Disponibilità tesi di laurea magistrale in Biologia Molecolare della Cellula (BMC) e in Biologia molecolare e bioinformatica (BMB) Gli studenti interessati sono invitati a fare domanda di ammissione presentando personalmente una copia cartacea della scheda in calce, debitamente compilata, alla Segreteria didattica dei CL magistrali in BMC (CDD in Scienze Biologiche) e BMB (CDD in Biotecnologie Industriali e ambientali) entro il 10 Febbraio 2014. Chi fosse interessato è invitato agli incontri collettivi con i docenti delle varie aree (vedi calendario) Calendario delle presentazioni degli argomenti di tesi Area Genetica molecolare e sviluppo, Microbiologia, Genomica responsabile Prof Petroni, incontro con gli studenti 27 Gennaio ore 10 aula G23 Area Fisiologica, responsabile Prof Barbuti, incontro 23 gennaio 14.30 aula B5 Area Patologica e Farmacologica Prof Cattaneo se interessati contattare direttamente la docente scrivendo a [email protected] Prof. Sacerdote: incontro 28 gennaio 2014, ore 14.30: Dipartimento di Farmacologia, via Vanvitelli, Aula Scienze Prof Dejana, sarà comunicato dalla Prof Dejana il giorno di presentazione delle offerte tesi presso IFOM (prima settimana di febbraio) Area Biologia Cellulare, molecolare e Bioinformatica responsabile Prof.ssa Guerrini; incontro 30 gennaio, ore 14,30, aula B2. Area Biochimica responsabile Prof Nardini; incontro con gli studenti 29 Gennaio 14.30 aula B7 Area Chimica – Fisica contattare direttamente i docenti Argomenti di tesi Area Genetica molecolare e sviluppo, Microbiologia, Genomica Persona di riferimento Prof Petroni Lucia Colombo Genetic and epigenetic control of seed quality and size (1 posto) Genetic network controlling organ formation in Arabidopsis (1 posto) Fabio Fornara Analisi molecolare di fattori di trascrizione coinvolti nella fioritura e nello sviluppo dell'infiorescenza di riso (1 posto) Messa a punto di un sistema di induzione alla fioritura in riso transgenico (1 posto) Simona Masiero Controllo della ramificazione in A. majus (1 posto) Regolazione genetico molecolare dello sviluppo del frutto in Arabidopsis (1 posto) Chiara Tonelli-Katia Petroni Studio del processo di morte cellulare programmata in Arabidopsis (1 posto) Ruolo della radiazione UV-B nell’accumulo di antocianine in mutanti di pomodoro (1 posto) Ruolo delle antocianine del mais rosso nella cardioprotezione (1 posto) Studio dei network genetici che regolano il differenziamento e l’attività delle cellule di guardia negli stomi di Arabidopsis (1 posto) Analisi molecolare del meccanismo di fioritura ABA-dipendente (1 posto) Katia Petroni-Eleonora Cominelli (presso IBBA CNR, Milano) Analisi funzionale di geni che controllano il contenuto nutrizionale e la risposta ormonale in fagiolo (1 posto da febbraio 2014) Martin Kater Studies to unravel the molecular mechanisms by which BPC transcription factors control developmental processes in Arabidopsis thaliana. (Genetics, protein interactions, epigenetics, gene expression studies, ChIP assays, phenotyping by optical and electron microscopy) (1 position) Paolo Pesaresi Studio del complesso proteico contenete SVP responsabile della determinazione del tempo di fioritura in Arabidopsis (1 posto) Studio del complesso pTAC responsabile della comunicazione cloroplasto-nucleo in Arabidopsis (1 posto) Gianni Dehò Sistema di trasporto di lipopolisaccaride (LPS) in E.coli e Pseudomonas (1 posto) Giovanni Bertoni Ruolo di piccoli RNA nella regolazione della virulenza di Pseudomonas aeruginosa (1 posto) Caratterizzazione strutturale e funzionale di nuove funzioni essenziali di Pseudomonas aeruginosa (1 posto) Graziella Messina Identificazione dei meccanismi che regolano il fattore di trascrizione Nfix durante la miogenesi prenatale (1 posto) Genome-wide ChiP-seq analysis del fattore di trascrizione Nfix nel muscolo scheletrico (1 posto) Monica Beltrame Fattori trascrizionali Sox nello sviluppo cardiovascolare ed ematopoietico in zebrafish (1 posto) Franco Cotelli Zebrafish come modello per lo studio di geni coinvolti nello sviluppo dei vertebrati e in patologie umane. (2 posti) Somitogenesi e differenziamento muscolare Sistema Nervoso e malattie neurodegenerative Sistema cardiovascolare, Ematopoiesi, Xenotrapianti e angiogenesi tumorale Roberto Mantovani Regolazione trascrizionale di NF-Y splicing isoforms in cellule staminali (1 posto) Daniela Ghisotti-Francesca Forti (1 posto tesi interna + 2 posti tesi esterna) Espressione genica in Mycobacterium tuberculosis: ruolo di sRNA regolativi Test molecolari per la diagnosi di tubercolosi multiresistente e estensivamente resistente su piattaforme in microfluidica: sviluppo e validazione (presso S. Raffaele) Ruolo degli sRNA nella risposta da stress indotta in M. tuberculosis dl trattamento antibiotico (presso S. Raffaele) Paolo Landini - Regolazione dell’espressione genica da molecole segnale in Escherichia coli - Espressione di strutture di superficie cellulare in batteri patogeni opportunist Federica Briani Meccanismi di regolazione post-trascrizionale in batteri Gram negativi Area Fisiologica. Persona di riferimento: Prof Andrea Barbuti Barbuti/Bucchi/Baruscotti/DiFrancesco Canalopatie dei canali pacemaker HCN: disturbi del tirmo cardiaco ed epilessia (1 posto da apr/mag 2014) Pacemaker biologico: utilizzo di cellule staminali adulte ed embrionali per la rigenerazione del nodo senoatriale (1 posto da Lug/sett 2014)) Maria Cristina Bonza, Maria Ida De Michelis, Claudio Olivari Studio della fosfo-regolazione della Ca-ATPasi della membrana plasmatica delle cellule vegetali (espressione in S. cerevisiae e analisi dell’attività catalitica; mutagenesi sito diretta; fosforilazione in vitro; saggi di interazione in “overlay” o “pull-down”, espressione transiente o stabile in pianta). 1 studente Maria Cristina Bonza e Alex Costa (in comune fra i due laboratori): Ruolo delle Ca-ATPasi vegetali nel “Calcium Signaling” con particolare riguardo all’omeostasi del calcio citosolico (isolamento ed impiego di mutanti knock out per le differenti isoforme di Ca-ATPasi e uso di sonde fluorescenti geneticamente codificate, analisi delle dinamiche del calcio mediante imaging molecolare) 1 studente Alex Costa e Anna Moroni (in comune fra i due laboratori): Studio dei recettori del glutammato in piante: ruolo fisiologico e proprietà molecolari (1 posto). Robert Jennings, Stefano Santabarbara (CNR) Studiare il trasferimento di energia di eccitazione fra il fotosistema II e il fotosistema I con tecniche di “fluorescenze risolta nel temp (picosecondi) Anna Moroni Biologia sintetica-Optogenetica: ideazione e realizzazione di proteine sintetiche attivate dalla luce da impiegare nello studio del sistema nervoso. (1 posto) espressione di canali ionici attivati dalla luce nella membrana dei fotorecettori per controllare la trasduzione del segnale visivo nei coni di zebrafish. Biologia strutturale: meccanismo di trasduzione del legame dell'AMPc al poro nei canali HCN (1 posto). Fisiologia molecolare: caratterizzazione di un sito di modulazione allosterica identificato sulla porzione citosolica C terminale (CNBD) dei canali HCN. Questa tesi riguarda la recente scoperta fatta dal nostro laboratorio di un sito di legame per i nucleotidi diclici (c-di-GMP, c-di-AMP, cGAMP) nei canali pacemaker HCN. Il lavoro sperimentale prevede studi di elettrofisiologia (patch clamp) sul canale pacemaker HCN4 wt e su diversi mutanti da realizzare mediante tecniche di biologia molecolare. Saranno effettuati studi coesprimendo il canale HCN4 in cellule HEK con un enzima che degrada i nucleotidi diciclici che può essere attivato/inattivato da brevi flash di luce blu. Fisiologia molecolare delle piante: l’effetto dei flavonoidi sulla regolazione del canale del potassio KAT1. Il nostro laboratorio ha identificato un nuovissimo ed inatteso aspetto della regolazione del canale degli stomi KAT1, la sua regolazione da parte di una vasta famiglia di prodotti del metabolismo secondario delle piante, i flavonoidi. Piero Morandini – Irene Murgia Clonaggio e trasformazione di geni per il miglioramento della coltura da biomassa Arundo donax Analisi della " transgenerational stress memory", in piante esposte a stress nutrizionali Ruolo degli enzimi prolil-idrossilasi in Arabidopsis thaliana esposta a stress nutrizionali Patologica e Farmacologica Elena Cattaneo e Chiara Zuccato Studio dei meccanismi patogenetici alla base della Malattia di Huntington Cellule staminali embrionali e cellule pluripotenti indotte: protocolli di differenziamento verso il lineage neuronale e trapianto in modelli di malattie neurodegenerative Paola Sacerdote Fisiopatologia del dolore, aspetti clinici e ricerca di base: Studio dei meccanismi alla base dell’insorgenza, mantenimento e risoluzione del dolore infiammatorio cronico e del dolore neuropatico. Studio dei processi di neuro infiammazione nel sistema nervoso, con focus sull’ equilibrio delle citochine pro ed antinfiammatorie Cellule staminali e micro vescicole nel dolore: La somministrazione di cellule staminali, per le loro proprietà intrinseche, rappresenta un importante strumento per modulare l’attività di cellule residenti e quindi anche la neurotrasmissione del dolore. Queste cellule, si comportano infatti sia come diretti trasportatori di fattori trofici, immunomodulatori e omeostatici, sia come fonte di micro vescicole che sono state dimostrate in-vivo e in-vitro vicariare gli effetti delle staminali stesse. Lo studio delle cellule staminali e delle micro vescicole nella terapia del dolore, apre anche al loro impiego terapeutico in campi che non siano strettamente legati alla rigenerazione tissutale. Interazioni tra farmaci psicoattivi, sostanze d’abuso e sistema immunitario: ricerca di base e clinica Dejana: presentazione offerte di tesi IFOM a febbraio Area Biologia Cellulare, molecolare e Bioinformatica Persona di riferimento Prof Guerrini Daniela Besozzi (Dipartimento di Informatica) Approcci di Systems Biology (modellazione, analisi computazionale e confronto con misure sperimentali) per lo studio dei meccanismi molecolari coinvolti nell’omeostasi del calcio in lievito. Luisa Guerrini Studio del ruolo del fattore trascrizionale p63 nello sviluppo embrionale Studio dei meccanismi d’azione della talidomide nello sviluppo embrionale e nella terapia tumorale Marco Muzi Falconi - Federico Lazzaro - Paolo Plevani Controllo dell’integrità genomica e patologie umane. Regolazione della polarizzazione e della divisione cellulare negli eucarioti. Prof. Laura Popolo Espressione di proteine di interesse biotecnologico Graziella Cappelletti Studio dell'interazione tra proteine citoscheletriche e proteine mutate correlate all'insorgenza del Morbo di Parkinson mediante saggi in vitro, in cellule neuronali in coltura e in vivo. Giuseppina Caretti Studio del ruolo dell'istonmetilasi SMYD3 nella proliferazione cellulare. Isabella Dalle Donne – Aldo Milzani – Graziano Colombo Aspetti cellulari e molecolari dei danni ossidativi indotti da fumo di sigaretta e da nanoparticelle inquinanti in cellule epiteliali dell’apparato respiratorio. Analisi delle capacità pro-ossidanti di nanoparticelle metalliche ad attività antibatterica in cellule umane ed identificazione di eventuali indicatori molecolari specifici di danno ossidativo. Caratterizzazione proteomica dei tendini umani di soggetti affetti da spasticità o da patologie croniche infiammatorie. Effetti sullo stato redox intra- ed extracellulare di antiossidanti naturali o di sintesi e di molecole di interesse farmacologico. David Horner Identificazione di geni differenzialmente espressi tramite sequenziamento Next Generation". Alessandra Moscatelli- Lipid rafts and clathrin–independent endocytosis in plant polarized cells; Detergent resistant membranes and cytoskeleton organization in plant polarized cells; Giulio PavesiIdentificazione di splicing alternativi tramite analisi di dati RNA-Seq; Metodi bioinformatici per l’analisi della regolazione della trascrizione in eucarioti; Achille Pellicioli- Federica Marini Meccanismi di regolazione della stabilità del genoma Studio di proteine coinvolte nella riparazione di tagli alla doppia elica del DNA Area Biochimica Persona di riferimento Marco Nardini Alessandro ALIVERTI/ Maria Antonietta VANONI/ VittorioPANDINI Renalasi umana, un enzima renale che controlla il sistema cardiocircolatorio attraverso un meccanismo ancora sconosciuto. Definizione del meccanismo molecolare di questa flavoproteina mediante lo studio funzionale e strutturale della proteina ricombinante. Apoptosis inducing factor (AIF): una flavoproteina umana coinvolta nella biogenesi dei mitocondri e nell’apoptosi caspasi-indipendente. Studio dell’effetto di mutazioni patologiche mediante ingegneria proteica. Clonaggio, ingegnerizzazione, produzione e caratterizzazione di enzimi ossidoriduttasici umani coinvolti nello sviluppo del neurone, in malattie neurodegenerative e nel tumore (DHCR24; MICAL e dimetilglicina deidrogenasi). Forme ingegnerizzate delle glutammato sintasi, enzimi essenziali di batteri e piante, per la determinazione del meccanismo di reazione e di autoregolazione dell' enzima e della sua struttura. Martino BOLOGNESI/ Marco NARDINI/ Stefano RICAGNO/ Mario MILANI & Eloise MASTRANGELO Analisi strutturale e progettazione di nuove molecole ad attività farmacologica applicate a: 1) enzimi virali coinvolti nella replicazione; 2) structural vaccinology; 3) proteine coinvolte in neurodegenerazione o aggregazione amiloide; 4) fattori di trascrizione; Area Chimica – Fisica – Contattare direttamente i docenti. Luigi LAY 1) Sintesi di oligosaccaridi antigenici e valutazione delle loro proprietà immunologiche 2) Coniugazione di carboidrati bioattivi a supporti polivalenti (nanoparticelle e dendrimeri) 3) Applicazioni della chimica a flusso alla sintesi di oligosaccaridi bioattivi 4) Sintesi e funzionalizzazione di nanoparticelle metalliche con applicazioni diagnostiche e biosensing (in collaborazione con Laura Polito – CNR ISTM) Carlo MORELLI • Isolamento, caratterizzazione e sintesi enzimatica di esaltatori di aroma di origine vegetale; • Chimica bioorganica e biocatalisi: studi sulla gamma -glutamiltranspeptidasi di B. subtilis: aspetti strutturali e funzionali, specificità di susbstrato e applicazioni come biocatalizzatore. Luisella VEROTTA - Studio dell’ attività antimicobatterica di librerie di composti naturali e analisi molecolare dei meccanismi di resistenza. (in collaborazione con l’Istituto di Ricerca Scientifica S. Raffaele) - Studio di (bio)polimeri per applicazioni engeenering DIPARTIMENTO DI BIOSCIENZE DOMANDA DI INTERNATO PER LO SVOLGIMENTO DELLA TESI DI LAUREA IN BIOLOGIA MOLECOLARE E CELLULARE E IN BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI E BIOINFORMATICA Nome Matricola Corso di Laurea: BMC Anno di corso: e-mail: Indirizzo: Esami superati Voto Cognome BMB Telefono Esami superati Voto CFU totali acquisiti: Media: Periodo di inizio della tesi desiderato (tenendo conto degli esami ancora fa fare e dei corsi da frequentare: Chiedo di essere ammesso/a a svolgere l’internato di tesi in: Priorita’ Area Specificare la preferenza del docente (max 2 per area) Genetica molecolare e sviluppo, Microbiologia, Genomica Fisiologica Patologica e Farmacologica Biologia Cellulare, molecolare e Bioinformatica Biochimica Fisica, Chimica Data Firma