Geneious R10新機能

Geneious R10新機能
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R10 主な追加機能
キメラフィルタリング機能の追加
構造変異の検出性能向上
クローニング機能の強化
MASKアライメントを搭載
– 特定の配列を除外してアライメントを⾏うことが可能となりました。Gapの％等で
⾃動範囲指定も可能です
その他：フォルダ名の検索機能、エイリアス等
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キメラフィルタリング機能について
UCHIME/USEARCH Chimera Filtering toolを導⼊
3200以上のCitations（Google Scholar：2016年８⽉現在
*USEARCHは別途インストールが必要です
アンプリコンシークエンス時のPCRキメラを除く際などに使⽤
*レファレンスシークエンスデータベースが必須となります
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キメラフィルタリング例
Example:
16S Amplicon
SRA Illumina
NGSデータを使
⽤
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キメラフィルタリング: Options
メニュー＞Sequence -> Remove Chimeric Reads
?のリンク先
で16S、
Fungal ITSリ
ファレンス
データベース
を確認可能
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キメラフィルタリング結果
134のchimera
が除かる
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構造変異の検出〜Mapper improvements
Structural Variant マッピング
Heterozygous sampleでのInsrtion探索が可能となりました
De Novoアセンブリ
Ion Torrent、454、PacBio CCS dataに関してより良い結果が得
られるようになりました
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構造変異の検出〜Mapper improvements
Map to Reference内の
Find structural variants にチェックを⼊れることで、
heterozygous NGS sampleからInsertion探索が⾏わ
れます
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構造変異の検出〜Mapper improvements
Find structural variants結果
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クローニング機能の強化〜Circular Overview
• General タブ内のチェックボックスで選択可能
• 環状ゲノム全体図の選択領域を拡⼤表⽰
• スクロール、選択、編集などが連動表⽰
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クローニング機能の強化〜Restriction Cloning
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制限酵素による切断サイトの表⽰がより便利に
Restriction Cloning
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Restriction Cloning
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Restriction Cloning
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MASKアライメント機能を搭載
Mask Alignment⽤のアノテーション“MASKED”が追加
Alignment masksは”Mask alignment tool”または
⼿作業で“Add annotation”より使⽤可能
系統樹作成時に “Masked regions”を除外可能に
Geneツリーなどの作成時、マスク部分を除外し作図が可能となります。
Gapを除外（Mask)して結果が得られるので、解析が効率的に！
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Unmaskedアライメント結果
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MASKアライメントの設定例
Mask alignment options
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MASKアライメントの実施後
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系統樹/Tree上のMASK機能
Tree Builder options:
•
Exclude masked sitesの設定が新規登場
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Mask機能を⽤いた系統樹/Tree結果
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その他追加機能〜Document Alias（ショートカット）
•
Aliasの作成：オリジナルのデータファイルを右クリック>Copy document
を選択
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その他追加機能〜Document Alias（ショートカット）
•
対象のディレクトリにて右クリック＞Paste Alias
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その他追加機能〜Document Alias（ショートカット）
データを右click＞Go to alias sourceオリジナルのデータへリ
ンク。同⼀データの複数回インポートが不要となります
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その他追加機能
〜Improved manual creation of Primers
•
File>New>Sequenceから配列を⼊⼒し、下部Binding
RegionでBinding Region（緑）を設定可能
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その他追加機能
〜Improved manual creation of Primers続き
•
“Binding Region”アノテーションを含む新しいプライマーが表⽰
されます
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その他追加機能〜Note機能
•
Geneious内にtxtファイルをインポート、新規作成、編集管理
可能となりました
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その他追加機能： Lineageタブによるデータ作成履歴確認
データ作成の履歴、由来を表⽰するLineage が独⽴したタブとなりました
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その他追加機能：フォルダ名の検索機能
Search Folder names
• Sourcesパネルの検索窓から、⾃データのフォルダ名を検索可能に。
ローカルデータベース、shared databasesなどの検索も可能です
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Geneious カスタマーサポート窓⼝
トミーデジタルバイオロジー株式会社
TEL: 03-5834-0810
E-mail: [email protected]
サポート担当: ⽥中・⾼⽊
対応時間帯: 平⽇9:00〜17:30
※可能な限り, Geneiousがご利⽤できる環境でご連絡ください。
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