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mRNAの網羅的解析

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高速シーケンス解析受託 アプリケーション No.10
mRNAの網羅的解析
次世代シーケンサーによるmRNAの網羅的解析では、転写産物の発現定量だけではなく、新規転
写産物およびアイソフォームを網羅的に探索することができます。マイクロアレイに変わるツールと
して期待されています。
total RNA
10μ g
微量からの増幅
(オプション)
・NuGEN Ovation®
RNA-Seq
・Clontech SMARTer™
Ultra Low RNA Kit
 配列データ
ラ
イ
ブ
ラ
リ
ー
作
製
高
速
シ
ー
ケ
ン
ス
解
情
析
報
4000万
リード以上
推奨
解
析
・マッピング
・定量解析
・未知領域の検出等
レ
ポ
ー
ト
各リードのテキストファイル
 情報解析結果(ERANGE)
Entrez GeneID 遺伝子長(kb)
新規領域
発現比率、各種アノテーション情報等をまとめたファイル
遺伝子の概要
各サンプルの遺伝子発現情報
既知
領域
新規
領域
 ビューワ
UCSCゲノムブラウザにより解析結果をご確認いただけるファイル
ゲノム上の位置
・・・
GAIIを用いてヒト組織(AdultおよびFetus)のmRNA-seq解析を行った例
次世代シーケンサーを用いたmRNA-seq解析を行い、さらにERANGEによる発現解析を行いました。既知遺伝子の発現
量を求めると共に、遺伝子モデルに適合しないリードを算出し、新規転写産物候補を特定しました(下左図参照)。
また、GAIIで行ったmRNA-seq結果を、社内でマイクロアレイ(アフィメトリクス社)解析結果と比較したところ、発現比率
が高い相関を示しました(下右図参照) 。
解析例)
ENPP2 (ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 2)
新規の発現領域
Fetal Brain
RPKM 3
Microarray
Log2ratio(Fetal signal/ Adult signal)
Adult Brain
RPKM 23.53
GeneChipとの相関
RPKM
Pearson correlation
r=0.78 p<2.2e-16
25
RNA-seq
Log2ratio (Fetal / Adult)
1
Q.
A.
発現量の少ない遺伝子まで検出したい場合、どのくらいのリード数を読めばいいですか?
論文(Nature Methods, 5:621, 2008)では、約4,000万リードで解析した結果、広いダイナミックレンジが得ら
れています。弊社では約850万リードでGeneChip®との高い相関結果が得られています。
Q.
A.
ERANGEによる発現解析ができる生物種は限られていますか?
精密なゲノム配列と遺伝子情報(アノテーション)がある生物種の発現比較をおこなうことができます。
Q.
A.
Directionalなシーケンスやバリアント解析は可能ですか?
mRNA-seq kitでは方向性はランダムになります。オプションとして、directionalシーケンスをご用意していま
す。また、バリアント解析をご希望の方は、ペアエンドシーケンスを行い、Cufflinksソフトウェアによる解析を
行うことで、遺伝子モデル毎の発現量の算出が可能です。
【解析例】 ご提供いただいた2検体のtotal RNAからライブラリーを調製し、2検体混合を行いHiSeqを用いて
1レーン(合計1億リード相当)の解析を実施する。得られたリードをERANGEを用いて発現解析を行い、
ExcelファイルおよびUCSCゲノムブラウザ表示用のファイルで納品する。
(参考価格)¥1,350,000 (税別)
(参考納期) 3 ヵ月
受託内容の詳細は弊社ウェブサイト「受託サービス一覧」をご覧ください。
遺伝子発現解析受託(トランスクリプトーム解析) ➤ mRNAの網羅的解析
■ お問い合せ先
取扱店
受託窓口
滋賀県大津市瀬田三丁目4番1号 〒520-2193
TEL 077-543-6116
Website http://catalog.takara-bio.co.jp/jutaku
1207
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