大型計算機システム利用講習会 iiC-HPC Information Initiative Center Hokkaido University スーパーコンピュータシステムとサービス概要北海道大学情報基盤センター講習内容 • スパコンシステムの概要 • サービスの概要 • 今後の予定と活動計画大型計算機システム利用講習会スパコンシステムの概要システム構成図 iiC-HPC Information Initiative Center Hokkaido University 大型計算機システムの構成スーパーコンピュータ HITACHI SR11000/K1 40 nodes (16 PE, 128 GB) コンパイラ (FORTRAN,C/C++) 数値計算ライブラリ商用アプリケーションソフトウエアフリーソフトウエア大容量磁気ディスク装置 100 TB，RAID 5 ステレオ表示可視化システム 2 systems 開発ツール・可視化ライブラリ商用アプリケーションソフトウエア汎用コンピュータ HITACHI Superdome 32 PE, 64 GB コンパイラ (FORTRAN,C/C++) 数値計算ライブラリ商用アプリケーションソフトウエアスーパーコンピュータ HITACHI SR11000/K1 総合演算性能5.4Tflops，主記憶容量5TB，40演算装置 2006年1月5日サービス開始ノード構成：Power5+(2.1GHz)×16way，主記憶容量128GB，理論演算性能134.4Gflops システム構成 40ノード (同一構成・同一性能) SGI SAN Server S600 SANRISE 9585V 外部ネットワーク 100Base-T 1 外部磁気ディスク 100 TB 3 演算装置(ノード) 39 演算装置 Processor: 16 way I/Oノード理論演算性能 134.4Gflops (Power5+/2.1GHz) Memory: 128GB 演算装置 High Performance Switch (HPS) (8 GB/s単方向 × 2) 2 4 演算装置 40 演算装置演算装置演算装置の構成 Power5+(2.1GHz) × 16way (Peak Performance: 134.4 Gflops) PE0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 L1 L1 L1 L1 L1 L1 L1 L1 L1 L1 L1 L1 L1 L1 L1 L1 命令 64kB データ32kB L2 L2 L2 L2 L2 L2 L2 L2 1.875MB/2PE L3 L3 L3 L3 L3 L3 L3 L3 36MB/2PE Memory Memory Memory Memory 128GB/node DDR2-533 スイッチ Memory Memory Memory Memory High Performance Switch (HPS) ベンチマーク性能評価試験結果 No プログラム名称または解析対象 A1 Permutation Method A2 アンテナ素子設計 A3 風による海の循環解析 A4 筐体内電磁界分布 A5 連星系相互作用(SPH法) A6 アレーアンテナの素子間相互結合量解析 A7 大気大循環モデル (AGCM) A8 電波伝搬モデルノード数分類 SMP 単一演算装置性能 MPI並列演算装置内SMP並列処理 1 主記憶容量コンパイラ性能最高性能 34 MB 13 195 34 MB 70 125 67 MB 10 14 2 GB 12 14 8 GB 8 13 11 GB 4 7 179 MB 7 18 5 GB 7 17 4 6 (注) ‘A5’ は米国SGI社製Onyx300での結果との比較です．多彩な並列処理に対応 PE0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 ＴＳＳ処理 Node #0 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 バッチ処理 1 2～4 CPUを利用したSMP 2～4 MPI並列処理 ex.1 大規模SMP 単一ノード占有実行(16 スレッド) ex.2 ハイブリッド並列(MPI並列＋SMP並列) 複数ノード占有実行 ex.3 MPI並列単一ノード占有実行(16 プロセス) (注) PE: Processor element 小規模並列処理商用アプリケーションソフトウエアの利用 Node #1 PE0 1 CPUを利用した逐次処理基本ソフトウエアオペレーティングシステム AIX 5L (UNIX SystemV準拠) コンパイラ日立製作所製 IBM社製 FORTRAN 最適化FORTRAN90 XL Fortran Enterprise Edition forAIX5L C/C++ 最適化C 最適化標準C++ XL C/C++ Enterprise Edition forAIX5L ライブラリ MATRIX/MPP MATRIX/MPP/SSS MSL2 IBM ESSL for AIX 5L IBM Parallel ESSL for AIX 5L BLAS, ScaLAPACK IMSL Fortran/C ライブラリ NAG Fortran SMP Library/Cヘッダ並列プログラム開発環境 IBM Parallel Environment for AIX 5L ジョブ実行管理 IBM LoadLeverer for AIX 5L 商用アプリケーションソフトウエア分類アプリケーション名 IMSL Fortranライブラリ IMSL Cライブラリ数値計算数式処理構造解析流体解析分子解析統計解析可視化 NAG FORTRAN SMPライブラリ Cヘッダファイルライセンス形態 640 CPU (40ノード) 無制限ノードロック Mathematica 同時 6 ユーザ Maple 同時 5 ユーザ MSC.Nastran，MSC.Patran 3000トークン ANSYS Multiphisics版：ネットワーク1ユーザ University Intermediate版：ネットワーク4ユーザ FLUENT ネットワーク 20 プロセス ANSYS CFX-5 ネットワーク 5 ユーザ Gaussian03 サイトライセンス MOPAC2002 並列版 9 CPU 以上 Amber サイトライセンス SAS ノードロック(ユーザ無制限) ENVI IRIS Explorer ネットワーク 5 ユーザフリーソフトウエア種別コマンド名称またはシステム名称コンパイラ gcc/g++, python, tcl/tk, guile ライブラリ Ncurses, readline, libtiff, libpng, libjpeg, gtk+, Qt, slang, db, BLAS, LAPACK, ScaLAPACK アプリケーション開発 gdb, rpm, cvs, automake, autoconf, libtool, bison, flex, gettext GNU ユーティリティ Gawk, m4, indent, sed, tar, diffutils, fileutils, findutils, Textutils, grep, sh-utils シェル bash2, tcsh, zsh システムユーティリティ emacs, bzip2, gzip, unzip, zoo, smba, vim, less ウインドウマネージャ enlightenment, sawfish デスクトップ環境 KDE, GNOME グラフィックス ImageMagick, transfig, xfig, xpdf, ghostscript, gv, mpage ステレオ表示可視化システム可視化サーバソフトウエア表示装置 HP社製XW4200 (2 式) リモートセンシング： Pentium4/3.8GHz 主記憶容量 2GB nVIDIA Quadro FX4400 構造・流体解析結果表示： CEI社製 EnSight Gold DLPプロジェクタ：三菱電機 LVP-XD480 裸眼立体表示装置： Stereographics社 SynthaGram SG204 RSI社製 ENVI 気象データ可視化： VRCO社製 vGeo 汎用可視化システム： KGT社 AVS Express Viz 偏光立体表示／裸眼立体表示その他： Microsoft社製 Office 2003 Adobe社製 Illustrator CS 立体視用：円偏光メガネ 20インチ・モニタ (4台) スクリーン液晶液晶裸眼立体視液晶ディスプレイディスプレイディスプレイディスプレイ A1 DLP DLP プロジェクタプロジェクタ A2 B1 1280×1024 (SXGA相当) 1024×768 (XGA相当) Vout 1 Vout 2 Vout 1 Vout 2 映像分配器 Vout 1 大判プリンタ HP Designjet800ps B2 Vout 2 ＷＳ 1 Pentium4/3.8GHz以上主記憶容量 2GB 磁気ディスク260GB nVIDIA QuadroFX4400相当 Windows XP Professional AVS/ExpressVizほか Vout 1 Vout 2 可視化ワークステーションＷＳ 2 大型計算機システム利用講習会サービスの概要平成18年4月1日以降の本サービスにおいて，記載のサービス内容が変更される可能性があることをご了承ください．ネットワーク iiC-HPC Information Initiative Center Hokkaido University サービス施策ユーザ・ニーズに適合したサービス・初級・小規模ユーザには，利用負担金低減・大規模・先端ユーザには，大容量化／高速化・多彩なサービス(バルク利用／パック利用) ユーザ支援体制，利用講習会，広報活動ユーザ数の増加策北大スパコンを利用する利点安価に利用できる！研究費の有効活用で，世界的な研究成果計算が直ちに開始される！適切な計算機規模と余裕のある稼動状況ユーザサポートの充実！努力目標計算機リソース基本サービス定額制サービス TSS利用汎用コンピュータバッチジョブ利用 TSS・アプリ実行 (wine) (hopxx) TSS・アプリ実行(wine) ノードロックアプリ実行 (malt) パック利用サービス用 4ノード程度 FORTRAN， C/C++ コンパイラ数値計算ライブラリスーパーコンピュータノード占有計算サーバパック利用 (corn) HITACHI Superdome HITACHI SR11000/K1 利用負担金体系一般利用者パック利用者個人利用パック利用基本サービス経費バッチジョブ定額制ファイル定額制バルク利用 (グループ利用) 年間契約料金基本サービス経費年度内利用基本サービス経費に含まれるサービス – スパコン(wine,corn)と計算サーバ(malt)をTSSで利用 • 演算時間 1 プロセス 24 時間制限 • 24 時間以上の演算実行は別途申請 – – – – – – – ファイルについて，ディスク容量 5 MB まで利用ステレオ表示可視化システムの利用 ASP サーバでのアプリケーション利用ファイルバックアップサービス大型計算機システムポータルサイトの利用大判プリンタ・ページプリンタの利用(印刷経費別) Web サーバ，PPP の利用バッチジョブ定額制バッチジョブ演算時間の定額制 S3 コース S10 コース S50 コース詳細については，後日掲載申請時に予算額を設定し，年度内利用(次年度への繰越不可) 演算時間上限値によりジョブ投入を制限バッチコマンドの時間設定機能により実行時間を指定ジョブキュー IBM LoadLeveler for AIX 5Lにより実行ジョブを管理保守・障害等により，キャンセルまたはリスタートユーザの申告により，ジョブクラスｙを有効にするジョブ区分バッチジョブキュー演算時間 (時間) a 1 b 24 c 72 標準最大ノード数ノード数 1 16 最大主記憶容量 1ノード 128GB ラージページ 80GB ファイル定額制基本サービス経費で 5 MB まで利用可能 – 小規模ファイル容量利用のための月額制 – Quota機能によりファイル容量上限設定ファイル定額制 (大規模ファイル容量の利用) • 年度内定額制詳細については，後日掲載バルク利用制度支払責任者バッチジョブ定額制とバッチジョブ定額制ファイル定額制をグループで利用ファイル定額制 Supercomputer HITACHI SR11000/K1 bu01グループバルク管理者利用者番号 a12345 （基本サービス経費支払済）バルクメンバ bu0101 バルクメンバ bu0102 ファイルファイル・・・バルクメンバ bu01nn 演算時間のグループ制御ファイルファイルのグループ制御 bu01グループのファイルパック利用基本構成演算装置 1 台＋磁気ディスク装置 1.5 TB ＋運用管理費＋利用講習会演算装置(ノード) 16 PE / 128 GB ＋磁気ディスク装置 1.5 TB ＋運用管理費利用講習会年間契約料金 25名まで 50名まで 100名まで 500名まで 1000名までユーザ数オプション追加ノード利用オプション追加磁気ディスク利用詳細については，後日掲載サービス一覧(まとめ) 一般利用申請・ユーザID，パスワードを発行・年度内利用可・次年度へ自動継続ユーザ登録オプションバルク利用サービス大判プリンタサービスホスティングサービスファイル定額制バッチジョブ定額制基本サービスユーザ bumm01 ユーザ bumm02 ユーザ bumm03 ・登録済ユーザを対象・バルクユーザIDを発行・年度内利用可・次年度へ自動継続・・・・・・大学，研究科，学部，学科，研究機関等組織での利用に適しています！パック利用申請パック利用登録ユーザIDとパスワード発行大型計算機システム利用講習会今後の予定と活動計画 iiC-HPC Information Initiative Center Hokkaido University 今後の予定スパコンサービス 1. 試用期間 (演算サービス無料) 2006 年 1 月 5 日(木) ～ 3 月 30 日(木) “基本サービス経費”および“ファイル経費”は負担いただきます！ 2. サービス運用 2006 年 4 月 1 日(土) ～利用促進・拡大活動広報活動の充実 iiC-HPCニュースとメールマガジンによる広報システムおよびサービス紹介用広告メディアの配布利用技術の習得支援利用者相談室スタッフの積極的な自己研鑽と支援参加利用講習会の集中的実施 (1月から3月) 利用技術解説テキストの公開プログラムチューニング支援