
IIが各 4 枚(いずれも384 well plate)
96 well(V4.RO)
96 well(V4.AF)
96 well(V4.MI) 各 4 検体分
96 well(V4.ST)
384 well(V4.R)
384 well(V4.M)
96 well(V4.RO)
96 well(V4.AF) 各 4 検体分
96 well(V4.MI)
96 well(V4.ST)
384 well(V4.R) 各 8 検体分
384 well(V4.M)
203879
203880
203881
203882
203885
203886
203875
203876
203877
203878
203883
203884
¥210,000
¥210,000
¥210,000
¥210,000
¥180,000
¥180,000
¥136,000
¥136,000
¥136,000
¥136,000
¥228,000
¥228,000
96 well(V4.RO)
96 well(V4.AF) 各 4 検体分
96 well(V4.MI)
96 well(V4.ST)
384 well(V4.R) 各 8 検体分
384 well(V4.M)
203857
203858
203859
203860
203861
203862
¥140,000
¥140,000
¥140,000
¥140,000
¥245,000
¥245,000
毒性学に関連する87 種類の miRNA に対応。
96 well plate1 枚あたりに 1 検体分のプライ
マーを配置、もしくは384 well plate 1 枚あたり
に 4 検 体 分 のプ ライマーを 配 置 。
(別途、
Human、Monkey、Dog 用パネルあり)
8枚
12 枚
追加 4 枚
8枚
12 枚
追加 4 枚
Web 参照
¥350,000
¥450,000
¥150,000
¥920,000
¥1,200,000
¥320,000
お客様の実験に適したmiRNA 定量 PCRプレー
トを設計いただけます。一部の Primer Set の搭
載には追加料金が必要です。詳細は弊社ウェブ
サイトをご確認ください。
各 200 回分
Web 参照
¥35,000
¥45,000
製 品 名
cDNA 合成キット、および qPCRマスターミックス
Universal cDNA Synthesis Kit II
ExiLENT SYBR® Green master mix
網羅的なmiRNA の発現解析に
microRNA Ready-to-Use PCR, Human panel I+II, *
microRNA Ready-to-Use PCR, Human panel I, *
microRNA Ready-to-Use PCR, Mouse&Rat panel
I+II, *
microRNA Ready-to-Use PCR, Mouse&Rat panel
I, *
Focus microRNA PCR Panel, Human
Serum / Plasma Focus microRNA PCR Panel, *
Cancer Focus microRNA PCR Panel, *
Focus microRNA PCR Panel, Rat
Toxicology Focus microRNA PCR Panel, Rat *
カスタムmiRNA 定量 PCR パネル
(Pick-&-Mix panel)
V4.M
V4.R
V4.M
V4.R
V4.M
V4.R
V4.R
V4.M
各 4 検体分
各 4 検体分
96 well Ready-to-Use
Pick-&-Mix microRNA PCR Panel, *
384 well Ready-to-Use
Individual assay:標的 miRNA の個別の定量 PCR 発現解析に
Individual miRCURY LNA™ PCR Primer Set
Individual miRCURY LNA™ PCR Primer Set, Custom
<関連製品>
製 品 名
容 量
LNA miRNA PCRスターターキット …1 研究グループ 1 回限りご注文可能
LNA™ microRNA PCR Starter Kit
microRNA QC PCR Panel
microRNA QC PCR Panel, *
Spike-in RNAと検出用プライマーセット
RNA Spike-in Kit, UniRT
UniSp2, LNA™ Control Primer Set, UniRT
UniSp4, LNA™ Control Primer Set, UniRT
UniSp5, LNA™ Control Primer Set, UniRT
cel-miR-39-3p, LNA™ Control Primer Set, UniRT
個別 LNA primer set、miRNome および Focus
panelに最適化されたSYBR Green master mix
372 種類のヒトmiRNA に対応。panel I のみが
4 枚(384 well plate)
752 種類のマウス&ラットmiRNAに対応。panel
Iおよび IIが各 4 枚(いずれも384 well plate)
3 7 2 種 類 のマウス & ラット m i R N A に対 応 。
panel I のみが 4 枚(384 well plate)
血清・血漿中に存在する179 種類の miRNA
に対応(+リファレンスprimer 7 種)。
96 well plate 2 枚あたりに 1 検体分のプライ
マーを配置、もしくは 384 well plate 1 枚あた
りに 2 検体分のプライマーを配置
癌に関連する 84 種類の miRNA に対応(+リ
ファレンスprimer 6 種)。96 well plate 1 枚あ
たりに 1 検 体 分のプライマーを配 置 、もしくは
384 well plate 1 枚あたりに 4 検体分のプライ
マーを配置
設計済み LNA PCR primer set
カスタム設計の LNA PCR primer set
価格(税別)
概 要
cDNA 合成 20 回、miRNA 定量 PCR100 回分の試薬。
標的 miRNA 用プライマーセット2 組選択可能
203351
¥66,000
203887
203888
203889
203890
203891
203892
¥75,000
¥75,000
¥75,000
¥75,000
¥120,000
¥120,000
解析に使用するRNA サンプルの品質を検定するための QC パネ
ル。RNA 抽出効率、cDNA 合成反応、PCR 効率などを実際の
解析の前に確認することができる。
50 回分
203203
¥27,000
R N A 抽 出ステップと c D N A 合 成 反 応をモニターするための
Spike-in RNA
各 200 回分
203950
203953
203951
203952
¥25,000
¥25,000
¥25,000
¥25,000
Spike-in RNA 検出用のプライマーセット
1 Kit
96well(V4.RO)
96well(V4.AF)
96well(V4.MI)
96well(V4.ST)
384well(V4.R)
384well(V4.M)
製品コード
概 要
各 16 検体分
各 32 検体分
製品コード
製 品 名
製 品 名
コントロールプライマーセット …容量 各 200 回分、 価格 各¥35,000(税別)
203901
SNORD38B(hsa)PCR Primer Set, UniRT
U6 snRNA(hsa, mmu, rno)PCR Primer Set, UniRT
203902
SNORD44(hsa)PCR Primer Set, UniRT
RNU5G(hsa, mmu, rno)PCR Primer Set, UniRT
203903
SNORD48(hsa)PCR Primer Set, UniRT
RNU1A1(hsa, mmu, rno)PCR Primer Set, UniRT
203904
SNORD49A(hsa)PCR Primer Set, UniRT
SNORD68(mmu)PCR Primer Set, UniRT
203905
SNORA66(hsa)PCR Primer Set, UniRT
SNORD65(mmu)PCR Primer Set, UniRT
203906
5S rRNA(hsa, mmu)PCR Primer Set, UniRT
SNORD110(mmu)PCR Primer Set, UniRT
製品コード
203907
203908
203909
203910
203911
203912
*対応機種 M: ABI7900HT 他多数の機種に対応 R/RO: Roche LightCycler 480に対応 AF: ABI Fast series StepOnePlusに対応
MI: Bio-Rad, Eppendorf, Stratagene, ABI7500に対応 ST: Stratagene Mx3000Pに対応
Exiqon社 microRNA研究用試薬
10
ノザンブロッティング/
hybridization
miRCURY LNA™ microRNA Detection Probe
●ノザンブロットおよび
hybridization用のmicroRNA検出LNA™プローブ
miR-122a
●高感度で、低発現のmicroRNAも検出可能
●1塩基のミスマッチを識別可能
miR-206
●ほぼ全ての既知microRNAに対応
miR-124a
miRCURY LNA ™ microRNA Detection Probe は、脊椎動物、無脊椎動物、植物の
microRNAデータベース
(miRBase)
に登録されている、ほぼ全ての microRNAに対する設計
済 LNA™プローブです。microRNA 検出のためのノーザンブロットや
ハイブリダイゼーショ
ンに利用することができます。 各プローブは高い配列特異性で二次構造をとりにくく、最少の自己アニールとなるようにLNA™
位置が最適化されています。さらに、全てのプローブ/ターゲット2 本鎖の融解温度(Tm 値)
が
70∼85℃の範囲内となるように設計されています。
図 15. miR-122a、miR-206 およびmiR-124aの検出
各プローブを用いて、microRNAの検出を行った。LNAプローブにより
microRNA の発現を高感度に検出できている。miR-122aは肝臓、
miR-124aは中枢神経系、miR-206は骨格筋で特異的に発現している。
(Dr. Plasterk, Hubrecht Lab, Netherlands.)
miRCURY
LNA probe
RNA
100 µg
50 µg
25 µg
10 µg
5 µg
2.5 µg
100 µg
50 µg
25 µg
10 µg
5 µg
2.5 µg
DNA probe
標準的なプローブとして、DIG*、biotin、fluorescein、またはamino 標識を3 または5 にラベ
ルした製品が用意されており、また、標識していない ready to label プローブも利用できます。な
お、Non-RIラベル法によるノザンブロット解析でmicroRNAを検出する場合は、DIG*ラベルプ
ローブの使用を推奨します。
6h
*Licensed from Roche Diagnostics GmbH
miR-171
Exposure time
miRCURY LNA™ Detection Probe, 設計済みプローブ
製品コードはExiqon 社 Web サイト
(www.exiqon.com/Is)
にてご確認ください。 修 飾
容 量
ready to label
5'-DIG labeled
5'-amino labeled
5'-biotin labeled
5'-fluorescein labeled
3'-DIG labeled
3'-amino labeled
3'-biotin labeled
3'-fluorescein labeled
5'- and 3'-DIG labeled
価格(税別)
¥67,000
12h
¥74,000
¥77,000
¥83,000
各 250 pmol
EtBr
¥95,000
図 16. ノザンブロット結果の比較
¥76,000
32
Pラベルした DNAプローブまたは LNAプローブを用いてNorthern
blottingを行った。
由来 total RNA の希釈系列をブロッ
トし、 .
miR-171 および miR-319 の 32 Pラベル DNAプ
ローブまたはmiRCURY LNA Detection Probeとハイブリダイズした。
(Válóczi
. 2004,
. e175)
¥79,000
¥85,000
¥118,000
製 品 名
(ポジティブコントロールプローブ)
容量:各 250 pmol
6h
miR-319
¥89,000
miRCURY LNA™ Detection Probe, コントロールプローブ
miRCURY LNA™
microRNA Detection,
U6, hsa/mmu/rno
12h
容 量
価格(税別)
容 量
価格(税別)
ready to label
修 飾
99002-00
¥52,000
製 品 名
ready to label
99004-00
¥52,000
5'-DIG labeled
99002-01
¥78,000
5'-DIG labeled
99004-01
¥78,000
5'-amino labeled
99002-02
¥56,000
5'-amino labeled
99004-02
¥56,000
5'-biotin labeled
99002-03
¥64,000
5'-biotin labeled
99004-03
¥64,000
5'-fluorescein labeled
99002-04
¥71,000
5'-fluorescein labeled
99004-04
¥71,000
3'-DIG labeled
99002-05
¥87,000
3'-DIG labeled
99004-05
¥87,000
3'-amino labeled
99002-06
¥57,000
3'-amino labeled
99004-06
¥57,000
3'-biotin labeled
99002-07
¥71,000
3'-biotin labeled
99004-07
¥71,000
3'-fluorescein labeled
99002-08
¥71,000
3'-fluorescein labeled
99004-08
¥71,000
5'- and 3'-DIG labeled 99002-15
¥113,000
5'- and 3'-DIG labeled 99004-15
¥113,000
miRCURY LNA™
microRNA Detection,
Scramble miR
(ネガティブコントロールプローブ)
容量:各 250 pmol
修 飾
ネガティブコントロールプローブ miRCURY LNA microRNA Detection, Sense miR-159(99003-00∼99003-15)
はウェブサイトをご確認ください。
miRCURY LNA™ Detection Probes, カスタムプローブ
目的のデザイン済みプローブが LNA™ Detection probe 検索サイトに無い場
合は、カスタムプローブを作製します。標識は DIG、biotin、fluorescein、
amino、未標識から選択でき、3 末端、5 末端、または両方のラベル化が可能
です
(miRNAのISH 実験にはdouble DIG labeledタイプを推奨します)。
★本製品はカスタム製品です。詳細は弊社ウェブサイトをご覧ください。
ご注文方法:弊社ウェブサイトからお申込みください
納 期:3∼4 週間
納 品 物:miRCURY LNATM microRNA Detection Probe
250 nmol 凍結乾燥品
11
Exiqon社 microRNA研究用試薬
製 品 名
Custom miRCURY LNA™
microRNA Detection Probe
修 飾
価格(税別)
ready to label
¥76,000
5'-DIG labeled
¥96,000
5'-amino labeled
¥84,000
5'-biotin labeled
¥87,000
5'-fluorescein labeled
3'-DIG labeled
¥92,000
¥104,000
3'-amino labeled
¥86,000
3'-biotin labeled
¥89,000
3'-fluorescein labeled
5'- and 3'-DIG labeled
¥94,000
¥124,000
hybridization
miRCURY LNA™ microRNA ISH Optimization Kit(FFPE)
●double DIG*標識 LNA™ microRNA Detection Probe
と最適化バッファーにより高感度、高特異性
●ハイスループット解析にも個々のmicroRNA解析にも適応
●1日で完了する迅速・簡便なプロトコール
本キットは、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織切片上で、
microRNA の
ハイブリダイゼーションを行うための理想的なキットで
す。5 & 3 -double DIG*-labeled miRCURY LNA ™ microRNA
Detection Probeを使用することで、microRNAを高感度かつ高い特異
性で検出できます。
microRNA
図 17. miRCURY LNATM microRNA ISH Optimization Kit
(FFPE)
の原理
組織切片をProteinase K により処理した後、DIG 標識 LNAプローブをターゲット
microRNAに特異的にハイブリダイズさせる。その後、Alkaline phosphatase
( AP)標
識 anti-DIG 抗体を加え、NBT-BCIP 発色とNuclear Redでの対比染色を行う。
製品内容
・LNA™ microRNA probe
(double DIG*-labeled)
各キットに含まれるターゲットmicroRNAは下表でご確認ください。
・LNA™ Scrambled probe
(double DIG*-labeled)
:
ネガティブコントロール
・LNA™ U6 snRNA probe
(5 DIG*-labeled)
ポジティブコントロール
・Hybridization Buffer
・Proteinase K
図 18. ヒト結腸壁での miR-145の検出例
miRCURY LNA microRNA
ISH Optimization Kit 7を用
いてヒト結腸壁 FFPE 切片の
miR-145を検出した。
N B T - B C I P 染 色( 青 )
し、
Nuclear Red
(赤)
で対比染色
を行った。
*Licensed from Roche Diagnostics GmbH
各ISH Optimization Kit でバリデーションされた組織リスト
バリデーション
済み組織
脳
眼
筋肉
肺
腎臓
肝臓
結腸
子宮頸
心臓
乳腺
肺がん
結腸直腸がん
乳がん
腎臓がん
子宮頸がん
精巣がん
食道がん
細胞の種類
microRNA
microRNA
microRNA
microRNA
microRNA
microRNA
microRNA
microRNA
microRNA
microRNA
ISH
ISH
ISH
ISH
ISH
ISH
ISH
ISH
ISH
ISH
Kit 1(miR-1)
●
●
筋細胞
キット番号とターゲット microRNA
Kit 2(miR-21) Kit 3(miR-122) Kit 4(miR-124) Kit 5(miR-126) Kit 7(miR-145) Kit 8(miR-205) Kit 9(miR-223)
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
神経細胞
細胞種は異なる
肝細胞
内皮細胞
平滑筋細胞
基底細胞
顆粒球
製 品 名
Optimization Kit 1(FFPE)
Optimization Kit 2(FFPE)
Optimization Kit 3(FFPE)
Optimization Kit 4(FFPE)
Optimization Kit 5(FFPE)
Optimization Kit 7(FFPE)
Optimization Kit 8(FFPE)
Optimization Kit 9(FFPE)
Buffer Set(FFPE)
Buffer and Controls Kit
Target miRNA
miR-1
miR-21
miR-122
miR-124
miR-126
miR-145
miR-205
miR-223
−
−
容 量
1 Kit
1 Kit
1 Kit
1 Kit
1 Kit
1 Kit
1 Kit
1 Kit
1 Set
1 Kit
製品コード
90001
90002
90003
90004
90005
90007
90008
90009
90000
90010
価格(税別)
¥320,000
¥320,000
¥320,000
¥320,000
¥320,000
¥320,000
¥320,000
¥320,000
¥87,000
¥224,000
ISH関連各製品の構成内容
製 品 名
ターゲット検出プローブ
ネガティブコントロール
ポジティブコントロール
microRNA ISH Proteinase-K
(double-DIG labeled) (Scrambled, double-DIG) (U6 snRNA, 5 DIG)
buffer(2×) (凍結乾燥品)
製品コード
microRNA ISH Optimization
Kit(FFPE)※1
○
○
○
○
○
90001
∼90009
microRNA ISH Buffer and
Controls Kit※1
−
○
○
○
○
90010
microRNA ISH Buffer Set
(FFPE)※2
−
−
−
○
○
90000
※1. スライド約 400 枚分の試薬が含まれています
※2. スライド約 1,000 枚分の試薬が含まれています
★ターゲット検出、ネガティブ、ポジティブの各プローブ製品は単品でも販売しています
(容量 250 pmol)。
Exiqon社 microRNA研究用試薬
12
miRNA機能解析: miRNAインヒビター
miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor
●miRBase ver.20.0に対応する設計済みのLNA miRNAインヒビター
●第三世代の設計アルゴリズムを採用
RLU
●ATリッチなmicroRNAを含む様々なmicroRNAターゲットに対して高い
抑制効果を発揮
●優れた特異性と安定性により長期間アンチセンス活性が持続
miRCURY LNA ™ microRNA Inhibitor は、Exiqon 社独自のアルゴリズムによりLNA ™の
数と位置が最適化され、Tm 値を均一化し、セルフアニーリングを回避するよう設計されていま
す。均一なTm 値により、マルチプレックス反応にも利用できるほか、これまで困難であったAT
リッチなmicroRNA に対しても高い抑制効果を発揮することができます。
80
DNA
LNA
60
100 nM
Competitor A Competitor D
miRCURY
LNA Inhibitor
図19. 他社製品よりも優れた阻害効果
miR-21標的配列を持つホタルルシフェラーゼ発現プラスミド
(pmiR-21)
、
レニラルシフェラーゼ発現プラスミド
(トランスフェクション
コントロール)
、
および各社miR-21インヒビターをMCF7細胞にそれぞ
れトランスフェクションした。48時間後にDual Luciferase Assayを用
いてレポーター遺伝子の発現レベルを測定した。 RLU: Relative Light Units (Exiqon社比較データ)
3
2
1
5 nM
0.5 nM
miR-16-5p Inhibitor
0.05 nM
0.005 nM
5 nM
0.5 nM
0.05 nM
0.005 nM
0
40
Inhibitor Control A
図 21. LNA™ microRNA インヒビターを用いたサイレンシング例
RNATm
miRNAターゲット配列を3 UTRに持つホタルルシフェラーゼ発現プラスミド
(pmiR-16-5p)
と、レニラ
ルシフェラーゼ発現プラスミドをHeLa 細胞にトランスフェクションし、1日後にさまざまな濃度の LNA
microRNAインヒビターをトランスフェクションした。HeLa 細胞内では、3 UTRにmiRNAターゲット配
列を含むホタルルシフェラーゼの発現は細胞内在性のmiRNAによって抑制される。インヒビターのト
ランスフェクションから24 時間後にDual Luciferase Assayを実施し、ルシフェラーゼの発現量を測
定した。miRNAターゲット配列を含まないコントロールプラスミド
(pLuc)
に対して、ホタルルシフェラー
ゼ/レニラルシフェラーゼの活性比を比較した結果、LNA microRNAインヒビターはnMオーダー以
下の低濃度で効果を発揮することが示された。
図 20. DNAインヒビターとLNA™インヒビターの比較
DNAオリゴの全長 microRNAインヒビター
(青色ドット)
とLNA microRNAインヒ
ビター
(赤色ドット)
について、microRNAターゲット配列のGC 含量とそれぞれの
インヒビターのTm 値との関係を示した。従来の全長 microRNAインヒビターは、
ターゲット領域の GC 含量の影響を受けて各インヒビターの Tm 値に40℃以上
の開きがある。これに対して、miRCURY LNA microRNA Inhibitorは最適な高
温度域に10℃以内の範囲でTm 値が収まっており、高度に均一化されている。
製 品 名
備 考
設計タイプ
骨格タイプ(※1)
Inhibitor
設計済み
PO or PS
Family Inhibitor
設計済み
PO or PS
Inhibitor Library
設計済み
PO
コントロール Inhibitor
設計済み
PO or PS
Custom
, small scale)
Custom
PO or PS or Mix
Custom
, small / large scale)
Custom
PS
1 miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor
2 miRCURY LNA™ microRNA Family Inhibitor
miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor Library,
3 Human or Mouse
miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor,
4 Antisense Control
5 Custom miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor
6 Custom miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor
40 nM
4
pmiR-16-5p
50
30
20 nM
5
pLuc
microRNA GC content (%)
70
••
4 nM
LNA™ microRNA Inhibitorは低濃度で効果を発揮
Normalized Luminescence
(RLU)
Tm値が均一化されたLNA™ microRNA Inhibitor
18
16
14
12
10
8
6
4
2
0
(
(
アプリケーション
※1:ホスホロチオエート
(PS)骨格を有するPower Inhibitorタイプは、酵素分解に対して高い耐性を示します。このため、より長期間のインヒビターの安定性が期待できます。なお、PS
骨格タイプのオリゴヌクレオチドは配列依存的に筋肉や中枢神経系(CNS)
由来の細胞に毒性を示す場合があるため、これらの細胞への使用は推奨されません。ホスホジエステル
(PO)骨格タイプ、またはPO / PS 骨格タイプの製品をご検討ください。
関連製品: 遺伝子導入試薬
製 品 名
IT-X2™ Dynamic Delivery System
13
Exiqon社 microRNA研究用試薬
容 量
製品コード
価格(税別)
0.3 ml
MIR6003
¥20,000
1 miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor
(設計済み)
製 品 名
※1:ready to labelタイプでは容量1 nmol、15 nmolも販売しています。
修 飾
ready to label
5 or 3 fluorescein labeled
ready to label
5 or 3 fluorescein labeled
miRCURY LNA™ microRNA Inhibitors
miRCURY LNA™ microRNA Power Inhibitor
容量(※1)
5 nmol
5 nmol
5 nmol
5 nmol
製品コード
Webサイトで
ご確認ください
価格(税別)
¥73,000
¥88,000
¥84,000
¥99,000
設計済み miRCURY LNA™ miRNA Inhibitor/Power Inhibitorのご注文方法
Step 1
Step 2
www.exiqon.comに
アクセス。メニューバーより、
Product
>microRNA Research
>Functional Analysis
を選択
「miRCURY LNA microRNA
Inhibitors」
をクリック
Step 3
Step 4
Step 5
目的のmiRNAの名称、
miRBase IDもしくは配列を
入力して
「Find Product」
を
クリック
該当する製品の品番、
品名を確認
品番、品名を弊社製品ページの
専用注文用紙にご記入いただ
き、ご利用の販売店にご注文くだ
さい
2 miRCURY LNA™ microRNA Family Inhibitor
(設計済み)
個々のmicroRNA
(miRNA)
に対してではなく、miRNAファミリー全体を阻害するように設計されたLNA microRNAインヒビターです。全 miRNAファミリーメンバーを阻害する最短鎖長で、
ファミリーの同定に充分な長さの配列を決定し、さらにLNA 修飾を行うことで特異性を維持したまま目的 miRNAファミリー全メンバーの阻害を行うことができます。
製 品 名
容 量
修 飾
ready to label
ready to label
miRCURY LNA™ microRNA Family Inhibitor
miRCURY LNA™ microRNA Power Family Inhibitor
各 5 nmol
製品コード
ウェブサイトで
ご確認ください
価格(税別)
¥97,000
¥110,000
3 miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor Library
(設計済み)
miRNA 機能解析スクリーニング用のInhibitorライブラリーで、miRBase ver.20.0に登録されたヒト、マウスのmature miRNAに対応しています
(Human:1,972 種(78%)、Mouse:
1,624 種
(86%)
)
。各インヒビターは鎖長、配列、LNA 修飾位置など各種要因を考慮して設計されており、セルフアニーリングが最小限に抑えられ、インヒビターのTm 値が至適温度付近
に正規化されているため、HTPスクリーニングに最適です。
製 品 名
搭 載 数
miRCURY LNA™ microRNA inhibitor Library, Human
1,972 targets
miRCURY LNA™ microRNA inhibitor Library, Mouse
1,624 targets
容 量
0.125 nmol
0.250 nmol
0.125 nmol
0.250 nmol
製品コード
190103-1
190103-2
190203-1
190203-2
価格(税別)
お問合せ下さい
お問合せ下さい
4 miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor, Antisense Control
(設計済み)
製 品 名
miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor Negative Control A
5
3
miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor Negative Control B
5
3
miRCURY LNA™ Power microRNA Inhibitor Negative Control A
5
3
miRCURY LNA™ Power microRNA Inhibitor Negative Control B
5
3
修 飾
ready to label
-fluorescein labeled
-fluorescein labeled
ready to label
-fluorescein labeled
-fluorescein labeled
ready to label
-fluorescein labeled
-fluorescein labeled
ready to label
-fluorescein labeled
-fluorescein labeled
容量(※1)
各 5 nmol
各 5 nmol
各 5 nmol
各 5 nmol
製品コード
199006-001
199006-011
199006-021
199007-001
199007-011
199007-021
199006-101
199006-111
199006-121
199007-101
199007-111
199007-121
価格(税別)
¥73,000
¥88,000
¥88,000
¥73,000
¥88,000
¥88,000
¥84,000
¥99,000
¥99,000
¥84,000
¥99,000
¥99,000
5 Custom miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor
製 品 名
Custom miRCURY
LNA™
microRNA Inhibitor(PO 骨格タイプ)
Custom miRCURY LNA™ microRNA Power Inhibitor(PS 骨格タイプ)
Custom miRCURY LNA™ microRNA Power Inhibitor(PO / PS 骨格タイプ)
6 Custom miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor,
修 飾
ready-to-label
5 or 3 -fluorescein labeled
ready-to-label
5 or 3 -fluorescein labeled
ready-to-label
5 or 3 -fluorescein labeled
容量(※1)
各 5 nmol
各 5 nmol
各 5 nmol
価格(税別)
¥88,000
¥103,000
¥99,000
¥114,000
¥99,000
¥114,000
用(PS骨格)
用 LNA inhibitorは通常のLNA inhibitorよりさらに短鎖で設計し、生体拒否反応を最小限に抑えたinhibitorを合成します。
実験の予定がある場合は、まず
Ready
の5 nmolまたは15 nmolをご注文いただき、
にてinhibitorの検証実験を行ってください。mgスケールのご注文は、5 nmolまたは15 nmolをお試しいただいてから承っております。
製 品 名
Custom miRCURY LNA™ Power microRNA Inhibitor,
Custom miRCURY
LNA™
骨 格
Ready
PS
Inhibitor probe,
PS
容 量
5 nmol
15 nmol
Custom
価格(税別)
¥99,000
¥196,000
お問合せ下さい
5
6
★ と のCustom
miRCURY LNA™ microRNA Inhibitorはカスタム製品です。詳細は弊社ウェブサイトをご覧ください。
ご注文方法:弊社ウェブサイトからお申込みください
納 期:3∼5 週間
納 品 物:Custom miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor
5 nmol∼、凍結乾燥品
Exiqon社 microRNA研究用試薬
14
miRNA機能解析: miRNAターゲットサイトブロッカー
miRCURY LNA™ microRNA Target Site Blocker
●miRNAのターゲット配列への結合を特異的に阻害するTarget Site Blockerをカスタム設計
●mRNA中のmiRNA結合部位をブロックしてmiRNAの結合を競合的に阻害
●単一のmRNAに対するmiRNAの機能解析が可能
●LNA™の高い結合親和性により、高効率にmiRNAと競合してmiRNA結合配列をブロック
●細胞内での安定性に優れるため、長期間に渡るアンチセンス活性が期待できる
miRCURY LNA™ microRNA Target Site Blocker(TSB)
は、mRNA 中の miRNA 結合部位をブロックすることで、miRNA の結合を競合的に阻害するア
ンチセンスオリゴヌクレオチドです。Exiqon 社独自のアルゴリズムで設計されたTSBは、単一の mRNA におけるmiRNA 結合部位と特異的に結合し、特定の
mRNAに対するmiRNA の機能解析を行うことができます。
RISC
Low
protein levels
AAAA
図 22. Target Site Blocker は miRNA 結合部位
にmiRNA/RISC 複合体と競合的に結合
RISC
Target Site Blocker(TSB)
は、配列中に高い結合親和
性と特異性を持つ LNAを含むため、miRNA / RISC 複合
体と競合してmiRNA 結合部位に効果的に結合することが
できる。また、TSBはLNA / DNA 構造であり、RNase H
依 存 的 m R N A の 分 解を引き起こさない。この 結 果 、
miRNA による翻訳効率の低下が阻害され、標的 mRNA
にコードされたタンパク質の発現が上昇する。
TSB
Competition
LNATM enhanced
target site blocker
AAAA
Target 1
Target N+1
Target 2
miR-X
Target N
Target 4
Target 3
Target 1
Target N+1
Target 2
Target N+1
Phenotype
miR-X + inhibitor
Target N
Target 3
(A)
Target 2
TSB
miR-X
Target N
Target 4
一 般に m i R N A は複 数 の m R N A を標 的とするため、
miRNA inhibitorを用いてあるmiRNAを阻害した場合、こ
れら全てのターゲット遺伝子の発現上昇の結果としての表
現型が表れる
(A)。
一方、単一の mRNA の miRNA 結合部位をブロックできる
TSBを用いると、単一のターゲット遺伝子の発現量のみが
上昇するため、目的の mRNA に対するmiRNA の機能解
析を行うことができる
(B)。
Phenocopy?
Target 3
Target 4
(B)
製品タイプ
Target Site Blocker,
図 23. 単一のmRNAに対するmiRNAの機能解析
が可能
Target 1
Premium
容 量
骨格(※)
HPLC
Na+交換
5 nmol
PO
Yes
No
トランスフェクションが容易な細胞や
神経細胞及び筋細胞
¥55,000
トランスフェクションが困難な細胞や
ターゲットが高発現している細胞
¥65,000
Power Target Site Blocker,
Premium
5 nmol
PS
Yes
No
Power Target Site Blocker,
Ready
5 nmol
PS
Yes
Yes
Large scale
(mg)
Custom
Yes
Yes
Custom Target Site Blocker for
Use
アプリケーション
場合
実験及び高純度が求められる
動物実験への使用
価格(税別)
¥75,000
お問合わせ
ください
★miRCURY LNA™ microRNA Target Site Blockerはカスタム製品です。詳細は弊社ウェブサイトをご覧ください。
ご注文方法:専用フォームをご用意しています。弊社ウェブサイトをご確認ください。
(microRNA のターゲット配列と、前後の各 40 bp の情報が必要です)
納 期:3∼4 週間(mgスケールをご注文の場合は、別途お問合せください)
納 品 物:miRCURY LNA™ microRNA Target Site Blocker 5 nmol またはmgスケール、凍結乾燥品
※PS 骨格 : ホスホロチオエート骨格 PO 骨格 : ホスホジエステル骨格
【ご注意】中枢神経系や筋組織から得られた細胞または細胞株にはPS 骨格の使用は推奨できません。これらの細胞はPS 修飾されたオリゴヌクレオチドの配列依存的な毒性に
対して感受性を示す場合があります。これらの細胞にはPO 骨格タイプの製品を推奨します。
15
Exiqon社 microRNA研究用試薬
miRNA機能解析: miRNA Mimic
miRCURY LNA™ microRNA Mimic
●3本のRNA鎖により構成される独自設計のmicroRNA Mimic
●passenger鎖に2本のLNA™修飾RNAを使用。passenger鎖の分割によりオフターゲット効果を効果的に抑制
●guide鎖は非修飾の成熟microRNA配列のため細胞内で効率よくRISC複合体を形成
LNA™ microRNA Mimic の概要と作用機構
5
4
3
2
1
5 nM
0.5 nM
cel-miR-39-3p
12
10
8
6
4
2
5 nM
hsa-miR-16-3p
0.5 nM
5 nM
0.5 nM
5 nM
0.5 nM
0
p16
【passenger 鎖】
guide 鎖に相補的な配列を2 本に
分割し、LNATM 修飾したRNA 鎖
hsa-miR-16-3p
14
hsa-miR-16-5p
【guide 鎖】非修飾の成熟 microRNA 配列
5 nM
hsa-miR-16-5p
0.5 nM
0
5 nM
Normalized Luminescence
(RLU)
6
pLuc
ます
(下図)。passenger 鎖は分断されているためmicroRNAとして非機能的であ
り、RISC 複合体に取り込まれる成熟 microRNA(guide 鎖)のみが microRNA 活
性を示し、passenger 鎖によるオフターゲット効果が最小限に抑えられています。ま
た、passenger 鎖の LNA™ 修飾パターンは、guide 鎖が効率的に RISC 複合体に
取り込まれるように最適化されています。
7
0.5 nM
miRCURY LNA ™ microRNA Mimic は、3 本の RNA 鎖で構成されます。
miRBase に登録されたmicroRNA 鎖と全く同じ配列で非修飾の guide 鎖と、それ
と相補的な配列を2 つに分割してLNA™修飾したRNA 鎖の passenger 鎖から成り
8
p16
独自の構造を持つ LNA™ microRNA Mimic
9
pLuc
miRCURY LNA™ microRNA Mimic には、miRBase に登録されているヒト、マウ
スおよびラットの microRNA の大部分をカバーする設計済みの miRNA Mimicが
用意されています。製品は脱塩、乾燥状態で供給されるため、溶解後すぐにトランス
フェクションやエレクトロポレーションに使用できます。ネガティブコントロールには
miRCURY LNA™ microRNA Mimic Controlをご利用ください。
10
Normalized Luminescence
(RLU)
miRCURY LNA ™ microRNA Mimicは、天然に存在する成熟 microRNAを模
して設計された合成二本鎖 RNAで、細胞内へ導入されるとRISC 複合体に取り込
まれ、天然の microRNAと同様の機能を示します。RISC 複合体の増加によって
細胞に生じる変化を調べることで、目的 microRNA の機能解析に用いることができ
ます。
cel-miR-39-3p
図 24. miRCURY LNATM microRNA Mimic の配列特異性
ルシフェラーゼ 遺 伝 子 の 3 U T R に h s a - m i R - 1 6 - 3 p( 上 図 )または
hsa-miR-16-5p(下図)のターゲット配列を挿入した microRNAレポー
タープラスミドを用いて HeLa 細胞のトランスフェクションを行った。さらに、
それぞれに対応する miRCURY LNA microRNA Mimic、またはネガ
ティブコントロール(cel-miR-39-3p)
を導入した。ルシフェラーゼアッセイ
の結果、それぞれ microRNAレポータープラスミドに対応するMimicを導
入した細胞においてのみ、特異的に活性抑制が見られた。
製 品 名
容量(※1)
製品コード
価格(税別)
5 nmol
(※2)
¥58,000
5 nmol
479902-001
¥58,000
5 nmol
479903-001
¥58,000
5 nmol
479904-001
¥58,000
ターゲット用 microRNA Mimic
miRCURY LNA™ microRNA Mimic
コントロール用 microRNA Mimic(※3)
miRCURY LNA™ microRNA Mimic Negative Control cel-miR-39-3p
miRCURY LNA™ microRNA Mimic Negative Control 4
miRCURY LNA™ microRNA Mimic Negative Control 5
DNA および siRNA / miRNA 導入試薬
0.3 ml
IT-X2™ Dynamic Delivery System
MIR6003
¥20,000
※1:20 nmol 容量の製品
(¥178,000)
も用意しています。詳細はウェブサイトの製品ページをご確認ください。
※2:設計済みのMimic製品の製品コードは、
ウェブサイトにてご確認ください。
※3:各コントロール用Mimicは配列が異なります。PS骨格タイプのオリゴヌクレオチドは配列依存的にある種の細胞タイプに毒性を示す場合がありますので、
毒性が確認された場合は異なる配列のNegative control製品をご利用ください。
ターゲット用 microRNA Mimicのご注文方法
Step 1
http://www.exiqon.com/mirna-mimics に
アクセス
Step 2
目的のmiRNAの名称、ID、
もしくは配列を入力後、
「Find Product」
をクリックし、
該当する製品の
・Product No. ・Product Name
を確認してください
Step 3
・Product No. ・ Product Name
を専用注文書にご記入いただき、ご利用の販売店に
ご注文ください。
専用注文書は、弊社ウェブサイトをご参照ください
Exiqon社 microRNA研究用試薬
16
mRNA、長鎖非翻訳RNAのノックダウン実験に
LNA™ IongRNA GapmeR
●オフターゲット効果が極めて低い、短鎖一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチド
●LNA™とホスホロチオエート化により高い親和性と安定性を実現
●低い細胞毒性と優れた抑制効果を示し、
、
での使用が可能 ●Exiqon社の最先端のアルゴリズムによるカスタム設計
LNA™ GapmeR の概要と作用機構
LNA™ longRNA GapmeRは、mRNA や長鎖非翻訳 RNA(long non-coding RNA;lncRNA)
の機能解析に使用するための短鎖アンチセンスオリゴヌクレ
オチドです。一本鎖 DNA の両端にLNA 領域を配したgap 構造を持ち、14∼16 塩基からなるLNA™ GapmeR の全塩基がホスホロチオエート化されています。
LNA™部分が非常に高い配列特異性と結合親和性を持つため、14∼16 塩基の短鎖長でターゲットRNA への厳密な結合を可能にし、さらにLNA™の使用と
ホスホロチオエート化によりヌクレアーゼに対する耐性が高められています。LNA™ GapmeRは独自のアルゴリズムによって、鎖長、配列、LNA™塩基数などが
最適な組み合わせで設計されており、ターゲットRNAに対して高い特異性を持ち、強い抑制効果を得ることができます。
LNATM GapmeR の構造と機能
LNATM
DNA
Nuclease
resistance
High affinity
LNATM
A
Nuclease
resistance
High affinity
RNase H
B
C
RNase H
activating
ギャップマーは、DNA領域の両側に
LNA配列を配置した構造である。
LNA領域はターゲット配列との親和性が
高く、
ヌクレアーゼ耐性を持つ。
DNA領域のアンチセンス配列がターゲットRNAと
DNA-RNAハイブリッドを形成し、RNase Hによる
切断を受ける。
LNA™ GapmeR の利点
LNA™ GapmeR によるRNase H の活性化は、遺伝子機能の強力な抑制法であり、アンチセンス治療分野においても普遍的アプローチとして注目されていま
す。RNase Hは核および細胞質に広く分布する酵素で、LNA™ GapmeRが lncRNA(またはmRNA)配列に結合して形成されるDNA-RNA ヘテロ二本鎖の
RNA 鎖を加水分解します。
mRNA の抑制に広く利用されているsiRNAはRISC 複合体に取り込まれて作用しますが、この RISC 複合体は主に細胞質に局在するため、lncRNA のように
主に核に局在するターゲットに対しては十分な効果が得られない場合がありました。一方、核および細胞質に広く分布するRNase H に依存するLNA ™
GapmeRは、lncRNA のような核に局在するターゲットに対しても非常に有効な抑制法です。
また、ガイド鎖とパッセンジャー鎖から構成される二本鎖の siRNAと比べて、一本鎖のみからなるLNA™ GapmeRはオフターゲット効果のリスクが極めて低く
(文
献 1)、さらに通常の遺伝子導入試薬を用いる導入方法の他にも遺伝子導入試薬を用いずにそのまま細胞に取り込ませることができた報告も複数あり
(文献 2,
3)、遺伝子導入試薬でのトランスフェクションが困難な細胞への応用も期待できます。
Transcription
AAAAA messenger RNA
Long non-coding RNA
LNATM longRNA GapmeR
LNATM longRNA
GapmeR
RNase H
RNase H cleavage
RNase H
AAAAA
RNase H cleavage
Disrupted translation
Degraded IncRNA
Degraded mRNA
【文献情報】
1)RNA therapeutics: beyond RNA interference and antisense oligonucleotides.
. 2012 Jan 20; 11(2):125-140 ¦ doi:10.1038/nrd3625
2)A locked nucleic acid antisense oligonucleotide(LNA)silences PCSK9 and enhances LDLR expression
and
.
. 2010 May 17; 5
(5):e10682. doi: 10.1371/journal.pone.0010682.
3)Efficient gene silencing by delivery of locked nucleic acid antisense oligonucleotides, unassisted by transfection reagents.
. 2010 Jan; 38(1):e3. doi: 10.1093/nar/gkp841. Epub 2009 Oct 23.
17
Exiqon社 microRNA研究用試薬
図 25. LNA ™ GapmeRを用
いたlncRNA、mRNA
のノックダウンの概要
LNA GapmeR は核や細胞質に
存在するターゲットRNA に結合す
ることができる。LNA GapmeRが
結 合 するとター ゲット R N A は
RNase H によって分解される。分
解された mRNA からはタンパク質
翻訳が起こらず、タンパク質発現
が低下する。
での LNA™ GapmeR の利用例
GapmeRはLNA™とホスホロチオエート修飾を利用することで優れたヌクレアーゼ耐性を示し、血液中でも高い安定性を示します。
短鎖で特異性の高いアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計可能なため
での毒性が低く、さらに LNA ™によりターゲット配列との結合親和性が高いため
他のアンチセンスオリゴヌクレオチドと比べて低濃度で利用できます。
LNA™ GapmeRは
での導入時に導入試薬との複合体形成が不要であり、手軽に
実験に利用することができます。
%transcript levels compared to control(PBS)
LNA™
100
75
図 26. LNA ™ GapmeRを用いたマウス
での Malat1 のノックダウン
実験例
50
Malat1 に対する LNA GapmeR をマウスに
皮下投与(20 mg/kg)
し、投与 48 時間後に
各 臓 器での M a l a t 1 の発 現レベルを確 認し
た。GapmeR 4, 6, 9 はそれぞれ異なる設計
の GapmeRを用いている。
25
0
Liver
PBS
Aorta
Lung
Muscle
GapmeR 4
GapmeR 6
Heart
GapmeR 9
LNA™ longRNA GapmeR 製品ラインナップ
製品タイプ
LNATM longRNA GapmeR,
Standard
脱塩
LNATM longRNA GapmeR,
Premium
HPLC
LNATM longRNA GapmeR,
Ready
HPLC, Na+
exchange
Custom LNA longRNA GapmeR
for
Use
TM
※ 20 nmol包装も用意しています。
精製方法
修 飾
−
ready to label
5 or 3 fluorescein label
ready to label
5 or 3 fluorescein label
Custom
Custom
容 量
アプリケーション
価格(税別)
5 nmol
標準的な株化細胞を用いた初期スクリーニングに
適している。
¥40,000
5 nmol
純度が保証されたHPLC 精製品。
多くの細胞アッセイに適している。
¥64,000
動物個体で使用可能な高品質グレード製品。
初代細胞、浮遊細胞などトランスフェクションが
難しい細胞にも適している。
¥81,000
5 nmol ※
¥81,000
Large scale
動物実験への使用
(mg)
¥93,000
お問合わせ
ください
★本製品はカスタム製品です。詳細は弊社ウェブサイトをご覧ください。
ご注文方法:専用 Webサイトからご依頼ください。詳細は弊社ウェブサイトをご確認ください。
納 期:3∼4 週間(mgスケールをご注文の場合は、別途お問合せください)
納 品 物:LNATM longRNA GapmeR 5 nmol、20 nmol、またはmgスケール、凍結乾燥品
LNA™ longRNA GapmeRネガティブコントール
製品名(製品タイプ)
Standard
※ 20 nmol包装も用意しています。
精製方法
容 量
製品コード
脱塩
5 nmol
300610
¥40,000
300611-00
¥54,000
Premium, ready to label
LNA™ longRNA GapmeR,
Negative control A,
Premium, 5' fluorescein label
HPLC
5 nmol
300611-08
Premium, 3' fluorescein label
Ready, ready to label
Ready, 5' fluorescein label
Ready, 3' fluorescein label
Standard
300612-00
HPLC, Na+
exchange
5 nmol ※
脱塩
5 nmol
LNA™ longRNA GapmeR,
Negative control B,
HPLC
5 nmol
Ready, 5' fluorescein label
Ready, 3' fluorescein label
HPLC, Na+
exchange
¥68,000
¥80,000
300614
¥40,000
¥54,000
300615-04
300616-00
5 nmol ※
¥68,000
300615-00
300615-08
Premium, 3' fluorescein label
Ready, ready to label
300612-04
300612-08
Premium, ready to label
Premium, 5' fluorescein label
300611-04
価格(税別)
300616-04
300616-08
¥68,000
¥68,000
¥80,000
【ご注意】Negative control A および Bは、
において、ヒト、マウス、ラットの miRNA、lncRNA および mRNA の既知配列に対して相同性が認められない配列を採用して
います。Negative control AとBは配列が異なります。PS 骨格タイプのオリゴヌクレオチドは配列依存的にある種の細胞タイプに毒性を示す場合がありますので、毒性
が確認された場合はもう一方の Negative control 製品をご利用ください。
Exiqon社 microRNA研究用試薬
18
miRCURY LNA™ microRNA
microRNA解析受託サービス
微量RNAからも解析可能
miRCURY LNA™ microRNA
マイクロアレイ解析受託
・バリデーション済みのLNA™-enhancedプローブを使用
・高い再現性(相関係数 0.99)
と広いダイナミックレンジ(∼5桁)
・miRBase ver.19.0に登録されたmicroRNAに対応
・わずか1塩基のミスマッチも識別可能
・1色法または2色法から選択
・成熟型のmicroRNAのみを検出
・ヒト、
マウス、
ラットのプローブが1枚に搭載
・微量RNAからも解析可能
● T/N 1,000 ng vs. T/N
● T/N 1,000 ng vs. T/N
微量RNAからも解析可能
定量PCR解析受託
45
40
・miRCURY LNA™ Universal RT microRNA PCRを使用
・small RNAの濃縮が不要
・わずか1塩基のミスマッチも識別可能
・以下の定量PCRパネルから選択可能
各種パネルを用いた解析
Cycle number
35
プロファイリング用パネル
(ヒト、マウス&ラット)
約750種類
(ヒト)
、約630種類
(マウス)
+約350種類
(ラット)
のmiRNA検出プライマーを搭載
30
25
20
15
10
5
フォーカスパネル
(ヒト:Cancer)
がん遺伝子や腫瘍抑制因子に関連するmiRNA検出プライマーを搭載
0
フォーカスパネル
(ヒト:Serum/Plasma)
血清や血漿中のmicroRNAプロファイリング専用の、市販製品の中でも最も包括的なプラットフォーム
10 pg
100 pg
hsa-miR-145
(C)
hsa-miR-21
(C)
hsa-let-7e
(C)
1 ng
10 ng
100 ng
hsa-miR-145*
(C)
hsa-miR-126
(H)
hsa-miR-499-5p
(H)
納品
数値化・解析
定量 PCR
反応
合成
cDNA
Total RNA
品質検定
抽出
Total RNA
︵ Op.
︶
検体・依頼書送付
血清/血漿由来の
場合、QC PCR
パネル使用
1 pg
Total RNA input in RT reaction
カスタムPick-&-Mixパネル
プレートレイアウトとmicroRNA検出プライマーを選択して、
ご自身の研究に最適なプラットフォームを作成
受託サービス
の流れ
R2 = 0.984
R2 = 0.935
R2 = 0.910
納品
miRCURY LNA™ microRNA
300 ng
100 ng
30 ng
シグナル
数値化・解析
スキャニング
ハイブリ
ダイゼーション
標識化
プローブ作製
Total RNA
品質検定
抽出
Total RNA
︵ Op.
︶
検体・依頼書送付
受託サービス
の流れ
● T/N 1,000 ng vs. T/N
高い再現性
受託サービスの詳細は弊社ウェブカタログでご確認ください。
・本パンフレットで紹介した製品はすべて研究用として販売しております。
ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。
また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。 ・タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。 ・本パンフレットに記載された会社名および製品名などは、各社の商号、
または登録済みもしくは未登録の商標であり、
これらは各所有者に帰属します。 ・本パンフレット記載の価格は2015年3月1日現在の希望小売価格です。価格に消費税は含まれておりません。 取扱店
東京支店
関西支店
TEL 03-3271-8553
TEL 077-565-6969
FAX 03-3271-7282
FAX 077-565-6995
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