ホストXファイル

原子力数値解析学
序論
数値解析とは
方程式の数学的に解いて解を得ない。
数値を代入して計算し、解であるかどうかを判定する。
例
数学的解法
x 2 − 2x + 1 = 0
(x −1)2 = 0
x =1
数値解法
y = x 2 − 2x + 1
x = 0, y = 1 ≠ 0
x = 0.2, y = 0.64 ≠ 0
x = 0.4, y = 0.36 ≠ 0
x = 0.6, y = 0.16 ≠ 0
x = 0.8, y = 0.04 ≠ 0
x = 1.0, y = 0
x = 1.2, y = 0.04 ≠ 0
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数値解析のどの部分に関わるか
問題の設定（方程式）
モデル化
離散化（代数方程式の作成）
プログラム作成
計算
計算結果の評価
汎用コードの利用
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問題（解析対象）
System
問題の単純化
Simplified system
仮定 Assumptions
方程式・モデル
Equations, Models
検証 Verification
解法 Scheme
計算機・プログラム
（Tool)
Compiler (Fortran, C)
結果 Result
評価 Evaluation
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フローチャート
Flow chart
Input
体系（メッシュ分割）
物性値
SolidWorks
Mesh generator
ライブラリ
Library
初期条件・境界条件
計算 Calculation
収束判定
結果の出力 Output
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解析Toolの準備
TSUBAME2.5
Windows PC
・TSUBAME2.5で計算
ファイル転送ソフト
（例 WinSCP)
通信ソフト（例TeraTerm）
X端末（例 Xming, Astec-X）
・PCのWindows上で計算
利用申請東工大Portal
TSUBAME2.5利用ポータル
Linux PC
・TSUBAME2.5で計算
ファイル転送 Ftp
通信あり
X端末あり
・PCのLinux上で計算
（Windows上にLinuxインストール可）
Fortranコンパイラ(高価、Freeあり）
Cコンパイラー（Free)
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Windows PCだけで計算する場合
Fortran, C, Basicのコンパイラーをインストールする。
z市販コンパイラー Compaq Visual Fortran
zフリー・コンパイラー Force、g95、グラフィックスgnuplot
Fortran 95 compiler g95
Please open G95manual, page 4. The command is:
>wget -0 - http://ftp.g95.org/g95-x86-linux.tgz | tar xvfz -ln -s
$PWD/g95-install/bin/i686-pc-linux-gnu-g95 /usr/bin/g95
あるいは
http://www.g95.org/downloads.shtml
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TSUBAME2.5に接続して
Windows PCで計算する場合
TSUBAME2に利用申請する。
下記のソフトウェアをインストールする。
z通信ソフト
TeraTerm
zファイル転送ソフト WinSCP
z鍵ペア作成ツール puttygen.exe
zX端末
Astec-X、Xming
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TeraTerm
zダウンロード
http://www.forest.impress.co.jp/lib/inet/servernt/remote/utf8teraterm.html
z設定→SSH鍵生成→ポータルよりupload
zX端末の設定 ssh転送「リモートの（X)アプリケーションを
ローカルのXサーバーに表示する」をチェック
z接続
TCP/IP ホスト：login-t2.g.gsic.titech.ac.jp または
ユーザー[email protected]
ユーザーID、パスワード（学内） SSH鍵（学外）入力
X端末
z市販ソフト Astec-X (推奨）
zFreeware Xming
http://www.astec-x.com/
http://www.itmedia.co.jp/enterprise/articles/0708/16/news008.html
http://www.straightrunning.com/XmingNotes/
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WinSCP (ファイル転送）
ダウンロード
http://winscp.net/eng/docs/after_installation?v=502&lang=en/
1. リモートホスト登録
・WinSCPを起動したら「新規」ボタンをクリック。
・「ホスト名」「ユーザ名」および「秘密鍵」(PuTTY用秘密鍵)を指定する。
・「ポート番号」は 22 です。
・「プロトコル」はSCP, SFTPどちらでもよい。
2. ログイン
・左メニューの「保存したセッション」にて使用するセッション名をダブルクリックする。
・パスフレーズを聞かれるので入力しログインする。
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鍵ペア作成ツールputtygen.exe
zダウンロード http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html
z「PuTTY」のツール。WinSCPでも使用する鍵作成ツール。
鍵ペア作成
puttygen.exe で鍵ペアを作成する。TeraTermで利用する場合は秘密鍵は変換処理が必要である。
・puttygen.exeを起動
・下の「Parameters」で作成したい鍵の種類(SSH1 RSA・SSH2 RSA・SSH2 DSA)をチェック
・「Generate」ボタン押下。
・マウスを動かす(マウスポインタの位置が乱数の基数となるため)
・鍵作成が完了したらパスフレーズを入力
・「Save public key」,「Save private key」ボタンをそれぞれ押下し鍵ファイル名を指定して保存
(公開鍵名は～.pub とすると分かりやすい。秘密鍵には自動的に～.ppk となる)
・「Public key for pasting into OpenSSH authorized_keys file」に表示されている公開鍵文字列(一行の
文字列)をテキストファイルに保存（ファイル名public.txtとする）
→SSH2 RSA, DSA鍵をTeraTermで使用するにはさらに作業を実施する。
2. 秘密鍵の変換（SSH1 RSAでは必要ない）
・puttygen.exe を起動
・「load」ボタン押下し変換したい秘密鍵を選択
・「Conversions」の「Export OpenSSH key」選択
・ファイル名を指定して秘密鍵を変換し保存
3. 公開鍵の設置
public.txtに保存した公開鍵の内容をリモートホストの ~/.ssh/authorized_keys へ追加する。
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TSUBAME2.5の利用
z利用申請 (User-ID取得)
ポータルより
利用者メニュー
・パスワード設定
・SSH公開鍵アップロード
利用の手引き
zPCから接続（リモートログイン）
$ ssh -Y login-t2.g.gsic.titech.ac.jp -l USER-ID
zコンパイル
$ pgf95 sample.f
$ pgccsample.c
zプログラム作成
$ emac sample.f
z計算実行
$ ./a.out
ファイルの入出力
write(10,*) → fort.10
read(20,*) ← fort.20
zFLUENTの利用
$ fluent
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Linux PC上の計算
zメールソフトをインストールする。
例 Ubuntu ダウンロード→ＣＤ作成
zソフトウェアをインストールする。
Terminalより
>sudo apt-get install ソフトウェア名
gcc：
C コンパイラー
gfortran： Fortran コンパイラー
emacs23： Editorソフト（Text editorでも編集可能）
zコンパイルする。
Terminalより
>gfortran ソースファイル名
z実行する。
>./a.out
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Linux PC から
TSUBAME2.5に接続して計算
zLinuxをインストールする。
例：UBUNTU
zPCから接続（リモートログイン）
$ ssh -k [email protected] -Y
ここで
k: 1 または 2
-Y: X-window起動後につける
zPCとホストの間のファイル転送
FTPソフトのインストール（例 FileZilla）
(UBUNTUソフトウェアセンターでインストール）
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