Mikrobiyoloji - DEU Sağlık Bilimleri Enstitüsü | Sağlık Bilimleri

SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI
ÖĞRETİM ÜYELERİ
PROGRAMLAR VE DERS İÇERİKLERİ
Mikrobiyoloji Yüksek Lisans
Mikrobiyoloji Doktora
MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI
ÖĞRETİM ÜYELERİ
Prof. Dr. İ.Hakkı BAHAR
[email protected]
Prof. Dr. Y.Hakan ABACIOĞLU
[email protected]
Prof. Dr. Zeynep GÜLAY
[email protected]
Prof. Dr. Mine DOLUCA DERELİ
[email protected]
Prof. Dr. Özlem YILMAZ
[email protected]
Prof. Dr. Ayça Arzu SAYINER
[email protected]
Prof. Dr. Nuran ESEN
[email protected]
Prof. Dr. A. Hüseyin BASKIN
[email protected]
Prof. Dr. Ayşe Aydan ÖZKÜTÜK
[email protected]
Prof. Dr. İ.Mehmet Ali ÖKTEM
[email protected]
Doç. Dr. Özgen Alpay ÖZBEK
[email protected]
Doç. Dr. Mahmut Cem ERGON
[email protected]
MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI
MİKROBİYOLOJİ YÜKSEK LİSANS PROGRAMI (MİK-YL)
2014-2015 GÜZ YARIYILI ÖĞRETİM PLANI
I.YARIYILI ZORUNLU DERSLER
KUR
UYG
KREDİ
AKTS
MİK 5013 Temel Bakteriyoloji
MİK 5011 Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvar Uygulamaları I
TBG 5033 Hücreye Giriş
MİK 5098 Uzmanlık Alanı
I. YARIYILI SEÇMELİ DERSLER
2
2
3
2
KUR
2
2
0
0
UYG
3
3
3
KREDİ
4
6
6
2
AKTS
MİK 5009 Mikrobiyolojide Biyogüvenlik İlkeleri ve Uygulamaları
BİO 5019 Temel Laboratuvar İlkeleri ve Yöntemleri I
SBE 5005 Deney Hayvanları ve Uygulama Yöntemleri
SBE 5035 Sağlık Bilimlerinde Etik I
SBE 5040 Laboratuvar Uygulamalarında Güvenlik İlkeleri
TBG 5027 Bakteri Moleküler Yapısı ve Genetiği
TBG 5035 Hücre Kültürü
II. YARIYILI ZORUNLU DERSLER
1
3
1
2
1
2
2
KUR
2
2
4
2
0
2
2
UYG
2
4
3
3
1
3
3
KREDİ
2
10
6
6
2
6
6
AKTS
MİK 5004 Temel Mikoloji
MİK 5010 Temel İmmunoloji
MİK 5018 Temel Viroloji
MİK 5020 Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvar Uygulamaları II
MİK 5096 Seminer
MİK 5098 Uzmanlık Alanı
II. YARIYILI SEÇMELİ DERSLER
2
3
2
2
0
2
KUR
2
0
2
2
2
0
UYG
3
3
3
3
KREDİ
3
3
4
5
2
2
AKTS
MİK 5022 Temel Parazitoloji
BİO 5024 Temel Laboratuvar İlkeleri ve Yöntemleri II
BİO 5026 Enzimoloji
SBE 5006 Sağlıkta Araştırma Tekn. ve Analiz Yöntem
SBE 5044 Deneysel Araştır.Plan.,Yürüt.ve Değerlen.
III. YARIYILI ZORUNLU DERSLER
2
2
2
3
3
KUR
2
2
2
2
0
UYG
3
3
3
4
3
KREDİ
3
9
9
8
6
AKTS
MİK 5099 Tez Çalışması
IV. YARIYILI ZORUNLU DERSLER
KUR
UYG
KREDİ
30
AKTS
-
-
30
MİK 5099 Tez Çalışması
NOT 1
NOT 2
NOT 3
-
Öğrenciler her yarıyıl 30 AKTS almalıdır. Tezin Toplam AKTS’si 60, Toplam AKTS 120’dir.
Öğrenciler, seçmeli derslere ek olarak danışman onayı ile Enstitünün ya da başka akademik kurumların
programlarından ders seçebilirler.
Uzmanlık Alanı dersi yarıyıl ve yaz tatillerinde de verilecektir.
MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI
MİKROBİYOLOJİ DOKTORA PROGRAMI (MİK-DR)
2014-2015 GÜZ YARIYILI ÖĞRETİM PLANI
1. GRUP DERSLERİ
TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS
SBE 6027 Bilim Tarihi ve Felsefe
SBE 6047 Deneysel Araştırma Verilerinin Kaydı ve
Sunumu
SBE 6048 Bir Araştırmayı Yayına Dönüştürme Süreci
SBE 6051 Deneysel Araşt. Projelerinin Hazırlanması
Değer.
SBE 6052 Biyomedikal İşletmeciliği
SBE 6053 Toplumsal Cinsiyet Eşitsizliği ve Kadına
Yön.Aile İçi Şiddet
SBE 6054 Sağlık Alanında Bilgiye Ulaşma ve Kan. Dayalı
Tıp
SBE 6056 Sağlık Bilimlerinde Etik II
SBE 6057 Bilgisayar Uygulamalı İstatistik
SBE 6058 Bilimde Yaratıcılık, Buluşçuluk ve Girişimcilik
SBE 6060 Sağlıkta Araştırma Tek. ve İleri Analiz
Yöntemleri
2. ve 3. GRUP DERSLERİ
TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS
MİK 6036 İnfeksiyon ve Patogenez
MİK 6037 Hücresel ve Moleküler İmmunoloji
MİK 6038 Antimikrobiyaller ve Direnç Mekanizmaları
MİK 6098 Uzmanlık Alanı
MİK 6199 Tez Çalışması
4. GRUP DERSLERİ
60
0
4
0
4
4
20
45
30
3
2
4
4
20
30
0
2
0
2
2
10
45
0
3
0
12
150
TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS
SBE 6059 Deney Hayvanları ve İleri Uygulama Yöntemleri
BİO 6052 Temel Laboratuar İlkeleri ve Yöntemleri II
BİO 6053 Temel Laboratuar İlkeleri ve Yöntemleri I
BİO 6056 Hastalıkların Moleküler Mekanizmaları
MOT 6018 Moleküler Patoloji
TBG 6061 Hücre Kültürü
TBG 6063 Hücresel Haberleşme ve Hücre Dışı Matris
TBG 6091 Moleküler Hücre Biyolojisi
TBG 6081 Prokaryot ve Ökaryotlarda Gen Ekspresyonu
Regül.
TBG 6069 Nükleik Asit İnceleme Yöntemleri
NOT 1
15
15
0
0
1
1
0
0
1
1
1
1
3
2
15
30
0
0
1
2
0
0
1
2
1
2
1
5
30
15
0
30
2
1
0
2
2
2
2
2
3
3
15
0
1
0
1
1
3
15
15
15
45
0
30
0
0
1
1
1
3
0
2
0
0
1
2
1
3
1
1Yarıyıl
1
3
4
5
3
4
15
15
15
30
30
30
30
60
15
30
30
30
30
30
60
0
0
0
1
1
1
2
2
2
2
4
1
2
2
2
2
2
4
0
0
0
2
2
2
3
3
4
2
4
1
2
2
2
3
3
1Yarıyıl
2
1Yarıyıl
1Yarıyıl
7
10
10
15
9
15
10
12
5
15
30
1
2
2
3
10
Öğrenci her dönem 30 AKTS almalıdır. Doktora eğitimi süresince toplam 90 AKTS (üç yarıyıl ) ağırlıklı
olarak ders ve 150 AKTS tez çalışması olmak üzere toplam 240 AKTS kredisini tamamlamalıdır
NOT 2
Ders alma süresi içinde 1.grup derslerden en az 4 kredi alınması gerekmektedir.
NOT 3
Öğrencinin, doktora eğitimi süresince bilimsel etkinliklerden aldığı 15 puan, 1 kredi olarak seçmeli ders
kredisine sayılır.
NOT 4
Öğrenci “Yoğunlaştırılmış Ortak Seçimlik Dersler” den kredili veya seçmeli olarak alabilir.
NOT 5
Öğrenci, derslerine ek olarak danışmanının onayı ile Enstitünün ya da başka akademik kurumların
programlarından ders seçebilir.
NOT 6
Uzmanlık Alanı dersi yarıyıl ve yaz tatillerinde de verilecektir.
TKS: Toplam Kuramsal Saat, TUS: Toplam Uygulama Saati, HKS: Haftalık Kuramsal Saat, HUS: Haftalık
Uygulama Saati, TK: Toplam Kredi
MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI
MİKROBİYOLOJİ YÜKSEK LİSANS PROGRAMI DERS İÇERİKLERİ
MİK 5004 TEMEL MİKOLOJİ (2–2–3 ) 3 AKTS
Mikolojiye giriş, fungusların sınıflandırılması, fungus hücresinin ince yapısı, klinik örneklerin alımı, transportu
ve işlemlenmesi, örneklerin direkt mikroskobik incelenmesi, fungusların üretilmesi ve kullanılan besiyerleri,
fungusların kültürden identifikasyonu, funguslarda kültür dışı tanı yöntemleri, fungusların vücuttaki tutulum
bölgelerine göre gruplandırılması, antifungal duyarlık yöntemleri, antifungal etkenler ve etki mekanizması,
mikotoksinler ve yaptıkları infeksiyonlar, fungusların virülans faktörleri, fungal immunite (konak yanıtı).
MİK 5009 MİKROBİYOLOJİDE BİYOGÜVENLİK İLKELERİ VE UYGULAMALARI (1-2-2) 2 AKTS
Laboratuvar kaynaklı enfeksiyonlar tanım ve önemi, Biyogüvenlik tanımı prensipleri ( Biyolojik ajanların risk
ölçütleri, Biyogüvenlik düzeyleri), Güvenli laboratuvar çalışma yöntemleri ve uygulamaları, İkincil mekanik
koruyucu sistemler (Biyolojik güvenlik kabin seçimi, kullanma), Kişisel korunma araçları (ne nerede, ne zaman),
Kan kaynaklı patojenlere karşı kontrol ( riskler, evrensel korunma ilkeleri, güvenli çalışma kuralları, kaza sonrası
tedavi ve takip), Dekontaminasyon ve dezenfeksiyon prensipleri ve uygulamaları, Tıbbi atıkların işlenmesi ve
yok edilmesi, Kimyasallarla çalışma ilkeleri ( sınıflandırma, atılma ve MSDS kullanımı), Kimyasalların
depolanması ve uzaklaştırılması, Çevresel düzenin sağlanması 5S uygulaması, Acil durum uygulamaları,
Laboratuvar ortamının risk değerlendirilmesi, Laboratuvar güvenlik denetimi, Olgu sunumları ve değerlendirme
MİK 5010 TEMEL İMMÜNOLOJİ (3–0–3) 3 AKTS
İmmünolojiye giriş, tarihsel gelişim, vücudun savunma mekanizmaları, immun yanıtta rol alan hücre ve
sistemler, antijenler, doku uygunluk antijenleri, antikorlar, hücreler arası ilişki mediyatörleri, kompleman
sistemi, antijen reseptör molekülleri, antijenin tanınması, aşırı duyarlılıklar, otoimmunite, immun tölerans ve
immun yanıtsızlık, tümör ve transplantasyon immunolojisinin temelleri, immünizasyon, aşı ve serumlar.
MİK 5011 KLİNİK MİKROBİYOLOJİ LABORATUAR UYGULAMALARI I (2-2-3) 6 AKTS
Bakteriyoloji laboratuar Uygulamalarına Giriş , Klinik Bakteriyoloji Laboratuvarında uyulması gereken
Biyogüvenlik kuralları ve uygulanması (biyolojik, kimyasal, diğer etmenlerden korunma prensipleri),
Bakteriyoloji Laboratuvarında kullanılan temel uygulamalar I, Gram Boyama ve bakteri morfolojisi, besiyerleri
ve kullanım amaçları, ekim teknikleri ve yorumlanması, inkübasyon koşulları, hemoliz ve değerlendirilmesi,
Bakteriyoloji Laboratuvarında kullanılan temel uygulamalar II, oksidaz ve katalaz testleri, yarı otomatik bakteri
tanımlama testleri (ör. API tanımlama kiti) , temel agglütinasyon testleri ve moleküler testler, bakterilerin
stoklanması, LIS genel tanıtımı, Enfeksiyon kontrolü ve kritik değerler (bakteriyoloji), Kalite kontrolü ve
bakteriyoloji laboratuvarındaki uygulamaları, (stok kültürler, besiyerleri, su, ayraçlar, boyalar, antiserumlar,
cihazlar, personel, uygulama rehberleri, kayıtların tutulması ve raporlama, yetkinlik değerlendirilmesi),
Laboratuvar testlerinin değerlendirilmesi ( duyarlılık ve özgüllük, PPV, NPV), Kalite güvencesi, Özel
bakteriyoloji Uygulamaları: Gram pozitif bakteriler, (Staphylococcus ve ilişkili bakteriler ile ilgili tanımlayıcı
testler (katalaz, koagülaz, novobiyosin duyarlılığı, 16S rRNA/mec/nuc multipleks PZR); Streptococcus ve ilişkili
mikroorganizmalar (Enterococcus, NVS (Abiotrophia, Granulicatella)) (hemoliz, B-SXT duyarlılığı, CAMP
testi, hipürat hidrolizi, safra-eskülin testi, %6.5 NaCl ortamda üreme, pnömokokların identifikasyonu (optokin
duyarlılığı, safrada erime testi), API 20 Strep ve kullanımı, satellitizm, Gram pozitif basiller (Bacillus (boyanma,
spor yerleşimi, spor boyası, B.anthracis tanımlaması için kullanılan testler), Corynebacterium türleri (API
Coryne); Listeria monocytogenes (kültür, tanımlama, ayırıcı tanı (grup B streptokok ve Corynebacterium spp));
Aerop Actinomycetales (Nocardia spp ve Streptomyces: modifiye ARB boyama yöntemi ve değerlendirmesi,
Gram negatif koklar (Neisseria ve Moraxella), Gram negatif basiller II : Enterobacteriaceae (laboratuarda en sık
karşılaşılan enterik basiller E.coli, Klebsiella pneumoniae spp, Proteeae, Enterobacter, hastane
enfeksiyonlarında önemli diğer türler (Serratia, Citrobacter); Shigella, Salmonellae; üretilmeleri, kullanılan
besiyerleri ve özellikleri (kanlı, EMB, MacConkey, SS, diğer enterik besiyerleri, zenginleştirme kültürleri);
tanımlama testleri (TSI ve reaksiyonları, H2S ve gaz oluşumu, sitrat kullanımı, Metil kırmızısı testi, üreaz testi,
hareket değerlendirmesi); dışkıda Salmonella ve Shigella tanımlanması; ticari sistemler, diğer testler, Gram
negatif basiller III: nonfermentatif bakteriler
Nonfermentatif bakterilerin genel özellikleri (oksidaz testi, TSI reaksiyonları), Pseudomonas aeruginosa ve
diğer Pseudomonas spp; Acinetobacter baumannii, Stenotrophomonas maltophilia ve tanımlanmaları, ticari
sistemler (ör. API 20NE), Vibrio spp , Campylobacter (gram boyanma ve morfoloji, katalaz, oksidaz testleri,
üreme özellikleri, TCBS ve CCDA besiyerleri, Campylobacter için kullanılan diğer seçici besiyerleri, hippürat
hidrolizi ) ve Helicobacter Diğer Gram negatif basiller (Brucella, HACEK,Legionella, Haemophilus)
-Antibiyotik Duyarlılık testleri (disk difüzyon, dilüsyon testleri, E Test, özel testler (beta-laktamaz testleri
(nitrosefin testi, ESBL testleri), mikroorganizmalara spesifik duyarlılık testleri (stafilokoklar, b-hemolitik
streptokoklar, enterokoklar, pnömokok, Listeria, Enterobacteriaceae, Pseudomonas ve Acinetobacter,
S.maltophilia, Burkholderia), Anaerop bakteriler ve üretilmeleri, temel tanımlama testleri (4 saat), Klinik
Bakteriyoloji Uygulamaları I: Örneklerin kültürlerinin yapılması (genel bilgiler, örnek alınması ve transportu,
örnek kabulü ve reddi, ilk işlemleme, örneklerin saklanması, besiyerleri, ekimi, inkübasyon ve inceleme, koloni
morfolojisi, gram ile boyalı preparatların hazırlanması ve incelenmesi), Klinik Bakteriyoloji Uygulamaları II:
Kan kültürleri (kan kültür sistemleri, üreme, pasaj ve boyalı bakı, doğrudan antibiyogram, özel kültürler) ve BOS
kültürü (sitosantrifügasyon ile preparat hazırlama değerlendirme, şant kültürleri, önemli bakteriler ve
tanımlanmaları), Klinik Bakteriyoloji uygulamaları III: Gastrointesitinal sistem ve idrar yolu enfeksiyonları:
dışkı ve idrar kültürleri (direkt bakı, sık üreyen etkenler, ilişkili testler, Salmonella, Shigella, Campylobacter
tanımlaması), Klinik Bakteriyoloji Uygulamaları IV: Solunum Sistemi ile ilişkili örnekler (Balgam kültürü,
solunum sekresyonlarının kantitatif kültürü, değerlendirme, sık üreyen etkenler), Klinik Bakteriyoloji
Laboratuvar Uygulamaları V: Deri ve yumuşak doku kültürleri (apse ve yara kültürleri dahil); Diğer kültürler:
genital sürüntüler, göz örnekleri, iv kateterler; steril vücut sıvıları (eklem sıvısı, periton, plevra) ile ilişkili
kültürler ve değerlendirilmeleri, Klinik Bakteriyoloji Laboratuvar Uygulamaları VI: Antibiyotik duyarlılık
testleri ve değerlendirilmeleri
MİK 5013 TEMEL BAKTERİYOLOJİ (2–2–3) 4 AKTS
Bakterilerin sınıflandırılması, bakterilerin büyüklükleri ve görünümlerinin incelenmesi, bakterilerin yapısı, özel
bakteriler, bakterilerin beslenmesi, bakterileri etkileyen çevre etmenleri, bakterilerin üretilmeleri, bakteri
metabolizması ve enzimleri, mikroorganizma genetiği, mikroorganizmalarda görülen değişiklikler, sterilizasyon,
dezenfeksiyon ve antisepsi, antibakteriyel maddeler, konak-bakteri ilişkileri, floralar, mikroplara karşı organizma
direnci.
MİK 5018 TEMEL VİROLOJİ (2–2–3) 4 AKTS
Virusların yapısal özellikleri, virus tanımı ve tarihçe, kapsid moleküler yapısı ve organizasyonu, zarf
proteinlerinin özellikleri, viral nükleik asit tipleri, virus yapılarını inceleme teknikleri (elektron mikroskopi, xray crystallography), viroid, virusoid ve prionlar. virusların sınıflandırılması ve replikasyon stratejileri,
terminoloji (aile, cins, tür kavramları, virusların kökenine ilişkin kuramlar, viral replikasyon döngüsünün
basamakları, baltimore sınıflandırmasına göre viral replikasyon stratejileri, bir model olarak litik ve lizojenik faj
infeksiyonları, üreme eğrisi ve virus titrasyonu. Virus genetiği, viruslarda genomik evrim ve virus süperaileleri,
viral mutasyon tipleri (HIV modeli üzerinden), viruslar arasında genetik ve non-genetik etkileşimler. Viral
patogenez, virusların bulaş yolları ve yayılım mekanizmaları, primer-sekonder replikasyon ve doku tropizmi,
viruslara karşı immun yanıt, viral infeksiyonlarda hücresel zedelenme mekanizmaları, viral perzistans
mekanizmaları, viral transformasyon (DNA ve RNA tümör viruları). Viral infeksiyonlarda tanı yöntemleri, hücre
kültürleri, serolojik tanı, viral nükleik asitlerin ve antijenlerin belirlenmesi. Virus infeksiyonlarından korunma ve
tedavi, viral aşılar, antiviraller (HIV modeli üzerinden), antivirallere direnç (HIV modeli üzerinden), viral
vektörler ve gen tedavisi, retroviral vektörler, adenoviral vektörler ve diğerleri.
MİK 5020 KLİNİK MİKROBİYOLOJİ LABORATUVAR UYGULAMALARI II (2-2-3) 5 AKTS
Mikolojik örneklerde direkt bakı amacıyla kullanılan malzemelerin/boyaların hazırlanması, prensipleriyle
uygulanması; Örneklerden primer izolasyon için kullanılan mikolojik besiyerlerinin hazırlanması, Örneklerden
direkt bakı hazırlanması ve besiyerlerine ekilmesi; Kültür plaklarının değerlendirilmesi; Üreyen fungusların ileri
identifikasyon işlemlerinin yapılması I (Laktafonel pamuk mavisi boyasının ve preparatının hazırlanması, maya
ve küfler için lam kültürü yapılması), Üreyen fungusların ileri identifikasyon işlemlerinin yapılması II (Lam
kültürü sonuçlarının değerlendirilmesi, Candida (özellikle C. albicans, C. tropicalis, C. glabrata, C. parapsilosis,
C. lusitaniae, C. krusei, C. kefyr) türü mantarların lam kültürü sonuçlarına göre tanımlanması, Candida dışı
maya türlerinin ( Trichospsoron spp, Geotrichum candidum, Blastoschyzomyces capitatus, Cryptococcus
neoformans, Rhodotorula spp) lam kültürü sonuçlarına göre tanımlanması, Cyrptococcus neoformans’ın
tanımlanması Mayaların kromojenik besiyerlerindeki görünümlerinin değerlendirilmesi (Candida (özellikle C.
albicans, C. tropicalis, C. glabrata, C. parapsilosis, C. lusitaniae, C. krusei, C. kefyr) türü mantarların ve
Candida dışı maya mantar türlerinin ( Trichospsoron spp, Geotrichum candidum, Blastoschyzomyces capitatus,
Cryptococcus neoformans, Rhodotorula spp) kromojenik besiyerlerindeki görünümlerine göre tanımlanması,
Zygomycetes (Absidia app, Mucor spp, Rhizopus spp) grubu küf mantarlarının lam kültürü sonuçlarına göre
tanımlanması; Aspergillus türlerinin lam kültürü sonuçlarına göre tanımlanması; Dermatofitlerin (Trichophyton
spp, Microsporum spp, Epidermophyton floccosum) lam kültürü sonuçlarına göre tanımlanması, Üreaz testi , ısı
testi, kıl delme deneyi, Örneklerde polimeraz zincir tepkimesi ile etken mantar nükleik asidinin aranması;
Üretilen küf ve maya mantarlarının stoklanması ve stoktan üretilmesi uygulaması; Antifungal duyarlılık testi
uygulaması ve sonuçlarının değerlendirilmesi, Serolojik test yöntemlerinin prensipleri, uygulanması ve
sonuçların değerlendirilmesi:Viral enfeksiyonların tanısında kullanılan yöntemler *Hücre kültürü,
Mikroorganizma saplanmasında kullanılan immuno kimyasal yöntemlerin prensipleri: Brucella spp.ve
Salmonella spp.tanısında kullanılan aglütinasyon testlerinin uygulanması ve sonuçlarının değerlendirilmesi.
Treponema pallidum tanısında kullanılan hemaglütinasyon testinin uygulanması ve sonuçlarının
değerlendirilmesi.
* ELISA testleri; Viral Hepatit, Rubella ve CMV viruslarının tanısında kullanılan ELISA yöntemlerinin
uygulanması ve değerlendirilmesi
*İndirekt immunfloresan antikor testleri; EBV, Chlamydia infeksiyonlarının tanısında kullanılan
immunfloresan testlerinin prensipleri ve değerlendirilmesi Mikroorganizma saplanmasında kullanılan immuno
kimyasal yöntemlerin prensipleri:
*Moleküler tanı testleri; Hanta viruslarının tanısında kullanılan nükleik asit tabanlı testlerin prensipleri, SLE,
RA, otoimmun karaciğer hastalıkları, Çölyak gibi otoimmun hastalıkların tanısında otoantikorların rolü ve
önemi, Romatik hastalıkların tanısında otoantikorların rolü ve önemi, Anti-CCP, anti-Kardiolipin, anti Gliadin,
ANA, AMA, ASMA LKM; ANCA, dsDNA gibi otoantikorların saptanmasında kullanılan test yöntemlerinden
ELISA ve İmmunfloresan test yöntemlerinin prensipleri, uygulanması ve sonuçların değerlendirilmesi I, AntiCCP, anti-Kardiolipin, anti Gliadin, ANA, AMA, ASMA LKM; ANCA, dsDNA gibi otoantikorların
saptanmasında kullanılan test yöntemlerinden ELISA ve İmmunfloresan test yöntemlerinin prensipleri,
uygulanması ve sonuçların değerlendirilmesi II, Spesifik bazı otoantikorların (Sm, SS-A,SS-B, Scl-70, Jo-1,
vb.) saptanması amaçlı kullanılan immunblot yöntemlerin prensipleri ve değerlendirilmesi.
MİK 5022 TEMEL PARAZİTOLOJİ (2–2–3) 3 AKTS
Parazitolojiye giriş, parazitozların medikal önemi, parazit – konak ilişkileri, evrim – konak, parazitlik çeşitleri,
parazitlerin canlılar dizgesindeki yeri, protozoonların yapısı ve genel özellikleri, helmintlerin yapısı ve genel
özellikleri, artropodlarda yapı ve genel özellikler, parazitozların epidemiyolojisi, parazitlerin patolojisi, immunopatoloji yolu ile zarar, konakların parazitlere karşı tepkileri, immuno-parazitoloji, parazitozların tanısı,
parazitozların iyiletimi.
MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI
MİKROBİYOLOJİ DOKTORA PROGRAMI DERS İÇERİKLERİ
MİK 6036 İNFEKSİYON VE PATOGENEZ (4-0-4) 20 AKTS
Bakteriyel infeksiyonlar ile ilgili temel kavramlar.Bakteriyel infeksiyonların ülkemiz ve dünyada toplum sağlığı
açısından önemi.Kolonizasyon-infeksiyon-hastalık kavramları.Koch kuralları ve moleküler düzeydeki
yorumu.Virulans kavramı.Virulans faktörlerinin saptanması(klonlama,transpozon mutagenez deneyleri,in vivo
eksprese edilen genlerin saptanması); virulans ve infektivitenin ölçümü(hayvan modelleri,hücre
kültürleri,vb).Moleküler tanımlama yöntemleri ve bakteriyel infeksiyon saptanmasındaki yeri.İnfeksiyonlara
karşı savunma mekanizmaları.Doğal bariyerler ve doğal bağışık yanıtlar.Antikorlar ve sitotoksik T
lenfositler.Bkateriyel
virulans
faktörleri
I.Bağışıklık
sisteminden
kaçışı
sağlayan
virulans
faktörleri.Toksinler(ekzotoksinler yapıları,endotoksin);ekzotoksin hastalıkları.Bakteriyel sekresyon sistemleri ve
önemi.Değişik modellerde bakteriyel hastalıkların patogenezi ve bunlara karşı bağışık yanıt.Minimal zede ile
giden ekzotoksin hastalıkları(Model:kolera ve vibrio cholerae).Yangı ve yangıya bağlı zedenin uyarımı(
Modeller:Pnömokoksik pnömoni ve Streptococcus pneumoniae); kadın ve erkek hastalarda gonorenin farklı
seyir özellikleri ve Neisseria gonorrhoeae).Bağışık yanıt ölümcül olabilir(Modeller:süperantijen /toksik şok ve
Staphylococcus aureus; Septik şok ve patogenezi).Bağışıklık sisteminin hücrelerini ele geçirip kötüye kullanan
etkenler( Model:Listeria monocytogenes).Hücresel bağışık yanıt “İki ucu keskin bir kılıç” mı? (Model:
Tüberküloz ve Mycobacterium tuberculosis).Çok yönlü bir patojen:Helicobacter pylori.Önemli bir
patojen:Clostridium difficile.Fungal virulans faktörleri.Fungal infeksiyonlarda immunite.Fırsatçı mantar
infeksiyonlarında(Candida,Aspergillus ve Cryptococcus inf) patogenez.Klasik sistemik mantar infeksiyonlarında
patogenez.Virus-hücre etkileşimi:replikasyon döngüsü.Viral infeksiyonlara konakçı yanıtı.Virularda perzistans
ve latensi mekanizmaları.Viral onkogenez.
MİK 6037 HÜCRESEL VE MOLEKÜLER İMMUNOLOJİ (3-2-4) 20 AKTS
Bağışıklık sisteminin temel elemanları.Bağışıklığın hücresel temelleri ve düzenlenmesi.Antijen tanıma yapıları
ve sinyal ileti yolarında yer alan moleküllerin biyokimyasal ve moleküler biyolojik özellikleri.Antikorların
yapı/işlev ilişkisi ve genetik düzenlemeler.Lenfosit farklılaşması ve aktivasyonu.Bağışık yanıtların
düzenlenmesi.Sinyal iletisi ve apopitoz.Doğal bağışık yanıtlar ve inflamasyon.Mikroorganizmalara karşı bağışık
yanıt(bakteriyel ve viral hastalıkların immünolojisi; mikroorganizmalara karşı bağışık yanıtların
immünopatolojik etkileri).Aşılar ve aşılara karşı bağışık yanıtın genetik temelleri.Tolerans kavramı ve
Otoimmünite.Transplantasyon immünolojisi;bağışıklık sisteminin baskılanması ve tolerans geliştirilmesi için
halen kullanılan ve deneysel yöntemler.Tümör immünolojisi ve immünoterapi kavramı.Temel immünolojik
teknikler.İmmünolojide özel konular:İnflamasyon-ateroskleroz-kollesterol metabolizması ilişkisi.Yaşamın uç
noktalarında bağışıklık sistemi(yenidoğanlar ve ileri yaşlarda bağışıklık sistemi;yaşlanmanın bağışıklık sistemine
etkisi).Bağışıklığın genetik özellikleri ve hastalıklara eğilim.Elektif:lenfosit farklılaşması/aktivasyonu.
MİK 6038 ANTİMİKROBİYALLER VE DİRENÇ MEKANİZMALARI (2-0-2) 10 AKTS
Antibakteriyellerin gruplandırılması ve etki mekanizmaları I.Antibakteriyellerin etki mekanizmaları II: yeni
antibakteriyel
ajanlar.Antiiyotiklerin
etkilerinin
değerlendirilmesi
in
vitro
ve
in
vivo
parametreler:Farmakodinamik ve farmakokinetik prensipler.Beta-laktam antibiyotikler ve beta-laktam
antibiyotiklere moleküler direnç mekanizmaları.Gram pozitif bakterilerde beta-laktam direncinin moleküler
mekanizmaları:Penisiline duyarlı olmayan pnömokoklar. Gram pozitif bakterilerde beta-laktam direncinin
moleküler mekanizmaları:Metisiline dirençli Staphylococcus aureus.Gram negatif bakterilerdeki direnç
mekanizmaları ve beta-laktamazlar (moleküler özelikleri,tanımlanmaları,ülkemizdeki durum).Glikopeptidlere
moleküler direnç mekanizmaları( VRE, VISA ve VRSA ).Protein sentez inhibitörleri.Aminoglikozidlere karşı
moleküler direnç mekanizmaları( aminoglikozid modifiye eden enzimler).Makrolid,linkozamid ve streptogramin
B direnci.Tetrasiklin ve kloramfenikol direncinin moleküler mekanizmaları.Kinolon grubu antibiyotikler ve
direncin moleküler temelleri.Folat sentez inhibitörleri ve moleküler direnç mekanizmaları.Direnç saptanmasında
ve dirençli bakterilerin izleminde kullanılan moleküler yöntemler.Antibiyotik kullanımı ve direnç
ilişkisi.Antifungal ilaçların etki mekanizmaları.Polyen antibiyotiklere direnç mekanizmaları.Azollere direnç
mekanizmaları.Diğer
antifungallere
direnç.Antifungal
duyarlılık
testleri
yorumu
ve
klinik
korelasyonu.Antitüberküloz
ajanlar
ve
etki
mekanizmaları.Antitüberküloz
ilaç
direnci
ve
mekanizmaları.Tüberkülozda ilaç duyarlılık testleri.Antivirallerin etki mekanizmaları.Antivirallere direnç
mekanizmaları.