ChemBioFinder 13.0 ユーザーズ ガイド
ChemBioFinder 13.0
目次
第 1 章: ChemBioFinder 13.0 について
1
BioViz について
1
このガイドについて
1
シリアル番号とテクニカル サポート
2
第 2 章: 操作の開始
ChemBioFinder ユーザー インターフェイス
4
4
その他の UI 機能
10
ChemBioFinder 13.0 の起動
10
ChemBioFinder でのデータベースの使用
11
第 3 章: チュートリアル
14
サンプル データベース
14
チュートリアル 1: フォームの作成
14
チュートリアル 2: データベースを開く
16
チュートリアル 3: データベースの作成
17
チュートリアル 4: データベースの検索
19
チュートリアル 5: 反応検索
22
チュートリアル 6: BioViz グラフの作成
25
チュートリアル 7: サブフォームの操作
30
第 4 章: フォーム
32
フォームの自動作成
33
フォームの保存
33
手動によるフォームの作成
34
ボックス プロパティの設定
41
フォームの編集
48
第 5 章: データベース
60
目次
データベースの選択
60
データベースを開く
63
i
ChemBioFinder 13.0
データベースの閲覧
66
データベースの作成
71
ポータル データベースの作成
78
第 6 章: データの操作
データの入力
79
データの編集
81
データのソート
86
データベースのリセット
87
データベース スキーマの変更
87
第 7 章: データのインポートおよびエクスポート
89
サポートされているファイル形式
89
データのインポート
89
データのエクスポート
95
第 8 章: クエリ
テキスト検索
99
99
数値検索
100
分子式検索
100
日付検索
102
Find list
102
構造式検索
103
反応検索
108
複合検索
112
SQL 検索
113
クエリ手順
113
絞り込み検索
120
特殊構造式検索
123
クエリの管理
127
検索例
133
第 9 章: 化合物プロファイル
目次
79
138
ii
ChemBioFinder 13.0
化合物プロファイルの作成
139
化合物プロファイルの編集
141
カスタマイズ
145
第 10 章: 化学的物性
146
ChemBioFinder の化学的物性
146
Molecular Networks について
147
ChemBio3D の化学的物性
155
ChemBioDraw の特性
156
第 11 章: リレーショナル データとサブフォーム
158
リレーショナル データへのアクセス
158
サブフォームの作成
158
サブフォームの操作
161
サブフォームの検索
161
第 12 章: BioViz
164
グラフの作成
164
グラフの表示
167
クエリのグラフ化
168
表示の変更
170
統計分析
171
カスタマイズ可能なスタイル
176
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
機能
178
クラスタリングの操作
178
クラスタリングの変更
180
CS Clustering ダイアログの機能
182
第 14 章: ChemBioFinder/Oracle
目次
178
184
設定
184
Oracle データベースを開く
185
検索
186
iii
ChemBioFinder 13.0
ソート
187
リストの処理
187
Oracle プリファレンスの設定
188
データの更新と追加
188
ロード
189
インデックス化
190
CAL
192
第 15 章: BioSAR
BioSAR ブラウザの起動
193
BioSAR での検索の実行
193
ChemBioFinder へのデータ フォームのエクスポート
193
ChemBioFinder のファイル形式
193
サブフォームと自動リンク
194
マルチ ソート
195
クエリ ヒット リスト
196
ドメイン
200
mdb データベースの作成
200
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
203
プリファレンスの設定
203
お気に入りツリー
209
ツールバー
210
周期表
211
ActiveX コントロールの埋め込み
213
スクリプティング
214
連携動作の方法
222
第 17 章: 構造式クエリの機能
目次
193
227
一般的な属性
227
検索範囲の変更
236
原子属性
236
iv
ChemBioFinder 13.0
結合属性
第 18 章: 分子式の入力規則
241
245
規則
245
例
245
第 19 章: 類似検索の規則
247
構造式全体の類似性
248
部分構造式の類似性
248
第 20 章: CAL コマンド
249
CAL ヘルプ
249
メニュー コマンド
249
ボックス作成コマンド
252
ボックス操作コマンド
260
プログラム実行コマンド
265
汎用コマンド
269
ファイル コマンド
284
変数コマンド
286
環境変数
293
スクリプト専用コマンド
295
第 21 章: CS Oracle Cartridge
301
高速キャッシュ スキーム
301
CF_SETTINGS テーブルを経由した構成
302
検索
303
監 修 ：富 士 通 株 式 会 社 テクニカルコンピューティング・ソリューション事 業 本 部 ＨＰＣアプリケー
ション統 括 部 有 田 正 博 、萩 原 稔 、久 保 木 俊 彦 、石 田 伸 子 、鶴 岡 麻 美 子 、丸 山 絵 理
本 マニュアルの査 読 に関 しては、富 士 通 株 式 会 社 テクニカルコンピューティング・ソリューション事
業 本 部 の協 力 を得 ております。富 士 通 は、日 本 においてパーキンエルマー社 インフォマティクス
事 業 部 の製 品 の販 売 、サポート を行 っております。
目次
v
ChemBioFinder 13.0
ChemBioFinder 13.0 について
ChemBioFinder 13.0 は、化 学 情 報 を扱 う方 々 のためのデータベース管 理 システムです。このシステムは、化 学 構 造
式 、物 理 特 性 、メモ、データ テーブル、およびグラフを保 存 する場 所 を提 供 します。ChemBioFinder 13.0 を使 用 すると、
データをすばやく検 索 したり整 理 したりすることができます。
BioViz について
BioViz は、ChemBioFinder 13.0 データベースの数 値 データをグラフ化 することのできる ChemBioFinder 13.0 用 の視 覚
化 アド インです。BioViz により、別 のアプリケーションにデータをエクスポート しなくても、データの傾 向 や相 関 関 係 を見 つ
けることができます。グラフの数 に制 限 はなく、グラフごとに異 なる方 法 を使 って現 在 のフォームにあるデータを視 覚 化 でき
ます。
ChemBioFinder 13.0 & BioViz には、次 のアプリケーションが統 合 されています。
ChemBioDraw。 2 次 元 の構 造 式 と反 応 を描 画 する。
ChemBio3D。 3 次 元 の構 造 式 を表 示 する。
ChemBioDraw/Excel。 データを Excel にエクスポート する。
このガイド について
このユーザーズ ガイド では、各 ト ピックが作 業 別 に構 成 されており、短 期 間 で効 率 的 に ChemBioFinder アプリケーション
の機 能 と操 作 方 法 を習 得 できるようになっています。このアプリケーションを初 めて使 用 する方 は、「操 作 の開 始 」の章 を
よく読 んで、製 品 の概 要 および機 能 を理 解 してください。「チュート リアル」の章 では、アプリケーションのほとんどの機 能 に
ついてわかりやすく解 説 しています。チュート リアルは、指 示 されている順 序 どおりに実 行 してください。使 用 経 験 のある
方 は、チュート リアルをとばして、各 機 能 の詳 しい説 明 を示 している章 にお進 みください。このガイド は、ご使 用 の Windows オペレーティング システムの基 本 操 作 を既 に習 得 しているユーザーを想 定 して作 成 されています。システムに不 慣
れな方 は、お手 持 ちのシステム マニュアルをご覧 ください。また、他 の ChemBioOffice 13.0 統 合 製 品 を使 用 して行 わな
ければならない作 業 について説 明 している部 分 もあります。アド インの部 分 では、Microsoft Excel または Word を併 用
して実 行 する必 要 がある作 業 について説 明 します。これらのアプリケーションに不 慣 れな方 は、関 連 するユーザーズ マ
ニュアルを参 照 してください。
表記規則
このマニュアルでは次 の表 記 法 を使 用 します。
注 意 : データを失 う恐 れのある状 況 で注 意 を喚 起 します。
注 : 重 要 な情 報 を強 調 表 示 します。
ヒント: 本 文 の内 容 を補 足 する、役 に立 つヒントです。
ショート カット キーのシーケンスには、次 の例 に示 すように + 記 号 が付 いています。"コマンド の使 用 : Ctrl + H キーは非 表
示 の水 素 と孤 立 電 子 対 を切 り替 えます。"
第 1 章: ChemBioFinder 13.0 について
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ChemBioFinder 13.0
太 字 は、次 の例 に示 すようにユーザー インターフェイスを示 すときに使 用 します。 "File メニューの Save をクリックしま
す。"
シリアル番 号 とテクニカル サポート
シリアル番 号 は、ChemBioOffice アプリケーションをコンピュータにインスト ールしたりアクティブにしたりするのに役 立 つ固
有 のキーです。シリアル番 号 は、製 品 パッケージの外 側 に記 載 されています。これは、ChemBioOffice アプリケーションを
初 めて起 動 したときに入 力 した番 号 です。製 品 のパッケージやインスト ール ガイド がお手 元 にない場 合 でも、アプリケー
ションからシリアル番 号 を確 認 できます。Help メニューの About <ChemBioFinder> をクリックします。ダイアログ ボックス
にシリアル番 号 が表 示 されます。
シリアル番 号 および登 録 コード の入 手 方 法 の詳 細 については、オンラインのサービス Web サイト を参 照 してください。
登 録 ユーザーの方 々 は、インターネット や弊 社 テクニカル サポート 部 を通 じてテクニカル サポート を受 けることができます。
テクニカル サポート 部 にご連 絡 いただく際 は、常 に、ChemBioOffice アプリケーションのシリアル番 号 をお知 らせください。
弊 社 のテクニカル サポート Web ページには、FAQ (よく寄 せられる質 問 ) への回 答 、およびその他 の情 報 が掲 載 されてい
ます。
弊 社 の ChemBioFinder のテクニカル サポート にアクセスするには、Online メニューの Browse CambridgeSoft Technical Support をクリックします。
解 決 方 法 が Web サイト で得 られなかった場 合 は、テクニカル サポート にご連 絡 いただく前 に、次 の手 順 に従 ってくださ
い。
1. ソフト ウェアのシステム要 件 を確 認 してください。
2. 2 ページの 「ト ラブルシューティング」 を読 み、 そこに記 載 されている解 決 手 段 を実 行 してください。
3. 上 記 のいずれの方 法 でも問 題 が解 決 できない場 合 は、テクニカル サポート にお問 い合 わせください。
当 社 にご連 絡 いただく前 に、問 題 が再 発 するかどうか確 認 してください。問 題 が再 現 できる場 合 は、手 順 を正 確 に
記 録 してください。
表 示 されたエラー メッセージの内 容 を正 確 に記 録 してください。
最 後 に、問 題 の解 決 を試 みた際 の手 順 を記 録 してください。
さらに、ChemOffice では次 の形 式 で情 報 を提 供 しています。
ChemBioFinder 13.0 オンライン ヘルプ
PerkinElmer Informatics Web サイト
PerkinElmer Informatics Services
ト ラブルシューティング
ここでは、CS ChemBioOffice アプリケーションの総 合 的 なパフォーマンスに影 響 する操 作 や、CS ソフト ウェア製 品 を使
用 中 にコンピュータがクラッシュした場 合 の手 順 について説 明 します。
パフォーマンス
ChemBioOffice アプリケーションを使 用 する際 は、次 のような方 法 でコンピュータの処 理 速 度 を最 適 化 できます。
第 1 章: ChemBioFinder 13.0 について
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ChemBioFinder 13.0
コント ロールパネルの [システム] のパフォーマンス設 定 で、より多 くのプロセッサ時 間 をこのアプリケーションに割 り当 てま
す。
物 理 RAM を増 設 します。物 理 RAM の容 量 が大 きいほど、ChemBioOffice アプリケーションが仮 想 メモリを使 用 す
るためにハード ディスクにアクセスする回 数 が減 ります。
仮 想 メモリ (VM) を増 やします。仮 想 メモリはハード ディスクの空 き領 域 を RAM として割 り当 てることで、RAM を拡 張
します。ただし、アプリケーションとハード ディスクの間 のスワップは、物 理 RAM のスワップと比 べると遅 くなります。
アプリケーションとド ライバ
ほとんどの複 雑 なソフト ウェア アプリケーションで起 こりうる事 態 ですが、ChemBioFinder からの応 答 がなくなることがありま
す。ソフト ウェアとド ライバの問 題 を解 決 するために、以 下 の手 順 を試 してください。
1. Windows を再 起 動 し、問 題 が再 発 するかどうか確 認 します。問 題 が再 発 する場 合 は、次 の手 順 に進 んでくださ
い。
2. ビデオ ド ライバ、プリンタ ド ライバ、スクリーン セーバー、ウィルス保 護 ソフト ウェアの衝 突 が起 きている可 能 性 がありま
す。当 社 へのご連 絡 が必 要 な場 合 は、ご使 用 のド ライバのタイプやバージョンなどを確 認 してください。
ビデオ ド ライバ関 連 の問 題 : ChemBioOffice アプリケーションの表 示 に問 題 がある場 合 は、コント ロール パネルの [画
面 ] (または [システム]) で VGA ビデオ ド ライバに切 り替 えて、問 題 が再 発 するかどうかチェックしてください。ド ライバを
変 更 して改 善 が見 られる場 合 は、元 のド ライバを更 新 する必 要 があると思 われます。ド ライバのメーカーに連 絡 して
最 新 のド ライバを入 手 してください。問 題 が解 決 しない場 合 は、元 のド ライバに関 する詳 しい情 報 と問 題 の内 容 を
当 社 までご連 絡 ください。
プリンタ ド ライバ関 連 の問 題 : 別 のプリンタ ド ライバを使 って再 テスト してください。ド ライバを変 更 して改 善 が見 られる
場 合 は、元 のド ライバを更 新 する必 要 があると思 われます。ド ライバのメーカーに連 絡 して最 新 のド ライバを入 手 して
ください。問 題 が解 決 しない場 合 は、元 のド ライバに関 する詳 しい情 報 と問 題 の内 容 を当 社 までご連 絡 ください。
3. ソフト ウェアを再 インスト ールしてみてください。ソフト ウェアを再 インスト ールする前 に、ソフト ウェアをアンインスト ールし
て、スクリーン セーバーおよびウィルス保 護 ソフト ウェアも含 むすべてのバックグラウンド アプリケーションを無 効 にします。
詳 細 なアンインスト ール手 順 については、テクニカル サポート Web ページを参 照 してください。
4. 上 記 の処 置 を行 っても問 題 が解 決 しない場 合 は、オンライン連 絡 フォームにト ラブルの詳 しい内 容 をご記 入 のうえ、
テクニカル サポート 部 までご連 絡 ください。
第 1 章: ChemBioFinder 13.0 について
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ChemBioFinder 13.0
操 作 の開 始
ここでは、ChemBioFinder 13.0 の作 業 環 境 について説 明 し、基 本 的 な機 能 を紹 介 します。基 本 的 な概 念 を理 解 し
たら、データベース クエリを実 行 して結 果 を確 認 できるようになります。その後 で、ChemBioFinder 13.0 を使 用 した独 自
のクエリ フォームの作 成 、データのグラフ化 、他 の作 業 の実 行 方 法 について学 習 します。
ChemBioFinder 13.0 でクエリを実 行 するときの大 まかな手 順 は次 のとおりです。
1. フォームを開 く (または作 成 する)。
2. データベースを作 成 するか開 き、フォームにリンクする。
3. フォームにクエリ パラメータを入 力 する。
4. 検 索 を実 行 する。
5. 検 索 結 果 を閲 覧 する。
これらの手 順 は ChemBioFinder 13.0 の「チュート リアル」と、本 書 のリファレンス部 分 に詳 しく解 説 されています。
ChemBioFinder ユーザー インターフェイス
ChemBioFinder 13.0 のユーザー インターフェイス (UI) は、メニュー、ツールバー、およびフォーム ウィンド ウで構 成 されま
す。フォーム ウィンド ウの中 央 部 には、フォームの作 成 、クエリ パラメータの入 力 、クエリ結 果 の表 示 を行 う作 業 領 域 があ
ります。
ChemBioFinder 13.0 の UI を次 に示 します。
第 2 章: 操作の開始
4 / 303
ChemBioFinder 13.0
図 2.1: ChemBioFinder 13.0 ユーザー インターフェイス: A) メニュー バー、B) Details ウィンド ウ、C) メイン フォーム、D)
Filters ウィンド ウ、E) Output ウィンド ウ、F) データベース全 体 のサイズ、G) 現 在 のリスト サイズ、H) 現 在 のレコード 、I)
BioViz ウィンド ウ、J) Structure ウィンド ウ、K) Explorer ウィンド ウ
ChemBioFinder 13.0 UI の構 成 要 素 の詳 細 を次 に示 します。
画面項目
説明
データベース内 のレコード に含 まれるデータを 1 つずつ表 示 しま
メイン フォーム
す。画 面 が乱 雑 になるのを防 ぐには、あまり重 要 でないデータ
を追 加 のタブに整 理 します。
フォーム内 の表 示 領 域 です。フォームに関 連 付 けられたデータ
データ ボックス
ベースのフィールド にリンクしており、そのフィールド のデータを表
示 します。関 連 項 目 : コント ロール ボックス、画 像 ボックス、プロ
ファイル ボックス、サブフォーム、テキスト ボックス
第 2 章: 操作の開始
5 / 303
ChemBioFinder 13.0
画面項目
説明
フレーム
1 つまたは複 数 のデータ ボックスを囲 むラベル付 きの枠 です。
フレーム付 きデータ ボック
ス
ラベル付 きのフレームで囲 まれたデータ ボックスです。
グラフィックを表 示 します。画 像 ボックスには、データベース内 のど
画 像 ボックス
のレコード でも変 化 せず、特 定 のグラフィック ファイルにリンクされ
た固 定 タイプと、特 定 の画 像 フィールド に関 連 付 けられ、レコー
ド ごとにグラフィックが変 化 する可 変 タイプの 2 種 類 があります。
プロファイル ボックス
化 合 物 プロファイルを表 示 します。
構 造 式 ボックス
現 在 のレコード の化 学 構 造 式 を表 示 します。
テキスト を表 示 します。テキスト ボックスは固 定 タイプ (テキスト
テキスト ボックス
フィールド はテキスト データ ボックスに表 示 される) で、Box Properties ダイアログ ボックスで書 式 を設 定 できます。
メニュー バー
Details ウィンド ウ
フォーム、テーブル、データベース、およびそれらの内 容 を操 作 す
るための、すべてのコマンド を提 供 します。
グラフ ウィンド ウ内 の選 択 位 置 (マウス位 置 ) の詳 細 を表 示 しま
す。タブ形 式 で表 示 することもできます。
3 つのタブからなるウィンド ウです。次 のデータを表 示 します。
Explorer ウィンド ウ
データベース フィールド の階 層
フォームに関 連 付 けられているクエリ リスト
よく使 用 するファイルのお気 に入 りリスト
BioViz ウィンド ウ
Filter ウィンド ウ
Output ウィンド ウ
Structure ウィンド ウ
サブフォーム
第 2 章: 操作の開始
ChemBioFinder 13.0 データベースのデータをグラフに表 示 しま
す。
BioViz グラフの変 更 フィルタを表 示 します。タブ形 式 で表 示 する
こともできます。
Python スクリプト の出 力 を表 示 します。タブ形 式 で表 示 するこ
ともできます。
グラフ ウィンド ウ内 の選 択 位 置 (マウス位 置 ) の化 学 構 造 式 を
表 示 します。タブ形 式 で表 示 することもできます。
他 のデータベース内 の関 連 情 報 、または同 じデータベース内 の
別 のデータ テーブルにある関 連 情 報 を表 示 します。
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ChemBioFinder 13.0
画面項目
説明
メイン ツールバー
コピー、保 存 、印 刷 など、使 用 頻 度 の高 いコマンド を表 示 しま
す。
Form ツールバー
フォーム作 成 用 の各 種 ツールを表 示 します。
Record ツールバー
Record メニューのコマンド を表 示 します。
Search ツールバー
Search メニューのコマンド を表 示 します。
Text Format ツールバー
コント ロール ボックス
テキスト フィールド およびメモ フィールド のテキスト の書 式 を設 定
します。
ActiveX コント ロールを含 むデータ ボックスです。
ChemBioFinder ウィンド ウで開 かれている項 目 、最 近 のアクショ
ステータス バー
ン、およびユーザー インターフェイス要 素 に関 する情 報 を表 示 し
ます。
新 規 レコード インジケータ
まだデータベースに確 定 されていない新 しいレコード を追 加 した
とき ADD と表 示 します。
読 み取 り専 用 インジケー
タ
データベースが読 み取 り専 用 のとき READ と表 示 します。
クエリ インジケータ
検 索 クエリの入 力 時 に QRY と表 示 します。
現 在 のレコード
表 示 中 のレコード の現 在 のヒット リスト 内 における位 置 を示 し
ます。
現 在 のリスト サイズ
閲 覧 対 象 のレコード の数 を表 示 します。検 索 を実 行 した場 合
には、このレコード 数 がデータベース全 体 のサイズより小 さくなる
場 合 があります。
データベース全 体 のサイ
ズ
現 在 のテーブルに含 まれるレコード の総 数 を表 示 します。
ツールバー
ChemBioFinder 13.0 には、表 示 されるフォームとデータベース レコード の作 成 と管 理 に役 立 つツールバーが用 意 されて
います。ツールバーは、通 常 ユーザー インターフェイスの上 端 または左 端 に固 定 されていますが、端 から切 り離 して画 面
上 の自 由 な位 置 に移 動 することもできます。ChemBioFinder ウィンド ウに表 示 されるツールバーは、View メニューの
Toolbars サブメニューで調 べることができます。Toolbars サブメニューでツールバーをカスタマイズすることもできます。この
マニュアルでは、ツールバーのカスタマイズについては説 明 しません。ツールバーをカスタマイズする手 順 については、オペ
レーティング システムのヘルプを参 照 してください。
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioFinder 13.0
メイン ツールバー
"メイン ツールバー" は、フォームを開 く/閉 じる、オブジェクト のコピー/貼 り付 け、フォームの変 更 などの基 本 的 な機 能 を実
行 するために使 います。
Layout Mode ― レイアウト (編 集 ) モード と表 示 モード を切 り替 える。Layout Mode をクリックすると、フォームに Form
ツールバーと配 置 用 のグリッド が表 示 されます。
Switch to Table ― フォーム ビューとテーブル ビューを切 り替 える。
Database Wizard ― Database Wizard を起 動 してデータベースをフォームに接 続 する。
Form ツールバー
Form ツールバーは、既 存 のフォームにオブジェクト を追 加 するために使 います。
図 2.2: Form ツールバー: 1) 選 択 ツール、2) データ ボックス、3) フレーム、4) フレーム付 きボックス、5) チェック ボックス、6)
テキスト ボックス、7) 画 像 、8) ボタン、9) サブフォーム、10) プロファイル ボックス、11) コントロール ボックス、12) グリッド
注 : Form ツールバーは、既 定 値 で ChemBioFinder 13.0 ウィンド ウの左 端 に固 定 されていますが、ウィンド ウ内 のその
他 の場 所 に固 定 したり、そこから切 り離 して使 用 することもできます。
各 ツールの詳 細 については、32 ページの 「フォーム」 を参 照 してください。
Search ツールバー
Search ツールバーには、データベースへのクエリ送 信 と、クエリで返 されたヒット リスト の操 作 を行 うためのツールが表 示 さ
れます。
図 2.3: Search ツールバー: 1) クエリの入 力 、2) 検 索 、3) 全 体 の表 示 、4) 現 在 の分 子 を検 索 、5) 前 回 のクエリ、6) リス
トの保 存 、7) リストの再 表 示 、8) 前 回 のリストの再 表 示 、9) リストの検 索
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioFinder 13.0
Record ツールバー
Record ツールバーには、データベースやヒット リスト を表 示 するためのツールおよび、レコード の追 加 、削 除 、変 更 を行 う
ためのツールが表 示 されます。
図 2.4: Record ツールバー: 1) 最 初 のレコード 、2) 前 のレコード 、3) レコード に移 動 、4) 次 のレコード 、5) 最 後 のレコー
ド 、6) レコード の追 加 、7) 変 更 の取 り消 し、8) 変 更 の確 定 、9) レコード の削 除 、10) レコード の省 略
Text Format ツールバー
Text Format ツールバーには、データ フィールド やテキスト フィールド の情 報 を入 力 または編 集 するために使 用 する、標
準 のテキスト 書 式 設 定 ツールが表 示 されます。
図 2.5: Text Toolbar: 1) フォント、2) ポイント サイズ、3) 太 字 、4) 斜 体 、5) 下 線 、6) 下 付 き文 字 、7) 上 付 き文 字 、8)
色 、9) 左 揃 え、10) 中 央 揃 え、11) 右 揃 え、12) 箇 条 書 き
ステータス バー
レコード 間 を移 動 していくと、ウィンド ウの右 下 にある 3 つのカウンタの表 示 が変 わり、それぞれ現 在 のレコード 、現 在 のリ
スト サイズ、データベース全 体 のサイズが示 されます。また、同 じウィンド ウの左 下 には、各 メニュー項 目 のヘルプなどの
情 報 が表 示 されます。
フォームを初 めて開 いたときは、現 在 のリスト サイズはデータベース全 体 のサイズと同 じです。データベース全 体 のサイズ
は、レコード を追 加 または削 除 したときに変 わります。データベース内 のエント リのサブセット を探 し出 すための検 索 を行 う
と、現 在 のリスト サイズが変 わり、検 索 のヒット 件 数 が表 示 されます。
これらのカウンタの左 側 には、データベースの全 般 的 なステータスを示 す 3 つのインジケータがあります。
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioFinder 13.0
READ: 読 み取 り専 用 データベースか読 み取 り専 用 のフォーム ファイルを使 用 していること、またはファイルを開 くダイア
ログ ボックスで Open as read-only を選 択 しているかどうかを示 します。
ADD: 新 しいレコード を入 力 するときに表 示 されます。
QRY: クエリの入 力 時 に表 示 されます。
ステータス バーを表 示 または非 表 示 にするには、View メニューの Status Bar をオン/オフします。
その他 の UI 機 能
テキスト ボックスとフレーム ボックスの Style ボタン
Box Properties ダイアログ ボックスでは、フレームやテキスト ラベルのための Style ボタンが設 けられています。このボタン
をクリックすると Box Style ダイアログ ボックスが開 き、フレームのタイプや印 刷 可 能 かどうかなどの表 示 属 性 を設 定 できま
す。
構造式ボックスを読み取り専用にするオプション
Box Style ダイアログ ボックスに Box is read-only というチェック ボックスがあります。これはテキスト 、数 値 データ ボックス、
および構 造 式 ボックスに適 用 されます。構 造 式 ボックスを読 み取 り専 用 にすると、クエリ モード 以 外 で構 造 式 を編 集 で
きなくなります。
フレーム ラベルの自動更新
フレーム付 きボックスで、そこに表 示 されるフィールド を変 更 するとボックスのラベルが更 新 されます。
サイズ変更可能なダイアログ ボックス
Box Properties、Plot Properties、Data Import and Data Export の各 ダイアログ ボックスとスクリプト エディタのサイズを変
更 して、テキスト ウィンド ウやツリー コント ロールなどにより多 くの情 報 を表 示 できます。新 しい位 置 とサイズは現 在 の
ChemBioFinder 13.0 セッションが終 わるまで有 効 です。
ChemBioFinder 13.0 の起 動
既 定 値 のモード では、ChemBioFinder 13.0 の起 動 時 に ChemBioFinder スタート アップ ダイアログが表 示 されます。この
ダイアログ ボックスにはさまざまなタブがあり、次 の作 業 を実 行 することができます。
New タブ
Blank Form ― 空 白 のフォームを開 いて独 自 のフォームを作 成 します。
Database Connection ― 空 白 のフォームを開 いてデータベースに接 続 します。フォームは手 動 または自 動 で作 成 でき
ます。詳 細 については、16 ページの 「データベースをフォームに接 続 」 を参 照 してください。
Database Wizard ― データベース接 続 の設 定 に役 立 ちます。
Existing タブ
ファイル システム内 の既 存 のフォームを参 照 します。
Recent タブ
最 近 使 用 したファイルのリスト からフォームを開 きます。
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioFinder 13.0
ChemBioFinder 13.0 の起 動 時 の ChemBioFinder 13.0 スタート アップ ダイアログの表 示 /非 表 示 は、次 の操 作 により選
択 できます。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. Preferences ダイアログ ボックスで General タブをクリックします。
3. Show startup dialog を選 択 /選 択 解 除 します。
ChemBioFinder 13.0 スタート アップ ダイアログ ボックスを表 示 しないように指 定 した場 合 は、アプリケーションの起 動 時 に
既 定 値 で空 白 のフォームが表 示 されます。
非 表 示 に設 定 されているとき ChemBioFinder 13.0 スタート アップ ダイアログ ボックスを開 くには、File メニューの New をク
リックします。
ChemBioFinder でのデータベースの使 用
ChemBioFinder 13.0 には Microsoft Jet データベース エンジンが組 み込 まれています。ChemBioFinder 13.0 は、構 造
式 、分 子 式 、分 子 量 のデータが入 った独 自 の化 学 情 報 テーブルを維 持 していますが、それ以 外 のデータについては
Jet を利 用 してデータベースを作 成 します。Jet で作 成 したデータは MS Access データベース ファイル (MDB ファイル) とし
て保 存 されます。MS Access がインスト ールされていれば、それを使 ってリレーショナル データベース部 分 を操 作 できま
す。
ChemBioFinder 13.0 を使 って、化 学 構 造 式 を、Microsoft Access で開 発 済 みのデータベースに追 加 できます。
データベース モデル
データベースは、情 報 の集 合 です。 ChemBioFinder 13.0 では、情 報 が単 純 なレベルから、より複 雑 なレベルへと段 階
的 に構 成 されます。 最 も単 純 なレベルにあるのはデータ項 目 で、たとえば、下 表 では 1 つの分 子 量 の値 がそれに当 た
ります。
図 2.6: データベースのデータ項 目
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioFinder 13.0
次 のレベルはフィールド で、これは同 じ種 類 のデータを定 義 するデータ項 目 の集 まりです。 通 常 、フィールド は一 度 用 意
されると、めったに変 更 されません。
図 2.7: データベースのデータ フィールド
次 のレベルはレコード です。これはデータ項 目 をフィールド ごとに 1 つずつ集 めたもので、これにより 1 つのエント リが定 義 さ
れます。
図 2.8: データベースのレコード
複 数 のレコード から編 成 されるのが、テーブルです。 テーブルはフィールド の集 合 およびレコード の集 合 として定 義 され、
後 者 はエント リの追 加 とともに増 えていきます。
スプレッド シート の用 語 を以 下 に示 します。
データ項 目 は各 セルのデータに対 応 します。
フィールド は列 に対 応 します。
レコード は行 に対 応 します。
テーブルはワークシート に対 応 します。
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioFinder 13.0
データベースとは、1 つ以 上 のテーブルの保 管 庫 です。 テーブルを 1 つしか含 まないデータベースをシンプル データベース
(またはフラット データベース) と呼 びます。複 数 のテーブルを含 むデータベースをリレーショナルと呼 びます。 リレーショナル
データベースの詳 細 については、158 ページの 「リレーショナル データとサブフォーム」 を参 照 してください。
フォームは特 定 のテーブルのデータを表 示 しますが、他 のテーブルのデータを表 示 するサブフォームを含 むこともあります。
複 数 のテーブルに共 通 のフィールド がある場 合 、フォームに表 示 したレコード と関 連 するレコード がサブフォームに表 示 さ
れます。
フォームとデータベースの比較
データベースはデータを保 存 する場 所 ですが、フォームはデータを表 示 するだけで保 存 しません。フォームはデータベース
に対 するウィンド ウのように機 能 し、表 示 するフィールド やテーブルを選 択 できます。データベースにアクセスするフォームを
複 数 作 成 することもできます。たとえば、構 造 式 のデータ用 に 1 つのサンプル フォームを作 成 し、もう 1 つのフォームに文
献 や実 験 データを含 めることができます。複 数 のフォームを切 り替 えて使 えば、各 時 点 で必 要 なフィールド だけを表 示 し
て操 作 を行 うことができます。
フォームにデータは保 存 されませんが、フォームと共 に保 存 されるものがあります。BioViz グラフ、データベース クエリ (プリ
ファレンスの設 定 による)、リンクされたグラフィックのファイル パス、その他 の設 定 が各 フォームと共 に保 存 されます。
第 2 章: 操作の開始
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ChemBioFinder 13.0
チュート リアル
ChemBioFinder 13.0 の一 般 的 な操 作 方 法 の概 要 を次 に説 明 します。
1. フォームを開 くまたは作 成 する。
2. データベースを作 成 するか開 き、フォームにリンクする。
3. データを追 加 または管 理 する。
4. 検 索 を実 行 する。
このチュート リアルでは、ChemBioFinder 13.0 の基 本 的 な機 能 を紹 介 します。各 チュート リアルは、それぞれ前 のチュー
ト リアルと関 連 しているので、順 序 に従 って実 行 することをお勧 めします。
サンプル データベース
Samples ディレクト リには、小 さなデータベース、フォーム、サンプル スクリプト がいくつか保 存 されています。既 定 値 では、
これらのファイルは次 の Samples フォルダに入 っています。
C:\ProgramData\CambridgeSoft\ChemOffice2012\ChemFinder\Samples (Windows 7)
C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\CambridgeSoft\ChemOffice2012\ChemFinder\Samples (Windows XP)
CS_Demo データベースには、広 範 な種 類 の構 造 式 が 285 件 入 っています。CS_Demo データベースを参 照 するに
は、CS_Demo.cfx フォームを開 きます。このガイド のチュート リアルでは CS_Demo.cfx フォームを使 用 します。また、Demo.cfx フォームも便 利 です。これは、CS_Demo データベースのメイン テーブルのみを表 示 する簡 略 形 式 のフォームで
す。
注 意 : サンプル データベース ファイルを開 くと、ファイルのバックアップを作 成 するオプションが提 示 されます。データベース
の操 作 を始 める前 に、データベースのバックアップ コピーを作 成 するようお勧 めします。データベースに保 存 されたデー
タや構 造 式 に変 更 を加 えた場 合 、チュートリアルの例 と実 際 の操 作 結 果 が一 致 しなくなる可 能 性 があります。
チュート リアル 1: フォームの作 成
フォームを使 用 すると、独 自 にデザインした表 示 形 式 でデータを表 示 して閲 覧 できます。
フォームの作 成 を開 始 するには、まず File、New のオプションをクリックするかスタート アップ ダイアログで新 しいフォームを
作 成 し、次 にメイン ツールバーの Layout Mode ボタンをクリックします。各 ツールの詳 細 については、ツールバーを参 照 し
てください。
データ ボックスの作成
データベースのデータや構 造 式 は、フォーム上 のボックスに表 示 されます。
データ ボックスを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Form ツールバーで、Data Box ツールをクリックします。
2. フォーム ウィンド ウで、マウスを斜 めにド ラッグしてボックスを作 成 します。
3. 同 じ要 領 で、さらにボックスを 2 つ作 成 します。これらのボックスは、後 で編 集 します。
ボックスには、フレーム、フレーム付 きボックス、およびテキスト ボックスがあり、それぞれラベルを必 要 とします。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
フレーム付 きボックスを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Framed Box ツールをクリックし、斜 めにド ラッグしてフレーム付 きボックスを作 成 します。Data というボックスが作 成 され
ます。
2. Data label を右 クリックし、Label を選 択 します。Box Text ダイアログ ボックスか、Label ダイアログ ボックスが表 示 され
ます。Box Text ダイアログ ボックスまたは Label ダイアログ ボックスに「Frame Box」と入 力 し、OK をクリックします。入
力 したラベルがフレーム付 きボックスの上 に表 示 されます。
既 存 の複 数 のボックスを囲 むフレームを描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Frame ツールをクリックします。
2. 上 部 左 のデータ ボックスの角 のいずれかにカーソルを置 いてクリックし、ド ラッグして 3 つのデータ ボックス グループの周
囲 にフレームを描 きます。Enter the Label ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Enter the Label ダイアログ ボックスに「Frame」と入 力 し、OK をクリックします。入 力 したラベルがボックスの上 に表 示 さ
れます。
フォーム内 に画 像 を配 置 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Picture ツールをクリックし、フォーム内 をド ラッグします。Open ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. グラフィック ファイルを選 択 し、Open ボタンをクリックします。フォーム内 のド ラッグ先 の位 置 に画 像 が表 示 されます。
注 : ChemBioFinder 13.0 でサポートされる形 式 は、EMF、WMF、BMP、GIF、JPG、PNG、TIF です。
データ ボックスの編集
1 つまたは複 数 のデータ ボックスを編 集 するには、最 初 に選 択 しておく必 要 があります。
1. Form ツールバーの Selection ツールをクリックします。
2. ボックスの左 上 をクリックして選 択 します。選 択 したデータ ボックスの四 隅 に黒 い正 方 形 が表 示 されます。
注 : ボックスの選 択 を解 除 するには、Selection ツールでフォーム内 の空 白 部 分 をクリックします。複 数 のボックスを選
択 するには、Shift キーを押 しながら各 ボックスをクリックします。
ヒント: 複 数 のボックスを囲 むようにド ラッグしても、複 数 のボックスを選 択 できます。フォームの全 ボックスを選 択 するに
は、Edit メニューの Select All をクリックします。
フレームとボックスは、選 択 、移 動 、サイズ変 更 、削 除 するときに、1 つのオブジェクト として取 り扱 われます。フレームと
ボックスを 2 つのオブジェクト に分 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フレーム付 きボックスのフレームをクリックして選 択 します。
2. Edit メニューの Bring to Front を選 択 します。
その他 の編 集 オプションを次 に示 します。
ボックスのサイズを変 更 するには、ボックスを選 択 して枠 の辺 または角 をド ラッグします。
ボックスの位 置 を変 更 するには、ボックスの中 央 部 をクリックして新 しい位 置 にド ラッグします。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
複 数 のボックスを移 動 するには、ボックスを選 択 し、その中 央 部 をクリックして新 しい位 置 にド ラッグします。
テキスト に使 用 する Windows コマンド のうち多 くは、データ ボックスにも使 用 できます。
Edit メニューの Cut をクリックするか、Delete キーを押 します。
Edit メニューの Paste をクリックします。
Edit メニューの Undo をクリックします。
Edit メニューの Redo をクリックします。
フォームの保存
フォームを保 存 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フレーム付 きボックス ツールを使 ってフォームに別 のボックスを描 画 し、Structure のラベルを付 けます。
2. File メニューの Save As をクリックします。
3. Save As ダイアログ ボックスで、このフォームに tut1.cfx という名 前 を付 け、任 意 のディレクト リに保 存 します。
4. File メニューの Close をクリックします。
チュート リアル 2: データベースを開 く
フォームを作 成 すれば、そのフォームを使 ってデータベースに接 続 することができます。このチュート リアルでは、前 のチュー
ト リアルで保 存 したフォームを使 用 します。データベースに接 続 すると、フォームにデータが表 示 されます。
データベースをフォームに接続
データベースをフォームに接 続 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Open をクリックします。 Open ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. tut1.cfx を選 択 し、Open をクリックします。 前 のチュート リアルで作 成 したフォームが表 示 されますが、フィールド はす
べて空 白 のままです。
3. Layout Mode が選 択 されていない場 合 は、メイン ツールバーで選 択 します。
4. Structure Framed ボックスを右 クリックし、Data Source を選 択 します。 Box Properties ダイアログ ボックスの Database タブが表 示 されます。
5. Open Database をクリックします。 Open ダイアログ ボックスが表 示 されます。
注 : Open ボタンおよび Create Database ボタンが使 用 できるのは、ChemBioFinder 13.0 データベースのみです。
他 のタイプのデータベースにあるデータにアクセスするには、 Attach Table ボタンか Oracle ボタン (使 用 可 能 な場 合 ) を
使 用 します。 データ ソースの詳 細 については、72 ページの 「他 のアプリケーションのテーブルを接 続 」 を参 照 してくだ
さい。
6. Samples フォルダ (\ChemOffice 2012\samples フォルダ) から CS_demo.mdb を選 択 し、 Open をクリックします。 デー
タベースが開 くと、Box Properties ダイアログ ボックスの Database タブが表 示 されます。
7. データベース内 のテーブルのリスト 、および各 テーブルのフィールド が表 示 されます。 テーブルから選 択 するフィールド に
よって、ステップ 4 で選 択 したボックス内 に表 示 されるデータのタイプが決 まります。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
フィールド をデータ ボックスにリンク
CS_Demo データベースにある構 造 式 を、フォーム内 の Structure Framed ボックスに表 示 するには、次 の操 作 を行 ってく
ださい。
1. フォームの Structure Framed ボックスを右 クリックし、Properties をクリックします。
2. Box Properties ダイアログ ボックス内 のフィールド のリスト から、Structure をポイント し、OK をクリックします。Structure
フィールド と Structure Framed ボックスがリンクされます。構 造 式 データ ボックスには、CS_Demo データベースにある最
初 のレコード の Structure フィールド の内 容 が表 示 されます。
他 のデータ ボックスにフィールド をリンクするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 別 のボックスを右 クリックして Properties をクリックし、プロパティ リスト から Molname を選 択 します。OK をクリックしま
す。データベースの Molname フィールド がこのボックスにリンクされ、最 初 のレコード のデータが表 示 されます。
注 : データベースとテーブルを開 くと、データベースのフィールド にショートカット メニューが表 示 されます。
2. 別 のボックスを右 クリックし、Formula をクリックします。
3. 3 つ目 のボックスを右 クリックし、MOL_ID をクリックします。
4. File メニューの Save As をクリックします。
5. Save As ダイアログ ボックスで、このフォームに tut2.cfx という名 前 を付 け、任 意 のディレクト リに保 存 します。
6. File メニューの Close をクリックします。
以 上 で、チュート リアルは完 了 です。このチュート リアルでは、ユーザー独 自 のフォームを作 成 して CS_Demo データベー
スを表 示 する方 法 を練 習 しました。
チュート リアル 3: データベースの作 成
このチュート リアルでは、新 しいデータベースを作 成 して自 動 フォーム生 成 機 能 を使 用 します。
1. 新 しいフォームを作 成 します。
2. フォームを右 クリックして、 Data Source をクリックします。Form Properties ダイアログ ボックスの Database タブが表 示
されます。
3. Create Database をクリックします。Save As ダイアログ ボックスが表 示 されます。
4. 「mydb」と入 力 して Save をクリックします。Properties ボックスにデータベースの名 前 が表 示 されます。ChemBioFinder 13.0 がデータ テーブル (MolTable) を 1 つ作 成 します。このテーブルにはStructure、Formula、MolWeight、MOL_ID という 4 つのフィールド が設 定 されています。
5. Field タブをクリックします。フィールド の作 成 と削 除 に関 するオプションが表 示 されます。次 にこのデータ テーブルに新 し
いフィールド を 2 つ追 加 します。
6. Create Field をクリックします。Create Field ダイアログ ボックスが表 示 されます。
7. テキスト ボックスに「MolName」と入 力 して幅 を「254」に変 更 し、OK をクリックします。
注 : テキスト フィールド に入 力 できるのは最 大 254 文 字 までです。テキスト フィールド に 255 字 以 上 入 力 できるように
するには、Type ド ロップダウン リストから Memo/Rich Text をクリックします。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
8. Create Field をもう一 度 クリックします。テキスト ボックスに「Boiling Point」と入 力 してタイプを Double に変 更 し、OK
をクリックします。行 った変 更 内 容 は、データ テーブル ツリーに反 映 されます。
注 : フィールド タイプ Double は、-123.7 や 43.242 などの実 数 を含 むフィールド の定 義 に使 用 します。
9. Form タブをクリックします。さまざまなフォーム オプションが表 示 されます。
10.Generate form チェック ボックスをオンにします。Style をクリックします。Form Generation ダイアログ ボックスで Structure in upper left of form オプションのチェック ボックスがオンになっていることを確 認 します。
11.Form Generation ダイアログ ボックスで OK をクリックし、次 に Form Properties ダイアログ ボックスで OK をクリックしま
す。Mydb というフォームが生 成 されます。
次 に、データ ボックスのフィールド 割 り当 てを確 認 します。
1. 構 造 式 データ ボックスを右 クリックします。Structure の横 にチェック マークが表 示 されていれば、Structure フィールド が
構 造 式 データ ボックスに正 しくリンクされています。
2. Boiling Point データ ボックスを右 クリックします。Boiling Point の横 にチェック マークが表 示 されているか確 認 します。
レコード の追加
以 上 の操 作 により、新 規 フィールド が作 成 され、データ ボックスにリンクされました。次 に、データベースにデータを追 加 し
ます。
このチュート リアルでは、ChemBioDraw コント ロール (既 定 値 の構 造 モード ) の使 用 方 法 を説 明 します。構 造 式 を追 加
する前 に、構 造 式 モード が適 切 な設 定 になっているかどうかを確 認 してください。
現 在 の設 定 を確 認 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 データ ボックスを右 クリックし、Properties をクリックします。
2. Box Properties ダイアログ ボックスの Box Style セクションで、ChemBioDraw style を選 択 します。
ChemBioDraw style を選 択 した場 合 、ChemBioFinder 13.0 の既 定 値 の設 定 が ChemBioDraw コント ロールになり
ます。これにより、ChemBioFinder 13.0 の構 造 式 データ ボックスで構 造 式 を編 集 できるようになります。ChemBioFinder スタイルを指 定 すると、ChemBioDraw が編 集 用 のウィンド ウで起 動 します。
3. フォーム エディタを終 了 するには、レイアウト ツールの選 択 を解 除 します。
これでデータベースにレコード を追 加 する準 備 が整 いました。次 に示 す手 順 で、ベンゼン、n-ペンタン、およびシクロヘキサ
ンのレコード を作 成 します。
1. 構 造 式 ボックス内 をダブルクリックします。ChemBioDraw ツールバーが表 示 されます。
ヒント: ChemBioDraw スタイルを選 択 している場 合 、構 造 式 ボックスを右 クリックして Edit メニューの Edit in ChemBioDraw を選 択 してウィンド ウ内 で ChemBioDraw を開 くこともできます。
2. ベンゼン ツールを選 択 し、構 造 式 ボックスでベンゼンを描 画 します。
3. 構 造 式 の編 集 を終 了 するには、構 造 式 データ ボックスの外 をクリックします。構 造 式 データ ボックスにベンゼンが表 示
されます。ChemBioFinder 13.0 により、分 子 式 が計 算 され、1 という ID 番 号 が割 り当 てられます。
4. MolName ボックスをクリックし、「Benzene」と入 力 します。
5. Boiling Point ボックスをクリックし、「80.1」と入 力 します。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
6. Record メニューの Commit Changes をクリックし、新 規 レコード を作 成 します。
これで、データベースに最 初 のレコード が入 力 されました。ステータス バーには、データベースのサイズが表 示 されます。
新 しいレコード を 2 件 追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Record メニューの Add New Record をクリックします。
2. n-ペンタン (沸 点 = 36.1 度 ) のレコード を追 加 します。
3. ステップ 1 を繰 り返 して、シクロヘキサン (沸 点 = 80.7 度 ) のレコード を追 加 します。
注: 2 件目のレコード からは、レコード ツールで別のレコード に移動するたびに変更内容が確定されます。
4. File メニューの Save をクリックします。
注: Save をクリックすると、フォームが保存されます。Commit Changes をクリックすると、データがデータベースに保存されま
す。
チュート リアル 4: データベースの検 索
多 くの場 合 、小 さなデータベースでは、データベースのレコード を 1 つずつ閲 覧 することで役 に立 つ情 報 を見 つけることが
できます。しかし、大 きなデータベースでは、特 定 の検 索 条 件 を入 力 して必 要 な情 報 を見 つけたいと思 うものです。
データベースを検 索 したときに、必 要 な情 報 が含 まれるレコード だけが見 つかることはほとんどありません。検 索 条 件 に
一 致 するレコード のリスト は、ヒット リスト と呼 ばれます。ヒット リスト を閲 覧 すれば、データベース全 体 を閲 覧 する場 合 よ
りも、必 要 な情 報 をはるかに効 率 的 に探 し出 すことができます。
このチュート リアルでは、テキスト 検 索 および構 造 式 検 索 について説 明 します。反 応 検 索 については、22 ページの
「チュート リアル 5: 反 応 検 索 」 で説 明 します。
サンプル データベースを開く
CS_Demo データベースを開 くには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ChemBioFinder 13.0 を起 動 し、Open ダイアログ ボックスの Existing タブをクリックします。ChemBioFinder 13.0 を既
に実 行 している場 合 は、 File メニューの New をクリックしてこのダイアログ ボックスを開 くか、Explorer ウィンド ウの
Favorites タブで CS_Demo を直 接 開 きます。 1
2. 次 の Samples ディレクト リに移 動 します。
Windows 7 の場 合 は、C:\ProgramData\CambridgeSoft\ChemOffice2012\ChemFinder\Samples に移 動 します。
Windows XP または Vista の場 合 は、C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\CambridgeSoft\ChemOffice2012\ChemFinder\Samples に移 動 します。
3. Samples ディレクト リで CS_demo.cfx を選 択 し、Open をクリックします。ChemBioFinder 13.0 で CS_Demo データ
ベースが開 きます。
検 索 を開 始 する前 に、Explorer ウィンド ウが開 いていない場 合 はこれを開 きます。
4. View メニューの Explorer Window をクリックします。
5. Queries タブをクリックします。
1Explorer ウィンドウは、Pro および Ultra バージョンで使用可能です。Standard バージョンでは使用できません。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
分子式検索
CS_Demo データベースで 6 個 の炭 素 原 子 と 1 個 または 2 個 の窒 素 原 子 を持 つ化 合 物 を検 索 するには、次 の操 作 を
行 ってください。
1. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームがクリアされ、新 しいクエリを入 力 できる状 態 になります。
2. Formula ボックスをクリックし、「C6N1-2」と入 力 します。
3. Search をクリックします。
Explorer ウィンド ウのクエリ ツリーに、フル リスト の "子 " として 1 件 のクエリが表 示 されます。クエリはフォームに保 存 でき、
いつでも確 認 することができます。詳 細 については、127 ページの 「クエリの管 理 」 を参 照 してください。
検 索 でヒット した項 目 を閲 覧 するには、次 の 3 つの方 法 があります。
フォーム ビュー — Record メニュー コマンド またはツールバーを使 用 してレコード 間 を移 動 します。
データ テーブル ビュー ― テーブルを閲 覧 してレコード を表 示 します。
連 続 フォーム ビュー ― 複 数 のレコード をそれぞれのフォームに表 示 します。
各 表 示 方 法 を切 り替 えるには、View メニューの Switch Views をクリックするか、Ctrl + W キーを押 します。
注 : レコード を表 示 すると、ステータス バーのカウンタには現 在 のレコード 、現 在 のリスト サイズ、データベース全 体 のサ
イズが示 されます。
複 数 のレコード をテーブル形 式 で表 示 するには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
View>Data Table>In Current Window の順 に選 択 します。
Switch to Table ツールをクリックします。
Ctrl + T キーを押 します。
注 : Switch to Table ツールはトグル形 式 なので、もう一 度 選 択 すると、フォーム ビューに戻 ります。
テーブル ビューが表 示 され、現 在 のリスト に含 まれるすべてのレコード (この場 合 は、先 ほどの検 索 で返 されたレコード )
がテーブル形 式 で表 示 されます。テーブル ビューには、検 索 結 果 を確 認 するためのオプションがいくつか用 意 されていま
す。次 に例 を示 します。
テーブル ビューで、特 定 のフィールド でレコード をソート できます。たとえば、MolWeight フィールド でソート するには、MolWeight テーブル ヘッダーをダブルクリックします。
テーブルの列 幅 を変 更 できます。テーブル ヘッダーの区 切 り線 の上 にカーソルを置 き、目 的 の位 置 までド ラッグします。
すべてのフォームの高 さを調 整 できます。左 にある区 切 りバーをド ラッグします。
連 続 フォームを使 ってレコード を閲 覧 するには、次 の操 作 を行 ってください。
View メニューの Continuous Forms をクリックします。連 続 フォーム形 式 でレコード が表 示 されます。既 定 値 では
フォーム ビューと同 じフォームが連 続 フォーム ビューに表 示 されます。
データベース内 のすべてのレコード を取 得 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Explorer ウィンド ウで Full List をダブルクリックします。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
名前検索
クエリ機 能 には、データベース内 のテキスト を検 索 するためのオプションがいくつか用 意 されています。たとえば、CS_
Demo データベースの中 から、分 子 の名 前 が "benz:" で始 まるすべての化 合 物 を検 索 します。
1. フォーム ビューが表 示 されていない場 合 、フォーム ビューに切 り替 えます。
2. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームがクエリ モード で表 示 されます。
3. MolName ボックスをクリックし、「benz*」と入 力 します。
4. Enter キーを押 します。名 前 が "benz" で始 まるすべてのレコード が返 されます。
5. View>Data Table>In Current Window の順 に選 択 します。テーブル ビューが表 示 されます。分 子 名 が正 しいかど
うかを確 認 します。
ヒント: チュートリアルでは Search メニューを使 用 しますが、代 わりに Search ツールバーを使 用 しても構 いません。
ツールバーのアイコンはそれぞれ Search メニューのコマンド に対 応 しています。検 索 条 件 の指 定 が済 んだ後 で Find
アイコンをクリックすると、Enter キーを押 すのと同 じ効 果 があります。Search ツールバーの高 度 な使 用 法 について
は、99 ページの 「クエリ」 を参 照 してください。
注 : この検 索 では、"benzene" はヒットしますが "bromobenzene" はヒットしません。上 記 の手 順 で入 力 したクエリは "
前 方 一 致 検 索 " のクエリであるため、指 定 された部 分 文 字 列 で始 まる文 字 列 しかヒットしません。テキスト検 索 の
指 定 方 法 の詳 細 については、99 ページの 「テキスト検 索 」 を参 照 してください。
数値検索
ChemBioFinder の数 値 フィールド では、範 囲 検 索 を実 行 することができます。たとえば、CS_Demo データベースの中 か
ら、分 子 量 が 90 ～ 100 の範 囲 内 の化 合 物 を検 索 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォーム ビューが表 示 されていない場 合 、フォーム ビューに切 り替 えます。
2. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームがクリアされ、新 しいクエリを入 力 できる状 態 になります。
3. Molecular Weight ボックスをクリックし、「90-100」と入 力 します。
4. Enter キーを押 します。分 子 量 が 90 ～ 100 の範 囲 内 にあるすべてのレコード が返 されます。
5. View>Data Table>In Current Window の順 に選 択 します。テーブル ビューが表 示 されます。
注 : 分 子 量 クエリは、10 進 数 値 または 10 進 数 値 の範 囲 で指 定 します。検 索 精 度 は、入 力 された有 効 桁 数 に応
じて決 定 されます。分 子 量 検 索 の詳 細 については、100 ページの 「数 値 検 索 」 を参 照 してください。
部分構造式検索
部 分 構 造 式 を検 索 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームがクリアされ、検 索 テキスト を入 力 できるようになります。
2. 構 造 式 ボックス内 をダブルクリックします。構 造 式 ボックスの周 りに青 いボックスが表 示 され、ChemBioDraw コント ロー
ルが表 示 されます。
3. ベンゼンを描 画 します。
部 分 構 造 式 を検 索 するためには、次 のようにオプションを設 定 してください。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
1. Search メニューの Substructure が選 択 されていない場 合 は、選 択 します。
2. Search メニューの Similarity が選 択 されている場 合 は、選 択 解 除 します。
3. Search をクリックするか、Search メニューの Find をクリックします。
ChemBioFinder 13.0 で検 索 が開 始 されます。検 索 の進 捗 が、ウィンド ウ下 部 のステータス バーのカウンタに表 示 されま
す。
検 索 が完 了 すると、ステータス バーの Current List Size ウィンド ウにヒット 件 数 が表 示 され、フォームには最 初 のヒット が
表 示 されます。部 分 構 造 式 検 索 では、各 分 子 の構 造 式 の中 でクエリに一 致 する部 分 が赤 で強 調 表 示 されます。上
記 の検 索 では、ベンゼン環 を含 むすべての構 造 式 が返 されます。
注 : Preferences ダイアログ ボックスの Search タブでも、検 索 オプションを設 定 できます。詳 細 については、203 ページ
の 「ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ」 を参 照 してください。
注 : 検 索 の結 果 何 もヒットしなかった場 合 は、警 告 が表 示 され、クエリ モード に戻 ってクエリが画 面 に表 示 されます。
複合検索
構 造 式 検 索 とテキスト 検 索 を組 み合 わせて、検 索 することもできます。たとえば、ベンゼンの部 分 構 造 式 が含 まれ、か
つ分 子 量 が 400 を超 えるすべての化 合 物 をデータベースから抽 出 するとします。
複 合 検 索 を実 行 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームがクリアされ、新 しいクエリを入 力 できる状 態 になります。
2. 構 造 式 ボックス内 をダブルクリックします。ChemBioDraw コント ロールが表 示 されます。
3. ベンゼンを描 画 します。
4. Molecular Weight ボックスをクリックし、「>400」と入 力 します。
5. Enter キーを押 します。
この検 索 で、ベンゼン環 を含 み、分 子 量 が 400 を超 えるすべてのレコード が返 されます。
チュート リアル 5: 反 応 検 索
ChemBioFinder 13.0 では、個 々 の物 質 に関 する情 報 を効 率 よく管 理 できるだけでなく、化 学 反 応 を保 存 したり検 索
することもできます。
反応物検索
このチュート リアルでは、サンプルとして ChemBioFinder に付 属 している Infochem データベースを使 って、部 分 構 造 式 と
テキスト を検 索 する方 法 を学 びます。ChemBioFinder 13.0 に付 属 しているこのデータベースには、約 250 種 類 の反 応 レ
コード が登 録 されています。反 応 物 検 索 は、ある出 発 原 料 から生 成 可 能 な物 質 を調 べたいときに便 利 です。
1. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームがクリアされます。
2. 構 造 式 ボックス内 をダブルクリックします。ChemBioDraw ツールバーが表 示 されます。
3. 下 図 の構 造 式 を描 画 します。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
この構 造 式 は、炭 素 原 子 が一 般 的 なハロゲン原 子 (x) と結 合 する状 態 を示 します。また、右 側 の矢 印 は、この部
分 構 造 式 を反 応 物 とする物 質 を検 索 することを示 します。
4. Search メニューの Substructure が 選 択 されていない場 合 は、選 択 します。
5. Search メニューの Similarity が 選 択 されている場 合 は、選 択 解 除 します。
6. Search メニューの Find をクリックします。
ChemBioFinder 13.0 で検 索 が開 始 されます。検 索 の進 捗 が、ウィンド ウ下 部 のステータス バーのカウンタに表 示 されま
す。
検 索 が完 了 すると、ステータス バーの Current List Size ウィンド ウにヒット 件 数 が表 示 され、フォームには最 初 のヒット が
表 示 されます。部 分 構 造 式 検 索 では、各 分 子 の構 造 式 の中 でクエリに一 致 する部 分 が赤 で強 調 表 示 されます。
生成物検索
この演 習 では、特 定 の反 応 生 成 物 に関 する情 報 を検 索 します。合 成 を行 うときに、目 的 とする生 成 物 はわかっている
が、その生 成 方 法 が不 明 な場 合 は、一 般 に反 応 の生 成 物 を検 索 する方 法 がとられます。ここでは、α環 を閉 じてカル
ボニルを生 成 する反 応 を検 索 します。
反 応 生 成 物 を検 索 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームがクリアされ、新 しいクエリを入 力 できる状 態 になります。
2. 構 造 式 データ ボックスをダブルクリックします。ChemBioDraw ツールバーが表 示 されます。
3. 次 のような構 造 式 を描 画 します。
4. なげなわ選 択 または矩 形 選 択 の Selection ツールに切 り替 え、二 重 結 合 の隣 にある単 結 合 を選 択 します。
5. 右 クリックし、 コンテキスト メニューで Topology、Ring の順 に選 択 します。
6. 残 りの単 結 合 を選 択 します。
7. 右 クリックし、 Topology、Ring の順 に選 択 します。もう一 度 右 クリックし、コンテキスト メニューで Reaction
Center、Make/Break の順 に選 択 します。左 側 の矢 印 は、この部 分 構 造 式 を生 成 物 とする物 質 を検 索 することを示
します。
8. Enter キーを押 します。ヒット リスト が表 示 されます。この例 の検 索 結 果 は次 のとおりです。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
図 3.1: 生 成 物 クエリのヒットの 1 つ
反応タイプの検索
原 料 と生 成 物 についてはある程 度 分 かっていても、その生 成 方 法 が分 からないということも珍 しくありません。
この演 習 では、カルボニルをアルコールに還 元 する反 応 を検 索 します。次 の操 作 を行 ってください。
1. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームがクリアされます。
2. 構 造 式 ボックス内 をダブルクリックします。
3. 次 のような構 造 式 を描 画 します。
図 3.2: 反 応 タイプのクエリの構 造 式
4. Enter キーを押 します。
検 索 結 果 を閲 覧 します。反 応 はいずれも、炭 素 と酸 素 の二 重 結 合 を炭 素 と酸 素 の単 結 合 に変 換 する反 応 です。
ヒット リスト には、アルデヒド 、酸 、ケト ンの還 元 が含 まれています。
リスト からの検索
この例 では前 例 のリスト を元 にもう一 度 検 索 を実 行 し (24 ページの 「反 応 タイプの検 索 」 を参 照 )、ケト ン還 元 反 応 の
みを取 得 します。
リスト から検 索 を行 うには、次 の操 作 を行 ってください。
1. チュート リアルと異 なる順 序 でこの操 作 を行 っている場 合 には、クエリ ツリーで前 回 のクエリをダブルクリックして、これを
アクティブなヒット リスト にしてください。
2. Search メニューの Over Current List をクリックします。
3. 構 造 式 ボックス内 をダブルクリックします。
4. 次 のような構 造 式 を描 画 します。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
a. 選 択 ツールを使 用 して二 重 結 合 を右 クリックし、Reaction Center 結 合 属 性 を Change に設 定 します。
b. テキスト ツールを使 って炭 素 原 子 を 1 つ選 択 します。「[NOT O,H]」とすべて大 文 字 で入 力 し (角 かっこも含 め
る)、Enter キーを押 して置 き換 えます。
c. テキスト ツールを使 ってラベルを選 択 し、右 クリックしてコンテキスト メニューの Repeat Last Label をクリックしま
す。
d. もう 1 つの炭 素 原 子 をダブルクリックし、ラベルを複 製 します。すると次 のような構 造 式 が表 示 されます。
ここでは、ケト ンの検 索 を指 定 するにあたり、炭 素 に隣 接 する原 子 は酸 素 および水 素 以 外 であるという限 定 を加
え、二 重 結 合 が切 断 ではなく、変 更 されたものを検 索 するように指 定 しました。
5. Enter キーを押 します。
クエリは、クエリ構 造 式 と前 のヒット リスト に基 づいて結 果 を返 します。ヒット した反 応 は、いずれも、ケト ンをアルコー
ルに還 元 する反 応 です。クエリ ツリーにはこの検 索 が最 初 のクエリの "子 " として表 示 されます。
図 3.3: クエリ ツリー内 の子 検 索
ヒント: ヒット リストを元 にして複 数 の検 索 を行 うには、Search Over Current List コマンド の代 わりに Set Domain
to Current List コマンド を使 用 してください。ド メインを設 定 すると、検 索 を実 行 するたびに元 のヒット リストを復 元 す
る手 間 が省 けます。
チュート リアル 6: BioViz グラフの作 成
BioViz を使 用 すると、データベースの数 値 フィールド に基 づいて検 索 結 果 のデータのグラフを作 成 できます。
BioViz のグラフには、折 れ線 グラフ、散 布 図 (1 変 数 または 2 変 数 )、ヒスト グラム (X 軸 データ) を含 めることができます。
BioViz のグラフの詳 細 については、164 ページの 「BioViz」 を参 照 してください。
1 変数グラフ
1 変 数 グラフには、Y 座 標 の変 数 とレコード 番 号 が表 示 されます。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
1 変 数 グラフを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. View>ChemBioViz Plots>New の順 に選 択 します。ChemBioViz Plot Properties ダイアログ ボックスが表 示 されま
す。
2. Dimension ボックスで One Variable をクリックします。
3. Y 座 標 のド ロップダウン リスト から数 値 フィールド を選 択 します。
4. (オプション) グラフの名 前 を入 力 します。
ヒント: Properties ダイアログ ボックスの右 下 に Point Limit フィールド があります。大 きなデータセットのグラフ化 には時
間 がかかる場 合 があります。保 護 措 置 として、この設 定 は既 定 値 で 500 になっており、データセット内 の 500 個 の点
のみがグラフ化 されます。ほとんどのコンピュータで数 秒 で処 理 できる量 です。これより大 きなデータセットをグラフ化 す
るには、この値 を必 要 な値 に変 更 してください。
5. OK をクリックします。新 しいウィンド ウが開 いてグラフが表 示 されます。
6. (オプション) Notes ボタンをクリックして追 加 情 報 を表 示 します。たとえば、Y の値 がない場 合 、点 はグラフ化 されませ
ん。このような情 報 がある場 合 は Notes にレポート されます。
ヒント: 1 変 数 の散 布 図 を作 成 するには、数 値 フィールド 内 を右 クリックし、BioViz Plot の ID Plot を選 択 します。
ヒスト グラムのグラフ
ヒスト グラムのグラフは 1 変 数 グラフの変 形 であり、X 座 標 は変 数 値 を、Y 座 標 は各 ヒスト グラムの "バー" のカウント を示
します。
ヒスト グラムのグラフを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. View>ChemBioViz Plots>New の順 に選 択 します。
2. BioVizPlot Properties ダイアログ ボックスの Dimension ボックスで One Variable ラジオ ボタンをクリックします。
3. Style ボックスで Histogram を選 択 します。
4. Bins ボックスで Number または Size を選 択 し、値 を入 力 します (オプション)。
Number には、グラフに表 示 するバーの数 を設 定 します。
Size には、各 バーの値 の範 囲 を設 定 します。
5. X 座 標 のド ロップダウン メニューから数 値 フィールド を選 択 します。
6. グラフの名 前 を入 力 します (オプション)。
7. OK をクリックします。各 バーの最 大 値 と最 小 値 がグラフの下 に表 示 されます。
2 変数グラフ
2 変 数 グラフでは、X 変 数 と Y 変 数 の両 方 を選 択 します。
2 変 数 グラフを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. View>ChemBioViz Plots>New の順 に選 択 します。
2. Dimension ボックスで Two Variable オプションをクリックします。
3. X 軸 と Y 軸 の両 方 についてフィールド を選 択 します。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
4. Style ボックスで Scatter plot オプションをクリックします。
5. グラフの名 前 を入 力 します (オプション)。
6. OK をクリックします。
グラフの削除
グラフを削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. View>ChemBioViz Plots>Remove の順 に選 択 します。
2. ダイアログ ボックスでグラフを選 択 して、Remove をクリックします。
3. OK をクリックします。
フィルタ
フィルタは次 の 2 つの方 法 で使 用 できます。
グラフ化 される変 数 にフィルタを適 用 して、変 数 の範 囲 を制 限 する。
他 の変 数 にフィルタを適 用 して、グラフに別 の次 元 を追 加 する。
フィルタをアクティブ化 するには、 View メニューの Filter Window をクリックするか、グラフでコンテキスト メニューを使 用 しま
す。Filter ウィンド ウが表 示 されたら、右 クリックしてフィールド を選 択 または選 択 解 除 します。グラフに適 用 できるフィルタ
の数 は 31 に制 限 されています。
注 : フィルタは、表 示 中 のグラフのみでなく、アクティブなグラフすべてに適 用 されます。
自動スケーリング
グラフをフィルタ処 理 すると、フィルタ結 果 のポイント を見 やすくするためにグラフを拡 大 表 示 することが必 要 になる場 合 が
あります。BioViz のコンテキスト メニューの Autoscale を選 択 すると、フィルタを調 整 するたびに縮 尺 率 が自 動 的 に調 整
されます。Autoscale はト グル コマンド であり、解 除 するまで有 効 のままになります。
一 方 、縮 尺 率 を変 えずにすべてのフィルタ調 整 を行 うには、BioViz のコンテキスト メニューの Rescale to All Points を
選 択 します。
ズーム
BioViz のズーム機 能 は、BioViz のコンテキスト メニューで切 り替 えます。
BioViz のグラフの一 部 を拡 大 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. BioViz のコンテキスト メニューの Zoom on Drag をクリックします。コマンド をオンにすると、コマンド の横 にチェック マーク
が付 きます。選 択 解 除 するには、同 じコマンド をもう一 度 クリックしてください。
2. グラフの一 部 分 の上 をド ラッグします。
マウス ボタンを離 すと、選 択 したポイント がよく見 えるように拡 大 表 示 されます。
初 期 表 示 では選 択 した領 域 が表 示 されていますが、スクロール バーを使 用 すると、拡 大 されたグラフの他 の部 分 も表
示 できます。X 軸 または Y 軸 のズーム ボタンをクリックすると、その軸 の縮 尺 率 が元 に戻 り、他 の軸 の縮 尺 率 はそのまま
になります。BioViz のコンテキスト メニューの Unzoom をクリックすると、両 方 の軸 の縮 尺 率 が同 時 に元 に戻 ります。
続 けてズームを行 い、既 に拡 大 されている領 域 の一 部 をさらに拡 大 表 示 できます。ズームを複 数 回 行 った場
合 、Zoom ボタンは、元 に戻 すコント ロールと同 じように動 作 し、1 つ前 の操 作 を元 に戻 します。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
統計分析
BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスの Analysis タブを使 用 して、グラフの統 計 分 析 を実 行 できます。このタブは、2
変 数 グラフの場 合 のみ使 用 できます。
次 の統 計 パラメータを計 算 できます。
X 変 数 または Y 変 数 の最 大 値 と最 小 値
X 変 数 または Y 変 数 の平 均 値 または中 間 値
X 変 数 または Y 変 数 の標 準 偏 差
曲 線 近 似 を選 択 した場 合 は、決 定 係 数 も表 示 できます。計 算 された値 はグラフ上 に表 示 されます。
データ ポイント の線 形 、二 次 、または三 次 の最 小 二 乗 適 合 も表 示 でき、1 ～ 3 の標 準 偏 差 の信 頼 区 間 あり、なし、
いずれも可 能 です。
図 3.4: 統 計 分 析 を表 示 したグラフ
BioViz の各 種 機 能 の操 作 方 法 を次 の表 で説 明 します。
目的
操作
特 定 のレコード に対 応 す
ChemFinder の Record ツールバー
るデータ ポイント を確 認
を使 用 して目 的 のレコード へ移 動
する
します。
データ ポイント の構 造 式
またはデータ値 を表 示 す
る
第 3 章: チュート リアル
結果
データ ポイント が強 調 表 示 されます。
Structure ウィンド ウにはデータ ポイン
データ ポイント にマウス カーソルを
ト の構 造 式 が表 示 され、Details ウィ
合 わせます。
ンド ウには選 択 されているフィールド の
値 が表 示 されます (フォーム内 の現 在
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ChemBioFinder 13.0
目的
操作
結果
のレコード は変 わりません)。
グラフからデータベース レ
コード を選 択 する
クエリの対 象 となるグラフ
変 数 を表 示 する
データ ポイント をクリックします。
クエリを選 択 または作 成 します。
対 応 するデータ レコード がフォームに
表 示 されます。
グラフに現 在 のクエリが表 示 されます。
BioViz のコンテキスト メニューで次
の操 作 を行 います。
グラフからクエリを作 成 す
る
1. Zoom on Drag の横 にチェック
マークが表 示 されている場 合
は、クリックして選 択 解 除 しま
す。
選 択 したポイント が新 しいクエリになり
ます。
2. 対 象 となるポイント を囲 むように
ド ラッグして選 択 します。
3. コンテキスト メニューの Selection to List をクリックします。
クエリを選 択 したときや変
BioViz Plot Properties ダイアログ
グラフはその時 点 のデータセット に
数 を変 更 したときにグラフ ボックスの Lock オプションをオンにし ロックされます。フィルタもロックされる
が変 わらないようにする
グラフを拡 大 して特 定 の
データ ポイント を表 示 す
る
ます。
BioViz のコンテキスト メニューの
Zoom on Drag を選 択 します。
点 に注 意 してください。
グラフの一 部 分 の上 をド ラッグすると、
ポイント が選 択 される代 わりにグラフが
拡 大 表 示 されます。
クエリ コント ロール内 で、クエリのコ
データ ポイント の色 を変
更 する
ンテキスト メニューの Change Color
を選 択 します。子 リスト の色 のみ
変 更 でき、フル リスト の色 は変 更
選 択 した色 でデータ ポイント が表 示 さ
れます。
できません。
フル リスト を選 択 し、オーバーレイ
複 数 のデータベースのグラ する各 クエリのコンテキスト メニュー
クエリ名 の横 のボックスにチェック マーク
フを作 成 する (オーバーレ
の Color on Plot をクリックします。ま が表 示 され、クエリに割 り当 てられた
イ)
たは、クエリあるいはクエリの横 の
色 でデータ ポイント が表 示 されます。
色 付 きボックスをクリックします。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
チュート リアル 7: サブフォームの操 作
サブフォームを使 用 すると、リレーショナル データを表 示 できます。データベースに複 数 のデータ テーブルがあり、これらの
データ テーブルが共 通 のフィールド でリンクされている場 合 、両 方 のテーブルのデータを表 示 できます。メイン フォームでリ
ンク フィールド の値 が変 更 されるたびに、リンク フィールド の値 が同 一 のレコード を各 テーブルのサブフォームに表 示 させる
ことができます。また、サブフォームを使 って、他 のデータベースのデータを表 示 することもできます。
このチュート リアルでは、CS_Demo データベースを開 いて、メイン フォームに MolTable を表 示 し、CS_Demo データベー
スの Synonyms テーブルをサブフォームに表 示 してから、MOL_ID フィールド をリンク フィールド に指 定 し、2 つのデータセッ
ト を関 連 付 けて表 示 する方 法 を学 びます。
サブフォームの作成
サブフォームを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ChemBioFinder 13.0 フォーム tut1.cfx を開 きます。このフォームを開 くと、CS_Demo.mdb データベースに接 続 します。
2. データ ボックスのサイズと配 置 を調 整 してフォームの右 側 にスペースを設 けます。
3. サブフォーム ツールをクリックします。
4. フォーム内 をド ラッグして適 切 な大 きさのサブフォームを作 成 します。
ヒント: メイン フォームの右 側 に十 分 なスペースがない場 合 は、サブフォームをメイン フォームの下 に配 置 することもで
きます。
マウス ボタンを放 すと Subform Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
5. Form タブをクリックし、階 層 ツリーから Synonyms を選 択 します。
6. Generate form チェック ボックスをオンにし、Style をクリックします。
7. Plain フォームを選 択 し、フォームに含 めるフィールド を、Synonym フィールド を除 いてすべて選 択 解 除 し、OK をク
リックします。すると Subform Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
8. Subform タブをクリックします。
9. Link to SYNONYMS フィールド には既 定 値 で SYN_ID という値 が入 っています。ド ロップダウン メニューから、 Link
from MOLTABLE フィールド に MOL_ID という値 を選 択 します。
10.OK をクリックします。
これでサブフォームのデータ ソースを選 択 し、メイン フォームにリンクする作 業 が完 了 しました。メイン フォームとサブフォー
ムが MOL_ID フィールド でリンクされています。いずれかのフォームをクリックすると、アクティブになります。
リンクを確 認 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. サブフォーム ボックスの外 側 をクリックし、レコード ツールを使 ってデータベースを閲 覧 します。MolTable で表 示 される
分 子 のレコード が変 わるたびに、Synonyms テーブルで最 初 に ID が一 致 したレコード がサブフォームに表 示 されま
す。
2. サブフォーム ボックス内 をクリックします。この状 態 でデータベースを閲 覧 すると、サブフォーム内 のエント リだけを閲 覧 す
ることになります。
別 名 をすべて表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
1. サブフォーム ボックスをダブルクリックし、テーブル ビューに切 り替 えます。ファイルを保 存 し、終 了 するには、次 の操 作
を行 ってください。
a. File > Save の順 に選 択 します。
b. File > Close の順 に選 択 します。
以 上 で、ChemBioFinder 13.0 のチュート リアルはすべて完 了 しました。
第 3 章: チュート リアル
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ChemBioFinder 13.0
フォーム
フォームを使 って、データベースの情 報 を対 話 式 に操 作 できます。ChemBioFinder 13.0 のフォームは、構 造 式 、数 値 、
テキスト 、画 像 などのデータ項 目 を表 示 または変 更 するデータ ボックスで構 成 されます。また、フォーム内 にサブフォーム
を作 成 すれば、複 数 のデータ テーブルや複 数 のデータベースをリンク表 示 できます。
下 の図 は、フォームの一 例 を示 しています。この例 のように、フォームにはデータベース内 のレコード が 1 件 ずつ表 示 され
ます。
図 4.1: 1 件 のレコード が表 示 されているフォーム
次 の 3 つの方 法 でフォームを作 成 できます。
Form Generator ダイアログ ボックスを使 用 した自 動 作 成
フォーム ツールを使 用 して手 動 で作 成
データベース ツリーを使 用 して作 成
フォームを作 成 するには、レイアウト の作 成 (34 ページの 「手 動 によるフォームの作 成 」 を参 照 )、ボックス プロパティの設
定 (41 ページの 「ボックス プロパティの設 定 」 を参 照 )、タブの設 定 (40 ページの 「タブの作 成 と編 集 」 を参 照 )、およびセ
キュリティの設 定 (52 ページの 「フォームのセキュリティ保 護 」 を参 照 ) が必 要 です。
フォームはいつでも編 集 できます (48 ページの 「フォームの編 集 」 、および52 ページの 「フォーム レイアウト の変 更 」 を参
照 )。
フォームの設 計 を開 始 するには、まずデータベースを選 択 し、フォームに含 めるフィールド を決 定 します。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
フォームの自 動 作 成
Form Generation ダイアログ ボックスを使 用 すると、フォームの作 成 や既 存 のフォームのレイアウト の変 更 を行 うことができ
ます。事 前 に定 義 されたフォームのスタイルとプロパティを選 択 できます。
フォームを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 現 在 のフォームの空 白 部 分 を右 クリックし、Data Source を選 択 します。
2. Form Properties ダイアログ ボックスで、Form タブをクリックします。
注 : Generate form チェック ボックスと Style ボタンが無 効 になっている場 合 、現 在 のフォームをデータベースに接 続
する必 要 があります。詳 細 については、16 ページの 「データベースをフォームに接 続 」 を参 照 してください。
3. Generate form チェック ボックスをオンにして、Style をクリックします。Form Generation ダイアログ ボックスが表 示 され
ます。左 側 のパネルを見 ると、すべてのフィールド が既 定 値 で選 択 されています。
4. Choose fields to be included セクションのフィールド のうち、フォームに含 めないものを選 択 解 除 します。
5. フォームの左 上 に構 造 式 ボックスを配 置 する場 合 は、 Structure in upper left of form チェック ボックスをオンにします。こ
のオプションを選 択 しない場 合 は、リスト に表 示 されている順 番 でボックスが生 成 されます。
6. 次 のように、目 的 の Form style を選 択 します。
Framed - 各 フォーム フィールド の上 にラベルが付 けられ、フレームがあります。
Titled - 各 フォーム フィールド の上 にラベルが付 けられ、フレームはありません。
Labeled - 各 フォーム フィールド の左 にラベルが付 けられ、フレームはありません。
Plain - 各 フォーム フィールド はタイト ルとフレームなしで表 示 されます。
7. Columns スクロールバーを使 用 して、フォームに含 める列 数 を選 択 します。
8. Grid size ド ロップダウン リスト を使 用 して、ボックスとグリッド のサイズと間 隔 を選 択 します。
Large - 大 きいサイズで、間 隔 が広 い場 合 。
Medium - Large 設 定 と Small 設 定 の中 間 のサイズと間 隔 の場 合 。
Small - 小 さいサイズで、間 隔 が狭 い場 合 。
9. Form Generation ダイアログ ボックスで OK をクリックします。フォームの設 定 が保 存 されます。
10.Form Properties ダイアログ ボックスで Apply をクリックして、OK をクリックします。警 告 のダイアログ ボックスが表 示 さ
れ、新 規 のフォームを作 成 するか、それとも既 存 のフォームを置 き換 えるよう求 められます。No をクリックすると新 規 の
フォームが作 成 され、Yes をクリックすると既 存 のフォームが置 き換 えられます。
フォームの保 存
ChemBioDraw や ChemBio3D のような大 部 分 の非 データベース系 のアプリケーションでは、画 面 でデータを編 集 して
も、そのままの状 態 では変 更 内 容 がディスクに保 存 されません。File メニューの Save をクリックするか、Ctrl + S キーを押
して保 存 する必 要 があります。
一 方 、ChemBioFinder 13.0 などのデータベース アプリケーションでは、レコード 間 を移 動 するたびに変 更 内 容 が自 動 的
に保 存 されます。これを変 更 の "確 定 " といいます。Record メニューの Undo Changes をクリックすると、元 のデータに戻
すことができます。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
File メニューの Save コマンド で保 存 されるのは、フォームそのものに対 して行 った変 更 内 容 (ボックスの位 置 など) だけで
す。
File メニューの Save コマンド を選 択 しても、データベース内 のデータへの変 更 内 容 が保 存 されるわけではありません。
注 : フォームを保 存 するとサブフォームも保 存 され、サブフォームに行 った変 更 も保 存 されます。
注 : フォームを作 成 したら、それを保 存 できます。保 存 したフォームを呼 び出 すと、フォーム内 で定 義 したデータベース
に自 動 的 に接 続 されます。
フォームを .cfx ファイルとして保 存 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Save をクリックします。フォームに新 しいファイル名 を付 けて保 存 するには、File メニューの Save As
をクリックします。Save ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. フォームを保 存 するディレクト リを選 択 してファイル名 を入 力 し、Save をクリックします。保 存 するフォームには、自 動
的 に CFX という拡 張 子 が付 けられます。
注 : 保 存 の際 に Save as type ダイアログ ボックスで All Files を選 択 すると、.msf 拡 張 子 および .msk 拡 張 子 を持
つファイルが表 示 されます。.msf 拡 張 子 を持 つファイルはマルチプル シーケンス ファイルです。.msk 拡 張 子 を持 つ
ファイルはマスク ファイルです。
手 動 によるフォームの作 成
フォームを作 成 してそのフォームを定 義 するには、Form ツールを使 ってオブジェクト を作 成 し、Box Properties ダイアログ
ボックスでフォームのプロパティを設 定 します。
フォームを新 しく作 成 するには、次 のいずれかの操 作 を行 います。
File メニューの New をクリックします。
メイン ツールバーの New File アイコンをクリックします。
データベース ツリーは、Database Properties ダイアログ ボックスに表 示 されるのと同 じツリーで、現 在 開 いているデータ
ベースのテーブル (またはビュー) と列 が表 示 されます。フォームやサブフォームを開 いたりアクティブにした場 合 や、データ
ベースを変 更 した場 合 に、ツリーが更 新 されて現 在 のデータベースが表 示 され、ツリーが展 開 されて現 在 選 択 されてい
るテーブルの列 が表 示 されます。
データベース ツリーが非 表 示 になっている場 合 、これを表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. View メニューの Explorer Window をクリックします。
2. Database タブをクリックします。
データベース ツリーを使 ってフォームを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 新 しいフォームを開 きます。
2. フォームを右 クリックし、Data Source を選 びます。
3. Database タブの Open Database... をクリックします。
4. データベースを選 択 し、Open をクリックします。
5. Form Properties ダイアログ ボックスで OK をクリックします。データベース ツリーにデータベースが表 示 されます。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
図 4.2: データベース ツリーを使 ったフォームの作 成
6. データベース ツリー内 の Structure フィールド をダブルクリックします。構 造 式 ボックスがフォームの左 上 に表 示 されま
す。
図 4.3: データベース ツリーから作 成 した構 造 式 ボックス
7. その他 のフィールド もすべてダブルクリックします。
8. フォーム内 でデータ ボックスを移 動 するには、Selection ツールを使 用 します。
フォーム ツールの使用
フォームをデザインするには、Form ツールバーを使 用 する必 要 があります。ボックスを作 成 するコマンド は、メニューにはあ
りません。
フォーム ツールを表 示 するには、次 のいずれかの操 作 を行 います。
メイン ツールバーの Layout アイコンをクリックします。
View>Toolbars>Form の順 に選 択 します。Form ツールバーが表 示 され、フォームの作 成 および編 集 のためのツール
が提 供 されます。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
図 4.4: Form ツールバー: 1) 選 択 ツール、2) データ ボックス、3) フレーム、4) フレーム付 きボックス、5) チェック ボックス、6)
テキスト ボックス、7) 画 像 、8) ボタン、9) サブフォーム、10) プロファイル ボックス、11) コントロール ボックス、12) グリッド
グリッド の使用
新 しいフォームでは、既 定 値 でスナップ グリッド がオンになっています。このグリッド は、フォーム上 でボックスの位 置 を調 整
するのに便 利 です。グリッド をオンにすると、描 画 されるオブジェクト は自 動 的 にグリッド の位 置 に合 わせて配 置 されます。
グリッド の表 示 /非 表 示 を切 り替 えるには、次 のいずれかの操 作 を行 います。
Form ツールバーの Grid ツールをクリックします。
View メニューの Grid を選 択 するか選 択 解 除 します。
注 : グリッド の間 隔 は、Preferences ダイアログ ボックスで変 更 できます。203 ページの 「プリファレンスの設 定 」 を参 照
してください。
データ ボックスの作成
ChemBioFinder 13.0 のフォームは、関 連 付 けられているデータベースのデータやその他 の情 報 を表 示 するさまざまな
ボックスで構 成 されます。各 ボックスには、現 在 のレコード のデータ項 目 が 1 つずつ表 示 されます。データ ボックス
は、Form ツールバーのツールを使 って作 成 します。
注 : Form ツールバーは、Layout ボタンを選 択 すると表 示 されます。
データ ボックスは、データ項 目 や構 造 式 を表 示 します。テキスト 、数 値 、日 付 、分 子 、反 応 、画 像 など、データベース内
のあらゆるデータを表 示 できます。データ ボックス内 のデータは、編 集 可 能 です。このボックスにはラベルが付 いていません
が、フレーム ツールを使 ってボックスをフレームで囲 んでラベルを付 けるか、プレーン テキスト ツールを使 ってラベルを付 ける
ことができます。また、データ ボックスには、データベースから検 索 したデータでない固 定 データを表 示 することもできます。
データ ボックスを描 画 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. データ ボックス ツールをクリックします。
2. フォームで、斜 めにド ラッグしてボックスを作 成 します。
ボックス内 に表 示 するデータのタイプを設 定 する方 法 については、41 ページの 「ボックス プロパティの設 定 」 を参 照 してく
ださい。フォームにデータベースが既 に開 いている場 合 は、データ ボックスを右 クリックし、Field... を選 択 し、使 用 できる
フィールド のリスト から選 択 します。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
フレームの作成
フレーム ツールでは、1 つのデータ ボックスまたはボックスのグループを囲 むラベル付 きの枠 を作 成 できます。新 しいフレー
ムを作 成 すると、そのフレームに付 けるテキスト ラベルの入 力 画 面 が表 示 されます。
フレームを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Frame ツールをクリックします。
2. フォーム上 で、斜 めにド ラッグしてフレームを作 成 します。Data というラベルの付 いた、フレーム付 きボックスが表 示 され
ます。
ラベルを変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
3. ラベルを右 クリックし、ド ロップダウン メニューから Label を選 択 します。Enter the label ダイアログ ボックスが表 示 されま
す。
4. フレームに付 けるラベルを入 力 します。
5. OK をクリックします。フレームに固 定 ラベルが表 示 されます。
フレームのラベルは、Box Properties ダイアログ ボックスでも変 更 できます。詳 細 については、41 ページの 「ボックス プロパ
ティの設 定 」 を参 照 してください。
フレームは、データベースのレコード を閲 覧 中 に、レコード をそのまま表 示 するボックスとしても使 用 できます。フレームが
データベース フィールド に関 連 している場 合 、閲 覧 または検 索 しているデータベースのレコード に従 って、指 定 したフィー
ルド の値 を示 すラベルが自 動 的 に更 新 されます。たとえば、Structure フィールド の周 囲 にフレームを描 画 し、そのフレー
ムに現 在 の構 造 式 の名 前 を表 示 するようなラベルを付 けるとします。この場 合 、別 のレコード に移 動 すると、そのレコー
ド の構 造 式 の名 前 がフレームのラベルに表 示 されます。可 変 ラベルは、ボックス プロパティを使 って設 定 します。
フレーム付きボックスの作成
フレーム付 きボックス ツールは、フレーム付 きデータ ボックスの作 成 に使 用 します。フレーム付 きデータ ボックスは、データ
ボックスとフレームを組 み合 わせたものです。Enter the Label ダイアログ ボックスで、フレームのラベルを指 定 します。
フレーム付 きのデータ ボックスを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フレーム付 きボックス ツールをクリックします。
2. フォーム上 でド ラッグしてボックスを作 成 します。
3. Enter the Label ダイアログ ボックスに、そのフレームに付 けるラベルを入 力 して、OK をクリックします。フレーム付 きの
データ ボックスにラベルが指 定 されます。
フレーム付 きのデータ ボックスのラベルを編 集 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. マウスの右 ボタンで、フレーム付 きボックスのフレームのみをクリックしてフレームを選 択 し、Label を選 択 します。
2. Enter Box Label ダイアログ ボックスに新 しいラベルを入 力 します。ラベルにはボックスに表 示 されたフィールド 名 と異 な
るものを使 用 できます。
3. OK をクリックします。
フレーム付 きボックス ツールを使 ってデータ ボックスとフレームを作 成 すると、この 2 つの項 目 が関 連 付 けられます。この 2
つの項 目 を個 別 に操 作 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
フレーム付 きボックスを選 択 して、 Edit メニューの Bring to Front をクリックします。
自動ラベル
フレーム付 きボックスに、データ ツリーからのフィールド 名 を使 ったラベルを ChemBioFinder 13.0 で自 動 的 に生 成 すること
ができます。
フレーム付 きボックスに自 動 的 にラベルを生 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
データ ボックス内 を右 クリックし、ド ロップダウン リスト からフィールド を選 択 します。データ ボックスにデータが表 示 され、フ
レーム ラベルがそのフィールド 名 に変 わります。
データ ボックスとは別 に作 成 したフレームに、ラベルを自 動 的 に作 成 することはできません。
データ ボックス以外のボックス
Form ツールバーには、固 定 表 示 を作 成 できるプレーン テキスト ツールと画 像 ツール (これらはデータの表 示 にも使 用 で
きます) に加 えて、特 殊 な機 能 を提 供 するツールが 3 つあります。
標準テキスト の追加
プレーン テキスト ツールは、ボックスやフレームを使 わずにテキスト を表 示 する場 合 に使 用 します。このツールは、固 定 ラベ
ルをフォームに表 示 するのに使 用 でき、また必 要 に応 じて、データ ボックスのようにデータベース内 のレコード を表 示 する
のに使 用 することもできます。
プレーン テキスト ツールを使 用 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. プレーン テキスト ツールをクリックします。
2. フォーム上 で、ド ラッグしてテキスト の表 示 領 域 を指 定 します。Enter the Text ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. 表 示 するテキスト を入 力 します。
4. OK をクリックします。
図 4.5: フォーム上 のテキストの作 成
テキスト のフォント または色 を変 更 するには、Form ツールバーの選 択 ツールでテキスト を選 択 します。テキスト 書 式 設 定
ツールバーを使 ってテキスト をカスタマイズします。
標 準 テキスト を使 用 してデータを表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 選 択 ツールを使 ってテキスト を右 クリックし、Properties を選 択 します。Box Properties ダイアログ ボックスの Box タブ
が表 示 されます。
2. データ テーブルからフィールド を選 択 します。Data: テキスト ボックスがグレー表 示 になり、Data Source の選 択 が
Field に切 り替 わります。
3. OK をクリックします。フィールド の内 容 が標 準 テキスト で表 示 されます。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
画像の追加
画 像 ツールでは、画 像 ボックスを作 成 してビット マップ (BMP、GIF など) または Windows メタファイル (WMF、EMF) の画
像 を表 示 できます。画 像 ボックスには、固 定 ファイルを表 示 することも、データベースの画 像 の列 に保 存 されている可 変
ファイルを表 示 することもできます。
固 定 画 像 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 画 像 ツールをクリックします。
2. フォーム上 でド ラッグして画 像 の表 示 領 域 を指 定 します。Open ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Open ダイアログ ボックスで、表 示 するファイルを選 択 し、Open ボタンをクリックします。フォームに画 像 が表 示 されま
す。
注 : ファイルは実 際 にフォームに埋 め込 まれるわけではありません。フォームと共 に保 存 されるのは、メタファイルのファ
イル名 だけです。ここで指 定 したファイルを移 動 したり、ファイル名 を変 更 したりすると、対 応 する画 像 がフォームに表
示 されなくなります。ただし、画 像 の内 容 を変 更 した場 合 でも、ファイル名 を変 更 しなければ、フォームに表 示 される
画 像 も更 新 されます。
フィールド にリンクする画 像 ボックスを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
注: データベース内に画像フィールド が必要です。詳細については、74 ページの 「フィールド の作成」 を参照してください。
1. 画 像 ツールをクリックします。
2. フォーム上 でド ラッグして画 像 の表 示 領 域 を指 定 します。Open ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Cancel をクリックします。フォームに空 白 のボックスが表 示 されます。
4. ボックスを右 クリックし、Properties をクリックします。
5. Box Properties ダイアログ ボックスで、ボックスにリンクさせる画 像 フィールド を選 択 し、OK をクリックします。ボックス内
に画 像 フィールド 項 目 が追 加 されます。
画 像 ボックスに画 像 ファイルを読 み込 んだり、画 像 を置 き換 えたりするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 画 像 を右 クリックし、Read File をクリックします。Open ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Open ダイアログ ボックスで、画 像 データ ボックスに表 示 するファイルを選 択 し、Open をクリックします。画 像 ボックスに
新 しい画 像 が表 示 されます。
注: 画像ボックスが画像フィールド にリンクしている場合、データベースに画像を保存するには変更確定ツールをクリックする必
要があります。
画 像 データ ボックスのファイルを保 存 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 画 像 ボックスを右 クリックし、Save File を選 択 します。
2. Save As ダイアログ ボックスにファイル名 を入 力 し、Save をクリックします。画 像 が保 存 されます。
チェック ボックスの追加
チェック ボックス ツールでは、フォームにチェック ボックスを追 加 できます。チェック ボックスはブール フィールド または整 数
フィールド に割 り当 てることができます。
チェック ボックスを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. チェック ボックス ツールをクリックします。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
2. フォーム上 をド ラッグして、チェック ボックスの横 にテキスト が収 まる大 きさの領 域 を指 定 します。Enter the label ダイアロ
グ ボックスが表 示 されます。
3. テキスト を入 力 し、OK をクリックします。
4. 右 クリックし、フィールド リスト からチェック ボックスに割 り当 てるブール フィールド または整 数 フィールド を選 択 します。
ボタンの追加
フォーム上 のボタンは、スクリプト を起 動 するために使 用 します。
フォーム上 にボタンを配 置 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ChemBioFinder 13.0 自 動 化 言 語 (CAL) を使 ってスクリプト を作 成 します。
2. Form ツールバーのボタン ツールをクリックします。
3. フォーム上 で、ド ラッグしてボタンを描 画 します。Enter the Label ダイアログ ボックスが表 示 されます。
4. ラベルを入 力 します。ラベルには説 明 (たとえば、"Click to browse") を入 力 することもできます。スクリプト 名 に対 応 す
る必 要 はありません。
5. OK をクリックします。
スクリプト を実 行 するボタンの使 用 方 法 については、222 ページの 「スクリプト の使 用 」 を参 照 してください。
サブフォームの追加
サブフォーム ツールを使 用 すると、関 連 データ テーブルのデータを表 示 するサブフォーム ボックスを作 成 できます。詳 細 に
ついては、158 ページの 「リレーショナル データとサブフォーム」 を参 照 してください。
プロファイルの追加
プロファイル ボックス ツールではフォーム上 にプロファイル ボックスを作 成 できます。化 合 物 プロファイルは ChemBioFinder
13.0 の新 機 能 です。詳 細 については、138 ページの 「化 合 物 プロファイル」 を参 照 してください。
コント ロールの追加
コント ロール ボックス ツールを使 用 すると、フォームに ActiveX コント ロールを埋 め込 むことができます。これは、カレンダー、
スプレッド シート 、グラフ、スペクト ル、画 像 、Web リンクなどの表 示 に使 用 できます。詳 細 については、213 ページの
「ActiveX コント ロールの埋 め込 み」 を参 照 してください。
タブの作成と編集
多 くのフィールド が定 義 されているデータベースでは、タブを使 って長 いフォームを複 数 部 分 に分 けて表 示 すると、情 報 が
分 かりやすくなります。
フォームにタブを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
フォームの何 もないところを右 クリックし、Add Tab をクリックします。2 つのタブがフォームの左 下 に表 示 されます。2 番
目 のタブをクリックすると、新 しい空 白 のフォームが表 示 されます。
タブの名 前 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. タブを右 クリックし、Rename Tab をクリックします。Tab Name ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. タブの名 前 を入 力 し、OK をクリックします。新 しい名 前 がタブに表 示 されます。
タブを削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
タブを右 クリックし、Delete Tab をクリックします。タブが削 除 されます。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
ボックス プロパティの設 定
データ ソース、表 示 タイプ、フォント 、ボックス スタイルなどのボックス プロパティを設 定 できます。
ボックス プロパティを設 定 するには、データ ボックスを右 クリックし、Properties をクリックします。
注 : "Properties" オプションを使 用 できるのは、レイアウト モード のみです。
データ ボックス スタイルの設定
フォーム上 のデータ ボックスに適 用 されるスタイルを変 更 できます。たとえば、データ ボックスをフレームや画 像 に変 更 する
ことができます。
次 のスタイルから選 択 します。
データ ボックス ― アルファベット と数 字 のデータを表 示 します。複 数 行 のデータを表 示 できます。
フレーム ― アルファベット と数 字 のデータを表 示 します。1 行 のデータを表 示 できます。
標 準 テキスト ― アルファベット と数 字 のデータを表 示 します。テキスト データは複 数 行 に表 示 できます (改 行 するには
Ctrl + Enter キーを押 します)。フィールド の作 成 時 に、フィールド のサイズ (最 大 254 文 字 ) を設 定 します。
画 像 ― Windows メタファイルのデータを表 示 します。画 像 は、画 像 ボックス内 に収 まるように縦 横 比 を固 定 して拡
大 /縮 小 されます。
分 子 式 ― あらゆるテキスト を表 示 しますが、数 字 は下 付 き文 字 で表 示 されます。分 子 式 は改 良 された Hill オーダー
で次 のように表 します。たとえば、物 質 に炭 素 と水 素 の両 方 が含 まれる場 合 、炭 素 が最 初 にリスト され、次 に水 素
原 子 、そしてその他 の元 素 が元 素 記 号 のアルファベット 順 に表 示 されます。物 質 に炭 素 が含 まれる場 合 、炭 素 が
最 初 にリスト され、次 にその他 の元 素 が元 素 記 号 のアルファベット 順 に表 示 されます。その他 の場 合 は、すべての元
素 が元 素 記 号 のアルファベット 順 に表 示 されます。
ボタン ― スクリプト を実 行 するボタンの作 成 に使 用 します。ボタンにはボタン ラベルが表 示 されます。
リッチ テキスト ― スタイルが指 定 されたデータを複 数 行 に表 示 します (改 行 するには Ctrl + Enter キーを押 しま
す)。Text Format ツールバーでテキスト の書 式 を設 定 できます。フィールド 内 のデータにリッチ テキスト が含 まれる場
合 、マークアップされた文 字 が表 示 されます。
構 造 式 (Chem & Bio Draw スタイル) ― 化 学 構 造 式 や反 応 を表 示 します。反 応 は、ボックス内 にうまく収 まるようにレ
イアウト され、ボックスの形 が変 わると、必 要 に応 じてレイアウト も変 更 されます。構 造 式 の作 成 や編 集 には既 定 値
で ChemBioDraw コント ロールを使 用 しますが、この設 定 は変 更 することができます。詳 細 については、203 ページの
「プリファレンスの設 定 」 を参 照 してください。
構 造 式 (ChemBioFinder スタイル) ― 上 記 と同 じですが、構 造 式 の作 成 と編 集 には既 定 値 で Chem & Bio Draw を
使 用 します。
構 造 式 (Chem & Bio 3D スタイル) ― 上 記 と同 じですが、既 定 値 で 3D 構 造 式 を表 示 します。
ボックスのスタイルを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 変 更 するデータ ボックスを右 クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表 示 されま
す。
2. Box Style ド ロップダウン リスト からボックス スタイルを選 びます。
3. OK をクリックします。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
構造式の表示
構 造 式 は、次 の 3 つのスタイルで構 造 式 ボックスに表 示 できます。
ChemBioFinder
ChemBioDraw
ChemBio3D
ChemBioFinder スタイルでは、構 造 式 の編 集 やクエリの作 成 を行 うときに ChemBioDraw アプリケーションが開 きます (こ
の操 作 モード は、ChemBioFinder 11.0 以 前 のすべてのバージョンで採 用 されていたモード です)。
ChemBioDraw スタイルでは、ChemBioDraw コント ロールを使 って構 造 式 ボックス内 で直 接 編 集 を行 います。
ChemBio3D スタイルは表 示 専 用 の形 式 で、ChemBioFinder 13.0 の Structure ウィンド ウ内 で構 造 式 の回 転 と分 析 を
行 うことができます。ChemBio3D コント ロールの使 用 方 法 については、ChemBio3D のユーザーズ ガイド を参 照 してくだ
さい。
ChemBioDraw 形 式 で表 示 すると、ChemBioFinder 13.0 形 式 より視 覚 的 に分 かりやすく表 示 できます。ただし、ChemBioFinder 13.0 で検 索 するときに、ChemBioDraw のすべての描 画 機 能 を使 用 できるわけではありません。たとえば、
注 釈 は無 視 され、R-基 テーブルは認 識 されません。長 方 形 や分 子 軌 道 など、グラフィックの中 に引 き渡 されないものが
あり、ChemBioFinder 13.0 ではそれらの化 学 的 な意 味 は考 慮 されません。
構 造 式 の表 示 方 法 を選 択 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 データ ボックスを右 クリックし、Properties... をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表 示 されま
す。
2. Box タブの Box Style セクションで、メニューから表 示 する構 造 式 の形 式 を選 択 します。
目的
ChemBioDraw コン
ト ロールを使 用 して
構 造 式 ボックス内 で
編集
ChemBioDraw で
編集
操作
構造式 (ChemBioDraw スタイル)
をクリックします。
構造式 (ChemBioFinder スタイル)
をクリックします。
構造式 (ChemBio3D
3D 画 像 を挿 入
スタイル) をクリックし
ます。
ChemBio3D 形式での構造式の表示
ChemBioDraw スタイルと違 って、ChemBio3D スタイルは表 示 専 用 です。ChemBio3D スタイルで構 造 式 を編 集 するこ
とはできません。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
ChemBio3D コント ロールを起 動 するには、次 の操 作 を行 ってください。
3D 構 造 式 ボックス内 をダブルクリックします。コント ロールを非 アクティブにするには、ボックスの外 側 をクリックします。
構 造 式 を回 転 させるには、次 の操 作 を行 ってください。
ボックス内 で目 的 の方 向 にド ラッグします。ChemBio3D 内 での操 作 とは異 なり、純 粋 な (ロックされた) X 軸 回 転 また
は Y 軸 回 転 ではありませんが、左 右 または上 下 にド ラッグすることでそれに近 い操 作 を行 うことができます。
モデルをポイント して右 クリックした場 合 と、構 造 式 ボックス内 のそれ以 外 の場 所 をポイント して右 クリックした場 合 とで
は、ChemBio3D コント ロールで表 示 されるコンテキスト メニューは異 なります。どちらの方 法 でも表 示 モード を変 更 でき
ます。
方 法 1 で表 示 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 3D 構 造 式 ボックス内 をダブルクリックして ChemBio3D 表 示 をアクティブにします。
2. モデル内 の原 子 または結 合 をポイント し、右 クリックします。
3. Display Mode サブメニューから表 示 モード を選 択 します。
方 法 2 では、次 の操 作 を行 ってください。
1. 3D 構 造 式 ボックス内 をダブルクリックして ChemBio3D 表 示 をアクティブにします。
2. 3D 構 造 式 ボックス内 のモデル以 外 の部 分 を右 クリックします。
3. View>Model Display>Display Mode サブメニューの順 に選 択 し、表 示 モード を選 択 します。
ChemBio3D コント ロールの詳 細 については、ChemBio3D のユーザーズ ガイド を参 照 してください。
固定データと可変データの設定
Box Properties ダイアログ ボックスで、データ ソースを固 定 データにするか、可 変 データにするかを指 定 できます。固 定
データは、入 力 したデータがそのままフォームに保 存 されるため、閲 覧 中 も変 わりません。一 方 、可 変 データに指 定 する
と、データベースに保 存 されているデータが表 示 され、レコード ごとに異 なります。可 変 データは、フィールド のコンテンツに
よって閲 覧 時 の表 示 内 容 が変 わります。
データ ボックスを可 変 ラベルに設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Box タブで、設 定 するフィールド を選 択 し、Field ラジオ ボタンをクリックします。
2. OK をクリックします。表 示 するレコード が変 わると、ボックス ラベルも変 わります。
データ ボックスを固 定 ラベルに設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Box タブで、設 定 するフィールド を選 択 し、Fixed ラジオ ボタンをクリックします。
2. テキスト ボックスにラベルを入 力 します。構 造 式 フィールド または画 像 フィールド を選 択 する場 合 は、閲 覧 ツールをク
リックして表 示 するファイルを選 択 します。
3. OK をクリックします。ボックス ラベルが固 定 になります。
データ ボックス メニューの追加
データ ボックスに選 択 リスト から成 るメニューを追 加 して、そのリスト からデータ ボックスに表 示 する項 目 を選 ぶことができま
す。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
メニューを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. データ ボックスを右 クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Box タブの With choices or auto-link チェック ボックスをオンにします。Choices タブが表 示 されます。
3. 次 のうち、適 切 な操 作 を行 います。
目的
データベースのテー
ブルから取 得 したリ
スト をデータ ボックス
メニューに使 用
データ ボックス メ
ニュー用 に独 自 のリ
スト を作 成
使 用 するオプション
From table をク
リックし、ダイアログ
ボックスの下 部 に示
されている指 示 に
従 います。
Fixed list of
choices をクリック
し、ダイアログ ボック
スの下 部 に示 され
ている指 示 に従 い
ます。
データベースのテー
ブルから取 得 したリ
スト を使 ってデータ
ボックス メニューに
独 自 の項 目 を追 加
a. From table
をクリックしま
す。
リスト が表 示 さ
れます。
b. Fixed list of
choices をク
リックして、リ
スト を編 集 し
ます。
4. OK をクリックしてダイアログ ボックスを閉 じてから、データ ボックス内 をクリックします。ボックスをクリックすると、ボタンが
ボックスの右 下 に表 示 されます。
5. ボタンをクリックしてメニューを表 示 します。
6. メニュー項 目 のいずれかを選 択 します。ボックスの左 上 隅 にテキスト が表 示 され、ボタンが表 示 されなくなります。デー
タ ボックス内 をクリックすると、ボタンが再 度 表 示 されます。
スクロール バーの追加
スクロール バーは、データ ボックスの大 きさに収 まらない長 いデータを表 示 するために使 用 します。
スクロール バーを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. データ ボックスを右 クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Box style セクションで、With scroll bars チェック ボックスをオンにします。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
3. OK をクリックします。データ ボックスの右 および下 にスクロール バーが表 示 されます。
データ ボックスの非表示
クエリとブラウズ モード を切 り替 えるときに、ボックスの表 示 /非 表 示 を切 り替 えることができます。たとえば、クエリの実 行
時 に、検 索 対 象 とならないデータ ボックスを非 表 示 にし、クエリ実 行 に有 効 な情 報 が含 まれるデータ ボックスのみを表
示 することができます。
フォーム レイアウト モード では、設 定 にかかわらず、すべてのボックスが表 示 されます。
データ ボックスを非 表 示 にするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ボックスを右 クリックし、Properties をクリックします。
2. Box Style 領 域 で、Hidden in Browse Mode チェック ボックスまたは Hidden in Query Mode チェック ボックスをオン
にします。
3. OK をクリックします。
4. Layout Mode の選 択 を解 除 すると、設 定 どおりにボックスが表 示 されます。
テキスト の設定
Text Format ツールバーを使 って、フォーム ボックスのテキスト のフォント 、フォント サイズ、スタイル、色 、および配 置 を設
定 できます。標 準 的 なテキスト 書 式 のオプションがすべて用 意 されています。
Text Format ツールバーを表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
View>Toolbars>Text Format の順 に選 択 します。以 上 の操 作 により、Text Format ツールバーが表 示 されます。
注 : Microsoft Word などのワープロ ソフトからコピーしたテキストを Rich Text スタイルのデータ ボックスに貼 り付 ける
と、書 式 はそのまま維 持 されます。
Text Format ツールバーがアクティブになるのは次 の場 合 です。
Rich Text スタイルのテキスト ボックスにあるメモ フィールド を編 集 する場 合 (フォント の変 更 はテキスト 内 の現 在 の選 択
範 囲 のみに適 用 されます)。
標 準 のデータ ボックスまたは構 造 式 ボックスを編 集 する場 合 (フォント の変 更 はボックスの内 容 全 体 に適 用 されます)。
フォーム編 集 モード で選 択 ツールがアクティブになっており、ボックスが 1 つ以 上 選 択 されている場 合 (フォント の変 更 は
データ ボックスの周 りのフレームを除 き、選 択 したボックスすべてに適 用 されます)。
フォント の設定
ChemBioFinder 13.0 オブジェクト のすべてのラベルを自 由 に編 集 できます。各 ラベルに使 用 するフォント やフォント のスタ
イル、サイズ、色 を指 定 できます。
ラベルのフォント を設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ラベルをクリックして選 択 します。
2. 右 クリックし、Properties を選 択 します。
3. Box Properties ダイアログ ボックスの Box タブで、Font をクリックします。Font ダイアログ ボックスが表 示 されます。
4. テキスト のフォント 、スタイル、サイズ、色 を設 定 します。Sample 領 域 にフォント がプレビュー表 示 されます。
5. OK をクリックして、設 定 を確 定 します。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
注 : 構 造 式 ボックスにある原 子 のラベルの色 を変 更 するには、周 期 表 を使 用 する必 要 があります。211 ページの 「周
期表」
数値の設定
Box Properties ダイアログ ボックスを使 って、フォームに数 値 を表 示 する方 法 を指 定 できます。次 のプロパティをカスタマイ
ズできます。
通貨記号
小数桁数
指数表記
数 値 形 式 を指 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 数 値 データを含 むデータ ボックスを右 クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表
示 されます。
2. Format をクリックします。Numeric Format ダイアログ ボックスが表 示 されます。
図 4.6: Numeric Format ダイアログ ボックス
3. 適 切 なオプションを選 択 します。
表示形式
使 用 するオプション
小 数 桁 数 を指 定 し Unformatted をク
ない場 合
リックします。
Currency をクリック
通 貨 記 号 を表 示 す し、ド ロップダウン メ
る場 合
ニューから通 貨 記
号 を選 択 します。
通 貨 記 号 を数 値 の
右 側 に表 示 する場
合
第 4 章: フォーム
通 貨 記 号 を選 択
し、Symbol on
right をクリックしま
す。
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ChemBioFinder 13.0
表示形式
使 用 するオプション
桁 数 を指 定 して標
Fixed point をク
準浮動小数点を
リックし、小 数 桁 数
設 定 する場 合
を選 択 します。
指 数 表 記 を設 定 す
る場 合
Scientific をクリック
し、小 数 桁 数 を選
択 します。
4. OK をクリックします。指 定 した形 式 が現 在 のデータ ボックスに適 用 されます。
色の設定
次 に示 す、色 のオプションを設 定 できます。
フォームの背 景 色
クエリ モード でのフォームの色
フォームの既 定 値 の背 景 色
フォームの背 景 色 およびクエリ モード でのフォームの色 を設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. データ ボックスを右 クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Form タブをクリックして、Form properties を表 示 します。
図 4.7: Form properties ダイアログ ボックス
3. 次 のうち、適 切 な操 作 を行 います。
設定内容
データベース フォー
ムの背 景 色
第 4 章: フォーム
操作
Form Background
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ChemBioFinder 13.0
設定内容
操作
クエリ フォームの背
Query Background
景色
Color ダイアログ ボックスが表 示 されます。
図 4.8: Color Picker ダイアログ ボックス
4. 色 を選 択 します。
5. OK をクリックします。Form Background または Query Background が選 択 した色 に変 わります。
既 定 値 の背 景 色 を設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。Preferences ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Color タブをクリックします。
3. Color タブで、Form Background をクリックします。
4. Color ダイアログ ボックスで色 を選 択 し、OK をクリックします。選 択 した色 がフォームの既 定 値 の背 景 色 になります。
フォームの編 集
選 択 ツールや Edit メニューの項 目 を使 用 すると、フォーム上 のボックスなどのオブジェクト を移 動 したりサイズを変 更 したり
することができます。
フォーム上のオブジェクト の選択
Selection ツールは、フォーム上 のデータ ボックスなどのオブジェクト の中 から、移 動 、サイズ変 更 、または削 除 を行 うオブ
ジェクト を選 択 するために使 用 します。
選 択 ツールがアクティブな場 合 は、Edit メニューのコマンド がボックスそのものに適 用 されます。選 択 ツールがアクティブでな
い場 合 は、Edit メニューのコマンド はアクティブなデータ ボックスの内 容 に適 用 されます。
フォーム上 のオブジェクト を選 択 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Form ツールバーの選 択 ツールをクリックし、 フォーム上 のオブジェクト をクリックして選 択 します。選 択 されたオブジェクト
は、強 調 表 示 の枠 で囲 まれます。
フォーム上 の複 数 のオブジェクト を選 択 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Form ツールバーの Selection ツールをクリックします。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Shift キーを押 しながら複 数 のオブジェクト をクリックします。
Selection ツールをド ラッグして選 択 するボックスを囲 みます。
フォーム内 のすべてのオブジェクト を選 択 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Edit メニューの Select All をクリックします。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
オブジェクト の移動
Selection ツールを使 用 して、データ ボックスなどのオブジェクト をフォーム上 の別 の場 所 に移 動 できます。
フォーム上 のオブジェクト を移 動 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Form ツールバーの Selection ツールをクリックします。
2. 移 動 するオブジェクト を選 択 します。
3. オブジェクト を別 の場 所 にド ラッグします。
注 : サブフォームを移 動 する場 合 は、サブフォームの内 側 ではなく、サブフォームのタイトル バーをド ラッグする必 要 があ
ります。
オブジェクト の位 置 が正 しい位 置 に近 い場 合 は、目 的 の位 置 まで少 しずつ移 動 することができます。
オブジェクト を 1 ピクセルずつ移 動 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 移 動 するオブジェクト を選 択 します。
2. オブジェクト を移 動 したい方 向 の方 向 キーを押 します。オブジェクト が、方 向 キーの方 向 に 1 ピクセルだけ移 動 しま
す。
オブジェクト のサイズ変更
Selection ツールを使 用 して、フォーム上 のデータ ボックスなどのオブジェクト のサイズを変 更 することができます。
注 : フレーム付 きボックス ツールでフレーム付 きボックスを作 成 しないと、複 数 のオブジェクトのサイズを一 度 に変 更 し
たり、ボックスとそのフレームのサイズを同 時 に変 更 することはできません。詳 細 については、37 ページの 「フレーム付
きボックスの作 成 」 を参 照 してください。
フォーム上 のオブジェクト のサイズを変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Form ツールバーの Selection ツールをクリックします。
2. オブジェクト の辺 または角 にカーソルを置 きます。カーソルが二 重 矢 印 の形 に変 わります。
3. サイズを変 更 する方 向 にド ラッグします。
オブジェクト のサイズが正 しいサイズに近 い場 合 は、目 的 のサイズまで少 しずつ変 更 することができます。
オブジェクト のサイズを 1 ピクセルずつ変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. サイズを変 更 するオブジェクト を選 択 します。
2. オブジェクト の辺 または角 にカーソルを置 きます。カーソルが二 重 矢 印 の形 に変 わります。
3. オブジェクト のサイズを変 更 したい方 向 の方 向 キーを押 します。オブジェクト の辺 が、方 向 キーの方 向 に 1 ピクセルだ
け移 動 します。
オブジェクト の削除
Selection ツールを使 用 して、フォームからデータ ボックスなどのオブジェクト を削 除 できます。
フォームからオブジェクト を削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Form ツールバーの Selection ツールをクリックします。
2. 削 除 するオブジェクト を選 択 します。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
ヒント: 複 数 のオブジェクトを選 択 する場 合 は Shift キーを押 しながらクリックします。
3. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Edit メニューの Clear をクリックします。
Backspace キーを押 します。
オブジェクト がフォームから削 除 されます。
変更の取り消しとやり直し
メイン ツールバーのアイコンまたは Edit メニューを使 用 して、フォームに最 後 に行 った変 更 を取 り消 し、またはやり直 しで
きます。
変 更 の取 り消 し、またはやり直 しをするには、次 の操 作 を行 ってください。
変 更 を取 り消 す場 合 は、 Edit メニューの Undo をクリックするか、Undo アイコンをクリックします。
変 更 をやり直 す場 合 は、 Edit メニューの Redo をクリックするか、Redo アイコンをクリックします。
注 : Undo と Redo は、これまでに行 った複 数 の操 作 を対 象 とします。どちらのコマンド も、実 行 するたびに操 作 が 1
つずつ元 に戻 されます。繰 り返 し実 行 すると、複 数 の操 作 を元 に戻 すことができます。
オブジェクト の並べ替え
Bring to Front コマンド と Send to Back コマンド を使 って、データ ボックスを特 定 の順 序 で配 置 できます。これらのコマン
ド には次 の 2 つの機 能 があります。
重 なり合 っているデータ ボックスの中 で、最 前 面 に配 置 するボックスを選 択 します。
Tab キーを押 したときに、カーソルが移 動 する順 番 を設 定 します。
ボックスを最 前 面 または最 背 面 に配 置 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ボックスをクリックして選 択 します。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
前 面 に移 動 する場 合 は、 Edit メニューの Bring to Front をクリックします。または、
背 面 に移 動 する場 合 は、 Edit メニューの Send to Back をクリックします。
Tab キーを押 したときにカーソルが移 動 する順 番 は、データ ボックスが作 成 された順 番 になっています。カーソルの最 初 ま
たは最 後 の移 動 先 となるデータ ボックスを設 定 できます。
カーソルの最 初 の移 動 先 となるデータ ボックスを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. データ ボックスを選 択 します。
2. Edit メニューの Send to Back をクリックします。
3. Tab キーを押 します。カーソルは設 定 したボックスに移 動 します。
カーソルの最 後 の移 動 先 となるデータ ボックスを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. データ ボックスを選 択 します。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
2. Edit メニューの Bring to Front をクリックします。Tab キーを繰 り返 して押 すと、カーソルは、設 定 した最 後 のボックス
へ移 動 します。
オブジェクト の整列と間隔調整
オブジェクト を整 列 して一 直 線 上 に並 べたり、間 隔 調 整 してオブジェクト を等 間 隔 に配 置 することができます。
注 : フレーム付 きのダイアログ ボックスでは、フレームではなく、内 部 のデータ ボックスが整 列 されます。
フォーム上 のオブジェクト を一 直 線 上 に並 べるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Shift キーを押 しながら整 列 するオブジェクト をクリックします。
2. Edit メニューの Align サブメニューを使 用 して、次 のうち、適 切 な操 作 を行 います。
整列方法
上 端 に揃 える場 合
操作
Top をクリックしま
す。
縦 位 置 を中 央 に揃 Vertical Center
える場 合
下 端 に揃 える場 合
左 端 に揃 える場 合
をクリックします。
Bottom をクリックし
ます。
Left をクリックしま
す。
横 位 置 を中 央 に揃 Horizontal Center
える場 合
右 端 に揃 える場 合
をクリックします。
Right をクリックしま
す。
フォーム上 のオブジェクト が指 定 したとおりに整 列 されます。
フォーム上 のオブジェクト を等 間 隔 に配 置 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Shift キーを押 しながら間 隔 調 整 するオブジェクト をクリックします。
2. Edit メニューの Distribute サブメニューを使 用 して、次 のうち、適 切 な操 作 を行 います。
調整方法
操作
縦 方 向 に調 整 する
Vertically をクリック
場合
します。
横 方 向 に調 整 する
Horizontally をク
場合
リックします。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
フォーム上 のオブジェクト の間 隔 が指 定 したとおりに調 整 されます。
フォーム レイアウト の変更
フォームのレイアウト を変 更 する方 法 は、新 規 フォームの自 動 作 成 と同 じです。新 しいフォームを作 成 して前 のフォームと
置 き換 えるか、新 しいフォームを代 わりのフォームとして保 存 します。詳 細 については、33 ページの 「フォームの自 動 作
成 」 を参 照 してください。
フォームのセキュリティ保護
セキュリティ オプションを設 定 して、ユーザーがフォームに使 用 できるオプションを制 御 できます。
また、MS Access データベースへのログオンに使 用 されるデータベース接 続 情 報 を使 用 することもできます。MS Access
によってセキュリティ システムが提 供 され、ユーザー名 とパスワード の作 成 や管 理 、およびユーザー名 への許 可 の割 り当 て
などを行 えます。MS ユーザー名 パスワード のアカウント 情 報 は、ワークグループ情 報 ファイル (.mdw、.mda) に保 存 されま
す。MS Access データベースのセキュリティ保 護 の詳 細 については、62 ページの 「セキュリティ保 護 された MS Access
データベースを開 く」 を参 照 してください。
セキュリティ オプションの設定
ユーザーごとに使 用 できる ChemBioFinder 13.0 フォーム オプションを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. セキュリティで保 護 するフォームを右 クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスの Form
タブが表 示 されます。
2. Security をクリックします。Form Security ダイアログ ボックスが表 示 されます。
注: フォームのセキュリティがセキュリティ オプションにアクセスできないように設定されている場合、Security ボタンは表示されま
せん。
図 4.9: Form Security ダイアログ ボックス
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
ヒント: ダイアログ ボックスの左 下 部 分 に、セキュリティが定 義 されているかどうかが表 示 されます。
3. Username ボックスに、ログオン時 に使 用 するユーザー名 を入 力 します。Enable ボタンが使 用 できるようになります。
4. Password ボックスに、ログオン時 に使 用 するパスワード を入 力 します。
注: パスワード の使用はオプションです。
5. MS Access Workgroup Administrator データベースでのワークグループ セキュリティを設 定 するには、ワークグループ情
報 ファイルを指 定 する必 要 があります。次 のうち、適 切 な操 作 を行 います。
注: ワークグループのセキュリティ設定はオプションです。
目的
操作
Workgroup Inforワークグループの mation File ボックスに
MS Access Workgroup
ファイル名 を入
力 する場 合
データベース名 を入 力
します。
ワークグループ
ファイルを表 示
する場 合
File をクリックしてファイ
ルを選 択 します。
このダイアログ ボックスの Enable/Disable セクションのオプションを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Database Security の横 にある + 記 号 をクリックしてオプションを表 示 し、次 のいずれかに該 当 する操 作 を行 いま
す。
ユーザーに許 可 する
操作
選 択 するオプション
フォームを開 くときに、
ユーザー別 のパス
ワード を使 ってログオ
ンするようにプロンプ
Password to
open form
ト
MS Access データ
ベース (MDB ファイ
ル) へのログオン時
に、ユーザー名 のパ
第 4 章: フォーム
Logon to MS
Access database
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ChemBioFinder 13.0
ユーザーに許 可 する
操作
選 択 するオプション
スワード を使 用
フォームを開 くときに、
ユーザー別 のパス
ワード を使 ってデータ
ベースにログオンする
Prompt for database logon
ようにプロンプト
分 子 データベース
(MST ファイル) を開 く Protect molecule
ときに、ユーザー名 の database
パスワード を使 用
Form Security ダイア
ログ ボックスへのアク
セス
Security dialog
available
上 記 すべてのオプショ Database security
ン
2. Forms の横 にある + 記 号 をクリックしてオプションを表 示 し、次 のいずれかに該 当 する操 作 を行 います。
ユーザーに許 可 する
操作
データベースを開 く
データベースの作 成
選 択 するオプション
Open database
または create
database
フォームの作 成
Create new
forms
フォームを開 く
Open other
forms
フォームの編 集
Save changed
forms
フォームのレイアウト
を変 更
第 4 章: フォーム
Change form layout
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ChemBioFinder 13.0
ユーザーに許 可 する
操作
上 記 すべてのオプショ
ン
選 択 するオプション
Forms
3. Automation の横 にある + 記 号 をクリックしてオプションを表 示 し、次 のいずれかに該 当 する操 作 を行 います。
ユーザーに許 可 する
操作
使 用 するオプション
Allow CAL/OLE
Automation
access
注 : Excel への
エクスポートを
有 効 にするに
はこのオプショ
ンを選 択 する
必 要 がありま
す。
OLE 自 動 書 き込 み
およびプログラミング
へのアクセス
スクリプト の使 用
Can use scripts
menu
スクリプト の編 集
Edit scripts
上 記 すべてのオプショ
ン
Automation
4. Edit の横 にある + 記 号 をクリックしてオプションを表 示 し、次 のいずれかに該 当 する操 作 を行 います。
ユーザーに許 可 する
操作
使 用 するオプション
フォームのクリア
Clear
リレーショナル データ
および構 造 式 データ Cut
の削 除
リレーショナル デー
第 4 章: フォーム
Copy
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ChemBioFinder 13.0
ユーザーに許 可 する
操作
使 用 するオプション
タ、構 造 式 データお
よびテーブルの複 数
行 のクリップボード へ
のコピー
クリップボード からのリ
レーショナル データお
よび構 造 式 データの
Paste
貼 り付 け
上 記 のすべての機
能
Cut/Copy/Paste
5. Browse の横 にある + 記 号 をクリックしてオプションを表 示 し、次 のいずれかに該 当 する操 作 を行 います。
ユーザーに許 可 する
操作
使 用 するオプション
データベースを閲 覧
Browse database records
データをテーブルに
表示
データを連 続 ビュー
で表 示
ChemBioDraw で構
造 式 を編 集 /表 示
View form as
table
View in continuous forms
view
Edit/view structures in ChemBioDraw
ChemBio3D で構 造 View structures
in ChemBio3D
式 を表 示
上 記 のすべての機
能
Browse
6. Search の横 にある + 記 号 をクリックしてオプションを表 示 し、次 のいずれかに該 当 する操 作 を行 います。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
ユーザーに許 可 する
操作
使 用 するオプション
クエリを実 行
Query database
records
現 在 のヒット リスト を
検索
データベース全 体 を
検索
ヒット リスト を保 存 お
よび操 作
構 造 式 の完 全 一 致
のみを検 索
部 分 構 造 式 のみを
検索
類 似 した構 造 式 のみ
の検 索
上 記 すべてのオプショ
ン
Search over current list
Search over full
database
Enable hit list
tools
Full structure
Substructure
Similarity
Searching
7. Update records の横 にある + 記 号 をクリックしてオプションを表 示 し、次 のいずれかに該 当 する操 作 を行 います。
ユーザーに許 可 する
操作
データベース レコード
を更 新
データベース レコード
を追 加
データベース レコード
を削 除
使 用 するオプション
Update records
Add new records
Delete records
8. ユーザーに SDFile または RDFile などのデータをインポート する許 可 を与 えるには、Import data を選 択 します。
9. ユーザーに区 切 り形 式 のテキスト ファイルなどのデータをエクスポート する許 可 を与 えるには、Export data を選 択 し
ます。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
10.Print の横 にある + 記 号 をクリックしてオプションを表 示 し、次 のいずれかに該 当 する操 作 を行 います。
ユーザーに許 可 する操
作
単 一 レコード のみを印
刷
複 数 のレコード を印 刷
印 刷 プレビュー モード を
使用
上 記 のすべての機 能
使 用 するオプ
ション
Single record
Several records
Print preview
Print
セキュリティの設 定 を完 了 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Enable をクリックします。
2. OK をクリックします。選 択 したオプションがフォームに適 用 されます。
セキュリティの解除
セキュリティを解 除 して既 定 値 の設 定 に戻 すには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォームを右 クリックし、Properties をクリックします。
2. Form Properties ダイアログ ボックスの Form タブで、Security をクリックします。Form Security ダイアログ ボックスが表
示 されます。
3. Form Security ダイアログ ボックスで、Disable をクリックします。Validate Security ダイアログ ボックスが表 示 されます。
注: このフォームはセキュリティ権限の設定時にパスワード を入力した場合のみに表示されます。52 ページの 「セキュリティ オプ
ションの設定」
4. パスワード を入 力 し、OK をクリックします。セキュリティが解 除 され、既 定 値 の設 定 に戻 ります。Form Security ダイア
ログ ボックスの左 下 隅 に、"Security Disabled" と表 示 されます。
セキュリティの上書き
セキュリティ オプションを編 集 するには、セキュリティを一 時 的 に削 除 する必 要 があります。このような場 合 は、Disable オ
プションを使 用 するのではなく、Override オプションを使 用 してください。
セキュリティ設 定 を一 時 的 に解 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォームを右 クリックし、Properties をクリックします。
2. Form Properties ダイアログ ボックスの Form タブで、Security をクリックします。Form Security ダイアログ ボックスが表
示 されます。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
3. Form Security ダイアログ ボックスで、Override Security をクリックします。Validate Security ダイアログ ボックスが表
示 されます。
注 : このフォームはセキュリティ権 限 の設 定 時 にパスワード を入 力 した場 合 のみに表 示 されます。52 ページの 「セキュ
リティ オプションの設 定 」
4. パスワード を入 力 し、OK をクリックします。セキュリティ オプションを編 集 できるようになりました。Form Security ダイア
ログ ボックスの左 下 隅 に、"Security Overridden" と表 示 されます。
5. 変 更 が完 了 したら、Override Security をクリックしてセキュリティ設 定 をオンに戻 します。Form Security ダイアログ
ボックスの左 下 隅 に、"Security Enabled" と表 示 されます。
第 4 章: フォーム
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ChemBioFinder 13.0
データベース
ChemBioFinder 13.0 では、データベースへのデータ入 力 、データの編 集 、ChemBioDraw および ChemBio3D とのデータ
交 換 など、さまざまなデータ操 作 が可 能 です。
これらの操 作 はいずれもメニューのコマンド で実 行 できますが、ほとんどの操 作 は Record ツールバーの対 応 するボタンを
使 って実 行 することもできます。
図 5.1: Record ツールバーのデータベース機 能 :1) 最 初 のレコード 、2) 前 のレコード 、3) レコード に移 動 、4) 次 のレコー
ド 、5) 最 後 のレコード 、6) レコード の追 加 、7) 変 更 の取 り消 し、8) 変 更 の確 定 、9) レコード の削 除 、10) レコード の省
略
データベースの選 択
ChemBioFinder 13.0 のフォームは、直 接 情 報 を格 納 せず、単 にデータを表 示 して操 作 するためのウィンド ウとして機 能
します。フォームを作 成 するときには、表 示 するデータのソースを指 定 する必 要 があります。フォームには、データベース内
の 1 つのテーブルからのデータが表 示 されます。フォームのデータ ソースを指 定 するには、データベースを開 くか作 成 して
テーブルを選 択 します。
複 数 のテーブルからのデータを表 示 するには、テーブルごとにフォームを作 成 する必 要 があります。通 常 、1 つのメイン テー
ブルにメイン フォームを作 成 し、その他 のテーブルにはそれぞれサブフォームを作 成 します。詳 細 については、158 ページ
の 「リレーショナル データとサブフォーム」 を参 照 してください。
ボックスを作 成 する前 または後 にデータベースをフォームに関 連 付 けます。フォームがデータベースに既 に関 連 付 けられて
いる場 合 は、データベースまたはデータ ソースを変 更 できます。フォームにボックスが含 まれていて、フィールド がボックスに
関 連 付 けられている場 合 は、ボックスは新 しく開 いたデータベース内 の同 じ名 前 のフィールド に自 動 的 に関 連 付 けられ
ます。
既存の化学用データベースを開く
データベースを開 いてフォームに関 連 付 けるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォームを右 クリックし、Data Source をクリックします。Form Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Open Database をクリックします。Open ダイアログ ボックスが表 示 されます。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
図 5.2: Open ダイアログ ボックス
3. Open ダイアログ ボックスで、ファイル拡 張 子 が .MDB のデータベースを選 択 し、 Open をクリックします。データ ソース ツ
リーが表 示 された Form Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。CS_Demo データベースを次 に示 します。
図 5.3: CS Demo データベースの Form Properties
4. OK をクリックします。これでデータベースがフォームと関 連 付 けられます。
表示するデータの選択
フォームに表 示 するデータのソースは既 に指 定 されていますが、フォームはまだ空 白 のままです。データを表 示 するには、
各 ボックスに表 示 するデータを指 定 する必 要 があります。41 ページの 「ボックス プロパティの設 定 」 で説 明 されているよう
に、Box Properties ダイアログ ボックスを使 用 できます。
表 示 するデータ ボックスを選 択 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ボックスまたはフレームを右 クリックし、Field をクリックします。フィールド のプロパティが表 示 されます。
2. データ ソース ツリーで、表 示 するフィールド を選 択 します。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
図 5.4: データベース ツリーでフィールド を選 択
3. OK をクリックします。フィールド データがボックスに表 示 されます。
フレーム付 きボックスでこの方 法 を使 用 すると、ボックス ラベルは変 更 されません。ボックス ラベルにフィールド 名 を使 用 し
たい場 合 は、次 の操 作 を行 ってください。
1. フレーム付 きボックスを右 クリックし、コンテキスト メニューの下 部 にあるリスト からフィールド 名 を選 択 します。フィールド
名 がフレームの名 前 になり、ボックスにデータが表 示 されます。
図 5.5: コンテキスト メニューからフィールド 名 を選 択
セキュリティ保護された MS Access データベースを開く
セキュリティ保 護 された Microsoft Access データベースを ChemBioFinder 13.0 で開 くには、 MS Access で適 切 な権 限
を設 定 する必 要 があります。
注 : ChemBioFinder 13.0 の一 部 のサンプル データベースのように、MS Access 97 で作 成 されたデータベースで作 業
していて、97 より新 しいバージョンの Access を使 用 している場 合 には、編 集 作 業 を行 う前 にデータベースを変 換 す
る必 要 があります。ここでは Access 2002 で作 成 されたデータベースの使 用 を前 提 に説 明 を進 めます。他 のバージョ
ンではオプションや手 順 が若 干 異 なる場 合 があります。
権 限 を設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. MS Access で目 的 のデータベースを開 きます。
2. ツール>セキュリティ>ユーザー/グループの権 限 の順 に選 択 します。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
図 5.6: ユーザー/グループの権 限 ダイアログ ボックス
3. ユーザーまたはグループのラジオ ボタンを選 択 し、個 人 またはグループに権 限 を割 り当 てます。
4. ド ロップダウン メニューで、オブジェクト タイプを選 択 します。
5. そのオブジェクト タイプで各 ユーザーやグループに割 り当 てる権 限 を選 択 します。
6. Apply をクリックします。
7. 権 限 の割 り当 てを終 了 したら、 OK をクリックします。
8. ChemBioFinder 13.0 でデータベースを開 きます。
データベースの作成
空 のデータベースを新 しく作 成 して、フォームと関 連 付 けることができます。
データベースを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 既 存 のフォームを開 くか、新 しいフォームを作 成 します。
2. フォームを右 クリックし、Properties を選 択 します。Box Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Database タブをクリックし、さらにCreate Database... をクリックします。Save As ダイアログ ボックスが表 示 されます。
4. データベース名 を入 力 し、Save をクリックします。データベースおよびデータベース内 のテーブルとフィールド を表 すデー
タ ソース ツリーが表 示 されます。
5. OK をクリックします。
データベースを開 く
データベースを開 くと、次 の 3 つの方 法 でデータにアクセスできます。
標 準 アクセス — データの読 み取 りと書 き込 みが可 能 です。
読 み取 り専 用 アクセス — データの読 み取 りは可 能 ですが書 き込 みはできません。
セキュリティ アクセス — データベースはパスワード で保 護 されています。データベースに適 用 されたセキュリティによって操
作 が制 限 されます。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
注 : ChemBioFinder 7.0 より前 のバージョンでは、ChemBioFinder 7 以 降 の .cfw ファイルを読 めません。ChemBioFinder 11.0 より前 のバージョンでは、.cfx ファイルを読 めません。
読み取り専用アクセス
次 の条 件 を満 たす場 合 に、データベースは読 み取 り専 用 として開 きます。
コンポーネント ファイル (拡 張 子 が CFX、MDB、LDB、MST、MSX) が読 み取 り専 用 の属 性 を持 つ場 合
ファイルが CD-ROM などの読 み取 り専 用 メディア上 にある場 合
フォームまたはデータベースを開 くときに、File Open ダイアログ ボックスで Read-only を選 択 した場 合
読 み取 り専 用 のデータベースを開 くと、次 の条 件 が適 用 されます。
ステータス ラインに READ と表 示 されます。
テキスト ボックスや構 造 式 ボックス内 のデータを変 更 することはできません。
注 : フォーム (CFX) ファイルのみが読 み取 り専 用 に設 定 されている場 合 はステータス ラインに READ とは表 示 され
ず、データベースは変 更 することができます。
マルチユーザー アクセス
データベースがネット ワーク上 に存 在 する場 合 、複 数 の ChemBioFinder 13.0 ユーザーが同 時 にアクセスできます。各
ユーザーは、他 のユーザーの操 作 に関 係 なく、レコード の表 示 、印 刷 、変 更 を実 行 できます。
次 の表 は、ユーザーの種 類 がグループ内 の他 のユーザーにどのような影 響 を与 えるかを示 します。
ユーザー タイプ
他 のユーザーへの影 響
複 数 のユーザー
が読 み取 り専 用
ユーザーの操 作 はお互 いに
モード でアクセス
影 響 しません。
した場 合
すべてのユーザーが読 み取
り/書 き込 みを行 うことがで
きます。ユーザーは他 の
複 数 のユーザー
が標 準 モード で
書 き込 もうとした
場合
ユーザーによる変 更 を見 る
ことができます。2 人 のユー
ザーが同 じ箇 所 を同 時 に
変 更 しようとすると、データ
ベースが一 時 的 にロックさ
れているという警 告 メッセー
ジが一 方 のユーザーに表
示 されます。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
ユーザー タイプ
他 のユーザーへの影 響
標 準 モード でアクセスした
1 人 のユーザーが ユーザーは、読 み取 りモー
標 準 モード 、複
ド でアクセスしたユーザーの
数 のユーザーが
影 響 を受 けません。読 み
読 み取 りモード
取 りモード でアクセスした
でアクセスした場
ユーザーには、標 準 モード
合
でアクセスしたユーザーの変
更 が表 示 されます。
2 人 のユーザーが同 じデータベース内 の同 じレコード を表 示 している場 合 、一 方 のユーザーがそのレコード のデータを変
更 しても、もう一 方 のユーザーが表 示 しているレコード では、その変 更 内 容 が即 座 に反 映 されません。変 更 内 容 が反
映 されるのは、他 のレコード に移 動 した後 で、元 のレコード を再 表 示 したときです。
セキュリティ アクセス
ChemBioFinder 13.0 では、次 の種 類 のセキュリティがサポート されます。
フォーム アクセス ― ChemBioFinder 13.0 によってフォームへのアクセスがセキュリティ保 護 されています。フォームにアク
セスするには、フォーム (CFX) ファイルに保 存 されたユーザー名 とパスワード が必 要 です。
分 子 ファイル アクセス ― ChemBioFinder 13.0 によって分 子 ファイルへのアクセスがセキュリティ保 護 されています。分 子
ファイルにアクセスするには、データベースの MST ファイルに保 存 されたユーザー名 とパスワード が必 要 です。
Microsoft Jet Relational Database Engine ― Microsoft Access に基 づくデータベース エンジンによってセキュリティが保
護 されています。 ユーザー名 とパスワード は MS Access Workgroup Administrator データベースに保 存 されます。
フォーム アクセスの詳 細 については、52 ページの 「フォームのセキュリティ保 護 」 を参 照 してください。 MS Access のセ
キュリティ設 定 の詳 細 については、62 ページの 「セキュリティ保 護 された MS Access データベースを開 く」 を参 照 してくだ
さい。
セキュリティ オプションが適 用 されたフォームまたはデータベースを開 くと、ユーザー名 とパスワード を入 力 してログオンするよ
うにプロンプト が表 示 されます。
セキュリティ保 護 された MS Access データベースを ChemBioFinder 13.0 で開 くには、ユーザー名 、パスワード 、および
ワークグループの情 報 ファイルが必 要 です。 詳 しくは MS Access データベース管 理 者 に問 い合 わせてください。
セキュリティ保 護 されたフォームを開 くには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Validate Security ダイアログ ボックスでユーザー名 とパスワード を入 力 し、OK をクリックします。
アクセスしたフォームにセキュリティ保 護 された分 子 データベースが含 まれる場 合 は、Database Logon ダイアログ
ボックスが表 示 されます。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
図 5.7: ChemBioFinder 13.0 Molecule Database Security ダイアログ ボックス
2. ユーザー名 、パスワード 、およびワークグループの情 報 ファイル名 が該 当 する場 合 はこれも入 力 し、OK をクリックしま
す。
フォームが開 きます。
データベースの閲 覧
データベース内 のデータは、Record ツールバーの各 種 レコード ツールを使 って閲 覧 できます。
図 5.8: Record ツールバーの閲 覧 機 能 ::1) 最 初 のレコード 、2) 前 のレコード 、3) レコード に移 動 、4) 次 のレコード 、5) 最
後 のレコード 、6) レコード の追 加 、7) 変 更 の取 り消 し、8) 変 更 の確 定 、9) レコード の削 除 、10) レコード の省 略
データを閲 覧 するには、次 の操 作 を行 ってください。
データベースの最 初 のレコード を表 示 するには、First Record をクリックします。
現 在 表 示 中 のレコード の前 のレコード を表 示 するには、Previous Record をクリックします。
現 在 表 示 中 のレコード の次 のレコード を表 示 するには、Next Record をクリックします。
データベースの最 後 のレコード を表 示 するには、Last Record をクリックします。
注: 現在のレコード 番号は、ステータス バーに表示されます。
指 定 したレコード に直 接 移 動 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Record メニューの Go To Record をクリックします。Record Number ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. 表 示 したいレコード の番 号 (現 在 のリスト に含 まれる番 号 ) を入 力 し、OK をクリックします。指 定 したレコード が表 示
されます。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
注 : レコード 番 号 は一 時 的 なもので、現 在 のソート順 で並 べられた現 在 のリスト内 での位 置 を参 照 します。たとえ
ば、検 索 の結 果 10 件 のヒットが得 られた場 合 、有 効 なレコード 番 号 は 1 ～ 10 です。データベース内 の指 定 した絶
対 位 置 に移 動 するには、その位 置 を識 別 するフィールド 内 で値 を検 索 する必 要 があります。
データ テーブル
データをテーブル形 式 で表 示 した方 がデータ レコード を効 率 的 に閲 覧 できる場 合 があります。
注 : データをテーブルに表 示 している間 は、レコード を追 加 したり変 更 したりできません。
テーブル上 にデータを表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
View>Data Table>In Separate Window の順 に選 択 するか、Ctrl + T キーを押 します。フォーム内 のフィールド とレ
コード で構 成 されるリスト ウィンド ウが表 示 されます。
図 5.9: 新 しいウィンド ウに表 示 されたデータ テーブル ビュー
フォーム内 の特 定 のレコード を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
リスト ウィンド ウでレコード をクリックします。既 定 値 では、データ テーブル内 の各 フィールド (列 ) は、作 成 した順 に表 示
されます。
データ テーブル内 の列 を並 べ替 えるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 目 的 の列 のヘッダーをクリックして、その列 を選 択 します。
図 5.10: データ テーブル ビュー内 で選 択 した列 のインジケータ
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
2. そのヘッダーを目 的 の位 置 へド ラッグします。このとき、カーソルの形 が下 の図 のようなアイコンに変 わります。新 しい位
置 は赤 い縦 線 で示 されます。
図 5.11: 列 の移 動
データ テーブルの列 の幅 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 一 番 上 の行 の区 切 り線 上 にカーソルを置 きます。このとき、カーソルの形 が下 の図 のようなアイコンに変 わります。
図 5.12: 列 幅 の変 更
2. 目 的 の位 置 までド ラッグして列 幅 を変 更 します。
注: 列を非表示にするには、右クリックして表示されたコンテキスト メニューから Hide Column を選択します。
データ テーブルの行 の高 さを変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 一 番 左 の列 の区 切 り線 上 にカーソルを置 きます。このとき、カーソルの形 が下 の図 のようなアイコンに変 わります。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
図 5.13: 行 の高 さの変 更
2. 目 的 の位 置 までド ラッグして行 の高 さを変 更 します。
注: すべての行のサイズを変更するには、列のヘッダーを右クリックして表示されたコンテキスト メニューから Resize Rows to Fit
を選択します。
R-基テーブル
データ テーブル ビューでは、部 分 構 造 式 検 索 を R-基 の置 換 基 のテーブルとして表 示 できます。
1. 部 分 構 造 式 検 索 を実 行 します。
注: 構造式全体の検索や類似検索からはテーブルは作成できません。
図 5.14: R-基 テーブルをセットアップする部 分 構 造 式 クエリ
2. データ テーブル ビューに切 り替 えます。
3. Structure 列 内 を右 クリックし、R-Group Table をクリックします。すると次 の変 更 が行 われます。
最 上 位 の構 造 式 がテンプレート に置 換 されます。これは入 力 したクエリと似 ていますが、置 換 基 を見 つけたすべて
の位 置 に R が結 合 されたものです。
図 5.15: R-基 クエリとテンプレート
すべての R 用 に新 しい列 が生 成 されます。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
他 の行 に R のヒット が埋 め込 まれます。
注 : このテーブルのデータは表 示 専 用 で、フォームとともには保 存 されません。このテーブルは、別 のクエリの実 行 また
はリスト全 体 の復 元 によってヒット リストを変 更 するまでは、テーブル ビューに切 り替 えるたびに表 示 されます。
R-基 テーブルをソート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. R 列 のヘッダー (R1、R2 など) を右 クリックします。
2. Sort Column メニューをクリックします。次 のオプションがあります。
Ascending
Descending
Multiple
Ascending および Descending では、分 子 量 を基 準 としてソート します。Multiple では、ソート の基 準 となるパラメータ
(複 数 可 ) をダイアログ ボックスで指 定 できます。
マルチ ソート を設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 適 用 する順 にフィールド を選 択 します。
2. 選 択 したフィールド を右 クリックし、ソート の順 序 (昇 順 または降 順 ) を変 更 するか、不 要 なパラメータを削 除 します。
クリップボード を使 用 して、構 造 式 またはテキスト が含 まれる R-基 テーブルのセルの切 り取 りと貼 り付 けを行 うことができま
す。
R-基グラフ
R-基 テーブルを生 成 しておくと、各 種 の置 換 基 と任 意 のグラフ化 可 能 フィールド との関 係 をグラフにすることができます。
1. テーブル ビューを表 示 した状 態 で、 View>BioVizPlots>New の順 に選 択 します。
2. General タブの X 変 数 または Y 変 数 をクリックしてド ロップダウン メニューを表 示 します。R-基 の位 置 がド ロップダウン
メニューに表 示 されるので、これを他 の数 値 フィールド と同 様 にグラフ作 成 に使 用 できます。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
図 5.16: R-基 グラフの設 定
図 5.17: R-基 2 と分 子 量 のグラフ
上 の図 が示 すように、R-基 は X 軸 に沿 っています。グラフの右 上 隅 に表 示 される構 造 式 がテンプレート です。
データベースの作 成
既 存 のデータベースを開 く代 わりに、新 しい空 白 のデータベースを作 成 できます。
自 動 フォーム生 成 機 能 を使 用 して新 しいデータベースを作 成 する方 法 については、17 ページの 「チュート リアル 3: デー
タベースの作 成 」 を参 照 してください。次 の方 法 で新 しく作 成 したデータベースは、構 造 式 を保 存 するための 1 つのテー
ブルで構 成 されます。
データベースを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォームを右 クリックし、Properties をクリックします。
2. Database タブで、Create Database をクリックします。Save As ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. データベースを保 存 するディレクト リを選 びます。
4. データベースの名 前 を指 定 し、Save をクリックします。1 つのテーブル (MolTable) で構 成 されるデータベースが作 成 さ
れます。テーブルには次 の 4 つのフィールド が含 まれます。
構造式
分子式
分子量
Mol_ID
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
Mol_ID フィールド に対 応 するテーブルの列 には、構 造 式 を追 加 するたびに ID 番 号 が自 動 的 に入 力 されます。その他
のフィールド にはデータベースの構 造 式 に関 する情 報 が保 存 され、割 り当 てられた ID 番 号 にリンクします。
分 子 式 および分 子 量 のデータは、構 造 式 から自 動 的 に計 算 されます。これらの内 部 フィールド は、編 集 または削 除 で
きません。
データベースの作 成 後 、その他 のタイプのデータを保 存 するためのフィールド を作 成 できます。データベースでの操 作 を行
う前 に、すべてのフィールド を作 成 する必 要 はありません。フィールド は後 で追 加 できます。
テーブルの作成
データベースに含 めることのできるテーブルの数 に制 限 はありません。データベースに複 数 のテーブルを作 成 して、リレー
ショナル データを管 理 したり、異 なる情 報 を整 理 したりできます。
テーブルには、少 なくとも 1 つの列 が必 要 です。新 しいテーブルを作 成 すると、ID という数 値 列 が 1 つ作 成 されます。この
列 には整 数 データを保 存 できますが、これを削 除 して独 自 の列 を作 成 したり、既 存 の列 と置 き換 えたりすることもできま
す。
テーブル名 には、次 の規 則 が適 用 されます。
文 字 で始 めます。
句 読 点 は使 用 できません。
表 示 されているテーブルとは異 なる名 前 を指 定 します。
新 しい空 白 のテーブルを作 成 するには、次 の操 作 を行 います。
1. フォームを右 クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Table タブをクリックし、次 に Create Table... をクリックします。Create Table ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. テーブルの名 前 を入 力 し、OK をクリックします。入 力 した名 前 のテーブルがデータ ソース ツリーに表 示 されます。
テーブルの削除
データベースからテーブルを削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォームを右 クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Table タブをクリックします。
3. データ ソース ツリーで、削 除 したいテーブルを選 択 します。
4. Delete Table をクリックします。警 告 メッセージが表 示 されます。
5. テーブルを削 除 する場 合 は Yesを、テーブルをそのまま残 す場 合 は Cancel をクリックします。テーブルとテーブルに含
まれるすべてのデータが、データベースから削 除 されます。
注 意 : テーブルをいったん削 除 すると、元 に戻 すことはできません。データを誤 って削 除 しないように、テーブルを削 除
する前 にデータベースのバックアップを作 成 してください。詳 細 については、77 ページの 「データベースのバックアップ」 を
参 照 してください。
他のアプリケーションのテーブルを接続
ChemBioFinder 13.0 を使 って、化 学 構 造 式 を既 存 のデータベースに追 加 できます。 Microsoft Access で作 成 したデー
タベースは、ChemBioFinder 13.0 で直 接 オープンできます。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
ChemBioFinder 13.0 では dBASE や xBase のクローンなど他 のファイルベースのデータベースのデータも使 用 できます
が、その場 合 には、ChemBioFinder 13.0 データベースを開 くか作 成 してからテーブルの接 続 を行 ってデータ ソース内 の
テーブルにリンクする必 要 があります。 テーブルを接 続 すると、実 際 の ChemBioFinder 13.0 データベースのように表 示 さ
れ、操 作 することができます。
テーブルの元 のデータベース システムが、ファイル ベース (Access、FoxPro、dBASE) か、ファイル ベースでない (Oracle)
かによって、接 続 方 法 が異 なります。
ファイル ベースのデータベースからのファイルの接続
ファイル ベースのデータベースのテーブルを接 続 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォームを右 クリックし、Properties をクリックします。
2. Table タブをクリックし、次 に Attach Table をクリックします。 Attach Table ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Open MS Access Database をクリックします。 Open ダイアログ ボックスが表 示 されます。
注: Attach Table Open ダイアログ ボックスに表示されるファイル タイプのリストは、コンピュータによって異なり、 ド ライバがインス
トールされているファイルのみが表示されます。 たとえば、Paradox がインストールされていない場合は、使用しているシステム
に Paradox ド ライバがないか、ド ロップダウン リストに表示されません。アクセスしたいデータベース タイプがファイル ベースのシ
ステムでない場合は、リストに表示されません。この場合、ODBC を使って接続する必要があります。 詳細な方法は、73 ペー
ジの 「ファイル ベース以外のデータベースからのファイルの接続」 を参照してください。
4. アクセスするデータベースをクリックし、OK をクリックします。
5. ツリー内 で、接 続 するテーブルをクリックし、OK をクリックします。 新 しく接 続 したテーブルが Form Properties ダイアロ
グ ボックス内 のツリーに表 示 されます。
6. OK をクリックします。
ファイル ベース以外のデータベースからのファイルの接続
接 続 したいデータベースがファイル ベースでない場 合 (Oracle など) は、Microsoft の Open Database Connectivity
(ODBC) を使 って接 続 できます。
ファイル ベースでないデータベース テーブルを接 続 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォームを右 クリックし、Properties をクリックします。
2. Table タブをクリックし、次 に Attach Table をクリックします。 Attach Table ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. Open Oracle/ODBC Data Source をクリックします。 Select Data Source ダイアログ ボックスが表 示 されます。
4. Machine Data Source タブをクリックし、アクセスする ODBC データ ソースを選 択 し、OK をクリックします。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
注: ODBC Data Source ダイアログ ボックスには、ChemBioFinder 13.0、Access や他のファイル ベースのデータ ソースを含
め、ODBC で認識されるすべてのデータ ソースが表示されます。 ODBC ダイアログ ボックスでファイル ベースのデータ ソースを
開こうとすると、エラー メッセージが表示されます。 ファイル ベースのデータ ソースは、前述のように、Open Database コマンド を
使って開く必要があります。
ODBC data source ダイアログ ボックスに目的のデータベースが表示されない場合、新しいデータ ソースを作成する必要があり
ます。 この操作は New オプションを使用して行います。 詳細については、ODBC ダイアログ ボックスの Help をクリックしてくださ
い。
5. ユーザー名 とパスワード を入 力 するプロンプト が表 示 されるので、これらを入 力 します。 ユーザー名 とパスワード がわか
らない場 合 は、システム管 理 者 に問 い合 わせてください。
6. ツリー内 で、接 続 するテーブルをクリックし、OK をクリックします。 新 しく接 続 したテーブルが Form Properties ダイアロ
グ ボックス内 のツリーに表 示 されます。
7. Form Properties ダイアログ ボックスで OK をクリックします。
フォームに表 示 するデータ ソースが指 定 されましたが、フォームは空 白 のままです。 データにアクセスするには、データ
ボックスを作 成 し、各 ボックスに表 示 するデータを指 定 する必 要 があります。
フィールド の作成
新 しいデータベースを作 成 する場 合 でも、既 存 のデータベースで作 業 する場 合 でも、選 択 したテーブル内 のフィールド を
追 加 または削 除 できます。
次 の種 類 のフィールド から選 ぶことができます。
テキスト フィールド - 名 前 、注 釈 、参 照 などのテキスト を入 力 します。テキスト フィールド は固 定 長 で、フィールド に保
存 するデータ項 目 の最 大 長 (桁 数 ) を設 定 します。たとえば、フィールド の桁 数 を 50 に設 定 した場 合 、51 文 字 以 上 の
項 目 は保 存 できません。
テキスト フィールド の最 大 桁 数 は半 角 254 文 字 です。これより長 いテキスト 文 字 列 を入 力 する場 合 は、メモ/リッチ テキ
スト フィールド を作 成 してください。
いったん作 成 したテキスト フィールド の桁 数 は変 更 できません。このため、テキスト フィールド の桁 数 は、ある程 度 余 裕 を
持 って長 めに設 定 しておくとよいでしょう。一 方 、フィールド の桁 数 を長 く設 定 するとファイルのサイズが大 きくなり、検 索 に
時 間 がかかります。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
注 : ASCII 以 外 の文 字 はデータ テーブルのテキスト フィールド で正 しく表 示 されません。
整 数 フィールド - ID 番 号 などの整 数 を入 力 します。ChemBioFinder 13.0 の整 数 はすべて長 整 数 なので、10 億
単 位 (232) までの値 を入 力 できます。
倍 精 度 フィールド － 物 理 定 数 や単 価 などの実 数 を入 力 します。ChemBioFinder 13.0 の実 数 は倍 精 度 実 数 で
す。ChemBioFinder 13.0 では、倍 精 度 フィールド を ID フィールド に使 用 できます。
画 像 フィールド - スペクト ルや実 験 設 定 などのビット マップ ファイル (BMP、GIF、JPEG、PNG、TIFF) または Windows メタファイル (WMF、EMF) を、データ項 目 としてデータベースに保 存 します。
フォーム上 の画 像 ボックスを使 用 すると、フォームに付 加 したロゴなどの固 定 画 像 を表 示 することも、また、データベース
に保 存 されている画 像 を表 示 してレコード 間 の移 動 に応 じて表 示 を変 えることもできます。インポート したデータベース
に画 像 (Long Binary 型 または BLOB 型 ) が含 まれていると、それらは画 像 として解 釈 され、フォーム ジェネレータによって
画 像 ボックスが作 成 されます。
メモ/リッチ テキスト フィールド - テキスト を表 示 するために使 用 されます。メモ フィールド は長 さを設 定 する必 要 があり
ません。メモ フィールド の長 さは不 定 なので、テキスト フィールド よりも検 索 に時 間 がかかります。また、メモ フィールド は
ソート できません。
テキスト を検 索 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. メモ フィールド または標 準 テキスト フィールド を右 クリックし、Find Text を選 択 します。Find text ダイアログ ボックスが
表 示 されます。
2. テキスト と検 索 条 件 を入 力 します。
3. Forward または Backward をクリックして検 索 を行 います。
4. 次 の一 致 文 字 列 に進 むには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Find Next をクリックします。
F3 キーを使 用 します。
5. 前 の一 致 文 字 列 に戻 るには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Find Prev をクリックします。
Shift + F3 キーを使 用 します。
テキスト を置 き換 えるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. メモ フィールド または標 準 テキスト フィールド を右 クリックし、Replace を選 択 します。Find and Replace Text ダイア
ログ ボックスが表 示 されます。
2. Text to find テキスト ボックスに、置 き換 えられるテキスト を入 力 します。
3. Replace with テキスト ボックスに、Text to find テキスト ボックスで指 定 されたテキスト を置 き換 えるテキスト を入 力 し
ます。
4. Replace をクリックします。
メモ フィールド には書 式 付 きテキスト を保 存 できます。詳 細 については、85 ページの 「書 式 付 きテキスト 」 を参 照 してくだ
さい。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
日 付 フィールド － 日 付 データを入 力 します。日 付 は、Windows のコント ロール パネルの「地 域 のオプション」で設 定
した形 式 で表 示 されます。
構 造 式 フィールド ― リレーショナル データベースに保 存 される ID 番 号 と、Structure、Formula、MolWeight の 3 つの
フィールド の合 計 4 つのフィールド から構 成 されます。これらのフィールド には、ChemBioFinder 13.0 構 造 式 データベース
ファイルからのデータを入 力 します。
ブール - チェック ボックスで使 用 します。ブール フィールド を検 索 する場 合 、ON の項 目 のみを検 索 できます。これ
は、ChemBioFinder 13.0 がクエリ フォームをアクティブにする時 点 ですべてのフィールド を自 動 的 にクリアするからです。
テーブル内 に複 数 のセット の構 造 式 フィールド を作 成 できます。構 造 式 データはすべて同 じ構 造 式 データベース ファイル
から入 力 されますが、各 フィールド には異 なる名 前 が割 り当 てられ、それぞれ独 自 の ID 列 を参 照 します。
フィールド を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォームを右 クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Field タブをクリックします。Field のプロパティが表 示 されます。
3. Create Field をクリックします。Create Field ダイアログ ボックスが表 示 されます。
4. Name ボックスに名 前 を入 力 します。
5. Type ボックスでド ロップダウン メニューからデータ タイプを選 択 します。
6. テキスト フィールド の場 合 のみ、Width ボックスに幅 (文 字 数 ) を直 接 入 力 するか、右 端 の上 下 矢 印 をクリックして幅
の値 を選 択 します。
7. OK をクリックします。データ ソース ツリーに新 しいフィールド 名 が表 示 されます。
フィールド の削除
フィールド を作 成 してデータ ボックスに割 り当 てることができるように、選 択 したテーブルからフィールド を削 除 して、データ
ベースを変 更 することもできます。
フィールド を削 除 するには、次 の操 作 を行 います。
1. フォームを右 クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Field タブをクリックします。Field のプロパティが表 示 されます。
3. フィールド リスト 内 で、削 除 するフィールド を選 択 します。
4. Delete Field をクリックします。
5. 警 告 メッセージが表 示 されます。OK をクリックして削 除 するか、Cancel をクリックしてそのまま残 します。
注 意 : フィールド を削 除 すると、フィールド 内 のすべてのデータが削 除 されます。このことに関 して明 示 的 な警 告 メッ
セージは表 示 されません。
複数の構造式の追加
テーブル内 に複 数 の構 造 式 列 を作 成 することで、同 じフォームに複 数 の構 造 式 を入 力 できます。作 成 した個 々 の構
造 式 列 は、次 の 4 種 類 のデータを表 示 します。
構 造 式 の図
Molecule ID (この ID は構 造 式 をリレーショナル テーブル内 のレコード に関 連 付 けます。)
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
構 造 式 から求 められた分 子 式
構 造 式 から求 められた分 子 量
テーブルに複 数 の構 造 式 列 を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File、Database をクリックします。Form Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. データベースを作 成 するか、開 きます。
3. Field タブをクリックします。
4. 新 しい構 造 式 列 を作 成 するテーブルを選 択 します。
5. Create Field をクリックします。Create Field ダイアログ ボックスが表 示 されます。
6. Type ド ロップダウン リスト から Structure を選 択 します。フィールド に名 前 が割 り当 てられます。この名 前 は編 集 でき
ません。
7. OK をクリックします。リスト に 4 つの新 しいフィールド が表 示 され、同 じ構 造 式 列 のセット に割 り当 てられるように名 前
が指 定 されます。
8. 適 切 なデータ ボックスを右 クリックし、コンテキスト メニューのフィールド リスト からフィールド を選 択 して新 しいフィールド
をボックスに接 続 します。
化学分野以外のデータベース
ChemBioFinder 13.0 以 外 のアプリケーションを使 って作 成 したデータベースを開 いて、構 造 式 を追 加 したい場 合 、変 更
可 能 な (接 続 されていない) テーブルに構 造 式 フィールド を作 成 できます。
構 造 式 フィールド を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. データベースを開 きます。
2. 右 クリックし、Properties を選 択 します。
3. データベース ツリー内 で、構 造 式 を追 加 するテーブルをクリックします。
4. Field タブをクリックします。
5. Create Field をクリックします。Create Field ダイアログ ボックスが表 示 されます。
6. Type ド ロップダウン リスト から Structure を選 択 し、OK をクリックします。
構 造 式 列 を作 成 するときには、列 の名 前 やその他 の詳 細 情 報 は指 定 しません。ChemBioFinder 13.0 によって 4 つの
列 が自 動 的 に作 成 され、名 前 が指 定 されます。これらの列 は、データベースに構 造 式 を入 力 するまで空 のままです。
データベースのバックアップ
現 在 の ChemBioFinder 13.0 データベースをバックアップするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Copy Database をクリックします。Save As ダイアログ ボックスが表 示 されます。既 定 値 では、コピー
に "元 のデータベース名 _copy.cfx" という名 前 が付 けられます。
2. 必 要 に応 じてコピーの名 前 を変 更 し、保 存 場 所 を選 択 して OK をクリックします。指 定 の場 所 に ChemBioFinder
13.0 データベース ファイルの完 全 なセット がコピーされます。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
データベースの移動
ChemBioFinder 13.0 では、フォームの定 義 およびデータベースに接 続 するための情 報 のみが CFX ファイルに保 存 されま
す。実 際 の構 造 式 データは MSX および MST という拡 張 子 が付 いたファイルに保 存 され、構 造 式 以 外 のデータは
MDB という拡 張 子 が付 いたファイルに保 存 されます。データベースを別 のコンピュータに移 動 する場 合 、既 定 値 の
ChemBioFinder 13.0 データベースでは最 低 4 つのファイルを移 動 する必 要 があります。同 じデータベースに複 数 のフォー
ムがアクセスする場 合 は、5 つ以 上 のファイルを移 動 することがあります。
注 : MSX、MST、MDB の拡 張 子 を持 つファイルはすべて同 じファイル名 ですが、CFX ファイルには異 なる名 前 を指
定 できます。
データベースの移 動 後 、フォームを開 いてデータ ソースのリンクが保 持 されていることを確 認 します。データ ソースが見 つか
らず、空 白 のフォームが表 示 された場 合 は、File メニューの Database を使 ってデータ ソースにもう一 度 接 続 する必 要
があります。
フォームがネット ワーク上 のリモート データ ソースに接 続 している場 合 は、移 動 するファイルの数 は少 なくなります。データ
ソースはそのままリモート のコンピュータに残 し、データにアクセスするためのフォームを含 む CFX ファイルのみを移 動 しま
す。データ ソースへの再 接 続 が自 動 的 に行 われない場 合 には、手 動 で行 う必 要 があります。企 業 内 で複 数 のユー
ザーが同 一 の中 央 データ ソースにアクセスする場 合 など、データ ソースにもう一 度 接 続 しなければならないことがありま
す。
ポータル データベースの作 成
ChemBioFinder 13.0 は、構 造 式 データのソート などの操 作 を行 うとき、データベース内 に一 時 テーブルを作 成 します。た
だし、データ CD などの読 み取 り専 用 のソースではこの操 作 が実 行 できません。
このような場 合 、読 み取 り専 用 のソースに直 接 アクセスしないで、ポータル データベースを作 成 することができます。ポー
タル データベースとは、ローカルで使 用 する書 き込 み可 能 なデータベースで、必 要 に応 じて外 部 テーブルへ接 続 できま
す。ポータル データベースの外 観 および動 作 はターゲット データベースと同 様 であり、操 作 に制 限 がありません。
ChemBioFinder 13.0 は、必 要 に応 じてポータル データベースを作 成 します。たとえば、データベース CD を使 って検 索
し、式 によってソート しようとすると、ローカル データベースを作 成 するようメッセージが表 示 されます。ローカル データベース
の作 成 後 、現 在 のテーブルを接 続 してフォームを保 存 してからソート を行 います。ローカル データベースを作 成 すると、完
全 な機 能 と操 作 性 をもって、新 しいフォームからデータを得 ることができます。
第 5 章: データベース
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ChemBioFinder 13.0
データの操 作
データの入 力
データベースにデータを入 力 するには、新 しいレコード を追 加 します。新 しいレコード を追 加 するには、次 の 3 つの操 作 を
行 ってください。
フォームのクリア
新 しいデータの追 加
新 しいエント リの確 定
フォームのクリア
新 しいレコード を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォームを作 成 して、データベースにリンクします。詳 細 については、34 ページの 「手 動 によるフォームの作 成 」 を参 照
してください。
フォームには、レコード を表 示 して編 集 するためのデータ ボックスが必 要 です。また、これらのボックスは、適 切 なフィー
ルド を選 択 してリンク先 を指 定 しておく必 要 があります。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Record メニューの Add New Record をクリックします。
Record ツールバーの Add Record アイコンをクリックします。
3. フォーム上 のすべてのボックスがクリアされ、新 しいデータを入 力 できる状 態 になります。また、ステータス バーにも、レ
コード 追 加 モード になっていることが示 されます。
図 6.1: レコード 追 加 モード のステータス バー
新しいデータの追加
英 数 字 データを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
英 数 字 のフィールド タイプのボックスをクリックして、データを入 力 します。
構 造 式 を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 のフィールド タイプのボックスを右 クリックします。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
目的
操作
構 造 式 の描 画
1. 構 造 式 ボックス内 をダブ
ルクリックします。ChemBioDraw コント ロールが
表 示 されます。
(ChemBioDraw
モード )
第 6 章: データの操作
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ChemBioFinder 13.0
目的
操作
2. 構 造 式 ボックスに新 しい
構 造 式 を描 画 します。
3. ボックスの外 部 をクリックし
て構 造 式 を完 成 させま
す。
構 造 式 の描 画
(ChemBioFinder 13.0
モード )
構 造 式 のイン
ポート (ChemBioFinder 13.0
1. 構 造 式 ボックス内 をダブ
ルクリックするか、右 ク
リックして Edit in ChemBioDraw を選 択 しま
す。ChemBioDraw が開
きます。
2. ChemBioDraw ウィンド ウ
で新 しい構 造 式 を描 画
します。
3. File メニューの Exit and
Return to をクリックする
か、Ctrl + W キーを押 し
て ChemBioFinder 13.0
に戻 り、構 造 式 を挿 入 し
ます。
1. 構 造 式 ボックス内 を右 ク
リックして Read Structure をクリックしま
す。Open ダイアログ
ボックスが表 示 されます。
2. 構 造 式 ファイルを参 照 に
より指 定 し、OK をクリック
BioDraw モード )
します。ファイルが ChemBioFinder 13.0 に挿 入 さ
れます。
または Chem-
注 : ChemBioDraw の操 作 方 法 については、『ChemBioDraw ユーザーズ ガイド 』を参 照 してください。
新しいデータの確定
すべてのデータ項 目 を入 力 したら、次 のいずれかの操 作 を行 います。
Add Record ツールバーの Commit をクリックします。
Record ツールバーの Commit Changes アイコンをクリックします。
Record メニューの Commit Changes をクリックします。
別 のレコード への移 動 または印 刷 などの別 の操 作 を実 行 します。新 しいレコード がデータベースに追 加 されます。
第 6 章: データの操作
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ChemBioFinder 13.0
注 : Commit Changes を選 ぶと (データベースに複 数 のレコード が登 録 されている場 合 は、別 のレコード に移 動 する
と)、入 力 したデータがデータベースに保 存 されます。 File メニューの Save コマンド は使 わないでください。File、Save
を選 択 すると、フォーム レイアウトの変 更 は保 存 されますが、データベース内 のデータの変 更 は保 存 されません。
レコード の複製
既 存 のレコード を変 更 して新 しいレコード を作 成 することもできます。
レコード を複 製 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Record メニューの Duplicate Record をクリックします。追 加 モード に切 り替 わり、既 存 のレコード から新 しいフォーム
にデータが入 力 されます。変 更 を確 定 すると、各 フィールド に複 製 元 のレコード と同 一 のデータを持 つ新 しいレコード
が生 成 されます。レコード の複 製 を確 定 する前 に、他 の新 しいレコード と同 じように、各 フィールド や構 造 式 を適 切 に
変 更 します。
注 : レコード を複 製 する際 に、実 際 に複 製 されるのは、フォーム上 に表 示 されているフィールド だけです。データベース
内 のフィールド のうち、フォーム上 に表 示 されていないフィールド のデータは、新 しいレコード にはコピーされません。複
製 されたレコード には、新 しい Mol_ID が割 り当 てられます。
入力データの取り消し
新 しいデータ エント リをまだ確 定 していない場 合 は、フォームに入 力 した内 容 を元 に戻 して、フォームを入 力 前 の状 態
に戻 すことができます。
変 更 を取 り消 すには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Record メニューの Undo Changes をクリックします。
Record ツールバーの Undo Changes アイコンをクリックします。
なお、いったん確 定 した変 更 内 容 は元 に戻 すことができません。
データの編 集
フォームのデータ項 目 を直 接 編 集 し、変 更 内 容 を確 定 して、データベース内 のデータを変 更 します。
注 : Formula フィールド および MolWeight フィールド は、Structure フィールド から自 動 的 に計 算 されます。ユーザーが
編 集 することはできません。MOL_ID フィールド も自 動 的 に設 定 され、ユーザーが編 集 することはできません。
データを編 集 するには、次 の操 作 を行 ってください。
編 集 するデータ項 目 のデータ ボックスをクリックします。構 造 式 データ ボックスまたは画 像 ボックスをクリックすると、ボック
スが強 調 表 示 されます。英 数 字 データのデータ ボックスをクリックすると、データ ボックス内 にカーソルが表 示 されます。
英 数 字 データを編 集 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 新 しいテキスト や数 値 を入 力 します。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Record メニューの Commit Changes をクリックします。
Commit Changes アイコンをクリックします。
別 のレコード へ移 動 します。
注 : 別 のレコード に移 動 すると、常 に、まず変 更 内 容 が確 定 されます。
第 6 章: データの操作
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ChemBioFinder 13.0
構造式の編集
構 造 式 の編 集 には、ChemBioDraw 描 画 ツールを使 用 します。また、整 形 により構 造 式 をより美 しく表 記 できま
す。Clean Structure コマンド は、結 合 長 や結 合 角 を調 整 し、描 画 された分 子 を見 やすくします。整 形 に必 要 な変 更
の度 合 いは前 もって予 測 できないので、Clean Structure コマンド は徐 々 に実 行 されます。したがって、必 要 な場 合 はこ
のコマンド を何 度 か繰 り返 してください。コマンド の機 能 の詳 細 については、『ChemBioDraw ユーザーズ ガイド 』の第 4 章
「高 度 な描 画 テクニック」の「構 造 式 の成 型 」を参 照 してください。
入 力 データをまだ確 定 していなければ、Record メニューの Undo Changes でレコード を変 更 前 の状 態 に戻 すことができ
ます。
構 造 式 データを編 集 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
ChemBioDraw モード のとき:構 造 式 ボックスをダブルクリックします。ChemBioDraw コント ロールが表 示 されます。
ChemBioFinder 13.0 モード のとき:構 造 式 ボックスをダブルクリックします。ChemBioDraw が起 動 され、構 造 式 が
ChemBioFinder 13.0 ウィンド ウに表 示 されます。
どちらかのモード のとき:構 造 式 ボックス内 を右 クリックして Edit in ChemBioDraw をクリックします。ChemBioDraw
が起 動 され、構 造 式 が ChemBioFinder 13.0 ウィンド ウに表 示 されます。
2. 次 に、構 造 式 を編 集 します。
3. 作 業 が終 わったら、ChemBioFinder 13.0 フォーム内 をクリックするか、Ctrl + W キーを押 して ChemBioDraw ウィンド ウ
を閉 じます。
4. Record メニューの Commit Changes をクリックします。Commit Changes アイコンをクリックするか、別 のレコード に移
動 します。変 更 が保 存 されます。
構 造 式 を整 形 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 ボックス内 を右 クリックし、Clean Structure をクリックします。
2. 整 形 後 の構 造 式 を保 存 するには、次 のいずれかを実 行 します。
Record メニューの Commit Changes をクリックします。
Commit Changes アイコンをクリックします。
ChemBioDraw による構造式の操作
Structure フィールド タイプのデータ ボックスで ChemBioDraw 構 造 式 を入 力 するか編 集 します。ChemBioDraw 内 で直
接 作 業 するか、ChemBioDraw コント ロールを使 って構 造 式 データ ボックス内 で作 業 することができます。既 定 値 の選 択
は構 造 式 データ ボックスの Box Properties で行 います。
オプションを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 ボックスを右 クリックします。
2. Properties をクリックします。
3. Box Style セクションのド ロップダウン メニューで、次 に従 って既 定 値 を選 択 します。
ChemBioDraw コント ロールを使 用 するには ChemBioDraw スタイルを選 択 します。
ChemBioDraw で編 集 するには ChemBioFinder スタイルを選 択 します。
第 6 章: データの操作
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ChemBioFinder 13.0
ヒント: ChemBioDraw スタイルを既 定 値 に設 定 しても、ChemBioDraw で直 接 編 集 を行 うことができます。構 造 式
ボックス内 を右 クリックし、Edit in ChemBioDraw を選 択 します。
構 造 式 を編 集 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 データ ボックス内 をダブルクリックします。既 定 値 の設 定 に応 じて、ChemBioDraw が開 くか ChemBioDraw コ
ント ロールが表 示 されます。既 にデータ ボックスに構 造 式 が表 示 されている場 合 は、編 集 ウィンド ウにその構 造 式 が
表 示 されます。この構 造 式 は、ChemBioDraw で作 成 した通 常 の構 造 式 と同 じように変 更 、操 作 できます。データ
ボックスに構 造 式 が表 示 されていない場 合 は、編 集 ウィンド ウが空 白 になります。この空 白 のウィンド ウに構 造 式 を
作 成 し、ChemBioFinder 13.0 のデータベースに保 存 することができます。
編 集 を終 えたら、次 のいずれかの操 作 を行 います。
ChemBioDraw で編 集 している場 合 は、 File メニューの Exit and Return to Structure をクリックするか、Ctrl + W
キーを押 します。
ChemBioDraw コント ロールで編 集 している場 合 は、構 造 式 ボックスの外 をクリックします。
新 しい構 造 式 または編 集 済 みの構 造 式 が表 示 されます。この構 造 式 はまだデータベースに追 加 されていません。
2. Record メニューの Commit Changes をクリックし、Commit Changes アイコンをクリックするか、別 のレコード に移 動
します。変 更 が保 存 されます。
後 述 する一 部 の例 外 を除 いて、ChemBioDraw で描 画 した構 造 式 や反 応 式 は、化 学 上 の意 味 を持 つものであれ
ば、そのまま保 存 できます。ChemBioDraw で、構 造 式 が化 学 的 に意 味 のあるものか確 認 するには、構 造 式 を選 択
し、Structure メニューの Check Structure を使 用 します。詳 細 については、『Chem & Bio Draw ユーザーズ ガイド 』を参
照 してください。
ただし、次 の 2 項 目 は例 外 として ChemFinder に保 存 できません。
ChemBioFinder 13.0 ではフェロセンのように複 数 の結 合 ポイント や可 変 結 合 ポイント を持 つ分 子 のインポート はサ
ポート されていません。
ChemBioFinder 13.0 は "単 独 " のヘテロ原 子 を認 識 しません。たとえば、次 のような構 造 式 を描 画 した場 合 につい
て考 えてみます。
この場 合 、ChemBioDraw で Check Structure コマンド を選 ぶと、原 子 価 が無 効 であることを示 すメッセージが表 示 され
ます。この構 造 式 を ChemBioFinder 13.0 に表 示 すると、許 容 される最 小 限 の原 子 価 を満 たすように、自 動 的 に水 素
原 子 がメイングループの元 素 に追 加 されます。このため、上 に示 した構 造 式 は CH3NH2 (メチルアミン) として登 録 されま
す。
描 画 したクエリ プロパティ付 きの構 造 式 および反 応 式 は、一 般 的 にクエリにおいてのみ意 味 を持 ちます。クエリ構 造 式
は ChemBioFinder 13.0 データベースに保 存 できます。しかし、Markush 構 造 式 としては取 り扱 われませんので、すべて
第 6 章: データの操作
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ChemBioFinder 13.0
の有 効 な検 索 クエリに対 して構 造 式 が正 しくヒット するとは限 りません。詳 細 については、227 ページの 「構 造 式 クエリの
機 能 」 を参 照 してください。
Chem & Bio Draw では、化 学 上 の意 味 を持 たない補 助 的 なオブジェクト も描 画 できます。たとえば、ボックス、円 、矢
印 、軌 道 などを描 画 できます。また、化 学 上 の意 味 を持 たないオブジェクト に色 などのスタイルを設 定 することもできま
す。ただし、ChemBioFinder 13.0 ではこのような補 助 的 なプロパティはすべて無 視 され、化 学 上 の意 味 を持 つオブ
ジェクト だけが Structure フィールド に保 存 されます。
ChemBioDraw のド キュメント を描 画 したとおりに保 存 するには、ド キュメント を画 像 として保 存 します。ChemBioDraw
の画 像 は、コピーして Picture フィールド に貼 り付 けることができます。
図 6.2: 画 像 フィールド を持 つフォーム
注 : 画 像 フィールド 内 のオブジェクトは、化 学 上 の意 味 を持 つオブジェクトとしては認 識 されず、検 索 できません。
ChemBio3D によるモデルの表示
ChemBioFinder 13.0 は ChemBio3D コント ロールにも対 応 しているので、構 造 式 データ ボックスに ChemBio3D スタイル
を指 定 できます。
構 造 式 の分 子 モデルを表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Explorer ウィンド ウの Database ペインで Structure フィールド をダブルクリックしてフォームに Structure フィールド を 1
つ追 加 します。
2. フィールド 内 を右 クリックし、Properties をクリックします。
3. Box Style セクションにあるド ロップダウン メニューから Structure (ChemBio3D style) を選 択 します。Structure フィー
ルド に 3D の構 造 式 が表 示 されます。
図 6.3: 3D 構 造 式 フィールド を持 つフォーム
第 6 章: データの操作
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ChemBioFinder 13.0
モデルを回 転 させたり表 示 を調 整 するには、フィールド をダブルクリックします。既 定 値 のツールは回 転 ツールですが、原
子 や結 合 の選 択 にも使 えます。フィールド 内 を右 クリックすると、ChemBio3D コント ロールのコンテキスト メニューが表 示
され、このメニューから ChemBio3D のコマンド を実 行 できます。
ChemBio3D の使 い方 の詳 細 については、『ChemBio3D ユーザーズ ガイド 』を参 照 してください。
注 : ChemBioDraw の操 作 とは異 なり、ChemBio3D でモデルに加 えた変 更 は ChemBioFinder 13.0 には反 映 され
ず、保 存 もされません。ChemBio3D のモデルをビットマップまたはメタファイルとして保 存 し、画 像 フィールド に挿 入 す
ると、データベースに ChemBio3D モデルの画 像 を保 存 できます。ただし、この場 合 は原 子 の結 合 テーブルが保 存 さ
れないので、画 像 を編 集 できなくなります。
書式付きテキスト
Text メニューのツール、または Text Format ツールバーのツールを使 って、テキスト のフォント 、サイズ、スタイル、色 、およ
び配 置 を変 更 します。
Text Format ツールバーが表 示 されていなければ、次 の手 順 で表 示 します。
View>Toolbars>Text Format の順 に選 択 します。テキスト 書 式 ツールが表 示 されます。
.
図 6.4: 1) フォント、2) ポイント サイズ、3) 太 字 、4) 斜 体 、5) 下 線 、6) 下 付 き文 字 、7) 上 付 き文 字 、8) 色 、9) 左 揃
え、10) 中 央 揃 え、11) 右 揃 え、12) 箇 条 書 き
このツールバーを使 用 して、プレーン テキスト フィールド またはメモ/リッチ テキスト フィールド 内 のテキスト の書 式 を変 更 し
ます。
変更の取り消し
テキスト の変 更 を確 定 する前 であれば、変 更 前 の状 態 に戻 すことができます。
変 更 を取 り消 すには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Edit メニューの Undo をクリックします。
メイン ツールバーの Undo アイコンをクリックします。
なお、いったん確 定 した変 更 内 容 は元 に戻 すことができません。
変更のやり直し
Undo コマンド で操 作 を元 に戻 すと、Redo コマンド がアクティブになります。Redo コマンド を使 うと、直 前 に実 行 した
Undo コマンド を取 り消 して、操 作 をやり直 すことができます。
直 前 に元 に戻 した操 作 をやり直 すには、次 のいずれかの操 作 を行 います。
Edit メニューの Redo をクリックします。
Redo アイコンをクリックします。
第 6 章: データの操作
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ChemBioFinder 13.0
この操 作 により、元 に戻 した操 作 がもう一 度 実 行 されます。
データの削除
個 々 のフィールド の内 容 は、Delete キーまたは Backspace キーを使 って削 除 できます。 ただし構 造 式 、分 子 式 、分 子
量 、および Mol_ID は削 除 できません。
レコード 全 体 を削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Record コマンド またはツールバーを使 って、削 除 するレコード に移 動 します。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Record メニューの Delete Record をクリックします。
Delete Record アイコンをクリックします。
レコード が削 除 され、元 に戻 せません。
注 : テーブル ビューを使 用 すると、複 数 のレコード を削 除 できます。
データのソート
フォーム内 のほとんどのタイプのデータでデータベースをソート することができます。Mol_ID や分 子 量 などの数 値 フィールド
でソート すると、現 在 のリスト が当 該 フィールド の値 の昇 順 または降 順 で並 べ替 えられます。構 造 式 フィールド でソート す
ると、構 造 式 内 の原 子 数 の昇 順 にリスト が並 べ替 えられます。非 表 示 の水 素 はカウント されません。分 子 式 フィールド
でソート すると、レコード が C-H-N 数 の昇 順 (炭 素 を含 む化 合 物 の場 合 ) で並 べ替 えられ、その上 でさらに他 の元 素 の
アルファベット 順 に並 べ替 えられます。炭 素 のない化 合 物 の分 子 式 はアルファベット 順 にソート されます。分 子 名 などの
テキスト フィールド でソート すると、レコード がアルファベット 順 に並 べ替 えられます。
ソート 後 にデータベースを更 新 するには、データベースを元 の状 態 にリセット する必 要 があります。
注 : 分 子 式 や分 子 量 でソートされたレコード は編 集 できません。これらのフィールド の 1 つをソートしようとする
と、ChemBioFinder 13.0 は、その操 作 が可 能 なデータベース (ポータル データベース) を準 備 します。詳 細 について
は、72 ページの 「他 のアプリケーションのテーブルを接 続 」 を参 照 してください。
特 定 のフィールド でソート するには、次 の操 作 を行 ってください。
フォーム ビューで、ソート に使 うフィールド を右 クリックし、 Sort>Ascending の順 に選 択 するか、Sort>Descending
の順 に選 択 します。
データ テーブル ビューで、ソート に使 うフィールド のテーブル ヘッダーをダブルクリックします。
選 択 した列 の昇 順 でテーブルがソート されます。もう一 度 ダブルクリックすると降 順 になります。
ヒント: データ テーブル ビューでコンテキスト メニューを使 ってソートすることもできます。列 内 を右 クリックし、Sort Column を選 びます。
英語以外の言語でのソート
ソート するテキスト は、データベースを作 成 したシステムの既 定 値 の言 語 と同 じ言 語 で記 述 されていなければなりませ
ん。そうでないと、正 しくソート されません。
ChemBioFinder 13.0 のサンプル データベースは英 語 で作 成 されていますが、次 に挙 げる言 語 でも正 しくソート されます。
第 6 章: データの操作
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ChemBioFinder 13.0
英語
ド イツ語
フランス語
ポルト ガル語
イタリア語
スペイン語
データベースの作 成 に使 われた言 語 と異 なる言 語 でテキスト をソート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ソート するテキスト と同 じ言 語 を使 用 しているコンピュータで MS Access を起 動 します。
2. ソート する MDB ファイルを開 きます。
3. 次 の手 順 で、データベースを最 適 化 します。ツール> データベース ユーティリティ>データベースの最 適 化 /修 復 の順 に
選 択 します。
4. データベースが最 適 化 されたら、MS Access を終 了 します。
正 しいソート 情 報 がデータベースに書 き込 まれます。ChemBioFinder 13.0 でソート を実 行 すると正 しい順 にソート されま
す。
データベースのリセット
データベースを元 の状 態 にリセット するには、次 の操 作 を行 ってください。
Search メニューの Retrieve All をクリックします。
データベース スキーマの変 更
データベースが読 み取 り専 用 でなく、かつそれを変 更 する権 限 があれば、既 存 のデータベースまたは新 規 のデータベース
でフィールド やテーブルを作 成 したり削 除 したりすることができます。また、外 部 データ ソースからテーブルをアタッチしたりリ
ンクしたりすることもできます。
Box Properties ダイアログ ボックスを使 って、以 下 の処 理 を実 行 します。
次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
File メニューの Database をクリックします。
フォーム ウィンド ウ内 の空 白 部 分 を右 クリックし、Data Source をクリックします。
Box Properties ダイアログ ボックスの Database タブが表 示 されます。
フィールド を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Field タブをクリックします。
2. 複 数 のテーブルがある場 合 は、新 規 のフィールド を含 めるテーブルを選 択 します。
3. Create Field... をクリックします。Create Field ダイアログ ボックスが表 示 されます。
4. 既 定 値 の名 前 (New_Field) を書 き換 え、データ タイプを選 択 し、フィールド 幅 を調 整 (オプション) します。OK をク
リックします。
既 存 のフィールド を削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フィールド を選 択 します。
第 6 章: データの操作
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ChemBioFinder 13.0
2. Delete Field... をクリックします。フィールド を本 当 に削 除 してよいか確 認 する警 告 ボックスが表 示 されます。
3. Yes をクリックしてフィールド を削 除 します。
注 意 : そのフィールド に入 力 したデータは、YES をクリックすると直 ちに失 われます。
テーブルを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Table タブをクリックします。次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
2. Create Table... をクリックします。
3. Create Table ダイアログ ボックスに名 前 を入 力 します。ID という既 定 値 のフィールド を 1 つ持 つ新 規 のテーブルが作
成 されます。
テーブルを削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. テーブルを選 択 します。
2. Delete Table... をクリックします。
3. 警 告 ボックスの YES をクリックします。
注 意 : テーブル内 のすべてのフィールド の全 データが失 われます。
テーブルを別 のデータベースから接 続 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Table タブをクリックします。
2. Attach Table... をクリックします。Attach Table ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. データベースの種 類 (MS Access または Oracle/ODBC) を選 択 します。
4. MS Access の場 合 は、当 該 テーブルの MDB ファイルを参 照 により指 定 します。テーブルを選 択 し、OK をクリックしま
す。
第 6 章: データの操作
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ChemBioFinder 13.0
データのインポート およびエクスポート
ChemFinder でサポート されているファイル形 式 のデータをデータベースへ移 動 したり、データベースから移 動 することがで
きます。ファイルのインポート 、データベースのインポート とエクスポート 、既 存 のデータベースへのデータの追 加 が可 能 で
す。
サポート されているファイル形 式
ChemBioFinder 13.0 では、個 別 の化 学 構 造 式 や反 応 をさまざまなファイル形 式 で操 作 できます。サポート されている
形 式 は、次 のとおりです。
ChemBioDraw (cdx)
ChemBioDraw XML (cdxml)
結 合 テーブル (ct)
区 切 り形 式 のテキスト (csv、txt)
MDL Molfile および V3000 (mol)
MDL RXNfile および Rxn V3000 (rxn)
MDL RDFile (rdf)
MDL SDFile (sdf)
MDL Sketch (skc)
MDL Graphic (tgf)
SMD 4.2 (smd)
次 のファイルは、出 力 ファイルとしてのみサポート されています。
Bitmap (bmp)
XML (cfxml)
Encapsulated Postscript (eps)
GIF (gif)
Microsoft Word (doc)
TIFF (tif)
Windows メタファイル (wmf)
.cdx、.ct、および .cdxml の各 ファイル形 式 についての説 明 は、『ChemBioDraw ユーザーズ ガイド 』を参 照 してください。
データのインポート
ChemBioFinder 13.0 では、ChemBioDraw 構 造 式 、構 造 式 データ ファイル (SDFile)、および反 応 データ ファイル
(RDFile) をデータベースに直 接 インポート できます。さらに、カンマ区 切 りやタブ区 切 りのテキスト ファイルをインポート する
こともできます。
ChemBioFinder 13.0 は Access (Jet) データベース標 準 を使 用 しているので、フィールド 、コント ロール、およびオブジェク
ト の名 前 を Access のルールに合 わせる必 要 があります。たとえば次 のルールがあります。
第 7 章: データのインポート およびエクスポート
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ChemBioFinder 13.0
長 さは最 長 で 64 文 字 までが許 されます。
英 字 、数 字 、スペース、さらにピリオド (.) を除 く特 殊 文 字 、感 嘆 符 (!)、アクセント 符 号 (`)、大 かっこ ([ ]) を組 み合 わ
せて使 用 できます。
先 頭 をスペースにすることはできません。
制 御 文 字 (ASCII 値 の 0 ～ 31) を含 めることはできません。
テーブル、ビュー、スト アド プロシージャの名 前 に二 重 引 用 符 (") を含 めることはできません。
構造式のインポート
ChemBioFinder 13.0 では、構 造 式 ファイルをデータベースに直 接 インポート できます。インポート 時 には、既 存 のレコー
ド の置 換 、新 しいレコード の追 加 、データのマージ、重 複 データの削 除 などを指 定 できます。
構 造 式 をインポート する一 般 的 な手 順 は次 のとおりです。
1. File メニューの Import サブメニューから、インポート する構 造 式 ファイルの種 類 を選 択 します。Open Chemical Structures ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. 構 造 式 が含 まれるフォルダに移 動 します。
3. ファイルを選 択 し (複 数 のファイルを選 択 するには Ctrl キーか Shift キーを押 しながらクリックします)、Open をクリックし
ます。Data Import ダイアログ ボックスが表 示 されます。
4. File をクリックし、インポート 先 のデータベースを選 択 します。
注: 名前を入力して新しいデータベース ファイルを作成することもできます。
5. インポート の種 類 として、Overwrite、Append、Merge のいずれかを選 択 します。Merge を選 択 した場 合 は、Merge
タブをクリックして一 致 フィールド 、一 致 オプション、およびログ オプションをそれぞれ選 択 します。
6. インポート したいフィールド のチェック ボックスを選 択 します。
オプション操 作 : フィールド 名 をダブルクリックして、Data Field Import ダイアログ ボックスでフィールド 名 、フィールド タ
イプ、およびフィールド 幅 を変 更 します。
オプション操 作 : Logging タブをクリックし、ログ ファイルの詳 細 設 定 を変 更 します。
オプション操 作 : Form Style タブをクリックし、新 しいフィールド 用 に作 成 されるボックスのスタイルを選 択 します。
オプション操 作 : Advanced タブをクリックし、高 度 なオプションを設 定 します。 開 始 位 置 を設 定 して、ファイルの一
部 のみをインポート します。開 始 位 置 は行 番 号 、バイト 数 、またはレコード 番 号 で指 定 します。作 成 する ChemBioFinder データベースのバージョンを選 択 します。以 前 のバージョンは 7.0 までサポート しています。さらに、適 切 な
チェック ボックスをオンにして構 造 式 のみをインポート し、Store redundant reagents チェック ボックスをオンにして
重 複 する試 薬 の値 を入 力 します。
注: SD および RD ファイルでは、試薬と触媒は個別のレコード で表されます。ChemBioFinder 13.0 では、これらをサブテーブ
ルに格納します。そのため、同じ試薬が複数のレコード に登場する場合でも、その試薬を何回も重複して格納する必要はあり
ません。チェック ボックスをオンにすると、この既定値の動作をオーバーライド できます。
7. オプションの選 択 を終 了 したら、Import をクリックします。構 造 式 が、指 定 したデータベースにインポート されます。
第 7 章: データのインポート およびエクスポート
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ChemBioFinder 13.0
構造式と反応
ChemBioFinder 13.0 では、構 造 式 データ ファイル (SDFile) や反 応 データ ファイル (RDFile) をデータベースに直 接 イン
ポート できます。これらのファイルには構 造 式 とデータの両 方 が含 まれるので、ChemBioFinder 13.0 によってデータを受 け
入 れるためのフィールド がデータベース内 に作 成 されます。
RDFile では、入 力 データが階 層 構 造 で複 雑 な場 合 があります。RDFile を読 み込 むとき、ChemBioFinder 13.0 はデー
タをリレーショナル フォームに変 換 し、必 要 に応 じて新 しいテーブルを作 成 して、リンク データを生 成 します。
注 : RD ファイルのインポート時 には、ボックスとサブフォームが自 動 的 に作 成 され配 置 されます。
空 白 のフォームでインポート 操 作 を行 うと、メイン フォームに必 要 なボックスが作 成 されます。インポート 時 にボックスのあ
るフォームを使 用 すると、タブ付 きフォーム上 に新 しいボックスが作 成 されます。
インポート は、データベースにリンクされているフォームや空 白 のフォームからでも行 えます。フォームがなくてもインポート で
きますが、この場 合 、ChemBioFinder 13.0 によって新 しいフォームが作 成 されます。Data Import ダイアログ ボックスの
Form Style タブで選 択 する項 目 によって、フォームの外 観 が決 まります。
構 造 式 データ ファイルおよび反 応 データ ファイルをインポート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Import サブメニューから、インポート する構 造 式 ファイルの種 類 を選 択 します。Open ダイアログ ボックス
が表 示 されます。
2. インポート するファイルを選 択 し、Open をクリックします。Data Import ダイアログ ボックスが表 示 されます。
選 択 したファイル全 体 がスキャンされ、ファイル内 のデータ フィールド とデータベース内 の保 存 可 能 領 域 が確 認 されます。
スキャンされたレコード の数 がステータス バーに表 示 されます。入 力 ファイルのサイズが大 きいと、スキャンに時 間 がかかる
ことがあります。
スキャンを中 断 するには、Esc キーを押 します。本 当 に中 断 してよいかどうかを確 認 するメッセージ ボックスが表 示 されま
す。Yes をクリックするまでは、スキャン操 作 が継 続 されます。
スキャンを中 止 するには、Stop scanning をクリックします。
第 7 章: データのインポート およびエクスポート
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注 : ロード 前 に必 要 なフィールド がすべてデータベースに作 成 されるよう、スキャンは最 後 まで実 行 することをお勧 めし
ます。
ログ ファイルの使用
インポート の処 理 中 に、実 行 されたアクションのログ ファイルが作 成 されます。ログ ファイル (.log) は入 力 ファイルと同 じ場
所 に作 成 されるテキスト ファイルで、前 回 作 成 したログ ファイルは上 書 きされます。インポート の処 理 中 に、ログは次 の
オプションで指 定 されたデータを記 録 します。
Errors: エラーと警 告
General data: 入 力 ファイルおよびインポート 処 理 に関 する情 報
Records processed: 入 力 ファイルの各 レコード に関 するエント リ
Structures registered: データベースに格 納 された各 構 造 式 に関 するエント リ
Data registered: データベースに格 納 された各 データ項 目
Database schema: 見 つかった入 力 フィールド と生 成 された列
さらに、RDFile をインポート した場 合 は、ログ ファイルに RDFile 内 のデータ テーブル階 層 の概 要 も表 示 されます。
ログ ファイルは、作 成 するかどうかを選 択 できます。ログ ファイルを作 成 する場 合 は、別 の名 前 で保 存 することも、既 存
のログ ファイルに追 加 することもできます。
指定した場所からのインポート
バイト 数 、行 番 号 など、SDFile または RDFile 内 の任 意 の場 所 を指 定 して、インポート を行 うことができます。
インポート を開 始 する場 所 を指 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Date Import ダイアログ ボックスの Advanced タブをクリックします。
2. 適 切 なオプションを選 択 します。
第 7 章: データのインポート およびエクスポート
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インポート の開 始 場
所
クリック
SDFile または
beginning をクリック
RDFile の先 頭
します。
line をクリックし、行
指 定 した行 番 号
番 号 を入 力 しま
す。
byte をクリックし、バ
指 定 したバイト 数
イト 数 を入 力 しま
す。
record をクリックし、
指 定 したレコード
レコード 番 号 を入
力 します。
3. Import をクリックします。
構造式の読み込み
ChemBioFinder 13.0 では、サポート されるすべての形 式 の構 造 式 ファイルをインポート するだけでなく、これらのファイルを
読 み込 むことができます。たとえば、ChemBioDraw 形 式 で保 存 した構 造 式 は、インポート や再 描 画 を行 わなくて
も、ChemBioFinder 13.0 で直 接 開 くことができます。
ファイルから構 造 式 ボックスに構 造 式 を読 み込 むには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 ボックス内 を右 クリックし、コンテキスト メニューの Read Structure をクリックします。Open ダイアログ ボックスが
表 示 されます。
2. 目 的 のファイルを選 択 します。
3. Open をクリックします。選 択 した構 造 式 が構 造 式 ボックスに読 み込 まれます。この操 作 は、Commit Changes を選
択 するか別 のレコード に移 動 するまでは、データベースに反 映 されません。
ド ラッグ アンド ド ロップ
ファイルの種 類 によっては Windows エクスプローラやデスクト ップから ChemBioFinder 13.0 に直 接 ド ラッグして開 くことがで
きます。次 の表 は ChemBioFinder 13.0 にド ラッグ アンド ド ロップできるファイル形 式 についてまとめたものです。
ファイルの
種類
サポート さ
れている
ファイル形
式
Structure
CDX
注釈
構 造 式 ボックスにド
第 7 章: データのインポート およびエクスポート
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ChemBioFinder 13.0
ファイルの
種類
サポート さ
れている
ファイル形
式
SKC
MOL
MST
注釈
ロップする必 要 があり
ます。
WMF
EMF
Graphic
BMP
GIF
画 像 ボックスにド ロッ
プする必 要 がありま
す。
PNG
TIF
既 存 のフォームにド
Form
CFW
ロップする必 要 はあり
ません。
一 度 に複 数 のファイルをド ロップできますが、ファイルの種 類 (上 表 の左 列 を参 照 ) を混 在 させることはできません。複 数
の構 造 式 ファイルまたはグラフィック ファイルを一 度 にド ロップすると、連 続 する ChemBioFinder 13.0 レコード に読 み込 ま
れます。ファイルを 1 つだけド ロップすると、その構 造 式 やグラフィックを新 しいレコード に追 加 するか、既 存 のレコード を上
書 きするかを確 認 するメッセージが表 示 されます。6 個 以 上 の構 造 式 やグラフィックをド ロップした場 合 には、操 作 を続
行 するかどうかを確 認 するメッセージが表 示 されます。
1 つ以 上 のフォーム ファイルをド ロップすると、そのフォームが開 きます。現 在 のフォームやデータベースには影 響 がありませ
ん。
テキスト のインポート
カンマ区 切 りやタブ区 切 りのテキスト ファイルをインポート できます。Import Delimited Text コマンド を使 用 すると、Import
SD File コマンド と同 じダイアログ ボックスが表 示 され、オプションもほぼ同 じものを使 用 できます。区 切 り形 式 (DT) のテ
キスト ファイルと SD ファイルでは次 の点 が異 なります。
DT ファイルには構 造 式 を含 めることができません。
DT ファイルは形 式 が明 確 に定 義 されていないため、フィールド 名 と区 切 り文 字 を判 断 するには解 釈 が必 要 です。
テキスト 形 式 のレコード を新 しいデータベースにインポート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 空 白 の新 しいフォームを開 きます。
2. File>File Import>Delimited Text の順 に選 択 します。
3. File Open ダイアログ ボックスで、入 力 ファイルを選 択 します。
第 7 章: データのインポート およびエクスポート
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入 力 ファイルがスキャンされ、フィールド 区 切 り文 字 が判 断 されます。拡 張 子 が .csv のファイルは、カンマ区 切 りファイ
ルとして処 理 されます。拡 張 子 が .txt のファイルは、最 初 の数 行 にカンマまたはタブがあるかどうかが検 査 され、このど
ちらかが見 つかると、それが区 切 り文 字 であると判 断 されます。どちらも見 つからないと、警 告 メッセージが表 示 されま
す。
この警 告 が表 示 されるのは次 の場 合 です。
入 力 ファイルに列 が 1 つしかない。この警 告 は無 視 してかまいません (OK をクリックします)。
入 力 ファイルのフィールド 区 切 り文 字 にタブやカンマ以 外 の文 字 が使 われている。この場 合 は、File Export ダイアロ
グ ボックスで区 切 り文 字 を指 定 する必 要 があります。
File Export ダイアログ ボックスで区 切 り文 字 を指 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Cancel をクリックして警 告 を閉 じ、インポート 操 作 を中 止 します。
2. データが入 っているフォームを開 き、短 いヒット リスト を取 得 します。
3. File>Export>Other の順 に選 択 します。File Export ダイアログ ボックスが表 示 されます。
4. Text Options タブをクリックします。
5. Other オプションを選 択 し、区 切 り文 字 を指 定 します。
6. Export をクリックして選 択 内 容 を保 存 し、エクスポート を実 行 します。
7. インポート 手 順 のステップ 1 に戻 り、もう一 度 インポート 操 作 を行 ってください。
ヒント: 一 度 指 定 した区 切 り文 字 は記 憶 されるので、この操 作 を繰 り返 す必 要 はありません。
入 力 ファイルのスキャンにより、入 力 ファイルのデータ フィールド の名 前 とタイプも判 断 されます。フィールド 名 はファイルの 1
行 目 に、データ項 目 と同 じ区 切 り文 字 を使 って正 しい順 序 で配 置 されている必 要 があります。フィールド タイプは SD
ファイルのインポート と同 じ規 則 に従 って、各 列 にある全 データを検 査 することで判 断 されます。たとえば 1 列 の全 項 目
が整 数 であれば、そのフィールド タイプは整 数 であると判 断 されます。テキスト フィールド の幅 は、ファイルに含 まれる最
長 項 目 の長 さに合 わせて設 定 されます。
データのエクスポート
ChemFinder では、既 存 のデータベースからレコード をエクスポート して、新 しい SDFile、RDFile、ASCII テキスト 、または
MS Word 形 式 のファイルを作 成 することができます。テキスト ファイルはテキスト 形 式 (*.txt) で保 存 するか、ほとんどの表
計 算 ソフト ウェアで使 用 可 能 なカンマ区 切 り値 形 式 (*.csv) で保 存 することができます。ファイルをエクスポート すると、現
在 のヒット リスト に含 まれるすべてのレコード がエクスポート されます。エクスポート するフィールド を、チェック リスト に含 めた
り、チェック リスト から除 外 したりできます。
Data Export ダイアログ ボックスは Data Import ダイアログ ボックスと似 ていて、ファイル名 の指 定 、ファイルの種 類 の選
択 、およびエクスポート するフィールド の選 択 を行 うオプションが表 示 されます。既 存 のファイルに保 存 する場 合 、既 に保
存 されているレコード を置 換 するか、既 存 のレコード に追 加 するかを指 定 できます。
このダイアログ ボックスの Text Options タブには、テキスト ファイルのエクスポート と構 造 化 テキスト のエクスポート の両 方 に
関 係 するオプションが含 まれています。また、Oracle サブフォーム データに関 するオプション (Prefix output filenames) や、
現 在 のタブ上 のフィールド のみを選 択 するオプション (タブ付 きの ChemBioFinder 13.0 フォームの場 合 ) もあります。
第 7 章: データのインポート およびエクスポート
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ファイルにエクスポート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Export サブメニューから、出 力 ファイルの種 類 を選 択 します。Data Export ダイアログ ボックスが表 示 さ
れます。
2. ファイルの名 前 とパスを入 力 して File をクリックし、既 存 のファイルを参 照 します。
3. エクスポート するフィールド を選 択 または選 択 解 除 します。
4. Text Options タブをクリックして適 切 なオプションを選 択 します。
注: Comma delimited を選択しただけではファイルの種類が設定されません。テキスト (*.txt) ファイルはタブ区切りかカンマ区
切りのどちらかを使用できます。カンマ区切り値 (*.csv) 形式でエクスポートするには、ファイルに正しい拡張子の名前を付ける
必要があります。ファイル名を入力するか、Save As ダイアログ ボックスでファイルの種類を選択します。
5. Export をクリックします。ファイルがエクスポート されます。
構造式の保存
構 造 式 の保 存 は、構 造 式 のエクスポート に似 ていますが、より簡 単 に実 行 できます。
表 示 された構 造 式 を保 存 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 ボックス内 を右 クリックし、コンテキスト メニューの Save Structure をクリックします。Save As ダイアログ ボックス
が表 示 されます。
2. 保 存 先 のディレクト リを選 択 します。
3. ファイル名 を入 力 し、ファイル形 式 を選 択 します。
4. Save をクリックします。
構 造 式 が指 定 したファイルに保 存 されます。これらのファイルは、指 定 したファイル形 式 をサポート するすべてのアプリケー
ションで読 み込 むことができます。
注 : 前 述 した種 類 のほとんどのファイルを保 存 するには、ChemDraw ActiveX Control Pro が必 要 です。
構造式のコピーと貼り付け
構 造 式 をコピーして、ChemBioDraw または ISIS/Draw に貼 り付 けることができます。また、Copy As コマンド を使 用 し
て構 造 式 をテキスト 文 字 列 としてコピーすることもできます。
構 造 式 の Copy As コマンド には 3 つのオプションがあります。
Name コマンド は CS Struct=Name™ ユーティリティを呼 び出 します。Struct=Name により、適 切 な CIP 立 体 化 学 構
造 記 述 子 を使 った体 系 名 が生 成 されます。
SMILES コマンド は SMILES 文 字 列 を作 成 します。SMILES 文 字 列 は、化 学 構 造 式 を 1 行 のテキスト で表 すため
の標 準 的 な方 法 です。多 くのソフト ウェアで、化 学 構 造 式 データの入 力 と保 存 に SMILES 文 字 列 が使 われていま
す。
InChI™ コマンド は、CambridgeSoft の実 装 による IUPAC InChI™ アルゴリズムを呼 び出 します。InChI™ アルゴリズム
では、化 学 構 造 式 を受 け取 って英 数 字 の文 字 列 に変 換 します。InChI™ アルゴリズムの重 要 な特 徴 は、生 成 され
る文 字 列 と構 造 式 の描 画 方 法 との間 に直 接 的 な関 係 性 がない点 です。これにより、同 じ化 学 式 を表 すさまざまな
構 造 式 表 現 について、一 貫 した英 数 字 表 現 を生 成 できます (正 準 化 )。
第 7 章: データのインポート およびエクスポート
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注: InChI™ は、International Union of Pure and Applied Chemistry の登録商標です。ChemBioFinder 13.0 内の InChI™
マテリアルは、© IUPAC 2008 です。
これら 3 つのコマンド は、データをクリップボード に配 置 し、他 のアプリケーションにコピーできる状 態 にします。
構 造 式 を名 前 または InChI™ 文 字 列 としてコピーするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 構 造 式 ボックス内 をクリックして選 択 します。
2. 右 クリックし、サブメニューで、Copy As、Name または Copy As、InChI を選 択 します。
3. コピーしたデータを他 のアプリケーションに貼 り付 けるには、Ctrl + V キーを押 すか、Edit メニューの Paste をクリックしま
す。
ASCII ファイルのエクスポート
区 切 り形 式 のテキスト ファイルは、化 学 用 以 外 の多 くのアプリケーションで使 用 されている汎 用 的 なファイル形 式 です。
このファイル形 式 では、レコード は 1 行 に 1 つずつ記 述 され、レコード 内 の各 フィールド はタブやカンマなどの区 切 り文 字
で区 切 って、左 から右 に並 べられます。各 レコード は、キャリッジ リターン コード で区 切 られます。ChemBioFinder 13.0 を
使 うと、さらに、すべてのフィールド の名 前 を含 むヘッダー行 をファイルの先 頭 に追 加 することもできます。また、既 存 のテキ
スト ファイルにレコード を追 加 することや、レコード を上 書 きすることもできます。
ChemBioFinder 13.0 によって保 存 された区 切 り形 式 のテキスト ファイルを、スプレッド シート や外 部 データベース システム
など他 のアプリケーションにインポート することもできます。スプレッド シート にエクスポート する場 合 は .csv ファイル形 式 を
選 択 し、一 般 のアプリケーションにエクスポート する場 合 は .txt 形 式 を選 択 します。
注 : 区 切 り形 式 のテキスト ファイルでは、構 造 式 は自 動 的 に SMILES 文 字 列 としてエクスポートされます。
Word ファイルのエクスポート
MS Word にエクスポート する手 順 は、他 のエクスポート オプションに似 ていますが、次 の点 が異 なるので注 意 してくださ
い。
Word へのエクスポート は、他 の形 式 へのエクスポート に比 べてかなり長 い時 間 がかかります。そのため、このオプション
は短 めのヒット リスト に対 してのみ使 用 することをお勧 めします。
構 造 式 フィールド をエクスポート から除 外 すると、エクスポート の処 理 時 間 を短 縮 することができます。
構 造 式 は OLE オブジェクト としてエクスポート され、Word 内 で ChemBioDraw コント ロールを使 って編 集 できます。
誤 って大 きなデータベースのエクスポート を開 始 してしまった場 合 には、ChemBioFinder 13.0 のウィンド ウに移 動 して
Esc キーを押 すことにより、エクスポート 処 理 を中 止 できます。
SDFile へのエクスポート
SDFile にエクスポート する場 合 は、サブフォーム フィールド を含 めてエクスポート できます。各 サブフォーム フィールド
は、SDFile の別 々 のレコード にエクスポート されますが、個 別 のサブフォーム レコード は、1 つの複 数 行 テキスト ブロックに
連 結 されます。
サブフォームをエクスポート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File>Export>SDFile の順 に選 択 します。Data Export ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Text Options タブをクリックし、Export subform data チェック ボックスをオンにします。
第 7 章: データのインポート およびエクスポート
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ChemBioFinder 13.0
3. Export タブに戻 ります。Data Fields テーブルの Field 列 では、すべてのサブフォーム フィールド 名 の横 にあるチェック
ボックスがオンになっています。エクスポート から除 外 したいサブフォーム フィールド がある場 合 は、そのフィールド の
チェック ボックスをオフにします。また、エクスポート に含 めたいメイン フォーム フィールド がある場 合 は、そのフィールド の
チェック ボックスをオンにします。
4. Export をクリックします。
注 : このタイプのフィールド を再 インポートしても、元 のデータベースは再 生 成 されません。データは元 に戻 りますが、元
のサブテーブルやサブフォームには入 りません。これを行 う必 要 がある場 合 は、cfxml 形 式 のファイルにエクスポートし
ます。
SDFile にエクスポート するときに、既 存 の SD ファイルのレコード に追 加 することも、レコード を上 書 きすることもできます。
このオプションを選 択 できるのは、SD ファイルおよび区 切 り形 式 のテキスト ファイルにエクスポート する場 合 のみです。
印刷
データベースの全 体 または一 部 分 を印 刷 することができます。
データベースを印 刷 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 印 刷 の前 に、テーブル ビューとフォーム ビューのどちらを印 刷 するかを決 めます。ChemBioFinder 13.0 を適 切 なビュー
に切 り替 えます。
2. File メニューの Print Setup をクリックします。
3. Print Setup ダイアログ ボックスで、必 要 に応 じてプリンタ、用 紙 サイズ (既 定 値 は US Letter)、用 紙 の向 きを設 定 し
ます。OK をクリックします。
ヒント: このダイアログ ボックスの設 定 はページ設 定 に影 響 を与 えるので、先 にこの設 定 をすることをお勧 めします。
4. File メニューの Page Setup をクリックします。
5. Page Setup ダイアログ ボックスで、余 白 と単 位 (cm/inch)、レイアウト などのオプションを設 定 します。
Header オプションをオンにすると、ページ上 部 にファイル パスが印 刷 されます。
Footer オプションをオンにすると、ページ下 部 に日 付 、時 刻 、レコード 番 号 が印 刷 されます。
OK をクリックします。
6. File メニューの Print Preview をクリックします。
7. File メニューの Print をクリックします。Print ダイアログ ボックスが表 示 されます。
8. 印 刷 範 囲 と印 刷 部 数 を設 定 します。既 定 値 以 外 のプリンタを選 択 することもできます。
注: ChemBioFinder 13.0 は、既定値では 1 枚のページを印刷します。これは、"Selection" というラベルの付いたオプションに
よって指示されます。たとえば、フォーム ビューを印刷するときに Page Setup ダイアログ ボックスで 1 ページに 3 つというレイアウ
トを設定していた場合は、選択されているレコード とそれに続く 2 つのレコード が印刷されます。1 ページに 1 つというレイアウト
(既定値) の場合は、選択されているレコード だけが印刷されます。サブフォームが選択されている場合は、そのサブフォームが
関連付けられているレコード 全体が印刷されます。
9. OK をクリックします。
第 7 章: データのインポート およびエクスポート
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ChemBioFinder 13.0
クエリ
データベースを検 索 するには、任 意 のフィールド またはフィールド の組 み合 わせに対 してクエリを実 行 します。クエリには化
学 構 造 式 やテキスト を指 定 できます。テキスト または数 値 を検 索 する場 合 は、ワイルド カード を使 用 することや、数 値 の
範 囲 を指 定 することができます。構 造 式 を検 索 する場 合 は、構 造 式 の一 部 または全 体 で検 索 することも、完 全 一
致 、類 似 性 、または互 変 異 性 を検 索 することも、立 体 化 学 構 造 の一 致 方 法 を指 定 することもできます。また、テキスト
検 索 または数 値 検 索 と構 造 式 検 索 を組 み合 わせることも可 能 です。Find Structure コマンド を使 うと、重 複 、エラー、
同 位 体 ラベルなどの特 殊 な構 造 式 検 索 を実 行 できます。
この章 では、さまざまな種 類 の検 索 について、および検 索 の設 定 と管 理 の方 法 について説 明 します。また、高 度 な検
索 の手 法 も最 後 に紹 介 します。
テキスト 検 索
ChemBioFinder 13.0 では、任 意 の英 数 字 フィールド からテキスト 文 字 列 を検 索 できます。たとえば、テキスト 検 索 を使
用 して、化 学 名 や、参 照 フィールド 内 のコメント を検 索 できます。
テキスト 検 索 のクエリは、ChemBioFinder 13.0 によって解 釈 され、SQL (Structured Query Language) としてリレーショナ
ル データベースに渡 されます。
テキスト 検 索 には次 の規 則 が適 用 されます。
完 全 一 致 検 索 を用 いずに通 常 のテキスト フィールド またはメモ フィールド を検 索 する場 合 、普 通 のテキスト 文 字 列
は "前 方 一 致 検 索 " と解 釈 されません。よって文 字 列 の両 端 にアスタリスクが自 動 的 に追 加 され、指 定 した検 索 文
字 列 が含 まれるすべての文 字 列 がヒット します。そのため「benz」という入 力 は「*benz*」に変 換 され、benzene や flurobenzene などの結 果 が返 されます。
ワイルド カード を用 いて通 常 のテキスト フィールド またはメモ フィールド を検 索 する場 合 、検 索 文 字 列 は "前 方 一 致
検 索 " と解 釈 されます。そのため「benz*」という検 索 文 字 の指 定 は前 方 一 致 検 索 と解 釈 され、「benz」で始 まるすべ
ての文 字 列 がヒット します。
テキスト 文 字 列 にはワイルド カード やブール演 算 子 を含 めることができます。標 準 のワイルド カード は、% と * です。どち
らもすべての文 字 列 に一 致 します。これ以 外 のワイルド カード も使 用 できます。ワイルド カード を指 定 した場 合 は、上
記 の既 定 値 が無 効 になります。
注: メモ フィールド でワイルド カード または "=" を使うと、予期しない結果が生じることがあります。これは、メモ フィールド にはテキ
ストを取り巻く書式設定情報が含まれる場合があるためで、 benz* などの検索を行ってもヒットしないことがあります。ただ
し、 *benz* のように指定すれば、メモ フィールド でも標準テキスト フィールド と同じ結果が得られます。
Search Preferences ダイアログ ボックスのチェック ボックスでは、完 全 一 致 を指 定 することができます。このチェック ボック
スをオンにしたときは、クエリ対 象 がより大 きな文 字 列 の一 部 としてではなく、完 全 な単 語 としてヒット に含 まれている
必 要 があります。
ブール演 算 子 には、 NOT、 OR、および AND があります。これらの演 算 子 は、単 一 のフィールド 内 で複 数 の検 索 文 字
列 を組 み合 わせて指 定 するときに使 います。
ヒント: 空 のフィールド を検 索 する場 合 は、 NOT* を使 用 します。
次 にクエリの例 を示 します。
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
入力例
ヒット 例
benz
Benzene、Benzoic acid
benz OR
*bromo*
Benzene、Benzoic acid、Bromobenzene、Dibromobenzene
ヒット しない
例
Bromobenzene
Azobenzene
Benzoic
acid、-
=benzene
Benzene
Benzened6
、Bromobenzene
数値検索
数 値 検 索 を使 用 して、沸 点 や分 子 量 などの特 性 に関 する情 報 を検 索 します。数 値 クエリでは、10 進 数 値 または 10
進 数 値 の範 囲 を指 定 できます。単 一 の値 を入 力 した場 合 は、有 効 桁 数 に応 じて検 索 精 度 が決 定 されます。四 捨
五 入 してクエリの値 に一 致 する値 はすべてヒット と見 なされます。範 囲 を入 力 する場 合 は、ハイフンで区 切 った 2 つの値
を入 力 します。
次 に数 値 クエリの例 を示 します。
入力例
ヒット 例
90
89.5 以 上 90.5 未 満 の値
90.1
90.05 以 上 90.15 未 満 の
値
90–100
90 以 上 100 以 下 の値
>=90 and <=100
90 以 上 100 以 下 の値
>90 and <100
90 より大 きく 100 より小 さ
い値
分子式検索
分 子 式 検 索 を使 うと、分 子 の化 学 量 を検 索 できます。 検 索 は、包 含 的 、完 全 一 致 (等 号 記 号 を使 用 ) または指 定
した元 素 の範 囲 を使 って行 うことができます。
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
ChemBioFinder 13.0 では、A、Q、X、M など特 殊 な原 子 を基 にした分 子 式 検 索 を実 行 できます。これらの原 子 タイプ
の定 義 は重 複 していることがあります。 たとえば、構 造 式 BiCl3 はクエリ AX3 でもクエリ A4 でもヒット します。 しかし、た
とえ A に一 致 する原 子 が 4 つと X に一 致 する原 子 が 3 つあったとしても、クエリ A4X3 ではヒット しません。
次 の表 は、クエリの例 を示 しています。
入力例
ヒット 例
炭 素 6 個 と水 素 原 子 6 個 を
C6H6
持 ち、さらに他 の元 素 (いくつ
でもよい) を含 む化 合 物 。
炭 素 6 個 と水 素 原 子 6 個 を
=C6H6
持 ち、他 の元 素 を含 まない
化合物。
炭 素 6 個 を持 ち、窒 素 は持
C6N0
たず、さらに他 の元 素 (いくつ
でもよい) を含 む化 合 物 。
炭 素 6 と窒 素 1 ～ 3 を持 つ
C6 N1-3
化 合 物 (他 の元 素 を持 つ化
合 物 もヒット します)。
分 子 式 のクエリでは、元 素 記 号 と元 素 の個 数 、または元 素 の個 数 の範 囲 を指 定 します。
クエリには次 の規 則 が適 用 されます。
元 素 記 号 の文 字 数 は、1 もしくは 2 文 字 とします。 記 号 は大 文 字 でも小 文 字 でも指 定 できます。あいまいな点 が
ある場 合 は、245 ページの 「分 子 式 の入 力 規 則 」 に示 す規 則 に従 って自 動 的 に解 釈 されます。
元 素 記 号 にあいまいな点 がある場 合 には、元 素 記 号 の大 文 字 と小 文 字 を正 確 に区 別 し、記 号 と記 号 の間 にス
ペースを挿 入 します。
周 期 表 を使 って分 子 式 を入 力 するようにします。 詳 細 については、211 ページの 「周 期 表 」 および245 ページの 「分
子 式 の入 力 規 則 」 を参 照 してください。
元 素 数 には、整 数 または整 数 の範 囲 を指 定 します。範 囲 を指 定 するには、数 字 と数 字 の間 をハイフンで区 切 りま
す。 元 素 数 を省 略 した場 合 は、1 と解 釈 されます。
=C6H6 のように分 子 式 クエリの先 頭 に = を指 定 すると、クエリに指 定 した元 素 のみで構 成 される完 全 に一 致 する式
を検 索 します。 = が指 定 されていなければ、部 分 一 致 検 索 と解 釈 され、他 の元 素 が含 まれる式 もヒット します。
同 じ元 素 記 号 を繰 り返 すことができます。 たとえば、「CH3CH3」と入 力 すると、 C2H6 と解 釈 されます。
注: 分子式検索では、化学構造の違いは無視されます。 たとえば、ジメチルエーテルとエチルアルコールは、ともに C2H6O とい
う分子式で表すことができるため、クエリに CH3CH2OH と指定した場合には、この 2 種類の化合物がヒットすることになりま
す。
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
かっこを使 って元 素 の集 合 を表 し、その数 を指 定 することもできます。 たとえば、「(CH2)3」と入 力 すると、 C3H6 と解 釈
されます。
かっこを除 くスペースや半 角 英 数 字 以 外 の文 字 はすべて無 視 されます。
日付検索
日 付 検 索 を使 用 して、個 々 の反 応 が生 じた日 付 や、薬 品 の購 入 履 歴 などを調 べることができます。
日 付 範 囲 を指 定 するには、範 囲 の下 限 と上 限 の間 にハイフンを入 力 します。 また、不 等 号 (<、>) と AND 演 算 子 を
組 み合 わせて範 囲 を指 定 することもできます。
日 付 は、Windows のコント ロール パネルの「地 域 のオプション」で設 定 した形 式 で表 示 されますが、その形 式 で入 力 す
る必 要 はありません。
次 の表 は、クエリの例 を示 しています。
入力例
ヒット 例
Apr 11, 1971
1971 年 4 月 11 日 のみ
March 31, 1971July 1, 1971
>4/ 11/71,
>=4/11/71
1971 年 4 月 1 日 から
1971 年 6 月 30 日 までの
すべての日 付
1971 年 4 月 11 日 の当 日
および以 降 のすべての日
付
Find list
Find List コマンド を使 って、構 造 式 以 外 のフィールド に特 定 の値 を持 つレコード を取 り出 します。
Find List ボックスにパラメータを入 力 する際 は、次 の点 に注 意 してください。
検 索 する列 が整 数 である場 合 には、ハイフンを使 用 してその範 囲 を指 定 します。
検 索 する列 が数 値 型 またはテキスト 型 である場 合 、ハイフンは使 用 できません。完 全 一 致 を検 索 する必 要 がありま
す。
注: 部分テキスト (ワイルド カード 検索) を使用して、レコード のリストまたはある範囲の数値を検索するには、対象フィールド で
検索を実行してください。
検 索 する列 がテキスト である場 合 には、カンマを含 む項 目 を引 用 符 で囲 みます。たとえば、 「1,2-Pyran」 は "1,
2-Pyran" と入 力 します。
リスト をテキスト ファイルで保 存 して、後 で File を使 用 して呼 び出 すことができます。
リスト を検 索 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Search メニューの Find List をクリックします。Find List ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Column メニューでフィールド を選 びます。
3. フィールド パラメータのリスト を Find List ボックスに貼 り付 けるか、入 力 します。
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ChemBioFinder 13.0
4. OK をクリックします。一 致 するレコード のリスト が取 得 されます。
構造式検索
ChemBioFinder 13.0 のデータベースでは、部 分 構 造 式 クエリまたは完 全 構 造 式 クエリを検 索 できます。検 索 を絞 り込
むには、ChemBioDraw のクエリ機 能 を使 用 します。これらは、『ChemBioDraw ユーザーズ ガイド 』および本 マニュアル
の227 ページの 「構 造 式 クエリの機 能 」 に記 載 されています。
ChemBioFinder 13.0 は、次 の 3 つの方 法 で構 造 式 を照 合 します。
検 索 タイプ (標 準 /完 全 一 致 /類 似 )
構 造 式 モード (部 分 構 造 式 または完 全 構 造 式 )
互変異性
図 8.1: 構 造 式 検 索 ツリー
検索タイプ
ChemBioFinder 13.0 の構 造 式 検 索 には次 の 3 つの検 索 タイプがあります。
標準
完全一致
類似
標 準 検 索 と類 似 検 索 には、完 全 構 造 式 と部 分 構 造 式 の 2 つのモード があります。標 準 検 索 と完 全 一 致 検 索 では、
互 変 異 性 も検 索 できます。
標準検索
標 準 検 索 は、クエリを含 む構 造 式 (部 分 構 造 式 ) またはクエリに一 致 する構 造 式 (完 全 構 造 式 ) を検 索 します。構 造
式 のクエリを描 画 するときに、原 子 リスト や各 種 結 合 タイプを指 定 すると、より詳 細 な検 索 または幅 広 い検 索 ができま
す。また、Preferences ダイアログ ボックスの Details タブでオプションを選 択 し、標 準 検 索 の結 果 を変 更 することもでき
ます。
クエリに指 定 する構 造 式 は、ヒット リスト で一 致 がわかりやすいように赤 で強 調 表 示 されます。
完全一致検索
完 全 一 致 検 索 (同 一 性 検 索 とも呼 ばれます) は、化 合 物 登 録 で使 用 することを目 的 としており、クエリ対 象 の化 合 物
と同 じ化 合 物 が既 にデータベース内 に存 在 するかどうかを確 認 する必 要 がある場 合 に使 用 します。立 体 化 学 構 造 、
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
電 荷 、同 位 体 も含 め、クエリに指 定 した構 造 式 と化 学 的 に一 致 する構 造 式 を検 索 します。完 全 構 造 式 モード 、立
体 化 学 構 造 の一 致 、その他 のオプション設 定 を個 別 に行 わなくて済 むので便 利 です。たとえば、クエリで R、A、Double-or-Aromatic などの一 般 的 な原 子 タイプと結 合 タイプを指 定 すると、一 般 的 なタイプが同 じ場 合 にのみ対 応 する
原 子 タイプと結 合 タイプが検 索 されます。つまり、"R" のラベルが付 いている原 子 をクエリに指 定 した場 合 、構 造 式 が一
致 するためには、対 応 する原 子 に "R" のラベルが付 いている必 要 があります。クエリの立 体 化 学 構 造 が指 定 されない
と、立 体 化 学 構 造 を指 定 しない構 造 式 だけが検 索 されます。完 全 一 致 検 索 で変 更 できる設 定 は、互 変 異 性 を柔
軟 にするかどうかのみです。
Preferences ダイアログ ボックスの Details タブは完 全 一 致 検 索 では使 用 できません。
類似検索
類 似 検 索 では、クエリに指 定 した構 造 式 と "類 似 " する構 造 式 を検 索 します。類 似 検 索 は、"ファジー" 方 式 で行 われ
ます。どのような場 合 に "類 似 している" のかは、分 野 ごとに解 釈 が異 なります。医 薬 品 アプリケーションであれば薬 物 の
吸 収 特 性 が重 要 です。毒 物 学 分 野 であれば代 謝 が重 要 になるでしょう。データベース クエリの場 合 、測 定 されるのは
官 能 基 の類 似 性 です。Tanimoto アルゴリズムという類 似 性 の定 量 的 尺 度 が計 算 されます。詳 細 については、247
ページの 「類 似 検 索 の規 則 」 を参 照 してください。
類 似 検 索 には、完 全 構 造 式 検 索 と部 分 構 造 式 検 索 があります。部 分 構 造 式 の類 似 検 索 では、類 似 しない点 が
他 にあってもヒット します。完 全 な構 造 式 の類 似 検 索 の検 索 結 果 には、同 じクエリで完 全 構 造 式 検 索 を実 行 した場
合 にヒット するすべての構 造 式 が必 ず含 まれます。さらに、通 常 は、これらの構 造 式 の他 に、類 似 する構 造 式 もヒット し
ます。そのため、類 似 検 索 は、おおまかな構 造 だけで、正 確 な構 造 がはっきりしない場 合 に便 利 です。
完 全 一 致 検 索 では一 致 する部 分 が強 調 表 示 されますが、類 似 検 索 では類 似 部 分 は強 調 表 示 されません。これ
は、類 似 検 索 では、特 定 の原 子 や結 合 が一 致 するかどうかを基 準 とするのではなく、あくまで全 般 的 な構 造 が類 似 し
ているかどうかを基 準 として構 造 式 が検 索 されるためです。
Preferences ダイアログ ボックスの Search Type タブのスライダを使 って、ヒット するために必 要 な類 似 の程 度 (0 ～ 100
%) を調 整 することができます。
構造式モード
構 造 式 モード とは、データベース内 の化 合 物 を検 索 する場 合 に、クエリに部 分 構 造 式 を指 定 するか完 全 構 造 式 を指
定 するかを示 すモード です。この場 合 、"完 全 構 造 式 " は "完 全 一 致 " ではないので注 意 してください。"完 全 一 致 " 検
索 タイプを指 定 すると必 ず完 全 構 造 式 モード になりますが、3 つの検 索 タイプのいずれを指 定 しても完 全 構 造 式 モード
は選 択 できます。詳 細 については、105 ページの 「完 全 構 造 式 検 索 」 と103 ページの 「完 全 一 致 検 索 」 を参 照 してく
ださい。
部分構造式検索
部 分 構 造 式 検 索 では、クエリの部 分 構 造 式 と空 いている配 位 に結 合 を持 った構 造 式 がすべてヒット します。これは既
定 値 の検 索 モード です。部 分 構 造 式 は、ヒット リスト に赤 で強 調 表 示 されます。ChemDraw ActiveX ツールバー を使
うと、原 子 リスト や各 種 結 合 タイプなどを指 定 して、より詳 細 な検 索 または幅 広 い検 索 ができます。使 用 可 能 なクエリ
機 能 や、各 機 能 が検 索 に及 ぼす影 響 の詳 細 については、236 ページの 「検 索 範 囲 の変 更 」 を参 照 してください。
注 : ChemBioFinder 13.0 の部 分 構 造 式 検 索 では、対 象 分 子 における部 分 構 造 式 の方 向 や描 画 方 法 は考 慮 さ
れません。上 の例 で太 線 で示 された結 合 が、ChemBioFinder 13.0 の画 面 では赤 で強 調 表 示 されます。
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ChemBioFinder 13.0
完全構造式検索
完 全 構 造 式 検 索 では、クエリに完 全 に一 致 する構 造 式 を検 索 します。立 体 化 学 構 造 を指 定 しない場 合 、または一
般 的 な原 子 タイプや結 合 タイプのラベルを使 用 しない場 合 は、複 数 がヒット することがあります。データベースに重 複 する
構 造 式 がある場 合 も複 数 がヒット することがあります。詳 細 については、106 ページの 「立 体 化 学 構 造 」 と103 ページの
「完 全 一 致 検 索 」 を参 照 してください。
フラグメント 検索
部 分 構 造 式 の検 索 クエリに、複 数 の構 造 式 や構 造 式 のフラグメント を入 力 できます。Preferences ダイアログ ボックスの
Details タブで、対 象 の構 造 式 とオーバーラップするフラグメント を指 定 できます。
たとえば、Query fragments may overlap in target を選 択 して、次 に挙 げる部 分 構 造 式 のクエリを実 行 するとしま
す。
図 8.2: フラグメント クエリ
この場 合 、ヒット リスト には、次 の構 造 式 が含 まれます。
図 8.3: フラグメント クエリでヒットする物 質 の例
2 つのフラグメント で共 有 される原 子 が点 で表 されています。オーバーラップ オプションの選 択 を解 除 してクエリを実 行 する
と、ヒット リスト にこの分 子 は含 まれません。
注 : Query fragments may overlap in target オプションは、部 分 構 造 式 の検 索 モード の場 合 にのみ役 に立 ちま
す。
互変異性検索
互 変 異 性 検 索 では、単 結 合 と二 重 結 合 の位 置 がクエリと異 なるものも検 索 できます。原 子 タイプに加 え、互 変 異 性
形 式 の結 合 次 数 がクエリと一 致 するものがヒット します。どの互 変 異 性 体 が認 識 されるかは、一 定 範 囲 内 で制 御 され
ます。次 の形 式 の互 変 異 性 体 があるとします。
図 8.4: 互 変 異 性 構 造 式
この形 式 の互 変 異 性 体 は、X と Z の少 なくとも一 方 が炭 素 でなければ常 に認 識 されます。非 共 有 電 子 対 には、移 動
する陽 子 が含 まれる場 合 もあります。X と Z の両 方 が炭 素 である互 変 異 性 体 が含 まれる場 合 もあります。これらは構
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ChemBioFinder 13.0
造 式 の格 納 方 法 に影 響 するので、どれを選 択 するか、データベースの作 成 時 またはアップグレード 時 に決 めておく必 要
があります。
互 変 異 性 検 索 では、共 役 体 (共 鳴 構 造 ) も検 出 されます。現 在 は、シグマ結 合 の生 成 と開 裂 が関 与 する互 変 異 性
はサポート されていません。主 要 となるカテゴリは、(糖 の鎖 状 構 造 と環 状 構 造 の場 合 のような) 環 状 と鎖 状 の互 変 異
性 、および原 子 価 の互 変 異 性 です。
互 変 異 性 検 索 は、それ以 外 の検 索 より時 間 がかかりますが、二 重 結 合 の配 置 が多 少 異 なる可 能 性 がある場 合 に
役 立 ちます。
注 : データベースがインデックス化 されていないと、互 変 異 性 体 の検 索 に時 間 がかかる場 合 があります。
立体化学構造
構 造 式 検 索 では、立 体 化 学 構 造 を考 慮 するかどうかを指 定 できます。1 つまたはそれ以 上 の立 体 中 心 が与 えられて
いると、4 つの異 なる可 能 性 を保 存 できます。
与 えられている絶 対 的 立 体 配 置 。これを指 定 するには、中 心 が立 体 結 合 で描 画 され、構 造 式 全 体 が Abs (CHIRAL) としてマークされている必 要 があります。
描 画 された立 体 配 置 とそのミラー画 像 のラセミ混 合 。これは、上 のオプションのように描 画 されますが、 Abs (CHIRAL)
マークがありません。
マークされていない構 造 式 は不 明 の立 体 化 学 構 造 か、考 えられるすべての立 体 異 性 体 を表 します。
中 心 間 の指 定 の関 係 。つまり、既 知 の絶 対 的 立 体 配 置 ではなく、置 換 基 の既 知 の相 互 的 方 向 を指 定 しま
す。RTS を指 定 するには、標 準 のハッシュ結 合 やウェッジ結 合 ではなく、太 い立 体 結 合 で中 心 が描 画 されます。
Preferences ダイアログ ボックスの Search タブでこれらのオプションのチェック ボックスをオンにすると、クエリに指 定 したすべ
ての立 体 化 学 構 造 の情 報 に一 致 する構 造 がヒット します。検 索 オプションの変 更 方 法 の詳 細 については、115 ページ
の 「詳 細 検 索 オプションの設 定 」 を参 照 してください。
3D 特性
3D クエリは、一 連 のポテンシャル レセプタ配 位 子 など、原 子 と結 合 間 の特 定 の 3D 関 係 を探 す活 性 基 検 索 などで便
利 です。立 体 構 造 (線 、面 など) と制 限 (範 囲 指 定 ) をクエリを指 定 する構 造 式 に追 加 することで、ChemBioDraw Pro
で 3D クエリを作 成 できます。たとえば、2 つの原 子 の間 隔 を 4 ～ 5 Å、2 面 の角 度 を 80 ～ 100° などのように指 定 しま
す。ChemBioFinder 13.0 はこれらの特 性 を使 用 して絞 込 み検 索 を実 行 します。3D 特 性 を構 造 式 に追 加 する方 法 の
詳 細 については、『ChemBioDraw ユーザーズ ガイド 』を参 照 してください。
R-基による検索
ChemBioFinder 13.0 では、複 数 の R-表 を含 む、R-表 を使 ったクエリがサポート されています。ただし、多 数 の R-基 や多
数 の R-値 が含 まれるクエリを使 うことはお勧 めできません。ChemBioFinder 13.0 の前 処 理 によってクエリが拡 張 し、R基 テーブルからのすべての組 み合 わせが置 換 されるからです。
代替基
共 通 の部 分 構 造 式 を持 つ構 造 式 に対 しては、ペアレント 構 造 式 および可 変 の官 能 基 または部 分 構 造 式 を利 用 し
て単 一 のクエリを出 すことで複 数 のクエリに代 えることができます。ペアレント 構 造 式 は、定 義 した代 替 基 のリスト を参 照
する結 合 ポイント を使 って描 画 されます。
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ChemBioFinder 13.0
図 8.5: 代 替 基
代替基の定義
代 替 基 を定 義 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. クエリ アイコンをクリックして検 索 を開 始 します。
2. Structure ウィンド ウ内 を右 クリックし、Edit in ChemBioDraw をクリックします。ChemBioDraw の新 しいページが開 き
ます。
ヒント: ChemBioDraw を開 く必 要 があるのは、Structure ウィンド ウより広 いスペースが必 要 になるためです。
3. ペアレント 化 合 物 を描 画 します。
4. R などの総 称 ラベルを使 って、代 替 基 が付 加 される場 所 の原 子 にラベルを付 けます。
5. 代 替 基 クエリ ツールをクリックします。
6. ツールを使 ってページの空 いている部 分 でマウスをド ラッグし、代 替 基 を描 画 するのに十 分 な大 きさの領 域 を作 成 し
ます。
7. 代 替 基 タイト ル ボックスにタイト ルを入 力 します。このタイト ルは、ペアレント 構 造 式 の原 子 ラベルと一 致 させる必 要 が
ありますが、ここの例 では R としています。
図 8.6: 代 替 基 へのタイトルの追 加 : 1) タイトル ボックス
8. 代 替 基 ボックスに部 分 構 造 式 フラグメント を描 画 します。単 結 合 ツールを使 ってフラグメント を定 義 し、テキスト ツー
ル、原 子 ホット キー、またはニックネームを使 って各 変 数 の原 子 ラベルを作 成 します。
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ChemBioFinder 13.0
図 8.7: 代 替 基 の追 加
9. 結 合 ポイント を追 加 します。
a. 化 学 記 号 パレット にあるダイヤモンド 形 の結 合 ポイント ツールをクリックします。
b. 各 部 分 構 造 式 フラグメント の空 いている原 子 の位 置 をクリックします。
ヒント: 代 わりに、ホットキー "." (ピリオド ) を使 って結 合 ポイントを追 加 することもできます。
図 8.8: 完 成 した代 替 基 クエリ
注 : 上 記 の手 順 では、ペアレント構 造 式 を描 画 した後 で、R-基 テーブルを追 加 しています。実 際 には、この順 序 は
重 要 ではありません。先 に R-基 テーブルを作 成 してから、ペアレント構 造 式 を描 画 することもできます。いずれの場
合 も、構 造 式 の総 称 の原 子 ラベルが R-基 テーブルの基 のタイトルと一 致 するとすぐに、結 合 ポイント記 号 がペアレン
ト構 造 式 のラベルの横 に表 示 されます。
10.Ctrl + W キーを押 して ChemBioFinder 13.0 に戻 ります。構 造 式 と R-基 テーブルが Structure ウィンド ウに表 示 されま
す。
11.通 常 どおりにクエリを続 行 します。
反応検索
反 応 は検 索 および保 存 することが可 能 です。反 応 では、単 一 または複 数 の化 合 物 (反 応 物 ) が他 の化 合 物 (生 成
物 ) に変 換 されます。個 々 の反 応 物 (または生 成 物 ) の間 はプラス記 号 (+) で区 切 ります。反 応 物 と生 成 物 の間 は矢
印 (→ ) で区 切 ります。
反 応 が複 数 のステップからなることもあります。たとえば、
(A) → (B) → (C) → (D) のようになります。この場 合 、(A) が反 応 物 、(D) が生 成 物 、(B) と (C) が反 応 全 体 の中 間 生
成 物 となります。
複 数 ステップの反 応 は、実 際 には、関 連 する多 数 の反 応 を 1 つにまとめて示 したものと見 なすことができます。上 の例
の場 合 、(B) は反 応 全 体 の中 間 生 成 物 であると同 時 に、(C) または (D) を生 成 する反 応 物 でもあります。また (A) に対
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ChemBioFinder 13.0
しては生 成 物 でもあります。つまり、この反 応 には、
(B) → (D) や (A) → (B) などの多 数 の部 分 反 応 が含 まれていることになります。
反応中心
反 応 のうち、最 も重 要 な部 分 は、反 応 物 から生 成 物 に変 化 する部 分 です。この部 分 を反 応 中 心 と呼 びます。反 応
中 心 には、多 くの場 合 、複 数 の原 子 と結 合 が含 まれます。たとえば、下 の図 では、太 線 で示 された結 合 (およびその両
側 の 2 つの原 子 ) だけが反 応 中 心 となります。構 造 式 のその他 の部 分 はすべて、変 化 せずに、反 応 物 から生 成 物 にそ
のまま引 き継 がれます。
図 8.9: 反 応 中 心 の例
既 定 値 では、ChemBioFinder 13.0 の反 応 検 索 は、反 応 の中 心 に基 づいて行 われます。クエリのうち、反 応 の前 後 で
変 化 する原 子 および結 合 はすべて、検 索 対 象 の反 応 の中 心 とみなされます。
次 に例 を示 します。
次 の反 応 にヒット しません。
図 8.10: 反 応 中 心 が含 まれないのでクエリはヒットしない
Reaction query must hit reaction center がオンの場 合 、対 象 反 応 物 に C-F 結 合 が、対 象 生 成 物 に C-Cl 結 合 が
存 在 しますが、これらの結 合 は、実 際 に化 合 物 の別 の部 分 に影 響 を及 ぼす反 応 に関 与 していないからです。一
方 、Reaction query must hit reaction center のチェック ボックスをオフにすると、同 じクエリで上 の反 応 がヒット します。
反 応 のクエリを作 成 するときは、実 際 にどのような情 報 を探 したいのかを明 確 にすることが重 要 です。ここで、 n-デカナー
ルから n-デカノールへの変 換 を行 う場 合 について考 えてみます。
図 8.11: n-デカナールの還 元
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ChemBioFinder 13.0
この場 合 、実 際 に関 心 のある化 合 物 はこの 2 つだけかどうかを明 確 にする必 要 があります。たとえば、直 鎖 アルデヒド を
アルコールに変 換 するすべての反 応 について関 心 があるというケースも考 えられます。
図 8.12: 一 般 アルデヒド 還 元 クエリ
対 応 する n-オクタナール→ n-オクタノール反 応 はよく似 た条 件 下 で生 じるため、これについても検 索 の対 象 に含 めた方
が好 都 合 な場 合 があるでしょう。反 応 検 索 では、反 応 の中 心 以 外 の部 分 も少 し含 む部 分 構 造 式 クエリを使 用 する
と、効 率 的 に検 索 できることがよくあります。
注 : ChemBioFinder 13.0 には、結 合 と反 応 の中 心 の関 係 を正 確 に指 定 するためのクエリ属 性 がいくつか用 意 され
ています。これらの属 性 の詳 細 については、115 ページの 「詳 細 検 索 オプションの設 定 」 を参 照 してください。
原子対原子のマッピング
反 応 検 索 のもう 1 つの重 要 な機 能 として、原 子 対 原 子 反 応 マッピングがあります。ChemBioDraw でマップを指 定 し
て、反 応 に関 するデータの一 部 として保 存 できます。マップは、特 定 のタイプの構 造 式 を検 索 するために使 用 されます。
反 応 式 クエリにおける反 応 マップの使 用 の有 無 に関 わらず、原 子 対 原 子 マッピングは検 索 結 果 に影 響 しません。
単 純 なエステル化 反 応 について考 えてみます。
図 8.13: エステル化 の例
この場 合 、エステルの酸 素 が酸 とアルコールのいずれに由 来 するものかを調 べるには、原 子 対 原 子 反 応 マッピングによっ
て、個 々 の原 子 の移 動 経 路 を特 定 します。この反 応 では、実 際 には、エステルの酸 素 はアルコールに由 来 するため、
原 子 対 原 子 反 応 マッピングは下 の図 のようになります。
図 8.14: エステル化 の原 子 対 原 子 反 応 マッピング
矢 印 の左 右 にある番 号 を照 合 することによって、反 応 過 程 での原 子 の移 動 経 路 を確 認 することができます。一 方 、エ
ステルの酸 素 が酸 に由 来 する場 合 (実 験 では見 られない) の原 子 対 原 子 反 応 マッピングは下 の図 のようになります。
図 8.15: エステル化 の原 子 対 原 子 反 応 マッピングの別 の例
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
ChemBioFinder 13.0 では、原 子 対 原 子 マッピング情 報 によって、反 応 中 心 が決 定 されます。ChemBioFinder 13.0 で
は、一 部 の原 子 しかマッピングされていなければ、そのマッピング情 報 だけが使 用 され、他 の原 子 の特 定 の移 動 経 路 に
ついては考 慮 されません。たとえば、マッピングが不 明 な原 子 がある場 合 (またはマッピングを考 慮 しなくてよい原 子 があ
る場 合 )、それらの原 子 についてはマッピング情 報 を指 定 する必 要 がありません。
既 定 値 では、原 子 対 原 子 反 応 マッピングは ChemBioFinder 13.0 内 で表 示 されません。この表 示 をオンにするに
は、View メニューの Structure サブメニューで Atom-to-Atom Map を選 択 します。詳 細 については、207 ページの 「View
メニューによるオプションの変 更 」 を参 照 してください。
注 : ChemBioDraw で原 子 対 原 子 マッピングを指 定 する方 法 については、『ChemBioDraw ユーザーズ ガイド 』を参 照
してください。
反応物検索
反 応 物 検 索 は、特 定 の物 質 に注 目 し、その物 質 から生 成 される物 質 を調 べたいときに便 利 です。反 応 物 のクエリ
は、通 常 の反 応 検 索 とよく似 ています。ただし、矢 印 の右 側 を空 白 にしておく点 が異 なります。たとえば、次 のような反
応 物 のクエリを例 にとります。
図 8.16: 反 応 物 のクエリの例
部 分 構 造 式 検 索 の場 合 、このクエリでは、無 水 マレイン酸 または無 水 マレイン酸 部 分 構 造 式 を含 む化 合 物 が消 費 ま
たは変 換 されるすべての反 応 が検 索 されます。
生成物検索
生 成 物 検 索 は、特 定 の生 成 物 に注 目 し、その生 成 物 を得 るための方 法 を調 べたいときに便 利 です。生 成 物 のクエリ
は、通 常 の反 応 検 索 とよく似 ています。ただし、矢 印 の左 側 を空 白 にしておく点 が異 なります。たとえば、次 のような生
成 物 のクエリを例 にとります。
図 8.17: 生 成 物 のクエリの例
部 分 構 造 式 検 索 の場 合 、このクエリでは、バイシクロ [2.2.1] ヘプタンまたはこの部 分 構 造 式 を含 む化 合 物 が生 成 され
るすべての反 応 が検 索 されます。
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
中間生成物検索
中 間 生 成 物 検 索 は、特 定 の中 間 生 成 物 に注 目 し、その中 間 生 成 物 が含 まれる反 応 を検 索 したいときに便 利 で
す。中 間 生 成 物 のクエリは、通 常 の反 応 検 索 とよく似 ています。ただし、対 象 構 造 式 の両 側 に矢 印 を入 力 する点 が
異 なります。たとえば、次 のような中 間 生 成 物 のクエリを例 にとります。
図 8.18: 中 間 生 成 物 のクエリの例
このクエリでは、Ketene 構 造 式 の中 間 生 成 物 を含 むすべての反 応 が検 索 されます。
注 : ChemBioFinder 13.0 を使 って、反 応 の生 成 物 や中 間 生 成 物 を予 測 することはできません。これらの情 報 を検
索 できるのは、データベースに既 に登 録 されている場 合 だけです。
複合検索
構 造 式 検 索 とテキスト 検 索 を組 み合 わせると、特 定 の種 類 の化 合 物 を効 率 的 に検 索 できます。たとえば、名 前 が
mycin で終 わり、構 造 式 にフェニル環 が含 まれているすべての化 合 物 をデータベースから検 索 できます。複 合 検 索 の場
合 、複 数 のデータ ボックスにクエリを入 力 するため、複 数 のフィールド のデータ項 目 は、 AND 条 件 で処 理 されます。
複 合 検 索 を実 行 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 次 のいずれかの操 作 を行 ってフォームをクリアします。
Search メニューの Enter Query をクリックします。
Search ツールバーの Enter Query アイコンをクリックします。
2. 必 要 に応 じて、構 造 式 クエリを入 力 します。
3. 適 切 なボックスにテキスト クエリと数 値 クエリの両 方 または一 方 を入 力 します。
4. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Search メニューの Find をクリックします。
Search ツールバーの Find アイコンをクリックします。
複合検索の例:
CS_Demo データベース内 で、構 造 式 にベンゼン環 が含 まれ、 penicillin に関 連 する名 前 を持 つ分 子 をすべて検 索 しま
す。
1. Search メニューの Enter Query をクリックします。
2. ベンゼン環 を描 画 します。
3. Molname フィールド に 「*penicillin*」と入 力 します。
4. Search メニューの Substructure オプションが選 択 されていることを確 認 します。
5. Search メニューの Find をクリックします。
この例 では、名 前 に penicillin が含 まれ、構 造 式 に 6 個 の炭 素 原 子 からなる芳 香 族 環 を持 つ 2 件 の分 子 がヒット しま
す。
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
注 : 複 合 検 索 では、進 行 状 況 のレポートは、構 造 式 検 索 時 にのみ表 示 されます。画 面 の下 部 にあるカウンタの値
が増 加 しているときは、構 造 式 が検 索 されています。構 造 式 検 索 の最 中 に、Esc キーを押 して検 索 を中 止 すること
ができます。SQL 検 索 の最 中 は、Esc キーを押 しても検 索 を中 止 できません。
SQL 検 索
SQL (Structured Query Language) を使 うと、複 雑 な検 索 が実 行 できます。SQL 言 語 については、ここでは説 明 しませ
ん。
円 記 号 (\) で始 まるクエリは、直 接 SQL で書 かれたクエリとして認 識 され、SQL クエリの WHERE 句 として直 接 データ
ベースに渡 されます。これらのクエリには、SQL で指 定 されている列 名 や区 切 り記 号 を使 用 する必 要 があります。たとえ
ば、
\[molname] like 'benz*' and [bpoint] > 200 のように指 定 します。
直 接 SQL で書 かれたクエリは、構 造 式 以 外 のデータを含 むフォームの任 意 のボックスに入 力 できます。SQL クエリは、ク
エリが入 力 されたボックスには関 連 付 けられません。
クエリ手 順
検 索 を行 うには、次 の手 順 に従 ってください。
検 索 のオプションを設 定 します (構 造 式 検 索 のみ)。
フォームにクエリを入 力 します。
検 索 エンジンにクエリを発 行 します。
検 索 を行 うには、Search メニューまたは Search ツールバーの対 応 するツールを使 用 します。
図 8.19: Search ツールバー: 1) クエリの入 力 、2) 検 索 、3) 全 体 の表 示 、4) 現 在 の分 子 を検 索 、5) 前 回 のクエリ、6) リ
ストの保 存 、7) リストの再 表 示 、8) 前 回 のリストの再 表 示 、9) リストの検 索
次 の手 順 では、Search メニューを使 用 した検 索 について説 明 します。ほとんどの手 順 で、Search メニューの代 わりに
Search ツールバーを使 うこともできます。
検索オプションの設定
検 索 対 象 の構 造 式 の種 類 についてのオプションを設 定 できます。
検 索 の種 類 のオプションを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
1. Search メニューの Preferences を選 択 します。Preferences ダイアログ ボックスが表 示 され、Search Type タブが表
示 されます。
図 8.20: 検 索 オプション
2. 次 のうち、適 切 な操 作 を行 います。
目的
使 用 するオプ
ション
共 通 の構 造 式 コンポーネ
ント を持 つ構 造 式 を検
Substructure
索 する
特 定 の構 造 式 を検 索 す
る
クエリでさまざまな検 索 を
行う
正 確 な一 致 を検 索 する
Full Structure
Normal
Exact
Similar をク
リックして、類
似 の程 度 を設
クエリに類 似 した機 能 を
持 つ構 造 式 を検 索 する
第 8 章: クエリ
定 します。
注 : 値 を大
きくするほ
ど、ヒットが
少 なくなり
ます。
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目的
互 変 異 性 形 式 のクエリの
構 造 式 を検 索 する
互 変 異 性 形 式 を使 わず
に、描 画 された結 合 を検
索 する
使 用 するオプ
ション
Tautomeric
Non-tautomeric
3. OK をクリックします。
ヒント: 検 索 オプションを変 更 するのに、必 ずしも Preferences ダイアログ ボックスにアクセスする必 要 はありませ
ん。Search メニューを切 り替 えると、Substructure と Full Structure、Normal と Similarity の間 で切 り替 えることができ
ます。
詳細検索オプションの設定
各 検 索 の詳 細 についてのオプションを設 定 できます。
詳 細 検 索 オプションを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。Preferences ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Details タブをクリックします。Details タブが表 示 されます。
3. 次 のうち、適 切 な操 作 を行 います。
目的
使 用 するオプション
電 荷 を持 たない炭 素 以
外 の原 子 をクエリに指 定
した場 合 に、対 応 する原
子 が電 荷 を持 っている分
子 も検 索 対 象 に含 める。
注 : この設 定 にかかわ Hit any charge
らず、電 荷 を持 ってい on heteroatom
る原 子 をクエリに指 定
した場 合 は、常 に、
対 応 する原 子 が電 荷
を持 っている分 子 のみ
が検 索 対 象 となりま
す。
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
目的
使 用 するオプション
電 荷 を持 たない炭 素 原
子 をクエリに指 定 した場
合 に、対 応 する炭 素 原
子 が電 荷 を持 っている分
子 も検 索 対 象 に含 める。
注 : この設 定 にかかわ On carbon
らず、電 荷 を持 ってい
る原 子 をクエリに指 定
した場 合 は、常 に、
対 応 する原 子 が電 荷
を持 っている分 子 のみ
が検 索 対 象 となりま
す。
Permit extraneous fragments
に加 えて、分 子 フラグメン
in full structure
ト をヒット に含 める。
searches
クエリでヒット した構 造 式
Ignore salts and
solvents
塩 の状 態 や溶 媒 の設 定
Hit any charge
on heteroatom
のみに起 因 する相 違 は
On carbon
検 索 対 象 外 とする。
Permit extraneous fragments in full
structure
searches
クエリを実 行 したときに、
検 索 結 果 でフラグメント が Query fragments
オーバーラップ (1 つ以 上
can overlap in tarの原 子 を共 有 する) でき get
るようにする。
反 応 検 索 を行 うとき
に、クエリに入 力 した反
応 中 心 が検 索 結 果 の反
第 8 章: クエリ
Reaction query
must hit reaction
center
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目的
使 用 するオプション
応 中 心 と一 致 するように
設 定 する。このオプション
は、反 応 検 索 のみに適
用 される。
一 般 構 造 式 の検 索
で、クエリ内 に指 定 されて Generics hit only
いる構 造 式 以 外 のものが generics
含 まれないようにする。
完 全 な単 語 テキスト の一
致 を検 索 する。この
チェック ボックスをオンにし
Text: Match full
ないと、一 致 するすべての word only
テキスト フラグメント がヒッ
ト する。
クエリに指 定 した構 造 式
の立 体 化 学 構 造 と一 致
する立 体 化 学 構 造 を持
つ構 造 式 を検 索 する。
Match stereochemistry をク
リックし、How をク
リックして、立 体 化
学 構 造 がどのよう
に一 致 するかを指
定 する。
調整
Preferences ダイアログ ボックスの Tuning タブでは、特 殊 なクエリ条 件 を設 定 できます。このタブには、次 の設 定 を行 う
チェック ボックスがあります。
完 全 に一 致 する語 句
大 文 字 と小 文 字 を区 別 しない (Oracle 用 )
立 体 化 学 構 造 の一 致
既 定 値 では、Match Stereochemistry ボックスのみがオンになっています。下 記 の図 を参 照 してください。
第 8 章: クエリ
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立体化学構造検索オプションの設定
Stereochemical Search Preferences ダイアログ ボックスは、Preferences ダイアログ ボックスの Tuning タブから開 きま
す。
立 体 化 学 構 造 検 索 オプションを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。Preferences ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Preferences ダイアログ ボックスの Tuning タブで、How をクリックします。Stereochemical Search Preferences ダイア
ログ ボックスが表 示 されます。
図 8.21: 立 体 化 学 構 造 検 索 オプション
3. 四 面 体 の立 体 中 心 の検 索 を設 定 します。
第 8 章: クエリ
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クエリ内 に指 定 した四
面 体 の立 体 中 心 の検
索条件
操作
完 全 に一 致 する構 造
Tetrahedral
stereo center hits
式 を検 索 する。
で Same をクリックす
る。
構 造 式 の中 心 で同 一
または反 対 の立 体 配
Tetrahedral
stereo center hits
置 をもつ構 造 式 を検
で Either をクリック
索 する。
する。
一 致 するすべての構 造
Tetrahedral
stereo center hits
式 を検 索 する。
で Any をクリックす
る。
中 心 間 の相 対 関 係 を
検 索 する。
Thick bonds represent relative
stereochemistry
をクリックする。
注: Thick bonds represent relative stereochemistry チェック ボックスがオフの場合 (既定値)、太線結合をハッシュ/ウェッジ
結合と置き換えることができます。このボックスをオンにして、Tetrahedral stereo center hits を Same に設定した場合、太線
結合でマークされたクエリを実行すると、中心間に同じ相対関係を持つ構造式だけが検索されます。
4. 二 重 結 合 の検 索 を設 定 します。
クエリに指 定 した二
重 結 合 の立 体 配 座
の検 索 条 件
完 全 に一 致 する構
造 式 を検 索 する。
操作
Double bond hits
の Same をクリックす
る。
立 体 配 置 が一 致 す
Double bond hits
るすべての構 造 式 を
の Any をクリックす
検 索 する。
る。
5. OK をクリックします。
第 8 章: クエリ
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クエリ モード に入る
フォームをクリアしてクエリ モード に入 るには、次 の操 作 を行 ってください。
Search メニューの Enter Query をクリックします。クエリ モード に切 り替 わります。
クエリ モード では、次 の項 目 が表 示 されます。
フォームの背 景 色 が変 化 します。
ステータス バーに、QRY が表 示 されます。
データ入 力 が許 可 されていないフォーム ボックスがクエリを入 力 できるように編 集 可 能 になります。
ボックスを表 示 するように属 性 が設 定 されている場 合 は、フォーム ボックスが表 示 されます。詳 細 については、45 ペー
ジの 「データ ボックスの非 表 示 」 を参 照 してください。
クエリの入力と実行
クエリを入 力 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 検 索 するフィールド の上 にカーソルを置 いて、クリックしてフィールド を選 択 します。
2. データ ボックスにクエリを入 力 します。
3. Query Mode ボックスの Search をクリックします。 ヒット 数 は、ウィンド ウの右 下 のステータス バーに表 示 されます。
注 : 検 索 の結 果 1 件 もヒットしなかったり、エラーが発 生 した場 合 は、警 告 が表 示 されます。この場 合 、クエリ モード
に戻 って別 のクエリを入 力 するか、現 在 のクエリを変 更 します。
ヒット リスト は、完 全 なデータベースのサブセット にあたるので、 通 常 のデータベースの閲 覧 と同 じように、Record メニュー
またはツールバーの各 コマンド を使 って閲 覧 できます。
たとえば、ヒット リスト に含 まれるレコード をテーブル形 式 で表 示 するには、次 の操 作 を行 います。
View メニューの Data Table をクリックします。
検索の中止
構 造 式 の検 索 中 に検 索 を中 止 するには、Esc キーを押 します。クエリが中 止 され、閲 覧 モード に戻 ります。
注 : この方 法 で中 止 できるのは、構 造 式 データに関 するクエリ (構 造 式 、分 子 式 、および分 子 量 の検 索 ) だけで
す。SQL 検 索 や、構 造 式 以 外 のデータに関 する検 索 は、この方 法 で中 止 することはできません。
絞 り込 み検 索
1 つ以 上 のレコード を含 むヒット リスト を絞 り込 み検 索 するには、データベース全 体 でなく、ヒット リスト のみを検 索 する設
定 にします。
絞 り込 み検 索 を実 行 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Search メニューの Over Current List メニュー オプションが選 択 されていることを確 認 します。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Search メニューの Enter Query をクリックします。
Search ツールバーの Enter Query アイコンをクリックします。
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
ChemBioFinder 13.0 によって、以 前 に検 索 されたヒット リスト が対 象 として検 索 されます。検 索 の結 果 、1 件 もヒット し
なかった場 合 はメッセージが表 示 され、データベース全 体 を検 索 するかどうかを選 択 できます。
Over Current List スイッチがオンになっていると、各 検 索 で現 在 のリスト の絞 り込 みが行 われます。Retrieve All コマンド
を使 用 してリセット します。"戻 る" ボタンのような動 作 をする Restore Previous List コマンド も使 用 できます。Restore
Previous List を使 うと、Retrieve All の結 果 も含 めて 1 つ前 の履 歴 に戻 ります。
構造式クエリの入力
構 造 式 のクエリを開 始 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 次 のいずれかの操 作 を行 ってフォームをクリアします。
Search メニューの Enter Query をクリックします。
Search ツールバーの Enter Query アイコンをクリックします。
2. 次 のいずれかの操 作 を行 って、データ ボックスに構 造 式 を入 力 します。
構 造 式 ボックス内 をダブルクリックし、ChemBioDraw コント ロールで編 集 します。
右 クリックして Edit in ChemBioDraw をクリックします。
右 クリックして、Read Structure を使 って既 存 の分 子 ファイルをオープンします。
Edit メニューの Paste を使 って、クリップボード から構 造 式 を挿 入 します。
3. Search メニューの Preferences をクリックします。
4. Search Type タブをクリックします。
5. 適 切 なオプションを選 択 します。オプションで、Details タブからも適 切 なオプションを選 択 します。
6. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Search メニューの Find をクリックします。
Search ツールバーの Find アイコンをクリックします。
検 索 の進 行 状 況 は、ステータス バーのカウンタに表 示 されます。検 索 が完 了 すると、フォームには最 初 のヒット 項 目 が表
示 されます。この状 態 では、検 索 でヒット したレコード しか閲 覧 できません。標 準 検 索 または一 致 検 索 の場 合 、各 分 子
の構 造 式 の中 でクエリに一 致 する部 分 が赤 で強 調 表 示 されます。検 索 の結 果 1 件 もヒット しなかった場 合 は、クエリ
モード に戻 ります。
ヒント: 強 調 表 示 の色 は Preferences ダイアログ ボックスで変 更 できます。たとえば、強 調 表 示 を行 わないようにする
には、強 調 表 示 色 に黒 を選 択 します。詳 細 については、205 ページの 「色 の設 定 」 を参 照 してください。
現在の分子をクエリとして使用
データベースの閲 覧 中 、画 面 に表 示 されている構 造 式 をクエリに使 って構 造 式 検 索 ができます。このような検 索 では、
通 常 は、前 述 の類 似 検 索 または部 分 構 造 式 検 索 を使 用 します。
現 在 の分 子 をクエリとして使 用 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Record メニューのコマンド を使 って、クエリとして使 用 する構 造 式 が含 まれているレコード に移 動 します。
2. Search メニューの Current Mol As Query をクリックします。
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
フォーム上 にある構 造 式 以 外 のボックスがすべてクリアされ、画 面 上 の分 子 をクエリの一 部 として使 用 できます。これによ
り、構 造 式 を最 初 から描 画 したときと同 じようにクエリの操 作 を実 行 できます。
表示中の分子の検索
Search メニューおよび Search ツールバーの Find Current Molecule コマンド には、前 述 の Current Mol As Query コマンド
とよく似 た機 能 があります。データベースの閲 覧 中 、関 心 のある分 子 が見 つかった場 合 などに、関 連 する別 のレコード を
検 索 できます。
Find Current Molecule コマンド を使 うと、現 在 フォームに表 示 されている構 造 式 を使 って、迅 速 に構 造 式 が検 索 できま
す。ただし、この機 能 では他 の検 索 語 句 を入 力 することはできません。検 索 方 法 (完 全 な構 造 式 または部 分 構 造 式
の検 索 、一 致 検 索 または類 似 検 索 ) は、Search メニューで選 択 されているオプションによって決 まります。
現 在 の分 子 を検 索 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 関 心 のある構 造 式 が含 まれているレコード に移 動 します。
2. Search メニューで、使 用 する検 索 方 法 を選 びます。
3. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Search メニューの Find Current Mol をクリックします。
Search ツールバーの Find Current Molecule アイコンをクリックします。
検 索 が開 始 され、ステータス バーの右 下 に検 索 ステータスが表 示 されます。検 索 が終 了 すると、フォームには最 初 のヒッ
ト 項 目 が表 示 されます。この状 態 では、検 索 でヒット したレコード しか閲 覧 できません。
反応のクエリの入力
反 応 のクエリの作 成 手 順 は、構 造 式 のクエリを作 成 する場 合 とよく似 ています。
1. 次 のいずれかの操 作 を行 ってフォームをクリアします。
Search メニューの Enter Query をクリックします。
Search ツールバーの Enter Query アイコンをクリックします。
フォームがクリアされます。
2. クエリを入 力 するには、次 の操 作 を行 ってください。
構 造 式 ボックス内 をダブルクリックします。ChemBioDraw コント ロールが表 示 されます。
From ChemBioFinder 13.0 ウィンド ウで、目 的 の構 造 式 、部 分 構 造 式 、または反 応 式 を描 画 します。
構 造 式 ボックスの外 側 をクリックします。
3. オプション操 作 : ここで、他 のデータ ボックスにクエリを入 力 して、複 合 検 索 を行 うこともできます。
4. クエリの用 途 に応 じて、Search メニューの Substructure メニュー オプションを選 択 または選 択 解 除 します。
注: 反応のクエリでは、Similarity オプションは使用できません。
5. 次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
Search メニューの Find をクリックします。
Search ツールバーの Find アイコンをクリックします。
通 常 の構 造 式 検 索 と同 様 に、検 索 が実 行 されます。
第 8 章: クエリ
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特殊構造式検索
Search メニューの Find Structures サブメニューを使 うと、普 通 の方 法 では簡 単 には実 行 できないいくつかのよく使 われ
る種 類 の構 造 式 の検 索 を設 定 できます。
他 の検 索 と同 様 、これらの検 索 はすべて、Over Current List オプションが有 効 になっている場 合 に現 在 のレコード セッ
ト の中 で作 用 します。オプションが有 効 になっていないと、現 在 表 示 されているレコード 数 に関 わらずリスト 全 体 が検 索 さ
れます。特 殊 構 造 式 検 索 は、Oracle を含 めたすべてのデータ ソースへの適 用 を意 図 していますが、現 状 では MST
ソースについてのみ有 効 です。Find Structures サブメニューで使 用 可 能 なオプションを次 に示 します。
図 8.22: Find Structure メニュー
これらはクエリ情 報 を入 力 しないで行 う一 般 的 な検 索 です。次 のオプションがあります。
Empty Structures: 構 造 式 が含 まれないレコード を探 します。通 常 の検 索 で分 子 量 にゼロを指 定 するのと同 じです。
分 子 量 にゼロを指 定 する方 法 が不 明 瞭 なため提 供 されています。
Reactions: 反 応 構 造 式 を見 つけます。構 造 式 のクエリにただの矢 印 を入 力 しても同 じ結 果 が得 られます。
With Stereo Centers: 四 面 体 の立 体 化 学 構 造 が含 まれる構 造 式 を見 つけます。
Missing Stereochemistry: 四 面 体 または二 重 結 合 の立 体 化 学 構 造 を持 つ可 能 性 のある原 子 が含 まれるが、"未
指 定 " で描 画 されている構 造 式 を検 索 します。
Charged: 荷 電 した 1 つ以 上 の原 子 を検 索 します。
Radical: ラジカル化 した 1 つ以 上 の原 子 を検 索 します。
With Isotopic Labels: 質 量 数 または同 位 体 存 在 比 属 性 を持 つ原 子 の構 造 式 が含 まれるレコード を取 り出 します。
Query Structures: 原 子 タイプ (R、 A、 M、 Q、 X、 Alkyl、 Aliphatic、 EDG、 EWG など)、結 合 タイプ (単結合か二重結合か
など) 、可 変 電 荷 、元 素 リスト ([C,N,O])、環 結 合 数 などを持 つ構 造 式 を見 つけます。
3D: 3D 検 索 で対 象 となりえる構 造 式 を見 つけます。これらはオングスト ローム単 位 で測 定 され、Z 座 標 を持 つ構 造
式 です。両 方 の条 件 を満 たしている必 要 があります。これらの条 件 のうち 1 つだけを満 たす構 造 式 は、Check structures 検 索 を使 って見 つけることができます。
注: 3D 機能は、Pro および Ultra 13.0 バージョンで使用可能です。Standard バージョンでは使用できません。
Classes: 次 の種 類 の (サブメニューから選 択 可 能 ) 検 索 を実 行 します。
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
Hydrocarbons: 炭 素 と水 素 だけを含 む構 造 式 を検 索 します。フラグメント が複 数 の場 合 、すべて炭 化 水 素 である
必 要 があります。
Aliphatics: 1 つの炭 素 － 炭 素 結 合 (あるいはメタン) を含 み芳 香 族 環 構 造 を有 さない構 造 式 を見 つけます。
Alicyclics: 芳 香 族 や反 芳 香 族 を除 く炭 素 環 を含 む構 造 式 を検 索 します。
Aromatics (4n+2): 4n+2 個 の電 子 を含 む系 で、1 つまたは複 数 の環 構 造 を含 む構 造 式 を見 つけます。ピロール
および荷 電 環 も含 まれます。
Antiaromatics (4n): 4n 個 の電 子 を含 む系 で、1 つまたは複 数 の環 構 造 を含 む構 造 式 を検 索 します。
Aromatics (Cyclically alternating): 一 重 結 合 と二 重 結 合 が交 互 に並 ぶ 4n+2 個 の結 合 を含 む系 で、1 つまたは
複 数 の環 構 造 を含 む構 造 式 を検 索 します。これは ChemFinder 10 以 降 使 われてきた "非 局 在 化 " の条 件 に相
当 します。
Natural products: 炭 素 および、酸 素 または窒 素 を含 む構 造 式 を検 索 します。
Alkaloids: 炭 素 と塩 基 性 窒 素 を含 む MW>200 の構 造 式 を検 索 します。
Heterocycles: ヘテロ原 子 を含 む環 構 造 を有 す構 造 式 を検 索 します。
Metals: 金 属 結 合 を含 む構 造 式 を検 索 します。
Organometallics: 金 属 － 炭 素 を含 む構 造 式 を検 索 します。
Organics: 炭 素 原 子 を含 む構 造 式 を検 索 します。
Inorganics: 炭 素 原 子 を含 まない構 造 式 を検 索 します。
Salts: 塩 と見 なされる構 造 式 を検 索 します。
Rings: 次 の種 類 の (サブメニューから選 択 可 能 な) 環 構 造 を検 索 します。
Bridged: 系 。1 つ以 上 の結 合 を共 有 する 2 つの環 構 造 など。
Spiro: 系 。1 つの原 子 だけを共 有 する 2 つの環 構 造 など。
Fusion: 系 。縮 合 環 (1 つの結 合 を共 有 する 2 つの環 構 造 ) を有 す構 造 式 など。
Highly condensed: 7 つ以 上 の環 を持 つグループにおいて、グループ内 の他 の環 と 4 つ以 上 の結 合 を共 有 してい
る環 。
Necklace: サイズが半 分 以 下 の 1 つ以 上 の他 の環 と橋 かけのある環 。
Polyhedra: 各 環 がグループ内 の 2 つ以 上 の環 と縮 合 している環 のグループ。
Duplicates: 構 造 式 が少 なくとも互 いに重 複 するレコード を見 つけます。
Clustered List を選 択 すると、クエリは重 複 だけのリスト を集 めて (並 べ替 えたリスト で) 表 示 されます。これで重 複 を
比 較 しやすくなりますが、並 べ替 えられたリスト のレコード を編 集 することはできません。
Unique Structures Only を選 択 すると、クエリは親 リスト と同 じになりますが、各 重 複 構 造 式 の独 自 のコピーが一
部 だけ表 示 されます。
注 : 重 複 検 索 は、Full Structure モード でしか実 行 できません。検 索 タイプが Substructure に指 定 されている場
合 、検 索 タイプのオプションを完 全 な構 造 式 にリセットするように求 めるエラー メッセージが表 示 されます。
By date modified: 過 去 のある時 点 に変 更 された構 造 式 を特 定 します。ここで検 索 できるデータベース フィールド は
構 造 式 だけです。現 状 で Oracle 用 の実 装 はされていません。また、最 後 に行 われた構 造 式 の追 加 および編 集 に
ついては検 索 できますが、削 除 された場 合 は検 索 できません。この機 構 は、構 造 式 に付 けられる変 更 日 の情 報 を
読 み込 むことで機 能 します。削 除 されたレコード の場 合 、そうした情 報 は取 得 できません。
Check structures: Check structures in database ダイアログ ボックスで指 定 した属 性 をチェックすることで、レコード を
特 定 します。指 定 した属 性 およびデータベースが読 み取 り専 用 かどうかによっては、自 動 的 に正 しいバージョンの構
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
造 式 を再 登 録 できる場 合 があります。既 定 値 では、このスキャンは現 在 表 示 されているレコード で開 始 され、レコー
ド セット の終 わりまで、あるいはスキャンが中 止 されるまで続 けられます。これを変 更 するには、ダイアログ ボックスの一
番 下 のボックスをオフにします。
図 8.23: Check structures in database ダイアログ ボックス
ここでは次 の属 性 をチェックできます。
Ambiguous stereochemistry: あいまいに描 画 された四 面 体 または二 重 結 合 立 体 化 学 構 造 を持 つ構 造 式 にフラ
グを付 けます。修 正 不 可 能 です。
Valence/charge: 考 えられない原 子 価 または電 荷 を持 つ原 子 が含 まれる構 造 式 にフラグを付 けます。修 正 できる
場 合 もあります。
Net charge present: 正 味 電 荷 が含 まれる構 造 式 にフラグを付 けます。このオプションは、通 常 役 立 たないので既
定 値 ではオフになっています。修 正 不 可 能 です。
Unrecognized atoms: ChemBioFinder 13.0 で解 釈 されない原 子 が含 まれる構 造 式 にフラグを付 けます。このよう
な原 子 は、通 常 、R の原 子 タイプがあり、疑 問 符 の付 いたグレーのテキスト ラベルで示 されます。修 正 不 可 能 で
す。
Mass imbalance: 反 応 物 の分 子 式 が生 成 物 と異 なる反 応 にフラグを付 けます。修 正 不 可 能 です。
Doubly drawn atoms: 2 つの原 子 がとても似 ていて、そのうちの少 なくとも 1 つにラベルがない構 造 式 にフラグを付 け
ます (また、二 重 描 画 対 と考 えられるには、明 示 的 な結 合 を組 み合 わせた原 子 価 がいずれの原 子 の容 量 も超 え
ないようにする必 要 があります)。この種 類 の構 造 式 は、既 存 の原 子 から結 合 を描 画 しようとして、うっかり新 しい
原 子 を間 違 えて作 成 してしまったような場 合 に得 られます。ChemBioDraw は、これらに波 形 の赤 いボックスでフラ
グを付 けます。
3D not scaled in Angstroms: オングスト ローム単 位 で表 示 されていない Z 座 標 または 3D を持 つ構 造 式 にフラグを
付 けます。このような構 造 式 は 3D 検 索 で対 象 となりません。
Miscellaneous: 同 位 体 の質 量 が妥 当 かどうか調 べます。
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
False stereomarks: 構 造 上 、立 体 化 学 構 造 が不 可 能 な原 子 のウェッジ結 合 などの立 体 化 学 構 造 インジケータ
にフラグを付 けます。標 準 検 索 ではこのようなインジケータは無 視 されます。このオプションを指 定 すると、このような
立 体 化 学 構 造 インジケータをすべて検 索 してエラーを修 正 できます。
CDX <-> Mst correspondence: CDX のオリジナル描 画 に対 する化 学 的 解 釈 が、最 新 版 のソフト ウェアでも同 じか
どうかをチェックします。また保 存 されていた内 部 構 造 について、CDX からの再 生 成 が必 要 であるかもチェックしま
す。
Atom-atom maps: 自 動 生 成 されたマップが満 足 できる品 質 かどうかをチェックします。ただしユーザー定 義 したマッ
プはチェックされず、正 常 なものと見 なされます。
Locate deleted structures: 構 造 式 ボックスから削 除 された構 造 式 を特 定 します。
Representational Drift: 保 存 された化 学 構 造 式 の各 種 要 素 をチェックして、構 造 式 が最 新 版 のソフト ウェアに対
応 していると保 証 します。
注 : Interactive オプションが選 択 されていると、エラーおよび警 告 はダイアログ ボックスに表 示 されます。これに対 して
To file オプションを選 択 した場 合 は、エラーと警 告 を記 録 させるログ ファイルのパス指 定 が必 要 です。この場 合 、エ
ラーおよび警 告 のダイアログ ボックス表 示 は行 われません。
Check structures 検 索 を行 うには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 対 象 カテゴリを選 択 します。
2. Scan をクリックします。構 造 式 にフラグが付 けられるとそのレコード が表 示 され、違 反 した原 子 または結 合 式 があれ
ば点 滅 表 示 されます。ユーザーは警 告 からいくつかのオプションを選 択 することができます。
次 のオプションがあります。
目的
使 用 するオプション
エラーを無 視 し、同 じ構
Don't know または
造 式 のチェックを続 ける。 Ignore
MST レコード を書 き換 え is specified または
て問 題 を修 正 する。
has stereo
次 の構 造 式 からスキャン
Skip to next struc-
を続 ける。
ture
スキャンを停 止 する。
問 題 を示 した最 後 のレ
Stop Scanning
コード で止 まります。
問 題 のある原 子 や結 合
を点 滅 表 示 する。
このボタンは、エラーが原
Flash
子 または結 合 を中 心 に
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
目的
使 用 するオプション
展 開 している場 合 にの
み表 示 されます。このボ
タンをクリックすると、原
子 /結 合 の方 に移 動 する
円 ができ、注 目 を集 めま
す。
警 告 メッセージの詳 細 を
確 認 する。
エラーを自 動 で修 正 させ
る。
Help
Auto-Fix
クエリの管 理
Explorer ウィンド ウのクエリ ツリー コント ロールで、現 在 および以 前 のセッションの検 索 クエリのリスト を管 理 できます。クエリ
はフォームと関 連 しているため、フォームを保 存 するとクエリ リスト が保 存 されます。既 存 のフォームを開 くかアクティブにす
ると、ツリーが更 新 されてそのフォームのクエリだけが表 示 されます。
検 索 またはリスト 演 算 を実 行 するたびに、新 しいクエリがツリーに作 成 されます。クエリに名 前 が割 り当 てられ、リスト のサ
イズ (ヒット 数 ) および簡 単 な説 明 と一 緒 にツリーに表 示 されます。作 成 された名 前 は「Q<n>*」となり、この n は連 番
で、* はクエリに名 前 が付 いていないこと、または保 存 用 にマークされていないことを示 します。
注 意 : オプション設 定 次 第 では、名 前 の付 いていないクエリは自 動 的 に破 棄 されることがあります。詳 細 について
は、131 ページの 「リストの保 存 と再 利 用 」 を参 照 してください。
クエリ ツリー コント ロールをアクティブにするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. View メニューの Explorer Window をクリックします。
2. Explorer ウィンド ウの Queries タブをクリックすると、クエリ ツリーが表 示 されます。
クエリはデータベースの子 としてリスト されます (Full List として表 示 )。クエリを実 行 する前 に Search メニューから Search
Over Current List を選 択 した場 合 、前 のリスト の "子 " として表 示 されます(現 在 のリスト は、色 付 きボックスのフレーム
で表 示 されます)。
第 8 章: クエリ
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図 8.24: クエリ ツリー: 1) Database (フル リスト)、2) Current List (フレームが付 く)、3) Search Over Current List クエリ (子
のリスト)
クエリを復 元 するには、次 の操 作 を行 ってください。
クエリをダブルクリックします。
ヒント: ルート項 目 の Full List をダブルクリックしても、Search メニューから Retrieve All を選 んだときと同 じ結 果 が得
られます。
クエリ コンテキスト メニュー
クエリを右 クリックすると、クエリを管 理 するコマンド が含 まれるメニューが表 示 されます。
目的
操作
選 択 されたクエリを使 って検
索 を繰 り返 す (クエリをダブルク Rerun
リックするのと同 じです)。
選 択 されたクエリのヒット と現
在 のリスト を統 合 する。詳 細
については、132 ページの
Restore List
「ヒット リスト の再 利 用 と統
合 」 を参 照 してください。
選 択 されたクエリの共 通 グラフ Color On
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目的
操作
に現 在 のリスト と一 緒 にクエリ
の色 を適 用 する (クエリをシン
Plot
グルクリックするのと同 じです)。
Color Picker ダイアログ ボック
スから異 なるクエリ アイコンの
色 を選 択 する。
Change
Color
クエリを変 更 するか再 実 行 す
る。
Restore Query を選 択 する
とクエリ モード に入 り、構 造 式
Restore
Query
が表 示 されます。クエリを変 更
してから手 動 で再 実 行 できま
す。
拡 張 子 .cfq を持 つ別 のファイ
ルにクエリを保 存 する。
Save
Query...
フォームを保 存 したときに、指
定 した名 前 でクエリを保 存 で
きるようマークを付 ける。
これは Query Saving オプショ
ンが Discard unnamed que- Keep
ries に設 定 されていなければ
効 果 がありません。131 ページ
の 「リスト の保 存 と再 利 用 」 を
参 照 してください。
選 択 されたクエリをツリーから
削 除 する。
フォームを次 回 保 存 すると、こ
のクエリは失 われます。誤 って
Remove
削 除 してしまった場 合 は、
フォームを保 存 せずに閉 じて
から再 度 開 きます。
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ChemBioFinder 13.0
目的
操作
クエリの名 前 を変 える。
Query Saving オプションが
Discard unnamed queries
に設 定 されている場
Rename
合 、Keep と同 じ効 果 があり
ます。
ツリー内 で同 じ深 さを持 つす
べてのクエリを名 前 によってア
Sort Folder
ルファベット 順 で並 べ替 える。
また、コンテキスト メニューを使 用 して、Query Properties ダイアログ ボックスを表 示 することもできます。このダイアログ
ボックスではクエリ名 の変 更 、コメント の追 加 、グラフで使 用 する色 の変 更 などを行 うことができます。Comments ボックス
に入 力 したテキスト は、ヒット 数 とともに表 示 される標 準 の説 明 を置 換 します。
図 8.25: Query Properties ダイアログ ボックス
ド メイン
データベース全 体 以 外 のリスト を閲 覧 する場 合 に、データベースが現 在 の子 リスト だけで構 成 されているように表 示 する
ことができます。
Search、 Search>Domains>Set Domain to Current List の順 に選 択 します。現 在 のリスト がデータベース全 体 の
ように動 作 します。たとえば、Retrieve All コマンド を使 うとこのリスト だけが取 り出 されます。Search Over Current
List を選 択 しなくても、このリスト だけが検 索 対 象 になります。
検 索 対 象 をデータベース全 体 にリセット するには、次 の操 作 を行 ってください。
Search、 Search>Domains>Reset to Full Database の順 に選 択 します。
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注: Set Domain to Current List は、キャンセルされるまで有効になります。フォームを保存すると、フォームはフォーム ファイルと
一緒に保存され、フォームを再度開いても有効です。
リスト の保存と再利用
クエリは個 別 に .cfq ファイルとして保 存 することも、フォームを保 存 するときに自 動 的 に保 存 することもできます。リスト を
.cfq ファイルとして保 存 して再 利 用 する古 いコマンド は Search メニューに表 示 され、特 定 のクエリを右 クリックするとコン
テキスト メニューに表 示 されます。クエリ (または他 の変 更 ) を保 存 せずにフォームを閉 じると、変 更 を保 存 するか破 棄 す
るかを確 認 するメッセージが表 示 されます。
Preferences ダイアログ ボックスの General タブに、すべてのクエリを保 存 する (既 定 値 ) か、名 前 が変 更 されたものだけ
を保 存 するかを選 択 するオプションがあります。このオプションを選 択 した場 合 、フォームと一 緒 にクエリを保 存 する方 法 は
2 つあります。
コンテキスト (右 クリック) メニューの Rename コマンド か、Query Properties ダイアログ ボックス (コンテキスト メニューから
アクセス可 能 ) を使 ってクエリの名 前 を変 更 します。
コンテキスト メニューの Keep コマンド を使 ってクエリにマークを付 けます。この方 法 でクエリを保 存 すると、標 準 名 が残
ります。
図 8.26: 一 般 オプション
ヒット リスト の保存
クエリを作 成 して、検 索 を実 行 します。詳 細 については、120 ページの 「クエリの入 力 と実 行 」 と121 ページの 「構 造 式 ク
エリの入 力 」 を参 照 してください。
1. ヒット リスト が得 られたら、Search メニューの Save List をクリックします。Save As ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. ヒット リスト のファイル名 を入 力 し、Save をクリックします。
このファイルは、ヒット リスト 内 の各 レコード の基 本 キーの値 で構 成 されます。基 本 キーがない場 合 は分 子 ID が使 われ
ます。
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ChemBioFinder 13.0
保 存 したヒット リスト を編 集 するには、メモ帳 などのテキスト エディタでテキスト ファイルを開 き、必 要 に応 じて値 を編 集 し
ます。
ヒット リスト の再利用と統合
ヒット リスト の保 存 後 、他 の検 索 を行 って、その結 果 を保 存 済 みのヒット リスト の結 果 と統 合 できます。このように、複 数
の検 索 をブール演 算 子 を使 って処 理 できます。
2 つの検 索 から得 た結 果 を統 合 するには、次 の 2 つの方 法 があります。
保 存 しておいたリスト を開 く:
1. 最 初 の検 索 を実 行 し、ヒット リスト を保 存 します。
2. 次 の検 索 を実 行 します。
3. Search メニューの Restore List をクリックします。Open ダイアログ ボックスが表 示 されます。
4. 先 に保 存 しておいたリスト を現 在 のヒット リスト との統 合 用 に選 択 し、Open をクリックします。Restore/Merge List ダ
イアログ ボックスが表 示 されます。
図 8.27: Restore/Merge List ダイアログ ボックス
5. 統 合 オプションを選 択 して OK をクリックします。
Replace: 現 在 のヒット リスト を削 除 して、開 くヒット リスト に保 存 されているレコード を表 示 します。
Intersect: 現 在 のヒット リスト と保 存 されたヒット リスト の両 方 に含 まれているレコード のみを表 示 します。このオプ
ションは、ブール演 算 子 の AND 条 件 と同 じです。
Subtract: 現 在 のヒット リスト 内 のレコード のうち、保 存 されたヒット リスト に含 まれていないレコード だけを表 示 しま
す。たとえば、現 在 のリスト にレコード 1、2、3、4、5 が含 まれ、復 元 するリスト にレコード 4、5、6、7 が含 まれている
場 合 は、レコード 1、2、3 のみが表 示 されます。このオプションは、現 在 のリスト にあり、復 元 されたリスト にはないレ
コード を示 すブール演 算 子 の NOT 条 件 と同 じです。
Union: 現 在 のリスト と保 存 されたヒット リスト に含 まれるすべてのレコード を表 示 します。このオプションは、ブール演
算 子 の OR 条 件 と同 じです。
Subtract from: 保 存 されたヒット リスト 内 のレコード のうち、現 在 のヒット リスト に含 まれていないレコード だけを表 示
します。Subtract の場 合 とリスト の順 が逆 になったものです。
2 つのヒット リスト が統 合 されます。統 合 された新 しいヒット リスト は、通 常 のヒット リスト と同 じように、閲 覧 や保 存 が
可 能 です。
ド ラッグ アンド ド ロップによるリスト の結 合 :
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1. 最 初 の検 索 を実 行 し、ヒット リスト を保 存 します。
2. 次 の検 索 を実 行 し、ヒット リスト を保 存 します。
こうして保 存 したクエリは次 の図 のように表 示 されます。
3. このツリー上 で一 方 のクエリをド ラッグして、もう一 方 に重 ねます。
Restore/Merge ダイアログ ボックスが表 示 され、適 用 するロジック (置 き換 え、共 通 集 合 、和 集 合 、差 異 など) を選 択 で
きます。
統 合 に成 功 した結 果 は、新 規 のリスト として表 示 されます。
注: 2 つのリストを統合した結果、空のリストが得られた場合、警告が表示され、リストが前のリストにリセットされます。
検索例
ここでは、さまざまな検 索 オプションの例 を示 します。原 子 の属 性 や結 合 の属 性 を指 定 すると、ChemBioDraw のクエリ
機 能 を使 って、より効 率 的 にデータベースを検 索 できます。ChemBioFinder 13.0 で認 識 可 能 な部 分 構 造 式 検 索 クエ
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
リ プロパティについては、227 ページの 「構 造 式 クエリの機 能 」 を参 照 してください。
複数のヒット リスト
ヒット リスト の管 理 機 能 を使 って、詳 細 で複 雑 な検 索 を行 う例 について説 明 します。
Cs_Demo データベース内 で、構 造 式 にベンゼンの部 分 構 造 式 が含 まれ、分 子 量 が 50 ～ 200 の範 囲 内 の化 合 物 を
すべて検 索 します。この簡 単 な複 合 検 索 の後 で、ヒット した化 合 物 の中 から炭 素 と窒 素 の結 合 を含 まない化 合 物 を
探 します。この検 索 は、ヒット リスト を統 合 して行 います。
この検 索 の第 1 のヒット リスト を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. CS_Demo データベースを開 きます。
2. Structure データ ボックスにベンゼンの構 造 式 を入 力 し、さらに Molecular Weight データ ボックスに「50-200」と入 力 し
て、最 初 のクエリを作 成 します。
3. クエリ対 象 を検 索 します。この例 では、75 件 がヒット します。
4. Search メニューの Save List をクリックします。
5. ヒット リスト を benz.txt という名 前 で保 存 します。
この検 索 の第 2 のヒット リスト を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 下 の図 のようなクエリを構 造 式 データ ボックスに入 力 します。
2. クエリ対 象 を検 索 します。この例 では、103 件 がヒット します。
3. Search メニューの Save List をクリックします。
4. ヒット リスト を c-n.txt という名 前 で保 存 します。
2 つのヒット リスト を統 合 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Search メニューの Restore List をクリックします。
2. Open ダイアログ ボックスで、benz.txt ファイルを開 きます。
3. Restore List ダイアログ ボックスで、Replace ラジオ ボタンをクリックし、OK をクリックします。最 初 の検 索 で取 得 した
75 件 のリスト に戻 ります。
4. Search メニューの Restore List をクリックします。
5. Open ダイアログ ボックスで、 c-n.txt ファイルを開 きます。
6. Restore List ダイアログ ボックスで、Subtract ラジオ ボタンをクリックし、OK をクリックします。
以 上 の操 作 により、ベンゼンの部 分 構 造 式 が含 まれ、部 分 構 造 式 C-N が含 まれない、分 子 量 が 50 ～ 200 の化 合
物 が 60 件 ヒット します。
手 順 の最 後 で Replace オプションを選 択 すると、 C-N のレコード だけが表 示 されます。また、Intersect オプションを選 択
すると、2 つのリスト の両 方 に含 まれているレコード だけが表 示 されます。さらに、Union を選 択 すると、両 方 のリスト のレ
コード がすべて表 示 されます。
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
原子リスト の使用
ChemBioDraw のテキスト ツールを使 用 すると、構 造 式 のクエリに原 子 タイプのリスト を指 定 できます。検 索 でヒット する
には、対 象 化 合 物 に、このリスト に指 定 された原 子 タイプのいずれかが含 まれている必 要 があります。
エーテル、アミン、リン酸 のいずれか 1 つの付 いたベンゼン環 を含 む分 子 を検 索 するには、次 のようなクエリを指 定 しま
す。
図 8.28: 原 子 リストのクエリ
原子タイプと結合タイプ
構 造 式 のクエリで原 子 と結 合 の属 性 を指 定 して、検 索 クエリの対 象 を拡 大 または限 定 できます。これらの属 性 は、ChemBioDraw Pro の Structure メニューから Atom Properties ダイアログ ボックスおよび Bond Properties ダイアログ ボックス
を呼 び出 して、指 定 します。詳 細 については、227 ページの 「構 造 式 クエリの機 能 」 を参 照 してください。
炭 素 などの原 子 と結 合 している酸 素 以 外 のカルコゲン元 素 を含 むすべての分 子 を検 索 するとします。また、カルコゲン
元 素 と他 の原 子 との結 合 タイプは、単 結 合 または二 重 結 合 とします。この場 合 、ChemBioDraw Pro で作 成 するクエリ
は次 のようになります。
図 8.29: クエリにおける結 合 タイプと原 子 タイプの指 定
"A" のラベルは、水 素 以 外 のすべての原 子 に一 致 することを示 します。結 合 の横 のインジケータは、結 合 が定 義 済 みで
あることを示 します。ここでは、ChemBioDraw の Bond Properties ダイアログ ボックスで、単 結 合 または二 重 結 合 を示 す
S/D が結 合 タイプに指 定 されています。最 後 に、「S,Se,Te」を角 かっこで囲 んで入 力 すると、このうちのいずれかの元 素
が対 象 分 子 に含 まれていなければならないことを示 します。
フラーレンの検索
フラーレンの検 索 は、分 子 式 検 索 で限 定 条 件 を指 定 して行 います。炭 素 原 子 20 ～ 80 個 から成 るすべてのフラーレ
ンを検 索 するとします。ただし、大 きい有 機 分 子 は除 きます。
分 子 式 クエリは次 のようになります。
C20-80 H0
水 素 原 子 0 を指 定 すると、炭 化 水 素 をヒット リスト から除 外 できます。この例 ではあいまいな点 はありませんが、あいま
いに解 釈 されないようにするには、元 素 記 号 の大 文 字 と小 文 字 を正 確 に区 別 して記 述 し、文 字 の間 にスペースを挿
入 します。
第 8 章: クエリ
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ChemBioFinder 13.0
リンク ノード と多価 R
リンク ノード は、ゼロ個 以 上 の未 指 定 の原 子 のためのプレースホルダです。いくつかあるいずれかの環 サイズを持 つ構 造
式 や、特 定 の方 法 でいずれかの方 向 の鎖 が置 換 された構 造 式 を検 索 するときに特 に便 利 です。リンク ノード は通 常
二 価 ですが、ChemBioFinder 13.0 は範 囲 の上 限 に制 限 を適 用 しません。多 価 R (および A) 原 子 は、リンク ノード に
似 た機 能 を持 っています。これらは "高 価 " なリンク ノード と考 えることができます。
図 8.30: リンク ノード
リンク ノード は従 来 CH2 で表 されますが、すべての原 子 タイプはリンク ノード と置 換 できるため、混 乱 を招 きます。このた
め、リンク ノード は R と表 されます。R (反 復 数 なし) は、ゼロも含 めた任 意 の数 の原 子 と一 致 します。
対 象 の原 子 のすべての原 子 タイプはリンク ノード と一 致 しますが、リンク ノード に 2 つの制 限 を適 用 することができます。
不飽和結合
Ring ト ポロジ (環 構 造 )
ChemBioDraw の Atom Properties メニューを使 用 してこれらの特 性 をリンク ノード に適 用 すると、対 象 の原 子 の範 囲 を
指 定 の位 相 に制 限 できます。たとえば、リンク ノード を芳 香 族 に指 定 すると次 のような結 果 が得 られます。
:
クエリ
結果
ヒット する構 造 式
ヒット しない構 造 式
図 8.31: リンク ノード クエリの結 果
第 8 章: クエリ
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複数の部分構造式の検索
部 分 構 造 式 検 索 では、複 数 の部 分 構 造 式 を指 定 できます。CS_Demo データベース内 で、ベンゼンの部 分 構 造 式
と、任 意 の原 子 と結 合 した塩 素 を含 む別 の部 分 構 造 式 を持 つすべての化 合 物 を検 索 するとします。この場 合 、ChemBioDraw で描 画 する構 造 式 クエリは次 のようになります。
図 8.32: 2 つの部 分 構 造 式 を指 定 した構 造 式 クエリ
この例 では、5 件 がヒット します。ヒット したレコード を閲 覧 します。上 のようなクエリを指 定 すると、下 の図 の塩 化 ベンジル
のように、指 定 した 2 つの部 分 構 造 式 がつながっていないものもヒット します。
図 8.33: 2 つの部 分 構 造 式 を指 定 したクエリでヒットした塩 化 ベンジル
指 定 した 2 つの部 分 構 造 式 が共 有 原 子 によって部 分 的 にオーバーラップしているものもヒット します。オーバーラップの例
を下 に示 します。
.
図 8.34: ヒット リストに含 まれる、オーバーラップした部 分 構 造 式
第 8 章: クエリ
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化 合 物 プロファイル
化 合 物 プロファイルを使 用 すると、選 択 したプロパティの値 に基 づいて構 造 式 を視 覚 的 に比 較 し、ランク付 けすることが
できます。
化 合 物 プロファイルとは、データベース内 の数 値 フィールド の値 を、"コスト " 領 域 (つまり不 適 合 性 ) を示 す色 分 けされた
垂 直 バーの形 式 で描 画 するグラフです。通 常 は一 連 のグラフとして表 示 されます。コスト 領 域 は、フィールド に関 連 付 け
られたコスト プロファイルによって決 まります。化 合 物 プロファイルでは、コスト は 0 ～ 1 の値 を取 るように正 規 化 されま
す。理 想 値 は 0 で、最 大 値 (1) に至 るまでの偏 差 の傾 きはユーザーが定 義 できます。
注 : この関 数 は正 規 化 線 形 スプラインです。
図 9.1: IC50 のプロファイル
コスト プロファイルには、ユーザーがその特 性 の "望 ましい値 " と考 える値 を設 定 します。ユーザーは、0 に当 たる値 の範
囲 と 1 に至 るまでの直 線 の傾 きを変 更 することで、化 合 物 が理 想 値 から偏 差 しているときの不 適 合 性 の度 合 いを適
切 に表 現 するようにコスト プロファイルを調 整 できます。
たとえば、適 切 な溶 解 性 (単 位 : mg/ml) と適 切 な生 物 活 性 (単 位 : nm) を持 つ薬 品 候 補 を探 すとします。適 切 な溶
解 性 を得 るために活 性 をある程 度 まで犠 牲 にしてもよいと考 える場 合 は、溶 解 性 のコスト 関 数 に対 して、活 性 のコス
ト 関 数 よりも、理 想 値 の範 囲 からの偏 差 について厳 しいペナルティを課 すことになります。
既 定 値 の表 示 オプションでは、バーの白 い領 域 は理 想 値 を表 し、領 域 の色 が濃 くなるほど理 想 値 からの偏 差 が大 きく
なります。
正 規 化 関 数 では、さまざまな種 類 の特 性 を比 較 できます。全 フィールド の "理 想 値 " からの偏 差 を総 合 した結 果 が、ス
コアとして表 示 されます。それぞれの特 性 には、その値 が全 体 的 な計 算 に与 える影 響 を調 節 するために、重 みを割 り
当 てることができます。化 合 物 のスコアは、ソート 済 みかどうかや、その化 合 物 のヒット リスト 中 の位 置 に関 係 なく、常 に
同 じ値 になります。理 想 値 から遠 い化 合 物 ほど高 いスコアを示 します。
第 9 章: 化合物プロファイル
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図 9.2: MW、LogP、IC50 についての化 合 物 プロファイル
化 合 物 プロファイルは、化 合 物 の品 質 を視 覚 的 に理 解 するための有 益 な手 段 です。特 に、いくつかのプロファイルを並
べて比 較 できるテーブル ビューで大 いに役 立 ちます。プロファイルを使 用 することのメリット は、ソート や検 索 の際 に最 もよ
く実 感 されます。たとえば、ある化 合 物 をクエリとして残 しておき、残 りの化 合 物 をそのクエリからの偏 差 に基 づいてソート
することができます。
化 合 物 プロファイルの作 成
プロファイルは、フォーム上 の、プロファイル ツールによって作 成 される特 殊 なデータ ボックスに表 示 されます。
プロファイル ボックスを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
作 業 対 象 のフォームまたはサブフォームに接 続 されているデータベースは、少 なくとも 1 つの数 値 フィールド を含 んでい
る必 要 があります。
注 : プロファイルには構 造 式 フィールド を含 めることもできます。
1. Form ツールバーのプロファイル ツールをクリックします。
2. フォーム上 にド ラッグ操 作 でボックスを作 成 します。Profile Wizard が表 示 されたら、Next をクリックします。
Define Field ダイアログ ボックスが表 示 されます。
第 9 章: 化合物プロファイル
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3. Field ページで、Source のド ロップダウン メニューから数 値 フィールド を選 択 します。
Display As テキスト ボックスに名 前 が自 動 的 に挿 入 されるので、この名 前 を必 要 に応 じて編 集 します。
Value Range の値 は編 集 できます。
既 定 値 では、データベース内 の最 初 の 1,000 件 のレコード の最 小 値 と最 大 値 が表 示 されます。
Value Range に負 数 が含 まれていない場 合 は、対 数 (log scale) を選 択 できます。
他 のプロファイルとの相 対 関 係 で、プロファイルに重 みを付 けることができます (100 は重 要 、0 は重 要 でない)。
4. Profile Choose ページで、コスト プロファイルを選 択 します。
このギャラリーは、ユーザーの利 便 性 のために用 意 されたものです。ここで選 択 したパターンは、後 で好 きな形 状 に変
更 できます。
第 9 章: 化合物プロファイル
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ChemBioFinder 13.0
ヒント: 各 プロファイルをクリックすると、ギャラリー ウィンド ウの下 部 に説 明 テキストが表 示 されるので、この説 明 を参 考
にして選 択 してください。
5. Cost Profile ページで、必 要 に応 じてプロファイルを編 集 します。詳 細 については、142 ページの 「コスト プロファイルを
変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。」 を参 照 してください。
6. このウィザード の Profile ページには "add another field" チェック ボックスがあり、これをオンにすると Finish ボタンが Next
ボタンに変 化 します。Next をクリックし、追 加 する各 プロファイルに対 して同 じ手 順 を繰 り返 します。必 要 なプロファイ
ルをすべて追 加 したら、Finish をクリックします。データ ボックスにプロファイルが表 示 されます。
化 合 物 プロファイルの編 集
化 合 物 プロファイルの設 定 は、Compound Profile Editor で編 集 できます。
プロファイルを編 集 するには、次 の操 作 を行 ってください。
プロファイル データ ボックスをダブルクリックします。Compound Profile Editor が表 示 されます。
新 しいプロファイルを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
エディタ ウィンド ウを右 クリックし、コンテキスト メニューの Add Field コマンド をクリックします。
プロファイルを削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Profile タブで、必 要 なプロファイルを選 択 します。
2. エディタ ウィンド ウを右 クリックし、コンテキスト メニューの Remove Field をクリックします。
プロファイルの順 番 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Profile タブで、目 的 のプロファイルをクリックして選 択 します。
2. エディタ ウィンド ウを右 クリックし、コンテキスト メニューの <Move Left または >Move Right コマンド をクリックします。
第 9 章: 化合物プロファイル
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プロファイルに関 連 付 けられているフィールド を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Profile タブで、目 的 のプロファイルをクリックして選 択 します。
2. Field タブをクリックします。ド ロップダウン メニューで Source を変 更 します。必 要 に応 じてその他 の変 数 を変 更 しま
す。
3. Cost Profile タブをクリックし、新 しいプロファイルを選 択 します。
注: Source フィールド を変更したときは、新しいプロファイルを選択する必要があります。この操作を行わないとエラー メッセージ
が表示されます。
4. OK をクリックします。
コスト プロファイルが表 示 され、編 集 可 能 な状 態 になります。
5. OK ボタンをクリックして変 更 を完 了 します。
コスト プロファイルを変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Profile タブで、目 的 のプロファイルをクリックして選 択 し、Cost Profile タブをクリックします。
図 9.3: コスト プロファイルにはド ラッグ ポイントと理 想 値 の線 が表 示 される
2. 屈 曲 ポイント を変 更 するには、そのポイント をド ラッグして移 動 します。
ド ラッグすると、そのポイント の X 座 標 と Y 座 標 がグリッド に表 示 されます。
ヒント: 隣 接 ポイントを越 える位 置 までド ラッグすることはできません。
3. 新 しい屈 曲 ポイント を追 加 するには、新 しいポイント を追 加 したい位 置 の線 分 を右 クリックし、コンテキスト メニューの
Add point here コマンド をクリックします。
4. ポイント を削 除 するには、目 的 のポイント を右 クリックし、コンテキスト メニューの Remove point をクリックします。
5. 理 想 値 を変 更 するには、グリッド 上 のピンクの破 線 をド ラッグして移 動 します。
6. 別 のテンプレート を選 択 するには、エディタ ウィンド ウ内 のどこかを右 クリックし、コンテキスト メニューの Choose コマン
ド をクリックして、新 しいテンプレート を選 択 します。
7. OK ボタンをクリックして変 更 を保 存 しエディタを終 了 するか、Cancel をクリックして保 存 せずに終 了 します。
第 9 章: 化合物プロファイル
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表示オプション
プロファイルの表 示 属 性 は Profile Display Preferences ダイアログ ボックスで変 更 できます。ここでの変 更 内 容 は、既 定
値 に戻 すオプションを選 択 しない限 り、選 択 中 のプロファイル ボックスにのみ適 用 されます。
プロファイルの表 示 オプションを変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. プロファイル ボックスを右 クリックし、Compound Profile コンテキスト メニューの Preferences... をクリックします。Profile Display Preferences ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. コスト バーの基 本 色 (既 定 値 は赤 ) を変 更 するには、Cost Shading Color セクションで基 本 の色 を選 択 します。
3. コスト バーの "極 性 " を逆 転 させるには、Ideal = white チェック ボックスをオフにします。このチェック ボックスがオンのとき
は、明 るい色 ほど適 合 性 が高 く、暗 い色 ほど適 合 性 が低 いことを表 します。チェック ボックスがオフのときは、色 の意
味 が逆 になります。
4. 値 マーカーとそれを結 ぶ線 の色 を変 更 するには、Values をクリックし、Color Picker から目 的 の色 を選 択 します。
5. 範 囲 ラベルの色 を変 更 するには、Labels color をクリックし、Color Picker から目 的 の色 を選 択 します。
6. コスト バーの右 側 に表 示 される範 囲 ラベルを非 表 示 にするには、Labels チェック ボックスをオフにします。
7. 現 在 の設 定 を、今 後 作 成 するすべてのプロファイルの既 定 値 として使 用 するには、Use As Defaults をクリックしま
す。
8. 設 定 の編 集 を終 えたら、OK をクリックして変 更 を保 存 するか、Cancel をクリックして変 更 を破 棄 します。
検索とソート
化 合 物 プロファイルは、検 索 およびソート の機 能 を使 用 して化 合 物 を比 較 するときに役 立 ちます。ある化 合 物 をベース
(たとえば全 体 のスコアが 0 になる理 想 の化 合 物 ) として選 択 した後 に、そのスコアからの偏 差 の大 きさに基 づいてデータ
ベースをソート することができます。
検 索 とソート を実 行 してプロファイルを比 較 するには、次 の操 作 を行 ってください。
この操 作 はフォーム ビューで行 う必 要 があります。
1. ベースとして使 用 する化 合 物 を探 します。
2. プロファイル データ ボックスを右 クリックし、コンテキスト メニューで Compound Profile>Search/Sort>Sort relative to
current の順 に選 択 します。データベースがソート されます。
3. 比 較 しやすくするために、テーブル ビューに切 り替 えます。
第 9 章: 化合物プロファイル
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図 9.4: プロファイルの表 示 (テーブル ビュー)
プロファイル中 の距 離 の値 (グラフの下 に表 示 される赤 い数 字 ) は、ソート を実 行 すると変 化 します。ソート の実 行 前 は、
距 離 はスコアと同 じ値 を示 します。ソート の実 行 後 は、ベースからの化 合 物 の偏 差 が距 離 として示 されます。ある化 合
物 をベースとしてソート を実 行 した場 合 、その化 合 物 は距 離 0 となります (これが基 準 点 となります)。他 の化 合 物 は、
ベースとの類 似 性 が低 いものほど距 離 の値 が大 きくなります。理 想 値 を基 準 としてソート することもできます。この場 合 、
各 化 合 物 の距 離 はスコアに等 しくなり、スコアの順 にレコード が並 べられます。
ヒント: データベースをリセットするには、Mol_ID フィールド を右 クリックし、コンテキスト メニューで Sort
Column>Ascending の順 に選 択 します。
例:
次 の操 作 を行 ってください。
1. CS Demo データベースで、1 つのフィールド (ここでは Molweight) についてのプロファイルを作 成 し、さらに 100 未 満 を
理 想 値 、100 以 上 を不 適 合 とするコスト プロファイルを作 成 します。
2. 化 合 物 のリスト を閲 覧 します。
ベンゼン (mw 78) は理 想 値 の範 囲 に入 るので、コスト 0、スコア 0 となります。バッキーボール フラーレン (mw 800 以
上 ) は理 想 値 の範 囲 を超 えているので、コスト が高 くなり、スコア 1 となります。
3. プロファイル ボックスを右 クリックします。
4. コンテキスト メニュー で Compound Profile>Search/Sort>Sort relative to ideal の順 に選 択 します。
5. プロファイルを比 較 しやすくするために、Switch to Table アイコンをクリックします。
一 連 の化 合 物 が、距 離 の値 に基 づき 0.00 から 1.00 の順 に並 べられます。スコアと距 離 の値 が等 しいことに注 目 し
てください。
6. ブロモベンゼン (mw 157) を探 して選 択 します。
この化 合 物 のスコアは理 想 値 ではなく、プロファイルの設 定 に基 づいて約 0.1 になっています。
第 9 章: 化合物プロファイル
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ヒント: Molname または MW を基 準 としてソートすると、この化 合 物 をもっと簡 単 に探 し出 せるようになります。
7. Switch to Table アイコンをもう一 度 クリックして、フォーム ビューに戻 ります。
8. プロファイル データ ボックスを右 クリックし、コンテキスト メニューで Compound Profile>Search/Sort>Sort relative to
current の順 に選 択 します。
9. テーブル ビューに戻 り、結 果 を確 認 します。
ブロモベンゼンがリスト の一 番 上 に表 示 されています。その下 に、それに近 いスコアを持 つ他 の化 合 物 が続 きます。ス
コアと距 離 の値 が異 なっていることに注 目 してください。
カスタマイズ
Cost Profile Chooser ダイアログ ボックスに表 示 されるコスト プロファイル テンプレート のギャラリーは、ユーザーがプロファイ
ルを定 義 するためのスタート 地 点 となります。ユーザーの経 験 に基 づくテンプレート もあれば、コスト プロファイルの代 表 的
なパターンを示 すテンプレート もあります。化 合 物 プロファイラで作 業 を進 める中 で、独 自 のテンプレート を作 成 し、それを
選 択 ダイアログで使 用 することもできます。
...\ChemBioFinder\system\profiles\ フォルダ内 のファイルがテンプレート として使 用 されます。テンプレート ファイルの拡 張 子
は CPX で、各 ファイルの名 前 がテンプレート の名 前 になります。Cost Profile Chooser ダイアログ ボックスには、このフォル
ダ内 にある拡 張 子 CPX のファイルがすべて表 示 されます。このファイルの内 部 形 式 は XML であり、メモ帳 で表 示 できま
す。
選 択 ダイアログ ボックスからテンプレート を削 除 するには、対 応 するファイルを削 除 するか、別 のフォルダに移 動 するか、
拡 張 子 を変 更 します。
テンプレート を追 加 または修 正 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. プロファイル データ ボックスをダブルクリックして Profile Editor を開 き、Cost Profile タブをクリックします。
2. 意 図 どおりになるようプロファイルを編 集 します。
3. 編 集 ウィンド ウを右 クリックして、 コンテキスト メニューから Save... を選 択 します。
4. プロンプト が表 示 されたら、選 択 ダイアログ ボックスの下 に表 示 する説 明 コメント を入 力 し、OK をクリックします。
5. 選 択 ダイアログ ボックスに表 示 する名 前 を入 力 し、Save をクリックします。
第 9 章: 化合物プロファイル
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化学的物性
ChemBioOffice 2012 では、100 種 類 を超 えるさまざまな化 学 的 物 性 、位 相 特 性 、物 理 特 性 、熱 力 学 特 性 を特 定
できます。このガイド では、ChemBioFinder で計 算 できる特 性 について説 明 し、他 の ChemBioOffice 2012 アプリケー
ションで使 用 できる特 性 の計 算 の一 覧 を表 示 します。
ChemBioFinder の化 学 的 物 性
ChemBio3D の化 学 的 物 性
ChemBioDraw の特 性
ChemBioFinder の化 学 的 物 性
特 定 の構 造 式 の特 性 を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォームを右 クリックし、コンテキスト メニューから calculate properties を選 択 します。
2. Property Populator ウィンド ウで、目 的 の特 性 を選 択 します。
3. Populate をクリックします。
下 に示 す特 性 は、ChemBioOffice 2012 の ChemBioFinder Ultra で計 算 できます。これらの特 性 の詳 細 および計 算 方
法 については、ChemBioFinder オンライン ヘルプを参 照 してください。
B
H
P
Balaban Index (Balaban 指 数 )
Heat of Formation (生 成 熱 )
pKa
Boiling Point (沸 点 )
C
Chemical Name (化 学 名 )
Cluster Count (クラスタ数 )
Connolly Accessible Area (コノリー接 触 面 )
Connolly Molecular Area (コノリー分 子 面 )
Henry’s Law Constant (ヘンリーの法 則 の定
数)
I
Ideal Gas Thermal Capacity (理 想 気 体 熱
容量)
L
LogP/Partition Coefficient (LogP/分 配 係
数)
Polar Surface Area (極 性 表 面 積 )
Principal Moment (主 モーメント )
R
Radius (半 径 )
S
LogS
Shape Attribute (形 状 属 性 )
M
Shape Coefficient (形 状 係 数 )
Critical Pressure (臨 界 圧 力 )
Mass (質 量 )
Sum Of Degrees (次 数 合 計 )
Critical Temperature (臨 界 温 度 )
Melting Point (融 点 )
Sum of Valence Degrees (原 子 価 合 計 )
Critical Volume (臨 界 容 積 )
Mol Formula (分 子 式 )
T
E
Mol Formula HTML (分 子 式 HTML)
Topological Diameter (位 相 直 径 )
Elemental Analysis (元 素 解 析 )
Mol Refractivity (モル屈 折 度 )
Total Connectivity (結 合 合 計 )
Exact Mass (厳 密 な質 量 )
Mol Weight (分 子 量 )
Total Valence Connectivity (原 子 価 結 合 合 計 )
F
Molecular Topological Index (分 子 位 相 指 V
Connolly Solvent Excluded Volume (コノリー溶 媒 排
斥容積)
第 10 章: 化学的物性
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数)
Formal Charge (形 式 電 荷 )
m/z
Vapor Pressure (蒸 気 圧 )
G
N
W
Gibbs Free Energy (ギブスの自 由 エネルギー)
Num Rotatable Bonds (回 転 可 能 結 合 数 ) Water Solubility (水 溶 性 )
Wiener Index (Wiener 指 数 )
O
Ovality (卵 形 度 )
Molecular Networks について
* 化 合 物 の酸 解 離 定 数 、水 溶 性 、およびオクタノール/水 分 配 係 数 を予 測 するための MOSES.pKa、MOSES.logS、
および MOSES.logP は、Molecular Networks の ケモインフォマティクス プラット フォーム MOSES に基 づく計 算 モジュール
です。 MOSES は、Molecular Networks GmbH (ド イツ、エルランゲン) が開 発 、保 守 、所 有 しています。 詳 細 について
は、www.molecular-networks.com/moses を参 照 してください。 All rights reserved. Molecular Networks GmbH,
Erlangen, Germany (www.molecular-networks.com)
制限
次 の原 子 タイプおよび混 成 状 態 のみがパラメータ化 されます。
C
3
sp
C
2
sp
C
N
3
sp
N
2
sp
N
sp
O 3
sp
O 2
sp
P
3
sp
S
S
S
N
S
F
2
sp
Cl
aromatic
amide
sulfoxide
Br
C
N
sp
aromatic
3
sp
sulfone
I
Balaban Index (Balaban 指数)
J で表 し、次 の数 式 で定 義 されます。
各 項 の意 味 は次 のとおりです。
q は分 子 グラフのエッジの数 です。
m= (q-n+1) は分 子 グラフのサイクロマティック数 です。
n は分 子 グラフの原 子 数 です。
Si は、分 子 の位 相 距 離 マト リックスの i 番 目 の行 (または列 ) にある全 エント リの合 計 です。 距 離 マト リックスには、す
べての原 子 ペア間 の最 短 パスが格 納 されます。
第 10 章: 化学的物性
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Boiling Point (沸点)
沸 点 は絶 対 温 度 で表 示 します。
溶 液 は、純 溶 媒 よりわずかに高 い温 度 で沸 騰 します。 沸 点 の変 化 は次 の数 式 で算 出 します。
Kb はモル沸 点 定 数 です。m は、重 量 モル濃 度 で表 される溶 質 の濃 度 です。∆Tb は温 度 変 化 です。
Chemical Name (化学名)
化 学 物 質 の名 前 です。
Cluster Count (クラスタ数)
距 離 マト リックスの特 定 の長 さのパス数 です。
Connolly Accessible Area (コノリー接触面)
(溶 媒 を表 す) プローブ球 が分 子 モデルをなぞる際 の、球 の中 心 の軌 跡 です。
Connolly Molecular Area (コノリー分子面)
(溶 媒 を表 す) プローブ球 が分 子 モデルをなぞる際 にできる接 触 面 です。
Connolly Solvent Excluded Volume (コノリー溶媒排斥容積)
溶 媒 接 触 分 子 表 面 で囲 まれた領 域 の容 積 です。
Critical Pressure (臨界圧力)
バールで表 示 します。臨 界 温 度 で気 体 を液 化 するために必 要 な最 小 圧 力 です。
Critical Temperature (臨界温度)
絶 対 温 度 で表 示 します。気 体 の場 合 に、どんなに圧 力 を加 えても液 化 できなくなる最 低 温 度 です。
Critical Volume (臨界容積)
cm3/mol で表 示 します。臨 界 温 度 および臨 界 圧 力 において 1 モルの物 質 によって占 有 される体 積 です。
沸 点 を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 10 章: 化学的物性
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Elemental Analysis (元素解析)
物 質 の元 素 組 成 と同 位 体 組 成 が解 析 されるプロセスです。 元 素 解 析 は、定 性 的 (存 在 する元 素 を特 定 ) または定
量 的 (存 在 する各 量 を特 定 ) に行 うことができます。
Exact Mass (厳密な質量)
分 子 の個 々 の同 位 体 の質 量 の合 計 です。 たとえば、2 個 の水 素 -1 (1H) と 1 個 の酸 素 -16 (16O) が含 まれる水 の厳
密 な質 量 は 1.0078 + 1.0078 + 15.9994 = 18.0106 です。 2 個 の水 素 -2 (重 水 素 つまり 2H) と 1 個 の酸 素 -16 (16O) が
含 まれる重 水 の厳 密 な質 量 は 2.014 + 2.014 + 15.9994 = 20.027 です。
Formal Charge (形式電荷)
化 学 結 合 の電 子 が、相 対 的 な陰 性 に関 係 なく原 子 間 で等 しく共 有 されるという前 提 のもとに、分 子 内 の原 子 に割 り
当 てられる電 荷 です。
分 子 内 の原 子 の形 式 電 荷 は次 の数 式 で算 出 できます。
FC = V - N - B/2
"V" は、分 離 している原 子 (基 底 状 態 の原 子 ) の価 電 子 数 です。"N" は、分 子 内 のこの原 子 における非 結 合 電 子 の
数 です。"B" は、分 子 内 の他 の原 子 と共 有 結 合 で共 有 される電 子 の総 数 です。
Gibbs Free Energy (ギブスの自由エネルギー)
KJ/mole で表 示 します。ギブスの自 由 エネルギーは次 のように定 義 されます。
以 下 と同 じです。
各 項 の意 味 は次 のとおりです。
U は内 部 エネルギーです (SI 単 位 : ジュール)。
p は圧 力 です (SI 単 位 : パスカル)。
V は体 積 です (SI 単 位 : m3)。
T は温 度 です (SI 単 位 : ケルビン)。
S はエント ロピーです (SI 単 位 : ジュール毎 ケルビン)。
H はエンタルピーです (SI 単 位 : ジュール)。
注 : H と S は、標 準 温 度 および圧 力 で見 られる熱 力 学 的 な値 です。
第 10 章: 化学的物性
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Heat of Formation (生成熱)
KJ/mole で表 示 します。生 成 熱 は、定 圧 で構 成 分 子 から 1 モルの物 質 が生 成 される際 のエンタルピーの増 加 量 です。
Henry’s Law Constant (ヘンリーの法則の定数)
単 位 なしの値 です。ヘンリーの法 則 の定 数 は次 のように表 現 できます。
"p" は、溶 液 の上 にある気 体 の溶 質 の分 圧 です。"c" は、溶 質 の濃 度 です。"kH,pc" は、濃 度 で除 算 した圧 力 の次 元
を伴 う定 数 です。 ヘンリーの法 則 の定 数 と呼 ばれる定 数 は、溶 質 、溶 媒 、温 度 に依 存 します。
Ideal Gas Thermal Capacity (理想気体熱容量)
理 想 気 体 の定 容 での熱 容 量 は次 のとおりです。
各 項 の意 味 は次 のとおりです。
cV は温 度 に依 存 する定 数 です。
U は内 部 エネルギーです。
T は絶 対 温 度 です。
V は体 積 です。
n は気 体 の物 質 量 です。
R は気 体 定 数 です (SI 単 位 で 8.314 JK−1 mol-1)。
N は気 体 粒 子 の数 です。
kB はボルツマン定 数 です (SI 単 位 で 1.381×10−23JK−1)。
理 想 気 体 の定 圧 での熱 容 量 は次 のとおりです。
"H" は気 体 のエンタルピーです。算 出 方 法 : H = U + pV
第 10 章: 化学的物性
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LogP/Partition Coefficient (LogP/分配係数)
分 配 係 数 は、2 つの溶 液 間 のイオン化 していない化 合 物 の濃 度 の比 です。 イオン性 溶 質 の分 配 係 数 を測 定 する場
合 は、化 合 物 の優 勢 型 がイオン化 されないように水 相 の pH が調 整 されます。 溶 媒 内 のイオン化 していない溶 質 の濃
度 の比 の対 数 は、LogP と呼 ばれます。
通 常 、選 択 する溶 媒 の 1 つは水 です。もう一 方 は疎 水 性 のもの (オクタノールなど) です。
LogP の計 算 式 は次 のとおりです。
LogS
物 質 の溶 解 度 の対 数 です。mol/L 単 位 で測 定 されます。
Mass (質量)
統 一 原 子 質 量 単 位 u (12C の原 子 1 個 の質 量 の 1/12 に等 しい) を基 準 とした、物 質 の分 子 1 個 の質 量 です。 分 子
量 とも呼 ばれます。
Melting Point (融点)
標 準 大 気 圧 で固 体 が液 体 になる温 度 です。 融 点 では、固 相 と液 相 が平 衡 状 態 で存 在 します。 融 点 の計 算 式 は
次 のとおりです。
"T" は融 点 の温 度 です。"∆S" は融 解 エント ロピーの変 化 です。"∆H" は融 解 エンタルピーの変 化 です。
Mol Formula (分子式)
化 合 物 の分 子 式 です。
Mol Formula HTML (分子式 HTML)
HTML 形 式 で書 かれた分 子 式 です。 HTML ファイルに出 力 をコピーし、貼 り付 けることができます。
次 に、アニリンのモデルの出 力 例 を示 します。
C<sub>6</sub>H<sub>7</sub>N
第 10 章: 化学的物性
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Mol Refractivity (モル屈折度)
1 モルの物 質 の総 分 極 率 の測 定 値 です。 温 度 、屈 折 度 指 数 、圧 力 に依 存 します。
モル屈 折 度 "A" は次 の式 で表 されます。
"NA" はアボガド ロ定 数 です。α は平 均 分 極 率 です。
Mol Weight (分子量)
分 子 内 のすべての原 子 の原 子 量 の合 計 です。
Molecular Topological Index (分子位相指数)
次 の数 式 で定 義 されるグラフ指 数 です。
Ei はベクト ルの構 成 要 素 です。
A は隣 接 マト リックス、D はグラフ距 離 マト リックス、d はグラフの頂 点 次 数 のベクト ルです。
注 : 原 子 の次 数 は、隣 接 する非 水 素 原 子 の数 になります。
m/z
質 量 対 電 荷 比 は、荷 電 粒 子 の電 気 力 学 で使 用 される物 理 量 です。 m/z 比 が同 じ 2 個 の粒 子 は、同 じ電 場 と磁 場
にある場 合 、真 空 中 を同 じ経 路 で移 動 します。
Num Rotatable Bonds (回転可能結合数)
分 子 内 の回 転 可 能 結 合 の数 です。 回 転 可 能 結 合 は、単 結 合 として描 画 される非 環 式 結 合 として定 義 され (アミド
C-N 結 合 、O=C--N が回 転 可 能 です)、端 の原 子 は、少 なくとも 1 つの非 水 素 置 換 基 を持 ちます。 この位 相 パラメータ
第 10 章: 化学的物性
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は分 子 柔 軟 性 の測 定 値 です。 水 素 または末 端 原 子 、アミド の単 結 合 、スルホンアミド に結 び付 いている単 結 合 、2
つのヒンダード 芳 香 族 環 (少 なくとも 3 つのオルト 置 換 基 を持 つ) を結 び付 ける単 結 合 、および不 飽 和 結 合 は、回 転
不 能 と見 なされます。
Ovality (卵形度)
分 子 の形 状 が球 (一 方 の究 極 の形 状 ) または葉 巻 形 (他 方 の究 極 の形 状 ) にどれだけ近 づいているかを表 します。
卵 形 度 は、面 積 に対 する体 積 の比 で表 されます。
ここで、"A" は面 積 、"V" は体 積 、"O" は卵 形 度 です。
ヘリウム原 子 の卵 形 度 は 1.0 です。HC
H (三 重 結 合 12) は約 1.7 です。
24
pKa
pKa は、化 合 物 またはイオンが溶 液 中 で解 離 する傾 向 を表 します。 B が酸 HB の共 役 塩 基 として定 義 されると
き、pKa は次 のように算 出 します。
pKa = -Log10(Ka)
ここで、
Ka = [H+][B] / [HB]
Polar Surface Area (極性表面積)
極 性 表 面 積 (PSA) は、結 合 している水 素 を含 むすべての極 性 原 子 (通 常 は酸 素 と窒 素 ) における表 面 積 の合 計 と
して定 義 されます。
Principal Moment (主モーメント)
分 子 の主 座 標 軸 に関 する主 慣 性 モーメント を表 します。 次 の数 式 を使 用 して、質 量 の中 心 を通 る一 連 の直 線 の慣
性 モーメント が計 算 されます。
ここで、"I" は慣 性 モーメント 、"mi" は質 点 、"di" は回 転 軸 から質 点 までの距 離 です。
距 離 は、質 量 の中 心 の両 側 の I の平 方 根 の逆 数 に比 例 する各 線 に従 って確 立 されます。 これらの距 離 の軌 跡 に
よって楕 円 体 表 面 が形 成 されます。 主 モーメント は、楕 円 体 の主 座 標 軸 に関 連 付 けられます。
3 つのモーメント がすべて等 しい場 合 、分 子 は対 称 コマであると見 なされます。 どのモーメント も等 しくない場 合 、分
子 は非 対 称 コマであると見 なされます。
第 10 章: 化学的物性
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ChemBioFinder 13.0
Radius (半径)
原 子 の離 心 率 は距 離 マト リックスの行 (または列 ) 内 の最 大 値 で、その分 子 が中 心 から離 れている率 を表 します。
直 径 (D) は、全 原 子 の直 径 の最 大 値 で、最 も遠 い原 子 によって計 算 されます。 例 : メタンの直 径 = 0、エタンの直 径
= 1、プロパンの直 径 = 2、n-ブタンの直 径 = 3
半 径 (R) は、半 径 の最 小 値 で、最 も中 心 にいる原 子 によって計 算 されます。 例 : メタンの半 径 = 0、エタンの半 径 =
1、プロパンの半 径 = 1、n-ブタンの半 径 = 2
Shape Attribute (形状属性)
形 状 属 性 (kappa) は、分 子 の分 岐 を測 定 し、特 定 の次 数 において可 能 な最 小 値 と最 大 値 の間 になるように調 節 さ
れます。 1 次 形 状 属 性 は 1 結 合 パスの数 をカウント します。 2 次 属 性 は、2 結 合 パスの数 をカウント します。 次 数 は 3
つ (1 ～ 3) まで使 用 可 能 です。
Shape Coefficient (形状係数)
形 状 係 数 I は、次 の式 によって計 算 されます。
直 径 (D) は、全 原 子 の直 径 の最 大 値 で、最 も遠 い原 子 によって計 算 されます。 半 径 (R) は、半 径 の最 小 値 で、最
も中 心 にいる原 子 によって計 算 されます。
D の値 の例 : メタン = 0、エタン = 1、プロパン = 2、n-ブタン = 3
R の値 の例 : 半 径 : メタン = 0、エタン = 1、プロパン = 1、n-ブタン = 2
Sum Of Degrees (次数合計)
全 原 子 の次 数 の合 計 です。 原 子 の次 数 とは、結 合 している非 水 素 原 子 の数 のことです。
Sum of Valence Degrees (原子価合計)
全 原 子 の原 子 価 の合 計 です。 水 素 を含 んだ隣 接 結 合 次 数 の合 計 が原 子 価 になります。
Topological Diameter (位相直径)
分 子 の最 大 寸 法 です。
Total Connectivity (結合合計)
全 ヘテロ原 子 の結 合 です。
第 10 章: 化学的物性
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ChemBioFinder 13.0
Total Valence Connectivity (原子価結合合計)
全 ヘテロ原 子 の原 子 価 結 合 です。
Vapor Pressure (蒸気圧)
固 相 または液 相 と平 衡 状 態 にある蒸 気 によって加 えられる圧 力 です。 蒸 気 圧 により、気 相 中 の溶 媒 分 子 の濃 度 が
測 定 されます。
蒸 気 圧 は、ラウールの法 則 を使 用 して計 算 できます。 蒸 気 圧 の計 算 式 は次 のとおりです。
"p" は蒸 気 圧 です。"i" は構 成 要 素 指 数 です。"χ" はモル分 率 です。
Water Solubility (水溶性)
特 定 の温 度 および圧 力 下 で、平 衡 状 態 で水 に溶 解 できる物 質 の最 大 量 です。 水 溶 性 の単 位 は mg/L です。
Wiener Index (Wiener 指数)
分 岐 を測 定 します。次 のように定 義 されています。
Dij は、距 離 マト リックスの非 対 角 要 素 です。
ChemBio3D の化 学 的 物 性
B
G
Balaban Index (Balaban 指 数 )
Boiling Point (沸 点 )
C
エネルギー)
H
Spin Density (スピン密 度 )
Molecular Mass (分 子 量 )
Sum Of Degrees (次 数 合 計 )
Molecular surfaces (分 子 表 面 )
Harmonic Zero Point Energy (調 Molecular Topological Index (分 子 位
C
C
Gibbs Free Energy (ギブスの自 由
Mol Weight (分 子 量 )
P
v
第 10 章: 化学的物性
和 ゼロポイント エネルギー)
相指数)
Heat Capacity (熱 容 量 )
Molecular Volume (分 子 体 積 )
Heat of Formation (生 成 熱 )
Mulliken Charges (Mulliken 電 荷 )
Sum of Valence Degrees (原
子価合計)
T
Thermodynamic Energy (熱
力 学 的 エネルギー)
Topological Diameter (位 相
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ChemBioFinder 13.0
直径)
Cluster Count (クラスタ数 )
Connolly Accessible Area (コノリー接 触
面)
Henry’s Law Constant (ヘンリーの Mulliken Populations (Mulliken Pop-
Total Connectivity (結 合 合
法 則 の定 数 )
ulation)
計)
Hyper Polarizability (超 分 極 率 )
m/z
Connolly Molecular Area (コノリー分 子
Hyperfine Coupling Constants (超
面)
微細結合定数)
Connolly Solvent Excluded Volume (コノ
リー溶 媒 排 斥 容 積 )
Critical Pressure (臨 界 圧 力 )
Critical Temperature (臨 界 温 度 )
Critical Volume (臨 界 容 積 )
Total Energy (エネルギー総
量)
Total Valence Connectivity
N
(原 子 価 結 合 合 計 )
Num Rotatable Bonds (回 転 可 能 結
I
合数)
Ideal Gas Thermal Capacity (理
想気体熱容量)
Vapor Pressure (蒸 気 圧 )
O
Internal Energy (内 部 エネルギー) Ovality (卵 形 度 )
Ionization Potential (イオン化 ポテ
ンシャル)
W
P
Water Solubility (水 溶 性 )
Partition Coefficient (分 配 係 数 )
Wiener Index (Wiener 指 数 )
D
K
Dipole (双 極 子 )
Kinetic Energy (運 動 エネルギー) pKa
E
L
Polar Surface Area (極 性 表 面 積 )
Electron Density (電 子 密 度 )
LogP
Polarizability (分 極 率 )
Electrostatic Potential (静 電 的 ポテンシャ
ル)
Elemental Analysis (元 素 解 析 )
Enthalpy (エンタルピー)
Z
Zero-Point Energy (ゼロポイ
ント エネルギー)
Potential Energy (ポテンシャル エネル
LogS
ギー)
Lowdin Charges (Lowdin 電 荷 )
Lowdin Populations (Lowdin Population)
Principal Moment (主 モーメント )
R
Entropy (エント ロピー)
M
Radius (半 径 )
Exact Mass (厳 密 な質 量 )
Mass (質 量 )
RMS Force (RMS 力 )
F
Melting Point (融 点 )
S
Formal Charge (形 式 電 荷 )
Mol Formula (分 子 式 )
SCF Energy (SCF エネルギー)
Frequencies (周 波 数 )
V
Mol Formula HTML (分 子 式
HTML)
Mol Refractivity (モル屈 折 度 )
Shape Attribute (形 状 属 性 )
Shape Coefficient (形 状 係 数 )
ChemBioDraw の特 性
下 に示 す特 性 は、ChemBioDraw Ultra for ChemBioOffice 2012 で計 算 できます。これらの特 性 の詳 細 および計 算 方
法 については、ChemBioDraw オンライン ヘルプを参 照 してください。
B
H
P
Boiling Point (沸 点 )
Heat of Formation (生 成 熱 )
pKa
Henry’s Law Constant (ヘンリーの法 則 の定
C
第 10 章: 化学的物性
数)
T
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ChemBioFinder 13.0
Critical Pressure (臨 界 圧 力 )
L
Critical Temperature (臨 界 温 度 )
LogP
Critical Volume (臨 界 容 積 )
LogS
CLogP/CMR
M
G
Melting Point (融 点 )
Gibbs Free Energy (ギブスの自 由 エネルギー)
MR
第 10 章: 化学的物性
tPSA
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ChemBioFinder 13.0
リレーショナル データとサブフォーム
サブフォームを使 うと、リレーショナル データベース内 の複 数 のデータ テーブルを操 作 できます。サブフォームを使 うに
は、ChemBioFinder 13.0 のフォームとデータベースの使 い方 を習 得 していることが必 要 です。
リレーショナル データへのアクセス
サブフォームは、メイン フォーム内 に作 成 される特 別 なボックスで、独 立 したフォーム ファイルのように扱 うことができます。
サブフォームはデータベースに保 存 された情 報 を表 示 するために使 われますが、通 常 はメイン フォームと異 なるデータベー
ス (または、メイン フォームと同 じデータベース内 の異 なるテーブル) のデータを表 示 します。サブフォームは、通 常 メイン
フォームにリンクされているため、メイン フォームにデータが取 り込 まれると、サブフォームにも関 連 するレコード が取 り込 ま
れます。
他 のタイプのボックスと同 じように、サブフォームをメイン フォーム上 で選 択 、移 動 、サイズ変 更 できます。ただし、サブ
フォームを選 択 するには、サブフォーム内 をクリックするのではなく、タイト ル バーをクリックする必 要 があります。サブフォーム
内 をクリックすると、ボックス内 にある小 さなフォームがアクティブになり、この中 での作 業 が可 能 になります。
サブフォームの使 用 例 を以 下 に示 します。
データ間 に "1 対 多 " の関 係 がある場 合 。これは、異 なるテーブルに保 存 された化 学 構 造 式 とその物 性 データを同 時
に表 示 したい場 合 などに該 当 します。
薬 品 の在 庫 を管 理 していて、パッケージのサイズと価 格 が互 いに関 連 しているため、これらの情 報 を同 じ場 所 に保
存 したい場 合 。ところが、各 薬 品 にパッケージ サイズが多 数 ある場 合 に、新 しいパッケージが追 加 されるたびに構 造
式 を繰 り返 し描 画 するのは効 率 的 ではありません。そこで、化 学 構 造 式 と物 性 データをメイン フォームに入 力 し、パッ
ケージ サイズと価 格 をサブフォームに入 力 するようにすれば、このような処 理 を効 率 よく行 うことができます。構 造 式 と
物 性 は一 度 入 力 するだけで済 み、パッケージ サイズと価 格 はそのつど必 要 なだけ繰 り返 し入 力 することになります。
これらの 2 つのデータ テーブルをリンク フィールド でリンクして、テーブル同 士 を関 連 付 ける (リレーショナルにする) と、2 つの
テーブルを連 動 させることができます。リンク フィールド は、メイン フォーム上 でレコード ごとに異 なっていれば、内 容 に関 係
しません。リンク フィールド には、さまざまな形 式 の ID 番 号 が使 用 されます。メイン フォームを閲 覧 すると、サブフォームに
対 応 するレコード が表 示 されます。
サブフォームの作 成
サブフォームの作 成 、フォーム オブジェクト の配 置 、データベースへの接 続 の方 法 は、メイン フォームの場 合 と同 じです。
手 順 の詳 細 については、32 ページの 「フォーム」 を参 照 してください。
バージョン 8.0 以前のユーザー向け情報
ChemBioFinder 13.0 は、バージョン 8.5 にてサブフォームの作 成 とリンクが簡 略 化 されました。それ以 前 のバージョンの
ユーザーは、次 の点 に注 意 してください。
新 たに追 加 されたダイアログ ボックスで、サブフォーム ボックスとそのサブフォームの両 方 のプロパティを設 定 できます。こ
のダイアログ ボックスで、詳 細 な設 定 もすべてまとめて行 うことができます。
新 しいダイアログ ボックスでは、Database、Table、Field の各 タブに、親 フォームではなくサブフォーム自 体 のデータ
ソースの情 報 が反 映 されています。ダイアログ ボックスのデータベース ツリー コント ロールもサブフォームのデータ ソースを
第 11 章: リレーショナル データとサブフォーム
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ChemBioFinder 13.0
表 します。親 データ ソースが異 なる場 合 には、Explorer ウィンド ウで親 データ ソースのツリー コント ロールを表 示 できま
す。
旧 バージョンと同 様 に Form タブにはサブフォームのプロパティが表 示 され、Subform タブにはボックスのプロパティおよ
びサブフォームと親 フォームのリンク関 係 が表 示 されます。
新 しいサブフォームの作 成 時 にサブフォーム内 をクリックすると、ボックス ヘッダーをクリックした場 合 と同 じダイアログ
ボックスが表 示 されます。
新 しいサブフォーム ボックスを作 成 すると、操 作 が行 いやすいようにこのダイアログ ボックスが自 動 的 に表 示 されます。
サブフォームの作 成 を終 了 すると、サブフォーム ツールの選 択 が解 除 されます。これにより、サブフォーム ボックス内 に
データ ボックスを作 成 しているつもりで誤 ってサブフォーム ボックスを描 画 し、別 のサブフォームを作 成 してしまう間 違 い
を防 ぐことができます。
サブフォームの手動作成
サブフォームを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ChemBioFinder 13.0 を起 動 してフォームを開 くか新 規 作 成 します。フォームには 1 つ以 上 のデータ ボックスがあり、既
存 のデータベースにリンクされている必 要 があります。
2. Form ツールバーの Subform をクリックします。
3. フォーム内 をクリックし、ド ラッグしてデータ ボックスを作 成 します。マウス ボタンを放 すと Subform Properties ダイアロ
グ ボックスが表 示 されます。
既 定 値 では、新 しく作 成 されたサブフォームには、そのメイン フォームと同 じデータベースが割 り当 てられています。
サブフォームに別 のデータ ソースを割 り当 てるには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Open Database をクリックします。Open ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. データベースを選 択 して Open をクリックします。
3. リンクするテーブル (ここでは Synonyms) を選 択 します。
4. Form タブをクリックします。Generate form チェック ボックスをオンにします。スタイルを設 定 する場 合 は、Style をク
リックします。フォーム スタイルの詳 細 については、33 ページの 「フォームの自 動 作 成 」 を参 照 してください。
5. Subform タブをクリックします。このタブには、これまでの設 定 内 容 に合 った妥 当 なデータ (Link To SYNONYMS
(subform) = SYN_ID、Title = Synonyms) が表 示 されるはずです。
6. Link from MOLTABLE (main form) ド ロップダウン メニューの Mol_ID を選 択 します。
注: サブフォームとメイン フォームを関連付けて使用するには、両方に共通するフィールド が必要です。このフィールド をリンク
フィールド と呼びます。メイン フォームのリンク フィールド とサブフォームのリンク フィールド は、同じデータ タイプ (テキスト、整数、
実数など) のフィールド でなければなりません。ただし、フィールド 名を同じにする必要はありません。
7. ボックス プロパティを必 要 に応 じて変 更 します。たとえば、ボックス タイト ル、フォント 、スクロールバーの有 無 などを適
切 な設 定 にしてください。
8. OK をクリックします。新 しいサブフォームが開 き、別 名 が 1 つ表 示 されます。
9. オプション操 作 : サブフォーム ボックスをダブルクリックし、テーブル ビューに切 り替 えることもできます。サブフォームが選
択 したデータベースに接 続 されます。
第 11 章: リレーショナル データとサブフォーム
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ChemBioFinder 13.0
この例 では、あるレコード がメイン フォームに取 り込 まれると、Molname フィールド によって CS_Demo の Synonyms テー
ブルの Synonym フィールド が検 索 され、サブフォームにその検 索 結 果 が表 示 されます。
サブフォーム生成機能
サブフォーム自 動 生 成 機 能 は、フォーム自 動 生 成 機 能 (33 ページの 「フォームの自 動 作 成 」 を参 照 ) の一 部 です。
サブフォームを生 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 現 在 のフォームの空 白 部 分 を右 クリックし、コンテキスト メニューの Data Source... をクリックします。Form Properties
ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Form Properties ダイアログ ボックスで、Form タブをクリックします。
3. Generate form チェック ボックスをオンにし、次 に Style... をクリックします。Form Generation ダイアログ ボックスが表 示
されます。
4. Subforms をクリックします。Subform Generation ダイアログ ボックスが表 示 されます。
5. 追 加 するサブフォームごとに次 の操 作 を行 ってください。
a. Link from ボックスでフィールド を選 択 し、親 フォームのリンク元 フィールド を指 定 します。
b. Link to ボックスで、サブフォームに表 示 するテーブルを展 開 し、サブフォームのリンク先 フィールド を選 択 します。
c. Add をクリックして、選 択 したサブフォームを生 成 リスト に追 加 します。
6. サブフォームのリンクをすべて追 加 したら、OK をクリックしてダイアログ ボックスを閉 じ、Form Generation ダイアログ
ボックスに戻 ります。
既存のサブフォームのレイアウト 変更
フォーム生 成 機 能 を使 用 して、既 存 のサブフォームのレイアウト を自 動 的 に変 更 できます。
既 存 のサブフォームのレイアウト を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. サブフォーム データ ボックスのタイト ル バーを右 クリックし、コンテキスト メニューの Properties... コマンド をクリックしま
す。Box Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Box Properties ダイアログ ボックスの Form タブをクリックします。
3. Generate form チェック ボックスをオンにし、次 に Style... をクリックします。Form Generation ダイアログ ボックスが表 示
されます。左 側 のパネルを見 ると、すべてのフィールド が既 定 値 で選 択 されています。
4. Choose fields to be included セクションのフィールド のうち、フォームに含 めないものを選 択 解 除 します。
5. Form style セクションで、フォームのオプションを選 択 します。オプションについては、33 ページの 「フォームの自 動 作
成 」 を参 照 してください。
6. OK をクリックします。
7. Properties ダイアログ ボックスをクリックします。
警 告 のダイアログ ボックスが表 示 されます。ここで新 規 のフォームを作 成 するか、それとも既 存 のフォームを置 き換 えるか
を選 択 できます。No をクリックすると新 規 のフォームが作 成 され、Yes をクリックすると既 存 のフォームが置 き換 えられま
す。サブフォームは自 動 的 に変 更 されます。
第 11 章: リレーショナル データとサブフォーム
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ChemBioFinder 13.0
サブフォームの操 作
サブフォームを操 作 するには、そのサブフォームを選 択 する必 要 があります。サブフォームを選 択 すると、そのサブフォームの
タイト ル バーが強 調 表 示 されます。サブフォームの選 択 後 に、ツールバーが有 効 になります。各 種 レコード ツールを使 っ
て、サブフォームを閲 覧 したりレコード を追 加 したりできます。
サブフォームを選 択 するには、次 の操 作 を行 ってください。
サブフォーム内 の任 意 の場 所 をクリックします。
メイン フォームに戻 るには、次 の操 作 を行 ってください。
メイン フォームをクリックします。
サブフォームのボックスを選 択 するには、次 の操 作 を行 ってください。
選 択 ツールで、タイト ル バーをクリックします。
サブフォームの検 索
サブフォームでも、メイン フォームと同 じように検 索 できます。サブフォームとメイン フォームを同 時 に検 索 することもできま
す。
サブフォームを検 索 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Search メニューの Enter Query をクリックします。サブフォームとメイン フォームがクリアされます。
ヒント: Search ツールバーの Enter Query アイコンをクリックするか、Ctrl + F キーを押 す方 法 もあります。
2. サブフォームのデータ ボックスにクエリを入 力 します。クエリの入 力 方 法 の詳 細 については、99 ページの 「クエリ」 を参
照 してください。
3. Search メニューの Find をクリックします。
サブフォームがメイン フォームにリンクされている場 合 は、メイン フォームのレコード のうちサブフォームの検 索 結 果 に関 連
するレコード がヒット リスト に含 められます。サブフォーム検 索 のヒット リスト も、メイン フォームで検 索 した場 合 のヒット リス
ト と同 じように閲 覧 、保 存 できます。
サブフォームがメイン フォームにリンクしていない場 合 は、サブフォームはメイン フォームから独 立 して動 作 し、検 索 は連
動 しません。
テーブル形式でのサブフォーム データの表示
サブフォーム内 の複 数 のレコード がメイン フォーム内 の 1 つのレコード に関 連 付 けられている場 合 は、メイン フォームを閲
覧 しながらサブフォームをテーブル形 式 で表 示 すると便 利 です。テーブル ビューでは、メイン フォーム内 の各 エント リに関
連 するレコード が一 覧 表 示 されます。
サブフォームをテーブル ビューで表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
サブフォームを選 択 し、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
テーブル内 のレコード をダブルクリックします。
View>Data Table>In Current Window の順 に選 択 します。
第 11 章: リレーショナル データとサブフォーム
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ChemBioFinder 13.0
Ctrl + T キーを押 します。
Switch to Table ツールをクリックします。サブフォーム内 の複 数 のレコード がテーブル ビューで表 示 されます。
フォーム ビューに戻 るには、上 の操 作 を繰 り返 します。
サブフォームのグラフ
第 3 のビューはグラフ ビューです。BioViz を用 いて、サブフォームに接 続 されたデータ テーブルの数 値 フィールド から
1D、2D、またはヒスト グラムのグラフを作 成 することができます。
サブフォームのグラフを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
注: 現在操作しているフォームのサブフォームに少なくとも 1 つの数値データ列が必要です。
1. サブフォーム ボックスをクリックしてアクティブにします。
2. View メニューの Subform Plot View をクリックします。BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. グラフをセット アップします。詳 細 については、164 ページの 「グラフの作 成 」 を参 照 してください。サブフォームのデータ
ボックスにグラフが表 示 されます。
注: 2D グラフの場合は、サブフォームのデータ ボックスに関連付けられたデータ テーブルに両方の数値フィールド が含まれている
必要があります。
サブフォームのグラフは、BioViz の通 常 のグラフほど機 能 的 に充 実 していません。マウス ポインタを合 わせるとデータ ポイ
ント は強 調 表 示 されますが、選 択 、フィルタ、色 分 けの機 能 はありません。選 択 機 能 が無 効 なため、サブフォームのグラ
フは常 に "Zoom On Drag" モード となります。
Ctrl + W キーでフォーム、テーブル、グラフの各 ビューが順 に切 り替 わります。Switch to Table ツールはフォームとテーブル
の間 でだけ切 り替 わります。これはサブフォームをダブルクリックしても同 じです。
ヒント: サブフォームの選 択 状 態 はメイン フォームをクリックするまで続 くので、サブフォーム内 だけを閲 覧 することができ
ます。グラフが表 示 されている場 合 は、閲 覧 しても何 も起 こりません。
サブフォームのグラフが表 示 されているときメイン フォームからテーブル ビューに切 り替 えると、グラフの表 示 はアクティブなグ
ラフからグラフィックへと変 化 します。
サブフォームでのスクリプト の使用
テーブル ビューでサブフォーム内 の項 目 がクリックされたときに CAL スクリプト を実 行 するという設 定 も可 能 です。このとき、
サブフォームはリスト 選 択 ボックスとして使 用 できます。このスクリプト では、クリックされた項 目 を CAL コマンド で抽 出 し、そ
れに対 して動 作 を実 行 します。CAL の詳 細 については、249 ページの 「CAL コマンド 」 を参 照 してください。
CAL スクリプト を指 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. サブフォームのヘッダーを右 クリックし、コンテキスト メニューの Properties... をクリックします。Subform Properties ダイア
ログ ボックスが表 示 されます。
2. Table script ボックスに CAL スクリプト の名 前 を入 力 するか、Edit をクリックしてスクリプト を選 択 します。
第 11 章: リレーショナル データとサブフォーム
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ChemBioFinder 13.0
3. OK をクリックします。テーブル ビューでは、スクリプト へのホット リンクが設 定 されているエント リは、下 線 の付 いた青 い
文 字 で表 示 されます。
4. ホット リンクをクリックしてスクリプト を実 行 します。
第 11 章: リレーショナル データとサブフォーム
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ChemBioFinder 13.0
BioViz
BioViz では、別 のアプリケーションにデータをエクスポート しなくても、データやそのサブセット 内 にある傾 向 や相 関 関 係 を
見 つけることができます。グラフ ウィンド ウはいくつでも開 くことができ、ウィンド ウごとに異 なる方 法 を使 って現 在 のフォーム
にあるデータを視 覚 化 できます。
BioViz による作 業 は Structure ウィンド ウとクエリ ツリーを表 示 した状 態 で行 ってください。Structure ウィンド ウとクエリ ツ
リーを使 わなくてもグラフは作 成 できますが、グラフの操 作 を行 う際 に大 変 役 立 ちます。BioViz による作 業 を開 始 する前
に、View メニューで Structure ウィンド ウと Explorer ウィンド ウをアクティブにしてください。Structure ウィンド ウを使 うと
フォーム上 のスペースを使 わずに構 造 式 を表 示 することができます。Explorer ウィンド ウのクエリ ツリーは、複 数 のヒット リ
スト を管 理 するのに便 利 です。
新 しいグラフの作 成 と既 存 のグラフの表 示 や削 除 を行 うには、View メニューの BioVizPlots サブメニューを使 用 します。グ
ラフはフォームと一 緒 に保 存 され、フォームを開 くとそのグラフも開 きます。ただし、開 いたときにグラフが非 表 示 になってい
ることもあります。
グラフの作 成
BioViz による作 業 を開 始 するには、使 用 するデータのセット を選 択 します。データベース全 体 をグラフ化 したり、データ
ベース クエリの結 果 のみをグラフ化 することができます。グラフにフィルタをかけて特 定 のデータセット に範 囲 を制 限 すること
もできます。
グラフを新 しく作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. View>BioViz Plots>New の順 に選 択 します。BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Dimension (1 つの変 数 か 2 つの変 数 ) と Style (折 れ線 グラフ、散 布 図 、またはヒスト グラム) を選 択 します。
3. ド ロップダウン リスト から変 数 を選 択 します。
4. オプション操 作 : 必 要 に応 じて他 のオプションを選 択 し、名 前 を変 更 します。
5. OK をクリックしてグラフを表 示 します。新 しいウィンド ウが開 いてグラフが表 示 されます。
2D グラフでは、X 軸 と Y 軸 にそれぞれ 1 つの数 値 フィールド を割 り当 てることができます。1D グラフでは、X 軸 はレコード
番 号 を示 し、Y 軸 に割 り当 てる値 のみを選 択 できます。ヒスト グラムの場 合 、X 軸 に示 す値 を 1 つ選 択 してください。Y
軸 は頻 度 を示 します。
変 数 フィールド の選 択 や 1D グラフの作 成 には、プロパティ フィールド を右 クリックしてコンテキスト メニューから BioViz Plot
を選 択 する方 法 もあります。
数 値 データ ボックスを右 クリックすると、その値 を X 軸 または Y 軸 に割 り当 てたり、1D グラフの対 象 にすることができます。
後 者 の場 合 は、マウス ボタンを放 すと直 ちにグラフが表 示 されます。2D グラフの場 合 は、もう一 方 の軸 に割 り当 てるデー
タ ボックスを選 択 する必 要 があります。Reset X,Y では X 軸 と Y 軸 の設 定 をともにクリアしてグラフを作 り直 すことができま
す。
ヒスト グラム
ヒスト グラム グラフは 1 変 数 のグラフを選 択 したときだけ有 効 になります。BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスでヒス
ト グラム グラフを選 択 すると、グラフ化 する軸 が X に切 り替 わり、ビンの選 択 ができるようになります。
第 12 章: BioViz
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ChemBioFinder 13.0
ヒスト グラムの各 ビンに高 低 のカット オフ ポイント が示 されます。また、ビンにマウス ポインタを合 わせると、ステータス バーに
そのビンのデータが表 示 されます。
クエリをオーバーレイしているときは、ヒスト グラムのバー内 に選 択 したクエリの部 分 構 成 が表 示 されます。
図 12.1: オーバーレイしたクエリによるヒストグラム表 示
グラフのオプション
BioViz のオプションは BioViz Properties ダイアログ ボックスか、右 クリックで表 示 されるコンテキスト メニューから指 定 でき
ます。コンテキスト メニューの一 部 のコマンド は、Properties ダイアログ ボックスにあるものと重 複 しています。
General タブ
ダイアログ
ボックスのオプ 説 明
ション
Dimension
グラフ化 する変 数 の数 を指 定 します。現 在 のところ 1 次 元 または 2 次 元 のグラフを作 成 できます。
Style
Line (折 れ線 )、Scatter (散 布 図 )、または Histogram (ヒスト グラム) を作 成 できます。
Number: 値 の全 範 囲 に n 個 のビンを均 等 に配 分 します (n は 500 以 下 )。
Bin
Size: サイズが n のビンを設 定 します。ビンの数 は値 の範 囲 によって決 まります。
Log scale
Base
Name
Locked
第 12 章: BioViz
対 数 表 示 のときは、このオプションを選 択 します。
対 数 の底 を指 定 します。数 値 を入 力 してください。たとえば e を底 とする対 数 の場 合 は
「2.718281828」と入 力 します。
BioViz では、連 番 (BioViz1 など) を使 って自 動 的 にグラフに名 前 が付 けられます。他 の名 前 を付 け
るにはこのフィールド を編 集 します。
表 示 をロックします。表 示 をロックしているときには、次 のものは効 果 を持 ちません。
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ダイアログ
ボックスのオプ 説 明
ション
フィルタ
現 在 のリスト の変 更
リスト の色 分 け
BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスのオプション (Name 以 外 ) がブロックされます。Display and
Analysis タブのオプションは、グレー表 示 ではありませんが、すべてブロックされます。
選 択 とマウスオーバーには影 響 しません。
Point limit
グラフの最 大 ポイント 数 を設 定 します。非 常 に大 きなデータセット をグラフ化 するときに、時 間 を制 限
するために使 用 します。
Display タブ
ダイアログ ボックスのオプション
説明
Point shape
ポイント 図 形 (円 、四 角 、ダイヤ、三 角 、十 字 、星 形 ) を選 択 します。
Point size
ポイント のサイズを選 択 します。2 ～ 20 の値 を指 定 できます。
Comment
凡 例 を入 力 するテキスト ボックス。
Background
グラフの背 景 色 を選 択 します。
Label
X 軸 と Y 軸 のカスタム ラベルを入 力 するテキスト ボックス。
Show grid
グリッド を表 示 するオプション。X 軸 と Y 軸 を別 々 に選 択 できます。
Font
フォント を選 択 します。凡 例 、X 軸 、Y 軸 に異 なるフォント を使 用 できます。
コンテキスト メニューのオプション
メニュー オプション
説明
Properties...
BioViz Properties ダイアログ ボックスを開 きます。
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メニュー オプション
説明
Filter Window
Filter ウィンド ウを開 きます。詳 細 については、173 ページの 「フィルタ」 を参 照 してください。
グラフ上 で長 方 形 をド ラッグしたときの操 作 モード を切 り替 えます。Zoom On Drag がオンの場 合
Zoom on Drag
は、ド ラッグで長 方 形 を作 成 してマウスを放 すと、その部 分 が拡 大 表 示 されます。このチェック
ボックスがオフの場 合 は、ド ラッグ操 作 によりデータ ポイント が選 択 されますが、拡 大 表 示 はされま
せん。表 示 がロックされていても、縮 尺 率 はズーム機 能 を使 ってリセット できます。
Unzoom
Rescale to All
Points
ズームで縮 尺 率 を変 更 した後 で、元 の表 示 にリセット します。
表 示 されているポイント がグラフ ウィンド ウ全 体 に収 まるように、縮 尺 率 を調 整 します。
Autoscale
検 索 の実 行 やリスト の復 元 などによりリスト が変 更 されると、縮 尺 率 を自 動 調 整 します。
Locked
表 示 をロックします。詳 細 については、165 ページの 「グラフのオプション」 を参 照 してください。
Copy Image
グラフをクリップボード にコピーします。コピーしたグラフは他 のド キュメント に貼 り付 けることができま
す。
選 択 したデータ ポイント に基 づくヒット リスト を作 成 します。このリスト はクエリ ツリーに表 示 され、
通 常 の検 索 クエリの結 果 と同 じように扱 われて保 存 されます。
Selection to List
この方 法 で選 択 したリスト には Restore Query コマンド を使 用 できませんが、Restore List を使 っ
てレコード を取 得 することはできます。
グラフの表 示
ChemBioFinder には、データを BioViz グラフの形 式 で表 示 するために、次 の 3 つのウィンド ウがあります。
Structure ウィンド ウ ― データ ポイント にマウス カーソルを合 わせたときに、そのデータ ポイント の構 造 式 が表 示 されま
す。フォームを表 示 していない場 合 またはフォームに別 のレコード が表 示 されている場 合 に使 用 します。
Details ウィンド ウ ― データ ポイント にマウス カーソルを合 わせたときに、選 択 したフィールド のデータがデータベースまた
は子 テーブルから表 示 されます。フォームを表 示 していない場 合 またはフォームに別 のレコード が表 示 されている場 合
に使 用 します。
Filters ウィンド ウ ― グラフのフィルタ処 理 に使 用 されているフィールド について、フィルタ バーが表 示 されます。
ヒント: 一 部 の機 能 を表 示 するには、ウィンド ウをタイル表 示 にしてフォームとグラフを同 時 に表 示 する必 要 がありま
す。
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グラフの詳細の表示
BioViz でグラフを表 示 すると、Details ウィンド ウにフィールド の値 (構 造 式 以 外 ) が表 示 されます。
Details ウィンド ウを表 示 するには、View メニューの Details Window をクリックします。ウィンド ウは、既 定 値 では浮 動 表
示 ですが、他 のウィンド ウにド ッキングもできます。
Details ウィンド ウに新 しいフィールド を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Details ウィンド ウを右 クリックします。
2. 表 示 するフィールド を選 択 します。選 択 したフィールド の横 にチェック マークが表 示 されます。フィールド は選 択 した順
序 で表 示 されます。
3. Details ウィンド ウからフィールド を削 除 するには、右 クリックして選 択 を解 除 します。
データ ポイント の選択
Bioviz のグラフ上 の各 ポイント は、データベースの 1 つのレコード を表 します。グラフ上 のポイント を選 択 すると、そのポイン
ト が表 すデータが表 示 されます。選 択 されたポイント は、塗 りつぶしのない赤 の二 重 丸 で示 されます。ポイント の上 にマウ
ス ポインタを置 くと、円 の中 心 が塗 りつぶされた状 態 になります。クエリに属 するポイント は、黒 い丸 のない色 付 きの点 と
して表 示 されます。
空のポイント の削除
X 値 を持 つが Y 値 を持 たないポイント は空 のポイント であり、グラフ上 で特 別 なマーカーが付 けられました。また、Y 値 は
あるが X 値 はないポイント は省 略 されていました。BioViz では、空 の X ポイント と空 の Y ポイント は省 略 されます。省 略
されたポイント には必 ずメモが付 きます。省 略 されたポイント を確 認 するには、グラフの下 部 の Notes をクリックします。
クエリのグラフ化
クエリを実 行 して (99 ページの 「クエリ」 を参 照 ) フォームにヒット リスト が 1 つ以 上 生 成 されると、BioViz グラフに現 在 の
ヒット リスト の結 果 が表 示 されます。ヒット リスト を選 択 して現 在 のヒット リスト にする代 わりに、オーバーレイを表 示 するこ
とができます。
たとえば次 の図 は、コント ロール群 に対 するスクリーニング試 験 の結 果 を示 します。
図 12.2: スクリーニング試 験 の結 果
2.5SD を超 える異 常 値 をコント ロール群 から除 外 するには、次 の操 作 を行 ってください。
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SDs Above Control フィールド で <2.5 と >-2.5 を検 索 します。
グラフにヒット リスト の結 果 が表 示 されます。
注: 既定値ではヒットが元のリストと同じスケールに表示されるので、ウィンド ウの一部に固まって表示されグラフが見づらくなる
可能性があります。その場合には、グラフを右クリックして Rescale to All Points か Auto-scale を選択します。Rescale to All
Points は現在のデータ ポイントのみに適用されます。Auto-scale を選択すると、それ以降のすべての検索およびリスト操作に
よりグラフの縮尺率が自動的に調整されます。
オーバーレイの結 果 をフル リスト に重 ねて表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Explorer ウィンド ウのクエリ ツリーを開 きます。
2. Full List をダブルクリックしてこれを現 在 のリスト にします。
3. クエリをクリックすると、これが現 在 のリスト に重 なって表 示 されます。
クエリ ツリーを一 度 クリックしてリスト を選 択 するか、ツリーのコンテキスト メニューから Color On Plot を選 択 すると、グラフ
のデータ ポイント に色 が付 きます。色 付 けされたポイント は、選 択 したリスト とグラフ化 したリスト の両 方 に含 まれていま
す。一 度 に複 数 のリスト を色 付 けすることができます。グラフ上 で色 付 けされたリスト の項 目 はクエリ ツリーでチェック
マークが表 示 されます。リスト をもう一 度 クリックすると色 付 けが解 除 され、チェック マークもなくなります。
グラフの同期
1 つのフォームに割 り当 てられている複 数 のグラフは同 期 されます。1 つのグラフでポイント を選 択 する (マウス ポインタを
合 わせる) と、他 のすべてのグラフで同 じポイント が強 調 表 示 されます。また、関 連 する構 造 式 が Structure ウィンド ウに
表 示 されます。
ただし、いずれかのグラフがヒスト グラムの場 合 には、この動 作 とは多 少 異 なります。マウス ポインタを合 わせるのではな
く、実 際 にヒスト グラム バーを選 択 して、他 のグラフのポイント を強 調 表 示 する必 要 があります。折 れ線 グラフまたは散 布
図 のポイント にマウス ポインタを合 わせると、対 応 するヒスト グラム バーの中 央 のポイント が強 調 表 示 されます。
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図 12.3: 同 期 されたヒストグラム
表 示 の変 更
データ ポイント を選 択 してグラフを作 成 したら、表 示 を次 のように変 更 することができます。
色 の変 更 ― グラフの色 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
a. Explorer ウィンド ウのクエリ ツリーを開 きます。
b. リスト を右 クリックし、コンテキスト メニューから Change Color... コマンド をクリックします。
c. color メニューから新 しい色 を選 択 します。
選 択 とズーム ― グラフの一 部 を選 択 してズームする方 法 は次 のとおりです。
グラフの一 部 を選 択 するには、次 の操 作 を行 ってください。
a. ド ラッグして目 的 の部 分 に長 方 形 を描 きます。長 方 形 の部 分 が赤 で表 示 されます。
b. 複 数 の部 分 を選 択 するには、Shift キーまたは Ctrl キーを押 しながらド ラッグします。
グラフの一 部 を拡 大 表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
a. グラフを右 クリックし、コンテキスト メニューから Zoom on Drag をクリックします。このオプションは切 り替 えスイッチな
ので、もう一 度 クリックするとズーム機 能 がオフになります。
b. ド ラッグして目 的 の部 分 に長 方 形 を描 きます。
マウス ボタンを放 すと、グラフが拡 大 されて選 択 したポイント のみが表 示 されます。グラフを拡 大 表 示 すると、スクロー
ルバーが表 示 されます。スクロールバーを使 って拡 大 したグラフの表 示 部 分 を調 整 できます。スクロールバーの "丸 付
きの点 " アイコンをクリックすると、その軸 が前 の縮 尺 率 に戻 ります。
元 の全 体 表 示 に戻 すには、右 クリックしてコンテキスト メニューから Unzoom コマンド をクリックします。
グラフの種 類 の変 更 ― 既 存 のグラフの種 類 を変 更 できます。たとえば、散 布 図 をヒスト グラムに変 更 することができま
す。
a. グラフを右 クリックし、コンテキスト メニューから Properties... コマンド をクリックします。
b. Properties ダイアログ ボックスでグラフの種 類 を選 択 して、OK をクリックします。
グラフが新 しいスタイルで表 示 されます。
フィールド の変 更 ― X 軸 と Y 軸 に対 応 付 けるフィールド をコンテキスト メニューで変 更 できます。
a. 軸 のすぐ下 または左 の数 値 の領 域 をポイント します。
b. 右 クリックします。対 応 付 け可 能 なフィールド の一 覧 がコンテキスト メニューに表 示 されます。
c. この軸 に対 応 付 ける別 のフィールド を選 択 します。
注 : フィールド を変 更 できるのは、グラフがロックされていない場 合 のみです。
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データ テーブル ビューでは、部 分 構 造 式 検 索 を R-基 の置 換 基 のテーブルとして表 示 できます。
統計分析
BioViz のグラフで統 計 分 析 を実 行 できます。2 変 数 を指 定 すると、BioViz Properties ダイアログ ボックスに第 3 のタブが
表 示 されます。
図 12.4: 2 つの変 数 を指 定 すると、Analysis タブが表 示 される
記 述 統 計 では、X と Y の両 変 数 に対 して、最 小 値 、最 大 値 、平 均 値 、中 央 値 、および標 準 偏 差 を計 算 できます。
決 定 係 数 は、曲 線 近 似 を選 択 している場 合 のみ利 用 できます。
注 : 決 定 係 数 は、曲 線 近 似 を選 択 している場 合 に利 用 できます。
図 12.5: BioDraw 分 析
バージョン 12 では、記 述 統 計 の結 果 がグラフ上 に表 示 されます。
バージョン 10 のグラフ
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図 12.6: 1) 記 述 統 計 分 析
バージョン 11 のグラフ
図 12.7: 統 計 分 析 の結 果 の表 示
直 線 、二 次 曲 線 、または三 次 曲 線 の曲 線 近 似 を選 択 できます。また、1 ～ 3 の標 準 偏 差 の信 頼 区 間 も表 示 できま
す。記 述 統 計 と曲 線 近 似 のいずれも、レコード セット が変 更 されたりフィルタが適 用 されたりすると動 的 に更 新 されます。
注 : 一 方 の軸 が対 数 だと曲 線 近 似 の結 果 は不 正 確 になります。たとえば、オリジナルのデータを直 線 近 似 してから
対 数 グラフに変 換 すると曲 線 になります。
グラフを作 成 したら、表 示 を整 形 して見 やすくすることができます。その方 法 は 2 つあります。1 つはフィールド のデータの
ソート 、もう 1 つはフィルタの使 用 です。
ソート
グラフ整 形 には、まず最 初 に ChemBioFinder 13.0 の標 準 ソート 機 能 を使 用 します。ソート は昇 順 または降 順 に実 行
できます。データセット を特 定 のフィールド によりソート するには、2 つの方 法 があります。
フィールド ボックスを右 クリックし、コンテキスト メニューから Sort を選 択 します。
データ テーブル ビューを表 示 し、ソート するフィールド のテーブル ヘッダーをダブルクリックします。
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フィルタ
BioViz のフィルタ機 能 を使 って範 囲 の端 をト リミングし、表 示 する変 数 の範 囲 を制 限 します。この方 法 でグラフから高 ポ
イント 、低 ポイント 、またはその両 方 を除 外 することができます。フィルタは、グラフのどちらか一 方 の変 数 に適 用 すること
も、両 方 の変 数 に適 用 することもできます。また、他 の変 数 に基 づいてデータセット をフィルタすることもでき、グラフ 1 つあ
たり最 大 31 のフィルタを使 用 できます。
図 12.8: フィルタ スライダ
フィルタは、Filter ウィンド ウで設 定 します。このウィンド ウが表 示 されていない場 合 は、View メニューの Filter Window の
横 にあるボックスにチェックを入 れてください。フィルタを設 定 するときには、次 のようになります。
当 該 のフォームに関 連 付 けられているすべてのグラフに影 響 します。ただし、フィルタを適 用 する前 にロックしたグラフは
除 きます。
当 該 のフィールド に値 がないポイント については、そのフィールド に対 するフィルタが可 視 の場 合 には非 表 示 になりま
す。
範 囲 がスライダの下 側 に黒 で表 示 され、設 定 ポイント がスライダの上 側 に赤 で表 示 されます。フィルタの名 前 は、右 側
ではなく、中 央 に表 示 されます。スライダの操 作 方 法 に変 更 はありません。
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図 12.9: Filter ウィンド ウ、Details ウィンド ウ、Structure ウィンド ウを縦 に並 べて表 示 した状 態
フィルタをアクティブにするには、次 の操 作 を行 ってください。
Filter ウィンド ウを右 クリックし、リスト から変 数 を選 択 します。コンテキスト メニューを再 度 表 示 すると、その変 数 の横 に
チェック マークが付 いています。
フィルタを削 除 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Filter ウィンド ウを右 クリックしてコンテキスト メニューを表 示 し、変 数 をクリックして選 択 を解 除 します。
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次 のバイオアッセイの例 は、オクタノール/水 分 解 係 数 (CLogP) を Fold_Above_Control という反 応 測 定 値 に対 してグラ
フ化 した 2 つのグラフです。2 つ目 のグラフには、モル屈 折 度 によるフィルタを適 用 しています。1 つ目 のグラフは、フィルタ
の影 響 を受 けないようにロックされています。
図 12.10: グラフのロック
フィルタを適 用 するには、次 の操 作 を行 ってください。
スライダの端 にあるボックスをド ラッグします。
下 の図 では、Molar_Refractivity が 10 ～ 33 の範 囲 にグラフが制 限 されています。
図 12.11: ヒストグラムのフィルタ
フィルタ スライダの調整
範 囲 の上 端 と下 端 (またはいずれか一 方 ) を設 定 した後 で、範 囲 全 体 を移 動 できます。たとえば、約 250 度 (501.3 K
～ 753 K) の範 囲 を表 示 するように Boiling Point フィルタが設 定 されます。
図 12.12: フィルタ スライダの調 整
第 12 章: BioViz
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スライダの青 色 の部 分 をド ラッグすると、グラフ内 の任 意 の 250 度 の範 囲 を自 由 に表 示 できます。表 示 範 囲 が 651.5 K
～ 903.2 K に移 動 しています。範 囲 のサイズは変 わっておらず、位 置 だけが変 わっています。
カスタマイズ可 能 なスタイル
ポイント 図形
データ ポイント に 6 種 類 の図 形 の 1 つを使 用 できます(四 角 、円 、三 角 、ダイヤ、十 字 、星 形 )。選 択 状 態 のポイント
(またはマウス位 置 のポイント ) の表 示 スタイルは以 前 のバージョンと変 わりません。選 択 状 態 のポイント は塗 りつぶしのな
い赤 の二 重 丸 で表 示 され、マウス位 置 のポイント (マウス ポインタで指 したポイント ) は黒 い丸 で囲 まれた赤 丸 で表 示 さ
れます。
ポイント 図 形 の選 択 は、BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスの Display タブから行 います。
軸
各 軸 の内 容 とフォント を設 定 できます。既 定 値 の X 軸 および Y 軸 のラベルには、グラフ化 するフィールド の名 前 が使 用 さ
れます。この既 定 値 のラベルを任 意 のテキスト とフォント で上 書 きできます。各 ラベルの横 にあるチェック ボックスで、X/Y グ
リッド の表 示 /非 表 示 を切 り替 えることもできます。
ヒント: ラベルには継 続 性 があります。つまり、前 回 のグラフで使 ったラベルが次 回 のグラフの既 定 値 になります。たとえ
ばグラフ 1 で軸 のラベルを入 力 した後 に、グラフ 2 で既 定 値 のラベルを使 いたいときは、グラフ 2 を作 成 する際 に Display タブでラベル エントリを削 除 する必 要 があります。
凡例
グラフに凡 例 やコメント を付 加 することもできます。
1. グラフを右 クリックし、Properties をクリックします。BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスが表 示 されます。
ヒント: グラフ領 域 内 か、上 側 の枠 線 を右 クリックしてください。他 の枠 線 をクリックすると別 のコンテキスト メニューが表
示 されます。詳 細 については170 ページの 「表 示 の変 更 」 を参 照 してください。
2. Display タブの Comment テキスト ボックスに凡 例 を入 力 します。凡 例 のフォント とフォント サイズを入 力 することもでき
ます。
3. OK をクリックして凡 例 を表 示 します。
凡 例 の既 定 値 の位 置 はグラフの右 上 隅 です。作 成 後 、好 きな位 置 にド ラッグすることもできます。
凡 例 を削 除 するには、BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスを開 き、Comment ボックスのテキスト を削 除 します。
背景色
グラフの背 景 色 を選 択 できます。BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスの Display タブの Color... ボタンをクリックする
と、Color Picker ダイアログ ボックスが表 示 されます。
第 12 章: BioViz
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その他の変更点
保 存 される状 態 情 報 の拡 張 。 グラフのフィルタ スライダ位 置 と色 分 け状 態 がフォームと共 に保 存 されるようになりまし
た。
フィルタ表 示 の改 良 。 詳 細 については、173 ページの 「フィルタ」 を参 照 してください。
統 計 表 示 の改 良 。 詳 細 については、171 ページの 「統 計 分 析 」 を参 照 してください。
ヒスト グラムのバー配 色 の改 良 。 詳 細 については、164 ページの 「ヒスト グラム」 を参 照 してください。
第 12 章: BioViz
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BioViz でのクラスタリング
ChemBioFinder/BioViz におけるクラスタリングは、生 物 学 データと化 学 データを分 析 するための方 法 です。クラスタリング
は、ChemBioFinder のデータベースやフォームにスムーズに統 合 されていて、ユーザーに対 して視 覚 的 に魅 力 があり高
度 にインタラクティブな表 示 を行 います。
機能
任 意 の数 値 フィールド または構 造 式 ボックスでの、現 在 のヒット リスト に対 するワンクリック クラスタリング。
化 合 物 プロファイルを使 用 した多 次 元 クラスタリング。フィールド および条 件 の詳 細 な定 義 が可 能 。
コアな化 学 グループからの、高 速 の新 規 クラスタリングおよび投 影 アルゴリズム。
サイズ変 更 可 能 、拡 大 /縮 小 可 能 な 2 つのペインに、系 統 樹 およびクラスタを視 覚 化 したものを表 示 。
表 示 と動 作 をカスタマイズするための、ド ロップダウン コント ロール パネル。
系 統 樹 の調 整 可 能 なパーティションにより、ユニークなクラスタ ウィンド ウで視 覚 化 を実 現 。
系 統 樹 は任 意 の向 きに配 置 可 能 。
スライダを調 整 して、系 統 樹 ノード の間 隔 を線 形 目 盛 と対 数 目 盛 の間 で変 えることができる。
選 択 したフィールド の値 に基 づいて、クラスタに濃 淡 を付 けて色 付 けできる。
ユーザーが選 択 したテキスト ラベルを、各 ペインに個 別 に適 用 できる。
ツールヒント に、ノード とクラスタに関 する詳 細 情 報 を表 示 。
2 つのペイン間 で、直 観 的 な強 調 表 示 および選 択 メカニズムが同 期 される。
選 択 した複 数 のノード またはクラスタを、1 回 のクリックで ChemBioFinder ヒット リスト に変 換 。
ポップアップ Structure ウィンド ウに、強 調 表 示 されたノード の構 造 式 とデータを表 示 。
構 造 式 画 面 間 での、Tanimoto 類 似 性 に基 づく構 造 式 のクラスタリング。
クラスタリングの操 作
ここでは、クラスタリング操 作 の実 行 方 法 について説 明 します。
単一のフィールド でのクラスタリング
1. フォームを CS_Demo データベースに接 続 します。フォームには、Mol_ID、Molname、MolWeight、Structure and Formula という 4 つのフィールド があります。ここでは、MolWeight でクラスタリングを実 行 します。
注 : クラスタリングは、任 意 の数 値 フィールド または構 造 式 フィールド で実 行 できます。
2. C6 を検 索 します。この例 では、42 件 がヒット します。
ヒント: 表 示 が扱 いにくくなるため、解 析 はある程 度 小 さなレコード セットで実 行 します。
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
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3. MolWeight ボックスを右 クリックし、Cluster by MolWeight をクリックします。
データを収 集 し、クラスタリングとデータ投 影 を実 行 してから、表 示 座 標 を計 算 するため、操 作 の実 行 には数 分 かかりま
す。
以 下 のような画 面 に、クラスタリング操 作 の結 果 が表 示 されます。
図 13.1: CS Clustering ダイアログ ボックス
上 図 で、画 面 は 2 つに分 割 されています。左 側 は、クラスタリング操 作 の結 果 を表 示 する標 準 的 なグラフである、系 統
樹 です。ベースライン上 の各 ポイント ("葉 ") は、入 力 レコード の 1 つを表 します。
このクラスタリング図 には、42 件 のヒット があり、42 件 すべてが x 軸 上 に等 間 隔 で並 んでいます。ベース上 の横 線 は、"
ノード " またはノード の下 の 2 つのオブジェクト の結 合 を表 します。y 軸 の下 のノード の位 置 は、その子 からの距 離 に比 例
しており、この距 離 は 2 つのオブジェクト 間 の類 似 性 の尺 度 です。そのため、ベースラインのすぐ上 にあるノード は、分 子
量 がほとんど同 じ (この場 合 は通 常 等 しい) 化 合 物 の対 を結 合 しています。
右 側 は、別 の方 法 でデータを表 示 する、クラスタ ウィンド ウです。
クラスタ ウィンド ウ画 面 は、系 統 樹 を横 切 るピンクの点 線 の切 り取 り線 の位 置 によって変 わります。この線 の真 下 にある
すべてのノード それぞれが、クラスタ ウィンド ウ内 で 1 つのボールとして表 示 されます。ボールのサイズは、含 まれる葉 の数
に従 って変 わります。そのため、大 きなボールは似 たような分 子 量 で構 成 される大 きな化 合 物 の原 子 団 を表 し、小 さ
なボールは自 身 の重 量 しか持 たない 1 つの化 合 物 を表 します。切 り取 り線 を上 下 に移 動 すると、わずかなクラスタで構
成 される概 略 図 から、多 くのクラスタで構 成 される詳 細 図 まで表 示 が変 化 します。
Cluster ダイアログ ボックスを変 更 するには、右 下 隅 にある黒 いド ロップ ダウン矢 印 をクリックします。詳 細 について
は、181 ページの 「系 統 樹 のプロパティ」 と182 ページの 「クラスタの特 性 」 を参 照 してください。
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
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ChemBioFinder 13.0
複数のフィールド でのクラスタリング:
複 数 のフィールド でクラスタリングを実 行 するには、プロファイル ボックスを作 成 する必 要 があります。プロファイル ボックスに
は、データ レコード を比 較 するためのユーザー定 義 のフィールド と条 件 のセット を含 めます。139 ページの 「化 合 物 プロファ
イルの作 成 」 を参 照 してください。
フォームでプロファイル ボックスを作 成 したら、そのフォームを保 存 します。
図 13.2: プロファイル ボックス フォーム
プロファイル ボックス フォームの各 フィールド には、コスト と重 量 を割 り当 てます。プロファイル ボックス CLOGP を右 クリックし
て Cluster By Profile をクリックすると、クラスタリング エンジンでヒット リスト の各 レコード の 3 つの値 すべてが、これらの重
量 およびコスト とともに使 用 され、レコード 内 に正 規 化 された距 離 が表 示 されます。
クラスタリングの変 更
Cluster ダイアログ ボックスを変 更 するには、CS Clustering ダイアログ ボックスの 3D 構 造 式 の下 に表 示 される黒 いド ロッ
プダウン矢 印 をクリックします。このド ロップダウン コント ロール パネルには、Dendogram と Clusters の 2 つのタブがありま
す。
注 : Dendogram および Clusters タブは、CS Clustering ウィンド ウにも既 定 値 で表 示 できます。
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
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ChemBioFinder 13.0
系統樹のプロパティ
図 13.3: 系 統 樹 のオプション
Style フレームで Invert X、Invert Y、および Horizontal の各 チェック ボックスを使 用 して、図 の向 きを変 更 できま
す。Teepee style では、系 統 樹 が標 準 的 でない方 法 (たとえば、線 がノード からサブノード に移 動 ) で表 示 されます。
Line color、Highlight、またはBackground のボタンをクリックすると、Colors ダイアログ ボックスが開 きます。既 定 値
では、系 統 樹 の線 は濃 紺 色 、強 調 表 示 されるアイテムは赤 色 、背 景 はライト グレーです。
Show cutoff line はピンクの線 で、系 統 樹 とクラスタ ウィンド ウの間 の関 係 を示 します。
Linear-Log scale では、スケールにノード の縦 横 の位 置 をグラフ化 して、ツリーの減 衰 を調 整 します。
Label フレームで、ド ロップダウンの矢 印 をクリックして系 統 樹 のノード あるいは葉 に表 示 するラベルを選 択 します。
ラベルを表 示 するフォント を選 択 します。
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
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ChemBioFinder 13.0
クラスタの特性
図 13.4: クラスタの特 性
Color フレームの Solid と Shaded で、ボールをどのように色 付 けして表 示 するかを指 定 します。Shade By では、ド
ロップダウン メニューからデータ タイプを選 択 し、カラー グラデーション バーの端 にあるボタンを使 用 して色 の範 囲 を選
択 します。
Ball Size では、ボールの相 対 サイズを調 整 します。
Labels フレームで、ド ロップダウンの矢 印 をクリックしてボールに表 示 するテキスト を選 択 します。
ラベルを表 示 するフォント を選 択 します。
CS Clustering ダイアログの機 能
CS Clustering ダイアログ ボックスでは、次 に示 すさまざまな操 作 を実 行 して、系 統 樹 およびクラスタ ウィンド ウを目 的 の
外 観 にすることができます。
1. ホバー:Cluster ダイアログ ボックスの上 にマウスを移 動 すると、系 統 樹 の線 が赤 に強 調 表 示 され、クラスタ ウィンド ウの
ボールが青 に強 調 表 示 されて、タッチしたノード またはボールが強 調 表 示 されます。
2. クリック:2 つのペイン間 でマウスを動 かす際 、任 意 のノード またはボールをクリックします。クリックしたことで、選 択 した
ノード またはボールが静 止 し (静 止 すると色 が変 化 します)、ダイアログ ボックス内 で容 易 にマウスを動 かすことができま
す。選 択 範 囲 の静 止 を解 除 するには、ウィンド ウの空 白 部 分 をクリックします (元 の色 に戻 ります)。
3. ド ラッグ:ダイアログ ボックスの形 状 やサイズを変 更 できます。
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
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ChemBioFinder 13.0
4. クラスタの再 投 影 :左 のウィンド ウ (系 統 樹 ペイン) でピンクの点 線 を上 下 に動 かすと、それに応 じてクラスタ ウィンド ウ
(右 のペイン) の図 が変 化 します。
5. プロパティの表 示 :Cluster ダイアログ ボックスの右 下 にある黒 い矢 印 をクリックします。系 統 樹 とクラスタのプロパティが
表 示 されます。
6. 右 クリック:ノード とボールが静 止 している間 、そのノード とボールに対 して容 易 に操 作 を実 行 できます。右 クリックする
と、メニュー オプション (Zoom、Show structure window、Selection to list) が表 示 されます。
Zoom:観 測 ウィンド ウの下 に表 示 されるデータのサイズを変 更 します。
Show structure window:強 調 表 示 または静 止 されたノード とボールの構 造 式 が表 示 されます。
Selection to list:選 択 したノード とボールのヒット リスト が生 成 されます。
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
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ChemBioFinder 13.0
ChemBioFinder/Oracle
ChemBioFinder 13.0 の基 本 操 作 を習 得 したユーザーは、ChemBioFinder/Oracle がほとんど同 じように動 作 することに
お気 づきでしょう。どの種 類 のデータベースを使 用 するか心 配 せずに、データベースを開 き、参 照 、検 索 、登 録 、ロード
などの操 作 を行 うことができます。しかし実 際 には、目 に見 える違 いがいくつかあり、また目 に見 えない違 いもあります。
注 : ChemBioFinder/Oracle は、ChemBioFinder Pro および Ultra バージョンのみで使 用 できます。
ChemBioFinder/Oracleで Oracle データベースを開 いてから Oracle に直 接 接 続 する新 しいコード を入 力 すると、すべて
の検 索 やト ランザクションが Oracle サーバーで行 われます。この新 しい動 作 モード には Microsoft ActiveX Data Objects
を基 盤 とした新 しい基 本 技 術 のほか、リスト の処 理 などにおける新 しい使 用 方 針 、およびインデックス管 理 などの新 し
い機 能 が必 要 です。本 書 ではこれらの新 しい概 念 と新 機 能 についてすべて説 明 します。
ChemBioFinder/Oracle には次 の特 徴 があります。
検 索 は構 造 式 検 索 を含 めてサーバー上 で実 行 されます。
検 索 結 果 は Oracle データベースのテーブルに保 存 されます。
ヒット リスト はファイルではなく Oracle の他 のテーブルに保 存 されます。
保 存 したリスト に注 釈 を付 けて、復 元 時 にピック リスト ディレクト リから選 択 できます。
大 規 模 なデータベースで作 業 する場 合 は、大 きなレコード セット を扱 うことによる速 度 低 下 を解 消 する新 しいメカニズ
ム (Move Last など) を使 うようにするとよいでしょう。この選 択 には代 償 が伴 うため、ユーザーが必 要 に応 じて選 択 し
てください。
Oracle データベースを作 成 することはできませんが、作 成 の権 限 があれば Oracle データベース内 にテーブルを作 成 す
ることができます。これを行 った場 合 は、インポート 操 作 が一 部 影 響 を受 けます。
パフォーマンスを向 上 させるために、一 部 の列 にインデックスを作 成 することができます。
その他 の細 かな違 いについては以 下 で説 明 します。
ChemBioFinder における構 造 式 の検 索 は非 常 に高 速 です。この高 速 性 は次 の 2 つの要 素 で実 現 されています。1 つ
は、SQL の改 良 の結 果 、ヒット リスト テーブルにヒット が以 前 よりもずっと高 速 に追 加 されるようになったことです。もう 1 つ
は、使 用 頻 度 の高 い一 部 の処 理 を最 適 化 し、さらにスクリーニングの効 率 を高 めたことにより、PerkinElmer Informatics の全 製 品 で構 造 式 の検 索 速 度 が向 上 したことです。
設定
ChemBioFinder/Oracle を使 用 する前 に、お使 いのマシンを Oracle クライアント として設 定 する必 要 があります。既 に CS
Oracle Cartridge をお使 いの場 合 は、すべての設 定 は終 わっているはずです。お使 いでない場 合 は、Oracle 管 理 者 の
助 けを借 りてサーバとクライアント を設 定 する必 要 があります。
ChemBioFinder 13.0 のインスト ール方 法 については、配 布 媒 体 に同 梱 されている readme.txt ファイルを参 照 してくださ
い。
ChemBioFinder/Oracle が既 存 の Oracle データベースに任 意 の形 式 でアクセスできれば理 想 です。しかし実 際 は制 限
がいくつかあります。ChemBioFinder/Oracle で Oracle データベースを使 用 する準 備 をする際 の注 意 事 項 と推 奨 事 項 に
ついては、301 ページの 「CS Oracle Cartridge」 を参 照 してください。
第 14 章: ChemBioFinder/Oracle
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ChemBioFinder 13.0
Oracle データベースを開 く
Oracle データベースを開 くには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォーム内 を右 クリックし、コンテキスト メニューの Data Source... コマンド をクリックして Box Properties ダイアログ
ボックスの Database タブを開 きます。
2. Oracle Database をクリックします。CS Oracle Connection ダイアログ ボックスが表 示 されます。
注: Oracle Database ボタンは常に表示されます。コンピュータが有効な Oracle クライアントであるかどうかは確認されませ
ん。
3. Oracle クライアント にログインするときに使 用 した値 を Host name、User name、Password に入 力 します。または
ド ロップダウン リスト から最 近 使 用 した項 目 を選 択 します。このリスト から項 目 を選 択 すると、ユーザー名 が自 動 的 に
入 力 され、項 目 作 成 時 に Save password がオンになっていた場 合 はパスワード も自 動 的 に入 力 されます。
注: Oracle Connection ダイアログ ボックスを初めて開いたときは、最近使用した項目のリストがないので、項目リストを作成す
るかどうかを尋ねるメッセージが表示されます。受け入れると、Oracle クライアントの構成中に作成されたtnsnames.ora ファイ
ルで使用できるすべてのホストのリストが作成されます。
データベースが開 き、テーブルのリスト が表 示 されます。
注: ツリーに表示されるテーブルのリストは、現在のユーザーが所有するすべてのテーブルおよびビューと、そのユーザーに一定の
権限が与えられたテーブルおよびビューで構成されます。 詳細を表示するには、データベースを開いている間に SQL トレースを
オンにします。
4. ChemBioFinder 13.0 データベースを操 作 するときと同 じ要 領 で作 業 を進 めます。表 示 したいテーブルをクリックして選
択 し、その他 の必 要 なオプションを設 定 し、フォームを自 動 的 に生 成 したければ Form タブのチェック ボックスをオンに
します。
ダイアログ ボックスの Oracle タブ (188 ページの 「Oracle プリファレンスの設 定 」 で説 明 )。このタブの機 能 は主 に上 級
ユーザーを対 象 としており、特 に調 整 は必 要 ありません。
注: Oracle タブは、Oracle データベースが開いている場合にのみ Properties ダイアログに表示されます。
5. OK をクリックします。データベースが希 望 した表 示 形 式 で開 きます。
Database Wizard を使 用 して Oracle データベースを開 くこともできます。このウィザード の CS Oracle Cartridge というボ
タンをクリックすると、プロセスの Oracle 部 分 が表 示 されます。
Oracle データベースを開 くと、Properties ダイアログ ボックスの一 部 のタブに、ChemBioFinder 13.0 にはない次 の項 目 が
表 示 されます。
Database タブ: CS Oracle Cartridge のバージョン (適 宜 )。
Table タブ: テーブルの所 有 者 名 。プライマリ インデックスがあればその名 前 。
Field タブ: Oracle のネイティブ データ タイプ名 。関 連 するインデックスがあればその名 前 。
Oracle データベースを開 いてテーブルを選 択 すると、ChemBioFinder/Oracle で列 に関 する情 報 が集 められます。構 造
式 が含 まれていることがわかっているテーブルを開 いたのに、ChemBioFinder/Oracle で構 造 式 (または分 子 式 や分 子
第 14 章: ChemBioFinder/Oracle
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ChemBioFinder 13.0
量 ) 列 が表 示 されない場 合 は、テーブルに関 する情 報 を一 部 設 定 しなければならないことがあります。詳 細 について
は、302 ページの 「CF_SETTINGS テーブルを経 由 した構 成 」 を参 照 してください。
検索
ChemBioFinder/Oracle の検 索 機 能 は基 本 的 に ChemBioFinder 13.0 と同 じです。クエリを入 力 し、検 索 してヒット リス
ト で作 業 するからです。 しかし内 部 的 に見 ると、ChemBioFinder/Oracle の機 構 はかなり違 っています。
ヒット リスト の処 理 には 3 種 類 のテーブルが関 与 しています。すべて所 有 するテーブルスペースで作 成 されます。そのうち
の 1 つはグローバルで、テーブルから保 存 されたすべてのリスト に適 用 されますが、残 りは検 索 されている特 定 のテーブル
またはビューにつながっています。
CF_HITLISTS ― 保 存 されているすべてのリスト のディレクト リ。このテーブルは、初 回 リスト 保 存 時 に作 成 されます。
SAVED_tablename ― 指 定 のテーブルまたはビューから明 示 的 に保 存 されたすべてのリスト 。初 回 リスト 保 存 時 に作
成 されます。
HITS_tablename ― 指 定 のテーブルまたはビューで検 索 が行 われた後 で自 動 的 に保 存 されたすべてのリスト 。この
テーブルは、初 回 検 索 またはリスト 操 作 実 行 時 に作 成 され、セッションの最 後 に削 除 されます。
ChemBioFinder/Oracle にクエリを送 ると次 のようなことが起 きます。
1. クエリに構 造 式 が含 まれている場 合 は、テキスト 形 式 に変 換 されて一 時 テーブルにコピーされます。
注: このテーブルを temp_queries と呼びます。これは CSCartridge テーブルスペースに作成され、検索が終了するか中断す
ると直ちに削除されます。ChemBioFinder 13.0 は、複数の構造式ボックスがあって、その 2 つ以上にクエリが含まれているケー
スにはまだ対応していません。
2. クエリは SQL SELECT ステート メント に変 換 されます。フォーム ボックスのクエリ コンポーネント が (ChemBioFinder 13.0
のときと同 じように) まとめて AND 処 理 され、その構 造 式 部 分 で CS Oracle Cartridge の構 造 式 検 索 機 能 が呼 び出
されます。
3. ヒット テーブルがまだ存 在 しない場 合 は作 成 されます。
4. 検 索 の結 果 作 成 された新 しいリスト に一 意 の ID が割 り当 てられます。
5. SELECT ステート メント が大 きな SQL ステート メント にまとめられ、そこから結 果 がヒット テーブルに直 接 入 れられま
す。
6. SQL が実 行 されます。
7. 検 索 が完 了 すると、ヒット テーブルには結 果 が新 しい行 として表 示 されます。各 行 には新 しいリスト ID と、検 索 対 象
テーブルのレコード の ID が含 まれています。
8. レコード ID と一 致 するヒット テーブルの新 しいリスト をメイン テーブルの行 を選 択 して結 合 する形 で最 終 リスト を準 備
します。
結 果 のリスト を参 照 、保 存 、エクスポート する準 備 ができました。
注 : Oracle におけるテキスト検 索 は大 文 字 と小 文 字 を区 別 します。「Benz*」と入 力 したときと「benz*」と入 力 したと
きではクエリの結 果 が異 なります。
第 14 章: ChemBioFinder/Oracle
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ChemBioFinder 13.0
ソート
一 部 のソート 処 理 では ChemBioFinder 13.0 の CF$_SORT というシステム テーブルが必 要 で、これは現 在 のフォームに
含 まれていない可 能 性 があります。このテーブルが存 在 しない場 合 は、Oracle データベースでその種 の検 索 を最 初 に行
おうとしたとき、警 告 メッセージが表 示 されます。
CF$_SORT テーブルを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 新 規 のフォームを開 き、File メニューの Database をクリックします。Form Properties ダイアログ ボックスが表 示 されま
す。
2. Database タブの Oracle Database をクリックします。
3. ChemBioFinder 13.0 のシステム テーブルが置 かれているスキーマの所 有 者 としてログインします。通 常 、これは
ChemBioFinder です。
注: このユーザーとしてログインする権限がない場合は、システム管理者に問い合わせてください。
4. ダイアログ ボックスの Oracle タブをクリックし、Prepare Schema をクリックします。ChemBioFinder 13.0 によって、今
必 要 とされているこの新 しいテーブルだけが作 成 され、他 のテーブルは一 切 変 更 されません。
注: このボタンがグレー表示の場合は現在のスキーマの所有者としてログインしていないことを意味します。
5. 元 のフォームに戻 り、再 度 ソート を実 行 します。
ヒント: Oracle タブの Refresh Session Data をクリックしないとソート結 果 が表 示 されないことがあります。
サブフォーム集計値
Oracle データベースで ChemBioFinder 13.0 はサブフォームのフィールド 集 計 値 に基 づきメイン リスト をソート できます。た
とえば、一 連 のテスト データを含 むサブフォームがあり、各 メイン レコード に対 してサブフォーム内 に複 数 のレコード が存
在 する場 合 、各 レコード のテスト 値 の集 合 の合 計 または平 均 に基 づいてメイン ヒット リスト をソート することができます。
集 計 値 でソート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Record メニューの Sort をクリックします。Sort Multiple ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. 左 側 のボックスで、ソート に使 用 するサブフォーム値 をクリックします。
3. 右 側 のボックスで、Fxn 列 を右 クリックし、ポップアップ メニューから MIN、MAX、AVG、SUM のいずれかを選 びます。
4. OK をクリックします。選 択 した値 に基 づいてヒット リスト がソート されます。
注 : AVG と SUM は数 値 フィールド でのみ有 効 で、MIN と MAX はテキスト フィールド でも使 用 できます。
リスト の処 理
ヒット リスト の扱 いに関 して、ChemBioFinder 13.0 と ChemBioFinder/Oracle の間 に違 いがあります。
ChemBioFinder/Oracle では、Save List を選 択 してもファイル ダイアログ ボックスは表 示 されず、各 リスト の名 前 とコメ
ント 行 を入 力 するダイアログ ボックスが表 示 されます。
Restore List を選 択 すると、使 用 可 能 な保 存 リスト を選 択 するためのダイアログ ボックスが表 示 されます (以 下 のスク
リーンショット を参 照 )。
第 14 章: ChemBioFinder/Oracle
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ChemBioFinder 13.0
Restore Previous List は、検 索 を一 度 行 った後 もグレー表 示 になりません。使 用 できる機 能 として完 全 リスト を戻
します(これは ChemBioFinder 13.0 でも同 じです)。
Over Current List、Omit From List、および Find List は今 までと同 じように動 作 します。
Oracle プリファレンスの設 定
Oracle データベースで作 業 しているときは、Properties ダイアログ ボックスに Oracle 設 定 用 のタブが表 示 されます。現
在 このタブに含 まれている項 目 は次 のとおりです。
Auto-sort on ― 既 定 値 のソート フィールド を表 示 します。他 にソート 条 件 が指 定 されていなければ、このフィールド のす
べてのリスト は昇 順 でソート されます。現 在 、自 動 ソート フィールド は常 にプライマリ キーで、変 更 できません。
Primary key ― 現 在 のテーブルのプライマリ キーがあればその名 前 。
Saved hits ― 現 在 のフォーム用 のヒット リスト 保 存 テーブルが作 成 されていれば、そのテーブルの名 前 を表 示 します。
Records per retrieve ― 各 取 り出 し操 作 でクライアント に使 用 されるレコード 数 、ADO レコード セット キャッシュのサイズ
を設 定 します。この値 を調 整 してパフォーマンスを高 めることもできますが、実 際 にはあまり大 きな効 果 はありません。
Cache ID's for faster moves ― このボックスをオンにすると、大 きなリスト を効 率 的 に閲 覧 するための新 しいレコード 検
索 スキームが有 効 になります。詳 細 は、301 ページの 「高 速 キャッシュ スキーム」 を参 照 してください。このチェック
ボックスの状 態 はフォーム ファイルと共 に保 存 されます。現 在 このボックスをオンまたはオフにした場 合 、フォームを保 存
して再 度 開 いてから続 行 する必 要 があります。
SQL Trace to file ― SQL を ChemBioFinder 13.0 から Oracle に送 信 してテキスト ファイルを生 成 する場 合 に、この
チェック ボックスをオンにします。出 力 ファイルを指 定 するには、パス名 を入 力 するか、参 照 を使 用 します。ファイルが上
書 きされることはありません。新 しいデータは常 に付 加 されます。このボックスをオンにするとト レースが始 まり、オフにする
と終 了 します。ト レースを有 効 にしたまま ChemBioFinder 13.0 を終 了 すると、次 回 の起 動 時 にそれが有 効 になり、ス
テータス バーに短 い警 告 が表 示 されます。
注 意 : この機 能 をオンにしたまま忘 れてしまうと、トレース ファイルが膨 大 なサイズになることがあります。
データの更 新 と追 加
フォームに接 続 されたテーブルのデータを追 加 、更 新 、削 除 する権 限 があれば、ChemBioFinder 13.0 のときと同 じように
データベース内 のレコード でこれらの操 作 を実 行 できます。ただし、いくつか気 をつけなければならないことがあります。
第 14 章: ChemBioFinder/Oracle
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ChemBioFinder 13.0
既 存 の Web Server、 RegDB、または E-Notebook データベースのデータを変 更 しないでください。ChemBioFinder/Oracle がデータの変 更 を自 動 的 に阻 止 することはありませんが、正 規 の登 録 手 順 を踏 まなかったり、操 作
を自 分 で完 全 に把 握 していなかったりすると、システムに不 具 合 が生 じます。
データベースの変 更 は ChemBioFinder 13.0 のときとほぼ同 じで、適 切 な権 限 があれば、テーブルやフィールド を追 加 、
変 更 、削 除 できます。次 のような違 いがあります。
構 造 式 フィールド を作 成 した場 合 、任 意 の名 前 を付 けることができます。
CS Oracle Cartridge の管 理 下 にあるテーブルの構 造 式 の列 はいくつかある形 式 のどれでもかまいませんが、ChemBioFinder/Oracle では形 式 を選 択 できません。テキスト エンコード の CDX を保 管 している文 字 (CLOB) 列 が既 定 値
になります。
ChemBioFinder/Oracle では、ChemBioFinder 13.0 が Access MDB ファイルを作 成 するのと同 じようには Oracle デー
タベースを作 成 できません。ChemBioFinder/Oracle ではテーブルを作 成 することがこれに相 当 します。
ロード
ChemBioFinder/Oracle データベースは、SDFiles からロード するか、Import Structures を使 用 して構 築 できます
(RDFiles も使 用 できますが、動 作 保 証 外 となります)。しかし実 際 に新 しいデータベースを作 成 することはできないので、
この手 順 は ChemBioFinder 13.0 とはやや異 なります。既 にデータベースを開 いた状 態 にしてから既 存 のテーブルをイン
ポート するか新 しいテーブルを作 成 します。
データと構 造 式 を新 しいテーブルにインポート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 空 のフォームを右 クリックし、Data Source... を選 択 します。
2. Oracle Database をクリックし、185 ページの 「Oracle データベースを開 く」 の説 明 に従 って作 業 を進 めます。新 しい
テーブルを作 成 するため、テーブルの選 択 は重 要 ではありません。
3. OK をクリックして空 のフォームに戻 ります。これでインポート の準 備 ができました。
注: OK をクリックしてプロパティ ダイアログ ボックスを閉じるとき、選択したテーブルにプライマリ キーが定義されていないと、警告
メッセージが表示されます。新しいテーブルを作成またはロード しようとしている場合はこの警告は無視できます。それ以外の場
合は、Oracle ツールを使用してテーブルのプライマリ キーを定義することを検討してください。Import SDFile または Import
Structures を選択し、ソース ファイルを選択します。
Data Import ダイアログ ボックスが表 示 されます。
第 14 章: ChemBioFinder/Oracle
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ChemBioFinder 13.0
図 14.1: 1) Import タブ、2) Output database テキスト ボックス
4. Output database ボックスに、データベースの名 前 とテーブル名 (かっこ内 ) が表 示 されます。ロード するテーブルを指
定 するには、かっこ内 のテーブル名 を編 集 します。新 しいテーブルを作 成 する場 合 は、希 望 のテーブル名 を入 力 しま
す。既 存 のテーブルに追 加 する場 合 は、その名 前 を入 力 します。
5. その他 の必 要 なオプションを設 定 し、Import をクリックするとインポート が開 始 されます。
ヒント: インポートするテキスト フィールド は、入 力 スキャンで決 定 された値 より大 きくしてください(これを行 うには Input
Field の下 で名 前 をダブルクリックし、Width 値 に大 きい値 を入 力 します)。この作 業 を行 わないと、後 でレコード を追
加 したときに問 題 が起 きることがあります。
6. インポート 後 、プライマリ キーとインデックスを作 成 します。190 ページの 「インデックス化 」 を参 照 してください。
既 存 のテーブルに追 加 を行 う場 合 は、上 記 の手 順 で次 のステップを変 更 します。
ステップ 1:空 のフォームではなく既 存 のフォームを使 って作 業 を開 始 します。
ステップ 2:追 加 対 象 のテーブルを選 択 します。テーブルを選 択 した場 合 、手 順 5 のテーブル名 編 集 作 業 は必 要 あり
ません。
インデックス化
パフォーマンスを高 めるためには、検 索 が高 速 で行 えるように一 部 の列 をインデックス化 することが大 切 であることは、Oracle 管 理 者 は皆 理 解 しています。管 理 者 としてテーブルを作 成 、ロード または管 理 しなければならない場 合 、イン
デックス化 について把 握 しておく必 要 があります。ChemBioFinder/Oracle ではインデックス化 を支 援 するいくつかのツール
があります。
ChemBioFinder/Oracle には 2 つのタイプのインデックスがあります。
第 14 章: ChemBioFinder/Oracle
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ChemBioFinder 13.0
構 造 式 インデックス ―構 造 式 を含 む列 には CS Oracle Cartridge でインデックスを作 成 すべきです。インデックスがなく
ても検 索 はできますが、非 常 に遅 くなります。
プライマリ キー ―構 造 式 の列 が含 まれるテーブルにも、さまざまなリスト 処 理 操 作 で使 用 できる独 自 のレコード ID が
あります。この列 は INTEGER タイプで、テーブルのプライマリ キーに指 定 されています。
ChemBioFinder 13.0 により、これらのインデックスに関 する情 報 が提 供 されるので、必 要 に応 じてテーブルを作 成 した
り、作 り直 したりすることができます。
構 造 式 インデックスを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Oracle に接 続 されたフォームの構 造 式 ボックスを右 クリックし、Properties... を選 びます。
2. ダイアログ ボックスの Field タブをクリックします。選 択 されたフィールド がインデックス化 されている場 合 、インデックス名
がプロパティ ボックスに表 示 されます。次 の例 では、インデックスには IX50. という名 前 が付 いています。
図 14.2: 1) フィールド 名 、2) インデックス名
注: インデックスがない場合やフィールド がインデックス化できない場合、Index の行はリストに表示されません。
3. インデックスがない場 合 は、Create Index をクリックします。
注: このボタンが表示されない場合、選択されたフィールド はインデックス化の候補にならないということです。
4. Create Index ダイアログ ボックスで、新 しいインデックスの名 前 を指 定 し、OK をクリックします。インデックスが作 成 さ
れます。
次 のような場 合 に Oracle でエラー メッセージが表 示 されます。
既 に使 用 中 のインデックス名 を指 定 した、または
既 に列 にインデックスがある。 ChemBioFinder/Oracle では直 接 インデックスを削 除 したり上 書 きできませんが、CAL SQL コマンド をこの目 的 に使 用 す
ることができます。
プライマリ キー インデックスを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 14 章: ChemBioFinder/Oracle
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ChemBioFinder 13.0
手 順 は構 造 式 インデックスと同 じですが、Long 型 のフィールド を使 います。こうするとフィールド にインデックスが作 成 さ
れ、プライマリ キーとして指 定 されます。列 に既 に一 意 のヌル以 外 の値 が付 いていなければ失 敗 します。
注: 特定の種類の列を選択したとき、Set As Structure という新しいボタンが表示されることがあります。これは、302 ページの
「CF_SETTINGS テーブルを経由した構成」 で説明されている高度な機能です。
ヒント: プライマリ キーを作 成 する際 、一 意 の整 数 列 がなければ、CAL スクリプトで作 成 できます。例 (1 つの列 と
「ID」というフォーム ボックスが作 成 してあるものと仮 定 ):
loop
putdata ID $index
record commit
record next
endloop
CAL
Oracle をサポート するため、新 しい機 能 がいくつか ChemBioFinder 13.0 自 動 化 言 語 (CAL) に導 入 されました。このうち
のいくつかは Oracle 特 有 のものではなく、一 般 使 用 が可 能 です。
SQL コマンド 。Oracle データベースに接 続 すると、レコード を返 さない任 意 の SQL コマンド を渡 すことができます。形 式
は SQL <コマンド > ですが、このコマンド は引 用 符 で括 りません。
例:
SQL create table mytable (id integer).
CURR_TABLE 変 数 。この変 数 には、現 在 のフォームに接 続 されているテーブル名 が含 まれます。これは Oracle の
内 外 で使 えます。
例:
MSG Current table is $CURR_TABLE
OPENDB ではテーブルを変 更 できます。通 常 このコマンド はデータベース名 を使 用 し、オプションでテーブルの名 前 を
角 かっこで続 けることがあります。ChemBioFinder 13.0 では、テーブル名 だけ指 定 できるようになりました。これ
で、Properties を開 いて別 のテーブル名 をクリックしたときのように、フォームが現 在 のデータベースの別 のテーブルに接
続 されます。
例:
OPENDB <CHEM_STRUCTS>
こうすると、現 在 のフォームが CHEM_STRUCTS というテーブルに接 続 されます。
STATMSG コマンド がステータス バーにメッセージを表 示 します。形 式 はSTATMSG <message> です。
例:
STATMSG Search is now in progress...
SEARCH SAVE LIST と RESTORE LIST が Oracle で動 作 します。通 常 、これらのコマンド のいずれかの後 にファイル
名 が続 きますが、ChemBioFinder/Oracle ではリスト 名 を指 定 できます。
第 14 章: ChemBioFinder/Oracle
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ChemBioFinder 13.0
BioSAR
この章 では、BioSAR からエクスポート したデータ フォームを ChemBioFinder のフォームとして表 示 する方 法 を説 明 しま
す。一 度 ChemBioFinder に取 り込 んでしまえば、さまざまな機 能 を使 用 してフォームを管 理 できます。
BioSAR ブラウザの起 動
BioSAR を使 うためには、Internet Explorer 5.5 (SP2) 以 上 がインスト ールされている必 要 があります。
BioSAR を起 動 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Internet Explorer で ChemOffice Enterprise ポータルにログインします。
2. Enterprise 画 面 の BioSAR Enterprise セクションで、次 のいずれかのリンクからクエリ フォームを開 きます。
Open Form
Manage your forms
BioSAR での検 索 の実 行
BioSAR データ フォームを ChemBioFinder にエクスポート する前 に BioSAR データベースでデータを検 索 する必 要 があり
ます。
1. BioSAR でクエリ フォームを開 きます。
2. フォームに検 索 条 件 を入 力 し、Search をクリックします。
ChemBioFinder へのデータ フォームのエクスポート
検 索 が完 了 すると、次 にデータ フォームを ChemBioFinder へエクスポート できます。
フォームをエクスポート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Display In BioViz をクリックします。ボタンが表 示 されないときは、BioSAR フォームのプロパティの編 集 が必 要 なことが
あります。管 理 者 に問 い合 わせてください。
2. フォーム ファイルを保 存 するか開 くかを尋 ねるプロンプト で Open を選 択 します。これで ChemBioFinder が起 動 しま
す。
3. Oracle のログイン画 面 でユーザー名 とパスワード を入 力 します。
注: フォームを今すぐ表示する必要がなければ、そのままファイルを保存してください。このファイルは ChemBioFinder でいつで
も開くことができます。
ChemBioFinder のファイル形 式
データ フォームをエクスポート すると、BioSAR によって拡 張 子 .bsbxml を持 つファイルが作 成 されます。ChemBioFinder
はこのファイルを読 み取 り、フォームを開 いてデータベースに直 接 リンクします。
.bsbxml ファイルは読 み取 り専 用 です。ChemBioFinder で .bsbxml ファイル自 体 に変 更 を加 えることはできませんが、
フォームを編 集 してその変 更 内 容 を保 存 することはできます。フォーム ファイルを保 存 すると、ChemBioFinder の拡 張 子
cfx が付 けられます。.bsbxml ファイルとは異 なり、cfx ファイルは読 み取 り専 用 ではありません。cfx ファイルは Chem-
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ChemBioFinder 13.0
BioFinder で開 いて編 集 し、再 保 存 できます。元 のフォームを開 く必 要 があるときには、.bsbxml ファイルも引 き続 き使
用 できます。
"Save password" の設定
Oracle 接 続 フォームのパスワード が正 しくないか空 白 の場 合 、フォームを開 く際 に名 前 とパスワード の入 力 を求 められま
す。Form Properties ダイアログ ボックスの Save password チェック ボックスがオフになっている場 合 にも、同 じことが起 こ
ります。BioSAR からエクスポート したフォームでは、これが既 定 値 の設 定 です。Save password チェック ボックスをオンに
してフォームを保 存 するまでは、ユーザー名 とパスワード の入 力 を毎 回 求 められます。
注 : Ultra バージョンおよび Pro バージョンでは、Save Password の既 定 値 の設 定 は 'off' です。
サブフォームと自 動 リンク
注 : 自 動 リンク ボックスは、Pro および Ultra バージョンで使 用 可 能 です。Standard バージョンでは使 用 できません。
BioSAR でフォームを作 成 するときには、フォームに含 めるデータベース内 のフィールド を選 択 します。フォームを ChemBioFinder にインポート すると、これらのフィールド がフォームに表 示 されます。インポート 後 も、ChemBioFinder で新 しい
フィールド を追 加 してフォームの作 成 を続 けることができます。フィールド に子 テーブルとそのフィールド を含 めることもできま
す。追 加 した子 テーブルはサブフォームとして表 示 され、子 テーブルのフィールド は自 動 リンク ボックスとして表 示 されま
す。
サブフォームを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Explorer ウィンド ウの BioSAR タブをクリックします。
2. Child Tables ディレクト リから子 テーブルを選 択 します。
3. 子 テーブルをダブルクリックします。子 テーブルがフォーム内 にサブフォームとして表 示 されます。
注: 子テーブル内のすべてのフィールド がサブフォームに必ず表示されるわけではありません。サブフォームに表示されるフィール
ド は、BioSAR で選択したフィールド と既定値のフォーム グループで定義されているフィールド に限られます。
自 動 リンク ボックスを自 動 で追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Child Tables ディレクト リから子 テーブルを選 択 します。
2. 子 テーブル内 のフィールド を個 別 にダブルクリックします。子 テーブルのそのフィールド がフォーム内 に自 動 リンク ボックス
として表 示 されます。
自 動 リンク ボックスを手 動 で作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Moltable という構 造 式 テーブルに一 意 でない Chemist_ID という整 数 フィールド があるものと仮 定 します。さらに別 の
テーブル Chemists に、表 示 用 のテキスト フィールド (Name) と、一 意 の整 数 レコード ID のフィールド (ID) があるものとし
ます。MolTable 内 の各 Chemist_ID は Chemists 内 の特 定 の ID と対 応 しています。メイン フォームに自 動 リンク ボック
ス (構 造 式 ごとに、対 応 する化 学 者 の名 前 を表 示 する) をセット アップするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. データ ボックスを作 成 します。
2. データ ボックスを右 クリックし、検 索 対 象 の ID フィールド と接 続 します。この例 では、フォーム ボックスを Chemist_ID
フィールド に接 続 します。
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ChemBioFinder 13.0
3. ボックスを ID フィールド に接 続 するには、ボックスを右 クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ
ボックスが表 示 されます。
4. オプション With choices or auto-link をオンにします。これをオンにすると、Choices タブが自 動 的 に表 示 されます。
Choices タブでは次 の操 作 を行 ってください。
"Auto-link via" チェック ボックスがオフの場 合 は、このダイアログ ボックスでデータ入 力 のための一 連 のオプションを指
定 できます。
このチェック ボックスがオンの場 合 は、一 連 の入 力 オプションのほかに、自 動 リンク接 続 も指 定 する必 要 があります。
ヒント: ド ロップダウン メニューが表 示 されないようにするには、"Hide menu" チェック ボックスをオンにします。これは自
動 リンクをセットアップした場 合 にのみ適 用 されます。
5. "From table" ラジオ ボタンを選 択 します。データ ソース ツリーで、サブテーブルを見 つけ、ボックスに表 示 するデータ
フィールド (この例 では、"Chemists" の下 の "Name") をクリックします。
6. ラベル Name (ラジオ ボタン From table の後 ろにある) が選 択 を反 映 して更 新 され、"Auto-link via" チェック ボックスが
使 用 できるようになります。
注 : 確 定 した選 択 リストを入 力 する場 合 、自 動 リンクはセットアップできません。
7. "Auto-link via" チェック ボックスをオンにします。ド ロップダウン メニューから、ID フィールド と対 応 するサブテーブルの
フィールド (この例 では、"Chemist" の下 の "Name") を選 択 します。
注 : ド ロップダウン メニューに表 示 されるフィールド はリンク対 象 のフィールド と型 が一 致 するので、ID が数 値 なら数 値
フィールド だけがリンクされます。
8. フォーム ボックスに化 学 者 の名 前 が表 示 されます。
マルチ ソート
ChemBioFinder のマルチ ソート 機 能 を使 用 すると、指 定 したフォーム フィールド に基 づいてヒット リスト を並 べ替 えること
ができます。たとえば、リスト をまず Reg 番 号 順 に並 べ替 え、さらに Full reg 番 号 で並 べ替 えることができます。
メイン フォームのフィールド によるソート
ヒット リスト をメイン フォームのフィールド でソート するには、次 の操 作 を行 ってください。
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ChemBioFinder 13.0
1. Record メニューの Sort... をクリックします。Sort Multiple ウィンド ウが表 示 されます。
2. Sort Multiple ウィンド ウの左 側 のペインからソート に使 うフィールド を選 択 します。複 数 のフィールド でソート する場 合
は、ソート する順 番 にフィールド を選 択 します。
3. 既 定 値 では各 フィールド が昇 順 でソート されます。この順 序 を逆 にするには、右 側 のペインにあるフィールド 名 を右 ク
リックし、ポップアップ メニューの Descending を選 択 します。フィールド を削 除 するには、フィールド を右 クリック
し、Remove を選 択 します。
4. OK をクリックします。
サブフォームのフィールド によるソート
メイン フォームのときと同 じく、サブフォーム内 でソート に使 うフィールド とソート 順 序 を選 択 します。さらに、各 フィールド の
どの値 (最 小 値 、最 大 値 、平 均 値 、合 計 ) をソート に使 うかを指 示 します。
メイン フォームをサブフォームのフィールド でソート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Record メニューの Sort... をクリックします。
2. Sort Multiple ウィンド ウの左 側 のペインからヒット リスト のソート に使 うサブフォーム フィールド を選 択 します。サブフォー
ム フィールド がサブフォーム名 : フィールド 名 の形 式 で表 示 されます。
ヒット リスト を複 数 のフィールド でソート する場 合 は、優 先 度 の高 いフィールド から順 番 に選 択 します。
3. フィールド のソート 順 序 を逆 にするには、右 側 のペインにあるフィールド 名 を右 クリックし、ポップアップ メニューの
Descending を選 択 します。
4. さらにポップアップ メニューで、ソート に使 うフィールド の値 (Max、Min、Average、Sum) を選 択 します。既 定 値 は Min
(最 小 値 ) です。
5. OK をクリックします。
クエリ ヒット リスト
Explorer ウィンド ウの Queries タブには、現 在 および以 前 のセッションの検 索 クエリのリスト が表 示 されます。クエリはフォー
ムと関 連 付 けられます。そのため、このクエリ ヒット リスト はフォームを保 存 するときに保 存 されます。
クエリ リスト の表示
既 存 のフォームを開 くと、ツリーが更 新 されてそのフォームのクエリだけが表 示 されます。
Explorer ウィンド ウが表 示 状 態 になっていないと Queries コント ロールは見 えません。表 示 されていない場 合 は、次 の操
作 を行 ってください。
1. View メニューの Explorer Window をクリックします。
2. Queries タブをクリックすると、クエリ ツリーが表 示 されます。
クエリ リスト の操作
検 索 またはリスト 操 作 を実 行 すると、そのたびに新 しいクエリがツリー内 に生 成 されます。ツリー内 には、ChemBioFinder
がクエリに付 けた名 前 とリスト のサイズ (ヒット 数 ) が簡 単 な説 明 と共 に表 示 されます。生 成 される名 前 は Q<n>* という
形 式 になります。n は連 番 で、 * はそのクエリがまだ改 名 されていないこと、または未 保 存 であることを示 します。(200
ページの 「クエリ リスト の保 存 」 を参 照 )
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リスト 操 作 を実 行 するため、まず簡 単 な検 索 を行 いましょう。たとえば、データベースから分 子 量 250g/mol 未 満 のすべ
ての化 合 物 を探 すことができます。
1. Search ツールバーまたはメニューの Enter Query アイコン をクリックします。フォームがクエリ モード になります。
2. クエリ フォームの MolWeight フィールドに「<250」と入 力 し、 Search をクリックします。 Q1 という名 前 のクエリが Full List
の子 として表 示 されます。
クエリ名の変更
クエリの名 前 を、もっとわかりやすい名 前 に変 更 することもできます。クエリの名 前 を変 更 すれば、クエリがフォームと共 に
確 実 に保 存 されます (オプションの設 定 によっては、名 前 を変 更 しないとフォームを保 存 する際 にクエリが自 動 的 に破 棄
されることがあります)。
クエリの名 前 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. クエリをポイント して右 クリックします。コンテキスト メニューが表 示 されます。
2. コンテキスト メニューの Rename をクリックします。名 前 (Q1) が強 調 表 示 されます。
3. 新 しい名 前 を入 力 し、Enter キーを押 します。
表示色の変更
クエリ名 の横 にあるボックスの色 は、結 果 をグラフ表 示 する際 に使 われる点 の色 です。この色 を変 更 して、グラフを自 分
の好 みの表 示 スタイルにすることができます。
表 示 色 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. クエリをポイント して右 クリックします。コンテキスト メニューが表 示 されます。
2. コンテキスト メニューの Change Color をクリックします。Color Picker が表 示 されます。
3. 新 しい色 を選 択 し、OK をクリックします。ボックスの色 が変 化 します。
BioViz でグラフ化 したデータを見 ると、そのクエリに対 応 する点 の色 も変 化 していることがわかります。
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子リスト
新 しいクエリを追 加 するには、Full List を検 索 する方 法 と、別 のクエリを検 索 する方 法 があります。別 のクエリから新 し
いクエリを作 成 すると、その結 果 は子 リスト になります。通 常 、比 較 の目 的 で子 リスト を作 成 する場 合 は、複 数 の属 性
で 1 つの子 リスト を作 成 するよりも、検 索 属 性 ごとに 1 つの子 リスト を作 成 する方 が有 利 です。
現 在 選 択 されているリスト についてのみ子 リスト を作 成 することができます。必 要 なリスト が選 択 されているか確 実 でな
い場 合 は、リスト をダブルクリックしてください。
子 リスト を作 成 する前 に、Search メニューの Over Current List をクリックします。これを選 択 すると、Over Current List
の横 にチェック マークが付 きます。
これで、次 に子 リスト のクエリを作 成 することができます。次 のサンプル手 順 は、カルボキシル構 造 を検 索 して子 リスト を
作 成 する方 法 を示 しています。
1. Query アイコンをクリックしてフォームをクエリ モード にします。
2. Structure ウィンド ウをダブルクリックします。ChemDraw ツールバーが表 示 されます。
3. 結 合 ツールを使 用 してカルボキシル構 造 を作 成 します。
4. 構 造 の作 成 が終 了 したら、Structure ウィンド ウの外 部 をクリックします。
5. Search をクリックします。新 しいリスト が以 前 のリスト の子 として作 成 されます。
図 15.1: この例 では Q1 が親 リスト MW Filter の子 リストとなる。
複数の子リスト の作成
それぞれ属 性 を変 えて、同 じ親 クエリの子 として表 示 される類 似 のクエリを実 行 することができます。
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ChemBioFinder 13.0
図 15.2: 親 リスト MW Filter の複 数 の子 リスト
別 の子 リスト を作 成 するには、最 初 に親 リスト を選 択 する必 要 があります。親 を選 択 するには、次 のどちらかの操 作 を
行 ってください。
親 リスト をダブルクリックします。
子 リスト を選 択 した状 態 で、Search メニューまたはツールバーの Restore Previous List をクリックします。
ステータス バーの情 報 から、親 リスト が選 択 状 態 か確 認 できます。親 リスト が選 択 状 態 のとき、別 の子 リスト をクエリに
追 加 することができます。
図 15.3: ステータス バーの値 "1187" は、図 5 の親 リストが選 択 されていることを示 す。"38547" は Full List のエントリ数
である。
ド ラッグ アンド ド ロップ操作によるリスト の結合
2 つのリスト をド ラッグ アンド ド ロップ操 作 で結 合 したいことがあります。新 しく作 られるリスト の属 性 は、結 合 前 のリスト に
よって決 まります。
1. リスト を選 択 し、別 のリスト までド ラッグします。Restore/Merge List ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Restore/Merge List ダイアログ ボックスで、結 合 の種 類 を選 択 します。
3. OK をクリックします。選 択 した結 合 条 件 で新 しいリスト が表 示 されます。
図 15.4: Restore/Merge List ダイアログ ボックス
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ChemBioFinder 13.0
クエリ リスト の保存
BioSAR ブラウザから ChemBioFinder 13.0 にデータを転 送 すると、ChemBioFinder 13.0 は .bsbxml ファイルを開 き、BioSAR セット アップをシミュレート するためにフォームを作 成 します。このとき、BioSAR で有 効 になっていたヒット リスト も復
元 されます。ChemBioFinder 13.0 では、保 存 後 にファイルを閉 じて再 度 開 くと BioSAR のヒット リスト が自 動 的 に保 存
されます。これは以 前 のバージョンの既 定 値 の動 作 とは異 なります。
ド メイン
ChemBioFinder のド メイン機 能 を使 用 してデータベースのサブセット を作 成 することができます。作 成 したド メインは 1 つ
の完 全 なデータベースであるかのように動 作 します。データベースの検 索 はド メインの範 囲 に限 定 されます。ヒット リスト
は、データベース全 体 を操 作 しているときと同 じようにクエリ ツリーに追 加 されます。
ド メインの作成
ド メインを作 成 する前 に、クエリを実 行 して操 作 対 象 となるデータベースのサブセット を定 義 する必 要 があります。このサ
ブセット がド メインになります。
ヒント: ド メインを一 定 の順 序 で並 べ替 える必 要 があるときは、ド メインを作 成 する前 にソートを行 ってください。その
順 序 は、それ以 降 使 用 する際 、常 に保 持 されます。
ド メインを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. ダブルクリックしてクエリを選 択 します。
2. Search>Domain>Set Domain to Current List の順 に選 択 します。
Query コント ロールの表示
ド メインで実 行 したクエリは、ド メインの子 クエリとして表 示 されません。ただし、Search メニューの Over Current List を
選 択 し、当 該 ド メインをアクティブなリスト として指 定 した場 合 はその限 りでありません。
ド メインの解除
ド メインが必 要 なくなった場 合 は、Search>Domain>Reset to Full Database の順 に選 択 して ド メインを解 除 しま
す。
mdb データベースの作 成
サーバ上 で大 規 模 な Oracle データベースを操 作 するときは、データベースのサブセット (データセット ) をローカル データ
ベースとして保 存 すると便 利 です。ChemBioFinder のローカル データベースは Microsoft Access をベースにしています
(ファイル拡 張 子 MDB)。そのため、エクスポート するデータセット では Access の命 名 規 則 や制 限 に従 う必 要 があります。
Access データベースの命名規則
ChemBioFinder 13.0 は Access (Jet) データベース標 準 を使 用 しているので、フィールド 、コント ロール、およびオブジェク
ト の名 前 は Access のルールに従 わなければなりません。たとえば次 のルールがあります。
第 15 章: BioSAR
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ChemBioFinder 13.0
長 さは最 長 で 64 文 字 までが許 されます。
英 字 、数 字 、スペース、さらにピリオド (.) を除 く特 殊 文 字 、感 嘆 符 (!)、アクセント 符 号 (`)、大 かっこ ([ ]) を組 み合 わ
せて使 用 できます。
先 頭 をスペースにすることはできません。
制 御 文 字 (ASCII 値 の 0 ～ 31) を含 めることはできません。
テーブル、ビュー、スト アド プロシージャの名 前 に二 重 引 用 符 (") を含 めることはできません。
データベースのローカル コピーの作成
頻 繁 に使 用 するデータセット が変 化 しない場 合 は、そのデータを ChemBioFinder のローカル データベースとしてエクス
ポート するとよいでしょう。通 常 、ローカル データベースでは、閲 覧 、検 索 、グラフ化 、分 析 など、一 般 的 な多 くのタスクが
より高 速 に実 行 されます。
ローカル データベースの作 成 は 2 つのステップで行 われます。
1. データセット を CFXML ファイルとしてエクスポート する。
2. エクスポート したファイルを ChemBioFinder にインポート する。インポート したファイルは CFX ファイルとして保 存 されま
す。その後 、必 要 なときにいつでもこれを使 うことができます。
データセット のエクスポート
データセット をエクスポート するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. クエリを実 行 してデータセット を作 成 します。
2. File>Export>CFXML の順 に選 択 します。Data Export ウィンド ウが表 示 されます。
3. エクスポート するデータセット に適 用 するオプションを選 択 します。
Data Export ダイアログ ボックスで新 しいデータベースのパスとファイル名 を選 択 します。File を使 用 してファイルの場
所 を参 照 してください。
ダイアログ ボックスの下 半 分 にデータ フィールド が表 示 されます。既 定 値 では、すべてのデータ フィールド が選 択 され
ており、それらのフィールド がエクスポート されるデータベースに取 り込 まれます。必 要 ないフィールド については、
チェック ボックスをオフにして選 択 を解 除 します。
フィールド の名 前 が Access データベースの命 名 規 則 に準 拠 しているかを確 認 します (必 要 ならダブルクリックして
フィールド 名 を編 集 します)。
Text Options タブで、区 切 り記 号 やその他 のオプション (サブフォームのデータ、空 のレコード 、ヘッダーなど) を選 択
します。構 造 式 を CDX 形 式 と CDXML 形 式 のどちらで保 存 するかも選 択 できます。
4. 選 択 した後 、Export をクリックします。
cfxml ファイルのインポート
CFXML 形 式 で保 存 したデータセット を ChemBioFinder に戻 して MDB ファイルとして保 存 する必 要 があります。
注 : フィールド の名 前 /型 の定 義 が重 複 するのを避 けるため、マスタ データベースを閉 じてから空 白 のフォームをイン
ポートして開 いてください。
1. 空 白 のフォームで File>Import>CFXML の順 に選 択 し、ファイルを開 きます。Data Import ダイアログ ボックスが表 示
されます。
2. インポート するフィールド を選 択 /選 択 解 除 し、ファイルに適 用 するオプションを選 択 します。
3. オプションを選 択 した後 、Import をクリックします。データセット が Access データベースにインポート されます。
第 15 章: BioSAR
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ChemBioFinder 13.0
Excel スプレッド シート へのエクスポート
複 数 のサブフォームを持 つ BioSAR 由 来 のフォームを Excel スプレッド シート にエクスポート するときは、すべてのサブ
フォームが正 しくエクスポート されるように注 意 してください。通 常 のエクスポート プログラムはフィールド 名 のみを取 り扱 い
ますが、BioSAR のサブフォームでは異 なるアッセイ テーブルが同 じフィールド セット を持 つことがあるからです。これらがエク
スポート 時 に衝 突 すると、データが正 しく出 力 されません。
これを避 けるために、ChemBioFinder 13.0 では Data Export ダイアログ ボックスの Text Options タブに Prefix output
fieldnames というオプションがあります。このチェック ボックスをオンにすると、出 力 名 と入 力 名 が対 になり、サブフォームの
フィールド 用 に接 頭 辞 が付 けられます。
パフォーマンス最適化のヒント
大 規 模 なデータベースや複 数 のフォームを操 作 するときは、作 業 効 率 が低 下 しないようにする必 要 があります。大 量 の
データを操 作 しても ChemBioFinder の処 理 能 力 が低 下 しないようにするには、いくつかの方 法 があります。
ド メインにリンクされたフォームを使用する
ド メインを使 用 すると、データベース全 体 を操 作 するときよりも大 幅 に処 理 速 度 が向 上 します。クエリの実 行 後 に
Retrieve All を選 択 すると、ド メインのみが完 全 なデータベースとして取 得 されます。一 般 にド メインはデータベース本 体
よりもずっと小 規 模 なため、クエリや Restore コマンド が高 速 で実 行 されます。
第 二 の利 点 は、ド メインは "不 揮 発 " であるということです。つまり、明 示 的 に削 除 するまでそのビューがサーバーに保 持
されます。大 規 模 なデータベースの特 定 のサブセット をいつも使 う場 合 には、ド メインを作 成 すれば、最 初 に決 まって実
行 されるクエリやローカル データベースが不 要 になります。フォームを保 存 するだけでド メインの情 報 が保 存 されるからで
す。次 にフォームを開 いたときには、ド メインだけが見 えます。
第 三 の利 点 は、作 成 時 のソート 順 序 が保 持 されることです。ソート は大 変 時 間 のかかる処 理 です。ド メインを使 用 す
れば、1 回 のソート で希 望 するソート 順 序 が保 存 されます。
ド メインの作 成 方 法 などの詳 細 については、200 ページの 「クエリ リスト の保 存 」 を参 照 してください。
1 つのタブの子テーブル数をできるだけ少なくする
サブフォームが画 面 に表 示 されると、ChemBioFinder はサーバーからのデータを自 動 的 に更 新 します。1 つのタブに大 量
のサブフォームがある場 合 、ChemBioFinder はそれらを一 度 にまとめて更 新 する必 要 があり、処 理 速 度 が低 下 します。
そのため、たまにしか表 示 しないサブフォームは、他 のタブに移 動 することをお勧 めします。そうすれば、そのタブがアクティ
ブになるまで更 新 されません。
使用していないグラフを削除する
表 示 状 態 のグラフは多 少 なりとも CPU を消 費 します。また、グラフのウィンド ウを閉 じてもメモリから削 除 されるわけでは
ありません。生 成 したグラフが必 要 なくなった場 合 は、View>BioViz Plots>Remove の順 に選 択 してグラフを削 除 し、
それからフォームを保 存 してください。
第 15 章: BioSAR
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ChemBioFinder 13.0
ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
ChemBioFinder 13.0 はカスタマイズできます。カスタマイズできる項 目 は次 のとおりです。
分 子 、フォント 、画 像 、フォームなどの表 示 方 法 を指 定 します。
お気 に入 りツリーをカスタマイズします。
各 ツールバーのデザインを指 定 します。
ChemBioFinder 13.0 自 動 化 言 語 (CAL) を使 って、Microsoft Excel との連 携 動 作 などを自 動 化 します。
プリファレンスの設 定
Preferences ダイアログ ボックスでは、分 子 、画 像 、フォームの表 示 方 法 をカスタマイズできます。また、検 索 方 法 やエク
スポート に関 する各 種 オプションも設 定 できます。
Preferences ダイアログ ボックスを使 う手 順 は次 のとおりです。
1. 設 定 するプリファレンスが含 まれているタブをクリックします。
2. 各 プリファレンスを適 切 に設 定 し、OK をクリックします。
表示オプション
表 示 オプションを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
File メニューの Preferences... コマンド をクリックします。
Preferences ダイアログ ボックスが表 示 され、Display タブが最 前 面 に表 示 されます。
構造式の表示
メチル基、脂肪族内、または芳香族の鎖にある炭素原子を表示するには、Carbon labels セクションで関連す
るチェック ボックスをチェックします。
ヘテロ原 子 または終 端 の炭 素 の部 分 にある水 素 を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Hydrogen Labels セクションの Fill valence オプションを選 択 します。
Hydrogen Labels セクションの No H atoms を選 択 します。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
注 : No implicit を選 択 すると暗 黙 的 な水 素 は表 示 されません。
キーボード ショート カット の使用
フォームの使 用 中 に、ショート カット キーを使 って原 子 対 原 子 のマップ、反 応 中 心 、原 子 番 号 、結 合 番 号 などの表
示 ／ 非 表 示 を切 り替 えることができます。
ショート カット キーを使 用 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Preferences ダイアログ ボックスの Display タブの Enable keyboard shortcuts チェック ボックスをオンにします。
キーボード ショート カット が有 効 になると、次 のキーでプロパティを切 り替 えることができます。
A:原 子 番 号 の表 示 /非 表 示
B:結 合 番 号 の表 示 /非 表 示
M:原 子 対 原 子 のマップの表 示 /非 表 示
R:反 応 中 心 の表 示 /非 表 示
S:立 体 化 学 構 造 の表 示 /非 表 示
構造式のスケール
各 構 造 式 がデータ ボックスいっぱいに表 示 されるように設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Display タブの Structure Scaling セクションの Fit to box ラジオ ボタンをクリックします。
すべての構 造 式 の結 合 を同 じ長 さで表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Display タブの Structure Scaling セクションの Uniform bond length ラジオ ボタンをクリックします。
2. 結 合 の長 さの割 合 を選 択 します。
Uniform bond length を選 択 した場 合 に、構 造 式 のサイズが大 きすぎてデータ ボックスに表 示 できなければ構 造
式 は縮 小 されますが、拡 大 されることはありません。
画像の表示枠
フォームに表 示 する画 像 の周 囲 を境 界 線 で囲 むかどうかを指 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Display タブの Pictures セクションの Framed ラジオ ボタンを選 択 します。
グリッド の間隔
フォーム上 に表 示 するグリッド の間 隔 を指 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
Display タブの Grid Spacing セクションで数 値 を入 力 するか、上 向 き矢 印 または下 向 き矢 印 を押 して現 在 の値 を 1
単 位 ずつ変 更 します。
グリッド の間 隔 を小 さくすると、細 かいマト リクスに合 わせて描 画 できるので、より正 確 にオブジェクト を配 置 できます。
色の設定
色 のオプションを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Preferences ダイアログ ボックスの Color タブをクリックします。
Color タブでは、ユーザー インターフェイスの各 種 要 素 の色 を指 定 できます。
色 を設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 変 更 するインターフェイスの要 素 に対 応 するボタンをクリックします。Color ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. 新 しい色 を選 択 します。
3. OK をクリックします。
ヒント: 原 子 の色 が見 づらくなるので赤 の強 調 表 示 を好 まない人 がいます。Preferences ダイアログ ボックスの Color
タブで強 調 表 示 色 を変 更 することができます。"黒 " を選 択 すると強 調 表 示 は実 質 的 にキャンセルされ、原 子 が本
来 の色 で表 示 されます。
構造式クエリ検索
Search Type、Search Details、Tuning は、検 索 するヒット の種 類 を指 定 するクエリを定 義 するために使 います。これらの
設 定 については、クエリに関 する章 の103 ページの 「検 索 タイプ」 、115 ページの 「詳 細 検 索 オプションの設 定 」 、117
ページの 「調 整 」 の説 明 を参 照 してください。
一般オプション
一 般 オプションでは次 の項 目 を設 定 できます。
最 近 使 ったファイルのリスト のサイズ
起 動 時 の既 定 値
フレームのスタイル
クエリ保 存 時 の既 定 値
一 般 オプションを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。Preferences ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. General タブをクリックします。General タブが表 示 されます。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
図 16.1: 一 般 オプションの設 定
構造式登録オプション
ChemBioFinder 13.0 で、標 準 的 な原 子 価 を持 たない原 子 を含 む構 造 式 を入 力 したときに警 告 を表 示 するように設
定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Registration セクションの Check valences チェック ボックスをオンにします。
ChemBioFinder 13.0 で、データベース内 のデータを修 正 するときに確 認 メッセージが表 示 されるように設 定 するには、次
の操 作 を行 ってください。
Registration セクションの Ask to commit changes チェック ボックスをオンにします。
ChemBioFinder 13.0 の起動オプション
ChemBioFinder 13.0 の起 動 時 に ChemBioFinder 13.0 Opening ダイアログ ボックスを開 くように設 定 することも、最 後 に
使 用 したフォームを開 くように設 定 することもできます。
起 動 時 に ChemBioFinder 13.0 で表 示 する内 容 についてのオプションを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. General タブでの操 作 :
目的
操作
起 動 時 に opening
ダイアログ ボックスを
Show startup
dialog チェック ボック
開 く。
スをオンにする。
起 動 時 に前 回 使
Reopen last form
用 したフォームを開
チェック ボックスをオ
く。
ンにする。
既 定 値 のスクリプト
Check for external
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
目的
操作
scripts チェック
を使 用 する。
ボックスをオンにす
る。
Explorer ウィンド ウ
の手 前 に表 示 する
ウィンド ウを変 更 す
る。 a
別 のテーマを選 択 す
る。
Explorer tab: ド ロッ
プダウン メニューから
項 目 を選 択 する。
Frame style: ド ロッ
プダウン メニューから
項 目 を選 択 する。
2. OK をクリックします。
最近使ったファイルのリスト のサイズ設定
ChemBioFinder 13.0 が表 示 する最 近 使 ったファイルの数 を設 定 できます。
最 近 使 ったファイルのリスト のサイズを設 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
General タブの Recent file list size: オプションで、数 値 (0 ～ 16) を入 力 するか、上 向 き矢 印 または下 向 き矢 印 を
押 して現 在 の値 を 1 単 位 ずつ変 更 します。
View メニューによるオプションの変更
View メニューから Atom Numbers、Reaction Centers、Stereochemistry、Atom Maps in reactions など、いくつかの構
造 式 表 示 オプションを設 定 することができます。
反 応 中 心 を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
View>Structure>Reaction Centers の順 に選 択 します。
aExplorer ウィンド ウは、Pro および Ultra バージョンで使 用 可 能 です。Standard バージョンでは使 用 できません。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
図 16.2: 反 応 中 心 の表 示
反 応 の中 心 を表 示 すると、反 応 過 程 で変 化 するすべての結 合 が色 付 きで表 示 されます。さらに、反 応 中 心 に含
まれる原 子 のうち、結 合 が反 応 中 心 に含 まれないものは、円 で囲 んで表 示 されます。
図 16.3: 反 応 中 心 の視 覚 化
原 子 対 原 子 のマッピングを表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
View>Structure>Atom-to-Atom Map の順 に選 択 します。
原 子 対 原 子 のマッピングを表 示 すると、反 応 物 と生 成 物 の間 で互 いに対 応 する原 子 が同 じ色 で表 示 されます。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
図 16.4: 原 子 対 原 子 のマッピング
この 2 つのオプションは、反 応 の表 示 にのみ適 用 されます。これらのチェック ボックスがオフの場 合 は、反 応 中 心 に含
まれる原 子 や反 応 物 と生 成 物 の間 で互 いに対 応 する原 子 があっても、他 の原 子 や結 合 と同 じように表 示 されま
す。
お気 に入 りツリー
お気 に入 りツリーは、ユーザーが作 成 したファイル システム オブジェクト を集 めたものです。フォルダ、サブフォルダ、ChemBioFinder 13.0 フォーム、構 造 式 ファイル、およびあらゆる種 類 の文 書 をこの中 に含 めることができます。定 期 的 に使 用
するデータや文 書 を集 め、整 理 してアクセスしやすくすることを目 的 としています。
図 16.5: お気 に入 りツリー
お気 に入 りツリーの項 目 は、ChemBioFinder 13.0 内 からダブルクリックして開 くことができます。
ファイルの種 類
ChemBioFinder 13.0
フォーム
ChemBioFinder 13.0 スク
リプト
SD または RDFile
ChemBioFinder 13.0 クエ
リ
その他 の種 類 の文 書
ダブルクリック後 の
動作
開く
実 行 される
ロード される
復 元 される
ソース アプリケー
ションで開 く
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
お気 に入 りツリーに情 報 を追 加 するには、次 の 2 つの方 法 があります。
1 つまたは複 数 のファイルを Windows エクスプローラからお気 に入 りのウィンド ウにド ラッグします。
コンテキスト メニューを使 用 します。
お気 に入 りツリーに新 しいフォルダを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. 「親 」フォルダをポイント します(新 しいフォルダはこのフォルダのサブフォルダになります)。
2. 右 クリックし、コンテキスト メニューの New Folder コマンド をクリックします。
3. フォルダの新 しい名 前 を入 力 します。
フォルダに項 目 を追 加 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォルダをポイント します。
2. 右 クリックし、コンテキスト メニューの New Item... コマンド をクリックします。File ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. 追 加 するファイルを参 照 し、Open をクリックします。フォルダに項 目 が追 加 されます。
ツリーの項 目 またはフォルダを並 べ替 えるには、項 目 を新 しい位 置 にド ラッグします。
フォルダまたはサブフォルダをアルファベット 順 に並 べ替 えるには、フォルダを右 クリックし、コンテキスト メニューの Sort
Folder をクリックします。
ツールバー
ChemBioFinder 13.0 では、ユーザーのニーズに応 じてツールバーをフォーマット できます。ボタンをド ラッグしてツールバーに
入 れたり出 したりすることにより、ツ－ ルバーをカスタマイズできます。
Customize ダイアログ ボックスを開 くには、次 の操 作 を行 ってください。
View>Toolbars>Customize の順 に選 択 します。Customize ダイアログ ボックスが表 示 されます。
図 16.6: ツールバーのカスタマイズ
既 に ChemBioFinder 13.0 ウィンド ウに登 録 されているツールバーにオプションを追 加 するには、次 の操 作 を行 ってくださ
い。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
1. Customize ダイアログ ボックスの Commands タブをクリックします。
2. 希 望 するコマンド を見 つけ、オプションを Commands ウィンド ウから ChemBioFinder 13.0 ウィンド ウのツールバーまでド
ラッグします。ツールバー上 のド ロップした位 置 に、オプションが表 示 されます。
ボタンを削 除 するには、ツールバーからド ラッグして外 します。
ツールバーを既 定 値 の設 定 に戻 すには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Customize ダイアログ ボックスの Toolbars タブをクリックします。Toolbars タブが表 示 され、現 在 ChemBioFinder
13.0 ウィンド ウに表 示 されているツールバーがすべて表 示 されます。
図 16.7:
2. 既 定 値 の設 定 に戻 すツールバーをクリックして、Reset をクリックします。ChemBioFinder 13.0 ウィンド ウのツールバー
が、既 定 値 の設 定 に変 わります。
すべてのツールバーを既 定 値 の設 定 に戻 すには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Customize ダイアログ ボックスの Toolbars タブをクリックします。Toolbars タブが表 示 され、現 在 ChemBioFinder
13.0 ウィンド ウに表 示 されているツールバーがすべて表 示 されます。
2. Reset All をクリックします。
周期表
ChemBioFinder 13.0 には、データの表 示 や分 子 式 の入 力 が可 能 な周 期 表 が付 属 しています。周 期 表 の各 元 素 をク
リックすると、物 理 データや史 実 データが表 示 されます。
Periodic Table ウィンド ウを表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. View メニューの Periodic Table をクリックします。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
図 16.8:
2. 各 元 素 をクリックします。一 番 上 のボックスに元 素 名 、質 量 、その他 の属 性 が、一 番 下 の編 集 ボックスに元 素 記 号
が表 示 されます。
元 素 と数 値 を順 にクリックして、一 番 下 の編 集 可 能 なテキスト ボックスに分 子 式 を作 成 できます。ここで作 成 した分 子
式 をフォームに貼 り付 けて、分 子 式 のクエリに使 用 することもできます。
周 期 表 からフォームに分 子 式 をコピーするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. カーソルが編 集 可 能 なテキスト ボックスに置 かれていることを確 認 します。
2. Shift キーとキーボード の左 矢 印 キーを使 用 して、コピーするテキスト を選 択 します。編 集 可 能 なテキスト ボックスに表
示 されているテキスト をすべてコピーする場 合 は、Ctrl + A キーを押 します。
3. Ctrl + C キーを押 します。
4. Periodic Table ウィンド ウで OK をクリックして閉 じます。
5. フォーム内 で、テキスト を貼 り付 ける分 子 式 ボックスをクリックし、Ctrl + V キーを押 します。
選 択 中 の元 素 に関 する物 理 データを Element Editor に表 示 するには、次 のいずれかの操 作 を行 ってください。
目 的 の元 素 を表 示 し、Periodic Table ウィンド ウの上 部 にある表 示 ボックスをクリックします。
目 的 の元 素 のボタンをダブルクリックします。
図 16.9:
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
Element Editor には、選 択 中 の元 素 の属 性 が表 示 されます。各 元 素 には特 定 の色 を指 定 することができ、周 期 表 で
も構 造 式 データ ボックスでも、元 素 は指 定 した色 で表 示 されます。
元 素 の色 を変 更 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Color ボタンをクリックします。
2. Color ダイアログ ボックスから色 を選 択 し、OK をクリックします。
3. Element Editor の OK をクリックします。
元 素 の色 を既 定 値 に戻 すには、Element Editor の Revert to Default をクリックします。
注 : 周 期 表 のデータは CS ChemBioFinder 13.0 CS_Isotopes_Table.txt と呼 ばれるタブ区 切 りの ASCII ファイルとし
て、ChemBioFinder 13.0 システム ディレクトリに保 存 されます。既 定 値 のデータ値 を変 更 する場 合 は、テキスト エ
ディタや表 計 算 のアプリケーションで編 集 することができます。
ActiveX コント ロールの埋 め込 み
ウィンド ウ用 のほとんどの ActiveX コント ロールをフォームに埋 め込 むことができます。スタンド アロンのコント ロールは、埋 め
込 み後 すぐに使 うことができます。プログラミングの必 要 なコント ロールや、コント ロールで ChemBioFinder データを管 理 す
る場 合 は、Python スクリプト でコント ロールの動 作 をカスタマイズする必 要 があります。
コント ロールを埋 め込 むには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Form ツールバーの Control box ツールを選 択 します。
2. フォーム上 でド ラッグして長 方 形 を描 きます。Insert Control ダイアログ ボックスが表 示 されます。
3. リスト からコント ロールを選 択 します。コント ロール ボックス内 にコント ロールが表 示 されます。
図 16.10: スプレッド シートをフォームに追 加 します。
注: リスト中のすべてのコントロールがコントロール ボックスでの使用に適しているわけではありませんが、その場合は、適宜エ
ラー メッセージが表示されます。
コント ロールのカスタマイズ
フォームに Python スクリプト を追 加 して所 定 のタイミングでカスタム アクションが実 行 されるようにすることで、埋 め込 みコン
ト ロールの動 作 をカスタマイズすることができます。コント ロールに Automation インターフェイスを使 用 してアクセスするに
は、対 応 する Box オブジェクト の Control 属 性 を使 用 します。Box オブジェクト は、Document オブジェクト の Boxes コレク
ションから取 得 します。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
Automation インターフェイスを使 うための情 報 については、PerkinElmer Informatics のサポート 窓 口 までお問 い合 わせく
ださい。
スクリプティング
CAL
ChemBioFinder 13.0 には、ChemBioFinder Automation Language (CAL) と呼 ばれる独 自 のスクリプト 言 語 が搭 載 され
ています。CAL を使 用 すると、キーボード からアプリケーションを操 作 したり、フォーム間 の切 り替 えや Microsoft Excel へ
のデータ送 信 などの簡 単 な操 作 を自 動 化 するための独 自 のスクリプト を作 成 したりできます。
CAL スクリプト はテキスト ファイルに保 存 され、パス名 はフォームに保 存 されます。ChemBioFinder 13.0 には、フォーム
ファイルにスクリプト を直 接 保 存 するオプションがあります。ChemBioFinder 13.0 で作 成 されたスクリプト は既 定 値 で内 部
に保 存 されます。外 部 のスクリプト ファイルを参 照 するフォームを開 くと、スクリプト を内 部 保 存 するかどうか尋 ねられま
す。
外 部 スクリプト ファイルを内 部 スクリプト ファイルに変 換 することを選 択 した場 合 、フォームを保 存 したときにスクリプト も保
存 され、オリジナルのスクリプト ファイルは削 除 されることがあります。初 めに内 部 スクリプト ファイルとして保 存 していたファ
イルを外 部 ファイルに保 存 することもできます。
ヒント: フォームに別 の名 前 を付 けて保 存 すると、オリジナルはそのまま残 ります (その場 合 はスクリプト ファイルを削 除
しないことをお勧 めします)。
フォームに変 更 を加 えないようにすると、フォームを開 くたびに警 告 が表 示 されます。
プロンプト が表 示 されないようにするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Preferences をクリックします。
2. General タブをクリックします。
3. Check for external scripts チェック ボックスをオフにし、OK をクリックします。
CAL コマンド を実 行 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Scripts メニューの Command Line をクリックします。Enter CAL Command ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. CAL コマンド を 1 つ入 力 します。Help をクリックすると、CAL Scripting Help が表 示 されます。
3. Execute をクリックしてコマンド を実 行 します。引 き続 きコマンド を 1 つずつ入 力 することができます。
4. コマンド の実 行 が完 了 したら、Done をクリックします。
Command ド ロップダウン リスト に、前 に入 力 したコマンド が表 示 されます。
前 に入 力 したコマンド に戻 るには、次 の操 作 を行 ってください。
1. リスト から目 的 のコマンド を選 択 します。
2. Execute をクリックします。
コマンド 言 語 の詳 細 については、249 ページの 「CAL コマンド 」 を参 照 してください。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
CAL ヘルプの表示
CAL スクリプト 言 語 についての情 報 を表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Enter CAL Command ダイアログ ボックスで、Help をクリックします。CAL Scripting Help ウィンド ウにコマンド 、変 数 、
構 文 記 述 が表 示 されます。
図 16.11: CAL ヘルプ ウィンド ウ
ヒント: ChemBioFinder 13.0 では、このウィンド ウのサイズを変 更 できます。
スクリプト の作成
スクリプト を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォームにボタンを作 成 します。
2. ボタンにラベルを付 けます。
3. 右 クリックし、コンテキスト メニューの Edit Script をクリックします。CAL エディタが開 きます。
図 16.12: The ChemBioFinder 13.0 スクリプト エディタ
4. スクリプト コマンド を入 力 するか、Import ボタンを使 用 して既 存 のスクリプト をインポート します。
5. OK をクリックして、新 しいファイルを作 成 します。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
ヒント: メモ帳 やテキスト エディタを使 用 してスクリプトを作 成 することも可 能 です。スクリプトの名 前 が Scripts メニュー
に表 示 されるようにするには、ファイルに .cfs 拡 張 子 を付 けて C:\Documents and Settings\All Users\Application
Data\CambridgeSoft\ChemOffice 2012\ChemBioFinder\System (Windows) および C:\Program Data\CambridgeSoft\ChemOffice 2012\ChemBioFinder\System (Vista) サブディレクトリに保 存 します。
CAL エディタはシンプルでサイズ変 更 が可 能 なテキスト 入 力 ウィンド ウです。改 行 やタブも使 用 できます。コピー/貼 り付
けするには、Ctrl + C/Ctrl + V を使 用 します。(前 回 の作 業 を) 元 に戻 したり、やり直 すには、Ctrl + Z を使 用 します。
Verify ボタンを使 うと、CAL コマンド パーサーからスクリプト が実 行 されます。パーサーでは認 識 できるキーワード から始 ま
る行 だけがチェックされるので、スクリプト を解 析 してエラーがなくても、スクリプト が正 しく実 行 されるわけではありません。
Properties ボタンを使 うと、スクリプト を外 部 ファイルに保 存 するか内 部 に保 存 するかを指 定 し、ファイル パスまたはスク
リプト 名 を指 定 することのできるダイアログ ボックスが表 示 されます。スクリプト には任 意 の名 前 を付 けることができますが、
現 在 のフォームのスクリプト の中 で一 意 の名 前 を付 けてください。
OK ボタンをクリックするとスクリプト が保 存 されます。Run ボタンをクリックするとスクリプト が保 存 されて実 行 されます。
ボタンに割 り当 てられていないスクリプト を実 行 するには、次 の操 作 を行 ってください。
Scripts メニューから、実 行 するスクリプト を選 びます。
注 : メニューに表 示 されていないスクリプトを実 行 するには、コマンド ラインに「Call <スクリプト ファイル名 >」と入 力 しま
す。
スクリプト のデバッグ
スクリプト のデバッグは 1 行 ずつ行 うことができます。
スクリプト を 1 行 ずつ表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Scripts メニューの Command Line をクリックします。Enter CAL Command ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. 「Step on」と入 力 し、Execute をクリックします。これでステップ モード がオンになり、各 ステップが表 示 されます。
3. 次 のいずれかの操 作 を行 って、CAL スクリプト を実 行 します。
条件
スクリプト が Scripts
メニューに表 示 され
ている場 合
操作
目 的 のスクリプト を選
びます。
Enter Script Com-
スクリプト が Scripts
メニューに表 示 され
ていない場 合
mand ダイアログ
ボックスで「call」の後
にスクリプト の名 前 を
入 力 し、Execute
をクリックします。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
4. Esc キーを除 く任 意 のキーを押 してコマンド を実 行 し、次 のコマンド に移 ります。コマンド の各 ステップがステータス行 に
表 示 されます。
5. Esc キーを押 してスクリプト のデバッグを終 了 します。
6. Enter Script Command ダイアログ ボックスで「step off」と入 力 し、 デバッグ モード を終 了 します。
ト リガ スクリプト
ト リガ スクリプト は、特 定 の事 前 定 義 イベント に応 答 して実 行 されます。たとえばト リガ スクリプト では、新 しいレコード に
移 動 するたびに、別 のボックスの内 容 からデータを計 算 して自 動 的 にボックスをロード することができます。
ト リガ スクリプト は、Properties ダイアログ ボックスの Form タブの Run script on: リスト ボックスからアクセスできます。リス
ト ボックスには使 用 可 能 なト リガ イベント が表 示 され、各 イベント のスクリプト を作 成 、編 集 、有 効 化 、無 効 化 すること
ができます。
イベント 発 生 時 にスクリプト を実 行 するには、次 の操 作 を行 います。
1. フォームを右 クリックし、コンテキスト メニューの Properties... コマンド をクリックします。
2. Form タブをクリックします。
3. Run script on: リスト ボックスの目 的 のイベント のチェック ボックスをオンにします。イベント にチェックが付 いていなけれ
ば、スクリプト が提 供 されていてもそのイベント が発 生 したときにスクリプト は実 行 されません。
4. イベント 名 をクリックしてリスト ボックスの行 を強 調 表 示 します(チェック ボックスをクリックしても行 は選 択 されません)。
5. Edit をクリックして、CAL エディタでスクリプト を作 成 または編 集 します。
6. OK をクリックしてフォームに戻 ります。スクリプト は指 定 のイベント が起 きたときに自 動 的 に実 行 されます。
7. Box Properties ダイアログ ボックスで OK をクリックします。
8. 変 更 を保 存 する場 合 はフォームを保 存 します。
Python™
Python インタプリタは ChemBioFinder 13.0 に組 み込 まれています。言 語 コンポーネント 自 体 は ChemBioFinder 13.0 の
外 部 に存 在 しますが、内 部 から利 用 でき、内 部 に組 み込 まれているように見 えます。Microsoft Word や Excel で Visual Basic を用 いて複 雑 なマクロを開 発 するのと同 じようにして、ChemBioFinder 13.0 内 部 から Python を用 いてスクリプ
ト を開 発 することができます。
Output ウィンド ウによって、ChemBioFinder 13.0 で Python が使 いやすくなっています。CAL と Python のどちらでもスクリ
プト エディタが使 用 されます。既 定 値 の設 定 では Python に対 応 します。
Python について
Python は、アプリケーション、コント ロール、DLL、コマンド ライン ユーティリティなどを開 発 するためのフル機 能 のクロス プ
ラット フォーム プログラミング言 語 です。この言 語 はオープン ソースであり、大 規 模 な開 発 者 コミュニティが維 持 しサポート
しています。
Python は ChemBioFinder 13.0 において、CAL と同 じように利 用 できます。どちらもスクリプト によって次 のことを実 現 でき
ます。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
スクリプト をサブフォーム テーブル内 のボタン、フォーム ト リガ イベント 、またはハイパーリンクに接 続 し、そこから起 動 す
る。
スクリプト をコマンド モード で 1 行 ずつ作 成 して実 行 する。
スクリプト から ChemBioFinder フォーム上 のボックス内 のデータに直 接 アクセスする。
スクリプト を外 部 ファイルに保 存 する。またはフォーム内 部 に保 存 する。
しかし、Python は多 くの点 で CAL よりもずっと優 れています。
Python は完 全 なプログラミング言 語 であり、単 なるコマンド の集 合 ではありません。システム関 数 の呼 び出 し、データ
ベース アクセス、OLE オート メーション、ファイル入 出 力 、実 行 制 御 、データ構 造 、オブジェクト 指 向 、構 造 化 プログラ
ミングなど、最 新 の言 語 機 能 をフル装 備 しています。
Python プログラムの開 発 は、ChemBioFinder 13.0 スクリプト エディタ内 で対 話 的 に行 うことができます。これは IDLE
や PythonWin とよく似 た開 発 環 境 です。この環 境 のおかげでプログラムを作 成 しながら 1 行 ずつ実 行 できるため、開
発 とデバッグが容 易 になります。
ChemBioFinder 13.0 のフォーム ボックスでも使 用 できる ActiveX コント ロールを、Python スクリプト から操 作 することも
できます。
Python は OLE オート メーション経 由 で ChemBioFinder 13.0 と通 信 することで、文 書 、レコード セット 、データ、フォー
ム ボックス、構 造 式 、CAL コマンド にアクセスできます。
ChemBioFinder 13.0 の Python は CambridgeSoft 提 供 の化 学 構 造 式 処 理 言 語 ChemScript® と統 合 されていま
す。ChemScript は、Python を拡 張 したものであり、分 子 、反 応 、モデルなどの詳 細 な分 析 や操 作 を行 うことができ
ます。
スクリプト の作成
ChemBioFinder 13.0 フォームは、スクリプト (CAL と Python の両 方 ) のコレクションを持 つことができます。各 スクリプト は、
その実 行 形 態 に応 じて 3 つの方 法 のいずれかでフォームに接 続 されます。スクリプト を作 成 するときは、最 初 にスクリプト
をどのように呼 び出 すか決 めます。
ボタンで起 動 されるスクリプト を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. フォームにボタンを作 成 します。
2. ボタンを右 クリックし、コンテキスト メニューの Edit script をクリックします。スクリプト エディタのウィンド ウが開 き、スクリプ
ト を入 力 できます。
3. スクリプト が完 成 したら OK をクリックします。ボタンをクリックすると、スクリプト が実 行 されます。
ヒント: ボタンを使 用 するにはレイアウト モード を解 除 する必 要 があります。
ト リガ イベント に接 続 されたスクリプト を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Box Properties ダイアログ ボックスを開 き、Form タブをクリックします。
2. Run script on: ボックスで、イベント の横 にあるチェック ボックスをクリックしてイベント を選 択 します。
3. Edit... をクリックします。スクリプト エディタのウィンド ウが開 き、スクリプト を入 力 できます。
4. スクリプト が完 成 したら OK をクリックします。イベント が発 生 すると、スクリプト が実 行 されます。
サブフォーム テーブルにリンクされたスクリプト を作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
1. サブフォーム名 を右 クリックして Subform Properties ダイアログ ボックスを開 きます。
2. Table script: テキスト ボックスに名 前 を入 力 し、Edit... をクリックします。スクリプト エディタのウィンド ウが開 き、スクリプ
ト を入 力 できます。
3. スクリプト が完 成 したら OK をクリックします。サブフォームの内 容 はハイパーリンク スタイル (青 、下 線 付 き) で表 示 され
ます。リンクをクリックすると、スクリプト が実 行 されます。
スクリプト エディタ
すべてのスクリプト (CAL と Python の両 方 ) に同 じスクリプト エディタが対 応 します。編 集 対 象 のスクリプト に合 わせてエ
ディタの内 容 が変 化 します。以 前 のバージョンの CAL エディタでは、スクリプト ごとにウィンド ウが独 立 していました。新 しい
スクリプト エディタはモード レスです。つまり、操 作 対 象 を ChemBioFinder 13.0 に切 り替 えても、スクリプト エディタは画 面
から消 えません。スクリプト エディタを閉 じるには、OK または Cancel をクリックします。
このエディタには次 の 3 つのモード があります。
CAL — CAL スクリプト 開 発 モード 。Verify ボタンで構 文 をチェックし、Run でスクリプト をテスト します。
注: CAL を対話的に操作するときはスクリプト エディタを使わないでください。Scripts メニューの Command Line をクリックして
表示されるコマンド ボックスを使います。
Python — Python スクリプト 編 集 モード 。CAL モード と同 様 、スクリプト の表 示 と編 集 のほか、Run をクリックしてテスト
することができます。このモード に切 り替 えると、プロンプト が消 えます。
Python Interactive — Python スクリプト の対 話 開 発 モード 。このモード では、Python コマンド を入 力 して 1 つずつ実 行
したり、Run をクリックしてスクリプト をテスト したりすることができます。
スクリプト エディタのボタンは次 のとおりです。
Verify — CAL スクリプト に構 文 エラーがないか確 認 します。このボタンは Python には適 用 されません。
Run — スクリプト を実 行 します。テスト 用 です。
Import... — テキスト ファイルから新 しいスクリプト を読 み込 みます。
Properties... — 2 つのオプションを持 つダイアログ ボックスを開 きます。1 つはスクリプト を (ChemBioFinder 13.0 フォーム
に) 内 部 的 に保 存 するオプションで、もう 1 つはスクリプト を外 部 テキスト ファイルとして保 存 するオプションです。
Help — CAL Help ウィンド ウまたは Python マニュアルを開 きます。
対話モード
Python の対 話 モード は、IDLE や PythonWin などの標 準 的 な Python 環 境 を手 本 にしています。このモード の特 徴 は
次 のとおりです。
「cfhelp」と入 力 すると、ChemBioFinder 13.0 特 有 のプログラミングに関 するヒント やサンプルのページが表 示 されます。
改 行 すると、そのつどウィンド ウに Python プロンプト (>>>) が表 示 されます。プロンプト の後 ろに Python のコマンド を入
力 し、Enter キーを押 します。コマンド が直 ちに実 行 され、次 の行 に新 しいプロンプト が表 示 されます。
ウィンド ウで初 めてコマンド を実 行 するときは、Python の初 期 化 に多 少 時 間 がかかります。まだ表 示 されていなけれ
ば、Output ウィンド ウが開 き、ChemBioFinder ヘッダーとコマンド の出 力 が表 示 されます。
入 力 行 をコロン (:) で止 めたときは、複 行 ステート メント の開 始 と見 なされます。Enter キーを押 すと、次 の行 はインデ
ント され、先 頭 に継 続 プロンプト (...) が表 示 されます。ステート メント は Enter キーを続 けて 2 回 押 すまで実 行 されま
せん。すなわち、複 行 ステート メント を止 めるには空 白 行 が必 要 です。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
今 入 力 した以 外 のコマンド を実 行 することもできます。カーソルを適 当 な行 に合 わせ、Enter キーを押 します。カーソル
の下 のコマンド が実 行 されます。その行 が複 行 ステート メント の一 部 なら、ステート メント 全 体 が実 行 されます。その
後 、新 しいプロンプト は表 示 されず、カーソルは移 動 しません (ただし、カーソルが行 の最 後 にあった場 合 は、新 しい
行 が挿 入 され、そこに移 動 します)。
テキスト をウィンド ウにコピーしても自 動 的 に実 行 されません。貼 り付 けたコード は、各 行 にカーソルを合 わせて Enter
キーを押 すことにより、1 行 ずつ実 行 できます。
対 話 モード から標 準 の Python モード に切 り替 えると、すべてのプロンプト が消 えて、テキスト が左 にシフト されます。こ
れで行 単 位 の実 行 は無 効 となり、テキスト を自 由 に編 集 できます。
Output ウィンド ウ
Output ウィンド ウはスクリプト の出 力 を表 示 するド ッキング可 能 なウィンド ウです。必 要 になったとき初 めて自 動 的 に表 示
されます。ウィンド ウ内 のテキスト は編 集 可 能 ではありませんが、Windows のクリップボード 経 由 で他 のアプリケーションに
貼 り付 けることができます。すべて選 択 (Ctrl + A) やコピー (Ctrl + C) などの、標 準 的 なショート カット キーが使 えます。
CAL スクリプト からウィンド ウに出 力 を生 成 するには、 OUTPUT_STR コマンド を使 用 します。
OUTPUT_STR string または phrase
これで string または phrase がウィンド ウにエコーされ、その後 に 1 つのキャリッジ リターンが出 力 されます。文 字 列 を引 用
符 で囲 まないでください。
この文 字 列 は CAL ト ランスレータでスペーシングや内 部 的 な引 用 のために変 更 されることがあります。この変 換 を禁 止
し、文 字 列 をそのまま維 持 するには、先 頭 に \ を付 けます。
OUTPUT_STR \use this as written
Python スクリプト の出 力 も同 じ機 構 を使 います。
テキスト をコピーする、または Output ウィンド ウをクリアするには、次 の操 作 を行 ってください。
ウィンド ウ内 の任 意 の場 所 を右 クリックし、コンテキスト メニューから目 的 のコマンド を選 びます。
Python でのプログラミング
Python でのプログラミングは、Pro バージョンと Ultra バージョンでは実 行 可 能 ですが、Standard バージョンでは実 行 できま
せん。
このマニュアルでは、Python 言 語 については説 明 しません。Python の詳 細 については、Python に関 する書 籍 やイン
ターネット リソース、ならびに Python Help ファイルを参 照 してください。このセクションでは ChemBioFinder に固 有 なアプ
リケーションの話 題 を扱 います。
Python は、ChemBioFinder OLE オート メーション インターフェイスを介 してデータを処 理 します。これは ChemBioFinder
内 で操 作 するオブジェクト 、すなわちアプリケーションやド キュメント (フォーム)、レコード セット 、フィールド 、ボックスなどのこ
とですが、そうしたオブジェクト のライブラリに外 部 からアクセスするための手 段 を提 供 します。このインターフェイスの解 説 は
ChemBioFinder SDK サイト にあります。しかし、オブジェクト ブラウザを使 用 して現 在 のフォーム内 のライブラリを参 照 し
た方 が簡 単 でしょう。
説 明 のため、サンプル Python スクリプト を開 発 してみましょう。フォームを開 き、検 索 を実 行 し、ヒット リスト を取 得 するも
のと仮 定 します。一 群 のレコード が一 定 の書 式 でまとめられ、特 定 のデータ項 目 が示 されたレポート を生 成 します。
次 に示 すスクリプト を使 ってこの作 業 を行 うことができます。試 しに実 行 してみたいときは、このスクリプト をコピーしてスクリ
プト エディタに貼 り付 けてください。これをテンプレート として利 用 してもよいでしょう。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
# ChemFinder Python script 'Generate Report'
# Created Wednesday, November 01, 2006, 10:55 AM
# Loop records printing name and formula
from win32com.client import GetActiveObject
cfapp = GetActiveObject("ChemFinder13.Application")
cfdoc = cfapp.ActiveDocument
cfrset = cfdoc.Recordset
namefield = cfdoc.Fields("molname")
fmlafield = cfdoc.Fields("formula")
recno = 1
cfrset.MoveFirst()
while (not cfrset.EOF):
molname = cfrset.Value(namefield.index)
formula = cfrset.Value(fmlafield.index)
print 'Rec',str(recno),':Name =',molname,'; Formula =',formula
cfrset.MoveNext()
recno = recno + 1
namefield = 0
fmlafield = 0
cfrset = 0
cfdoc = 0
cfapp = 0
注釈
行 1 ～ 2: # で始 まるコメント は無 視 されます。新 規 のスクリプト を作 成 すると、ChemBioFinder によってこのような行 が
生 成 されます。
行 3: スクリプト の目 的 を示 すために独 自 のコメント を追 加 するとよいでしょう。
行 4: Import ステート メント は、外 部 の Python モジュールのコード を宣 言 して実 行 するために使 われます。ここで
は、Win32 拡 張 ライブラリ (win32com.client) 内 のあるモジュールの特 定 のルーチン (GetActiveObject) を使 うことを宣
言 しています。
行 5 ～ 7: 現 在 実 行 中 の ChemBioFinder アプリケーション オブジェクト (スクリプト の起 動 元 のフォーム) を、そのアク
ティブなド キュメント およびレコード セット と共 に取 得 します。それらに変 数 名 を割 り当 てます。
行 8 ～ 9: レポート に出 力 するフィールド を特 定 し、対 応 するフィールド オブジェクト をド キュメント から取 得 します。
行 10 ～ 11: レコード のループを準 備 します。MoveFirst を呼 び出 すことで、リスト 全 体 をループすることが保 証 されま
す。これを省 くかコメント にすると、ループは現 在 のレコード から開 始 されます。
行 12: ループを開 始 します。最 後 のレコード を越 えて EOF に達 すると、ループは終 了 します。行 末 のコロンは、複 行
ステート メント の最 初 の行 であることを意 味 します。
行 13 ～ 14: レコード の Value メソッド を用 いてデータを取 得 します。
行 15: レコード データを整 形 して出 力 します。この例 では、1 つの行 を Output ウィンド ウに書 き出 しています。
行 16 ～ 17: 次 のレコード に進 みます。
行 18 ～ 22: スクリプト 内 で生 成 したオブジェクト は、終 了 前 に解 放 しなければなりません。解 放 しないと後 で ChemBioFinder を終 了 できないことがあります。ゼロを設 定 すれば、オブジェクト は解 放 されます。
Rec 1 :Name = Bromobenzene ; Formula = C6H5Br
Rec 2 :Name = 3-Bromobenzoic acid ; Formula = C7H5BrO2
Rec 3 :Name = 6,6'-Dibromoindigo ; Formula = C16H8Br2N2O2
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
Rec 4 :Name = 3-Bromophenol ; Formula = C6H5BrO
注意事項
サブフォームは CF オート メーション インターフェイスでサポート されていません。サブフォームのデータを操 作 する必 要 が
ある場 合 は、当 面 CAL を使 用 してください。
Python スクリプト の実 行 は現 在 のところ中 断 できません。上 記 のスクリプト を大 きなヒット リスト に対 して実 行 するとき
は注 意 してください。いったん実 行 が開 始 されると、処 理 が終 了 するか、タスク マネージャで ChemBioFinder を強 制
的 に終 了 するまで止 まりません。この問 題 については、現 在 対 策 を検 討 しているところです。
スクリプト の実 行 後 、ChemBioFinder を終 了 しようとしても拒 否 された場 合 は、スクリプト が ChemBioFinder オブ
ジェクト を生 成 し、その解 放 に失 敗 したことを意 味 します。
連 携 動 作 の方 法
Microsoft Excel など、他 の Windows アプリケーションと連 携 して動 作 させる一 般 的 な方 法 が 2 通 りあります。ChemBioFinder 13.0 内 でスクリプト を使 う方 法 と、他 のアプリケーション内 で Visual Basic プロシージャを使 う方 法 です。ここで
は、それぞれの方 法 の概 要 を述 べます。
スクリプト の使用
ChemBioFinder 13.0 (CAL) スクリプト では、次 の 2 つのコマンド のいずれかを使 用 して他 の Windows アプリケーションと
通 信 することができます。
EXEC — アプリケーションを起 動 して、コマンド ラインで情 報 を渡 すことができます。
DDE — Dynamic Data Exchange 経 由 で、DDE に対 応 している他 のアプリケーションとのデータのやり取 りを行 います。
EXEC コマンド は、簡 単 で便 利 ですが、複 雑 な連 携 動 作 には適 していません。すべての Windows アプリケーション
は、EXEC コマンド で起 動 できます。さらに、ほとんどのアプリケーションにコマンド ラインでファイル名 を渡 すことができ、起
動 時 に特 定 のファイルをオープンしたり、印 刷 したりできます。アプリケーションによっては、ファイル名 以 外 の情 報 も渡 せ
る場 合 があります。コマンド ラインによる操 作 の詳 細 については、各 アプリケーションのマニュアルを参 照 してください。
EXEC コマンド を Visual Basic または同 等 の機 能 を持 つオーサリング言 語 と組 み合 わせて使 うと、高 度 な機 能 を利 用
できるようになります。Visual Basic の高 度 な機 能 を使 ってアプリケーションを作 成 し、EXEC コマンド を使 って ChemBioFinder 13.0 からそのアプリケーションを呼 び出 すことができます。
DDE コマンド の使 用 方 法 は、やや複 雑 です。Microsoft Office の各 コンポーネント を含 め、多 くの Windows アプリケー
ションは、DDE 経 由 で操 作 できます。たとえば、Excel のメニュー コマンド は、いずれも DDE 経 由 で実 行 できま
す。DDE の構 文 はやや難 解 ですが、ChemBioFinder 13.0 のヘルプを参 照 しながら多 少 の試 行 錯 誤 を繰 り返 せば使 い
こなせるようになります。次 に例 を示 します。
ChemBioFinder 13.0 のデータを Excel で表 示 するには、DDE が最 も直 接 的 な手 段 となります。
MS Excel を使 用 して ChemBioFinder 13.0 のデータを表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. MS Excel を起 動 します。Windows から起 動 することもできますが、CAL スクリプト を使 って起 動 することもできます。
2. ChemBioFinder 13.0 で、Excel に送 信 するヒット リスト を取 得 します。データベース全 体 を操 作 する場 合
は、Search メニューの Retrieve All をクリックします。
3. ヒット リスト をカンマ区 切 りのテキスト として、一 時 ファイルにエクスポート するための短 い CAL スクリプト (以 下 の例 を参
照 ) を実 行 し、DDE 経 由 で Excel に対 して、その一 時 ファイルをワークシート にロード するように指 示 します。
4. Excel をアクティブにして、ワークシート のデータを操 作 します。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
この処 理 手 順 では、ChemBioFinder 13.0 から Excel への一 方 向 にしかデータを送 れません。Excel で編 集 したデータを
ChemBioFinder 13.0 に戻 す場 合 は、この章 で後 述 する別 の方 法 を使 用 します。
Excel を起 動 するスクリプト を次 に示 します。
*RUNEXCEL.CFS - Excel を起 動 するスクリプト
*
EXEC "c:\msoffice\excel\excel.exe"
Excel の実 行 可 能 ファイルが検 索 パスの通 ったディレクト リに格 納 されている場 合 は、パス名 を省 略 して、実 行 可 能 ファ
イル名 のみを指 定 することもできます ("exec excel.exe")。
ChemBioFinder 13.0 から現 在 のヒット リスト を Excel に転 送 するスクリプト を次 に示 します。
*TOEXCEL.CFS - Excel にデータを送 信 する
*スクリプト
*
WRITETEXT C:\DATA.TMP
DDE Excel System [OPEN("C:\DATA.TMP")]
DDE Excel
System [COLUMN.WIDTH(1,"C1:C4",,3,1)]
1 行 目 では、ChemBioFinder 13.0 の現 在 のヒット リスト を一 時 ファイル (区 切 り記 号 付 きの ASCII ファイル) として書 き
出 します。既 定 値 では、データベースのフィールド のうち、フォーム上 のデータ ボックスに表 示 されているフィールド (分 子 式
および分 子 量 は含 まれますが、構 造 式 は含 まれません) が、このファイルに書 き込 まれます。2 行 目 では、Excel に対 し
て、指 定 したタブ区 切 りの ASCII ファイルをオープンするように指 示 します。なお、Excel ではタブ区 切 りの ASCII ファイル
をそのままワークシート に読 み込 むことができます。3 行 目 では、Excel に対 して、フィールド の内 容 に応 じて列 幅 を 1 ～
4 に設 定 するように指 示 します。
注 : この例 ではテキストを書 き出 す際 の区 切 り記 号 をタブに設 定 する必 要 があります。そうでないと Excel がファイル
を正 しく読 み込 めない可 能 性 があります。これを確 認 するには、File メニューの Export をクリックし、Data Export ダイ
アログ ボックスの Text Options タブを開 きます。
これらのスクリプト は、Scripts メニューに登 録 できるほか、フォーム上 のボタンから起 動 できるように設 定 することもできま
す。スクリプト を Scripts メニューに登 録 するには、スクリプト のファイル名 に拡 張 子 .cfs を付 けて、ChemBioFinder 13.0
の System ディレクト リか、ChemBioFinder 13.0 アプリケーションが格 納 されているディレクト リに保 存 します。ボタンから
スクリプト を起 動 できるように設 定 するには、ボタンにラベルを付 けます。ラベルには、スクリプト ファイル名 、またはファイル
名 に変 換 できる文 字 列 を指 定 します。たとえば、ChemBioFinder 13.0 の System ディレクト リに TOEXCEL.CFS という
ファイルがある場 合 は、「ToExcel」というラベルをボタンに付 けると、そのスクリプト を起 動 できます。詳 細 については、40
ページの 「ボタンの追 加 」 を参 照 してください。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
Visual Basic の使用
ChemBioFinder 13.0 を Excel など他 のアプリケーションと連 携 して動 作 させるもう 1 つの方 法 は、OLE オート メーションを
使 う方 法 です。 ChemBioFinder 13.0 は、OLE オート メーション サーバーの役 割 を果 たし、OLE オブジェクト とのデータ交
換 が可 能 な外 部 プログラムに対 して一 連 のデータ管 理 機 能 を提 供 します。 現 行 バージョンの ChemFinder に実 装 され
ているデータ管 理 機 能 は多 くありませんが、さまざまなデータ取 り出 し操 作 や検 索 操 作 に適 しています。 これらの管 理
機 能 を利 用 すると、ChemBioFinder 13.0 から直 接 データの取 り出 しや操 作 を行 う独 自 の Visual Basic プロシージャを
作 成 できます。
Visual Basic スクリプト 内 から ChemBioFinder 13.0 のデータにアクセスする一 般 的 な手 順 は、次 のとおりです。
1. ChemBioFinder 13.0 Document オブジェクト を作 成 します。通 常 は、データベースとの接 続 が確 立 した状 態 でフォー
ムをオープンできるように、ファイル名 を渡 します。
2. Document オブジェクト のメソッド を使 って、データベース内 の移 動 、検 索 、データ アクセスなどの処 理 を行 います。 こ
れらのメソッド には、Field オブジェクト にアクセスしてデータベース内 のデータを照 会 するメソッド や、Molecule オブジェク
ト にアクセスして分 子 構 造 式 の詳 細 を取 得 するメソッド などがあります。
詳 細 については、CambridgeSoft SDK の Web サイト を参 照 してください。
Microsoft Access の使用
前 述 の ChemBioFinder 13.0 と Excel との連 携 動 作 のための方 法 は、Access との連 携 動 作 にも適 用 できま
す。EXEC コマンド で、Access を起 動 したり、CAL スクリプト を使 って Access に DDE コマンド を送 信 したりできます。な
お、Access で DDE を使 用 する場 合 は、Excel に比 べて実 行 可 能 な処 理 が制 限 されます。また、Access Basic を
使 って、ChemBioFinder 13.0 の OLE オート メーション メソッド を使 用 するプログラムを作 成 することもできます。さらに、Access から ChemBioFinder 13.0 のデータベースを直 接 操 作 することもできます。
ChemBioFinder 13.0 の分 子 データベースは、構 造 式 保 存 ファイル (ファイル拡 張 子 は MST と MSX)、Microsoft
Access 形 式 のデータ保 存 ファイル (ファイル拡 張 子 は MDB と LDB)、構 造 式 やデータの表 示 に使 用 するフォーム ファイ
ル (ファイル拡 張 子 は CFX) の 3 つのコンポーネント で構 成 されます。詳 細 については、225 ページの 「データベース ファイ
ルのタイプ」 を参 照 してください。
システムに Access がインスト ールされていれば、エクスプローラで MDB ファイルをダブルクリックすると Access が起 動 さ
れ、指 定 したデータベースが開 きます。
ChemBioFinder 13.0 のデータベースを Access で開 いたときに表 示 されるテーブルは、メイン スト ラクチャ テーブル (通 常
は "MolTable") を含 め、ChemBioFinder 13.0 の Database ダイアログ ボックスに表 示 されるテーブルと同 じです。ただし、
構 造 式 、分 子 式 、分 子 量 の列 は表 示 されません。これらのフィールド は、Access から直 接 操 作 できません。
Access を使 って ChemBioFinder 13.0 のデータベース上 で実 行 できる機 能 は、次 のとおりです。なお、これらの機 能 の
ほとんどは、現 行 バージョンの ChemBioFinder 13.0 では使 用 できません。
データベースの最 適 化 と修 復
列 (フィールド )、名 前 、フォーマット の変 更
テーブル名 の変 更
列 またはテーブルの追 加 と削 除
テーブルのインポート とエクスポート
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
区 切 り形 式 の ASCII ファイル、Excel ファイル、Word ファイルなど、各 種 ファイル形 式 で保 存 された構 造 式 以 外 の
データのロード
列 単 位 または行 単 位 でのデータの移 動
構 造 式 以 外 のデータに対 する複 合 クエリの実 行
テーブルのソート 順 の永 久 的 な変 更
これらの処 理 の詳 細 については、Microsoft Access のユーザーズ ガイド を参 照 してください。
Access 内 では、MolTable に対 するレコード の追 加 または削 除 を行 わないでください。このような操 作 を Access から行
うと、データベースのデータ コンポーネント と構 造 式 コンポーネント の整 合 性 が失 われます。
データベース ファイルのタイプ
ChemBioFinder 13.0 のデータベースは MstLib と呼 ばれるライブラリでサポート されています。このライブラリには構 造 式 列
をサポート するためのファイルがいくつも含 まれています。ChemBioFinder 13.0 では検 索 のパフォーマンスを高 めるために
スクリーニング ファイルも使 用 しています。
次 の表 は ChemBioFinder 13.0 で使 用 されるさまざまなファイル タイプの一 覧 です。
拡張子
目的
.MST
構 造 式 のスト レージ
.MSI
画面: 従来型
.MSX
画面: 従来型
.MSF
画面: 完全一致
.MSK
画面: 枠組み
.MSS
画面: 類似
.MS3
画 面 : 3-D
.MSH
画 面 : ハッシュ
.CFW
.CFX
.CFS
.MDB
.LDB
ChemBioFinder フォー
ム
ChemBioFinder フォー
ム
ChemBioFinder スクリ
プト
MS Access データベー
ス
データベースのロック
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
注 : .MSS 拡 張 子 がないと、.MSX 拡 張 子 が使 用 されますが、検 索 の質 が低 下 します。
第 16 章: ChemBioFinder 13.0 のカスタマイズ
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ChemBioFinder 13.0
構 造 式 クエリの機 能
ChemBioFinder で部 分 構 造 式 検 索 を実 行 するには、まずクエリに指 定 する構 造 式 を描 画 する必 要 があります。クエリ
に指 定 する構 造 式 は、さまざまなプログラムで描 画 できますが、ChemDraw のご使 用 をお勧 めします。この付 録 で
は、ChemDraw を使 って構 造 式 を描 画 することを前 提 に、構 造 式 クエリについて説 明 します。ChemDraw の構 造 式 描
画 機 能 およびクエリ機 能 の詳 細 については、『ChemDraw ユーザーズ ガイド 』を参 照 してください。
ChemBioFinder は、指 定 されたクエリに矛 盾 する点 があっても、クエリに一 致 する構 造 式 を忠 実 に検 索 します。たとえ
ば次 のようなクエリを作 成 できます。
図 17.1: 1) この結 合 は環 の一 部 であってはいけない
結 合 が既 に環 の一 部 を構 成 しているため、このクエリでは、どのレコード もヒット しません。
一 般 的 な属 性
ChemBioFinder では、次 に挙 げる一 般 的 な属 性 をクエリに割 り当 てることができます。
原子
結合
置換基
電 荷 とラジカル
同位体
立体化学構造
正規化
原子
クエリに原 子 タイプを指 定 すると、分 子 内 の指 定 した位 置 に特 定 のタイプの原 子 が存 在 する化 合 物 のみが検 索 されま
す。ただし、水 素 原 子 は例 外 的 に処 理 されます。229 ページの 「置 換 基 」 を参 照 してください。
結合
クエリに結 合 タイプを明 示 的 に指 定 すると、指 定 した結 合 が含 まれる化 合 物 のみが検 索 されます。注 意 事 項 について
は、232 ページの 「立 体 化 学 構 造 」 と235 ページの 「正 規 化 」 を参 照 してください。ChemBioFinder が認 識 する標 準 の
結 合 タイプは、以 下 のとおりです。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemBioFinder 13.0
結 合 タイプ
Single
説明
指 定 した位 置 に単 結 合 を持
つ化 合 物 を検 索 します。
Dashed
Single と同 じです。
Hashed
Single と同 じです。
Thick
Single と同 じです。
Wedged
Hashed
下 向 きに広 がっているウェッジ
形 の立 体 化 学 構 造 を検 索
します。
上 向 きに広 がっているウェッジ
Wedged
形 の立 体 化 学 構 造 を検 索
します。
Wavy
Hollow
Wedged
Dative
いずれの方 向 の立 体 化 学 構
造 も検 索 します。
Wedged と同 じです。
Single と同 じです。
指 定 した位 置 に二 重 結 合 を
持 つ化 合 物 を検 索 しま
Double
す。クエリで指 定 された配 向
の立 体 化 学 構 造 を検 索 しま
す。
指 定 した位 置 に二 重 結 合 を
Double Either
持 つ化 合 物 を検 索 します。
任 意 の配 向 の立 体 化 学 構
造 も検 索 します。
Double Bold
Triple
Double と同 じです。
指 定 した位 置 に三 重 結 合 を
持 つ化 合 物 を検 索 します。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemBioFinder 13.0
置換基
ChemBioFinder では置 換 基 を、任 意 の次 数 の結 合 で接 続 される水 素 原 子 以 外 の原 子 と定 義 します。たとえば、カル
ボニル基 の酸 素 は、カルボニル基 の炭 素 の置 換 基 となります。
原 子 価 が結 合 で満 たされていない部 分 がクエリに含 まれる場 合 、それらはすべて水 素 原 子 、または水 素 以 外 の置 換
基 が結 合 できる部 分 と解 釈 されます。原 子 の基 準 原 子 価 は、Periodic Table ウィンド ウのデータから決 定 されます。たと
えば、炭 素 の原 子 価 は 4 で、硫 黄 の原 子 価 は 2、4 および 6 です。任 意 の明 示 的 な電 荷 、ラジカル、またはクエリ属
性 は、基 準 原 子 価 を変 更 します。たとえば、カルボカチオンの原 子 価 は 3 です。
クエリ内 の水 素 が、ラベルなしの炭 素 原 子 またはヘテロ原 子 に暗 黙 的 に結 合 している場 合 は、クエリ内 の水 素 に対 応
する位 置 に水 素 原 子 以 外 の置 換 基 を持 つ化 合 物 もヒット します。これが既 定 値 の設 定 です。
クエリ内 の水 素 が明 示 的 な結 合 の端 部 にある場 合 は、指 定 した位 置 に水 素 を持 つ構 造 式 が検 索 されます。ヒット す
る構 造 式 に含 まれる水 素 は、ラベルなしの炭 素 原 子 に暗 黙 的 に結 合 されている水 素 となる可 能 性 があります。
クエリに明 示 的 な水 素 がある場 合 のヒット の例 :
ヒット する構 造 式 :
ヒット しない構 造 式 :
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemBioFinder 13.0
電荷とラジカル
クエリの原 子 に電 荷 やラジカルを指 定 すると、各 原 子 の電 荷 /ラジカルの値 が一 致 する化 合 物 のみが検 索 されます。ク
エリの原 子 に電 荷 が指 定 されていない場 合 に、対 応 する原 子 が電 荷 を持 つ構 造 式 も検 索 対 象 に含 めるかどうか
は、Preferences ダイアログ ボックスの Search タブの適 切 なチェック ボックスのオン/オフを切 り替 えることによって指 定 でき
ます。
電 荷 を持 つ原 子 の原 子 価 は、等 電 子 構 造 である中 性 原 子 の原 子 価 として扱 われます。
部 分 構 造 式 検 索 でクエリに電 荷 またはラジカルがある場 合 のヒット の例 :
ヒット する構 造 式 :
ヒット しない構 造 式 :
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemBioFinder 13.0
同位体
クエリに同 位 体 のラベルを指 定 すると、指 定 された同 位 体 を持 つ化 合 物 のみが検 索 されます。クエリの原 子 にラベルが
指 定 されていない場 合 は、その位 置 にラベルなしの原 子 または同 位 体 のラベルが指 定 されている原 子 を持 つ構 造 式
がヒット します。さらに、D は 2H と置 換 可 能 で、T は 3H と同 様 に扱 われます。
部 分 構 造 式 検 索 における同 位 体 クエリとヒット の例 :
ヒット する構 造 式 :
ヒット しない構 造 式 :
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemBioFinder 13.0
立体化学構造
クエリに立 体 化 学 構 造 を指 定 し、ChemBioFinder の Preferences ダイアログ ボックスの Search タブで Match Stereo
チェック ボックスをオンにすると、クエリで指 定 した立 体 化 学 構 造 のみが検 索 されます。立 体 化 学 構 造 は、四 面 体 の部
位 に立 体 結 合 (上 、下 、いずれか) を使 って指 定 します。二 重 結 合 での立 体 化 学 構 造 は、図 形 から指 定 します。現
行 バージョンでは、その他 の立 体 化 学 構 造 (アレン、平 面 正 方 形 、八 面 体 など) を認 識 することはできません。これらの
立 体 化 学 構 造 は検 索 時 に無 視 されます。
クエリに一 致 するかどうかの評 価 は、次 の規 則 に従 って行 われます。
立 体 化 学 構 造 を指 定 していない部 分 (平 面 結 合 ) については、どの立 体 化 学 構 造 (ウェッジ結 合 、ハッシュ結 合 、
または平 面 結 合 ) にも一 致 するものと見 なします。
指 定 された原 子 の全 体 的 な立 体 化 学 が一 致 すれば、特 定 の結 合 タイプに一 致 しなくても、クエリに一 致 するものと
見 なします。
非 表 示 の水 素 原 子 を考 慮 することで立 体 中 心 のキラリティが判 断 しやすくなる場 合 は、クエリと検 索 対 象 のいずれ
においても非 表 示 の水 素 が考 慮 されます。
Match Tetrahedral stereo チェック ボックスをオンにした構 造 式 の完 全 一 致 検 索 でクエリに立 体 化 学 構 造 がある場 合 の
ヒット の例 :
ヒット する構 造 式 :
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemBioFinder 13.0
ヒット しない構造式:
相対的な四面体立体化学構造
Relative Tetrahedral Stereochemistry (RTS) は、中 心 間 に与 えられた関 係 を指 定 します。つまり、既 知 の絶 対 的 立
体 配 置 ではなく、置 換 基 の既 知 の相 互 的 方 向 を指 定 します。RTS を指 定 するには、標 準 のハッシュ結 合 やウェッジ結
合 ではなく、太 い立 体 結 合 で中 心 が描 画 されます。
ChemBioFinder では、相 対 的 および絶 対 的 立 体 配 置 を個 別 に登 録 でき、さまざまな検 索 オプションでそれらが判 別 さ
れます。
ChemBioFinder で検 索 を行 うときは、次 の点 に注 意 してください。一 般 的 なクエリよりも、条 件 を絞 ったクエリを行 う方
が、検 索 結 果 が少 なくなります。クエリに特 定 の絶 対 的 立 体 配 置 を指 定 すると、指 定 した立 体 配 置 が含 まれる化 合
物 のみがヒット しますが、クエリが複 数 の立 体 配 置 を意 味 する場 合 、そのすべてがヒット します。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemBioFinder 13.0
立 体 構 造 式 検 索 で Same を選 択 した場 合 、クエリに指 定 した立 体 化 学 構 造 が含 まれる化 合 物 のみが検 索 されま
す。クエリに相 対 結 合 を指 定 し、RTS オプションを選 択 した場 合 、中 心 間 で同 じ関 係 を持 つ化 合 物 のみが検 索 され
ます。
検 索 では、相 対 立 体 化 学 構 造 に基 づいて次 の 3 種 類 のフラグを使 用 できます。
Abs: 絶 対 フラグを表 します。描 画 したままの正 確 な立 体 異 性 体 を検 索 します。
例:
Rel: 相 対 フラグを表 します。描 画 したままの正 確 な立 体 異 性 体 またはその鏡 像 体 を検 索 します。
例
Rac: ラセミ フラグを表 します。描 画 したままの正 確 な立 体 異 性 体 とその鏡 像 体 の混 合 物 を検 索 します。
例
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemBioFinder 13.0
MDL ファイル形式
CDX ファイルには、ChemDraw で使 用 可 能 な結 合 スタイルがすべて保 存 されます。ただし、MolFile、SDFile、RDFile
などの MDL 構 造 式 ファイルでは、保 存 されない結 合 があります。これらのファイル形 式 にはハッシュ結 合 、ウェッジ結
合 、波 線 結 合 の 3 つの立 体 結 合 タイプしか保 存 されず、太 線 結 合 は認 識 されませんこれでは、ChemBioFinder で相
対 的 立 体 中 心 を含 む構 造 式 をインポート またはエクスポート できません。
この問 題 に対 処 するには、ChemBioFinder のみに認 識 される専 用 タグを使 います。この専 用 タグは BOND_RELS で、
すべての太 い立 体 結 合 に適 用 されます。次 に、相 対 結 合 を含 む MolFile の結 合 テーブルからの例 を示 します。
...
4 5 1 0 0 0 02 6 1 1 0 0 0 <- 結 合 5、UP としてマーク 4 7 1 1 0 0 0 <- 結 合 6、UP としてマーク M CFW
5 BOND_RELS <- 結 合 5 タイプを UP/THICK に変 更 M CFW 6 BOND_RELS <- 結 合 6 も同 様 に変 更
ChemBioFinder 専 用 のタグを使 用 することは、次 の点 で重 要 です。
ChemBioFinder で MDL 形 式 のファイルを保 存 するとき、ChemBioFinder 専 用 タグが書 き込 まれます。これらのファイ
ルを ChemBioFinder に読 み込 むとき、太 線 結 合 タイプが保 持 されます。
ChemDraw で描 画 した構 造 式 を MDL Molfile 形 式 で保 存 すると、太 線 結 合 が失 われて通 常 のハッシュ結 合 /ウェッ
ジ結 合 に変 換 されます(ただし、CDX 形 式 でファイルを保 存 すると、太 い結 合 は保 持 されます)。
ChemBioFinder で構 造 式 を MolFile 形 式 のファイルに保 存 して ChemDraw に読 み込 むと、太 線 結 合 が失 われま
す。
ISIS またはその他 のプログラムから取 得 した MolFile または SDFile では、ChemFinder 専 用 タグが認 識 されないた
め、太 線 結 合 は保 持 されません。この場 合 、ファイルを編 集 して ChemBioFinder 専 用 タグを入 れることができます。
ChemBioFinder で作 成 した、ChemBioFinder 専 用 タグを含 む MDL ファイルは、基 本 的 には MDL ファイルをインポー
ト できる任 意 のアプリケーションで読 み取 り可 能 です。認 識 できないタグは無 視 されます。
正規化
単 結 合 と二 重 結 合 が交 互 に配 置 された閉 環 体 は "正 規 化 " されます。これは、それらの置 換 基 を等 価 なものにするた
めに必 要 です(オルト ジメチルルベンゼンは 2 個 の置 換 対 象 環 原 子 の間 が単 結 合 でも二 重 結 合 でも同 じになる)。
互 変 異 性 のない部 分 構 造 式 クエリとヒット の例 :
ヒット する構 造 式 :
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ヒット しない構造式:
正 規 化 されたクエリ
検 索 範 囲 の変 更
クエリで使 用 する化 学 構 造 式 を準 備 するとき、検 索 対 象 を広 げる (または狭 める) のに 2 つの方 法 があります。
原 子 または結 合 の属 性 を指 定 する
原 子 または結 合 の特 殊 なタイプを指 定 する
一 般 に、属 性 は検 索 対 象 を狭 めます。特 殊 なタイプは、検 索 対 象 を狭 めることも広 げることもあります。
原子属性
ChemBioFinder では、クエリの原 子 に特 殊 な原 子 属 性 を割 り当 てることができます。通 常 、これらのプロパティは検 索
時 にのみ有 効 で、主 に、検 索 対 象 を広 げたり、絞 り込 んだりするために用 意 されています。
特殊な原子タイプ
ChemBioFinder は、次 の 6 種 類 の特 殊 な原 子 タイプを認 識 します。これらの原 子 タイプをクエリに指 定 すると、あらかじ
めその原 子 タイプに定 義 されている元 素 のいずれかが指 定 した位 置 に存 在 する構 造 式 が検 索 されます。
A は水 素 以 外 のすべての原 子 を検 索 。
Q はすべてのヘテロ原 子 (水 素 、炭 素 以 外 ) を検 索 。
R は水 素 を含 むすべての原 子 を検 索 。リンク ノード を示 すのにも使 われます。詳 細 については、136 ページの 「リンク
ノード と多 価 R」 を参 照 してください。リンク ノード とはゼロを含 む任 意 の数 の原 子 のことです。
X はすべてのハロゲン (F、Cl、Br、I、At) を検 索 。
M はすべての金 属 原 子 を検 索 (下 の周 期 表 で網 掛 けになっている元 素 )。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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図 17.2: 周 期 表 の金 属 原 子
原子リスト
あらかじめ定 義 された特 殊 な原 子 タイプと同 じように、原 子 リスト を指 定 すると、リスト 内 のいずれかの原 子 が指 定 した
位 置 に存 在 する構 造 式 を検 索 することができます。
次 に例 を示 します。
[Cl,Ag,N] 原 子 は Cl、Ag、N のいずれかに限 定 されます。
原 子 リスト には、元 素 のみを指 定 できます。特 殊 な原 子 タイプ、ニックネーム (Ph など)、構 造 式 のフラグメント
(NH2、OCH2CH3) を原 子 リスト に含 めることはできません。原 子 リスト には、元 素 を 5 個 まで指 定 できます。
否定原子リスト
前 述 の原 子 リスト とは逆 に、検 索 対 象 から除 外 する原 子 のリスト を指 定 することもできます。次 に例 を示 します。
[NOT O,S,Se] 原 子 は O、S、Se 以 外 (つまり、これらを除 外 した 100 種 類 の元 素 のいずれか) に限 定 されます。
否 定 原 子 リスト に関 する制 限 は、原 子 リスト と同 じです。
Substituents: Exactly
原 子 上 の置 換 基 の正 確 な数 (明 示 的 に描 画 された置 換 基 を含 む) を指 定 します。この属 性 は、部 分 構 造 式 検 索 の
場 合 のみ有 効 です。
部 分 構 造 式 検 索 におけるクエリとヒット の例 :
図 17.3: 1) Substituents: Exactly: 3 の原 子 属 性 が指 定 された原 子
ヒット する構 造 式 :
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ヒット しない構造式:
Substituents: Up to
原 子 上 の置 換 基 の最 大 数 (明 示 的 に描 画 された置 換 基 を含 む) を指 定 します。この属 性 は、部 分 構 造 式 検 索 の
場 合 のみ有 効 です。
部 分 構 造 式 検 索 でクエリに Substituent: Up to 属 性 がある場 合 のヒット の例 :
図 17.4: 1) Substituents: Up to:2 の原 子 属 性 が指 定 された原 子
ヒット する構 造 式 :
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ヒット しない構造式:
Substituents: Free Sites
Substituents: Free Sites 属 性 では、原 子 上 に追 加 できる置 換 基 の最 大 数 を指 定 します。 この属 性 は、部 分 構 造 式
検 索 の場 合 のみ有 効 です。
ヒント: 置 換 基 をこれ以 上 追 加 したくない部 位 では、Free Sites:0 を指 定 すると便 利 です。 この場 合 、描 画 されてい
るクエリ構 造 式 と完 全 に一 致 し、それ以 外 の配 位 子 を持 たない構 造 式 だけが検 索 されます。
部 分 構 造 式 検 索 でクエリに Free Sites 属 性 がある場 合 のヒット の例 :
図 17.5: 1) Substituents: Free Sites:2 の原 子 属 性 が指 定 された原 子
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ヒット する構 造 式 :
ヒット しない構造式:
Implicit Hydrogens
この原 子 属 性 に指 定 できる値 は、Allowed (既 定 値 ) または Not Allowed のいずれかです。Not Allowed を指 定 すると、
選 択 した原 子 に水 素 が付 いていない化 合 物 のみを検 索 します。
この属 性 は、部 分 構 造 式 検 索 の場 合 のみ有 効 です。
注 : この原 子 プロパティは、あくまで非 表 示 の水 素 が検 索 時 に存 在 するかどうかに関 するものです。このプロパティを
変 更 しても、水 素 の表 示 /非 表 示 は切 り替 わりません。暗 黙 的 な水 素 を表 示 する方 法 については、 203 ページの
「プリファレンスの設 定 」 を参 照 してください。
不飽和結合
不 飽 和 結 合 (芳 香 族 、二 重 結 合 、三 重 結 合 ) に原 子 をアタッチするかどうかを指 定 できると便 利 な場 合 があります。こ
のプロパティを Must Be Absent に設 定 すると、不 飽 和 結 合 が含 まれない構 造 式 (指 定 した原 子 に対 する結 合 がすべ
て単 結 合 の構 造 式 ) のみを検 索 することができます。この属 性 では、さらに、少 なくとも 1 つの多 重 結 合 (芳 香 族 、二
重 結 合 、三 重 結 合 ) が含 まれる構 造 式 を検 索 することもできます。この属 性 の既 定 値 は、原 子 の異 なる状 態 を区 別
せずに検 索 を行 う Undefined です。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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この属 性 は、部 分 構 造 式 検 索 の場 合 のみ有 効 です。
部 分 構 造 式 検 索 におけるクエリとヒット の例 :
図 17.6: 1) Unsaturation: must be present の原 子 属 性 が指 定 された原 子
ヒット する構 造 式 :
ヒット しない構造式:
結合属性
ChemBioFinder のクエリでは、原 子 属 性 の他 に、特 殊 な属 性 を結 合 に割 り当 てることもできます。通 常 、これらの属 性
は検 索 時 にのみ有 効 で、主 に、クエリの検 索 対 象 を広 げたり、絞 り込 んだりするために用 意 されています。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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特殊な結合タイプ
次 の表 に、ChemBioFinder で使 用 できる特 殊 な結 合 タイプを示 します。
結 合 タイプ
説明
ヒュッケルの 4n+2 則 で定 義 され
Aromatic
ている芳 香 族 性 を持 つ構 造 式
を検 索 します。
Any
すべての結 合 タイプを検 索 しま
す。
指 定 した位 置 に単 結 合 または
S/D
二 重 結 合 を持 つ構 造 式 を検
索 します。
Tautomeric
S/D と同 じです。
指 定 した位 置 に二 重 結 合 また
D/A
は芳 香 族 性 結 合 を持 つ構 造
式 を検 索 します。
指 定 した位 置 に単 結 合 または
S/A
芳 香 族 性 結 合 を持 つ構 造 式
を検 索 します。
ト ポロジ
Ring を指 定 すると、選 択 した結 合 が環 の一 部 を構 成 している化 合 物 を検 索 します。Chain を指 定 すると、選 択 した
結 合 が直 鎖 の一 部 を構 成 している化 合 物 を検 索 します。
反応中心
反 応 中 心 とは、反 応 によって直 接 影 響 を受 ける結 合 を意 味 します。この属 性 では、指 定 した結 合 が反 応 によってど
のような影 響 を受 けるかを指 定 できます。
属性
説明
指 定 した位 置 に任 意 の結
合 を持 つ構 造 式 を検 索 し
Unspecified
ます。ただし、反 応 によって
結 合 がどのような影 響 を
第 17 章: 構造式クエリの機能
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属性
説明
受 けるかは無 視 されます。
反 応 によってまったく影 響
を受 けない結 合 も検 索 対
象 に含 まれます。
反 応 によって直 接 影 響 を
Center
受 ける結 合 が指 定 した位
置 に含 まれる構 造 式 を検
索 します。
指 定 した位 置 に結 合 が形
成 される構 造 式 (生 成 物
Make/Break
の場 合 )、または指 定 した
位 置 の結 合 が切 断 される
構 造 式 (反 応 物 の場 合 )
を検 索 します。
反 応 過 程 で結 合 次 数 が
変 化 する結 合 を指 定 した
位 置 に持 つ構 造 式 を検
Change
索 します。ただし、反 応 に
よって形 成 または切 断 され
る結 合 は検 索 対 象 に含 ま
れません。
指 定 した位 置 に結 合 が形
成 される構 造 式 (生 成 物
の場 合 )、指 定 した位 置 の
結 合 が切 断 される構 造 式
Make&Change
(反 応 物 の場 合 )、反 応 過
程 で結 合 次 数 が変 化 する
結 合 を指 定 した位 置 に持
つ構 造 式 のいずれかを検
索 します。
Not Center
指 定 した位 置 に結 合 を持
ち、その結 合 が反 応 によっ
第 17 章: 構造式クエリの機能
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属性
説明
て影 響 を受 けない構 造 式
を検 索 します。
指 定 した位 置 に結 合 を持
ち、その結 合 が反 応 過 程
で順 序 の変 化 を示 さない
Not Modified
構 造 式 を検 索 します。た
だし、その結 合 が反 応 中
心 に含 まれるかどうかは無
視 されます。
この属 性 は、反 応 データベースの検 索 時 にのみ有 効 です。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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分 子 式 の入 力 規 則
分 子 式 クエリでは、大 文 字 と小 文 字 を区 別 せずに分 子 式 を入 力 できます。これは曖 昧 な解 釈 を生 じさせる可 能 性 が
あります。ここでは、ChemBioFinder が分 子 式 を解 釈 する原 理 と、あいまいに解 釈 されないように指 定 する方 法 につい
て説 明 します。
たとえば、分 子 式 クエリで「cooh」と入 力 すると、ほとんどの化 学 者 はこれを炭 素 、酸 素 2、水 素 から成 るカルボキシル基
であると考 えるのが普 通 ですが、コバルト (Co)、酸 素 、水 素 とも考 えられます。また、「CLI」は炭 素 - リチウムおよび塩 素
- ヨウ素 の両 方 が考 えられます。「PHE」はリン - ヘリウムとも考 えられますが、ChemBioFinder では 3 文 字 のアミノ酸 記
号 も特 殊 な原 子 タイプとして有 効 なので、フェニルアラニン (Phe) とも考 えられます。
あいまいに解 釈 されないようにするには、文 字 の間 にスペースを挿 入 するのも 1 つの方 法 です。たとえば、「c o」と指 定 す
れば、コバルト と解 釈 されることはありません。また、自 分 で直 接 入 力 せずに、周 期 表 を使 用 して分 子 式 を入 力 するの
も確 実 な方 法 です。ChemBioFinder は、自 由 な形 式 で入 力 された分 子 式 を、次 の規 則 に基 づいてできるだけ合 理
的 に解 釈 するよう設 計 されています。
規則
元 素 記 号 が正 しく表 記 (大 文 字 1 字 だけ、または冒 頭 を大 文 字 続 けて小 文 字 を 1 字 または 2 字 ) されている場 合 、
これに一 致 する最 長 の有 効 な元 素 記 号 が優 先 されます。したがって、"Phe" はリンではなくフェニルアラニンを検 索
し、"Co" はコバルト を検 索 します。
この規 則 に基 づくと、すべての記 号 の大 文 字 と小 文 字 を正 確 に区 別 して指 定 すれば、あいまいに解 釈 されることはあり
ません。
大 文 字 と小 文 字 が正 しく区 別 されていない (すべて小 文 字 の場 合 など) 場 合 は、下 記 の例 外 を除 き、一 致 する記 号
のうち最 も短 いものが選 ばれます。したがって、"co" は、コバルト ではなく、炭 素 - 酸 素 と解 釈 されます。
ただし、2 文 字 の記 号 が、有 効 な 2 文 字 の記 号 の場 合 と、有 効 な 1 文 字 の記 号 + 無 効 な 1 文 字 の場 合 のどちらに
も解 釈 できる場 合 は、有 効 な 2 文 字 の記 号 が選 ばれます。したがって、"cl" は、炭 素 と (無 効 な) L ではなく、塩 素 と解
釈 されます。
例
分 子 式 がどのように解 釈 されるかは、周 期 表 を使 って簡 単 に確 かめることができます。一 番 下 のテキスト ボックスに分 子
式 を入 力 し、ボックスの外 側 をクリックすると、ChemBioFinder によって解 釈 された式 が正 しい表 記 で再 表 示 されます。
あいまいな分 子 式 の解 釈 例 を次 に示 します。
分子式
ChemBioFinder による解 釈
cooh
COOH
Cooh
CoOH
cnosi
CNOSI
第 18 章: 分子式の入力規則
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ChemBioFinder 13.0
分子式
ChemBioFinder による解 釈
cNoSi
CNoSi
bru
BrU
b ru
BRu
第 18 章: 分子式の入力規則
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ChemBioFinder 13.0
類 似 検 索 の規 則
ChemBioFinder の類 似 検 索 機 能 では、クエリに指 定 した構 造 式 に "類 似 する" 化 合 物 を検 索 できます。ChemBioFinder では、Tanimoto 演 算 法 を使 って、化 合 物 が類 似 しているかどうかを判 定 します。"類 似 度 " は、Preferences
ダイアログ ボックスの Searching タブで指 定 できます。
完 全 一 致 検 索 の場 合 は、特 定 の結 合 順 で互 いに結 合 された原 子 の集 合 を定 義 した原 子 および結 合 テーブルの表
記 に基 づいて検 索 が行 われ、これらの原 子 および結 合 のうち、存 在 しないもの、追 加 されているもの、異 なるものがある
構 造 式 はヒット しません。
一 方 、類 似 検 索 は、ほとんどの場 合 、分 子 記 述 子 の表 記 に基 づいて行 われます。各 化 合 物 は、構 造 式 の全 般 的
な特 徴 を記 述 する定 性 的 な条 件 で表 現 できます。
たとえば、安 息 香 酸 は、次 のように記 述 できます。
organic acid
contains 6-membered ring
contains de-localized ring
contains C-double-bond-O
この例 からも分 かるように、ChemBioFinder では、幅 広 い範 囲 の記 述 子 を使 用 でき、また、記 述 子 をオーバーラップさせ
ることもできます。ChemBioFinder で使 用 できる記 述 子 には、さまざまなものがあります。
描 画 した化 合 物 は、ChemBioFinder が認 識 できるすべての記 述 子 と比 較 されます。描 画 した化 合 物 に含 まれる記 述
子 もあれば、含 まれない記 述 子 もあります。各 記 述 子 が特 定 の化 合 物 に含 まれるかどうかに基 づいて類 似 性 が判 断
されます。記 述 子 は 0 または 1 の値 を持 ち、ビット として保 存 できます。ある化 合 物 に対 応 する記 述 子 ビット の集 合 は、
ビット スクリーンと呼 ばれます。
たとえば、次 のクエリと対 象 化 合 物 について考 えてみましょう。
ビット スクリーン
説明
#
名前
Query
23
Q
Target
24
T
Q and
T
Q or T
17
30
この例 では、クエリと対 象 化 合 物 が互 いに類 似 した数 の記 述 子 を持 っています。クエリの記 述 子 の数 は 23 で、対 象 化
合 物 の記 述 子 の数 は 24 となっています。
第 19 章: 類似検索の規則
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ChemBioFinder 13.0
構 造 式 全 体 の類 似 性
構 造 式 全 体 の類 似 検 索 に使 用 するアルゴリズムには、 可 換 性 が要 求 されます。つまり、2 つの化 合 物 をどちらに対 し
て比 較 しても、類 似 性 を示 す値 が等 しくならなければなりません。このような可 換 性 を持 つ Tanimoto 類 似 性 判 定 法
に基 づいて、構 造 式 全 体 の類 似 検 索 を行 います。この判 定 法 では、2 つの化 合 物 に共 通 の記 述 子 の数 (Q and T 検
索 ) を、2 つの化 合 物 が持 つ記 述 子 の総 数 (Q or T 検 索 ) と比 較 します。この 2 つの値 の比 率 を Tanimoto 係 数 と呼 び
ます。Tanimoto 係 数 は、常 に 0 ～ 100% の範 囲 内 です。
上 の例 に示 した 2 つの化 合 物 の場 合 、Tanimoto 係 数 は 17/30、つまり約 57% となります。この値 は、類 似 性 があまり
高 くないことを意 味 していますが、ChemBioFinder では、ユーザーが Tanimoto 係 数 を任 意 の値 に設 定 できるようになっ
ています (0% に設 定 することも可 能 です)。ただし、多 くの場 合 、Tanimoto 係 数 が 90% 以 上 になる 2 つの化 合 物 を類
似 と見 なすのが妥 当 です。
部 分 構 造 式 の類 似 性
構 造 式 全 体 の類 似 検 索 とは異 なり、部 分 構 造 式 の類 似 検 索 には、可 換 性 のないアルゴリズムが要 求 されます。部
分 構 造 式 の検 索 では、ある構 造 式 の一 部 を他 の構 造 式 の全 体 に対 して比 較 することになるので、比 較 の方 向 が意
味 を持 ちます。ChemBioFinder で部 分 構 造 式 の類 似 検 索 を行 うときには、クエリ内 の記 述 子 のうち、何 パーセント の
記 述 子 が対 象 化 合 物 にも含 まれているかに基 づいて、類 似 性 が判 定 されます。
このパーセント 値 は、同 じ 2 つの化 合 物 の構 造 式 全 体 を比 較 したときの Tanimoto 係 数 がその最 小 値 となり、通 常 は
Tanimoto 係 数 よりも大 きい値 になります。上 の 2 つの化 合 物 を部 分 構 造 式 の類 似 性 に基 づいて比 較 した場 合 、類
似 性 を示 す値 は、17/23、つまり 74% となります。この係 数 をどの値 に設 定 しても、部 分 構 造 式 の類 似 検 索 にヒット す
る化 合 物 には、常 に、同 じ係 数 値 で構 造 式 全 体 の類 似 検 索 を行 った場 合 にヒット する化 合 物 がすべて含 まれ、さら
に、多 くの場 合 、それら以 外 の化 合 物 も含 まれることになります。
第 19 章: 類似検索の規則
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ChemBioFinder 13.0
CAL コマンド
ChemBioFinder Automation Language (CAL、ChemBioFinder 自 動 化 言 語 ) は、ChemBioFinder のさまざまな操 作 を
制 御 するコマンド セット です。
CAL コマンド は、次 の 2 つの方 法 で呼 び出 すことができます。
対 話 方 式 : コマンド ラインからコマンド を 1 つずつ入 力 して実 行 します。
スクリプト : ASCII ファイルに指 定 しておいた CAL コマンド を順 に実 行 します。
コマンド の引 数 は、数 字 やテキスト 文 字 列 で構 成 されます。テキスト 文 字 列 には句 読 点 を使 用 しませんが、同 じコマン
ド ラインに他 にも指 定 する引 数 がある場 合 や、複 数 の単 語 またはスペースを含 む引 数 は、引 用 符 で囲 む必 要 がありま
す。
CAL ヘルプ
CAL のコマンド および変 数 についての情 報 は、CAL Scripting Help ウィンド ウに表 示 されます。
CAL ヘルプを表 示 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Scripts メニューの Command Line をクリックします。Enter Cal Command ダイアログ ボックスが表 示 されます。
2. Enter Cal Command ダイアログ ボックスで Help をクリックします。CAL Scripting Help ウィンド ウが表 示 されます。
図 20.1: CAL Scripting Help ウィンド ウ
メニュー コマンド
CAL コマンド の MENU 構文
メニュー コマンド は、メイン メニューから実 行 される 2 単 語 のコマンド で、必 要 に応 じてオプションの引 数 を取 ります。
次 にコマンド の例 を示 します。
file new
edit paste
第 20 章: CAL コマンド
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search find
record next
メニュー コマンド のスペルをすべて入 力 する必 要 はありません。メニュー オプションを一 意 に特 定 できる文 字 までで十 分 で
す。たとえば、Record Next コマンド を実 行 する場 合 は、次 のように入 力 できます。
rec n
メニュー コマンド には、呼 び出 されるとダイアログ ボックスを表 示 し、ユーザーが入 力 するまで待 機 するものもあります。こ
のようなメニュー コマンド については、引 数 を明 示 的 に指 定 して、処 理 を自 動 的 に継 続 させることができます。
FILE OPEN [filename]
FILE SAVE [filename]
RECORD GO TO RECORD [recno]
コマンド :
menu menuitem [param]
メニューから選 択 したかのように任 意 のメニュー コマンド を実 行 できます。
メニュー コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
そのコマンド が配 置 されてい
menu
るメニューの名 前 を示 す文
字 列 です。
menuitem
param
メニュー内 の特 定 のコマンド
の名 前 を示 す文 字 列 です。
そのコマンド に必 要 な追 加
情 報 を示 す文 字 列 です。
設定
param の設 定 値 は、対 象 のメニュー コマンド によって異 なります。大 半 のメニュー コマンド では param を使 用 せず、指 定
しても無 視 されます。以 下 のコマンド は、param に 1 つの値 を受 け取 ります。値 を指 定 した場 合 、対 応 するダイアログ
ボックスは表 示 されません。
コマンド
Param
File Open
開 くファイルの名 前 。
File Save
保 存 するファイルの名 前 。
Record Go to
現 在 のリスト 内 の宛 先 レ
コード のインデックス。
第 20 章: CAL コマンド
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コマンド
Search Substructure
Search Similarity
Search Match
Stereo
Param
ON または OFF (メニューの
チェック マークがオンかどうか
による)。
ON または OFF (メニューの
チェック マークがオンかどうか
による)。
ON または OFF (メニューの
チェック マークがオンかどうか
による)。
注釈
メニュー コマンド は、全 体 を完 全 に入 力 する必 要 はありません。メニュー オプションを特 定 できる文 字 までで十 分 です。
たとえば、Record next コマンド を実 行 する場 合 は、「rec n」と入 力 できます。
File Open で、起 動 するファイルが ChemBioFinder の標 準 検 索 パスにある場 合 には、ファイル名 本 体 のみ (CS_DATA)
が必 要 です。それ以 外 の場 合 は、完 全 なファイル パス (c:\some\long\path\CS_DATA.CFX) が必 要 です。
File Save で、指 定 したファイルが存 在 しない場 合 は作 成 されます。既 に存 在 する場 合 は上 書 きされます。
File Save で、ファイル名 のパスを省 略 した場 合 、ファイルは現 在 のディレクト リに保 存 されます。
例1
LOOP の例
この例 では、LOOP コマンド とメニュー コマンド Record Next を使 用 して、現 在 のリスト のすべてのレコード を表 示 しま
す。
PAUSE コマンド によって、各 レコード が画 面 上 にしばらく残 るため、表 示 を確 認 できます。
looprec nextpause 2endloop
例2
別 フォームの例
この例 では、スクリプト を使 用 して別 のフォームを開 く方 法 を示 します。新 しく開 くフォームは、元 のフォームと同 じフィール
ド をいくつか持 つものの、たとえばレイアウト が異 なっています。明 示 的 なサブフォームを使 用 したくない場 合 には、これと
同 様 の手 順 を使 用 して関 連 レコード を表 示 できます。
APPEND、SETVAL、および GETDATA の各 コマンド を使 用 して、元 のフォームの link_field フィールド の内 容 に基 づい
て検 索 文 字 列 を組 み立 てます。次 に、メニュー コマンド File Open で 2 番 目 のフォームを開 きます。既 に開 いている場
合 にはそちらに切 り替 わります。最 後 に、メニュー コマンド Search Enter Query で検 索 モード に入 り、スクリプト で先 ほど
作 成 した検 索 文 字 列 を PUTDATA コマンド で入 力 してから、メニュー コマンド Search Find で検 索 を実 行 します。
append offsetval 1 "="append ongetdata 1 link_fieldappend offfile open d:\chemfndr\otherform.cfxsearch enter
queryputdata link_field $v1search find
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
例3
化 合 物 の保 存 の例
この例 では、LOOP...ENDLOOP コマンド とメニュー コマンド Record Next を使 用 して、現 在 のリスト の各 レコード を 1 つ
ずつ処 理 します。各 レコード について、SETVAL コマンド と APPENDVAL コマンド を使 用 して、現 在 の $INDEX に基 づ
いて一 意 のファイル パスを組 み立 てます。最 後 に、WRITEMOL コマンド を使 用 して、各 化 合 物 をディスクに保 存 しま
す。ファイル パスの末 尾 は .cdx なので、このスクリプト はすべての化 合 物 を ChemDraw 形 式 で保 存 します。
append offloopsetval 1 c:\mydir\appendval 1 $indexappendval 1 .cdxwritemol $v1rec nextendloop
例4
GOTO の例
この例 では、ユーザーが、いくつかの新 しい化 合 物 をバッチ入 力 でき、それぞれに対 して 1 つのフィールド を入 力 できま
す。まず、MSG コマンド を使 用 して、操 作 方 法 をユーザーに通 知 します。次 に、コロン (:) で始 まる行 があります。これ
が、ループ開 始 のラベルの役 割 を果 たします。INPUT コマンド で、新 しいエント リの名 前 をユーザーから取 得 します。ユー
ザーが空 の文 字 列 を入 力 していないかどうかを IF コマンド で調 べ、その場 合 は EXIT でスクリプト を抜 けます。メニュー コ
マンド Record Add で新 しいレコード を作 成 した後 で、PUTDATA コマンド でユーザーの文 字 列 を molname フィールド に
入 力 します。
ループの終 わりの GOTO コマンド で、実 行 位 置 が開 始 ラベルに戻 ります。
msg Enter new compound names.Enter a blank name when complete
:startinput 1if $v1 = "" exitrecord addputdata molname $v1goto start
ボックス作 成 コマンド
DBOX coords [fieldname]
FRAME coords [text]
TEXT coords [text]
PICT coords [filename]
BUTTON coords [scriptname]
SUBFM coords
ARROWBOX coords
FRAMEDBOX coords [fieldname] [text]
フォームに新 しいボックスを作 成 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. キーワード を使 ってボックス タイプを指 定 します。
2. ボックスの頂 点 の座 標 を表 す 4 つの整 数 をキーワード の後 に入 力 します。
3. 各 ボックス タイプに応 じて、次 のような情 報 をテキスト 文 字 列 で入 力 します。
ボックス タイ
プ
文字列
データ ボック
そのボックスに表 示 するデー
第 20 章: CAL コマンド
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ボックス タイ
プ
文字列
ス
タベースのフィールド 名
フレーム
テキスト
画像
フレームの左 上 に表 示 され
る固 定 ラベル
固 定 テキスト
Windows メタファイルのパス
名
スクリプト ファイルのパス名 、
ボタン
または Scripts メニューに表
示 するスクリプト 名
サブフォーム
<なし>
矢 印 ボックス <なし>
フレーム付 き
ボックス
ボックスおよび固 定 ラベルの
左 上 部 に表 示 するデータ
ベース フィールド の名 前
テキスト 文 字 列 を省 略 した場 合 は、後 で SETFIELD コマンド または SETTEXT コマンド を使 ってテキスト 文 字 列 を指 定
できます。ボタンにスクリプト 名 とは異 なるラベルを付 けるには、SETTEXT コマンド を使 用 する必 要 があります。
ボックスの座 標 は、左 、上 、右 、下 の順 に指 定 します。単 位 はピクセルを使 用 し、左 上 を起 点 に、右 または下 へ行 くほ
ど座 標 を大 きくします。座 標 の範 囲 は、左 ≧ 0、右 ≦ ご使 用 のディスプレイのピクセル数 (640、1024 など)、上 ≧ 0、
下 ≦ ご使 用 のディスプレイのピクセル数 (480、768 など) です。
新 しく作 成 したボックスには現 在 のフォント が使 用 されます。作 成 するボックスに特 定 のフォント を指 定 するには、ボックス
を作 成 する前 に FONT コマンド を使 用 してください。
スクリプト 名 を指 定 するときは、次 のいずれかを指 定 します。
スクリプト ファイルの完 全 パス名
拡 張 子 なしのファイル名 。標 準 の拡 張 子 を付 けてスクリプト 用 の標 準 サブディレクト リに保 存 されているスクリプト につ
いては、拡 張 子 なしでファイル名 のみを指 定 することもできます。Scripts メニューにスクリプト 名 が表 示 されている場
合 は、メニューからその名 前 を使 用 できます。
次 の表 に、ボックス作 成 コマンド の例 を示 します。
第 20 章: CAL コマンド
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コマンド
操作
Frame 10 10
ラベル付 きのフレームを左 上
300 60 Molecular Formula
に作 成 します。
上 記 フレーム内 に分 子 式 の
DBOX 20 20
290 50 formula
TEXT 100 100
300 150 "A
Label"
データ ボックスを作 成 しま
す。
固 定 テキスト 文 字 列 を作 成
します。
PICT 500 300
600 400
C:/LOGO.WM-
指 定 した画 像 を右 下 に配
置 します。
F
BUTTON 500
スクリプト DEMO.CFS の実
10 550 40
行 用 ボタンを右 上 に作 成 し
DEMO
ます。
CAL コマンド の DBOX 構文
DBOX は、アクティブなフォーム上 に新 しいデータ ボックスを作 成 します。
DBOX left top right bottom [fieldname]
DBOX コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
ボックスの左 端 からアクティブ
left
フォームの左 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
ボックスの上 端 からアクティブ
top
フォームの上 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
right
ボックスの右 端 からアクティブ
フォームの左 端 までの距 離
第 20 章: CAL コマンド
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引数
説明
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
ボックスの下 端 からアクティブ
bottom
フォームの上 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
データ ボックスに表 示 する
fieldname
データの提 供 元 となるデータ
ベース フィールド の名 前 を定
義 します。
注釈
新 しく作 成 したボックスには現 在 のフォント 設 定 が使 用 されます。これらの設 定 は FONT コマンド で制 御 できます。
フォームにデータ ソースがない場 合 でも、フィールド 名 を割 り当 てることができます。後 でデータ ソースを割 り当 て、その
データ ソース内 のフィールド に、データ ボックスに割 り当 てたのと同 じ名 前 のものがある場 合 、データ ボックスにはそのフィー
ルド の内 容 が自 動 的 に表 示 されます。
ボックスを作 成 した後 で、そのフィールド 名 を変 更 するには、SETFIELD コマンド を使 用 します。
DBOX と FRAME の例
この例 では、DBOX コマンド を使 用 して、フォームの左 上 付 近 に横 長 のデータ ボックスを作 成 し、その中 に Formula
フィールド を表 示 します。
次 に、FRAME コマンド を使 用 して、やや大 き目 のフレームでデータ ボックスにラベルを付 けます。
DBOX 10 20 210 50 FormulaFRAME 5 5 215 55 Formula
CAL コマンド の FRAME 構文
アクティブなフォーム上 に新 しいフレームを作 成 します。
FRAME left top right bottom [text]
FRAME コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
フレームの左 端 からアクティブ
left
フォームの左 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
第 20 章: CAL コマンド
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引数
説明
フレームの上 端 からアクティブ
top
フォームの上 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
フレームの右 端 からアクティブ
right
フォームの左 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
フレームの下 端 からアクティブ
bottom
フォームの上 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
text
フレームの左 上 隅 にラベルと
して表 示 される文 字 列 。
注釈
新 しく作 成 したフレームには現 在 のフォント が使 用 されます。これらの設 定 は FONT コマンド で制 御 できます。
作 成 済 みのフレームのラベルは SETTEXT コマンド で変 更 できます。
CAL コマンド の TEXT 構文
アクティブなフォーム上 に新 しい静 的 テキスト ボックスを作 成 します。
TEXT left top right bottom [text]
TEXT コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
テキスト ボックスの左 端 から
left
アクティブ フォームの左 端 ま
での距 離 (ピクセル単 位 ) を
表 す整 数 値 。
テキスト ボックスの上 端 から
top
アクティブ フォームの上 端 ま
での距 離 (ピクセル単 位 ) を
表 す整 数 値 。
第 20 章: CAL コマンド
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引数
説明
テキスト ボックスの右 端 から
right
アクティブ フォームの左 端 ま
での距 離 (ピクセル単 位 ) を
表 す整 数 値 。
テキスト ボックスの下 端 から
bottom
アクティブ フォームの上 端 ま
での距 離 (ピクセル単 位 ) を
表 す整 数 値 。
text
静 的 テキスト として表 示 され
る文 字 列 。
注釈
新 しく作 成 した静 的 テキスト ボックスには現 在 のフォント が使 用 されます。これらの設 定 は FONT コマンド で制 御 できま
す。
作 成 済 みの静 的 テキスト ボックスの内 容 は SETTEXT コマンド で変 更 できます。
テキスト は、指 定 した大 きさに収 まるように折 り返 されます。テキスト ボックスの境 界 内 にテキスト が収 まりきらない場 合
は、最 初 の部 分 のみが表 示 されます。しかし、テキスト 自 体 は元 のまま残 っており、テキスト ボックスのサイズを大 きくする
と表 示 されます。
FONT と TEXT の例
この例 では、FONT コマンド を使 用 して、大 きく、太 く、明 るいフォント (24 ポイント の Arial、太 字 、赤 色 ) を設 定 します。
次 に、TEXT コマンド を使 用 して、横 長 のデータ ボックスをフォームの中 央 上 部 に作 成 します。
FONT Arial 24 1 255 0 0TEXT 200 40 450 70 My Compound Database
CAL コマンド の PICT 構文
アクティブなフォーム上 に新 しい画 像 ボックスを作 成 します。
PICT left top right bottom [filename]
PICT コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
ボックスの左 端 からアクティブ
left
フォームの左 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
第 20 章: CAL コマンド
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引数
説明
ボックスの上 端 からアクティブ
top
フォームの上 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
ボックスの右 端 からアクティブ
right
フォームの左 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
ボックスの下 端 からアクティブ
bottom
フォームの上 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
画 像 ボックスに表 示 する
filename
Windows メタファイルの名
前。
注釈
ChemBioFinder の標 準 検 索 パスにある Windows メタファイルの場 合 は、ファイル名 本 体 と拡 張 子 のみ (BUTTRFLY.WMF) が必 要 です。それ以 外 の場 合 は、完 全 なファイル パス (c:\some\long\path\BUTTERFLY.WMF) が必
要 です。
PICT の例
この例 では、PICT コマンド を使 用 して、フォームの右 側 に大 きな画 像 フィールド を作 成 し、ChemBioFinder の System
ディレクト リにある BUTTRFLY.WMF の画 像 を表 示 します。
PICT 300 100 500 300 buttrfly.wmf
CAL コマンド の BUTTON 構文
アクティブなフォーム上 に新 しいボタンを作 成 します。
BUTTON left top right bottom [filename]
BUTTON コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
left
説明
ボタンの左 端 からアクティブ
フォームの左 端 までの距 離
第 20 章: CAL コマンド
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引数
説明
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
ボタンの上 端 からアクティブ
top
フォームの上 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
ボタンの右 端 からアクティブ
right
フォームの左 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
ボタンの下 端 からアクティブ
bottom
フォームの上 端 までの距 離
(ピクセル単 位 ) を表 す整 数
値。
filename
ボタンに関 連 付 ける CAL
スクリプト ファイルの名 前 。
注釈
ChemBioFinder の標 準 検 索 パスにある CAL スクリプト ファイルの場 合 は、ファイル名 本 体 のみ (BROWSE) が必 要 で
す。それ以 外 の場 合 は、完 全 なファイル パス (c:\some\long\path\BROWSE.CFS) が必 要 です。
新 しく作 成 したボタンには現 在 のフォント が使 用 されます。これらの設 定 は FONT コマンド で制 御 できます。
既 定 値 では、CAL スクリプト ファイルの名 前 (たとえば BROWSE) がボタンに表 示 されます。これは SETTEXT コマンド
で変 更 できます。
BUTTON の例
この例 では、BUTTON コマンド を使 用 して、フォームの下 部 にボタンを作 成 し、フォームと同 じディレクト リの REGISTER.CFS スクリプト に割 り当 てます。
BUTTON 50 300 200 330 Register
CAL コマンド の SUBFM 構文
アクティブなフォーム上 に新 しいサブフォームを作 成 します。
SUBFM left top right bottom
SUBFM コマンド は次 の引 数 を取 ります。
第 20 章: CAL コマンド
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引数
説明
サブフォーム データ ボックスの
left
左 端 からアクティブ フォーム
の左 端 までの距 離 (ピクセル
単 位 ) を表 す整 数 値 。
サブフォーム データ ボックスの
top
上 端 からアクティブ フォーム
の上 端 までの距 離 (ピクセル
単 位 ) を表 す整 数 値 。
サブフォーム データ ボックスの
right
右 端 からアクティブ フォーム
の左 端 までの距 離 (ピクセル
単 位 ) を表 す整 数 値 。
サブフォーム データ ボックスの
bottom
下 端 からアクティブ フォーム
の上 端 までの距 離 (ピクセル
単 位 ) を表 す整 数 値 。
注釈
現 時 点 では、CAL を使 用 してサブフォームのデータ ソースやリンク フィールド を設 定 することはできません。
SUBFM の例
この例 では、SUBFM コマンド を使 用 して、フォームの中 央 に大 きなサブフォームを作 成 します。
SUBFM 50 50 600 300
ボックス操 作 コマンド
FORMEDIT ON|OFF
SELECT box
UNSELECT box
DELBOX box
SETFIELD box fieldname
SETTEXT box text
ACTIVATE subform
DEACTIVATE
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
SCALE
SCALE_TO_FIT
フォーム上 のボックスまたはサブフォームを操 作 するには、キーワード 、続 いてボックス識 別 子 を指 定 します。ボックスは次
のいずれかの方 法 で指 定 します。
ポイント ― ボックス内 の座 標 を指 定 します。座 標 が複 数 のボックスにわたるときは、最 も新 しく作 成 されたボックスが使
用 されます。
テキスト ― ボックスを識 別 するために入 力 する次 のようなテキスト です。
フィールド 名 (ボックスにデータベースのデータが含 まれている場 合 )。
テキスト ラベル (ボックスにフレームやテキスト ラベルなどの静 的 テキスト が含 まれている場 合 )。
Box Properties で割 り当 てられたボックス名 。
サブフォーム ボックスの場 合 はテーブル名 。
いずれの場合も、名前のスペルをすべて入力する必要はなく、一意に特定できる所までで十分です。
入 力 したテキスト に対 して複 数 のボックスが対 応 することも少 なくありません。たとえば、"MolWeight" というフレーム内
のボックスで "molweight" というフィールド を表 示 している場 合 などです。この場 合 、データベースに接 続 されている
ボックスが優 先 されます。
SELECT コマンド の動 作 は、FORMEDIT で制 御 します。FORMEDIT ON と指 定 すると、SELECT はボックスを選 択 し
ます。FORMEDIT OFF と指 定 すると、SELECT はボックスの内 容 を選 択 します。
SELECT と UNSELECT は、編 集 操 作 の対 象 となるボックスを選 択 するコマンド です。DELBOX は、FORMEDIT
ON、SELECT、Edit Clear の 3 つのコマンド を一 度 に実 行 するコマンド です。SETFIELD は、データベース内 のフィールド
と既 存 のボックスを接 続 するコマンド です。ボタンには、スクリプト 名 が貼 り付 けられます (スクリプト 名 については、上 記 の
説 明 を参 照 してください)。SETTEXT は、ボックスにテキスト 文 字 列 を貼 り付 けたり、現 在 付 いている文 字 列 を新 しい
文 字 列 に置 き換 えるコマンド です。各 ボックス タイプで使 用 するテキスト 文 字 列 については、上 記 の「ボックス作 成 コマン
ド 」を参 照 してください。
フォーム上 のボックスを選 択 するには前 述 の SELECT と UNSELECT を使 いますが、サブフォーム上 のボックスを選 択 す
るには ACTIVATE と DEACTIVATE を使 います。ACTIVATE コマンド を実 行 すると、それ以 降 に実 行 するすべてのコマ
ンド では、アクティブなサブフォームおよびそれに含 まれるボックスが処 理 の対 象 となります。処 理 の対 象 をメイン フォーム
およびその内 容 に切 り替 えるには、DEACTIVATE コマンド を指 定 する必 要 があります。
SCALE は、現 在 のフォーム内 の項 目 すべてを、指 定 した割 合 に拡 大 または縮 小 します。フォームを異 なるサイズの画
面 に合 わせて表 示 するには、このコマンド を使 います。次 に説 明 する SCALE_TO_FIT を参 照 してください。
SCALE_TO_FIT は、入 力 した文 字 列 が現 在 指 定 しているフォント サイズでフォームに収 まるように、フォーム内 のすべ
ての要 素 を拡 大 または縮 小 します。後 に説 明 する FONT を参 照 してください。
次 の表 に、ボックス操 作 コマンド の例 を示 します。
:
コマンド
SELECT 11
動作
上 で作 成 した分 子 式 のフ
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
コマンド
動作
11
レームを選 択 します。
SELECT
formu
上 で作 成 した分 子 式 のデー
SETFIELD
21 21
molweight
分 子 式 のデータ ボックスの
タ ボックスを選 択 します。
フィールド を、分 子 量 に変 更
します。
CAL コマンド の DELBOX 構文
アクティブなフォームのデータ ボックス、フレーム、静 的 テキスト ボックス、画 像 ボックス、ボタン、またはサブフォームを削 除
します。
DELBOX box
DELBOX コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
box
説明
削 除 するボックスを示 す
ボックス識 別 子 。
注釈
DELBOX コマンド は、FORMEDIT ON、SELECT、およびメニュー コマンド Edit Clear の 3 つのコマンド を一 度 に実 行 す
るコマンド です。
DELBOX コマンド が削 除 するのはボックスのみです。その内 容 自 体 は削 除 しません。たとえば、ボタンを削 除 しても、ディ
スク上 の CAL スクリプト ファイルは削 除 されません。
CAL コマンド の SETFIELD 構文
データベース フィールド を既 存 のデータ ボックスに関 連 付 けるか、または CAL スクリプト 名 を既 存 のボタンに関 連 付 けま
す。もしくは、既 に関 連 付 けられているものを置 換 します。
SETFIELD box fieldname
SETFIELD コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
box
説明
関 連 付 けの宛 先 となる
ボックス。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
引数
説明
target に関 連 付 けるデータ
ベース フィールド (target が
fieldname
データ ボックスの場 合 ) また
は CAL スクリプト (target が
ボタンの場 合 ) の名 前 を示
す文 字 列 。
CAL コマンド の SETTEXT 構文
フレーム、テキスト ボックス、またはボタンにテキスト 文 字 列 を割 り当 てます。もしくは、既 に割 り当 てられているテキスト 文
字 列 を置 換 します。
SETTEXT box text
SETTEXT コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
box
text
説明
ターゲット を示 すボックス識 別
子。
ターゲット に付ける文字
列。
ボックスの種 類 に応 じて、テキスト は異 なる場 所 に割 り当 てられます。
ボックス タイプ
テキスト の場 所
テキスト ボックス内 (ボックス
データ ボックス
に合 わせて折 り返 されま
す)。
フレーム
上 端 の枠 線 の上 (左 寄
せ)。
テキスト ボックス内 (ボックス
テキスト ボックス
に合 わせて折 り返 されま
す)。
ボタン
ボタン内 の中 央 。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
CAL コマンド の ACTIVATE 構文
アクティブなフォームのサブフォームをマークして、新 しいアクティブなフォームにします。これは、ポインタ ツールでサブフォー
ムをクリックするのと同 じです。
ACTIVATE subform
ACTIVATE コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
subform
説明
アクティブにするサブフォーム
を示 すボックス識 別 子 。
注 : このコマンド は、アクティブなフォームを変 更 します。
注釈
ACTIVATE コマンド はサブフォームに対 してのみ機 能 します。データ ボックス、フレーム、テキスト ボックス、ボタン、および
画 像 ボックスに対 しては、同 様 のコマンド である SELECT コマンド を使 用 します。
CAL コマンド の FORMEDIT 構文
アクティブなフォームがフォーム編 集 モード とデータ編 集 モード のどちらにあるかを決 定 します。
FORMEDIT value
FORMEDIT コマンド では次 の設 定 値 を使 用 します。
設定
ON
OFF
説明
フォームをフォーム編 集 モー
ド に設 定 します。
フォームをデータ編 集 モード
に設 定 します。
注釈
フォーム編 集 モード のフォームの場 合 、SELECT コマンド の対 象 はデータ ボックス自 体 です。データ編 集 モード のフォーム
の場 合 、SELECT コマンド の対 象 はデータ ボックス内 のデータです。
CAL コマンド の SELECT 構文
アクティブなフォーム上 のボックスをマークし、引 き続 き操 作 する対 象 として指 定 します。これは、ポインタ ツールでボックス
内 をクリックするのと同 じです。
SELECT box
SELECT コマンド は次 の引 数 を取 ります。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
引数
box
説明
選 択 するボックスを示 す
ボックス識 別 子 。
注釈
SELECT コマンド は、データ ボックス、フレーム、テキスト ボックス、ボタン、および画 像 ボックスに対 してのみ機 能 します。
サブフォームに対 しては、同 様 のコマンド である ACTIVATE を使 用 します。
SELECT コマンド の動 作 は FORMEDIT コマンド によって変 わります。フォーム編 集 モード のフォームの場 合 、SELECT コ
マンド の対 象 はデータ ボックス自 体 です。データ編 集 モード のフォームの場 合 、SELECT コマンド の対 象 はデータ ボックス
内 のデータです。
CAL コマンド の UNSELECT 構文
SELECT コマンド の動 作 の逆 を行 います。つまり、ボックスのマークを解 除 して、操 作 する対 象 のボックスが選 択 されてい
ない状 態 にします。これは、ポインタ ツールでフォームの背 景 をクリックするのと同 じです。
UNSELECT
UNSELECT コマンド は引 数 を取 りません。
ACTIVATE コマンド の動 作 の逆 を行 い、メイン フォームをアクティブなフォームにします。これは、ポインタ ツールでメイン
フォームの背 景 をクリックするのと同 じです。
UNSELECT
UNSELECT コマンド は引 数 を取 りません。
注 : このコマンド は、アクティブなフォームを変 更 します。
プログラム実 行 コマンド
CALL scriptname
DOS doscommand
EXEC wincommand
EXEC_BUTTON boxname
DDE ddecommand
LAUNCH filename
OUTPUT_STR string
プログラム実 行 コマンド は、外 部 プロセスを呼 び出 して、データを渡 します。これらのコマンド はすべて引 数 を必 要 とし、複
数 の引 数 を取 る場 合 もあります。
第 20 章: CAL コマンド
265 / 303
ChemBioFinder 13.0
CALL は、指 定 された CAL スクリプト を実 行 します。別 のスクリプト 内 から呼 び出 しが行 われる場 合 は、呼 び出 された
スクリプト の処 理 が完 了 すると、呼 び出 し元 のスクリプト に制 御 が返 されます。上 で説 明 したように、CALL の後 にはスク
リプト 名 を指 定 する必 要 があります。
DOS は、DOS のコマンド ラインを実 行 します。DOS キーワード に続 けて、DOS のコマンド プロンプト で入 力 する文 字 列
を指 定 します。DOS コマンド の後 に引 数 を入 力 しないと、対 話 型 のコマンド プロンプト ウィンド ウが表 示 されます。この
機 能 を使 用 して、ファイルの操 作 、プログラムやバッチ ファイルの実 行 、ディレクト リ リスト の取 得 、ディスクのフォーマット な
どができます。コマンド の実 行 中 は、画 面 にコマンド プロンプト ウィンド ウが表 示 され、実 行 が終 了 すると、ウィンド ウが消
えて元 のスクリプト に制 御 が返 されます。
EXEC は、Windows プログラムを起 動 して、オプションでコマンド ライン引 数 を渡 します。EXEC キーワード に続 けて、プ
ログラム マネージャまたはスタート メニューの [ファイル名 を指 定 して実 行 ] で入 力 する文 字 列 を指 定 します。このコマンド
はプログラムを起 動 しますが、元 のスクリプト に制 御 を返 しません。ChemBioFinder に制 御 を返 すには、タスク マネージャ
を使 用 するか、ChemBioFinder フレーム ウィンド ウをクリックする必 要 があります。
EXEC_BUTTON は特 定 のボタンに接 続 されたスクリプト に実 行 を移 します。boxname はボタンのボックス名 (Box Properties ダイアログ ボックス内 ) です。通 常 はボタン上 のテキスト と同 じです。
DDE は、指 定 したアプリケーションに DDE (Dynamic Data Exchange) メッセージを送 ります。DDE キーワード に続 けて、
次 の 3 つの引 数 を指 定 します。
service name ― 通 常 、受 け取 り側 のアプリケーションの名 前 を指 定 します。
topic name ― メッセージの性 質 を指 定 する、受 け取 り側 のアプリケーションが認 識 可 能 な文 字 列 を指 定 します。この
文 字 列 は、通 常 は SYSTEM です。
command ― サービスに実 行 内 容 を指 示 する命 令 を指 定 します。
OUTPUT_STR は、CAL から Python の Output ウィンド ウにアクセスできるようにします。string は Output ウィンド ウに書
き出 される文 字 列 で、最 後 に改 行 が付 加 されます。このコマンド は、最 初 に呼 び出 されたとき、必 要 に応 じてウィンド ウ
を開 きます。文 字 列 が複 数 の単 語 から成 る場 合 にも引 用 符 で囲 む必 要 はありません。
これらの引 数 に指 定 する内 容 は、受 け取 り側 のサービスによって異 なります。
次 の表 に、プログラム実 行 コマンド の例 を示 します。
:
コマンド
動作
CALL
myscript
Scripts ディレクト リに保存
されているスクリプト ファイ
ルを実行します。
DOS erase
junkfile.dat
ファイルを削除する DOS コ
マンドを実行します。
EXEC notepad
myfile.txt
Windows のメモ帳プログラ
ムを実行します。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
コマンド
動作
DDE CHEM3D
CFWIN "open
benz.mol"
指定したサービスに DDE
メッセージを送ります。
CAL コマンド の CALL 構文
指 定 した CAL スクリプト を実 行 します。
CALL scriptname
CALL コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
scriptname
説明
実 行 する CAL スクリプト ファ
イルの名 前 を示 す文 字 列 。
注釈
ChemBioFinder の標 準 検 索 パスにある CAL スクリプト ファイルの場 合 は、ファイル名 本 体 のみ (BROWSE) が必 要 で
す。それ以 外 の場 合 は、完 全 なファイル パス (c:\some\long\path\BROWSE.CFS) が必 要 です。
CALL コマンド が、コマンド ラインではなく他 のスクリプト 内 から実 行 された場 合 、呼 び出 し先 のスクリプト の実 行 が完 了
した後 で、呼 び出 し元 のスクリプト のその次 のコマンド の実 行 が継 続 されます。
CALL で呼 び出 した先 のスクリプト は、呼 び出 し元 のスクリプト のユーザー変 数 をすべて受 け継 ぎます。また、呼 び出 し
元 のスクリプト も、呼 び出 し先 のスクリプト の実 行 が終 わった後 で、それらのユーザー変 数 を受 け継 ぎます。
CAL コマンド の DOS 構文
標 準 の DOS コマンド ラインを実 行 します。
DOS doscommand
DOS コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
doscommand
説明
DOS コマンド プロンプト に入
力 される任 意 の文 字 列 。
注釈
このコマンド は、ファイルの操 作 、プログラムやバッチ ファイルの実 行 、ディレクト リ リスト の取 得 、ディスクのフォーマット など
に使 用 できます。
コマンド の実 行 中 は、画 面 に DOS コマンド プロンプト ウィンド ウが表 示 され、実 行 が終 了 すると、ウィンド ウが消 えて元
のスクリプト に制 御 が返 されます。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
CAL コマンド の EXEC 構文
Windows プログラムを起 動 して、オプションでコマンド ライン引 数 を渡 します。
EXEC filename [commandargs]
EXEC コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
commandargs
filename
説明
アプリケーションに渡 される引
数 を含 んだ文 字 列 。
Windows アプリケーションの
ファイル名 を示 す文 字 列 。
注釈
起 動 するファイルが ChemBioFinder の標 準 検 索 パスにある場 合 は、ファイル名 本 体 のみ (CHEMDRAW) が必 要 で
す。それ以 外 の場 合 は、完 全 なファイル パス (c:\some\long\path\CHEMDRAW.EXE) が必 要 です。
EXEC コマンド はプログラムを起 動 しますが、元 のスクリプト に制 御 を返 しません。ChemBioFinder に制 御 を返 すには、タ
スク マネージャを使 用 するか、ChemBioFinder フレーム ウィンド ウをクリックする必 要 があります。
EXEC の例
この例 では、EXEC コマンド を使 用 して Microsoft Excel を起 動 します。
最 初 の行 は先 頭 がアスタリスク (*) なので実 行 されません。この行 は、処 理 の内 容 をユーザーにわかりやすく伝 えるため
だけの行 です。
* RUNEXCEL.CFS -- Excelを起動するスクリプトEXEC "c:\msoffice\excel\excel.exe"
CAL コマンド の DDE 構文
指 定 したアプリケーションに DDE (Dynamic Data Exchange) メッセージを送 ります。
DDE [timeout] servicename topic command
DDE コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
接 続 の確 立 を試 行 できる
timeout
期 間 (秒 単 位 )。オプションの
引 数 です。
受 信 側 アプリケーションの識
servicename
別 子 を示 す文 字 列 。ただ
し、常 にアプリケーション名 で
あるとは限 りません。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
引数
topic
説明
メッセージの性 質 を示 す文
字列。
受 信 側 アプリケーションへの
command
処 理 命 令 を含 んだ文 字
列。
注釈
DDE コマンド は各 アプリケーションに固 有 です。サービス名 、ト ピック名 、およびサポート されているコマンド の情 報 につい
ては、目 的 の受 け取 り側 アプリケーションのド キュメント を参 照 してください。
DDE コマンド は常 に EXECUTE 命 令 として送 信 されます。
Excel と連携する例
この例 では、WRITETEXT コマンド を使 用 して現 在 のリスト をファイルに書 き込 んでから、2 つの DDE コマンド を送 信 す
ることによって、そのファイルを Microsoft Excel で開 いて、列 を適 切 なサイズに変 更 します。最 後 に、DOS コマンド を使
用 して、その一 時 ファイルを削 除 します。
最 初 の行 は先 頭 がアスタリスク (*) なので実 行 されません。この行 は、処 理 の内 容 をユーザーにわかりやすく伝 えるためだ
けの行 です。
* TOEXCEL.CFS -- Excelにデータを送信するスクリプトWRITETEXT C:\DATA.TMPDDE Excel System [OPEN
("C:\DATA.TMP")]DDE Excel System [COLUMN.WIDTH(1,"C1:C4",,3,1)]DOS erase C:\DATA.TMP
汎 用 コマンド
MSG message
STATMSG message
TIMEDMSG [n] <msg>W
FONT fontname [size [style r g b]]
SEEPTAB [decisecs]
QUIETCLOSE
HIDETABLE
SET
CLEAN [cleanup, tidy, redraw, denovo]
HELP
GET [v] section number, itemnumber
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
SOUND filename.wav
SYSMETRIC [v] index
MSG は、指 定 されたテキスト をメッセージ ボックスとして表 示 し、ユーザーのクリックを待 ちます。
STATMSG はステータス ラインに情 報 を表 示 します。
TIMEDMSG は、MSG コマンド のようにメッセージ ボックスを表 示 します。ただし、TIMEDMSG によって表 示 されたメッ
セージは、指 定 した秒 数 後 自 動 的 に閉 じます。次 に例 を示 します。TIMEDMSG 10 ˝This message will disappear
automatically after 10 seconds.˝
FONT は、現 在 のフォント を変 更 するコマンド です。このコマンド の実 行 後 に作 成 されるボックスにはこのフォント が使 用 さ
れます。キーワード に続 けて、Windows フォント 名 を指 定 し、必 要 に応 じて次 の 3 つを指 定 します。
フォント のポイント 数 (既 定 値 は 8)
次 の段 落 で説 明 するスタイル (既 定 値 は、通 常 のテキスト を表 す 0)
RGB の値 をそれぞれ 0 ～ 255 の範 囲 で表 した色 (既 定 値 は、黒 を表 す 0,0,0)
フォント スタイルには、太 字 (1)、イタリック (2)、下 線 (4) の数 字 の合 計 値 を指 定 します。つまり、スタイルに 1 を指 定 する
と太 字 、3 を指 定 すると太 字 + イタリック、6 を指 定 するとイタリック + 下 線 というようになります。
SEEPTAB は、周 期 表 ウィンド ウを表 示 し、指 定 された時 間 が経 過 すると周 期 表 ウィンド ウを閉 じます。周 期 表 ウィン
ド ウの表 示 時 間 は、0.1 秒 (1 デシ秒 ) 単 位 で指 定 します。表 示 時 間 を省 略 した場 合 、周 期 表 ウィンド ウは 4 秒 間 表
示 されます。
QUITECLOSE は、現 在 アクティブなフォームを閉 じます。このコマンド は FILE CLOSE に似 ていますが、フォームが変 更
されていても、ユーザーの確 認 を促 さずに自 動 的 に変 更 内 容 を破 棄 してフォームを閉 じます。
HIDETABLE は、現 在 のフォームのテーブル ビュー ウィンド ウを閉 じます。サブフォームが有 効 な場 合 は、サブフォームを
フォーム ビューに戻 します。
SET を使 うと、ChemBioFinder の基 本 的 な設 定 値 を変 更 できます。Preferences ダイアログ ボックスのほとんどのオプ
ションが変 更 可 能 で、さらに、SET コマンド でのみ変 更 可 能 な設 定 値 もあります。SET で変 更 できるパラメータのリスト
については、オンライン ヘルプを参 照 してください。
CLEAN は、現 在 の分 子 の結 合 の長 さと角 度 を標 準 化 するためのコマンド です。このコマンド は、ChemDraw で分 子 を
開 いて、Clean Up Structure コマンド を選 ぶ操 作 と同 じです。引 数 はオプションです。
HELP は、有 効 な CAL コマンド すべてを一 覧 表 示 します。コマンド ごとに有 効 なパラメータと簡 潔 な説 明 が表 示 されま
す。
SET/GET 関 数 は、データを Windows レジスト リの HKEY_CURRENT_USER\Software\CambridgeSoft\ChemFinder\13.0\General\Options の下 に格 納 します。
SOUND は、指 定 した .wav ファイルを再 生 します。
SYSMETRIC は、指 定 したシステム メート ル法 の変 数 を検 索 します。
次 の表 に、汎 用 コマンド の例 を示 します。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
コマンド
動作
MSG ˝Click
OK to continue˝
メッセージ ウィンドウを表示
し、ユーザーがクリックする
まで待機します。
FONT Times
12 1 255 0
0
フォント を 12 ポイント の赤
の Times の太字に変更し
ます。
GET V1,4,5
セクション 4 の項目番号 5
の値を変数 V1 に入力しま
す。
SOUND
beep.wav
beep.wav ファイルの音声を
再生します。
CAL コマンド の MSG 構文
ダイアログ ボックスに、メッセージを表 示 し、ユーザーがそのダイアログ ボックスを閉 じるまで待 機 します。
MSG message
MSG コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
ダイアログ ボックス内 にメッ
message
セージとして表 示 される文
字列。
CAL コマンド の FONT 構文
現 在 のフォント 、サイズ、スタイル、および色 を変 更 し、それ以 降 に作 成 するすべてのボックスに適 用 します。
FONT fontname [size [style [r g b]]]
FONT コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
Windows フォント リスト 内 に
fontname
あるフォント の名 前 を示 す文
字列。
size
フォント のサイズを示 す文 字
列 (ポイント 単 位 )。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
引数
説明
フォント の表 示 スタイルを示
style
す文 字 列 (設 定 値 について
は「設 定 」を参 照 )。
r
g
b
フォント の色 の赤 の要 素 を
示 す文 字 列 (0 ～ 255)。
フォント の色 の緑 の要 素 を
示 す文 字 列 (0 ～ 255)。
フォント の色 の青 の要 素 を
示 す文 字 列 (0 ～ 255)。
設定
style の設 定 値 は次 のとおりです。
設定
説明
0
標 準 テキスト
1
太字
2
斜体
3
太 字 、斜 体
4
下線
5
太 字 、下 線
6
斜 体 、下 線
7
太 字 、斜 体 、下 線
CAL コマンド の SEEPTAB 構文
周 期 表 ウィンド ウを表 示 し、閉 じます。
SEEPTAB [decisecs]
SEEPTAB コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
decisecs
説明
周 期 表 ウィンド ウを閉 じるま
での表 示 期 間 。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
注釈
10 デシ秒 = 1 秒 です。
decisecs 引 数 を省 略 した場 合 、周 期 表 ウィンド ウは 4 秒 間 表 示 されます。
CAL コマンド の QUIETCLOSE 構文
最 上 位 のフォームを直 ちに閉 じます。変 更 されているかどうかは確 認 しません。
QUIETCLOSE
QUIETCLOSE コマンド は引 数 を取 りません。
注釈
このコマンド は、メニュー コマンド File Close に似 ています。しかし、ユーザーがフォームに何 らかの変 更 を加 えている場 合
に、File Close コマンド では変 更 を保 存 するかどうかをユーザーに確 認 する警 告 が表 示 されるのに対 し、QUIETCLOSE
コマンド では表 示 されません。
CAL コマンド の HIDETABLE 構文
アクティブなフォーム上 の Table View ウィンド ウを閉 じます。
HIDETABLE
HIDETABLE コマンド は引 数 を取 りません。
注釈
アクティブなフォームの Table View は、メニュー コマンド View Data Table で表 示 できます。
アクティブなフォームがサブフォームの場 合 、HIDETABLE コマンド はそのサブフォームをフォーム ビューに戻 します。
CAL コマンド の SET 構文
ChemBioFinder の全 体 的 な動 作 を制 御 するさまざまな設 定 値 を変 更 します。
SET section preference setting
SET コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
section
設 定 値 の基 本 カテゴリを示 す文 字 列 。
preference
変 更 する設 定 値 を示 す文 字 列 。
setting
設 定 値 の新 しい値 を示 す文 字 列 。
値
section、preference、および value の値 は次 のとおりです。
セクション
設定
説明
DISPLAY
ATOM_LABEL_COLOR
ChemBioFinder では解 釈 で Color の選 択
第 20 章: CAL コマンド
値
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ChemBioFinder 13.0
セクション
設定
説明
値
きない原 子 ラベルを表 示 す
る色 。
既 定 値 は紫 (Purple) です。
個 々 の原 子 に原 子 番 号 を
表 示 するかどうか。
DISPLAY
0 または 1
ATOM_NUMS
既 定 値 は 0 (表 示 しない) で
す。
クエリ原 子 や周 期 表 に掲 載
されていないその他 の種 類
DISPLAY
ATOM_SPECIAL_COLOR
の原 子 を示 す色 。
Color の選 択
既 定 値 は紫 (Purple) です。
個 々 の結 合 に結 合 番 号 を
表 示 するかどうか。
DISPLAY
0 または 1
BOND_NUMS
既 定 値 は 0 (表 示 しない) で
す。
二 重 結 合 の間 隔 (結 合 の
長 さのパーセンテージで指
DISPLAY
BOND_SPACING
定 )。
0 ...100
既 定 値 は 12 (%) です。
構 造 式 の結 合 の長 さの平
均 に基 づいて原 子 ラベルの
フォント サイズを補 正 する比
率 。具 体 的 には、原 子 ラベ
ルのフォント サイズは(nom-
DISPLAY
FONT_ADJUSTMENT
inal value + (FONT_
-50 ...80
ADJUSTMENT/100) *
average bond length) となり
ます。
既 定 値 は 20 (%) です。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
セクション
設定
説明
値
フォームの背 景 色 。このパラ
メータは Preferences ダイア
ログ ボックスの Color タブで
DISPLAY
FORM_COLOR
手 動 で設 定 できます。
Color の選 択
既 定 値 は灰 色 (Grey) で
す。
画 像 の周 囲 に枠 線 を表 示
するかどうか。このパラメータ
は Preferences ダイアログ
DISPLAY
FRAME_PICTURES
ボックスの Display タブで手
0 または 1
動 で設 定 できます。
既 定 値 は 1 (表 示 する) で
す。
グリッド 上 のハッシュ マークの
間 隔 (ピクセル単 位 )。このパ
ラメータは Preferences ダイ
DISPLAY
GRID_SPACING
アログ ボックスの Display タブ 0 ...100
で手 動 で設 定 できます。
既 定 値 は 10 (ピクセル) で
す。
最 大 の結 合 の長 さを調 整
するための尺 度 。この値
は、Fit to box オプションが選
DISPLAY
MAX_BND_LEN
択 解 除 されているときにのみ 10 ...500
適 用 されます。
既 定 値 は 100 (%) です。
部 分 構 造 式 検 索 の一 致
DISPLAY
MOL_HIGHLIGHT_
COLOR
箇 所 を表 示 する色 。このパ
ラメータは Preferences ダイ
Color の選 択
アログ ボックスの Color タブで
手 動 で設 定 できます。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
セクション
設定
説明
値
既 定 値 は赤 (Red) です。
分 子 式 および分 子 量 の純
反 応 変 化 の表 示 で、角 かっ
こで囲 まれたテキスト が移 動
DISPLAY
NET_OUTSIDE
可 能 な場 合 に、外 側 に移
0 または 1
動 するかどうか。
既 定 値 は 1 (外 側 に移 動 す
る) です。
純 反 応 変 化 を分 子 式 およ
び分 子 量 の角 かっこの中 に
DISPLAY
NET_RXN_CHANGE
表 示 するかどうか。
0 または 1
既 定 値 は 1 (変 化 を表 示 す
る) です。
画 像 ボックスの背 景 色 。この
パラメータは Preferences ダ
DISPLAY
PICTURE_BACKGROUND
イアログ ボックスの Color タブ Color の選 択
で手 動 で設 定 できます。
既 定 値 は白 (White) です。
クエリ属 性 を持 つ結 合 を表
示 する色 。このパラメータは
Preferences ダイアログ ボック
DISPLAY
QUERY_BOND_COLOR
スの Color タブで手 動 で設
Color の選 択
定 できます。
既 定 値 は緑 (Green) です。
反 応 の中 心 を強 調 表 示 す
る色 (強 調 表 示 が有 効 な
DISPLAY
RXN_CTR_COLOR
場 合 )。このパラメータは Preferences ダイアログ ボックスの
Color の選 択
Color タブで手 動 で設 定 で
きます。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
セクション
設定
説明
値
既 定 値 は 33023 (purplish)
です。
一 致 するマップ済 み原 子 を
反 応 の中 で色 付 きで強 調
表 示 するかどうか。このパラ
メータは Preferences ダイア
DISPLAY
SHOW_AAMAP
ログ ボックスの Display タブで 0 または 1
手 動 で設 定 できます。
既 定 値 は 0 (強 調 表 示 しな
い) です。
電 荷 または基 を持 つすべて
の原 子 で暗 黙 的 な水 素 を
DISPLAY
SHOW_H_CHARGED_
表 示 するかどうか。
ATOMS
0 または 1
既 定 値 は 1 (表 示 する) で
す。
すべてのヘテロ原 子 で暗 黙
的 な水 素 を表 示 するかどう
か。このパラメータは Preferences ダイアログ ボックスの
DISPLAY
SHOW_H_ON_HET
Display タブで手 動 で設 定
0 または 1
できます。
既 定 値 は 1 (表 示 する) で
す。
すべての端 にある炭 素 で暗
黙 的 な水 素 を表 示 するかど
うか。このパラメータは Preferences ダイアログ ボックスの
DISPLAY
SHOW_H_TERM_C
Display タブで手 動 で設 定
0 または 1
できます。
既 定 値 は 0 (表 示 しない) で
す。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
セクション
設定
説明
値
反 応 の中 心 を強 調 表 示 す
るかどうか。このパラメータは
Preferences ダイアログ ボック
DISPLAY
SHOW_RXN_CENTER
スの Display タブで手 動 で
0 または 1
設 定 できます。
既 定 値 は 0 (強 調 表 示 しな
い) です。
構 造 式 をクリップボード にコ
ピーするときに、ChemBioFinder と ChemDraw の
OPTIONS
CFW_METAFILES
どちらを使 用 して画 像 を生
0 または 1
成 するか。
既 定 値 xは 0 (ChemDraw
を使 用 して生 成 ) です。
DDE ト ランザクションに対 す
OPTIONS
DDE_TIMEOUT
る反 応 を待 機 する秒 数 。
0 ...60
既 定 値 は 30 (秒 ) です。
金 属 に水 素 を暗 黙 的 に描
画 させるかどうか。このパラ
メータをオフにした場
合 、ChemBioFinder は自 動
的 に、個 々 の金 属 の最 小
原 子 価 を満 たすために水 素
OPTIONS
EXPLICIT_METAL_H
を追 加 します。このパラメータ 0 または 1
は Preferences ダイアログ
ボックスの General タブで手
動 で設 定 できます。
既 定 値 は 1 (暗 黙 的 な描
画 を要 求 ) です。
区 切 り形 式 のテキスト ファイ
OPTIONS
EXPORT_HEADER
第 20 章: CAL コマンド
ルをエクスポート するときに使
0 ...255
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ChemBioFinder 13.0
セクション
設定
説明
値
用 する区 切 り記 号 の ASCII
値 。このパラメータは Preferences ダイアログ ボックスの
General タブで手 動 で設 定
できます。
既 定 値 は 9 (タブ) です。
ChemBioFinder を次 回 起
動 したときに、前 回 のアク
OPTIONS
LOAD_LAST_FORM_ON_
ティブ フォームのファイルを
STARTUP
ロード するかどうか。
0 または 1
既 定 値 は 0 (ロード しない)
です。
あまり重 要 でないダイアログ
ボックスの表 示 を抑 制 するか
どうか。主 に、ChemBioFinder を別 の場 所 から
使 用 するとき (WWW で使
用 する場 合 など) に役 立 ち
OPTIONS
NON_INTERACTIVE
ます。ChemBioFinder を直
0 または 1
接 使 用 するときには、このオ
プションをオフにすることをお
勧 めします。
既 定 値 は 0 (対 話 モード ) で
す。
標 準 的 でない原 子 価 を持
つ要 素 を含 んだ物 質 を入
力 しようとしたきに警 告 を出
すかどうか。このパラメータは
OPTIONS
VALIDATE_VALENCE
Preferences ダイアログ ボック 0 または 1
スの General タブで手 動 で
設 定 できます。
既 定 値 は 0 (警 告 を出 さな
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
セクション
設定
説明
値
い) です。
印 刷 時 にフォームの周 囲 に
PRINT_
OPTIONS
枠 線 を印 刷 するかどうか。
0 または 1
PRINT_BORDER
既 定 値 は 1 (枠 線 を印 刷 す
る) です。
フォームを含 んでいるすべて
のページの下 部 に印 刷 する
フッターの内 容 。任 意 のテキ
スト を指 定 でき、次 に示 す
特 殊 コード も使 用 できます。
PRINT_
OPTIONS
%D 現 在 の日 付
PRINT_FOOTER
%F CFX ファイルの名 前
文字列
%P ページ番 号
%T 現 在 の時 刻
The default is “Chem-
BioFinder %D %T Record %P”
フォームを含 んでいるすべて
のページの上 部 に印 刷 する
ヘッダーの内 容 。任 意 のテキ
PRINT_
OPTIONS
スト を指 定 でき、フッターのと
PRINT_HEADER
ころで説 明 したのと同 じ特
文字列
殊 コード も使 用 できます。
既 定 値 は "%F" (ファイル名 )
です。
検 索 時 に部 分 構 造 式 検
索 を許 可 するかどうか。この
SEARCHING
EXACT
パラメータは Preferences ダ
0 または 1
イアログ ボックスの Search タ
ブで手 動 で設 定 できます。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
セクション
設定
説明
値
既 定 値 は 0 (部 分 構 造 式 )
です。
検 索 時 に、電 荷 を持 つ炭
素 原 子 と電 荷 を持 たない
炭 素 原 子 を一 致 と認 めるか
どうか。このパラメータは PrefSEARCHING
FIND_CHARGED_CARBON
erences ダイアログ ボックスの 0 または 1
Search タブで手 動 で設 定 で
きます。
既 定 値 は 1 (一 致 を認 める)
です。
検 索 時 に、電 荷 を持 つヘテ
ロ原 子 と電 荷 を持 たないヘ
テロ原 子 を一 致 と認 めるか
どうか。このパラメータは Pref-
SEARCHING
FIND_CHARGED_HET
erences ダイアログ ボックスの 0 または 1
Search タブで手 動 で設 定 で
きます。
既 定 値 は 1 (一 致 を認 める)
です。
二 重 結 合 に関 するシス型 と
ト ランス型 の立 体 化 学 構 造
を一 致 と認 めるかどうか。こ
のパラメータは Preferences
SEARCHING
MATCH_STEREO_DB
ダイアログ ボックスの General 0 または 1
タブで手 動 で設 定 できます。
既 定 値 は 1 (立 体 化 学 構
造 を一 致 と認 める) です。
四 面 体 立 体 化 学 構 造 を一
SEARCHING
MATCH_STEREO_TET
致 と認 めるかどうか。このパラ 0 または 1
メータは Preferences ダイア
ログ ボックスの Search タブで
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
セクション
設定
説明
値
手 動 で設 定 できます。
既 定 値 は 1 (立 体 化 学 構
造 を一 致 と認 める) です。
検 索 結 果 として返 されるヒッ
SEARCHING
MAX_HITS
ト 件 数 の最 大 数 。
1…
既 定 値 は 2500 (件 ) です。
検 索 時 に類 似 検 索 を許 可
するかどうか。このパラメータ
は Preferences ダイアログ
SEARCHING
SIMILARITY
ボックスの Search タブで手
0 または 1
動 で設 定 できます。
既 定 値 は 0 (完 全 一 致 を要
求 する) です。
2 つの化 合 物 を類 似 と見 な
すかどうかのカット オフ比 率 。
この比 率 未 満 のものは類 似
と見 なされません。このパラ
SEARCHING
SRCH_TANIMOTO_PCT
メータは Preferences ダイア
0 … 100
ログ ボックスの Search タブで
手 動 で設 定 できます。
既 定 値 は 90 (%) です。
クエリ部 分 構 造 式 が対 象
物 の反 応 の中 心 に少 なくと
も 1 つの原 子 または結 合 を
必 要 とするかどうか。このパラ
SEARCHING
SRCH_USE_RXN_CTRS
メータは Preferences ダイア
0 または 1
ログ ボックスの Search タブで
手 動 で設 定 できます。
既 定 値 は 1 (中 心 に必 要 と
する) です。
第 20 章: CAL コマンド
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セクション
設定
説明
値
検 索 のヒット 件 数 が最 大 数
に達 したときに検 索 を停 止
するかどうか。このパラメータ
をオフにした場 合 は、総 ヒッ
SEARCHING
STOP_AFTER_MAX_HITS ト 数 が報 告 されますが、表
示 されるのは最 大 件 数 まで
0 または 1
です。
既 定 値 は 1 (停 止 する) で
す。
CAL コマンド の CLEAN 構文
現 在 の分 子 の結 合 の長 さと角 度 を標 準 化 します。
CLEAN [param]
CLEAN コマンド は、次 のオプションの引 数 を取 ります。
引数
説明
(既 定 値 ) 描 画 モード を少 し
ずつ強 くします。最 初 は Tidy
cleanup
から始 め、変 化 が生 じるまで
描 画 モード を強 めていきま
す。
tidy
再 描 画 を最 小 限 にします。
redraw
環 の再 設 計 を許 可 します。
denovo
完 全 に一 から描 き直 しま
す。
注釈
このコマンド は、ChemDraw で構 造 式 を開 き、Clean Up Structure コマンド を選 択 して、ChemBioFinder に戻 るのと同 じ
です。
CAL コマンド の HELP 構文
有 効 な CAL コマンド すべてを一 覧 表 示 します。コマンド ごとに有 効 なパラメータと簡 潔 な説 明 が表 示 されます。
HELP
第 20 章: CAL コマンド
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注釈
このコマンド は、CAL スクリプト の実 行 中 はあまり役 に立 ちませんが、ChemBioFinder のコマンド ラインへ入 力 すると、構
文 をすばやく確 認 できて便 利 です。
ファイル コマンド
READMOL filename
READPICT boxname filename
WRITEMOL filename
WRITEPICT boxname filename
WRITETEXT filename
READMOL と WRITEMOL は、現 在 の分 子 に対 して実 行 するコマンド です。これらのコマンド は、フォーム上 に化 学 構
造 に関 連 するボックス (構 造 式 、分 子 式 、分 子 量 ) が少 なくとも 1 つ配 置 されており、データベース内 の有 効 なエント リ
にカーソルがある場 合 に使 用 できます。READMOL は、指 定 された構 造 式 ファイルを読 み取 り、フォーム上 の現 在 の分
子 を置 き換 えます。WRITEMOL は、現 在 の分 子 を指 定 された構 造 式 ファイルに保 存 します。このとき指 定 したファイル
が存 在 しない場 合 は新 たに作 成 し、存 在 する場 合 は上 書 きします。READMOL と WRITEMOL は、ともにファイル名
の拡 張 子 に基 づいてファイル形 式 を自 動 判 別 します。たとえば、benzene.cdx というファイルは、ChemDraw ファイルとし
て扱 われます。
READPICT と WRITEPICT は、画 像 ボックスとの間 で画 像 を転 送 します。boxname はフォーム上 の画 像 ボックスの名
前 で、filename はグラフィック ファイル (拡 張 子 .bmp、.jpg、.gif、.png、.emf、.wmf) のパス名 です。
WRITETEXT は、現 在 のリスト を、区 切 り形 式 のテキスト としてエクスポート します。区 切 り記 号 は、Preferences ダイア
ログ ボックスで指 定 できます。
次 の表 に、ファイル コマンド の例 を示 します。
コマンド
動作
READMOL
benz.mol
指定したファイルを現在の
分子として読み取ります。
WRITEMOL
saved.mol
現在の分子を指定したファ
イルに書き込みます。
WRITETEXT
hits.txt
現在のリスト をテキスト ファ
イルにエクスポート します。
OPENDB [R/E/RE] dbname
CRETABLE tablename
DELTABLE tablename
SELTABLE tablename
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CREFIELD fieldname
DELFIELD fieldname
SORT [D] fieldname
Oracle データベース コマンド
SQL <SQLStatement>
SQLSELECT [v] <SQLSelectStatement>
OPENDB は、標 準 分 子 データベースを開 きます。MDB ファイルのパス名 または ODBC データ ソース リスト からの名 前 を
指 定 します。OPENDB は、Oracle データベースに接 続 されると、データベース名 ではなくテーブル名 を使 います。また、
データベースを開 くときのモード を指 定 できます。
R - 読 み取 り専 用
E - 排他的
RE - 読 み取 り専 用 および排 他 的
CRETABLE は、現 在 のデータベース内 にテーブルを作 成 します。
DELTABLE は、現 在 のデータベース内 のテーブルを削 除 します。
SELTABLE は、現 在 のデータベースからテーブルを選 択 してアクティブにします。フィールド に対 する動 作 は、このテーブル
内 で行 われます。
CREFIELD は、現 在 のデータベース内 にある現 在 のテーブル内 にフィールド を作 成 します。この CREFIELD コマンド で、
フィールド タイプおよびフィールド の幅 を指 定 できます。既 定 値 では、テキスト フィールド の幅 は 50 文 字 です。
DELFIELD は、現 在 のデータベース内 にある現 在 のテーブルからフィールド を削 除 します。
SORT は、指 定 したフィールド 上 のデータベースの内 容 をソート します。既 定 値 では、データベースは昇 順 にソート されま
す。D を指 定 すると、降 順 にソート されます。
SQL を使 うと、SQL を CAL から直 接 渡 すことができます。 SQLStatement は、結 果 を返 さない SQL ステート メント です。
そのため、データ操 作 の際 に便 利 です。Oracle データベースに接 続 されている場 合 にのみ使 用 できます。
SQLSELECT は、1 行 のレコード セット を返 します。計 算 や検 索 に適 しています。 v は、SELECT ステート メント の結 果 を
受 け取 る変 数 の名 前 または番 号 を表 します。SelectStatement は、単 一 の結 果 を取 り出 すための SQL SELECT ス
テート メント です。 v を省 略 すると、結 果 は V1 に格 納 されます。Oracle データベースに接 続 されている場 合 にのみ使 用
できます。
接 続 文 字 列 でパスワード を省 略 すると、コマンド を実 行 するときに、入 力 を求 めるプロンプト が表 示 されます。
次 の表 に、データベース コマンド の例 を示 します。
コマンド
動作
CRETABLE
MyTable
新しいテーブルを作成しま
す。
DELTABLE
MyTable
新しいテーブルを削除しま
す。
第 20 章: CAL コマンド
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CAL コマンド の OPENDB 構文
データベースを開 き、アクティブなフォームのデータ ソースとして割 り当 てます。
OPENDB dbname
OPENDB コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
データベースのファイル名 を
示 す文 字 列 。この名 前
dbname
は、*MDB ファイルで
も、ODBC データ ソース リス
ト 内 の名 前 でもかまいませ
ん。
注釈
起 動 するファイルが ChemBioFinder の標 準 検 索 パスにある場 合 は、ファイル名 本 体 のみ (CS_DATA) が必 要 です。そ
れ以 外 の場 合 は、完 全 なファイル パス (c:\some\long\path\CS_DATA.MDB) が必 要 です。
OPENDB の例
この例 では、OPENDB コマンド を使 用 して、現 在 のフォームに新 しいデータ ソースを割 り当 てます。
OPENDB c:\data\mydb.mdb
変 数 コマンド
SETVAL [v] text
READVAL [v] filename
WRITEVAL [v] filename
INPUT [v] [prompt]
PASSWORD [v] [default]
GETDATA [v] box
PUTDATA box text
FROM_SMILES [str]
TO_SMILES [v]
APPEND ON|OFF
APPENDVAL [v] [text]
INCREMENT [v]
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DECREMENT [v]
LET v v op v
SUBSTR [v] <str> <from> [<to>]
CAL では、V1 ～ V9 の 9 個 の変 数 を使 用 できます。これらは、フォーム上 のボックスと他 のデータ ソースとの間 で情 報 を
移 動 する際 に、一 時 的 な格 納 場 所 として使 用 できます。
変 数 名 は、すべての CAL コマンド で使 用 できます。コマンド の説 明 中 、斜 体 で表 示 されている項 目 はすべて変 数 名 に
置 き換 えることができます。変 数 名 の先 頭 には、次 の例 のようにド ル記 号 を付 けます。
次 に例 を示 します。
MSG message は次 のいずれの方 法 でも使 用 できます。
MSG "An explicit message"
― スクリプト に明 示 的 にコーディングされたメッセージ
MSG $V2
― 実 行 時 に変 数 2 から取 得 されるメッセージ
CAL コマンド では、複 数 の変 数 および定 数 を続 けて指 定 できます。変 数 名 の前 後 にド ル記 号 ($) を入 力 する必 要 が
あります。
次 に例 を示 します。
MSG$V2$$V1$
このコマンド によって、メッセージ ボックスには、V2 の値 の直 後 に V1 の値 が表 示 されます。
変 数 を操 作 するほとんどのコマンド は、変 数 の番 号 を最 初 の引 数 として取 ります。番 号 が省 略 された場 合 は、変 数 1
と見 なされます。
SETVAL は、指 定 されたテキスト を変 数 に格 納 します。READVAL は、テキスト ファイルの内 容 を変 数 に読 み取 りま
す。WRITEVAL は、変 数 の内 容 をファイルにコピーします。
INPUT は、テキスト 入 力 ダイアログ ボックスを表 示 し、ユーザーが入 力 したデータを受 け付 けて、変 数 に格 納 します。
メッセージがある場 合 は、メッセージもボックスに表 示 します。
PASSWORD は、INPUT と同 等 のコマンド ですが、入 力 された文 字 をすべてアスタリスクで表 示 する点 が異 なります。
GETDATA は、フォーム ボックスの内 容 (構 造 式 以 外 ) を取 得 して変 数 に格 納 します。ボックスを特 定 する方 法 につい
ては、これまでの説 明 を参 照 してください。PUTDATA は、指 定 されたテキスト をフォーム ボックスにコピーします。フォーム
名 は大 文 字 と小 文 字 が区 別 されます。大 文 字 と小 文 字 の区 別 に気 を付 けて、データを保 存 するフォーム ボックス名 と
同 じ名 前 を入 力 してください。
TO_SMILES は、現 在 の構 造 式 の内 容 を SMILES 文 字 列 として取 得 します。FROM_SMILES は、SMILES 文 字 列
から構 造 式 を生 成 します。
APPEND では、データの移 動 先 に格 納 されている現 在 のデータを保 存 するかどうかを指 定 します。この設 定 は、SD ま
たは区 切 り形 式 のテキスト ファイルに対 して File Export を実 行 するときにも使 用 されます。
APPEND ON を指 定 すると、それ以 降 のデータを移 動 する際 に、古 いデータに新 しいデータが追 加 されます。APPEND
OFF を指 定 すると、古 いデータは上 書 きされます。このコマンド で指 定 したモード は、PUTDATA 以 外 のすべての変 数 コ
マンド に適 用 されます。プログラムの起 動 時 の既 定 値 は、APPEND OFF です。
第 20 章: CAL コマンド
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APPENDVAL は、文 字 列 値 の作 成 をすばやく行 うためのコマンド です。このコマンド は、APPEND ON を指 定 して SETVAL を実 行 してから、APPEND を元 の状 態 に戻 す処 理 と同 じです。
ヒント: APPEND ON と APPENDVAL の違 いは、APPENDVAL では追 加 した文 字 列 に改 行 が加 わらないのに対
し、APPEND ON では改 行 が加 わることです。文 字 列 の末 尾 に改 行 を挿 入 する場 合 は、APPEND ON を使 用 し
てください。
INCREMENT は、変 数 の値 に 1 を加 えます。INCREMENT はループで使 用 できます。
DECREMENT は、変 数 の値 から 1 を引 きます。DECREMENT はループで使 用 できます。
LET は、整 数 や実 数 値 を含 む変 数 に対 して、数 学 演 算 を行 います。演 算 子 は 1 行 に 1 つずつ入 力 してください。次
の演 算 子 を使 用 できます。
+ 加算
- 減算
* 乗算
/ 除算
SUBSTR は、変 数 から部 分 文 字 列 を抽 出 します。抽 出 する部 分 文 字 列 の範 囲 は、指 定 した文 字 から文 字 列 の末
尾 まで、または指 定 した 2 つの文 字 の間 です。
次 の表 に、変 数 コマンド の例 を示 します。
コマンド
動作
SETVAL
"some text"
V1にテキスト を格納しま
す。
SETVAL 2
"other
text"
V2にテキスト を格納しま
す。
READVAL 9
tmpdata.txt
ファイルのテキスト を読み取
り、 V9 に格 納 します。
APPEND ON
追加モードをオンにします。
WRITEVAL
output.txt
V1 の内容をファイルに追
加します。
SETVAL 2
"append me"
テキスト を V2 の内 容 に追
加 します。
APPEND OFF
追加モードをオフにします。
INPUT 2
"enter new
data"
メッセージを表示し、ユー
ザーからの入力を V2 に格
納 します。
第 20 章: CAL コマンド
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コマンド
動作
GETDATA 3
molname
molname ボックスのデータ
を V3 にコピーします。
PUTDATA mol- 与えられた文字列を molname ˝benname ボックスに格納しま
zene˝
す。
LET 3 $V1 +
$V4
V1 と V4 の値を加えた値
を V3 に格納します。
SUBSTR 2
abcdef 3 5
V2 に cde を格納します。
CAL コマンド の SETVAL 構文
指 定 した文 字 列 をユーザー変 数 に代 入 します。
SETVAL [variable] text
SETVAL コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
variable
text
説明
テキスト の割 り当 て先 となる
ユーザー変 数 。
変 数 に割 り当 てる文 字 列 。
注釈
変 数 を省 略 した場 合 、テキスト は V1 に代 入 されます。
CAL コマンド の READVAL 構文
テキスト ファイルの内 容 を、ユーザー変 数 に読 み込 みます。
READVAL [v] filename
READVAL コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
variable
filename
説明
テキスト の割 り当 て先 となる
ユーザー変 数 。
テキスト の読 み取 り元 ファイ
ル名 を示 す文 字 列 。
第 20 章: CAL コマンド
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注釈
ファイルを読 み取 るときには、完 全 なファイル パス (c:\some\long\path\TEMP.TXT) が必 要 です。
変 数 を省 略 した場 合 、テキスト は V1 に代 入 されます。
ファイルのサイズが 32K より大 きい場 合 、先 頭 から 32K のみが読 み取 られます。
READVAL の例
この例 では、READVAL コマンド を使 用 して、ファイルの内 容 を変 数 に代 入 します。この後 で、たとえばそのデータをデー
タベースに書 き込 むことができます。
READVAL d:\reports\status.txt
CAL コマンド の WRITEVAL 構文
ユーザー変 数 の内 容 をテキスト ファイルにコピーします。
WRITEVAL [v] filename
WRITEVAL コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
variable
filename
説明
テキスト の取 得 元 となるユー
ザー変 数 。
テキスト の保 存 先 ファイル名
を示 す文 字 列 。
注釈
ファイルを書 き込 むときには、完 全 なファイル パス (c:\some\long\path\TEMP.TXT) が必 要 です。
指 定 したファイルが存 在 しない場 合 は作 成 されます。既 に存 在 する場 合 は上 書 きされます。
WRITEVAL の例
この例 では、WRITEVAL コマンド を使 用 して、変 数 の内 容 をテキスト ファイルに書 き込 みます。
WRITEVAL 2 f:\formulas\mydata.txt
CAL コマンド の INPUT 構文
テキスト 入 力 ダイアログ ボックスを表 示 し、ユーザーが入 力 したデータを受 け付 けて、変 数 に格 納 します。
INPUT [variable] [input]
INPUT コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
ユーザーの入 力 データの割 り
variable
当 て先 となるユーザー変
数。
input
既 定 の入 力 として提 示 され
る文 字 列 。
第 20 章: CAL コマンド
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注釈
変 数 を省 略 した場 合 、テキスト は V1 に代 入 されます。
CAL コマンド の PASSWORD 構文
テキスト 入 力 ダイアログ ボックスを表 示 し、ユーザーが入 力 したデータを受 け付 けて、変 数 に格 納 します。ユーザーが入
力 した各 文 字 はアスタリスク (*) で表 示 されるため、内 容 が隠 ぺいされます。
PASSWORD [v] [default]
PASSWORD コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
ユーザーの入 力 データの割 り
variable
当 て先 となるユーザー変
数。
default
既 定 のパスワード として提 示
される文 字 列 。
注釈
変 数 を省 略 した場 合 、テキスト は V1 に代 入 されます。
パスワード 入力の例
この例 では、MSG コマンド を使 用 してユーザーにパスワード の入 力 を求 めるメッセージを表 示 し、PASSWORD コマンド
を使 用 して入 力 を受 け取 ります。IF コマンド を使 用 してパスワード が正 しいかどうかを調 べた後 で、EXIT で処 理 を抜 け
るか、または残 りのスクリプト を続 行 します。
msg Please enter the secret password...password 1if $v1 <> "the secret password" exit* ...etc.
CAL コマンド の GETDATA 構文
データ ボックスの内 容 をユーザー変 数 に読 み取 ります。
GETDATA [v] box
GETDATA コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
variable
テキスト の割り当て先とな
るユーザー変数。
box
テキスト の読 み取 り元 を示 す
ボックス識 別 子 。
注釈
GETDATA を使 用 できるのは、テキスト が格 納 されたボックスか、テキスト として表 せるデータ (数 値 、分 子 式 、日 付 など)
が格 納 されたボックスに対 してのみです。構 造 式 または画 像 が格 納 されたデータ ボックスに対 しては GETDATA は使 用
第 20 章: CAL コマンド
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できません。
変 数 を省 略 した場 合 、テキスト は V1 に代 入 されます。
CAL コマンド の PUTDATA 構文
ユーザー変 数 の内 容 をデータ ボックスにコピーします。
PUTDATA box text
PUTDATA コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
box
text
説明
テキスト のコピー先 を示 す
ボックス識 別 子 。
保 存 するテキスト の文 字
列。
注釈
PUTDATA で、テキスト 以 外 のデータ型 (数 値 、日 付 、分 子 式 など) が格 納 されたデータ ボックスにテキスト を格 納 しよ
うとすると、テキスト は自 動 的 に正 しい型 に変 換 されます。
CAL コマンド の APPEND 構文
ユーザー変 数 に対 して他 のデータを移 動 した場 合 に、元 のデータを残 すかどうかを決 定 します。
APPEND value
APPEND コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
新 しいデータを既 存 のデータ
value
の末 尾 に追 加 するか、それ
とも既 存 のデータを上 書 きす
るかを示 す値 。
設定
value の設 定 値 は次 のとおりです。
設定
ON
OFF
説明
既 存 のデータの末 尾 に新 し
いデータを追 加 します。
既 存 のデータを新 しいデータ
で置 き換 えます。
第 20 章: CAL コマンド
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別フォームの例
この例 では、スクリプト を使 用 して別 のフォームを開 く方 法 を示 します。新 しく開 くフォームは、元 のフォームと同 じフィール
ド をいくつか持 つものの、たとえばレイアウト が異 なっています。明 示 的 なサブフォームを使 用 したくない場 合 には、これと
同 様 の手 順 を使 用 して関 連 レコード を表 示 できます。
APPEND、SETVAL、および GETDATA の各 コマンド を使 用 して、元 のフォームの link_field フィールド の内 容 に基 づい
て検 索 文 字 列 を組 み立 てます。次 に、メニュー コマンド File Open で 2 番 目 のフォームを開 きます。既 に開 いている場
合 にはそちらに切 り替 わります。最 後 に、メニュー コマンド Search Enter Query で検 索 モード に入 り、スクリプト で先 ほど
作 成 した検 索 文 字 列 を PUTDATA コマンド で入 力 してから、メニュー コマンド Search Find で検 索 を実 行 します。
append offsetval 1 "="append ongetdata 1 link_fieldappend offfile open d:\chemfndr\otherform.cfx search enter
queryputdata link_field $v1search find
CAL コマンド の APPENDVAL 構文
既 存 のユーザー変 数 の末 尾 に新 しい文 字 列 を連 結 します。
APPENDVAL [v] text
APPENDVAL コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
variable
text
説明
テキスト を連 結 するユーザー
変数。
変 数 に連 結 する文 字 列 。
注釈
APPENDVAL は、文 字 列 値 の作 成 をすばやく行 うためのコマンド です。このコマンド は、APPEND ON を指 定 して SETVAL を実 行 してから、APPEND を元 の状 態 に戻 す処 理 と同 じです。
変 数 を省 略 した場 合 、テキスト は V1 に代 入 されます。
化合物の保存の例
この例 では、LOOP...ENDLOOP コマンド とメニュー コマンド Record Next を使 用 して、現 在 のリスト の各 レコード を 1 つ
ずつ処 理 します。各 レコード について、SETVAL コマンド と APPENDVAL コマンド を使 用 して、現 在 の $INDEX に基 づ
いて一 意 のファイル パスを組 み立 てます。最 後 に、WRITEMOL コマンド を使 用 して、各 化 合 物 をディスクに保 存 しま
す。ファイル パスの末 尾 は .cdx なので、このスクリプト はすべての化 合 物 を ChemDraw 形 式 で保 存 します。
append offloopsetval 1 c:\mydir\appendval 1 $indexappendval 1 .cdxwritemol $v1rec nextendloop
環境変数
$INDEX
$RECNO
$NUM_RECS
$DTBA_NAME_LONG
第 20 章: CAL コマンド
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$DTBA_NAME_SHORT
$FORM_NAME_LONG
$FORM_NAME_SHORT
$CFW_DIR
$FORM_DIR
$SYSTEM_DIR
注 : 変 数 のリスト全 体 を表 示 するには、Enter Cal Command ダイアログ ボックスで Help をクリックしてください。
ChemBioFinder には、現 在 の ChemBioFinder 環 境 に関 する情 報 を取 得 するために使 用 できる変 数 がいくつか用 意 さ
れています。ただし、これらの変 数 を直 接 変 更 することはできません。これらの変 数 は、なんらかのコマンド を実 行 したとき
に自 動 的 に設 定 されます。
たとえば、次 のメニュー コマンド を実 行 します。
Record Next
実 行 後 、現 在 の RECNO の値 に 1 が加 算 されます。
次 の表 に、環 境 変 数 の例 を示 します。
:
コマンド
SETVAL 1
$RECNO
動作
現 在 のレコード 番 号 を V1
に格 納 します。
現 在 のリスト に含 まれるレ
SETVAL V1
$NUM_RECS
コード の数 を V1 に格 納 し
ます。
SETVAL V1
$DTBA_
NAME_
LONG
データベースの完 全 パス
SETVAL V1
$FORM_
NAME_
SHORT
データベースのファイル名
SETVAL V1
$SYSTEM_
DIR
システム ディレクト リ名
("c:\ChemBioFinder\mydb.mdb"
など) を V1 に格 納 します。
("mydb" など) を V1 に格 納
します。
("c:\chemfndr\system" な
ど) を V1 に格 納 します。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
スクリプト 専 用 コマンド
*text
:label
label:
GOTO label
IF v1 op v2 stmt
IF v1 op v2
<stmt(s)>
[ELSE
<stmt(s)>]
ENDIF
LOOP [count]
ENDLOOP
PAUSE [dseconds]
EXIT
INTERACTIVE ON/OFF
STEP ON/OFF
スクリプト 専 用 コマンド は、スクリプト ファイルだけで使 用 できるコマンド です。対 話 方 式 の CAL では使 用 できません。
アスタリスク (*) で始 まる行 は、コメント として扱 われ、スクリプト の実 行 時 には無 視 されます。
label と GOTO は、スクリプト 内 で前 後 にジャンプする場 合 に使 用 するコマンド です。label には、コロンで始 まる、またコロ
ンで終 わる任 意 のテキスト 文 字 列 を使 用 できます。スクリプト のどの場 所 でも使 えます (ChemOffice 2005 以 前
は、GOTO で参 照 できるラベルは、それより前 に既 に登 場 したものに限 られていました)。
IF は標 準 的 な条 件 式 です。条 件 式 に指 定 された 2 つの値 が演 算 子 に従 って比 較 され、比 較 結 果 が真 であれば、条
件 式 の後 に指 定 したコマンド が実 行 されます。IF/ELSE 形 式 では、IF ステート メント が偽 の場 合 に ELSE ステート メント
が実 行 されます。有 効 な演 算 子 は次 のとおりです。
=
<>
<
第 20 章: CAL コマンド
>
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ChemBioFinder 13.0
LOOP は、繰 り返 し実 行 するコード セクションの開 始 を指 定 します。LOOP から ENDLOOP までのコマンド が繰 り返 し実
行 されます。既 定 値 では、コード は現 在 のリスト のレコード 数 だけ実 行 されますが、LOOP ステート メント に回 数 を指 定
することもできます。
ヒント: ENDLOOP は、ループ句 の任 意 の場 所 で、"次 の繰 り返 しを続 ける" ために使 用 することができます。例 :
LOOP
RECORD NEXT
IF $HAS_MOL = 0
ENDLOOP
ENDIF
CLEAN
ENDLOOP
この例 では、レコード に構 造 式 がない場 合 、プログラムは次 のレコード に移 動 し、CLEAN を実 行 しません。
PAUSE は、指 定 された時 間 (0.1 秒 単 位 ) だけスクリプト の実 行 を停 止 します。時 間 の指 定 を省 略 すると、停 止 時 間
は 2 秒 になります。
EXIT は、スクリプト をただちに終 了 します。
INTERACTIVE は、対 話 型 モード のオン/オフを切 り替 えます。
STEP は、デバッグ時 のシングル ステップ モード のオン/オフを切 り替 えます。
次 の表 に、スクリプト 専 用 コマンド の例 を示 します。
コマンド
start:
動作
GOTO によるジャンプ先 のラ
ベルです。
IF $V1 =
"" MSG
Empty
value!
変 数 V1 に値 が格 納 されて
PAUSE 100
10 秒 間 停 止 します。
GOTO
start
指 定 したラベルにジャンプしま
LOOP 10
PAUSE
いなければ、エラー メッセージ
を表 示 します。
す。
10 回 実 行 のループを開 始 し
ます。
既 定 値 の停 止 時 間 (2 秒 ) だ
け停 止 します。
ループが終 了 するま
ENDLOOP
で、LOOP ステート メント に戻
ります。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
注 : スクリプト コマンド は、変 更 されることがあります。最 新 情 報 については、ReadMe ファイルを参 照 してください。
CAL コマンド の * 構文
行 をコメント としてマークし、実 行 するコマンド ではないことを示 します。
*[text]
* コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
text
コメント の文 字 列 。
注釈
行 をコメント としてマークするには、行 の先 頭 の文 字 が * である必 要 があります。
このコマンド はスクリプト ファイルでのみ使 用 できます。コマンド ラインに入 力 した場 合 は無 効 です。
CAL コマンド : 構文
前 または後 にテキスト を記 述 した行 をラベルとして指 定 します。
:label または label:
** コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
label
説明
ラベルとして使 用 するテキス
ト。
注釈
このコマンド はスクリプト ファイルでのみ使 用 できます。コマンド ラインに入 力 した場 合 は無 効 です。
CAL コマンド の GOTO 構文
現 在 のスクリプト の指 定 行 に無 条 件 で実 行 を移 動 します。
GOTO label
GOTO コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
label
説明
移 動 先 の行 を示 す文 字
列。
注釈
ラベルは ":CAL_:"で正 しく指 定 されている必 要 があります。
このコマンド はスクリプト ファイルでのみ使 用 できます。コマンド ラインに入 力 した場 合 は無 効 です。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemBioFinder 13.0
GOTO の例
この例 では、ユーザーが、いくつかの新 しい化 合 物 をバッチ入 力 でき、それぞれに対 して 1 つのフィールド を入 力 できま
す。まず、MSG コマンド を使 用 して、操 作 方 法 をユーザーに通 知 します。次 に、コロン (:) で始 まる行 があります。これ
が、ループ開 始 のラベルの役 割 を果 たします。INPUT コマンド で、新 しいエント リの名 前 をユーザーから取 得 します。ユー
ザーが空 の文 字 列 を入 力 していないかどうかを IF コマンド で調 べ、その場 合 は EXIT でスクリプト を抜 けます。メニュー コ
マンド Record Add で新 しいレコード を作 成 した後 で、PUTDATA コマンド でユーザーの文 字 列 を molname フィールド に
入 力 します。
ループの終 わりの GOTO コマンド で、実 行 位 置 が開 始 ラベルに戻 ります。
msg Enter new compound names.Enter a blank name when complete
:startinput 1if $v1 = "" exitrecord addputdata molname $v1goto start
CAL コマンド の IF 構文
式 の値 が条 件 を満 たすかどうかに応 じてコマンド を実 行 します。
IF variable operator value command
または
IF variable operator value
command[ELSE command]ENDIF
GETDATA コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
variable
説明
比 較 の基 準 となるユーザー
変数。
operator
比較関数。
value
変 数 と比 較 する文 字 列 。
command
任 意 の有 効 な CAL コマン
ド。
設定
operator の設 定 値 は次 のとおりです。
設定
説明
value が variable より小 さい
<
場 合 に command が実 行 さ
れる。
>
value が variable より大 きい
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設定
説明
場 合 に command が実 行 さ
れる。
value が variable と等 しい場
=
合 に command が実 行 され
る。
value が variable と等 しくな
!=
い場 合 に command が実 行
される。
value が variable と等 しくな
<>
い場 合 に command が実 行
される。
注釈
各 IF ステート メント で実 行 される CAL コマンド は 1 つだけです。ただし、その 1 つのコマンド が GOTO の場 合 は、それに
よって他 のコマンド を多 数 スキップできます。
CAL コマンド の LOOP...ENDLOOP 構文
複 数 のステート メント のブロックを繰 り返 し実 行 します。
LOOP [count]
[statements]ENDLOOP
LOOP...ENDLOOP コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
count
statements
説明
ステート メント を繰 り返 す回
数。
指 定 の回 数 だけ繰 り返 され
るコマンド 。
注釈
count を省 略 した場 合 、現 在 のリスト のレコード 数 と同 じ回 数 だけステート メント が繰 り返 されます。
このコマンド はスクリプト ファイルでのみ使 用 できます。コマンド ラインに入 力 した場 合 は無 効 です。
LOOP の例
この例 では、LOOP コマンド とメニュー コマンド Record Next を使 用 して、現 在 のリスト のすべてのレコード を表 示 します。
PAUSE コマンド によって、各 レコード が画 面 上 にしばらく残 るため、表 示 を確 認 できます。
looprec nextpause 2endloop
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CAL コマンド の PAUSE 構文
スクリプト の実 行 を一 時 的 に停 止 します。
PAUSE [decisecs]
PAUSE コマンド は次 の引 数 を取 ります。
引数
説明
decisecs
スクリプト の実行を一時停
止する期間。
注釈
10 デシ秒 = 1 秒 です。
decisecs 引 数 を省 略 した場 合 、スクリプト は 2 秒 間 中 断 されます。
CAL コマンド の EXIT 構文
CAL スクリプト の実 行 を直 ちに停 止 します。
EXIT
注釈
このコマンド はスクリプト ファイルでのみ使 用 できます。コマンド ラインに入 力 した場 合 は無 効 です。
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CS Oracle Cartridge
ChemBioFinder/Oracle を Oracle データベースに接 続 するための事 前 設 定 手 順 です。
ChemBioFinder Ultra
Oracle Client
Oracle OLEDB Provider
Oracle Client:バージョン 9i 以 降 をお勧 めします。Oracle の Web サイト から無 料 でダウンロード できます。
1. Oracle Client ソフト ウェア (バージョン 9i) をダウンロード してインスト ールします。Oracle から無 料 で入 手 できます。32
ビット システム、64 ビット システム、Itanium システムでそれぞれバージョンが異 なるので注 意 してください。
注 : 最 小 インストール ("Runtime") だけでは、ChemBioFinder/Oracle のサポートを提 供 するのに十 分 ではありませ
ん。また、続 けて "Custom" インストールを選 択 し、"Oracle Windows Interfaces" を選 択 する必 要 があります。必 要
条 件 となるコンポーネントがインストールされていない場 合 、Oracle データベースを開 こうとすると、「Provider cannot be
found.It may not be properly installed」(プロバイダが見 つかりません。正 しくインストールされていない可 能 性 がありま
す。) というエラーメッセージが表 示 されます。
2. Oracle 管 理 者 に、CS Oracle Cartridge (9 または 10) のインスト ールを依 頼 してください。ChemBioFinder/Oracle を
使 用 して任 意 の Oracle データベースにアクセスできますが、CS Oracle Cartridge がなければ、化 学 構 造 式 を格 納 ま
たは検 索 することはできません。
3. 管 理 者 にユーザー アカウント を設 定 してもらってください。ChemBioFinder/Oracle では、書 き込 み権 限 のあるテーブ
ルスペースにログインする必 要 があります。社 内 ファイルにアクセスするには、管 理 者 からテーブルスペース外 のテーブル
およびビューの読 み取 り専 用 権 限 を受 ける必 要 があります。
4. お使 いのクライアント コンピュータから使 用 する各 Oracle データベースに接 続 するには、Oracle Net Configuration
Assistant を使 用 してください。
原 則 として、ChemBioFinder/Oracle はあらゆる Oracle データベースにアクセスすることができます。しかし実 際 にはいくつ
か準 備 をしておいた方 がよいことがあります。
生 物 学 データベースなど、CS Oracle Cartridge がインスト ールされていない Oracle データベースにもアクセスできます
が、構 造 式 または構 造 式 関 連 のプロパティを使 って検 索 やソート することができません。ChemBioFinder/Oracle は
CS Oracle Cartridge バージョン 9 または 10 と連 動 するように設 計 されているため、それ以 前 のバージョンとはうまく連
携 しません。(Cartridge バージョンを表 示 するには、Properties ダイアログ ボックスの Database タブを調 べてください。
バージョンが表 示 されているか、使 用 できない場 合 は "None" と表 示 されています)。
構 造 式 が含 まれているすべてのテーブルには、一 意 のプライマリ キーがあります。そうでない場 合 、警 告 メッセージが
表 示 されます。プライマリ キーは ChemBioFinder で設 定 できます (190 ページの 「インデックス化 」 を参 照 )。
ChemBioFinder/Oracle ユーザーが各 自 のテーブルスペースにテーブルを作 成 するには、十 分 な権 限 が必 要 です。
高 速 キャッシュ スキーム
通 常 は、データベースを開 いたり検 索 を行 うと、ChemFinder から SELECT ステート メント が発 行 されます。その後 、サー
バーはステート メント を処 理 し、レコード セット を準 備 して、レコード を移 動 しながらデータを取 得 するための "カーソル" を
用 意 します。カーソルが現 在 のレコード から N 番 目 のレコード に移 動 するように求 められた場 合 は、すべての N をクライア
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ント にダウンロード する必 要 があります。最 悪 の場 合 、大 きなテーブルを開 き、Move Last を使 って最 後 のレコード を閲
覧 しようとすると、テーブル全 体 がサーバーから送 られてきます。
この問 題 を回 避 するため、ChemFinder/Oracle では代 替 機 構 を用 意 しています。このスキームでは、リスト またはクエリ
全 体 の完 全 データのフォームを要 求 する代 わりに、ChemBioFinder/Oracleは ID またはプライマリ キー フィールド を取 り
出 し、結 果 をメモリのアレイに格 納 (キャッシュ) します。これで、通 常 のレコード セット のカーソルに依 存 しなくてよくなりま
す。レコード を N 個 移 動 する要 求 が出 されると、そのレコード のキーがアレイの中 で検 索 され、対 応 するレコード だけを取
り出 すための新 しい SELECT ステート メント が発 行 されます。そのため、Move Last で Move Next 以 上 に時 間 がかかる
ことがなくなります。
2 つのスキームには代 償 があります。
新 しいスキームはデータベースが開 いている間 、または検 索 やソート 後 の ID セット の取 得 に時 間 がかかります。通 常
は大 きいテーブルであっても大 変 高 速 で、必 要 がない限 り操 作 を繰 り返 さないための手 順 が行 われます。このキャッ
シュ プロセスが行 われている間 はステータス バーにメッセージが表 示 されます。
新 しいスキームでは移 動 のたびに (fast, one-hit) 検 索 が行 われるため、1 つのレコード から次 のレコード に移 動 するの
に時 間 がかかります。リスト 参 照 中 には気 づかないかもしれませんが、テーブル ビューの記 入 などの複 数 取 り出 し操
作 は遅 くなります。
このような欠 点 があるため、新 しいキャッシュ スキームは既 定 値 では OFF になっています。Oracle に接 続 されたフォーム
を ON にするには、次 の操 作 を行 ってください。
1. File メニューの Database をクリックするか、別 の方 法 で Properties ダイアログ ボックスを表 示 します。
2. ダイアログ ボックスの Oracle タブに進 みます。
3. Cache ID's for faster moves ボックスをチェックします。
4. OK をクリックします。
次 の操 作 を指 示 する警 告 が表 示 されます。
5. フォームを保 存 して終 了 し、再 度 開 きます。これは、キャッシュ スキームとデータベース接 続 を再 初 期 化 するために、
現 在 必 要 な手 順 です。
CF_SETTINGS テーブルを経 由 した構 成
Oracle データベースでテーブルを選 択 すると、ChemBioFinder はテーブルの列 のタイプを判 断 し、表 示 します。特 定 の列
に構 造 式 が含 まれているかどうか判 断 する基 準 を紹 介 します。
列 は、 CLOB か BLOB のタイプである必 要 があります。
CS Oracle Cartridge で列 がインデックス化 されている場 合 は、構 造 式 列 です。
インデックスがない場 合 、ChemBioFinder/Oracle は、 CF_SETTINGS という構 成 情 報 のテーブルを探 します。その列 が
STRUCTURE のタイプとしてそのテーブルにリスト されている場 合 は、構 造 式 列 です。
CF_SETTINGS テーブルはまた、特 定 の列 タイプである BLOB に ChemFinder 画 像 (Windows メタファイル) が含 まれてい
るかどうか判 断 するのにも使 用 されます。
インデックスのない列 を構 造 式 列 に指 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. Properties ダイアログ ボックスの Field タブで、 BLOB または CLOB の列 タイプを選 択 します。
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2. Set As Structure をクリックします。 CF_SETTINGS テーブルがまだ作 成 されていない場 合 は、これから作 成 されること
を示 す警 告 が表 示 されます。
3. OK をクリックして続 行 し、テーブルを作 成 するか、Cancel をクリックして作 成 せずに終 了 します。テーブルが既 に存 在
し、選 択 された列 に既 にエント リがある場 合 、警 告 が表 示 されて、キャンセルする機 会 を与 えられます。
4. OK をクリックして続 けます。新 しいエント リがテーブルに作 成 され、選 択 された列 が構 造 式 列 としてマークされます。
BLOB 列 を画 像 列 に指 定 するには、次 の操 作 を行 ってください。
1. CF_SETTINGS テーブルが存 在 しない場 合 は、上 記 のステップ 1 ～ 3 を使 って作 成 してください。
2. テーブルを編 集 するには、以 下 の 2 つの方 法 があります。
SQL*Plus などの Oracle クライアント ツールを使 う。
ChemFinder で開 いてフォームを作 成 する。
3. テーブル名 、列 名 および列 タイプ PICTURE が含 まれる行 を追 加 します。
検索
ChemBioFinder/Oracle にクエリを送 ると次 のようなことが起 きます。
1. クエリに構 造 式 が含 まれている場 合 は、テキスト 形 式 に変 換 されて一 時 テーブルにコピーされます。
注: このテーブルを temp_queries と呼びます。CSCartridge テーブルスペースで作成され、検索が終了、または中断されると
すぐに削除されます。ChemFinder は、複数の構造式ボックスがあって、その 2 つ以上にクエリが含まれているケースにはまだ対
応していません。
2. クエリは SQL SELECT ステート メント に変 換 されます。フォーム ボックスのクエリ コンポーネント は、(ChemFinder 同 様 )
一 緒 に AND 処 理 され、構 造 部 分 が CS Oracle Cartridge の構 造 検 索 機 能 を呼 び出 します。
3. ヒット テーブルがまだ存 在 しない場 合 は作 成 されます。
4. 検 索 の結 果 作 成 された新 しいリスト に一 意 の ID が割 り当 てられます。SELECT ステート メント が大 きな SQL ステー
ト メント にまとめられ、そこから結 果 がヒット テーブルに直 接 入 れられます。
5. SQL が実 行 されます。検 索 が完 了 すると、ヒット テーブルには結 果 が新 しい行 として表 示 されます。各 行 には新 しい
リスト ID と、検 索 対 象 テーブルのレコード の ID が含 まれています。
6. レコード ID と一 致 するヒット テーブルの新 しいリスト をメイン テーブルの行 を選 択 して結 合 する形 で最 終 リスト を準 備
します。
結 果 のリスト を参 照 、保 存 、エクスポート する準 備 ができました。
注 : Oracle におけるテキスト検 索 は大 文 字 と小 文 字 を区 別 します。「Benz*」と入 力 したときと「benz*」と入 力 したと
きではクエリの結 果 が異 なります。
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暗号化通信プロトコル「SSLバージョン3.0」脆弱性への対応について

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