Laboratorio di Citogenetica e Genetica Molecolare Dipartimento di Medicina Molecolare e Traslazionale Università degli Studi di Brescia CARTA DEI SERVIZI 2014 M-AMM-01 Rev. del 30/05/2014 1 di 8 Il Laboratorio di Citogenetica e Genetica Molecolare (LCGM) dell’Università di Brescia è situato presso il Dipartimento di Medicina Molecolare e Traslazionale, viale Europa 11, corpo A, piano terra (tel 030.3717269, fax 030.3717382, mail [email protected], web www.lcgmgeneticamedica-unibs.it) E’ un Servizio di Genetica Medica specializzato, accreditato al Servizio Sanitario Regionale (SSR Lombardia n. 399). Eroga prestazioni nelle seguenti branche: - citogenetica - citogenetica molecolare - genetica molecolare - genetica clinica (consulenza genetica) 1. CITOGENETICA La citogenetica è la branca della genetica umana che studia il patrimonio cromosomico degli individui, cariotipo, per identificare eventuali anomalie, numeriche o strutturali, dei cromosomi stessi che sono alla base di condizioni patologiche specifiche, inclusa l’infertilità. L’analisi del cariotipo può essere eseguita sia in epoca prenatale, sia in epoca postnatale. In epoca prenatale l’analisi del cariotipo viene eseguita sulle cellule del liquido amniotico o su quelle dei villi coriali e permette di capire se il feto è portatore di alterazioni cromosomiche. In epoca postnatale l’analisi del cariotipo viene generalmente eseguita sui linfociti del sangue periferico e permette di riconoscere anomalie cromosomiche che si associano ad una condizione patologica, ad una riduzione della fertilità o ad una maggiore probabilità di generare figli affetti da patologia cromosomica. In ambito oncoematologico lo studio del cariotipo su sangue midollare è impiegato per l’identificazione di riarrangiamenti cromosomici acquisiti tipici delle neoplasie ematologiche, per il monitoraggio della terapia e del trapianto midollare. Prenatale Cariotipo costituzionale su liquido amniotico (metodo in situ) Cariotipo costituzionale su villi coriali (metodo diretto e coltura) Cariotipo costituzionale su sangue fetale Cariotipo costituzionale su materiale abortivo Postnatale Cariotipo costituzionale su sangue periferico (standard e/o alta risoluzione) Cariotipo costituzionale su sangue periferico per : studio riarrangiamenti cromosomici indotti (Bleomicina e/o DEB) studio del mosaicismo cromosomico Cariotipo costituzionale su fibroblasti cutanei Oncoematologica Cariotipo su sangue midollare Cariotipo su sangue periferico non stimolato M-AMM-01 Rev. del 30/05/2014 2 di 8 2. CITOGENETICA MOLECOLARE Le indagini di citogenetica molecolare, FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) ed Array CGH, si basano sul legame selettivo di sonde di DNA, coniugate con coloranti fluorescenti (fluorocromi), che riconoscono sequenze complementari a quelle presenti su un cromosoma o su un suo segmento. Analisi FISH Possono essere utilizzate sonde: centromeriche, che permettono rapidamente di evidenziare anomalie numeriche dei cromosomi; painting, che colorano l’intero cromosoma, utili per classificare anomalie cromosomiche strutturali; locus-specifiche, che consentono di riconoscere specifici loci evidenziando delezioni e/o duplicazioni submicroscopiche; telomeriche, che identificano specificamente le regioni subtelomeriche presenti alle estremità dei cromosomi. La FISH offre una maggior risoluzione rispetto al cariotipo convenzionale, consente una migliore definizione di riarrangiamenti cromosomici, la caratterizzazione di anomalie strutturali non evidenziabili alla citogenetica classica che includono sindromi da microdelezioni, duplicazioni, traslocazioni criptiche, riarrangiamenti complessi, marcatori cromosomici. Limite della metodica è la specificità per il solo tratto di DNA interrogato. Tra le sindromi da microdelezione/microduplicazione indagate le principali sono: Geni analizzati /regione cromosomica Patologia Angelman Sindrome di SNRPN/UB3A (15q11-q13) Catch 22 (Di George Sindrome di) TUPLE/TBX1 (22q11.2) Cri Du Chat Sindrome di CTNND2/D5S2874 (5p15.2) Di George II Sindrome di DGCRII/D10S547(10p14) Kallmann Sindrome di KAL (Xp22.3) Miller Dieker Sindrome di PAFAH1B1 (17p13.3) Pallister Killian Sindrome di Telomero (12p) Prader Willi Sindrome di SNRPN (15q11-q13) Smith Magenis Sindrome di RAI1 (17p11.2) Williams Sindrome di ELN (7q11.23) Wolf Hirschorn Sindrome di WHSC1 (4p16.3) Ritardo Mentale idiopatico isolato o sindromico Riarrangiamenti regioni subtelomeriche (telomeri) Sul versante oncoematologico i principali riarrangiamenti indagati sono: Patologia Geni analizzati /regione cromosomica Traslocazione PML/RARA t(15;17) (q22;q21) Traslocazione AML/ETO t(8;21) (q21;q22) Leucemia Mieloide Acuta (LMA) Inv (16) (p13;q23) Delezioni FIP/Chic/PDGFRA (4q12) Delezione PDGFRB (5q33) M-AMM-01 Rev. del 30/05/2014 3 di 8 Studio MLL (11q23) Traslocazione M-bcr/abl t(9;22) (q34;q11) Leucemia Mieloide Cronica (LMC) Iso 17q Mieloma Multiplo Delezione/Traslocazioni (13q14)/t(11;14)/t(4;14)) Retinoblastoma Delezione RB1 (13q14.2) Altre prestazioni della branca Studi interfasici post-trapianto di midollo osseo (allogenico/autologo) Array-CGH ( Comparative Genomic Hybridization) L’ Array-CGH viene impiegata per identificare perdite o acquisizionI di sequenze genomiche lungo l’intero genoma in un unico esperimento con una risoluzione superiore a quella possibile con le tradizionali tecniche di citogenetica classica su metafasi. Questa tecnologia è basata sull’uso di un campione di DNA test e uno di controllo, marcati con fluorocromi diversi e ibridati contemporaneamente a DNA targets legati (“spottati”) su un supporto di vetro. Analisi Array CGH Eseguita in service 3. GENETICA MOLECOLARE Le indagini di genetica molecolare consistono nello studio del DNA e dei suoi prodotti, RNA e proteine, le cui alterazioni possono essere correlate o responsabili di una particolare condizione genetica. Attraverso l’analisi molecolare è possibile identificare mutazioni geniche responsabili o predisponenti a malattie genetiche. Le analisi molecolari possono essere eseguite in epoca prenatale o postnatale a partire da diversi tipi di materiale biologico. Tali indagini sono svolte a fini assistenziali (inquadramento diagnostico e ottimizzazione terapeutica), di prevenzione (consulenza genetica preconcezionale e prenatale), e di ricerca (identificazione di nuove mutazioni, ricerca di correlazioni genotipo/fenotipo). Le analisi molecolari in epoca prenatale possono essere eseguite a partire da: villi coriali, cellule del liquido amniotico, sangue fetale, biopsia cutanea fetale, materiale abortivo Le analisi molecolari in epoca postnatale possono essere eseguite a partire da: sangue periferico, biopsie tissutali. Le analisi molecolari disponibili sono: Patologia Geni indagati Metodo Anemia Falciforme (drepanocitosi) HBB seq Aneuploidie 13,18,21 X e Y Polimorfismi cromosomi 13,18,21,X e Y QF-PCR Angelmann, Sindrome di Regione 15p11.2 M-AMM-01 Rev. del 30/05/2014 Test di Metilazione 4 di 8 MS-PCR Aortic Valve Disease di tipo 1 (AOVD1) NOTCH1 seq Arterie tortuose (ATS) Sindrome delle SLC2A10 seq Artrogriposi distale TNNI2, TNNT3, MYH3, TPM2 seq Atassia di Friedreich X25 dim.all. LR PCR Atassia Spinocerebellare tipo 1 – SCA1 ATXN1 dim.all. Atassia Spinocerebellare tipo 2 – SCA2 ATXN2 dim.all. Atassia Spinocerebellare tipo 3 – SCA3 Machado-Joseph-disease (MJD) ATXN3 dim.all. Atassia Spinocerebellare tipo 6 – SCA6 CACNA1A dim.all. Atassia Spinocerebellare tipo 7 – SCA7 ATXN7 dim.all. Atassia Spinocerebellare tipo 17 – SCA17 TBP dim.all. Beals-Hecht Sindrome di (Contratture congenite con aracnodattilia) FBN2 (mutazioni ricorrenti) seq. BRCA1 seq. e MLPA BRCA2 seq. e MLPA Carcinoma renale papillare c-met seq. Corea di Huntington IT15 dim.all Cutis laxa dominante di tipo 1 (ADCL1) ELN (mutazioni ricorrenti) seq. Cutis laxa recessiva di tipo 2A (ARCL2A) ATP6V0A2 seq. Deficit di α1 Antitripsina SERPINA seq. Deficit di G6PD G6PD seq. Disgenesia Gonadica Sequenze Y Relate PCR Disomia Uniparentale- UPD cromosomi 7, 9, 11, 14, 15 dim.all. Dispalsia acromicrica/geleofisica FBN1 esoni 41-41 seq. B3GALT6 seq. Distrofia Miotonica di Steinert DM1 dim.all. e S.B. Ehlers-Danlos di tipo classico COL5A1*; COL5A2 *seq. e MLPA Carcinoma mammella e ovaio, predisposizione a Displasia spondiloepimetafisaria con lassità legamentosa tipo 1 M-AMM-01 Rev. del 30/05/2014 5 di 8 seq. Ehlers-Danlos forma progeroide tipo 1 B4GALT7 seq. Ehlers-Danlos forma progeroide tipo 2 B3GALT6 seq. Ehlers-Danlos di tipo vascolare COL3A1 seq. e MLPA Ehlers-Danlos tipo cifoscoliotico PLOD1 LR PCR, seq, MLPA COL1A1 (esone 6), Ehlers-Danlos tipo artrocalasico seq. COL1A2 (esone 6) Ehlers-Danlos tipo dermatosparassi ADAMTS2 seq. Ehlers-Danlos atipica COL1A1, COL1A2 seq, MLPA Ehlers-Danlos tipo cardiaco-valvolare COL1A2 seq. MLPA Epidermolisi Bollosa Distrofica COL7A1 seq. Fibrosi Cistica CFTR RDB seq. dim.all. FXTAS, Sindrome di FMR1 Gaucher, Sindrome di GBA seq. Kennedy Malattia di (SBMA) AR dim.all. TGFBR1*, TGFBR2*, *seq, MLPA SMAD3, TGFB2 seq. FBN1 seq. MLPA MT-TL1 seq. Microdelezioni sul Cromosoma Y (Yq) AZF a-b-c PCR Noonan/Leopard Sindrome di PTPN11 seq. Osteogenesi imperfecta COL1A1 COL1A2 seq. MLPA SNCA, α-sinucleina, PARK1 seq. MLPA LRRK2 dardarina seq. MLPA Loeys-Dietz Sindrome di (LDS) Marfan Sindrome di MELAS Mitochondrial myopathy– encephalopathy–lactic acidosis–stroke syndrome Parkinson Malattia di M-AMM-01 Rev. del 30/05/2014 6 di 8 Polimorfismi fetali per esclusione contaminazione materna PARK 2 parkina seq. MLPA PINK1, p-ten, PARK6 seq. MLPA Polimorfismi vari cromosomi dim.all. Test di Regione cromosomica Prader Willi Sindrome di Metilazione CR15p11.2 MS-PCR Pseudoxantoma elastico ABCC6 LR PCR, seq. Shprintzen-Goldberg Sindrome di (SGS) SKI seq. gene GJB2 (connessina 26) delezioni gene GJB6 (connessina 30) Sordità (Ipoacusia) gene GJB6 (connessina 30) DNA mitocondriale seq. PCR seq. PCR e dig.enz. Swyer Sindrome di (Disgenesia Gonadica) SRY seq. Talassemia Alfa HBA1, HBA2 RDB Talassemia Beta HBB seq. Talassemia Delta HBD seq. Talassemia HPFH e Lepore HBB e HBD PCR Thoracic Aortic Aneurysm di tipo 4 (AAT4) MYH11 seq. Thoracic Aortic Aneurysm di tipo 6 (AAT6) ACTA2 seq. Thoracic Aortic Aneurysm di tipo 7 (AAT7) MYLK seq. Tossicità al 5 fluorouracile DPYD seq. Thrombo-test resistenza al warfarin VKORC1, CYP2C9 RDB Vohwinkel Malattia di (Cheratoderma ereditario da difetto di loricina) LOR seq. Weill-Marchesani sindrome di FBN1 seq. MLPA X fragile Sindrome di (o Sindrome di Martin Bell) FMR1 FRAXE AFF2 M-AMM-01 Rev. del 30/05/2014 dim.all. e South.Blot. dim.all. 7 di 8 Atre prestazioni della branca. Conservazione del DNA. LEGENDA: seq: sequenziamento automatico del DNA MS-PCR: metilation sensible PCR LR PCR: long range PCR QF-PCR: quantitative-fluorescent PCR dim.all: dimensionamento allelico S.B: southern blot dig.enz: digestione con enzimi di restrizione Il laboratorio si riserva, ai sensi D.D.G. n. 34330 del 7 luglio 1999, di reperire ed inviare mediante “service” campioni biologici a centri di riferimento nazionali ed internazionali per l’esecuzione dei test non direttamente forniti. Tale procedura NON potrà essere applicata quando il laboratorio stesso funge da service per altre strutture. Le modalità di prelievo, conservazione e trasporto del materiale biologico da analizzare sono disponibili: sul sito www.lcgm-geneticamedica-unibs.it su richiesta da inviarsi via mail a: [email protected] o via fax allo: 030-3717283. 4. GENETICA CLINICA (CONSULENZA GENETICA) Il Servizio di Consulenza e Genetica Clinica si rivolge a persone affette o a rischio di malattie genetiche, assicurando un corretto inquadramento diagnostico di malattia, l’impostazione del follow-up assistenziale, la consulenza genetica in merito alle modalità di trasmissione della malattia, alla definizione del rischio riproduttivo dell’affetto e dei familiari, alle possibili terapie incluse le opzioni riproduttive. Durante la visita viene raccolta l’anamnesi familiare e personale del probando, viene ricostruito l’albero genealogico, viene esaminata la documentazione clinica e strumentale relativa alla patologia in esame, quando necessario, viene visitato il paziente. In base all’indicazione si effettuano le seguenti consulenze genetiche: Preconcezionale Valuta, in una coppia, il rischio di ricorrenza di una malattia ereditaria presente nella famiglia, o il rischio riproduttivo di una coppia che desideri pianificare una gravidanza. Prenatale Correlata alla diagnosi prenatale di una malattia genetica in presenza di una patologia genetica familiare o di un’anomalia riscontrata in ambito prenatale. Postnatale finalizzata all’inquadramento clinico diagnostico, alla prognosi e al rischio di ricorrenza/occorrenza di una patologia genetica in un bambino o in un adulto. correlata ai test genetici, atta cioè a fornire informazioni relative ai test genetici richiesti e all’interpretazione dei risultati degli stessi . Oncologica: permette di identificare persone ad alto rischio di insorgenza di tumori attraverso l'analisi della storia familiare e/o attraverso l'applicazione di test genetici, si propone: . L’attività si avvale dell’interazione tra diversi specialisti che, in alcuni casi, sono organizzati in unità/ equipe dedicate. Per accedere all’ambulatorio chiamare il numero 030-3717269 tutti i giorni feriali dalle 8.00 alle 13.00. M-AMM-01 Rev. del 30/05/2014 8 di 8
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