Lammps-30Oct14 インストールメモ for Mac OS X Yosemite 3Nov2014 [追記 10dec14]　lammps-5Nov14 でも同じ手順でインストールできました。時間のない人のヒントのためと、自分のための記録として書きました。ここでは標準的なパッケージのみのインストールをします。（わたしはそれで十分なので） lib に入っている reax とかの外部パッケージは自分で調べてください。以下の scribd に書いたメモにはこれらについても記述しています。ただし、４月以降に追加されたパッケージについては書いてありません。 lammps は日々アップデートされているので、古い lammps にはこのやり方は使えません。新しい lammps にはいずれ使えなくなります。古い lammps については https://www.scribd.com/chibaf をみてください。ただし、英語で書きました。 (0) マシンは Macbook Pro 13 inch mid 2012 を用いました。 (1) OS は OS X Yosemite を使っています (2) 以下のツールを使う時は Unix の初歩的な知識が必要です．それらについては，例えば，オライリーから出ている「入門 Unix for Mac OS X」を参考にして下さい． (3) まず、OS のバージョンにあう Xcode.app を http://developer.apple.com から入手します。ダウンロードするにはアカウント＝Apple ID を作る必要があります。 (4) xcode のインストールが終わったら、ターミナルで xcode-select –install と sudo xcodebuild -license を実行します。これで GNU TOOLS などが使えるようなります。 (5) Apple の GCC は OpenMP が使えないので、以下から gcc-4.9.0 を入手します。 http://hpc.sf.net gcc-4.9-bin.tar.gz, updated Oct 2014 (Mavericks & Yosemite) 以下のコマンドでインストールします。 sudo tar -zxvf gcc-4.9-bin.tar.gz -C / (6) OpenMPI のインストール / 並列処理に必要です。 http://www.open-mpi.org からダウンロードし、build する。解凍してから当該ディレクトリーに移り、標準的な手順です： ./configure make make check sudo make install (if make check said no error) (7) FFTW / Ewald 法などの計算法に必要です http://www.fftw.org から入手。解凍してから当該ディレクトリーに移り、標準的な手順です： ./configure make make check sudo make install (if make check said no error) (8) OpenBLAS のインストール http://dedupe.readthedocs.org/en/latest/OSX-Install-Notes.html を真似しました。 $ git clone https://github.com/xianyi/OpenBLAS.git $ cd OpenBLAS $ make BINARY=64 USE_OPENMP=0 $ sudo make PREFIX=/usr/local install すると、/usr/local/lib/libopenblas_sandybridgep-r0.2.12.a ができます。注意：ライブラリーの名称はマシンの CPU によって変わります。以上で必要なツールとライブラリーはインストールできました。 (9) lammps-30Oct14 のインストール http://lammps.sandia.gov/tars/?C=M;O=D から入手できます。解凍して、ディレクトリー src に移ります。 Make yes-all ↑ 全パッケージの追加不要なパッケージの削除 MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make Uninstalling package gpu MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make Uninstalling package kim MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make Uninstalling package poems MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make Uninstalling package reax MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make Uninstalling package voronoi MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make Uninstalling package user-awpmd MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make Uninstalling package kokkos MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make Uninstalling package user-qmmm MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make Uninstalling package user-colvars MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make Uninstalling package meam no-gpu no-kim no-poems no-reax no-voronoi no-user-awpmd no-user-cuda no-kokkos no-user-qmmm no-user-colvars no-meam MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make no-user-atc Uninstalling package user-atc src/MAKE の Makefile.mpi を編集します。変更箇所だけ示します。 CCFLAGS = LIB = -g -O3 -fopenmp -lgfortran -lgomp -lopenblas_sandybridgep-r0.2.12 LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64 FFT_INC = FFT_PATH = FFT_LIB = -DFFT_FFTW3 -lfftw3 ディレクトリー src で make mpi を実行します。 build が成功すれば、src に lmp_mpi ができます。 (10) lammps の実行 (A) mpirun -np N lmp_mpi < in.lammps (B) mpirun -x OMP_NUM_THREADS=M -np N lmp_mpi -sf omp -in in.lammps (A)で N はプロセスの数、in.lammps は lammps の入力です。 (B)で N はプロセスの数、M は OpenMP thread の数、in.lammps は lammps の入力です。 lammps の入力の作り方は、doc の Manual.pdf をみてください。サンプルは http://math.digi2.jp/math/lammps/ にもありますし、Google 検索で探しても見つかります。以下は lammps の計算をもとに作ったアニメです。 https://www.youtube.com/watch?v=-vKqBxrM2zQ Lammps-30Oct14 on Macbook Pro 13inch mid 2012