SINE挿入に基づく「歯鯨亜目の単系統性」の再検証～やはりマッコウクジラは歯鯨であった～ミリンコビッチ系統仮説（ミトコンドリアDNA比較）イルカ類対立歯鯨亜目歯鯨亜目伝統的系統仮説(形態的分類) ヒゲクジラ類マッコウクジラ類ヒゲ鯨亜目ヒゲ鯨亜目マッコウクジラ類イルカ類ヒゲクジラ類より近縁？マッコウクジラ類ヒゲクジラ類ヒゲ鯨亜目イルカ類歯鯨亜目我々にも親しみの深い「クジラ」や「イルカ」は鯨目として大きなグループにまとめられ、その鯨目は、歯を持ち反響定位能力の優れた歯鯨亜目（マッコウクジラやイルカ）と、歯の代わりにヒゲ板を持ちプランクトンを濾しとって食べるヒゲ鯨亜目（ザトウクジラやミンククジラ）に大別されています。この２つのグループは形態学的に見ると亜目内にて特徴的な形質が数多く見受けられ、それぞれが単系統群を形成する（共通の祖先をもつ）とされてきました。ところが1993年、ミリンコビッチによってなされたミトコンドリアDNA解析に基づく系統樹では、それまで伝統的に歯鯨類として分類されてきたマッコウクジラ上科のグループが、歯クジラではなく髭クジラにより近縁であるという驚くべき結果が示され、鯨類の系統に関する大きな論戦が始まりました。そこで我々はSINEを用いてこの問題の解決に乗り出し、マッコウクジラを含めた歯クジラ類にのみ共通に挿入したSINE を発見、つまり伝統的な形態学研究が支持してきた歯鯨亜目単系統性を示すことで、ミリンコビッチらとは完全に相対する立場をとりました（Nikaido et al. 2001 PNAS）。これに続いて多くの研究者がDNAを指標にこの問題を吟味してきましたが、十分な統計的証拠をもって「歯鯨類は単系統である」ことが我々以外の研究から支持されることはありませんでした。また2001年の時点でなされた我々の解析だけでは、厳密には対立するミリンコビッチらによる系統仮説を完全には棄却しきれていないこともわかり、この問題に関する最終決着をつけるべく、広範な種を対象に大規模なSINE配列の単離をおこない、系統推定をおこなうこととしました。その結果、マッコウクジラを含めた歯鯨亜目に属するグループが単系統群を形成するという我々の以前の系統仮説を支持する遺伝子座が合計１２座位見出され、この結果はほぼ間違いないということがわかりました。この研究論文は、歯鯨類の単系統性に関わる研究の最終結論を見出す意味でも非常に重要なものであったと考えています。 Ascertainment Biasの可能性を取り除いた解析によるクジラ類の系統樹歯鯨亜目は単系統群を形成する：SINEが示した最終結論