microRNA研究用試薬 (2015年3月改訂版) microRNA解析に最適なLNA™技術 microRNAは、鎖長が 19∼25 塩基と短鎖であること、GC 含有量にばらつき (5∼95%) があること、さらにファミリー間の配列保存性が高 いことから、従来の DNAプローブでは信頼性の高い検出を行うことが困難でした。特に DNAプローブを用いたマイクロアレイ解析では、GC 含有量が低い多くの microRNAを検出することができませんでした。 Exiqon 社の LNA™(Locked Nucleic Acid)技術はこれらの問題に革新的なソリューションを提供します。RNA 誘導体であるLNA ™は、 非常に高い配列特異性と結合親和性を示し、LNA ™を含むオリゴヌクレオチドを用いることで1 塩基レベルのミスマッチも検出が可能になり ます。また、プローブ中に LNA ™を1 塩基用いるごとに Tm 値が 2∼8℃上昇するため、LNA ™を利用した最適化により、microRNA のような 短鎖のターゲットに対しても均一なTm 値を持つマイクロアレイプローブや PCRプライマーセットを作製することができます。 Exiqon 社はこの LNA™技術を用いて、microRNA 解析のためのマイクロアレイ、定量 PCR パネル、 ハイブリダイゼーションプローブ、 インヒビター、Mimicなどの製品を提供しています。 98%のmiRNAが GC率50%以下 66%のmiRNAが GC率50%以下 30%のmiRNAが GC率50%以下 98%のmiRNAが GC率50%以下 66%のmiRNAが GC率50%以下 30%のmiRNAが GC率50%以下 LNA TM修飾プローブとDNAプローブの比較 Exiqon社miRCURY LNA microRNA ArrayおよびA社のDNAベースアレイに、同じ660種類の合成miRNAをハイブリダイゼーションした際のシグナル強度(log2 signal/100 amol target) を示した。4 log2以下のシグナルは検出限界以下であり、8 log2以上のシグナルは良好に検出ができる。 は約半数のプローブがmiRNAに対するプローブとしての信頼性が低いが、LNA修飾プローブ (左図■) は信頼性の高いmicroRNA検出が可能であ DNAプローブ (右図■) る。なお、miRNAのGC含有量とDNAプローブによるばらつきには相関性が見られた。 LNA™ とは? Locked Nucleic Acid (LNA™) とは、 リボース 環の2 位の酸素原子と4 位の炭素原子が メチレンを介して架橋(オレンジ色) された RNAアナログの一種です。LNA™を含むオリゴ ヌクレオチドは、相補的なDNAやRNAに 対する熱安定性が上昇し、極めて高い結合 親和性と配列特異性を示します。 また、 プローブ中にLNA™を用いると、1塩基 につき2∼8℃ Tm値が上昇するため、 LNA™ を用いた最適化により、microRNAのような 短鎖ターゲットに対して、均一なTm値の プローブを作製することができます。 DNAオリゴヌクレオチドの一部をLNA™に置換し、 LNA™含有量 を調節することで、高いTm値を保ったままプローブ鎖長を短く することが可能です。 LNA™の利点 優れた配列特異性 Tm値のノーマライズが可能 非常に高感度 1 Exiqon社 microRNA研究用試薬 ・1塩基レベルのミスマッチを検出可能 ・microRNAに存在するファミリー間の識別が可能 ・GC含有率にかかわらず再現性の高いmircoRNA検出が可能 ・体液やFFPEサンプルなどからのmicroRNA解析が可能 ・微量RNAサンプルからの解析が可能 製品紹介 エキソソーム単離キット サンプル調製 miRCURY™ Exosome Isolation Kit . . . . . . . . . . . . . . . . 3ページ RNA抽出キット miRCURY™ RNA Isolation Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4ページ マイクロアレイ解析 発現解析 miRCURY LNA™ microRNA Array . . . . . . . . . . . . . . . . . Hi-Power Labeling Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5ページ 6ページ 定量PCR解析 miRCURY LNA™ Universal RT microRNA PCR System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7ページ ノザンブロッティング/ ハイブリダイゼーション miRCURY LNA™ microRNA Detection Probe 局在解析 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11ページ miRCURY LNA™ microRNA ISH Optimization Kit (FFPE) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12ページ インヒビター 機能解析 miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor . . . . . . . . . . . . miRCURY LNA™ microRNA Target Site Blocker 13ページ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15ページ Mimic miRCURY LNA™ microRNA Mimic LNATM技術 関連製品 解析受託 サービス . . . . . . . . . . . . . . . 16ページ mRNAや長鎖非翻訳RNAの機能解析に LNA™ longRNA GapmeR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17ページ マイクロアレイ解析受託 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 定量PCR解析受託 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 裏表紙 裏表紙 Exiqon社が提供するマイクロアレイ、定量PCRパネルには、LNA™技術が用いられたLNA™-enhanced Probe/Primerが 搭載されており、極めて高い特異性、検出感度、再現性を実現しています。 www.exiqon.com LNAはExiqon社のトレードマークです。 タカラバイオは国内唯一のExiqon社認定サービスプロバイダーです。 Exiqon社 microRNA研究用試薬 2 エキソソーム単離キット miRCURY™ Exosome Isolation Kit ●面倒な超遠心分離が不要 サンプルを遠心し、死細胞や沈殿物を除去 ●サンプルと混合して遠心するだけの簡便操作(約2時間) ●サンプル別に2種類のキットをご用意 約 回収した上清に沈殿バッファーを混合 ●エキソソーム単離後にRNAを抽出し、miRNA発現解析などに利用可能 時間 2 4℃で 60 分間インキュベーション エキソソームは、細胞から分泌される直径 20∼120 nm の膜状粒子です。血液や唾液、尿、 脳脊髄液など広範な生体液中に存在し、タンパク質や mRNA、microRNAなどが含まれてい ます。本製品は、様々な生体液サンプルから効率良くエキソソームを単離するためのキットで、 簡単な操作により約 2 時間でエキソソームを調製できます。 A)血清からの回収 20 Pellet Supernatant 15 10 5 1 ml当たりの粒子数 (×1010) 1 ml当たりの粒子数 (×108) 図1. 操作フロー B)細胞培養上清からの回収 20 サンプルを遠心し、上清を除いたペレットを RNA 抽出やエキソソーム解析に利用 0 Pellet Supernatant 15 10 5 0 0 200 400 600 800 0 200 粒子サイズ (nm) 400 600 800 図 2. エキソソームの回収例 A)miRCURY Exosome Isolation Kit - Serum and Plasmaを使用 B)miRCURY Exosome Isolation Kit - Cells, Urine and CSFを使用 回収したエキソソームの沈殿と遠心時に除去した上清を ナノ粒子解析装置 NanoSightで測定した結果、A、B どちらも非常に高い回収率が示された。 粒子サイズ (nm) 180 検出されたmicroRNAの種類の数 160 140 120 100 図 3. 尿サンプルから調製したエキソソームのmicroRNA 検出例 80 60 40 20 0 尿検体200 µl 尿検体200 µl 直接RNAを抽出 尿検体1.5 ml 尿検体10 ml エキソソーム単離後にRNAを抽出 miRCURY Exosome Isolation Kit - Cells, Urine and CSFを用いて健常人の尿 200 µl、 1.5 ml、10 mlからそれぞれエキソソームを調製し、miRCURY RNA Isolation Kit - Cell & Plantを用いてRNA 抽出を行った。対照として、健常人の尿 200 µlからmiRCURY RNA Isolation Kitを用いて直接 RNA 抽出を行った。 それぞれ抽出したRNAをサンプルとして、Exiqon 社の Human miRNome PCR パネルを用い てmicroRNA qPCR 解析を行った。 健常人の尿中 microRNAの存在量は限られているが、miRCURY Exosome Isolation Kitを 用いることで、多量の尿サンプルを濃縮してRNA 抽出に用いることができ、より高度な解析 結果を得ることができた。 サンプルの種類と推奨キット 対象サンプル エキソソーム単離キット 血清、血漿 miRCURY™ Exosome Isolation Kit - Serum and Plasma (製品コード 300101) miRCURY™ RNA Isolation Kit - Biofluids (製品コード 300112) 細胞培養液、尿、CSF(脳髄液)、 その他体液サンプル miRCURY™ Exosome Isolation Kit - Cells, Urine and CSF (製品コード 300102) miRCURY™ RNA Isolation Kit - Cell and Plant (製品コード 300110) 製 品 名 miRCURY™ Exosome Isolation Kit - Serum and Plasma 製品内容:Precipitation Buffer A (10 ml) 、Resuspension Buffer (10 ml) 、 Thrombin(200 U)、Thrombin Buffer (500 µl) miRCURY™ Exosome Isolation Kit - Cells, Urine and CSF 製品内容:Precipitation Buffer B (25 ml×2) 、Resuspension Buffer (10 ml) 3 RNA 抽出キット Exiqon社 microRNA研究用試薬 容 量 製品コード 価格(税別) 10 ml (サンプルが500 µlの場合、約50回) 300101 ¥46,000 50 ml (サンプルが1 mlの場合、約120回) 300102 ¥46,000 RNA抽出キット miRCURY™ RNA Isolation Kit ●高純度、高収量のtotal RNA抽出キット ●miRCURY™シリーズによるmicroRNA解析のためのRNA抽出に最適 ●有機溶剤を用いないスピンカラムタイプのRNA抽出キット ●血清、血漿サンプル用の抽出キット (- Biofluids) もラインナップ miRCURY™ RNA Isolation Kit - Cell & Plant 動物培養細胞、小さい組織、血液、細菌、酵母、カビ類、植物からtotal RNAを精製する キットです。また、Lysis Additive(製品コード 300121) との組み合わせにより、脳、脂肪組 織など脂質の多いサンプルからの total RNA 精製も可能です。 図 4. さまざまな組織サンプルからtotal RNA 抽出が 可能 miRCURY™ RNA Isolation Kit - Tissue 5 種類のマウス組織から本キットを用いて total RNAを抽 出した。繊維質の多い筋組織など一般的に抽出が難しい とされるサンプルからも高純度な total RNAを抽出可能 である。 動物組織からtotal RNAを精製するキットです。筋肉のような繊維質の多い組織から効率的 にタンパク質を除くために、Proteinase Kを添付しています。 (図 4) miRCURY™ RNA Isolation Kit - Biofluids 使用キット: miRCURY RNA Isolation Kit - Tissue 血清、血漿や他の生体液からsmall RNAを精製するために最適化されたキットです。特殊な レジンを使用したスピンカラムタイプのキットであり、フェノールやクロロホルムを使用しません。 本製品は、1,000 塩基以下の mRNA、tRNA、microRNA、small interfering RNA (siRNA)全てを精製することができます。 (図 6) miRCURY™ RNA Isolation Kit - FFPE 90 38 80 36 70 Exiqon 60 Competitor A 50 Competitor B 40 Competitor C 30 Average Cq Number of microRNAs detected ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE) サンプルからtotal RNAを精製するためのキットです。 スピンカラムを利用した簡便で迅速な方法により、1 時間以内に効率よくtotal RNAを精製 できます。 (図 5) 34 Breast Colon 28 Lung 図 5.他社キットとの比較 No carrier 30 26 20 Carrier 32 hsa-miR-451 hsa-miR-191 hsa-miR-423-5p hsa-miR-103 図 6. キャリアーRNA の添加による再現性の向上 本キットと他社製の 3 キットを使用して、胸部、大腸、肺の FFPE 切片(1 cm 2 、 10 µm 厚、3 枚) からtotal RNAを精製し、total RNA 中の microRNA 数を (Exiqon 社比較データ) 検出、比較した。 同じ血漿サンプルからMS2 carrier RNA の有(青色)/無(灰色) で 4 回 の R N A 精 製 操 作を 行 った 。得られた R N A を 用 い 、 miRCURY LNA Universal RT microRNA PCR Systemを使 用してリアルタイム PCRを行った。エラーバーは 4 回の qPCR 解析 の標準偏差を示す。 使用キット: miRCURY RNA Isolation Kit - FFPE 使用キット: miRCURY RNA Isolation Kit - Biofluids サンプルの種類と推奨キット 推奨キット RNA fraction 容 量 製品コード 価格(税別) 動物培養細胞、全血、植物、真菌類、 細菌類 サンプルの種類 miRCURY™ RNA Isolation Kit - Cell and Plant total RNA 50回 300110 ¥55,000 動物組織 miRCURY™ RNA Isolation Kit - Tissue total RNA 50回 300111 ¥62,000 血清、血漿、尿、脳脊髄液、 その他の体液 (※) miRCURY™ RNA Isolation Kit - Biofluids small RNA 10回 300113 ¥16,000 50回 300112 ¥65,000 FFPEサンプル miRCURY™ RNA Isolation Kit - FFPE total RNA 50回 300115 ¥64,000 脂肪組織からのtotal RNA抽出時に 使用する添加物 Lysis Additive − 5 ml 300121 ¥14,000 ※体液サンプルからのsmall RNA抽出の際には、MS2キャリアーなどの併用を推奨します。 Exiqon社 microRNA研究用試薬 4 マイクロアレイ解析 miRCURY LNA™ microRNA Array ●バリデーション済みのLNA™-enhancedプローブを使用 ●高い再現性(相関係数0.99) と広いダイナミックレンジ (∼5桁) ●miRBase ver.19.0に登録されたmicroRNAに対応 ●わずか1塩基のミスマッチを識別可能 表1. miRBase 19.0 登録のmicroRNAカバー率 ●1色法または2色法から選択 Exiqon 社のマイクロアレイには、LNA™によりTm 値が均一化され、かつバリデーション済みの プローブが搭載されており、高感度で非常に再現性の高い網羅的な発現解析が可能です。 第 7 世代のアレイには、約 3,100 種類のプローブが搭載されており、ヒト、マウス、ラットに対 するmiRNA およびこれらの生物種に関連するウイルスの miRNAがカバーされています。 生物種 miRBase v.19.0 登録数 Exiqon社の アレイカバー率 Human 2,042 94% Mouse 1,281 90% 723 95% Rat LNA™によりTm値が正規化されているためターゲットの捕捉率が飛躍的に向上 98%のmiRNAが GC率50%以下 66%のmiRNAが GC率50%以下 30%のmiRNAが GC率50%以下 98%のmiRNAが GC率50%以下 66%のmiRNAが GC率50%以下 30%のmiRNAが GC率50%以下 図 7. LNA™修飾プローブまたはDNAプローブを用いたマイクロアレイのシグナル強度の比較 Exiqon 社 miRCURY LNA microRNA Array および A 社 DNA ベースアレイに、同じ660 種類の合成 miRNAをハイブリダイズした際のシグナル強度(log2 signal/100 amol target) を示した。4 log2 以下のシグナルは検出限界以下であり、8 log2 以上のシグナルは良好に検出ができる。 は約半数のプローブが miRNA に対するプローブとしての信頼性が低いが、LNA 修飾プローブ(左図■) は信頼性の高い microRNA 検出が可能である。 DNAプローブ(右図■) (Exiqon 社比較データ) また、miRNA の GC 含有量とDNAプローブによるばらつきには相関性が見られた。 Tm値が正規化されたLNATMプローブ 微量RNAからも解析が可能 DNA:Tm値幅=30 350 LNA:Tm値幅=10 60 300 50 250 40 200 30 150 20 100 10 50 0 50 55 60 65 (Tm) 70 75 80 Number of LNA Capture Probes Number of DNA capture probes 70 図 8. DNAプローブとLNA™プローブの比較 miRCURY LNA™ microRNA Array, 7th gen - hsa, mmu & rno miRCURY LNA™ Array, Washing Buffer Kit miRCURY LNA™ Array, 2X Hybridisation Buffer miRCURY LNA™ Array, 20X Salt Buffer miRCURY LNA™ Array, 10% Detergent Solution T/N 1,000 ng vs. T/N 100 ng R2 = 0.935 T/N 1,000 ng vs. T/N 30 ng R2 = 0.910 0 ヒトmicroRNAに対する一般的なDNAプローブ (灰色) は、Tm 値に30℃以上の幅が あり平均 Tm 値は64℃ (SD 値 :5℃) であった。一方、LNAプローブ (赤色) はTm 値の 幅がわずか10℃であり、Tm 値の平均は71.5℃である (SD 値 :1.62℃) 。 製 品 名 T/N 1,000 ng vs. T/N 300 ng R2 = 0.984 図 9. total RNAの使用量による比較 食道がん組織 (T) およびその近隣の正常組織 (N) からtotal RNAを調製し、さまざまな 量のtotal RNAを用いてマイクロアレイ解析を行った。1,000 ngのtotal RNAを使用 した結果をそれぞれ300 ng、100 ng、30 ng の total RNAを使用した場合と比較し たところ、いずれも高い相関性を示した。 容 量 製品コード 価格(税別) 3 slides 208500 ¥176,000 6 slides 208501 ¥352,000 24 slides 208502 ¥1,380,000 1 Kit 208021 ¥40,000 5 ml 208022 ¥55,000 125 ml 208023 ¥32,000 15 ml 208024 ¥32,000 概 要 3/6/24 microRNA microarray slides, hyb & wash buffers and spike-in miRNA Salt buffer 125 ml, Detergent solution 15 ml ▶Exiqon社マイクロアレイを用いた解析受託サービスを承ります。詳細は弊社ウェブカタログをご確認ください。 5 Exiqon社 microRNA研究用試薬 マイクロアレイ解析 Hi-Power Labeling Kit ●2ステップで簡単にRNAラベリング − small RNAの濃縮不要 ●シグナル強度が高く、少量のサンプルからラベリングが可能 ●偏りの少ない均一なラベリング処理で高い再現性と信頼性を実現 ●各種マイクロアレイスキャナーに対応 miRCURY LNA ™ microRNA Hi-Power Labeling Kit は、動物、植物、ウイルスなど様々な サンプルから得られた total RNAを用いて、microRNA 解析のために簡便かつ迅速にラベリング を行うキットです。total RNA に含まれるmicroRNAを均一にラベリングすることができます。 本キットは高い感度と特異性を持つ miRCURY LNA ™ microRNA Array での解析のために 最適化されており、ラベリング RNA は microRNA の濃縮やその他の操作を加えることなく、直接 ハイブリダイゼーションに使用することができます。 図 10. 均一なラべリング miRCURY LNA microRNAラベリングキットを用い れば、さまざまな配列を持つ microRNA に対して 均一なラベリングが可能である。 製 品 名 容 量 製品コード microRNA Hi-Power Labeling Kit, Hy5 24回 208033 miRCURY LNA™ microRNA Hi-Power Labeling Kit, Hy3 24回 208034 24回 208035 miRCURY miRCURY LNA™ LNA™ microRNA Hi-Power Labeling Kit, Hy3/Hy5 miRSearch のご案内 価格(税別) ¥308,000 www.exiqon.com/mirsearch Exiqon 社ではmiRNA に関する独自のデータベースを公開しています。miRBase や各論文報告を元に構築されたデータベースで、miRNA の名称 や Accession ID、キーワードなどから以下のような情報を確認することができます。 ・miRNA の、miRBase バージョンごとの名称の変更の履歴 ・miRNA の、Targetと考えられるgene 情報(プログラムによる予測や Reference による) ・miRNA の、関連疾患とReference へのリンク ・miRNA の、検出報告のあるsample 名とその Reference へのリンク ・関連するExiqon 製品へのリンク (miRSearchはHuman、Mouse、Rat に対応しています。) 使用例 ⑤ ②ではHuman、Mouse、Ratを選択する ことができます。 ④でログイン状態にすると、検索結果をレ ポートにまとめることができます。 ログインにはアカウントの作成が必要で す。新規で作成する場合には⑤の Sign In ページ中の Registerをクリックし登録を 行ってください。 ④ ① ② 検索結果画面 ① ④ ⑤ 検索を行う場合は、 ①の検索ボックスにmiRNA 名称などを入力 ②で生物種を選択 ③の検索ボタンをクリックしてください。 ② ③ ③ 検索対象の miRNA について、①LNA primer set、②Detection probe、③ Inhibitor 製品を確認することができます。 ④ m i R B a s e h i s t o r y では 、過 去 の miRBaseにおける検索対象 miRNAの名称 変更の履歴などを確認することができます。 ⑤Target genesでは、標的遺伝子と考 えられている遺伝子を確認することができ ます。タブを展開するとReference へのリ ンクが設けられています。 その他については実際に miRSearch ページをご確認ください。 ※miRSearchのデータベース内容は正確性を期するように努めておりますが、検索結果の情報についてはご自身でReference 等をご確認ください。 Exiqon社 microRNA研究用試薬 6 miRNA定量PCR解析 miRCURY LNA™ Universal RT microRNA PCR System ●高感度 ➡ わずか 40 ng の total RNAからプロファイリング解析が可能 Step1: polyA tailの付加と1st-strand cDNA 合成 ●極めて高い特異性 ➡ Forward、ReverseともLNA ™ 最適化済みの特異的プライマー を採用。1 塩基レベルのミスマッチを識別可能 ●簡便な操作性 ➡ 1 回の cDNA 合成で作製したテンプレートから複数ターゲッ トの miRNA 定量 PCRが可能 ●SYBR® Green 法を採用 ●柔軟なプラットフォーム ➡ ➡ Step2: miRNA 特異的 LNAプライマーを用いるqPCR 融解曲線分析による検証が可能 カスタム PCR パネルの作製が可能 極めて高い感度と特異性 PCR にはmiRNA 特異的なForward および Reverseプライマーを使用しています。 いずれもLNA ™により最適化されているため1 塩基レベルのミスマッチも識別でき、単一の miRNAであれば 1 pg の total RNAから定量解析が可能です。 また、極めて高感度であるため、血清/血漿サンプルからcDNA 合成反応を行う際にもcDNA の増幅反応は不要です。 表 2. let-7 miRNA Familyの識別が可能 45 40 hsa-miR-145 (C) hsa-miR-21 (C) hsa-let-7e (C) Cycle number 35 Let-7 Familyに含まれる8 つの miRNAを合成し、それぞれを 特異的なLNA miRNA PCR primer setを用いて検出した。 全ての反応において、極めて高い特異性を持つことがわかる。 hsa-miR-145* (C) hsa-miR-126 (H) hsa-miR-499-5p (H) 30 let-7a let-7b let-7c let-7d let-7e let-7f let-7g let-7i 25 let-7a 100% 0.0% 5.2% 0.0% 0.0% 0.1% 5.1% 0.0% 図 11. 1 pg の total RNAを用いた定量 解析 20 15 Human colon (C) またはhuman heart (H) 由来 の total RNAをそれぞれ段階希釈し、100 ng、 10 ng、1 ng、100 pg、10 pg、1 pg の total RNAから6 種類の miRNAについて定量解析を 行った。 いずれの場合も相関係数は0.99 以上であった。 10 5 0 1 pg 10 pg 100 pg 1 ng 10 ng 100 ng Total RNA input in RT reaction let-7b 0.0% 100% 0.5% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% let-7c 1.2% 0.0% 100% 0.0% 0.0% 0.0% 0.1% 0.0% let-7d 0.0% 0.0% 0.0% 100% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% let-7e 0.4% 0.0% 0.1% 0.3% 100% 0.0% 0.0% 0.0% let-7f 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 100% 0.0% 0.0% let-7g 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 100% 0.0% let-7i 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 100% 優れた操作性、高い再現性 1 回の cDNA 合成反応で作製したテンプレートを複数の miRNA 定量 PCR に用いることができるため、操作が簡便で手技による実験のバラつきを最小限に 抑えることができます。 B) 40 Raw Cq values from Lab B Raw Cq values RT2 A) 35 30 R2= 0.99 25 20 15 15 20 25 30 35 Raw Cq values RT1 40 40 図 12. 再現性の検討 35 30 R2= 0.97 A)異なる測定日間の再現性 25 Cq 値 35 以下の全てのmicroRNAのCq 値は、測定日が異なって も高い相関性を示した (全 297データポイント) 。 20 15 15 サンプル:ヒト心臓、ヒト肝臓由来 total RNA (同一サンプルを使用して比較) 測定: microRNA Ready-to-Use PCR, Human panelでの miRNA 発現プロファイリングを実施 B)2カ所の異なるラボ、異なるオペレーターでの再現性 20 25 30 35 Raw Cq values from Lab A 40 Cq 値 35 以下の全ての microRNA の平均 Cq 値(逆転写反応 3 回分の平均) は、異なるラボ間でも高い相関性を示した (全 297 データポイント) 。 4タイプの定量PCR製品から選択可能(製品リストは10ページをご確認ください) Ⅰ miRNome panel プロファイリング解析に (P8) Human panel: 約750種類のバリデーション済みヒトmiRNA検出プライマーを搭載 Mouse & Rat panel: 約750種類のバリデーション済みマウス&ラットmiRNA検出プライマーを搭載 Cancer Focus microRNA PCR Panel(Human) : がん遺伝子や腫瘍抑制因子に関連する84種類のmiRNAのバリデーション済み検出プライマーを搭載 Ⅱ Focus panel 特定のサンプルの プロファイリング解析に (P8) Serum / Plasma Focus microRNA PCR Panel(Human) : 血清や血漿に存在する179種類のmiRNAのバリデーション済み検出プライマーを搭載 Toxicology Focus microRNA PCR Panel(Human, Rat, Monkey, Dog) : 毒性学に関連する87種類のmiRNAのバリデーション済み検出プライマーを搭載 (Exosome Focus panelおよびStem Cell Focus panelは、Pick-&-Mix カスタムPCR panelから選択できます) Ⅲ Ⅳ Pick-&-Mix panel カスタム設計パネル (P9) Individual assay 単一miRNAの解析に 搭載するmicroRNA検出プライマーの種類とプレートレイアウトをカスタマイズして、研究目的に最適なプラットフォームを作成 することができます。96 wellまたは384 wellを選択、8プレートからご注文いただけます。 Individual microRNA LNA PCR primer set: 目的のmiRNAプライマーセットを単品で注文可能。約20,000種類の設 計済みプライマーセットから選択できます。 (約1,400種類についてはバリデーション済み) ⇒ タカラバイオウェブサイトのLNA PCR Primer Set検索サイトが便利です。 Custom microRNA LNA PCR primer set: miRBase未登録のmiRNAなどに対するプライマーをカスタム合成 7 Exiqon社 microRNA研究用試薬 Ⅰ miRNome panel:ヒトまたはマウス& ラット(網羅的プロファイリング用) Exiqon 社の設計済み、反応性確認済みの各 microRNA LNA ™ PCR Primer Setを、384 well plate の各ウェルに 1 反応分ずつ分注して凍結乾燥したReady-to-Use の定量 PCR 用パネル製品で す。各プライマーは最 適な位 置に L N A ™ が 含まれ、特 異 性が 極めて高いため、配 列が 類 似した microRNAや前駆体 microRNAと区別して目的 microRNAだけを検出、定量できます。 LNA™の利用により非常に高い検出感度が得られ、わずか40 ng の total RNAから、ヒト、あるいはマウ ス&ラットの網羅的なmicroRNAプロファイリングが可能です。RNA や cDNAは増幅を行う必要がなく、 Universal cDNA Synthesis Kit IIで逆転写したcDNAとExiLENT SYBR ® Green master mixを混 合するだけで定量 PCRを開始でき、逆転写反応開始から約 3 時間で結果を得ることができます (右図)。 Panel I のみ、またはPanel I とII がセットになった製品が用意されています。Panel I には発現量が多 い、疾 患で特 異 的に発 現する、論 文に引用されることが多いなど、優 先 順 位が高いと考えらえる microRNA の検出プライマーセットが搭載されており、Panel II には、Panel I に入っていないが重要度 が高いと考えられるプライマーセットが搭載されています。 microRNA Ready-toUse PCR Human panel Mouse&Rat panel panel no. 1検体あたりの 標的miRNA数 I and II 752 I のみ 372 I and II 752 I のみ 372 Plate 枚数 Plate type 容 量 各4枚 384 4枚 各4枚 384 図13. Universal RT microRNA PCR System の解析フロー 4検体分 4検体分 4枚 各パネルにはコントロールとして、プレート間の補正用キャリブレーター (3ウェル) とRNA Spike-in( Universal cDNA Synthesis Kitに含まれている)検出用プライマーも含まれています。各パネルに搭載されているプライマーセットのリストは Exiqon 社 Webサイトからダウンロードすることができます。 1回のcDNA合成で作製したテンプレートを複数の miRNA定量PCR反応に用いることができる。定量 PCRはSYBR Green法により行う。Exiqon社のqPCR 解析ソフトウェアGenEx softwareを用いれば、統計解 析や論文に使用可能なプロットや図表作成を簡単に行 うことができる。 Ⅱ Focus panel(特定サンプルのプロファイリグ用) Serum / Plasma Focus microRNA PCR Panel : Exiqon 社が持つ多くの情報と文献 データをもとに選択された血清、血漿中の microRNA179 種類を検出するプライマーを搭載しています。 Cancer Focus microRNA PCR Panel : 腫瘍形成やがん診断に重要と考えられている84 種類の microRNA の検出用プライマーを搭載しています。これらの microRNAは、文献データや数千の FFPE サンプルを保有するバイオバンクの情報をもとに選択されており、27 種類のがんのマーカーとして 利用できると考えられます。 Toxicology Focus microRNA PCR Panel :ヒト、ラット、イヌ、サルの血漿、血清、尿、 脳脊髄液などの生体液サンプル中で、器官損傷に関連して変動するmicroRNAを対象とした定量 PCR パネルです。毒性学関連の研究に用いることができます。 Focus microRNA PCR Panel Serum / Plasma Focus panel Cancer Focus panel 1検体あたりの 標的miRNA数 生物種 179 Human 84 Toxicology Focus panel 87 Stem Cell Focus panel ※ Urine Exosome Focus panel ※ CSF Exosome Focus panel ※ 85 87 Human, Rat, Monkey, Dog Plate type Plate 枚数 96 8枚 384 2枚 Human 血清・血漿などの体液中のmicroRNA プロファイリングガイド 生体液サンプルからのmicroRNA定量PCR発現解析 に関する日本語ガイドラインを公開しています。詳しくは 弊社ウェブサイトをご覧ください。 4検体分 96 4枚 4検体分 384 2枚 8検体分 96 4枚 4検体分 384 2枚 8検体分 8枚∼ 8検体分∼ or 32検体分∼ 96 or 384 87 容量または 発注単位 各 Focus panelに搭載されたプライマーセット情報はExiqon 社 Webサイトからダウンロードすることができます。 網羅性を重視する場合には、miRNomeパネルの使用を推奨します。 ※ Pick-&-Mix panelとしてのみ注文可能。詳細はウェブページをご確認ください。 関連製品 microRNA QC PCR パネル 本製品は、定量 PCRに使用するRNAサンプルの品質 を検定するためのQCパネルです。実際の解析に使用す る前にRNA の品質を確認することで、サンプル中のヌク レアーゼ、PCR 阻害物質の存在や血液由来サンプル の溶血の有無などをチェックすることができ、定量 PCR に適したサンプルのみを解析に使用することができます。 96 well、384 well の異なるプレートフォーマットを用い た複数の製品が用意されており、リアルタイム PCR 装 置の機種に応じた製品を選択することができます。 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 A B 96 well plateの場合は、1 枚当たりに 8サンプル分搭載されています。 (384 well pateは32 検体 / 枚あたり) C 腎臓で見られる バイオマーカー D E F G miR-103 脳脊髄液で見られる バイオマーカー RNA 抽出のコントロール H miR-191 miR-451 miR-23a UniSp6 UniSp2 血清/血漿での溶血マーカー ほとんどの組織で見られるバイオマーカー UniSp4 UniSp5 cel-miR -39-3p miR-30c miR-124 UniSp3 cDNA 合成のモニター PCR 効率コントロール Exiqon社 microRNA研究用試薬 8 Ⅲ カスタムmiRNA定量PCRパネル(Pick-&-Mix panel) 高感度、高特異性の miRCURY LNA ™ PCR Primer Setを利用したカスタム設計の miRNA 定量 PCR パネルです。96ウェル、384ウェルプレートフォー マットを選択でき (各社リアルタイムPCR 装置に適合するプレートタイプを選択可能)、搭載プライマーの選択も自由です。研究対象の microRNA のみに絞っ た検出プライマーセットを搭載できるため、マイクロアレイや miRNome PCR パネルスクリーニングなどの結果の検証実験に最適です。 パネルのデザインは、Exiqon 社 Webサイトの Pick-&-Mix Configuratorを用いて簡単に行うことができます。用意された数種類のプレデザインレイアウトが利 用でき、これらのプレデザインをもとにしてプライマー配置を自由に変更することも可能です。 同一レイアウトのパネルを8プレートから注文でき、8プレート以上をご希望の場合は4プレートずつ追加注文が可能です。 パネルの各ウェルには10 µl反応系 1回分のプライマーセットが乾燥状態 で含まれており、cDNAとExiLENT SYBR Green master mixを加える だけで反応を開始できます。 図 14. Pick-&-Mix panel レイアウト例(左:384 well plate、右:96 well plate) CPウェル (●) :RNA Spike-inを検出するための LNA Control Primer Setを分注。デフォルトではUniSp6 LNA Control Primer Setが配置されており、cDNA 合成 反応のモニタリングに使用する。 IPC(Inter Plate Calibrator) ウェル (●) :cDNAと検出用 primer setが分注されており、qPCR 反応のモニタリングやプレート間補正に使用する。 Pick-&-Mix panelのご注文方法 (詳細はタカラバイオウェブサイトの日本語ガイドをご参照ください) Step 1 www.exiqon.com/ pick-and-mixにアクセスし、 「Configure your plates」 を クリック Step 2 Step 3 Exiqon 社のWebサイトで プレートのデザインを行い ます。 ・well 数を選択 ・qPCR 装置を選択 ・生物種とプレートレイ アウトを選択 プレートに任意の名称を 付けて、プレートデザイン を設定します。 Step 4 Finalize plate Get Quote をクリック。 Exiqon 社よりお見積りに関す る確認メールが届きますのでご 確認ください(この時点でまだ 注文は確定していません)。 Step 5 弊社よりお見積りに関するご連 絡を差し上げます。 製品番号、製品名、Reference #と数量の情報を合わせてご利 用の販売店へご注文ください。 関連製品: 初めてmicroRNA PCRを行う方にお勧めです! LNATM microRNA PCR Starter Kit 本製品は、Exiqon 社のcDNA 合成試薬(Universal cDNA Synthesis Kit II)、定量 PCR master mix(ExiLENT SYBR® Green master mix) およ び Spike-in RNAとコントロールプライマーセット、さらに標的 miRNA 検出用プライマーセット2 点がセットになったmiRNA qPCRスターターキットです。 cDNA 合成、qPCRを行うための試薬が添付されており、設計済みの LNA ™プライマーセットリスト (約 180 種類) から2 点の miRNA 検出用プライマー セットを選択することができます。 本製品はトライアル用製品のため、ご注文は1 研究グループ 1 回限りとさせていただきます。ご了承ください。 構 成 品 cDNA合成試薬(20回分) 定量PCR master mix(100回分) Spike-in RNAと検出用primer set 備 考 cDNA Enzyme 10 × concentrated, cDNA buffer 5 × concentrated ExiLENT SYBR Green master mix, 2 × concentrated 500 µl UniSp6 Spike-in RNA (凍結乾燥) 12 fmol UniSp6 control primer set (FW、RVのmixture) 500 µl (UniSp6 Spike-in RNAはcDNA合成のモニタリングに使用) コントロールprimer set hsa-miR-103a-3p primer set (FW、RVのmixture、凍結乾燥) 200反応分 (一般的に検出されるmiRNA。mouseおよびratにも使用可能) 標的miRNA検出用primer set LNA PCR primer set (FW、RVのmixture、凍結乾燥) 2点 各200反応分 (リストから2点を選択。詳細は弊社ウェブサイトのご注文方法をご確認ください) RNase-free water RNase-free water 1.25 ml 【文献情報】 Exqion 社の LNA 技術を用いたPCRプラットフォームは、非常に優れた感度、特異性、正確性、再現性を備えており、2014 年 にNature Methodsから発表された各社 miRNA 発現解析プラットフォームの性能比較を行った論文でもその性能の高さが示唆 されています。論文では、Exiqon 社の定量 PCRシステムが最も特異性が高く、NGSを用いたmiRNA 発現比較解析結果と最も 相関が高い結果であったと報告されています。 Evaluation of quantitative miRNA expression platforms in the microRNA quality control(miRQC)study. Mestdagh P, . 2014 Aug; 11 (8):809-815. PMID: 24973947 この論文では、Array、qPCR、NGSなど9 社 12 種類のプラットフォームで、miRNA 発現解析の再現性、正確性、感度、特異 性などを比較して報告しています。 (※この論文はタカラバイオの研究成果ではありせん。) 9 Exiqon社 microRNA研究用試薬 <miRNA 定量 PCR 解析関連 製品一覧> 容 量 製品コード 価格(税別) 1 Kit 2.5 ml 20 ml 203301 203403 203421 ¥71,000 ¥83,000 ¥294,000 1st-strand cDNA 合成キット 203615 203616 203617 203618 203713 203714 203715 203716 ¥250,000 ¥250,000 ¥211,000 ¥211,000 ¥250,000 ¥250,000 ¥211,000 ¥211,000 752 種類のヒトmiRNA に対応。panel I および IIが各 4 枚(いずれも384 well plate) 96 well(V4.RO) 96 well(V4.AF) 96 well(V4.MI) 各 4 検体分 96 well(V4.ST) 384 well(V4.R) 384 well(V4.M) 96 well(V4.RO) 96 well(V4.AF) 各 4 検体分 96 well(V4.MI) 96 well(V4.ST) 384 well(V4.R) 各 8 検体分 384 well(V4.M) 203879 203880 203881 203882 203885 203886 203875 203876 203877 203878 203883 203884 ¥210,000 ¥210,000 ¥210,000 ¥210,000 ¥180,000 ¥180,000 ¥136,000 ¥136,000 ¥136,000 ¥136,000 ¥228,000 ¥228,000 96 well(V4.RO) 96 well(V4.AF) 各 4 検体分 96 well(V4.MI) 96 well(V4.ST) 384 well(V4.R) 各 8 検体分 384 well(V4.M) 203857 203858 203859 203860 203861 203862 ¥140,000 ¥140,000 ¥140,000 ¥140,000 ¥245,000 ¥245,000 毒性学に関連する87 種類の miRNA に対応。 96 well plate1 枚あたりに 1 検体分のプライ マーを配置、もしくは384 well plate 1 枚あたり に 4 検 体 分 のプ ライマーを 配 置 。 (別途、 Human、Monkey、Dog 用パネルあり) 8枚 12 枚 追加 4 枚 8枚 12 枚 追加 4 枚 Web 参照 ¥350,000 ¥450,000 ¥150,000 ¥920,000 ¥1,200,000 ¥320,000 お客様の実験に適したmiRNA 定量 PCRプレー トを設計いただけます。一部の Primer Set の搭 載には追加料金が必要です。詳細は弊社ウェブ サイトをご確認ください。 各 200 回分 Web 参照 ¥35,000 ¥45,000 製 品 名 cDNA 合成キット、および qPCRマスターミックス Universal cDNA Synthesis Kit II ExiLENT SYBR® Green master mix 網羅的なmiRNA の発現解析に microRNA Ready-to-Use PCR, Human panel I+II, * microRNA Ready-to-Use PCR, Human panel I, * microRNA Ready-to-Use PCR, Mouse&Rat panel I+II, * microRNA Ready-to-Use PCR, Mouse&Rat panel I, * Focus microRNA PCR Panel, Human Serum / Plasma Focus microRNA PCR Panel, * Cancer Focus microRNA PCR Panel, * Focus microRNA PCR Panel, Rat Toxicology Focus microRNA PCR Panel, Rat * カスタムmiRNA 定量 PCR パネル (Pick-&-Mix panel) V4.M V4.R V4.M V4.R V4.M V4.R V4.R V4.M 各 4 検体分 各 4 検体分 96 well Ready-to-Use Pick-&-Mix microRNA PCR Panel, * 384 well Ready-to-Use Individual assay:標的 miRNA の個別の定量 PCR 発現解析に Individual miRCURY LNA™ PCR Primer Set Individual miRCURY LNA™ PCR Primer Set, Custom <関連製品> 製 品 名 容 量 LNA miRNA PCRスターターキット …1 研究グループ 1 回限りご注文可能 LNA™ microRNA PCR Starter Kit microRNA QC PCR Panel microRNA QC PCR Panel, * Spike-in RNAと検出用プライマーセット RNA Spike-in Kit, UniRT UniSp2, LNA™ Control Primer Set, UniRT UniSp4, LNA™ Control Primer Set, UniRT UniSp5, LNA™ Control Primer Set, UniRT cel-miR-39-3p, LNA™ Control Primer Set, UniRT 個別 LNA primer set、miRNome および Focus panelに最適化されたSYBR Green master mix 372 種類のヒトmiRNA に対応。panel I のみが 4 枚(384 well plate) 752 種類のマウス&ラットmiRNAに対応。panel Iおよび IIが各 4 枚(いずれも384 well plate) 3 7 2 種 類 のマウス & ラット m i R N A に対 応 。 panel I のみが 4 枚(384 well plate) 血清・血漿中に存在する179 種類の miRNA に対応(+リファレンスprimer 7 種)。 96 well plate 2 枚あたりに 1 検体分のプライ マーを配置、もしくは 384 well plate 1 枚あた りに 2 検体分のプライマーを配置 癌に関連する 84 種類の miRNA に対応(+リ ファレンスprimer 6 種)。96 well plate 1 枚あ たりに 1 検 体 分のプライマーを配 置 、もしくは 384 well plate 1 枚あたりに 4 検体分のプライ マーを配置 設計済み LNA PCR primer set カスタム設計の LNA PCR primer set 価格(税別) 概 要 cDNA 合成 20 回、miRNA 定量 PCR100 回分の試薬。 標的 miRNA 用プライマーセット2 組選択可能 203351 ¥66,000 203887 203888 203889 203890 203891 203892 ¥75,000 ¥75,000 ¥75,000 ¥75,000 ¥120,000 ¥120,000 解析に使用するRNA サンプルの品質を検定するための QC パネ ル。RNA 抽出効率、cDNA 合成反応、PCR 効率などを実際の 解析の前に確認することができる。 50 回分 203203 ¥27,000 R N A 抽 出ステップと c D N A 合 成 反 応をモニターするための Spike-in RNA 各 200 回分 203950 203953 203951 203952 ¥25,000 ¥25,000 ¥25,000 ¥25,000 Spike-in RNA 検出用のプライマーセット 1 Kit 96well(V4.RO) 96well(V4.AF) 96well(V4.MI) 96well(V4.ST) 384well(V4.R) 384well(V4.M) 製品コード 概 要 各 16 検体分 各 32 検体分 製品コード 製 品 名 製 品 名 コントロールプライマーセット …容量 各 200 回分、 価格 各¥35,000(税別) 203901 SNORD38B(hsa)PCR Primer Set, UniRT U6 snRNA(hsa, mmu, rno)PCR Primer Set, UniRT 203902 SNORD44(hsa)PCR Primer Set, UniRT RNU5G(hsa, mmu, rno)PCR Primer Set, UniRT 203903 SNORD48(hsa)PCR Primer Set, UniRT RNU1A1(hsa, mmu, rno)PCR Primer Set, UniRT 203904 SNORD49A(hsa)PCR Primer Set, UniRT SNORD68(mmu)PCR Primer Set, UniRT 203905 SNORA66(hsa)PCR Primer Set, UniRT SNORD65(mmu)PCR Primer Set, UniRT 203906 5S rRNA(hsa, mmu)PCR Primer Set, UniRT SNORD110(mmu)PCR Primer Set, UniRT 製品コード 203907 203908 203909 203910 203911 203912 *対応機種 M: ABI7900HT 他多数の機種に対応 R/RO: Roche LightCycler 480に対応 AF: ABI Fast series StepOnePlusに対応 MI: Bio-Rad, Eppendorf, Stratagene, ABI7500に対応 ST: Stratagene Mx3000Pに対応 Exiqon社 microRNA研究用試薬 10 ノザンブロッティング/ hybridization miRCURY LNA™ microRNA Detection Probe ●ノザンブロットおよび hybridization用のmicroRNA検出LNA™プローブ miR-122a ●高感度で、低発現のmicroRNAも検出可能 ●1塩基のミスマッチを識別可能 miR-206 ●ほぼ全ての既知microRNAに対応 miR-124a miRCURY LNA ™ microRNA Detection Probe は、脊椎動物、無脊椎動物、植物の microRNAデータベース (miRBase) に登録されている、ほぼ全ての microRNAに対する設計 済 LNA™プローブです。microRNA 検出のためのノーザンブロットや ハイブリダイゼーショ ンに利用することができます。 各プローブは高い配列特異性で二次構造をとりにくく、最少の自己アニールとなるようにLNA™ 位置が最適化されています。さらに、全てのプローブ/ターゲット2 本鎖の融解温度(Tm 値) が 70∼85℃の範囲内となるように設計されています。 図 15. miR-122a、miR-206 およびmiR-124aの検出 各プローブを用いて、microRNAの検出を行った。LNAプローブにより microRNA の発現を高感度に検出できている。miR-122aは肝臓、 miR-124aは中枢神経系、miR-206は骨格筋で特異的に発現している。 (Dr. Plasterk, Hubrecht Lab, Netherlands.) miRCURY LNA probe RNA 100 µg 50 µg 25 µg 10 µg 5 µg 2.5 µg 100 µg 50 µg 25 µg 10 µg 5 µg 2.5 µg DNA probe 標準的なプローブとして、DIG*、biotin、fluorescein、またはamino 標識を3 または5 にラベ ルした製品が用意されており、また、標識していない ready to label プローブも利用できます。な お、Non-RIラベル法によるノザンブロット解析でmicroRNAを検出する場合は、DIG*ラベルプ ローブの使用を推奨します。 6h *Licensed from Roche Diagnostics GmbH miR-171 Exposure time miRCURY LNA™ Detection Probe, 設計済みプローブ 製品コードはExiqon 社 Web サイト (www.exiqon.com/Is) にてご確認ください。 修 飾 容 量 ready to label 5'-DIG labeled 5'-amino labeled 5'-biotin labeled 5'-fluorescein labeled 3'-DIG labeled 3'-amino labeled 3'-biotin labeled 3'-fluorescein labeled 5'- and 3'-DIG labeled 価格(税別) ¥67,000 12h ¥74,000 ¥77,000 ¥83,000 各 250 pmol EtBr ¥95,000 図 16. ノザンブロット結果の比較 ¥76,000 32 Pラベルした DNAプローブまたは LNAプローブを用いてNorthern blottingを行った。 由来 total RNA の希釈系列をブロッ トし、 . miR-171 および miR-319 の 32 Pラベル DNAプ ローブまたはmiRCURY LNA Detection Probeとハイブリダイズした。 (Válóczi . 2004, . e175) ¥79,000 ¥85,000 ¥118,000 製 品 名 (ポジティブコントロールプローブ) 容量:各 250 pmol 6h miR-319 ¥89,000 miRCURY LNA™ Detection Probe, コントロールプローブ miRCURY LNA™ microRNA Detection, U6, hsa/mmu/rno 12h 容 量 価格(税別) 容 量 価格(税別) ready to label 修 飾 99002-00 ¥52,000 製 品 名 ready to label 99004-00 ¥52,000 5'-DIG labeled 99002-01 ¥78,000 5'-DIG labeled 99004-01 ¥78,000 5'-amino labeled 99002-02 ¥56,000 5'-amino labeled 99004-02 ¥56,000 5'-biotin labeled 99002-03 ¥64,000 5'-biotin labeled 99004-03 ¥64,000 5'-fluorescein labeled 99002-04 ¥71,000 5'-fluorescein labeled 99004-04 ¥71,000 3'-DIG labeled 99002-05 ¥87,000 3'-DIG labeled 99004-05 ¥87,000 3'-amino labeled 99002-06 ¥57,000 3'-amino labeled 99004-06 ¥57,000 3'-biotin labeled 99002-07 ¥71,000 3'-biotin labeled 99004-07 ¥71,000 3'-fluorescein labeled 99002-08 ¥71,000 3'-fluorescein labeled 99004-08 ¥71,000 5'- and 3'-DIG labeled 99002-15 ¥113,000 5'- and 3'-DIG labeled 99004-15 ¥113,000 miRCURY LNA™ microRNA Detection, Scramble miR (ネガティブコントロールプローブ) 容量:各 250 pmol 修 飾 ネガティブコントロールプローブ miRCURY LNA microRNA Detection, Sense miR-159(99003-00∼99003-15) はウェブサイトをご確認ください。 miRCURY LNA™ Detection Probes, カスタムプローブ 目的のデザイン済みプローブが LNA™ Detection probe 検索サイトに無い場 合は、カスタムプローブを作製します。標識は DIG、biotin、fluorescein、 amino、未標識から選択でき、3 末端、5 末端、または両方のラベル化が可能 です (miRNAのISH 実験にはdouble DIG labeledタイプを推奨します)。 ★本製品はカスタム製品です。詳細は弊社ウェブサイトをご覧ください。 ご注文方法:弊社ウェブサイトからお申込みください 納 期:3∼4 週間 納 品 物:miRCURY LNATM microRNA Detection Probe 250 nmol 凍結乾燥品 11 Exiqon社 microRNA研究用試薬 製 品 名 Custom miRCURY LNA™ microRNA Detection Probe 修 飾 価格(税別) ready to label ¥76,000 5'-DIG labeled ¥96,000 5'-amino labeled ¥84,000 5'-biotin labeled ¥87,000 5'-fluorescein labeled 3'-DIG labeled ¥92,000 ¥104,000 3'-amino labeled ¥86,000 3'-biotin labeled ¥89,000 3'-fluorescein labeled 5'- and 3'-DIG labeled ¥94,000 ¥124,000 hybridization miRCURY LNA™ microRNA ISH Optimization Kit(FFPE) ●double DIG*標識 LNA™ microRNA Detection Probe と最適化バッファーにより高感度、高特異性 ●ハイスループット解析にも個々のmicroRNA解析にも適応 ●1日で完了する迅速・簡便なプロトコール 本キットは、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織切片上で、 microRNA の ハイブリダイゼーションを行うための理想的なキットで す。5 & 3 -double DIG*-labeled miRCURY LNA ™ microRNA Detection Probeを使用することで、microRNAを高感度かつ高い特異 性で検出できます。 microRNA 図 17. miRCURY LNATM microRNA ISH Optimization Kit (FFPE) の原理 組織切片をProteinase K により処理した後、DIG 標識 LNAプローブをターゲット microRNAに特異的にハイブリダイズさせる。その後、Alkaline phosphatase ( AP)標 識 anti-DIG 抗体を加え、NBT-BCIP 発色とNuclear Redでの対比染色を行う。 製品内容 ・LNA™ microRNA probe (double DIG*-labeled) 各キットに含まれるターゲットmicroRNAは下表でご確認ください。 ・LNA™ Scrambled probe (double DIG*-labeled) : ネガティブコントロール ・LNA™ U6 snRNA probe (5 DIG*-labeled) ポジティブコントロール ・Hybridization Buffer ・Proteinase K 図 18. ヒト結腸壁での miR-145の検出例 miRCURY LNA microRNA ISH Optimization Kit 7を用 いてヒト結腸壁 FFPE 切片の miR-145を検出した。 N B T - B C I P 染 色( 青 ) し、 Nuclear Red (赤) で対比染色 を行った。 *Licensed from Roche Diagnostics GmbH 各ISH Optimization Kit でバリデーションされた組織リスト バリデーション 済み組織 脳 眼 筋肉 肺 腎臓 肝臓 結腸 子宮頸 心臓 乳腺 肺がん 結腸直腸がん 乳がん 腎臓がん 子宮頸がん 精巣がん 食道がん 細胞の種類 microRNA microRNA microRNA microRNA microRNA microRNA microRNA microRNA microRNA microRNA ISH ISH ISH ISH ISH ISH ISH ISH ISH ISH Kit 1(miR-1) ● ● 筋細胞 キット番号とターゲット microRNA Kit 2(miR-21) Kit 3(miR-122) Kit 4(miR-124) Kit 5(miR-126) Kit 7(miR-145) Kit 8(miR-205) Kit 9(miR-223) ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ● 神経細胞 細胞種は異なる 肝細胞 内皮細胞 平滑筋細胞 基底細胞 顆粒球 製 品 名 Optimization Kit 1(FFPE) Optimization Kit 2(FFPE) Optimization Kit 3(FFPE) Optimization Kit 4(FFPE) Optimization Kit 5(FFPE) Optimization Kit 7(FFPE) Optimization Kit 8(FFPE) Optimization Kit 9(FFPE) Buffer Set(FFPE) Buffer and Controls Kit Target miRNA miR-1 miR-21 miR-122 miR-124 miR-126 miR-145 miR-205 miR-223 − − 容 量 1 Kit 1 Kit 1 Kit 1 Kit 1 Kit 1 Kit 1 Kit 1 Kit 1 Set 1 Kit 製品コード 90001 90002 90003 90004 90005 90007 90008 90009 90000 90010 価格(税別) ¥320,000 ¥320,000 ¥320,000 ¥320,000 ¥320,000 ¥320,000 ¥320,000 ¥320,000 ¥87,000 ¥224,000 ISH関連各製品の構成内容 製 品 名 ターゲット検出プローブ ネガティブコントロール ポジティブコントロール microRNA ISH Proteinase-K (double-DIG labeled) (Scrambled, double-DIG) (U6 snRNA, 5 DIG) buffer(2×) (凍結乾燥品) 製品コード microRNA ISH Optimization Kit(FFPE)※1 ○ ○ ○ ○ ○ 90001 ∼90009 microRNA ISH Buffer and Controls Kit※1 − ○ ○ ○ ○ 90010 microRNA ISH Buffer Set (FFPE)※2 − − − ○ ○ 90000 ※1. スライド約 400 枚分の試薬が含まれています ※2. スライド約 1,000 枚分の試薬が含まれています ★ターゲット検出、ネガティブ、ポジティブの各プローブ製品は単品でも販売しています (容量 250 pmol)。 Exiqon社 microRNA研究用試薬 12 miRNA機能解析: miRNAインヒビター miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor ●miRBase ver.20.0に対応する設計済みのLNA miRNAインヒビター ●第三世代の設計アルゴリズムを採用 RLU ●ATリッチなmicroRNAを含む様々なmicroRNAターゲットに対して高い 抑制効果を発揮 ●優れた特異性と安定性により長期間アンチセンス活性が持続 miRCURY LNA ™ microRNA Inhibitor は、Exiqon 社独自のアルゴリズムによりLNA ™の 数と位置が最適化され、Tm 値を均一化し、セルフアニーリングを回避するよう設計されていま す。均一なTm 値により、マルチプレックス反応にも利用できるほか、これまで困難であったAT リッチなmicroRNA に対しても高い抑制効果を発揮することができます。 80 DNA LNA 60 100 nM Competitor A Competitor D miRCURY LNA Inhibitor 図19. 他社製品よりも優れた阻害効果 miR-21標的配列を持つホタルルシフェラーゼ発現プラスミド (pmiR-21) 、 レニラルシフェラーゼ発現プラスミド (トランスフェクション コントロール) 、 および各社miR-21インヒビターをMCF7細胞にそれぞ れトランスフェクションした。48時間後にDual Luciferase Assayを用 いてレポーター遺伝子の発現レベルを測定した。 RLU: Relative Light Units (Exiqon社比較データ) 3 2 1 5 nM 0.5 nM miR-16-5p Inhibitor 0.05 nM 0.005 nM 5 nM 0.5 nM 0.05 nM 0.005 nM 0 40 Inhibitor Control A 図 21. LNA™ microRNA インヒビターを用いたサイレンシング例 RNATm miRNAターゲット配列を3 UTRに持つホタルルシフェラーゼ発現プラスミド (pmiR-16-5p) と、レニラ ルシフェラーゼ発現プラスミドをHeLa 細胞にトランスフェクションし、1日後にさまざまな濃度の LNA microRNAインヒビターをトランスフェクションした。HeLa 細胞内では、3 UTRにmiRNAターゲット配 列を含むホタルルシフェラーゼの発現は細胞内在性のmiRNAによって抑制される。インヒビターのト ランスフェクションから24 時間後にDual Luciferase Assayを実施し、ルシフェラーゼの発現量を測 定した。miRNAターゲット配列を含まないコントロールプラスミド (pLuc) に対して、ホタルルシフェラー ゼ/レニラルシフェラーゼの活性比を比較した結果、LNA microRNAインヒビターはnMオーダー以 下の低濃度で効果を発揮することが示された。 図 20. DNAインヒビターとLNA™インヒビターの比較 DNAオリゴの全長 microRNAインヒビター (青色ドット) とLNA microRNAインヒ ビター (赤色ドット) について、microRNAターゲット配列のGC 含量とそれぞれの インヒビターのTm 値との関係を示した。従来の全長 microRNAインヒビターは、 ターゲット領域の GC 含量の影響を受けて各インヒビターの Tm 値に40℃以上 の開きがある。これに対して、miRCURY LNA microRNA Inhibitorは最適な高 温度域に10℃以内の範囲でTm 値が収まっており、高度に均一化されている。 製 品 名 備 考 設計タイプ 骨格タイプ(※1) Inhibitor 設計済み PO or PS Family Inhibitor 設計済み PO or PS Inhibitor Library 設計済み PO コントロール Inhibitor 設計済み PO or PS Custom , small scale) Custom PO or PS or Mix Custom , small / large scale) Custom PS 1 miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor 2 miRCURY LNA™ microRNA Family Inhibitor miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor Library, 3 Human or Mouse miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor, 4 Antisense Control 5 Custom miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor 6 Custom miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor 40 nM 4 pmiR-16-5p 50 30 20 nM 5 pLuc microRNA GC content (%) 70 •• 4 nM LNA™ microRNA Inhibitorは低濃度で効果を発揮 Normalized Luminescence (RLU) Tm値が均一化されたLNA™ microRNA Inhibitor 18 16 14 12 10 8 6 4 2 0 ( ( アプリケーション ※1:ホスホロチオエート (PS)骨格を有するPower Inhibitorタイプは、酵素分解に対して高い耐性を示します。このため、より長期間のインヒビターの安定性が期待できます。なお、PS 骨格タイプのオリゴヌクレオチドは配列依存的に筋肉や中枢神経系(CNS) 由来の細胞に毒性を示す場合があるため、これらの細胞への使用は推奨されません。ホスホジエステル (PO)骨格タイプ、またはPO / PS 骨格タイプの製品をご検討ください。 関連製品: 遺伝子導入試薬 製 品 名 IT-X2™ Dynamic Delivery System 13 Exiqon社 microRNA研究用試薬 容 量 製品コード 価格(税別) 0.3 ml MIR6003 ¥20,000 1 miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor (設計済み) 製 品 名 ※1:ready to labelタイプでは容量1 nmol、15 nmolも販売しています。 修 飾 ready to label 5 or 3 fluorescein labeled ready to label 5 or 3 fluorescein labeled miRCURY LNA™ microRNA Inhibitors miRCURY LNA™ microRNA Power Inhibitor 容量(※1) 5 nmol 5 nmol 5 nmol 5 nmol 製品コード Webサイトで ご確認ください 価格(税別) ¥73,000 ¥88,000 ¥84,000 ¥99,000 設計済み miRCURY LNA™ miRNA Inhibitor/Power Inhibitorのご注文方法 Step 1 Step 2 www.exiqon.comに アクセス。メニューバーより、 Product >microRNA Research >Functional Analysis を選択 「miRCURY LNA microRNA Inhibitors」 をクリック Step 3 Step 4 Step 5 目的のmiRNAの名称、 miRBase IDもしくは配列を 入力して 「Find Product」 を クリック 該当する製品の品番、 品名を確認 品番、品名を弊社製品ページの 専用注文用紙にご記入いただ き、ご利用の販売店にご注文くだ さい 2 miRCURY LNA™ microRNA Family Inhibitor (設計済み) 個々のmicroRNA (miRNA) に対してではなく、miRNAファミリー全体を阻害するように設計されたLNA microRNAインヒビターです。全 miRNAファミリーメンバーを阻害する最短鎖長で、 ファミリーの同定に充分な長さの配列を決定し、さらにLNA 修飾を行うことで特異性を維持したまま目的 miRNAファミリー全メンバーの阻害を行うことができます。 製 品 名 容 量 修 飾 ready to label ready to label miRCURY LNA™ microRNA Family Inhibitor miRCURY LNA™ microRNA Power Family Inhibitor 各 5 nmol 製品コード ウェブサイトで ご確認ください 価格(税別) ¥97,000 ¥110,000 3 miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor Library (設計済み) miRNA 機能解析スクリーニング用のInhibitorライブラリーで、miRBase ver.20.0に登録されたヒト、マウスのmature miRNAに対応しています (Human:1,972 種(78%)、Mouse: 1,624 種 (86%) ) 。各インヒビターは鎖長、配列、LNA 修飾位置など各種要因を考慮して設計されており、セルフアニーリングが最小限に抑えられ、インヒビターのTm 値が至適温度付近 に正規化されているため、HTPスクリーニングに最適です。 製 品 名 搭 載 数 miRCURY LNA™ microRNA inhibitor Library, Human 1,972 targets miRCURY LNA™ microRNA inhibitor Library, Mouse 1,624 targets 容 量 0.125 nmol 0.250 nmol 0.125 nmol 0.250 nmol 製品コード 190103-1 190103-2 190203-1 190203-2 価格(税別) お問合せ下さい お問合せ下さい 4 miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor, Antisense Control (設計済み) 製 品 名 miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor Negative Control A 5 3 miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor Negative Control B 5 3 miRCURY LNA™ Power microRNA Inhibitor Negative Control A 5 3 miRCURY LNA™ Power microRNA Inhibitor Negative Control B 5 3 修 飾 ready to label -fluorescein labeled -fluorescein labeled ready to label -fluorescein labeled -fluorescein labeled ready to label -fluorescein labeled -fluorescein labeled ready to label -fluorescein labeled -fluorescein labeled 容量(※1) 各 5 nmol 各 5 nmol 各 5 nmol 各 5 nmol 製品コード 199006-001 199006-011 199006-021 199007-001 199007-011 199007-021 199006-101 199006-111 199006-121 199007-101 199007-111 199007-121 価格(税別) ¥73,000 ¥88,000 ¥88,000 ¥73,000 ¥88,000 ¥88,000 ¥84,000 ¥99,000 ¥99,000 ¥84,000 ¥99,000 ¥99,000 5 Custom miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor 製 品 名 Custom miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor(PO 骨格タイプ) Custom miRCURY LNA™ microRNA Power Inhibitor(PS 骨格タイプ) Custom miRCURY LNA™ microRNA Power Inhibitor(PO / PS 骨格タイプ) 6 Custom miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor, 修 飾 ready-to-label 5 or 3 -fluorescein labeled ready-to-label 5 or 3 -fluorescein labeled ready-to-label 5 or 3 -fluorescein labeled 容量(※1) 各 5 nmol 各 5 nmol 各 5 nmol 価格(税別) ¥88,000 ¥103,000 ¥99,000 ¥114,000 ¥99,000 ¥114,000 用(PS骨格) 用 LNA inhibitorは通常のLNA inhibitorよりさらに短鎖で設計し、生体拒否反応を最小限に抑えたinhibitorを合成します。 実験の予定がある場合は、まず Ready の5 nmolまたは15 nmolをご注文いただき、 にてinhibitorの検証実験を行ってください。mgスケールのご注文は、5 nmolまたは15 nmolをお試しいただいてから承っております。 製 品 名 Custom miRCURY LNA™ Power microRNA Inhibitor, Custom miRCURY LNA™ 骨 格 Ready PS Inhibitor probe, PS 容 量 5 nmol 15 nmol Custom 価格(税別) ¥99,000 ¥196,000 お問合せ下さい 5 6 ★ と のCustom miRCURY LNA™ microRNA Inhibitorはカスタム製品です。詳細は弊社ウェブサイトをご覧ください。 ご注文方法:弊社ウェブサイトからお申込みください 納 期:3∼5 週間 納 品 物:Custom miRCURY LNA™ microRNA Inhibitor 5 nmol∼、凍結乾燥品 Exiqon社 microRNA研究用試薬 14 miRNA機能解析: miRNAターゲットサイトブロッカー miRCURY LNA™ microRNA Target Site Blocker ●miRNAのターゲット配列への結合を特異的に阻害するTarget Site Blockerをカスタム設計 ●mRNA中のmiRNA結合部位をブロックしてmiRNAの結合を競合的に阻害 ●単一のmRNAに対するmiRNAの機能解析が可能 ●LNA™の高い結合親和性により、高効率にmiRNAと競合してmiRNA結合配列をブロック ●細胞内での安定性に優れるため、長期間に渡るアンチセンス活性が期待できる miRCURY LNA™ microRNA Target Site Blocker(TSB) は、mRNA 中の miRNA 結合部位をブロックすることで、miRNA の結合を競合的に阻害するア ンチセンスオリゴヌクレオチドです。Exiqon 社独自のアルゴリズムで設計されたTSBは、単一の mRNA におけるmiRNA 結合部位と特異的に結合し、特定の mRNAに対するmiRNA の機能解析を行うことができます。 RISC Low protein levels AAAA 図 22. Target Site Blocker は miRNA 結合部位 にmiRNA/RISC 複合体と競合的に結合 RISC Target Site Blocker(TSB) は、配列中に高い結合親和 性と特異性を持つ LNAを含むため、miRNA / RISC 複合 体と競合してmiRNA 結合部位に効果的に結合することが できる。また、TSBはLNA / DNA 構造であり、RNase H 依 存 的 m R N A の 分 解を引き起こさない。この 結 果 、 miRNA による翻訳効率の低下が阻害され、標的 mRNA にコードされたタンパク質の発現が上昇する。 TSB Competition LNATM enhanced target site blocker AAAA Target 1 Target N+1 Target 2 miR-X Target N Target 4 Target 3 Target 1 Target N+1 Target 2 Target N+1 Phenotype miR-X + inhibitor Target N Target 3 (A) Target 2 TSB miR-X Target N Target 4 一 般に m i R N A は複 数 の m R N A を標 的とするため、 miRNA inhibitorを用いてあるmiRNAを阻害した場合、こ れら全てのターゲット遺伝子の発現上昇の結果としての表 現型が表れる (A)。 一方、単一の mRNA の miRNA 結合部位をブロックできる TSBを用いると、単一のターゲット遺伝子の発現量のみが 上昇するため、目的の mRNA に対するmiRNA の機能解 析を行うことができる (B)。 Phenocopy? Target 3 Target 4 (B) 製品タイプ Target Site Blocker, 図 23. 単一のmRNAに対するmiRNAの機能解析 が可能 Target 1 Premium 容 量 骨格(※) HPLC Na+交換 5 nmol PO Yes No トランスフェクションが容易な細胞や 神経細胞及び筋細胞 ¥55,000 トランスフェクションが困難な細胞や ターゲットが高発現している細胞 ¥65,000 Power Target Site Blocker, Premium 5 nmol PS Yes No Power Target Site Blocker, Ready 5 nmol PS Yes Yes Large scale (mg) Custom Yes Yes Custom Target Site Blocker for Use アプリケーション 場合 実験及び高純度が求められる 動物実験への使用 価格(税別) ¥75,000 お問合わせ ください ★miRCURY LNA™ microRNA Target Site Blockerはカスタム製品です。詳細は弊社ウェブサイトをご覧ください。 ご注文方法:専用フォームをご用意しています。弊社ウェブサイトをご確認ください。 (microRNA のターゲット配列と、前後の各 40 bp の情報が必要です) 納 期:3∼4 週間(mgスケールをご注文の場合は、別途お問合せください) 納 品 物:miRCURY LNA™ microRNA Target Site Blocker 5 nmol またはmgスケール、凍結乾燥品 ※PS 骨格 : ホスホロチオエート骨格 PO 骨格 : ホスホジエステル骨格 【ご注意】中枢神経系や筋組織から得られた細胞または細胞株にはPS 骨格の使用は推奨できません。これらの細胞はPS 修飾されたオリゴヌクレオチドの配列依存的な毒性に 対して感受性を示す場合があります。これらの細胞にはPO 骨格タイプの製品を推奨します。 15 Exiqon社 microRNA研究用試薬 miRNA機能解析: miRNA Mimic miRCURY LNA™ microRNA Mimic ●3本のRNA鎖により構成される独自設計のmicroRNA Mimic ●passenger鎖に2本のLNA™修飾RNAを使用。passenger鎖の分割によりオフターゲット効果を効果的に抑制 ●guide鎖は非修飾の成熟microRNA配列のため細胞内で効率よくRISC複合体を形成 LNA™ microRNA Mimic の概要と作用機構 5 4 3 2 1 5 nM 0.5 nM cel-miR-39-3p 12 10 8 6 4 2 5 nM hsa-miR-16-3p 0.5 nM 5 nM 0.5 nM 5 nM 0.5 nM 0 p16 【passenger 鎖】 guide 鎖に相補的な配列を2 本に 分割し、LNATM 修飾したRNA 鎖 hsa-miR-16-3p 14 hsa-miR-16-5p 【guide 鎖】非修飾の成熟 microRNA 配列 5 nM hsa-miR-16-5p 0.5 nM 0 5 nM Normalized Luminescence (RLU) 6 pLuc ます (下図)。passenger 鎖は分断されているためmicroRNAとして非機能的であ り、RISC 複合体に取り込まれる成熟 microRNA(guide 鎖)のみが microRNA 活 性を示し、passenger 鎖によるオフターゲット効果が最小限に抑えられています。ま た、passenger 鎖の LNA™ 修飾パターンは、guide 鎖が効率的に RISC 複合体に 取り込まれるように最適化されています。 7 0.5 nM miRCURY LNA ™ microRNA Mimic は、3 本の RNA 鎖で構成されます。 miRBase に登録されたmicroRNA 鎖と全く同じ配列で非修飾の guide 鎖と、それ と相補的な配列を2 つに分割してLNA™修飾したRNA 鎖の passenger 鎖から成り 8 p16 独自の構造を持つ LNA™ microRNA Mimic 9 pLuc miRCURY LNA™ microRNA Mimic には、miRBase に登録されているヒト、マウ スおよびラットの microRNA の大部分をカバーする設計済みの miRNA Mimicが 用意されています。製品は脱塩、乾燥状態で供給されるため、溶解後すぐにトランス フェクションやエレクトロポレーションに使用できます。ネガティブコントロールには miRCURY LNA™ microRNA Mimic Controlをご利用ください。 10 Normalized Luminescence (RLU) miRCURY LNA ™ microRNA Mimicは、天然に存在する成熟 microRNAを模 して設計された合成二本鎖 RNAで、細胞内へ導入されるとRISC 複合体に取り込 まれ、天然の microRNAと同様の機能を示します。RISC 複合体の増加によって 細胞に生じる変化を調べることで、目的 microRNA の機能解析に用いることができ ます。 cel-miR-39-3p 図 24. miRCURY LNATM microRNA Mimic の配列特異性 ルシフェラーゼ 遺 伝 子 の 3 U T R に h s a - m i R - 1 6 - 3 p( 上 図 )または hsa-miR-16-5p(下図)のターゲット配列を挿入した microRNAレポー タープラスミドを用いて HeLa 細胞のトランスフェクションを行った。さらに、 それぞれに対応する miRCURY LNA microRNA Mimic、またはネガ ティブコントロール(cel-miR-39-3p) を導入した。ルシフェラーゼアッセイ の結果、それぞれ microRNAレポータープラスミドに対応するMimicを導 入した細胞においてのみ、特異的に活性抑制が見られた。 製 品 名 容量(※1) 製品コード 価格(税別) 5 nmol (※2) ¥58,000 5 nmol 479902-001 ¥58,000 5 nmol 479903-001 ¥58,000 5 nmol 479904-001 ¥58,000 ターゲット用 microRNA Mimic miRCURY LNA™ microRNA Mimic コントロール用 microRNA Mimic(※3) miRCURY LNA™ microRNA Mimic Negative Control cel-miR-39-3p miRCURY LNA™ microRNA Mimic Negative Control 4 miRCURY LNA™ microRNA Mimic Negative Control 5 DNA および siRNA / miRNA 導入試薬 0.3 ml IT-X2™ Dynamic Delivery System MIR6003 ¥20,000 ※1:20 nmol 容量の製品 (¥178,000) も用意しています。詳細はウェブサイトの製品ページをご確認ください。 ※2:設計済みのMimic製品の製品コードは、 ウェブサイトにてご確認ください。 ※3:各コントロール用Mimicは配列が異なります。PS骨格タイプのオリゴヌクレオチドは配列依存的にある種の細胞タイプに毒性を示す場合がありますので、 毒性が確認された場合は異なる配列のNegative control製品をご利用ください。 ターゲット用 microRNA Mimicのご注文方法 Step 1 http://www.exiqon.com/mirna-mimics に アクセス Step 2 目的のmiRNAの名称、ID、 もしくは配列を入力後、 「Find Product」 をクリックし、 該当する製品の ・Product No. ・Product Name を確認してください Step 3 ・Product No. ・ Product Name を専用注文書にご記入いただき、ご利用の販売店に ご注文ください。 専用注文書は、弊社ウェブサイトをご参照ください Exiqon社 microRNA研究用試薬 16 mRNA、長鎖非翻訳RNAのノックダウン実験に LNA™ IongRNA GapmeR ●オフターゲット効果が極めて低い、短鎖一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチド ●LNA™とホスホロチオエート化により高い親和性と安定性を実現 ●低い細胞毒性と優れた抑制効果を示し、 、 での使用が可能 ●Exiqon社の最先端のアルゴリズムによるカスタム設計 LNA™ GapmeR の概要と作用機構 LNA™ longRNA GapmeRは、mRNA や長鎖非翻訳 RNA(long non-coding RNA;lncRNA) の機能解析に使用するための短鎖アンチセンスオリゴヌクレ オチドです。一本鎖 DNA の両端にLNA 領域を配したgap 構造を持ち、14∼16 塩基からなるLNA™ GapmeR の全塩基がホスホロチオエート化されています。 LNA™部分が非常に高い配列特異性と結合親和性を持つため、14∼16 塩基の短鎖長でターゲットRNA への厳密な結合を可能にし、さらにLNA™の使用と ホスホロチオエート化によりヌクレアーゼに対する耐性が高められています。LNA™ GapmeRは独自のアルゴリズムによって、鎖長、配列、LNA™塩基数などが 最適な組み合わせで設計されており、ターゲットRNAに対して高い特異性を持ち、強い抑制効果を得ることができます。 LNATM GapmeR の構造と機能 LNATM DNA Nuclease resistance High affinity LNATM A Nuclease resistance High affinity RNase H B C RNase H activating ギャップマーは、DNA領域の両側に LNA配列を配置した構造である。 LNA領域はターゲット配列との親和性が 高く、 ヌクレアーゼ耐性を持つ。 DNA領域のアンチセンス配列がターゲットRNAと DNA-RNAハイブリッドを形成し、RNase Hによる 切断を受ける。 LNA™ GapmeR の利点 LNA™ GapmeR によるRNase H の活性化は、遺伝子機能の強力な抑制法であり、アンチセンス治療分野においても普遍的アプローチとして注目されていま す。RNase Hは核および細胞質に広く分布する酵素で、LNA™ GapmeRが lncRNA(またはmRNA)配列に結合して形成されるDNA-RNA ヘテロ二本鎖の RNA 鎖を加水分解します。 mRNA の抑制に広く利用されているsiRNAはRISC 複合体に取り込まれて作用しますが、この RISC 複合体は主に細胞質に局在するため、lncRNA のように 主に核に局在するターゲットに対しては十分な効果が得られない場合がありました。一方、核および細胞質に広く分布するRNase H に依存するLNA ™ GapmeRは、lncRNA のような核に局在するターゲットに対しても非常に有効な抑制法です。 また、ガイド鎖とパッセンジャー鎖から構成される二本鎖の siRNAと比べて、一本鎖のみからなるLNA™ GapmeRはオフターゲット効果のリスクが極めて低く (文 献 1)、さらに通常の遺伝子導入試薬を用いる導入方法の他にも遺伝子導入試薬を用いずにそのまま細胞に取り込ませることができた報告も複数あり (文献 2, 3)、遺伝子導入試薬でのトランスフェクションが困難な細胞への応用も期待できます。 Transcription AAAAA messenger RNA Long non-coding RNA LNATM longRNA GapmeR LNATM longRNA GapmeR RNase H RNase H cleavage RNase H AAAAA RNase H cleavage Disrupted translation Degraded IncRNA Degraded mRNA 【文献情報】 1)RNA therapeutics: beyond RNA interference and antisense oligonucleotides. . 2012 Jan 20; 11(2):125-140 ¦ doi:10.1038/nrd3625 2)A locked nucleic acid antisense oligonucleotide(LNA)silences PCSK9 and enhances LDLR expression and . . 2010 May 17; 5 (5):e10682. doi: 10.1371/journal.pone.0010682. 3)Efficient gene silencing by delivery of locked nucleic acid antisense oligonucleotides, unassisted by transfection reagents. . 2010 Jan; 38(1):e3. doi: 10.1093/nar/gkp841. Epub 2009 Oct 23. 17 Exiqon社 microRNA研究用試薬 図 25. LNA ™ GapmeRを用 いたlncRNA、mRNA のノックダウンの概要 LNA GapmeR は核や細胞質に 存在するターゲットRNA に結合す ることができる。LNA GapmeRが 結 合 するとター ゲット R N A は RNase H によって分解される。分 解された mRNA からはタンパク質 翻訳が起こらず、タンパク質発現 が低下する。 での LNA™ GapmeR の利用例 GapmeRはLNA™とホスホロチオエート修飾を利用することで優れたヌクレアーゼ耐性を示し、血液中でも高い安定性を示します。 短鎖で特異性の高いアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計可能なため での毒性が低く、さらに LNA ™によりターゲット配列との結合親和性が高いため 他のアンチセンスオリゴヌクレオチドと比べて低濃度で利用できます。 LNA™ GapmeRは での導入時に導入試薬との複合体形成が不要であり、手軽に 実験に利用することができます。 %transcript levels compared to control(PBS) LNA™ 100 75 図 26. LNA ™ GapmeRを用いたマウス での Malat1 のノックダウン 実験例 50 Malat1 に対する LNA GapmeR をマウスに 皮下投与(20 mg/kg) し、投与 48 時間後に 各 臓 器での M a l a t 1 の発 現レベルを確 認し た。GapmeR 4, 6, 9 はそれぞれ異なる設計 の GapmeRを用いている。 25 0 Liver PBS Aorta Lung Muscle GapmeR 4 GapmeR 6 Heart GapmeR 9 LNA™ longRNA GapmeR 製品ラインナップ 製品タイプ LNATM longRNA GapmeR, Standard 脱塩 LNATM longRNA GapmeR, Premium HPLC LNATM longRNA GapmeR, Ready HPLC, Na+ exchange Custom LNA longRNA GapmeR for Use TM ※ 20 nmol包装も用意しています。 精製方法 修 飾 − ready to label 5 or 3 fluorescein label ready to label 5 or 3 fluorescein label Custom Custom 容 量 アプリケーション 価格(税別) 5 nmol 標準的な株化細胞を用いた初期スクリーニングに 適している。 ¥40,000 5 nmol 純度が保証されたHPLC 精製品。 多くの細胞アッセイに適している。 ¥64,000 動物個体で使用可能な高品質グレード製品。 初代細胞、浮遊細胞などトランスフェクションが 難しい細胞にも適している。 ¥81,000 5 nmol ※ ¥81,000 Large scale 動物実験への使用 (mg) ¥93,000 お問合わせ ください ★本製品はカスタム製品です。詳細は弊社ウェブサイトをご覧ください。 ご注文方法:専用 Webサイトからご依頼ください。詳細は弊社ウェブサイトをご確認ください。 納 期:3∼4 週間(mgスケールをご注文の場合は、別途お問合せください) 納 品 物:LNATM longRNA GapmeR 5 nmol、20 nmol、またはmgスケール、凍結乾燥品 LNA™ longRNA GapmeRネガティブコントール 製品名(製品タイプ) Standard ※ 20 nmol包装も用意しています。 精製方法 容 量 製品コード 脱塩 5 nmol 300610 ¥40,000 300611-00 ¥54,000 Premium, ready to label LNA™ longRNA GapmeR, Negative control A, Premium, 5' fluorescein label HPLC 5 nmol 300611-08 Premium, 3' fluorescein label Ready, ready to label Ready, 5' fluorescein label Ready, 3' fluorescein label Standard 300612-00 HPLC, Na+ exchange 5 nmol ※ 脱塩 5 nmol LNA™ longRNA GapmeR, Negative control B, HPLC 5 nmol Ready, 5' fluorescein label Ready, 3' fluorescein label HPLC, Na+ exchange ¥68,000 ¥80,000 300614 ¥40,000 ¥54,000 300615-04 300616-00 5 nmol ※ ¥68,000 300615-00 300615-08 Premium, 3' fluorescein label Ready, ready to label 300612-04 300612-08 Premium, ready to label Premium, 5' fluorescein label 300611-04 価格(税別) 300616-04 300616-08 ¥68,000 ¥68,000 ¥80,000 【ご注意】Negative control A および Bは、 において、ヒト、マウス、ラットの miRNA、lncRNA および mRNA の既知配列に対して相同性が認められない配列を採用して います。Negative control AとBは配列が異なります。PS 骨格タイプのオリゴヌクレオチドは配列依存的にある種の細胞タイプに毒性を示す場合がありますので、毒性 が確認された場合はもう一方の Negative control 製品をご利用ください。 Exiqon社 microRNA研究用試薬 18 miRCURY LNA™ microRNA microRNA解析受託サービス 微量RNAからも解析可能 miRCURY LNA™ microRNA マイクロアレイ解析受託 ・バリデーション済みのLNA™-enhancedプローブを使用 ・高い再現性(相関係数 0.99) と広いダイナミックレンジ(∼5桁) ・miRBase ver.19.0に登録されたmicroRNAに対応 ・わずか1塩基のミスマッチも識別可能 ・1色法または2色法から選択 ・成熟型のmicroRNAのみを検出 ・ヒト、 マウス、 ラットのプローブが1枚に搭載 ・微量RNAからも解析可能 ● T/N 1,000 ng vs. T/N ● T/N 1,000 ng vs. T/N 微量RNAからも解析可能 定量PCR解析受託 45 40 ・miRCURY LNA™ Universal RT microRNA PCRを使用 ・small RNAの濃縮が不要 ・わずか1塩基のミスマッチも識別可能 ・以下の定量PCRパネルから選択可能 各種パネルを用いた解析 Cycle number 35 プロファイリング用パネル (ヒト、マウス&ラット) 約750種類 (ヒト) 、約630種類 (マウス) +約350種類 (ラット) のmiRNA検出プライマーを搭載 30 25 20 15 10 5 フォーカスパネル (ヒト:Cancer) がん遺伝子や腫瘍抑制因子に関連するmiRNA検出プライマーを搭載 0 フォーカスパネル (ヒト:Serum/Plasma) 血清や血漿中のmicroRNAプロファイリング専用の、市販製品の中でも最も包括的なプラットフォーム 10 pg 100 pg hsa-miR-145 (C) hsa-miR-21 (C) hsa-let-7e (C) 1 ng 10 ng 100 ng hsa-miR-145* (C) hsa-miR-126 (H) hsa-miR-499-5p (H) 納品 数値化・解析 定量 PCR 反応 合成 cDNA Total RNA 品質検定 抽出 Total RNA ︵ Op. ︶ 検体・依頼書送付 血清/血漿由来の 場合、QC PCR パネル使用 1 pg Total RNA input in RT reaction カスタムPick-&-Mixパネル プレートレイアウトとmicroRNA検出プライマーを選択して、 ご自身の研究に最適なプラットフォームを作成 受託サービス の流れ R2 = 0.984 R2 = 0.935 R2 = 0.910 納品 miRCURY LNA™ microRNA 300 ng 100 ng 30 ng シグナル 数値化・解析 スキャニング ハイブリ ダイゼーション 標識化 プローブ作製 Total RNA 品質検定 抽出 Total RNA ︵ Op. ︶ 検体・依頼書送付 受託サービス の流れ ● T/N 1,000 ng vs. T/N 高い再現性 受託サービスの詳細は弊社ウェブカタログでご確認ください。 ・本パンフレットで紹介した製品はすべて研究用として販売しております。 ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。 また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。 ・タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。 ・本パンフレットに記載された会社名および製品名などは、各社の商号、 または登録済みもしくは未登録の商標であり、 これらは各所有者に帰属します。 ・本パンフレット記載の価格は2015年3月1日現在の希望小売価格です。価格に消費税は含まれておりません。 取扱店 東京支店 関西支店 TEL 03-3271-8553 TEL 077-565-6969 FAX 03-3271-7282 FAX 077-565-6995 TaKaRa テクニカルサポートライン、受託窓口 TEL 077-543-6116 FAX 077-543-1977 Website Facebook http://www.takara-bio.co.jp http://www.facebook.com/takarabio.jp 2015年2月作成30K
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