©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com Prism6での変更について GraphPad Prism 6は、様々な点で改善されていますが、Prismのコンセプトに変更はありません。Prism 5（あるいは、旧 バージョン）を知っているなら、実質的に学習なしでPrism 6を使うことができます。 「どの改善が最も重要か？」という質問に対する回答は、それぞれのユーザーが異なった使い方をするので１つに絞ること はできません。ある人にとっては素晴らしい新機能でも、他の人にはどうでも良いものかもしれません。この資料はほと んどの人にとって参考になると思われるショート・リストです： • より簡単にPrismを使い始められることと、より簡単にPrismで使いたい機能が見つけられることに最大の努力が払われまし た。 • 多重比較検定で、「正確なP値」の出力の要望が多数ありました。Prism 6でのほとんどの多重比較検定で、多重性調整 済みP値(multiplicity adjusted P values)が出力されます。加えて、一元配置ANOVAでは、ホルムの方法(Holm’s method) とフィッシャーの最小有意差検定(Fisher’s LSD test)が、二元配置ANOVAでも多くの新しい選択が可能になりました。 • 行と列のタイトルで、より長く、二行以上の複数行や、太字、斜体、下線を利用できます。 • 円グラフ、ドーナツグラフ、積み上げ、パーセントグラフが追加され、その為の新しいデータ・テーブル形式が追加され ました。 Prism 6の試用を簡単にしました。Prismデモ版はPrismの全機能を30日間利用できます。 前のバージョンを削除することなし にインストールできます。Prism 6は全ての以前のバージョンのファイルの読み込みができます。加えて、Prism 4 または 5(除く、初期バージョン)で読み込み可能な形式で保存できます。 1 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com より簡単に 4 回帰と曲線 16 より簡単に使い始められるように 4 非線形回帰 16 Prism の理解を助けるグラフ・ポートフォリオ 4 統計機能 一元配置 ANOVA の改善 4 4 多重性調整済み(正確な)P 値 4 制約なし最小有意差検定(Fisher’s unprotected LSD) 5 Holm-Sidak の多重比較 5 より多くの群での Dunnett 検定 5 等分散に対する Browne と Forsythe 検定 5 有意水準（α） 0.1 が可能 6 二元配置 ANOVA の改善 6 有意水準（α） 0.1 が可能 6 単純主効果検定 繰返し測定データ ANOVA の改善 球面性の仮定を避けるグリーンハウス・ガイザー補正 (Greenhouse-Geisser correction) 10 球面性の仮定無しの繰返し測定一元配置 ANOVA の信頼区間 10 新しい分析機能 16 等式をコンパクトなままモデルを異なるデータセットに当て嵌め 16 Hougaard の歪度でパラメータの非線形性を定量化 16 調整済み R2 の表示 線形回帰 ワンクリックで非線形回帰へ切り替 最適な数式のコピー＆ペースト シミュレーション 行データと分割表のシミュレーション モンテ・カルロ シミュレーション 関数のプロット 6 10 16 微分方程式で定義されるモデルの当て嵌め K 10 両方の因子に於ける繰返し測定データ二元配置 ANOVA 16 陰関数で定義されるモデルの当て嵌め Y による重み付け 6 Holm-Sidak 多重比較 標準曲線からの補間が簡単に 10 17 17 17 17 17 17 17 17 18 導関数または積分で関数をプロット 18 陰関数又は微分方程式で定義される関数のプロット 18 作業のオーガナイズ 19 データ管理 19 同時に複数のｔ検定を実行 10 カラムとサブカラムの拡張 19 多くのデータから外れ値を特定 11 データ・テーブルにリンク・データや結果のペースト 19 全体での割合 12 除外データのエクスポート又は、コピー方法の選択 19 期待される分布と観察された明確な分布を比較 12 2 行または 3 行の列タイトルと行タイトルの入力 20 ｔ検定（及びノンパラメトリック検定）での選択項目の増加 13 一度にすべての行タイトルの表示と編集 20 Mann-Whitney 検定：差分に対する中央値間での CI の計算 13 非常に長い行タイトルの表示と編集 20 別のノンパラメトリック検定： コルモゴロフ・スミルノフ (Kolmogorov-Smirnov) 13 行と列タイトルで太字、斜体および下線が利用可能 20 ウィルコクソン(Wilcoxon) 検定：中央値の信頼区間を計算 14 LabArchives と一体化 Wilcoxon 符号付き順位検定：結合された列への Pratt の手法の使用 14 ノンパラメトリック検定による正確な P 値の速やかな計算 14 より簡単に見つけ出します 21 比の t 検定による対応のあるデータを分析 14 シートの検索機能 21 より正確なウェルチの t 検定(Welch ｔ test) 15 シート/検索結果ファミリーの全シートをギャラリー表示 21 15 データ・テーブルの複製時にリネーム 21 ハザード比の別の計算手法 15 グラフ表示速度を上げるためにポイントを除外 21 ハザード比のより完全な出力 15 セッティング・ダイアログ・オプションのデフォルト化 21 生存期間の中央値の比のより完全な出力 15 エクスポート後、フォルダを開くかどうか選択 22 生存分析 作業をより効率的に 保存し忘れたファイルを開く 基本機能の改善 画面上でのグラフィックスの改善（Windows） 2 20 21 22 23 23 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com ネットワーク上での保存の高速化(Windows) 23 一度に 2 つの Prism を起動可能（Windows） 23 アップデートの自動チェック (Mac) 23 LinkBack のサポート（Mac） 23 グラフ作成 24 パイグラフ(円グラフ) 24 新しい種類のデータ・テーブル 24 パイ、ドーナツ、積み上げ、およびパーセンテージ・プロット 24 期待分布と測定値を比較 グラフ作成、全般 24 24 選択されたデータの範囲に対応する点のセットを再フォーマット 24 標準の軸数値目盛の反対側に目盛を追加 24 X 軸の長さを指定しグラフの大きさを変更 25 描画ツールの追加 25 より細い直線や曲線が可能 25 エクスポート書式の増加 25 インポート可能画像形式の増加（Windows のみ） 25 簡単に右 Y 軸だけのグラフを作成 26 データセットのグループを選択しグラフ・フォーマットを変更 26 グラフ・フォーマット ダイアログに "Apply" ボタンを追加 26 大量のデータセット描画の高速化 カ ラムプロット・グラフ種類追加 26 27 線でカラムのデータ・グループを分割 27 線でカラム平均を結ぶ 27 散布図で平均や中央値の線の長さを制御 27 箱とひげ図での外れ値の表示位置の調整 28 棒グラフで個々のデータを重ね書き 28 箱ひげ図で個々のデータを重ね書き より多くの分析結果をプロット 多重比較信頼区間のグラフ表示 順位、残差および差分のグラフ表示 レイアウト 28 28 28 29 29 グラフの 90 度回転 29 リンク・オブジェクトではなく画像として、グラフを割り当て 29 他のプロジェクトのグラフの割り当てがより簡単に 29 全てのレイアウトの拡大、縮小 30 レイアウト上でグラフのトリミングや枠線の追加 30 縮尺率の制御 30 3 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com より簡単に 統計機能 Prismの習得がより簡単にできるようになりました。 様々な点でPrismの統計機能を強化し、要望のあった新しいオプションを 加えました。 より簡単に使い始められるように 一元配置 ANOVA の改善 Prism 5では、ようこそ(Welcome)ダイアログでグラフ・タイプを選び、同 時に必要なデータ・テーブルのタイプを選びました。もちろん、後でグラ フ・タイプを変更することができます。いずれの方法でも、小さなアイコ ンのセットから選びますが、時々どのようなグラフになるか明確ではあり ません。 多重性調整済み(正確な)P 値 Prismユーザーから最も多かった提案は、PrismでANOVAに続く多重比較に ついて「正確なP値」を出力することでした。Prism 6は、これを行うた めに2つの非常に異なるアプローチを提供します。このセクションでは、 多様性調整済みP値(multiplicity adjusted P values)について説明しま す。次のセクションでは、フィッシャーの最小有意差検定(Fisher's Least Significant Difference test)から計算されるP値を説明します。 Prism 6では、ようこそ(Welcome)ダイアログでグラフ・タイプを選択し ません。その代わりに、最初にグラフを見てグラフ・タイプを選びます。 今まで通りアイコンのセットから選択をすることで、グラフ・タイプを 選びます。しかしPrism 6では、(あなたのデータにより)どのようなグラ フになるかを表示します。すべてのグラフ・タイプを試し、データがど のように表示されるか見ることができます。 Prism 5が一元配置ANOVAに続き多重比較を行ったとき、0.05迄、或いは 0.01まで、或いは他の値など様々な設定のα(比較のファミリーに適用さ れる有意水準)で、比較ファミリーについての統計的有意性が定義されま した。比較ファミリーの一部として分析されるとき、個々の比較が0.0001 のレベル、0.001のレベル、0.01のレベル、または、0.05のレベルで統計 学的に有意であるならば、Prism 5は出力できます。 Bonferroni、TukeyまたはDunnettの多重比較検定は、Prism 6で更に改善 され 、各々の比較のための 多重性調整済みP値 が出力されます。 個々 の比較が、かろうじて統計的に有意であると言えるだけである場合、こ れは 最小有意水準（比較の全てのファミリーに適用されました）です。 調整済みP値は、各々の比較のために報告される「正確なP値」です。 しかし、計算は比較の全てのファミリーを考慮します。調整済みP値の値は、 行われる比較の数と全ての比較についてのデータに依存します。 Prism の理解を助けるグラフ・ポートフォリオ Prism 5で用意されていたサンプル・データセットは、Prismのコンセプト だけではなく医学統計学を理解する上でも有益であると多くのユーザー から好評を頂いておりました。サンプル・データセットはPrism6でも一部 改善され、用意されています。 加えて、Prism 6ではサンプル・グラフのポートフォリオをブラウズするこ とができます。これらポートフォリオは、データと分析で完成されたグラ フで構成されています。 グラフを開き、それがどのように作成されたか を調べることができます。グラフの多くは詳細な説明のウェブ・ページに リンクしています。 4 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 下のスクリーン・ショットは、一元配置ANOVAメニューにて、サンプル・デ ータを用いたTukeyの多重比較検定で、多重性調整済みP値を算出した結果 です。 した 。 Holm-Sidak の多重比較 Bonferroni、TukeyまたはDunnettの手法は、すべて信頼区間と有意性レベ ル（そしてPrism 6では、オプションで先に説明した多重性調整済みP値） の両方を個々に出力します。 全ての人に同意されているわけではありませんが、開発者であるDr.Harvey 氏は有意性レベルに比べ、信頼区間がより有益であるとの見解を示していま す。信頼区間を重要でないと考えるのであれば、Prism 6ではANOVAの後に Holm-Sidakの多重比較検定を行うこと ができます。 群のすべての組の平 均を比較することを選ぶ際、他の全ての群平均をコントロール平均と比 較する際、または比較する平均の組を選ぶ際、Holm-Sidakの手法を実行 することが可能です。Holm-Sidak手法は他の手法より高い検出力を持ちま すが、他の多重比較検定の手法とは異なり、信頼区間を生成することがで きません。信頼区間を算出しない多重比較多検定にNewman-Keulsの手法が あります。Prismの以前のバージョンと同じようにPrism6でも Newman-Keulsの手法を提供しているものの、一般的に推奨されていません。 制約なし最小有意差検定(Fisher’s unprotected LSD) 一部の科学研究者は、データの分析において形式上多重性を調整しないこ とを好みますが、結果の解釈においては多重比較として説明しがちです。 そのためPrism 6では、制約なし最小有意差検定（Fisher's Least Significant Difference (LSD) testを提供します。 より多くの群での Dunnett 検定 最小有意差検定（Fisher's LSD test）では個々の比較に有意水準（α） が適用されますが、ファミリー全体を含めた比較ではないので、最 小有意差検定での統計学的有意性は他の多重比較検定（Tukey、 Bonferroni、Dunnett）のそれと比較することができません。 同様に、最小有意差検定からのP値は、前述の多重性調整済みP値と比較 することはできません。最小有意差検定からのP値は、一つの比較のみを 考慮します。多重性調整済みP値は、比較のファミリー全体を考慮します。 最小有意差検定は他の検定より、より高い検出力を持ちますが、はるか に多くの偽の「有意な」相違も検出します。それは多重比較の基本問題 で、この問題に対処するために他の手法（Tukey、その他）が開発されま Prism 5は、20個以下の群でDunnettの多重比較検定の計算が可能でした。 Prism 6は、さらに多くの群を取り扱うことができます。 等分散に対する Browne と Forsythe 検定 一元配置ANOVAは、すべてのデータが、たとえそれらが異なる平均 （値）を持つとしても、同じ標準偏差（言い換えれば、同じ分散） の正規分布からで標本抽出されるという仮定に基づきます。 Prism 5は、バートレット検定(Bartlett's test)での標準偏差は等しいとい う仮定で検定します。帰無仮説は、すべての群が同じ標準偏差の母集団で あり、その母集団から標本抽出されるということです。 P値が小さいならば、 その仮説は棄却され、その代わりとして、群で異なる標準偏差を持つと結論 付けられます。データが本当に正規分布から標本抽出されるならば、バー 5 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com トレット検定は正しい結果を導きます。しかし、分布がわずかでも理想の 正規分布から外れるならば、標準偏差の差が小さくても、バートレット検 定はP値を小さく報告することがありえます。このため、統計学者の多くが この検定を推奨していません。 比較のそのセットは、比較の1つのファミリーと考えられます。 Prism 5 は、Bonferroniの手法をでしか多重性を調整することができません。 Prism 6では、他にHolmの手法を用いることができます。この手法は Bonferroniの手法より検出力が高い手法ですが、信頼区間を生成するこ とができません。 Prism 6には、Browne-Forsytheの検定が加わりました。それらはバート レット検定と同じ目的を持ちますが、正規性から小さい偏りにより敏感で はありません。Prism 6は、両方の検定を一元配置ANOVAと同時に示しま す。バートレット検定結果を無視し、Browne-Forsythe検定の結果だけ を見ることを提案します。 有意水準（α） 0.1 が可能 Prism５で(0.05, 0.01, 0.001)から選択できたのと同様に、一元配置ANOVA と二元配置ANOVAの両方で、αを0.1に定義できます。 単純主効果検定 2つ以上データセットがある場合、Prism 5で提供可能な多重比較検定は1 種類だけした。Prism 5は同じ列の各平均（値）をその他の平均（値） と比較するか、列の各平均をコントロール平均と比較することができ ました。両方の場合ともに、Bonferroni補正が使われます。 Prism 6では、より多くの選択項目が提供されます。 有意水準（α） 0.1 が可能 Prism５で(0.05, 0.01, 0.001)から選択できたのと同様に、多重比較検 定でも、αを0.1に定義できます。 二元配置 ANOVA の改善 Holm-Sidak 多重比較 通常、二元配置ANOVAでは2つのデータセット（行）だけで行われます。 多重比較検定は、2つの平均を各々の列で比較します。 6 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 行データが2つだけの場合、同様にPrism6は列の各平均と他の平均を比較 することができます。 列の単純主効果 行単位による各列の平均を比較 Prism 5ではこの比較しか行えません。 各列の平均を計算し、それらの平均を比較します。列平均間の比較の全セ ットは、比較の1つのファミリーです。行因子が重要でないことを二元配置 ANOVA結果が示すならば、これは理解できます。3つのデータセット列が3つ の異なる薬物製剤を表し、各行は異なる時点を表すと考えてみてください。 ANOVAの結果により、時間が重要な因子ではないことが示される場合 、列 平均を比較することが考えられます。3つの薬のすべての時点で平均された 結果が比較されます。 7 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 行の単純主効果 列データの単純主効果 各行の平均を計算し、それらの平均を比較します。行平均間の比較の全セ 列データごとに、行を比較します。Prismでは一つの列を一つのファミリ ットは、比較の1つのファミリーです。行因子が重要でないことを二元配置 ーとして比較の各セットを扱うことができるので、全体の分析には比較の ANOVA結果が示すならば、このアプローチは有効かもしれません。上記の例 いくつかのファミリーが出来ます。上記の例では、3つの薬が非常に異な で、 ANOVAの結果、3つの異なる薬が基本的に同一であると示されたと想像 る影響を持つとき、これは意味があります。各々の薬に対して、いくつか してください。結果を異なる時間で比較するために、行平均を各時点で3つ の時点を比較したいかもしれません。Prismでは、すべての比較を、比較 の薬全ての平均値データと比較できます。 の1つのファミリーとみなすようにすることもできます。 8 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 行データの単純主効果 列と行に関係なくセル平均を比較 列と行に関係なくセル平均を比較します。比較の全セットは、比較の1つの ファミリーであると考えられます。 行データごとに、列を比較します。各行での比較の全セットを一つのファ ミリーとして、定義できるので、全ての分析は、いくつかの比較のファミ リーを持ちます。上記の例では、所定の時点に各々の薬を各々の他剤で比 較しています。各時点に対して繰り返します。あるいは、すべての比較が 比較の単一ファミリーとみなされるように、指定することができます。 9 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 繰返し測定データ ANOVA の改善 Prism6では、球面性を仮定せず、繰返し測定ANOVA（一元配置または二元配 置）を実行することが可能です。Prismは、仮定が阻害される程度が定量化 し、グリーンハウス・ガイザー(Greenhouse-Geisser)イプシロン（ε）と して知られている値を出力します。この値は、P値が計算されるときに考慮 されるため、球面性を仮定しないオプション選択の有無により出力されるP 値が異なります。オプションを選択しない場合の方が、オプションを選択し た場合に比べ、P値は大きくなります。 両方の因子に於ける繰返し測定データ二元配置 ANOVA Prismの前バージョンは、 2つの因子のどちらか一つだけでも、繰返し測 定として指定することが可能でした。しかし、それは両方の因子が繰返し 測定である場合、実験の意図を反映することができません。Prism 6は、 両方の因子が繰返し測定である データを分析することができます。たと えば、各々の動物をいくつかの時点で測定（1つの因子）し、いくつかの 処置を行う（他の因子）場合もあります。 球面性の仮定無しの繰返し測定一元配置 ANOVA の信頼区間 球面性の仮定を避けるグリーンハウス・ガイザー補正 (Greenhouse-Geisser correction) 球面性を仮定しないオプション（前項参照）を選択するとき、Prismは異 なった多重比較検定を行います。 繰返し測定ANOVAは、球面性、循環性または複合対称性（sphericity, circularity / compound symmetry）と呼ばれている仮定に基づきます。 繰返し測定ANOVAは、同じ個体で処置の相違を見ます。仮定は処置AとBの 間の相違のばらつきが処置BとCの間の相違の変動と等しいということで す。そして、それは処置AとC....の間の相違の変動と等しいということで す。すべての統計学上の仮定の様に、この仮定は、この個々のデータセッ トではなく、データが標本抽出された母集団に関係します。 すべての群（球面性仮定に依存する）からプールした変動を使うその代わ りとして、比較されている2つの処置においてそのデータだけを使って多重 比較計算は行われます。計算は、比較の総数について行われますが、すべ ての群の変動はプールしません。 球面性の仮定が有効でないならば、これらの信頼区間はPrism 5によって 計算されるものより適切と言えます。 繰返し測定がとても短い間隔で行われる場合、球面性の仮定は成り立たな いと思われます。そのため、個々の高い（あるいは、低い）値をとる偶然 要因は、次の測定の前に洗い流されたり消えたりしません。仮定が成り立 たなくなることを避けるために、被験者が基本的に処置の前と同じように あるように、十分に長く処置の間隔を置きます。また、可能であれば処置 の序列をランダム化します。 新しい分析機能 Prism 6に4つの新しい分析を加えました。 同時に複数のｔ検定を実行 仮定に反する場合、ANOVA（処置効果に対して）によって返されるP値はとて も小さくなります。多重比較検定結果をみると、信頼区間の幅が広いものや、 狭くなっているものがあります。これはいくつかの調整済みP値が大きい、 または小さいことを意味します。 10 Prismのｔ検定分析は、データの1つの行の平均をもう一つの平均で比較し ます。一度にたくさんの比較を行う必要がある場合がありますが、Prism 6 の新しい分析はこれを容易にします。 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com いうのが目的です。統計的に有意という用語はFDR手法では使えない ことに注意してください。 多重比較についての修正なしでの統計学上の有意性 各々のP値は、個々に他とは独立に解釈します。 多くの場合まず、有意 水準、すなわちαを指定します。もし、P値がα未満ならば、その比較は 統計学的に有意と考えます。私たちは、このような比較の多重性を考慮 しないやり方を推奨しません。 多くのデータから外れ値を特定 外れ値の存在は、多くの統計解析で問題となります。Prism 5で、ROUT method for identifying outliers非線形回帰によるカーブ・フィット を導入しました。しかし、Prism 5はデータの行で外れ値を特定するこ とができません。GraphPad Software社が無料で提供するウェブ計算機 グループプロット データ・テーブルの2つの行へ、データを入力します。 「QuickCalcs」で最も利用されたものは、Grubbs検定を使って外れ値を データの各々の列に対して独立したｔ検定が計算されます。 特定するものでした。これを反映し、Prism 6にGrubbs検定が取りいれら れました。 Prismは、各々の列に関するP値を計算する2つの方法を提供します。１つ は、各々の列のデータから各々標準偏差を計算して比較する方法です。も 行データから外れ値を特定するためにPrism6は、新しい分析機能を提供し う1つは、すべての列のデータが、同じ標準偏差を持つ母集団から抽出さ ます。この分析を使う前に、データから外れ値を除外するために、最初に、 れると仮定します。その仮定に於いて、Prismはすべての列から一つのプ ールされた標準偏差を計算し、各々のｔ検定により高い検出力を与えます。 これに意味があるかどうか考えましょう。同様に対数正規分布に注意して 下さい。対数正規分布している場合、簡単に誤って外れ値として特定され てしまうからです。 各々の列について、ｔ値とP値を表にすることに加え、Prismは更に分析する ために十分に小さいP値で列にフラグを立てることができます。また別の分 析ページ上に、これらの小さなP値の列は表にされ、P値でソートされます。 更に分析が必要なほどP値が小さい場合、Prismは定義について3つの選択を 提供します。 False Discovery Rate (FDR; 推奨) Q値は、棄却された仮説のうち真に仮説が正しいものの最大の割合で す。言い換えると、それは望まれるFDRの最大値です。「発見」とし てフラグを立てられるデータのすべての列のうち、発見の少なくと も100%-Q%が母平均の本当の差分であるのに対して、列のわずかQ%が 間違った発見（データのランダムなちらばりのために）である、と 11 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 全体での割合 この分析は、行の合計、列の合計又は総計の割合（あるいは、パーセント） として、各々の値を計算します。 3つの手法から選びます • Grubbsの手法 − ESD (Extreme Studentized Deviate)手法と 呼ばれます。それは、1つの外れ値を見つけることができるだ けです。 テーブルに入力される値が対象者またはイベントの実数を示すならば、この 分析は同様に各々の比のために二項分布を想定する95%の信頼区間を計算す ることができます。 • 反復的Grubbsの手法 − 外れ値が見つかった場合、それは取り除か れ、残りの値で、繰り返し検定されます。この手法に関する問題 は、2つの外れ値があるとき、この手法がどちらでも特定に失敗 するということです。 • ROUT手法 – ROUT手法は多くの外れ値（標本の大きさの最高30%）を 見つけることができます。これと同じ手法を、Prismは非線形回帰か ら外れ値を見つけるために使います。 Prism 6は、基本的に水平ラ インをデータ（任意のX値を使う）に当て嵌めて、外れ値を特定する ために、ROUTを使います。 期待される分布と観察された明確な分布を比較 新しい分析は、ダイアログに入力する理論的分布（期待される分布）で、 テーブル全体の一部に入力した分布（予想された分布）を比較します。 3つの手法のどれも、積極的に外れ値を特定する方法を指定する必要があ ります。それは、アルファ（Grubbs）またはQ（ROUT）の値のセッティン グをすることで行います。 12 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com ｔ検定（及びノンパラメトリック検定）での選択項目の増加 Mann-Whitney 検定：差分に対する中央値間での CI の計算 ノンパラメトリックなMann-Whitney検定は、多くの場合2つの群の中央値の 比較として説明されます。それは明らかに適切ではありません。なぜなら、 Mann-Whitney検定によって、2つの群に有意な差があったとしても、2つの 群が同じ中央値を持つことがあり得るからです。しかし、2つの分布が大体 同じ形を持つと想定できるならば、2つの中央値の比較としてMann-Whitney 検定を考えることは正しいです。そのため、Prism 6では2つの中央値の差 分に対する信頼区間を出力するようにしました。 別のノンパラメトリック検定： コルモゴロフ・スミルノフ (Kolmogorov-Smirnov) 3つ以上のカテゴリーのためにデータを入力する場合、Prismはカイ二乗 適合度検定を行います。 2つのカテゴリー（二者択一の結果）のために データを入力するならば、Prismは正確な二項検定、または、カイ二乗 検定（近似）を計算することができます。 分割表分析の様に、この分析はデータ・テーブルが各々のカテゴリーで観 察されるイベント又は対象の実際の数を含むことを必要とします。パーセ ンテージ、割合または基準化率が入力される場合、その結果は誤った解釈 を導くこととなります。 Prismは、2つの群を比較するためのノンパラメトリックな手法として Mann-Whitney検定を長い間提供してきました。科学の多くの分野で、 Kolmogorov-Smirnov検定が好まれるため、Prism 6でもこの手法を組み 入れました。 Kolmogorov-Smirnov検定は、2つの累積分布の最大差分について調べます。 それは、2つの分布の何らか‐中央値、分散または分布の形が相違するかに ついての検定です。 13 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com Prism 6はとても速く正確な計算を実行することができ、Prism 5よりも非 常に大きなデータセットに対して、正確な計算を行います。Prism 6は同様 に、複数の値が同一で同じ順位を連結するときでも、正確な計算を実行す ることができます。このように、大きなデータセットの場合は計算速度の 関係で近似P値に変わりますが、近似値が正確な値とほとんど等しくなる ため、Prism 6はより多くの分析に関して正確なP値を出力します。 この検定、（Prism 6にとって新しい）Kolmogorov-Smirnov検定を正規性 のための検定として使用しないでください。その検定では、分布が正規理 論分布と比較されます。歴史的な理由により、3つの正規性検定のうちの1つ をPrismに含めましたが、推奨しません。 比の t 検定による対応のあるデータを分析 多くの場合、前後のデータを分析するために対応のあるｔ検定が使われま す。前値がかなり変化しやすかったとしても、前値と後値の差分は整合性 のとれた測定といえます。対応のあるｔ検定は、各対の差分を分析するこ とによって、平均差分がゼロである帰無仮説を検定します。 ウィルコクソン(Wilcoxon) 検定：中央値の信頼区間を計算 ある種類のデータで、前後の差分は、整合性がとれている測定の結果であ りません。制御値がより大きい場合、差分はより大きいかもしれません。 比（後値/前値）は、処置の効果を定量化する非常により整合性がとれてい る方法といえます。実際に、比の対数を分析することで非常に良い結果が 得られることが判明しています。いくつかの分析を連結し、対数と真数に ついて考えることによって、Prismの以前のバージョンで 比のt検定を実行 することはできます。比 の ｔ 検 定 を ｔ 検 定 ダ イ ア ロ グ で 選 択 す る こ と で 、 Prism 6は そ れ を よ り 簡 単 に 可 能 に し ま す 。 標準の対応のあるｔ検定は、 測定された前後の差分に整合性があるかどうか調べます。対応のある比のt 検定は、後値/前値の比に整合性があるかどうかを調べます。 ウィルコクソン(Wilcoxon)符号付き順位検定（対応のあるｔ検定のノンパ ラメトリック版）とウィルコクソン(Wilcoxon)順位和検定（ｔ検定のノン パラメトリック版）は、中央値の信頼区間を出力します。 Wilcoxon 符号付き順位検定：結合された列への Pratt の手法の使用 2つのマッチした群をWilcoxon符号付き順位検定で比較する場合、同一の 値を持つ組に対処する2つの方法があります。Prismの以前のバージョン や多くのプログラムでは、単にそれらの組が無視されます。Prism 6は一 組を無視するか、Prattの手法を使う（それを推奨します）かの選択が出 来ます。 ノンパラメトリック検定による正確な P 値の速やかな計算 Prismは、常に大きさの小さい標本でノンパラメトリック検定に関する正 確なP値を計算しています。しかし、計算の遅さを避けるために、大きな データで近似P値を出力します。それは同様に複数の値が同一のとき、近 似P値を出力し、同じ順位のものを連結します。 14 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com より正確なウェルチの t 検定(Welch ｔ test) ウェルチｔ検定はより正確です。ｔ検定のこの修正は、自由度の変更によ って、不等分散の可能性を説明します。 以前のPrismのバージョンは、P値 を計算する前に自由度を整数にまるめていました。Prism 6は小数自由度を 使用してP値を計算することができ、結果がより正確になりました。 生存分析 ハザード比の別の計算手法 Prism 5は、マンテル‐ヘンツェル(Mantel-Haenszel)法を使用してハザ ード比を計算しました。Prism 6は、同様にログランク手法を用いてそれ を計算します。2つの手法は、通常非常に類似した結果が得られますが、 常にではありません。 ハザード比のより完全な出力 Prism 5は、第2群を基準として、ハザード比とその信頼区間を出力して いました。Prism 6はその逆のハザード比も出力します。既治療と対照 の比が0.5である、あるいは、対照と既治療の比が2.0であると考えたい 場合もあると思います。Prism 6は、両方とも出力します。 生存期間の中央値の比のより完全な出力 ハザード比の様に、生存期間の中央値の比は、2つの方法で出力されます。 つまり、群Aを群Bに比較した比、(逆に)群Bを群Aに比較したときの比です。 15 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 非線形回帰 に対して、異なるモデルを定義することができます。例えば、<B>に 先行する等式の行を、データセットBだけに適用させる事が可能です。 ユーザーの中には、Prism5の処理能力以上に複雑なモデルの作成を試 みようとする方が数人いました。これを受けて、Prism6では、等式の 幾つかの行をデータセットのグループに適用できるようにシンタッ クスを拡張します。 標準曲線からの補間が簡単に Hougaard の歪度でパラメータの非線形性を定量化 RIAまたはELISA分析によって生成される標準曲線から、未知数を補間するの に難しいプロセスは要りません。しかし、非線形回帰分析は多くの目的に使 われるため、補間に関連しない多くのオプションが含まれます。補間するだ けが目的の場合、これらのオプションに圧倒されるのではないでしょうか。 Prism 6から、目的が標準からカーブを補間することに特化した分析メニュ ーが加わり、より簡単に非線形回帰分析を使うことができます。 科学的なモデルを非線形回帰で使用する等式に変えるとき、パラメータ を表すために、多くのやり方があります。たとえば、指数関数的減衰は 速度定数または時間定数による等式として書くことができます。 用量反応曲線は、EC50、または、logEC50を使って描くことができます。シ グモイド酵素反応速度は、KhalfまたはKprimeを使って描くことができま す。 回帰と曲線 陰関数で定義されるモデルの当て嵌め 相同な数式を選択した場合、平方和、R2または曲線の形状に影響を及ぼ しません。しかし、選択は重要です。多くのデータセットをシミュレー ションし、パラメータの最適合値の分布を見ると、いくつかのパラメー タの分布はほぼ対称形でも、他のパラメータは非常に歪んでいることが あります。パラメータの分布が非常に歪んでいる場合、SEもそのパラメ ータの信頼区間も表示通りに解釈することができません。 陰関数等式は、Yが等号の両側である等式です。1つの活用法は、リガ ンドのかなりの部分が結合する（リガンドの遊離濃度が加算濃度とほ ぼ同一であると想定することができないことを意味します）受容体結 合実験です。 XとYが同じ単位で入力されるならば、X-Y（加算濃度ー受 容体結合濃度）として遊離濃度を計算することができます、しかし、こ こでYは等式の両側に置かれます。Prism 6では、以前のバージョンと違 って、この種のモデルを当て嵌めることができます。 Prism 6は、パラメータがどれくらい対称形か、簡単に知ることができま す。非線形回帰ダイアログのDiagnosticsタブで、新しいオプションをチ ェックすると、Prismは各々のパラメータについてHougaardの歪度を計算 します。 Hougaardの歪度の絶対値が高いとき、パラメータは歪んでいま す。その場合、そのパラメータについて出力されたSEとCIは信用せずに、 数式を書き直すことを考えるべきでしょう。 微分方程式で定義されるモデルの当て嵌め 微分方程式は、Xに関するYの導関数を定義します。 単 純に、Y自体ではな く、Y'（Yの導係数）を定義する等式を入力します。たとえば、単純 指数関数的な崩壊モデルは、Y'=-KYとして入力します。 等式をコンパクトなままモデルを異なるデータセットに当て嵌め 等式の中の特定の行を指定することで、Prism5は異なるデータセット 16 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com K す。Prism 6では直線回帰ダイアログの"More choices"ボタンをクリックす るだけで、直線回帰を非線形回帰に切り替えます。 Y による重み付け モデルをデータに非線形回帰でフィッティングする場合、適切にデータ に重み付けすることは重要です。この選択は多くの場合、考慮されません が、それは回帰結果に影響を及ぼします。 Prismは、重み付けのために常 にいくつかの選択項目を提供しています。Prism 6は、1/YKによる新しい重 み付けの選択を提供します。 Kは定数で、非線形回帰ダイアログの重み付 けタブで入力します。 最適な数式のコピー＆ペースト Prismは、常に数式の形のでなく、傾きと切片に対する最適なフィット値を 報告していました。Prism 6は、グラフや原稿にコピー&ペーストできるよ うに、直線の数式を出力します。 Prismが常に提供する最も一般的に用いられる重み付け選択項目のうちの3 つは、この一般的なオプションの特別なケースです。重み付なしフィッテ ィングはKを0.0にセットすることに等しい； ポアソン重み付けは、K=1.0 をセットすることと同じです； そして、相対的な重み付けはK=2.0をセッ トすることに等しいです。この新しい選択では、これらの標準的な選択か ら、一つの重み付け方法を選ぶことができます。 シミュレーション 調整済み R2 の表示 行データと分割表のシミュレーション モデルを比較するとき、パラメータが多いモデルほど、点により近づけ るように曲げたりねじったりすることができるため、たいてい、より大 きいR2を持ちます。Prism 6はモデルの自由度の大きさを考慮し、調整済み R2を出力することができ、異なる数のパラメータを持つモデル同士を比較 することができます。 Prism 5ではXYデータを、シミュレーションできます。Prism 6は、更に行 データと2x2分割表データをシミュレーションできます。 XYと行データに ついて、Prism6ではポアソン分布と二項分布を含むより多くの乱数の発生 方法を提供します。 モンテ・カルロ シミュレーション 1つのデータセットをシミュレーションし、グラフと分析を見るだけのと き、シミュレーションは有効であり得ます。Prism 5では新しいデータを シミュレーションするために、繰り返しアイコンをクリックし、効果を 見ることができました。Prism 6は、多くのシミュレーション結果を表に することを簡単にする、新しいMonte Carloシミュレーション解析を提供 します。 線形回帰 ワンクリックで非線形回帰へ切り替 直線回帰は、非線形回帰の特別なケースとして見ることができます。 Prismの非線形回帰分析は直線にフィットするのに用いることができま 最初に、データをシミュレーションします。そして、シミュレーションさ 17 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com れたデータの表を分析します。その次に、Monte Carlo分析を実行します。 いくつシミュレーションを実行したいか、そして、どの分析パラメータを 表にしたいか指定します。同様にP値が0.05未満である、または信頼区間は 理論値を含むとして、"hit"を定義することができます。 Monte Carlo分析 の結果は、すべての表にされたデータ（更に分析することができるために） によるテーブルとヒットしたシミュレーションの数の表を含みます。 モンテカルロシミュレーションは（数値）実験によって最も良く理解でき ます。ｔ検定の検出力と信頼区間の正確さの一つの評価の例が、ここにあ ります。 なしでプロットすることができます。 関数のプロット 導関数または積分で関数をプロット データへのフィットのモデルとして等式を使用する前に、それを理解する ことは賢明です。これを行う優れた方法は、関数をプロットして、パラメ ータに変更を加えるとき、それがどのように変わるかを見ることです。あ る分析を行うPrismプロット関数は、Generate a family of curvesと呼ば れます。 それに加えて、 関数そのものをプロットされ、またPrism 6は、関数の一 次および二次導関数とその積分をプロットすることができます。 陰関数又は微分方程式で定義される関数のプロット Prism 6は、陰関数または微分方程式によって定義される関数をプロッ トすることができます。例えば Y=X2 のように同様に関数をパラメータ 18 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 除外データのエクスポート又は、コピー方法の選択 作業のオーガナイズ Prismは、データ・テーブルで値を除外できます。除外された値は、青文 字の斜体となりアスタリスクが追加され、Prismでグラフの作成、データ を分析するときは無視されます。 データ管理 除外値のアイデアはPrism独自のもので、データのエクスポートでの除外 を意味する標準的な方法はありません。Prism 6は、3つの選択を提供し ます。除外された値は以下のように表示されます： • それらが除外されたという事実を無視し、他の全ての値と同じ ように表示する • アスタリスクを追加する • 欠測値として、空白にする エクスポートするとき、この選択はエクスポート・ダイアログでセットさ れます。クリップボードへコピーするとき、選択は初期設定の File&Printerタブでセットされます。 カラムとサブカラムの拡張 Prism 5では カラムに最高104のデータをセット可能でした。 Prism 6は、 その制限を256まで上げました。 XYプロットまたはグループプロット・テーブルをつくるとき、データセット 当たりサブカラムは52にPrism 5では制限されていました。Prism 6はその制 限を上げ、最高256のサブカラムが可能です。これにより、Prismでより多く の対象者で繰返し測定二元配置ANOVAの計算が可能になります。 データ・テーブルにリンク・データや結果のペースト おそらく、値を移行するか、再編成するために、Paste Specialダイアログ でオプションを使用し、値を結果テーブルからコピーし、データ・テーブル の上に貼り付ける必要になり、拡張的にPrismを使うと思います。あるいは、 データをデータ・テーブル一部からコピーして、同じテーブルの別の箇所 または別のテーブル上にペーストしたいと思うかもしれません（おそらく ペーストで移していると思います）。 Prism 5では データ・テーブル上に結果（あるいは、データ）をペース トすると、値だけがペーストされました。値がどこからペーストされた のかたどる方法がなく、ペーストされた値は、元のデータが編集あるい は、置き換えられたときアップデートされませんでした。 Prism 6は、リンクをペーストすることが出来ます。データ・テーブル上 へペーストされる値がそのソースにリンクされ、更新されることを意味 します。 19 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 2 行または 3 行の列タイトルと行タイトルの入力 列または行タイトルの各々で、2行以上テキストを入力することができます。 タイトルで太字、斜体字、下線も使用できます（上付き文字、添え字とギ リシア文字を常に使用することもできます）。 行と列タイトルで太字、斜体および下線が利用可能 行と列タイトルの部分を太字、イタリックまたはアンダーラインにできま す。 LabArchives と一体化 LabArchives（www.labarchives.com）は、研究者の研究データを保存し、 まとめて、発表することができる革新的なウェブ・ベースの製品です。 "ELN" (Electronic Laboratory Notebook)よりはるかに、LabArchives は、検索と発表のための研究の保管と目録作りを行います。 一度にすべての行タイトルの表示と編集 Prism 6では、LabArchivesとの互換性が更に高まりました： • "LabArchive it"のクリックで、 直接ファイルを LabArchives（Prism 5.04と5.0dで導入されました）にアッ プロード 。 特に多くのサブカラムを持つXYプロットまたはグループプロット・テーブ ルでは、行タイトルの編集に時間がかかることがあります。一度に1つまた は2、3のタイトルを見ることしかできないので、その前後のタイトルにつ いてはスクロールしなければなりませんでした。 Prism 6のFormat Data Tableダイアログの新しいタブで、すべての行タイトルを表示し編集できま す。 • PrismでファイルをLabArchivesにアップロードするとき、 またPrism 6 （Prism 5でなく）ではLabArchivesにメモ、 タイトル、テキストボックス、その他で使われるすべての 言葉のリストを送ります。 このリストによりLabArchives の中で必要とするファイルを捜すことができます。 • Prism 6のWelcomeダイアログから、直接LabArchivesからファ イルを開くことができます。求めるファイルをダウンロード するために最初にlabarchives.comへ行く必要がありません。 非常に長い行タイトルの表示と編集 Prism 5は行タイトルの長さを制限し、多くの人がその制限にぶつかりま した。Prism 6で、行タイトルの長さは、実質的な制限を持ちません。 20 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 作業をより効率的に シート/検索結果ファミリーの全シートをギャラリー表示 Prism 5は、ギャラリーで一度にすべてのグラフを表示します。データ・テ ーブル、情報テーブル、分析結果とレイアウトについても同様です。同様にPrism 6は、リンクされたシートの全ファミリーをギャラリーで表示し、ギャラリ ーとして検索結果（上記参照）の全セットを表示します。 より簡単に見つけ出します 研究室に於いてPrismの利用者はよく入れ替わります。そこで、新しい人 ができるだけ簡単にPrismの使い方を見つけられるように努力しました。 Prism 5では、サンプル・データセットを導入しました。これらはまた説 明を含み、Prismでのデータ分析方法を学ぶことを簡単にしました。バー ジョン6では、グラフ作成の詳細を学ぶ方法として、 Welcomeダイアログ の右で、チュートリアル・グラフを選ぶことができます。 データ・テーブルの複製時にリネーム シートの検索機能 Prismでは手順としてプロジェクトを作成する必要があり、プロジェクトが 持つことのできるシートの数に制限はありません。Prismユーザーの中には、 何百ものシートを1つのファイルに入れる人もいました。しかし、彼らは必 要なシートを見つけるのに苦労していました。Prism 6は、プロジェクトの 中で指定されたテキストを含むすべてのシートを探すことが出来ます。 一般的に用いられる時間節約方法はファミリーでシートを複製し、次に新 しいコピーのデータを変えることです。Prism 5では 接頭辞を付けました。 それはすべての新しく作られたシート名に付けられました。ファミリーが 1つのデータ・テーブルだけを持つとき、Prism 6では、そのデータ・テ ーブルに新しい名称（接頭辞でなく）を指定します。 グラフ表示速度を上げるためにポイントを除外 数万あるいは数十万ポイントでのグラフ描画は、遅くなります。Prism 6 は、グラフの各Kポイント（Kを指定）中の1つだけを表示するように指定し、 再描画の速度を上げます。 セッティング・ダイアログ・オプションのデフォルト化 時間を節約するために、いくつかのダイアログには、現在の選択をデフォ 21 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com ルトにするチェックボックスが付きます。 エクスポート後、フォルダを開くかどうか選択 グラフ、レイアウトまたはテーブルをエクスポートした後に、Prism 5で は、常にファイルをエクスポートしたフォルダを、開くか確認します。 人によっては、これが面倒であるとわかりました。エクスポートにおい て、Prism 6はこのダイアログを表示しません。その代わりとして、Prism 6ではエクスポート・ダイアログでエクスポートした後にフォルダを開くかど うかを選択します。その選択をデフォルトにすることもできます。 保存し忘れたファイルを開く Prism（あらゆるプログラムと同様に）を終わるとき、全ての開いたファ イルの変更を保存するか尋ねます。これまでに偶然にNoをクリックして、 作業結果を失ったことはありませんか？ Prism 6は、無条件でファイル を特別な場所で保存し、 22 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 4日間保存したままでいます。 Welcomeダイアログからそれらの「保存され ていない」ファイルを開くことができます。 を可能にします。これは、WindowsのOLEと同じように働きます。グラフ またはレイアウトをPrismからコピーし、他のアプリへペーストします。 しかし、OLEがWindowsの一部として、Microsoftでサポートされますが、 LinkBackはOSXの一部ではなく、Appleによってサポートされません。そ れは一部のMacアプリだけで働き、残念なことにWord、PowerPointまたは Keynoteを含みません。 基本機能の改善 画面上でのグラフィックスの改善（Windows） Prismの画面でのグラフィックスのハンドリングを改善しました。グラ フのエクスポート或いは、印刷には影響を及ぼしませんが、Prism 6では グラフは画面に、より鮮明に表示されます。 ネットワーク上での保存の高速化(Windows) ネットワーク・ドライブに大きなプロジェクトを保存するとき、Prism 5 は時間が掛りました。Prism 6はより速くなりました。 一度に 2 つの Prism を起動可能（Windows） Prismを使うとき、同時起動は1つに限られています。複数のプロジェ クトを開く場合、各々のプロジェクトはより大きな全体的なPrismウィ ンドウの中の一つのウィンドウで扱われます。Prism 6では、Windows で同時に2つPrismを起動することができます。2つ目の起動をPrism 内から行うことはできません。プログラム・アイコンをダブルクリッ クします。 アップデートの自動チェック (Mac) Prism 5 Windows版は、自動的にアップデートを調べることができます。 これからは、Mac版でも可能になります。 LinkBack のサポート（Mac） LinkBackは、他のアプリにPrismグラフまたはレイアウトを埋め込むこと 23 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 期待分布と測定値を比較 グラフ作成 Prism 6には、 パイ・データを分析するために2つの新しい分析機能があり ます。全体の割合として、各々の値を計算します。カテゴリー間の値の観 察分布と、カイ二乗検定（カテゴリー数に係らず）、または、二項検定（カ テゴリーが2つの場合）を用いた理論で予想される分布を比較します。 パイグラフ(円グラフ) グラフ作成、全般 新しい種類のデータ・テーブル Prismは、数種類のデータ・テーブルを異なる種類のデータのために用 意します。 Prism 6は、パイ・データのために新しいテーブルを導入し ます。各々のカラムは、データセットを示し、そのカラムの各々の値 はカラムの合計の割合と解釈されます。 選択されたデータの範囲に対応する点のセットを再フォーマット Prism 5では、あらゆるデータ・ポイント（あるいは、バー）を右クリック して、グラフ上でその外観を変えることが可能でした。Prism 6は、この着 想を拡張します。データ・テーブルで、何らかのデータの範囲を選択し、 それらの点の外観を右クリックでFormat Pointsを選び変更します。 パイ、ドーナツ、積み上げ、およびパーセンテージ・プロット 最も一般にパイ・データは円グラフとしてプロットされますが、Prism 6はこれらのデータをプロットする複数の方法を提供します： 標準の軸数値目盛の反対側に目盛を追加 24 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com X 軸の長さを指定しグラフの大きさを変更 Prism 5のResize Graph(s)ダイアログは、全てのグラフ・オブジェクトの 幅を指定することでグラフ・サイズを変更します。しかし、リサイズの目 的が、全てのグラフ・オブジェクト（ラベルを含む）の大きさの変更では なく、軸の長さの変更の時があります。Prism 6では、その目的に対処する ため、希望する X軸の長さを指定することで、グラフの他の部分もそれに 合わせて大きさが変わります。 より細い直線や曲線が可能 1/4ポイントの直線と曲線が新しく選択できます。 Prism 5で、最も細いも のでも、1/2ポイントでした。画面では気づかないかもしれませんが、プリ ントアウトまたは高解像度エクスポートされたファイルでは分かります。 エクスポート書式の増加 Prismは、グラフとレイアウトのエクスポートでたくさんの選択肢を提供し ていますが、Prism 6は更に多くの書式を提供します（いくつかのジャーナ ルの要件についていくために）。 packbits方式同様に、LZWを用いてTIFフ ァイルを圧縮します。JPGでより高い解像度出力を選択できます。 インポート可能画像形式の増加（Windows のみ） Prism 6は、グラフまたはレイアウト上へより多くの種類の画像をインポー トすることができます。以下にそのリストを示します： Windowsエンハンスド・メタ・ファイル (.emf) Windowsメタ・ファイル (.wmf) TIFF (.tif;.tiff) JPEG (.jpg;.jp2;.j2k;.jpx) Portable Network Graphics (.png;.mng) Windowsビットマップ (.bmp) Graphics Interchangeフォーマット(.gif) Scalable Vector Graphicsフォーマット(.svg) 描画ツールの追加 L/ジグザクのラインと矢印の描画： 25 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com PC PaintBrush (.pcx) Truvision Targaフォーマット(.tga) Microsoft Paintフ ォ ー マ ッ ト (.msp) PhotoShop 3.0フォーマット (.psd) Windows ア イ コ ン /カ ー ソ ル ・ フ ォ ー マ ッ ト (.ico) Macintosh Pict (.pct;.pict) 簡単に右 Y 軸だけのグラフを作成 Prismは、2本目の軸として右Y軸を加えることは簡単でしが、Y軸を右側だ けに配置する場合、多くのステップがありました。完成したグラフも、見 た目では右側だけに軸が表示さるものの、実際には左Y軸にデータが割り当 てられているグラフでした。Prism 6は、プルダウンから左Y軸なしを選 択するだけで、自動的に右Y軸にデータが割り当てられます。 グラフ・フォーマット ダイアログに "Apply" ボタンを追加 Format GraphとFormat Axisダイアログは、非常に強力で、グラフの外観 を変更する、非常に多くのオプションがあります。一部の人々は、「OK」 をクリックし、続けてダイアログへ、更に変更をするために戻り、また それらの変更を見るために「OK」をクリックし、更に変更をするために、 また戻ることに気が付きます… Prism 6はこれを簡単にします。Format GraphまたはFormat Axesダイアログで"Apply"をクリックすることで、ダ イアログを閉じることなく変更の効果を見ことができます。 データセットのグループを選択しグラフ・フォーマットを変更 PrismのFormat Graphダイアログでは、常に 一度に1つのデータセットを変 えるか、"All"ボタンをクリックし、一度にすべてのデータセットを変える かのいずれかでした。Prism 6では、 データセットの定義済みのサブセッ トを一度に選ぶことができます。たとえば、データセットA、C、EとGを選 択し、それらのデータセットの全てを点線に変更できます。続いて、B、 D、FとHを選び、それらを実線にします。 大量のデータセット描画の高速化 膨大な（数万）数の点の データセットをプロットするときPrismは遅い 26 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com ように思われます。Prism 6はより反応がはやく、スクリーンにプロッ トされたデータ・ポイントのグラフ（移動、テキストや図形の追加、軸 のプロパティの変更、その他）の作業ができます。 ボル（おそらくエラー・バーで）を描画できます。Prism 6は、それらのシ ンボルを結合できます。 これはXYプロット・グラフのように見えますが、実際にはカラムテーブル のデータの4つのカラムをプロットします： カ ラムプロット・グラフ種類追加 線でカラムのデータ・グループを分割 Prism 5は、 隣接したカラム間に追加のスペースを置くことができます。 Prism 6では、同様にカラムの間にラインを設定することができます。 散布図で平均や中央値の線の長さを制御 この機能は、同様にグループプロット・グラフで有効です。 線でカラム平均を結ぶ Prism 5は、 カラムプロット・グラフ作成し、各々のカラムについてシン 27 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 箱ひげ図で個々のデータを重ね書き 箱とひげ図での外れ値の表示位置の調整 Prismの箱とひげ図のプロットではいくつかの選択があり、それらの 幾つかは最大値と最小値を個々のポイントとしてひげの上下にプロ ットします。Prism5では、これらのポイントは、常に重なりを避け るためにずらされました。Prism6では、その代わりにこれらのポイ ントの位置調整ができるようになります。 棒グラフで個々のデータを重ね書き Welcomeとnew graphダイアログで、棒グラフ上で個々のデータ・ポイント に対するシンボルの重ね書きを新しく選択できるようになりました。 より多くの分析結果をプロット 多重比較信頼区間のグラフ表示 一元配置/二元配置ANOVAダイアログに関するオプションで、 多重比較信頼区間をプロットします。 28 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com 順位、残差および差分のグラフ表示 ｔ検定、一元配置ANOVAと関連したノンパラメトリック検定の後で、 Prismはいくつかの方法で結果をグラフで示すことができます。 対応のあるｔ検定とノンパラメトリックなウィルコクソン符号付順 位和検定は、両方ともデータの2つの行の差分を分析することによっ て行われます。Prism 6は、差分のセットを表にし、グラフ表示でき ます。同様に、前後でどの程度データが相関するかを見ることができ るように、XYグラフを作成できます。 順位に基づくノンパラメトリックな検定を選ぶとき、Prism 6はそれ らの順位を表にし、グラフ表示できます。 リンク・オブジェクトではなく画像として、グラフを割り当て Prismはグラフが変更された時、レイアウトを常に自動的に更新しますが、 自動更新が好まれない場合もあります。また、順番にグラフのいくつか のバージョンを作成し、レイアウトに各々のグラフを配置したい場合があ ります。 Prism 6は、画像としてグラフをレイアウトに割り当てられます。 データやグラフが変更や削除されても、レイアウトに反映されません。 レイアウト グラフの 90 度回転 グラフをレイアウトに割り当てるとき、90度回転するように指定すること ができます。これは、デプス・チャートの作成を可能にします。 他のプロジェクトのグラフの割り当てがより簡単に Prism 5は、他のプロジェクトからレイアウトにグラフをリンクすることが 可能でした。これは各々のプロジェクトをコンパクトに保ち、1つのレイア ウトのために、1つのファイルにデータと結果の全てを入れる必要が避けら 29 ©有限会社エムデーエフ | http://www.mdf-soft.com れます。しかし、その機能は見つけにくいものでした。Prism6では、それ をレイアウト・ダイアログの最上部に置きました。 全てのレイアウトの拡大、縮小 Prism5には、 グラフを拡大縮小するためのコマンドがあります。 Prism6はこのコマンドを拡張し、 全てのレイアウトを拡大縮小します。 縮尺率の制御 レイアウト上でグラフのトリミングや枠線の追加 グラフをレイアウトに配置するとき、そのサイズは通常変化します。たと えば、グラフの全体の長さはレイアウトの上では、グラフの上にあった 場合の半分であることもあります。この値（50%）をスケールファクタと 呼びましょう。後で凡例やテキストボックスまたは画像をグラフに加える 場合、Prism5は同じプレースホルダーの中にグラフを収めるために、レイ アウト上でグラフを縮小します。スケールファクタが変更されても、プレ ースホルダー・サイズが保持されます。これは理屈上では整合性が取れて いますが、多くの場合フラストレーションを感じます。 Prism6は、異なった動作をします。グラフを変更、（或いは、そのページ にオブジェクトを追加）するとき、Prismはプレースホルダーの全体的な サイズを変えることになっても、スケールファクタを保持します。スケー ルファクタを変更するには、レイアウト上のグラフを選び、端をグラフで 示し引っ張ります。あるいは、それをダブルクリックし、Place Graph On Layoutダイアログを開き、2番目の（Size and location）タブで、スケー ルファクタをパーセンテージとして入力します。 グラフをレイアウトに割り当てるとき、トリミングしたり枠線を含めるこ とができます。これは、求めるレイアウトを正確に得る助けになります。 30
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