Spartan for Windows クイックリファレンス

Spartan for Windows クイックリファレンス
ツールバーのボタン
新規ファイル作成
Output ウィンドウを開く
新規スケッチ作成
Properties パネルを
表示させる／隠す
既存ファイルを開く
分子軌道を表示させる
現在のドキュメント
ファイルを閉じる
Surfaces ダイアログを開く
ファイルを保存する
Spectra パネルを開く
前の状態に戻す
Spreadsheet ウィンドウを開く
設定
Plots を作成する
ビューモード
（モデルキットパネルの消去）
印を付ける
Build（分子作成・編集）
モード
データベースを探査する
スケッチモード
Calculations ダイアログを開く
Build モードのボタン
選択した原子を削除する
選択した 2 原子間に結合を作成する
選択した結合を切断する
構造を整える
有機分子用パレットの表示
無機分子用パレットの表示
ペプチド用パレットの表示
ヌクレオチド用パレットの表示
置換基用パレットの表示
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マウスの操作方法
以下の機能はツーボタンマウスで使用できます。
マウスのボタン
キーボード
左クリック
右クリック
通常
選択、X/Y 軸回転、
X/Y 軸移動
原子の置換 a
Shift キー
範囲選択、Z 軸回転
拡大縮小 b
Ctrl キー
全体の X/Y 軸回転
全体の X/Y 軸移動
Shift+Ctrl キー
複数の選択、
拡大縮小 b
全体の Z 軸回転 c
Ctrl キー
部分的な X/Y 軸回転
部分的な X/Y 軸移動
（分子作成モード）
キラル反転 a
Shift+Ctrl キー
部分的な Z 軸回転
拡大縮小 b
結合の回転
結合の伸縮
（分子作成モード）
Alt キー
a) ダブルクリック
b) 拡大縮小の操作は常に全体の分子に適用されます。
c) 全体の回転は回転の中心を分子ごとの中心か全体の中心かの選択ができます。この切り替え
は Options メニューの Preferences ダイアログの中で設定することが出来ます。
キーボードの操作方法
以下のようなキーボードによる操作方法があります。
キーボード
Page Up
Page Down
機能概要
① 複数分子を同時に開いている時、制御するファイルを順次切り
替えることが出来ます。
② Spreadsheet を開いている時、表示幅単位でのスクロール
③ Output リストを表示している時、表示幅単位でのスクロール
Home
End
↑↓→←
Spreadsheet を開いている時
Home で一行目へ、End で最終行へ移動する
Spreadsheet 内のセルの選択部分の移動
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共通のオペレーション (Windows)
このマニュアルで紹介する演習は全て以下の様な流れで作業します。
（１）新規ファイルを作成して、分子を構築する。
（２）計算の設定をし、ジョブを投入する。
（３）結果を表示する。
（４）ファイルを閉じる。
頻繁に使用する操作について先にまとめておきます。
1. Spartan を起動します。
スタートボタンから全てのプログラム＞Spartan を選択して起動します。
図のように既にメニューに表示されている場合もあります。デスクトップのショートカットア
イコンがあればダブルクリックしても起動できます。
初期画面が起動したら図のように右上のフルスクリーンボタンを押します。
そのままでは初期の起動画面サイズが小さく、すべての情報が表示されないことがあります。
フルスクリーンにすると右上のボタン表示は下図のようになります。
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2. 新規ファイルを作成して分子の構築を始めます。
をクリックすると表示画面が作業画面（左：以下ワークスペースといいます）とモデル
キットパネル（右）に分割されます。ワークスペースに分子を構築します。
3. 計算の条件設定を行います。
Setup メニューかツールバーのアイコンで Calculations ダイアログを開きます。図はデフォルト
の状態です。
4. ジョブを投入します。
Calculations ダイアログの右下の Submit ボタンをクリックするか、Setup メニューから Submit を
選択します。
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ファイル保存のダイアログが現れます。
Spartan では、自動的に Spartan（番号）.spartan という名前がつきます。
ダイアログ右下の保存ボタンを押すとジョブが実行されます。
ジョブがスタートした時のメッセージです。
OK ボタンを押してメッセージを閉じてください。
ジョブが正常に終了すると、次のようなメッセージが現れます。
OK ボタンを押してメッセージを閉じてください。メッセージを消去すると同時に分子の表示
が計算結果を反映したものに置き換えられます。
５. ジョブの出力リストを確認します。
Display メニューか、ツールバーから Output を選び出力リストを確認します。
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６. 実行中のジョブの状況を確認します。
Options メニューから Local Monitor を選びジョブモニターを起動します。
表示されている実行中のジョブ名をクリックすると下のウインドウに計算の状況が表示されま
す。
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７. 実行中のジョブを停止させます。
実行中のジョブ名をクリックした状態でジョブモニターの Actions メニューから Terminate を選
択するとジョブを停止できます。
ジョブが停止(kill)されたことがメッセージに表示されます。
８. ファイルを閉じて演習を終了します。
クローズボタンをクリックするか、File メニューから Close を選択します。
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保存したことがないファイルの場合には次のような保存確認のメッセージが表示されます。
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