高速シーケンス解析受託アプリケーション No.10 mRNAの網羅的解析次世代シーケンサーによるmRNAの網羅的解析では、転写産物の発現定量だけではなく、新規転写産物およびアイソフォームを網羅的に探索することができます。マイクロアレイに変わるツールとして期待されています。 total RNA 10μ g 微量からの増幅（オプション）・NuGEN Ovation® RNA-Seq ・Clontech SMARTer™ Ultra Low RNA Kit  配列データライブラリー作製高速シーケンス解情析報 4000万リード以上推奨解析・マッピング・定量解析・未知領域の検出等レポート各リードのテキストファイル  情報解析結果（ERANGE) Entrez GeneID 遺伝子長(kb) 新規領域発現比率、各種アノテーション情報等をまとめたファイル遺伝子の概要各サンプルの遺伝子発現情報既知領域新規領域  ビューワ UCSCゲノムブラウザにより解析結果をご確認いただけるファイルゲノム上の位置・・・ GAIIを用いてヒト組織（AdultおよびFetus）のmRNA-seq解析を行った例次世代シーケンサーを用いたmRNA-seq解析を行い、さらにERANGEによる発現解析を行いました。既知遺伝子の発現量を求めると共に、遺伝子モデルに適合しないリードを算出し、新規転写産物候補を特定しました（下左図参照）。また、GAIIで行ったmRNA-seq結果を、社内でマイクロアレイ（アフィメトリクス社）解析結果と比較したところ、発現比率が高い相関を示しました（下右図参照）。解析例） ENPP2 (ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 2) 新規の発現領域 Fetal Brain RPKM ３ Microarray Log2ratio(Fetal signal/ Adult signal) Adult Brain RPKM 2３.53 GeneChipとの相関 RPKM Pearson correlation r=0.78 p<2.2e-16 25 RNA-seq Log2ratio (Fetal / Adult) 1 Q. A. 発現量の少ない遺伝子まで検出したい場合、どのくらいのリード数を読めばいいですか？論文(Nature Methods, 5：621, 2008)では、約4,000万リードで解析した結果、広いダイナミックレンジが得られています。弊社では約850万リードでGeneChip®との高い相関結果が得られています。 Q. A. ERANGEによる発現解析ができる生物種は限られていますか？精密なゲノム配列と遺伝子情報（アノテーション）がある生物種の発現比較をおこなうことができます。 Q. A. Directionalなシーケンスやバリアント解析は可能ですか？ mRNA-seq kitでは方向性はランダムになります。オプションとして、directionalシーケンスをご用意しています。また、バリアント解析をご希望の方は、ペアエンドシーケンスを行い、Cufflinksソフトウェアによる解析を行うことで、遺伝子モデル毎の発現量の算出が可能です。【解析例】ご提供いただいた2検体のtotal RNAからライブラリーを調製し、2検体混合を行いHiSeqを用いて 1レーン（合計1億リード相当）の解析を実施する。得られたリードをERANGEを用いて発現解析を行い、 ExcelファイルおよびUCSCゲノムブラウザ表示用のファイルで納品する。（参考価格）￥1,350,000 （税別）（参考納期） 3 ヵ月受託内容の詳細は弊社ウェブサイト「受託サービス一覧」をご覧ください。遺伝子発現解析受託（トランスクリプトーム解析） ➤ mRNAの網羅的解析 ■ お問い合せ先取扱店受託窓口滋賀県大津市瀬田三丁目4番1号〒520-2193 TEL 077-543-6116 Website http://catalog.takara-bio.co.jp/jutaku 1207