高速シーケンス解析受託 アプリケーション No.02 ゲノム解析 ゲノムDNAを用いて次世代シーケンサーによるドラフト解析を行います。 お客様の目的に応じた各 種ゲノム解析手法をご提案します。有用遺伝子の探索、遺伝子クラスターの解明、代謝パスウェイ解 析、メタゲノム解析、変異解析など様々な用途にご利用ください。 充実したバイオインフォマティクス 解析、扱いやすいソフトウェアもご用意しております。 ド ラ フ ト 解 析 高 速 シ ー ケ ン ス フペ ラア グエ メン ンド ト解 解析 析 精 密 解 析 高 速 シ ー ケ ン ス ペ ア エ ン ド 解 析 GS FLX+, GAIIx, HiSeq等 GS FLX+, GAIIx, HiSeq等 ゲ ノ（ フ ムォ ラス イ ブミ ラド リ等 ー） 塩（ 基サ 配ン ガ 列ー 解法 析） ア セ ン ブ ル （情 報 処 理 ） バ イ・ ・ ・ ・ オ遺パ 比タ イ 伝ス 較ン ン 子ウゲパ フ 領ェ ノク ム質 ォ 域イ マ ／解解立 テ 析析体 ィ 機 構 ク能 造 ス予 予 解測 測 析 ラボのPC環境で閲覧や編集が可能なビューワをご用意！ アセンブル結果（contig配列） バイオインフォマティクス解析結果 （例； IMC Genomics *） >contig00003 length=7940 numreads=1273 AGTAGCCTTTTtAATATTTCATTCTCCATTTCAATCCGTTGTA GCTTTTtCCTCAGCTTACGTATTTCGATTTGTTCTGGTGTTAT CGGAGAGGCTTTtGGTGTTTtGCCCTGACGCTCATCACGCAGT TGTTTGACCCATCTTGTCATTGTGGAAAGGCCAACATCCATAG CTTTCGCGGCATCTGCCACCGTGTATTTCT アライメント結果（aceファイル） *インシリコバイオロジー株式会社製閲覧ソフト 大腸菌をGS FLX+やGAIIxを用いてドラフト解析し、バイオインフォマティクス解析を行って IMC Genomicsで表示した例 解析冗長度表示 GS FLX+解析コンティグ配列表示 GAIIx解析コンティグ配列表示 繰り返し領域表示 遺伝子領域表示 * コンティグ配列は繰り返し領域で分断されます。 GAIIxに比べGS FLX+は解析リード長が長いため コンティグ配列も長くなる傾向があります。 10倍 20倍 30倍 40倍 50倍 ゲノムサイズ比 5000000 4500000 コンティグ総塩基数 4000000 解析総塩基数とゲノムカバー率 ▶▶▶▶ GS FLX+の場合、ゲノムサイズの20倍のデータ量取 得を推奨しています。GAIIxの場合は解析塩基長が 短いため、さらにデータ量が必要となります。 3500000 3000000 FLX コンティグ長(all) 2500000 FLX コンティグ長(>=500b) 2000000 FLX コンティグ長(>=4kb) 1500000 GAII コンティグ長(all) 1000000 GAII コンティグ長(>=500b) GAII コンティグ長(>=4kb) 500000 0 0 50000000 100000000 150000000 200000000 250000000 300000000 350000000 解析総塩基数 Q. A. ゲノムDNA量はどれくらい必要ですか？ GS FLX+を用いる場合、解析法によって異なります。フラグメント解析；4 μg以上、3Kbペアエンド解析；15 μg 以上、8Kbペアエンド解析；30 μg以上、20Kbペアエンド解析；100 μg以上となります。 微量の場合は、送付前に一度ご相談ください。 Q. A. フラグメント解析とペアエンド解析の違いは何ですか？ フラグメント解析は断片化ゲノムの片端を、ペアエンド解析は両端をシーケンスします。ペアエンド解析ではア センブル時にコンティグ配列をリンクしたスキャフォールド配列も得ることができます。ペアエンドサイズは様々 な長さ（3～20 Kb）に対応可能です。 Q. A. アセンブルにはどんなソフトウェアを用いますか？ GS FLX+の場合、ロシュ・ダイアグノスティクス社のGS De Novo Assemblerを用います。GAIIxの場合、 EDENAまたはVelvet等を用います（コンティグ配列は長くならないもののミスアセンブルを起こしにくいのが 特徴です）。 【解析例】 5 Mb相当の細菌ゲノムDNAから、GS FLX+を用いて80 Mb程度の8Kbペアエンド解析を行う。 アセンブル後のコンティグ配列からバイオインフォマティクス解析で遺伝子を予測し、その結果を IMC Genomicsソフトウェアとともに納品する。 （参考価格） ¥1,350,000（税別）～ （参考納期） 2.5 ヵ月 受託内容の詳細は弊社ウェブサイト「受託サービス一覧」をご覧ください。 ゲノム解析受託（ゲノム配列決定、メタゲノム解析） ➤ ゲノム解析 ■ お問い合せ先 取扱店 受託窓口 滋賀県大津市瀬田三丁目4番1号 〒520-2193 TEL 077-543-6116 Website http://catalog.takara-bio.co.jp/jutaku 1207
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