SEQUENCHER™ V5.1 の特長

SEQUENCHER™ V5.1 の特長
株式会社日立ソリューションズ
SEQUENCER V5.1 で新規に追加された機能や改善された機能について、以下にご紹介いたします。追加項
目および改善項目は、項番 14、16、27、28、32、33、34 を除き、Windows 版、Macintosh 版共に同様の内容と
なっております。
新たな進化を遂げた Sequencher V5.1 についてご紹介いたします。
<V5.1 新規追加機能＞
１．アセンブリモードの選択
プロジェクトウィンドウに新たにドロップダウンメニューが追加され、アセンブリモードを「Standard」「Assembly by
Name」「Multiplex ID」の３つから選択可能になりました。
２． MUSCLE アルゴリズムを追加
アライメントアルゴリズムとして、これまでの Clustal に加え、MUSCLE を選択できるようになりました。
３． De Novo アセンブラとして Velvet を追加
次世代シーケンサーから出力されたリードシーケンスのアセンブラとして、Velvet が追加されました。これにより、
リファレンス配列を準備することなく、Single-end、Paired-end データをアセンブルすることができます。
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3.1. Velvet は velveth、velvetg の 2 つのプログラムから構成されており、設定画面でそれぞれのパラメーターを
設定可能です。
3.2. Velvetg については、より詳細なパラメーターを設定可能です。
3.3. Multiplex 解析されたリードを、Velvet を使ってアセンブル可能です。
3.4. Paired-end の Multiplex 解析リードを、Velvet を使ってアセンブル可能です。
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４． GSNAP による Multiplex ID アライメント
GSNAP を利用した Multiplex アライメントが可能になりました。リファレンス配列を追加すること以外は、実行手
順は Velvet を用いる場合と同様です。
4.1. GSNAP では、Paired-end の Multiplex 解析リードもアライメント可能です。
５． Multiplex ID アライメント、アセンブル状況をダイアログで表示
Multiplex ID アライメントおよびアセンブルの進行状況を確認するためのダイアログが追加されました。解析済
みリードの割合や、失敗、キャンセルされたアライメント処理についての情報がリアルタイムで確認できます。
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６． CIGAR 文字列の処理機能の追加
GSNAP から出力された SAM ファイル内の CIGAR 文字列（ヘッダー部分に使用される特殊な形式の文字列）
を認識し、より詳細なアライメント結果を得られるようになりました。
７． GSNAP Insertion の閾値設定
SAM ファイルからコンセンサス配列を作成する際、Insertion を表示する depth の閾値を、オプションフィールド
で指定できるようになりました。下図の場合、リファレンスに対するコンティグの Depth が 10 以上の場合、コンセ
ンサス配列に Insertion が表示されます。
８． GSNAP のパラメーター設定を詳細化
GSNAP のパラメーターをより詳細に設定できるようになりました。パラメーターの追加、削除は、GUI 上で簡単
に行うことができます。
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９．入力ファイルフォーマットのチェック機能
異なるフォーマットの入力ファイルを使って解析を行おうとした場合（たとえば FastA ファイルと FastQ ファイル
の両方を使って Paired-end アライメントを行おうとした場合）、ユーザーへ警告する機能が追加されました。
１０．
Paired-end 解析の自動化
入力されたリードファイルの数に応じて、GSNAP アライメントまたは Velvet アセンブリに用いるファイルを自動
的に選択し、解析する機能が追加されました。
１１．
アミノ酸検索機能
Sequence Editor または Contig Editor で、アミノ酸の検索を行う機能が追加されました。
１２．
外部データブラウザの追加
新たに追加された外部データブラウザで、次世代シーケンサデータに含まれる結果ファイル、リファレンス配列、
ログファイルなどを閲覧可能になりました。外部データブラウザでは、表示したいデータの種類を、使用された
アルゴリズムをもとに選択することができます。また、任意のメモを残すことも可能です。
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１３．
詳細設定ファイルのバックアップ
Velvet や GSNAP の詳細設定ファイルのバックアップ作成機能が追加されました。もし、解析中に詳細設定ファ
イルが壊れてしまった場合、バックアップから設定を復元することができます。
１４．
新たな AppleScript コマンドの追加【Mac 版のみ】
新たに 3 種類の AppleScript コマンドが使用可能になりました。Mac 版でのみお試しいただけます。
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<V5.1 で改善された機能>
１５．
パフォーマンスの向上
ギャップ解析アルゴリズムの最適化を行うことにより、大きな配列の処理速度、およびコンセンサス配列の生成
速度が向上しました。
１６．
Lion & Mountain Lion での画像コピー【Mac 版のみ】
Mac OS 10.7 および 10.8 において、「Copy As > Picture」メニューでコピーされる画像の形式が、PICT 形式か
ら PDF 形式に変更されました。
１７．
Contig Editor での●表記の変更
Contig Editor において、コンティグの塩基がコンセンサス配列とマッチしない場合に●が表示されますが、そ
の表示ルールが以下のように変更されました。
１８．
Find Bases Again メニューの変更
「Select > Find Bases Again」メニューが「Select > Find Again」に名称変更されました。それに伴い、塩基だけで
なくアミノ酸の再検索も可能になりました。
１９．
ドングル使用時のパラレルキーの廃止
ドングルからライセンスを読み込む際、同時にパラレルキーという値を内部的にチェックしていましたが、この仕
組みを廃止しました。
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２０．
Fastq 拡張子の認識
ファイル選択ダイアログにおいて、「.fastq」という拡張子を認識可能になりました。
２１．
External Tools Installer のアップデート
External Tools Installer で最新版の Tablet、Velvet、MUSCLE がインストール可能になりました。
２２．
外部ツールの実行キャンセル
Maq、GSNAP、Clustal、MUSCLE、Velvet の実行をキャンセルしたとき、Gene Codes のホームフォルダに作ら
れた Run フォルダを自動的に削除します。
２３．
拡張 ASCII に対応
ファイル名やフォルダ名に、日本語などの拡張 ASCII 文字列が使われていた場合でも、正常にインポート、エ
クスポートができるようになりました。
２４．
Variance Table に関する修正（１）
Variance Table の再描画に関する不具合が修正されました。
２５．
Variance Table に関する修正（２）
Variance Table での Contiguous Coverage に関する不具合が修正されました。
２６．
保存済みプロジェクトの日時表記に関する修正
プロジェクトを最後に保存した状態に戻す際、確認ダイアログが表示されますが、このダイアログ内の最終保
存日時が誤表記されていた不具合を修正しました。
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２７．
ファイルパスの記憶【Mac 版のみ】
Mac OS X において、spf ファイルの読み込み、保存、名前を付けて保存、インポート時に、最近使ったファイル
パスがデフォルトで表示されるようになりました。
２８．
Sequencher アップデート時の動作【Mac 版のみ】
Mac において、古いバージョンの Sequencher がすでにインストールされている場合、Sequencher V5.1 をインス
トールする際にアプリケーション、チュートリアル、サンプルデータなどが自動的に置き換えられるようになりまし
た。
２９．
付属ファイルのデフォルト名について
モチーフ、Ambiguity sets などの付属ファイルを保存する際、デフォルトのファイル名、およびファイルタイプが
補完されるようになりました。
３０．
テンプレートファイル保存時のダイアログ
テンプレートファイルを保存する際、ダイアログにデフォルトで既定のテンプレートフォルダが表示されるように
なりました。また、既定のフォルダ以外にテンプレートファイルを保存しようとした場合、下記のエラーダイアログ
が表示されるようになりました。
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３１．
スペース（空白）を区切り文字に使った場合の挙動
フラグメント名にスペースを用い、区切り文字を指定するドロップダウンメニューで”-Space”を選択した場合、ド
ロップダウンメニューにアンダースコア（下線、「_」）として保存される不具合が修正されました。
３２．
Windows 用 External Tools Installer 【Windows 版のみ】
Windows 用の External Tools Installer がアップデートされました。
３３．
Mountain Lion での認証【Mac 版のみ】
Mac OS X 10.8 において、信頼性が確認されたソフトウェアとして認識されるようになりました。「セキュリティとプ
ライバシー」ウィンドウで「Mac App Store と確認済みの開発元からのアプリケーションを許可」を選択していた
場合でも、Sequencher を実行することが可能です。
３４．
Windows 8 対応【Windows 版のみ】
Sequencher V5.0 および V5.1 が、Windows 8 に対応しました。
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