20160511-5K エピジェネティクス研究 クロマチン免疫沈降（ChIP） 解析用試薬 クロマチン免疫沈降（ChIP）解析について .......1 Universal Plant ChIP-seq Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 DNA・クロマチン断片化装置 Protein G-coated magnetic beads . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 密閉式超音波破砕装置 Picoruptor® . . . . . . . . . . . . . . . . 2 DNA精製キット 免疫沈降（ChIP-Kits） iDeal ChIP-seq Kit for Transcription Factors .......3 iDeal ChIP-seq Kit for Histones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 True MicroChIP Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 LowCell# ChIP Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 HighCell# ChIP Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 IPure Kit v2 ........................................8 ライブラリー調製キット MicroPlex Library Preparation Kit v2 ..............9 iDeal Library Preparation Kit x24 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 0 クロマチン調製キット Chromatin Shearing Optimization Kits . . . . . . . . . . . 1 1 (Low SDS, Medium SDS, High SDS) ・クロマチン DNA 断片化装置 クロマチン免疫沈降（ChIP）解析について 免疫沈降 ︶ ︵ ChIP-Kits ChIP法は、目的とする遺伝子領域のヒストンのアセチル化やメチル化によるクロマチン構造の状態を簡単に調べることのできる手法です。 まず、DNAと結合しているヒストン等のタンパク質を可逆的にクロスリンクさせた後、超音波処理により、 クロマチンを断片化します。次に 目的に応じて、ヒストンアセチル化抗体、ヒストンメチル化抗体、転写因子等に対する抗体を用いて、免疫沈降（IP）を行います。脱クロス リンクを行った後に、IPにより得られたDNA-タンパク質複合体からDNAを精製し、次世代シーケンス等により目的とするタンパク質の 結合領域を解析します。 ChIP workflow DNA 精製キット STEP1. クロマチン調製 STEP3. Magnetic IP STEP2. クロマチンの断片化 DNAとタンパク質の クロスリンクおよび 細胞の溶解 関連タンパク質と クロマチン断片 Next Gen Seq ライブラリー 調製キット STEP4. DNA精製 磁気ビーズ（protein A または G） と目的タンパク質に特異的 な抗体を用いた免疫沈降 Microarray 磁石による磁気分離と 洗浄による非結合物質 の除去 qPCR STEP5. ライブラリー調製 Protein of interest Magnet Other protein Magnetic bead Antibody DNA クロマチン 調製キット ChIP-seqのワークフローと対応製品 ChIP-seq workflow 1 クロマチン調製 2 クロマチン／DNAの断片化 • Chromatin Shearing Optimization Kits • 密閉式超音波破砕装置 Picoruptor® P.11 (Low SDS, Medium SDS, High SDS) STE P1 ST P.2 E P 2 ST EP 3 NEXT GENERATION SEQUENCING ST 5 ライブラリー調製キット • MicroPlex Library Preparation Kit v2 (50 pg - 50 ng input material) • iDeal Library Preparation Kit x24 (5 ng - 1 µg input material) 1 クロマチン免疫沈降解析用試薬 EP 5 転写因子用 ChIPアッセイキット • iDeal ChIP-seq Kit for Transcription Factors 4 STEP ヒストン修飾用 ChIPアッセイキット • iDeal ChIP-seq Kit for Histones P.9 P.10 3 Magnetic IP 10,000個の細胞からのChIPアッセイキット • True MicroChIP Kit 4 DNA精製 • IPure Kit v2 P.4 P.8 P.5 植物試料からのクロマチン抽出およびChIPアッセイキット • Universal Plant ChIP-seq Kit P.7 P.3 ・クロマチン DNA 断片化装置 次世代シーケンス用 DNA 断片化・クロマチン断片化に最適 密閉式超音波破砕装置 Picoruptor® ■概要 デモ 受付中 Single Cycle Valve 免疫沈降 ︶ ︵ ChIP-Kits Picoruptor®（ピコラプター）は、Diagenode社が開発した高性能密閉式超音波 破砕装置です。革新技術によりDNAやクロマチンを高精度にサイズコントロール することが可能になり、 さらに独自のシンクロ型温度制御システムを採用する ことで、効率よく、再現性の高い超音波破砕を行うことができます。 また、幅広い試料容量（5 µl から2 ml）に対応しています。 ■特長 高い再現性と効率の良い破砕を実現 Water Cooler 革新技術によるDNAサイズコントロール DNA 精製キット Sonication Unit 氷不要なシンクロ型温度制御システム 省スペース・静音 多検体処理、小スケール化を実現 ■用途 最大12サンプルを同時処理 DNA断片化（次世代シーケンスライブラリー作製用） 密閉式によりコンタミネーション防止 クロマチン断片化（ChIP, ChIP-Seq用クロマチン調製） ＊1 5μl∼2 mlのサンプルを超音波処理＊2 RNA断片化 ライブラリー 調製キット タンパク質精製のための組織破壊 *1： 1.5 ml, 15 mlチューブを使用する場合は最大6サンプルになります。 *2： 処理量に応じた専用チューブとチューブホルダーが必要になります。 ■アプリケーション例 クロマチンの断片化 (10 μl - 300 μl) MW 100 μl 10 μl 10 cycles MW 10 20 30 cycles 500 100 200 μl 500 500 100 100 ＜断片化条件＞ 300 μl 30 10 20 30 cycles A： 標準スケール（100 μl） 10サイクル（30秒 ON/OFF） で 12サンプルを同時に断片化 （マイクロチューブ 0.65 mlを使用） B： スケールダウン（10 μl） 10, 20, 30サイクル(30秒 ON/OFF) で断片化 （マイクロチューブ：0.1 mlを使用） B : スケールダウン A : 標準スケール 20 MW 10 クロマチン 調製キット ♢ 実験方法： HeLa細胞を1% ホルムアルデヒド（分子生物学用） で固定化した（室温, 8 min）。Chromatin Shearing Optimization Kit - Low SDS（Diagenode 社）を用いて、1x10 6 個 細胞を100 μlのShearing Buffer で懸濁し、下記条件でクロマチンを断片化した。断片化後、RNase処理（37 ℃, １時間 ） した後に、脱クロスリンク処理（一晩） を行い、 フェノール/クロロホルムで精製した。精製後の10 μlのDNA（500,000 細胞に相当）を2 %アガ ロースゲルにて電気泳動し、各スケールごとの＜断片化条件＞で得られたクロマチンを確認した。 （MW : 100 bp DNA分子量マーカー） C：スケールアップ C： スケールアップ（200 μl, 300 μl） 10, 20, 30サイクル（30秒 ON/OFF） で断片化 （マイクロチューブ：1.5 mlを使用） スケール変更時の条件検討 断片化効率の確認（12検体同時処理） ♢ 結 果： 標準スケール（100 μl） で、同一サンプルを12検体同時に超音波破砕処理した結果、均質なクロマチンを回収することができた（図A）。 また、 スケールダウン（10 μl）およびスケールアップ（200 μl, 300 μl） した場合も、サイクル数を変更することでChIP解析に最適なサイズ （500 bp以下）のクロマチン断片が得られた（図B, C） 。 Code No. 製品名 316-81311 容量 希望納入価格 Picoruptor 1式 4,800,000円 容量 ® 備考 ■関連製品 Code No. 製品名 希望納入価格 備考 313-81321 0.1 ml tube holder & tube adaptors for Picoruptor 1個 224,000円 Cat. No. B01200041 310-81331 1.5 ml tube holder for Picoruptor 1個 219,000円 Cat. No. B01200040 317-81341 15 ml sonication accessories for Picoruptor 1個 51,000円 Cat. No. B01200016 315-81401 0.65 ml Picoruptor Microtubes 500 個 29,000円 Cat. No. C30010011 315-81381 0.1 ml Picoruptor Microtubes 120 個 31,000円 Cat. No. C30010015 312-81391 1.5 ml Picoruptor Microtubes with Caps 300 個 23,000円 Cat. No. C30010016 318-81371 15 ml Picoruptor Tubes 50 個 18,000円 Cat. No. C30010017 311-81361 15 ml Picoruptor Tubes & sonication beads 50 個 31,000円 Cat. No. C01020031 314-81351 Protein Extraction beads 20 g 23,000円 Cat. No. C20000021 クロマチン免疫沈降解析用試薬 2 ・クロマチン DNA 断片化装置 次世代シーケンス解析のための ChIP アッセイに最適なキット（転写因子用） iDeal ChIP-seq Kit for Transcription Factors ■概要 免疫沈降 ︶ ︵ ChIP-Kits iDeal ChIP-seq Kit for Transcription Factorsは、転写因子をターゲットとした次世代シーケン シングのためのChIPアッセイキットです。本プロトコールは、Diagenode社によって高度に 最適化されており、優れた特異性と感度で再現性の高いデータを効率良く得ることができます。 また、ChIP-seqグレードのポジティブコントロール抗体（CTCF）およびネガティブコントロール 抗体（IgG）やプロテインAコーティングの磁気ビーズなど、ChIPアッセイに必要とされる主要な 試薬が含まれています。 iDeal ChIP-seq Kit for Transcription Factors ■特長 4,000,000個の細胞からChIPアッセイが可能 DNA 精製キット 複数の転写因子でChIP-seqを検証済み ヨーロッパのエピゲノムコンソーシアム「BLUEPRINT」 で検証済み ChIP-seqグレードのコントロール抗体、 プライマー、磁気ビーズやDNA精製モジュールなどの主要な試薬を含む ChIP-seqは次世代シーケンサー「Illumina® HiSeq」に最適化 ■アプリケーション例 ライブラリー 調製キット Total Diagenode peaks 40% Overlapping peaks with Encode dataset 95% クロマチン 調製キット 図1-A. ポジティブコントロールであるGAPDH 遺伝子周辺領域のピーク分布図 図1-B. 本実験で得られたChIP-seq データセットと ブロード研究所の公開データセットを比較 図１. HeLa 細胞由来のクロマチンをiDeal ChIP-seq Kit for Transcription Factors のCTCF 抗体で免疫沈降を行った。次に、免疫沈降したDNA をllumina® HiSeq で解析した。 ライブラリー作製、 クラスター生成、 シーケンシングはIllumina® HiSeq の指示書に従って行った。 公開データとDiagenode 社データを比較すると、ピークの上位40％が完全に一致することを確認した。ピーク上位40％のデータセットは、公開データセット と80％よりも高い比率で共通部分を持つため、NIH Encode プロジェクト基準に基づいて、本ChIP-seq 結果は高い再現性を持つとみなされる。 (A) HDAC1 図2. 染色体3(A)、染色体12(B)、 染色体6(C)の領域のピーク分布 HeLa細胞由来のクロマチンをiDeal ChIP- (B) seq Kit for Transcription Factors と Diagenode社のHDAC1(A)、LSD1(B)、p53(C) LSD1 抗体（ChIP-seqグレード ） で免疫沈降を行った。 免疫沈降したDNAはその後llumina® Genome Analyzerで解析した。 ライブラリー作製、 クラスター生成、 シーケンシングはllumina® (C) GenomeAnalyzerの指示書に従って行った。 p53 3 Code No. 製品名 容量 希望納入価格 備考 311-81501 iDeal ChIP-seq Kit for Transcription Factors x10 10回用 111,000円 Cat. No. C01010054 317-81503 iDeal ChIP-seq Kit for Transcription Factors x24 24回用 215,000円 Cat. No. C01010055 クロマチン免疫沈降解析用試薬 ・クロマチン DNA 断片化装置 次世代シーケンス解析のための ChIP アッセイに最適なキット（ヒストン修飾用） iDeal ChIP-seq Kit for Histones ■概要 iDeal ChIP-seq Kit for Histones 免疫沈降 ︶ ︵ ChIP-Kits iDeal ChIP-seq Kit for Histonesは、ヒストン修飾をターゲットとした次世代シーケン シングのためのChIPアッセイキットです。本プロトコールは、Diagenode社によって 高度に最適化されており、優れた特異性と感度で再現性の高いデータを効率良く 得ることができます。 また、ChIP-seqグレードのポジティブコントロール抗体（H3K4 me3）およびネガティブコントロール抗体（IgG）やプロテインAコーティングの磁気 ビーズなど、ChIPアッセイに必要とされる主要な試薬が含まれています。 ■特長 100,000∼1,000,00個の細胞からChIPアッセイが可能 DNA 精製キット 最適化されたプロトコールで、再現性の高い結果を取得可能 ChIP-seqグレードのコントロール抗体、 プライマー、磁気ビーズやDNA精製モジュールなどの主要な試薬を含む ChIP-seqは次世代シーケンサー「GAIIx」 （Illumina®） と 「Ion Torrent PGM™」 （Life Technologies）に最適化 ■アプリケーション例 ChIP-seq Kit for Histones の抗H3K4me3 抗体1 µgをポジティブ コントロールとして免疫沈降を行った。次世代シーケンサーは、 Ion Torrent PGM™（Life Technologies） とGAIIx（Illumina®）を ライブラリー 調製キット 図1. HelaS3細胞1 x 106 個由来の断片化クロマチンをiDeal (A) 使用して解析し、GAPDHプロモーター領域上のH3K4me3の ChIP-seqプロファイルを取得した。 原理が異なるシークエンサーを用いたにも関わらず、 高い類似を示した。 (B) クロマチン 調製キット (A) 12番染色体の数百bp の解析分布 (B) GAPDH遺伝子の近接キャプチャー像 GAPDH遺伝子の分布に焦点を合わせた。分布のピーク 構造も類似していることが観察された。 図2. HeLa細胞由来のクロマチンを用いて、iDeal ChIP-seq Kit とDiagenode社のChIP-seqグレードのH3K4me3抗体でChIP- seqを行った。本実験で得られたChIP-seqのデータセットはブロ ード研究所の公開データセットと比較された。 公開データとDiagenode社データを比較すると、ピークの上位 40％が完全に一致することを確認した。ピーク上位40%のデータ セットは、公開データセットと80%よりも高い比率で共通部分を 持つため、NIH Encodeプロジェクト基準に基づいて、本ChIP-seq 結果は高い再現性を持つとみなされる。 Code No. 製品名 容量 希望納入価格 備考 318-81491 iDeal ChIP-seq Kit for Histones x10 10回用 111,000円 Cat. No. C01010050 314-81493 iDeal ChIP-seq Kit for Histones x24 24回用 215,000円 Cat. No. C01010051 クロマチン免疫沈降解析用試薬 4 ・クロマチン DNA 断片化装置 わずか 10,000 個の細胞から ChIP-seq に最適な ChIP アッセイが可能 True MicroChIP Kit ■概要 (1) 免疫沈降 ︶ ︵ ChIP-Kits True MicroChIP Kitは、最少で10,000個の細胞からChIPを行うことできます。 さらにChIP後の次世代シーケンサー(Illumina社)によるハイスループット シークエンスに対応するようプロトコールが最適化されています。 本キットは、免疫沈降により得られたピコグラム量のDNAからライブラリー 作製を行うことができる 「 MicroPlex Library Preparation Kit v2」 （Code No. 318-81511） と組み合わせることで、限られた細胞数からChIP-seqを行うこと ができます。 (2) DNA 精製キット ■特長 (3) a. b. a. (4) (5) c. b. c. (6) d. d. 10,000∼100,000個の細胞でChIPアッセイが可能 ChIP-seqグレードの抗体、 プライマー、磁気ビーズなどの主要な試薬を含む a. ヒストン修飾の研究で検証済み b. c. True MicroChIPの手順 （1）細胞の固定とDNA-タンパク質のクロスリンク、 （2）細胞溶解とPicoruptor®等 の断片化装置によるクロマチン断片化、 （3） クロマチンへの抗体の結合、ビーズ ライブラリー 調製キット の添加、 （4）Magnetic免疫沈降、 （5）免疫複合体の洗浄、 （6）DNA精製とChIPedDNAの回収 ■アプリケーション例 クロマチン 調製キット 図1. ChIPは、H3K4me3 抗体を用いて10,000個の細胞からChIPにより濃縮されたDNA 17 pg（後に増幅）と、 コントロールとして1,000,000個の細胞から ChIPにより得たDNA 35 pg（後に増幅）から行った。IP後のDNAはMicroPlex Library Preparation Kit（Illuminaプラットフォーム用のシーケンスサンプル 調製キット） で増幅した。 ライブラリーはIllumina Genome Analyzerで解析し、 クラスター形成およびシークエンシングは説明書に従って行った。 Perfect match between ChIP-seq data obtained with the True MicroChIP Kit workflow and reference dataset 図2. 公開データとDiagenode社データを比較すると、ピークの上位40％が 完全に一致することを確認した。ピーク上位40%のデータセットは、公開データ セットと80%よりも多い比率で共通部分を持つため、NIH Encodeプロジェクト 基準に基づいて、本ChIP-seq結果は高い再現性を持つとみなされる。 5 Code No. 製品名 容量 希望納入価格 備考 314-07851 True MicroChIP Kit 16 回用 160,000円 Cat. No. C01010130 クロマチン免疫沈降解析用試薬 d. ・クロマチン DNA 断片化装置 1 IP あたり 1,000 ∼ 10,000 個の細胞で ChIP-qPCR に最適な ChIP アッセイが可能 LowCell# ChIP Kit ■概要 2時間 インキュ 細胞回収、DNAとタンパク質のクロスリンク 30分間 ＋ ベーション 細胞の溶解とクロマチン断片化 1時間 抗体反応とMagnetic免疫沈降* 2時間 ∼ 一晩インキュ ベーション 免疫複合体の洗浄 30分間 DNA精製 1時間 定量PCRとデータ解析 免疫沈降 ︶ ︵ ChIP-Kits LowCell# ChIP Kitは、 これまでのキットよりも少ない細胞数でChIP アッセイができるキットであり、ヒストン修飾アッセイ、転写因子 アッセイの両方に使用することができます。使用する細胞数が少なくて 済むので、Biopsies、ES細胞、Embryos等に有効です。 免疫沈降に使用するビーズはマグネティックビーズを採用し、Diagenode 社で開発した専用のマグネティックラック(別売品：314-80751)を使用する ことで、簡単な操作を実現しました。 また、免疫沈降の過程で超音波洗浄機 を使用することで、全行程が1日で終了するプロトコールになっています。 抗体とmagnetic beadsの結合 2時間 * 超音波洗浄機を利用すると抗体反応の時間を短縮できます。 DNA 精製キット ■特長 図1 操作手順と所要時間の目安 わずか1,000∼10,000個の細胞でChIPアッセイが可能 磁気ビーズと専用のマグネティックラックの採用により、 実験操作が簡単 クロマチン断片化から定量PCRまで、ChIP解析に必要な セット直後 試薬がすべてセット化 図2 磁気ビーズを含む溶液をマグネティックラックにセットした直後と1分後 洗浄の工程で専用マグネティックラックを用いることでバッファー交換がより簡単に。 Code No. 製品名 容量 希望納入価格 備考 Cat. No. C01010070 311-80761 LowCell# ChIP Kit 16 回用 89,000円 318-80771 LowCell# ChIP Kit Starting Set ※1 1 セット 95,000円 初回限定セット 314-80751 Magnetic Rack 1個 48,000円 Cat. No. B04000001 ※2 1 IP あたり 10 ∼ 10 個の細胞で ChIP-qPCR に最適な ChIP アッセイが可能 6 7 クロマチン 調製キット ※1 LowCell# ChIP Kit と Magnetic Rack がセットになった初回限定セット。 ※2 0.2 ml 8連チューブ2列セット可。 ライブラリー 調製キット 全工程が1∼2日で終了 セット1分後 HighCell# ChIP Kit ■概要 ◀チューブをディスクに入れた ままスタンドにセットした状態 本品は、1 IP あたり10 ∼ 10 個の細胞数でChIP 解析が可能なキットであり、 ChIP 解析のほぼ全工程に至適化された試薬が含まれています。本品では 大量のDNA を回収することができるので、低い発現量のタンパク質のChIP 解析（転写因子アッセイ、ChIP-on-chip 解析など）に適しています。 また、免疫沈降に使用するビーズにはマグネティックビーズを採用しており、 Diagenode 社で開発した専用の1.5 ml チューブ用マグネティックラック （別売品：314-81111）を使用することで、高い再現性と簡単な操作を実現 しています。 6 7 磁気ビーズを含むチューブを▶ ラックにセットした状態 wait for 1 min. ■特長 ◀固定化磁気ビーズ複合体を 壊すことなく、ピペットで バッファーを取り除けます 1IP あたり、10 ∼ 10 個の細胞でChIP 解析可能 6 7 磁気ビーズと専用のマグネティックラックの採用により、実験操作が簡単 クロマチン断片化から定量PCR までChIP解析に必要な試薬が全てセット化 全工程が1 ∼ 2 日で終了 Code No. DiaMag1.5-magnetic rack & disc stand マグネティックラック専用のディスクスタンドは、ディスクに チューブを付けた状態でスタンドにセットすることができる ため、1本ずつチューブを移動させることなく、マグネティッ クラックからチューブを脱着することが容易にできます。 製品名 容量 希望納入価格 備考 318-81131 HighCell# ChIP Kit 16 回用 96,000円 Cat. No. C01010060 314-81111 DiaMag1.5-magnetic rack & disc stand 1セット 125,000円 Cat. No. B04000002 クロマチン免疫沈降解析用試薬 6 ・クロマチン DNA 断片化装置 植物試料からのクロマチン抽出および ChIP アッセイキット Universal Plant ChIP-seq Kit ■概要 免疫沈降 ︶ ︵ ChIP-Kits Universal Plant ChIP-seq Kitは、 シロイヌナズナ、 トウモロコシ、 ライス、 トマト、 ポプラなど、多種多様な植物から植物クロマチンを抽出するために最適化され ています。 本キットは、 クロマチン調製、免疫沈降、植物特異的なコントロールプライマー対、 コントロール抗体、DNA精製など、 クロマチン調製からChIPアッセイまでに必要と される主要な試薬が含まれています。 ■検証済みの植物サンプル ■特長 DNA 精製キット 多くの植物種でChIPアッセイが可能 微量な植物試料（65 mg∼2 g）からクロマチン抽出が可能 植物に特異的なコントロール用のプライマー対および抗体が含まれている 得られたDNAはChIP-seqやChIP-qPCRに使用可能 シロイヌナズナの苗 シロイヌナズナの成熟ロゼット葉 トマトの葉 トマトの開花 イネの芽生え （2-3葉期） トウモロコシの茎内部 試験管培養ポプラ （葉, 茎） トウモロコシの皮 ポプラ （茎から分化した木部） ライブラリー 調製キット ■アプリケーション例 クロマチン 調製キット 図1. ChIP-seqは、Diagenode社のH3K4me3 抗体（ChIP-seqグレード）を使用して、 シロイヌナズナ （Col-0）の苗で行った。 ライブラリーは、免疫沈降した DNA1 ng(緑)、500 pg（橙）、100 pg（赤）からMicroPlex Library Preparation Kitを用いて調製し、Illumina® HiSeq 2500で解析した。青色のデータは、外部 参照として使用した公式データセット （NCBI GEOデータセット GSM1193621）を表している。第5染色体にある広領域の濃縮は、 ライブラリー調製のために、 出発物質量にかかわらず均一にした。 図2. ChIPは、Diagenode社のH3K4me3のChIP-seqグレード抗体（Code No.31580921） とrabbit IgG（Diagenode社：Cat No.C15410206）を使用して、発芽後14日 のシロイヌナズナ （Col-0）の苗で行った。エラーバーは少なくとも3回以上の反復 実験の標準偏差を表している。1 µgのH3K4me3抗体と1 µgのネガティブIgGコン トロールはChIP反応ごとに使用した。定量PCRは、本キットに含まれるポジティブ コントロールFLC-ATGとネガティブコントロールFLC-Intron1のプライマーセットで 行われた。回収率はインプット率（％） として表された。 7 Code No. 製品名 容量 希望納入価格 備考 - Universal Plant ChIP-seq Kit 24 回用 照会 Cat. No. C01010152 クロマチン免疫沈降解析用試薬 ・クロマチン DNA 断片化装置 プロテイン G コーティング磁気ビーズ（ChIP-seq グレード） Protein G-coated magnetic beads ■概要 本品は、マグネティックビーズにプロテイン G をコーティングした磁気ビーズです。Diagenode 社製品のChIPキットにはProtein A-coated magnetic beads が含まれていますが、ChIP に使用する抗体の親和性がプロテイン G の方が高い場合は、本品を使用します。 免疫沈降 ︶ ︵ ChIP-Kits ■各種 IgGのProtein A／G に対する親和性 各種免疫グロブリン アイソタイプ Protein A Protein G IgG1 +++ +++ IgG2 +++ +++ Human IgG3 IgG4 +++ +++ +++ IgGF + IgGA + IgG1 + +++ Mouse IgG2a IgG2b +++ ++ +++ ++ Rat IgG3 + + IgG1 + IgG2a +++ IgG2b ++ IgG2c + ++ 製品名 容量 希望納入価格 備考 318-81011 Protein G-coated magnetic beads 220 μl 28,000円 Cat. No. C03010021-220 DNA 精製キット Code No. 磁性ビーズを用いた DNA 精製キット ■概要 ライブラリー 調製キット IPure Kit v2 IPur e after MeDIP ChIP後のIPure Kit v2の手順 STEP 1. クロマチンの 脱クロスリンクと溶出 クロマチンは脱クロスリンクし、 （磁気またはアガロース）ビーズから 溶出され、それらは破棄されます。 精製用の磁気ビーズが添加されます。 ■特長 ChIPやMeDIP後の少ないDNA量での精製に最適化 STEP 1 クロマチン 調製キット IPure Kit v2は磁性ビーズを用いたDNA精製キットです。特にChIPやメチル化DNA 免疫沈降（MeDIP）解析後の少ないDNA量での抽出に最適化しています。 簡単なプロトコールで次世代シーケンスにも使用できる高純度なDNA が得られます。 また、 カラム精製法と比べるとDNA のロスが少ないため高い収量が得られ、多サンプル 処理も簡単に行うことができます。 DNA (mag Magn adde 磁性ビーズを利用した簡単なプロトコール カラム精製法と比較して高収量で高純度なDNAが得られる 多サンプル処理に最適 フェノールやクロロホルムなどの毒性有機溶媒は抽出に不要 STEP 2. DNAに結合 ■アプリケーション例 Magn to bin phos DNAmagn 17.05 ng 18 16 DNA recovery (ng) STEP 磁気ビーズは、DNAの負に帯電した リン酸骨格に結合する正電荷を獲得 します。DNA-ビーズ複合体は磁石を 用いて分離されます。 12.95 ng 14 STEP 3. 洗浄 12 STEP タンパク質および残りのバッファー を洗い流します。 10 Rema 8 6 4 2 0.2 ng 1.96 ng 0 1,000 cells 10,000 cells 100,000 cells 300,000 cells STEP 4. DNAの溶出 DNAは磁気ビーズから溶出されます。 精製されたDNAは様々なアプリケー ションに利用可能です。： - 次世代シーケンシング - qPCR - 増幅 - マイクロアレイ IPure技術を用いたChIPサンプルの精製後のDNA回収 ChIPアッセイはLowCell# ChIP Kit（Code No.311-80761） とH3K9me3抗体 （Code No.314-80631, 2 µg/IP）、U2OS細胞の異なる量を用いて行った。 精製したDNAは50 µlの水で溶出し、Nanodropで定量した。 Code No. 製品名 容量 希望納入価格 備考 - IPure Kit v2 100 回用 照会 Cat. No. C03010015 クロマチン免疫沈降解析用試薬 STEP DNA which Purifi down - Ne x - qPC - Amp - Mic 8 ・クロマチン DNA 断片化装置 Illumina® 社 NGS プラットフォームのためのライブラリー調製キット（Low input） MicroPlex Library Preparation Kit v2（12 indices） ■概要 ■特長 免疫沈降 ︶ ︵ ChIP-Kits MicroPlex Library Preparation Kit v2は、Illumina®社の次世代 シーケンシングのためのライブラリー調製キットです。 本キットは、免疫沈降により得られたピコグラム量のDNAから アダプターを付加したライブラリー作製を行うことができます。 また、本キットと 「True MicroChIP Kit」 （Code No.314-07851）を 組み合わせることで、最小で10,000個の細胞からChIP-seqを 行うことができます。 50 pg - 50 ngの微量なインプットDNA量でライブラリー調製が可能 1本のチューブ内で全ての反応を行うため、 コンタミリスクを低減 2時間でライブラリー作製が完了（実際の操作時間は15分程度） Illumina®社 NGSプラットフォームのためのライブラリー調製キット ChIP-seq DNA 精製キット MicroPlex Library Preparation Kit v2 Illumina ® TruSeqTM DNA LS Prep Kit A-Tail Amplify Clean-up Ligate Clean-up NGS-READY DNA < 2 hours 1 tube Gel purify Clean-up ・50 pg - 50 ng DNA input recommended ・1 user-supplied reagent ・22 pipetting steps ・No sample transfers and no columns ・1 clean-up at end ・192 sample throughput per day per tech Amplify Clean-up DNA 断片の平滑化 Cleavable Replication stop Stem-loop Adaptor アダプターの付加 Cleavable Replication Stop + + x Ligate dsDNA template x ライブラリー 調製キット Repair Repair Clean-up Stem-loop Adaptor 平滑末端ライゲーション Nick Nick 伸長と開裂 NGS-READY DNA 11 hours Primer A ・1 µg DNA input recommended ・13 user-supplied reagent 高正確性増幅 Barcode Primer B ・>50 pipetting steps クロマチン 調製キット ・8 sample transfers ・5 purifications ・1 clean-up at end ライブラリー調製のワークフロー （他社比較） MicroPlex Library Preparation Kit v2は1本のチューブで全ての操作を 行うことができ、3つの簡単なステップ（①末端修復 ②アダプターライゲ ーション ③ライブラリー増幅） と1回の精製で構成されています。 マルチプレックス法用 ライブラリー調製 本キットでは、50 pg∼50 ngの断片化DNAから、簡単なプロトコールで Illumina® NGSプラットフォームのためのライブラリーを調製できます。 1レーンで12サンプルのシークエンスに対応。 （マルチプレックス法） ■アプリケーション例 A B 98% 2% Matched by Broad Institute dataset Unmatched by Broad Institute dataset 図A. ChIPは、H3K4me3抗体を用いて、10,000個の細胞から免疫沈降により得られた17 pg のDNA増幅およびコントロールとして100,000個の細胞から免疫沈降により得られた35 pgの DNA増幅から行った。IP後のDNAは、MicroPlex Library Preparation Kit v2（Illuminaプラット フォーム用のシーケンスサンプル調製キット） で増幅した。 ライブラリーはIllumina Genome Analyzerで解析し、 クラスター形成およびシーケンシングは説明書に従って行った。 9 図B. 公開データとTrue MicroChIP Kitのピークの上位40% のデータが完全に一致することを確認した。上位40%のピーク は、比較データセットと少なくとも80%より高い比率で共通 部分をもつため、NIH Encodeプロジェクト基準に基づいて、 ChIP-seqの結果は高い再現性を持つとみなされる。 Code No. 製品名 容量 希望納入価格 備考 318-81511 MicroPlex Library Preparation Kit v2 (12 indices) 12 回用 230,000円 Cat. No. C05010012 クロマチン免疫沈降解析用試薬 iDeal Library Preparation Kit x24（incl. Index Primer Set 1） ■概要 ■特長 5 ng - 1 µgのインプットDNA量でライブラリー調製が可能 3時間でライブラリー作製が完了 最大24プレックス解析が可能 高正確性増幅と低GCバイアス Illumina®社 NGSプラットフォームのためのライブラリー調製キット 断片化されたインプットDNA 3 5 3 5 5 3 3 3 5 3 5 5 5 3 5 3 3 5 3 5 5 U 3 A T A T 3 U 5 3 3 5 切除試薬 クリーンアップ／サイズ選択 DNA P5 Primer Uracil P7 Primer Barcode (BC) ウラシル切除試薬 T iDeal Library Adaptor BC 3 5 3 3 5 3 5 5 3 5 3 5 3 3 5 3 3 5 P5 5 5 5 P5 5 ウラシルの切除 3 5 5 3 3 5 5 3 3 5 5 3 3 5 5 3 3 5 クロマチン 調製キット 5 3 P7 3 5 オプションのiDeal Library Preparationでアダプターライゲーション 5 ライブラリー 調製キット 末端修復、5 リン酸化およびdAテーリング 5 3 BC P7 5 PCR濃縮 5 DNA 精製キット ライブラリー調製の手順 免疫沈降 ︶ ︵ ChIP-Kits iDeal Library Preparation Kit はllumina®社の次世代シ ーケン シングのためのライブラリー調製キットです。免疫沈降により 得られた5 ng∼1 µgまでのインプットDNAからアダプターを 付加したライブラリー調製を行うことができます。本キットは、 lluminaプラットフォーム上で簡単かつ迅速なワークフロー、 高い収率及びすぐにシーケンス可能なDNAが調製できます。 また、 「iDeal ChIP-seq Kit」 （Code No.311-81501, 318-81491） と 組み合わせることで最適なChIP-seqの結果を得ることができます。 ・クロマチン DNA 断片化装置 Illumina® 社 NGS プラットフォームのためのライブラリー調製キット（High input） クリーンアップ ■アプリケーション例 1 A 2 1 B 2 1500 700 500 400 300 200 100 15 高いライブラリー収量 5 ngのインプットDNAを各ライブラリー調製に使用した。 7000 2000 1000 600 500 400 300 A. 大腸菌ゲノムDNAライブラリー 1： ラダーマーカー 2： iDeal Library Preparation Kitを用いて調製したライブラリー B. FFPEサンプル。ヒト肺腫瘍ゲノムDNA 1： iDeal Library Preparation Kitを用いて調製したライブラリー 2： インプットDNA（分解されたFFPEゲノムDNA） 150 100 35 Code No. 製品名 容量 希望納入価格 備考 - iDeal Library Preparation Kit x24（incl. Index Primer Set 1） 24回用 照会 Cat. No. C05010020 クロマチン免疫沈降解析用試薬 10 ・クロマチン DNA 断片化装置 ChIP 用断片化クロマチン調製キット Chromatin Shearing Optimization Kits ■概要 免疫沈降 ︶ ︵ ChIP-Kits Chromatin Shearing Optimization KitsはChIP解析のための断片化 クロマチン調製キットです。ChIP解析でよい実験結果を得るためには、 高品質なクロマチン断片の調製が不可欠です。 その中で、界面活性剤（例えばSDS）はクロマチン断片化を成功させる ために極めて重要です。抗体は、過度のSDS濃度によってタンパク質が 変性し、阻害の影響を受ける可能性があるため、SDS濃度はChIPアッセイ に合わせて慎重に選択する必要があります。 Diagenode社のChromatin Shearing Optimization Kitsは、 ワークフロー に合わせて異なる4つのSDS濃度のキットを提供しています。 低いSDS濃度が必要な場合 過剰なSDSはタンパク質の変性を引き起こすため、 抗原抗体反応を阻害する可能性がある。 少ない細胞数で使用できる。 また、ChIP前にSDS濃度 を低くする目的のクロマチン希釈が不要になる。 高いSDS濃度が必要な場合 DNA 精製キット 高濃度の界面活性剤は断片化効率を増加させるため、 クロマチンの断片化が不十分である細胞タイプの場合 に有効である。 ■特長 Chromatin Shearing Kit Low SDS Chromatin Shearing Kit Low SDS Chromatin Shearing Kit Medium SDS Chromatin Shearing Kit High SDS Cat. No. （Diagenode社） C01020010 C01020013 C01020011 C01020012 SDS 濃度 < 0.1% 0.2% 0.5% 1% ライブラリー 調製キット 核分離 Yes Yes Yes No 断片化可能な細胞数 100 million cells 100 million cells 100 million cells 100 million cells Chromatin Shearing Kit の 最適な組み合わせ iDeal ChIP-seq Kit for Histones iDeal ChIP-seq Kit for Transcription Factors HighCell# ChIP Kit True MicroChIP Kit LowCell# ChIP Kit クロマチン 調製キット Code No. 製品名 容量 希望納入価格 備考 - Chromatin Shearing Optimization Kit - Low SDS (iDeal Kit for Histones) 100 million cells 照会 Cat. No. C01020010 - Chromatin Shearing Optimization Kit – Low SDS (iDeal Kit for TFs) 100 million cells 照会 Cat. No. C01020013 - Chromatin Shearing Optimization Kit - Medium SDS (HighCell# ChIP Kit) 100 million cells 照会 Cat. No. C01020011 - Chromatin Shearing Optimization Kit - High SDS (True MicroChIP Kit) 照会 Cat. No. C01020012 100 million cells Diagenode社 抗体 Diagenode社では、ChIP, ChIP-seq, hMeDIP, MeDIP 等の様々な用途に使用できる高品質な抗体を多数ラインアップしております。 弊社では、Diagenode社の抗体を輸入販売しております。お見積りをご希望の場合は、和光純薬工業株式会社または同社代理店にご相談 ください。価格・納期等をお見積り致します。 弊社で取扱い可能なDiagenode社の抗体リストにつきましては、ニッポンジーンWEBサイト （http://www.nippongene.com/siyaku/）を、 Diagenode社の抗体に関する最新情報および詳細情報につきましては、Diagenode社WEBサイト （https://www.diagenode.com/） を ご参照ください。 本パンフレット中の希望納入価格は2016年5月現在のものです。希望納入価格に消費税は含まれておりません。 製品の仕様、包装、価格等につきましては、予告なく変更される場合がありますのでご了承ください。 輸入元 製造元 URL：https://www.diagenode.com/ Diagenode社はベルギーにあるバイオテクノロジー関連会社で、分子生物学研究や 診断薬のための試薬やキットを開発，製造，販売しています。 販売元 11 クロマチン免疫沈降解析用試薬
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