VPP500ユーザのためのVPP5000への移行の手引き

1.
スーパーコンピュータ
VPP500ユーザのためのVPP5000への
移行の手引き
(mimosa.cc.tsukuba.ac.jp)
筑波大学学術情報処理センター
2001年３月７日
目次
１．利用に際しての留意事項 @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ 1
1.1 ＩＤと利用者ファイルの新システムへの移行 @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ 1
1.2 運用時間 @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
1.3 利用負担金 @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
1.4 注意事項 @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
(1) センターからのお知らせ
(2) 予算管理と利用期限
1
1
2
2
2
(3) マニュアルについて
(4) 運用終了時のジョブの取り扱いについて
(5) 混雑時のジョブ数制限について
1.5 問い合わせ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
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2
3
3
２．スーパーコンピュータシステムの概要 @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
2.1 ハードウェア構成 @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
2.2 ソフトウェアの構成と役割 @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
(1) バッチジョブの流れ
4
4
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5
(2) アプリケーションソフトの概要
３．スーパーコンピュータへの接続 @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
3.1 ホスト名とＩＰアドレス @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
3.2 初めてVPP5000を使う場合 @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
5
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7
7
・環境設定の方法（環境設定ファイルのコピー）
3.3 オペレーティング・システム @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
・UXP/V
3.4 64ビットアドレスモード @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
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7
7
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(1)
(2)
(3)
(4)
ロードモジュールの種類と特徴
翻訳オプション FORTRANの64ビットモードへの移行 C言語の64ビットモードへの移行４．プログラムの翻訳と実行 @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
4.1 プログラミング言語とライブラリ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
4.2 FORTRANソースプログラムのコンパイルとリンク @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @
(1) FORTRAN 翻訳コマンド：frt
(2) FORTRAN の言語仕様
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8
8
9
9
9
9
9
(3) バッチ処理による翻訳方法
9
(4) 環境変数によるオプションの指定
9
4.3 C言語プログラムのコンパイルとリンク（cc） @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ 10
4.4 実行形式プログラムの実行（qsubコマンド） @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ 10
4.5 NQSジョブの状態を調べる（qstatコマンド） @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ 11
4.6 NQSジョブの取り消し（qdelコマンド） @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ 12
５．マニュアル @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ 13
5.1 スーパーコンピュータ主要マニュアル一覧 @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ 13
5.2
オンライン・マニュアルの閲覧 @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ @ 14
１．利用に際しての留意事項
学術情報処理センターのスーパーコンピュータシステムは、平成５年度末に富士通
VPP500/30が導入され、平成13年３月、VPP5000に更新されました。
VPP5000は、80台のプロセッシングエレメント（PE）によって構成されるベクトル並列計算機
です。PEの理論最大性能は9.6GFlopsです。オペレーティングシステムUXP/Vは UNIX SVR4に準拠
し、自動ベクトル化・並列化機能を持つFORTRANならびにC言語を利用することができます。
VPP5000は、VPP500の上位機種で、ソース互換およびロードモジュール互換があり、VPP500でコ
ンパイル・リンクしたプログラムはそのまま使用できます。この手引きでは、VPP500/30から移
行した利用者がFORTRANおよびC言語のプログラムを翻訳・実行するにあたり、注意すべき変更点
などを説明します。
1.1 ＩＤと利用者ファイルの新システムへの移行
前システムで登録され、平成13年３月１日に有効なＩＤとその利用者ファイルは、新システム
に移行されます。
利用期限が切れた後も、90日以内であれば、センター事務室にて「変更承認申請書」に必要事
項を記入して利用期限の延長手続きをすれば、引き続き利用できます。
前システムに比べ磁気ディスクが大幅に増量され、ホームディレクトリが従来の/homeXX/ログ
イン名（XXは２桁の数字）から、/homeN/ログイン名（Nは１桁の数字）に変更となりました。し
かし、従来の/home/ログイン名に加え、/homeXX/ログイン名にもシンボリックリンクがはられて
います。
従来の高速な/dataと、/homeといった区別がなくなり均一のディスクアレイとなります。移行
に際して、/data上のファイルは、新システムでも/data/ログイン名のディレクトリへ移行され
ますが、速度など/homeと一切変わりありません。適宜、ホームディレクトリへ移動してくださ
い。
/homeと/dataは運用上同じ扱いで期限、容量、ファイル個数の制限は無く試用期間終了後、平
成13年７月より、課金の対象となります。
1.2 運用時間
・月曜日９：００ ∼ 金曜日１９：００（年末年始を除く）
運用時間は24時間連続運転を行ったり、システム作業、祝祭日等により変更されることがあり
ます。ログイン時のメッセージに御注意下さい。
また、ジョブのフリーズ・リスタート機能を使って、運用終了時に実行中のジョブを次の運用
時間に続きから実行する設定となっていることがあります。
1.3 利用負担金
・平成13年３月１日∼６月30日までの４ヶ月間は、試用期間として、無料です。
平成13年７月以降は、有料となります。
年２回（１∼６月分を７月に、７月∼１２月分を翌１月に）、集計された額に消費税分が加算
されて請求されます。
平成13年１月分は、CPU課金はせず、ファイル使用課金を下記の従来の単価表に従い課金しま
す。
項目
負担金
備考
CPU利用単価[円/秒]
０.１円
演算時間900秒までの単価
０.０１円
演算時間900秒を超える部分の単価
０.００５円
50MBまでの単価
０.００１円
50MBを超える部分の単価
パーマネントファイ
ル単価[円/(KB・月)]
1
1.4 注意事項
(1)
センターからのお知らせ
運用時間等の変更や利用上の注意など、随時、ログイン時の「センターからのお知らせ」
にてお知らせします。漢字コードが“JIS”から“EUC”に変わりました。端末ソフトの漢字
コードの設定を“EUC”にしてください。
スーパーコンピュータにログイン後は、
vpppe00% more /etc/motd<CR>
（※注：下線部を入力する。<CR>はキャリッジ・リターン。Enterキーを押す）
で、いつでも見ることが出来ます。
センターのWebページでは、さらに詳しいお知らせや利用上の注意点・変更点などのご案内
をしています。センター発行のマニュアルもPDFファイルで公開され、オンラインマニュアル
へのリンクもあります。
http://www.cc.tsukuba.ac.jp/mimosa/
(2) 予算管理と利用期限
申請されている予算額に対して，利用負担金の額が９０％を越えると、ログイン時に警告
のメッセージが表示されます。利用負担金の額が予算額を越えますとログイン出来なくなり
ます。引き続き計算機の使用を希望する場合は事務室にて予算額変更の手続きを行って下さ
い。また利用期限については、期限の２週間前より警告のメッセージがログイン時に表示さ
れます。
自動継続は行っていませんので引き続き利用したい場合は利用期限変更の手続きをお願い
します。科研費での利用の場合は原則としてその年度の１月末日までの期日を申請してくだ
さい。利用期限が切れた後、利用期限を延長して利用する際、前の期限後から利用再開まで
の利用できなかった期間のファイル使用料が課金されます。それを避けたい場合は新規に利
用登録をして下さい。
また、利用期限内であっても90日間パスワードを変更しない場合は、そのログイン名は利
用者の申し出があるまでロックされ一時的に使用できなくなります。
パスワード変更後、30日経過しますと、警告の電子メールをお出ししますので、パスワー
ドは下記の要領で定期的に変更してください。
ロックの解除やパスワードに関するお問合せはセンター事務室（0298-52-2452）にご連絡
ください。
vpppe00% passwd<CR>
UX:passwd: INFO: Changing password for ログイン名
Old NIS password: 現在のパスワード<CR>
New password: 新パスワード<CR>
Re-enter new password: 新パスワード<CR>
vpppe00%
(3) マニュアルについて
オンラインマニュアルが充実し、ほとんどのマニュアルが、Webブラウザを使って閲覧でき
ます。
mimosaのホームページより、ご利用ください。mimosaのログイン名とパスワードが必要で
す。
http://www.cc.tsukuba.ac.jp/mimosa/
“5.1 スーパーコンピュータ主要マニュアル一覧”を参照して下さい。
コマンド文法やオプションはmanコマンドで参照してください。
vpppe00% man コマンド名<CR>
2
(4)
運用終了時のジョブの取り扱いについて
フリーズ・リスタートの機能がありますが、システムの設定によっては、運用終了時に実
行中のジョブはキャンセルされることがあります。ログイン時のメッセージにご注意くださ
い。
また、システムの障害や停電等により運用が予告なく中断することがあります。それまで
のジョブ実行のすべてが無駄になることの無いよう、中間結果をファイルに書き出す等の工
夫をお願いします。
(5)
混雑時のジョブ数制限について
スーパーコンピュータは80個のプロセッシングエレメント（PE）でユーザのバッチジョブ
を処理しています。普段は、ジョブに優先順位やジョブ数制限など一切の制限を設けず、受
付順に処理を行っています。ジョブ数が増えてきて待ち行列が出来るようになった場合には、
１ユーザ当りの同時実行ジョブ数の制限を行うことがあります。制限は状況に応じて適宜行
いますので御了承下さい。新システムでは運用を中断することなく制限の変更ができます。
1.5 問い合わせ
・利用申請，利用負担金・利用期限・予算額変更
利用の手引き申し込み .................学術情報処理センター事務室（0298-53-2452）
・使用上のトラブル ....................学術情報処理センター技官室（0298-53-2455）
・通信回線トラブル ....................学術情報処理センター技官室（0298-53-2457）
・御意見・ご質問は，文書にて下記までお願いいたします．
〒305-8577
茨城県つくば市天王台１の１の１
筑波大学学術情報処理センター
スーパーコンピュータ担当
ファックス：0298-53-2478
E-Mail: [email protected]
3
２．スーパーコンピュータシステムの概要
2.1 ハードウェア構成
VPP5000は、１台のプライマリ・プロセッシングエレメント（P-PE）と80台のセカンダリ・プロ
セッシングエレメント（S-PE）により構成されています。S-PEのうち７台（S-IOPE）は磁気ディス
クと接続されています。
4
利用者はP-PEへログインし、ジョブの準備や投入を行い、S-PEでジョブ処理等の演算を行いま
す。
S-PEは80台ありますので、最大80台のPEを使用した並列プログラムを実行させることが可能で
す。
利用者が使用できる主記憶容量は各PEあたり約７GBおよび14GBで、仮想記憶機能はありません。
2.2 ソフトウェアの構成と役割
本システムでは、コマンドによる会話型処理の他に、NQS（Network
Queuing System）による
バッチ処理と、jobexecコマンドによる会話型処理を運用します。80台のPEのうち、76台をNQS
ジョブに、４台をjobexecコマンドによる会話型ジョブに割り当てています。
(1)
バッチジョブの流れ
NQSはP-PEで動作し、PM（Partition Manager）と共にバッチジョブの管理を行います。
1. NQS のプライマリ PE（P-PE）上のバッチキューに対して、バッチリクエストという形
でジョブが投入されます。
2. NQS は、PM に対して、ジョブで指定された資源の割付けを依頼します。
3. PM は、NQS からの依頼に従って、PE 上にジョブで指定された資源を割り付けます。
4. NQS は、資源が割り付けられた PE 上でシェルを起動し、シェル配下でジョブのプロセス
を実行します。
5. 並列プログラムの場合、資源が割り付けられた複数の PE 上で、ジョブのプロセスが実行
されます。
(2)
アプリケーションソフトの概要
スーパーコンピュータには、以下の様なアプリケーションソフトがあります。
スーパーコンピュータ棟（C棟）２階の各ワークステーションにインストールされている各
種プリ・ポストプロセッサやAVS等のアプリケーションは、いずれも５ユーザライセンスで５
人までのユーザの同時使用が出来ます。今までのように、予約をしてシステム利用室にお越
しいただく必要はありません。既に５人に利用されている場合はシステム利用室にお越しい
ただいても利用できませんので、ご了承ください。詳しくは、次のmimosaホームページを参
照してください。
Http://www.cc.tsukuba.ac.jp/mimosa/netriyo.html
新システムでは、可視化ワークステーションやアプリケーション用ワークステーションと
スパコンのIDを一元管理し、ワークステーションのホームディレクトリもスパコンと共通に
なったため、今までのように解析条件ファイルをmimosaへ、解析結果をワークステーション
へ転送する手間がなくなりました。
5
① プログラム開発支援ソフトウェアVPP Workbench
VPP5000上のプログラム開発支援ソフトウェアUXP/V アナライザと連携し、GUIベースで
の利用や情報を視覚的に表示するためのソフトウェアです。UXP/V アナライザは、UXP/V
Fortran、UXP/V Fortran/VPP、UXP/V C言語、UXP/V C++、UXP/V HPFの各言語で記述され
たプログラムのチューニングおよびデバッグの支援などプログラム開発を支援するツール
です。C棟２階の開発支援用GP400Sモデル10ワークステーション pansy1にインストールさ
れ、学内ネットワークを介しての利用ができます。
② 有限要素法解析ソフトPOPLAS/FEM5（富士通）及びその支援システム KSAWD for Solaris
支援システム KSAWDはC棟２階のGP400Sモデル10ワークステーションpansy2にインス
トールされ、モデル作成や解析条件の入力などはKSWADのプリプロセッサにて行い、
POPLAS/FEM5用入力データをスーパーコンピュータで解析を行います。解析結果は
pansy2でKSWADのポストプロセッサにて結果の表示等を行います。
③ 流体解析ソフト α-FLOW（富士通）
プレ・ポスト処理はスーパーコンピュータ棟２階のGP400Sモデル10ワークステーション
pansy3にて行い、必要なファイルをスーパーコンピュータへファイル転送し、流体解析を
行います。詳しくは、「スーパーコンピュータによる３次元流体解析α-FLOWの手引き」を
参照してください。
④ 可視化アプリケーションAVSとVisLink
スーパーコンピュータmimosaで、数値で得られる計算結果をグラフィックやグラフ等で
可視化するために、AVS（Application Visualization System）を導入しています。AVSは
画面上で豊富に用意されたモジュールを組み合わせ、様々な操作ツールを使うことにより、
データを可視化し柔軟な出力が可能です。
C棟２階のHP Visualize C3600ワークステーション pansy10 にインストールされ、ネッ
トワークを介して、C棟２階に設置されたHP Visualize B2000ワークステーション
（pansy11およびpansy12）等や学内のX-Window環境からも利用できます。
VPP5000上のユーザプログラムがVisLinkのサブルーチンを呼び出すことによって、可視
化システム上のAVSと連携し描画できるリアルタイム可視化機能を有しています。
6
３．スーパーコンピュータへの接続
3.1 ホスト名とＩＰアドレス
VPP5000システムを利用するには、利用者はプライマリ・プロセッシングエレメント（P-PE）へロ
グインします。ホスト名やIPアドレスに変更はありません。
ホスト名
ｍｉｍｏｓａ．ｃｃ．ｔｓｕｋｕｂａ．ａｃ．ｊｐ
ＩＰアドレス
１３０．１５８．６９．１
3.2 初めて VPP5000を使う場合
・環境設定の方法（環境設定ファイルのコピー）
mimosaにユーザ登録する際に，ホームディレクトリに次の３つの環境設定用ファイルが作
成され、VPP500/30で使用していたものがそのまま移行されています。
① .login：ログイン時に毎回起動されキー入力や端末タイプなどの環境を設定する。
② .cshrc：Ｃシェルの環境を設定する。ログインシェルはＣシェル。
③ .profile：Ｂシェルの環境を設定する。
（※注：これらのファイルも課金の対象になります。）
新システムではコマンドパスなど変更がありますので、まず、/etc/skel ディレクトリに
置いてある.cshrcや.profileファイルを、コピーしてお使い下さい。
各種マニュアルおよびUNIX参考書を参照して下さい。
vpppe00% cd<CR>
vpppe00% cp /etc/skel/.??*
.<CR>
vpppe00%
3.3 オペレーティング・システム
・UXP/V
UXP/MからUXP/Vに変わりました。次のマニュアルを参照して下さい。
UXP/V 使用手引書ユーザ編 V20用
テキストエディタはviのみで、muleはインストールされていません。
日本語環境を使用したい方は、環境変数LANGを“japan”に、端末の漢字コードをEUCコー
ドに設定してください。manコマンドなどで日本語表示が用意されているものは日本語で表示
されます。
vpppe00% setenv LANG japan<CR>
3.4 64ビットアドレスモード
(1)
ロードモジュールの種類と特徴
VPP500/30システムでは、32ビットアドレスモードのみでしたが、新システムでは以下の２
種類のロードモジュール（実行可能ファイル）の作成が可能です。
・64ビットアドレスロードモジュール
64ビットアドレスを考慮した修正をし、コンパイルすることで、２ギガバイトを超え
るメモリの使用が可能になります。
・32ビットアドレスロードモジュール
新システムではハードウェアの新機能により、前システムで動作していたプログラム
を再コンパイルするだけで、大幅な性能向上が図ることができます。つまり、メモリの
使用は２ギガバイトまでで良いが、より高速に処理にしたい場合に適しています。また、
ロードモジュールを構成するオブジェクトの一部のみを再コンパイルした場合は、正し
く動作しない場合がありますので、ロードモジュールを構成するすべてのオブジェクト
7
を再コンパイルする必要があります。
(2)
翻訳オプション FORTRAN（frtコマンド）、C言語（ccコマンド）とも、翻訳時オプション“-KA32”および
“-KA64”で指定ができ、指定しない場合は、64ビットモードになります。
(3)
F O R T R A N の 6 4 ビットモードへの移行前システムで動作していたプログラムを再コンパイルするだけで、64ビットモードに移行
できます。
(4)
C 言語の 6 4 ビットモードへの移行型
32ビットモード
64ビットモード
（-KA32）
（-KA64）
ポインタから整数型に変換し
4バイト
8バイト
た場合の整数の大きさ
unsigned int型
unsigned long int型
4バイト
8バイト
long int型
signed long int型
unsigned long int型
上記のように型による大きさの違いがあるため、注意が必要です。次のマニュアルを参照して
ください。
UXP/V 64ビットプログラミング手引書 V20用
8
４．プログラムの翻訳と実行
4.1 プログラミング言語とライブラリ
言語・MPL
説明
ライブラリ
Fortran
単一PE・ベクトル処理用Fortran
SSLⅡ/VP,BLAS/VP,LAPACK/VP,IMSL
Fortran/VPP
ベクトル並列処理用VPP Fortran
SSLⅡ/VPP
HPF
ベクトル並列処理用Fortran
SSLⅡ/HPF
C言語
単一PE・ベクトル処理用 C言語
C-SSLⅡ/VP
C++
単一PE・ベクトル処理用 C++
C-SSLⅡ/VP
DPCE
標準C言語に並列化仕様が追加されたもの
−
MPI
並列処理用メッセージパッシングライブラリ
ScaLAPACK
PVM
並列処理用メッセージパッシングライブラリ
−
4.2 FORTRANソースプログラムのコンパイルとリンク
(1)
FORTRAN 翻訳コマンド：frt
VPP500/30では、frtpxコマンドでしたが、VPP5000では、frtコマンドを使います。
形式：ｆｒｔ［オプションの並び］ファイル名の並び
翻訳時オプションはmanコマンドで確認してください。
(2)
FORTRAN の言語仕様
前システムではFORTRAN77でしたが、新システムでは、非並列FORTRANはFORTRAN95、並列用VPP
FORTRANはFORTRAN90となりました。FORTRAN77言語仕様原始プログラムを翻訳したい場合は翻訳
時オプション“-X7”を、FORTRAN90および95言語仕様は翻訳時オプション“-X9”を、指定して
ください。
標準形式（Fixed）と自由形式（Free）の翻訳時オプションの指定は下表のように変更になっ
ています。VPP FORTRANでは、FORTRAN77言語仕様を指定すると標準形式（Fixed）でなければな
りません。
VPP500/30
VPP5000
標準形式（Fixed）
指定しない
-Fixed
自由形式（Free）
-F
-Free
翻訳時オプションの指定をしない場合、FORTRANの原始プログラムのファイル名のサフィック
スにより、下表のように解釈され翻訳時オプションに影響します。
ファイルサフィックス
翻訳時オプション
.f および .F
-X7 -Fixed
.f90、.f95、.F90 および .F95
-X9 -Free
(3) バッチ処理による翻訳方法
VPP500/30ではフロントエンドプロセッサGSPで翻訳を行いましたが、VPP5000では、PEで翻
訳できるようになりました。キューc1は廃止され、翻訳もqvppを使ってください。指定しな
い場合、スクリプトファイルはログインシェルで解釈されます。Bシェルで記述したい場合は、
NQSオプション-sで/usr/bin/shを、 Cシェルで記述したい場合は、/usr/bin/csh
てください。
(4)
を指定し
環境変数によるオプションの指定
FORTRAN言語仕様の変更に伴い、オプションを設定しておく環境変数名も変更になりました。
9
VPP500/30
VPP5000
翻訳時オプション
FORT7EC
FORT90C
実行時オプション
FORT7EL
FORT90L
4.3 C言語プログラムのコンパイルとリンク（ ccコマンド）
VPP500/30ではfccpxおよびfvccpxコマンドでしたが、VPP5000ではccコマンドを使ってソース
プログラムの翻訳から実行可能プログラムの作成まで行うことが出来ます。
形式：
ｃｃ［オプションの並び］ファイル名の並び
ベクトル翻訳には-Kvpを指定します。翻訳時オプションはmanコマンドで確認してください。
vpppe00% man cc<CR>
詳しくは、以下のマニュアルを参照してください。
UXP/V Ｃ言語使用手引書 V20用
UXP/V ＡＮＳＩＣプログラミング支援ツール使用手引書 V20用
UXP/V アプリケーションパッケージ作成手引書プログラマ編 V20用
UXP/V 64ビットプログラミング手引書 V20用
4.4 実行形式プログラムの実行（ qsubコマンド）
実行形式プログラムはNQSのqsubコマンドを使用してバッチジョブとして処理されます。
形式：
ｑｓｕｂ［オプションの並び］スクリプトファイル名
NQSオプションはmanコマンドで確認してください。スクリプトファイルのシェルスクリプトを
解釈するシェルは、VPP500ではBシェルでしたが、新システムではログインシェルになりました。
Bシェルで記述したい場合は、NQSオプション“−ｓ”で/usr/bin/shを、Cシェルでは
/usr/bin/cshを指定してください。
(1)
キュー名と使用PE数の指定
NQSオプションの“-q”で指定するキュー名は、VPP500/30では qvpp のみでしたが、
VPP5000では、PEの主記憶に16GBと8GBのものがあるため、16GB のPEのみを使用するキューを
新設しました。
NQSオプションの“-q”を指定しない場合は、qvppとなります。
キュー名
使用可能PE数
メモリ制限値
qvpp
1∼76
７GB
qlmem
1∼56
14GB
c1
コンパイル専用キューは廃止。qvppを使用
使用するPEの数を指定するNQSオプションは、“-lPv”から“-lP”に変更になりました。
“-lP”を指定しない場合は、１PEでの実行となります。
(2)
実行例
１）実行用シェルスクリプトの例
次の場合のシェルスクリプト go の内容例を示します．
ログイン名：tukutaro
ホームディレクトリ：/home3/tukutaro
実行形式プログラム：/home3/tukutaro/src/prg1.out
使用するPE数：４個（-lPvではなく、-lPになりました）
標準入力ファイル（装置参照番号５）：/home3/tukutaro/card
10
標準出力ファイル（装置参照番号６）：/home3/tukutaro/go.list
標準エラー出力ファイル（装置参照番号０）：標準エラー出力を標準出力へ出力する
入力データファイル（装置参照番号１０）：/home3/tukutaro/input.dat
出力データファイル（装置参照番号２０）：/home3/tukutaro/output.dat
実行時オプション：−Ｗｌ，−ｅ９９，−ｉ
［goの内容例］
# @$-q qvpp
# @$-s /usr/bin/sh
．．．このシェルスクリプトをＢシェルで解釈する
# @$-o /home3/tukutaro/go.list
# @$-eo
．．．フルパスまたはサブミットするディレクトリ
からの相対パスで指定．$HOME等使用不可
# @$-lP 4
# プログラムの入出力用ファイルを定義します
fu10=/home3/tukutaro/input.dat
．．．フルパスまたはホームディレクトリからの
fu20=/home3/tukutaro/output.dat
相対パスで指定
export fu10 fu20
# 実行形式プログラムのあるディレクトリに移ります
．．．フルパスまたはホームディレクトリからの
cd /home3/tukutaro/src
# プログラムを実行します相対パスで指定
prg1.out -Wl,-e99,-i < /home3/tukutaro/card ．．．フルパスまたは
この例ではｓｒｃディレクトリからの相対パスで
指定
２）バッチ・プロセスの投入
vpppe00% qsub go<CR>
(3)
ジョブの演算時間を知る（timex）
簡単に演算時間を知るには、timexコマンドを使います。timexコマンドの引数に実行コ
マンドを指定して実行させます。-Hオプションは使えなくなりました。オプションはmanコ
マンドで確認してください。
実行用シェルスクリプト go.sh
# @$-q qvpp
# @$-o /home3/tukutaro/go.list
# @$-eo
timex a.out ．．．a.outの代わりにtimexを
標準エラー出力に経過時間，ユーザ時間，システム時間が秒単位で出力されます．
出力例単位［秒］
real
user
sys
vu-user
vu-sys
4.96 ．．．経過時間
0.05 ．．．演算時間（スカラ＋ベクトル）
0.13 ．．．システム時間
0.00 ．．．演算時間（ベクトル）
0.00 ．．．システム時間（ベクトル）
4.5 NQSジョブの状態を調べる（ qstatコマンド）
jatatコマンドは使えなくなりました。ジョブの状態表示にはNQSのqstatコマンドを使用しま
す。
形式：
ｑｓｔａｔ［オプションの並び］
manコマンドでオプションを確認してください。
11
4.6 NQSジョブの取り消し（ qdelコマンド）
qdコマンドは使えなくなりました。NQSのqdelコマンドを使用します。
形式：
ｑｄｅｌ［オプションの並び］リクエスト識別子
リクエスト識別子の記述は、“seqno.vpppe00”または“seqno”の形式
例）リクエスト識別子が“250.vpppe00”のジョブの取り消し
vpppe00% qdel 250<CR>
12
５．マニュアル
マニュアルの冊子体での提供が少なくなりました。コマンド文法はmanコマンドをお使いください。
vpppe00% man コマンド名<CR>
5.1 スーパーコンピュータ主要マニュアル一覧
１．UNIXおよび開発支援、アプリケーション
和文マニュアル
英文マニュアル
１
UXP/V 使用手引書ユーザ編 V20用
UXP/V User=s Guide(V20)
２
UXP/V ANSI C プログラミング支援ツー
UXP/V Programmer=s Guide: ANSI C and
ル使用手引書 V20用
Programming Support Tools(V20)
UXP/V 64ビットプログラミング手引書 UXP/V 64-bit Programming Guide(V20)
３
*1
V20用
４
UXP/V ネットワークキューイングシステ
UXP/V Network Queueing System
ム説明書 V20用
Handbook(V20)
５
VisLink User=s Guide
×
６
POPLAS/FEM5 解説書
×
７
KSWAD ユーザマニュアル
×
８
KSWAD コマンドマニュアル
×
９
FUJITSU α-FLOW理論説明書
×
10
Solaris７ 11/99 日本語版エンドユーザ
Solaris 7 End User Documentation
×
VPP Workbench User=s Guide 3.0
×
和文マニュアル
英文マニュアル
*1
１
UXP/V Fortran 使用手引書 V20用
UXP/V Fortran User=s Guide V20
２
UXP/V Fortran メッセージ説明書V20用
UXP/V Fortran Messages V20
３
UXP/V HPF 使用手引書 V20用
UXP/V HPF User=s Guide V20
４
UXP/V Fortran/VPP 使用手引書 V20用
UXP/V Fortran/VPP User=s Guide V20
５
UXP/V Fortanプログラミングハンドブッ
UXP/V Fortran Programming Handbook
ク V20用(*2)
V20(*2)
UXP/V VPP Fortanプログラミングハンド
UXP/V VPP Fortran Programming
ブック V20用(*2)
Handbook V20(*2)
７
UXP/V C言語使用手引書 V20用
UXP/V C Language User=s Guide V20
８
UXP/V C++使用手引書 V20用
UXP/V C++ User=s Guide V20
９
UXP/V DPCE 使用手引書 V20用
UXP/V DPCE User=s Guide V20
10
UXP/V アナライザ使用手引書 V20用
UXP/V ANALYZER User=s Guide V20
11
FUJITSU MPTools使用手引書 V20用
FUJITSU MPTools User=s Guide
向ドキュメント・セット
11 VPP Workbench 使用手引書 3.0用
*1）オンラインマニュアルの提供 ×は無し
２．言語関係
６
UXP/V TotalView使用手引書
*2）オンラインマニュアルのみの提供
UXP/V TotalView User=s Guide
13
３．ライブラリ
和文マニュアル
英文マニュアル
１
UXP/V MPI 使用手引書 V20用
UXP/V MPI User=s Guide V20
２
UXP/V PVM 使用手引書 V20用
UXP/V PVM User=s Guide V20
３
富士通 SSLⅡ使用手引書
SSLⅡ User=s Guide
４
FUJITSU SSLⅡ拡張機能使用手引書
FUJITSU SSLⅡ Extended Capabilities
*1
User=s Guide
５
FUJITSU SSLⅡ拡張機能使用手引書Ⅱ
FUJITSU SSLⅡ Extended Capabilities
User=s Guide Ⅱ
６
FUJITSU SSLⅡ/VPP使用手引書
FUJITSU SSLⅡ/VPP User=s Guide
７
FUJITSU C-SSLⅡ使用手引書
FUJITSU C-SSLⅡ User=s Guide
８
FUJITSU SSLⅡ/HPF使用手引書
FUJITSU SSLⅡ/HPF User=s Guide
９
UXP/V BLAS/VP LAPACK/VP ScaLAPACK/VP
UXP/V BLAS/VP LAPACK/VP
使用手引書 V20用
ScaLAPACK/VP User=s Guide V20
IMSL FORTRAN 90MP ライブラリ
IMSL FORTRAN 90MP Library User=s
10
×
Guide
11
IMSL ライブラリ日本語補足マニュア
×
ル
12
IMSL MATH Library Volume 1
×
13
IMSL MATH Library Volume 2
×
14
IMSL MATH Library Special Function
×
15
IMSL STAT Library Volume 1
×
16
*1）オンラインマニュアルの提供 ×は無し
IMSL STAT Library Volume 2
×
5.2 オンライン・マニュアルの閲覧
オンラインマニュアルは、本システム登録の利用者に限り、mimosaのWebページから閲覧できま
す。
URL： http://www.cc.tsukuba.ac.jp/mimosa/
また、AVSの日本語マニュアルPDFファイルも公開されています。
14

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