Peptidlerin Formalin İle Fikse Edilmiş Parafine

Peptidlerin Formalin İle Fikse Edilmiş Parafine Gömülü Dokularda Yüksek
Çözünürlüklü Fourier İyonsiklotron Rezonans Kütle Spektrometresi (FT-ICR)
Görüntüleme Tekniği ile Analizi
Yasemin Furtun1, Karin Gorzolka2, Axel Walch2 , Aysel Özpınar1
1
2
Acıbadem Universitesi, Tıbbi Biyokimya Anabilim Dalı, Analitik Patoloji Araştırma Birimi, Helmholtz
Araştırma Enstitüsü Münih;
Giriş: Proteomik çalışmalar için önemli bir kaynak olan formaline fikse parafine gömülü arşiv
dokuları, hasta bilgisini göz önünde bulundurarak retrospektif çalışmalara imkan tanımakta
ve MALDI-Görüntüleme tekniği sayesinde çeşitli moleküler türlerin lokalizasyonu histoloji ile
ilişkilendirilmektedir. Çalışmamızda, formaline fikse edilmiş fare beyin dokusu ve tümör
dokularında peptid analizi yüksek çözünürlüklü FT-ICR kütle spektrometresi kullanılarak
yapılmıştır. Bu yöntemdeki yüksek duyarlılık peptidlerin tespit edilmesine, yüksek çözünürlük
ve kütle doğruluğu ise peptidlerin güvenilir bir şekilde tanımlanmasına olanak sağlamaktadır.
Yöntem: Formalin fiksasyonu proteinler arasında çapraz bağ oluşturmakta ve MALDIGörüntüleme ile peptid tayinini engellemektedir. Dolayısıyla, bütün örneklere farklı antijen
geri kazanım prosedürleri uygulanmıştır. Proteolitik enzimler kullanılarak proteinler
peptidlere parçalanmış ve matris uygulaması gerçekleştirilmiştir. MALDI-Görüntüleme
yöntemi ile peptidlerin analizi FT-ICR kütle spektrometresi (SolariX, Bruker Daltonics)
kullanılarak yapılmıştır. Örnekler, hematoksilin ve eosin (H&E) boyası ile boyanmış ve kütle
spektrometresi verileri ile histolojik özellikleri ilişkilendirilmiştir. Sonuçların
değerlendirilmesinde, peptid lokalizasyonu ve hiyerarşik sınıflandırma baz alınmıştır. Elde
edilen peptidlerin tanımlanmasında MASCOT PMF kullanılmış ve daha önceden tanımlanan
ve hesaplanan peptidler ile ppm uyumsuzlukları hesaplanmıştır.
Sonuçlar: Kütle spektrumunda 1000’e yakın monoizotopik peptid belirlenmiştir. Belirlenen
peptidlerin birçoğu, hiyerarşik sınıflandırma sonuçlarına göre histolojik özellikler ile
ilişkilendirilmiştir. Daha önceden tanımlanan ve hesaplanan peptidler baz alınarak, spektrada
belirlenen diğer peptidlerin doğruluğu 5ppm’den daha az bir sapma ile tespit edilmiştir. Bu
sayede, tespit edilen 70’den fazla peptidin doğruluğu için güvenilir bir altyapı sağlanmıştır.
FT-ICR kütle spektrometresi cihazı özellikle az bulunan peptidlerin lokalizasyonu ve güvenilir
tespiti için faydalıdır. Bu çalışma sayesinde, formaline fikse edilmiş parafine gömülü
dokularda MALDI-Görüntüleme yöntemi ile peptid analizi konusunda geniş bir bilgi
sağlanmakta ve daha geniş örneklem büyüklüğüne uygulanması ile biyobelirteç çalışmaları
yapılabilmektedir.

Download Report