新製品のご紹介解析ソフトシリーズがパワーアップして登場！ ▲ ウェットとドライの実験情報をまとめて管理！ DNASIS ReportPad® V1.5 製品コード SK210 ￥450,000 ＊本製品は日立ソフトウェアエンジニアリング社の製品です。 ● 解析に使用する配列データや解析パラメータ解析結果を一括管理し、効率的に整理できます。 ● 解析に使う研究フローを作成して再利用でき、共有化によって利用者間や研究室内で解析手順を標準化できます。サンプルの抽出サンプルの抽出方法を記述します。抽出プロトコルの電子ファイルを関連付けします。ファイルはドラッグ＆ドロップで簡単に関連付けすることができます。 PCR 実験におけるプライマー設計など、コンピュータで解析した情報をもとに実験を行うことが多くなりました。今回 ® ご紹介する DNASIS ReportPad では、バイオインフォマティクス解析ツールのデータと実験データを共に管理するターゲット配列の選択実験に利用する配列を配列ビューワを見ながら選択します。配列は、NCBIのウェブサイトから直接インポートすることができます。ことができます。また、解析フローを定義することで、実験・解析手順をテンプレート化したり、実験に関連する電子データの一括管理を行うことができます。さらに検索機能も備え、日々蓄積する研究データの管理やデータの検索がスムープライマーデザイン Primer3でプライマー設計を行います。ズに行えます。 DNASIS ReportPad® は、皆様の研究に最適なバイオインフォマティクスの統合環境を創ります。プライマー発注の記録 ® ■ DNASIS ReportPad の特長 ● 解析結果にコメントや画像等を一緒に記録できます。 ● ノート形式で解析結果を蓄積してページとして保存できキーワード検索やラベル（タグ）検索で D N A S I S ReportPad® 上のデータを検索できます。 ● PCR実験 PCR実験の条件を記述します。ます。 ● プライマー発注情報を記載した Excelファイルを関連付けします。解析フロー（解析の流れや解析ツールのパラメータ設定）電気泳動電気泳動結果の画像ファイルを貼り付けます。を定義して保存し、再利用することができます。 ● ユーザー間で、保存した解析フローを共有し解析手順を標準化できます。判定 ® ■ DNASIS ReportPad によるＰＣＲ実験支援例実験結果についてのコメントを記述します。図 1 では、DNA サンプルの抽出の前段階から PCR 実験後の判定までを例に、データや解析結果を管理する例を示します。 DNASIS ReportPad® を利用して普段行う PCR 実験の手順を保存することで、手順を標準化し、ユーザー間で結果や上記の手順をDNASIS ReportPad® のページに保存してテンプレートにすることで、別の実験時に利用したり、研究室のメンバー間で実験手順を共有化したりすることができます。図１ DNASIS ReportPad® による PCR 実験支援例プロセスを共有化できます。 ■ デモ版配布中また、DNA 配列やプライマー配列、プライマー設計結果 DNASIS ReportPad® のデモ版を日立ソフトウェブサイトとプライマー設計ツール（Primer3）のパラメータなど「ドから配布しております。PCR 実験支援のサンプルデータライ」実験の情報と、DNA 抽出や PCR 実験、電気泳動なもデモ版と共にダウンロードできますので、是非お試しくど「ウェット」実験の情報を一つの場所で管理することがださい。できます。実験に関連する電子データのリンクを貼り付け日立ソフトライフサイエンスウェブサイトることもできますので、関連データの散逸を防ぐことがで URL: http://hitachisoft.jp/products/lifescience/ きます。 44 ● BIO VIEW No.55 ▲ DNA シーケンスアセンブルソフトウェア - SNPs 探索機能を強化 SEQUENCHER™ V4.8 for Windows 製品コード 9261 ２００７年１２月バージョンアップ！ ¥880,000 SEQUENCHER™ V4.8 for Macintosh 製品コード 9260 ¥680,000 ＊本製品は米国 Gene Codes 社の製品で、日本では日立ソフトウェアエンジニアリング社が総輸入販売元です。 ● SEQUENCHERTM（シーケンチャー）は DNA シーケを利用し、指定した領域に注目して、バリアンステーブルンスアセンブルや SNPs 探索を支援する機能を提供しを作成できるようになりました。ます。 ● ● DNA シーケンスアセンブルでは、各種 DNA シーケン ■ レポート機能の強化サーから出力された波形データの表示、トリミング機能、バリアンステーブルの結果を整形して下記の 4 種類のレポ強力なアセンブル機能を支援します。ートとして出力できるようになりました。作成したレポー最新バージョンでは、SNPs 探索の支援をより強化するトは印刷したり、PDF ファイルに保存したりすることがでために、アミノ酸配列レベルで配列間の比較を行える翻きます。訳バリアンステーブル作成機能、指定した領域に注目し ● Variance Table Report ● Individual Variance Report ● Variance Detail Report 参照配列と比較した配列間の違いを出力します。て比較する機能、比較結果のレポート作成機能等が追加されました。参照配列と個々の配列間の違いを出力します。 ■ アミノ酸配列の変異を確認変異位置での波形情報やセカンダリピークの情報も含 ∼翻訳バリアンステーブルの追加∼ めて出力します。 TM これまでの SEQUENCHER では、コンティグや参照配列の塩基配列同士を比較して、その変異差を表にまとめて表示するバリアンステーブル作成機能がありました。 ● Population Report 参照配列と比較した際の変異数を集計して出力します。 V4.8 からは、翻訳した参照配列やコンティグとフラグメント配列を比較して、変異を表にまとめて表示する翻訳バリアンステーブル（Translated Variance Table）作成機能が追加されました。翻訳バリアンステーブルは、バリアンステーブル、波形データ、アセンブル結果を同じ画面で連動して参照することができます（図 2）。図 3 Variance Table Report と Variance Detail Report ■ 最新の OS に対応 SEQUENCHERTM V4.8 for Windows は Windows Vista® に対応しています。SEQUENCHERTM V4.8 for Mac は、Mac OS X Leopard（10.5）に対応しています。 ■ SEQUENCHERTM V4.8 デモ版日立ソフトのウェブサイトからデモ版をダウンロードできますので、是非お試しください。図 2 翻訳バリアンステーブルとアラインメント、波形データを同時参照日立ソフトライフサイエンスウェブサイト http://hitachisoft.jp/products/lifescience/ ■ 指定した領域の変異を確認 GenBank フラットファイルに記述しているアノテーショ注）デモ版では保存、ファイル出力に制限がありますので、レポート作成機能はお試しいただけません。ご了承ください。ンを読み込み、Exon、CDS、Mutation などの Feature Key BIO VIEW No.55 ● 45