2003~2004 - 理研バイオリソースセンター

1-5. 微生物材料開発室
Microbe Division
室長
辨野
義己
Yoshimi Benno
微生物は健康や環境に深く関わっており、ますますその重要性が増してきている。当室は
1981 年より微生物系統保存事業を推進し、世界で有数の微生物保存機関として認められてい
る。今後も引き続き、国内外の微生物研究開発の動向を捉えながら、健康や環境に関与する微
生物株の収集・保存およびその関連技術の開発を行い、これら微生物株を国内外の研究者や企
業などに積極的に提供していく。さらに極限微生物や難培養微生物を取り扱う技術、有用微生
物とくに健康増進ならびに環境保全に関与する微生物の探索技術、複雑な微生物群集の多様性
解析技術などの開発にも取り組んでいる。このような技術開発の展開と国内外の研究者・微生
物保存機関の協力により、有用微生物の収集・保存・提供を進めていかなければならない。
事業内容
機能性の高い微生物株の収集・保存・提供を促進するために以下の技術開発に取り組んでいる。
1) 健康増進に関与する有用微生物の探索法の確立
2) 環境保全に関与する有用微生物の探索法の確立
3) 極限環境微生物の迅速分離・培養・保存技術の開発
4) 難培養微生物の培養化促進および保存技術の開発
5) 難培養微生物の環境 DNA ライブラリー保存技術の確立
6) 微生物群集の多様性解析技術の開発
職員とメンバー構成室長
先任研究員
辨野
義己（平成 16 年 7 月〜）
小迫
芳正（平成 16 年 7 月〜）
鈴木
基文（平成 16 年 7 月〜）
高島
昌子（平成 16 年 7 月〜）
工藤
卓二（平成 16 年 7 月〜）
岡田
元（平成 16 年 7 月〜）
伊藤
隆（平成 16 年 7 月〜）
先任技師
大和田
勉（平成 16 年 7 月〜）
協力研究員
坂本
光央（平成 16 年 7 月〜）
林
秀謙（平成 16 年 7 月〜）
北原
真樹（平成 16 年 7 月〜）
坂田
慎治（平成 16 年 7 月〜）
共同研究員
長谷川
秀夫（平成 16 年 7 月〜）清水
純（平成 16 年 7 月〜）
訪問研究員
Madalin Iancu ENACHE (JSPS) （平成 16 年 7 月〜）
Ismet Ara (JSPS)（平成 16 年 7 月〜）
業務委託
委託研究生
草桶
佳代（平成 16 年 7 月〜）
押田
祐美（平成 16 年 7 月〜）
中井
雅之（平成 16 年 7 月〜）
松本光晴（平成 16 年 7 月〜）
梶浦
貴之（平成 16 年 7 月〜）
小田巻
佐久間
桑鶴
慶太（平成 16 年 7 月〜
都筑
中谷
智子（平成 16 年 7 月〜）
俊孝（平成 16 年 7 月〜）
清吾（平成 16 年 7 月〜）
祥子（平成 16 年 7 月〜）
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研修生
Microbe Division
木邊量子（酪農大・獣医学部・博士課程）
（ジュニア・リサーチアソシエト）（平成 16 年 7 月〜）
出来尾
格（慶応大・医学部・博士課程）（平成 16 年 7 月〜）
大西真由子（東京医科歯科大・歯学部・博士課程）
（平成 16 年 7 月〜）
吉川直人（東洋大・生命科学・修士課程）（平成 16 年 7 月〜）
井手
美世香（東洋大・工学部・修士課程）（平成 16 年 7 月〜）
吉川
真人（工学院大・工学部・修士課程）（平成 16 年 7 月〜）
市川
恵一（東京電機大）（平成 16 年 7 月〜）
山崎
晃（東京電機大）（平成 16 年 7 月〜）
河井悦子（東洋大・生命科学部）（平成 16 年 7 月〜）
吉川
幸江（東洋大・工学部）（平成 16 年 7 月〜）
九島
郁（玉川大）（平成 16 年 7 月〜）
宮本
寛子（玉川大）（平成 16 年 7 月〜）
Sirilak NAMWONG (Chulalongkorn University)（平成 16 年 7 月〜）
桑鶴、佐久間、バキル、エナーチェ、吉川、坂田、山崎、北原、井手、鈴
丸尾、木邊、林、市川、大和田、中井、坂本、長谷川、都築、押田、岡野、草桶、当真、イスメット、高島、藤川
工藤、伊藤、辨野、小迫、鈴木、岡田
年次計画と成果
1. 放線菌の分離と分類学的研究
放線菌の多様性解明と遺伝子資源開発を目的に、我国ならびに東南アジアの土壌試料より放
線菌を分離し、それらの分類学的位置を検討した。タイより分離した Micromonospora 関連放
線菌 34 菌株を 16S rDNA 塩基配列の解析などにより 18 グループに分類し、うち 17 グループ
は Micromonospora 属と同定したが、残る 1 グループは新属と考えらた。また Micromonospora
の 17 グループのうち、9 グループは DNA-DNA 交雑実験よりそれぞれ新種であることを明ら
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かにした。また、バングラディシュのマングローブ土壌試料より新たに 14 株の Nocardia を分
離し、うち 7 株について 16S rDNA 塩基配列を解析したところ、。2 株は N. nova に、1 株は N.
carnea に近縁であったが、残りの 4 株は N. asteroides subclade の中に新たな 2 系統枝を形成し、
新種（２種）と考えられた。さらに、同地の陸生ならびにマングローブ土壌より 241 株の放線
菌を分離し、現在その多様性解明のため分類学的研究を行っている。
2. 極限環境微生物の系統分類学的研究
新規リソース開発の一環として極限環境微生物である好熱
菌及び好塩性菌の系統分類学的研究を行っている。 (i) これま
で日本・フィリピンの温泉から分離した好熱菌について 16S
rDNA 部分塩基配列に基づいてグルーピングを行い、分離株
171 株には少なくとも 3 新属 6 新種の好熱性古細菌が存在する
ことを明らかにした。現在、これらのうち Thermoplasmatales
目の一新属、Sulfolobus 属の一新種と思われる分離株について
詳細な分類学的性状を調べている。(ii) ルーマニアの塩湖か
ら分離された好塩性古細菌 19 株及びタイの魚醤発酵に関わる
好塩性細菌 8 分離株について系統分類学的研究を行った。塩
湖からの分離株は 16S rDNA 部分塩基配列によって Haloferax、
Halorubrum、Halogeometricum 属に近縁であると考えられた。
一方、魚醤から分離した好塩性細菌を Lentibacillus salicampi
及び Lentibacillus 属の新種であると同定し、新種に対しては
Lentibacillus juripiscarius という学名を提案した。
古細菌実験室にて
3. サワーパン種から分離された乳酸菌の分類学的研究
海外サワーパン種（5 種類）から乳酸菌 69 株を分離し、これらを 16S rDNA 塩基配列を用い
て同定したところ、全てのサワーパン種から Lactobacillus sanfranciscensis が分離されている
ことを明らかにした。さらに、サワーパン種から分離された L. sanfranciscensis 22 株について
RiboPrinter (Qualicon) によるリボタイピングを行ったところ、L. sanfranciscensis にはサワーパ
ン種由来の種内多様性があり、それぞれのサワーパン種には固有の L. sanfranciscensis が存在
していることが明らかとなった。
4. 嫌気性腸内細菌の分離と分類学的研究
高度嫌気培養法である嫌気チャンバーとプレートインボトルを用いて新規の嫌気性腸内細菌の
分離を行った。健康成人の糞便 2 検体から嫌気チャンバー法により 86 株を分離し、16S rDNA
塩基配列を用いて同定しました。また、健康成人の糞便 4 検体からプレートインボトル法によ
り 142 株を分離し、16S rDNA 塩基配列を用いて同定した。その結果、Bacteroides, Clostridium
に属する新菌種が分離されていることを明らかにした。現在 Bacteroides の新種と考えられた 3
菌種について新種提唱するための実験を行っている。
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5．Pseudomonas 属およびそれが包括される高次分類群の研究
Pseudomonas 属に含まれる菌種は日和見感染を起こすものから、生物浄化を行うものまで幅広
く地球上に存在している。しかし、属の定義が不明確なため実際には該属に含まれないにもか
かわらず、属名が Pseudomonas とされる菌種が数多く存在している。そこで、それに包括され
る菌種の記載および高次分類群である Pseudomonadaceae 科に包括される菌属を明らかにした
ところ、Pseudomonas 属の定義として、Gammaproteobacteria に属する 16S rRNA 遺伝子の相同
性が 90% 以上の菌群を指し、菌体脂肪酸が C16:0, C16:1 cis9, C18:1 cis11 を主要成分とし、Q9
を主要ユビキノンとする菌群であることを確認した。
6. ゲノムプロフィリング法 (GP 法 ) の病原性酵母の種同定および株識別への応用
バイオリソースセンターにおいて、酵母株の種同定および株識別は品質管理上重要であ
り、そのための技術開発が必要である。今回、温度勾配電気泳動法 (Temperature Gradient Gel
Electrophoresis, TGGE) を用いたゲノムプロフィリング法 (GP 法 ) に着目し、その病原性酵母の
種同定および株識別における有用性について検討したところ、GP 法は病原性 Candida 属酵母
７種の種間および株間の識別に有用であることを明らかにした。
7. 土壌に棲息する酵母、Cryptococcus 属の系統分類学的研究
土壌に棲息する酵母は
Cryptococcus 属が主であり、各種
植物の根やアーバスキュラー菌根
(AM) の ITS 領域の cDNA からは、
Cryptococcus 属および Dioszegia crocea
とその関連菌類が報告されている。当
室に既に保存されている、D. crocea
とその関連菌類、20 株を用いて系統
学的および分類学的研究を行ったとこ
ろ、3 群にわけ、3 株は D. crocea、1 株
は D. changbaiensis と同定した。残り
16 株は新種提案のため ITS 領域等の
塩基配列が公開されている種と関連性
は示唆された。
液体窒素タンク（約 -175℃の気相）による微生物株の凍結保存
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8．射出胞子形成に関与する遺伝子の探索研究
菌類の分類ではテレオモルフの形態が最も重要な形質であり、アナモルフの分類では分生子
形成様式が重視されている。酵母においても、分生子形成能は形態学的性質として高次分類の
指標に用いられているが、本形質は系統関係を必ずしも反映していない。環境などから分離さ
れる酵母のほとんどがアナモルフであることを考慮すると、分離株を正しく同定するための基
盤整備には分類体系の再構築が最重要であるため、分生子形成に関わる遺伝子について探索を
行っている。射出胞子形成酵母 Bullera oryzae JCM5281 を用い、本株から継代培養により自
然発生的に射出胞子を形成しない株を得ることができた。また、培地や培養条件を検討し、コ
ーンミール寒天培地を用いて継代し、乾燥状態に置くことによって胞子形成は良好となったの
で、これらの条件を用いて mRNA の発現解析を行う予定である。
9．種内および種間を識別するための新規指標の探索研究
Udeniomyces pyricola はスイス、日本、カナダ、ニュージーランド等から分離されており、
さらにハンガリーからの分離株を加えて種内多様性を解析した。供試株 19 株は、26S rDNA
の D1/D2 領域の解析からは同一種に属すると推定したが、ITS 領域にある多型に基づき 3 グル
ープに分けられた。供試株は、同一種に属するため生理生化学性状はほとんど一致しているた
め、ITS 領域の多型に基づくグループを本性状により区別することはできないため、このグル
ープ 1 とグループ 2 のいくつかの株のアイソザイムのパターンが異なっていることを報告され
ており、これらアイソザイムによる種内および種間の識別法を検討している。
10. 希少糸状菌類の採集分離ならびに分類と保存法の検討
遺伝子資源として、あるいは系統分類学的に興味ある糸状菌類の採集分離（日本産ならびに
台湾産菌類）ならびに分類同定（ブラジル産菌類）を試み、その一部をコレクションに加えた
（Dictyocatenulata alba, サザンカモチビョウキンなど）。さらに、他の糸状菌類の収集（Aspergillus
属菌 , Paecilomyces 関連菌類 , 青変菌類 , 小房子嚢菌類、ヒダナシタケ目担子菌類など）と保
存法の検討（Allomyces sp. JCM 11504, シロアリタケ属菌など）を行った。
11. 歯周病治療前後における口腔内細菌叢の動態解析
T-RFLP 法を用いて歯周病治療前後における口腔内細菌叢の動態解析を行ったところ、治療
前後において T-RFLP パターン（歯肉縁下プラーク中の細菌叢）は著しく変化しており、治療
後において，治療前に観察された約 100 bp および 1000 bp 付近の T-RF が消失することを明ら
かにした。16S rRNA 遺伝子クローンライブラリー法によって詳細に解析してみると，これら
の T-RF はそれぞれ Porphyromonas gingivalis，Prevotella intermedia および Peptostreptococcus 属
のファイロタイプであることが明らかとなった。さらに，リアルタイム PCR 法によって治療
前後における P. gingivalis の菌数の変化が認められ，治療前では全 T-RF ピークの内、7.6％だ
ったものが，治療後には 0.003％と著しく減少することを明らかにした。
12. ヒト糞便内細菌叢解析に用いるフォワードプライマーの評価研究
ヒトの大腸内細菌叢の多様性解析の一環としてユニバーサルプライマーの検討を行った。一
般に使用される 27F プライマーを用いて 16S rRNA 遺伝子ライブラリーまたは T-RFLP 解析を
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行った場合、Bifidobacterium 属の検出率が低くなることが知られている。そこで新たに 2 種類
のユニバーサルプライマー (35F と 529F) を設計し、T-RFLP 解析により Bifidobacterium 属の検
出が変化するか否か検討を行った。35F または 529F は Bifidobacterium 属の 16S rRNA 遺伝子
配列とミスマッチがないために、27F よりもアニーリングし易くなり、Bifidobacterium 属の検
出率が増加した。
13. 培養を介さない手法によるヒト腸内細菌の多様性解析
ヒト腸内細菌の構成は個体により多様な構成を示すことが知られている。腸管はヒトの最大の
免疫機構であり、腸内細菌を制御することにより健康保持、疾病の予防が期待されている。特
にアレルギー疾病は乳児から成人に広く発症しており、これらは腸内細菌の構成と密接に関連
していることが知られている。従って、個体の常在細菌がどのような変動を経て発症するか、
その多様性を明確にする必要がある。そこで本研究では、乳児性アトピー性皮膚炎や潰瘍性大
腸炎と腸内細菌との関連性を明らかにするために、健常人および患者の腸内細菌の分子生物学
的手法による多様性解析および技術開発に取り組んでいる。
14. ヒトの腸内細菌の機能遺伝子解析に関する研究
ヒトの腸内細菌の機能解析の一環として、ヒト糞便より抽出した細菌由来のゲノム
DNA(eDNA) を使用して、eDNA-PCR 法より 5 種類のキシラナーゼ遺伝子断片を取得した。大
腸内には異なったキシラナーゼ遺伝子が存在することが明らかとなった。最も高頻度に検出
したキシラナーゼ遺伝子 (xyn10A) の完全長のクローニングをし、さらに SOM (self-organizing
Map) 法により xyn10A 遺伝子の解析を行い、Bacteroidetes に属することも明らかとなった。
Xyn10A の特異的プライマーにより残りのキシラナーゼ遺伝子の検出を行ったところ、1 サン
プルより検出され、この xyn10A は食物繊維分解に関与していると考えられた。
T-RFLP のデータ解析
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研究発表（誌上発表） Ueno, R., Urano, N. and Suzuki, M. (2003) Phylogeny of the non-photosynthetic green micro-algal
genus Prototheca (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) and related taxa inferred from SSU and LSU
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Bai, F. -Y., Takashima, M., Zhao, J. -H., Jia, J. -H. and Nakase, T. (2003) Bullera anomala sp. nov. and
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Sugita, T., Takashima, M., Mekha, N., Poonwan, N., Malaithao, K., (2003) Thungmuthasawat, B.
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the Cryptococcus laurentii complex: Cryptococcus aureus, Cryptococcus carnescens and
Cryptococcus peneaus. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 53: 1187-1194.*
Fungsin, B., Takashima, M., Bai, F. -Y., Artjariyasripong, S. and Nakase, T. (2003) Bullera panici sp.
nov. and Bullera siamensis sp. nov., two new yeasts in the Bullera variabilis cluster isolated in
Thailand. Microbiol. Cult. Coll. 19: 23-32. *
Fungsin, B., Takashima, M., Artjariyasripong, S., Potacharoen, W. and Nakase, T. (2003) Bullera
sakaeratica sp. nov., a new species of ballistoconidium-forming yeast found in Thailand.
Microbiol. Cult. Coll. 19: 33-39. *
Sugita, T., Takashima, M., Kodama, M., Saito, M., Ito, T., Kato, Y., Tsuboi, R. and Nishikawa, A. (2003)
Description of a new yeast species, Malassezia japonica, and its detection in patients with atopic
dermatitis and healthy subjects. J. Clin. Microbiol. 41: 4695-4699.*
Nakase, T., Tsuzuki, S., Lee, F. -L., Sugita, T., Jindamorakot, S., Jang-ngam, H., Potacharoen, W.,
Tanticharoen, M., Kudo, T. and Takashima, M. (2003) Sporobolomyces magnisporus sp. nov., a
new yeast species in the Erythrobasidium cluster isolated from plants in Taiwan. J. Gen. Appl.
Microbiol. 49: 337-344.*
Nakajima, Y., Ho, C. C., and Kudo, T. (2003)
Microtetraspora malaysiensis sp. nov., isolated from
Malaysian primary dipterocarp forest soil. J. Gen. Appl. Microbiol. 49: 181-189.*
Matsuyama, H., Yumoto, I., Kudo, T., and Shida, O. (2003) Rhodococcus tukisamuensis sp. nov.,
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2003~2004
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isolated from soil. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 53: 1333-1337.*
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Sakamoto, M., Hayashi, H. and Benno, Y. (2003) Terminal restriction fragment length polymorphism
analysis for human fecal microbiota and its application for analysis of complex bifidobacterial
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Laine R., Salminen S., Benno Y., and Ouwenhand A.C. (2003) Performance of bifidobacteria in
oat-based media. Int. J. Food Microbiol., 83: 105-109 .*
Itoh, T., Nomura, N. and Sako, Y. (2003) Distribution of 16S rRNA introns among the family
Thermoproteaceae and their evolutionary implications. Extremophiles, 7, 229-233.*
Itoh, T., Suzuki, K., Sanchez, P. C. and Nakase, T. (2003) Caldisphaera lagunensis gen. nov. sp. nov. ,
a novel thermoacidophilic crenarchaeote isolated from a hot spring at Mt. Maquiling, Philippines.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 53, 1149-1154.*
Kurosawa, N., Itoh,Y. H. and Itoh, T. (2003) Reclassification of Sulfolobus hakonensis Takayanagi et
al. 1996 as Metallosphaera hakonensis comb. nov. based on the phylogenetic evidence and G+C
content of its DNA. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 53, 1607-1608.*
Hamana, K., Tanaka, T., Hosoya, R., Niitsu, M. and Itoh, T. (2003) Cellular polyamines of the
acidophilic, thermophilic and thermoacidophilic archaebacteria, Acidilobus, Ferroplasma,
Pyrobaculum, Pyrococcus, Staphylothermus, Thermococcus, Thermodiscus and Vulcanisaeta. J.
Gen. Appl. Microbiol., 49, 287-293.*
Sugita, T., Tajima, M., Takashima, M., Amaya, M., Saito, M., Tsuboi, R., and Nishikawa, A. (2004)
A new yeast, Malassezia yamatoensis, isolated from a patient with seborrheic dermatitis, and its
distribution in patients and healthy subjects. Microbiol. Immunol. 48: 579-583.*
Kageyama, A., Yazawa, K., Kudo, T., Taniguchi, H., Nishimura, K., and Mikami, Y. (2004) First
isolates of Nocardia abscessus from humans and soil in Japan. Jpn. J. Med. Mycol. 45: 17-21.*
Nakase, T., Tsuzuki, S., Lee, F. –L., Jindamorakot, S., Jang-ngam, H., Potacharoen, W., Tanticharoen, M.,
Kudo, T. and Takashima, M. (2004) Bullera begoniae sp. nov. and Bullera setariae sp. nov., two
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new species of ballistoconidium-forming yeasts in the Bullera variabilis（Bulleribasidium）cluster
isolated from plants in Taiwan. Mycoscience 45: 287-294.*
Thawai, C., Tanasupawat, S., Itoh, T., Suwanborirux, K., and Kudo, T. (2004) Micromonospora
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Hayashi, H., Sakamoto, M. and Benno, Y. (2004) Evaluation of three different forward primers
by terminal restriction fragment length polymorphism analysis for determination of fecal
Bifidobacterium spp. in healthy subjects. Microbiol. Immunol., 48, 1-6.*
Saito, Y., Sakamoto, M., Takizawa, S. and Benno, Y. (2004) Monitoring the cell number and viability of
Lactobacillus helveticus GCL1001 in human feces by PCR methods. FEMS Microbiol. Lett., 231,
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Kitahara, M., Sakata, S., Sakamoto, M. and Benno, Y. (2004) Comparison among fecal secondary
bile acid levels, fecal microbiota and Clostridium scindens cell numbers in Japanese. Microbiol.
Immunol., 48, 367-375.*
Sakamoto, M., Suzuki, M., Huang, Y., Umeda, M., Ishikawa, I. and Benno, Y. (2004) Prevotella shahii
sp. nov. and Prevotella salivae sp. nov., isolated from the human oral cavity. Int. J. Syst. Evol.
Microbiol., 54, 877-883.*
Sakamoto, M., Huang, Y., Ohnishi, M., Umeda, M., Ishikawa, I. and Benno, Y. (2004) Changes in oral
microbial profiles after periodontal treatment as determined by molecular analysis of 16S rRNA
genes. J. Med. Microbiol., 53, 563-571.*
Kibe, R., Sakamoto, M., Hayashi, H., Yokota, H. and Benno, Y. (2004) Maturation of the murine cecal
microbiota as revealed by terminal restriction fragment length polymorphism and 16S rRNA gene
clone libraries. FEMS Microbiol. Lett., 235, 139-146.*
Matsumoto M., Ohishi H., Kakizoe K. and Benno, Y. (2004) Faecal microbiota and secretory
immuno-globlin A levels in adult patients with atopic dermatitis. Microb. Ecol. Health Dis., 16:
13-17.*
Matsumoto M., Tani H., Ohishi H., Watanabe M., and Benno, Y. (2004) H-ATPase activity in
bifidobacteria with special refference to acid tolerance. Int. J. Food Microbiol., 93: 109-113.*
Seearunruangchai, A., Tanasupawat, S., Keeratibibul, S., Thawai, C., Itoh, T. and Yamada, Y. (2004)
Identification of acetic acid bacteria isolated from fruits collected in Thailand. J. Gen. App.
Microbiol., 50, 47-53.*
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BRC Annual Report
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斎藤康雄 , 吉村 , 斎藤和代 , 瀧澤悟 , 辨野義己 (2003) Lactobacillus helveticus GCL1001 を
107cfu /g 含む発酵乳の健康成人の排便状況および糞便内細菌叢に及ぼす影響 .
健康・栄
養食品研究 , 6(1): 1-9.*
内田健治 , 明石啓子 , 楠木移津美 , 池田隆幸 , 元島英雄 , 辨野義己 (2004) Bifidobacterium
lactics Bb-12 株含有発酵乳の摂取が女子学生の排便回数 , 便性状および糞便内菌叢に及ぼ
す影響ならびに過剰摂取による安全性 . 健康・栄養食品研究 , 7 (No.1): 1-14.*
片山員典 , 濱崎芳活 , 府中英孝 , 阿比留義博 , 杉山雅昭 , 山口正茂 , 辨野義己 (2004)
Bifidobacterium lactics BB-12 株含有ヨーグルトの健常者の排便状況および糞便内菌叢に及
ぼす影響と安全性 . 健康・栄養食品研究 , 7(No.2):1-9.*
（総説・解説）
Itoh, T. (2003) Taxonomy of nonmethanogenic hyperthermophilic and related thermophilic archaea. J.
Biosci. Bioeng., 96, 203-212.*
岡田元 (2003) 菅平とつくばと私 . つくば生物ジャーナル 2 (2003 年 4 月号 ): 152-153.
辨野義己 (2003) プロバイオティクスとは . 医学のあゆみ 207: 811-814.
松本光晴 , 辨野義己 (2003) プオロバイオティクスによる腸内環境改善効果 — 代謝産物
Polyamine による作用を中心に . 医学のあゆみ , 207: 851-856.
辨野義己 (2003) ヨーグルト , 週間朝日「健康食」, 108: 74-75.
辨野義己 (2003) ヨーグルト研究は腸内細菌の多様性および機能解析によりさらに進展する！ .
Dairy Japan, 27: 8-10.
辨野義己 (2003) 大腸健康法① , 大腸は病気の発信源 , 三七通信 , 19: 5 .
辨野義己 (2003) 大腸健康法② , 老化する腸年齢 , 三七通信 , 20: 5 .
坂本光央 (2004) 分子生物学的手法による歯周病原性細菌の検出・定量系の確立と口腔内細菌
叢の多様性解析に関する研究（黒屋奨学賞受賞論文）. 日本細菌学雑誌、59, 387-393.
坂本光央 (2004) 腸内フローラの構造解析：T-RFLP 法を用いた腸内細菌叢の解析 . 腸内細菌学
雑誌、18, 155-159.
辨野義己 (2004) 若くしよう腸年齢！ , 家の光 , 80: 88-89.
86
BRC Annual Report
2003~2004
微生物材料開発室
Microbe Division
上野輝彌 , 杉田治男 , 星野貴行 , 辨野義己 (2004) 座談会 , 魚の腸内フローラを語る . ヘルシ
スト ,164: 2-6.
辨野義己 (2004) 腸内細菌の全体像をつかみ、予防医学に役立てる . 理研ニュース , 272: 2-4.
辨野義己 ( 2004) 腸内環境とアトピー . あとぴナビ , 133: 1-5 .
辨野義己 (2004) 大腸健康法③ , 増える便秘の危険性 . 三七通信 , 21: 4.
辨野義己 (2004) 大腸健康法④ , 腸内細菌が病気を引き起こす . 三七通信 , 22: 4.
辨野義己 (2004) 腸内細菌研究とプロバイオティクス . Danone Report, pp. 2-6 .
辨野義己（監修）(2004) 腸内細菌の全体像をつかみ、予防医学に役立てる . 理研ニュース ,
272: 2-4.
辨野義己 (2004) プロバイオティクス研究の新展開 . 関東畜産学会報 , 54: 58-62.
辨野義己 (2004) 大腸健康法⑤ , プロバイオティクスで腸年齢を若返らせる , 三七通信 23: 4.
辨野義己 , 林秀謙 , 坂本光央 (2004) 腸内細菌プロファイル - 見えてきた腸内細菌の全貌 . 日
本食品微生物学会雑誌 , 21: 8-13 .
辨野義己 (2004) 見直される乳酸菌 . きょうの健康 , 195: 70-73.
辨野義己 (2004) 腸内細菌プロファイル−見えてきた腸内細菌の全貌 . 検査と技術 , 32:
479-480.
辨野義己 (2004) 病気予防に役立つ「腸内細菌プロファイル」−個人ごとに異なる大腸内細菌
叢 —. 臨床検査 , 52: 440-447.
辨野義己 (2004) 病気予防に役立つ「腸内細菌プロファイル」. Med. Technol. 32: 537-539.
辨野義己 (2004) 病気予防に役立つプロバイオティクス . 日本薬剤師会雑誌 , 56:1009-1013 .
辨野義己 (2004) 腸内細菌プロファイル − 見えてきた腸内細菌の全貌 . G. I. Research, 12:
291-298 .
辨野義己 (2004) 見えてきた乳児腸内細菌の全貌 . 特集「母乳を科学する」, 周産期医学
34:1333-1339.
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2003~2004
微生物材料開発室
Microbe Division
辨野義己 (2004) 「うんち」が語る。腸内環境を整えて腸を健康に . きのこ研だより , 25: 14-19 .
高島昌子 (2004) 酵母の種の分類と種内構造研究の現状 . 日本生物工学会誌 , 82: 526-528.
（プロシーディングス）
Itoh, T. (2004) Diversity and evolutionary implication of Archaea, the third domain of life. In
Proceeding of the Ninth International Symposium on Artficial Life and Robotics (ed. M.
Sugisaka and H. Tanaka), pp. 437-439, Ohita.
（書籍）
工藤俊章 , 高島昌子 (2003) 第 5 章微生物培養・保存 ( 廃液・廃棄物処理含む ). 板倉智敏 ,
遠藤勲 , 加納博義 , 城石俊彦 , 高木利久 , 二瓶好正編、これからの大学等研究施設
第2
編「生命科学編」, pp. 5-1-5-10, 文教施設協会 , 東京 .
日本植物分類学会国際植物命名規約邦訳委員会（大橋広好 , 永益英敏 , 黒沢高秀 , 邑田仁 , 中
井秀樹 , 根本智行 , 野崎久義 , 岡田元 , 米倉浩司） (2003) 第 16 回国際植物学会議 , ミズ
ーリ州セントルイス , 1999 年 7-8 月で採択された国際植物命名規約（セントルイス規約）
2000 日本語版 . 日本植物分類学会 , つくば .
辨野義己 (2003) 究極のヨーグルト健康法 — ここまでわかった乳酸菌パワー , pp 1-236, 講談社
+ α新書 , 東京 (2003).
辨野義己 , 牧野直子（監修）(2003) 乳酸菌って何だ？ pp. 1-96, マガジントップ , 東京 .
辨野義己 , 井上由香理 (2004) お腹すっきりの快感！乳酸菌パワーダイエット . pp. 1-95, 講談
社 , 東京 .
辨野義己 (2004) 腸内細菌の生態と機能 . 新ルーメンの世界 , 微生物生態と代謝機能 .
pp.534-543, 農村文化協会 , 東京 .
辨野義己 (2004) 乳酸菌 . 予防医学の権威がすすめる健康食事典，pp.288-293, 朝日新聞社 , 東
京.
辨野義己 (2004) 大腸内細菌叢の多様性解析とプロバイオティクスの機能 , 乳酸発酵の新しい
系譜 . pp. 285-312, 中央法規出版 , 東京 .
辨野義己 (2004) 乳酸菌・ビフィズス菌 , 食品衛生検査指針（微生物編）, pp.349-360, 日本
食品衛生協会 , 東京 .
辨野義己 (2004) 病気の根源は大腸にあった . pp.1-19, 日本体質改善研究会 , 東京 .
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2003~2004
微生物材料開発室
Microbe Division
坂本光央 , 辨野義己 (2004) 口腔内細菌を含むヒト口腔内細菌叢の解析 . 難培養微生物研究の
最新技術 — 未利用微生物資源へのアプローチ , pp. 157-164, シーエムシー出版 , 東京 .
林秀謙 , 坂本光央 , 辨野義己 (2004) 難培養性細菌を含むヒトの大腸内細菌叢の解析 . 難培養
微生物研究の最新技術 — 未利用微生物資源へのアプローチ , pp. 165-173, シーエムシー出
版 , 東京 .
辨野義己 , 伊藤隆 (2004) 難培養微生物をいかに系統保存化するのか . 難培養微生物研究の最
新技術 — 未利用微生物資源へのアプローチ , pp. 224-236, シーエムシー出版 , 東京 .
辨野義己 (2004) 乳酸菌 , 機能性食品ガイド , 吉川敏一 , 辻智子（編）pp. 422-429, 講談社 , 東
京.
辨野義己 (2004) べんのお便り . pp. 1-150, 幻冬舎 , 東京 .
岡田元 , 鈴木基文 (2004) 真核微生物（応用微生物学 , 塚越規弘編）, pp. 22-65, 朝倉書店 , 東
京.
Hayashi, H., Ohara, H., Sakamoto, M., and Benno, Y. (2004) Cloning, sequencing, and expression of
1,4- β -xylanase from human fecal microbiotain, pp. 412-417 , K. Ohmiya, K. Sakka, S. Karita,
and T. Kimura, Eds. Tokyo: Uni Publishers Co., Ltd..
研究発表（学会発表）（国際会議）
Takashima, M., Benno, Y. and Kudo, T. (2003) Expanding the biodiversity of microorganisms in Japan
Collection of Microorganisms. 1st FEMS Congress of European Microbiologists. June 29 - July 3,
Ljubljana, Slovenia, Abstract p. 85.
Takashima, M., Nakase, T., Tornai-Lehoczki, J., Deak, T. and Kudo, T. (2003) DNA polymorphism
found in the internal transcribed spacer (ITS) region of Udeniomyces pyricola. 1st FEMS Congress
of European Microbiologists. June 29 - July 3, Ljubljana, Slovenia, Abstract p. 206.
Takashima, M., Nakase, T., Tornai-Lehoczki, J., Deak, T. and Kudo, T (2003) Intraspecies
phylogeography of Udeniomyces pyricola based on the sequences of intergenic spacer region 1 of
rDNA. 23rd International Specialised Symposium on Yeasts, August, Budapest, Hungary, Abstract
p. 104.
Suzuki, M. (2003) Cell surface sugar chain structures in clades comprising of Candida species forming
ubiquinone-7 and related teleomorphic yeast genera 23rd International Specialised Symposium on
Yeasts, Budapest, Hungary, P.103.
Suzuki, M. (2003) Relationships between cell surface sugar structures and molecular phylogeny in
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2003~2004
微生物材料開発室
Microbe Division
Candida species forming Q7 and related teleomorphic yeast genera. International Symposium –
Research Center for Pathogenic Fungi and Microbial Toxicoses, Nov., Chiba University, Tokyo.
Takashima, M., Sugita, T., Benno, Y. and Kudo, T. (2003) Intraspecies diversity and population structure
of non-neoformans Cryptococcus spp. Frontier Studies and International Networking of Genetic
Resources in Pathogenic Microorganisms, International Symposium of Research Center for
Pathogenic Fungi and Microbial Toxicoses, Chiba University, Tokyo, Nov., Abstract p. 122.
Hayashi, H., Ohara, H., Sakamoto, M. and Benno, Y. (2003) Cloning, sequensing, and expression
of 1,4- β -xylanase from mixed population of human fecal microbiota. 2003, November. MIE
BIOFORUM 2003, Ise-shima, Japan
Saito, Y., Sakamoto, M., Takizawa, S. and Benno, Y. (2003) Monitoring the cell number and viability
of lactobacilli in human faeces by PCR methods. 2003, November. 2003 Second Asian Conference
on Lactic Acid Bacteria, Taipei, Taiwan, Nov.
Sakata, S., Ryu, C.S., Kitahara, M., Sakamoto, M., Hayashi, H., Fukuyama, M. and Benno, Y. (2003).
Molecular analysis of the genus Bifidobacterium by automated ribotyping and 16S rRNA gene
sequences analysis. Second Asian Conference on Lactic Acid Bacteria, Taipei, Taiwan Nov.
Dekio. I., Sakamoto. M., Hayashi, H., Kitahara, M., Nishikawa, T., Suematu, M. and Benno, Y. (2003)
Comprehensive profiling of skin microbiota as revealed by molecular analysis of 16S rRNA gene.
International Symposium of 21st Century COE Program, Keio University. Understanding and
Control of Life’s Function via Systems Biology, Yokohama, Japan, Nov.
Itoh, T. (2004) Diversity and evolutionary implication of Archaea, the third domain of life. The Ninth
International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 9th '04), Ohita, Jan.
Kitahara, M., Sakamoto, M., Takamine, F. and Benno, Y. (2004) Taxonomic and ecological study of
Clostridium species with bile acid 7 α -dehydroxylating activity, Anaerobe, Annapolis, USA, July
Sakamoto, M., Huang, Y., Ohnishi, M., Umeda, M., Ishikawa, I. and Benno, Y. (2004) Dynamics of
oral microbial profiles after periodontal treatment as determined by molecular analysis of 16S
rRNA genes. Anaerobe , Annapolis, USA, July.
Hayashi, H., Sakamoto, M., Kitahara, M. and Benno, Y. (2004) Culture-independent fecal microbiota in
elderly individuals identified by using 16S rRNA gene libraries and T-RFLP. Anaerobe, Annapolis,
USA, July.
Yoshikawa, N., Takashina, T. and Itoh, T. (2004) Characterization of a novel member of the order
Thermoplsamatales isolated from a solfataric field of Hakone Hot Spring. 5th International
90
Conference on Extremophiles, Cambrige-Maryland, Sep.
微生物材料開発室
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2003~2004
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（国内会議）
高島昌子 , 中瀬崇 , Tornai-Lehoczki, J., Deak, T., 工藤俊章 . (2003)
Udeniomyces pyricola の ITS
領域の DNA 多型 . 日本農芸化学会 2003 年度大会 , 講演要旨集 p.47, 東京 ,4 月 .
坂本光央 , 林秀謙 , 辨野義己 (2003) T-RFLP 法を用いた Bifidobacterium 属を含む大腸内細菌の
多様性の解析 . 2003 年 4 月 . 第 76 回日本細菌学会総会 , 熊本 , 4 月 .
林秀謙 , 坂本光央 , 北原真樹 , 辨野義己 (2003) 分子生物学的手法を用いた老人の大腸内細菌叢
の解析 . 第 76 回日本細菌学会総会 , 熊本 , 4 月 .
北原真樹 , 坂田慎治 , 坂本光央 , 辨野義己 (2003) 二次胆汁酸産生量に及ぼすヒト大腸内細菌叢
の影響 . 第 76 回日本細菌学会総会 , 熊本 , 4 月 .
坂田慎治 , 坂本光央 , 福山正文 , 辨野義己 (2003) 分子生物学的手法を用いた乳児の大腸内細菌
叢の解析 . 第 76 回日本細菌学会総会 , 熊本 , 4 月 .
木邊量子 , 坂本光央 , 辨野義己 (2003) マウス週齢の違いによる盲腸内細菌叢の T-RFLP 解析 .
第 76 回日本細菌学会総会 , 熊本 , 4 月 .
伊藤隆 , 野村紀通 , 左子芳彦 (2003) Thermoproteaceae 科における 16S rRNA イントロンの分
布とその進化的動態について . 日本微生物資源学会第 10 回大会 , つくば , 6 月 .
伊藤隆 , 都筑智子 , 辨野義己 (2003) 箱根の温泉から新規好熱性古細菌の分離について . 日本
Archaea 研究会第 16 回講演会 , 横須賀 , 6 月 .
岡田元 , 三井友宏 , 山岡裕一 (2003)
Ramularia 属の 1 種について ,
サビキン Coleosporium clematidis に寄生する不完全菌
日本菌学会第 47 回大会 , 札幌 , 6 月 .
坂本光央 , 辨野義己 (2003) T-RFLP 法を用いた大腸内細菌の多様性の解析 -Bifidobacterium 属菌
種の多様性解析への応用 -. 第 7 回腸内細菌学会 , 東京 , 6 月 .
林秀謙 , 坂本光央 , 北原真樹 , 辨野義己 (2003) 16S rDNA ライブラリーおよび T-RFLP による老
人の大腸内細菌叢の解析 . 第 7 回腸内細菌学会 , 東京 , 6 月 .
坂田慎治 , 外岡俊樹 , 石関しのぶ , 高田昌亮 , 坂本光央 , 福山正文 , 辨野義己 (2003) 分子生物学
的手法を用いた乳児の大腸内細菌叢の解析 . 第 7 回腸内細菌学会 , 東京 , 6 月 .
北原真樹 , 坂田慎治 , 坂本光央 , 辨野義己 (2003) ヒト大腸内細菌叢の二次胆汁酸産生量に及ぼ
す影響 . 第 7 回腸内細菌学会 , 東京 , 6 月 .
木邊量子 , 坂本光央 , 横田博 , 湯浅亮 , 辨野義己 (2003) T-RFLP 法によるマウス盲腸内細菌叢の
91
微生物材料開発室
BRC Annual Report
2003~2004
Microbe Division
週齢別モニタリング解析 . 第 7 回腸内細菌学会 , 東京 , 6 月 .
Pham Thi Ngoc Lan, 坂本光央 , 井藤光子 , 辨野義己 (2003) 加熱ストレス下におけるニワトリ腸
内細菌叢におよぼすプロバイオティクスの影響 . 第 7 回腸内細菌学会 , 東京 , 6 月 .
大原浩樹 , 深澤朝幸 , 村島弘一郎 , 野尻宙平 , 窪田英俊 , 坂本光央 , 林秀謙 , 辨野義己 (2003)
フラクトオリゴ糖のトリグリセライド低減効果 . 第 7 回腸内細菌学会 , 東京 , 6 月 .
坂田慎治 ,Chun Sun Ryu, 坂本光央 , 林秀謙 , 北原真樹 , 福山正文 , 辨野義己 (2003) 16S rDNA
塩基配列およびリボタイピングを用いた Bifidobacterium 属の系統解析 . 日本乳酸菌学会
2003 年度大会 , 相模原 , 7 月 .
Pham Thi Ngoc Lan, 坂本光央 , 井藤光子 , 辨野義己 (2003) T-RFLP 法による加熱ストレス下にお
けるニワトリ盲腸内細菌叢の構成におよぼすプロバイオティクスの影響 . 日本乳酸菌学
会 2003 年度大会 , 相模原 ,7 月 .
出川洋介 , 岡田元 , 松本淳 , 村山茂樹 , 山本幸憲 (2003)
日本産変形菌生菌類 I 分生子柄束形成
不完全菌 Polycephalomyces tomentosus について . 日本変形菌研究会信州八ヶ岳大会 2003
長野 , 7 月 .
高島昌子
(2003)
酵母の種の分類と種内構造研究の現状 , 日本生物工学会平成 15 年度大会
シンポジウムタイトル「実用酵母研究の現状と未来：ゲノム解析による育種の可能性」
, 講演要旨集 p.14, 熊本 , 9 月 .
高島昌子 , 鈴木基文 , 池田玲子 , 杉田隆 (2003) Non-neoformans Cryptococcus spp. の多様性 , 第
47 回日本医真菌学会総会 , 講演要旨集 p.108, 東京 , 10 月 .
高島昌子 , 中瀬崇 , Tornai-Lehoczki, J., Deak, T., 工藤俊章 (2003)
Udeniomyces pyricola の IGS1
領域の塩基配列に基づく集団構造解析 . 第 23 回に本微生物系統分類研究会年次大会 , 講
演要旨集
p.40, 清水 , 10 月 .
鈴木基文 , 中瀬崇 (2003) Candida guilliermondii および Candida famata のテレオモルフ属の多遺
伝子解析による系統分類 . 第４７回日本医真菌学会総会 , 東京 ,10 月 .
加賀谷けい子 , 鈴木基文 , 宮川洋三 , 深沢義村 (2003). 酵母の健康増進作用に関する研究 (4)
Candida kefyr の種内変異について , 第４７回日本医真菌学会総会 , 東京 ,10 月 .
小川裕由 , 鈴木基文 , 杉山純多 (2003) Mix によって分離された ’Taphrina’ 属３株の分子系統解
析に基づく再同定 , 第２３回日本微生物系統分類研究会年次大会 , 静岡 , 10 月 .
野村哲也 , 大草敏史 , 井奥艶子 , 別府加寿子 , 坂本直人 , 阿部哲史 , 小林修 , 寺井毅 , 三輪洋人 ,
92
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2003~2004
微生物材料開発室
Microbe Division
竹井謙之 , 萩原達雄 , 吉田功 , 岡安勲 , 坂本光央 , 林秀謙 , 辨野義己 , 佐藤信紘 (2003) 潰瘍
性大腸炎に対する多剤併用抗菌剤療法による大腸粘膜細菌叢の変化 . 第 45 回日本消化器
病学会大会 , 大阪 , 10 月 .
伊藤
隆 (2003) 好熱性古細菌（アーキア）の多様性と系統分類 . 超好熱古細菌の構造ゲノミ
クスのためのワークショップ , 播磨 , 11 月 .
吉川直人 , 高品知典 , 伊藤隆 (2004) 箱根から分離した新規好熱性古細菌の系統分類学的研究 . 日
本農芸化学会大会 2004 年度大会 , 広島 , 3 月 .
高島昌子 , 坂本光央 , 林秀謙 , 辨野義己 (2004) Differential display 法による射出胞子形成遺伝
子の探索 . 日本農芸化学会 2004 年度大会 , 講演要旨集 p.179, 広島 , 3 月 .
鈴木基文 (2004) Debaryomyces 属および Yamadazyma (Q9 をもつ Pichia) 属の分子系統分類 2004
年度日本農芸化学会大会 , 広島 , 3 月 .
井手美世香 , 鈴木基文 , 大熊盛也 , 宇佐美論 , 工藤俊章 (2004) 日本産シロアリからの酵母の分
離および同定（２）, 2004 年度日本農芸化学会大会 , 広島 , 3 月 .
鷺坂三奈子 , 川崎浩子 , 鈴木基文 , 関達治 (2004) 多種遺伝子を用いた Metschnikowiaceae の分
類体系の構築 , 2004 年度日本農芸化学会大会 , 広島 , 3 月 .
土居祥兌 , 出川洋介 , 小川裕由 , 岡田元 , 吹春俊光 , 服部力 , 柿嶌眞 , 勝本謙 , 杉山純多 , 津田盛
也 (2004)
と公開 ,
GBIF JAPAN プロジェクトによる日本の菌類保存機関所蔵標本データの電子化
平成 16 年度日本菌学会関東支部年次大会 , 東京 , 4 月 .
坂本光央 , 梅田誠 , 石川烈 , 辨野義己 (2004) ヒト口腔内から分離された Prevotella 属の新菌種
について . 第 77 回日本細菌学会総会 , 大阪 , 4 月 .
林秀謙 , 坂本光央 , 辨野義己：ヒト糞便内細菌叢解析に用いるフォワードプライマーの評価 .
第 77 回日本細菌学会総会 , 大阪 , 4 月 .
木邊量子 , 野中聡史 , 坂本光央 , 保坂奈美 , 横田博 , 石川博通 , 辨野義己 (2004) 腸管上皮間
T-cell による腸内細菌叢の統御 . 第 77 回日本細菌学会総会 , 大阪 , 4 月 .
坂田慎治 , 坂本光央 , 辨野義己 (2004) T-RFLP 法を用いた自然分娩および帝王切開分娩乳児の
大腸内細菌叢の動態解析 . 第 77 回日本細菌学会総会 , 大阪 , 4 月 .
坂本光央 (2004) 分子生物学的手法による口腔内フローラの解析 . 消化器プロバイオティクス
シンポジウム ’04, 東京 , 4 月 .
93
BRC Annual Report
2003~2004
微生物材料開発室
Microbe Division
大西真由子 , 梅田誠 , 坂本光央 , 黄怡 , 竹内康雄 ,Kyaw Thiha, 陳綺紋 , 石川烈 (2004) 定量的
PCR 法を用いた侵襲性歯周炎の歯周病原性細菌の検索 . 第 47 回春季日本歯周病学会学術
大会 , 鹿児島 , 5 月 .
岡田元 , Derlene Attili de Angelis, Vanderlei Perez Canhos (2004)
全菌について
ブラジル産担子菌系糸状不完
日本菌学会第 48 回大会 , 長崎 , 5 月 .
工藤卓二 (2004) 細菌の基準株の寄託機関としての役割 . 平成 16 年度理研シンジウム , 微生
物系統保存事業−その新展開 , 和光 .
伊藤隆 (2004) 難培養微生物の系統保存の現況と将来 . 平成 16 年度理研シンポジウム , 和光 ,
6月.
北原真樹 , 坂田慎治 , 辨野義己 (2004) 5 種類のサワー種から分離された Lactobacillus
sanfranciscensis の種内多様性 , 日本乳酸菌学会 2004 年度大会 7 月 , 仙台 .
吉川直人 , 高品知典 , 伊藤隆 (2004) 新規 Thermoplasmatales 目分離株の系統分類学的研究 .
日本 Archaea 研究会第 17 回講演会 , つくば , 7 月 .
長谷川秀夫 , 林秀謙 , 坂本光央 , 辨野義己 (2004) ヒト腸内細菌叢の多様性及びプロバイオティ
クスによる人参配糖体に対する代謝活性の標準化 . 第 21 回和漢医薬学会大会 , 富山 , 8 月
鈴木基文 , 浜野圭一 , 西垣功一 (2004) 温度勾配電気泳動法（TGGE）の病原性酵母の種同定お
よび株識別への応用（１）Candida 属および関連酵母について , 第４8 回日本医真菌学会
総会 , 横浜 , 9 月
木邊量子 , 坂本光央 , 林秀謙 , 横田博 , 辨野義己 (2004) マウス盲腸内細菌叢における特異性細
菌群の検索 . 第 138 回日本獣医学会学術集会 , 札幌 , 9 月 .
94

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